BIOCHIMICA:1 CAPITOLO

Le proteine mediano praticamente tutti i processi che

hanno luogo nelle cellule e svolgono un numero enorme di funzioni. :
.1 Gli amminoacidi
Le proteine sono polimeri
di amminoacidi in cui ogni residuo amminoacidico è
unito a quello vicino da uno specifico tipo di legame covalente
Le proteine possono essere idrolizzate
nei loro amminoacidi costituenti. in molti modi.
Gli amminoacidi hanno proprietà strutturali comuni
Tutti i 20 amminoacidi presenti nelle proteine sono alfa-amminoacidi.
Essi hanno un gruppo carbossilico e un gruppo
Amminico e differiscono l’uno dall'altro per la catena
laterale, o gruppo R, che si differenzia per struttura, dimensioni
e carica, e quindi influenza anche la solubilità
dell'amminoacido nell'acqua. Il carbonio alfa è dunque un centro
chirale . A causa della disposizione tetraedrica
degli orbitali di legame, i quattro gruppi differenti possono
disporsi nello spazio in due modi diversi, quindi per ogni
amminoacido sono possibili due stereoisomeri. Tutte le molecole
con un centro chirale sono anche otticamente attive,
cioè ruotano il piano della luce polarizzata.
Storicamente una
nomenclatura simile o ed L era stata usata per indicare l'attività
ottica delle molecole levogire (che ruotano il piano
della luce polarizzata verso sinistra) e destrogire (che ruotano
il piano della luce polarizzata verso destra) Un altro sistema usato per
indicare la configurazione
intorno a un centto chirale è il sistema RS, che è usato
nella nomenclatura sistematica della chimica organica;
questo metodo descrive in modo più accurato la configurazione
di molecole organiche con più di un centro chirale
Quasi tutti i composti biologici con un centro chirale sono
presenti in natura soltanto in una forma stereoisomerica,
L o o. I residui degli amminoacidi nelle molecole proteiche
sono tutti stereoisomeri L. Gli amminoacidi della serie
o sono presenti solo in pochi peptidi, solitamente piccoli,
come quelli della parete cellulare dei batteri, e in qualche
peptide con fum:ione di antibiotico
Gli amminoacidi sono classificati in cinque tipi in
base base alla polarità e alla carica (a pH 7) dei loro
gruppiR.
Gruppi R carichi positivamente (basici)
I gruppi R più idrofilici sono quelli che contengono cariche nette sia
positive
sia negative. Gli amminoacidi che hanno una catena
laterale con una carica netta positiva a pH 7,0 sono: la lisina,l’arginina e
l’istidina
Gruppi R carichi :negativamente (acidi) I due amminoacidi
che hanno gruppi R con una carica negativa netta
a pH 7,0 sono l'aspartato e il glutammato, ognuno dei
quali ha un secondo gruppo carbossilico.
• Gli amminoaddi non comuni possono avere delle funzioni
importanti
Oltre ai 20 amminoacidi comuni. le proteine possono
contenere dei residui amminoacidici, formati per modificazione
chimica dei residui già incorporati in un polipeptid
'tra questi vi sono per esempio la
4-idrossiprolina, un derivato della prolina, e la 5-idrossilisina,
un derivato della lisina. La prima si trova nelle
proteine della parete cellulare delle cellule vegetali ed entrambe
si trovano nel collagene, proteina fibrosa del tessuto
connettivo.
Alcuni residui amminoacidici possono essere modificati
transitoriamente nelle proteine, per regolarne la funzione.
!!aggiunta di gruppi fosforici, metilici, acetilici, adenililici,
ADP ribosilici. o di altri gruppi ancora, a particolari
amminoacidi può aumentare o diminuire l'attività delle
proteine. La fosforilazione è una modificazione
molto comune.

GLICINA
• Gli amminoacidi hanno curve di titolazione
caratteristiche
La titolazione acido-base comporta la graduale aggiunta o
rimozione di protoni a gruppi funzionali ionizzabili,se prendiamo ad
esempio la glicina
A pH bassi prevale la forma completamente
protonata +H3N-CH2-COOH della glicina. I due gruppi ionizzabili della
glicina, il gruppo carbossilico e il gruppo amminico, vengono
titolati con una base forte, come NaOH. La curva di
titolazione mostra due fasi distinte, corrispondenti ai due
differenti gruppi titolabili della glicina. zione. Il pKa può anche essere
considerato come una mi·
sura della tendenza
di un gruppo a cedere il protone Man mano che la titolazione procede, si
raggiunge
un altro punto di flesso cui corrisponde la rimozione
quasi completa del primo protone mentre la rimozione
del secondo è appena cominciata.è questo il punto dove la glicina si trova
nella sua forma zwitterionica
La seconda fase della titolazione corrisponde alla rimozionedi un protone
dal gruppo -NH3+,ll pH
corrispondente al punto di mezzo La titola
zione è essenzialmente completa a pH 12, che corrisponde
al pH al quale la forma predominante della glicina è
H2N-CH2-coo-.
Si noti che il gruppo carbossilico della
Glicina è più facilmente ionizzabile)
Del gruppo carbossilico dell'acido acetico ha
un pKa di 4,76, un valore corrispondente al valore medio di p.Ka dei
gruppi carbossilici
legati a una catena alifatica. Il valore più basso del pKa della glicina è
dovuto alla repulsione tra il protone
uscente e la vicina carica positiva del gruppo amminico anch'esso legato
al carbonio alfa, Le cariche
opposte sullo zwitterione sono stabilizzati. Analogamente, il pka del
gruppo amminico
della glicina si sposta verso valori più bassi rispetto al valore
medio di pKa di un gruppo amminico. Questo effetto
è dovuto in parte agli atomi di ossigeno elettronegativi dei
gruppi carbossilici, che tendono ad attrarre gli elettroni,
aumentando la tendenza del gruppo amminico a cedere il
protone .In breve, il pka di un gruppo funzionale
è fortemente influenzato dal suo intorno chimico In secondo luogo,
osservando la curva di titolazione della glicina si può dedurre che questo
amminoacido ha due regioni
con potere tamponante. Una di queste corrisponde alla
zona relativamente piatta della curva, che si estende per circa
1 unità di pH da ambedue i lati del primo pKa di 2,34, indicando
che la glicina è un buon tampone intorno a questo
pH. L’altra zona con potere tamponante è centrata intorno a
pH 9,60 (si noti che la glicina non è un buon tampone in corrispondenza
del pH intracellulare di circa 7,4 compreso tra i
due valori di pH in cui la glicina esercita la funzione di tampone). L’
equazione di Henderson-hassembalck
consente di calcolare la percentuale di glicina che agisce da
donatore e la percentuale che agisce da accettore di protoni
necessarie per preparare un tampone a un pH prestabilito.
Il pH caratteristico al quale la carica netta è zero si chiama punto
isoelettrico, o pH isoelettrico, indicatocon pi. Per la glicina, che
non ha gruppi ionizzabili nella
sua catena laterale, il punto isoelettrico è semplicemente
la media aritmetica dei due valori di pKa: Gli amminoacidi
variano nelle loro proprietà acido-base
e hanno curve di titolazione caratteristiche. Amminoacidi
monoamminici e monocarbossilici (con gruppi
R non ionizzabili) sono acidi diprotici (H3+NCH)
COOH) a basso pH e si trovano in differenti forme
ioniche a valori maggiori di pH. Gli amminoacidi con
gruppi R ionizzabili hanno ulteriori specie ioniche a
seconda del pH dell'ambiente e del pK. del gruppo R