Amminoacidi e proteine

Struttura degli amminoacidi

• Ogni amminoacido (eccetto la prolina) possiede un
carbonio centrale, chiamato carbonio , al quale
sono legati quattro differenti gruppi:

• un gruppo amminico basico (-NH2)

• un gruppo carbossilico acido (-COOH)
• un atomo di idrogeno (-H)
• una catena laterale, diversa per ciascun
amminoacido (-R)
 Dal punto di vista nutrizionale gli amminoacidi
si possono classificare in:
• ESSENZIALI: quegli AA che una determinata specie non è in
grado di sintetizzare (o li sintetizza in quantità non sufficienti
*);
- devono essere introdotti con la dieta
- Phe, Val, Thr, Try, Ile, Met, Leu, Lys, His*, Arg*
(* sono necessari nella dieta solo durante lo stadio giovanile di
crescita)

• NON ESSENZIALI: quegli AA che una determinata specie è

in grado di sintetizzare.
Dal punto di vista biochimico gli amminoacidi si possono
classificare in:
• GLUCOGENICI: tutti gli AA dal cui catabolismo otteniamo acido piruvico o un

intermedio del ciclo di Krebs e che quindi possono essere utilizzati per riformare

glucosio (Asp, Glu, Asn, Gln, His, Pro, Arg, Gly, Ala, Ser, Cys, Met, Val).

• CHETOGENICI: gli AA dal cui catabolismo otteniamo acetilCoA o

acetoacetilCoA, che quindi non possono essere utilizzati per riformare glucosio

(leucina e lisina).

• Sia chetogenici che glucogenici: dal loro catabolismo otteniamo acido piruvico o un

intermedio del ciclo di Krebs, oltre che acetil CoA o acetoacetilCoA (Phe, Tyr, Trp,

Ile, Thr).
• Tutti gli amminoacidi (tranne la glicina) hanno l’atomo di carbonio 

legato a quattro gruppi diversi: il carbonio  (asimmetrico) è quindi

un centro chiralico o otticamente attivo

 Gli amminoacidi che hanno un centro asimmetrico nel carbonio a

possono esistere in due forme speculari (D ed L) dette

stereoisomeri, isomeri ottici o enantiomeri

Champe et al., Le basi della biochimica, Ed. Zanichelli

AMMINOACIDI MODIFICATI
• Gli amminoacidi sono i precursori di
importanti molecole biologiche come per
esempio neurotrasmettitori, il gruppo eme e le
basi azotate.
 LE PROTEINE
• Le proteine sono macromolecole costituite dall’unione di
un grande numero di unità elementari: gli amminoacidi
(AA)

Le proteine contengono solo L- amminoacidi

• Sebbene in natura esistano più di 300 amminoacidi,
soltanto 20 sono incorporati nelle proteine dei
mammiferi poiché sono gli unici codificati dal DNA

• La caratteristica strutturale comune a tutte le proteine

è di essere dei polimeri lineari di amminoacidi
• Ciascuna proteina ha però una propria struttura
tridimensionale che la rende capace di svolgere
specifiche funzioni biologiche
La sequenza aminoacidica contiene tutta l’informazione
necessaria a specificare la forma tridimensionale di una
proteina

RNasi nativa RNasi denaturata RNasi nativa

• I gruppi funzionali delle catene laterali (-R)
determinano la struttura, le funzioni e la carica
elettrica delle proteine
• Gli amminoacidi possono essere classificati in base
alle proprietà delle loro catene laterali
(-R), considerando la loro polarità o non polarità al
pH fisiologico e quindi la tendenza ad interagire con
l’acqua
• Gli amminoacidi con catene laterali cariche,
idrofiliche, sono generalmente esposti sulla superficie
delle proteine
• I residui idrofobici, non polari, si trovano in genere
all’interno delle proteine, protetti dal contatto con
l’acqua
Una proteina tende a ripiegarsi in una
configurazione compatta
• In soluzione acquosa le proteine globulari hanno una struttura
compatta: le catene laterali idrofobiche si trovano nella parte
interna della molecola mentre i gruppi idrofilici in genere si
trovano in superficie.

• In un ambiente non polare (lipidico), per esempio una

membrana, la disposizione è opposta: catene laterali idrofiliche
all’interno, amminoacidi idrofobici sulla superficie della
molecola.
Champe et al., Le basi della biochimica, Ed. Zanichelli
 Le proteine
Fondamentali in ogni organismo, hanno molteplici ruoli:

• Componenti strutturali (collagene, tessuto connettivo,

citoscheletro, pelle)
• Trasportatori (emoglobina, albumina)
• Trasmettitori di messaggi (ormoni peptidici)
• Catalizzatori di reazioni chimiche (enzimi)
• Difesa contro i patogeni (immunoglobuline)
• Controllo e regolazione dell’espressione genica (istoni)
• Deposito di materiale (ferritina)
• Proteine dei sistemi contrattili (miosina)
Le proteine possono essere classificate in due
gruppi principali: proteine globulari e fibrose.
 Alcune proteine contengono gruppi chimici diversi dagli
amminoacidi
Molti enzimi contengono solo amminoacidi e nessun altro gruppo
chimico  PROTEINE SEMPLICI.

Altre proteine contengono, oltre agli amminoacidi, gruppi chimici

funzionali permanentemente associati  PROTEINE CONIUGATE.
La parte non amminoacidica viene definita GRUPPO PROSTETICO.
 Le Proteine Globulari
• Sono solubili in acqua,
• di forma quasi sferica,
• Assolvono funzioni biologiche.

Possono essere:
• Enzimi
• Ormoni
• Proteine di trasporto
• Proteine di deposito
 Proteine Fibrose

• Hanno catene polipeptidiche disposte in lunghi fasci o in

foglietti.
• In genere presentano un unico tipo di struttura secondaria.
• Sono insolubili in H2O per la presenza di elevate [ ] di AA
idrofobici.
• Le catene polipeptidiche si associano in complessi
sopramolecolari in modo da nascondere al solvente le
superfici idrofobiche.
• Sono adatte a ruoli strutturali (p.es. a-cheratina, collageno).
 Le Proteine Fibrose
• Sono di origine animali,
• insolubili in acqua,
• Assolvono ruoli strutturali per lo più.

Si dividono in tre categorie:

 le cheratine Formano tessuti protettivi

 i collageni Formano tessuti connettivi
 le sete Come i bozzoli dei bachi da seta
 Le Proteine Fibrose

• Cheratine e collageni
hanno strutture ad elica,
• Le sete hanno struttura
foglietto beta

Gruppi apolari e ponti disolfuro

tendono a conferire rigidità e
insolubilità alle proteine
fibrose.
La struttura delle
proteine
• I 20 amminoacidi che si trovano comunemente nelle
proteine sono uniti l’uno all’altro da legami
peptidici.
 Durante la formazione del
legame peptidico viene
eliminata una molecola di acqua
(reazione di condensazione

Champe et al., Le basi della biochimica, Ed. Zanichelli

• .

• La sequenza lineare degli amminoacidi legati

contiene l’informazione necessaria a generare una
proteina con una forma tridimensionale esclusiva.
Per funzionare una proteina deve assumere una struttura
tridimensionale precisa
collagene

mioglobina
• La struttura di una proteina è complessa:
organizzazione in 4 livelli gerarchici (struttura
primaria, secondaria, terziaria, quaternaria).
• I singoli amminoacidi in una catena peptidica sono
chiamati residui amminoacidici.

• In genere le proteine sono composte da 50-2000

residui amminoacidi.
 Struttura primaria
• La sequenza degli aminoacidi di una proteina si chiama
struttura primaria.

• Nelle proteine, gli amminoacidi sono uniti covalentemente

con legami peptidici.

• I legami peptidici sono legami ammidici tra il gruppo -

carbossilico (-COOH) di un amminoacido ed il gruppo -
amminico (-NH2) dell’amminoacido successivo.
La peculiare sequenza amminoacidica di una catena
polipeptidica rappresenta la struttura primaria

Lisozima
 Struttura secondaria
• Esistono due tipi di strutture secondarie:
l’ -elica ed il foglietto .
 Struttura secondaria (-elica)

• E’ una struttura in cui la catena polipeptidica è avvolta a

spirale .

• Le catene laterali degli amminoacidi (-R) si protendono

verso l’esterno rispetto all’asse della spirale.
 Struttura secondaria (-elica)

• L’-elica è stabilizzata da legami idrogeno intracatena che

si formano tra l’ossigeno carbonilico di un legame peptidico
e l’idrogeno ammidico di un legame peptidico situato a 4
residui di distanza sulla catena.

• Gli amminoacidi con catene laterali (-R ) voluminose o

cariche possono interferire con la formazione dell’a-elica.
Struttura secondaria: alfa elica

Legame idrogeno

Le proprietà idrofobiche o
idrofiliche di una alfa-elica
dipendono dalle catene
laterali degli aa
Champe et al., Le basi della biochimica, Ed. Zanichelli
Legame H

-elica
• ponte-H ogni
3,6 aminoacidi
•Il legame H si
instaura tra l’H
dell’azoto
amidico e l’O del
gruppo
carbonilico
 Struttura secondaria
(foglietto )
• I polipeptidi che formano un foglietto  possono
disporsi in modo parallelo o anti-parallelo.

• Un foglietto  può essere formato anche da una

singola catena polipeptidica ripiegata su se stessa:
in tal caso i legami a H sono legami intracatena.

• La superficie dei foglietti  è “pieghettata”.

Nei foglietti pieghettati ci sono ancora dei
legami ad idrogeno,
ma stavolta sono tra fogli adiacenti (sheet)
 Struttura secondaria
(sequenze non ripetitive)

• Queste strutture non ripetitive non sono “casuali”.

• Hanno una forma meno regolare rispetto all’ -elica

ed al foglietto .

• La catena polipeptidica assume una conformazione

ad anse ed avvolgimenti.
Una proteina tende a ripiegarsi in una configurazione
compatta
Cosa determina la forma di una proteina?
Struttura terziaria: struttura tridimensionale dell’intero
polipeptide che deriva dall’interazione fra le catene laterali
di aa anche distanti nella sequenza primaria
 Struttura terziaria
• La struttura terziaria è la conformazione tridimensionale, avvolta, di
una proteina.

• E’ INDISPENSABILE PER L’ATTIVITA’ BIOLOGICA DELLA

PROTEINA

• La struttura primaria di una catena polipeptidica determina la sua

struttura terziaria.

• Quando una proteina si avvolge su se stessa, gli AA che si trovano in

regioni lontane della sequenza polipeptidica possono ugualmente

interagire tra loro.

 La Struttura Terziaria
• È stabilizzata da legami non
covalenti come ponti
idrogeno, interazioni
idrofobiche tra amminoacidi
non polari e legami ionici.
 La Struttura Terziaria
• Ma anche da legami
covalenti, sotto forma di
ponti disolfuro fra due
cisteine.

• Le interazioni che si
instaurano a livello
tridimensionale
coinvolgono amminoacidi
non necessariamente vicini
nella struttura primaria.
ossidazione
 Come si forma una struttura terziaria?
Ponti
S_S
Interazioni idrofobiche

Formazione Legame idrogeno

di sali
 Struttura quaternaria
• Molte proteine sono costituite da una sola catena
polipeptidica (proteine monomeriche).

• Alcune proteine sono costituite da 2 o più catene

polipeptidiche (subunità) strutturalmente identiche o
diverse (proteine multimeriche).

• L’associazione di queste subunità costituisce la

struttura quaternaria.

• Le subunità sono tenute insieme da interazioni non

covalenti.
Struttura quaternaria: associazione di più
catene polipeptidiche