LE PROTEINE

LE CARATTERISTICHE DELLE PROTEINE

Le proteine sono molecole costituite da carbonio, idrogeno, ossigeno e azoto.
Sono polimeri( lunghe catene) composti da monomeri(singoli pezzettini) detti amminoacidi
che sono piccole molecole organiche che presentano sempre al centro un atomo di
carbonio.
Questi amminoacidi sono uniti a formare lunghe catene che prendono il nome di catene
polipeptidiche, infatti una singola proteina è formata da una o più catene polipeptidiche
ripiegate su di sé formando una determinata struttura tridimensionale.
La composizione di una proteina dipende dalla quantità dei diversi amminoacidi che
contiene e non solo, anche dalla sequenza specifica degli amminoacidi nella catena, cioè
dall’ordine in cui questi sono legati tra loro.
Le dimensioni delle proteine variano: da quelle piccole come l’insulina a molecole enormi
come la titina. Molte catene sono formate da più di una catena polipeptidica come, ad
esempio, l’emoglobina che è costituita da ben 4 catene avvolte ciascuna su sé stessa.
GLI AMMINOACIDI
Gli amminoacidi sono composti organici e ognuno di questi (eccetto la prolina) contiene
nella molecola:
● un carbonio centrale, chiamato “carbonio α” (alfa),al quale sono legati quattro
differenti gruppi:
● un gruppo amminico basico (-NH2)
● un gruppo carbossilico acido (-COOH)
● un atomo di idrogeno (-H)
● una catena laterale, chiamata gruppo radicale e viene indicata con la lettera R.
I gruppi R sono diversi in ogni amminoacido e contengono vari gruppi funzionali dai quali poi
dipendono la struttura tridimensionale e le proprietà chimiche della molecola.
Sebbene in natura esistano più di 300 amminoacidi, soltanto 20 sono incorporati nelle
proteine dei mammiferi poiché sono gli unici codificati dal DNA e si differenziano in base alle
proprietà dei gruppi.
LA STRUTTURA PRIMARIA DI UNA PROTEINA
La struttura di una proteina è complessa, infatti è organizzata in 4 livelli gerarchici (struttura
primaria, secondaria, terziaria, quaternaria).
La sequenza primaria di una proteina è data dalla sequenza degli amminoacidi che la
compongono. Nella formazione della proteina, i singoli amminoacidi si legano tra loro
mediante il legame peptidico: il gruppo carbossilico di un amminoacido quindi si lega al
gruppo amminico dell’amminoacido seguente, con l’eliminazione di una molecola
d’acqua.(reazione di condensazione).
Il prodotto della reazione viene chiamato dipeptide costituito dall’unione di due
amminoacidi.In questo modo si può ottenere una catena di lunghezza variabile che contiene
vari tipi di amminoacidi.
Le catene polipeptidiche hanno due caratteristiche fondamentali:
● Tutte le catene peptidiche hanno un'ossatura sempre uguale, determinata dalla
successione regolare dei tre atomi N-C-C(azoto-carbonio-carbonio)
● Al carbonio alfa di ogni gruppo è legato un gruppo R (radicale) diverso con
determinate proprietà chimiche, perciò le catene polipeptidiche presentano un
determinato ordine lineare che le fa differenziare l’un l'altra.
LA STRUTTURA SECONDARIA
Dalla struttura primaria primaria derivano poi tutti i successivi livelli strutturali che come
abbiamo già detto sono la struttura secondaria, terziaria e quaternaria.
Mentre la struttura primaria è determinata da legami covalenti, le altre strutture dipendono
da legami più deboli tra cui quelli più importanti sono i legami a idrogeno.
I ripiegamenti della struttura proteica dovuti alla formazione di questi legami a idrogeno porta
alla nascita della struttura secondaria.
Esistono due tipi principali di struttura secondaria, entrambi determinati dalla formazione di
legami idrogeno tra gli amminoacidi:
La prima è conosciuta come α-elica(alfa-elica), qui la catena peptidica è avvolta a formare
una spirale destrogira con i gruppi R che sporgono dall’ossatura dell’elica.
I legami ad idrogeno si trovano all'interno della catena polipeptidica e si formano tra un
atomo di idrogeno legato all’azoto del gruppo ammidico e l’atomo di ossigeno del gruppo
carbonilico appartenente al quarto successivo residuo amminoacidico lungo la catena.
Ogni giro dell’elica contiene 3,6 residui amminoacidici. I gruppi R sporgono all’esterno
dell’elica.
Questa struttura è molto frequente nelle proteine strutturali di tipo fibroso, chiamate
cheratine, di cui sono fatti i peli dei mammiferi, le unghie ecc..
Il secondo tipo di struttura è il β-foglietto(foglietto beta) che è una struttura ripiegata,
formata da 2 o più catene polipeptidiche chiamate filamenti quasi completamente distese
I legami ad idrogeno sono sempre tra H del gruppo ammidico e ossigeno del
gruppo carbonilico.
Un esempio di proteina a foglietto beta sono le fibre filate dei bozzoli, dei bachi da seta e
della tela dei ragni.
LA STRUTTURA TERZIARIA
La struttura terziaria è una struttura tridimensionale,data dal ripiegamento di una proteina in
vari punti, dove si distinguono una zona interna poco accessibile alle interazioni molecolari e
una esterna disponibile a svolgere specifiche reazioni chimiche grazie ai vari gruppi
funzionali che contiene.
I responsabili della struttura terziaria di una proteina sono le interazioni tra i gruppi R degli
amminoacidi che la costituiscono.
● Fra le catene laterali di molecole di cisteina si possono formare ponti disolfuro
covalenti
● Le catene laterali idrofobiche si posizionano all’interno della proteina lontano
dall’acqua
● Si possono formare legami ionici tra le catene laterali cariche positivamente e
negativamente
● I legami a idrogeno fra le catene laterali a idrogeno contribuiscono alla
stabilizzazione dei ripiegamenti di una proteina
LA STRUTTURA QUATERNARIA
Oltre alla struttura terziaria vi è un successivo livello di organizzazione delle proteine che
interagendo tra loro vanno a formare la struttura quaternaria.
Possiamo fare un esempio considerando l’emoglobina, una molecola costituita di 4
subunità(cioè 4 catene polipeptidiche) tenute insieme da legami ionici.
Le subunità sono uguali a due a due e ognuna di esse è unita a un gruppo, chiamato eme,
che contiene un atomo di ferro. La funzione dell’emoglobina è quella di trasportare
l’ossigeno all'interno dei globuli rossi del sangue
LE PROTEINE HANNO PROPRIETÀ’ SPECIFICHE
Ogni tipo di proteina svolge un compito specifico e non può essere sostituito da altre.
Il loro compito infatti dipende da 2 proprietà fondamentali della proteina stessa:
● la sua forma
● le proprietà chimiche dei gruppi esposti in superficie.
La forma: La maggior parte delle proteine si lega alle altre molecole più piccole grazie ad un
meccanismo “a incastro” simile a quello di una chiave che entra nella sua serratura.
Allo stesso modo una proteina si legherà ad un’altra solo se c’è una certa corrispondenza
fra le loro forme tridimensionali.
Le proteine però a differenza di una serratura non sono rigide ma presentano una certa
flessibilità, per questo durante il legame si adattano alla struttura dell’altra molecola.
Le proprietà chimiche: I gruppi funzionali sono gruppi di catene laterali di amminoacidi
rivolti verso l’esterno che si trovano alla superficie di una proteina. Questi facilitano le
interazioni chimiche con le altre sostanze e sono una proprietà legata alla struttura primaria
di una proteina.
LE CONDIZIONI AMBIENTALI INFLUENZANO LA STRUTTURA DI UNA PROTEINA
Riscaldando una proteina, il calore romperà i legami deboli della struttura secondaria e
terziaria modificando la forma e la funzione della molecola. A questo punto possiamo dire
che una proteina si è denaturata.
La denaturazione è un fenomeno irreversibile poiché gli amminoacidi che si trovavano
all’interno della proteina ora si trovano in superficie e viceversa. Un esempio è la cottura di
un uovo.
In laboratorio il processo di denaturazione però, può anche essere reversibile solo se il
processo di denaturazione non è eccezionale e se lasciamo che la proteina si raffreddi
questa può riacquistare la sua forma naturale e la propria funzione.
I NUCLEOTIDI COSTITUISCONO GLI ACIDI NUCLEICI
Il quarto e anche ultimo gruppo di biomolecole è quello degli acidi nucleici. Questi sono
polimeri composti da monomeri chiamati nucleotidi. Ogni nucleotide è composto da uno
zucchero pentoso(5 atomi di carbonio), da un gruppo fosfato e da una base azotata.
Le basi azotate possono assumere due forme chimiche: una struttura ad anello semplice
chiamata pirimidina o una a doppio anello detta purina.
Nelle proteine si trovano due tipi di acidi nucleici: gli acidi ribonucleici(RNA) e gli acidi
desossi-ribonucleici(DNA). Il DNA costituisce il materiale genetico delle cellule e lo si
ritrova sia nel nucleo delle cellule eucariotiche che nel citoplasma delle procariotiche, mentre
l’RNA si trova nel citoplasma di entrambe.
Questi due possono contenere solo 4 tipi di nucleotidi e quelli del DNA sono diversi da quelli
dell’RNA per due motivi:
● Nel DNA lo zucchero è il desossiribosio mentre nell’RNA è presente il ribosio che ha
un atomo di ossigeno in più
● Nel DNA compaiono le 4 basi azotate adenina, citosina, guanina e timina.
Nell’RNA invece c’è la base uracìle.
LE SPECIFICITÀ’ DI UN ACIDO NUCLEICO RISIEDE NELLA SEQUENZA DEI SUOI
NUCLEOTIDI.
La struttura del DNA e dell’RNA consiste in una catena di nucleotidi uniti tra loro mediante
legami covalenti tra lo zucchero di un nucleotide e il fosfato di quello successivo. Quindi lo
scheletro della catena è formato da zucchero e gruppi fosfato alternati.
Mentre le molecole di RNA sono generalmente formate da un’unica catena polinucleotidica,
il DNA è di solito a doppio filamento e le sue due catene polipeptidiche sono legate mediante
legami a idrogeno.
LA CELLULA
LE DIMENSIONI DELLE CELLULE
La cellula è l’unità base dei viventi.Queste sono minuscole: infatti il loro volume varia da 1
μm3(1 micron cubo) a 1000 μm3(100o micron cubi). Non mancano però le eccezioni: le
uova degli uccelli sono enormi, e alcuni tipi di alghe unicellulari possono essere visti a
occhio nudo.
La cellula eucariotica è decisamente più grande di quella procariotica.
Le dimensioni ridotte dipendono dalla necessità di mantenere un opportuno rapporto tra
superficie e volume. Il volume infatti determina la quantità di attività chimica
svolta dalla cellula nell’unità di tempo, mentre la superficie determina la quantità di
sostanze che la cellula può scambiare con l’esterno (cioè i nutrienti che vengono prelevati
dall’ambiente e i prodotti di scarto che sono riversati all’esterno).
Il rapporto tra la superficie e il volume di un oggetto varia se questo aumenta le sue
dimensioni: man mano che le dimensioni crescono il volume aumenta più della superficie.
Questo è importante perché:
● le cellule devono distribuire le sostanze da un punto all’altro e questo avviene molto
più facilmente se la cellula è piccola
● se una cellula diventa più grande, la sua attività chimica aumenta più rapidamente
della superficie.
PER OSSERVARE LE CELLULE OCCORRE IL MICROSCOPIO
La maggior parte delle cellule è talmente piccola da non poter essere osservata a occhio
nudo; il limite visibile per l’occhio umano è infatti di 0,2 mm(micrometri). La distanza che
separa due oggetti affinché il nostro occhio lo percepisca come oggetti distinti si chiama
risoluzione, due oggetti più vicini quindi sembrano una macchia. Per vedere chiaramente
una cellula si utilizza uno strumento che ingrandisce l’immagine ossia il microscopio che
accresce il potere risolutivo di risoluzione dei nostri occhi in modo tale che riusciamo ad
osservare le cellule e le loro strutture interne
Esistono diversi tipi di microscopio.
● Il microscopio ottico ingrandisce l’immagine degli oggetti utilizzando lenti di vetro e
la luce visibile. L’esempio più comune è quello della lente d'ingrandimento. Questo
ha un potere di risoluzione di 0,2 micrometri (200 nanometri): esso ci permette cioè
di amplificare il nostro normale potere di risoluzione di circa 500 o 1000 volte. Le
strutture interne delle cellule sono difficili da distinguere sotto la luce visibile, perciò
spesso le cellule subiscono un trattamento chimico che ne colora i componenti con
tinte diverse per far risaltare certe strutture.
● Il microscopio elettronico, la cui risoluzione è 0.2 nanometri, utilizza degli
elettromagneti per mettere a fuoco un fascio di elettroni. Per creare un'immagine ben
visibile il microscopio elettronico dirige il fascio, da un condensatore, su un campione
in esame su uno schermo fluorescente o su una pellicola fotografica dove si possono
osservare le immagini.
Solitamente il laboratorio di una scuola ha in dotazione un microscopio ottico.
LE CELLULE PROCARIOTICHE
I procarioti sono organismi unicellulari di dimensioni relativamente piccole
Iniziamo col dire che la cellula procariotica si differenzia da quella eucariotica principalmente
per la mancanza di un vero e proprio nucleo. Nei procarioti il DNA è libero nel citoplasma,
mentre negli eucarioti è racchiuso da una membrana cellulare che lo separa dal citoplasma.
Tutte le cellule procariotiche hanno la stessa struttura di base:
● Sono delimitate da una membrana chiamata membrana plasmatica, formata da un
doppio strato di fosfolipidi e funge da barriera semipermeabile che separa l’interno
della cellula dal mondo esterno. Questa non è da intendersi un elemento rigido e
stabile si comporta invece come un mosaico fluido.
● All’interno della membrana plasmatica si trova il citoplasma , un materiale denso
dove avvengono tutte le reazioni cellulari. Infatti questo è composto dall’80% da
acqua a formare il citosol che è la parte più fluida.
● Nel citoplasma troviamo immersi la zona nucleare (o nucleoide) e i ribosomi.
Il nucleoide contiene il DNA che fornisce tutte le informazioni per costruire le
proteine.
● Come abbiamo già detto sempre nel citoplasma sono presenti i ribosomi che sono
organuli cellulari privi di membrana. Sono responsabili del trasporto del DNA in
catene di amminoacidi, ovvero la sintesi proteica
Il citoplasma non è una zona statica anzi, le molecole contenute in esso sono in costante
movimento. Per esempio una proteina può attraversare tutta la cellula in un minuto.
LE STRUTTURE SPECIALIZZATE DELLE CELLULE PROCARIOTICHE
Alcuni procarioti nel corso della loro evoluzione hanno sviluppato strutture specializzate.
Queste strutture comprendono una parte cellulare protettiva e i flagelli per il movimento della
cellula nell’ambiente acquatico.
● La parte cellulare e la capsula: La maggior parte dei procarioti ha una parete
cellulare situata all’esterno della membrana plasmatica. La parete cellulare serve da
sostegno alla cellula e ne determina la forma.
Alcuni batteri fanno da rivestimento composto da polisaccaridi alla parete cellulare,
tale rivestimento prende il nome di capsula.
In alcuni casi la capsula batterica serve a proteggere i batteri dagli attacchi del
sistema immunitario, preserva la cellula dall’essiccamento e aiuta il batterio ad
aderire alle altre cellule o a un substrato.
● Le membrane interne: Alcuni gruppi di batteri, chiamati cianobatteri, sono in grado
di svolgere la fotosintesi ossigenica.
● I flagelli e i pili: La superficie esterna delle cellule batteriche è spesso dotata di
strutture che conferiscono alla cellula stessa delle capacità necessarie alla sua
sopravvivenza e diffusione.
Tra questi, pili e flagelli rappresentano due elementi molto importanti per il
movimento della cellula in ambiente acquoso e non solo.
I flagelli sono strutture lunghe e sottili, il cui aspetto è simile a quello di un
cavatappi che gira su se stesso, spingendo avanti la cellula. Se si eliminano i flagelli
la cellula non è più in grado di spostarsi. Altri procarioti possiedono altre strutture che
sporgono dalla superficie della cellula, chiamate pili che sono simili ai flagelli ma più
corti e più numerosi, e servono a far aderire un batterio ad un altro durante lo
scambio del materiale genetico.
● Il citoscheletro: E’ un nome collettivo per indicare i vari tipi di filamenti proteici nella
divisione cellulare o nel mantenimento della forma delle cellule.
LA SUDDIVISIONE IN COMPARTIMENTI DELLA CELLULA EUCARIOTICA.
Come le cellule procariotiche, anche le cellule eucariotiche sono delimitate dalla
membrana citoplasmatica e contengono citoplasma, ribosomi e DNA.
Sono caratterizzate dalla presenza di compartimenti interni delimitati da membrane,chiamati
organuli, nei quali sono contenuti enzimi specifici. Grazie a questi enzimi ogni tipo di
organulo può svolgere una determinata funzione.
Gli organuli possono essere osservati al microscopio elettronico o possono essere studiati
grazie ad un processo chiamato frazionamento cellulare che li separa in base alla densità.
L’organulo più evidente è il nucleo che racchiude il materiale genetico, ossia il DNA.
In tutte le cellule eucariotiche sono presenti anche il reticolo endoplasmatico, e l’apparato
di Golgi, i mitocondri e i vacuoli.
Altri tipi di organuli sono presenti solo nelle cellule animali o vegetali come i
cloroplasti(vegetali) e i lisosomi(animali).
Tutte gli organuli sono avvolti da una membrana costituita da fosfolipidi e proteine; questa
svolge 2 funzioni fondamentali:
● tiene separate le biomolecole dell’organulo dalle altre nella cellula, in modo tale da
non farle reagire scorrettamente tra loro.
● regola gli scambi lasciando entrare dell'organulo le materie prime e liberando i
prodotti nel citoplasma.

CHIMICA
LE LEGGI DI CONSERVAZIONE
Antoine de Lavoisier, grazie all’uso della bilancia, formula la legge della conservazione
della massa secondo cui in una trasformazione chimica nulla si crea e nulla può essere
distrutto, ovvero la massa complessiva dei prodotti è esattamente uguale alla massa
complessiva dei reagenti.
Venne formulata poi la legge della conservazione dell’energia, secondo la quale: in una
trasformazione la somma delle varie forme di energia coinvolte rimane invariata.
Successivamente nel 20esimo secolo il fisico tedesco Albert Einstein scoprì che esistono
situazioni in cui massa ed energia sono interconvertibili.
LE LEGGI SUI RAPPORTI DI COMBINAZIONE
Proust formulò la legge delle proporzioni definite e afferma che: quando 2 elementi
formano un composto, le quantità che reagiscono sono in rapporto definito e costante.
Il chimico inglese John Dalton descrisse nella legge delle proporzioni multiple che ci sono
casi in cui 2 elementi possono reagire tra loro secondo rapporti di combinazione diversi,
portando alla formazione di composti diversi.
DALTON E LA TEORIA ATOMICA
● la materia è costituita da atomi, particelle piccolissime, piene e indivisibili;
● gli atomi di uno stesso elemento sono tutti identici, in particolare hanno la stessa
massa;
● nelle reazioni chimiche, gli atomi degli elementi cambiano il modo in cui si
combinano, ma conservano la propria identità;
● gli atomi di elementi diversi sono anch'essi diversi, in particolare hanno masse
differenti;
● gli atomi degli elementi si combinano nei composti secondo rapporti numerici ben
precisi.
● Dalton determina le masse atomiche relative
● L'attuale unità di massa atomica è un dodicesimo della massa di un particolare
atomo di carbonio
 ● La massa molecolare relativa di un composto è data dalla somma delle masse
atomiche di tutti gli atomi che ne formano la molecola.
LE LEGGI SPERIMENTALI DEI GAS
● La legge di Boyle e Mariotte afferma che in condizioni isoterme, la pressione e il
volume di un gas sono inversamente proporzionali.
● La prima legge di Gay-Lussac ci dice come si comporta un gas ideale quando
subisce una trasfromazione a pressione costante.
● La seconda legge di Gay-Lussac ci dice cosa accade a un gas ideale quando è
soggetto a una trasformazione a volume costante.