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Il folding (ripiegamento) delle proteine

stato denaturato

il processo spontaneo

stato nativo attivit biologica

Il folding pu essere indotto dal binding di un legante

legante

Il folding un processo di natura conformazionale


il folding di una proteina una catena di reazioni spontanee in cui cambia la conformazione della macromolecola da uno stato denaturato ad uno nativo gli angoli diedri f e y cambiano durante il folding

il processo reversibile
linformazione necessaria per generare la conformazione nativa codificata nella struttura primaria

Il folding delle proteine pu essere studiato utilizzando metodi fisici (propriet intensive) o chimici (p. estensive)
Si seguono segnali spettroscopici di vario tipo: assorbimento, fluorescenza, dicroismo circolare, NMR, sfruttando la diversit spettroscopica degli stati nativo e denaturato.

Composti noti come denaturanti (urea, guanidina) causano la denaturazione della proteina (distruzione reversibile della struttura secondaria e terziaria).
NH

H2N

NH2

guanidina

H2N

NH2

urea

La ribonucleasi

rinaturazione (folding)

denaturazione (unfolding)

Il dogma di Anfinsen (1973).


Composti noti come denaturanti (urea, guanidina) causano la denaturazione della proteina (distruzione della struttura secondaria, terziaria e quaternaria).

Stato nativo cataliticamente attivo

aggiunta di un denaturante e b-mercaptoetanolo

La rimozione del denaturante determina la riformazione della struttura nativa.


Quindi: la struttura di una proteina determinata soltanto dalla sequenza degli amminoacidi (in teoria possibile predire la struttura tridimensionale)

Stato denaturato inattivo, ponti disolfuro ridotti

rimozione del denaturante e del b-mercaptoetanolo

La probabilit di riformare casualmente i ponti disolfuro nella esatta condizione iniziale del 1%

Stato nativo attivo, ponti disolfuro riformati

Proteina con 8 cisteine e 4 ponti disolfuro (ribonucleasi)


7 6 5 4 3 2 1

7 possibilit

fissato il primo ponte disolfuro vi sono 5 possibilit

2 3 4 5

Fissando i primi 2 ponti disolfuro sono possibili ancora altre 3 configurazioni. In totale si potrebbero formare 7531 = 105 combinazioni (probabilit = 1/105 = 0.95). La proteina, invece, combina ciascuna cisteina in maniera deterministica

La denaturazione di una proteina

Il paradosso di Levinthal
(ovvero il folding un processo deterministico)

La conformazione di un polipeptide con n amminoacidi descritta da 2n valori degli angoli solidi f e y. Se fossero possibili solo 3 conformazioni, vi sarebbero un totale di 32n conformazioni (cio 32n 10n). Per una proteina di media grandezza n = 100 amminoacidi, sono possibili circa 10100 conformazioni!

Il paradosso di Levinthal
(ovvero il folding un processo deterministico)

Se il tempo necessario per esplorare ciascuna conformazione casualmente fosse 10-8 secondi, sarebbe necessario un tempo superiore allet presunta delluniverso per raggiungere lo stato nativo:

10100 10-8 = 1092 secondi = 3.21084 anni !! Dunque il processo del folding deterministico

Un polipeptide nel vuoto


stato Denaturato

N
stato Nativo

DG = DH - TDS

Entalpia: formazione di legami

Entropia: numero di stati possibili


DH = HN HD < 0 (favorevole) S = R ln(w) DS = SN SD = R ln (wN) R ln(wD) < 0 (sfavorevole)

Un polipeptide in acqua
stato Denaturato

N
stato Nativo

DG = DH - TDS

DG D N DH DN TDS DN DH DN TDS DN
P P S S contributo della proteina contributo del solvente

La dissoluzione di un cristallo ionico sfrutta le propriet dellacqua

Durante il processo di folding lacqua passa da uno stato pi ordinato ad uno meno ordinato (effetto idrofobico)

Un polipeptide in acqua

D
P

DG = DH - TDS
P S S

DG D N DH DN TDS DN DH DN TDS DN
contributo della proteina contributo del solvente

La DS per lacqua noto come effetto idrofobico ed la forza motrice per il processo del folding

Il bilancio