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La molecole Chimiche della vita

La natura gerarchica
delle strutture cellulari
ed il loro assemblaggio

Le macromolecole
che sono responsabili
della maggior parte
delle forme e delle
caratteristiche di tutti
i sistemi viventi sono
generate dalla
polimerizzazione di
piccole molecole
organiche
I Cinque principi della chimica
della cellula
1. L’importanza del Carbonio
2. L’importanza dell’acqua
3. L’importanza delle membrane
selettivamente permeabili
4. L’importanza delle sintesi che comportano
la polimerizzazioni di piccole molecole
5. L’importanza dell’auto-assemblaggio
1. L’importanza del Carbonio

• Chimica organica: studio dei composti


contenenti il carbonio (derivati da materiale
organico o sintetizzati)
• Chimica biologica (biochimica): chimica
degli organismi viventi
Configurazione elettronica di alcuni atomi e molecole
importanti da un punto di vista biologico
La stabilità e la diversità dei
composti contenenti carbonio
sono dovute a specifiche
proprietà dell’atomo di Carbonio:
- Valenza 4
- Tendenza a creare legami
covalenti in genere con O; H; N
I composti organici più
stabili hanno 4 legami
covalenti per ogni atomo di
Carbonio. Ma possono essere
condivise anche due o tre
coppie di elettroni dando
origine a doppi e tripli
legami.
La stabilità di una molecola organica è
espressa in termini di energia di legame
• Energia di legame: la quantità di energia necessaria per
rompere 1 mole (circa 6 x 1023) di questi legami.
• L’Energia di legame si misura in calorie per mole (cal/mol)
• Caloria: quantità di energia necessaria per fare aumentare
di un grado centigrado la temperatura di un grammo
d’acqua
• La rottura di un legame covalente richiede una grande
quantità di energia:
C-C 83 kcal/mol; C-N 70; C-H 99; C-O 84
C C 146 kcal/mol; C C 212 kcal/mol
Altri legami hanno valori energetici minori
Le molecole contenenti carbonio
sono diverse
I composti contenenti solo C e H sono definiti idrocarburi
In biologia ruolo ridotto
poiché sono insolubili
in acqua

Interno di ogni
membrana ricche di
code di idrocarburi
legate a molecole di
fosfolipidi

Conferiscono la
idrofobicità necessaria
alle membrane per
essere selettivamente
permeabili
La maggior parte dei composti biologici contiene anche O ; N;
P; e S organizzati in gruppi funzionali

I gruppi funzionali determinano sia la solubilità in acqua sia la la reattività chimica


delle molecole di cui sono parte
Le molecole contenenti il carbonio esprimono una ulteriore variabilità
dovuta alla presenza degli stereoisomeri
Quando 4 differenti atomi o
gruppi di atomi sono legati ai
quattro vertici di una struttura
tetraedica, sono possibili due
configurazioni spaziali
differenti

Le forme speculari di uno


stesso composto sono
chiamate steroisomeri

Un atomo di Carbonio con


quattro differenti gruppi è
definito atomo di carbonio
Poiché sono possibili due steroisomeri per atomo
asimmetrico.
di carbonio asimmetrico, un composto con n atomi
di carbonio asimmetrici può avere 2n possibili
steroisomeri
Stereoisomeri delle molecole biologiche

Entrambi gli steroisomeri


dell’alanina sono presenti in
natura ma solo la L-alanina è
presente come componente
delle proteine

Il glucosio ha 4 C asimmetrici.
Il D-glucosio appresenta uno
dei 16 steroisomeri possibili.
Tuttavia non tutti gli
steroisomeri sono presenti in
natura poiché sono sfavoriti
energeticamente.
2. L’importanza dell’acqua
L’importanza dell’acqua
• Le molecole dell’acqua sono polari
• Le molecole dell’acqua sono coesive
• L’acqua ha una elevata capacità di
stabilizzare la temperatura
• L’acqua è un eccellente solvente
Le molecole dell’acqua sono
polari
Polarità delle molecole d’acqua

La particolare angolazione dei legami


con l’idrogeno causa una distribuzione
ineguale degli elettroni che determina la
polarità responsabile delle altre
caratteristiche dell’acqua.
Le molecole dell’acqua sono coesive
grazie ai legami a idrogeno tra le molecole d’acqua

I legami ad idrogeno vengono


continuamente rotti e
ricostituiti
Nel ghiaccio si forma un
reticolo regolare in cui ogni
molecola d’acqua forma un
legame con altre quattro

La coesione spiega:
Il fenomeno della tensione
superficiale e della capillarità
L’elevato punto di ebollizione
L’acqua ha una elevata capacità di
stabilizzare la temperatura
• Il calore specifico è la quantità di calore che un grammo di sostanza
deve assorbire per aumentare la sua temperatura di un grado
centigrado.
• Il calore specifico dell’acqua è 1 caloria per grammo che è di gran
lunga superiore a quello di molti altri liquidi poiché la presenza dei
legami idrogeno stabilizza l’agitazione molecolare che in altri liquidi
determina l’innalzamento della temperatura.
• L’acqua dunque tampona il surriscaldamento determinato dall’energia
liberata dalle numerose reazioni metaboliche presenti nella cellula.
• Il calore di evaporazione è l’ammontare di energia necessaria per
convertire un grammo di liquido in vapore. Questo valore è elevato per
l’acqua (in cui l’energia è utilizzata per spezzare i legami idrogeno) ed
è per questa ragione che è utilizzata come liquido refrigerante (es.
sudore)
L’acqua è un eccellente solvente
Molte delle molecole cellulari sono dei soluti idrofilici e quindi
interagiscono elettrostaticamente con l’acqua come fanno gli ioni. ES:
gli zuccheri, gli acidi organici e alcuni degli amminoacidi, grazie alla
presenza di gruppi funzionali che ne determinano la polarità.

Alone di idratazione

La solubilizzazione del cloruro di sodio


La maggior parte dei composti biologici contiene anche O ; N;
P; e S organizzati in gruppi funzionali
Come Cl- Come Na+

Molte molecole organiche sono neutre perché possiedono regioni cariche positivamente e
negativamente, pertanto sono idrofiliche. L’acqua inoltre impedisce alle molecole di soluto di
associarsi tra loro.
Le molecole apolari vengono
definite idrofobiche
• Tali molecole tendono a distruggere i
legami a idrogeno e quindi tendono ad
essere escluse dall’acqua
• Nel mezzo acquoso quindi tali molecole
tendono ad aggregarsi tra di loro
• Tale proprietà è molto importante per la
costituzione delle membrane biologiche
3. L’importanza delle membrane
selettivamente permeabili
• Ogni cellula necessita di un sistema di barriere fisiche che
delimiti il materiale esterno da quello interno e che sia
impermeabile alla maggior parte delle molecole e ioni
presenti nelle cellule o nell’ambiente
• D’altra parte la barriera non può essere completamente
impermeabile ma deve consentire lo scambio tra la cellula
e l’ambiente circostante.
• La struttura delle membrane che circondano le cellule e gli
organelli soddisfano a questi criteri.
La natura anfipatica dei fosfolipidi di membrana

Etanolammina

Fosfatidil-etanolammina
Il doppio strato fosfolipidico è alla base della struttura
della membrana
Le membrane e la loro struttura
Le membrane sono
selettivamente permeabili
• A causa della regione interna idrofobica una membrana è
molto permeabile alle sostanze non polari ed è piuttosto
impermeabile alle molecole polari e agli ioni
• Le piccole molecole (inferiori a 100 di PM) come
ossigeno, anidride carbonica, etanolo, urea e acqua
diffondono rapidamente.
• Gli ioni anche se piccoli non diffondono per la alta carica e
per l’alone di idratazione
• Gli scambi ionici sono assicurati da sistemi di trasporto
costituiti dalle proteine di membrana.
4. L’importanza delle sintesi che comportano
la polimerizzazioni di piccole molecole
• La maggior parte delle strutture cellulari è costituita dalla
disposizione ordinata di polimeri lineari denominati
macromolecole: proteine, acidi nucleici (DNA e RNA),
polisaccaridi (amido, glicogeno, cellulosa).
• Anche i lipidi vengono considerati macromolecole anche
se differiscono dai primi per il modo in cui vengono
sintetizzati.
• Conoscere le basi biochimiche della biologia cellulare
significa innanzitutto conoscere come sono strutturate,
assemblate, e come funzionano le macromolecole
La natura gerarchica
delle strutture cellulari
ed il loro assemblaggio

Le macromolecole
che sono responsabili
della maggior parte
delle forme e delle
caratteristiche di tutti
i sistemi viventi sono
generate dalla
polimerizzazione di
piccole molecole
organiche
La sintesi delle macromolecole biologiche
Le macromolecole biologicamente importanti e loro monomeri
Polimeri biologici

Proteine Acidi nucleici Polisaccaridi

Tipi di Informazionali Informazionali Di deposito Strutturale


macromolecole (L’ordine dei diversi
tipi di unità non è
casuale)

Esempi Enzimi DNA, RNA Amido, Cellulosa


Anticorpi Glicogeno
Ormoni

Monomeri Amminoacidi Nucleotidi Monosaccaridi Monosaccaridi

Tipi di unità di 20 4 nel DNA Una o più Una o più


ripetizione 4 nell’RNA
Macromolecole strutturali e di deposito
Principi basilari per i processi di polimerizzazione
che formano le macromolecole
1. Le macromolecole sono sempre sintetizzate a partire da piccole
molecole simili o identiche chiamate monomeri
2. L’aggiunta di ogni unità monomerica avviene con l’eliminazione di
una molecola d’acqua ed è definita come reazione di condensazione
3. Le unità monomeriche da unire devono essere presenti in forma
attivata, prima che possa avvenire la condensazione
4. Generalmente, l’attivazione richiede l’accoppiamento dei monomeri a
qualche tipo di molecola di trasporto per originare il monomero in
forma attivata
5. L’energia per accoppiare i monomeri alla molecola di trasporto è
fornita dall’ATP o da un composto analogo ad alta energia
6. Per Il modo in cui sono sintetizzate, le macromolecole hanno una
implicita direzionalità, ovvero i due estremi della catena polimerica
sono chimicamente differenti tra loro
La sintesi delle macromolecole
5. L’importanza dell’autoassemblaggio

• Le informazioni richieste per specificare


l’organizzazione spaziale delle macromolecole e la
loro interazione per formare strutture più complesse
con specifiche funzioni biologiche sono intrinseche ai
polimeri stessi
L’avvolgimento spontaneo di un polipeptide
Auto-assemblaggio assistito
• Altri polipeptidi per assemblarsi hanno bisogno
dell’aiuto di proteine pre-esistenti chiamate
Chaperone molecolari
• Esse funzionano legandosi a specifiche
caratteristiche strutturali, che sono disponibili
durante le prime fasi dell’assemblaggio, inibendo i
processi di assemblaggio improduttivi che
porterebbero a strutture errate
Interazioni importanti per il ripiegamento delle proteine
• COVALENTI: legami zolfo-zolfo (-S-S-) (ponti di
solfuro) che si creano tra gruppi sulfidrilici liberi
appartenenti a determinati amminoacidi come la cisteina
all’interno dello stesso peptide o fra peptidi diversi
• NON COVALENTI:
– Le interazioni elettrostatiche (alcuni gruppi laterali
degli a.a. sono carichi + o -)
– Legami idrogeno (alcune catene laterali degli a.a. sono
accettori o donatori di legami H)
– Effetto idrofobico: gli a.a. idrofobici tendono a
posizionarsi all’interno della molecola polipeptidica
– I raggi di Van der Walls fissano quanto la struttura
della proteina può essere compattata
I raggi di van der Walls

Quando atomi e gruppi di atomi sono molto vicini tra loro, gli elettroni
degli orbitali più esterni cominciano a respingersi reciprocamente.

Tale mutua repulsione


cresce al diminuire della
distanza fino ad arrivare, al
di sotto di una certa
distanza, a costituire una
vera e propria barriera ad
una interazione più stretta.
Tale distanza definisce il
raggio di van der Walls di
uno specifico atomo o
gruppo di atomi all’interno
di una proteina.
L’autoassemblaggio avviene anche in altre strutture
cellulari e tra macromolecole diverse

• I ribosomi: contengono RNA e proteine


• Le membrane sono costituite da fosfolipidi
e proteine
Le proteine
• Enzimi
• Proteine strutturali
• Proteine di motilità
• Proteine di regolazione
La maggior parte sono monofunzionali alcune
possono essere bifunzionali
Le proteine sono polimeri lineari di amminoacidi
Struttura e stereochimica di un amminoacido

In una cellula sono presenti più di 60 tipi diversi di amminoacidi ma


solo 20 sono utilizzati per la sintesi di proteine
Le strutture dei
20 amminoacidi
presenti nelle
proteine
Amminoacidi
idrofobi con gruppo
R di natura
idrocarburica senza
OeN

Amminoacidi idrofili
con gruppi R polari
Nel gruppo B è molto
presente l’O
Nel gruppo C i gruppi
R sono carichi
negativamente o
positivamente ai valori
di pH della cellula
Formazione del legame peptidico
Peptidi e proteine
• Il prodotto della polimerizzazione degli
amminoacidi è detto polipeptide.
• Una proteina è una catena polipeptidica (o
numerose catene) che ha raggiunto una forma
tridimensionalmente unica e stabile ed è
biologicamente attiva.
• Le proteine sono monomeriche se costituite da una
singola catena peptidica
• Le proteine sono dette multimeriche se sono
costituite da due o più subunità polipeptidiche
Esempio di proteina multimerica: l’emoglobina
I quattro livelli di organizzazione nella struttura di una proteina
Le altre strutture riguardano le interazioni
tra i gruppi R degli amminoacidi che
conferiscono alla proteina la sua
particolare conformazione

Associazione di
polipeptidi
ripiegati

La struttura primaria si
riferisce alla sequenza degli
amminoacidi
(Legami peptidici) Ripiegamento singola Ripiegamento
Catena tra a.a. tridimensionale
contigui (Legami singola catena
idrogeno)
Legami idrogeno, disolfuro, interazioni
elettrostatiche, effetto idrofobico
La struttura primaria dell’insulina
Struttura secondaria Alfa-elica Beta-foglietto
Coinvolge interazioni Il beta-foglietto
si forma tra due
locali tra amminoacidi
polipeptidi
che si trovano vicini gli
adiacenti o di
uni gli altri due segmenti
diversi dello
Nell’alfa-elica sono stesso peptide.
presenti 3,6 a.a. per giro. I legami
I legami peptidici di idrogeno si
ciascun a.a. sono vicini a trovano tra i
legami peptidici
quelli del quarto a.a.
in maniera
successivo della catena: perpendicolare
ogni legame peptidico è al piano
unito mediante legame Parallelo: Se le
idrogeno con il legame due regioni
peptidico immediatamente vanno nella
al di sotto attraverso il stessa direzione
gruppo carbonilico e con (da N-terminale
quello al di sopra a C-terminale)
Antiparallelo:
attraverso il gruppo
senso opposto
amminico
Motivi strutturali comuni

Motivi: combinazioni
identificate di strutture a
alfa-elica e beta foglietto
La struttura terziaria
• E’ piuttosto specifica dipende quasi esclusivamente
dalle proprietà dei gruppi R
• Non è ripetitiva, né prevedibile, i gruppi R idrofobi si
collocheranno all’interno della molecola, mentre
all’esterno si posizioneranno i gruppi idrofili.
• La catena assumerà la conformazione nativa in
maniera spontanea o aiutata da altre proteine dette
chaperone molecolari
Formazione del legame disolfuro
(legame covalente)

Le cisteine sono distanti nella sequenza primaria ma si ritrovano vicine


nel processo di raggomitolamento. Possono essere anche collocate su
peptidi diversi.
I legami disolfuro presenti nella struttuta dell’insulina
Le proteine fibrose
Presentano estese strutture
secondarie (sia ad alfa-elica che a
beta-foglietto) lungo tutta la
molecola
Es: la cheratina dei capelli
I legami ad idrogeno stabilizzano
la struttura della alfa elica e
rendono il capello elastico.

Struttura
del
capello
Le Proteine globulari
Presentano catene
polipeptidiche raggomitolate
dando luogo a strutture
compatte.
Possono avere una struttura ad
alfa elica a beta-foglietto o tutte
e due. Il raggomitolamento è
possibile per la presenza di
regioni “random coils”
(avvolgimenti casuali)

La struttura tridimensionale
della ribonucleasi
Strutture di alcune proteine globulari

Possono essere costituite da segmenti denominati “domini”


Proteine con funzioni multiple hanno un dominio diverso per
ogni funzione
Un esempio di una proteina contenente due domini funzionali

Enzima gliceraldeide fosfato deidrogenasi

1. Un dominio si lega alla


sostanza che deve essere
metabolizzata
2. L’altro dominio lega un
fattore chimico necessario
affinchè la reazione avvenga
Struttura quaternaria
Si osserva solo nel caso di proteine multimeriche
I legami e le forze che stabilizzano una struttura quaternaria sono
gli stessi della struttura terziaria: Legami idrogeno, disolfuro,
interazioni elettrostatiche, effetto idrofobico
Complesso multiproteico
• E’ un livello ancora più elevato di
assemblaggio in cui ogni proteina (di solito
un enzima) è coinvolta in modo sequenziale
nello stesso processo a più tappe.
I quattro livelli di organizzazione nella struttura di una proteina
Le altre strutture riguardano le interazioni
tra i gruppi R degli amminoacidi che
conferiscono alla proteina la sua
particolare conformazione

Associazione di
polipeptidi
ripiegati

La struttura primaria si
riferisce alla sequenza degli
amminoacidi
(Legami peptidici) Ripiegamento singola Ripiegamento
Catena (Legami tridimensionale
idrogeno) singola catena
Legami idrogeno, disolfuro, interazioni
elettrostatiche, effetto idrofobico
I Polisaccaridi
• Non svolgono un ruolo informazionale nella
cellula
• I più importanti sono i polissaccaridi di riserva
amido e glicogeno e il polisaccaride strutturale
cellulosa
• Sono in genere costituiti da singole unità di
ripetizione, o a volte da un alternarsi di due tipi.
• Le unità di ripetizione sono zuccheri semplici
chiamati monosaccaridi
Strutture dei monosaccaridi
Uno zucchero può essere definito come un’aldeide o un chetone con
due o più gruppi ossidrilici. Pertanto vi sono due categorie di
zuccheri:

Gruppo carbonilico terminale Gruppo carbonilico interno


La maggior parte degli zuccheri ha da tre
a sette atomi di carbonio
Classificazione degli zuccheri in base al
numero di atomi di carbonio:
• Trioso
• Tetroso
• Pentoso
• Esoso
• Eptoso
Gli zuccheri sono detti
Carboidrati
• Formula: CnH2nOn o idrati del Carbonio
anche se non possono essere considerati
come atomi di carbonio idratati.
• Gli atomi del carbonio che compongono gli
zuccheri sono numerati a partire
dall’estremità più ossidata della molecola
del carbonio, il gruppo aldeidico
La struttura del glucosio (C6H12O6)
Legame ad anello del D-glucosio
In base all’orientazione spaziale del gruppo ossidrilico
legato al carbonio 1 abbiamo due forme di glucosio D:
Il glucosio entra a far parte anche dei disaccaridi più comuni
Ciascun disaccaride viene formato
tramite reazione di condensazione
con eliminazione di una molecola
d’acqua.
Il legame risultante è detto
glicosidico
I polisaccaridi:La
struttura dell’amido e
del glicogeno
Entrambi sono costituiti da
unità di alfa-D-glucosio
uniti da legami alfa-
glicosidici(1-4)
Possono avere anche legami
con catene laterali 1-6,
pertanto possono essere
polimeri ramificati e non L’amido non
ramificato è detto
ramificati amilosio
La struttura della cellulosa polisaccaride strutturale
Costituito da unità di beta-D-Glucosio con legame di tipo beta

Tale legame non può essere scisso


dai mammiferi che non possono
dunque digerire l’erba poiché non
possiedono gli enzimi adatti.
fine