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La natura gerarchica
delle strutture cellulari
ed il loro assemblaggio
Le macromolecole
che sono responsabili
della maggior parte
delle forme e delle
caratteristiche di tutti
i sistemi viventi sono
generate dalla
polimerizzazione di
piccole molecole
organiche
I Cinque principi della chimica
della cellula
1. L’importanza del Carbonio
2. L’importanza dell’acqua
3. L’importanza delle membrane
selettivamente permeabili
4. L’importanza delle sintesi che comportano
la polimerizzazioni di piccole molecole
5. L’importanza dell’auto-assemblaggio
1. L’importanza del Carbonio
Interno di ogni
membrana ricche di
code di idrocarburi
legate a molecole di
fosfolipidi
Conferiscono la
idrofobicità necessaria
alle membrane per
essere selettivamente
permeabili
La maggior parte dei composti biologici contiene anche O ; N;
P; e S organizzati in gruppi funzionali
Il glucosio ha 4 C asimmetrici.
Il D-glucosio appresenta uno
dei 16 steroisomeri possibili.
Tuttavia non tutti gli
steroisomeri sono presenti in
natura poiché sono sfavoriti
energeticamente.
2. L’importanza dell’acqua
L’importanza dell’acqua
• Le molecole dell’acqua sono polari
• Le molecole dell’acqua sono coesive
• L’acqua ha una elevata capacità di
stabilizzare la temperatura
• L’acqua è un eccellente solvente
Le molecole dell’acqua sono
polari
Polarità delle molecole d’acqua
La coesione spiega:
Il fenomeno della tensione
superficiale e della capillarità
L’elevato punto di ebollizione
L’acqua ha una elevata capacità di
stabilizzare la temperatura
• Il calore specifico è la quantità di calore che un grammo di sostanza
deve assorbire per aumentare la sua temperatura di un grado
centigrado.
• Il calore specifico dell’acqua è 1 caloria per grammo che è di gran
lunga superiore a quello di molti altri liquidi poiché la presenza dei
legami idrogeno stabilizza l’agitazione molecolare che in altri liquidi
determina l’innalzamento della temperatura.
• L’acqua dunque tampona il surriscaldamento determinato dall’energia
liberata dalle numerose reazioni metaboliche presenti nella cellula.
• Il calore di evaporazione è l’ammontare di energia necessaria per
convertire un grammo di liquido in vapore. Questo valore è elevato per
l’acqua (in cui l’energia è utilizzata per spezzare i legami idrogeno) ed
è per questa ragione che è utilizzata come liquido refrigerante (es.
sudore)
L’acqua è un eccellente solvente
Molte delle molecole cellulari sono dei soluti idrofilici e quindi
interagiscono elettrostaticamente con l’acqua come fanno gli ioni. ES:
gli zuccheri, gli acidi organici e alcuni degli amminoacidi, grazie alla
presenza di gruppi funzionali che ne determinano la polarità.
Alone di idratazione
Molte molecole organiche sono neutre perché possiedono regioni cariche positivamente e
negativamente, pertanto sono idrofiliche. L’acqua inoltre impedisce alle molecole di soluto di
associarsi tra loro.
Le molecole apolari vengono
definite idrofobiche
• Tali molecole tendono a distruggere i
legami a idrogeno e quindi tendono ad
essere escluse dall’acqua
• Nel mezzo acquoso quindi tali molecole
tendono ad aggregarsi tra di loro
• Tale proprietà è molto importante per la
costituzione delle membrane biologiche
3. L’importanza delle membrane
selettivamente permeabili
• Ogni cellula necessita di un sistema di barriere fisiche che
delimiti il materiale esterno da quello interno e che sia
impermeabile alla maggior parte delle molecole e ioni
presenti nelle cellule o nell’ambiente
• D’altra parte la barriera non può essere completamente
impermeabile ma deve consentire lo scambio tra la cellula
e l’ambiente circostante.
• La struttura delle membrane che circondano le cellule e gli
organelli soddisfano a questi criteri.
La natura anfipatica dei fosfolipidi di membrana
Etanolammina
Fosfatidil-etanolammina
Il doppio strato fosfolipidico è alla base della struttura
della membrana
Le membrane e la loro struttura
Le membrane sono
selettivamente permeabili
• A causa della regione interna idrofobica una membrana è
molto permeabile alle sostanze non polari ed è piuttosto
impermeabile alle molecole polari e agli ioni
• Le piccole molecole (inferiori a 100 di PM) come
ossigeno, anidride carbonica, etanolo, urea e acqua
diffondono rapidamente.
• Gli ioni anche se piccoli non diffondono per la alta carica e
per l’alone di idratazione
• Gli scambi ionici sono assicurati da sistemi di trasporto
costituiti dalle proteine di membrana.
4. L’importanza delle sintesi che comportano
la polimerizzazioni di piccole molecole
• La maggior parte delle strutture cellulari è costituita dalla
disposizione ordinata di polimeri lineari denominati
macromolecole: proteine, acidi nucleici (DNA e RNA),
polisaccaridi (amido, glicogeno, cellulosa).
• Anche i lipidi vengono considerati macromolecole anche
se differiscono dai primi per il modo in cui vengono
sintetizzati.
• Conoscere le basi biochimiche della biologia cellulare
significa innanzitutto conoscere come sono strutturate,
assemblate, e come funzionano le macromolecole
La natura gerarchica
delle strutture cellulari
ed il loro assemblaggio
Le macromolecole
che sono responsabili
della maggior parte
delle forme e delle
caratteristiche di tutti
i sistemi viventi sono
generate dalla
polimerizzazione di
piccole molecole
organiche
La sintesi delle macromolecole biologiche
Le macromolecole biologicamente importanti e loro monomeri
Polimeri biologici
Quando atomi e gruppi di atomi sono molto vicini tra loro, gli elettroni
degli orbitali più esterni cominciano a respingersi reciprocamente.
Amminoacidi idrofili
con gruppi R polari
Nel gruppo B è molto
presente l’O
Nel gruppo C i gruppi
R sono carichi
negativamente o
positivamente ai valori
di pH della cellula
Formazione del legame peptidico
Peptidi e proteine
• Il prodotto della polimerizzazione degli
amminoacidi è detto polipeptide.
• Una proteina è una catena polipeptidica (o
numerose catene) che ha raggiunto una forma
tridimensionalmente unica e stabile ed è
biologicamente attiva.
• Le proteine sono monomeriche se costituite da una
singola catena peptidica
• Le proteine sono dette multimeriche se sono
costituite da due o più subunità polipeptidiche
Esempio di proteina multimerica: l’emoglobina
I quattro livelli di organizzazione nella struttura di una proteina
Le altre strutture riguardano le interazioni
tra i gruppi R degli amminoacidi che
conferiscono alla proteina la sua
particolare conformazione
Associazione di
polipeptidi
ripiegati
La struttura primaria si
riferisce alla sequenza degli
amminoacidi
(Legami peptidici) Ripiegamento singola Ripiegamento
Catena tra a.a. tridimensionale
contigui (Legami singola catena
idrogeno)
Legami idrogeno, disolfuro, interazioni
elettrostatiche, effetto idrofobico
La struttura primaria dell’insulina
Struttura secondaria Alfa-elica Beta-foglietto
Coinvolge interazioni Il beta-foglietto
si forma tra due
locali tra amminoacidi
polipeptidi
che si trovano vicini gli
adiacenti o di
uni gli altri due segmenti
diversi dello
Nell’alfa-elica sono stesso peptide.
presenti 3,6 a.a. per giro. I legami
I legami peptidici di idrogeno si
ciascun a.a. sono vicini a trovano tra i
legami peptidici
quelli del quarto a.a.
in maniera
successivo della catena: perpendicolare
ogni legame peptidico è al piano
unito mediante legame Parallelo: Se le
idrogeno con il legame due regioni
peptidico immediatamente vanno nella
al di sotto attraverso il stessa direzione
gruppo carbonilico e con (da N-terminale
quello al di sopra a C-terminale)
Antiparallelo:
attraverso il gruppo
senso opposto
amminico
Motivi strutturali comuni
Motivi: combinazioni
identificate di strutture a
alfa-elica e beta foglietto
La struttura terziaria
• E’ piuttosto specifica dipende quasi esclusivamente
dalle proprietà dei gruppi R
• Non è ripetitiva, né prevedibile, i gruppi R idrofobi si
collocheranno all’interno della molecola, mentre
all’esterno si posizioneranno i gruppi idrofili.
• La catena assumerà la conformazione nativa in
maniera spontanea o aiutata da altre proteine dette
chaperone molecolari
Formazione del legame disolfuro
(legame covalente)
Struttura
del
capello
Le Proteine globulari
Presentano catene
polipeptidiche raggomitolate
dando luogo a strutture
compatte.
Possono avere una struttura ad
alfa elica a beta-foglietto o tutte
e due. Il raggomitolamento è
possibile per la presenza di
regioni “random coils”
(avvolgimenti casuali)
La struttura tridimensionale
della ribonucleasi
Strutture di alcune proteine globulari
Associazione di
polipeptidi
ripiegati
La struttura primaria si
riferisce alla sequenza degli
amminoacidi
(Legami peptidici) Ripiegamento singola Ripiegamento
Catena (Legami tridimensionale
idrogeno) singola catena
Legami idrogeno, disolfuro, interazioni
elettrostatiche, effetto idrofobico
I Polisaccaridi
• Non svolgono un ruolo informazionale nella
cellula
• I più importanti sono i polissaccaridi di riserva
amido e glicogeno e il polisaccaride strutturale
cellulosa
• Sono in genere costituiti da singole unità di
ripetizione, o a volte da un alternarsi di due tipi.
• Le unità di ripetizione sono zuccheri semplici
chiamati monosaccaridi
Strutture dei monosaccaridi
Uno zucchero può essere definito come un’aldeide o un chetone con
due o più gruppi ossidrilici. Pertanto vi sono due categorie di
zuccheri: