Micro Biolog I A

La cellula microbica – Le biomolecole
4 gruppi di molecole diverse tra loro

• PROTEINE (diffuse in tutta la cellula)
• ACIDI NUCLEICI (prevalentemente citoplasmatica a
contenere informazione genetica)
• POLISACCARIDI (nei rivestimenti esterni o

costituiscono riserve)
• LIPIDI (nelle membrane o costituiscono riserve)

PROTEINE
Una singola cellula umana contiene migliaia di
proteine. Sono le più complesse. Dal greco
«protos» significa che pccupa il primo posto.
Occupano fino al % della sostanza secca
delle cellule e tra il Sono formate da % e 20%
se consideriamo tutto l’rogano umano.
Amminoacidi Oligopeptidi <10 amminoacidi
Polipeptidi 10-50 amminoacidi Proteine > 50
amminoacidi
1012 -1013 proteine diverse

Funzioni: trasporto, catalizzatrice (enzimi), struttura,
ormonale,...
Sono tutte costituite da una catena di
Aminoacidi O
H C OH
N C H
H
R
Il C centrale è anche detto CARBONIO ALFA. Perché è una molecola organica.
R invece è la parte variabile, è diversa a seconda dell’amminoacido considerato
Aminoacidi, si differenziano grazie al gruppo R
COOH
NH2 C H
R
Esempio: Alanina
COOH
NH2 C H
CH3
Fosforo il gruppo metilico come la catena R.
Gli aa (amminoacidi) che compongono le proteine sono 20. sono raggruppati in base alle catene
chimiche della catena R. le proteine vengono definite in base al gruppo amminico.
A pH 7:
SE catena R contengono
un grupppo aromatico
questo conferisce un
odore molto intenso alla
cellula
pH
COOH COO- COO-

+ +
H3N C H H3N C H H2N C H
H H H
+
AH2 AH A-
Al seconda del ph le molecole possono essere più o meno cariche. A ph inferiore ho solo il gruppo amminico
carico. A ph superiore il gruppo amminico è neutro mentre quello carbossilico è carico.
tutte le proteine sono legate dagli
amminoacidi. La cosa importante quindi è
capire come gli aa sono legati tra loro.
Funzioni proteine  Fondamentale è la
STRUTTURA
• Livelli:
– Primaria
– Secondaria
– Terziaria
– Quaternaria
Struttura delle proteine
• Struttura primaria: sequenza degli aa
che costituiscono una catena peptidica
R R
H2N C COOH + H2N C COOH
H H
Si perde una molecola d’acqua quando
si legano gruppo carbossilico di un aa, e
- H2O quello amminico dell’aa adiacente.
Questa reazione sembra
LEGAME PEPTIDICO apparentemente semplice, ma nel
complesso richiede molta E alle cellule.
R H R
Implica il lagme tra aa  
costituito da legame H2N C C N C COOH
peptidico
H O H
Gli AA quindi possono essere poalri (sciolgono bene i solventi), apolari, negativi (gruppo R aquisisce
elettroni), positivi, aromatici.
Serina Glicina A. Asp Alanina Leucina
Si crea quindi una catena peptidica. Grazie a questi legami, in questo caso si sono uniti insieme 5 aa.
Le tipologie di
struttura secondaria
sono ad alfa elica, o
a beta foglietto.
La catena
amminoacidica non
è rigida, ma ruota
attorno al C
centrale.
I gruppi R non sono
coinvolti nella
stabilizzazione della
proteina.
La catena di aa si
dispone come
un’elica.
Gli atomi si
dispongono allo
stesso modo con il
C centrale che è lo
scheletro dell’elica.
La catena R si
dispone invece
enterna all’elica.
Struttura secondaria
Le catene
amminoacidiche si
dispongono
spazialmente su un
foglio piegato
mantenendo una
struttura fatta da
legami deboli che si
istaurono tra catene
diverse che formano i
beta foglietto.
Ci sono dei
ripiegamenti di
torsione molto stretti.
La proteina non ha
una struttura
uniforme.
Struttura secondaria
• Struttura terziaria
• Ulteriore organizzazione tridimensionale
compatta della molecola, qui assumono
la morfologia e struttura che serve per
funzionare.
Dipende dalla proprietà dei gruppi R. in questa
immagine ci sono tre tipologie di porzioni proteiche
che si organizzano in 3D a formare la proteina nel
suo aspetto.
Ci sono anche catene che non si sono organizzate in
nessun modo (ne alfa ne beta) ma rimangono in
strutture meno organizzate.
La struttura terziaria è ceata e dipendente dai tipi di
catena R degli aa che compongono la proteina.
Le catene R che sporgono dalla catena peptidica

primaria vanno a compattare la struttura terziaria
della proteina.
Le proteine infatti hanno funzioni così diverse ,

molto specifiche perch’ assumono nello spazio
conformazioni 3D.
Tipi di interazione
Ponti salini
Legami H
Ponti disolfuro
Van der Waals
Idratazione
Se la struttura terziaria non è corretta allora non può funzionare
Struttura quaternaria  organizzazione
tridimensionale di più subunità
(emoglobina)
La struttura quaternaria non è applicabile a tute le
proteine, sono sempre frammenti proteici che si
organizzano in 3D.
La proteina che trasforma l’emoglobina. Nel nostro

sangue al centro c’è il gruppo eme che da il nome
alla proteina adesso si lega all’O che viene
trasportano nel sangue.
Denaturazione delle proteine
• Perdita della struttura (II -> IV)  la proteina perde la sua funzione
• Possibile rinaturazione ( se il calore è relativo ad un piccolo lasso di tempo, è
possibile che la proteina possa rinaturare spontaneamente, quindi se le condizioni
iniziali vengono ripristinate)
• Cause: pH, temperatura ecc….
• Ogni proteina si è evoluta per “funzionare” in maniera ottimale in un determinato
range di condizioni ambientali.
• Rimane quindi la catena aa ma la proteina non funzion più.
• È molto difficie che una proteina rompa la struttura primaria perché vorrebbe dire
rompere iul legame peptidfico che è molto forte è covalente semplice (quasi quindi
la valenza di un doppio legame) molto stabile e resistente.
Possono esserci proteine che a T pari a 70°C mantengono comunque la loro struttura.
Quindi ci sono proteine che mantengono inalterata la loro struttura anche a T molto
elevate
http://foodslashscience.blogspot.it/
Polisaccaridi
Carboidrati
Detti anche GLUCIDI (Glucos:
dolce) CARBOIDRATI (Idrati di Nella cellula sono le
sostanze di riserva o
prodotti esternamente
carbonio) C, H e O alla cellula,
proteggendola
Cx(H2O)y
Gruppi funzionali: -OH
-C=O -> gruppo
carbossilico
PENTOSI
I due zuccheri che

costituiscono rna e DNA
sono il ribosio e il
desossiribosio. Sono
quasi identici ma nel
ribosio c’è un gruppo
OH.
I carboidrati possono
ESOSI
essere diversi tra loro
possono avere diversi
numeri di atomi di C.
Ha quindi un gruppo acetilico. È simile al glucosio, perché anche esagono, entra a far parte della parete batterica
MONOSACCARIDI: 1 unità =
zuccheri
DISACCARIDI: 2 unità
OLIGOSACCARIDI: 2-10 unità
POLISACCARIDI: + di 10 unità
Es. cellulosa e amido
Alfa  perché i 2H stanno dalla stessa parte.
1,4 perché il legame
GLUCOSIO
Legame glicosidico
Alcuni polimeri vengono usati

diversamente dai microrganismi
nonostante composti tutti da
glucosio. Questo può essere legato
in modo diverso. Il legame glicosilico
può essere in conformazione alfa o
beta a seconda di come si
dispongono gli atomi. Possono
essere dallo stesso lato o lato
diverso rispetto al lato dell’anello.
Amido
Glicogeno
Cellulosa
Alfa  i due H stanno dalla stessa parte.
,4 perché il legame coinvolge il C1 di una molecola e C4 perché il C è nella posizione 4.
Beta  gli atomi coinvolti in quexto legame sono in posizione opposta rispetto al pianto
delimitato dalla struttura.
La differenza in termini di legami glicosilici discrimina natura e utilizzo diversi di diversi

polisaccaridi.
Le catene di glucosio possono essere tenute insieme da legami diversi.
Usiamo solo amido con enzimi che produciamo. L’amido è un polimero molto degradabile per i
microrganismi, usato da molti microrganismi diversi. Anche noi poassiamo romperlo esempio
l’amido della pasta per noi è fonte di energia.
GLICOGENO: polimero di riserva, usato anche da noi. Formato da glucosio e da ramificazione

creati da legami 1,6.
Cellulosa: molto simile agli altri 2. sempre formata da glucosio, legata insieme da legami
glicosilici beta1,4 essendo questo un legame un po’ diverso. Non tutti gli organismi usano della
cellulosa come fonte di energia e di carbonio. Esempio noi la cellulosa non siamo in grado di
usarla.
Quel poco di C che usaimo sono i batteri della nostra microflora intestina che ci aiutano a
rompere questo legame.
Classificazione dei polisaccaridi in
base alla funzione
OMOPOLISACCARIDI ED ETEROPOLISACCARIDI
Caratteristiche Esempi
Polisaccaridi di Riserva di glucosio Amido, glicogeno

riserva da usare come fonte
di energia
Polisaccaridi di Costituiscono la Cellulosa,

sostegno struttura dei emicellulosa,
tessuti vegetali ed pectine,
animali peptidoglicano
Polisaccaridi Funzioni varie Esopolisaccaridi,
complessi (non importanti nella
costituiti da formazione di biofilm
ripetizioni di
monosaccaridi)
Acidi nucleici
Polimeri il cui monomero è il nucleotide sono due DNA e RNA. Costituiti da catene di nucleotidi
Si trovano nel nucleoide ovvero nel genoma microbico o nei ribosomi che sono anche costituiti da rna.
Tutti i nucleotidi sono costituiti da zucchero (ribosio o desossiribosio) da un gruppo fosfato e una base
azotata. L’unica cosa che cambia è la base azotata.
La catena di rna e DNA è tenuta insieme da un legame glicosilico che unisce unità zuccherine dei
nucleotidi. Gli atomi di C nel cerchio sono coinvolti nel legame tra nucleotidi.
2 nucleotidi si
legano con
reazioni di
condensazione
ovvero il rilascio
di una molecola
d’acqua. Si
ottiene togliendo
Og da ribosio e H
da fosfato.
Rimane sempre
un gruppo OH
libero così si può
allungare la
catena
DNA: Acido Desossiribonucleico

RNA: Acido Ribonucleico
Il DNA ha una struttura a doppia elica, è stabilizzata da legami deboli che si istaurano tra due eliche opposte.
Le basi sono tra loro complementari cioè nella doppia elica davanti a un adenina ci sarà sempre una timina, e
davanti alla guanina, una citosina.
Sullo scheletro dell’elica ci sono atomi di C per
legare tra loro i nucleotidi e per stabilizzare la
doppia elica ci sono le basi.
Una tripletta di nucleotidi codifica per un certo aa.

Codice genetico  relazione tra DNA e proteina. Gli aa sono codificati da una certa sequenza di nucleotidi. Sul
DNA c’è scritto come fare le proteina la sequenza. Es TTT pheninalanina. CCC prolina
LIPIDI – FOSFOLIPIDI
classe di molecole molto varia e differenziata possiamo avere: glicol., fosfol., cere, sterodi, terpeni.
Occupano nella cellula la funzione di protezione e hanno importanza rilevante nelle membrane.
I fosfolipidi sono fatti tutti con due catene di acidi grassi legati dal glicerolo legato a sua volta da un
gruppo fosfato e una parte variabile. Cosa li differenzia?? Lunghezza della catena, quantità di
gruppi CH, numero e posizioni di doppi legami.
La natura delle componenti di un fosfolipide ci permette di differenziare una parte idrofobica,
dovuta principalmnete a catene di acidi grassi che sono di natura chimica idrofobica. Gruppo CH
dove la carica è equamente distribuita dove una parte della membrana è apolare. E la testa idrofila
è dovuta principalmente al gruppo fsfato che invece conferisce a questa molecola una carica che la
rende idrofila e apolare.
Acidi grassi
La presenza di un doppio legame comporta il ripeigamento della coda, caratteristica molto importante
(assenza o presenza di doppi legami) nell’andare a modulare la viscosità o meno delle membrane. I
microrganismi in base al numero e posizione dei doppi legami sulle code apolari dei fosfolipidi consentono
alle loro embrane di funzionare a T diverse.
Variabile
CODE APOLARI
TESTA
POLARE
STRUTTURA CHIMICA DI
UN FOSFOLIPIDE
GRUPPO
FOSFATO
TESTA CODE APOLARI

POLARE
MEMBRANE CELLULARI
La cellula
Procariotica
Il citoplasma è meno ricco
e differenziato di eucarioti. La cellula
Nucleotidi non contenuti procariotica
nella membrana
(2012 - Engadget.com)
Morfologia Procarioti
Si riferisce a Dimensioni e Forma cellulare
Rapporto superficie/volume molto elevato rispetto a eucarioti
Velocità scambi molto rapida  Risposta rapida alle variazioni ambientali
 Influenza su velocità metabolismo, (crescita  moltiplicazione)
I procarioti crescono molto più velocemente
Dimensioni
Batteri
Espresse in µm (unità di misura dei microrganismi)
Nel loro ambito sono molto diversi
Il range è Diametro 0,1 – 8 µm
Lunghezza 3 – 10 µm
Estrema variabilità : Escherichia coli 1x3 µm
Pasteurella tularensis
0,2x0,7 µm
Limite inferiore dimensionale determinato dalla capacità di contenimento delle strutture
cellulari. Non inferiore a 0,15 µm diametro (dimensione minima della cellula più piccola
non esistono perché sono dentro gli organelli. Non conosciamo con certezza tutti i
batteri, tutti non si possono coltivare.
Dimensioni Archaea
Ordini di grandezza simili a batteri ma solitamente più piccoli, inferiori a 1 µm.
Thiomargarita namibiensis
È il batterio più
grande mai isolato.
Si riempie di
sostanze di riserva di
vescicole per la
cellula che è singola,
e si rigonfia molto e
diventa grande
(Schulz-Vogt et al., 1999 – Science)

MORFOLOGIA CELLULARE
(come sono fatte?)
Relativamente raggruppate in poche tipologie

morfologiche rispetto alla grande diversità
Quali forze influiscono sulla morfologia cellulare

procariotica?
Perché una particolare cellula ha una particolare forma?
-Ottimizzazione assimilazione nutrienti
-Mobilità in mezzi differenti
La morfologia è geneticamente controllata ed è evoluta per

massimizzare la fitness (misura del successo riproduttivo di
un organismo ben adatto al suo ambiente) di una specie in
un determinato habitat (determinate cellule si sono
evolute con una creta morfologia)
Morfologia
• cellulare
Forma e dimensione hanno grande importanza per le funzioni cellulari
 diffusione e assorbimento dei nutrienti  esigenze di sopravvivenza
e adattamento di ciascuna specie.
• Il nome di molti generi prende origine dalla
forma delle cellule o degli aggregati cellulari
• In molti casi riclassificazioni (magari eprchè geneticamente erano
distanti da altri, sebbene avessero uguale morfologia)
• Semplificazione : in alcuni casi variazioni rispetto a modelli
standard
• La morfologia non è predittiva della fisiologia cellulare o del
metabolismo. Se al microscopio vedo la forma non posso dire
nulla sulla funzione o sul metabolismo anche se identico,
possono poi essere molto diversi.
• La forma generale con la quale i batteri si sono riorgnaizzati è
molto semplice
Morfologia
batterica
Cocchi, hanno forma
sferica. Magari non
perefttamente
sferica, ma viene
smeplificato per
comodità. Può
essere
impacchettata
ordinatamente, a
coppie.
Possono aggragarsi
quindi in modo
Staphylococcus, Enterococcus, Lactococcus, Streptococcus
diverso. Ill nome del
Si organizza a formare una certa forma nello spazio
2 cocchi uniti
B. Biavati, C. Sorlini Microbiologia generale e agraria, seconda edizione Copyright 2012 C.E.A. Casa Editrice Ambrosiana
Cocchi al microscopio ottico
Bacilli (o bastoncelli) ovvero hanno una forma
allungata e regolare.
A sx  microscop. Ottica A dx  elettronica

Bacillus, Clostridium, Lactobacillus, Escherichia
In questo caso i nomi non ci aiutano a
ricordare la forma
Questi sono invece irregolari. I vibrioni hanno un aspetto simile a una virgola.
Gli spirilli hanno forma a spirale, molto regolare.
Mentre ancora le spirochete hanno bacillo non diritto ma irregolare
VIBRIONI SPIRILLI
SPIROCHETE
J. Perry, J.T. Staley, S. Lory: Microbiologia. Ed Zanichelli.
• Pleomorfi: modificazioni morfologia cellule nel corso
dello sviluppo a seconda delle condizioni in cui si
trovano.
Es: Corynebacterium
In questo caso abbiamo

fotografato un
microscopico ottico in
presenza di nutrienti
diversi. A seconda dei
nutrienti passa da
morfologia ad un’altra.
Gallionella ferruginea è UN BATTERIO AMBIENTALE RESPONSABILE DI FUNZIONE OSSIDATIVE DEL FERRO. Esso ha attaccato a cellula
dei filamenti che sono caratterizzati da formazione di grnuli di ferro. È presente nei corsi d’acqua a volte rossastro.
CLOSTRIBIUM normalmente ha una forma bastonchellare tranne quando produce endospora (prodotta dall’apice cellulare andando
a modificare la morfologia creando rigonfiamneto temrinale.) È un batterio sporigeno
2 μm
Genere Clostridium
Archaea – Forme cellulari
hanno morfologie più
irregolari e anche meno
strudiate, sono meno
conosciute.
Rivestimenti cellulari
procariotici, hanno funzioni
importanti
•MEMBRANA
•PARETE
Negli eucarioti le funzioni spesso sono
svolte da strutture citoplasmatiche
invece nei procarioti nelle membrane
Membrana cellulare
• Membrana procarioti simile a eucarioti
(doppio strato fosfolipidico e proteine)
• MA… procarioti hanno composizione
lipidica differente e maggiore varietà di
proteine che assolvono a funzioni che
negli eucarioti sono assolte dagli organelli
citoplasmatici
• Generalmente nei procarioti sono assenti
gli steroli negli aucarioti presenti
FUNZIONI MEMBRANA (BARRIERA SELETTIVA)
Confine del contenuto cellulare
•Sede di processi di trasporto e secrezione
delle molecole, regola scambi con esterno
•Funzione importante nei processi di
divisione cellulare
•Sede dei processi respiratori (produzione
energia) e fotosintesi
•ANCORAGGIO proteine
•Sintesi componenti cellulari
Membrana cellulare
Spessore 6-8 nm, visibile al Microscopio
elettronico Modello mosaico fluido
Testa poalre
(INTERNO
ESTERNO)
Code apolari
nell’interstrato.
I fosfolipidi e le
proteine sono
messi a
mosaico in una
struttura fluida

• Membrana cellulare
–Regolazione degli scambi con l’ambiente
–Omeostasi (tipo autoregolazione)-
> condizioni cellulari indipendenti
dai cambiamenti delle condizioni
esterne (es: pH)
• NB: Non protezione da lisi osmotica!!!
–Lisi membrana  morte cellulare
I danni nella membrana cellulare a parete

risultano nella morte della cellula. Dove la
membrana non è funzionante morirà e
andrà in lisi
• Modificazioni (complicazioni rispetto al modello di base) particolari
della membrana plasmatica in alcuni gruppi batterici (fotosintetici e
nitrificanti) connesse a particolari attività metaboliche Es: Tilacoidi
CIANOBATTERI svolgono la fotosintesi ossigenica come le piante, qui ci sono modificazioni della
membrana dette tilacoidi perché derivano da modificazioni di membrane che vanno a svilupparsi
verso il citoplasma. I tilacoidi sono sistemi di membrana dove si depositano i pigmenti per la
fotosintesi.
SATURO
INSATURO
Fosfolipidi delle membrane batteriche sono in maggioranza saturi.

Il rapporto insaturi/saturi contribuisce a controllare la fluidità
(privi di doppi legami possono avere più saturazioni lungo il
medesimo acido grasso)
i doppi legami ne diminuiscono la viscosità
(aumento fluidità), così come l’isomeria ‘cis’ dei doppi legami.
Ogni tipo di doppio legame va nella direzione di una maggiore fluidità.
BURRO –>saturi
Olio insaturi. Alla stessa T hanno diverse fluidità.
I doppi legami quindi influiscono molto sui ripiegamenti
• Cambiamenti nel grado di saturazione possono avvenire in
risposta a stimoli ambientali (enzimi: Desaturasi)
• Es: Abbassamento della temperatura aumenta la viscosità e potrebbe portare alla
solidificazione della membrana. La sintesi di acidi grassi insaturi ne ripristina la
corretta fluidità
• Accorciamento/allungamento acidi grassi
• Acidi grassi ramificati
• Introduzione/eliminazione dei doppi legami
Gli enzimi dedicati alla produzione e eliinazione di due legami qui

si tende a contrastare eccessiva fluidità e viscosità degli enzimi.
Perché i procarioti regolano la fluidità? Perché fattori esterni

come la T variano la fluidità
BATTERI
Membrana cellulare
degli Archaea
Alcuni procarioti – batteri - (Tenericutes) possono contenere
opanoidi (regolano la fluidità della membrana): molecole
planari rigide, strutturalmente simili agli steroli, che svolgono
un ruolo importante nella stabilizzazione della membrana e
nell’adattamento a condizioni averse.
Nei batteri il glicerolo è legato all’acido grasso legato con legame

etere. Gli acidi grassi sono altri tipi di lipidi che sono i terpeni
diversi dagli acidi grassi. Sono sempre molecole idrofobiche.
Il tetrade di diglicerolo non c’è più una soluzione di continuità tra

uno strato e l’altro, non ci sono due fosfolipidi che si
interfacciano ma due teste polari e due uniche code apolari
nell’interstrato. C’è un unico tetrade con polo idrofobico della
molecola verso interno/esterno.
Proteine di membrana
Proteine integrali di membrana (transmembrana)

domini idrofobici nell’interstrato e idrofilici a contatto con
citoplasma e ambiente
Proteine ancorate alla membrana
Proteine periferiche
Nell’interstrato ci sono porzioni ad alfa

elica in cui le catene R degli aa sono
apolari, idrofobiche.
MEMBRANA – BARRIERA SELETTIVA
– scarsa
permeabilità
Governa ingresso e uscita di molecola. Le

moleocle idrofobiche entrano tranquillamente
sono molto piccole.
Molecole possono entrare solo grazie a canali
proteici, non passano liberamente ioni e molecole
grandi.
Copyright 2012 C.E.A. Casa Editrice Ambrosiana

Proteine di trasporto (sono specifiche, progettate
per legare substrati e farli entrare)
Specificità
Domini alfa-elica
Due possibilità per il passaggio di soluti:

1) Struttura proteine ricche in alfa elica consente trasporto
(interazioni con parte idrofobica di fosfolipidi
2) Cambi conformazionali (mentre passa substrato nella
membrana)
Trasporto TRANSMEMBRANA
Trasporto PASSIVO (Diffusione facilitata)

Le molecole attraversano liberamente la membrana (attraversando
proteine tansmembrana)
La cellula non fa lavoro, no energia
Secondo gradiente (es: pressione osmotica)
L’H2O passa attraverso la membrana per equilibrare la concentrazione
di soluti
Nessun consumo energetico
Trasporto ATTIVO
Soluti attraversano la membrana CONTRO
gradiente (attraversando proteine tansmembrana)
Consumo energetico da parte della cellula
Tipologie di trasporto
transmembrana:
Trasporto passivo (diffusione facilitata) acquaporine
canali ionici (es: canali per ingresso Na+ e K+ (fanno entrare solo queste))
– specificità
Trasporto attivo (contro gradiente)

(la cellula deve investire energia
attivo primario (idrolisi ATP)
attivo secondario (gradiente elettrochimico di membrana) di gruppo
(trasferimento gruppo fosfato)
Es: Trasporto attivo secondario (permeasi)
Parete cellulare (tutto ciò che è esterno a
membrana)
Maggior parte procarioti possiede parete cellulare
Gram+ e Gram -
Assente nei Tenericutes (o micoplasmi) che
posseggono opanoidi di membrana
Funzioni principali: protezione da danni meccanici e
contrasta pressione osmotica interna
Forma cellulare
Adeguata porosità per garantire scambi con
l’ambiente esterno ed elasticicità
Peptidoglicano (o mureina) – esclusivo di cellule
batteriche.
Archaea hanno pseudo-mureina (leggermente
diverso)
Pareti batteriche “vuote” osservate al
microscopio elettronico. Le cellule di bacillus ,
priva del contenuto, ma mantiene inalterata la
forma anche se vuota
Tipologie di parete. I gram positivi sono viola, quelli negativi sono rosati. Sono chiamati in modo diverso in
base a differenze che hanno nella parete e quindi si colorano in modo diverso.
Gram positivi Gram negativi
Influenza su efficacia e spettro antibiotici

Gram positivi
Peptidoglicano
Membrana plasmatica
Membrana esterna
Peptidoglicano
Spazio periplasmico
Membrana plasmatica
Gram negativi
Differenza nella struttura ma non nella composizione chimica. (peptidoglicano (2 componenti una
peptidica (proteine), l’altra glicinica (derivata da zuccherini).
Peptiloglicano
composto da legami
tra NAM (parte
glicanica, ovvero N-acetil glucosamina Acido N-acetil muramico
zuccherina) e NAG.
Si legano tra loro NAG NAM
con un legame
glicosidico B1,4. è
un legame obliquo,
molto forte, resiste
a tensione. Legati da
legami B1,4 come
nella cellulosa poco
degradadabile (non
a caso è nella
parete).
NAM legata questa
catena
amminoacidica, 2
tetrapeptidi, 2
catene. I legami
sono vicini a Microbiologia generale e agraria, seconda edizione Copyright 2012 C.E.A. Casa Editrice Ambrosiana
formare un reticolo.
Peptidoglicano (si ripete nello spazio formando
catene tenute insieme da questi legami B1,4.
Le cellule batteriche, mantenute in un mezzo di coltura isotonico,
sopravvivono senza parete
Protoplasti
(Privati di parete)
Le stesse cellule sono
mantenute in un mezzo
isotonico (dove non c’è
pressione osmotica)
quindi la pressione di
soluti esterna è ugaule
alla pressione cellulare

Legame PEPTIDICO
R R
H2N C COOH + H2N C COOH
H H
- H2O
R H R
 
H2N C C N C COOH
H O H
Legame peptidico:
è la ragione per cui è così rigida e resistente per
proteggere cellula da danni osmotici. Il legame
peptidico è formato da legame carbossilico e
amminico di 2 amminoacidi vicini che poi si legano
con altri aa, andando a formare catena
amminoacidica.
È molto forte rispetto ad altri legami sincoli. Gli
elettroni coinvolti con C e O saltellano su legame
peptidico tra C e N. sono stabilizzati per risonanza.
Gli elettroni stabilizzano questo legame.
È un legame libero attorno al quale gli elettroni
possono ruotare.
La sequenza del tetrapeptide non è importante tanto la sequenza, ma in alcuni punti chiave sono necessari
certi tipi di aa. Esempio la lisina, è coinvolta in tre legami sopra sotto e a destra. L’importante è che gli aa
messi in questa posizione possano formare più di due legami peptidici. I tetrapeptidi contribuiscono alla
rigidità del peptidoglicano. Il peptidoglicano è la componente fondamentale della parete batterica. Non c’è
negli eucarioti.
Peptidoglicano
Nell’incrocio con la lisina abbiamo un gruppo carbossilico e uno amminico.
Gli aa sono dotati della possibilità di formare diversi legami peptidici.
Certi aa si rovano agli incroci perché formano tanti legami peptidici

Peptidoglicano
Ci sono 5 glicine nei gram +.

Nei negativi invece 2 catene tetrapeptidiche sono tenute insieme da un legame diretto
2 catene tetrapeptidiche legate insieme da 5 glicine, quindi qui ci saranno tanti più legami peptidici,
Quindi peptidoglicani dei gram + sono più resistenti dei -.

Nei gram + peptidoglicano è
anche più stratificato. Parete
Gram – sono 4 strati di
peptidoglicani e una
cellulare
membrana esterna

GRAM positivi
(componenti che
si aggiungono):
Acidi teicoici
(stabilizzano
ulteriormente la
parete dei
peptidoglicani)
Acidi Lipoteicoici
(hanno parte
lipidica che
GRAM positivi: Acici TEICOICI
Acidi teicoici Polimeri di ribitolo fosfato o

glicerolo fosfato legati a polimeri di
residui glicosilici e di D-alanina
la
composizione
può variare a
seconda dei
ceppi batterici
ma
sommariamen
te hanno
GRAM
positivi:
Acidi
teicoici
Acidi
Lipoteicoi
ci
All’interno delle specie possiamo avere ceppi batteriche. All’interno di queste differenze tra ceppi della
stessa specie hanno questa sequenza di zuccheri.
GRAM
negativi
Peptidoglicano non
c’è la penta glicina,
qui ma diretto.
La membrana
esterna non è
selettiva, h a
strutture che non ci
sono in quella
interna, tipo i
lipopolisaccaridi e
lipoproteine che
servono per
anocorare la
membrana esterna
a peptidoglicano.

GRAM negativi: LPS
Lipopolisaccaride
struttura formata da
parte lipidica e altra
polisaccaridica.

Le lipoproteine consentono il passaggio di soluti sempre selettivi di quelle della membrana interna.
Le lipoproteine sono attaccate al peptidoglicano per ancorare la membrana esterna.
Gram positivi Gram negativi
La colorazione delle cellule batteriche è necessaria per visualizzarne la morfologia

(cocchi, bastoncelli ecc) al microscopio ottico.
I batteri sono troppo piccoli alla fine della colorazione si colorano, altrimenti non potrebbero vederli.
Il mordente: Rende insolubile il cristalvioletto che quindi precipita per un normale principio di neutralità e
diventa insolubile. Safranina: deriva dal pigmento contenuto nello zafferano rende le cellule rosa da trasparenti.
L’alcol solubilizza la membrana esterna dei gram - . L’alcol grazie a eliminazione membrana esterna e
peptidoglicano sottile. L’alcol lava via il cristalvioletto che invece non riesce più ad uscire dai gram +, perché è
insolubile e le maglie del peptidoglicano sono sottili e stratificate
Parete cellulare degli
Archaea - Pseudomureina
BATTERI ARCHAEA
2 unità importanti della mureina che si ripetono

nello spazio tramite legami glicosilici che legano
insieme la parte glicosidica e peptidoglica.
Non c’è più il legame beta 1,4, qui è beta 1,3 e
sempre B ma coinvolge atomi di C diversi.
È sempre legata una coda di aa che può essere legata in modo diverso
CRESCITA MICROBICA
• Un MICRORGANISMO è considerato VITALE
solo se in grado di MOLTIPLICARSI, e solo se ha effetto
sull’ambiente…..
• gran parte dei microrganismi presenti in natura
non sono ancora stati coltivati, fatti crescere in c o nd i z i o ni
ar ti f i c i al i d i laboratorio, ciò non vuol dire che non sono
vitali nell’ecosistema che occupano
•Significato diverso di crescita per procarioti ed
eucarioti pluricellulari
•Procarioti : (organismi unicellulari) la
maggior parte di loro cresce tramite scissione
binaria, oppure gemmazione (moltiplicazione)
aumento in numero
•Eucarioti :moltiplicazione (gemmazione) e
riproduzione(sessuale), cioè crescita legata ad aumento di
dimensione
C’è una cellula, la nostra
Scissione binaria
cellula madre che ha un
cromosoma, come tutte
le cellule procariotiche.
Tale cromosoma si
duplica, vengono creati
due cromosomi identici.
Quando tale processo è
completato la cellula
inizia a dividersi
separando il citoplasma
e cominciando a
formare un setto. Al
termine di questo
passaggio avremo due
cellule figlie identiche
alla cellula madre e del
tutto indipendenti da
essa.
La GEMMAZIONE è la modalità meno comune nei batteri
1. La cellula madre emette
un’estroflessione
2. Formazione di una
piccola GEMMA
3. Accrescimento della
GEMMA, incrementando il
CELLULA MADRE contenuto del citoplasma
4. Distaccamento della
GEMMA per strozzatura,
così si rende indipendente
dalla cellula madre
CELLULA FIGLIA
5. La cellula madre mantiene
la propria identità, diventando
più vecchia, e l’altra cellula più
nuova. Anche qui c’è la
duplicazione del cromosoma
MICRORGANISMO VIVO e VITALE(due concetti separati)
quando è in grado di dare origine ad una progenie
MICRORGANISMO VIVO ma NON VITALE

Espleta le sue funzioni metaboliche, ma non si
moltiplica, quando trascrive il proprio DNA in
mRNA ma non è in grado di dare origine ad
una progenie
MICRORGANISMO MORTO
quando non trascrive il proprio DNA in mRNA, e
non si moltiplica nemmeno
MICRORGANISMO VIVO ma NON

COLTIVABILE
quando è in grado di dare origine ad una
progenie, di moltiplicarsi solo nell’ambiente
naturale in cui vive, in cui si è sviluppato, non
può essere coltivato in laboratorio
TEMPO DI
GENERAZIONE
Caratteristica che ci da molte
informazioni sull’efficienza energetica
di una cellula, è il tempo che intercorre
da quando la cellula madre inizia a
replicare il Dna, inizia il processo di
scissione binaria, fino alla creazione di
due cellule figlie. Più o meno lungo a
seconda delle caratteristiche che hanno
le cellule che consideriamo.
ANDAMENTO DI CRESCITA
ESPONENZIALE: a partire da una
cellula abbiamo due cellule figlie,
dopo il tempo di generazione queste
due diventeranno quattro quindi due
alla due.
successivamente otto, quindi due

alla terza (terza generazione). In
questo caso il tempo di generazione
è di 20 minuti
https://www.youtube.com/watch?v=KIpcCyuypzg
Tempo generazionale dipende da:
fattori ambientali (dalle condizioni in cui si moltiplica)
fattori genetici (cioè dalla specie a cui appartiene il micorganismo)
In condizioni ottimali durata tempo generazionale molto variabile tra le

diverse specie. Esempio escherichia coli è molto efficente
TEMPO di GENERAZIONE di una specie

Il tempo necessario alla popolazione per raddoppiare
numericamente durante la fase esponenziale della crescita;
determinato in condizioni ottimali di crescita.
Abbiamo messo in
grafico la crescita
esponenziale, se
esprimiamo in
notazione
logaritmica, la curva
esponenziale si
trasforma in una
retta. In ogni
intervallo c’è il
tempo di
generazione
CRESCITA della
POPOLAZIONE
Crescita esponenziale
Nt=2nN0
k= n/t
g= t/n
Nt: numero di cellule al tempo t
N0: numero di cellule di partenza Per calcolare numero di
n: numero di generazioni batteri presenti in un
certo tempo t ( che una
k: velocità di crescita cellula impiega per
produrre una nuova
g: tempo di generazione
generazione)
I parametri di crescita soprattutto su cellule molto piccole che
rispondono velocemente all’ambiente che le circonda (tempo
generazionale, velocità di crescita) sono influenzati dalla specie
microbica (dall’efficienza del metabolismo della specie) e dai
parametri ambientali (nutrienti, temperatura, pH, ossigeno
ecc…). La stessa cellula avrà dei tempi di generazione diversi nel
momento in cui si allontana dalle condizioni ottimali
L’andamento della crescita microbica viene misurato in

sistemi chiusi (colture batch)
In un sistema chiuso una popolazione microbica segue un
andamento caratteristico, graficamente, sempre lo stesso, definito
dalla “curva di crescita”
La curva di crescita è un’espressione grafica, in un grafico

semilogaritmico, dell’andamento della crescita microbica
Sistemi chiusi –Colture batch
È un qualsiasi ecosistema confinato, a scale
differenti.. Può essere più grande o più
piccolo. Chiuso quando viene data una
certa quantità di nutrienti, messe delle
cellule microbiche iniziali, e il sistema non
entra in comunicazione con l’esterno, non
vengono aggiunti nutrienti man mano che
vengono consumati
Sistemi “aperti” : Equilibrio/Crescita
Esempio piante e continua
gli organismi
vegetali rilasciano Es: Suolo
sostanza organica,
quindi quantità di
nutrienti viene
continuamente
riciclata e e messa
a disposizione dei
microrganismi.
Non c’è una cura di
crescita, ma
intervengono
sempre nuovi
parametri, ad
esempio
andamento
stagionale.
Sistemi chiusi (colture batch) Curva di crescita
Andamento
della crescita, e
sistema chiuso, Fase di crescita
c’è sempre esponenziale, dura
questa curva fino a quando
semilogaritmica. finiscono i nutrienti,
Ci sono 4 fasi di poi entrano in una
crescita, sempre fase stazionaria, si
quelle. Fase lag, bilanciano cellule
microrganismi si che si moltiplicano e
adattano quelle che non lo
all’ambiente e fanno . E quella
utilizzando i finale dove le cellule
nutrienti a loro vitali iniziano a
disposizione. morire
Qui le cellule
possono
modificarsi, ma
non si
moltiplicano.
• Fase di latenza:
– le cellule non si dividono ma sono attive,
intensa attività metabolica.
– Incremento volume
– Adattamento al substrato
– Durata variabile a seconda dello stato
fisiologico delle cellule al tempo 0 (se
erano soltanto vive o già vive vitali)
• Fase esponenziale:
– Massima capacità di accrescimento
– Stesso tempo di generazione per tutte le
cellule (si sincronizzano)
– Dura fino a accumulo metaboliti e diminuzione
del contenuto di nutrienti
• Fase stazionaria:
– In numero di cellule non varia più
– Parte delle cellule muoiono, parte non si
dividono, parte si dividono ma non più con la
stessa velocità
– Fase più o meno breve a seconda dei
microrganismi
• Fase di morte:
– Permanenza in condizioni ambientali avverse
(accumulo di metaboliti e carenza
nutrizionale)
– Le cellule perdono vitalità
– Fenomeni di lisi
– Diminuzione del numero di individui della
popolazione
La curva di crescita
varia a seconda delle
condizioni
ambientali. Se ha
una t ottimale a 20°,
se la intubiamo e la
facciamo crescere a
15°, le fasi saranno
molto diverse.
Perché il tempo di
generazione sarà più
lungo.
CONSERVAZIONE delle COLTURE
MICROBICHE, dopo averle isolate. PERCHE’?
MANTENIMENTO per studio e ricerca
CONSERVAZIONE per applicazione industriale o
biotecnologica
CONSERVAZIONE di ceppi microbici destinati (collezione microbica di
servizio o centro di risorse biologiche) Ci sono diverse banche dati che
collezionano i cappi in differenti condizioni
Requisiti:
Mantenimento in “coltura pura” senza contaminazioni e
inalterata rispetto a coltura che abbiamo isolato
Colture in grado di essere rivitalizzate riportate allo stato
vitale (non danneggiate)
CONSERVAZIONE delle COLTURE
MICROBICHE
TRASFERIMENTI PERIODICI su TERRENO di COLTURA FRESCO
LIOFILIZZAZIONE ULTRACONGELAMENTO (-80°C)

TRASFERIMENTI PERIODICI su TERRENO di COLTURA FRESCO
È la modalità più comune, più quotidiana quando in lab lavoriamo sulla medesima
coltura pura nello stesso periodo. Quindi la trasferiamo su un terreno fresco. Si una
sempre un ansa, e preleviamo un aliquota della coltura pura la trasferisco sempre in
prossimità del bunsen, tappo il mio tubo da
batterologia, ripassiamo le provette nel bunsen e
sterilizziamo l’ansa.
TRASFERIMENTI PERIODICI su TERRENO di COLTURA
FRESCO
TRASFERIMENTI PERIODICI su TERRENO di
COLTURA FRESCO
Anaerobi facoltativi – Microaerofili (temono l’eccessiva conc dell’O)
Possiamo decidere invece

che deporre le cellule
prelevate sulla superficie,
ma in profondità nella
provetta, cosi che non siano
in eccessivo contatto con
l’Ossigeno
TRASFERIMENTI PERIODICI su
TERRENO di COLTURA FRESCO
I becchi da clarino vengono preparati
nelle porvette da batterologia, hanno lo
sviluppo della nostra cultura pura sulla
superficie creata, andando a depositare il
terreno di coltura quando è ancora
liquido in pendenza
Conservazione a 4°C, nel caso di rasferimento

(T normale di un frigo). La devo trapiantare
con frequenza
Svantaggi: se la trapianto posso commettere Errori ed eventuali mutazioni in

funzione del n°di trasferimenti quindi coltura contaminata, sprecsto il lavoro fatto
in precedenza- dopo tanti trapianti subiscono mutazioni, variazioni del DNA che
possono venire in modo anche casuale non solo per traferimenti
Forte dipendenza da capacità operatore

LIOFILIZZAZIONE
Eliminazione dell’acqua per SUBLIMAZIONE da una
coltura microbica congelata (essicamento a freddo)
Serve per creare il vuoto a

bassa T in questi palloni,
dove viene depositata la
coltura. Fa avvenire il
fenomeno della
sublimazione
Svantaggi: Alcune specie non sopravvivono al processo, esempio i

lieviti vengono liofilizzati e si mantengono bene anche dopo. I lieviti
commerciati al supermercato sono lieviti liofilizzati
ULTRACONGELAMENTO (-80°C)
Le colture sono conservate in questi ultracongelatori, che prima di
essere congelate devono necessariamnete essere trattate con un
CRIOPRESERVANTE (glicerolo) addizionato al terreno di coltura ad una
concentrazione finale del 10%. Usiamo una coltura pura che abbiamo
disciolto in un terreno liquido.
La coltura liquida con il glicerolo viene posta
In ultracongelamento. Può essere fatto
anche in maniera più rapida utilizzando
l’azoto liquido. Le provette sono fatte di
materiali che hanno una buona
conservabilità anche a basse T. E’ il sistema
migliore di conservazione, perché le colture sono molto stabili dal punto di
vista genetico e si conservano per molti anni.
-196 °C (azoto liquido); -80 °C Buona
capacità di conservazione
Sistema migliore per conservare il patrimonio genetico cellulare
L’ultracongelamento non è utilizzato con le colture mano a mano che ci si
lavora. Ma si prende un’aliquota e viene trasferita e poi a lavoro
terminato è riposta nel congelatore
Mezzi di coltura e
Isolamento microbico
Coltura di microrganismi:
Realizzazione dello sviluppo (incremento numerico) in ambiente controllato,
di una determinata popolazione di cellule in un dato substrato nutritivo. Ci
sono scopi diversi per coltivare microrganismi.
L’allestimento di colture microbiche, a prescindere dall’ambito e dallo
scopo, si basa su procedure comuni:
Preparazione e sterilizzazione dei terreni di coltura e di tutto ciò che
viene a contatto von i micro
Incubazione, inoculare le cellule nel terreno di coltura
Osservazione e valutazione dello sviluppo
Conservazione della coltura
Possibili scopi dalla coltura di microrganismi
Coltivazione di microrganismi a scopi industriali, qualsiasi

azienda, nell’ambito di microrganismi deve avere collezioni che,
in maniera continuativa coltiva. Esempio un’industria che
produce lievito da cucina.
Studio (RICERCA) delle caratteristiche fisiologiche o metaboliche

di un determinato gruppo microbico
Isolamento, conta e identificazione di microrganismi
in un campione di origine naturale
Valutazione dell’attività biologica di preparazioni farmaceutiche

(es Antibiotici) LEGATI ALL’AMBITO MEDICO
Isolamento di un microrganismo: Il fine è
quello di ottenere una coltura pura.
Separazione di un dato individuo dagli altri,
facendolo crescere in lab con cui convive
nelle popolazioni miste negli ecosistemi.
Esempio:il suolo. Lo sviluppo di una sola
cellula isolata dà origine a una coltura pura.
Coltura pura:
Coltura costituita da cellule identiche
derivanti da un’unica cellula madre.
Terreno/mezzo di coltura
Il terreno o substrato di coltura deve fornire,
contenere l’insieme di composti che sono necessari
per la sintesi dei componenti cellulari, esempio
parete, ribosomi (anabolismo) e per la produzione
di energia (catabolismo).
Inoculo
Operazione manuale, eseguita da un operatore (da
effettuarsi in condizioni sterili/asettiche) di
trasferimento di un’aliquota di cellule da una
coltura a un’altra. Quindi depositare cellule ad
esempio in un terreno di coltura
Sterilizzazione
Trattamento che permette la completa
eliminazione di tutti i microrganismi (cellule e
spore) presenti in un determinato ambiente (es
Utensili di laboratorio, mezzi di coltura). Non
deve esserci contaminazione da altri organismi.
…la sterilità viene ottenuta

mediante: Radiazioni, Temperatura
Disinfettanti, antibiotici ecc…
Lavorare in condizioni di sterilità
Implica diverse pratiche che l’operatore mette in atto al fine di
preservare le colture affinchè esse non siano contaminate da
microrganismi “estranei” presenti nell’ambiente di lavoro. Qui
nell’immagine c’è un beccobunsen, la fiamma prodotta da esso,
crea un’area di sterilità prodotte dal calore. Ci sono anche delle
cappe microbiologiche, il cui ambiente interno è sterile,
mediante dei flussi di aria forzata. Così i campioni non vengono
contaminata, perché l’aria è continuamente aspirata.
Bionique.com
Incubazione
Dopo aver fatto l’inoculo c’è l’incubazione, cioè
mantenute in una condizione ideale per il loro sviluppo.
Periodo di tempo che segue le operazioni di inoculo e
coincide col tempo necessario per la crescita dei
microrganismi.
In laboratorio avviene in condizioni controllate di

temperatura, pH, aerobiosi/anaerobiosi (presenza o
assenza di O), nutrienti.
Le condizioni di incubazione dipendono dalla tipologia

di microrganismi che si vogliono coltivare.
Differenze nelle condizioni nutritive e di
incubazione (es. Temperatura) influiscono sulla
velocità di crescita microbica. Velocità di
crescita maggiore quando uso le condizioni
ottimali per l’organismo-
Un medesimo microrganismo coltivato in

condizioni differenti presenta differenti curve di
crescita (es: fase di latenza, tempo di
generazione ecc…)
Qui c’è la misura
della crescita
misurata con la
densità ottica. C’è
lo stesso
microrganismo in
condizioni ottimali.
Esempio la
condizione 3, è
molto negativa,
perché possiamo
notare che
l’organismo cresce
con una crescita
minima o
addirittura non Bae et al., 2001. Journal of molecular biology
cresce.
Colonia
Popolazione microbica, aggregato di cellule, che si origina da una sola
cellula su un terreno di coltura solido, perché nel liquido non
rimangono tutte unite tra loro. Alcune delle tecniche microbiologiche
più comuni (conte vitali, isolamento) si basano sulla produzione di
colonie. Qui nelle immagini ci sono colonie su piante petris, che
servono per far crescere i microrganismi in laboratorio. Sono cellule
identiche sviluppate per scissione binaria da una cellula madre.
Patina microbica
Insieme di colonie che, a causa
della loro prossimità, troppe
attaccate le une alle altre, non
c’è soluzione di continuità tra
una colonia e l’altra,
determinano la produzione di
uno strato più o meno
uniforme di biomassa sulla
superficie di un terreno di
coltura solido. È un aspetto
negativo, perché non possiamo
contarle e ne isolarle. È poco
servibile. Le singole cellule si
sono moltiplicate creando
colonie sovrapposte.
Il colore, la forma, i bordi, l’aspetto generale delle colonie sono
diverse per microorgansmi diversi e usate a scopi di
classificazione. Possiamo indurre noi dei colori diversi andando
a modificare il terreno di coltura.
Il caratteristico aspetto delle colonie fungine (in genere più
grande, e hanno colore non uniforme e aspetto più vellutato,
mentre le colonie batteriche sono l’opposto) è influenzato
dalla crescita miceliare e dalla produzione di spore.
La tassonomia
specialmente in passato
badava agli aspetti
fenotipici degli
organismi, guardava alla
colorazione delle colonie
per differenziarli
Le colture di microrganismi:
Terreni di coltura
Terreni colturali
Substrati che contengono gli elementi necessari
per la crescita microbica
Terreni naturali
Solidi (es pane)
Liquidi (es mosto)
quelli non costruiti
in laboratorio
Terreni sintetici: preparati in laboratorio( e
quasi sempre usati questi) a partire da
componenti puri o in miscela.
Solitamente composti idrosolubili (sciolti in
acqua) perché sono standardizzati cioè
sappiamo cosa contengono.
I terreni naturali raramente sono utilizzabili in
laboratorio non standardizzati
Composizione della cellula
ELEMENTO % del PESO SECCO
MACROMOLECOLE
ELEMENTI delle
Carbonio 50
CELLULARI Ossigeno 20
Azoto 14
Idrogeno 8
Fosforo 3
Zolfo 1
Sodio 1
Potassio 1
Calcio 0.5
Magnesio 0.5
Ferro 0.5
MICRONUTRIENTI, Cu, Zn, Mo, Bo, Se, 0.2
concentrazioni Cl, Ni, Cr, Co, Wo
molto basse ma Un microrganismo è costituito dall’80-90%di H2O
comunque utili a
cellula.
Per i fototrofi(microrganismi come le piente, ottengono E
grazie a luce) non è necessario aggiungere fonte di energia al
terreno ma bisogna incubare le colture in presenza di luce
Fotoeterotrofi Terreno di coltura contenente C organico, ne

hanno bisogno, come noi, nella nostra dieta
Fotoautotrofi Terreno di coltura privo di carbonio oppure

CO2 insufflata nel mezzo.
Per i chemiotrofi(organismi che utilizzano l’E chimica) è
necessario aggiungere fonte di energia al terreno.
Chemioeterotrofi Terreno di coltura contenente C organico
Chemioautotrofi Terreno di coltura privo di carbonio

oppure CO2 insufflata nel mezzo
FONTI di CARBONIO da aggiungere ad un terreno di
coltura
MONOSACCARIDI (zuccheri esempio glucosio,
normalmente sono aggiunti gli ESOSI, raramente PENTOSI)
POLIMERI (costituiti da zuccheri AMIDO, CELLULOSA,
LIGNINA, raramente usata come fonte di C in laboratorio,
più frequentemente è utilizzata nell’ambiente )
CO2 (se si parla di autotrofi)
In alcuni casi possiamo usare l’azoto molecolare, se
l’organismo è in grado di utilizzare
FONTI di AZOTO(molto presente nelle cellule)
SALI AMMONIACALI
NITRATI
UREA
PROTEINE e PEPTONI(lisati porteici, quindi non
proteine intere ma pezzi di proteine) N2
FONTE di ZOLFO
MgSO4 (zolfo sotto forma di sale)
a.a. CISTEINA
ESTRATTO di LIEVITO (contiene
sufficiente quantità di lievito)
FONTE di FOSFORO
FOSFATI (sali)
CATIONI VITAMINE
AMINOACIDI
Possiamo comporre il nostro
terreno di coltura a seconda
delle necessità
TERRENI SINTETICI: SEMPLICI o COMPLESSI
1) SEMPLICI (chiamati anche Chimicamente definiti): formulazione prevede uso di concentrazioni note di
ingredienti
BASE MINERALE
FONTE C (può essere ad esempio uno zucchero)
FONTE N (sale ammoniacale, un nitrato, Tranne Azotofissatori)
FONTE ENERGIA ( se non sono fototrofi
La fonte di C e di energia possono coincidere
Terreni semplici, con composizione molto precisa
Partiamo da una base minerale, se tale terreno è usato per coltivare

cianobatteri non c’è bisogno di aggiungere nulla perche questi sono fototrofi
(non serve altra fonte di E) e autotrofi (non bisogna aggiungere C) e anche
azotofissatori (non serve aggiungere N)
L’eschericchia coli è in grado di sintetizzarsi tutti gli amminoacidi, quindi
aggiungiamo solo una fonte di E e C e azoto sotto forma di solfato.
Uso i terreni semplici quando compongo il terreno di coltura per le specifiche
esigenze del microrganismo.
2) TERRENI COMPLESSI
Terreni di cui non si conosce la composizione chimica

dettagliata.
Soddisfano le richieste nutrizionali di microrganismi

chemo-eterotrofi anche molto diversi tra loro
Ingredienti tipo: al posto di contenere esempio C o azoto

Peptone (idrolizzati proteici) Estratto di carne,
estratto di lievito
Si può aggiungere fonte di C o energia (carboidrati)
Permettono la coltivazione di specie con esigenze

nutrizionali non note
In laboratorio ci sono preparati commerciali

disidratati, esempio il peptone
TERRENI di COLTURA
LIQUIDI
Le cellule quando crescono non formano colonie, ma il terreno diventa torbido

SOLIDI Agenti solidificanti
AGAR: serve per solidificare un terreno di coltura, estratto da
alghe rosse, miscela di polisaccaridi solubilizza in H2O oltre gli
85°C e gelifica tra 32 – 39°C Messo in piastre PETRI prima di
solidificazione, usato quando è ancora liquido.
Agar è inerte per le cellule, non cambia alle cellule.NON è

UTILIZZATO come fonte nutritiva dai microrganismi (tranne
genere Cytophaga, che utilizza invece altri agenti
solidificanti)
Ogni colonia è formata

da cellule che arrivano
dalla medesima cellula
madre
Schema di processo: PREPARAZIONE DI UN TERRENO SOLIDO. preparazione di piastre di agar
per supportare la crescita batterica. Lascia una piastra di coltura gelatinosa sul quale i
microgranismi possono svilupparsi.
L’agar può anche essere sviluppato e aliquotato in tubi da batteriologia,
fatto quando vuoi conservare colture microbiche. L’agar è fatto solidificare
nei tubi con uno spessore in corrispondenza del tappo. Il tubo è inclinato,
facendolo solidificare per formare questo angolo per massimizzare e
ottimizzare la superficie di contatto dell’agar con le cellule. Formazione
chiamata becco del clarino(inteso come strumento musicale)
TERRENI di COLTURA
I terreni di coltura servono anche per la selezione,
l’identificazione e la caratterizzazione in laboratorio dei
microrganismi di interesse. Possono articolarsi in:
SELETTIVI, DIFFERENZIALI, SELETTIVI-DIFFERENZIALI

SELETTIVI: consentono la crescita di alcuni microrganismi, non
di tutti e inibiscono la crescita di altri (sia liquidi che solidi).
Es: LB broth– LB + ampicillina (antibiotico) solo gli organismi

resistenti all’ampicillina si svilupperanno in questo territorio
Agar-Lisina (a.a.Lisina unica fonte di N)
crescono su tale terreno solo gli organismi che
sono capaci di degradare la lisina e di procurarsi
l’azoto
Terreno selettivo per Azotofissatori se non
aggiungiamo N al terreno di coltura, solo gli
organismi capaci di usare l’azoto atmosferico si
andranno a creare
DIFFERENZIALI: consentono la distinzione di specie
microbiche diverse in base all’aspetto che le colonie
assumono o alle trasformazioni che inducono nel
terreno di coltura (sia liquidi che solidi).
Es: Agar LATTOSIO

Questo colorante
solitamente è un indicatore
di PH. La presenza di questi
2 ingredienti fa si che solo
gli organismi che in questo
caso sono in grado di
fermentare il lattosio allora
le colonie diventano gialle,
il terreno prima dell’inoculo
è blu
DIFFERENZIALI-SELETTIVI: Caratteristiche sia dei
differenziali (avere colonie che si colorano in maniera
diversa) che dei selettivi (sia liquidi che solidi).
Es: Agar MacConkey’s Agar

ISOLAMENTO MICROBICO
Isolamento di un’unica cellula e delle sue cellule figlie da una
comunità complessa. Perché in un qualsiasi ecosistema abbiano la
presenza di comunità miste, che sia il suolo, il formaggio, l’acqua di
un fiume, ci sono tanti microrganismi diversi per funzione,
morfologia, metabolismo.
I MICRORGANISMI sono generalmente presenti in natura come
componenti di COMUNITA’ MICROBICHE COMPLESSE
Lo studio dei microrganismi richiede il loro

ISOLAMENTO in COLTURE PURE
Isolamento si ottiene mediante diverse strategie
(esempio mezzo selettivo, un terreno di coltura rispetto
ad un altro)
Modulazione composizione mezzi di coltura e
condizioni di crescita per creare condizioni più o
meno selettive
COLTURA PURA: popolazione le cui cellule
derivano da un’unica cellula madre.
Diverse strategie per l’isolamento
ISOLAMENTO DIRETTO (direttamente
senza preparazione precedente)
ISOLAMENTO PER ARRICCHIMENTO
(fase iniziale che deve essere aggiunta)
1)Isolamento diretto
-Microrganismi numericamente rilevanti nella
popolazione, molto presenti. Ovviamente il
campione deve essere inoculato su una piastra petri
-Microrganismi diversi ma con caratteristiche
comuni
Campione dal quale si isola (Tal Quale o dopo

diluizione) viene inoculato su piastra petri con
mezzo di coltura
Isolamento per spatolamento
Io prelevo da una sospensione microbica con una
beuta una certa aliquota. La goccia di
sospensione viene spatolata su tutta la superficie
della piastra affinchè si formino colonie. Per
evitare che si formi la patina questa fase di
spatolamento deve essere fatto in modo molto
accurato. Occupando tutto lo spazio possibile
Al posto di
Fatta quando
inocularla nel
isolo o coltivo
METODO per INCLUSIONE terreno di coltura,
dei
la motto in una
microrganismi
piastra e poi ci
se ad esempio
aggiungo il
non si
terreno, l’agar poi
sviluppano
lo verso quando si
bene se non
sta per solidificare.
apprezzano la
Le cellule sono poi
concentrazion
all’intreno dello
e di O. hanno
strato di agar
bisogno di una
conc minore.
Microaerofili o anaerobi facoltativi

Sono usate quasi sempre
spatole monouso.
Lo sviluppo di colonie
superficiali è diverso da
quelle incluse nell’agar
Dopo aver ottenuto colonie sviluppate
sull’agar, dobbiamo prelevare solo una
colonia per volta, bene attenzione, uso
l’ansa (sterile monouso) e compongo lo
striscio. Dove striscio l’ansa con cui ho
prelevato colonia, sulla piastra petri in
Striscio
modo da avere le milioni di cellule delle
colonie, che si sviluppano sull’agar e poi
si moltiplicano. Prima porzione le cellule
sono tutte appiccicate tra loro, mano a
mano diminuiscono sull’ansa, e poi sullo
striscio saranno bene bene separate.
Tutte le colonie sullo striscio saranno
colonie che in origine derivano tutte
dalla stessa cellula che si è sviluppata
inizialmente su questa piastra
producendo solo una colonia. Da una
piastra di questo tipo, tante colonie
diverse, da ogni colonia posso produrre
colonie diverse.
Ci sono colonie separate,
identiche alle colonie di
prima. Essendoci troppe
cellule in una colonia le
prime parti dello striscio
fa si che le cellule siano
troppo concentrate e
quindi sviluppandosi
danno origine ad una
patina. Nella fase
terminale dello striscio,
dove sulla nostra ansa le
cellule erano più diluite,
abbiamo delle colonie
belle separate.
ISOLAMENTO per ARRICCHIMENTO
• Fare dei passaggi intermedi in un liquido selettivo.
L’isolamento è fatto quando abbiamo una
popolazione di partenza che contiene solo in
minima parte gli organismi che mi interessano.
Microrganismi in numero ridotto nella
popolazione di partenza
• Arricchimento di microrganismi con caratteristiche
comuni o di una sola specie
• Terreno colturale liquido (prima dell’isolamento)con
caratteristiche opportune per dare vantaggio ai
microrganismi che si vogliono “arricchire”
Un solo stadio o più stadi
Per ottenere colture pure ultimo stadio su

piastra ma….. non è detto che lo scopo
dell’arricchimento sia isolare una coltura pura
Lo scopo dell’arricchimento può essere anche

quello ottenere un gruppo di microrganismi
(popolazione) con una data funzione, capaci
quindi di svolgere una certa attività. Esempio
consorzio di microrganismi capaci di degradare
un certo inquinante.
Non prelevo
direttamente dalla mia
sospensione del suolo,
ma faccio passaggi
dove ho un terreno
liquido contente
ingredienti che
selezionano il
microrganismo che
vogliamo ingrandire.
Se 0.1 e se avessi fatto isolamento
diretto avrei dovuto strisciare come
Senza arricchimento: minimo 1000 colonie per avere
probabilità di strisciare su
Microrganismo 0,1% della popolazione analisi di
quell’organismo. Con l’arricchimento
almeno 1000 isolati ingrandisco la percentuale di tale
popolazione.
Esempi Arricchimento
Isolamento azotofissatori non

simbionti da campioni di suolo
(esempio se devo produrre un
biofertilizante commerciale)
Isolamento lieviti vinari dalla

superficie degli acini d’uva
Isolamento di microrganismi capaci di

degradare una data sostanza
ESEMPIO DI ESPERIMENTO
Il terreno liquido contiene un pesticida, che hanno la necessità di degradare con
procedura di biorisanamento. Questo pesticida è l’unica fonte nutritiva all’interno
di questo terreno liquido di arricchimento. Solo i microrganismi capaci di
degradare tale molecola, usandola come nutriente si andranno a moltiplicare nelle
fasi successive del nostro arricchimento.
Il Laboratorio di microbiologia
Caratteristiche specifiche
Laboratori di diverse classi a seconda dei microrganismi
STERILITA’
NON esiste un unico laboratorio, sono diversi con
caratteristiche speficiche a seconda delle classi di
microrganismi studiati dentro. Sicuramente i laboratori
che trattano microrganismi dannosi per l’uomo avranno
gradi di sicurezza diversi. Per maneggiare un certo tipo
di micro devo avere a disposizione un lab in cui quei
microrganismi possono essere trattati
Il laboratorio di microbiologia
Armadi contenenti reagenti chimici, terreni di coltura disidratati e

vetreria. Con serrature di sicurezza e fatti da materiali specifici
Frigoriferi e congelatori per la conservazione di materiali deteriorabili e

colture microbiche
Termostati per l’incubazione delle colture (sistemi impostati a una

determinata temperatura per far crescere micro che hanno quella t ottimale)
Cappa/e microbiologiche di sicurezza a flusso laminare flusso d’aria

che protegge da interazione sia micro che umani
Area dotata di superfici di lavoro (banconi) fornite di prese elettriche e di

alimentazione a gas.
Zona di sterilizzazione del materiale di laboratorio e terreni di coltura
Zona di lavaggio vetreria

Principali strumenti e attrezzature
Becco bunsen
Dispositivo utilizzato per
Sterilizzazione degli utensili
Sterilizzazione dell’aria nella zona di lavoro
Fissaggio dei preparati batterici sui vetrini
(colorazione di Gram che poi verrà
colorato)
È una sorta di
fornellino a gas
metano che ci
consente di
regolare la
fiamma, posso
ottenerne diverse
e con colore
diverso a seconda
della regolazione.
Fiamma riducente: fiamma con poco ossigeno (GIALLO)

Fiamma ossidante: fiamma con molto ossigeno (BLU)
L’area più calda è quella che sta alla fine della fiamma blu
più intensa. La fiamma di lavoro è di solito quella ossidante.
Quella gialla viene accesa solo per dire ai miei collaboratori
che è acceso quindi di fare attenzione
Stufa a secco (50-300°C)
Dispositivo utilizzato per
Sterilizzazione degli utensili
Determinazione del peso secco del campione
(determinazione dell’umidità)
Se voglio determinare quanti micro sono
presenti in un g di suolo. Il dato lo devo
riportare alla mia matrice secca e così uso la
stufa determinando la percentuale di umidità
Autoclave (come fosse una pentola a pressione)
Attrezzatura costituita da un contenitore in acciaio chiuso
ermeticamente che permette il raggiungimento di elevate
temperature (100-138°C) tramite l’impiego di vapore d’acqua
sotto pressione e anche una pressione elevata, in modo che
siano materiali efficaci.
Utilizzata per sterilizzazione materiali e mezzi di coltura.
Prima di andare alla fase di inoculo dei campioni devo
sterilizzarli con autoclave.
Cappe di sicurezza
Dispositivi che servono per: Protezione operatore

Evitare contaminazione del campione
Diverse classi a seconda del livello di sicurezza per l’operatore, del tipo di
micro che studiamo. Possono esserci più semplici e più complesse
(trattare micro più patogeni). La prima è più tradizionale, meno
complessa.
Incubatori – termostati
Indispensabili per la coltivazione dei microrganismi
Specifiche condizioni di incubazione  incubatori differenti
In quelli più avanzati puoi usare lampade per fare crescere micro foto sintetizzanti così
come i termostati più avanzati fanno modulare l’umidità relativa dell’aria. Alcuni hanno la
possibilità di incubare i micro in agitazione continua, per inserire contenitori con terreni di
coltura minimi per evitare che si formino aggregati. Più è avanzato più puoi modulare
parametri diversi.
Parametri: Ventilazione, Aerobiosi/Anaerobiosi, Temperatura,Luce, agitazione
meccanica/oscillazione
Lavoro in condizioni di sterilità
I lavoratori devo saper ad esempio devono saper utilizzare il becco bunsen, o inceneritori a
infrarossi, meno frequenti nei laboratori comuni.
Lavoro in condizioni di sterilità
Sterilità
• Concetto di sterilità
• Laboratorio
– Lavoro “in sterilità”
– Sterilizzazione materiali
• Protezione campione da contaminazioni esterne ( altrimenti vai a
inficiare la veridicità della nostra analisi) e protezione operatore (mano
a mano che ci rivolgiamo a micro patogeni) anche se in ogni caso si fa
sicurezza, con determinate procedure, anche nei confronti di micro
innocui.
Ad esempio i bisturi vengono sterilizzati, ancora impacchettati. Sterile
implica che nessun organismo sia presente in quel sistema, non solo
quelli patogeni. Esempio, la nostra piatra petri non deve essere
contaminata dalla aria che la circonda quindi ci mettiamo in un
bunsen.
ASEPSI: esempio passiamo alla fiamma l’imboccatura di una beuta, ovvero uccidere
tutti i micro presenti all’imboccatura, quindi chiudere la beuta senza che organismi
esterni entrino nel contenitore. PASTORIZZARE, non significa sterilizzare ma solo
eliminare i patogeni. ANTISEPTI: non elimini però tutti i micro presenti in un sistema.
NON CONFONDERE IL TERMINE DISINFEZIONE DA DISINFESTAZIONE
Il flusso dell’aria serve per proteggere, un’aria forzata per essere verticale
all’operatore fa si che non ci sia emissione con direzione orizzontale dell’aria
verso operatore, ma l’aria con questo percorso verticale fa si che l’operatore e
il campione vengano separati dal flusso d’aria (aria passa attraverso questi
fori).
CAPPE MICROBIOLOGICHE
E così sono protetti, qui c’è un vetro, sportello protettivo e le eventuali
cellule micro non possono contaminarlo e queste non possono essere
contaminate dall’operatore stesso grazie all’aria forzata. Spesso di utilizzano
guanti per evitare di contaminare i micro con contaminazione delle mani. E
quando si utilizzano guanti passi ancora con l’alcol per evitare di contaminare
l’esperimento
Influenza dei parametri
ambientali sulle cellule
microbiche
(tutte le componeneti
esterne che ne
influenzano lo sviluppo)
• Lo sviluppo e la crescita delle popolazioni microbiche,
è influenzato da parametri ambientali
• Ogni specie microbica ha condizioni ambientali
ottimali di crescita nei quali si moltiplica alla
maggiore velocità possibile, dove ha minore tempo
di generazione, tutto il suo metabolismo è ottimale
(diversità fisiologica, alcuni preferisconoin certo Ph,
altri un altro).
• Quando le condizioni ambientali non sono ottimali le
cellule si moltiplicano più lentamente fino all’arresto
della crescita.
• Se le condizioni ambientali sono troppo distanti da
quelle ottimali, la crescita di arresta, la specie in
questione non si sviluppa fino ad arrivare alla morte
della cellula. Anche riportando le condizioni a quelle
ottimali la cellula non torna ad essere vitale.
Tutti i componenti
fisico chimici che ne
definiscono le
Parametri ambientali che
condizioni ottimali.
La luce e altri
definiscono l’habitat
influiscono
sull’habitat solo di
alcuni, esempio solo i pH
micro fotosintetici.
Gli altri non saranno Luce
influenzati
Nutrienti
Habitat Temperatura
Acqua
Ossigeno
Temperature cardinali
TEMPERATURA MINIMA: al di sotto di questa la crescita si arresta

TEMPERATURA OTTIMALE: si ha la massima velocità di crescita non è esattamente è
metà, perché mano che aumenta T le cellule crescono più velocemente. Quando T
aumenta porta ad una denaturazione delle proteine (che può essere irreversibile) ecco
perché c’è una rapida diminuzione di crescita.
TEMPERATURA MASSIMA: al di sopra di questa la crescita si arresta
T min e T max non hanno uauale significato. Perché quando sono a T molto bassa i micro
smettono di crescere. La T minima, possono essere Batteriostatiche.
TEMPERATURA
MESOFILI (maggior parte di micro)
T° ottimale 20 - 45 °C - AMPIAMENTE
DIFFUSI
PSICROFILI
T° ottimale 10 - 15 °C – ACQUE MARINE

PSICROTROFI
T° ottimale intorno ai 37 °C MA in grado di
crescere a T° vicine allo 0 °C - SUOLO e
ACQUE in climi temperati / deterioramento dei
cibi conservati in frigorifero. Noi non possiamo
tenere in frigo un pezzo di carne per tanto
tempo perché si formano micro.
ALTE T VELOCIZZANO REAZIONI , PERCHE’ QUANDO LA T AUMENTA, AUMENTA
ANCHE L’E CINETICA E QUINDI LE MOLECOLE HANNO + PROBABILITA’ DI ENTRARE
IN CONTATTO.
TEMPERATURA
TERMOFILI
T° ottimale 45 - 70°C – SORGENTI
TERMALI, AREE VULCANICHE, COMPOST
IPERTERMOFILI (per la maggior parte archea)
T° ottimale 70 - 110°C – AREE
VULCANICHE SOTTOMARINE – SORGENTI
TERMALI
STENOTERMALI (Intervallo 30 °C è la distanza
tra t max e min) la maggior parte dei micro viene
chiamato cosi’
EURITERMALI intervallo maggiore di 30
c’è sempre andamento a campana. il tasso di crescita, la velocità aumenta man mano che andiamo
verso le t più alte. un ipertermofilo rispetto a un termofilo alla sua t ottimale si moltiplicherà più
velocemente.
Gli estremofili sono batteri e archea, tra gli eucariotici ci sono alcuni funghi lieviti
che possono svilupparsi a T estreme. Ma in generale animali e piante si
sviluppano in un intorno piu ridotto. Ci sono ecosistemi molto freddi e caldi dove
ci sono solo microrganismi. Per le t più basse abbiamo gli archea
TEMPERATURA
TEMPERATURA
Effetto della T ° sulla MEMBRANA CITOPLASMATICA,
Cambiamento nella COMPOSIZIONE degli ACIDI GRASSI
Improvvisi abbassamenti e innalzamenti della

T°
Sintesi di proteine da stress
HSP (heat-shock proteins)
CSP (cold-shock proteins)
regolazione della fluidità della membrana. Per
colonizzare ambienti freddi e caldi, i micro hanno
composizioni di acidi grassi di membrana che consentono
loro di avere il giusto grado di acidità a T molto basse e
alte. Esempio una cellula mesofila, portata a t basse, la
sua membrana tende ad essere viscosa, rigida, a T alte,
invece va in lisi, perché diventa troppo fluida. Quindi
membrane che riescono ad adattarsi ad un ambiente,
dipende da possibilità di modificare la saturazione degli
acidi grassi di membrana. La presenza di doppi legami
va nella direzione della maggiore fluidità. Quindi gli
organismi psicrofili avranno membrane con doppi
legami. Ipertermofili avranno membrane più ricche di
acidi grassi dove non ci sono doppi legami. In risposta a
improvvisi abbassamenti e innalzamenti i micro
producono proteine da stress
Microrganismi eucariotici
(meno estremofili di procarioti)
• Lieviti e muffe (intervallo di

crescita 0-47°C)
• Optimum 25-30°C (mesofili)
• Pochi lieviti termofili
– Cellule poco resistenti alle alte
temperature, morte a 65-70°C
– Spore (sessuali) fungine più
resistenti (fino a 75°C)
• Muffe: alcune specie possono
resistere al congelamento (-20°C),
ciò non significa che sono attive,
ma che possono sopravvivere
Specie differenti, il
primo nome indica il
genere, il secondo la
specie.
Sulle T ipertermofile
ci sono organismi che
sono archea
OSSIGENO
• I procarioti e gli eucariori fungini manifestano un’ampia gamma di
comportamenti rispetto all’ossigeno molecolare. Gli eucarioti hanno
sempre bisogno dell’O. i micro possono anche svilupparsi in ambienti
dove non c’è O.
• Possono essere raggruppati in:
– Aerobi obbligati: Necessitano di O2 per il loro sviluppo (per la
respirazione)
– Anaerobi obbligati: Non hanno bisogno di O2 (usano altre molecole per
la respirazione); tossicità da Ossigeno, da uno stress ossidativo che l’O
crea, producendo reactive oxygen. Quindi questi anaerobi obbligati non
hanno sistemi di protezione da O, che può risultare anche tossico. Usano
altre molecole per la respirazione
– Anaerobi facoltativi: Possono modulare La respirazione tra
aerobia ed anaerobia, se c’è O lo usano altrimenti usano altre
molecole.
– Anaerobi aerotolleranti: Insensibili a O2, non necessitano di O si
sviluppano tranquillamente in assenza, usano altre molecole. Non ne
subiscono tossicità.
– Microaerofili (2-10%) hanno bisogno, ma tollerano una quantità di O
inferiore alla concentrazione atmosferica. Nell’aria è il 21 %.
Stress ossidativo (Reactive Oxygen Species)
modello dove ci sono tubi da batteriologia con mezzo di altura dove cellule sono
libere di muoversi, e i micro si possono distribuire diversamente rispetto alla loro
reazione all’O.
1. Gli aerobi andranno in superficie rispetto al mezzo di coltura perché hanno
bisogno di avere diretto accesso all’ossigeno per il loro metabolismo, perché non
l’abbiamo ancora visto ma è evidente che la respirazione è fondamentale per per
la cellula.
2. abbiamo poi gli anaerobi obbligati cioè che non solo non hanno bisogno
dell’ossigeno , ma lo rifuggono perché per loro l’ossigeno diventa tossico e può
danneggiare le cellule.
3. Abbiamo invece come andrebbero distribuirsi gli anaerobi facoltativi che
possono utilizzare l’ossigeno oppure no a seconda che l’ossigeno sia più o meno
disponibile. vedremo che però questi microrganismi se ce l’O, lo preferiscono
rispetto alle altre molecole che possono utilizzare per una ragione energetica, il
loro metabolismo più rapido se utilizzano l’ossigeno è per questo che vedete una
maggiore concentrazione in prossimità dell’aereobiosi.
4. Qui abbiamo chiaramente i microaerofili che quindi non vanno troppo in
superficie perché l’ossigeno è troppo concentrato ma vanno in una zona in cui
ossigeno e meno concentrato quindi diciamo tra i 2 il 10 per 100
5. qui invece abbiamo gli anaerobi meno tolleranti che vanno distribuirsi in
maniera del tutto casuale perché non hanno bisogno dell’ossigeno ma l’ossigeno
per loro non è nemmeno tossico, quindi non sono influenzati dalla distribuzione
dell’ossigeno nella nostra prova di esempio
FORME TOSSICHE dell’O2
Durante il metabolismo aerobio, in qualsiasi cellula, si
producono molecole radicaliche, si formano delle SPECIE
REATTIVE dell’OSSIGENO - ROS (REACTIVE OXYGEN
SPECIES) causano stress ossidativo che va a danneggiare le
cellule
O2- ANIONE SUPEROSSIDO OH

RADICALE IDROSSILE H2O2
PEROSSIDO di IDROGENO
MECCANISMI di DIFESA dei MICRORGANISMI
AEROBI o AEREOTOLLERANTI cioè quelli che non subiscono questo
tipo di tossicità sono presenti degli enzimi che vanno a proteggere e quindi
a inibire l’azione di queste molecole tossiche per cui i microrganismi, tutti
gli organismi anche noi siamo stati che sono dotati di questi enzimi, vanno a
proteggersi dalle forme tossiche di ossigeno.
SUPEROSSIDO DISMUTASI
PEROSSIDASI
CATALASI
Per coltivare i microrganismi anaerobi viene utilizzato dei sistemi come questo che
vedete, che sono le camere anaerobiche in pratica sono delle camere che vengono
staturate perché sono collegate di solito, a delle bombole che contengono dei gas
vengono saturate con dei gas diversi dall'ossigeno e i microrganismi al loro interno
vengono maneggiati attraverso questi guanti, che vedete proprio per evitare la
tossicità indotta dall'ossigeno e tutto ciò che viene portato all’interno di questa
camera passa attraverso una precamera Che serve proprio per far si che l’ambiente
interno non sia direttamente
comunicante con quello esterno
e che quindi l’O non possa
passare. un esempio di anaerobi
che risentono molto della
presenza di ossigeno sono i
metanogeni che sono degli
archea coinvolti nella
produzione di metano e degli
geni devono essere proprio
coltivati e studiati all’interno di
camere di questo genere
altrimenti subiscono tossicità
dall’ossigeno e muoiono.
Sistemi un po’ più piccoli per far
moltiplicare gli aerobi sono le
cosiddette Giare, che hanno appunto
un tappo a tenuta dove all’interno
vengono messi microrganismi che
devono crescere . per far si che
questi microrganismi poi
effettivamente crescono bene,
vengono messo insieme una bustina
che contiene delle sostanze che
vanno intrappolare l’ossigeno
producendo anidride carbonica per
cui tutto lo spazio interno della giara
sarà primo di ossigeno libero e
quindi questi microrganismi in
pratica saranno liberi di potersi
moltiplicare
Ph(LOGARITMO NEGATIVO DELLA CONCENTRAZIONE DI
PROTONI): ovviamente stiamo parlando di fattori esterni quindi
nell'habitat dei microrganismi per cui stiamo parlando di un PH
extracellulare, esterno alle cellule. Così come ci sono le
temperature cardinali ci sono anche i pH cardinali. Ph ottimale
dove la crescita è Alla sua massima espressione, alla sua
massima velocità possibile. alcune specie possono avere non
solo un ph ottimale ma alcun. poi c’è un Ph minimo e un ph
massim, esattamente come nel caso della temperatura. negli
ecosistemi naturali ci sono diversi ambienti in cui troviamo
situazione estreme rispetto al Ph. esempio abbiamo le sorgenti
acide che hanno ph intorno 1 quindi un ph bassissimo molto
acido oppure i laghi di soda e le saline che hanno ph molto
basici
pH (extracellulare)
pH OTTIMALE (alcune specie

+ di 1)
pH CARDINALI pH MINIMO
pH MASSIMO
HABITAT
con valori inferiori a pH 1 (sorgenti acide)
con valori superiori a pH 11 (laghi di soda)
La maggior parte degli ambienti naturali hanno un pH

compreso tra 5 e 9 e in questo intervallo è inserito il pH
ottimale della maggior parte dei microrganismi però ci
sono abitat molto estremi
BATTERI NEUTROFILI hanno un pH ottimale prossimo alla
NEUTRALITA’ (pH 7-7.5)
ACIDOFILI pH 3-5
ULTRACIDOFILI pH 1-2
ALCALINOFILI pH 8.5-9
ULTRALCALINOFILI pH 11
Maggior parte microrganismi si sviluppa in un intervallo ottimale

di pH di 2-3 unità. Quelli termici in un intervallo di 30
Crescono in un intervallo di pH 2-9
La maggior parte preferisce un pH 4-6
I FUNGHI sono ACIDOTOLLERANTI,non amano ph acido, ma fossero li si
riproducono comunque. Nell’ambiente forestale dove trovano il loro substrati
preferiti, anche se sono acidi si sviluppano
OMEOSTASI meccanismo caratteristico mantenuta da
Membrana Plasmatica, modalità con cui si mantiene il ph
intracellulare a prescindere dai cambiamenti esterni o dal ph
extra
Qui vediamo la distribuzione della crescita dei microrganismi rispetto al Ph, che ha
un andamento a campana, un po’ diverse in realtà rispetto a quello della
temperatura. C’è meno assimetria e comunque abbiamo sempre la velocità di
crescita che aumenta fino al piano ottimale dopodiché decresce. Vediamo una
differenza tra gli acidofili e gli altri, perché ragioni di natura chimica fanno si che tra
un ph 1 e 2 la crescita sia leggermente rallentata, e lo vediamo da questa flessione
della velocità di crescita che aumenta di meno da 1 e 2 e poi inizia ad aumentare di
più.
pH 
Effetto su proteine
Effetto su disponibilità nutrienti

Effetto su DNA e RNA
Perché il PH influisce sulla crescita batterica, ma in generale sulle cellule. La T
influisce perché ad un certo punto le proteine si denaturano per fluidità della
membrana. Il ph c’è un effetto fondamentale sulle catene R e su tutti gruppi
chimici funzionali degli amminoacidi. A seconda del ph cambia lo stato dei gruppi
funzionali. Conseguenza equilibri acido base. Ph influisce anche sulla
stabilizzazione della struttura terziaria. Catene r Interagiscono a stabilizzare la
struttura terziaria grazie a legami deboli che sono esempio legame H. se cambia ph
questi legami non si formano più e le proteine si denaturano e non funzionano più
correttamente. Per il foro funzionamento è importante l’organizzazione spaziale
delle catene proteiche e quindi la loro stabilizzazione, che essendo dovuta a legami
deboli e influenzata dal ph. Effetto su disponibilità nutrienti, sono in uno stato di
inonizzazione differente, stato di dissociazione differente a seconda del ph. Es
ammoniaca può anche essere ione ammonio, in base al ph presente.per ragioni
anche di stabilità delle molecole, e possibilità di sintesi anche effetto su dna e rna
che sono importanti, quindi se ph intracellulare cambia queste molecole non
funzioneranno più allo stesso modo, ecco perché i micro usano omeostasi per non
alterare ph intracellulare affinchè la cellula non cambi, anche se esterno ha ph
diverso.
Acidofili
Fattore critico stabilità della membrana. Quando il pH è
neutro, le membrane delle cellule acidofile vanno in lisi.
Necessaria elevata concentrazione di protoni esterna alla
membrana.
Picrophilus: archaea, cresce in maniera ottimale a pH 0,7
(60°C);
va in lisi a pH 4. Si sviluppa in suoli termali estremamente acidi.
Basofili
Habitat molto alcalini (laghi salati, suoli ad elevato contenuto di
carbonati)
Alofili estremi soprattutto Archaea
ACIDOFILI devono contrastare ph esterno, che devono arginare gli
effetti di un ph esterno acido, sulla cellula. in realtà acidofili hanno
bisogno della del ph acido, perché per loro la membrana è stabile
solamente se ph è molto basso. quando ph si avvicina alla neutralità in
pratica i microrganismi acidofili hanno delle membrane che vanno in
Lisi, perché non sono più stabilizzate. la stabilità della membrana è
fondamentale perché se la membrana va in lisi la cellula muore, anche
se è presente la parete. Quindi per gli acidofili è fondamentale avere
una elevatissima concentrazione di protoni esternamente alla
membrana affinché Questa si mantenga stabile. addirittura c’è questo
microrganismo che ha una crescita ottimale di PH 0,7, quindi
immaginatevi di quanti protoni a bisogno. Va in lisi ad un ph ancora
acido, 4. Ci sono degli organismi basofili che invece colonizzano
habitat molto alcalini e che non sono soprattutto archae, che vanno a
colonizzare laghi salati le saline oppure suoli che hanno elevato
contenuto in carbonati che invece preferisco evidentemente lo stato,
cioè la loro cellula è adattava invece un ph differente.
OMEOSTASI
Processo: Le cellule mantengono un pH intracellulare
(pHi) relativamente costante rispetto a valori di pH
esterno molto ampi, in risposta a stimoli esterni
In genere il pHi è mantenuto intorno a valori vicino alla
NEUTRALITA’ essenziale per l’ attività ottimale di molti
enzimi. Perché se il ph cambia troppo e la cellula non è in
grado di mantenere omeostasi le proteine non funzionano
più. La cellula è proprio progettata per ph intracellulare sia
vicino a neutralità, nonostante ph esterno sia diverso
Acidofili e basofili pH intracellulare si discosta (poco)
dalla neutralità
Mantenimento omeostasi:
Sistemi di trasporto(sullamembrana)
Produzione sostanze tampone
RISPOSTA allo STRESS ACIDO
BATTERI
pH 5.5-6.0 produzione di proteine ATR (acid
tolerance response) specifiche
pH < 5.5 produzione di proteine da stress acido
ASP (acid shock proteins)
FUNGHI
Enzima di membrana H+ATPasi pompa
all’esterno della cellula gli ioni H+ utilizzando
energia
le cellule possono rispondere in maniera diversa agli stress
eventualmente che si trovano a contrastare. in un certo limite
anche un microrganismo neutrofilo, può dare anche una risposta
allo stress arcido, andando a produrre delle proteine di ATR, per
andare a contrastare l'eventuale effetto inibente del del ph acido.
Per ph più bassi, Il punto è esattamente lo stesso delle proteine
da stress caldo da stress freddo, sono delle proteine che
normalmente non vengono prodotte, ma in risposta a uno stress
in questo caso di natura acida vengono prodotte affinché possano
in qualche modo contrastare il cambiamento del ph intracellulare
e i danni eventualmente causate dal cambiamento del ph.
I funghi utilizzano enzima che si chiama a ATPasi fondamentale
che coinvolto nella sintesi dell’ATP, che normalmente funziona
facendo entrare ioni H+ e mentre entrano nella cellula gli ioni h+
questo enzima produce atp. i funghi spesso per contrastare uno
stress dovuto al PHE fanno funzionare questo enzima, al
contrario.
Colture di laboratorio
Chiaramente dobbiamo tenere conto del PH e delle variazioni, anche quando
siamo in laboratorio, perché dobbiamo utilizzare dei sistemi che consentono lo
sviluppo dei microrganismi che dobbiamo coltivare anche se questi durante ul loro
sviluppo possono variare il ph.
Esempio se sto coltivando un microrganismo in un mezzo liquido, il
microrganismo col suo effetto fa variare il PH e per arginare il cambiamento di ph
e quindi non inibire la crescita del microrganismo, possiamo usare diverse
strategie. ad esempio utilizzare soluzioni tampone che quindi vanno a contrastare
la differenza, che tendono a mantenere costante il PH.
Vengono chiaramente utilizzati dei tamponi diversi, a seconda dell’intervallo di ph
in cui devono funzionare e vengono utilizzate molto spesso per le colture in
laboratorio degli indicatori, che vuol dire delle molecole colorate, che in base al
cambiamento di ph, cambiano di colore.
in questo modo siamo in grado mentre una coltura sta crescendo, siamo in grado
di capire se il PH sta cambiando troppo e quindi dobbiamo agire arginando il
cambiamento per consentire alle cellule, in pratica di continuare a crescere
Utilizzo di indicatori di pH per visualizzare cambiamenti
DISPONIBILITÀ di H2O
Fondamentale per la sopravvivenza e la
crescita dei microrganismi. L’acqua è la magiore parte
del contenuto del citoplasma
-Componente fondamentale della cellula
-In essa disciolte sostanze nutrienti
DISPONIBILITÀ di H2O DIVERSO DA PRESENZA di H2O
Puoi avere acqua presente ma non disponibile. Esempio è requisita da elevate
concentrazioni di zuccheri e Sali. Esempio miele è un gel, ricco di acqua, che dura
per tanto tempo, non marcisce. L’acqua nelle matrici come il miele è presente ma
non disponibile perché requisita da zuccheri.
Es. ZUCCHERI e SALI sono IDROSOLUBILI e in
concentrazioni elevate possono “REQUISIRE” l’H2O
rendendola non disponibile per le cellule batteriche
DISPONIBILITÀ di H2O
La disponibilità dell’H2O è espressa come attività
dell’H2O
p : pressione di vapore
dell’acqua in una soluzione
Water activity aw= p/p0
p0: pressione di vapore
0 <aw < 1 dell’acqua pura
aw dell’acqua pura è 1
Aumentando la concentrazione dei SOLUTI aw diminuisce
progressivamente e quindi acqua sarà meno
disponibile.
La maggior parte dei microrganismi cresce a
0.995<aw<0.998 mentre la crescita della maggior parte di micro
si arresta a 0.900, quindi cresce a valori superiori.
Qui c’è la misura dell’attività dell'acqua di alcuni alimenti. Gli alimenti
sono molto utili per rendere chiaro questo concetto di attività
dell'acqua. attività dell'acqua molto alte ce l'hanno, combinazione
proprio, degli alimenti che noi sappiamo essere più deperibili di altri,
mentre attività dell'acqua molto basse, quello che nelle nostre dispense
ha una scadenza più lunga. questa scadenza poi è dovuta anche ad altri
fattori, evidentemente non soltanto alla contaminazione microbica, ma
anche ad un’ alterazione che gli alimenti hanno di per sé rispetto alla
loro caratteristiche organolettiche. Ad esempio la frutta fresca ha
un'acqua disponibile molto elevata, per cui la frutta fresca deperisce
molto più rapidamente. marcisce con grande facilità, i marciumi sono
una conseguenza dell'attività dei microrganismi, questo vale anche per
la carne o per il latte. Viceversa biscotti e le verdure disidratate,
crackers, pasta,miele e così via... hanno un attività dell'acqua molto
bassa, per cui da un punto di vista microbiologico, vengono alterati
molto difficilmente e ovviamente anche questi però possono essere
alterati microbiologicamente nel momento in cui viene alterata la
loro attività dell’acqua, perché ad esempio subiscono un aumento della
loro umidità, perchè attirano l’umidità, ad esempio ambientale nel
momento in cui non vengono conservati correttamente. però la loro
attività dell’acqua è molto bassa e quindi microrganismi non riesco a
degradarli. Ci sono poi microrganismi che hanno attività dell’acqua
differente, ottimale e alcuni microrganismi hanno necessità di una
elevatissima attività dell’acqua, poi abbiamo invece dei microrganismi
che possono svilupparsi anche attività dell'acqua più basse, e la
differenza deriva dal fatto che diversi microrganismi sempre per una
questione di adattamento, di pressione evolutiva che gli ha resi capaci di
utilizzare meglio con una migliore performance , l'acqua disponibile che
si possono sviluppare anche in un ecosistema in cui l'acqua è meno
disponibile. Come le muffe che si possono sviluppare anche un’attività
dell'acqua più bassa degli altri. perché i funghi pluricellulari riescono in
maniera molto efficace ad attirare a sé eventuale acqua disponibile
proprio perché vedremo che il micelio è fatto in un certo modo Per cui
appunto le muffe possono andare diciamo a catturare l’acqua anche
quando essa è poco disponibile.
Ci sono differenze tra
attività dell’acqua
ottimale in riferimento
a prodotti e matrici, che
corrispondono a quella
determinata attività
dell’acqua. Molti funghi
si sviluppano bene
anche ad attività
dell’acqua più basse
rispetto ai batteri
perché il micellio
fungino è stato
progettato dalla
pressione evolutiva per
andare ad utilizzare la
poca acqua a
disposizione e alterarla.
Al di sotto di un attività
di 0.6 non ci sia
proliferazione
microbica, matrici dove
acqua è trattenuta
molto bene.
EFFETTO PRESSIONE OSMOTICA SU CELLULE
Soluzione ipotonica Soluzione isotonica Soluzione ipertonica
Contenuto di soluti Contenuto soluti Contenuto soluti
MINORE rispetto al UGUALE al contenuto MAGGIORE del
contenuto cellulare cellulare contenuto cellulare
Es: acqua distillata Es: Soluzione ringer Es: Ambiente ipersalino
Osmolarità
aw
La forma gialla è la cellula, il procariote nell’ambiente.

Una cellula che è in un ambiente ipotonica, l’acqua migra verso comparto con maggiore contenuto
di soluti ovvero la cellula, l’effetto è che la cellula di rigonfia di acqua fino a quando scoppierà. in
una soluzione invece ipertonica l’effetto è il contrario, l’acqua cellulare cellulare per andare a
equilibrare il contenuto la concentrazione si soluti esterna alla cellula, sostanzialmente perde
acqua quindi va in questo caso a rimpicciolirsi, disidratarsi eventualmente a morire.
Microrganismo invece quando si trova in una soluzione isotonica quindi dove il contenuto esterno
alla cellula interna si equivalgono, esempio la soluzione di ringer, che abbiamo detto essere quella
soluzione isotonica che usiamo ad esempio per preparare le diluizioni seriali la cellula invece non
ha nessun tipo di sofferenza. quindi questo è un po’ quello che succede alle cellule in queste 3
situazioni e microrganismi ovviamente, durante il corso della loro esistenza possono trovarsi in
condizioni variabili che si avvicinano a una di queste 3 situazioni. quando abbiamo un contenuto di
soluti molto elevato Diciamo che l’ organismo si trova in un ambiente ad elevata Osmolarità.
l’osmolarità effettivamente come ci dice anche la chimica, è in pratica il contenuto di soluti di una
soluzione. quindi un ambiente ad elevata osmolarità vorrà dire che contiene elevati saluti che
possono essere zuccheri o Sali per cui porta ad un’elevata osmolarità osmolarità che via via
diminuisce fino a quando ci troviamo in una soluzione ipotonica. questo discorso Non è collegato
alla disponibilità di acqua, perché evidentemente la disponibilità di acqua, l'acqua disponibile per i
microrganismi aumenta mano a mano che diminuisce l'osmolarità dell’ambiente un po’ il discorso
inverso quello che dicevamo prima.
Concentrazione di soluti
1. Mantengono la concentrazione
intracellulare dei metaboliti a livelli tali da
MECCANISMI
garantire la funzionalità delle vie
di
cataboliche e biosintetiche, e restino
TRASPORTO
inalterate
2. Intervengono nella
OSMOREGOLAZIONE
OSMOFILI Crescita ottimale in soluzioni ad alta osmolarità,
contrastano la perdita di acqua e la d’isidratazione
OSMOTOLLERANTI Tollerano soluzioni ad alta
osmolarità, contrastano disidratazione, non hanno
crescita ottimale
OSMODURICI Stato di quiescenza in soluzioni ad alta
osmolarità
I microrganismi come si appartano? come si suddividono rispetto alla loro capacità di
contrastare gli effetti dovuti all’elevata osmolarità e sostanzialmente attivando quei
meccanismi importantissimi di trasporto che sono al livello della membrana cellulare.
Quindi le cellule hanno diverse capacità un po’ come abbiamo visto ultimi
microrganismi che si adattano in maniera diversa alla temperatura in maniera diversa
al al ph abbiamo dei microrganismi che si adattano in maniera differente ad ambienti
a diversa osmolarità.
Concentrazione di soluti(zuccheri e Sali)
Molti ambienti ad alta OSMOLARITA’ contengono alte
concentrazioni di sali, (ambienti ipersalini, anche alcuni alimenti) in
particolare di NaCl
La maggior parte dei microrganismi tollera 3-5% NaCl
I microrganismi la cui crescita è ottimale in presenza di alte

concentrazioni di NaCl(questo limite è vicino alla saturazione, quindi
questo non si scioglie più) - fino al 36% (saturazione) - sono detti
ALOFILI
Na+ indispensabile per il mantenimento della FUNZIONALITA’

CELLULARE, nel caso di queste cellule rieste ancora una funzione più
importante (attività catalitica degli enzimi, meccanismi di trasporto…)
NB: OSMOFILO(adattato a elevate conc di soluti) e ALOFILO(elevate
conc saline) hanno due significati diversi!!! Tutti gli alofili rientrano negli
osmofili, e non il contrario. Elevata osmolarità o Elevata salinità
comportano una Ridotta aw
Concentrazione di soluti
Batteri debolmente ALOFILI (tollerano 2-5%conc di NaCl)

Batteri moderatamente ALOFILI (5-20%)
Batteri estremamente ALOFILI (20-30% Sali)
ALOTOLLERANTI
Non richiedono elevate concentrazioni di NaCl per la crescita ma tollerano
fino al 10-15% di NaCl
Risposta allo stress osmotico(in particolare gli alofili)attivano due tipi di
risposte
strategia salt-in (Halobacteriaceae) è più rara portata avanti da archea,
al’inizio di pensava fossero batteri, sono i maggiori componenti degli
ambienti salini– accumulo KCl nella cellula in modo da elevare la conc di
soluti intracellulare e impedire all’acqua di uscire. L’ambiente è
ipersalino, la cellula potrebbe perdere acqua, ma non esce perchè il
micro aumenta all’interno del suo citoplasma la concentrazione di KCl
richiamandolo dall’esterno
strategia salt-out (soluti compatibili) la maggior parte di organismi
capacit di crescere ad elevata osmolarità e salinità – più comune
Soluti compatibili
Quando un microrganismo cresce in presenza di
elevata osmolarità o salinità (ridotta attività
dell’acqua) recupera acqua aumenta l’osmolarità
intra accumulando soluti che non sono qualsiasi ma
derivano dal suo metabolismo. Non accumula Sali,
ma zuccheri, aa, alcoli.. Acqua entra per Osmosi
Soluti assimilati dall’esterno o produzione nel

citoplasma SOLUTI COMPATIBILI con il
metabolismo zuccheri, aminoacidi, alcoli
Presenza di batteri alofili
nell’ambiente. quanto la
presenza di microrganismi
sia in alcuni ecosistemi
molto rilevante. la
colorazione di questo lago
deriva proprio della presenza di microrganismi e
in particolare dalla simbiosi di 2 organismi:
Halobacterium salinarum, archea, che attua il
solt in e a un alga. Eucariota, alofilo.
L’interazione tra questi 2 microrganismi che sono
dotati di pigmenti, porta una colorazione molto
intensa nei Periodi in particolare nei periodi
caldi,nel periodi estivi che fa si che questa acqua
si colori di un rosa molto vivo. Nei periodi in Pink lake, WesternAustralia
particolari estivi, ad elevate temperature perché quello che succede e che l’acqua
tende a evaporare e poi per questa ragione si concentra il sale e proprio in
presenza di elevata concentrazione salina questo organismi raggiungono la loro
ambiente ottimale e si moltiplicano in maniera evidente dando proprio questa
colorazione rosa
Halobacterium salinarum
Dunaliella salina
colorazione che potete riscontrare tranquillamente nelle saline proprio nelle

fasi in cui questa stelline subiscono elevate temperature e quindi
evaporazione e se noti gli ambienti ipersalini, dove è prodotto sale naturale,
si colorano così nella stagione estiva
Microrganismi piezofili
affinità ad elevate pressioni idrostatiche
• Dal punto di vista quantitativo ambienti abissali
rappresentano la larga parte della biosfera. Gran parte
degli ambienti marini hanno profondità superiore a 1000 m.
Significativi dal punto di vista ecologico.
• Microrganismi piezofili isolati e studiatida prelievi fatti

con dei dispositivi in remoto dalla Fossa delle Marianne
(11000 metri)
– Costi elevati e difficoltà ricerche e campionamenti
• Piezofili isolati oltre 2000m associazione a psicrofilia (o

termofilia – sorgenti idrotermali) e oligotrofia
• Isolamento e crescita in laboratorio a 1300 atm ma limite
massimo non ancora individuato
• Pyrobolus, Pyrodictium, Thermococcus, Pyrococcus,
Methanopyrus (vicini a progenitore ancestrale, isolati
recentemente da fonti idrotermali)
Un altro tipo di fattore che influisce sui microrganismi è l’affinità per
la pressione idrostatica. chiaramente la maggior parte dei
microrganismi che insistono sull’ambiente terrestre, prediligono una
pressione atmosferica ambientale, ottimale eh a seconda
dell’ambiente in cui si trovano, quindi al livello del mare, oppure a
quote più elevate e il nostro pianeta è occupato per la maggior parte
da acqua,e molti ecosistemi marini sono molto profondi e quindi c’è
un’elevatissima pressione idrostatica in questi ecosistemi che non
sono assolutamente sterili. ci sono all’interno di questo sistema dei
microrganismi per la maggior parte problemi che diventano
globalmente molto significativi da un punto di vista ecologico,a livello
di biomassa diventato molto importanti. Lo studio dei microrganismi
piezofili è abbastanza recente, perché ha richiesto chiaramente e
richiede tutto oggi, costi molto elevati e difficoltà anche oggettive per
il campionamento e la cultura di questi microrganismi. adesso alcuni
laboratori in giro per il mondo sono attrezzati per lo studio di questi
di questi organismi.
Quello che si sta ad oggi degli organismi che piezofili, quindi quelli che
prediligono elevate pressioni idrostatiche, che alle nostre pressione atmosferica
tendenzialmente muoiono, quindi anche per il campionamento la cultura
bisogna fare molta attenzione, quello che si sa a tutto oggi è che esiste
un’associazione tra la piezofilia, quindi l’affinità per le elevate pressioni e le
condizioni, che si trova normalmente nel fondo delle profondità marine. quindi
anche una temperatura più bassa quindi sono normalmente pzicrofili e sono
normalmente oligotrofi quindi hanno necessità nutrizionali molto ridotte perché
chiaramente in quegli ecosistemi non ci sono le piante, ci sono pochi nutrienti e
quindi questi microrganismi sono oligotrofi. Il limite Massimo di resistenza e di
affinità per la pressione idrostatica non è stato ancora determinato per le
difficoltà della colture di questi micro. Molti piezofili sono affini geneticamente
alla prima cellula(genitore ancestrale) da cui hanno avuto origine tutte le cellule
procarioti che e eucaristiche, perché la piezofilia si è evoluta all’inizio della vita
sulla terra dove la pressione era molto elevata. I piezofili attuano strategie
cellulari per evitare di essere assoggettati ad elevate pressioni idrostatiche, ciò
che succede a organismi non piezofili.
Interessi legati allo studio dei piezofili
• Studio effetti della pressione idrostatica sulla struttura e fisiologia cellulare
La membrana da fluida diventa rigida, i ribosomi e le proteine perdono la
loro associazione, in subunità quindi perdono la loro struttura
quaternaria perdono anche la struttura terziaria, perdono la mobilità
quando questi sono dotati di sistemi di movimento e perdono la capacità
di andare a sintetizzare le proteine a partire da DNA e RNA. questo
organismi avranno degli adattamenti cellulari non ancora del tutto
compresi che tendono
a contrastare questi
effetti dannosi sul
metabolismo cellulare
e quindi in futuro si
capirà come le proteine
e le loro cellule si sono
adattate a queste a
questa realtà
Nutrienti
MACRONUTRIENTI da mg/L a g/L
MICRONUTRIENTI( μg/L
sufficenti in concentrazioni
molto più piccole)
MACROMOLECOLE presenti in una
CELLULA BATTERICA
PROTEINE 55%
ACIDI NUCLEICI 24%
LIPIDI 9%
POLISACCARIDI 5%
… 7% A.A.– NUCLEOTIDI – PRECURSORI

METABOLICI
Macronutrienti
Carbonio, Azoto, Ossigeno, Fosforo
(coinvolti direttamente nella sintesi delle macromolecole)
Sodio, Potassio, Calcio, Magnesio, Ferro, Zolfo (usati nella

regolazione del corretto funzionamento della membrana, Na è importnte per il
trasporto, Fe nei micro che contengono magnetosomi )
Micronutrienti
• Manganese, Cobalto, Nickel, Vanadio, Boro, Rame,
Zinco, Molibdeno (coinvolti in funzioni come il corretto
funzionamento del sito attivo di alcuni enzimi )
• Vitamine, aminoacidi (che le cellule a volte non sono in grado
di sintetizzare)
Fattori di crescita
• Vitamine, aminoacidi
Tabella che sottolinea quanto cambia la percentuale di dei vari elementi
all’interno della cellula partire da quelli più concentrati ad arrivare a
quelle più diluiti come vedete carbonio ossigeno azoto idrogeno
ELEMENTO % del PESO SECCO ovviamente e
MACROMOLECOLE
ELEMENTI delle
Carbonio 50 fosforo sono più

CELLULARI
Ossigeno 20 concentrate
Azoto 14
rispetto agli altri
Idrogeno 8
Fosforo 3
sempre
Zolfo 1 macronutrienti e
Sodio 1 poi micronutrienti
Potassio 1
Calcio 0.5
Magnesio 0.5
Ferro 0.5
Cu, Zn, Mo, Bo, Se, 0.2
Cl, Ni, Cr, Co, Wo
(80-90%di H2O)
Nutrienti
• Non tutti gli organismi hanno le medesime esigenze nutrizionali,
alcuni hanno bisogno di C organico altri no, oppure azoto
atmosferico
• Gli stessi nutrienti possono essere assimilati in forme
diverse
– es Azoto (micro che hanno bisogno di acoto, ma prediligono un
azoto in forma amminica, altri ammoniacale, nitrica,altri molecolare)
• –NH2; NH3, NO3 ; N2)
• Macronutrienti principali -C ed N.
• AUXOTROFI(organismo che non riesce a sintetizzare aa, o
fattore di crescita)/PROTOTROFI(è capace) per vitamine
o fattori di crescita. L’uomo è auxotrofo per la vitamina C,
deve prenderla da cibi, invece alcuni animali la producono
da soli
• Carbonio
– Presente in tutti gli scheletri di tutte le molecole
organiche (lipidi, zuccheri, proteine, acidi nucleici
ecc…)
– In base alla tipologia di C utilizzato suddivisione tra:
• Microrganismi eterotrofi, siamo noi(necessitano diC organico)
– Aminoacidi, acidi grassi, zuccheri, basi azotate, composti aromatici
(echericchia coli)
• Microrganismi autotrofi, le piante (usano C
inorganico)(cianobatteri)
– CO2
• Azoto
– Proteine
– Maggior parte N disponibile per le cellule è
inorganico (NH3/NH4+; NO3-; N2)
• N2 utilizzabile solo da azotofissatori
• Quasi tutti utilizzano NH3, solo alcuni NO3-
ELENCO DI RAGIONI PER CUI QUESTI ELEMENTI SONO IMPORTANTI:
• P
– A. Nucleici, Fosfolipidi
– Fornito alla cellula come PO42-
• S
– Gruppo R di Cisteina (aminoacido), nelle vitamine.
– Può essere fornito alla cellula come HS- oppure
SO42-
• K: Richiesto per l’attività di diversi enzimi
• Mg: Stabilizza ribosomi, membrane, A. nucleici,
attività enzimi
• Ca: Non è indispensabile per tutte le cellule.
Favorisce la stabilità della parete e la
resistenza delle endospore
• Na: Esigenze di Na+ variabili in base all’habitat.
– Es: Microrganismi marini tipicamente richiedono Na per la
crescita (alofili)
• K, Mg, Ca, Na solitamente somministrati alle

cellule come sali (cloruri o solfati)
• Fe: Importante per egli enzimi per il trasporto di elettroni
durante la respirazione.
– In Anaerobiosi: Fe2+ solubile(RIDOTTO)
– In Aerobiosi: Fe3+ insolubile (OSSIDATO, forma precipitati)
– SIDEROFORI Molecole organiche che legano il ferro
nell’ambiente e lo trasportano all’interno della cellula, sia i batteri
che piante usano per procurarsi il Fe al di fuori della cellula.
– Alcuni batteri, come Lactobacillus,(sono delle eccezzioni)
possono crescere in assenza di ferro (Es usano Mn2+)
Siderofori
• Diversi tipi di
siderofori
– Acidi idrossamici
– Siderofori fenolici
– Siderofori peptidici
• Alta affinità per il ferro, nella
parte centrale
• Il ferro viene chelato e
trasportato nella cellula
• Servono per
magnetosomi, che si
procurano il ferro
usando dei siderofori
• B, Co, Cr, Mn: elementi in tracce, servono da co-
fattori enzimatici.
• Fattori di crescita
– Composti organici richiesti in piccole quantità (essenziali)
• Vitamine
• Aminoacidi
• Purine
• Pirimidine
– La richiesta di vitamine varia a seconda del microrganismo.
Batteri lattici (Streptococcus, Lactobacillus, Leuconostoc)
richiedono elevate quantità di vitamine, perché alcuni di
esseri sono auxotrofi, quindi devono essergli fornite
proteine da ambiente, devono essere presenti li
– Auxotrofia/Prototrofia
La presenza di questi nutrienti influisce sul fatto che ci siano
microrganismi che si sviluppano su questo sistema o meno
Il concetto di fototrofia o chemiotrofia il concetto di eterotrofia o autotrofia. Gli
organismi fofotrofi sono quelli che ricavano l’energia,parte dalla radiazione luminosa
quindi dai fotoni, e questa poi mediante tutta una serie di reazioni cellulari si
trasforma in ATP. Questo organismi fofotrofi, nei procarioti, possono sia utilizzare
come fonte di carbonio, il carbonio organico e quindi per le più sintesi di come
nutriente quindi essere fotoeterotrofi oppure l’anidride carbonica e quindi essere
fotoautotrofi. invece ci sono i chemiotrofi che non utilizzano la radiazione luminosa
che per loro è indifferente, ma usano composti chimici per sintetizzare ATP e anche
loro possono utilizzare il carbonio. La maggior parte usano il carbonio organico e
quindi sono chemioeterotrofi e poi invece abbiamo i chemioautotrofi che
utilizzeranno l’anidride carbonica. Noi siamo abituati a collegare, poiché le piante
sono più visibili e le impariamo a conoscere prima, la fototrofia all’utilizzo
dell’anidride carbonica e solitamente la chemiotrofia all’utilizzo del carbonio
organico, mentre nel mondo microbico in particolare nel mondo procariotico
abbiamo la combinazione di questi fattori. Cioè la fonte di elettroni e la fonte di
carbonio possono non coincidere.Nel nostro caso ad esempio nel caso dell'uomo, del
metabolismo cellulare per noi coincide la nostra fonte di energia la fonte di carbonio
e sempre comunque il carbonio organico, ma noi possiamo avere varie combinazioni
di necessità nutrizionali e necessità di fonte Energetica nel mondo procariotico
appunto fanno si che ogni organismo posso rientrare in queste 4 tipologie
Sviluppo microbico
Dipende dalle risorse disponibili e dalle
condizioni di crescita
pH
Luce
Nutrienti
Habitat Temperatura
Acqua
Ossigeno
Sviluppo microbico
Dipende dalle risorse disponibili e dalle
condizioni di crescita
pH
Luce
Nutrienti
Habitat
Temperatura
Acqua
Ossigeno
In condizioni avverse per la crescita (condizioni

estreme di temperatura, disidratazione,
esaurimento nutrienti) alcune specie possono
produrre strutture di resistenza  Endospore
SVILUPPO MICROBICO influisce sulla crescita dei
microrganismi, quindi vuol dire che in pratica sono le
caratteristiche del Habitat che vanno a definire quali
microrganismi riusciranno a sviluppars. per cui se le
condizioni tendono a non essere quelle ottimali i
microrganismi non riescono a svilupparsi e se le condizioni
diventano molto negative tenderanno a morire. Alcuni
microrganismi anche a fronte di un habitat non ottimale
anzi anche a fronte di condizioni decisamente sfavorevoli
riescono a produrre una struttura di resistenza che
consente loro di continuare a rimanere dell’habitat e di
resistere in pratica agli effetti negativi che l’habitat
potrebbe avere sulla crescita. Questi sono capace di
produrre strutture di resistenza che si chiamano
ENDOSPORE
Endospora batterica
Prodotta attraverso processo di sporulazione
Forma di resistenza e sopravvivenza, non essere danneggiata da
fenomeni ambientali avversi, ma non ha funzioni metaboliche attive
importanti
Struttura altamente differenziata, ha origine da cellula batterica, ma ha
caratteristiche molto diverse
Resistenza a temperature, agenti chimici, radiazioni, stress idrici (la
disponibilità d’acqua, non è così dispensabile per lei e le cellule vegetative
capaci di produrla a fronte di uno stress idrico o termico possono resistere
mediante endospora.
Criptobiosi assenza di metabolismo, nascosto, perché rimane in questa sorta
di stand by metabolico. Non tutti i batteri sono capaci di produrre endospora,è
presente nei microrganismi con geni spo e ger, deputati alla produzione e alla
germinazione dell’endospora.
Attitudine e produrre spore è geneticamente codificata (geni Spo
e geni Ger)
Gram + aerobi ed anaerobiappartenenti ai genericBacillus e Clostridium
Le endospore possono essere trasportate dal vento, dall’acqua, da animali,
quindi in ecosistemi diversi da quello di origine
Endospora batterica
Ciclo cellulare di batteri sporigeni
Cellula vegetativa(attiva che svolge funzioni normali) Endospora
Cellula vegetativa questa riconosce aspetti ambientali che
diventano carenti o nocivi e trascrivere mediante geni spo delle
proteine specifiche utili per produrre endospora, che rimane
nell’ambiente per un tempo infinito. Quando riconosce che le
condizioni tornano ad essere favorevoli, trascrivere i geni ger e
torna ad essere cellula vegetativa
In colture chiuse un organismo sporigeno sporulazione avviene a
fine fase esponenziale o inizio fase stazionaria In questa fase se il
batterio sporigeno è coltivato in cultura chiusa, inzia a produrre
endospora.
Sporulazione:
Divisione cellulare asimmetrica innescata da segnali extracellulari – elevata
densità cellulare o scarsità di nutrienti quindi diminuisce la vitalità delle
cellule, non si riproducono più. (es: C o N diventano limitanti).
Si innesca con l’espressione dei geni Spo fase di “determinazione” e
“differenziazione”.
La produzione di endospora viene definita anche
divisione cellulare asymmetrical perché ha delle
caratteristiche che accomunano alla scissione binaria
nel senso che inizia come una scissione binaria poi
prendendo tutto un altro percorso ma proprio
all’inizio incomincia allo stesso modo perciò con la
moltiplicazione del cromosoma questa divisione
cellulare asimmetrica viene innescata appunto da
segnali che provengono esternamente dalla cellula
come ad esempio scarsità di nutrienti e si innesca
proprio con l’espressione dei geni spo e nella fase di
determinazione e differenziazione dell’endospora
Ciclo cellulare di batteri sporigeni

In pratica in maniera schematica abbiamo la
cellula vegetativa che moltiplica il proprio
cromosoma quindi, inizia con una scissione binaria
avviene poi la fase di sporulazione dove uno dei 2
cromosomi dovrà essere circondato da tutta una
serie di rivestimenti, va a crearsi la prespora, che
va a maturare nell’endospora matura che viene
rilasciata per Lisi a partire da ciò che rimane della
cellula vegetativa che la produce. quando puoi le
condizioni sono favorevoli l’endospora andrà a
germinare nuovamente producendo la cellula
vegetativa.
Come maggiore dettaglio qui vediamo
Quello che succede in termini di
Sporulazione e sia a livello schematico
che ciò che riusciamo a vedere al
microscopio. allora Quello che
vediamo è proprio la replicazione del
DNA, quindi la cellula contiene 2
molecole di DNA queste due molecole
di DNA andranno confinate ai tuoi poli
opposti della cellula. nella parte che
poi diventerà endospora ci sarà
racchiuso meno citoplasma. Questa
prespora circondata in base a
invaginazioni successive da più sistemi J. Perry, J.T. Staley, S. Lory: Microbiologia. Ed Zanichelli.
di membrana che si Trasformeranno in

rivestimenti protettivi.
dopo la maturazione l’endospora viene poi liberata nell’ambiente e
quello che era la restante parte della cellula vegetativa andrà in Lisi
liberando DNA e contenuto citoplasmatico dell’ambiente, perciò
rimarrà soltanto l’endospora che poi andrà a rigerminare in risposta a
stimoli ambientali. Quello che vediamo al microscopio e che intanto
iniziamo la produzione, la sporulazione esattamente come se fosse
una scissione binaria, quindi con qualcosa che comincia e accenna a
produrre due cellule identiche poi in realtà il contenuto della parte
dedicata alla produzione di endospora e asimmetrico rispetto all’altro
c’è una parte più piccolo la parte più grande mano a mano mediante
invaginazioni successive si va a creare l’endospora che via via matura
sempre di più fino al suo stadio finale quando poi successivamente
viene liberata all'esterno. quello che possiamo notare che durante la
sua produzione l’endospora acquisirà una decisa rifrangenza al
microscopio che fa si che sia molto visibile nonostante non sia colorata
cioè rifrange la luce del microscopio e i rivestimenti che che la
rivestono la rendono particolarmente visibile.
Le FASI della
SPORIFICAZIONE
DURATA del PROCESSO 7-15 ore

Scomponendo le fasi della sporificazione Normalmente
vengono individuate una fase zero e poi sette fasi successive
non è tanto importante la differenza tra le diverse fasi,
quanto complessivamente è importante comprendere ciò
che avviene durante l’intero processo. noi abbiamo la fase
zero dove la cellula vegetativa si comporta come se fosse una
cellula madre che si divide in 2 cellule figlie identiche e quindi
replica il proprio cromosoma in 2 coppie identiche. avviene
poi la cosiddetta filamentazione assiale dove i 2 cromosomi
identici vanno a disporsi al centro della cellula sull’asse
principale della cellula e vengono fatti migrare ai poli opposti
della cellula stessa. Avviene poi la divisione altimetrica dove il
citoplasma si chiude sui 2 comparti in maniera commediante
asimmetrica.
Quello che presplora contiene il cromosoma
batterico intero e alcuni ribosomi, ma conterrà meno
citoplasma, avvengono poi del invaginazioni nel
frattempo la cellula vegetativa continua a
sintetizzare la parte della cellula madre della spora,
continua a sintetizzare tutti i componenti che
servono per far maturare la spora, come ad esempio
la corteccia e la tunica che sono 2 rivestimenti che
rendono le endospora ancora più
resistenteendospora poi va in maturazione quando è
completamente matura La cellula madre della spora
va in lisi e libera endospora che a questo punto
diventa spora indipendente all’esterno. la durata di
questo processo è variabile a seconda delle specie
sommariamente tra le 7 e le 15 ore.
Quello che avviene durante la maturazione della spora
sono dei processi molto importanti. Uno dei principali è il
fenomeno della disidratazione. L’endospora ha un core
che è quello che resta del citoplasma molto
disidrataro.Partiamo da una cellula vegetativa che hai
intorno al 85 %di acqua arriviamo intorno alle 17 e 32 %,
che sono veramente valori molto bassi..siamo in una
situazione di forte disidratazione.disidratazione che serve
all’endospora per essere ancora più resistente soprattutto
rispetto alle variazioni termiche in pratica la resistenza alle
elevate temperature e anche funzione di quanta acqua è
presente nella cellula. meno acqua più una struttura è
resistente alle alte temperature.
Esosporio
DISIDRATAZIONE 85% 17-32%

Accumulo di DIPICOLINATO di CALCIO fino
al 10% del peso secco dell’endospora
Resistenza
Il dipicolinato di calcio e proteine specializzate stabilizzano e
proteggono il DNA da stress idrici, elevate temperature, sostanze
chimiche e radiazioni

Mentre la cellula si disidrata si accumula in realtà all’interno sempre del
cuore, il dipicolinato di calcio, che è una molecola esclusiva
dell’endospora batterica viene sintetizzata apposta in questo momento,
può arrivare fino al 10 % del peso secco dell’endopora ed è costituita
proprio dal picolinato di calcio perché è un polimero del dipicolinato o
acido dipicolinico a seconda dello stato di dissociazione. Questo
monomero si lega ai monomeri successivi mediante la coordinazione di
calcio che serve proprio per creare il polimero che il dipicolinato di
calcio. la funzione di questa molecole è quella di stabilizzare insieme ad
altre proteine specializzate che vengono sempre sintetizzata a partire da
igeni spo il DNA, perché il Dna è in pratica ciò che di più prezioso è
all’interno dell’endospora. Il senso di creare questa struttura resistente
da parte degli organismi che sono capace di produrla è proprio quello di
conservare il proprio dna e di poterlo poi propagare quando le
condizioni saranno opportune. Per cui il dipicolinato di calcio e le
proteine servono per proteggere Il dna a della cellula che l'aspetto più
rilevante.
Struttura dell’endospora
• Fortemente rifrangente al microscopio
• Impermeabile a maggior parte coloranti (necessità di
colorazioni specifiche)
• Grandi differenze rispetto a cellula vegetativa
la struttura delle endospora è fortemente rifrangente al microscopio infatti se noi
facciamo una colorazione di gram di un batterio che sta producendo endospora
notiamo che le cellule vegetative che devono ancora cominciare processo
appaiono normalmente colorate con la cristalvioletto perché l’endospora viene
prodotta soltanto per gram positivi e quindi appaiono viola e l’endospora allora ci
appare trasparente ma visibile, che vuol dire rifrangente al microscopio. in pratica
ha dei rinvestimenti così spessi che la luce del microscopio non l'attraversi, ma
risulti visibile e quindi non trasparente. L’endospora è imperminabile alla maggior
parte dei coloranti esempio il colorante di gram non entra nell’endospora e
comunque solitamente non coloriamo appositamente le cellule appunto perché
comunque si vede al microscopio volendo esistono delle colorazioni specifiche che
riescono a entrare l'intero delle endospora. Notiamo quella in centro, per esempio
è una colorazione un po particolare che viene fatta in corrente di vapore e
impiega un colorante che si chiama verde malachite e le endospore sono colorati
di verde quando le altre cellule vengono poi colorante con un colore di contrasto.
Non confondete con la colorazione di gram che è proprio Un’altra colorazione e
apparira rosse e evidenziando l’enorme differenza e anche la capacità o meno dei
coloranti di entrare nell’endospora e manifesta la grande differenza rispetto alla
cellula vegetativa.
Struttura dell’endospora
• Grandi differenze rispetto a cellula vegetativa
Esosporio
Tunica
DNA
Cortex
Core
Ribosomi
ripercorrendo queste differenze andiamo proprio a fare un punto sulla
struttura dell’endospora in cui interno definiamo spore, che quello che
in pratica è stato originato da quel citoplasma che in origine era stato
confinato a un lato della cellula che ha generato endospora e qui
troviamo il DNA complessato con il dipicolinato di calcio e le proteine
specifiche in questo ambiente molto disidratato e poi abbiamo
All'interno del cuore alcune ribosomi che vengono comunque inclusi
all'interno dell'endospora anche se realtà le proteine non vengono
trascritte ma servono durante la maturazione delle endospora dove
servono alcune proteine specializzate e andando verso l'esterno
abbiamo poi il Cortex la tunica e le l’esosporio che sono questi
avvolgimenti queste rivestimenti tipici della endospore non
sovrapponibili ai rivestimenti cellulare che ci sono nella cellula
vegetativa ma sintetizzati appositamente che servono proprio che
danno ancora un ulteriore protezione All’endospora stessa
Quiescenza/Dormienza Vita latente
dell’endospora
In pratica la cripta biosi, vita nascosta , che può
essere definita anche come quiescenza,
dormienza, dormienza, vita latente fa si che
l’endospora possa sopravvivere anche nei periodi
veramente molto lunghi e poi ritornare,
trasformarsi rapidamente, sulla cellula vegetativa
quando le condizioni tornano essere ottimali .
Un esempio interessante: sono state trovate delle
endospore capaci di germinare in cellula
vegetative, associate con le bende delle mummie
egizie (quindi stiamo parlando di migliaia di anni).
La longevità veramente dipende proprio dal fatto che questa
struttura:
• ha una totale assenza di metabolismo e questo si può
misurare perché se andiamo a misurare proprio
quantitativamente
• i livelli delle molecole coinvolte nei processi metabolici
(tipo ATP, NADH, NADPH che possiamo definire come indicatori
dell’attività metabolica. Queste molecole sono concentrate 1000
volte meno rispetto alla cellula vegetativa, in pratica quel
millesimo è dedicato agli enzimi che sono coinvolti nel
riconoscere quali sono i fattori ambientali che diventano
favorevoli e quindi che possono indurre la ripresa della cellula
vegetativa, dell’attività metabolica. In pratica quel uno su 1000 è
la percezione dell’ambiente della spora per avere un segnale di
quando si potrà rigerminare.
Germinazione dell’endospora (Endospora cell. Vegetativa)
(la germinazione delle endospora la riporta ad essere una cellula vegetativa )
Processo in 3 fasi:
• Attivazione si manifesta con la captazione delle condizioni
favorevoli. Ad esempio un miglioramento della temperatura, la
presenza di nutrienti e così via.
• Germinazione perdita della rifrangenza al microscopio e

della resistenza andando a perdere tutti i rivestimenti che la
proteggono
• Esocrescita rigonfiamento dovuto a idratazione, sintesi
RNA, tutti le le trascrizioni, tutta la sintesi proteica e tutti i fenomeni
coinvoltinel metabolismo, totale ripresa delle funzioni cellulari.
Accumula acqua
Germinanti specifici inducono degradazione del
cortex Acqua entra nella cellula.
Idratazione provoca l’escrezione di componenti solubili
(Ca++, acido dipicolinico, K+ e altri cationi) e perdita della
resistenza.
Indice di rifrazione si abbassa e la spora perde la tipica
rifrangenza che la rende opaca al microscopio.
La degradazione del cortex e dei rivestimenti è il punto chiave
proprio perché possa entrare l’acqua all’interno della
cellula,l’ingresso di acqua provoca la solubilizzazione, lo
scioglimento dei composti solubili, come il dipicolinato di
calcio e altre molecole. quindi la conseguente abbassamento
di rifrangenza e la perdita delle caratteristiche di resistenza
RESISTENZA dell’ENDOSPORA
DISINFETTANTI ed ANTIBIOTICI
RADIAZIONI
TEMPERATURE
Dipende Spessore e impermeabilità degli involucri protettivi che
avvolgono il core
C’è il dipicolinato di calcio stabilizza e protegge il DNA
Proteine specializzate proteggono endospora da agenti esterni
saturano il DNA e lo proteggono da stress idrici, alte T°, sostanze
chimiche e radiazioni. Soprattutto la disidratazione contribuisce
enormemente alla resistenza nei confronti delle elevate temperature
perché la presenza di acqua, fa si che le cellule siano più soggette alla
denaturazione proteica conseguente alla elevata temperatura mentre
una struttura più disidratata tenderà ad essere essere più resistente all'
elevate temperature.
RESISTENZA al CALORE
Varia a seconda della specie

es. Clostridium thermosaccharolyticum 121°C –
Clostridium botulinum 80°C
Dipende da
Resistenza al calore della cellula vegetativa (caratteristica
genetica) La resistenza alle temperature dipende intanto da caratteristiche
intrinseche della cellula che genera l’endospora quindi abbiamo caratteristiche
genetiche e una maggiore predisposizione di alcune specie rispetto ad altre a
resistere alle alte temperature
Situazione idrica dell’ambiente più c’è acqua nell’ambiente
più l’endospora sarà comunque soggetta a denaturazione nel caso in cui
la temperatura sia elevata, perché appunto la presenza di acqua
diminuisce la resistenza termica
Condizioni termiche in cui è avvenuta la Sporificazione più le
condizioni termiche erano elevate quando la cellula ha scorificato
più la cellula sarà resistente alle alte temperature
Sporigeni alteranti alimentariQuesto comporta anche il fatto che le
spore siano resistenti al calore e anche delle ripercussioni sul fatto che
esistono degli alteranti alimentari tipicamente sporigeni che vanno, in
alcuni casi ad essere anche nocivi per uomo ( ad esempio il botulinum
che può essere pericoloso per l'uomo, in particolare nella preparazione
delle conserve a livello domestico, poichè non abbiamo la possibilità di
raggiungere al di là delle temperature ma anche le pressioni in vapore
acqueo che riusciamo ad ottenere mediante l’utilizzo dell'autoclave. la
temperatura di sterilizzazione standard dell’autoclave proprio 121 gradi
per 15 minuti e sotto pressione, perché questa temperatura ed è la
temperatura standard utilizzata ovunque le temperature di sterilizzazione
perché 121 gradi per 15 minuti sotto pressione è una condizione che ci
garantisce eliminazione di tutti gli sporigeni. Gli altri tipi di batteri vengono
eliminati anche prima dei 121 gradi a elevate pressioni.
Maggioranza sporigeni deriva dal suolo da suolo possono raggiungere
altri compartiEsempio proprio clostridium botulinum è un batterio
che tipicamente presente del suolo, finisce nelle conserve
domestiche perché arriva sugli ortaggi come contaminazione da
suolo
In molti sporigeni patogeni le spore sono innocue; è la cellula

vegetativa che è patogena e eventualmente le tossine associate
alla spora . La spora facilita la trasmissione. I batteri sporigeni
sono pericolosi perché la il fatto di essere sotto forma di
endospora facilita non la trasmissione nel senso di
trasmissione da un essere un altro, ma facilita il trasporto, cioè
il migrare della spora dal comparto di origine ad un altro, che
può essere ad esempio un comparto del dell'ecosistema di un
alimento.
Sporigeni sono normalmente anaerobi facoltativi in grado anche di
fermentare, a seconda delle condizioni ambientali e delle condizioni
ambientali.
Non tutti gli sporigeni hanno un’accezione negativa perché sono alteranti o
patogeni. Alcuni sporigeni possono essere utili
Bioinsetticidi target stadi larvali di insetti (B. thuringiensis) più utilizzato al livello
mondiale perché hai la possibilità di andare ad attaccare in maniera assolutamente
selettiva stadi larvali di diversi tipi di insetti ed è completamente innoquo per
l'uomo. quindi viene utilizzato come agente di lotta biologica in alternativa agli
insetticidi di sintesi
Produzione di metaboliti secondari prodotti in corrispondenza della fase di
sporificazione, utili per industria farmaceutica e alimentare (es: Bacillus PHB 
plastiche biodegradabili)
Alcuni batteri sporigeni che affiancano la produzione di endospora anche la
produzione di metaboliti secondari che possono essere utilizzati dell’industria ad
esempio le bioplastiche e di plastiche biodegradabili che sono sintetizzate da
microrganismi in fermentatori. Sono sintetizzate a partire dall’attività di alcune
specie appartiene bacillus, sporigeni evidentemente non nocive ma che producono
dei polimeri che poi possono essere trasformati dall’industria.
Integratori probiotici Alcuni probiotici che assumiamo proprio per migliorare la
nostra microflora intestinale sono proprio sporigeni e il fatto di essere sporigeni
facilita per loro la migrazione attraverso il nostro stomaco per raggiungere
intestino proprio perché non vengono intaccati dai liquidi gastrici.
Batteri PATOGENI (dai piì pericolori)
Bacillus anthracis
Clostridum botulinum
Clostridium tetani (È presente nel suolo, ci dobbiamo fare
l’antitetanica perché non possiamo avere delle contaminazioni da ciò
con cui ci siamo tagliati, che nella sporcizia è possibile trovare questo
batterio, che nella sua fase vegetativa si moltiplica normalmente
nella sua fase vegetativa)
Clostridium perfringens
Batteri ALTERANTI (alterano la qualità di alimenti e

tenuti in considerazione dall’industria alimentare)
Clostridium butyricum
Clostridium tyrobutyricum
BIO-INSETTICIDI
Bacillus thuringiensis
La differenza tra questi due generi e che il clostriudium durante la produzione e
maturazione dell’endospora la confina in un angolo della cellula, che nella fase
vegetativa è una cellula a forma bacillare, mentre nella produzione dell’endospora
assume questa forma. Mentre il genere Bacillius produce endospora in posizione
centrale Alcuni batteri sporigeni Bacillus Thuringiensis
Bacillus anthracis
Clostridium botulinum
Clostridium tetani
Misura della
crescita
microbica
Misura della crescita microbica
Determinazione del numero di microrganismi presenti in
una data matrice (suolo, acqua, alimenti). Dobbiamo
suddividere le tecniche in base al principio, su cui si basano e
al risultato che otteniamo:
Metodi
Diretti: si contano tutte le cellule (solo quelle vitali, i micro
che danno un effetto sull’ambiente in cui si trovano, in
grado di moltiplicarsi) direttamente nella matrice (TQ
(tal quale) o diluita(mediante le divisioni seriali)
mediante l’utilizzo di microscopio
Indiretti: si contano solo le cellule vitali, senza

utilizzare il microscopio. Diversi passaggi a partire da
mezzo di coltura, all’inoculo, incubazione e crescita e
dopo vengono contate.
Misure della torbidità (complemento a entrambe le tipologie)

DILUIZIONI SERIALI DECIMALI
Diluente:
RINGER (9 mL)
Cloruro di Na (2.25 g/L)
Cloruro di K (0.105 g/L)
Soluzione isotonica MA priva di
Cloruro di Ca (0.12 g/L) C, N e nutrienti
Bicarbonato di Na (0.05 g/L)
Principio su cui si basano tutte le tecniche di conta, di isolamento e di analisi dei
microrganismi. Sono molti quindi dobbiamo preparare diluizioni. Parti da scelta del diluente
(soluzione di RINGER). Usiamo tubi da batteriologia tutti inizialmente identici, ovviamente
sempre sterile ogni cosa usata. Poi preparo diluizioni. Preparo la matrice che può essere
liquida o solida (disciolta preventivamente). Preparo la prima diluizione ponendo un
grammo della matrice nel primo tubo. Faccio rapporto tra 1 g e 9 mm ho preparato una
diluizione che sarà, 1 a 10 e la chiamerò, 10 alla -1. poi prelevo 1 mL e la metto in 9 mL di
Ringer, ora sarà diluizione 1 a 100, ovvero 10 alla -2. e poi così via.. 1 a 1000, quindi 10 alla -
3. poi proseguo fino a quando ci richiede il nostro studio. A volte anche 10 alla -12 quando
penso di avere campione molto ricco di microrganismi. Devo conoscere più o meno il
campo, e le cellule che contiene. Preparo diluizioni in eccesso. SERIALI perché le preparo in
serie, da una diluizione preparo la precedente.. DECIMALI, perché variano in rapporto di 1 a
10 rispetto all’altra. Soluzione di Ringer, in assenza di questa di può usare una soluzione
fisiologica qualsiasi , esempio le flebo, oppure quella venduta in farmacia per lavare ferite.
Sono soluzioni isotoniche. Ringer contiene una quantità di Sali inorganici disciolti in acqua
che servono per mantenere la soluzione isotonica, ovvero una soluzione che abbia la
medesima pressione osmotica rispetto al contenuto cellulare, quindi le cellule non devono
subire uno schock osmotico quando dalla matrice passano nel diluente. Questa soluzione
non contiene i nutrienti di Ca, N, vitamine e amminoacidi che sono necessari alle cellule
per moltiplicarsi. Queste diluizioni sono un passaggio in cui voglio le cellule vive, ma non che
si moltiplico, perché la conta avviene dopo. Altrimenti vanno a inficiare sulla successiva
conta. Preparate le soluzioni ci sono le conte: dirette e indirette
Metodi di Conta diretta
usa Camera di Burker e microscopio ottico con
ingrandimenti di solito 10 40 100.
1mL = 1 cm3 = 1000mm3
1000 mm3 : 0.004 mm3 =250000

0.1 mm di spessore spessore
0.2 x 0.2 x 0.1 =
Cellule/mL = N. cellule riquadro x 250000 (x
coeff. Diluizione)0.004 mm
3
Rapporto 1 a 250000 rispetto a mL.

Per la conta non si usa
ingrandimento a 100, ma
normalmente 10, 40 a seconda
delle dimensioni cellulari. La
camera è un vetrino, prodotto
commerciale, ha due camere di
conta per ogni vetrino.
Campione inserito nella camera
vera e propria, che presenta una
depressione e poi è ricoperto
con un vetrino copri oggetto. Parti della camera sono
0.2 mm incise con raggio laser che produce una griglia come
riferimento spaziale per capire in quale volume stiamo contando. Il
volume della camera è indicato sulla camera stessa. Quando conto
cellule in un riquadro poi moltiplico il valore per i nostro rapporto
volumetrico, per il coefficiente di diluizione, e provo il numero di cellule
per mL. La camera è incisa al laser. In un mL, abbiamo 1000 mm3.
CAMERA di BURKER
LIMITI
Impossibile distinguere cellule vive da morte, o quelle
vive e non vitali. Grande limite.
Difficoltà per conte in campioni (nella forma non
diluita) poco concentrati, ad esempio in un
acqua oligotrofica, pochi batteri, è pulita, rischio
di non vedere cellule.
Risultato influenzato da molte fonti di errore

- Messa a fuoco (diversi piani), stiamo guardando
attraverso un volume. Mettendo a fuoco posso non
arrivare al giusto piano di fuoco dove non ci sono cell
- Cellule mobili, quindi magari posso contarle due volte
nella stessa area
- Soggettività operatore, magari poco esperti che
incrementano errori
Ciò che vedo al
microscopio,
incisioni fatte al
laser sulla camera
che mi permette di
contare cellule
all’interno dell’unità
di volume e poi noi
le conteremo. Le
cellule si possono
sposare da un
volume, al riquadro
della camera vicina.
La camera di conta
è usata in lab a
scopo esplorativo,
prima di usare
metodi indiretti, per
capire quante
cellule ci sono dei
campioni o
diluizioni
Non ci si basa su essa per fornire dati realistici. È usata
in maniera preliminare, è veloce e economica.
CONTE INDIRETTE - VITALI
Non si contano direttamentele cellule, ma una
manifestazione della loro crescita (es. colonie ovvero
cellule vitali che si sono moltiplicati per dare origine a
colonia). Posso scegliere il messo di coltura, e le
condizioni di incubazione posso contare specifici
gruppi (perché magari uso dei mezzi di coltura selettivi
in cui si sviluppano solo alcune cellule) microbici o
tutte le cellule (conta totale)
Sono contate solo le cellule vive e vitali

È necessario allestire diluizioni seriali in Ringer, mentre
la camera di burger può anche essere fatta sul tal
quale.
CONTA SU PIASTRA, più utilizzata in ogni tipologia di laboratorio
Uso le colonie che possono essere isolate per preparare le colture pure.
Si contano solamente le cellule vitali e coltivabili, i microrganismi non
coltivabili in laboratorio seppur vitali nel loro ecosistema non possono
essere contati in questo modo.
Risultato espresso in UFC (Unità Formanti Colonia)/mL sempre riferito ad
un unità di volume o peso…oppure UFC/g
Agiamo modulando condizioni di incubazione popolazioni
aerobie/anaerobie ecc…se uso una incubazione anaerobia, consento la
crescita dei soli micro anaerobi, gli unici a moltiplicarsi.
Composizione mezzo di coltura si adatta alle differenti
esigenze
-per contare popolazioni diverse (mezzi
selettivi/discriminativi)
-Terreni che fanno sviluppare microrganismi diversi
-per contare batteri in ecosistemi differenti (es acqua/suolo)
-Uso mezzi di coltura che si adattano e sviluppano in ecosistemi
diversi
Es: Plate count agar (PCA) vs R2B
Sono sue terreni di coltura con
caratteristiche molto simili, Terreno dicoltura complesso, Terreno dicoltura complesso,
usato solitamente per contare usato solitamente per contare
dal punto di viste generico, batteri in matrici ricche di batteri in matrici povere di
qualitativo. Ma da nutrienti (suolo, alimenti) nutrienti (acque oligotrofiche)
quantitativo sono molto PCA (g/L) R2A (g/L)
diversi. Sono due terreni Peptone 5,0 Peptone, 0,5
agarizzati per consentire l’uso Estratto di lievito 2,5 Casamino acids, 0,5
di piastre petrie e consentire Glucosio 1,0 Yeast extract, 0,5
lo sviluppo di colonie. L’agar Agar 12,0 g Dextrose, 0,5
che viene aggiunto è nella Amido solubile, 0,5
stessa quantità, è elemento Dipotassium
inerte serve solo per phosphate, 0,3
solidificare coltura. Sono Magnesium sulfate,
complessi entrambi, 0,05
composizione mista. R2a ha Sodium pyruvate, 0,3
tanti tipi di nutrienti, PCA Agar 12,0
invece di meno. Uso i terreni
per due tipi di matrici diverse
CONTE INDIRETTE -
VITALI
SUBSTRATO SOLIDO – Su piastra
Preparate le diluizioni che contendono solo un agente isotonico come la
soluzione di ringer o la soluzione salina per cui le cellule che c’erano
inizialmente rimangono quelle e non subiscono stress osmotico. A partire da
ciascuna diluizione inoculo una piastra petri nella quale c’è un terreno di
coltura. In base ai micro che voglio contare scelgo il mezzo di coltura opportuno.
Inoculo 0.1 mL dalla diluizione nel terreno di coltura selettivo, spatolo l’inoculo,
spargendolo e incubo le piastre per il tempo necessario che dia la possibilità ai
microrganismi di svilupparsi. Passato il periodo di incubazione sulla piastre si
sono sviluppate colonie, che in origine erano le cellule. A volte le cellule sono
talmente tante che nonostante le abbia distribuite sulla piastra, le colonie si
sovrappongono. Nelle diluizioni invece più spinte, più diluite le cellule mancano
e non ce ne sono nel 0.1 ml che abbiamo inoculato, quindi non si sviluppano
colonie. Contiamo colonie presenti nelle piastre in cui le colonie sono contabili.
Se sono troppo appiccicate, non riesci a contare. Due diluizioni decimali seriali e
successive danno un risultato più o meno 1:10. questo capita se lavoriamo
bene, in questo caso. Se trovavo numero di colonie uguali era sbagliato.
Differenza 1 a 10 dovrebbe esserci.
SUBSTRATO SOLIDO – Su PETRIFILM
Piastre commerciali già pronte, rendono
più semplice la conta. Usata in campo,
prodotta dalla 3M. Diversi mezzi di
coltura, fanno la conta vitale. Tipi
diversi a seconda dei microrganismi che
vuoi contare, molto facili se vuoi
misurare batteri in un acqua del pozzo.
Pongo una certa quantità di tale acqua
e Il terreno disidratato della piastra si
colorerà e saremo in grado di contare
colonie.
Questo è lo schema di preparazione del petrifilm , metto la mia goccia di
inoculo all’interno del cartoncino, la ricopro con la pellicola. Faccio aderire
liquido a cartoncino sotto e pellicola. Il liquido di inoculo serve per idratare il
terreno contenuto nella piastra che vengono incubate in un termostato. Dopo
un certo tempo sono visibili colonie senza bisogno di microscopi.
Terreno generico è equivalente della conta totale.
Matrici liquide con poche cellule (es acque dolci)
Non si diluisce ma si “concentra” la soluzione
Se ci sono poche cellule, quindi non preparo diluizioni,
e nemmeno tq è utile, se ho un acqua oligotrofica
rischio che anche se metto un mm sulla piastra, le
colonie non si sviluppino perché la probabilità è troppo
bassa. Allora vado a concentrare le cellule nel volume
acquoso, utilizzo sistema di questo tipo. È una beuta
codata, di laboratorio (tutto sterilizzato). Tra l’imbuto
superiore e inferiore c’è membrana filtrante, poi
assemblo beuta e pongo il campione liquido costretto a
passare in un imbuto, attraverso membrana. E pongo
un sistema aspirante, raccogliendo il filtro e ponendolo
in una piastra petri. Il filtro trattiene i microrganismi.
Ho usato un terreno discriminativo dove le colonie si
colorano e diventano visibili.
Una membrana filtrante ha Per riferire il numero di
un diametro di pori, di solito cellule che c’erano
0.2 micron, inferiore alla inizialmente devo riferire
dimensione minore che può il volume del liquido
avere un microrganismo, che filtrato. Altrimenti non
viene quindi trattenuto abbiamo riferimento al
sopra. E possono volume o al peso.
moltiplicarsi.
Conta vitale in SUBSTRATO LIQUIDO (privo di
agar all’interno) – Tecnica MPN
Non tutte le cellule si svilluppano bene su piastra petri. Si basa sul calcolo
probabilistico (Most Probable Number). Calcolo probabilistico, non sulla
diretta quantificazione del numero di colonie, di cellule in origine.
Risultato espresso in MPN/mL oppure MPN/g a seconda della matrice
misurata
Passaggi
1) Allestimento diluizioni sempre seriali decimali prodotte in un diluente
inerte (soluzione fisiologica o di ringer
2) Inoculo Tubi contenenti mezzo di coltura liquido (3 o 5 tubi per ogni
diluizione) scelta fatta all’inizio
3) Incubazione , conta vitale solo quelli capiaci di moltiplicarsi
4)Verifica tubi positivi/negativi (in base alla torbidità, qui le cellule
non producono colonie, lo strato diventa torbido quando le cellule si
moltiplicano)
5) Determinazione del numero caratteristico e diluizione limite
SUBSTRATO LIQUIDO – Tecnica
MPN
210 microrganismi per la
diluizione limite,
convertito al tal quale
diventa 2 x 10 alla 2 .
Moltiplichi per l’inverso
della diluizione.
Abbiamo allestito delle diluizioni seriali. 10 alla 0 è il campione non diluito, liquido,
esempio il latte. Siamo noi che decidiamo quante diluizioni fare. Preparate diluizioni,
inoculo per ognuna tre tubi che prima dell’inoculo riempio con terreno di coltura
liquido sterile dove aggiungo 1 ml in ogni tubo a partire dalla medesima diluizione.
Puoi scegliere, se sai che il campione ha tanti microrganismi puoi non inoculare le
prime diluizioni andando oltre con le successive. Una volta inoculate, ci sarà un
periodo di incubazione perché è sempre una conta vitale, e devi aspettare che le
cellule possano moltiplicarsi. Dopo vedremo che i microrganismi si sono moltiplicati.
Se terreno liquido, ci sono tubi torbidi, invece se cellule non si sono moltiplicate,,
perché non c’erano nella diluizione il terreno non ha aumento di torbidità. I tubi
vuoti contengono terreno che non è diventato torbido. Man mano che passo da
diluizione con tante cellule, a una con poche, più è probabile che non vengono
diluite e quindi tubi da batteriologia che non saranno mai torbidi. I tubi colorati è
dove le cellule c’erano e si sono moltiplicate. Codice 1 ad ogni tubo torbido,
positivo. Esempio nella 10 alla -1 ne abbiamo tre, due nella 10 alla -2. diluizione
limine e numero caratteristico vanno di pari passo. Quella a 10 alla -1, è la più
spinta con il massimo di tubi (tre), è la diluizione limite. N caratteristico comincio da
diluizione limite in poi. Per sapere quanti microrganismi presenti prendo il n
caratteristico e lo confronto su delle tavole già predisposte, per convertire n
caratteristico al n più probabile di microrganismi, si chiamano tavole di MCCrady.
Dopo l’incubazione, prima
inoculato, qui come positivi
nella 10 alla -2 tutti e tre, 10
alla -4 solo due, 10 alla -5
nessuno come anche 10 alla
-6. il numero caratteristico è
3, 2, 0. che fa 93, cellule
nella diluizione limite (10
alla -3). Che moltiplico per
10 alla terza e trovo
microrganismi presenti nella
soluzione tal quale.
10-6 10-7 10-8
Lo sviluppo microbico è visibile grazie a aumento di torbidità. 10 alla - 8 rimane liquido, è la
soluzione più spianta. Mentre in 10 alla – 6 è torbido
Numero caratteristico
Tavole di McCrady
Ha fatto analisi molto approfondita.

Esempio 3 2 2 è 210. 2 2 0 è 21. se riporto
dato al tq ottengo lo stesso numero.
Bisogna capire quando i tubi sono positivi
o negativi. Questo può essere utile. Noi
non abbiamo sempre una manifestazione
di torbidità intensa. poco o tanto torbido la
presenza di torbidità indica la presenza di
microrganismo.
Ci serve per determinare la
biomassa del nostro
campione, esempio
determiniamo una curva di
crescita in laboratorio, e
vogliamo capire quando i
microrganismi iniziano la
fase esponenziale. Noi non
discriminiamo visivamente
una soluzione, per
distinguerne due che
hanno diversa torbidità se
sono simili. Ci sono casi in
cui io non riesco a
determinare la torbidità.
Dovrò avere una matrice
liquida in un tubo da
batteriologia o in una
beuta. A volte con questa
misura posso anche
misurare il numero di
cellule.
Il fascio di luce illumina un campione e viene disperso in maniera proporzionale al numero degli
ostacoli che incontra cioè al numero di cellule che presenta. La torbidità è proporzionale al numero
di individui. Può essere usata come metodo di conta che implica una taratura preventiva dove
determino il coefficiente di
proporzionalità
Questo è uno spettrofotometro che ha una camera dove inserisci una provetta, con
una tale sospensione. Puoi scegliere lunghezza d’onda come luce incidente del
campione. Ci da poi o l’assorbanza o trasmittanza per utilizzare e cioè la luce che
viene intrappolata riflessa dal campione e la seconda è la luce che attraversa
liberamente il campione. Possiamo così distinguere le diverse torbidità e usarlo
come metodo di conta.
Schema dove in una
soluzione limpida la
fonte di luce attraversa
il campione
liberamente perché
non ci sono micro.
Assorbanza sarà
minima e la
trasmittazna massima.
Se ci sono
microrganismi molta
luce verrà riflessa,e
poca trasmessa., la
luce lo attraversa
meno. Quindi
assorbanza max e FIGURA 6.18. Misurare la torbidità di una coltura.
trasmittazna minima
Per la determinazione di biomassa ci sono tre possibili lunghezze d’onda che
devi dichiarare all’inizio. Quelle più lunghe 660 vanno meglio quando ci sono
tanti micro.
La massa cellulare è proporzionale alla torbidità, solo ad alcune condizioni. Solo in
un certo intervallo, esempio casuale che dipende da condizioni sperimentali. C’è
un intervallo in cui sono perfettamente proporzionali, quando invece la
concentrazione di micro aumenta troppo sia l’assorbanza che la massa non sono
più proporzionali e quando compiamo la misura dobbiamo essere certi ce siamo in
questa situazione.
Per fare misure di massa cellulare dobbiamo avere
terreno liquido, non deve avere matrice per cui i nutrienti
vanno a opacizzare il terreno quindi una matrice liquida e
trasparente. Possiamo avere soluzioni in cui la matrice va
a inficiare alla misura di torbidità perché quel terreno è
già torbido, ecco questi terreni non posso usarli. Nella
fase di latenza posso avere un aumento di torbidità
dovuto a cellule che si adattano al terreno, ma le cellule
non aumentano. Ma nella fase stazionaria ho aumento di
torbidità dovuto a aumento di materiale di scarto. La Biavati Sorlini –
taratura è necessaria perché siamo in grado si Microbiologia Agraria
determinare la proporzionalità tra assorbanza e numero
di cellule solo nella fase esponenziale.
Non possiamo contare una miscela di microrganismi , ma anche i vari tipi. Fai
taratura dove leggi concentrazione di cellule note allo spettrofotometro
Usata solo nella fase esponenziale.
Quando le cellule sono aggregate noi non abbiamo una

distribuzione uniforme nella nostra matrice. Quindi se si
aggregano o usiamo un altro metodo di conta oppure facciamo
avvenire l’incubazione su un agitatore dove le sospensioni che
sono agitate, si disperdono non formando tali aggregati che
andrebbero ad inficiare la nostra misura
Ogni organismo in un ecosistema interagisce
con tutte le componenti del sistema
In alcuni casi modifica profondamente le

caratteristiche dell’ecosistema stesso
Microrganismi
Attività metaboliche(modo con cui producono e consumano E)
Influenza sulle caratteristiche fisico-chimiche

degli ecosistemi (sistemi dati dall’interazione di
componenti abiotiche e biotiche)
Metabolismo microbico
• Concetti generali (catabolismo,

anabolismo (sono coorelati a
E), energia)
• Tipologie di catabolismo
• Effetti sull’ambiente (ciclo Azoto,
Carbonio etc)
Metabolismo microbico Stesso meccanismo del
Insieme di reazioni necessarie alla vita dei microrganismi metabolismo serve per
convogliare parte dell’E
Si dividein due reazioni : cellulare in a,tre reazini
che non sono
CATABOLISMO: reazioni DEGRADATIVE( trasformazione anaboliche... per
sostanza che poi porta al guadagno di E, come le nostre cellule che movimento esempio i
flagelli, innescati da una E
consumano glucosio, per produrre R) allo scopo di
che è la forza
produrre energia protomotrice
ANABOLISMO: reazioni BIOSINTETICHE che consumano

energia, riguardano le sintesi dei
componenti cellulari. Come la cellula
costruisce se stessa, sintetizzando
proteine
Catalizzatori:
Enzimi (Proteine) aiutano cellula a
volgere attività
Quelle cheCATABOLISMO (Produzione energia celllulare)
sfruttano
ossigeno o altre Respirazioni (aerobiche ed anaerobiche)
sostante PRODUZIONE
Fermentazioni di sostanze diverse
ATP
E cellulare usata
Fotosintesi come scambio di E
ANABOLISMO (Assimilazione nutrienti, sintesi, Consumo energia

cellulare) sintetizzare tutte le molecole che servono alle cellule.
Sintesi zuccheri - polisaccaridi
CONSUMO
Sintesi aminoacidi - proteine
ATP
Sintesi acidi grassi
Sintesi nucleotidi
Metabolismo microbico, in particolare nei Procarioti (perche gli eucarioti sono più semplici nel
metabolismo) varietà di meccanismi (DIVERSITÀ METABOLICA) ci sono cellule molto semplici,
magari simili dal punto di vista metabolico, ma poi in realtà è molto diverso
colonizzazione di tutti gli ecosistemi (anche molto diversi tra
loro)fondamentale per compimento cicli degli elementi (cicli
biogeochimici C, N ecc… (microrganismi che trasformano in
continuazione la materia ))
è probabile che esistano vie metaboliche ad oggi
sconosciute
es: ANAMMOX– reazione parte del ciclo di azoto, scoperto
recentemente si tratta di ossidazione anaerobica dell’ammonio
, ci sono micro che anche in anaerobiosi ossidano ammonio– in
passato si riteneva fosse un catabolismo inesistente. Poi
scoperti batteri che lo compiono.
Difficoltà nell’identificazione dei possibili metabolismi microbici spesso risiede
nella difficoltà/impossibilità di isolare e coltivare tutte le specie(non sappiamo le
loro esigenze) in laboratorio specie non coltivabili
Processi ANABOLICI (sintesi di macromolecole -- componenti cellulari):
TUTTE le cellule hanno bisogno di Carbonio
In base alla fonte di C che utilizzano tutti gli organismi si dividono in:
ETEROTROFI: Ricavano il C da molecole organiche (es: Glucosio

(molecola più usata) , amminoacidi, lipidi etc)
Eucarioti: Animali, Protozoi, Funghi sono tutti eterotrofi
Procarioti: Molti Batteri ed Archaea Ci sono Batteri e

Archaea MIXOTROFI
AUTOTROFI: Ricavano il C dalla CO2 che possono utilizzare
(carbonio organico) a seconda delle
Eucarioti: Piante (non ne hanno bisogno di disponibilità sia il C
C ma lo sintetizzano ) organico che la CO2
Procarioti: Batteri ed Archaea
Processi CATABOLICI
TUTTE le cellule hanno bisogno di fonti di energia (esterne a cellula
che serve per profurre E cellulare) (per produrre ATP)
CHEMIOTROFI: Ricavano ENERGIA dalle molecole

organiche o inorganiche (fonti di energia = fonti di elettroni)
Eucarioti: Animali, Protozoi, Funghi (solo chemiotrofi)
Procarioti: Molti Batteri e Archaea
FOTOTROFI: Ricavano ENERGIA dalla luce (fonte di energia

FOTONI (luce) non coincide con la fonte di elettroni – solitamente
acqua- fotosintesi ossigenica)
Eucarioti: Piante e alghe
Procarioti: Alcuni Batteri (Cianobatteri) ed Archaea (sia chemiotrofi

che fototrofi)
CHEMIOTROFI si suddividono in
CHEMIORGANOTROFI: Ricavano energia dalle molecole

organiche
Eucarioti: Animali (eterotrofi e chemioorganotrofi, usaimo sostanza

oraganica sia come fonte di E, che di C), Protozoi, Funghi(anche
eterotrofi e chemiorganotrofi
Procarioti: Molti Batteri e Archaea
CHEMILITOTROFI: Ricavano energia dalle molecole

Inorganiche, lito è la componente inorganica
Procarioti: Alcuni Batteri ed Archaea

CATABOLISMO (Produzione energia celllulare)
Respirazioni (aerobiche ed anaerobiche)
PRODUZIONE
Fermentazioni
Reazioni ATP
Fotosintesi
esoergoniche
ANABOLISMO (Assimilazione nutrienti, sintesi, Consumo

energia cellulare)
Sintesi zuccheri - polisaccaridi
CON SUMO
Reazioni
Sintesi aminoacidi - proteine
ATP
Sintesi acidi grassi endoergoniche
Sintesi nucleotidi
Reazioni ESOERGONICHE: (cataboliche)
avvengono spontaneamente (liberano energia)
ΔG0 = NEGATIVO (variazione di E libera quando avviene una
reazione)
Reazioni ENDOERGONICHE:
richiedono energia ΔG0 = POSITIVO
I microrganismi sfruttano l’energia delle reazioni esoergoniche

per far avvenire quelle endoergoniche.(quindi di sintesi, che
ortano alla moltiplicazione cellulare.
Il catabolismo deve produrre energia sufficiente a sostenere
l’anabolismo.
Maggiore è l’energia prodotta dal catabolismo, maggiore sarà la
velocità di crescita (minore tempo di generazione) più il loro
catabolismo è efficiente più si moltiplicano rapidamente)
Gt0: Energia libera di formazione di un composto (J mole-1) a partire dagli elementi che lo compongono. ΔG0
= Σ ΔGt0 (prodotti) – Σ ΔGt0 (reagenti)
Le fonti di energia e di elettroni sono trasformate in:
Energia chimica cellulare (ATP)
Potere riducente (Trasportatori di elettroni:
NAD+/NADH; FAD/FADH2) non sono
ancora atp ma lo diventeranno. Quindi è
un E già presente
Questa trasformazione avviene mediante reazioni

REDOX (ossido riduzione in frequenza)
L’energia liberata da queste reazioni è utilizzata per la

sintesi di ATP e potere riducente.
ATP e potere riducente
• Prodotti mediante il passaggio di elettroni da fonte
di elettroni (DONATORE) ad un ACCETTORE
(mediante l’intervento di trasportatori intermedi)
• Flusso di elettroni -> fa si che avvengano
Reazioni REDOX in sequenza e
producano atp e potere riducente
• Catene di trasporto di elettroni sulla membrana
citoplasmatica (sistemi respiratori) nei procarioti e
nei mitocondri negli eucarioti. (sistema
respiratorio)
NB: I mitocondri si sono
originati grazie a un fenomeno di
endosimbiosi con una cellula
batterica. Eucariote primitivo è
diventato più simile a un
eucariote di adesso perché è
entrato in contatto con un batterio
, è entrato in endosimbiosi
.
Il dna dei mitocondri ha molta
affinità al dna batterico
ATP
ATP + H 2 O -> ADP+ PO4 2- + Energia (7.5 kcal/mol)

ADENOSINA TRIFOSFATO, costituita da una base azotata ovvero l’adenina, legata al ribosio e a tre
gruppi fosfato. E cellulare è immagazzinata a livello del legame del 3 gruppo fosfato con la
molecola di adp. Con sintesi di atp, l’adp diventa atp grazie all’aggiunta di un gruppo fosfato,
viceversa, il consumo di E è legato a liberazione di un gruppo fosfato dall’adp. Ce un legame ad alta
E in corrispondenza del 3 gruppo fosfato. Ogni volta che si stacca, viene liberata E, il 3 gruppo
fosfato. Quando invece questo viete attaccato alla molecola di adp, l’e viene immagazzinata
Potere riducente
Riguarda due molecole NAD e Fad, chiamate cosi quando non trasportano
elettroni (forma ossidata). Queste si legano a due elettroni e 2 protoni, si
riducono prendendo e su di se in NADH e FADH. Le molecole di trasportatori
di elettroni possono legare a se elettroni e cederli ad altri molecole
È uno dei catabolismi che vedremo, il
più importante è una Catena REDOX Respirazione
DONATORI di elettroni
Organici (es: glucosio, cioè
chemiorganoci) Inorganici (es:
Ammonio chemiolitrtrogi )
ACCETTORI di elettroni Inorganici (sempre)
respirazione Aerobia – O2
- 3+
respirazione Anaerobia – NO 3 , Fe , CO2
Sono molecole ossidate, che possono accettare quindi elettroni, gli elettroni
non passano in maniera diretta da donatore a accettore. Ma all’inizio grazie
ai trasportatori, e alla fine mediante il . Flusso di elettroni lungo catena di
trasporto Durante il trasferimento elettronico il donatore
si ossida e l’accettore si riduce
Esempio, se c’è glucosio donatore, se si ossida produce co2. l’accettore che uò
essere ossigeno si riduce e diventa acqua
come Reazioni mediate da enzimi
Non tutti i metabolismi catabolici sono efficenti allo
stesso modo. Il potenziale di riduzione (capactà della
sostanza di cedere o predre elettroni)E0 indica la
direzione della reazione REDOX, donatore che cede
ad accettore (che in una tabella a fianco sta più in
basso . Gli elettroni “cadono” dalle sostanze con
potenziale più negativo(dall’alto della tabella)
(normalmente gli elettroni li cedono ) verso quelle
con potenziale più positivo (sostanzhe che elettoni li
accettano).
Maggiore è la differenza (ΔE ’) tra

donatore ed accettore maggiore
energia rilasciata (valore assoluto di ΔG ’) quidni i
microrganismi hanno uno sviluppo più rapido: minore
tempo di generazione. I micro più efficenti sono
quelli con un potenziale di riduzione molto lontano,
distante. Compie un salto di potenziale consistente.
calcolo il potenziale rilascio di E catabolica, di un
organismo a partire da potenziali di riduzione
donatore e accettore
ΔG 0= -nF ΔE0’
La resa energetica sarebbe delta G(quantità di ATP prodotto) della
respirazione è variabile dalla differenza di potenziale delle coppie redox
coinvolte (donatore ed accettore). Una coppia redox è esempio la co2
con glucosio. Spesso sono espresse con la forma ossidata e poi ridotta.
Potenziali di riduzione di alcune coppie redox
Organismo che usa H come donatore, e O come accettore. Sono le due coppie
- Potenziale di riduzione (E0’) redox coinvolte
ES: 2H+/H 2 (-0,41 V)
½ O 2 /H 2 O (+0,82V)
- Coppie redox (per convenzione direzione della riduzione)
Gli elettroni vanno da valori positivi a negativi
-Da E0’ delle due semireazioni si verifica la direzione degli
elettroni
H 2 + ½ O2 H2 O (reazione netta)
H22 e- + H + 2H + /H 2 (E 0’:-0,41 V)
½ O2 + 2 e- + H+ H2 O ½ O 2 /H 2 O (E0’:+0,82 V)
ΔG0’= -nF ΔE0’

n= numero di elettroni che si scambiano queste molecole; F=
costante di Faraday (96,48kJ) ΔG0’= -237,34 kJ
Produce una quantità di E consistente, quindi catabolismo rapido
confrontando con altri.
H molecolare donatore, molecola di fumarato accettore. Devo calcolare delta g. avrei 3 delta g
cataboliche ovvero negative , cioè producono E. i delta g sono molto diversi. Organismo che usa o
come accettore
avrà catabolismo
più efficiente. Se
usa invece il
nitrato perché è
un organismo
anaerobio, è un E
minore. Ancora
minore è l’E del
fumarato. Questi
tre organismi
avranno tempi di
generazione
minore
Fonti di energia = fonti di elettroni
Elettroni utilizzati per:
Produzione forza proton-motrice (ATP)
Assimilazione substrati come CO2 (deve
essere ridotta per essere utilizzata dalla
cellula)
Convogliati in reazioni biosintetiche
Respirazione aerobica di composti organici (la
svolgono le nostre cellule )
Aerobi e Anaerobi facoltativi
Molecola organica (es Glucosio la più semplice ): donatore di elettroni
Ossigeno: accettore di elettroni
Mondo microbico versatilità nutrizionale Microrganismi (capaci di
degradare moltte molecole, anche tossiche per altri microrganismi)
“respirano” praticamente tutte le molecole organiche (anche Xenobiotici
– Pesticidi possono essere degradati perché i microrganismi li usano come
fonte di E ); Aspetto molto importante per garantire il flusso di C
nell’atmosfera, perché queste molecole estranee all’utilizzo come fonte di
E possono essere trasformate e contrinuire al riciclo di C
Versatilità derivata da adattabilità, evoluzione, pressione selettiva
data dall’ambiente in cui si sono sviluppati ha consentito loro di
usare molte fonti di E diverse, quindi molti donatori di elettroni.
Respirazione aerobica di composti organici
Elettroni passano da donatore organico a ossigeno(siriduce)
Trasporto di elettroni lungo catena di trasportatori con potenziali

sempre più positivi fino a quello dell’O. la respirazione aerobica del
glucosio è sempre la stessa indipendentemente dai microrganismi.
Glucosio + O2 CO2 + H2O +ATP
Stesso risultato si ha nelle nostre cellule. È molto comune perché c’è
molte E. Generazione di Energia (ATP) e H2 O
Carbonio organico ossidato a CO2 (M INERALIZZAZIONE)
moltecole organiche trasformate in anidride carbonica.
La sostanza organica vegetale viene degradata e poi scomparirà. Lo
vedi in una foglia che cade al suolo, proprio perché i microrganismi
la trasformano respirando le molecole organiche contenutea CO2 .
Viene detto mireralizzazione, passaggio da molecola organica a
inorganica.
Meccanismi per produrre ATP
Nel corso della respirazione aerobica della sostanza organica :
Fosforilazione (ossidativa) per trasporto di elettroni

Fosforilazione a livello del substrato
Substrato, un gruppo
fosfato presente nel Fosforilazione a livello del substrato
substrato, legato ad un
enzima,. Questo
gruppo è staccato e
attaccato all’adp che si
trasforma in atp. Il
fosforopirufato si
trasforma in acido
piruvico (prodotto
finale della glicolisi) c’è
un enzima che fa si che
un gruppo si stacchi da
molecola e si attacchi a
adp.
Fosforilazione ossidativa- ATPasi
La cellula produce la maggior
parte dell’adp. Avviene a
livello di un enzima ATPasi,
molto conserato negli
orgniasmi, presente nei
batteri e nelle cellule
eucariotiche. Questo enzima
è una proteina con più
subunità. Fa si che l’ingresso
nella cellula di ioni H +,
attraversano enzima e
enzima fa si che questo
ingresso venga usato come E
che poi a livello enzimatico,
nel citoplasma, viene
immagazzinata nel legame
del 3 fosfato all’adp per
produrre atp. Questo
movimento di portoni è una
sorta di E cellulare.
TAPPE PRODUZIONE ATP
GLUCOSIO
(fonte di
elettroni/donatore)
Modificato nella GLICOLISI
Il prodotto della clicolisi finisce nel CICLO DI KREBS
TRASPORTO ELETTRONI fino all’O FOSF. OSSIDATIVA 

ATP
ATP
Glicolisi – Catabolismo del
glucosio come il glucosio viene
trasdormato in una cellula
• La glicolisi è una via metabolica in cui il glucosio (zucchero a
6C) è ossidato ad acido piruvico producendo ATP e NADH.
• Comincia da glucoso, e finisce con il piruvato.
• Suddivisa in due momenti, uno stadio a 6 atomi di C e uno a
3. quindi lo stadio a 3 atomi di C avviene due volte perché
abbiamo uno stato a 6 atomi che si suddivide in due di 3.
• Prima fase c’è il consumo di 2 molecole di atp e mancata
produzione di E
• Nello stadio a 3 atomi di C invece c’è porduzine di 2 molecole
di atp per fosforilazione a livello del substrato. Visto che
avviene due volte le molecole di atp saranno 4. sottraendo
però le due che sono state consumate all’inizio, la resa finale
sono 2 molecole di atp.
• Viene ridotto un NATH+ che si prende gli e da<lla
gliceroaldeide, viene prodotto un nadh a partire dal NADH.
GLICOLISI
RISULTATO FINALE ‘ IL PIRUVATO.

Per gli aerobi il piruvato entra nel ciclo di Krebs
CICLO DI KREBS
Il piruvato entra in continuazione nel ciclo, ciclo perché
ha andamento ciclico. Alla fine è prodotto ossaiacetato
che grazie al piruvato rientra nel ciclo.. La cosa
importante sono i pordotti del ciclo. Partiamo dal NAD
e FAD , noi abbiamo la trasformazione di questi due
trasportatori di elettroni che sottraggono via via
elettroni a partire da questa sostanza organica, il
piruvato. il primo risultato è la produzione di dadh e fad
h2 in più momenti . Qui e prodotta la co2, la co2 che
risulta dall’ossidazione della molecola organica usata
come donatore di elettoni viene prodotta nel ciclo di
crebs. Dove c’è ossidazione completa del C in ingresso a
co2. questo è andamento ciclico, quindi co2 è prodotta
in continuazione ogni volta che entra il piruvato.
Risultato : produzione di trasportatori di elettroni
ridotte, macchine che si sono caricate di elettoni
perché li hanno presi da molecole organiche e abbiamo
porduzione di Co2. se faccio bilancio tra glicolisi e ciclo
di krebs , ho consumo di atp nella prima fase di glicolisi
, produzione di atp nella seconda fase, per
fosforilazione a livello del substrato
ATP prodotto per fosfolilazione a livello
del substrato da ADP+P
Trasportatori di elettroni NAD+ e FAD si
riducono a NADH e FADH2
Sia nella glicolisi, che nel ciclo di krebs abbiamo

produzione di nadh e fadh2 che sono le macchine
su cui si caricano gli elettorni che derivano dalle
molecole organiche. Mano a mano che queste si
ossidano viene prodotta la co2
Potere riducente
NADH e del FADH2

vengono trasformati in ATP, in pratica gli elettroni che loro hanno sottratto a molecole organiche nel ciclo di
krebs vengono trasportati alla catena di trasporto degli elettroni, quella che è in membrana. Il percorso è
determinato dal potenziale di riduzione che questi trasportatori hanno. Gli elettroni passano dal primo
trasportatore al seconda al terzo e cosi via fino all’O. che è l’accettore terminale che si trasformerà in acqua .
Gli elettroni fluiscono da nadh e fad che cedono elettroniche sono trasferiti a catena di trasporto, dove ogni
trasportatore si riduce e si riossida cedendo elettroni al trasportatore successivo fino all’O che produce
acqua. Mentre sono trasportati gli elettroni . alcuni trasportatori trasportano acqua verso l’esterno. Tra i
trasportatori ci sono citocromi che fanno si che la cekllula emetta all’esterno gli h+. I trasportatoni nelle forme
ridotte trasportano anche protoni. Da questi protoni vengono emessi all’esterno della cellula, e vengono
trasferiti grazie al fatto che vengono trasportati elettroni al accettore terminale
Generazione della forza proton-motrice Gli
elettroni del NADH e del FADH2 entrano nella catene di trasporto di
elettroni e formano un gradiente di H+
Catena di trasporto degli elettroni
Enzimi REDOX in membrana (proteine di membrana
dedicate alla respirazione)
NADH deidrogenasi
Flavoproteine
Proteine Ferro-Zolfo
Citocromi
L’ordine in cui sono disposti nella catena di trasporto

dipende dal loro potenziale di riduzione. Gli
elettroni vanno da un potenziale negativo a positivo
Potenziale di riduzione positivo crescente (NADH
deidrogenasi per prima e i citocromi per ultimi).
L’ultimo trasportatore della catena cede gli elettroni

all’accettore terminale della respirazione (O2)
I citocromi sono
disposti secondo un
determinato ordine
e il nadh e prima dei
citocromi, perche il
nadh cede elettroni
alle flave proteine e
cosi via. I citocromi li
abbiamo
successivamente . I
citocromi hanno un
ordine preciso prima
b poi c. gli elettroni
andranno in
maniera spontanea
in questa direzione.
Fosforilazione ossidativa- ATPasi
Accumulo di portoni all’esterno di

membrana. Tutti questi portoni fanno si
che ci sia un gradiente protonico, la
forza protomotrice che fa si che fa
muovere i flagelli. Questa costringe
questi protoni di seguire un gradiente,
che tenderanno a rientrare perché ce
ne sono tanti fuori e pochi dentro e
dovranno rientrare attraverso all’atp asi,
e il movimento di elettroni servirà per
immagazzinare l’E nel legame di ADP
trifosfato. È il risultato della
fosforilazione ossidativa
I risultato energetico della respirazione aerobica della sostanza organica ho 38 ATP, prodotte in modo
diverso. La maggior parte è prodotto grazie a fosforilazione ossidativa
Respirazione anaerobica
• Una dei fattori che ha portato all’evoluzione sul nostro pianeta ed è la più antica
respirazione cellulare, già presente negli eucarioti quando sul nostro piante anon
c’era ossigeno
• Forma più antica di respirazione cellulare 
evoluta quando atmosfera terrestre era anaerobica
• Anaerobi obbligati e facoltativi
Accettore N O N è ossigeno ma altricomposti inorganici ossidati, anche
solo parzialemnte ossidati altrimenti non hanno possibilità di accettare
elettroni (NO3 -, SO4 2-, Fe3+, Mn4+, CO ecc…)
• Resa energetica sempre inferiore alla respirazione aerobica. La quantità di ATP
è sempre minore di quella prodotta dalla respirazione aerobica (accettori
hanno E o meno positivo dell’Ossigeno) quindi gli elettroni fanno meno
strada, quindi e pordotta è minore.
• In ambiente anaerobio competizione per sostanza organica (donatore, fonte
di E, esempio il glucosio ) e accettori di elettroni. In ambiente aerobio l’O non è
limitante, in anaerobio invece lo è) vincono gli organismi che in maniera più
efficiente sottraggono elettroni agli altri
Respirazione anaerobica di composti organici
• Habitat anaerobici (es: suolo di risaia anaerobico nella fase in cui abbiamo il flouding del
riso, non nella fase di asciutta) creano un ecosistema molto particolare
• Mineralizzazione anaerobica in anaerobiosi, SO può essere degradata e trasformata in co2
anche in ambiente anaerobio(C org  CO2)
• Comprende (come la respirazione aerobica)
– la glicolisi,
– il ciclo di Krebs
– catena di trasporto di elettroni
• La quantità di ATP generato dipende dalla reazione.(quindi dall’accettiore di elettroni che
può essere duverso) Non abbiamo una quantità di atp standard prodotta
– Solo parte del ciclo di Krebs opera in condizioni anaerobiche, anche un po meno di nadh e
fadh2 prodotti
– Non tutti i trasportatori di elettroni partecipano alla respirazione anaerobica 
quindi la resa energetica dipende da potenziale di riduzione dell’accettore.
Il fe3 ha un
potenziale di
riduzione più
positivo del
citocromo c
significa che
non verrà usato
il c. gli elettroni
verranno ceduti
al FE. E C non
espellerà h+
dalla cellula,
quindi
complessivame
nte vengono
fatti uscire dalla
cellula meno
h+. Ci saranno
meno h+ a
rientrare
nell’atpasi e
verrà prodotto
meno atp.
La respirazione
anaerobia usa degli
accettori alternativi
al?o. che hanno un
potenziale che è
meno energetico
dell’O quindi la loro
resa sarà comunque
minore a parità di
elettroni
A seconda dell’accettore terminale di elettroni cambia il
complesso enzimatico coinvolto nel passaggio terminale degli
elettroni.
Ad esempio:
Se Accettore terminale è il Nitrato
complesso nitrato-reduttasi
Esempi di respirazioni anaerobiche:
Denitrificazione: avviene nei suoli di risaia, influisce
molto sulla disponibilità di azoto che il riso usa per
crescere, batteri che usano NO3- e possono produrre
NO2-, N2O or N2 (es Pseudomonas e Bacillus) batteri
nitrificanti che usano nitrato come accettore di
elettroni e lo trasformano in forme volanti. Quindi c’è
meno azoto nel suolo
Riduzionedelsolfato: Desulfovibrio usa (solfato)SO42-
pcome accettore di elettroni per formare H2S(solfuro di
H)
Metanogenesi: Metanogeni (archaea) riducono CO2 per
produrre Metano
Respirazione di composti inorganici
CHEMOLITOTROFIA
Come gli accettori devono essere ossidati per potersi prendere elettroni,(le
molecole inorganiche) i donatori devono essere ridotti altrimnti non possono
cedere elett
Per ottenere Donatori di elettroni (fonti di energia): usano composti
inorganici ridotti
Accettore di solito O2, ma alcuni organismi usano altri accettori
Ricavo ATP solo per fosforilazione ossidativa (no Glicolisi –Krebs perché
sono due vie metaboliche che interessano solo le molecole organiche )
Quindi gli elettroni finiscono subito su catena di trasporto di elettroni dal donatore inorganico
senza passare tramite glicolisi e krebs.
Se donatore di C è CO2 
CHEMOLITOAUTOTROFI (usano composti inorganici come fonte di
E anche )
Catabolismo importante, perché indifferente alle molecole organiche, svincolato da produzione primaria di
vegetali, e dalla fotosinesi, si mantiene a partire da molecole inorganiche sia come fonte di C che di E. sono
capaci di svolgere reazioni importanti per reciclo di elementi
CHEMOLITOAUTOTROFIA
ENERGIA Fonte di C
CHIMICA INORGANICO
Fonte di energia
(donatore elettroni)
INORGANICO
Nella chemiolitrotrofia c’è una resa energetica variabile (dipende da coppia
donatore-accettore, a seconda di differenza di potenziale tra donatori e
accettori) implica differenze nella velocità di moltiplicazione (tempo di
generazione) dei diversi gruppi microbici. Se donatore ha un potenziale di
riduz non troppo negativo verrà prodotta non troppa energia.
…..ma comunque sempre più bassa di respirazione aerobica sostanza
organica…
Sino molto poco energetici. Si moltiplicano lentamente, hanno vantaggio
nutrizionale, hanno catabolismo poco efficiente, le coppie redox danno
origine a un delta g poco significativo. Se fai paragone a glucosio questi
valori sono bassi
Ossidazione del Glucosio = - 686 Kcal/mole

Chemolitoautotrofia
Poco competitivo dal punto di vista energetico
Ma …. Metabolismo di grande importanza nei cicli biogeochimici!!!!
Tutti gli organismi autotrofi non possono usare la co2
così com’è, come fonte di C, ma deve essere organicata,
trasformata in C organico quindi un po di Consumo
elettroni per ridurre CO2 a C organico (organicazione del
C)
Metabolismo vantaggioso in assenza di sostanza organica per cui
vanatggioso qunado piante npn sono presenti .
Chemiolitoautotrofia obbligata (alcuni mixotrofi) ovvero se c’è un po’ di So
la possono usare )
a volte non hanno bisogno di SO come fonte di E, ma possono aver bisogno
di molecole organiche quali le vitamine
Donatori di elettroni per
chemolitotrofia
• Chemolitotrofia conferisce vantaggi selettivi
• Potenzialmente molti donatori molte molecole ridotte
puoi usare come elttroni e quindi come fonte di E
• In realtà pochi perché magari le altre sono troppo
ridotte, concentrazione troppo bassa (H2, NH3,
NO2- (può essere sia donatore che accettore), Fe2+,
H2S, Cu+) sono quelle più abbondanti e disponibili
– Altri possibili concentrazione bassa/non
disponibili non hanno attuato una pressione
selettiva per far evolvere ad oggi organismi capaci di
usarle
Respirazione aerobica dell’H2
• Due eempi di orgnaimi chemiolitrotofi :
• Generi diversi di G+ e G-, diversità filogenetica, molto diffusi e
diversi perché la pressione selettiva dell’H è molto particolare
è l’h molecolare è molto diffuso
– usano H2 fonte di elettroni abbondante
• Oppure usano Enzimi: Idrogenasi e
O accetore
• Es:
Ralstonia
eutropha
Ferro ridotto
Fe2+ + O2 Fe3+ + H2O
Donatore Fe2+
Processo poco redditizio dal punto di vista energetico perché il potenziale di
riduzione della coppia redox è gia un po positivo. Quindi differenza tra fe 2 e O
è bassa quindi delta g sara anche piccolo. Sono organismi mixotrofi. Usano
quindi SO. Fe2+/Fe3+ (E0= +0.77) Es: Gallionella, Acidithiobacillus ferrooxidans
responsabile del colore rossastro nei canali di drenaggio. Sedimento prodotto
da organismi simili a questi in basso. Mixotrofia
Difficoltà di studio in laboraorio per ossidazione spontanea Fe a pH 7 in aerobiosi (perché il Fe
si ossida spontanemaente, senza che loro lo possano usare quindi è difficile, farli crescere
)più studiati acidofili
Fermentazione
È un catabolismo del tutto diverso della respirazione
Donatore: Composto organico
Accettore: SEMPRE Composto organico derivato dal donatore
Processo anaerobio diverso da respirazione anaerobica (accettore è
organico!) portato avanti da Anaerobi obbligati e facoltativi
Substrati più importanti: Carboidrati, aminoacidi, purine e pirimidine
grado di ossido-riduzione pari a quello del materiale cellulare. Tutte
sostante che hanno un grado di ossido riduzione simile alla cellula (-
CH2O-).
I polisaccaridi, prima di essere fermentati devono essere
idrolizzati a monomeri semplici, esetrenamente alla cellula. Tutte le
molecole grandi come cellullosa o amico, perche altrinti non eìpossono entrare
ed essere usati (come per la respirazione)
Viene anche definita come ossidazione incompleta perché Composto
organico donatore non si ossida completamente ma si trasforma in altri
composti organici rimane parzialmente organico
Fermentazione
Processo redox in assenza di accettori “esogeni” che

derivano dall’esterno della cellula
ATP: prodotto solamente per FOSFORILAZIONE A
LIVELLO DEL SUBSTRATO (Glicolisi) – Resa
energetica modesta non viene usata se è anche presenta la
catena di trasporto di elettroni in membrana. Processo che
non arriva a membrana si conclude nel citoplasma.
Composto organico donatore non si ossida
completamente es: produzione di molecole
ancora organiche , etanolo, acido lattico ecc (e CO2)
Fermentazione
• Nella glicolisi c’è la produzione di nadh .. Gli elettroni del
NADH non vengono ceduti alla catena di trasporto di elettroni
che non funziona durante la ferentazione quindi si riossida a
NAD+ cedendo gli elettroni a un composto organico più a valle
nella via biochimica. Ecco perche non si ha mai una completa
ossidazione, perché avremo sempre un composto organico ,
perché un po’ di elettroni dal nadh vengono portati al composito
finale che rimarrà parzialmente organico
Fermentazione alcolica (portata avanti da lieviti) come Saccharomycescerevisiae
glucosio entra nella via glicolitica. Consumo di due atp e produzione di 4 atp. Piruvato
produce prima acetaldeide e poi etanolo. Il nadh cede elettroni all’acetaldeide che
diventa alcolico. Quindi risultato etanolo e co2, che deriva dal quel poco c che si ossida
completamente. Rimarrà sempre un C organico come prodotto perché gli elettroni dal
nadh vengono scaricati poco prima della fine della fermentazione.
Le diverse vie fermentative sono caratteristiche di definiti gruppi
microbici, con un’elevata specificità di processo
tutti i processi fermentativi cominciano con la glicolisi, , questa
produce piruvato e poi a seconda del microrganismo verranno
intraprese le diverse vie frementative. Il loro prodotto è comunque
sempre organico
Fotosintesi
• Ambiente terrestre piante
• Ambiente acquatico prevalentemente da microrganismi
alghe e procarioti
• Luce stacca elettroni da acqua , il passaggio di elettroni
serve per produrre atp... convertita da pigmenti in ATP
trasportatori di elettroni hanno un gruppo fosfato
(NAD(P)H)
• Eucarioti (piante e alghe sono fotosintetiche e autotrofe )
sono tutti fotoautotrofi
• Procarioti (maggiore diversitaà) sia fotoautotrofi
che fotoeterotrofi fotosintesi non
necessariamente associata ad autotrofia
possono anche essere fotoeterotrofi (negli
eucarioti sì)
ci sono alcuni che fanno fotosintesi ma usano il C
organico
Fotosintesi si basa sulla presenza di Pigmenti
Localizzati in cloroplasti (originati da endosimbiosi, dove una cellula porcariotica
fotosintetica, entrata come endosimbionte nella cellula che stava diventando eucariote
moderno. Qindi sono diventati cellule vegetali oppure alcghe sono gli eucarioti), tilacoidi o
clorosomi (procarioti) – Teoria endosimbiontica
Assorbono la luce a diverse lunghezze d’onda. I fotoni sono la fonte di energia di fototrofi e
vengono catturati da pigmenti grazie ai loro doppi legami, E trasmessa ai centri di reazione,
pigmenti diversi assorbono luce a diverse lungh d’onda. Organismi che in ambiente acquatico,
a profondità diverse, hanno bisogno di pigmenti diversi a una certa lunghezza. d’onda
Fotosintesi
• Microrganismi:
– fotosintesi ossigenica (produzione O2)
• cianobatteri e alghe(simili a piante)
• donatore H2 O
– Fotosintesi anossigenica
• batteri rossi e batteri verdi(procarioti diversi)
• donatori inorganici diversi dall’H2O; H2S, H2,
acidi organici. (molecole ridotte)
differiscono riguardo ai donatori di elettroni e
ai pigmenti .
Nei procariorti ci sono entrambe
Fotosintesi
• Ambiente terrestre piante
• Ambiente acquatico alghe e procarioti
• Luce convertita da pigmenti in ATP
(NAD(P)H)
• Eucarioti fotoautotrofi
• Procarioti sia fotoautotrofi che
fotoeterotrofi fotosintesi non
necessariamente associata a sintesi C
organico
Fotosintesi anossigenica
• Un solo fotosistema
• Caratteristiche diverse tra batteri rossi e verdi
• Non ha potenziale redox sufficientemente positivo da
usare acqua come donatore (energeticamnete non è
possibile) e quindi usa donatori con potenziale più
negativo, la cui ossidazione porta a prodotti diversi
dall’ossigeno, che è il pordotto della fotosintesi ossigenica
• Usano Batterioclorofille: pigmenti con massimi di
assorbimento a λ maggiori rispetto a clorofille di
cianobatteri ed alghe che assorbono a una lungh più
normale. Perche devono colonizzare ambienti acquatici,
profondità maggiore dove la lungh che colpirrà i loro
pigmenti sarà diversa
Genetica e Tassonomia
Batterica
Parte preponderante del genoma batterico è ricoperto dal cromosoma, che è più grande
rispetto alla cellula, tutto attorcigliato, superavvolto circolare e unico. poi ci sono anche
palsmidi, ovvero molecole di dna circolare a doppia elica che possono essere trasportate da
microrganismo a un altro. Complessivamente il dna batterico rienra in uno di questi due
compoarti.
Dna a sua volta costituito da nucleotidi. Si interfacciano sempre
allo stesso modo. La cellula è in grado di sintetizzare una nuova
doppia elica a partire da filamenti della doppia elica originaria.
Quando la cellula inizia a moltiplicarsi il primo avvenimento è la
replicazione del
cromosoma. Non inizia
in un solo punto ma in
unti diversi. A livello
delle forse replicative la
doppia elica originaria i
separa e vengono
sintetizzate le due
doppie eliche identiche
che sono i due
cromosomi delle cellule
figlie.
Forche replicative
Replicazione rapida
Incorporazione 1000
nucleotidi al secondo
Meccanismi di riparazione degli
“errori”
Dal DNA alle Proteine
• Trascrizione: da DNA ribosomico e la sintesi di RNA (grazie a enzima RNA polimerasi,
che si lega a dna , lo legge e sintetizza rna )
– Sintesi di:
• mRNA: codifica per le proteine, c’è scritto come fare porteine, sequenza
nuclotidi ce è la sequenza amminoacidica delle proteine
–emivita breve nella cellula una volta sintetizzato viene degradato e
prodotto rapidamente . Quindi vi è una risposta rapida a variazioni
ambientali e risparmio energia, riciclo nucleotidi
• rRNA: unità ribosomiali non codifica per nessuna proteina ma fa parte dei
ribosomi, li costruisce. Ribosomi cosruiscono peptide legandosi a mRNA
• tRNA: RNA transfer, serve per la costruzione di porteine, per traghettare aa in
corrispondenza di dove si formano proteine, ovvero a livello dei ribosomi
Trascrizione Traduzione
rRNA si complessa
con le proteine a
formare le subunità
ribosomiali
Nei ribosomi L’mRNA

(messaggero) viene
“letto” nei ribosomi e le
proteine sono
assemblate
Il tRNA trasporta
ai ribosomi gli
amminoacidi che
vengono
icorporati nelle
proteine
Speciazione
• Processo filogenetico di formazione delle specie biologiche
• Batteri  rapida evoluzione di nuove specie perché batteri reagiscono più
velocemente, percheè hanno cellula semplice. Si adattano
• Queste modalità sono Eredità verticale e trasferimento genico orizzontale (o
laterale) quindi anche microrganismi non legati tra loro possono scambiarsi,
traferire DNA . Questo negli organismi più complessi è impossibile. Quini vale
solo per batteri e archea
–Passaggio (raro) anche tra organismi non direttamente correlati(Bacteria-Archaea)
• Mutazioni (dovute a traferimento genico o casuale) se vamntaggiose sono
mantenute e trasferite a cellule figlie altriemnti quelle negative sono perdute.
Negli eucarioti vale la stessa cosa ma più complesso. , a livello dei procarioti
grazie a mutazioni possono originarsi nuove specie.
Evoluzione
• Cambiamenti (mutazioni) che favoriscono la sopravvivenza sono
mantenuti mentre quelli negativi sono persi
• Tutte le specie originano dal
cambiamento/evoluzione di specie precedenti, siamo in grado si
seguire percorso evolutivo e capire nuove specie da dove sono
originate, perché nessuna specie si evolve dal nulla.
• Organismi evolutivamente vicini  caratteristiche simili perchè
evolvono dal medesimo progenitore, anche se nei batteri a
volte si hanno diversità tra specie molto rilevanti.
• L’evoluzione normalmente procede nella direzione di una
maggiore complessità. Esempio eucarioti si sono sviluppati
dopo gli eucarioti, localizzano alcune funzioni a livello di srutture
specifiche. Acnhe a livello complessivo. I porcarioti tra loro sono
molto diversi. L’evoluzione rimescola bene le carte.
Mutazioni
• Modificazione del DNA ereditabili (se
vantaggiose) anche casuali, esempio a trascrizione viene incorporato un nucleotide, piuttosto che un
altro, o a livello di scissione binaria, replicazione dna. Ereditate solo se sono vantaggiose
• Cambiamento DNA è alla Base dell’Evoluzione
• Pressione selettiva ambientale, l’ecosistema preme su organismo che lo occupa così che tale micro si
possa adattare. In un suolo inquinato, quando arriva inquinante, tra i micro presenti nel suolo prima
ci sono micro diversi tra loro incapaci di sopravvivere in presenza dell’inquinante. Solo i micro che
riescono a resistere, quindi grazie a mutazioni casuali, hanno un avantaggio selettivo in presenza
dell0inquinante e ad esempio possono usarlo nel loro metabolismo. Questa avranno un vantaggio e
possono sfociare in una nuvoa specie
• Mutazioni indotte dall’uomo per l’ Analisi funzioni cellulari (confronto tra ceppi mutati e non)
• Origine delle mutazioni, possiamo avere :
– Trasferimento genico orizzontale
– sostanze chimiche o condizioni fisiche (mutageni) ad esempio i raggi UV
– mutazioni “spontanee” indotte dal caso
Trasferimento genetico e mutazioni (spontanee o indotte) 
DIVERSITA’
Trasferimento genico nei batteri
• Trasferimento verticale DEL DNA (SCISSIONE BINARIA)

–Da cellula madre a cellule figlie, da una generazione a quellal successiva
• Trasferimento orizzontale, trasferimento dna nelll’ambito della
stessa generazione, organismi diversi tra loro, non conseguente a
evento di replicazione. Avviene mediante tre modalità
–Trasformazione
–Coniugazione
–Trasduzione
Coniugazione
Attraverso Pili Trasferimento di
plasmidi a una cellula ricevente,
perché la cellula che lo possiede
va a produrre un pilo sessuale a a
trasferire attravereso questo il dna
del plasmide. La cellula donatrice
separa i due filamenti e cede uno
dei due filamenti alla cellula
ricevente. Nella cellula donatrice
verrà sintetizzato il filamento
complementare perche il dna è
stabile e funzionale solo se a
doppia elica cosa che avverrà
anche nella cellula ricevente. Al
termine dell’evento di
coniugazione le cellule saranno
dotate dal medesimo plasmide.
Attraverso pili sessuali, ciò che è
traferito e il dna del plasmide Ci
sono dei plasmidi dentro una
cellula baterica.
Trasduzione
Mediata da virus (organismi che non sono capaci
di moltiplicarsi autonomamente). Devono
infettare celllule per usare il loro apparato di
trascrizione e riduzione del dna. Una cellula,
organismo virale infetta cellula antibatterica,
inietta dna, per sfruttare sistema di replicazione,
trascrizione e traduzione della cellula infetata,
ricevente. La cellula produce diverse copie sia
del porprio dna che di quello virale. Alla cellula è
imposto di produrre nuove porteine che
incapsulano il da virale, poi i virus cosi sono
liberati da cellula. Insieme al dna virale e anche
inglobato parte del dna della cellula infettata
quindi quando virus e liberato ci sono particelle
virali che contendìgono pezzo di dna della cellula
che originalmente è stata infettata. Questo dna
potrebbe poi essere iniettato in un’altra cellula
ricevente. Questa cellula avrà dna che si
integrerà al cromosoma. Il virus funziona come
una macchina che trasporta dna da una cellula
all’altra.
Trasformazione
Trasformazione
Molto diffuso nel suolo. Una cellula che va in lisi libera contenuto citoplasma e dna
all’esterno. Dna è una molecola resistente alla degradazione, prima verrà
frammentato, per degradarsi ci vuole tempo. Quando viene parzialmente
degradato può succedere che un’altra cellula che è competente, in uno stato
di predisposizione di un dna esogeno. Lo va ad assimilare come fosse un
nutriente, tale dna che deriva da cellula che è andata in lisi tempo prima, poi
può essere consumato da cellula, o parzialmente ingrato dalla cellula che lo
ha assimilato. Con le lettere minuscole è indicato il dna della cellula ricevente,
maiuscole cellula ansata in lisi, . cellula ricevente riceve un pezzo di dna della
celllula andata in lisi, all’interno del citoplasma degraderà parzialmente il dna.
Il gene B, pezzo di dna corrispondente in origine a dna dentro una cellula,
viene inglobati dentro cellula ricevente..
cellule competenti sono in uno stato fisiologico adatto a assimilazione di dna,
Naturalmente o artificialmente. Perché questo sistema che avviene uin natura
siamo in grado di replicarlo in laboratorio, è una delle modalità con cui
porduciamo organismi ogm.
Plasmidi e DNA lineare (ricombinazione)
Tassonomia (sistematica microbica)
• Scienza che si occupa della classificazione degli organismi. diversità nel
mondo microbico dovuta anche a trasferimenti genico orizzontale quindi
deve essere un modo per ordinare organismi per rispettare relazioni
naturali tra questi classificati in base a rapporti filogenetici che hanno
con i loro progenitori.
• Mostra relazioni naturali tra organismi
• Obiettivo: fornire identificazione universale
• Scienza continuamente soggetta a
Cambiamenti, dovuti a possibilità che si hanno di conoscere
microrganismi. Fino ad un certo punto non avevamo disponibilità di
studiare DNA. Fino a quel momento era in relazione a manifestazioni
fenotipiche dei microrganismi.
• I raggruppamenti (taxa) microbici sono stati riarrangiati e
modificati molte volte seguendo le possibilità tecniche di studio dei
microrganismi.
Tassonomia o sistematica microbica
• Criteri tassonomici vari

• Tre aree correlate(sono state riviste e
riarrangiante per seguire i criteri tassonomici che
erano influenzati da possibilità meteodologiche di
studio), prima dello studio del dna si studiavano i
microrganismi dal punto di vista morfologico e
parzialmente funzionale : classificazione
nomenclatura identificazione
• Classificazione: raggruppamento, dei
microrganismi in base alle somiglianze.
Ordinamento degli organismi in taxa (Unità
tassonomiche).
• Nomenclatura: riguarda regole con le quali siamo in
grado di assegnare un nome ai gruppi tassonomici
(secondo regole internazionali). Devono essere
univoci.
• Identificazione: processo che permette di
determinare se un isolato appartiene ad un
determinato taxon. Se troviamo un microrganismo
che non rientra in nessuna delle tre, uno nuovo, mai
classificato, così lo classifichiamo. Se invece è già
conosciuto lo identifichi.
Classificazione
Collocazione degli organismi, sulla base di proprietà
condivise, in gruppi (taxa) simili o correlati.
- in base alla loro somiglianza
- in base alle loro relazioni filogenetiche
(tassonomia filogenetica)
Storicamente i procarioti erano classificati solo in base al loro
fenotipo (morfologia, colorazione di gram, biochimica, utilizzo
di determinati substrati/prodotti ecc)
Fino a quando non è stata possibile la tassonomia basata sullo
studio del DNA, ci si basava su somiglianza.
La classificazione moderna si basa anche sullo studio
dell’informazione genetica.
Classificazione filogenetica può non coincidere con precedente
classificazione fenotipica. A destra quella più vecchia, a destra più
attuale. Può succedere che nella classificazione precedente,
organismi appartenevano allo stesso genere (essere quindi
abbastanza simili), invece in quella attuale (basata sul fenotipo)
rientrano in filotipi
anche molto distanti
tra loro.(non solo non
appartengono a
uguale specie, ma
sottoclassi del
medesimo filum,
molto distanti tra
loro) ragione per cui a
volte studiando un
microrganismo
troviamo due nomi,
quello corrente e
quello precedente.
CLASSIFICAZIONE
Taxa
Unità tassonomiche, gruppi o “livelli” di classificazione. Da più
grandi, a più piccole dove sono sempre più simili, fino ad
arrivare alla stessa specie.
Ordinamento Gerarchico: ampie divisioni suddivise in divisioni più
ridotte.
Dominio (nei proccarioti
sono ad esempio batteri e
archea )
Regno (non usato con i
porcarioti)
Phylum (sinonimo di Divisione) all’interno ci
sono diverse...Classe
Ordine
Nello stesso ordine ci sono più
Famiglia
Genere GENERE E SPECIE hanno nomenclatura binomiale,
Specie che nel caso di procarioti è quella più usata
CLASSIFICAZIONE
ESEMPIO: Escherichia coli

Dominio Bacteria
Regno: -
Phylum (Divisione): Proteobacteria
Classe: Gamma Proteobacteria
Ordine: Enterobacteriales
Famiglia: Enterobacteriaceae
Genere:Escherichia
Specie:coli
Diversità procarioti: Bacteria
• Ci sono 18 phyla principali ad
oggi, la cui conoscenza deriva
dallo studio di colture pure di
laboratorio
• Molti altri sono stati definiti
da sequanze rDNA da matrici
ambientali. Possono esserne
classificati tanti altri
• quando si isolano i nuovi micro. In ognuno di questi fila ci sono delle

colture che servono per classificare tali micro. I cosiddetti non
coltivabili, fino a quando non vengono coltivati non possono essere
classificati. sono stati definiti non da colture pure, Si conosce più o
meno, dove collocarli nell’albero filogenetico grazie alle loro
sequenze di dna.
ESCHERICHIA COLI si colloca nella glasse gamma
Classificazione Filogenetica Definizione
di specie:
Unità tassonomica specie, è la fondamentale evidenzia che le specie microbiche
presentano una variabilità interna superiore rispetto a animali o piante. È
importante avere delle cellule coltivate perché si ha un riferimento. uomo
appartiene a stessa specie, ma abbiamo dna più simile rispetto a batteri che
fanno parte della stessa specie. Questi invece hanno dna molto più diverso,
variabilità molto diversa.
Le specie microbiche sono caratterizzate da differenze sia fenotipiche che genotipiche
CEPPO:
sono delle cellule identiche, che costituiscono un unico ceppo, (derivano dallo stesso
organismo), ma possono esserci anche ceppi diversi, anche molto diversi tra loro, e
possono far parte della stessa specie, questi si chiamano CEPPI TIPO.
Nell’ambito dell’escherichia coli possono esserci diversi ceppi, anche molto tossici per
l’uomo che possono portare problematiche e patologie gravi, e possono esserci anche altri
ceppi di escherichia che non sono così patogeni ma appartengono tutti alla stessa specie.
“CEPPI TIPO” (riferimenti universali ai quali ci affidiamo per capire se un micro appartiene
ad una stessa specie o no ) o “REFERENCE STRAIN” sono organismi che derivano tutti
dallo stesso organismo, dallo stesso individuo, tutti uguali, appartengono allo stesso ceppo.
Ma possiamo anche avere ceppi diversi all’interno di uno stesso organismo che
rappresentano la variabilità genetica della medesima specie.
• Nella Tassonomia microbica: la specie è l’unità tassonomica
fondamentale. Abbiamo cercato una definizione pertinente alle
caratteristiche dei porcarioti. in passato, non si dava una definizione
esatta, negli organismi superiori è più semplice dare una definizione a
specie, ovvero organismi interfertili, capaci di dare origine a un
individuo, trasferire dna a una progenie. Nei procarioti dove invece non
c’è la riproduzione sessuale è più complicato dare una definizione.
– Definizione classica: Una collezione di batteri che hanno in comune
molte caratteristiche e differiscono significativamente da altri gruppi
di batteri. Fino a un certo punto questa è stata valida. Non ci sono
paletti che dicono questo appartiene, questo invece no. Escherichia
coli ci sono diversi ceppi tipo di riferimento, così possiamo decidere
se un organismo appartiene ad una specie, per una similarità con i
ceppi tipo. Noi abbiamo colture di riferimento.
– Le specie sono identificate per confronto con ceppi tipo:
colture pure di riferimento ben caratterizzate.
– Ceppi diversi rappresentano la variabilità genetica
nell’ambito della stessa specie
Ceppo tipo: scelto tra i ceppi della specie e
serve come riferimento per le
caratteristiche della specie stessa.
Saranno inclusi nella specie tutti i
ceppi con caratteristiche
sufficientemente simili al ceppo tipo.
Rientrano in collezioni di microrganismi a

disposizione della comunità scientifica.
Con l’attuale tassonomia molecolare possiamo
confrontare isolati in laboratorio con ceppi
tipo, e dire con precisione se un batterio
appartiene a una specie o meno
BANCHE, laboratori dove sono conservati ceppi tipo di diversi organismi. Alcuni hanno ceppi tipo di organismi
molto patogeni, tipo il pasteur di parigi. Dsmz noi siamo in grado di acquistare dei ceppi che usiamo come
riferimento per analisi fatte in laboratorio.
Classificazione Filogenetica Definizione
di specie:
Gruppo di ceppi che rivelano una omologia
Di DNA-DNA uguale o superiore al 70%
oppure
Un’altra alternativa è considerare il dna che
codifica l’RNA 16s(buon marcatore molecolare):
il gene che codifica per l’rna ribosomiale viene usato per ragioni
di tassonomia. batterio il cui RNA 16s abbia una sequenza che
differisce per meno del 3% da quella del ceppo tipo (presenta
il 97% similarità) viene considerato appartenente alla stessa
specie del ceppo tipo. Molto semplice così da definire.
Parametri decisi a tavolino, quando siamo stati in grado di
studiare dna.
Ad esempio isolo il micro in lab e seuqenzio il dna cromosomiale e
inserisco info su portali pubblici e disponibili. Mi viene una % di
similarità rispetto al dna cromosomico dei ceppi tipo.
Perchè l’rDNA 16s per la filogenesi batterica?
Gene presente in tutti i ribosomi batterici, anche negli archea. Negli eucaria sarà
18s, perché negli eucarioti il 16s non c’è. Rna ribosomiale muta di meno, velocità
minore, può essere un ottimo marcatore molecolare .
Ribosomi che servono per sitetizzare proteine, vengono mutati per
mutazioni casuali, ma queste non vengono mantenute perché, non
sono funzionali.
Struttura rRNA ha subito poche modifiche le mutazioni non
vantaggiose  letali
Si è scelto 16s, per un fatto di lunghezza, informazione
gnetica.Sequenza rRNA 16s è costituita da 1500paia di basi (essendo a
doppia elica, buon compromesso tra la 5s (troppo piccolo)(120b) e 23s
(3000)(troppo grande)
Su questo dna ribosomiale si sono regioni(frammenti di dna) più
conservate (sappiamo essere in tutti i batteri piuttosto simili, per confrontare
organimsi anche diversi)per confrontare organismi non strettamente correlati) e
regioni più variabili (per confrontare organismi più strettamente correlati). Se
devo confrontare organismi che so essere molto lontani tra loro, confronterò una
parte dei geni più conservati, geni più variabili, li uso per organismi più simili tra
loro.
Ci sono dei NCBI – Database sequenze, dove possiamo confrntare seuqenze
che otteniamo in laboratorio, e sequenzze degli istituti che conservano i campioni.
Nomenclatura
Codice internazionale per la numenclatura dei batteri
(stabilito per la prima volta nel 1992)
Nome sistematico  basato su un sistema biomiale:
Nome genere + Nome specie (vanno sempre scritti
in corsivo)
Nome genere maiuscolo sempre!!!
Il nome della specie non è mai abbreviato, il genere sì
Il genere indica un gruppo di microrganismi di specie diverse

La specie non è mai utilizzata senza il genere.
es: Bacillus subtilis

B. subtilis
I microrganismi possono avere anche nomi comuni

diversi dai nomi sistematici!!!
Es: Meningococco – (agente che causa meningite) Neisseria
meningitis, Botulino –
Chlostridium botulinum
Quando un microrganismo non può essere
incluso in taxa noti (tassonomicamente
sconosciuto) magari perché nois iamo stati
i primi a isolarlo in laboratorio, è necessaria
un’approfondita caratterizzazione per
descrivere una nuova specie (deve
essere coltivato, mantenuto in coltura
pura e classificato ).
Identificazione basata su caratteristiche
filogenetiche necessaria per microrganismi
non-coltivabili (di cui è impossibile valutare i
caratteri fenotipici) non possiamo collocarli
tassonomicamente da nessuna parte,.
Identificazione
Riguarda la caratterizzazione o la conoscenza delle
proprietà di un microrganismo. Classificare in base
a caratteristiche. Studio il ceppo, e cerco di
identificarlo, comprensione della specie di
appartenenza dell’organismo.
Composizione della parete, morfologia, test
biochimici, DNA
Determinare a quale specie appartiene un
organismo confrontandolo direttamente con gruppi
tassonomici noti
Il riferimento per la microbiologia, per
l’identificazione dei batteri, è il Bergey’s Manual of
Deterministic bacteriology. Come fosse l’elenco
telefonico dei microrganismi
Procedura di identificazione
Come classificare micro dal unto di vista molecolare. Parto da una Matrice , ovvero con
Isolamento(diretto o per arricchimento) Ottenimento isolato/i colture pure. Poi
seleziono colonia, e la pongo in una microprovetta, da questo materiale cellulare
estraggo dna, che può essere sentenziato, da aziende apposite. Ci verrà poi inviato il
sequenziamento e inseriamo nel sito, portale pubblico la seuqnza del micro. Il sito mi
restituirà delle % di similarità. Verrà fuori se organismo appartiene a una taxo noto, cioè
se stato già classificato o è un taxo nuovo, quindi dobbiamo classificarlo noi
Estrazione
DNA
Sequenziamento
del rDNA 16S
Sequenziamento del Analisi
rDNA 16S sequenze
Confronto con sequenze note su database
NCBI
Microrganismi eucarioti
I microrganismi eucarioti hanno tutte le caratteristiche caratteristiche delle cellule eucariotiche e si
trovano nel albero filogenetico dalla parte degli Eukarya in particolare quello che possiamo definire
come microrganismo eucariotici, quindi microrganismi sono quelli che hanno apparati che non sono
visibili ad occhio nudo e quindi abbiamo i funghi, abbiamo poi protozoi che sono distribuiti (come si
può vedere nella foto sottostante a destra). Su questo albero filogenetico non compaiono ad esempio
è le alghe ma sono incluse le alghe in questo discorso.
CELLULA EUCARIOTICA
Sommariamente quali sono le caratteristiche
fondamentali delle cellule eucariotiche che
hanno una cellula molto più complessa
articolata rispetto a quella dei procarioti.
Quindi in pratica moltissime delle funzioni che
nei procarioti sono svolte liberamente nel
citoplasma o a livello di membrana, negli
eucarioti invece sono svolti a livello di organuli
specifici. Come ad esempio l’apparato del
citoscheletro, le proteine del reticolo
endoplasmatico, l’apparato di Golgi, i
mitocondri, il nucleo e così via. Quindi
abbiamo una cellula molto complessa, la cosa
importante da ricordare e che appunto la
respirazione rispetto ai procarioti avviene a
livello dei mitocondri e che nel caso degli
eucarioti anche se sono microrganismi è
possibile che ci sia una moltiplicazione
sessuale oltre che quella asessuata che è
presente nei procarioti. Chiaramente non
dimentichiamo la presenza di un nucleo, che è
la prima caratteristica che ci differenzia le due
tipologie di cellule.
Un’altra considerazione importante da
fare e che i ribosomi degli eucarioti sono
del tutto simili come funzione struttura a
quelli dei procarioti quello che cambia è
la dimensione e le tipologie di RNA che
sono incluse nei ribosomi. Anche qui
abbiamo RNA ribosomiale nel caso in
cui consideriamo RNA ribosomiale come
marcatore molecolare ciò che viene
paragonato al 16S batterico degli archea
per fare gli alberi filogenetici nel caso
degli eucarioti è il 18S comunque
sempre RNA ribosomiale. Ribosomi che
quindi sono costituiti sia da RNA che da
proteine e hanno sempre una subunità
maggiore e una subunità minore e poi
nella loro funzione diciamo attiva e
chiaramente devono essere assemblati
in maniera che le due subunità entrino a
contato. La funzione, ruolo è
esattamente lo stesso, quindi di sintesi
delle proteine. Quello che cambia poi è
la dimensione del ribosoma perché
chiaramente le subunità hanno peso
differente quindi a fronte di un ribosoma
procariotico di 70S negli eucarioti
abbiamo un ribosoma di 80S.
Ricordiamoci che la cellula eucariotica deriva da
fenomeni di endosimbiosi in cui la linea che stava
diventando l’eucariota moderno ha assimilato da
una parte i cloroplasti e c’è stata la trasformazione
nelle cellule vegetali e dall’altra parte i mitocondri e
ha acquisito la possibilità di svolgere la respirazione.
Quindi le cellule eucariotiche moderne derivano
sostanzialmente da fenomeni di endosimbiontico di
procariotico.
Protozoi
• Protozoi sono a tuti gli effetti eucarioti, quindi hanno queste cellule assolutamente molto
differenziate(in greco “primi animali” perché hanno già delle funzioni che gli avvicinano molto al
gruppo filogenetico degli animali)
• Filogeneticamente diversi (organismi che ad un certo punto hanno preso la loro linea evolutiva, ma
sono abbastanza diversi tra di loro)
• Ambienti acquatici spesso hanno modalità di movimento in ci nell’abitat acquatico riescono a
muoversi per captare le condizionimigliori
• Molti Parassiti di animali infatti li incontriamo molto nella microbiologia medica proprio
perché sono veicolo di malattie in quanto si avvicinano alla cellula animale proprio per
sfruttarne le caratteristiche nutrizionali.
• Fagocitosi (Procarioti) possono nutrirsi di batteri e archea, vanno ad assimilare per intero la
cellula batterica. È un processo molto importante nel suolo perché i protozoi fanno una sorta di
regolazione del numero dei batteri presenti.
• Diffusi in albero filogenetico eucarioti
Alcuni gruppi di protozoi, tutti quanti con rappresentanti che possono essere patogeni per l’uomoe
per gli animali. Spesso appunto colonizzanti sistemi acquatici
FLAGELLATI
APICOMPLEXA
CILIATI
AMOEBE
Alghe
Per quanto riguarda le alghe che invece in microbiologia agraria hanno un ruolo sicuramente maggiore, le
alghe le abbiamo già citate quando abbiamo parlato di fototrofia, perchè effettivamente le alghe ricavano
l’energia necessaria al loro metabolismo dalla luce, anche le alghe solo FILOGENETICAMENTE DIVERSE, non
diverse quanto i protozoi, hanno la caratteristica di avere relazioni da un punto di vista filo genetico
comunque sia con le piante che protozoi, diciamo che hanno dei tratti comuni con i protozoi e con le piante.
Possono essere sia unicellulari che pluricellulari, quelle pluricellulari spesso vengono definite filamentose e
hanno un’AMPIA DIFFUSIONE AMBIENTALE cioè troviamo delle alghe da ecosistemi ad esempio molto
freddi, ecosistemi caldi e umidi quindi non hanno diciamo un'ecosistema prediletto per svilupparsi
solitamente però richiedo la presenze di acque, a meno che non siamo in situazioni particolari di simbiosi
che vedremo più avanti in cui posso eventualmente svilupparsi anche in ambienti aridi. Come distribuzione
rispetto ai parametri ambientali possono anche essere la pressione selettiva ha creato dei fila che si sono
adattati anche a condizioni estreme, alcune alghe sono ACIDOFILE, (ad esempio l’alga rossa Cyanidium che si
sviluppa in maniera ottimale a pH 2)
Le ALGHE ENDOLITICHE sono quelle che vivono in ambienti freddi e secchi ma in questo caso sono di solito
in comunità, diciamo in simbiosi con cianobatteri e funghi a formare dei licheni. Quindi nel caso in cui le
alghe rientriamo a contribuire alla simbiosi che sfocia nella costituzione dei licheni In questo caso le alghe
possono anche presentarsi in ambienti secchi se no altrimenti hanno bisogno necessariamente di
un’ambiente acquatico. Sono caratterizzate da un punto di vista energetico di assimilazione del carbonio da
avere degli aspetti molto comuni con le piante. Da un punto di vista della fonte di energia utilizzano la luce e
come fonte di carbonio utilizzano la CO2, quindi sono FOTOSINTETICHE e AUTOTROFICHE ciò non toglie che
però molte alghe possono accumulare anche delle sostanze di riserva e quindi possono accumulare anche
carbonio organico direttamente dall’ambiente. La PARETE CELLULARE e di CELLULOSA e le avvicina
moltissimo alle caratteristiche delle cellule vegetali
Alghe
• MORFOLOGIA le alghe sono molto varie, questo però

ci consente di riconoscere i tratti morfologici in un
possibile riconoscimento
• SUOLO ACQUE
• CLOROPLASTI che svolgono la fotosintesi, come nelle
piante, quindi sono degli eucarioti recenti e
fotosintetici
• Possibilità di svilupparsi in ecosistemi OLIGOTROFI,
quindi in ecosistemi in cui i nutrienti non sono
abbondanti (caratteristico di molti ecosistemi
acquatici)
• PRODUTTIVITA’ PRIMARIA quella chenormalmente
è svolta dalle piante negli ecosistemi terrestri
FUNGHI
Venendo invece ai funghi che sono diciamo ai microrganismi che più ci interessano nell'ambito di
questo corso, vediamo quali sono le caratteristiche che accomunano tutti i funghi e le caratteristiche
che ci interessano maggiormente. Allora ovviamente stiamo parlando di EUCARIOTI organismi come
le alghe e i protozoi con una cellula molto differenziata, con funzioni specifiche e localizzate. Da un
punto di vista nutrizionale questa è una cosa che bisogna ricordarsi molto bene, tutti i funghi sono
ETEROTROFI, questo è un aspetto importantissimo perché il fatto di essere eterotrofi è proprio ciò
che ne governa il comportamento, l'ecologia e le funzioni. Il fatto di avere necessità di substrati
organici come fonte sia di ENERGIA che di CARBONIO. I funghi si possono sviluppare solamente a
spese di carbonio organico che posso poi ricavare in diversi modi, questo è un concetto
importantissimo da ricordare. Da un punto di vista metabolico sono molto più semplice dei procarioti
nel senso che hanno un metabolismo molto conservato. Tutti i funghi sono eterotrofi, quasi tutti i
funghi sono AEROBI, ma ci sono delle eccezioni, ma sommariamente hanno una funzione tra di loro
molto più simile rispetto ai procarioti che invece presentano una diversità veramente molto più
importante. L’altra caratteristica dei funghi è che posso essere PLURICELLULARI e UNICELLULARI
• PLURICELLULARI li possiamo chiamare muffe o funghi filamentosi
• UNICELLULARI parliamo di lieviti
Ecco nonostante i funghi unicellulari e pluricellulari possono sembrare radicalmente diversi,
comunque hanno delle cellule che funzionano esattamente nella stessa maniera, quindi cellule
eucariote e eterotrofe.
FUNGHI - habitat
• FORME di VITA più ADATTABILI, l’importante che sia presente del carbonio
organico. Colonizzano tantissimi substrati organici, tessuti animali, tessuti
vegetali ormai morti
• Esisitono 100000 SPECIE;
• Importanti REGOLATORI dell’ECOSISTEMA: perché in pratica tutta la
materia vegetale che ci circonda viene principalmente degradata e riciclata
negli ecosistemi grazie all’intervento dei funghi che sono attivi
DECOMPOSITORI della sostanza organica  Rilevanti in ecosistemi
forestali (ad esempio i nutrienti contenuti nel legno vegetale viene degradato
e reciclato principalmente ad opera dei funghi). In ffatti li troviamo negli
ecosistemi forestali, sono molto visibili. Quelli che vediamo che consideriamo
come funghi, sono i Basilio Carpi i corpi fruttiveri di alcuni funghi. Sono
presenti perché i suoli forestali sono ricchi di sostanza organica.
Alcuni funghi i lieviti intervengono nella produzione di ALIMENTI e
BEVANDE, perchè essendo attivi degradatori della sostanza organica, alcuni di
essi si sono evoluti per fermentare e sappiamo che la fermentazione è un punto
chiave nella produzione di alimenti e bevande
Partecipano alla formazione di MICORRIZE e LICHENI
Producono SOSTANZE TOSSICHE PATOGENI delle
PIANTE PATOGENI del UOMO per questo alcuni funghi
I funghi sono molto diversi tra di
loro, anche se hanno un
metabolismo comune. Sono
funghi le muffe che troviamo a
degradare ed alterare gli alimenti.
Sono funghi quelli che troviamo
normalmente distribuiti sugli
apparati vegetali. Nelle piastre
petri possono essere anche
presenti delle colonie fungine.
Parlando di colonie fungine,
soprattutto quelle dei funghi
pluricellulari sono molto
riconoscibili perché hanno un
aspetto vellutato che è dovuto
proprio allo sviluppo miceliare del
fungo. I funghi contengono dei
pigmenti, che creano una sorta di
colore ma non vengono usati per
la fotosintesi. La foto in basso a dx
rappresenta dei Basilium
miceti, il loro corpo
fruttifero è solo una
minima parte di un enorme e che prende i nutrienti a partire dal carbonio organico vegetale. Il corpo
micelio fungino che si fungineo serve solo per produrre spore. Il vero fungo, il tallo fungineo è
sviluppa sotto il suolo sotterraneo
Qui è rappresentata un altro esempio di
manifestazione funginea, in particolare
un marciume bianco che è il tipico
sviluppo del micelio fungino visibile di
colorazione chiara che interviene quando
la degradazione dei tessuti legnosi e già
abbastanza avanti. Quindi quando il
legno viene degradato, viene degradato
ad opera di funghi che agiscono in
successione questo particolare è un
agente di marciume bianco quindi sono
dei funghi che riescono a degradare
anche la lignina che portano poi alla
completa degradazione del legno
Qui un altro particolare che ci fa vedere forse meglio rispetto a quello precedente l’andamento concentrico
delle colonie fungine che hanno sempre l’aspetto molto radiale con questi colorazioni che mi raccomando
nonostante fossero talvolta avere anche delle colorazioni simili al verdognolo o marroncino questo verde non
deriva da clorofille e non è in nessun modo coinvolto nella fotosintesi. Questo micelio però è diretta
riflessione della struttura del fungo e delle sue modalità di diffusione.
• Si riproducono per mezzo di spore, sia meiotiche (sessuali) che mitotiche(asessuali),
quindi hanno questa predisposizione per svolgere entrambe le modalità di
riproduzione a seconda:
– della specie le modalità saranno diverse (non tutte le spore sessuali vengono prodotte nello stesso
modo, ma a seconda dei fila vengono prodotte in maniera diversa, anche le spore asessuali hanno
delle caratteristiche di diversità)
– delle condizioni ambientali sono importanti per svolgere le modalità sessuale o asessuale
Ogni gruppo di funghi ha spore caratteristiche.
La moltiplicazione asessuata è più comune rispetto a quella sessuale. Perché la
riproduzione sessuale ha dei dispendi energetici superiori perché le spore sessualisono
più durature.
• Dal punto di vista genetico si alternano le fasi nel ciclo vitale dei funghi. Possono essere:
Aploidi (n), diploidi (2n) e dicariotici (o dicariofitici) (n+n)
• Parete cellulare è presente e fa si che siano molto resistenti le cellule fungine e come strutturae
simile alla cellulosa, ma è chitina esclusiva per i funghi (polimero lineare simile alla cellulosa)
• Classificazione inizialmente difficile  tratti comuni sia con cellule animali che vegetali
perché sono organismi che conservano caratteristiche comuni sia agli animali che hai vegetali ad
esempio hanno crescita apiale come le piante, però il metabolismo è tipico degli animali, quindi
non è un metabolismo fotosintetico ma un metabolismo respiratorio della sostanza organica
come per gli animali . Però lo sviluppo delle ife fungine è del tutto simile allo sviluppo delle radici
e poi i funghi hanno una parete come nelle cellule vegetali (es: Glicogeno: polisaccaride di
riserva, come nelle cellule animali, hanno degli aspetti che li avvicinano sia al mondo animale
che al mondo vegetale.
Dal punto di vista evolutivo i funghi sono vicini sia al mondo animale che vegetale. Fino ad
un certo punto c’è stato un progenitore comune di questi tre gruppi di organismi che
adesso evidentemente si sono differenziati così tanto ma sono originati dallo stesso
progenitori e soprattutto i figli hanno mantenuto delle caratteristiche sia vicine agli animali
che alle piante.
PARETE FUNGINA
Componente principale la CHITINA, polimero lineare di residui di
N-acetilglucosammina (è un amminozucchero che abbiamo trovato presente anche
nel peptidoglicano) con collegamenti ß-1,4, e i GLUCANI (polimeri ramificati del
glucosio) MANNANI e anche delle GLICOPROTEINE. Determina la FORMA, la
parete proteggie dalla LISI OSMOTICA
Composizione può variare nei diversi phyla. Sempre presente la chitina, variano gli altri
componenti
Quindi abbiamo batteri con parete di peptidoglicano, funghi con paretedi

N-acetilglucosammina, piante con pareti di cellulosa.
Plasmalemma
Microfibrille di
Glucaniamorfi Strato proteico chitina immerse in
Reticologlicoproteico proteine
immerso in proteine
CHITINA
Allora quello che hanno in comune tutte queste pareti è quello di avere
un’amminozucchero in questo caso (il glucosio della cellulosa non è
un’amminozucchero) ma quello che si conserva è il legame ß-1,4 presente anche
nella chitina così come nella cellulosa, così come nel peptidoglicano che è
evidentemente un legame abbastanza resistente alla degradazione.
www.ocean.udel.edu/.../Research/chitin.html
Altri componenti cellulari
• Glicoproteine (proteine che hanno una fase zuccherina)
• Melanine pigmenti non coinvolti nella fotosintesi (conferiscono
resistenza a lisi enzimatica, forza meccanica e proteggono le cellule
da UV,radiazione solare e disidratazione)
• Glucani e mannani in percentuale variabile a seconda dei phyla e
di solito si trovano nello strato superiore rispetto alla chitina.
Funghi – Caratteristiche generali
• Sia unicellulari (LIEVITI) che multicellulari (FILAMENTOSI)
In alcuni  specializzazione cellulare (quindi cellule differenziate a
secondadella funzione, es: cellule deputate per la moltiplicazione, cellule
deputate all’assimilazione di nutrienti)
Funghi dimorfici per cui hanno differenti parti del fungo deputatia
funzioni diverse
• Si nutrono per assorbimento (esoenzimi ovvero enzimi che vengono prodotti

esternamenete dalla cellula e servono per degradare le molecole grandi e
complesse) ad esempio lignina, cellulosa la sostanza organica vegetale viene
degradata dal fungo esternamente al fungo stesso. Il fungo poitrasporta
all’interno di se solamente inutrienti
• Grande variabilità dimensionale e di forme

Struttura del micelio fungineo
Com’è organizzato il micelio fungineo? Quando parliamo di micelio parliamo sempre di funghi
pluricellulari perché nel caso dei lievito non formano micelio. Per micelio si intende insiemi di IFE
FUNGHI pluricellulari
FUNGO: struttura filamentosa plurinucleata e
interconnessa. Citoplasma cellule racchiuso in un
sistema di tubi molto ramificati IFE
Le IFE hanno l’aspetto simile alle radici vegetali. Lunghi
filamenti tubulari a crescita polarizzata ramificano in
successione secondo una CRESCITA APICALE
Il reticolo di ife nel suo in sime poi insieme alle strutture di
IFA
moltiplicazione e replicazione costituisce il MICELIO funghineo
MICELIO
Qui vedete qualche dettaglio al microscopio ottico come appare il fungo in questo caso ad un
ingrandimento 40X e nella foto in basso con uno zoom di maggiore dettaglio per cui vedete
proprio questi filamenti che sono proprio le ife fungine. All’interno di queste ife sono contenute
le cellule nei funghi filamentosi. Qui vedete proprio le ramificazioni e il senso che danno di
crescita polarizzata proprio perché sono tubulari e quanto risultano poi simili effettivamente alle
radici dei vegetali.
Quando parliamo del micelio fungineo insieme alle spore che vengono poi prodotte per la riproduzione
sessuale per la moltiplicazione asessuale l’intra struttura la definiamo TALLO. Il TALLO fungino è proprio
l’insieme di tutto il fungo. Quindi le ife, le spore, i corpi fruttiferi. Non tutti i talli fungini sono uguali perché
chiaramente noi abbiamo una diversità morfologica anche se fortunatamente in questo caso ci aiuta anche
a riconoscere i funghi da un’osservazione anche al microscopio perché a differenza dei batteri la diversità
morfologica è correlata alla classificazione. Quindi vedremo che ci sono delle caratteristiche specifiche
morfologiche per i diversi fila, cosa che nei procarioti non succede. Il micelio viene definito come la parte
ecologicamente attiva dei funghi, cioè quella ha una funzione, quella che è coinvolta ad esempio nella
degradazione della sostanza organica o dei fenomeni di patogenicità nei confronti degli animali e delle
piante quindi è il micelio che svolge le funzioni che al fungo servono per assimilare in nutrienti a partire dal
carbonio organico a disposizione. Possiamo definire due parti del micelio, se si immagina (lo schema di una
capsula Petri, disegno sotto) dove si sviluppa colonia fungina, se noi guardiamo questa capsula da vicino in
una situazione di questo tipo vedremo che c’è una parte di micelio che affonda nell’agar e una partedi
micelio che sta fuori che è quella parte vellutata polverosa. Diciamo che il micelio che si sviluppa verso l’aria
viene definito come micelio aereo o di diffusione perché sarà in quella parte che verranno prodotte le ife
che poi verranno veicolate dall’acqua dal vento dagli animali. Mentre il micelio che affonda nel substrato è
un micelio nutrizionale, cioè da cui il fungo in pratica assorbe i nutrienti.
Vedendola in un altro modo dobbiamo immaginarci la situazione di questo tipo, noi abbiamo delle ife
aeree e il micelio invece nutrizionale. Il micelio nutrizionale semplicemente ha una parte delle ife che
sono dedicate all’assorbimento dei nutrienti è un po’ quello che rivediamo nel caso di basidiomiceti,
quindi abbiamo un micelio nutrizionale e un micelio aereo di diffusone dove nel caso dei basidiomiceti è
proprio costituito da corpi fruttiferi anche abbastanza articolati. Ma questo succede anche in funghi
diversi dai basidiomiceti.
Funghi pluricellulari
Ife settate o
Le ife
cenocitiche
non sono tutti uguali nel senso che ci sono due tipologie di ife. Ogni
tipologia di fungo ne può possedere soltanto una cioè
• IFE SETTATE o asettate, ovvero ife che come dice la parola stessa sono
dotati di setti
Cioè di divisioni. Il contenuto delle ife è suddiviso da setti
• IFE PRIVE DI SETTI o cenocitiche dove non ci sono questi setti e il
materiale cellulare è libero sostanzialmente di muoversi attraverso le ife
perché i setti non sono presenti. Vedremo poi in particolare per tutti i fila
però in generale le ife settate nei funghi più evoluti, cioè i funghi più antichi
meno evoluti hanno ife cenocitiche mentre i funghi più evoluti hanno ife
settate questi setti poi sono dotati evidentemente di pori dove poi
chiaramente il materiale cellulare può migrare da un setto all’altro.Cioè
questi senti non sono stagni ma il materiale ovviamente, soprattutto le
sostanze nutritive possono passare da un setto all’altro.
Come ci dobbiamo immaginare queste due tipologie di micelio? Quello CENOCITICO, le ife, i pallini
rappresentano i nuclei delle cellule e si può vedere che non c’è suddivisione. Le cellule con la loro membrana
cellulare e la parete nella foto a destra si vede come risultano al microscopio ottico quindi filamenti continui
evidentemente qua i nuclei non si vedono tanto perché è un ingrandimento che magari non ci consente di
vedere in dettagli i nuclei, ma si vedono molto bene i filamenti che non sono suddivisi.
Viceversa qua vediamo le IFE SETTATE l’esempio quindi dove abbiamo questi filamenti ramificati a crescita
polarizzata che sono suddivisi in comparto ogni comparto corrisponde alla cellulare anche se in alcuni casi in un
comparto ce ne possono essere più di una ma in generale è così, e così e come le vediamo invece le vediamo al
microscopio quindi questi setti sono molto bene visibili. Per ottenere questi preparati in cui sono osservabili
queste caratteristiche non necessitano di nessuna preparazione. Cioè mentre nei batteri devono essere colorati e
visti ad un ingrandimento molto elevato ad esempio 100X per vedere bene la morfologia, la morfologia dei
funghi è già perfettamente visibile 10X o 40X ma soprattutto non richiede la riparazione quindi la colorazione.
Quindi quello che vediamo qua esattamente come appare un fungo prelevato posto su un vetrino in una goccia
d’acqua.
IFE non settate

CENOCITICHE
IFE
settate
Modificazioni delle ife
Le ife seppure sono definite come filamenti settati o non settati, all’interno del quale c’è ilmateriale
cellulare e l’insieme di ife va a costituire il micelio, le ife possono avere delle modificazioni cheservono
per svolgere delle funzioni specifiche. • Un altro esempio sono gli anelli che sono prodotti
• Allora il primo esempio, è l’esempio di una dai così detti funghi trappola, che sono dei funghi
simbiosi tra pianta e fungo, questa simbiosi si presenti naturalmente nei suolo, che possono
chiama SIMBIOSI MICORRIZZICA. La essere usati anche come agente di lotta biologica e
modificazione è costituita da queste strutture quello che vedete, è che l’HYPHAE differenza un
che vedete qua che sembrano delle mani, e si anello che serve per intrappolati il NEMATODE che
chiamano HAUSTORIUM. Servono al fungo per ci passa attraverso. Quindi c’è questo anello,
entrare in stretto contatto con il materiale l’ematode ci passa attraverso, all’interno dell’anello
cellulare della pianta, qua è evidente il sono presenti dei recettori quando qualcosa
fenomeno di simbiosi, dove appunto il fungo e attraversa l’anello, l’anello si rigonfia grazie al
la pianta potranno poi scambiarsi i nutrienti richiamo di acqua per pressione osmotica e va ad
coinvolti nello scambio della simbiosi. intrappolare la preda, che in questo caso è il
nematode affinchè poi il fungo possa nutrirsi del
carbonio organico all’interno dell’organismo.
Quindi come modificazione delle ife

abbiamo delle strutture dedicate a
funzioni specifiche. Esempio
HAUSTORIUM nelle MICORRIZZE e
ANELLI nei funghi trappola.
Ciclo vitale dei funghi
Partiamo dal fatto che le spore sessuali o asessuali, quindi le MEIOSPORE quando parliamo di
spore sessuali e le MITOSPORE quando parliamo di fase vegetativa. Sono proprio due fasi diverse
che hanno due significati ecologici differenti.
Fase sessuata: Spore sessuali, nomi

diversi a seconda del gruppo.
È dedicata alla SOPRAVVIVENZA della SPECIE Zigospora

Il fungo riesce ad investire energia che deriva dal
catabolismo per produrre delle spore che
tendenzialmente sono molto resistenti, spesso
sono incluse in corpi fruttiferi e quindi sono delle
spore nelle quali il fungo investe per la
sopravvivenza della specie. Però è un processo
che i funghi tendenzialmente svolgono solamente
quando si verificano le condizioni adatte.
Più comunemente nella fase del ciclo vitale dei funghi abbiamo la FASE VEGETATIVA o ASESUATA
Fase vegetativa o asessuata:
Le spore vegetative (conidi) che sono una PRESENZA
COSTANTE nell’ARIA, se noi andassimo a campionare l’aria
troveremo in continuazione spore MITOTICHE o CONIDI
derivanti da un processo asessuale, perché sono le modalità
con cui i funghi investono sostanzialmente per diffondersi
nell’ambiente. La PROPAGAZIONE della SPECIE invece è Conidi di Alternaria sp
legata alla diffusione di conidi che sono costantemente
prodotti. La loro diffusione è legata ad agenti quali vento,
acqua, uccelli, insetti, altri animali e l’uomo.
Le spore sia sessuali che asessuate variano da un punto di vista proprio morfologico e
di produzione a seconda del PHYLUM.
Ad esempio la Zigospora, viene E la stessa cosa con le spore
prodotta come spora sessuale dagli vegetative, come ad
zigo miceti, ha una struttura esempio con i Conidi di
caratteristica, riconoscibile e non è Alternaria sp
simile a nient’altro, quindi quando Conidi di Alternaria sp.
la si vede è facile capire che si sta
Zigospora guardando uno zigo micete
• Riproduzione sessuale ed asessuata possono essere separate nel tempo e nello spazio. Nel
senso che noi possiamo avere un fungo che ad esempio in una parte del micelio si dedicaalla
riproduzione sessuata, mentre il restante micelio fa una moltiplicazione asessuata e quindi
separazione nello spazio oppure separazione nel tempo, cioè per un certo periodo dell’anno
si moltiplica o per un certo momento si moltiplica asessualmente e poi quando arrivano le
condizioni giuste inizia a fare riproduzione sessuale. Quindi separazione nel tempo e nello
spazio. Per questa ragione sono stati trovati dei termini che definiscono queste due fasi, che
possono essere separate
• Teleomorfo: intendiamo la zona del micelio dedicata alla fasesessuale
• Anamorfo: fase asessuate
• Influenza anche delle condizioni ambientali, ad esempio la presenza eccessiva di umidità
porta allo sviluppo di muffe
• L’olomorfo si intende l’intero fungo, includendo sia lo stadio sessuale che asessuale quando
entrambi sono presenti, perché ci sono dei funghi che in realtà non hanno entrambe le fasi
(funghi imperfetti).
• Anamorfo: fase asessuale, avviene mediante tre modalità anche esse variabili a secondadei
diversi phyla
– Crescita e diffusione del micelio, le ife crescono, si diffondono, hanno una crescita apicale
quindi ci sarà una sintesi, una moltiplicazione cellulare a livello del micelio e ramificazioni,
quindi nello stesso modo di come ci immaginiamo lo sviluppo e la diffusione delle radici dei
vegetali.
– Divisione cellulare per Gemmazione (Lieviti che svolgono la moltiplicazione asessuata
mediante la gemmazione. Per cui il fenomeno in cui una cellula madre inizia a produrre una
protuberanza che diventerà la cellula figlia, quindi diversa dalla scissione binaria)
– Mitospore = spore che si formano per via asessuale che sono dedicate alla propagazion, che
possono essere trasportate dal vento (mitosi) comunemente chiamate conidi. Le mitospore
possono essere prodotte liberamente, quindi singolarmente ma possono anche essere
racchiuse dentro a delle strutture che si chiamano SPORANGI
• Teleomorfo: fase sessuale
– Meiospore = spore che si formano da riproduzione sessuale (meiosi),
quindi dove c’è il coinvolgimento di due gameti,che uniscono il loro DNA.
Poi con modalità diverse a seconda del phyum, ma il telomorfo riguarda
esclusivamente questa fase
Le spore fungine sessuali (meiospore) e asessuali (mitospore) si formano:
– Direttamente sulle ife (Conidiofori)
– Negli sporangi
– Corpi fruttiferi
Spore prodotte direttamente Sporangio, quindi è un ifa che Il corpo fruttifero, come si può capire
sulle ife. Quindi l’ifa al suo alla sua estremità contiene una dalla morfologia, dall’istologia di
apice produce delle spore vescicola in pratica in cui quest’immagine, si può capire che il
(pallini blue). In questo caso vengono prodotti conidi. A corpo fruttifero è una sistuazione un
sono delle mitospore, maturità, questa vescicola po’ più complessa. Il corpo fruttiferoè
prodotte all’estremità dell’ifa esplode e libera i conidi caratteristico invece esclusivamente
che poi verrannoliberate all’esterno. della produzione di meiospore . In
questo caso abbiamo l’esempio di un
corpo fruttifero che viene prodotto
dagli ascomiceti. Al suo interno saranno
presenti le spore sessuali che verranno
poi liberate.
Amanita Corpo fruttifero
che al di sotto contiene
delle lamelle,e da quelle
lamelle vengono liberate
Penicillium Ifa produce i
le spore sessuali conidi, quindi stiamo
parlando di mitospore.
Pilobolus Sporangio All’apice delle ife non sono
che ha una vescicola racciusi da uno sporangio
all’apice che poi andrà ma liberi che poi si
in lisi e andrà a liberare staccheranno.
i conidi che sono al suo
interno
Spore
Le spore sono delle strutture monocellulari chiaramente germinano. Il senso della spora e
come se fosse (anche se il paragone è ovviamente molto lontano) come se fosse quello di un
seme,quindi la spora che sia sessuale o asessuale va a germinare e dare origine a un nuovo
micelio. Le spore asessuate siamo in grado di definirle in base a delle caratteristiche
morfologiche che ci permettono di riconosce al microscopio e le definiamo
Artrospore o artroconidi (disarticolazione del micelio)
– Blastospore
– Clamidospore
– Conidiospore
– Zoospore
Questa è una terminologia che in genere quando parliamo di spore asessuate parliamo in
genere di conidi e anche sui libri di testo sono chiamati così. Però invece a seconda proprio
della morfologia se volessimo essere precisi ci sono delle tipologie diverse di spore asessuali
che vengono chiamate in modo differente.
SPORE VEGETATIVE:
Artrospore: si formano per frammentazione dell’ifa, quindi noi abbiamo delle ife
settate, semplicemente si interrompe l’ifa a livello del settoe libera una spora.
Queste spore hanno una forma sferica o cilindrica perché derivano effettivamente
dalla frammentazione dell’ifa e normalmente presentano una parete abbastanza
ispessita
SPOREVEGETATIVE:
Blastospore: simili a gemme di lievito. Si chiamano così

perché hanno una morfologia che ricorda molto la
germinazione dei lieviti. Effettivamente si creano delle
gemme che poi a partire sempre dalle ife vengono liberate,
ma vengono prodotte per gemmazione.
SPOREVEGETATIVE:
Clamidospore: sono spore prodotte sempre liberamente sulle ife, hanno la
caratteristica di essere molto tondeggianti, con una spessa. Si formano lungo l’ifa oalla
sua estremità.
SPOREVEGETATIVE:
Conidiospore: (conidi) si formano all’estremitàdi ife, non esiste uno

sporangio, però sicuramente una produzione molto localizzata solo
all’estremità dell’ifa.
Questi sono i funghi come penicillium, aspergillus che all’estremità hanno questo
rigonfiamento dal quale partono delle catene di conidio spore, che poi si staccano
e andranno a germinare in prossimità del fungo oppure saranno trasportate dal
vento, dall’aria edall’acqua.
SPORE VEGETATIVE:
Sporangiospore: si producono dentro lo sporangio come ad esempio nel caso

degli zigomiceti che si forma all’estremità delle ife (sporangiofori). Gli
zigomiceti che danno origine a questo tipo di strutture sono molto comuni e
sono stati tra i primi funghi ad essere osservati. Le sporangiospore sono
appunto prodotte sempre all’estremità delle ife, ma incluse all’interno di uno
sporangio. In pratica l’ifa che le produce si chiama SPORANGIOFORO, lo
sporangio è la vescicola, all’interno c’è una struttura che si chiama COLUMELLA,
che a maturità richiama acqua, si gonfia e fa esplodere lo sporangio liberando le
sporangiospore che sono al suo interno.
Crescita delle ife dalle spore
Quando puoi queste sposare a prescindere dalla loro origine vengono prodotte, vengono
liberate dopodiché raggiungono l’opportuno substrato. Raggiunto l’opportuno substrato
queste spore germinano come in questo modo qua:
una storia inizia a produrre un’ifa che poi via via si ramifica sempre di più a formare un
micelio e non a caso vedete questa struttura circolare perché poi la struttura che darà
origine a quelle colonie funginee che avete visto avere un’aspetto circolare perché e così
che ha origine il micelio che diffonde in tutte le direzioni esattamente come le radici
delle piante.
Spora in
germinazione
micelio
Crescita ifale
Le ife crescono all’estremità, quindi c’è una crescita polarizzata e quindi a partire dalla spora che sta
germinando abbiamo questa crescita polarizzata perché abbiamo una parente rigita con
un’estremità elastica che via via cresce
Pareterigida Solo l’estremità è elastica
https://www.youtube.com/watch?v=DH2AVRBbb10
FUNGHI
Epluricellulari
infatti se noi andiamo a guardare in questo caso e un fungo pluricellulare con il micelio senza setti quindi
cenocitico, non importa, succede nel caso dei micelli settati nello stesso modo. Se noi andiamo a guardare
al microscopio in questo caso con ingrandimento molto maggiore, stiamo parlando di microscopia
elettronica, all’interno dell’ifa che cosa succede? Succede che all’estremità quindi all’apice ifale il fungo è
ricco di vescicole, ribosomi e mitocondri perché è una parte in continua crescita, è la parte del fungo che
sta crescendo è il fungo ha proprio questa crescita apicale che fa si che il micelio sarà costituito da filamenti
ifali. APICE IFALE
IFA
VESCICOLE
RIBOSOMI
MICELIO
MITOCONDRI
FISIOLOGIA dei FUNGHI
OSSIGENO
OSSIGENO
La maggior parte dei funghi sono AEROBI FACOLTATIVI: nel senso
che fanno respirazione aerobica della sostanza organica ma in assenza
di O2 sono in grado di fermentare ricordo che la resa energetica della
respirazione della fermentazione sono molto diverse, per cui quando un
fungo sta fermentando, che sia un lievito o un fungo pluricellulare,
questo non ha la possibilità di crescere molto proprio perché il guadagno
energetico ottenuto dalla fermentazione è molto basso
zuccheri (formazione di biomassa inferiore del 10%)
Ci sono pochissimi ANAEROBI OBBLIGATI, ma che sono

fondamentali, questi appartengono ad un phyulum che si chiama:
Chytridiomycota, vivono nel rumine dove fanno fermentazione dei

carboidrati dove produrranno acido formico, acido acetico, acido lattico,
etanolo, CO2 e H2 quando non sono nel RUMINE Chytridiomycota
Anaerobi obbligati fanno respirazione anaerobica.
OSSIGENO
Quasi tutti i funghi richiedono ossigeno almeno in una fase

del ciclo vitale
Es. Saccharomyces cerevisiae (lievito per eccellenza) usato

per la fermentazione degli zuccheri, fermenta, ma durante la
fermentazione non può fare riproduzione sessuata perché la
riproduzione sessuata ha bisogno di un grande investimento
energetico quindi nel momento in cui questo lievito fermenta fa
semplicemente moltiplicazione asessuata. Quindi il
Saccharomyces cerevisiae mentre fa fermentazione può soltanto
fare gemmazione, non può assolutamente svolgere nessun tipo di
riproduzione sessuata. Quindi ha bisogno di ossigeno per svolgere
questa funzione
La sopravvivenza della maggioranza dei funghi
dipende dalle condizioni di TEMPERATURA e di
UMIDITÀ, le quali influiscono molto sullo
sviluppo di muffe e funghi ;
TEMPERATURA
La maggior parte dei funghi sono MESOFILI 10-35 ° C con

valori ottimali 20-30 ° C .
Pochi funghi sono TERMOFILI sono pochi (non ci sono funghi
IPERTERMOFILI come nei batteri)si trovano per lo più nel compost
con un minimo di 20 ° C , optimum 40 ° C e massimo 50-65
° C (Aspergillus fumigatus nel compost12-55 ° C ) .
Alcuni PSICROFILI (o PSICROTOLLERANTI) in grado di
crescere a (o sotto solo se è presente una matrice di acqua, se no
i funghi non crescono) 0 ° C e con limiti superiori 20 ° C
(Cladosporium herbarum causa di alterazioni in carni refrigerate).
UMIDITA’
Tutti i funghi richiedono la presenza fisica dell’H2O disponibile per l’acqua non
serve soltanto per il mantenimento del citoplasma, ma anche per produrre e
liberare gli enzimi extracellulari che utilizzano per procurarsi i nutrienti e
anche per assorbire i nutrienti.
pH
Molti funghi amano i Ph un po’ più acidi pH 4.0-8.5 talvolta pH 3.0-9.0 con
optimum di crescita relativamente ampi 5.0-7.0.
Diversi funghi acido-tolleranti con crescita a pH 2.0
e optimum pH 5.5-6.0.
Alcuni basofili in grado di sviluppare in coltura a pH 10-11 (Fusarium
oxysporum).
Omeostasi (meccanismi che garantiscono l’equilibri all’interno di del
citoplssmoa, nonostante a ciò che accade fuori) ATPasi, enzima che
produce ATP mentre entrano protoni, nel caso dei funghi funziona nella
direzione opposta, quindi i protoni escono e viene consumato ATP, perché
l’enzima funziona nella direzione inversa
I funghi sono eterotrofi
L’acqua è fondamentale per procurarsi il carbonio
si nutrono per demolizione esterna, vengono rilasciati
ESOENZIMI servono per degradare i polimeri,
ottenere poi i monomeri i quali poi possono essere
ASSORBITi all’interno del micelio
1) Rilascio di esoenzimi
2) Rottura enzimatica dei substrati
3) I prodotti diffondono nelle ife
Stati nutrizionali dei funghi
Abbiamo detto che i funghi sostanzialmente si nutrono di carbonio organico. Il carbonio organico
che utilizzano i funghi viene procurato dal fungo in maniera diversa. Diciamo che possiamo definirli
tre stati nutrizionali: Saprofiti, Parassiti, Simbionti. Queste sono tre modalità
diverse con cui i diversi funghi si procurano il carbonioorganico.
Saprofiti
Parassiti
Simbionti (Simbiosi mutualistica)

Stato nutrizionale dei funghi
Saprofiti
E’ una modalità di accesso al carboio organico molto comune e in pratica il fungo utilizza un
materiale organico che si sta decomposizione, quindi non fa parte di un organismo vivo. Es il
materiale vegetale morto, quindi in decomposizione.
Importanti per il riciclo degli elementi, perché la capacità funginea di andare a decomporre,
degradare il materiale vegetale è fondamentale per il riciclo delle sostanze nutritive, Carbonio,
Azoto rientrano in circolo e disponibili per gli altri organismi grazie ai funghi saprofiti che vanno
ad utilizzare il carbonio organico della lignina/cellulosa e di tutti i tessuti vegetali in
decadimento.
Parassitismo
I funghi vanno ad utilizzare il materiale organico da organismi viventi, questi
funghi che sono parassiti diventano poi dei patogeni, perché vanno poi ad indurre
nell’ospite vivente un decadimentoche nella maggio parte dei casi porta alla morte. Il
range di ospiti che può ospitare funghi patogeni e parassiti è molto parliamo da
singole cellule, a piante, animali interi. Esempio abbiamo un attacco delle bacche
dell’uva, da parte di una muffa( che poi studieremo in futuro nel corso di patologia)
botrytis cinerea e poi invece qui avete un fungo entomopatogeno che è andato ad
attaccare la larva di un insetto. Il fine sempre dei funghi anche parasti è sempre quello
di andare a procurarsi il carbonioorganico
Abbiamo poi funghi coinvolti come terzo stato nutrizionale in simbiosi. Le simbiosi riguardano due
organismi che sostanzialmente si scambiano dei nutrienti e traggono reciproco vantaggio quando la
simbiosi è mutualistica da questa associazione. I funghi sono abili simbionti, nel senso che entrano in
contatto in simbisi con tanti orgasmi e in particolare le due simbiosi fondamentali della microbiologia
agraria riguarda evidentemente le micorrizze e i licheni.
Le micorrizze che vedremo più in dettaglio perché influiscono in maniera molto importante sulla fertilità
dei suoli, riguardano l'associazione dei funghi con radici delle piante. In questo caso noi abbiamo la pianta
che cede il carbonio organico, cosa che è sempre sempre gradita all'organismo fungino e il fungo
micorrizzico che cede alla pianta nutrienti quali l’azoto, il fosforo, l’acqua, cioè il fungo in pratica va a
ampliare la radice del vegetale perché diventa esso stesso radice del vegetale.
I licheni invece i funghi sono associati con alghe o ciano batteri. Anche di questi parleremo più nel
dettaglio.
MICORRIZE
La pianta in cui alla radice è associato un micelio fungino evidentemente di funghi pluricellulari, questo
micelio fungino diventa molto efficiente nell’assimilazione dei nutrienti e poi passano direttamente alla
pianta. La pianta in cambio cosa può dare al fungo? Carbonio organico perché evidentemente i vegetali
essendo fotoautotrofi assimilano la CO2, la trasforma in carbonio organico. Questo carbonio organico
viene in parte sudato delle radici, in una forma rapidamente assimilabile perché a livello radicale le
piante producono una sostanza organica che è fatta di carboidrati semplici, zuccheri, amminoacidi,
quindi un carbonio rapidamente disponibile e immediatamente utilizzabile degli organismi della litosfera
e in questo senso il fungo micorrizzico assimila questi zuccheri e in cambio punto da tutti quei nutrienti
che riesci ad assimilare dal suolo e anche l’acqua. Nelle immagini possiamo vedere come appaiono delle
simbiosi micorrizziche dove abbiamo il micelio fungineo che agisce in maniera molto stretta ed efficiente
con la radice del vegetale
LICHENI
I licheni che sicuramente chi ama la montagna avrà sicuramente già notato. I licheni sono
delle associazioni simbiontiche in cui abbiamo i funghi che si associano o ad alghe o a
cianobatteri. I licheni hanno poi significato ecologico molto importante perché hanno tutta
una loro tassonomia, tipo una loro classificazione nonostante siano composti da due
organismi diversi quello che ci interessa in questa fase è solo capire cosa si scambiano questi
organismi. Allora se da un lato abbiamo anche i ciano batteri che evidentemente essendo
organismi fotosintetizzanti e autotrofi hanno la possibilità di prendere l’anidride carbonica è
trasformarla in carbonio organico. Il fungo invece provvede sempre per acqua, sali minerali e
tutti i nutrienti che riesce ad assimilare in maniera molto efficaci con le ife. Di licheni ce ne
sono molti e diversi, che vanno a colonizzare le rocce, fusti degli alberi come sapete e se
avete capacità di osservazione insomma avrei visto sucuramente che queste formazioni si
trovano negli ambienti più diversi, spesso in ambienti molto in ospitali, dov’è però il lichene
è vincente un centro proprio perché l’associazione di due organismi che sono complementari
da un punto di vista nutrizionale, cioè appunto l’alga è il cianobatterio che forniscono il
carbonio organico, mentre il fungo che fornisce acqua e sali minerali di cui alghe e batteri
hanno necessità.
CLASSIFICAZIONE dei FUNGHI
8a edizione di AINSWORTH & BISBY’S Dictionary of the Fungi (1995)
I funghi sono classificati in base:

alla struttura
al ciclo vitale
al tipo di ife
al tipo di spore
alla modalità di riproduzione (sessuale,
asessuale, entrambe)
5 Phyla
La classificazione è in accordo con una differenza genetica. Queste differenze rispecchiano la
differenza in termini appunto genetici di DNA. E’ possibile costruire un albero filogenetico, anche se i
funghi sono collocati in una zona intermedia tra animali e piante. Se consideriamo solo i funghi, le loro
caratteristiche genetiche consentono di suddividerli in phyla diversi. Nell’immagine sottostante sono
presenti solamente 4 phyla, perché il quindi è un phylum artificiale.
I Chytridiomycota, sono i roimi
che si sono evoluti, seguiti dai
Zygomycota, Ascomycota e
Basidiomycota. Perché
analizzando le caratterisctiche
di questi phyla,si vede come
alcune caratteristiche
evolvono. Ad esempio quando
parlavamo di micelio,
parlavamo di ife settate e non
settate e abbiamo visto che le
ife sono settate nei funghi più
evoluti, infatti Ascomycota e Aschi Basidii
Basidiomycota che sono i più Zigosporangi
evoluti hanno le ife settate.
Mentre Chytridiomycota e
Zygomycota sono funghi meno Spore mobili Classification &
evoluti hanno le ife Phylogeny
cenocitiche.
Le principali caratteristiche che discriminano questi quattro phyla sono: nei Chytridiomycota abbiamo delle
spore mobili, caratteristica unica di questi funghi, gli altri funghi hanno perso questa caratteristica nel corso
dell’evoluzione. Non hanno più spore mobili, che sono spore dotate di flagello. Gli Zygomycota sono
caratterizzati da questi sporangi (palline nere) che contengono le spore asessuali, e poi dalle zigospore, che
sono le spore sessuali. Gli Ascomycota sono caratterizzati dalle ascospore e dagli aschi che contengono le
ascospore. Basidiomycota sono i funghi più evoluti, producono le loro spore sessuali nei basidio carpi e in
particolare nei basidii.
Chytridiomycota
Meno evoluti, spore sessuali e asessuali mobili perché dotati di
flagelli posteriori
Zygomycota
Spore sessuali rivestite da una parete molto spessa (zigospore)
Ascomycota
Spore sia sessauliche asessuali, quelle sessuali formate
all’interno di una speciale cellula detta asco
Basidiomycota
Spore sessuali formate esternamente su una cellula detta
basidio
Ex-Deuteromycota - FUNGHI IMPERFETTI (perché non è

nota la fase sessuale) –
FUNGHI MITOSPORICI
Gruppo artificiale composto da membri il cui ciclo vitale non
completamente riconosciuto e impedisce di determinare la vera
collocazione tassonomica – non si conosce la fase sessuale. I funghi
imperteffi però hanno delle somiglianze con i funghi Ascomycota
Chytridiomycota
• Più semplici
• Filogenesi non risolta, cioè non si hanno tutte le informazioni filogenetiche su
questi funghi, perché alcuni di questi non sono stati coltivati, alcuni sono
incoltivabili, quindi la filogenesi non è completamente risolta anche se molte
caratteristiche sono conosciute
• Il nome deriva dalla struttura del corpo fruttifero che contiene spore sessuali
(Zoospore, perché sono dotate di flagello, che consente a queste spore di
muoversi)
• Quando rilasciate dal corpo fruttifero le zoospore sono mobili (dotate di
flagello)
• Ambienti acquatici o suoli umidi
• Quando trovano la collocazione ottimale possono poi germinare. Germinare in
strutture che possono essere raramente a cellula singola e altre a micelio (Ife)
• La loro funzione ecologica è legata alla loro capacità di degradare sostanza
organica come saprofiti ma di parassitizzare animali, ma in particolare glianfibi
(Chitridiosi delle rane)
Molto dannosi per le rane, dove vanno a formare nell’epitelio i
chitidri, cioè questi corpi fruttiferi in cui poi producono le
zoospore dotate di flagello e per questo causano una patologia
molto dannosa nei corpi acquatici che ha portato anche
all’estinzione di alcuni anfibi
Fig 31.5 Chytridium growing on spores

Zygomycota
Tipici agenti di muffe sugli alimenti. Quando troviamo della frutta o del
pane ammuffito normalemnte sono Zygomycota sono i funghi con le più
antiche documentazioni fossili, proprio perché hanno una struttura che ha
consentito la loro conservazione nel corso dei secoli
La maggior parte sono FUNGHI TERRESTRI, quindi presenti nel suolo poco appariscenti
perché hanno una dimensione piccola, non si vedono. Si vedono solo quando
producono ammuffimento nelle terrate alimentari ocome parassiti. Questi funghi sono
particolarmente diffusi in doversi compartiambientali;
Ordine Mucorales - SAPROFITI frequenti nel terreno e nelle deiezioni
animali
Ordine Glomales - formano MICORRIZE ARBUSCOLARIfacilitando
l’assorbimento del fosforo dal terreno
Ordine Entomophthorales - PARASSITI di INSETTI,
utilizzati anche nella lotta biologica
Rhizopus su fragola
Manifestazione di Entomophthorales che in questo caso ha parassizittato un insetto. Delle
Entomophthorales sono questi funghi che poi causano gli insetti zombi, i quali sono insetti
che sostanzialmente il fungo tiene in vita il più possibile perché il micelio che produce le
spore, con l’insetto in movimento ha la possibilità didiffondere se stesso emettendo conidi
che andranno a germinare e il fungo si diffonde
Entomophtora
Phylum Zygomycota
Morfologia – STADIO SOMATICO
Il micelio degli Zygomycota è un micelio
CENOCITICO proprio perché sono funghi
abbastanza antichi. Per cui abbiamo queste
ife ramificate, dove notiamo i nuceli, che non
sono suddivisi da setti, possono esserci
anche alcune eccezioni dove non abbiamo
un vero e proprio micelio, ma abbiamo una
fase del fungo che può anche svilupparsi in
parte dentro agli insetti sotto forma di
protoplasti, quindi privo di parete esterna di
chitina
Parete cellulare costituita prevalentemente da
CHITINA (polimero che normalmente rientra nella
parete dei funghi)
Produttori di CLAMIDOSPORE spore con una
forma arrotondata (spore durevoli).
Phylum Zygomycota
Moltiplicazione
Più comune e che è anche ben visibile quando osserviamo questi funghi al
microscopio è quella della produzione di CONIDI ENDOGENI all’interno di un
CONIDIANGIO (sporangio) portato da un’ifa specializzata a portare alla formazione
di questi sporangi, vescicole chiuse, dotate all’interno di una struttura che si chiama
COLUMELLA, la quale a maturità dei conidi si rigonfia, perché viene richiamata
l’acqua all’interno. Il rigonfiamento della columella causa la frattura dello sporangio
e la liberazione dei conidi. Questi conidi che poi vanno a colonizzare i materiali
attigui e quindi a sviluppare nuovo micelio. STOLONE, RIZOIDI,
CONIDIANGIOFORO, CONIDIANGIO sono i nomi delle strutture, rizoidi sono la
parte del micelio nutrizionale, che di solito va ad assimilare i nutrienti nella matrice,
gli stoloni sono un collegamento tra conidiangiofori attigui, i conidiangiofori sono
queste ife che portano all’estremità il conidiangio, che al suo interno ha dei conidi. Il
conidiangio è molto ben visibile, è grosso e globoso (es. Mucor) con parete
che si rompe a maturità liberando conidi
CONIDI
CONIDIANGIO
COLUMELLA
CONIDIANGIOFORO
STOLONE RIZOIDI
Nell’immagine con diversi ingrandimenti possiamo vedere come gli zigomicota si
organizzano quando vanno ad intaccare un materiale, una matrice. In questo caso
abbiamo una fetta di pane, l’ammuffimento del pane, così come quello della frutta
è tipico degli zigomiceti e abbiamo il micelio nutrizionale immerso nella matrice,
mentre i conidioangiofori con gli sporangi sono prodotti verso l’esterno e a
maturità liberano i conidi
In quest’immagine abbiamo la stessa cosa, dove si vedono gli sporangi con
all’interno i conidi. Si possono vedere anche gli sporangi che sono già andatiin
lisi, hanno già liberato i conidi, infatti residua la columella e si vedono anche
degli sporangi ancora in formazione.
Nella prima immagine si vede la superficie di una muffa, dove si vedono gli sporangi
Nella seconda immagine invece c’è un ingrandimento di uno sporangio con la columella e i conidi alsuo
interno deve ancora liberare i condi
Phylum
Zygomycota
Columella che
ha liberato i
conidi e lo
sporangio è già
andato in lisi
Phylum
Zygomyco
Riproduzione sessuata ta
-Organismo aploide (n da un punto di vista genetico, quindi un’unica
copia cromosomica) che durante l’intero ciclo vitale è aploide eccetto
nel momentodella fase di riproduzione;
-La riproduzione avviene per fusione di nuclei aploidi contenuti in due
GAMETANGI portati da due ife di segno opposto appartenenti a ceppi
differenti (ETEROTALLISMO)
-Formazione di ZIGOSPORA 2n; raramente OMOTALLISMO (ife di
segno opposto portate dallo stesso ceppo).
Il segno che vi dico è semplicemente un fatore genetico, qundi
l’eterotallismo e l’omotallismo implica una vicinanza genetica nel caso
dell’omotallismo mentre l’eterotallismo indica ife che hanno uns egno
opposto assimilatele a due sessi differenti. Comunque dalla
coniugazione di questi due nuclei aploidi portati da ife eterotalliche o
omotalliche si va a formare la zigospora. Che è una spora che è il
risultato della riproduzione sessuale e che invece è diploide quindi 2n
Phylum
Zygomyco
Riproduzione ta
Organismo aploide durante l’intero ciclo vitale
eccetto in fase di riproduzione; la riproduzione
avviene per fusione di nuclei aploidi contenuti in
GAMETANGI portati da due ife di segno opposto
appartenenti a ceppi differenti
(ETEROTALLISMO), con formazione di
ZIGOSPORA 2n; raramente OMOTALLISMO (ife di
segno opposto portate dallo stesso ceppo).
ZIGOSPORA: spora durevole a parete spessa, di
colore scuro che, in condizioni favorevoli,
successivamente alla MEIOSI, germina in un’ifa o
conidioangiofilo andando a rigenerare un nuovo
micelio
Qui abbiamo uno schema molto semplice di cosa implica la riproduzione sessuale degli zigomicota,
abbiamo due ife, indifferente se di segno opposto o del medesimo segno, quindi omotallico o eterotalli
che appartengono allo stesso tallo oppure a talli diversi. Vediamo che le due ife si coniugano, mettendo
in comune due nuclei, in questo modo si forma la zigospora.
Phylum Zygomycota
Riproduzione
La zigospora tal volta anche quando viene liberata dalle
due ife che la formano può mantenere associati i
sospensori, che non sono altro che un residuo delle spore
che si sono coniugate.
ZIGOSPORA
SOSPENSORI
Qui possiamo vedere la zigospora, in
particolare è interessante che si possono
vedere due ife che stanno andando a
formare la zigospora, quindi due ife che si
sono appena coniugate e poi due ife che
hanno già svolto questa coniugazione e si
stanno generando le spore. Poi abbiamo
anche delle spore che sono già state
liberate e alcune delle quali in associazione
hanno ancora ciò che resta delle ife che si
sono coniugate
Phylum
Ascomycota
E’ il gruppo più numeroso, comprende funghi morfologicamente molto
differenti, addirittura UNICELLULARI e MICELIARI, che possiedono come
comune la presenza di ASCHI
Habitat
I LIEVITI (BLASTOMICETI) (funghi unicellulari) colonizzano ambienti
ricchi in zuccheri (es. superficie di frutti)
Gli ASCOMICOTA MICELIARI (EUMICETI) (muffe) sono

rappresentati da SAPROFITI improtanti per la degradazione dei
residui vegetali nel suolo (cellulosa, lignina)
PARTNER FUNGINI di circa il 96% dei LICHENI e di MICORRIZEcon

piante forestali (es. Tuber sp.- Tartufi)
PATOGENI vegetali e dell’uomo

Phylum Ascomycota
Morfologia
In genere presentano un MICELIO con IFE SETTATE, perché gli
Ascomycota sono più evoluti quindi il micelio presenta dei setti che
delimitano dei nuclei. Tra questi setti ci sono dei canali di
comunicazione, tra i quali le cellule possono interagire tra di loro e
quindi abbiamo un micelio settato. Oppure struttura
UNICELLULARE (Lieviti) in questa immagine è rappresentato
nell’atto della gemmazione, perché i lieviti si moltiplicano per
gemmazione.
Phylum Ascomycota
PARETE
Pareti sempre costituite da CHITINA polimero
fondamentale nella parete dei funghi, in questo caso però
la chitina è associata a dei GLUCANI nei pluricellulari, nei
lieviti invece GLUCANI e MANNANI
Si vede come tra questi setti ci sono dei canali di

comunicazione che possono consentire il passaggio di
materiale cellulare da una cellula all’altra.
Ascomiceti multicellulari - EUMICETI
Moltiplicazione Riproduzione
Formazione di Sono detti Ascomiceti perché
CONIDI all’apice delle contengono gli ASCHI
ife (Es. penicillium) e contenenti otto
hanno la caratteristica ASCOSOPORE (risultato
di portare i conidi della riproduzione sessuale)
all’apice delle ife
EUMICETI – Ascomiceti
pluricellulari
Moltiplicazione
Formazione di CONIDI ESOGENI (perché non sono contenuti in nessuna
struttura). Il genere Aspergillus ha una vescicola sulla quale si attacanole
catene di conidi. Mentre nel caso del penicillium abbiamo una forma di
pennello
Fusione di ife o di un “conidio maschile” (a seconda dei vari
Ascomidoca) con’un’ifa; l’ifa che riceve un’altra ifa o un
conidio maschile svolge il ruolo di organo femminile e viene
detto ASCOGONIO;
le ife che circondano l’ascogonio formano un
rivestimento di protezione;
A partire dalla fusine di ife o del conidio maschile con questo
organo femminile abbiamo questi fenomeni di fusione dei
nuclei, successivamente meiosi e mitosi come avviene nella
riproduzione sessuale di altri organismi, queste successive
meiosi e mitosi portano alla formazione di aschi contenenti
otto ASCOSOPORE. Le ascospore all’interno degli ASCHI
sono sempre otto.
Riproduzione sessuale Fusione
di ife (o di un “conidio maschile”)
con’un’ifa; l’ifa che riceve i nuclei svolge
il ruolo di organo femminile
(ASCOGONIO);
Le ife che circondano l’ascogonio
formano un rivestimento di
protezione;
Le ife che emergono dall’ascogonio vanno
incontro a fusione di nuclei, meiosi e
mitosi fino alla formazione di ASCHI
contenenti otto ASCOSOPORE
Gli aschi possono essere semplici oppure
riuniti al intrerno di strutture che li
proteggono.
Gruppo di aschi (nudi) con
all’interno le ascospore
FORMAZIONE
dell’ASCO
Gli aschi possono essere

singoli (nudi) , raggruppati o
racchiusi in strutture che si
chiamano ASCOCARPO.
A seconda della tipologia di
ascocarpo o degli aschi 
Classificazione
FUNGHI
IMPERFETTI
Indicano l’assenza o la rarità che non consente
un’idenficazione della parte del ciclo vitale dedicata alla
riproduzione sessuale, contengono questi funghi imperfetti
generi comuni e di notevole importanza.
Habitat
SAPROFITI comuni del terreno e nelle superfici vegetali
DETERIORANTI di derrate alimentari dove producono
micotossine (gen. Penicillium, Aspergillus e Fusarium)
Molti FITOPATOGENI (Fusarium oxysporum), PARASSITI di INSETTI
(gen. Beauveria) e NEMATODI
I funghi imperfetti per la maggior parte sono degli ascomyceti, acui
manca la fase sessuale, oppure non è ancora stataidentificata
FUNGHI
IMPERFETTI
Moltiplicazione
Mediante CONIDI ESOGENI formati per estrusione a partireda
una cellula detta FIALIDE o CELLULA CONIDIOGENA (gen.
Aspergillus e gen. Penicillium)
Le ife che portano catene di conidi caratteristiche del genere
Aspergillus oppure del genere Penicillium (CONIDIOFORI)
possono essere
semplici, ramificate o formare un fascio (Come Ascomycota)
FUNGHI
IMPERFETTI
gen. Aspergillus CELLULE CONIDIOGENE O FIALIDI
STERIGMI
Possono essere riconosciuti in base alla

struttura del conidioforo, vescicola e dagli
sterigmi che sono strutture che portano
queste catene di conidi
Abbiamo uno stelo nel caso di
FUNGHI Penicillium quelle che si chiamano
metule che vengono portate
IMPERFETTI esternamente allo stelo e le fialidi che
gen. Penicillium poi possono essere sia le metule che
le fialidi in numero variabile e ci
consentono di riconoscere i diversi tipi
di Penicillium
MONOVERTICILLATO
POLIVERTICILLATO
gen.
Aspergillus
gen. Penicillium
Stessa cosa per
Aspergillus, diversi tipi
di Aspergillus hanno
caratteristiche un po’
diverse e possono
essere riconosciuti
facilmente
Phylum
HabitatBasidiomycota
Importante nei suoli forestali, infatti sono:
SAPROFITI in grado di degradare cellulosa, emicellulose e
lignina (polimero molto difficile da degradare e che viene
principalmente degradato grazie hai basidimyceti) presenti nel
suolo, nei compost, in detriti fogliari, su tessuti legnosi
PATOGENI di latifoglie (Armillaria mellea), di piante forestali
(Heterobasidion annosum), di piante coltivate
PARTNER FUNGINI in ectomicorrize (micorrizze dove
abbiamoun’associazione un po’ meno importante) con piante
forestali (gen. Amanita, gen. Boletus)
La struttura dei Basidyomiceti è quelle di avere di un micelio
sotterraneo, che procura il carbonio organico, degradando la
sostanza organica presente, e invece un micelio aereo dedicato
alla diffusione delle spore sessuali mediante i basidio carpi
Phylum Basidiomycota
Morfologi
a
Il micelio è caratterizzato da ife settate;
Alcune specie LIEVITI;
Parete dei Basidiomyceti è costituita da CHITINA

e GLUCANI (CHITINA e
MANNANI nei lieviti). Glucani e Mannani sono
sempre degli zuccheri, ma con caratteristiche
differenti.
Phylum
Moltiplicazione Basidiomycota
Per la modalità di moltiplicazione non abbiamo
frequentemente la produzione di spore asessuali. Più
spesso abbiamo la diffusione de micelio. Micelio dei
Basidiomyceti diffonde per crescita apicale, raramente
vengono prodotte spore asessuali. Quando vengono
prodotte rientrano nella categoria delle ARTROSPORE o
delle CLAMIDOSPORE. Questa modalità è poco
frequente, di solito c’è una crescita apicale a livello del
micelio
Riproduzione
Sessuale che deriva dalla fusione di ife di Phylum Basidiomycota
due ceppi che devono essere
geneticamente compatibili;
I due gruppi di nuclei parentali aploidi si
moltiplicano per un determinato periodo
prima di fondersi in nuclei diploidi;
In risposta a induttori ambientali il
fungo forma un corpo fruttifero
(BASIDIOCARPO); a seconda
dell’ambiente il corpo fruttiferoserve
per produrre delle spore, le
BASIDIOSPORE, che sono il risultato
della fusione delle ife di ceppi
compatibili, e poi verranno seminate
da vento, piogge, animali.
Le cellule all’apice delle ife in crescita si
trasformano in BASIDI , si forma uno
ZIGOTE diploide
Lo Zigote per meiosi origina 4 nuclei
BASIDIOSPORE che successivamente
disseminate da vento, piogge, animali.
La lettera a indica due basidiospore, che sono state liberate in è precedenza. Le basidio spore germinano
nel suolo, ragione per cui chi raccoglie funghi nei boschi sa che bisogna fare in modo che i funghi rilascino
le spore quando vengono raccolti, di solito vengono puliti nella sede stessa in cui vengono raccolti, o
comunque si facilita la diffusione delle spore per trovare nuovi funghi. Perché queste spore germinano,
producono il micelio, come si può vedere nelle lettere b, c, d. Questo Micelio poi nella lettera e, su questo
micelio si verifica una riproduzione mediante la fusione di nuclei aploidi, che vanno poi a formare il basidio
che è il corpo fruttifero, lettera f. il basidio carpo produce i basidi lettera g, all’apice dei basidi si formano le
basidiospore, le quali verranno poi liberate nel suolo e germineranno a formare un nuovo micelio.
Nelle immagini vediamo la tipica morfologia di
alcuni basidio carpi, come sappiamo ce ne sono
molte tipologie diverse e anche colori differenti.
Il colore dei basidiocarpi non sono dovuti alla
presenza di pigmenti dedicati alla fotosintesi,
ma a pigmenti che proteggono il basidio carpo
dalla radiazione ultravioletta
Basidi con le basidio spore

BLASTOMICETI o
LIEVITI
Classificazione
Hanno una dimensione maggiore rispetto hai batteri e
Ascomiceti
arche
Basidiomiceti
ROTONDA
ELLITTICA (Saccharomyces cerevisiae) ALLUNGATA (Pichia
membranifaciens)
Forma
BASTONCELLARE (Schizosaccharomyces sp.)
LIMONIFORME (Kloechera apiculata)
TRIANGOLARE (Trigonopsis sp.)
E’ ben visibile la differenza di
forma dei lieviti, quindi siamo in
grado di riconoscerli abbastanza
bene
Saccharomyces cerevisiae Saccharomycodes ludwigii
Geotrichum candidum Pichia membranifaciens

BLASTOMICETI o
Si LIEVITI
moltiplicano per
GEMMAZIONE o BLASTOGENESI
BLASTOGENESI
Parte da un’emissione di un’appendice alla cellula madre, poi
sfocia nella produzione di una gemma, che poi diventerà
indipendente dalla cellula madre
Cellula madre che ha

concluso la produzione di
Saccharomyces cerevisiae una gemma e si sta
staccando
PSEUDOMICELIO
Pichia membranifaciens
BLASTOMICETI o
Riproduzione LIEVITI
I lieviti possono produrre delle spore sessuali
andando a mettere in comune due cellule di lievito
di segno opposto come GAMETI originano lo
ZIGOTE che per MEIOSI forma le ASCOSPORE (2-4,
raramente 8). La riproduzione sessuale dei lieviti è
sempre in risposta a determinanti ambientali molto
specifici
Distribuzione dei microrganismi
negli ecosistemi ed interazioni tra
microrganismi
I microrganismi in termini di batteri, arche e funghi si trovano:
• Ecosfera: che racchiude atmosfera (aria), idrosfera (ambiente
acquatico), litosfera (suolo)
• Microrganismi possono essere autoctoni (originati in quell’ecosistema) e
alloctoni (trasportati nell’ecosistema a partire da ecosistemi diifferenti)
• Atmosfera:
– Trasporto dei microrganismi avviene attraverso le correnti atmosferiche
alta quota mediante le quali i microrganismi possono essere trasportate
come cellule per i batteri e degli archea o come spore fungine adesi a
microparticelle di polveri e polline (20000m)
– Bioaerosol: batteri e spore fungine adesi su microparticelle di polveri, polline e
umidità
– Interesse prevalente per patogeni ma difficoltà di studio
• Acque superficiali (dolci e marine) e
Idrosfera
sotterranee (falde acquifere)
• Superficiali (Lentici – Lotici) si distinguono in:
– Lotici: acque correnti (ruscelli, fiumi)
– Lentici: acque ferme
• Complessi dal punto di vista microbico
• Caratteristiche variabili in funzione di condizioni ambientali
• Stratificazioni fa si che le acque siano complesse da un punto di vista microbico proprio
perché le caratteristiche sono variabili a seconda della profondità perché a seconda della
profondità sono diversi i nutrienti e le condizioni alimentari ad esempio le condizioni
termiche, queste stratificazioni potete averle eventualmente sperimentate quando ad
esempio abbiamo riscontrato che in un ambiente acquatico c’è uno strato in cui l’acqua è più
fredda e uno strato in cui l’acqua è più calda, questo è un esempio di stratificazione, dovuta
sostanzialmente a fenomeni fisico-chimici e di densità differente dell’acqua per le diverse
temperature (luce, nutrienti, temperatura) tipi di microrganismi diversi
– variazioni termiche stagionali(rimescolamento)
La statificazione può anche riguardare anche condizioni nutritive
oppure condizioni di pH e di tutti i parametri ambientali che
abbiamo visto. Queste stratificazioni possono poi variare a
seconda delle stagioni, possiamo avere un rimescolamento degli
starti soprattutto dal punto di vista termico, dovuti ad esempio al
fatto che il sole irradia la superficie acquatica e per via della
diversa densità dovuta al fatto che l’acqua sia calda o fredda, e di
conseguenza può riessere rimescolata.
• Laghi eutrofici (sono ecosistemi in cui sono presenti tanti nutrienti)
e oligotrofici (sono presenti pochi nutrienti e gli organismi che si
sviluppano in questi ecosistemi sono abituati a condizioni di bassi
nutrienti e bassa concentrazione di donatori e accettori di elettroni)
zone umide (paludi) che sono molto interessanti perché abbiamo
l’interazione tra idrosfera e litosfera
Suolo-Litosfera
La litosfera è un ambiente in particolare riferito al suolo in cui
abbiamo anche in questo caso delle stratificazioni. Sulla sinistra è
presente la rappresentazione schematica di un profilo di suolo.
Sappiamo che un profilo di suolo è in pratica la successione della
stratificazioni del suolo a partire dalla superficie fino alla roccia
madre, che è la roccia da cui il suolo ha origine. Un profilo di
suolo è suddiviso in differenti orizzonti e la definizione di queste
stratificazioni è importante da un punto di vista microbiologico,
perché i microrganismi andranno a distribuirsi nelle stratificazioni
in maniera diversa perché ad esempio negli orizzonti più
superficiali abbiamo tanta sostanza organica, dovuta
principalmente all’azione vegetale, abbiamo poi negli orizzonti un
po’ più profondi ma sempre superficiali le radici, che hanno un
influenza sui microrganismi, via via condizioni sempre più
differenti rispetto alla sostanza organica, perché negli orizzonti
più profondi la sostanza organica è meno presente e quindi
avremo degli organismi che rispetto alla sostanza organica sono
più indifferenti, cioè equivale a dire che in un profilo di suolo mi
aspetto che ci siano più microrganismi negli orizzonti superficiali
rispetto agli orizzonti profondi, mi aspetto che senz’altro la
distribuzione ad esempio dei funghi si prevalente negli orizzonti
superficiali perché sappiamo che i funghi hanno necessità di
sostanza organica, via via negli orizzonti più profondi avremo degli
organismi prevalentemente autotrofi o comunque che non hanno
questa necessita di sostanza organica così tanto concentrata.
Sappiamo che le proprietà chimico-fisiche e i così detti
Microrganismi e microambienti
Nel suolo oltre ad una distribuzione verticale dei profili abbiamo anche una distribuzione dei
microrganismi che risente anche della varietà spaziale dei nutrienti perché i microrganismi sono molto
piccoli quindi una zona del suolo, un aggregato di suolo in cui cìè una maggiore concentrazione di un
certo nutriente andrà a definire un abitat nel quale si svilupperanno certi microrganismi e magari in una
zona molto vicina quel nutriente sarà meno concentrato e si svilupperanno altri microrganismi. Il punto è
che nutrienti presenti nei microambienti del suolo vanno a definire i tassi di crescita e le caratteristiche dei
microrganismi che si andranno a sviluppare.
• Si moltiplicano di più gli organismi che trovano le condizioni migliori per la loro crescita, ma queste
condizioni non sono distribuite in maniera omogenea nel suolo, perché possiamo avere una
distribuzione disomogenea dei nutrienti e delle condizioni.
• Condizioni variabili nel tempo e nello spazio (pochi centimetri di distanza  habitat diversi per
microrganismi) es: diffusione ossigeno
Concentrazione di ossigeno in una particella di suolo
Questo schema riporta un

esperimento in cui mediante i
microelettrodi sono stati misurati le
diverse concentrazioni di ossigeno in
una micro particella di suolo. In questa
particella di suolo che vediamo avere
un diametro di 12mm, abbiamo delle
concentrazioni di ossigeno molto
diverse. Sulla superficie di una
particella di suolo il (21) indica la
concentrazione di ossigeno che è
uguale alla concentrazione di ossigeno
che c’è nell’atmosfera. La nostra
atmosfera ha una concentrazione di
ossigeno di circa 21%.
Mano a mano che ci muoviamo in questa particella di suolo
(che è molto piccola 12mm) abbiamo poi uno strato più
profondo in cui l’ossigeno diventa 15%, via via diminuisce, 10%,
5%, 1% e 0%. Questa immagine ci dice che anche in un range
dimensionale molto piccolo l’ossigeno può presentarsi in
concentrazioni diverse e vuol dire che all’interno di questa
particella di suolo si potranno ad esempio sviluppare in questo
habitat delle microflore anaerobie, via via andando verso
l’esterno microflore sempre più aerobie. Questa immagine in
pratica ci indica quanto all’interno di un suolo possiamo avere
delle condizioni disomogenee in termini di ossigeno. Quindi
uno spazio anche così piccolo potrà dare l’opportunità a
microrganismo molto diversi per il loro sviluppo.
BIOFILMS
L’etropolazioni microbiche all’interno delle particelle di suolo che siano aggregati, micro
aggregati, macro aggregati, si sviluppano prevalentemente sotto forma di BIOFILMS. Ovvero
aggregati di cellule microbiche che si sviluppano in punti specifici dove ci sono le condizioni
adatte al loro sviluppo.
I BIOFILM
sono Aggregati di cellule diversi dalle così dette planktonic cells (ovvero cellule
singole) che si trovano raramente nei suoli o sulle superfici, perché sulle
superfici i microrganismi tendono ad aderire e ad aggregarsi.
I batteri aderiscono alle superfici del suolo e producono polisaccaridi
che ancorano le cellule a tali superfici e alle altre cellule.
La produzione di questi polisaccaridi e l’adesione alle superfici favorisce la
comunicazione tra le cellule
attraverso segnali biochimici che favorisce la struttura e l’organizzazione delle
nostre comunità di microrganismi.
I biofilm possono contenere molti tipi diversi di microrganismi. Ogni
gruppo svolge una funzione metabolica specifica.
In alcune condizioni si possono formare biofilm “monospecifici”,
ovvero in cui è presente un’unica specie (patogeni animali). Mentre nella
microbiologia ambientale e agraria i biofilm sono solitamente composti
da specie diverse. Per capire come sono fatti i biofilm sono rappresentati
nell’immagine successiva.
Nell’immagine è rappresentato un biofilm, la foto è fatta con il microscopio elettronico, sono
ingabbiate e protette dalla matrice polisaccaridica che come si vede dalla foto, è come se fosse una
pellicola che protegge le cellule. Questa struttura si forma via via che le cellule aderiscono alle
superfici e visto che trovano un’ambiente adeguato al loro sviluppo perché ci sono tutte le condizioni
ambientali necessarie, iniziano a moltiplicarsi e a produrre il biofilm stesso.
Un altro esempio di biofilm è quello che talvolta si può osservare ad esempio sulle statue
e manufatti esposti all’esterno degli edifici, che sono talvolta degradati e sono ricoperti da
questa pellicola verde che va a proteggere i microrganismi che sono inclusi all’interno di
queste biofilm. Questa pellicola verdastra è un esempio di biofilm
Un altro esempio di biofilm lo si può trovare in ambiente acquatico (acqua in movimento) quindi
in un ecosistema lotico dove si può vedere sulle rocce la formazione di queste pellicole
gelatinose verdi (verdi perché contengono ciano batteri e alghe che sfruttano l’energia solare
per svolgere la fotosintesi). Al interno di questo biofilm però si creeranno delle condizioni per cui
non ci sarà solo cianobatteri e alghe ma anche altri microrganismi.
Da un puntio di vista medico un esempio di biofilm è quello della placca batterica. Quindi i
biofilm bisogna immaginarli come aggregati di cellule molto diverse che assumono
caratteristiche diverse a seconda dell’ecosistema in cui andranno a svilupparsi.
Quorum sensing
E’ la modalità con cui le cellule comunicano all’interno dei biofilm.

Quindi è il processo mediante il quale la densità della popolazione
viene regolata da stimoli chimici viene detto quorum sensing
(molecole quorum sensing). Queste molecole possono essere
molto diverse, possono essere piccoli frammenti di acidi nucleici,
amminoacidi, sostanze che possono essere molto simili ai segnali
chimici che si scambiano anche le cellule del nostro organismo,
comunque sono delle molecole che si diffondono nel biofilm e
servono per regolarne la densità. Perché quando un segnale
chimico emesso dalle cellule raggiunge un certo livello, questo
segnale, segnala alle altre cellule che si è raggiunta una certa
densità, quindi la comunità microbica presente nel biofilm è
soggetta a cambiamenti fenotipici. Che possono essere ad esempio
che il biofilm si disgrega e va a colonizzare altre superfici.
Fasi nella formazione di un biofilm
In maniera schematica abbiamo la modalità di adesione
delle cellule e diffusione e modificazione del biofilm
A)I batteri si attaccano a un supporto solido
B)Entrano in contatto tra loro mediante la matrice polisaccaridica
(EPS – Eso Polisaccaridi)
C)Fase di maturazione: cellule stratificate e inizio effetti quorum sensing
D)Il biofilm raggiunge la massima densità; alcune cellule si lisano e
liberano nutrienti utili per gli altri individui
E)Quando viene raggiunta una certa densità  quorum sensing. Le
cellule libere abbandonano il biofilm e ne formano altri
Le cellule che sono ad uno stadio iniziale planctoniche, raggiungono il comparto
del suolo o dell’acqua dove trovano una superficie adatta in cui svilupparsi,
iniziano a moltiplicarsi e quindi ad ingrandire questo biofilm, a emettere queste
sostanze verso l’esterno che sono poi in pratica le stesse sostanze che
costituiscono i rivestimenti delle cellule batteriche (strati S, capsula batterica e di
guaine) che sono tutte matrici all’interno delle quali le cellule si possono
sviluppare e creare biofilm, le cellule continuano a moltiplicarsi e ad ingrandire il
biofilm, nello stesso tempo emettono dei segnali Quorum sensing, quando questi
segali raggiungono una certa densità è indicazione che il biofilm non è più
sufficiente a sostenere la moltiplicazione e i nutrienti per tutte le cellule. A questo
punto il biofilm andrà in lisi, alcune cellule verranno liberate e andranno a
colonizzare altre superfici, per cui il biofilm tenderà ad ingrandirsi e a svilupparsi.
Interazioni tra microrganismi
nell’ambiente
I microrganismi nell’ambiente interagiscono tra di loro, fino ad adesso abbiamo studiato i

microrganismi in maniera singola, le cellule come si comportano e come agiscono rispetto ai
nutrienti quando sono soltanto in coltura pura, in realtà nell’ambiente abbiamo microrganismi
molto diversi tra di loro, che coesistono nello stesso ecosistema o nello stesso aggregato di suolo.
Quindi quando i microrganismi, che siano funghi, batteri, archea interagiscono tra di loro e con
queste iterazioni vanno a modificare la composizione della comunità, perché una popolazione più
forte che ad esempio ha un metabolismo più efficiente andrà a prevalere su un’altra popolazione
andando a consumare tutti i nutrienti. Il fatto che poi all’interno di questi aggregati all’interno dei
biofilm, dei microrganismi diversi e che i microrganismi tra di loro interagiscono favorisce
chiaramente i fenomeni di scambio genico in cui i microrganismi che sono aggregati all’interno
della stessa componente del suolo, possono scambiarsi del DNA e mediante fenomeni di
trasduzione, trasformazione o coniugazione possano portare all’evoluzione di nuovi genotipi.
L’interazione tra microrganismi chiaramente va ad influire anche sulla componente abiotica
perché noi spesso abbiamo il risultato dell’interazione tra microrganismi come effetto ambientale
di modificazione del pH oppure di una determinata condizione dell’ecosistema che viene proprio
indotta dall’iterazione tra microrganismi.
Es un certo organismo consuma un nutriente perché lo utilizza come fonte di
energia, produce una certa sostanza come risultato del suo metabolismo, ci
sarà un’altra popolazione che utilizzerà questa sostanza come fonte d’energia.
Quindi il risultato è che l’ambiente è l’effetto dei microrganismi, ad esempio
sulla fertilità vegetale, sulla fertilità del suolo è il risultato dell’attività di
organismi che interagiscono tra di loro. E’ molto importante dire che la somma
delle attività che costituiscono una comunità o un biofilm non corrisponde alle
attività singole delle colture pure. Quindi anche se io in coltura pura ho insieme
tutti i tipi di microrganismi che sono all’interno di una comunità ambientale non
riesco a simulare in laboratorio le iterazioni che questi microrganismi svolgono
tra di loro perché le interazioni sono molto complesse da studiare perché tanti
microrganismi non sono coltivabili e perché in pratica un microrganismo in
laboratorio in coltura pura non si comporta come si comporterà nell’ambiente
naturale nel biofilm e nella comunità dove interagisce con altri. Le interazioni
non sono stabili, cioè possono essere dinamiche e cambiare ad esempio nel
corso delle stagioni, perché ad esempio abbiamo una popolazione che è favorita
dall’incremento della temperatura e un’altra popolazione che è sfavorita all’ora
anche il susseguirsi delle condizioni termiche della temperatura e delle
condizioni ad esempio idriche di un suolo fanno si che in queste iterazioni
possano cambiare nel tempo. Le interazioni possono essere positive o
negative. Positive ad esempio quando due microrganismi insieme con l’attività
congiunta, entrambi ne ricavano un guadagno; negative quando magari una
popolazione ha la meglio su un’altra, una specie ha la meglio su un’altra e
Noi studiamo chiaramente prevalentemente le interazioni naturali (suolo, quelle
che hanno un effetto sulla fertilità vegetale oppure nelle acque) ma chiaramente le
interazioni microbiche hanno una pesantissima influenza anche sui processi
tecnologici (fermentazioni, ad esempio nel processo del vino, formaggio si tiene
molto ben presente l’interazione tra microrganismi perché avvengono anche in caso
in cui facciamo avvenire la fermentazione del mosto o del latte ci saranno dei risultati
metabolici dovuti proprio al fatto che non abbiamo un unico microrganismo che
agisce ma ne abbiamo diversi).
Di solito lo studio della microbiologia agraria ambientale ma anche la microbiologia
degli alimenti riguarda lo studio di comunità e non singoli microrganismi, proprio
perché il singolo microrganismo ci può dare indicazioni sulle sue caratteristiche, ma
poi quando andiamo a studiare il risultato dell’azione microbica, più spesso ci
dobbiamo preoccupare di come il microrganismo si comporterà in interazione con gli
altri.
Relazioni dinamiche, che cambiano nel tempo in base alla disponibilità dei
nutrienti in base al cambiamento termico. Abbiamo poi delle associazioni
obbligate o facoltative
rispetto a caratteristiche delle popolazioni
rispetto alle caratteristiche dell’ambiente
cioè abbiamo degli organismi che in maniera obbligatoria si trovano ad
interagire tra di loro oppure si trovano ad interagire soltanto in alcune
condizioni quando l’ambiente e la popolazione è nelle giuste condizioni per
interagire. Questi sono concetti di ecologia, quindi sono volutamente
generici perché definiscono delle relazioni tra popolazioni non nel dettaglio
ma in generale. Poi saranno le caratteristiche specifiche dell’ambiente che
andranno a definire le interazioni specifiche di quel dato ecosistema.
Quando parliamo di
Ectosimbiosi / Endosimbiosi
Ectosimbiosi parliamo di una relazione molto stretta che si instaura tra due
individue che non interagiscono tra di loro in maniera molto stretta quindi
instaurando una relazione fisica di dipendenza. Le Endosimbiosi invece sono
relazioni in cui un organismo può entrare in un altro organismo per espletare la
relazione di simbiosi.
Interazione tra microrganismi
Il Mutualismo è un
nell’ambiente interazione positiva nella
INTERAZIONI POSITIVE quale entrambe le
popolazioni o entrambe le
specie ne traggono
vantaggio.
Es Bejierinckia lacticogenes e
Thiobacillus ferrooxidans, sono
due batteri, nel qual Bejierinckia
Quello che si verifica quando
lacticogenes è in grado di fissare coltiviamo insieme Bejierinckia e
l’azoto, quindi di rendere Thiobacillus in coltura mista e che
disponibili grandi quantità di crescono molto di più e
azoto che è un macronutriente contribuiscono al rilascio di rame
fondamentale. Mentre solubile a partire dalle rocce di
Thiobacillus ferrooxidans è in rame. Presi singolarmente questi
grado di fornire carbonio,nel batteri crescono poco.
senso è in grado di fissare la
CO2.
Chlorochromatium aggregatum
Consorzio in cui il mutualismo è molto evidente perché si
associano un batterio che produce H2S (solfuro di idrogeno) e
batteri verdi fotosintetici anossigenici che utilizzano H2S.
Grazie alla loro reazione fotosintetica danno del

carbonio. La grande cellula (viola) è quella che
produce solfuro di idrogeno e quelle più piccole
sono batteri fotosintetici anossigenici che invece
grazie alla loro attività riescono a cedere il
carbonio organico che riescono a fissare all’altro
microrganismo. Addirittura questa simbiosi
mutualistica ha una sua nomenclatura. E vengono
definiti come se fossero un organismo unico
nell’ambiente
INTERAZIONI POSITIVE
Abbiamo delle interazioni che si chiama SINTROFIA, che viene detta in maniera più generale
PROTOCOOPERAZIONE
 Associazione occasionale non obbligata almeno per uno dei due microrganismi, in cui due
organismi si mettono insieme e il risultato di questa associazione come risultato è quello di
compere una certa attività metabolica.
Ad esempio quando parliamo di metanogeni, ci sono dei batteri che liberano idrogeno
molecolare che altri organismi consumano, e in particolare proprio i metanogeni. Se l’idrogeno
molecolare non fosse consumato andrebbe ad inibire lo stesso metabolismo dell’organismo
che lo produce.
 Syntrophomonas (è un organismo che libera idrogeno molecolare, questo organismo ha uno
sviluppo che è dovuto al fatto che ci sono degli organismi che consumano il suo prodotto di
reazione. Se il prodotto del suo catabolismo non venisse consumato questo microrganismo ne
verrebbe inibito. Grazie alla reazione di sintrofia dove ci sono degli organismi che consumano
questo idrogeno molecolare che sono archea metanogeni Syntrophomonas si può sviluppare.
Quindi è necessaria la presenza di organismi che consumano l’idrogeno molecolare affinchè
questo organismo possa portare avanti il proprio metabolismo. Questo è un tipico esempio di
protocooperazione o sintrofia dove degli organismi agiscono in sinergia, altrimenti uno dei due
viene inibito.
nell’ambiente
INTERAZIONI POSITIVE
Un altro tipo di iterazione positiva che vedremo parlando del ciclo dell’azoto è il
COMMENSALISMO.
• Porta vantaggio per uno solo dei due microrganismi.
• Ad esempio abbiamo il Nitrosomonas che produce azoto in forma di nitrito che il
Nitrobacter utilizza per produrre nitrato. In questo caso il commensalismo è vantaggioso
solamente per Nitrobacter e non per il Nitrosomonas. Il Nitrosomonas è indifferente a
Nitrobacter, cioè il Nitrosomonas comunque prende l’ammonio, lo utilizza come fonte di
energia, lo ossida a nitrito, Nitrobacter però se non ci fosse Nitrosomonas non avrebbe
abbastanza nitrito per portare avanti il proprio metabolismo e questo è il
commensalismo.
nell’ambiente
INTERAZIONI NEGATIVE
Abbiamo l’esempio comune della COMPETIZIONE
La competizione ha nella microbiologia agraria un’importanza molto rilevante, perché ha un enorme
influenza sulla composizione ed evoluzione delle comunità microbiche dei suoli. Perché ci sono tanti
microrganismi essendo non in coltura pura dove i microrganismi hanno libero accesso hai nutrienti in
questo caso noi abbiamo un ecosistema ad esempio nel suolo dove magari abbiamo due organismi che
hanno necessità di usare lo stesso nutriente, allora cosa fanno? Competono. La competizione può
riguardare anche la luce o la disponibilità di acqua. Può essere una competizione:
• INTERSPECIFICA nell’ambito di specie diverse
• INTRASPECIFICA nell’ambito della stessa specie
La competizione si verifica quando ci sono microrganismi con potenzialità metaboliche diverse, quindi
microrganismi che sono più o meno attivi da un punto di vista energetico e quindi in pratica uno è più
competitivo dell’altro.
Es: E.coli vs S.aureus

Esempio legato alla presenza di E. Coli da solo o in
miscela con S. Aureus. L’Escherichia coli è un
organismo che ha un metabolismo molto efficiente, si
moltiplica ogni venti minuti, Stafilococco aureus invece
un po’ più lento. Che cosa succede se esaminiamo la
loro curva di crescita singolarmente o assieme?
Escherichia coli (curva rossa e blu) da solo o in miscela
cresce nella stessa identica maniera, mentre
Stafilococco aureus da solo cresce come indicato dalla
line verde, quindi con una crescita esponenziale
abbastanza buona. Mentre invece quando è in miscela
Escherichia coli, lo Stafilococco aureus ha una crescita
esponenziale molto ribotta e non raggiumge un
elevato numero di cellule. Questo perché Escherichia
coli è più competitivo e quindi in pratica quando li
coltiviamo nella stessa coltura, in presenza degli stessi
nutrienti Escherichia coli vince andando ad inibidire la
presenza di Stafilococco aureus al quale sottrae i
nutrienti.
nell’ambiente
Interazione tra microrganismi nell’ambiente
PARASSITISMO anche questo molto frequente nel suolo dove abbiamo un
interazione tra organismi, dove uno trae vantaggio dall’altro, in particolare noi
abbiamo visto che molti dei funghi sono parassiti, perché vanno sia a
parassitizzare dall’esterno o dall’intrerno organismi più grandi per andare a
procurarsi il carbonio organico. In generale in natura esistono parassiti
• Obbligati quando sono necessariamente costretti a parassitizzare un altro
organismo
• Facoltativi quando talvolta si comportano da parassiti ma in assenza dell’ospite
possono anche comportarsi da saprofiti, utilizzando altri nutrienti.
Parassiti vegetali come i
funghi se si creano sui
tronchi.
Insettizombii, il fungo colonizza

l’insetto. Una volta finite le
sostanze nutritive all’interno
dell’insetto produce poi i corpi
fruttiferi che vengono veicolati
dall’insetto zombi appunto perché
si muove ancora e il fungo fa in
modo che l’insetto rimanga vivo il
più possibile perché possa poi
distribuire le proprie spore su altri
insetti. In questo esempio il fungo
si trasmette su altri insetti.
nell’ambiente
E’ quella invece che è a carico dei protozoi. I protozoi si nutrono
prevalentemente di batteri. I batteri vengono quindi regolati nel
suolo e nell’acqua perché il protozoo nutrendosi di questi va a
regolare in numero di questi batteri e ne regola la numerosità. I
protozoi predano i batteri perché se ne nutrono, cioè li
assimilano, li fagocitano. I protozoi sono quegli organismi
eucarioti che si trovano distribuiti nel suolo e nelle acque.
Cicli biogeochimici
I microrganismi nei diversi ecosistemi sono
intimamente coinvolti nel riciclo delle sostanze
organiche ed inorganiche.
Cicli Biogeochimici:
- Cambiamenti di stato di ossidazione degli
elementi (reazioni redox)
– Movimenti ciclici degli elementi tra i diversi
comparti dell’atmosfera e tra la sostanza
organica e le molecole inorganiche
Trasformazioni
–abiotiche
–biotiche
-Andamento ciclico
-Il prodotto di una trasformazione è
substrato di quella successiva fino
alla rigenerazione del prodotto
iniziale
Tutti gli elementi sono in
continua trasformazione
Minerale Organico
Ossidato Ridotto
Immobilizzato Disponibile
Gruppi funzionali microbici
• Raggruppamenti di microrganismi in base alla
loro funzione o al ruolo che ricoprono
nell’ambito di un ciclo biogeochimico e non
alla tassonomia o alla morfologia.
• Raggruppamenti metabolici
– Es: Cellulosolitici, Ammonio-ossidanti,

Denitrificanti, Azotofissatori, Ferro-riducenti
ecc.
Cicli biogeochimici
Maggiori cicli biogeochimici
• Azoto
• Carbonio
• Fosforo
• Zolfo
• Ferro
Si considerano i cicli separatamente ma

sono interdipendenti
Reazioni biotiche
• Decomposizione (Polimeri e Monomeri)
• Fissazione (quando il C in forma inorganica, sottoforma
di CO2 viene organicato dagli organismi che si
costruiscono le molecole organiche unicellulari e gli
organismi che fanno fissazione sono autotrofi)
– Fotoautotrofi
– Chemoautotrofi
• Respirazione (dove il C organico viene respirato e quindi
utilizzato come fonte d’energia e quindi viene ossidato
durante la respirazione e viene prodotta CO2)
• Fermentazione (a partire dal C organico produce sempre
C organico e anche CO2 + C organico)
Decomposizione dei tessuti vegetali
Diversa Biodegradabilità
composizione variabile
chimica
Decomposizione dei residui vegetali nel suolo
Degradazione fortemente dipendente dalla presenza
di azoto; fondamentale rapporto C/N
Aumento cellule microbiche

Specializzazione dei microrganismi
Riduzione della diversità tassonomica
A) Degradazione molecole più semplici e solubili da endofiti,
simbionti e parassiti già presenti nei tessuti vegetali.
B)Produzione CO2 e moltiplicazione delle cellule microbiche.
Carbonio vegetale parzialmente trasformato in C microbico.
C) Il restante C vegetale è legato a molecole più complesse
(polimeri). Avviene successione di taxamicrobici diversi.
Degradati amidi, emicellulose, pectine e proteine. Produzione
di CO2 e nuove cellule. Cambiamenti tassonomici ma biomassa
microbica costante.
D) Sono attaccati i polimeri più resistenti (cellulose e lignine) e
viene prodotto l’humus.
Degradazione dei glucidi semplici
A seconda delle condizioni ambientali gli
zuccheri, gli acidi organici e gli alcol possono
essere:
Respirati (Bacillus spp.) con produzione di
CO2, ATP e cellule
Fermentati (Clostridium spp.) con
produzione di CO2, ATP, cellule, acidi
organici e metano
NB: DALLA DEGRADAZIONE DEI POLIMERI DI

CARBONIO VENGONO RESI DISPONIBILI ANCHE
ALTRI NUTRIENTI (AZOTO ECC…)
Degradazione dell’amido
IDROLISI EXTRACELLULARE. ENZIMI: AMILASI + ENZIMI DERAMIFICANTI
Emicellulose
Polimeri che fanno parte delle pareti delle cellule vegetali.
Associate alla cellulosa.
Degradate in tutti gli ambienti (aerobi ed anaerobi) da molti
taxa microbici come funghi Aspergillus, Penicillium che le
respirano a CO2 e batteri che le fermentano (Clostridium) con
produzione di acidi organici e CO2
Pectine
Polimeri delle pareti primarie delle cellule vegetali.
Degradate in fasi successive che richiedono la presenza di
microrganismi che posseggono tutti gli enzimi necessari
(Pectinasi) gli altri dipendono da questi.
Aerobi Bacillus subtilis, Erwinia; Anaerobi Clostridium
pectinovorum. Funghi: Aspergillus, Mucor, Penicillium.
Simbionti posseggono pectinasi.
Cellulosa
Polimero lineare insolubile, di grandi dimensioni. Catene

si dispongono a firmare fibrille e fibre (visibili a occhio
nudo) contenenti zone cristalline e zone amorfe.
Degradata in fasi successive per cui servono enzimi

specifici (Cellulasi).
Cellulosolitici primari posseggono tutti gli enzimi

necessari
Cellulosolitici secondari ne posseggono solo alcuni

In Aerobiosi
Cytophaga e SporocytophagaCellulosolitici primari e
obbligati, aerobi stretti, mesofili neutrofili. Colonie di
aspetto caratteristico.
Anche Bacillus, Cellulomonas
Funghi, soprattutto in ambiente forestale e suoli acidi. I

più diffusi Phanerochaete chrysosporium, Trichoderma
spp.
In Anaerobiosi
Nel suolo, sedimenti, nel tubo digerente, nel

rumine Butyrivibrio, Clostridium, Fibrobacter,
Ruminococcus.
Alcuni sono azotofissatori
I più studiati sono simbionti dei ruminanti e

degli insetti. Spesso possono degradare anche
altre sostanze (oltre a cellulosa) e compiere
fermentazione producendo alcol e acidi
organici, CO2 e metano.
Lignina
• Polimero aromatico
• Diversa
composizione a
seconda dei tessuti
e delle specie e degli
stadi di sviluppo
• Reticolo
tridimensionale
complesso
Degradazione lignina
• Attacco molecola mediante complessi
enzimatici (ossidasi)
• Solo in aerobiosi
• Degradazione a opera di funghi suddivisi
in tre gruppi principali a seconda
dell’aspetto che assumono i tessuti
vegetali legnosi attaccati  marciume
molle, bruno, bianco
Marciume molle
Rendono il legno morbido ma non lo attaccano
completamente
Attaccano lignina e cellulosa ma non emicellulose e
pectine
Il legno perde rigidità e consistenza ma non la forma
Chaetonium, Humicola, Paecilomyces.
Marciume bruno
Attaccano tutti i polimeri di parete comprese quasi tutte
la lignina ma non aprono gli anelli aromatici
Sintesi melanine responsabili del colore scuro
Molti generi di Basidiomiceti
Marciume bianco
Ligninolitici primari
Più efficienti degradatori
Phanerochaete e Polyporus
Colore bianco dovuto allo sviluppo di ife
Marciume
molle
Marciume
bruno
Marciume
bianco
Reazioni biotiche
• Decomposizione (Polimeri e Monomeri)
• Fissazione (quando il C in forma inorganica, sottoforma di CO2 viene organicato
dagli organismi che si costruiscono le molecole organiche unicellulari e gli
organismi che fanno fissazione sono autotrofi)
– Fotoautotrofi
– Chemoautotrofi
• Respirazione (dove il C organico viene respirato e quindi utilizzato come fonte
d’energia e quindi viene ossidato durante la respirazione e viene prodotta CO2)
• Fermentazione (a partire dal C organico produce sempre C organico e anche CO2
+ C organico)
• Immobilizzazione (è la fase in cui gli organismi assimilano i nutrienti e
possono creare anche delle sostanze di riserva, quindi il C organico è
immobilizzato nelle cellule e quini non è disponibile esternamente alle
cellule per altri batteri o altri organismi) Eterotrofi
Per capire il ciclo del carbonio bisogna ragionare in modo schematico. Nello schema sono inserite le
varie reazioni metaboliche che abbiamo visto, in più c’è anche la METANOGENE. Suddividendole tra
reazioni aerobiche (avvengono in ambiente con ossigeno) e anossiche (prive di ossigeno). Con la formula
(CH2O)n viene rappresentato il carbonio organico come viene trovato nelle cellule, che troviamo sia in
aerobiosi che in anaerobiosi. Poi c’è la CO2 ovvero il carbonio inorganico e anche il metano. Se
cominciamo dalle reazioni che avvengono in aerobiosi, abbiamo la respirazione aerobica, che porta il
carbonio organico ad essere ossidato a CO2. Sempre in ambiente aerobico abbiamo la
CHEMOLITOAUTOTROFIA quando è aerobica e la FOTOSINTESI OSSIGENICA. Entrambe queste reazioni
portano all’assimilazione di CO2 e alla trasformazione di questa in C organio, e già qui si può vedere che
c’è un andamento ciclico.
Mentre nell’ambiente anaerobico, abbiamo
sempre la trasformazione del C organico in CO2
mediante respirazione anaerobia, ad esempio un
organismo utilizza carbonio inorganico come
donatore e il nitrato come accettore, il risultato è
comunque che il carbonio organico si ossida a
CO2 .
Abbiamo anche la FERMENTAZIONE, che anche
solo parzialmente produce CO2, anche se la
fermentazione produce prevalentemente
carbonio organico, ma contribuisce alla
produzione di CO2 e abbiamo la FOTOSINTESI
ANOSSIGENICA, cioè la fotosintesi che avviene in
ambiente anaerobio, che non produce ossigeno,
ma che può produrre carbonio organico a partire
da CO2.
Quello che di nuovo, rispetto alle reazioni che abbiamo già visto, vediamo in questo schema è
la presenza della metanogenesi, ovvero sintesi del metano. La metanogenesi parte da diversi
tipi di sostanze, il risultato è la produzione di metano, e avviene solo in ambiente anaerobio
METANOGENESI
E’ un insieme di reazioni che hanno tutte come risultato la produzione di metano, come
vedremo, in realtà è un insieme di reazioni che anche catabolicamente possono essere
diverse, quello che hanno in comune e che si svolgono in anaerobiosi, che vengono svolte
solamente da archea e non da batteri e sono tutte reazioni anaerobiche in cui l’accettore
terminale è il C. il C che può essere sotto forma di CO2, quindi intuiamo che è un processo
respiratorio, ma anche sotto forma di carbonio organico. Quindi diciamo che le reazioni di
metanogenesi, possono essere intese sia come reazioni respiratorie dove l’accettore è
inorganico, ma anche come fermentazioni dove invece l’accettorre è organico. Per cui viene
definita RESPIRAZIONE ANAEROBICA COMPLESSA proprio perché non è soltanto una
respirazione, ma un insieme tra respirazione e fermentazione. La metanogenesi che
evidentemente assume un significato molto importante quando si parla di biogas e di
produzione di metano a scopi energetici, è comunque una reazione che in natura avviene
spontaneamente ed è quello che succede alla fine della decomposizione anaerobica della
sostanza organica. Meglio ciò che avviene alle molecole carboniose che sono state respirate
e fermentate quando si trovano poi in anaerobiosi. Quando ci troviamo in anaerobiosi,
avvengono tutte una serie di reazioni che sono dovute al fatto che l’ossigeno non è
presente, quindi immaginiamo di trovarci in un ambiente in cui abbiamo un suolo, ad
esempio una risaia, che viene saturata d’acqua.
Inizialmente in questo suolo avremo ossigeno che poi viene consumato dalle respirazioni aerobie,
questo ossigeno trovandoci in un ambiente saturo d’acqua via via non è più disponibile ed iniziano ad
essere utilizzati tutti gli accettori possibili inorganici di elettroni. Quindi il ferro ossidato, il solfato, il
nitrato, tutte le molecole inorganiche che possono essere accettori in anaerobiosi. A questo punto
questi vengono consumati e si accumulano via via idrogeno e anidride carbonica, a seguito di varie
respirazioni anaerobiche e varie fermentazioni, perché chiaramente essendoci sostanza organica,
quando siamo in anaerobiosi può avvenire fermentazione o può avvenire respirazione. Alla sostanza
inorganica in anaerobiosi il (CH2O)n può essere respirata anaerobicamente oppure può essere
fermentata e noi abbiamo un accumulo di anidride carbonica e di sostanza inorganica in anaerobiosi.
A questo punto interviene la metanogenesi, che consuma l’idrogeno molecolare, la CO2 e le molecole
organiche che derivano da prodotti di fermentazione e respirazioni anaerobiche che a questo punto
vengono trasformate in metano. In pratica noi abbiamo i nostri polimeri che vengono trasformati in
monomeri, che vengono fermentati e vengono prodotti i tipici prodotti di reazione delle
fermentazioni che vengono trasformati in metanogenesi. In realtà la CO2 deriva anche evidentemente
dalle respirazioni anaerobie. Quindi alla sostanza organica in degradazione in anaerobiosi succede di
essere trasformati in prodotti di fermentazione in CO2 e idrogeno molecolare, che è il risultato di
alcune fermentazioni, questi in anaerobiosi diventano i substrati della metanogenesi.
La metanogenesi implica un’estrema specializzazione catabolica, perché i metanogeni, che sono archea si
specializzano a svolgere alcune tipologie di metanogenesi e si specializzano ad usare diversi substrati. Di
metanogenesi sostanzialmente ce ne sono tre tipi:
• CO2 - Type
È quella in pratica dove l’anidride carbonica viene utilizzata come accettore di elettroni e l’idrogeno molecolare
come donatore. La maggior parte dei metanogeni che vengono chiamati Idrogenotrofi, proprio perché è
l’idrogeno ad essere un donatore di elettroni, svolgono questa tipologia di metanogenesi
• Da Composti metilati
Vengono utilizzati composti metilati come accettori di elettroni, e sempre l’idrogeno molecolare come
donatore, questa è più una fermentazione, perché l’accettore è un composto organico. I composti metilati
possono essere diversi, metanolo, metilamina, però ogni metanogeno si specializza ad utilizzare uno di questi
composti metilati. Cioè ci sono quelli che utilizzano il metanolo e quelli che utilizzano la metilammina come
accettore di elettroni.
• Reazioni acetoclasica
Questi metanogeni vengono chiamati acetotrofi, questi invece utilizzano l’acetato che viene appunto
trasformato ridotto in metano e CO2.
Si parla di estrema specializzazione catabolica, perché un determinato metanogeno utilizza solamente
l’anidride carbonica, altri utilizzano solamente il metanolo e altri ancora solo l’acetato. Alcune rarissime
eccezioni, come la Metanosarcina, sono in grado di utilizzare fino a 7 diversi substrati, quindi ad esempio
diversi composti metilati più l’acetato. Ma questa è un’eccezione, perché di solito sono abituati ad utilizzare
soltanto un tipo di sostanza per produrre metano. Dipendono da altri microorganismi, in maniera molto
importante perché tutti i substrati di reazione di questi organismi sono derivanti da altre reazioni ad esempio la
CO2 deriva da respirazioni che avvengono o da fermentazioni anaerobiche, i composti metilati derivano
comunque da fermentazioni. L’acettato utilizzato nella reazione acetoplasica deriva da fermentazioni. Quindi
una cosa importante da ricordare e che i metanogeni dipendono da altri organismi.
Qui vediamo altre caratteristiche dei metanogeni, abbiamo detto che in tanto sono
• Archea che sono attivi a potenziali redox molto bassi (-350 -450 mV) vuol dire che agiscono in
nicchie ecologiche e in ecosistemi fortemente anaerobici
• Sono metanogeni obbligati, nel senso che loro utilizzano la produzione di metano ovvero la
metanogenesi, non dimentichiamoci che dal punto di vista dei microorganismi è un
catabolismo, cioè un modo con cui questi organismi producono energia. Questi metanogeni
però che in comune hanno questa caratteristica, cioè produrre metano, in realtà sono molto
diversi tra di loro, rispetto a tutta una serie di fattori.
• Sono diversi rispetto alla morfologia, alla sequenza del 16S, quindi sull’albero filogenetico li
troviamo in posizioni anche distanti. Rispetto alla fisiologia cioè al fatto che alcuni preferiscano
determinate condizioni e altri ne preferiscano altri e anche differenze rispetto alla parete
cellulare. Alcuni hanno una parete cellulare tipica degli archea, cioè la pseudomureina, altri
invece sono ricoperti da eteropolisaccaridi, quindi non hanno una parete e altri invece da
proteine ovvero sono ricoperti da strati S, quegli strati proteici molto resistenti che abbiamo
visto talvolta possono sostituire la parete cellulare.
• La distribuzione ambientale dei metanogeni e molto ampia, vengono trovati in diversi ecosistemi
anaerobici, sia temoerati che estremi. Alcuni esempi di ecosistemi temperati ed estremi sia freddi che
caldi:
Abbiamo delle specie di metanogeni che crescono in ambienti con temperature molto fredde, quindi sono
psicrofile e psicrotolleranti, che amano il freddo e si sviluppano tra 0 e 5°C e specie ipertermofile, quindi
prediligono temperature molto elevate, ad esempio sorgenti geotermali fino a 110°C.
Poi abbiamo dei metanogeni che prediligono elevate concentrazioni saline quindi sono ALOFILI, alofili
estremi, che richiedono elevate concentrazioni di cloruro di sodio per svilupparsi.
Altri invece che prediligono ecosistemi temperati in nicchie ecologiche, quindi non ci sono batteri o
eucarioti perché di solito sono sono in ambienti molto anaerobici, dove non subiscono la competizione
con altri microrganismi perché nel caso avrebbero la peggio. Quindi occupano nicchie ecologiche in cui
non competono con altri batteri o eucarioti.
• In pratica abitano, colonizzano degli habitat anaerobici, in cui non abbiamo ne solfati ne metalli e ne
nitrti, perché come abbiamo visti sono già stati utilizzati da altri organismi e quindi vanno ad occupare
nicchie dove sono in grado di utilizzare delle sostanze come la CO2 o l’acetato, che sono in grado di
utilizzarle solamente loro.
Diversità e fisiologia dei metanogeni
• Varietà morfologica
• Tassonomia morfologica e filogenetica
• Anaerobi obbligati  quando vengono coltivati in
laboratorio non deve essere presente l’ossigeno,
vengono fatte crescere nelle camere anaerobiche
che sono delle cappe chiuse in cui dobbiamo
sostituire l’ossigeno con altri gas, perché l’ossigeno
per loro è tossico, perché non hanno gli enzimi che
servono per proteggere dallo stress ossidativo. A
seconda della specie mezzo minerale in atmosfera di
H2 e CO2 (in rapporto 1:4) o mezzi complessi.
I metanogeni sono molto presenti in qualsiasi alberi filogenetico, e si riconoscono perché il nome inizia con
META. Questo in realtà perché gli archea sono stati scoperti inizialmente perché sono stati scoperti i
metanogeni. I metanogeni sono stati tra i primi archea conosciti. Quindi sull’albero filogenetico troviamo tanti
metanogeni perché sono stati i primi da cui si è partiti per studiare gli archea.
Si può notare però che sono distanti
sull’albero genetico. Perché la
metanogenesi è solamentente un
risultato del loro metabilismo, i
metabolismi sono diversi, perché
alcuni svolgono una respirazione
anaerobica, utilizzando la CO2 come
accettore, altri utilizzano
fermentazione, ma
phylogeneticamente sono archea
molto diversi tra di loro. Quindi sono
diversi sia dal punto di vista
filogenetico che ecologico in generale
CICLO DELL’AZOTO Complesso e articolato perchè l’azoto ha
molti stati di ossidazione, molti passaggi
e reazioni che trasformano da una forma
all’altra di strati di ossidazione. Esempio
azoto sotto forma di ammoniaca è
fortemente ridotto. Può essere donatore
di elettroni nelle respirazioni. E poi
anocra il nitrato che è una forma molto
ossidata, infatti è un accettore di
elettroni. Dobbiamo calcolare il numero
di ossidazione per capire questo.
È sia a livello di microrganismi, ma riguarda tutto.. Piante, pioggia, animali.
Trasformazioni fisico chimiche, nitrati che una volta prodotti dal suolo non vengono
trattenuti dal suolo perché hanno carica negativa, e vengono liscidiati.
Passaggio dell’azoto attraverso le sue diverse forme, in questo caso grazie a reazioni
microbiche . Come azotofissazione, che consente fissazione azoto in azoto
ammoniacale. Azoto ammoniacale, che può essere trasformato in nitrato da reazioni
ossidative, oppure usato come nutriente per costruire aa e proteine. E poi abbiamo
nitrato che può essere ridotto a azoto molecolare.
Reazioni microbiche del ciclo N

MINERALIZZAZIONE: trasformazione da azoto organico a inorganico.
NITRIFICAZIONE: ossidazione di azoto ammoniacale
DENITRIFICAZIONE: utilizzo di nitrato come accettori di elettroni, che verranno ridotti
e poi trasformati in azoto atmosferico
IMMOBILIZZAZIONE: accumulo di azoto a scopi nutrizionali all’interno delle cellule.
Reazioni microbiche del
ciclo L’N2 èN
AZOTOFISSAZIONE: porta all’incremento di azoto nel suolo, fondamentale per
crescita vegetale. l’azoto atmosferico, volatile, inerte, non utilizzabile da
piante e da altri organismi, viene trasformato in azoto ammoniacale che invece può
essere usato da piane e organismi non azoto fissatori come nutriente come fonte
azotata. L’azoto ammoniacale può essere ancora trasformato in molti modi in altre
forme azotate.
Azotofissazione
C’è l’Azoto molecolare (N2) viene “fissato” in azoto disponibile e
assimilabile –NH4+ (azoto ammoniacale. L’azoto qui ha -3)
È una trasformazione riduttiva. La riduzione di N2 ad

ammonio richiede un salto e nergetico di 225Kcal
(richiede E, è endoergonica). Non è catabolica.
Energia ottenibile:
a pressioni di 100 Mpa e 350°C Può essere svolta
a livello industriale per la sintesi di
fertilizzanti(trasformando azoto volatile N2 in
ammoniacale). Richiede pressioni e energia
sotto forma di calore consistente
In ambiente naturale a pressione atmosferica e
temperatura ambiente solo i microrganismi
azoto fissatori che posseggono l’enzima
Nitrogenasi (azotofissazione microbica)
sono capaci di fissare l’azoto . Può avvenire a livello
industriale consumando molta E, ad elevate T,
oppure naturale grazie a nitrogenasi.
Azotofissazione microbica
Qui abbiamo la reazione di nitrogenasi, con il consumo di molto ATP che viene
trasformato in atp bifosfato, questo implica il consumo di molta E. Catabolismo
fornisce E perché questa reazione avvenga. Non tutti i micro richiedono la stessa q
di C, perché i micro hanno rese energetiche diverse. Quanto C deve essere
respirato, e quanta E deve essere fissato per svolgere reazioni. Clostiudium compie
respirazioneanaerobica che richiede più C per fissare N, ed è meno redditizia.
L’azotofissazione è molto legata a disponibilità i C organizo, senza questo non può
avvenire, perché questo è la fonte di E
Azotofissazione microbica
LIBERA SIMBIONTICA
Microrganismi (dotati di nitrogenasi Microrganismi in simbiosi, relazione
possono fissare azoto, in maniera stretta con organismi vegetali. Gli
indipendente, staccati dall’organismo azoto fissatori simbionti sono dentro le
vegetale, dispersi nel suolo o nelle radici delle piante.
acque.
possono essere quindi sia liberi che
in BIOCENOSI (relazione in cui i
micro usano C organico proveniente
da piante, ma relazione non così
stretta)
Possiamo avere azoto fissatori liberi che usano le fonti di E che trovano nel suolo.
Altri anocra assorbono elettroni da pianta e si trovano a livello di rizosfera, fuori da
radice. Biocenotici, indipendenti da piante.
Azotofissazione libera
Azoto fissatore libero o biocenotico. Microrganismi liberi
possono associarsi con vegetali ma non in simbiosi (biocenosi)
Microrganismi anche molto diversi tra di loro (sia come metabolismo che
come habitat) che hanno solo in comune l’azotofissazione (gruppo
funzionale). Hanno morfologie diverse, possono essere aerobi o anaerobi.
Possono essere anche molto distanti tra loro dal punto di vista filogenetico
Resa di azoto fissato (alcuni kg/ha per anno) inferiore rispetto a
azotofissatori simbionti, perché questi dipendono dal fatto di
procurarsi il C organico. Se sono in biocenosi, dipendono da rilascio
di essudati radicali da radice, se sono liberi nel suolo devono trovare
essudati disponibili come fonte di E. per questo l’azotofissazione
libera prende meno,in termini di kg, ettaro rispetto a quella
dimbiontica.
Suddivisi tra fotosintetizzanti e non fotosintetizzanti
Azotofissatori fotosintetizzanti
Chiamarente collegati a fotosintesi

Appartengono a Cianobatteri (fanno fotosintesi molto simile
a quella dei vegetali )(phylum Cyanobacteria) sono tra gli
azotofissatori più importanti
- autotrofi per il Carbonio (fotoautotrofia) e per l’Azoto

(azotofissazione) si costruiscono carboidrati, a partire dalla CO2,
non hanno bisogno di fonti di E esterne, perché la loro fonte è la
luce. Sono molto indipendenti nell’ambiente. Le alche non sono
autotrofe per l’azoto, avranno comunque bisogno di tracce di
azoto, mentre i cianobatteri possono svilupparsi in maniera
indipendente hanno bisogno di luce e di Sali.
- Potenziale interesse applicativo (molti cianobatteri sono
impiegati come biofertilizzanti per risaia) non tutti impiegati in
questo scopo, perché alcuni sono anche produttori di tossine.
Cianobatteri - Tricoma
Cellule singole vanno ad aggregarsi,

sono indipendenti, e una o più
cellule del tricoma si differenziano
dalle altre per per svolgere funzione
che poi sarà utile per l’intero
tricoma. Formano le eterocisti
(proprio dove avviene l’azoto
fissazione )che sono le cellule di
cianobatterio, che si specializzano a
fissare N all’intera colonia. il tricoma
si comporta come fosse un unico
organismo.
Eterocisti
AZOTO FISSATORI NON FOTOSINTETIZZANTI
Nel suolo importanti Azotobacter, Azospirillum, Bejierinckia.
Ci sono anche i Biocenotici con radici piante (a livello di
rizosfera (…ma non solo)
Ci sono anche quelli in maniera indipendente da piante, cioè
svolgono tale reazione quando hanno abbastanza E
metabolica, perché c’è molto C. Aerobi o microaerofili
contenuti all’interno di Formulati microbici commercializzati come

biofertilizzanti.
Oltre a fissare l’azoto sono anche Efficienti produttori di ormoni vegetali

della crescita che inducono un aumento nello sviluppo degli apparati
radicali
Agricoltura biologica tecniche che favoriscono lo sviluppo di
azotofissatori, ottimizzare tale azione. Esempio svolgono tecniche di
incremento SO nel suolo, ad esempio compost, per arricchire quantità di
SO che gli azoto fissatori già presenti nel suolo possano sfruttare per
produrre azoto. L’idea è quella quindi di non aggiungere azoto al suolo,
ma aggiungo C organico, così che gli azotofissatori possano lavorare al
meglio o biofertilizzanti che contengono azoto. Si basano su assenza di
impiego di fertilizzazione chimica.
Organismi che
si sviluppano BIOCENOSI AZOTROFE
a livello
radicale.
Azospirillum
incrementa
produzione di
peli radicali.
Biocenosi, e
non simbiosi,
perché è
all’esterno
della radice.
AZOTOFISSATORI S IMBIONTI
Prevedono interazioni molto profonde tra micro azoto fissatori con piante
superiori . In Prevalenza appartengono agli ordini delle Rhyzobiales e
Burkholderiales.
Tra questi abbiamo i Rizobi (Rhyzobium) ovvero il genere più studiati,
organismo di riferimento tra gli azotofissatori simbionti. fissano Azoto a
livello di noduli chimati anche (tubercoli) radicali in simbiosi con leguminose
(piante molto ricche di composti azotati con elevato contenuto proteico,
presenti nella dieta di vegetariani, per il loro elevato contenuto di azoto, a
livello radicale hanno simbiosi hanno simbiosi con rizomi che fissano azoto,
quindi piante hanno accesso illimitato a azoto disponibile
Sistematica (tassonomia) dei rizobi è molto dinamica; descritte
molte nuove specie e sono state riclassificate più volte attraverso
cambiamenti di nomenclatura, a volte infatti c’è la doppia
nomenclatura, cioè si portano dietro le vecchie classificazioni oltre
quelle nuove.
SIMBIOSI: Interazione stretta tra rizomi e leguminose funziona grazie al
fatto che il VEGETALE (la radice)FORNISCE CARBOIDRATI perché le piante
producnoo carboidrati a partire da co2, li trasportano dentro radici, e qui i
micro avranno accesso illimitato a carboidrati principali e il
MICROORGANISMO FORNISCE AZOTO, pianta avrà azoto immediatamente
disponibile già a livello radicale
Siccome l’azoto fissazione produce meno azoto, l’azoto fissazione simbiotica ha
una resa molto superiore. La difficoltà a procurarsi fonti di E, fa si che il
rizobium produca molto azoto per le leguminose. Questo non è obbligato a
svolgere simbiosi con le leguminose, possiamo trovarlo libero nel suolo, ovvero
non fa l’azoto fissazione. Per fissare l’azoto i rizobi devono entrare dentro le
radici delle leguminose, altrimenti usano fonti azotate al di fuori della cellula.
quando entrano invece nelle radici delle leguminose formano dei noduli
radicali, e instaurano una simbiosi che manifesta quanto siano specifiche le
interazioni pianta organismo, ogni leguminosa ha all’interno dei noduli un tipo
particolare del rizomio, c’è un adattamento ambientale tra pianta e
microrganismi. Esempio la soia, ha un certo tipo di rizobio, il fagiolo ne avrà un
altro. Ognuna si seleziona il proprio. C’è una coevoluzione tra leguminose e
rizomio, percorso parallelo, formato simbiosi, le leguminose si sono evolute
insieme ai loro stessi simbionti. Ci sono caratteristiche della pianta e del micro
che fanno si che questa simbiosi, si sia mantenuta nel tempo e abbia
selezionato l’interazione specifica tra leguminosa e rizomio.
Tappe dell’instaurarsi di una
simbiosi
Rhizobium - Leguminose
Subito vi è la secrezione da parte delle piante di flavonoidi,
molecole organiche prodotte a livello radicale, che rizobium si trova
libero nel suolo e capta un segnale da leguminose e induce la
sintesi di molecole che a sua volta stimolano la pianta. Chemotassi,
stimolo dovuto a presenza di sostanza chimica, attraente o
repellente. Positiva (attrae micro) questo effetto induce la
trascrizione dei geni di nodulazione che nella pianta iniziano a
essere trascritti, e poi traduzione e poi produzione proteine. I micro
iniziano a infettare la pianta, (la simbiosi sembra addirittura la
simbiosi da parte di un patogeno) avviene nella stessa maniera, se
non fosse che il rizobium non danneggia la pianta ma penetra nelle
radici e si crea attorno a rizobium i noduli radicali, formati dalla
pianta stessa grazie alle cellule corticali che hanno attivitò
meristematica. La pianta produce proteine funzionali alla buona
riuscita della simbiosi, tra queste proteine c’è la leghemoglobina,
molto simile a quella che abbiamo noi nel sangue dal punto di vista
chimico. Protegge nitrogenasi (danneggiata da O2) dall’O libero.
Questa è prodotta dalla pianta, leg perché prodotta da leguminose.
Quando il nodulo ha raggiunto un certo stadio di sviluppo, il nodulo
va in lisi, il rizobio ritorna nel suolo, pornto ad essere richiamato da
Noduli distribuiti lungo tutta la porzione di radice.
Sezione di nodulo corticale, nodulo vascolarizzato dal vegetale, è dove avviene lo scambio. I micro
hanno contatto con i carboidrati che sono trasportati dal sistema vascolare, dove sono presenti
questi essudati radicali. Cellule quando entrano a far parte del tessuto vegetale perdono la loro
morfologia, sembrano un tutt’uno con il vegetale infatti perdono la parete, hanno una forma non
più bacillare, ma più tondeggiante. Sono chiamati batteroidi perché quando entrano in simbiosi con
il vegetale , hanno morfologia che ricorda protoplasti, cellule senza forma, sono parte del vegetale.
Nodulo è parte del vegetale stesso
Rizobi hanno perso morfologia
Inibizione
dell’azotofissazione
Legemoglobina è prodotta dal vegetale perché la
nitrogenasi è inibita dall’O. la nitrogenasi subisce un
inibizione reversibile.. (quando cessa di essere presente la
sostanza vivente, la nitrogeneasi torna a funzionare ) E
una irreversibile (danneggiamento che non viene più
risolto).
La nitrogenasi è inibita in maniera reversibile da un
eccesso di h2, azoto ammoniacale e nitrico.
Semplicemente perché questi sono i pordotti di reazione
dell’azoto fissazione. E l’azoto nitrico è una forma di azoto
inorganico. Visto che l’azotofissazione richiede molta E, la
nitrogenasi non funziona quando non e necessaria. Se c’è
molto azoto, perché l’organismo dovrebbe ancora svolgere
l’azotofissazione se l’azoto è già disponibile ? Infatti piante
e micro si regolano e quindi la nitrogenasi non funziona
quando sono già presenti i prodotti della reazione o
comunque l’azoto inorganico. L’evoluzione ha portato a
L’o è un inibente irreversibile perché l’O2 è
simile al N2 dal punto di vista chimico, va a
legarsi, molto efficiente, non si stacca più
dalla nitrogenasi, e quindi così questa non
funziona più. la nitrogenasi è protetta dall’O:
in batteri aerobi, (ovviamente i batteri
anaerobi si trovano già in situazioni dove l’O
non è presente quindi non hanno molte
difficoltà) incrementano la respirazione, sia
per produrre ATP, e per eliminare l’O.
producono anche strati mucosi, rivestendo
cellule con polimeri che proteggono la cellula
da un eccesso di O così che la nitrogenasi
possa funzionare. Possono produrre proteine
che proteggono la nitogenasi esempio la
Se seziono il nodulo
radicale di una leguminosa
diventa rossastro perché
la legemoglobina
(proteina prodotta dal
vegetale affinché la
nitrogenasi funzioni al
meglio) si ossida andando
a legarsi all’O in maniera
che tutto l’O venga legato
alla legemoglobina e non
vada a danneggiare la
nitrogensai. La colorazione
può essere più o meno
intensa.
Applicazioni azotofissazione simbiontica
Rizobi sono oggetto di applicazioni finalizzate a migliorare la
produttività di leguminose da foraggio e da granella. Cerca
di migliorare rizomi sempre più efficenti in simbiosi con
radici.
Rotazioni colturali, sono l’applicazione che sfrutta la
autofissazione simbiontica, fatte in campo per arricchire il suolo
di azoto (con le leguminose). Possiamo selezionare ceppi molto
efficenti di rizobi usati per trattare semi di leguminose, così che
abbiano in simbiosi dei organismi più efficenti rispetto a quelli
che naturalmente attirano.
Inoculazione leguminose (batterizzazione dei semi, trattamento
semi con organismi che sono azotofissatori)più estesa e antica
pratica di rilascio deliberato di microrganismi nell’ambiente.
Disponibili prodotti commerciali con standard elevati di
azotofissazione, continua la ricerca di ceppi migliori di orgnismi
azotofissatori, usati in campo per incrementare la produzione
agricola.
Reazioni microbiche del
ciclo N
Ammonizzazione
Reazione molto semplice avvengono per cause nutrizionali che consiste nelle
trasformazioni che portano da N organico (contenuto in aa e proteine) trasformato
in N inorganico (ammoniaca o ammoniacale ) e viceversa (assimilazione dell’azoto
ammoniacale per sintetizzare nuovi aa) . I micro degradano proteine e assimilano
azoto ammoniacale, per costituire porteine. Quindi c’è l’ammonizzazione che
consiste nell’ usare l’azoto organico e la trasformazione dell’N inorganico, ovvero la
Mineralizzazione(come il C).c’è una degradazione successiva prima in PROTEINE
poi PEPTIDI AMINOACIDI che poi possono essere mineralizzati,distrutti e
degradati nei loro componenti al fine di ottenere a partir dall’N organico, l’N
ammoniacale o ammoniaca (dipende da Ph).
AZOTO INORGANICO NH4+ - NH3 ( forma prodotta e emessa con pH alcalini)
Immobilizzazione – reazione inversa è l’Assimilazione

N inorganico (usato come nutriente, non come accettore o donatore) assimilato e
trasformato in azoto organico mediante la sintesi di aminoacidi. Perché i micro
devono costruire aa e proteine per la cellula. Sono due reazioni opposte, non
influenzate da micro particolari perché nel suolo queste due reazioni avvengono in
continuazione. I micro che compiono tali reazioni sono moltissimi.
Ammonizzazione e Assimilazione sono
influenzati da caratteristiche ambientali
che modificano equilibri di queste due
reazioni:
Concentrazione del substrato pH
Temperatura
Ossigeno
Microrganismi che compiono ammonizzazione

(mineralizzazione) e assimilazione
(immobilizzazione) sono moltissimi. Non si
tratta di reazioni caratteristiche di particolari
gruppi microbici o di taxa specifici.
Nitrificazione aerobica
È costituita dall’Ossidazione dell’azoto ammoniacale a nitrato
Processo compiuto da micro facendo passa azoto ammoniacale o
ammoniaca ad azoto nitrico, ovvero allungato. Molto importante,
perché il nitrato è la forma azotata che viene poi assimilata dalle
piante. Quindi questo azoto ammoniacale che è poco assimilata da
pianta intervengono due gruppi distinti di batteri un gruppo compie
il primo step, l’altro il secondo:
Ammonio-ossidanti (a seconda dei libri possono anche
essere chiamati Nitrosanti)
Nitrito-ossidanti (Nitrificanti)
Sono due processo respiratorio, due catabolismi, che
questi microrganismi usano per per produrre ATP.
Questi Batteri e archea sonoCHEMOLITOAUTOTROFI. Ciò significa
che usano una sorgente inorganica di E, gli elettroni ovvero
l’ammonio e il nitrato, e usano CO2 come fonte di carbonio, infatti
sono autotrofi
Si forma così il nitrato assimilabile per le piante. Sono due reazioni
Batteri Ammonio-ossidanti
2H+ + NH3 + 2e- + O2NH2OH + H2O
NH2OH + H2O HNO2 + 4e- + 4H+
Si tratta di un catabolismo,c’è ammoniaca (donatore) e O(accettore) nel primo passaggio è prodotto
un prodotto intemedio ovvero l’idrossilammina, che solo dopo con un altro enzima diventerà un
nitrito, verrà trasformato. Quindi i due passaggi sono fatti da due enzimi diversi. Ammonio
monoossigenasi (usato per analisi di quetsi batteri) (enzima integrale di membrana)
Idrossilammina reduttasi (enzima periplasmico) compie la successiva ossidazione a nitrito, è
esterno alla parete. Il primo è il vero e poprio passaggio processo respiratorio.
Capacità di ossidare l’ammonio a nitrito geneticamente

codificata
Pochi generi possono svolgere questa reazione, in assenza di questi generi
questa reazione non avviene
Solamente i generi: Nitrosomonas
Nitrosospira Nitrosococcus
Donatore elettroni: Ammonio (otenziale di riduzione non così basso) sono
autotrofi ecco perché t di generazione letto
Accettore: Ossigeno
Il loro Metabolismo molto lento

È diffuso in molti ambienti, molto comune sia nel suolo che nelle acque.
Tempo di generazione 8 ore – diversi giorni 80% elettroni per
fissare CO2 a carboidrati (organicare CO2)
Aerobi obbligati
Otimum 25-30°C
pH 7.5-8
2-10 mM (hanno concentrazioni molto specifiche) Ammonio concentrazione

ottimale ma alcune specie fino a 20 mM, in laboratorio hanno caratteristiche
molto specifiche per come crescere. In natura invece si trovano in condizioni
molto diverse, anche a ph e T molto più basse. Qui ci sono pochi
microrganismi coivolti, se non ci sono quesi generi il ciclo dell’azoto non
precede correttamente
Reazione critica ciclo N
Batteri Nitrito-ossidanti
2NO2- + O22NO3 -
Questi batteri compiono la reazione successiva, è sempre un

catabolsimo, che i micro usano per produrre E. usano nitrito
come donatore, e O come accettore, quindi rezione aerobia,
producono il nitrato l’enzima coinvolto è il
Nitrito ossidoreduttasi
Capacità geneticamente codificata

portata avanti
solamente da
questi generi:
Nitrococcus
Nitrospina
Nitrobacter
Nitrospira
questi micro sono sempre soggetti a
Chemolitoautotrofia , usano CO2 come fonte di
C, questo dispendie elettroni.
Donatore elettroni: Nitrito
Accettore: Ossigeno Metabolismo molto
lento
Alcuni microrganismi possono essere Nitrobacter mixotrofi, ovvero

usano il C organico come fonte di C. ma la loro crescita in questo
caso, è meno lenta perché il C è già pronto.
Meno limitante di Ossidazione Ammonio

perché Nitrito ossidato a nitrato anche chimicamente. L’ammonio
invece per essere ossidato a nitrito comporta la necessità di micro. In
molti ambienti invece il nitrito è ossidato a nitrato chimicamente ,
perché il passaggio da nitrito a ossidato, richiede poca E e in
presenza di O quetso avviene anche spontaneamente. Questi micro
sono molto difficili da coltivare, e anche meno comuni e differenziati
rispetto a ossidanti
Effetti ambientali e Applicazioni (AEROBIA)
Questi micro producono nitrato, che se non è usato come fertilizzante, deve
essere ricavato da ammoniaca, o ammonio . Quando questi micro sono troppo
attivi si può arrivare all’Acidificazione del suolo e aumento solubilità dei
minerali (potassio, magnesio, calcio e fosfato che sono i minerali presenti del
suolo) . Quindi possono essere acidificati, come conseguenza della diminuizione
del ph, effetto secondario, perché producendo nitrato, diminuisce ph. Il nitrato se
prodotto in grande quantità e non assimilato, immediatamente da piante causa il
Dilavamento NO3- (perdita azoto e inquinamento falde) non trattenuto dal suolo,
perché la sua carica negativa lo fa liscidiare verso le falde.
Ammonio ossidanti utilizzati per biorisanamento acque
Perché le acque reflue, sono anche spesso ricche di N, e l’ossidazione dell’ammonio
a nitrato e importante per eliminare N da acque reflue.
Distribuzione:
Varietà di habitats (terrestri, acquatici, naturali ed artificiali)
Chiara distribuzione di specie e gruppi nei diversi ambienti (diversità
filogenetica e fisiologica) Differenziazione nicchie ecologiche. Ci sono solo pochi
generi, ma questi rinchiudono tante specie. Nel suolo, troverò solo alcuni
fenotipi, nelle acue, solo altri, perché si differenziano, sono diversi dal piìunto di
vista filogenetico e morfologico. Crescono male e lentamente in terreni
solito(esempio piastre petri) . Hanno bisogno di requisiti molto diversi
Coltivazione: avviene in
Mezzi liquidi
Minerali (mezzi minimi)
Ossidazione anaerobica dell’ammonio
- Anammox
Donatore elettroni: ammonio

Accettore: Nitrito o nitrato (diverso da O)
NH4+ + NO2-N2 + 2H2O (ΔG°’=-357kJ)
Reazione scoperta recentemente, si pendava che ammonio fosse stabile, non potesse essere
ossidato. Si è poi scoperto che l’ammonio è ossidato anche in anaerobiosi, perché viene usato
accettore diverso da O. è una rezione che porta alla produzione di N2. viene usato ammonio, come
aerobia. Sono micro che usano co2 come fonte di C, chemiolitroautotrofi.
Autotrofia ma non è chiaro il meccanismo di fissazione della CO2
tale meccanismo sembra diverso rispetto che gli altri organismi. Tutti gli autotrofi usano modalità di
organicazione di C sempre molto simile, grazie all’enzima rubisco. Qui invece questo enziam non c’è,
sono in corso anora ricerche su come questi organismi fissano il CO2.
L’organismo modello più studiato è il Brocardia anammoxidans (phylum Planctomycetes)
Planctomycetes: phylum atipico del dominio Bacteria. Non posseggono peptidoglicano ma strati S
di proteine.
Anammox
• Distribuzione regolata dall’assenza di ossigeno, in presenza di
ossigeno possono andare in lisi
• Abitano negli stessi ecosistemi di ammonio-ossidanti (ma nicchie
diverse (anaerobiche))
• Prima della scoperta di anammox si pensava che l’ammonio fosse
stabile in anerobiosi.
• È diventato un processo molto vantaggioso per trattamento
anaerobico acque reflue. Prima venivano usati sistemi che
privilegiavano gli ammonio ossidanti aerobi con dispendio
energetico per insufflare aria, così che l’ambiente si
mantenesse aerobico. Qui l’aria non viene sufflata, abbattendo
costi energetici, proprio perché questi organismi non
necessitano di O.
Anammoxisoma
spazio circondato da membrana
Hanno sistema citoplasmatico

simile ad organello come
fossero eucarioti, in cui
confinano tutti i loro
catabolismi. Quindi invece che
svolgere processo catabolico in
membrana, lo svolgono dentro
anammoxisoma. Va contro ciò
che abbiamo detto, ovvero che
i procarioti non hanno sistemi
di respirazione citoplasmatici.
Questi sono un eccezione. Si
comportano un po’ come dei
mitocondri, e svolgono tutte le
funzioni legate alla produzione
di atp.
Denitrificazione
Sono una serie di diversi passaggi. Nitrato nitrito, monossido d’N, protossido di azoto, n2
(molecolare). Rientrano sotto la denitrificazione si passa fa forma inorganica(no3),a una forma
gassosa(n2) che causa perdite di N dei suoli perché produce una forma volatile. Denitrificazione
è al singolare, in realtà sono una serie di reazioni dove i micro usano tutte le forme ossidate
dell’N fino a produrre N2, usando sempre come donatore la sostanza organica.
Il nitrito è una forma azotata che funge sia da accettore (denitrificazione) donatore(ossidazione
dell’amido)
È una Respirazione anaerobia
– Donatore: Sostanza organica (produzione CO2) cede elettroni, si
ossida
– Accettore: azoto inorganico ossidato (+5  +1)
Gli enzimi coinvolti sono diversi a seconda del passaggio (un micro può possedere uno, tutti o
alcuni di tali enzimi):
– nitrato reduttasi (potrà solo usare nitrato come accettore di elettroni, e produrrà nitrito, un
altro micro userà il nitrito e ridurlo a nO), nitrito reduttasi, ossido nitrico reduttasi, ossido
nitroso reduttasi. È molto diffusa come
reazione, è sufficiente che suolo diventi anaerobio anche per un tempo limitato perché i
micro appena finisce il O usano il nitrato, che è una molecola usata facilmente.
BATTERI DENITRIFICANTI
Maggior parte anaerobi facoltativi (scelgono se usare O o nitrato) significa che
la nitrato reduttasi sono molto conservate e distribuite, tra i micro, ma ciò vuol
anche dire che se c’è l’O loro lo preferiscono perché più redditizzia.
Fonte di energia C organico, perdita di C perché ossidano SO, e producono CO2,

e una perdita di N perché riducono il nitrato.
Gruppi diversi dal punto di vista tassonomico ci sono molti organismi

diversi, lontani anche evolutivamente, molti batteri hanno anche possibilità
di denitrificare quando un suolo viene sommerso inizia a emettere azoto,
perché ci sono micro che possono compiere una o più fase della
denitrificazione (Clostridium, Bacillus, Enterobacter, Micrococcus,
Pseudomonas) ci sono organismi che possono
Denitrificazione correlata a disponibilità di carbonio

organico semplice, se sono presenti delle molecole organiche facilmente
utilizzabili da microrganismi, non troppo complesse i denitrificanti compiono la
denitrificaizone.
Raramente, alcuni batteri ammonio-ossidanti (Nitrosomonas) in condizioni di

anaerobiosi, possono compiere la denitrificazione.
La denitrificazione comporta diverse conseguenze. Quando avviene
è preferibile che si completi, ovvero che porti all’N2 (che è vero che
finisce nel suolo, ma non è tossico) arrivi alla fine perché altrimenti
comporta la formazione di gas serra(Nox, gas azoto come
monossido di azoto, volatili). Alte concentrazioni di nitrato o
nitrito, presenza di ossigeno, ridotta disponibilità di carbonio
organico, pH acidi e bassa temperatura maggiore
produzione di N2O e NOx rispetto all’N2
La denitrificazione riveste grande importanza nell’ambito sia
dell’ecologia che dell’agricoltura (aspetto fortemente
negativo perdite di azoto dai suoli, a volte sotto forma di
gas serra ) ma è uno dei metabolismi fondamentali nell’ambito
dei processi depurativi.(aspetto molto positivo, per esempio per
acque reflue, o risanamenti che ottimizzano azione di tali micro
Rizosfera
comparto importante dal punto di vista microbico. Si
differenzia molto dalle caratteristiche del suolo non
abitato., non vegetato. Perché qui si istaurano relazioni
tra piante e micro dovute sia a presenza pianta che
all’azione microbica. Ci sono meccanismi sia negativi
(parassitismo) che positivi, produzione di comporsi vari
(antibatterici che aiutano a combattere patologie
vegetali, alelopatici, che pianta produce sostanze che
danneggiano sviluppo vegetali. Scambio tra essudati
radicali prodotti da pianta e azioni microbiche volte al
miglioramento della pianta. Quindi questi micro non
hanno significato solo negativo
• Rapporti piante-microrganismi si instaurano a partire
dalla germinazione dei semi.
• Microrganismi colonizzatori della superficie di un seme
ha influenza su microrganismi che si svilupperanno nella
rizosfera. Alcuni biofertilizzanti vengono dati sotto forma di
concia, sul seme perché si mantengono durante lo sviluppo
del vegetale.
• Rizosfera  parte di suolo intorno alle radici. Dove finisce
la rizosfera e comincia il suolo non rizosferico possono
esserci difficoltà di definizione
– Ambiente complesso e dinamico (varia a seconda delle
condizione della pianta e ambientali, qui si istaurano
una serie di rapporti dovunta alla compresenza di
piante e organismi)con caratteristiche differenti dal
restante suolo non-rizosferico.
SUOLO
RIZOSFERA
RIZOPLANO
Pelo
radicale
Tessuto
vascolare
ENDORIZOSFERA ECTORIZOSFERA
• RIZOSFERA si suddivide in:
– Ectorizosfera (ciò che solitamente chiamo rizosfera, quello che sta al ti fuori delle
radici, le circonda)
– Endorizosfera (primi strati corticali delle radici)
– Rizoplano (superficie di radici e peli radicali )
ENDO dentro, ECTO fuori
• Suddivisione rizosfera  difficoltà frazionamento
in laboratorio, per analizzare solo questo rizosferico, bisogna dividerlo
dall’altro non rizosferico
• Estensione della rizosfera dipende da tipo di suolo, specie
vegetale, età vegetale, fattori abiotici (condizioni ph) grande
variabilità (può essere da pochi millimetri ad alcuni centimetri rispetto
a radice vegetale )
• Rizosfera con caratteristiche differenti in base alle specie e al grado
di sviluppo del vegetale. Ambienti rizosferici molto diversi, partendo
da piante a diversi stadi di sviluppo che colonizzano diversi ambiente
Conseguenza dell’effetto rizosferico
• Regolazione comunità microbica differente rispetto
al suolo non rizosferico
• Rapporti di simbiosi, quelli che coinvoglono
l’azotofissazione microbica, e le micorrizze
• Modificazioni nelle proprietà fisico-chimiche
del suolo, se misuro gli elementi presenti o il
potenziale redox del ph del suolo vicino a radici è
diverso da quello non rizosferico
• Comporta una giacitata all’elopatia che comporta
un’Inibizione allo sviluppo della crescita.
Caratteristica di alcune specie vegetali e di altre
meno
“Effetto rizosferico” e microrganismi
• Nella rizosfera i microrganismi hanno una grande quantità di composti
organici da utilizzare come fonti di C, fonti di energia e fattori di
crescita. Il vegetale a livello rizosferico emette una serie di essudati
radicali ricchi di C, che per i microrganismi è facile da usare, perché è già
immediatamente disponibile.
• Rilascio da parte del vegetale di acidi organici, amminoacidi 
molecole organiche subito disponibili e facilmente utilizzabili. Non
sono parte di una sostanza vegetale complicata. Sono C piccolo, che
entra nelle cellule così com’è. I micro si trovano un ambiente con
una serie di nutrienti disponibili, non solo con il C.
• L’assorbimento e rilascio di composti organici e inorganici da parte
delle radici, determina nella rizosfera la formazione di gradienti radiali
e longitudinali di elementi nutritivi, pH e ossigeno. Distribuzione di un
gradiente, da tanto a poco, lungo la rizosfera.
• Attività degli apparati radicali (molto
complessi) differisce in funzione del tipo e
porzione della radice considerata, quindi anche
emissione di C semplice sarà differenziata.
• Distribuzione degli elementi nutritivi nel suolo non
è omogenea, i gradienti che si formano nella
rizosfera presentano ampia variabilità
 creazione di microambienti anche molto differenti
che influiscono sulla composizione e la struttura delle
comunità microbiche.
Ecologia microbica della rizosfera
-Nella rizosfera la Concentrazione cellule microbiche nella rizosfera è

maggiore che nel suolo libero. I microrganismi qui crescono molto
-Cellule ad alto tasso di crescita (breve tempo di generazione) in grado
di utilizzare velocemente la sostanza organica semplice. La usano in poco
tempo, se li paragono con altri micro che usano altri nutrienti crescono
molto più lentamente.
-Diversità filogenetica (numero di specie) minore rispetto a restante
suolo. Perché la rizosfera seleziona microrganismi. Nella parte non
rizosferica ci sono nutrienti molto più diversi.
-Possibile inibizione di microrganismi fitopatogeni Qui si crea una
comunità molto adattata a radice, che funge come ineìibente, nei
confronti di microrganismi patogeni. Queste competono in
maniera efficente
• Influenza rizosfera (effetto rizosferico) su
microrganismi dipende da caratteristiche
fisiologiche dei diversi gruppi microbici
• Es:
– Effetto molto positivo su metabolismo dei
eterotrofi (che usano SO), meno effetto su
autotrofi (nessun vantaggio da colonizzazione di
rizosfera)
Se ho micro che hanno nutrienti che si trovano nel

suolo non rizosferico, non si svilupperanno e non
avranno un affetto positivo su rizosfera.
Trasporto di O2 verso radici
Idrofite in aree sature d’acqua trasportano ossigeno nella rizosfera favorendo
metabolismi microbici aerobi  coesistenza microflore aerobie ed anaerobie
AREE SATURE D’ACQUA, paludi, qui hanno erenchima molto sviluppato, e
trasportano ossigeno nelle radici. Conveniente per i micro perché a livello
radicale, si creano zone ossidate e ridotte dove ci sono zone con molto
ossigeno e zone dove l’O non c’è, perché ambiente saturo che favorisce nel
caso di idrofite una colonizzazione di batteri aerobi che anaerobi. Quindi
possiamo avere coesistenza di microflore sia aerobie (radici trasportano O)
che anaerobie. Quanto una radice può influenzare ambiente che la circonda
andando a modificare microflore. Avviene sia per o che per c.
Batteri PGPR
promotori della crescita delle
piante (Plant Growth Promoting
Rhyzobacteria), promuovo a
livello rizosferico
Batteri PGPR
• Colonizzano la rizosfera e svolgono attività molto diverse. Il metabolismo
che svolgono normalmente ha ricadute positive per la crescita vegetale, e
quindi lo studio di questi batteri p importante per l’agricoltura sia biologica,
per evitare uso di approcci chimici che tende a attuare pratiche con una
crescita vegetale indotta da questi micro, e anche interessante perché si
arriva a produzione, porgettazione e commercio dei biofertilizzanti,
fertilizzanti che contengono cellule microbiche che colonizzano la rizosfera e
ne promuovono la crescita.
• Studio PGPR di grande interesse agrario (Agricoltura biologica)
• Alcuni instaurano rapporti poco specifici (Pseudomonas (crescita di piante
anche molto diverse tra loro), Bacillus), in altri casi stabiliscono relazioni
simbiontiche specifiche (Rhyzobium, specifica a livello di specie sia vegetale che
del microrganismo)
• Rapporti tra PGPR e piante si basano su
meccanismi di scambio.
– Le piante forniscono, mediante la produzione di
essudati radicali, fonti di C ed energia, prontamente
disponibili per i micro.
– I batteri PGPR, a seconda della loro attività
specifica, perché le loro attività possono essere
diverse, favoriscono la crescita e lo sviluppo
vegetale.
• Promozione della crescita vegetale dovuta a micro
PGPR avviene tramite
–Interazioni dirette:
• Si riferiscono a approvigionamento di nutrienti
• produzione di fito-ormoni
–Indirette: (influiscono indirettamente su crescita
vegetale)
• difesa da patogeni, effetto nel danneggiare altri
funghi fitopatogeni
• produzione antibiotici
• induzione meccanismi di resistenza nelle piante,
piante si difendono da micro patogeni
Meccanismi diretti  Approvigionamento di nutrienti azoto
(approvigionamento di batteri in simbiosi con piante e anche batteri in
biocenosi con piante, ad esempio azotofissatori forniscono azoto) e fosforo.
Solubilizzazione del Fosforo

Il fosforo  presente nel suolo in diverse forme, in forma inorganica (fosfato di
calcio, idrossiapatite e fosfati inorganici presenti nei minerali) e organica (fitati,
inositolo fosfato e fosfoesteri). C’è n’è in abbondanza ma le piante assorbono il
fosforo nelle due forme solubili
− 2−
monobasico (H2PO4 ) e dibasico (HPO4 ).
I microrganismi capaci di solubilizzare il fosforo, in particolare i batteri, sono
diffusi nella maggior parte dei suoli, ed esplicano questo ruolo attraverso
meccanismi generalizzati e specifici.
Produzione di ioni organici che causano acidificazione localizza ta e 
rilascio in soluzione di ioni fosfato, subito assimilabili da pianta
Mineralizzazione del fosfato organico trasformato in disponibile mediante
reazioni enzimatiche date da enzimi come fosfatasi acide e fitasi. Spesso il
fosforo (nutriente di cui le piante hanno maggior mente bisogno ) non è
assimilabile
Produzione di fito-ormoni
•Strategia utilizzata dai batteri per migliorare l'interazione con le radici. Alcuni
batteri durante l’evoluzione hanno imparato a produrre molecole che limitano
gli ormoni vegetali, del tutto simili agli ormoni vegetali. Questi micro hanno
evoluto questa abilità per migliorare interazioni con radici.
•Microrganismi rizosferici producono composti che, nelle piante favoriscono
allungamento, divisione e differenziamento cellulare delle radici, così come
gli ormoni prodotti da pianta stessa. Possono pordurre anche
differenziazione dei tessuti vegetali
•Produzione di fitormoni che promuovono direttamente la crescita vegetale
•Produzione di enzimi che contribuiscono a modulare i livelli ormonali vegetali.
.
es: Produzione di acido indol-3-acetico ( IAA ) prodotto dai microrganismi
amplifica gli effetti ormonali già prodotti nella pianta aggiungendosi a quelli
già prodotti dalla pianta stessa. Incrementando
la crescita vegetale
Meccanismi indiretti
Produzione di metaboliti antagonisti ANTAGONISMO
Interazione negativa dove un gruppo micro produce sostanze tossiche nei
confronti di altri micro. PGPR possono produrre tali sostanze che possono essere
molto varie con meccanismi d’azione molto diversi
• Antibiotici contro patogeni vegetali
•Grande variabilità di antibiotici prodotti dai PGPR, diversi nella loro struttura
e nel loro modo d'azione .
•I più importanti attualmente identificati sono prodotti dai generi Pseudomonas e
Bacillus, producono ampia gamma di pordotti antimicrobici e antipatogeni
•Lo stesso ceppo di PGPR può sintetizzare diversi tipi di antibiotici, che possono
poi agire in maniera più o meno specifica e selettiva nei confronti di patogeni
•Molti degli antibiotici prodotti dai PGPR risultano efficaci contro diversi batteri,
funghi e nematodi, altri controllano in modo specifico e selettivo soltanto alcuni
patogeni  Agenti di biocontrollo più o meno selettivi
Meccanismi indiretti COMPETIZIONE con
patogeni di vegetali
Competizione per lo spazio, per le sostanze nutritive o per altri fattori indispensabili all’attività e
allo sviluppo del patogeno. Vince chi ha il tasso di crescita più rapido. Non ha niente a che fare con
molecole tossiche o antibiotiche. Facilmente vincono competizione con organismi che arrivano per
parassitizzare l vegetale
Esempio di competizione per i nutrienti:

Pseudomonas putida contro Fusarium (fungo patogeno) diminuisce disponibilità di Fe,
perché è più abile nell’assorbire il Fe rispetto a cusarium viene inibito della crescita, si
moltiplicherà meno Pseudomonas ostacola il patogeno diminuendo la disponibilità di
ferro disponibile  sistemi di assimilazione del ferro altamente efficaci (siderofori).
La strategia competitiva consiste nell’escludere il patogeno dalla sua nicchia ecologica abituale,
esponendolo a stress ambientali e nutrizionali e/o interrompendone il ciclo riproduttivo.
Non implica un contatto diretto tra i due organismi La competizione (è per i
nutrienti) non è esclusiva contro i patogeni, c’è anche per i PGPR stessi,
adattati all’amnìbinete radicale e quidni sono quelli che hanno la peggio.
Meccanismi indiretti
Induzione della resistenza sistemica indotta (ISR)
Fenomeno simile a immunità acquisita grazie a vacinazione. La resistenza indotta è un
processo che rende la pianta resistente all’infezione da parte di un patogeno. Alcuni
patogeni sono in grado di indurre nel vegetale di cui colonizzano la rizosfera la capacità di
proteggersi e resistere Aagli attacchi di determinati fitopatogeni. Grazie a presenza di un
certo micro nella rizosfera della pianta, questa pianta diventa capace di difendersi nei
cnfronti di un microrganismo
Alcuni PGPR possono indurre tale resistenza
L'attività ISR dei PGPR è stata osservata per la prima volta nel caso della ridotta sensibilità del
garofano alla fusariosi, inducendo una risposta nella pianta nei confronti di tale fungo, causata
da Pseudomonas. Non prevede che pseudomonas sia in contatto con fusarius, ma si istuaura
una relazione con la pianta
ISR non richiede che il ceppo PGPR sia in contatto diretto con il patogeno ma dipende
dalla combinazione PGPR - Patogeno.
La resistenza delle piante può essere indotta artificialmente con inoculi del ceppo PGPR nel
suolo. Noi possiamo rendere resistenti nei confronti di un patogeno delle piante che vado a
trattare con un batterio PGPR. Facendo sempre attenzione che venga mantenuto la
combinazione di pgpr patogeno come se fosse un vacino.q uesto ceppo induce resistenza nei
confroni di un oatogeno
MICORRIZE
• Simbiosi mutualistica tra funghi e vegetali
• 90% piante terrestri e maggior parte piante coltivate, micorrize hanno grado di
associazione con piante diverso.
• Funghi pluricellulari colonizzano la radice senza causare danni e anzi aiutano
pianta nella crescita, utilizzano facilmene gli essudati radicali rilasciati da piante come
fonte di C ed energia. Quindi queste micorrizze assorbono fonte di C di E da piante
restituendo ioni inorganici e acqua, di cui le piante hanno bisogno
• Le piante ottengono nutrienti inorganici ed acqua, assorbiti tramite la rete ifale 
vero e proprio apparato radicale ausiliario, come se la radice della pianta fosse
molto più diffusa. E trasferiscono nutrienti a pianta.
• Solubilizzazione del P da parte di molti funghi micorrizi che danno un input, plus a
crescita vegetale, migliorando lo stato nutrizionale
– Crescita più rigogliosa grazie al migliorestato nutrizionale e maggiore tolleranza
agli stress
Sono importantissime quando parliamo di fertilità dei suoli e promozione di crescita
vegetale. A volte si fa anche una micorrizzazione artificiale, perché queste
forniscono a pianta acquaa, cosi che cresca meglio. E tollerano di più gli stress,
soprattutto lo stress idrico.
Funghi micorrizici
Importanti in tutti gli ecosistemi. Considerati fattori essenziali del
funzionamento e biodiversità degli ecosistemi.
– Effetto su composizione comunità vegetale, le pinate micorrizzate
avranno vantaggio rispetto a quelle non.
– Studi su C trasportato tra piante diverse che condividono lo stesso
fungo micorrizico  connessione tra piante mediante una rete di
funghi micorrizici “wood wide web” relazione tra piante diverse,
unite dallo stesso fungo micorrizzico. Un unico tallo fungino può
micorrizzare più piante, le piante possono comunicare tra loro
tramite il fungo micorrizzico.
– Agricoltura sostenibile o biologica fa analisi dei fattori che
influenzano la performance dei funghi micorrizici per ridurre
l’impiego di fertilizzanti.Va nella direzione di non danneggiare i miceli
dei funghi micorrizici ad esempio con eccessive lavorazioni
RADICE e le ide
fungine in stretta
relazione. le ife
fungine hanno proprio
la funzione di un
apparato radicale
secondario per la
pianta micorrizata,
come se questa
avesse una radice più
potente, con capacità
di assorbimento di
nutrienti maggiore. Le
relazioni che si
istaurano tra i due
possono essere
diversi.
Diversità delle micorrize
• Ectomicorrize (fuori) , ectoendomicorrize (situazione
intermedia), endomicorrize
• Ectomicorrize
– costituite da un fungo cresce attorno alle radici ,
avvolgendola, formando un mantello di ife che avvolge
gli apici radicali. Radici hanno rivestimento costituito da
ife. Hanno relazione con pianta ma più esterna.
• Ectoendomicorrize
– Come le ectomicorrize ma il fungo penetra nel primo
strato corticale delle radici rimanendo fuori dalle
celulle. Il celio si sviluppa nello spazio tra una cellula e
l’altra del vegetale. Apice sempre avvolto dal micelio
fungino.
Endomicorrize
• Micorrize: Il fungo (Ascomiceti) colonizza fino al 80% delle cellule radicali formando
avvolgimenti chiamati coils.hanno la relazione maggiore, entrano proprio dentro le
cellule in maniera che lo scambio tra fungo che cede acqua e nutrienti e vegetale
che cede C, sia molto più stretto. le ife non stanno quindi nello spazio. Entrano
dentro, si moltiplicano e porducono gli austori, ife modificate.
• Micorrize:
– Ericoidi, Specie vegetali appartenenti alle Ericales
– Orchidee, Necessarie alla germinazione dei semi di specie appartenenti
alle Orchidaceae
– Arbuscolari: Le più diffuse in natura, si cerca di preservarle, perché coinvolte più
strettamente al benessere vegetale
www.micorrize.it
Biofertilizzanti
–a volte possono anche contenere degli additivi sempre naturali non di organismi,
invece dal punto di vista della parte biologica vi è la scelta di tipologia PGPR e Funghi
micorrizici in base a esigenze specie vegetali che devo biofertilizzare. Ci sono diversi tipi di
fertilizzanti per le diverse colture.
–Su efficacia influiscono differenti fattori, anche da cosa vi è dentro al biofertiliccante
Suolo
Modalità di somministrazione
Ad esempio sotto forma granulare, liquida, esempio con la
fertilizzazione
Sopravvivenza cellule che possono espletare la loro azione nei
confronti della pianta
Competizione che tali micro possono incontrare nei confronti dei
micro che nel suolo sono già presenti.
Microrganismi suolo  produzione vegetale
qui ci sono nomi di generi di micro che appartengono alle
tre categorie che normalmente vengono diffusi nei
biofertilizzanti. (reintrano nella loro composizione) Dei
pirmi tre sempre, almeno uno
Funghi
micorrizici
N Fissatori
P Solubilizzanti
Altri
Microrganismi suolo produzione vegetale.
Per quanto riguarda i batteri ci sono dei micro che fungono sia da
azotofissatori che da solubilizzanti. Hanno doppia valenza. Gli altri sono le altre
funzioni dei PGPR esempio l’antagonismo nei confronti di un patogeno, la
risposta di tolleranza nei confronti di un patogeno, la competizione nei confronti
di patogeni, sintetizzare un ormone che facilita la crescita.
Funghi
micorrizici
N Fissatori
B. megaterium
B. Polymixa
Enterobacter sp.
P Solubilizzanti
Altri
Microrganismi suolo  produzione
vegetale
Generici & Specifici
Quanto sono importanti le specificità nelle diverse colture. Questi
elencati sono gli organismi che promuovono la crescita di mais o
frumento. Hanno le medesime finalità, ovvero avere una buona
produzione in granella. Ci sono cereali con la loro preferenza di gruppi di
organismi che pormuovono la crescita.
Mais Frumento
Glomus aggregatum Glomus mossae
Glomus versiforme Azotobacter
Pseudomonas alcaligenes chronococcum
Bacillus polymyxa Bacillus circulans
Mycobacterium phei Cladosporium herbarum
Bacillus sp. Azospirillum sp.
Rhyzobium leguminosarum
Sfruttamento delle risorse microbiche del suolo
se uso biofertilizzanti con sostanze che favoriscono la loro azione. Dobbiamo tenere
presente che nel suolo ci saranno sicuramente dei micro autoctoni che espleteranno
funzioni che andranno a competere con micro presenti nei biofertilizzanti. Il pedoclima
(condizioni del suolo) avrà sicuramente influenza su efficienza del biofertilizzante, la
lavorazione può anche aumentare o diminuire l’efficienza così come le ultime due.
Dobbiamo sempre tenere in considerazione tanti aspetti
MICRORGANISMI
AUTOCTONI BIOFERTILIZZANTI
Pedoclima
Lavorazione meccanica
Fertilizzazione
Gestione dei residui – Colture di copertura
Diversi tipi di gestione del suolo vanno ad influire sulla microrizzazione naturale e artificiale. Possono
inficiare o promuovere l’azione dei funghi micorrizzici già presenti o che andiamo ad aggiungere.
Funghi micorrizici
Lavorazione meccanica
Fertilizzazione minerale
Gestione dei residui – Colture di copertura
I benefici per i funghi micorrizzici riguardano un basso input di P o N. Quindi se faccio una fertilizzazione con
troppo N o P, si danneggino. Così come la lavorazione meccanica, che tende a danneggiarli perché danneggia
reti e cavi, infatti quando si istaurano questi funghi e come se si creasse una rete tra ife e le piante e invece le
pratiche agricole di lavorazione, come aratura, frammentano eccessivamente, poi il fungo si rigenera, ma sarà
danneggiata, è ci sarà una perdita della funzionalità avuta nel tempo. Invece promuovo la presenza di tali
funghi le colture di copertura, perchè forniscono una fonte di essudati radicali, disponibile quando la coltura
principale non è presente, fa si che il fungo già sviluppato nel suolo, mantenga le sue funzioni inalterate e
continui a lavorare e svilupparsi. Bassa fertilizzazione di N e P, minima lavorzione meccanica e gestione colture
di copertura pormuovono i funghi che a loro volta pormuovono la crescita vegetale
ADDITIVI MICROBICI/BIOFERTILIZZANTI
aspetti che possono influire su efficacia di un biofertilizzante. La percentuale di
cambio in resa in vari tipi di vegetali in presenza di biofertilizzanti. Incrementi di
produzione . Per i cereali si attesta intorno al 15%. Ci sono queste quattro fasi,
critici per l’efficacia del biofertilizzante
TRASPORTO e
PRODOTTO FORMULAZIONE SOMMINISTRAZIONE
CONSERVAZIONE
Composizione nasce dalla coltura che voglio promuovere. Uso
bioferilizzanti promotrici per quella certa coltura. Deve tener conto
di diverse tipi di porve, dalla scala di laboratorio, alla scala di
campo. I test sono diversi, anche con sperimentazioni stesse delle
aziende che producono i biofertilizzanti
Specie in modo da capire se il
PRODOTTO
prodotto funziona
Specifici/Generici Fisiologia
Rizosfera
FORMULAZIONE
Attività/Concentrazione
Test efficienza
TRASPORTO e
CONSERVAZION
E
SOMMINISTRAZIONE
Caratteristiche di prodotto
Influiscono sulla produzione vegetale
Diversa adattabilità a condizioni ambientali
Prodotti multifunzionali  accettati più volentieri da consumatore
In questo esempio gli azotosizzatori influiscono più di altre caratteristiche sulla
produzione. Due tratti di solubilizzazione di P e azotofissazione in combinazione
promuovono più la crescita rispetto che ai tratti singoli. Infatti normalmente vengono
sclti micro che svolgono entrambe le funzioni.
Ad oggi ci sono tre tipologie di formulazione. Quelle solide sono le più diffuse, il problema è riguardo alla
conservabilità. Il trasporto è fondamentale, trattandosi di micro che devono essere riportati nel suolo ed essere
funzionali. L’agricoltore che lo acquista oggi, deve tenerlo fermo in magazzino non troppo tempo, causa influenze
ad esempio anche ermiche . Liquide distribuite con facilità. Capsule sono l’evoluzione nuova.
Formulazioni convenzionali Formulazioni

PRODUZIONE
avanzate
Solide Liquide Capsule
Bassa Bassa Migliore FORMULAZIONE
conservabilità conservabilità conservabilità
Costi più bassi Costi elevati Costi elevati ma
TRASPORTO e
margine CONSERVAZIONE
miglioramento
Ridotta vitalità Ridotta vitalità Vitalità
elevata SOMMINISTRAZIONE
Bene su seme Svantaggiosa Bene su seme
su seme
Sempre valutare risultato
aggiustando alcuni parametri in
campo. I biofertilizzanti magari
su un’azienda funzionano bene, PRODUZIONE
su altre meno.
Queste funzioni: FORMULAZIONE
Gestione suolo
Pedoclima TRASPORTO e
Microrganismi autoctoni CONSERVAZION
E
Persistenza e resa
Insieme e in combinazione tra SOMMINISTRAZIONE
loro possono promuovere o
inficiare azione del
biofertilizzante.
Metabolismi microbici: applicazioni
Biorisanamento
SISTEMI BIOLOGICI: sia micro che piante, e enzimi separati da organismi.
Quando dipende dalle attività singole, e interazione di diversi comparti
biologici. A volte può succedere che piante o suolo, non sono presenti, ma i
MICRORGANISMI lo sono praticamente sempre
BIORISANAMENTO
Uranio può
essere molto
dannoso
Fitofarmaci, Metalli pesanti

N, P ecc…
Anche una molecola, una sostanza che ritieni innocua, può essere inquinante. L’N organico, oltre certi
limiti è inquinante. Anche il P, può essere presente in quantità che causano tossicità per l’ambiente.
Qualsiasi elemento oltre un certo limite può essere inquinante. Le sostanze sono chismate inquinanti
a seconda del loro spettro di tossicità e dalla concentrazione. Fitofarmaci usati per trattare patologie
di vegetali. Sono differenziati perché subiscono trasformazioni diverse
Origine:
A volte, ci sono esempi di inquinamento naturale, in alcune aree l’acqua è ricca di metalli,
metalloidi, che rendono acqua non potabile. Causa antropica. L’origine può essere molto varia.
Processi Biorisanamento
Sfruttano delle attività metaboliche svolte dai microrganismi procarioti

(batteri) o eucarioti (funghi) attuano a carico di composti organici e
inorganici inquinanti in comparti ambientali diversi (suolo, acque ecc…).
Sfrutta o ottimizza un’attività metabolica che già l’organismo in qualche
modo svolge. Noi sfruttiamo quelle dei microrganismi. Quindi orientiamo i
metabolismi microbici che già normalmente avvengoono
Possibilità per l’uomo di controllare ed orientare
tali attività
Dobbiamo quindi conoscere concetti generali sul metabolismo

microbico in particolare sulla sua fase catabolica (produzione di
energia attraverso reazioni chimiche).sfrutto attività cataboliche,
produzione di E attraverso redox. Quindi identifichiamo i micro e
facciamo in modo che possano svolgere tale attività nel migliore
dei modi
In condizioni ambientali
favorevoli completa
mineralizzazione
(CO2+H2O)
Prodotti di ossidazione si
accumulano
nell’ambiente.
Scomparsa inquinante dal
Molecole più semplici di comparto ambientale
quelle di partenza ma
caratteristiche di tossicità
simili (talvolta superiori)
Inquinanti organici e inorganici hanno biorisanamento diverso. Quelli organici, esempio una molecola organica
di sintesi, usata come insetticida, avendo lo scheletro di una molecola organica, può essere trasformata
attraverso una respirazione aerobia o una anaerobia, perché usata come donatore di elettroni. Trasformata nei
pordotti della respirazione aerobia, anaerobia. Ciò che prima era lo scheletro della molecola, si trasforma in una
fonte di E per microrganismi che la degradano quindi la molecola diventa co2 e acqua quindi si volatilizza.
Destino diverso hanno le molecole organiche che incontrano dei metabolismi fermentativi, perchè la
fermentazione produce non solo co2 e acqua, ma anche prodotti di fermentazione, i risultati si accumulano
nell’ambiente. I processi fermentativi nel biorisanamento, non sempre sono favoriti perché abbiamo comunque
l’accumulo di prodotti di fermentazione che in alcuni casi possono avere tossicità e a volte essere più tossici dei
prodotti di partenza. Quindi per il biorisanamento non è indicata la fermentazione
Il biorisanamento di Inorganici (metalli pesanti e metalloidi)
riguarda sempre processi catabolici o di immobilizzazione, dove
l’inquinante è trasformato in forme meno tossiche o meno mobili,
ma sempre tramite respirazione. Gli inquinanti inorganici non
possono essere trasformati in Co2, esempio uranio, arsenico ecc..
Questi sono inquinanti, possono solo essere trasformati in forme
meno tossiche e meno mobili.
L’inquinante viene ridotto o ossidato dai microrganismi (che lo usano

come accettore o donatore di elettroni) e trasformato in forme meno
tossiche o meno mobili. Quindi viene cambiato lo stato di ossidazione
degli elementi, rendendolo più o meno tossico. Esempio sulla mobilità:
un qinquinante inorganico in forma solubile è molto mobile, perché può
essere trasportato attraverso corsi d’acuqa, quindi deve essere
trasformato verso la forma meno mobile, che sarà la forma insolubile.
Le strategie di biorisanamento dall’idea all’applicazione richiedono tempo e competenze. Problematica legata sia
a microbiologia, ma anche intervento di competenze diverse. Dobbiamo ottimizzare tutto il sistema, e avere
una competenza complessiva
BIOSTIMOLAZIONE BIOARRICCHIMENTO
BIOSTIMOLAZIONE
Interventi, non direttamente sui microrganismi, ma per stimolare la
microflora esistente in situ e a promuovere l’accrescimento con
incremento dell’attività metabolica e successiva degradazione delle
sostanze inquinanti. Esempio se ho in unsistema di biorisanamento , ho
già il potenziale biologico di micro che possono degrarare quel inquinante,
quindi modifico ph, miglioro dotazione nutritiva. Affiche i micro possano
svolgere la loro attività al meglio.
BIOARRICCHIMENTO
Ripristino biologico del sito, per aggiunta di inoculi di colture pure o
miste o addirittura di microrganismi geneticamente modificati (OGM) di
cui è nota la capacità degradativa nei confronti dell’inquinante in oggetto.
Accade quando i micro sono troppo pochi, in quetso sito che possano
contribuire all’azione di biorisanamento quindi vado ad aggiungere tali
inoculi. Se i sistemi sono confinati chiusi, posso aggiungere OGM.
Modifico organismo che ha bisogno di caratteristiche per funzionare al
meglio.
Biorisanamento
acque reflue
Acque reflue
• Sono le acque che risultano da attività varie: Domestiche
Industriali Urbane Agricole
• Hanno composizione molto variabile, anche se
provengono da un’unica tipologia . Possiamo avere
periodi in cui ci sono inquinanti più abbondanti di altri.
L’industria può produrre acque a composizione variabile.
• Lo smaltimento è sottoposto a Regolamentazione
legislativa (indici fisici, chimici biologici, da rispettare)
– Legge Merli e successive modifiche
Depurazione delle acque reflue
• In funzione delle caratteristiche delle acque da
trattare e dei limiti di legge che l’acqua reflue
deve soddisfare si possono adottare 3 diversi tipi
di trattamento:
– Primario (trattamenti fisici) esempio di filtraggio,
attraverso griglia, o filtri
– Secondario (tra/amenti biologici), dove vengono fatti
agire i micro
– Terziario (trattamenti chimici) esempio delle acque
potabili, e trattamento con cloro (agente chimico di
disinfezione delle acque)
Trattementi secondari (biologici)
Fanghi attivi
• Metodi più usati per acque civili e industriali.
• Trattamento a fanghi attivi  Acque
municipali reflue civili e acque fiume Po.
Sequenza Trattamento Secondario
• C’è una Prima vasca fortemente aerata

– Qui è sufflata dell’aria, favoriamo l’attività dei microrganismi già
presenti che ossidano la sostanza organica (aerazione forzata,
agitazione meccanica)
• Poi sedimentazione.
– Qui passano le acque reflue. In questa vasca non viene sufflata
l’aria, l’acqua è mantenuta ferma. Dove agiscono i micro che
formano i fiocchi che raggiunta un certa densità precipitano. I
liquami passano alla seconda vasca dove i batteri formano
degli aggregati (“fiocchi”) con batteri, protozoi, microfauna,
particelle solide e sostanze inorganiche.
– I fiocchi precipitano sul fondo della vasca.
Qui vedi un sistema di funzionamento a fanghi attivi, arrivano le
acque di scarico, dopo sistemi di filtrazione. L’aria è sufflata dal
fondo, oppure esistono sistemi di pale meccaniche che
garantiscono l’agitazione continua in modo che l’acqua possa
essere aerata dall’O, cioè dall’aria atmosferica. Qui avviene la
prima ossidazione aerobica della SO, poi passa nella seconda
vasca, aggregazione dei fiocchi, che precipitano, così ora si
chiamano fanghi attivi, l’acqua procede fino al trattamento
terziario, tipo la colorazione. I fanghi attivati possono essere
smaltiti con procedure diverse, esempio il compostaggio oppure
in apicoltura. A seconda delle caratteristiche. Parte di essi
vengono riciclati e inoculati nella prima vasca e contribuire come
fossero un parziale contributo di arricchimento , inoculo di micro
. Per incrementare micro attivi
Dopo le vasche del trattamento secondario
• L’acqua scorre al trattamento terziario, è

sottoposta a trattamento chimico terziario
(che riguarda la disinfezione e trattamenti
integrativi)
• Una parte dei fiocchi (fanghi attivi) raccolti
dalla seconda vasca sono raccolti e immessi
nella prima. Quelli invece che non vengono
immessi qui vengono stoccati e trattati per
conto loro o usati in vari modi.
MODELLO GENERALE
Ecologia dei fanghi attivi
Molto complessa, centinaia di specie batteriche, pochi funghi
coinvolti, protozoi, alghe, nematodi. Ci sono tanti tipi
Vengono suddivisi in Decompositori e consumatori

Ci sono dei Batteri Degradatori, che si sviluppano in maniera
naturale nei sistemi di trattamento che prediligono il material
proteico nelle acque. Vanno a decomporre e pediligono materiale
proteico, carboidrati e rimuovono i grassi. Demoliscono la
sostanza organica
Ci sono micro che sono coinvolti nella formazione di Fiocco-‐formanti
Alcuni degradatori rivestono un ruolo molto
importante nella formazione dei fiocchi (Zooglea
ramigera). Ha la capacità di produrre molecole
aggraganti e facilita la stabilità dei fiocchi.
Zooglea ramigera
Produce una sorte di gel, che aiuta a formare i fiocchi
Nitrificanti
Ci sono delle modifiche a seconda che ci sia tanto azoto, ci possono essere prima della vasca di
sedimentazione, ci sono due vasche per accumulare l’N. nella prima è forzata la denitrificazione,
lasciando perdere l’aerazione, che avverrà solo in un secondo momento. La denitrificazione usa l’N
inorganico ossidato e la SO e li trasforma in CO2 e in N2. dopo nella vasca di nitrificazione
l’ammonio è trasformato in nitrato. La nitrificazione avviene in un momento successivo, quando
viene fornita l’aria in maniera forzata, dopo avviene la vasca di sedimentazione secondaria. Le
acque se non sono ancora depurate per la loro componente azotata possono essere rimesse nella
prima vasca di denitrificazione e poi passino di nuovo a denitrificazione e secondaria per poi
passare al terziario. Se ho acqua con tanto azoto ci possono essere modifiche dove viene fatta
prima la denitrificazione e poi la nitrificazione per sincronizzarsi con il ciclo dell’azoto l’azione
microbicae far lavorare bene le microflore. se lavoriamo bene, questi si sviluppano già nei sistemi di
depurazione, perché a fronte di un’elevata quantità azotata tali micro si sviluppano. Compiono
l’ultimo step di degradazione del materiale proteico. Producono nitrati. la reazione Annamox ha
rivoluzionato sistemi di depurazione delle acque reflue, perche non avendo bisogno di O per
ossidare ammonio, le vasche non hanno la vasca di aerazione perche non è necessaria. Tali micro
ossidano ammonio, senza ossigeno. Quindi è un risparmio energetico
Denitrificanti
Eliminano i nitrati (in anaerobiosi). Affinchè siano efficaci l’effluente della vasca di sedimentazione, ricco in
nitrati, viene riciclato in testa alle vasche biologiche
Fosforo-
Ci sono-‐accumulatori
micro che contribuiscono alla depurazione delle acque
non tanto con il loro catabolismo, ma accumulano sostanze di
riserva tra le quali polifosfato (in aerobiosi) durante il
tratta,ento a fanghi attivi
POLIMERI di RISERVA
Alcuni procarioti quando crescono in condizioni di elevata
concentrazione di nutrienti sono in grado di
accumulare nel citoplasma polimeri di riserva che
vengono demoliti in condizioni di carenza di nutrienti. Tali
tipi di micro si trovano nei fiocchi, perché queste acque
sono ricche di fosfati e di grassi. Questi micro si sviluppano
naturalmente e accumulano fosfati e php. Tali si aggregano
poi a formare i fiocchi e agiscono da filtro naturale per le
acque che poi vengono depurate.
Poli-‐-‐idrossibutirrato (PHB)
Polimero di acido -idrossibutirrico che si aggrega a
formare granuli di riserva.
Alcuni procarioti accumulano PHB fino al 50% del
peso secco
natura lipidica e sono frequenti nelle cellule in fase di
sporulazione.
GRANULI DI PHB
POLIMERI di RISERVA
VOLUTINA o GRANULI METACROMATICI

Molecole lineari di POLIFOSFATI; materiale di
riserva per la sintesi di acidi nucleici e dei
fosfolipidi; fonte di energia per la sintesi di ATP
da ADP; le loro dimensioni possono portare a
deformazione della cellula
Grazie alla presenza di Batteri filamentosi che promuovono
formazione dei fiocchi
A seconda della concentrazione promuovono o inibiscono la formazione di
fiocchi compatti. Possono causare il fenomeno del Bulking.(accade se i fiocchi
non raggiungono una certa densità, troppo lassi, non sedimentano e quindi si
verifica una problematica quindi le acque non posssono essere fatte passare al
trattamento terziario, perché le acque devono essere depurate
Bulking: I fiocchi non sono compatti ma lassi, quindi non sedimentano,
vanno insieme agli affluenti deputrati e al trattamento terziario
determinato dal fatto che ci sono micro che non sono abbastanza
efficenti per produrre fiocchi
Compostaggio
• Processo AEROBICO di decomposizione e di
trasformazione microbica della sostanza
organica presente nei rifiuti.
• La trasformazione porta alla produzione di un
composto stabile, detto compost
Applicazioni del compost maturo
• 3 applicazioni
– Produzione di sostanze ammendanti di uso
agricolo e orticolo per fornire sostanza organica ai
suoli
• Agricoltura organica (biologica)
– Produzione di substrato selettivo per la
coltivazione dei funghi commestibili
– Smaltimento dei fanghi di depurazione delle
acque
• Rappresenta la strategia delle aziende
municipali e di alcune industrie per
riciclare le sostanze organiche solide dei
rifiuti e negli scarti delle lavorazioni.
• Il compostaggio può rappresentare una
strategia di biorisanamento dei suoli
inquinati.
– Suolo inquinato cui viene aggiunto
materiale da compostare oppure compost
maturo come fonte di microrganismi
degradativi
Il processo di
• compostaggio
Dinamico e complesso, caratterizzato da continue
variazioni di temperatura, pH e disponibilità di
nutrienti (a seguito dell’attività dei microrganismi)
• I materiali che possono essere utilizzati per la
produzione di compost sono:
– Paglia e materiali lignino-cellulosici
– Residui di lavorazioni agro-industriali
– Deiezioni animali
– RSU
– Fanghi attivi da impianti di depurazione delle acque reflue
– Biomasse di scarto
• Il processo produce calore
Tipologie di
• compost
Ammendante compostato misto
– RSU provenienti da raccolta differenziata, rifiuti di
origine animale, lavorazione del legno e del tessile
(non trattati), reflui e fanghi.
• Ammendante compostato verde
– Ottenuto da scarti della manutenzione verde
ornamentale, residui delle colture, rifiuti di origine
vegetale.
• Ammendante torboso composto
– Ottenuto per miscela di torba con ammendante
compostato verde o misto.
Il compost, per essere
stabile deve completare
la maturazione
• Ciascuna combinazione di sostanze richiede tempi
diversi per raggiungere la maturazione
• Paglia e lignino-cellulosici richiedono tempi lunghi
– Velocità del processo dipende dalle caratteristiche della
lignina.
– Si possono liberare composti tossici per i microrganismi
(fenoli, tannini, oli essenziali)
– Si può velocizzare il processo aggiungendo deiezioni
animali.
Decomposizione dei tessuti vegetali
Diversa Biodegradabilità
composizione variabile
chimica
Decomposizione dei residui vegetali nel suolo
Degradazione fortemente dipendente dalla presenza
di azoto; fondamentale rapporto C/N
Aumento cellule microbiche

Specializzazione dei microrganismi
Riduzione della diversità tassonomica
A) Degradazione molecole più semplici e solubili da endofiti,
simbionti e parassiti già presenti nei tessuti vegetali.
B)Produzione CO2 e moltiplicazione delle cellule microbiche.
Carbonio vegetale parzialmente trasformato in C microbico.
C) Il restante C vegetale è legato a molecole più complesse
(polimeri). Avviene successione di taxamicrobici diversi.
Degradati amidi, emicellulose, pectine e proteine. Produzione
di CO2 e nuove cellule. Cambiamenti tassonomici ma biomassa
microbica costante.
D) Sono attaccati i polimeri più resistenti (cellulose e lignine) e
viene prodotto l’humus.
• Le matrici da compostare sono:
– Introdotte in sistemi chiusi (reattori)
– Poste su piattaforme (cumuli o pile)
• Ventilazione automatica o manuale
Fattori di controllo del
• Umiditàprocesso
– Ottimale 50-65%, se scende sotto il 40% si aggiunge
acqua
• Aerazione
– Relazione con umidità, mantenimento aerobiosi, effetto
su temperatura
• Temperatura
– Il processo ossidativo produce calore (70-80°C)
– Eliminazione patogeni (anche per competizione) e insetti
• pH
– Variabile a seconda del materiale di partenza
– Varia durante il processo
Fattori di controllo del processo
• Rapporto C/N
– C/N indica la quantità di C rispetto all’N. Nel corso
dei processi degradativi è necessario che ci sia
sufficiente N per respirare/degradare il C. Altrimenti
la crescita microbica si blocca
– Se c’è troppo poco N l’attività microbica è lenta, se è
troppo si genera NH3 volatile
– Ottimale 25-35
• Se meno di 25 il compost è scadente
• Oltre il 35  poco N  i microrganismi non si moltiplicano
• Per aggiungere C si usano RSU, per aggiungere N si
aggiungono fanghi da depurazione acque (ricchi in N).
Fattori di controllo del processo
• Metalli pesanti
• Carica microbica iniziale
– Per ottimizzare il processo si lascia un po’ di
compost dalla maturazione precedente in modo
che faccia da inoculo microbico di microflora già
attiva
Fasi del
I) FASE MESOFILA
I)
processo
10-42°C, prevalenza batteri, degradazione amido, abbondante
crescita microbica, abbassamento pH
II) FASE TERMOFILA
I) 45-71°C, uccisi patogeni, aumento pH (batteri ammonificanti),
effetto variabile su sporigeni
III) FASE DI RAFFREDDAMENTO E MATURAZIONE
I) Temperatura cala, utilizzo sostanza organica più complessa e
nitrificazione. Aumento funghi
IV) FASE DI STABILIZZAZIONE
I) Degradazione dei composti più resistenti e umificazione,
prevalenza funghi
Microflore nel processo di
compostaggio
• Diversità microbica  successo del processo di

compostaggio
– Interazioni
– Sintrofie
– Variazioni parametri chimici, fisici, biologici
• Differenti comunità nelle diverse fasi ognuna a seconda
delle condizioni  adattamento metabolico
• Decompositori primari creano condizioni adatte per gli
organismi secondari e così via
Maturità del
compost
• Definizione di maturità a seconda dell’utilizzo
• Applicazione di compost immaturo
– IMMOBILIZZAZIONE AZOTO
– ECCESSO RESPIRAZIONE
• consumo ossigeno
• Anaerobiosi
– Volatilizzazione N
– Fermentazioni  produzione alcoli e acido acetico
fitotossicità
Possibilità di impiego prodotti commerciali
Per ottimizzare e velocizzare il
processo
I MICRORGANISMI NELLA LOTTA BIOLOGICA
Ha il fine di impiegare solo agenti di biocontrollo costituiti da micro, o pratiche
agricole alternative all’uso di pesticidi o fitofarmaci
• Per far fronte alle necessità evolute con gli anni delle popolazioni e di
incremento delle rese produttive ha causato negli anni una diminuzione delle
Biodiversità anche vegetale a all’impiego di fitofarmaci sempre più complessi e
agricoltura.
• Aumento rese produttive anche mediante uso pesticidi e fitofarmaci sempre
più complessi, tossici, recalcitranti.
• Spesso utilizzo molecole ad ampio spettro 
• nocive anche su specie non dannose, non hanno target specifico rispetto al
patogeno vegetale. Ma possono colpire un ampio target.
• Agricoltura intensiva eccesso utilizzo fitofarmaci e pesticidi pressione
selettiva ha causato in alcuni di loro l’acquisizione alla resistenza nei confronti
di molecole.
• Questo causa una riduzione della biodiversità
• Lotta biologica: Uso in agricoltura di patogeni,
predatori e parassiti naturali al fine di ridurre o
eliminare organismi dannosi per le piante
coltivate (patogeni)
– sono chiamati agenti di biocontrollo BCA
(Biological Control Agents)
• Lotta integrata: affianca all’utilizzo di questi agenti
di biocontrollo, anche la messa in atto di
accorgimenti colturali e impiego di BCA al fine di
diminuire drasticamente impiego molecole di
sintesi o modalità colturale. Impiego di fitofarmaci
selettivi e non dannosi.
BCA Organismi viventi antagonisti di specie dannose per i vegetali, devono avere
caratteristiche specifiche .
• Per l’impiego è necessario:
– Conoscere e isolare gli organismi, perfetta conoscenza delle caratteristiche di questo
– Testarne l’attività in condizioni sperimentali, conoscere le attività svolte, senza avere
sorprese
– Coltivarli, devo poter lo replicare in condizione di laboratorio, o in fermentatori (industriale)
– Progettarne la formulazione (e somministrazione) quando piego un batterio per contenere
un fungo patogeno vegetale devo sapere come compilare il formulario
– Verificarne la persistenza e la resistenza a diverse condizioni ambientali, se lo rilascio
nell’ambiente devo capire quanto resiste a ad esmepio condizioni ambientali
– Verificarne lo spettro d’azione, sapere il target se specifico o ad ampio spettro, quindi quali
micro che possono essere danneggiati dall’impiego di questo BCA
– Verificarne la sicurezza
– Verifica della stabilità genetica, non deve essere soggetto a fenomeni di mutazione. Ci sono
specie più stabili di altre. È sicuramente un aspetto positivo
– Verifica dei costi di produzione, che non siano eccessivi, e non superiori all’effetto dato dal
BCA.
– Registrazione del prodotto contente l’agente di biocontrollo in modo che sia poi verificabile
dagli enti che si occupano del controllo
Caratteristiche di sicurezza
Riferite agli operatori che producono BCA
• Assenza di tossicità nei confronti degli
operatori
• Assenza di effetti collaterali sull’ambiente e
sugli organismi non- bersaglio
Trichoderma sp. e controllo dei funghi fitopatogeni
• Genere di fungo che comprende diverse specie. Tricoderma stesso è un

fungo. Funghi fitopatogeni si comportano come parassiti obbligati o no che
causano malattie. Possono causare importanti perdite produttive (anche in
post- raccolta, causando marciumi ).
• Attaccano la piante per procurarsi il C organico, possono produrre
tossine, possono attaccare radici, fusto foglie ecc..
• I fungicidi di sintesi sono tendenzialmente dannosi perché richiedono dosi
molto elevate, spesso presenti nello stesso ecosistema. L’anno successivo è
possibile che io debba aumentare la quantità. Fungicidi dannosi: richiedono
dosi elevate, spesso crescenti, hanno effetti aspecifici  danni su altri
organismi. Non si riesce a trovarli che abbiano un target preciso con fungo.
Possono danneggiare organismi fungini, anche positivi, benefici, ad esempio
le micorrizze, soprattutto se uso dosi crescenti. Molti di essi producono
tossine che poi passano alla catena vegetale e possono essere dannose
Trichoderma sp. e controllo dei funghi
fitopatogeni
• Trichoderma molto diffusi in suoli forestali e agrari. Facile isolarlo.
Colonizzano la rizosfera, senza causare danno, non forma micorrizze,
rimane nella rizosfera, promuovendo la crescita vegetale perché ha azioni
benefiche nei confronti della rizosfera..
• Come BCA  parassitizza miceli di altri funghi pluricellulari di cui si nutre
attivamente (azione antagonistica di funghi che arrivano nella rizosfera e causare
danno) e produce sostanze che promuovono la crescita della pianta stessa. Quindi
è molto pormotore della crescita.
• Innata resistenza a composti chimici 
potenzialmente utilizzabile per lotta integrata
• Esistono Formulati a base di Trichoderma sono prodotti e commercializzati per
la protezione di diverse colture (in particulare colture orticole che possono subire
marciumi radicali, esmpio cetriolo, peperone, pomodoro ecc…)
Meccanismo di azione di Trichoderma sp.
1. Comincia con la produzione di esoenzimi che si
chiamano chitinasi e glucanasi  degradazione
delle pareti fungine a distanza.
2. In seguito produce antibiotici che hanno l’effetto di
stravolgere il metabolismo dei funghi con cui viene
a contatto, danneggiano il fungo in se.
3. Trichoderma avvolge il miceli del fungo
fitopatogeno, aderisce e penetra le ife del
fungo ospite
Trichoderma sp. Phylum: Ascomycota
Aziende vendono sacchetti dove c’è terriccio mescolato con micelio fungino del
tricoderma. Le ife di tricoderma avvolgono le ife di questo altro fungo che è
pythium. Quando tricoderma vi è. Svolge funzione parassita nei confronti di
funghi parassiti delle piante
Funghi trappola e controllo dei nematodi
• Sono note 150 specie di funghi che si nutrono di nematodi e ne
regolano la numerosità. Su questi funghi si focalizza l’interesse per
lo sviluppo di nuovi prodotti per la protezione vegetale. Si nutrono
e parassitizzano gli nematodi, liregolano. Sono molto importanti per
questo. Ci si focalizza su di loro per sviluppare nuovi prodotti adatti
alla produzione vegetale.
• Funghi predatori (trappola): catturano i nematodi grazie a
reti ifali adesive, non adesive e veri e propri lacci, li
intrappolano.
• Alcuni producono anche tossine che paralizzano il
nematode.
• Il loro effetto non è specifico, sono attivi nei confronti di tutte le
specie di nematodi, quindi si sta cercando di selezionare e isolare
dei funghi trappola da usare in maniera più specifica.
Arthrobotrys dactyloides
Anello costrittore
1. Questo anello origina da un ifa. Viene differenziata un ida che crea questo laccio, e grazie a dei
recettori che segnalano al fungo quando qualcosa attraversa il laccio, il fungo richiama per
pressione osmotica all’interno dell’ifa, che è diventata anello costrittore. Questo si rigongia, e
intrappola il nematode. Quando un nematode transita attraverso l’anello, le cellule che lo
compongono si rigonfiano e lo intrappolano.
2. In seguito il fungo penetra il nematode con le ife attraverso la cuticola, iniziando a
degradarlo dall’interno grazie a enzimi, perché vuole nutrirsi di esso. Grazie a dei recettori
che segnalano quando qualcosa attraversa il laccio, il fungo richiama per pressione
osmotica acqua all’interno dell’ifa che è diventata anello costrittore, questo si rigonfia e
intrappola il nematoda.
3. Quando si esauriscono i nutrienti, il fungo produce conidi all’esterno che andranno a
colonizzare nuovi siti, che poi andranno poi a germinare e produrranno nuovi miceli. Si
comporta proprio a trappola. Se ne valuta un possibile utilizzo nei confronti delle larve di
alcuni insetti
• Più importante agente di bio-autocontrollo e
bioinsetticida (si stima che il 90% del mercato
globale di pesticidi biologici, che siano costituiti da
agenti di bio controllo)
• In grado di controllare insetti di interesse agrario e
forestale ma anche urbano, impiegato nei confronti
di zanzare, dannosi per l’uomo , non proprio per
l’agricoltura .
• Attività antagonista (mediata tramite produzione di
una sostanza) anche nei confronti di batteri e funghi
• Gram positivo (appartiene a filum dei
Firmicutes, GRAM +)
• Sporigeno, produce endospore
• Produce tossine che hanno attività insetticida nei
confronti di larve di diversi insetti. Questa capacità è stata
trasferita in piante che sono diventate piante BT, perché
queste producono le medesime porteine attive nelle larve
di insetti che si comportano da fitopatogeni.
• Comunemente presente nel suolo, acque, fillosfera.
Bacillus è un genere di batteri molto diffuso nel suolo.
• Piante transgeniche Bt
Attività insetticida
• Geni che comportano questa attività sono geni su plasmidi (non cromosomali). Questo
micro li mantiene nella sua specie.
• Attività dovuta a due componenti, dovuta a diverse proteine ma principalmente a:
– una associata alla spora costituita da un cristallo, proteine cristallizzate e liberate
insieme alle spore del batterio sporigeno .. Un cristallo parasporaleendotossine, sono
proteine chiamate Cry (Crystal proteins)e
Cyt (Cytoliticproteins)
– Ci sono anche proteine che si chiamano Vip (Vegetative insecticidal proteins)
proteinesolubili secrete dalla cellula, associate allo stato vegetativo del
batterio. Prodotte dalla cellula vegetativa e non dall’endospora.
• Diversi ceppi posseggo no diverse varianti di queste proteine, Varianti di Cry e Cyttossicità
verso diversi gruppi di insetti, attive nei confronti di insetti differenti. Quindi il fatto che
esso è molto diffuso anche a livello mondiale, non è solo dovuta all’azione efficace di tale
micro, ma anche perché le varianti di tali proteine che sono possedute da ceppi diversi di
bacillus hanno targhet molto specifico, nei confronti di un insetto. Quindi diversi ceppi
sono disponibili per diversi insetti. Un certo ceppo sarà usato verso un ceppo di zanzara,
altri per altre cose. Sono però molto specifici.
Meccanismo di azione
• La tossina, così com’è prodotta non è tossica. Questo è molto
importante perché significa che animali o insetti non target sono a
contatto con tali proteine non capita nulla. Le larve degli insetti target
quando si nutrono di tali foglie, su cui è stato distribuito il bacillus
turingenti, oppure si nutrono del mais o della pianta transigenica che
produce queste proteine. quando la larva target viene a contatto con
tali tossine , esse vengono attivate internamente alla larva. Al di fuori la
tossina è innocua, quando invece viene ingerita da quella larva specifica
appartenente a quell’insetto, la proteina viene attivata nel lume
intestinale e causa una lisi del sistema digerente della larva che dopo un
certo tempo inizia a smettere di nutrirsi e quindi non causa più danni
alle piante, e addirittura dopo un certo tempo muore, non riesce più ad
assimilare i nutrienti. Deve essere “attivata” cioè resa solubile
nell’intestino dell’ospite.
TEMPI CHE INTERCORRONO DAL MOMENTO DELL’INSESTIONE ALLA MORTE
DELLA LARVA. Da poco tempo dopo l’ingestione inizia a non essere più attiva,
perché molte larve si nutrono di radici e apparato fogliare delle piante, ecco
perché sono dannose. Oltre al fato che è comodo avere organismo con target le
larve, così non si svilupperanno gli insetti adulti, non potranno riprodursi.
•Bioinsetticida: Attivo nei confronti di larve
fitopatogene. Molti preparati contengono
solamente le tossine, cioè parte attiva e tossica
modificati dalla cellula, cristallo parasporale
purificato.

Micro Biolog I A

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La cellula microbica – Le biomolecole

4 gruppi di molecole diverse tra loro

• POLISACCARIDI (nei rivestimenti esterni o

• LIPIDI (nelle membrane o costituiscono riserve)

1012 -1013 proteine diverse

COOH COO- COO-

Le catene R che sporgono dalla catena peptidica

Le proteine infatti hanno funzioni così diverse ,

Van der Waals

La proteina che trasforma l’emoglobina. Nel nostro

I due zuccheri che

Alcuni polimeri vengono usati

La differenza in termini di legami glicosilici discrimina natura e utilizzo diversi di diversi

GLICOGENO: polimero di riserva, usato anche da noi. Formato da glucosio e da ramificazione

Polisaccaridi di Riserva di glucosio Amido, glicogeno

Polisaccaridi di Costituiscono la Cellulosa,

DNA: Acido Desossiribonucleico

Una tripletta di nucleotidi codifica per un certo aa.

TESTA CODE APOLARI

(Schulz-Vogt et al., 1999 – Science)

Relativamente raggruppate in poche tipologie

Quali forze influiscono sulla morfologia cellulare

La morfologia è geneticamente controllata ed è evoluta per

A sx  microscop. Ottica A dx  elettronica

In questo caso abbiamo

J. Perry, J.T. Staley, S. Lory: Microbiologia. Ed Zanichelli.

I danni nella membrana cellulare a parete

Fosfolipidi delle membrane batteriche sono in maggioranza saturi.

Gli enzimi dedicati alla produzione e eliinazione di due legami qui

Perché i procarioti regolano la fluidità? Perché fattori esterni

Nei batteri il glicerolo è legato all’acido grasso legato con legame

Il tetrade di diglicerolo non c’è più una soluzione di continuità tra

Proteine integrali di membrana (transmembrana)

Nell’interstrato ci sono porzioni ad alfa

Governa ingresso e uscita di molecola. Le

Copyright 2012 C.E.A. Casa Editrice Ambrosiana

Due possibilità per il passaggio di soluti:

Trasporto PASSIVO (Diffusione facilitata)

Trasporto attivo (contro gradiente)

Gram positivi Gram negativi

Influenza su efficacia e spettro antibiotici

J. Perry, J.T. Staley, S. Lory: Microbiologia. Ed Zanichelli.

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Ci sono 5 glicine nei gram +.

J. Perry, J.T. Staley, S. Lory: Microbiologia. Ed Zanichelli.

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Acidi teicoici Polimeri di ribitolo fosfato o

J. Perry, J.T. Staley, S. Lory: Microbiologia. Ed Zanichelli.

J. Perry, J.T. Staley, S. Lory: Microbiologia. Ed Zanichelli.

La colorazione delle cellule batteriche è necessaria per visualizzarne la morfologia

2 unità importanti della mureina che si ripetono

MICRORGANISMO VIVO ma NON VITALE

MICRORGANISMO VIVO ma NON

successivamente otto, quindi due

In condizioni ottimali durata tempo generazionale molto variabile tra le

TEMPO di GENERAZIONE di una specie

L’andamento della crescita microbica viene misurato in

La curva di crescita è un’espressione grafica, in un grafico

TRASFERIMENTI PERIODICI su TERRENO di COLTURA FRESCO

LIOFILIZZAZIONE ULTRACONGELAMENTO (-80°C)

Possiamo decidere invece

Conservazione a 4°C, nel caso di rasferimento

Svantaggi: se la trapianto posso commettere Errori ed eventuali mutazioni in