BIOCHIMICA

INTRODUZIONE

Biochimica: scienza che descrive strutture, meccanismi e processi chimici che fanno parte
degli organismi viventi, a livello molecolare. Usa le leggi della chimica, della biologia e della
fisica per spiegare i processi alla base della vita delle cellule.

LE BIOMOLECOLE SONO COMPOSTI DEL CARBONIO CON VARI GRUPPI FUNZIONALI

La chimica degli organismi viventi è organizzata intorno all’elemento del carbonio.
 Elemento fondamentale di tutti i sistemi viventi.
 È l’unico elemento capace di legarsi fortemente con se stesso e formare lunghe catene
o anelli. Forma legami covalenti molto stabili con altri atomi di carbonio (lo scheletro
delle molecole organiche è formato da atomi di carbonio).
 Può formare legami semplici (saturi), doppi o tripli.
 Può formare legami covalenti con diversi elementi della tavola periodica.
 Forma sempre 4 legami (completa guscio di valenza).
 Ha un valore medio di elettronegatività .

LEGAMI CHIMICI
 Legame ionico: cessione di elettroni. Si avrà uno ione positivo e uno ione negativo.
 Legame covalente: condivisione di elettroni. Si ottiene una molecola1.
o Polare: tra i due atomi c’è una differenza di elettronegatività compresa tra 0,4 e
1,9 (es. acqua).
o Apolare: tra i due atomi c’è differenza di elettronegatività compresa tra 0 e 0,4.

 Legami del Carbonio (C) : gli atomi di carbonio hanno una caratteristica disposizione
tetraedrica dei loro quattro legami singoli. I legami singoli carbonio-carbonio sono
liberi di ruotare, mentre i doppi legami sono più corti e non consentono rotazione
libera.
o Singoli con H
o Doppi con O, N
o Tripli con N (rari)
 Legami dell’Ossigeno (O): forma 2 legami semplici o un legame doppio.
 Legami dell’Azoto (N): forma 3 legami.
Gruppi funzionali: atomo o gruppo di atomi che determina le proprietà chimiche di un
composto organico, permettendone la classificazione.

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La più piccola particella di una sostanza che ne conserva tutte le proprietà.
1
IL PESO MOLECOLARE, LA MASSA MOLECOLARE E LE LORO CORRETTE UNITÀ DI
MISURA
Massa atomica: le masse atomiche assolute degli atomi si possono determinare
sperimentalmente con la spettrometria di massa. Si confronta la massa di un atomo con 1/12
della massa assoluta di 12C (rapporto tra la massa atomica degli atomi dell’elemento e la
dodicesima parte della massa dell’isotopo 12C.
Massa di una mole: è uguale al valore numerico della massa atomica relativa (presa dalla
tavola periodica), è espressa in grammi.
Mole: quantità di sostanza che contiene un numero di particelle uguali al numero di atomi
contenuti in 0.012 kg dell’isotopo 12 del carbonio. Il valore di riferimento è il numero di
Avogadro (NA= 6,022 x 1023).

LA STRUTTURA TRIDIMENSIONALE PUÒ ESSERE DESCRITTA IN TERMINI DI

CONFIGURAZIONE E CONFORMAZIONE
Quattro sostituenti diversi legati ad un atomo di carbonio tetraedrico possono essere disposti
nello spazio in due diversi modi (hanno due diverse configurazioni). Le due molecole sono
dette stereoisomeri. Gli isomeri di configurazione non possono convertirsi l’uno nell’altro
senza la rottura di un legame covalente. L’arrangiamento di atomi di una molecola nello
spazio (configurazione) è fondamentale per la sua attività biologica (interazioni
stereospecifiche).

LE INTERAZIONI TRA LE BIOMOLECOLE SONO STEREOSPECIFICHE

Conformazione molecolare: distribuzione nello spazio dei gruppi sostituenti che, senza
rompere legami covalenti, sono liberi di assumere posizioni differenti nello spazio ruotando
liberamente intorno ad un legame singolo.

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L’ACQUA NEI SISTEMI BIOLOGICI

Elettronegatività: tendenza di un atomo ad attrarre verso di sé gli elettroni di legame.

L’ACQUA FORMA LEGAMI IDROGENO CON I SOLUTI POLARI

I dipoli presenti nei legami di molecole polari non cariche le rendono solubili in acqua per la
presenza di gruppi che possono fungere da donatori o accettori di legami idrogeno.
 Gruppi idrossilici
 Gruppi carbonilici
 Gruppi carbossilici
 Gruppi amminici

LE INTERAZIONI DI VAN DER WAALS SONO ATTRAZIONI INTERATOMICHE DEBOLI

Interazioni di van der Waals: interazioni di natura elettrostatica che agiscono a corto raggio.
 Forza di dispersione o di London: interazioni dipolo temporaneo-dipolo indotto.
o Aumentano molto le dimensioni della nuvola elettronica esterna e il numero di
elettroni: la nuvola elettronica esterna è molto lontana dal nucleo e sente poca
attrazione protonica. Le nuvole elettroniche diventano più plastiche, meno
rigide.
o Molte molecole sono considerate apolari, eppure è possibile ottenere lo stato
liquido e solido anche da queste sostanze. Gli elettroni di valenza a volte si
distribuiscono in maniera asimmetrica anche in molecole apolari (dipolo
temporaneo), avviene casualmente su un numero limitato di molecole.
 Interazioni dipolo-dipolo: l’estremità negativa di una molecola tende ad orientare
verso di sé e ad attrarre l’estremità di segno opposto delle molecole circostanti; lo
stesso vale per l’estremità positiva.
o Il legame a idrogeno è una versione particolarmente forte e speciale di legame
dipolo-dipolo.
o Tutte le molecole polari possono formare interazioni dipolo-dipolo con
intensità variabile.
o Sono responsabili dello stato fisico di molti materiali.
 Interazioni ione-molecola polare (solvatazione): l’attrazione elettrostatica si
stabilisce fra la carica propria dello ione e il dipolo delle molecole circostanti.
Quest’ultimo può essere permanente, nel caso di molecole polari, oppure indotto dalla
carica stessa dello ione.
o Esempio: idratazione degli ioni del sale da cucina (NaCl) sciolto in acqua. Gli ioni
sono circondati da molecole d’acqua che rivolgono la loro estremità polarizzata
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 di segno opposto alla carica dello ione. Nella solubilizzazione di un soluto
formato da ioni si formano interazioni di tipo elettrico tra le cariche positive e
negative degli ioni e le molecole polari dell’acqua.
 Interazioni idrofobiche: fanno in modo che molecole (o gruppi atomici) apolari si
avvicinino tra loro, evitando il contatto con l’acqua. Sono di particolare importanza
negli aggregati macromolecolari di interesse biologico, come le proteine e gli acidi
nucleici.
o Effetto idrofobico: le interazioni fra acqua e superfici non polari non sono
favorevoli: i gruppi non polari nelle proteine tendono ad aggregarsi, per ridurre
la superficie apolare a contatto con l’acqua (come l’olio). È uno dei principali
fattori di stabilità delle proteine. Fa sì che le sostanze non polari minimizzino il
loro contatto con l’acqua, e le molecole anfipatiche (per esempio i detergenti)
formino micelle in soluzioni acquose.

LEGAMI CHIMICI INTERMOLECOLARI

Legami secondari:
 Sono sempre interazioni elettrostatiche.
 Sono interazioni intermolecolari (possiamo quindi spiegare il comportamento di
sostanze molecolari e macromolecolari).
 Sono interazioni di tipo fisico.
 Sono reversibili: si formano e si rompono con poca spesa energetica e non modificano
la natura intima della materia.
 Spiegano il comportamento e le caratteristiche di moltissime sostanze.
Legame a idrogeno:
 È il più forte legame intermolecolare conosciuto (circa un decimo di un legame
covalente).
 È presente in moltissime sostanze importanti.
 Le regole per individuare e rappresentare una sostanza che forma legami a idrogeno
sono:
o È necessario (ma non sufficiente) che la molecola contenga idrogeno.
o L’idrogeno deve essere legato, con legame covalente semplice, con atomi molto
elettronegativi (F, O, N) e di piccole dimensioni.
o La molecola che “contiene” questa porzione così organizzata può formare
legami idrogeno tra l’atomo di idrogeno di una molecola e l’altro atomo di
un’altra molecola.

PROPRIETÀ DELL’ACQUA
 Il ghiaccio ha una densità minore dell’acqua liquida perché i legami idrogeno sono più
stabili e mantengono le molecole a una certa distanza.

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 Coesione: tendenza delle molecole di acqua a rimanere unite tra loro. Nell’acqua
liquida i legami a idrogeno durano pochi miliardesimi di secondo, ma fanno sì che ogni
momento la maggior parte delle molecole d’acqua sia legata una all’altra.
 La presenza di due coppie di elettroni spaiati nell’ossigeno porta alla formazione di più
legami idrogeno fra una molecola e l’altra.
 Nel ghiaccio ogni molecola d’acqua è circondata da altre quattro molecole disposte a
tetraedro.
 Ne risulta così una struttura a gabbia molto estesa che fa sì che l’acqua sia una delle
poche sostanze che si espandono durante il congelamento.
 L’acqua allo stato liquido consiste di un reticolo tridimensionale in rapida fluttuazione
di molecole unite da legami a idrogeno.
 L’acqua scioglie molto bene tutte le sostanze che hanno gruppi OH nella loro struttura.
 Elevato calore di fusione: gli organismi sono protetti alle basse temperature.
 Elevato calore di evaporazione: gli animali terrestri possono rinfrescarsi per
evaporazione superficiale. Le molecole d’acqua, quando passano allo stato di vapore,
portano con loro una grande quantità di calore, determinando così un raffreddamento
per evaporazione con minima spesa a carico dei fluidi corporei.
 Elevata capacità termica: determina la sua resistenza ai cambiamenti di temperatura:
questa caratteristica contribuisce a mantenere costante la temperatura interna degli
organismi viventi.
 Densità superiore a quella del ghiaccio: gli ambienti acquatici nei climi freddi tendono
a congelare solo in superficie: i pesci possono sopravvivere nei laghi durante l’inverno,
al di sotto della superficie ghiacciata, l’acqua rimane allo stato liquido.
 Le molecole dell’acqua sono polari: non interagiscono con le molecole apolari:
fondamentale per la formazione delle membrane biologiche composte da molecole di
lipidi a basso PM, legati tra di loro non covalentemente (interazioni idrofobiche stabili
termodinamicamente).
 Elevata tensione superficiale: le molecole d’acqua si attraggono (coesione). Le molecole
che si trovano sulla superficie sono attratte da forze di coesione verso il basso. La
superficie si comporta come una membrana elastica tesa, a causa delle forze di
coesione tra molecole vicine: per aumentarne la superficie dobbiamo vincere le forze
elastiche che sono tangenziali alla superficie e perpendicolari al contorno.
o I detersivi e i saponi vengono aggiunti all’acqua per diminuire la sua tensione
superficiale e fare si che l’acqua si distribuisca meglio sulle superfici da lavare.
Sono sostanze che si miscelano all’acqua in maniera non omogenea,
addensandosi alla superficie: le molecole del tensioattivo si sostituiscono
gradatamente a quelle del solvente alla superficie. Mentre le molecole di
solvente hanno una forte coesione tra loro, quelle di tensioattivo hanno una
forza di adesione per il solvente più piccola, che risulta in una diminuzione della
tensione superficiale.
o Effetti biologici – surfactante polmonare: in un adulto normale le piccole sacche
d’aria nei polmoni (alveoli), si espandono e si contraggono mediamente 15000
volte al giorno. Il surfactante polmonare è un complesso tensioattivo
fosfolipoproteico. Esso riduce la tensione superficiale degli alveoli, permette
agli alveoli di riempirsi d’aria e previene il collasso degli alveoli durante
l’espirazione.
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MACROMOLECOLE BIOLOGICHE
Le molecole d’acqua allo stato liquido formano dinamicamente un alto numero di legami
idrogeno, in funzione della temperatura. L’introduzione di una molecola non polare nell’acqua
liquida crea una sorta di cavità nell’acqua, che temporaneamente rompe alcuni legami
idrogeno fra le molecole d’acqua, poiché un gruppo non polare non può né accettare né
donare legami idrogeno con le molecole d’acqua. Le molecole d’acqua spostate si riorientano
per formare il maggior numero di nuovi legami idrogeno, creando una struttura ordinata, una
specie di gabbia detta clatrato intorno alla molecola non polare.
Folding delle proteine: l’effetto idrofobico rappresenta un’interazione chiave per il folding
delle proteine, i cui residui con catene laterali idrofobiche si ripiegano verso l’interno della
proteina lasciando esposti al solvente in superficie residui polari.

SOLUZIONI
Soluzione: sistema fisicamente omogeneo (la sua composizione e le sue proprietà sono
uniformi in ogni parte del campione) costituito da due o più componenti, il solvente e il soluto.
Solvente: componente presente in maggior quantità . Può essere solido, liquido o gassoso.
Soluto: possono essere solidi, liquidi o gassosi.
Solo una quantità finita di un solido si scioglie in un dato volume di solvente, dando luogo ad
una soluzione satura.
Solubilità: quantità massima del soluto nella soluzione satura. Può essere spiegata sulla base
di due fattori:
1. Una naturale tendenza al disordine (fattore entropico).
2. Forze intermolecolari simili di attrazione tra le molecole delle due sostanze.
 Il simile scioglie il simile.
Composizione di una soluzione: indica le quantità relative dei componenti. È definita in modo
quantitativo mediante la concentrazione: quantità di soluto, espressa in unità di peso, di
volume o in moli, disciolto in un certo volume o peso di soluzione o di solvente puro.
Molarità (mol/l = M): numero di moli di soluto in 1 litro di soluzione.

PROPRIETÀ COLLIGATIVE DELLE SOLUZIONI

Proprietà colligative: proprietà delle soluzioni, indipendenti dalla natura del soluto ma che
dipendono soltanto dal numero delle particelle disciolte, non importa quali.

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  OSMOSI: è il movimento di un solvente attraverso una membrana semipermeabile
(consente il passaggio delle molecole di solvente e non di soluto) nella direzione che
tende ad eguagliare le concentrazioni di soluto ai due lati della membrana.
Pressione osmotica: forza da applicare per bloccare il movimento dell’acqua. L’acqua
va dove c’è più soluto, perché va a scioglierlo. Il fenomeno si ferma quando la pressione
idrostatica contrasta quella dall’altra parte. Lo stesso avviene nelle cellule.
Soluzione ipertonica: soluzione a maggiore concentrazione di soluto.
Soluzione ipotonica: soluzione a minore concentrazione di soluto.
Soluzioni isotoniche: due soluzioni che hanno la stessa concentrazione di soluti.

REAZIONI ALL’EQUILIBRIO
Reazione irreversibile: i reagenti si sono completamente trasformati nei prodotti.
Reazione reversibile: i reagenti non scompaiono del tutto e rimangono mescolati ai prodotti.
Non solo è possibile la reazione diretta dai reagenti ai prodotti, ma anche quella inversa di
prodotti ai reagenti.
L’equilibrio è dinamico: la reazione diretta e quella inversa continuano ad avvenire con velocità
uguali.

[C] c ∙[ D]d
Legge di azione di massa: K eq =
[ A ]a ∙[B] b
KC = costante di equilibrio.
Per una data reazione di equilibrio:
aA+bBcC+dD
Se KC è grande (K>1) l’equilibrio è spostato verso i prodotti, cioè nella miscela di equilibrio le
concentrazioni dei prodotti sono maggiori di quelle dei reagenti.
Se KC è piccola (K<1) l’equilibrio è spostato verso i reagenti.

PRINCIPIO DI LE CHATELIER-BRAUN (PRINCIPIO DELL’EQUILIBRIO MOBILE): quando un

sistema all’equilibrio chimico viene perturbato mediante una variazione delle condizioni di
reazione esso modifica la propria composizione all’equilibrio in modo da opporsi a tale
variazione.

EQUILIBRI IONICI IN SOLUZIONE ACQUOSA

Ionizzazione dell’acqua, degli acidi deboli e delle basi deboli.
L’acqua, anche se purissima, rivela una conducibilità elettrica piccola ma misurabile, che
indica la presenza di ioni. Infatti, una ridotta frazione di molecole di acqua è dissociata in ioni:
2H2O  H3O+ + OH-
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Autoionizzazione (autoprotolisi) dell’acqua: ionizzazione spontanea dell’acqua. Uno ione H +
(protone) in soluzione viene immediatamente idratato, generando uno ione idronio H 3O+

Costante di equilibrio della reazione di autoprotolisi dell’acqua:

'
K =¿ ¿
[H2O] = mol/litro 1 litro = 1000 grammi
1000 gr/MM (18 gr/litro) = 55,5 moli in un litro di acqua a 25°C
Keq [H2O] = [H+] [OH-]= (1.8 x 10-16 M) (55.5 M) = 1.0 x 10 -14 = Kw  PRODOTTO IONICO
DELL’ACQUA
Kw =[H+] [OH-]
[H+]=[OH-] = [H+] 2
[H+] = 1.0 X 10-14 M2 = 10-7 M
[H+]=[OH-] = 10-7 M
Soluzione neutra: Kw =[H+] [OH-] = 10-14  [H+]=[OH-] = 10-7 M
Soluzione acida: [H+] > [OH-]  [H+] > 10-7 M
Soluzione basica: [H+] < [OH-]  [H+] < 10-7 M

 se [H3O+] aumenta, [OH-] deve diminuire perché Kw è una costante.

 la concentrazione degli ioni H+ permette di valutare l’acidità o meno di una soluzione.

MISURA DEL pH
La concentrazione H3O+ misura l’acidità , che viene espressa come logaritmo negativo in base
10 della concentrazione degli ioni H3O+ : - log10 [H3O+] = pH
Per una soluzione di acqua pure, la [H+] = 10-7 M  pH = - log10-7= - (-7) = 7
pOH = - log10 [OH-]
pH + pOH = pKW = 14

ACIDI E BASI
Teoria di Arrhenius:
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  Un acido è una sostanza che, sciolta in acqua, provoca un aumento della
concentrazione degli ioni H+.
HCl  H+ + Cl-
 Una base è una sostanza che, sciolta in acqua, provoca un aumento della
concentrazione degli ioni OH-.
NaOH  Na+ + OH-

Teoria di Bronsted e Lowry: le reazioni acido-base sono considerate come reazioni di

trasferimento protonico.
 Un acido è una specie che dona un protone.
 Una base è una specie che accetta un protone.
 Specie che differiscono solo per un protone costituiscono una coppia coniugata acido-
base. Una reazione acido-base è quindi caratterizzata da due coppie coniugate acido-
base.
 L’acqua è una sostanza anfotera: si comporta da base in presenza di un acido e da
acido in presenza di una base.

FORZA DI ACIDI E BASI

 Acidi e basi forti: tendono a dissociarsi (ionizzarsi) completamente.
o Acidi più forti: perdono più facilmente i loro protoni.
o Basi più forti: accettano un protone più facilmente.
 Acidi e basi deboli: tendono a dissociarsi (ionizzarsi) solo parzialmente.
La capacità di ogni acido HA di perdere un protone e di formare la sua base coniugata A - è
definita dalla costante di equilibrio (Keq) della reazione reversibile.
HA  H+ + A-
K eq =¿ ¿

Ka = costante di dissociazione dell’acido.

Più un acido è forte (Keq elevata), maggiore è la tendenza a perdere il suo protone.
Gli acidi deboli sono quelli non completamente ionizzati in soluzione.

Nel corso delle attività cellulari, sono prodotte numerose sostanze a funzione acida ed altre ad
azione alcalinizzante, che provocherebbero notevoli variazioni di pH dei tessuti e del sangue
se non esistessero dei meccanismi capaci di opporsi a queste variazioni. Grazie all’esistenza di
questi meccanismi, il pH del sangue è mantenuto costante entro limiti assai ristretti: i valori
fisiologici del pH del sangue si trovano intorno a pH 7,4 con una variazione media tra polmoni
e tessuti di circa 0,2 unità di pH.
pH sangue = 7.35 – 7.45
se pH < 7.35  acidosi

9
se pH > 7.45  alcalosi
variazioni massime compatibili con la vita sono di circa 0,5 unità di pH.

TAMPONI – SOLUZIONI TAMPONE

Tamponi: sistemi acquosi che tendono a resistere a variazioni del loro pH quando vengono
aggiunte piccole quantità di acido (H+) o di base (OH-).
Sistema tampone: costituito da un acido debole (il donatore di protoni) e dalla sua base
coniugata (l’accettore di protoni).
Mescolando acido e base debole, i due equilibri saranno operativi insieme (sono in equilibrio
tra di loro).
 Se H+ vengono aggiunti a questa soluzione, l’equilibrio si sposta a destra, assorbendo
H+, così [H+] rimane invariata.
 Se H+ diminuiscono (es. aggiungendo OH-) allora l’equilibrio si sposta a destra,
rilasciando H+, così il pH rimane costante.

SISTEMI TAMPONE NEI FLUIDI CORPOREI

Fluidi intracellulari Fluidi extracellulari

Tampone fosfato tampone delle proteine tampone acido carbonico

Tampone dell’emoglobina Tampone degli aa tampone altre proteine plasmatiche

Sistemi tampone fisiologici: proteine plasmatiche (es. emoglobina).

MOLECOLE ORGANICHE BIOLOGICHE – LE GRANDI MOLECOLE

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Origine della vita: alcuni esperimenti hanno chiarito importanti passaggi dei processi che,
miliardi di anni fa, portarono alla formazione di composti organici complessi a partire da
semplici molecole inorganiche.
Nel 1953, Miller fornì il primo
sostegno sperimentale alla teoria
formulata nel 1924 dal biochimico
russo Aleksandr Oparin, secondo cui
le molecole organiche fondamentali
avrebbero potuto formarsi
spontaneamente dal “brodo
primordiale” presente sulla Terra
primordiale. Miller riuscì a dimostrare
la formazione di 14 amminoacidi, ma
analisi di spettrografia di massa
condotte nel 2008 sui suoi campioni
originali hanno mostrato che in realtà
gli amminoacidi che aveva ottenuto erano addirittura 22.

REAZIONI – come si formano le biomolecole

CONDENSAZIONE
Da monomeri a molecole.
Nella condensazione viene eliminata
acqua e successivamente tra due
monomeri si forma un legame covalente.

IDROLISI
Da molecole a monomeri.
Nell’idrolisi viene aggiunta acqua e viene
rotto un legame covalente tra due
monomeri.

AMMINOACIDI E PROTEINE
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Proteine: elementi strutturali e funzionali più importanti nei sistemi viventi, da cui dipende
qualsiasi processo vitale.
 Sono macromolecole costituite dall’unione di un grande numero di unità elementari:
gli amminoacidi.
 Sebbene in natura esistano più di 300 amminoacidi, soltanto 20 sono incorporati nelle
proteine dei mammiferi poiché sono gli unici codificati dal DNA.
 La caratteristica strutturale comune a tutte le proteine è di essere dei polimeri lineari
di amminoacidi.
 Ciascuna proteina ha una propria struttura tridimensionale che la rende capace di
svolgere specifiche funzioni biologiche.
Amminoacidi:
Gli uomini possono sintetizzare 11 amminoacidi. I restanti devono essere ottenuti con la dieta
(amminoacidi essenziali).
 Essenziali: 9 (Leucina, Isoleucina, Valina, Treonina, Triptofano, Fenilalanina, Lisina,
Metionina, Istidina).
 Non essenziali: 11.
 Struttura:

Gruppo Gruppo
amminico carbossilico

 Tutti gli amminoacidi (tranne la glicina) hanno l’atomo di carbonio  (carbonio

centrale) legato a quattro gruppi diversi, quindi è un centro chiralico o otticamente
attivo (asimmetrico).
 Gli amminoacidi che hanno un centro asimmetrico nel carbonio  possono esistere in
due forme speculari (D e L): stereoisomeri, isomeri ottici o enantiomeri.
 Le proteine contengono solo L-amminoacidi.
 Configurazione degli -amminoacidi: (proiezione di Fischer)

Serie L = NH2 a sinistra.

Serie D = NH2 a destra.

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Quando un amminoacido viene sciolto in H 2O diventa uno ione dipolare (zwitterione) che può
agire sia come acido (donatore di protoni) che come base (accettore di protoni). Le sostanze
che hanno questa doppia natura si definiscono anfotere o anfoliti.
Al pH fisiologico (valore attorno a 7,4) tutti gli amminoacidi hanno:
 Il gruppo carbossilico dissociato, si forma lo ione negativo
carbossilato (-COO-).
 Il gruppo amminico protonato (-NH3+).
Questa caratteristica conferisce agli amminoacidi le tipiche proprietà dei
Sali.

Nelle proteine quasi tutti i gruppi carbossilici e amminici degli amminoacidi sono uniti con
legami peptidici.
Oltre alla parte funzionale, comune a tutti, ogni amminoacido presenta un gruppo -R proprio.
La natura del gruppo -R conferisce proprietà diverse a ciascun amminoacido.
Ciò che determina il ruolo di un amminoacido in una proteina è la natura della catena laterale
(-R). Gli amminoacidi, infatti, possono essere classificati in base alle proprietà delle loro
catene laterali, considerando la loro polarità o non polarità al pH fisiologico e quindi la
tendenza ad interagire con l’acqua.
 Gli amminoacidi con catene laterali cariche, idrofiliche, sono generalmente esposti
sulla superficie delle proteine.
 I residui idrofobici, non polari, si trovano in genere all’interno delle proteine, protetti
dal contatto con l’acqua.

Proteine:
 Struttura: organizzata in 4 livelli gerarchici (struttura primaria, secondaria, terziaria,
quaternaria).

 Funzione: dipende dalla loro struttura primaria.

o Strutturale:
 Collagene: componenti di ossa, tendini, cartilagine (tessuto connettivo).
 Cheratina: pelle, capelli, unghie, corna, piume.
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  Elastina: tessuto connettivo elastico, legamenti.
 Fibrina: forma coaguli di sangue.
o Enzimi: proteine specializzate con attività catalitica.
 Enzimi idrolitici: tagliano polisaccaridi.
 Proteasi: proteine.
o Ormoni:
 Insulina: regola i livelli di glucosio nel sangue.
o Di trasporto: legano e trasportano specifiche molecole o ioni da un organo
all’altro.
 Emoglobina: trasporta O2 e CO2 nel sangue.
 Mioglobina: immagazzina O2 nel muscolo.
 Albumina del siero: trasporto di sostanze nutritive (acidi grassi) nel
sangue.
 Citocromo: trasporto di elettroni.
 Trasporto all’interno delle cellule: trasporto glucosio.
o Difesa contro i patogeni: difendono gli organismi dall’invasione da parte di altre
specie o li proteggono da eventuali danni.
 Anticorpi o immunoglobuline.
o Protezione:
 Fibrinogeno e Trombina: coinvolte nella coagulazione del sangue.
o Movimento:
 Actina e Miosina: contrazione muscolare (contrattili: conferiscono la
capacità di contrarsi alle cellule ed agli organismi, di cambiare forma e di
spostarsi nell’ambiente).
o Recettori:
 Rodopsina: recettore della luce nella retina.
o Deposito:
 Ferritina: immagazzina ferro nella milza.
o Di riserva: servono come nutrienti.
 Ovoalbumina: principale proteina del bianco dell’uovo.
 Caseina: principale proteina del latte.
 Ferritina: immagazzina il ferro necessario per la sintesi di emoglobina.
 Classificazione:
o Semplici: costituite solo da amminoacidi.
o Coniugate: alla proteina è legato un gruppo non proteico, indicato con il termine
di gruppo prostetico.
o Classificate anche in: glicoproteine, lipoproteine, nucleoproteine, emoproteine,
metallo proteine, fosfoproteine, flavoproteine.

 I 20 amminoacidi che si trovano

comunemente nelle proteine sono uniti
l’uno all’altro da legami peptidici.

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 o Vengono rotti con l’azione prolungata di acidi o basi concentrate. Gli enzimi
proteolitici sono in grado di rompere tali legami.
o È un legame rigido e planare: non è possibile la rotazione attorno al legame tra
il carbonio carbonilico e l’azoto del legame peptidico.
o I gruppi –C=O e -NH del legame peptidico non hanno una carica elettrica (a
differenza del gruppo -amminico all’estremità N-terminale ed -carbossilico al
C-terminale), ma sono polari e partecipano alla formazione di legami a
idrogeno.
 La sequenza lineare degli amminoacidi legati contiene l’informazione necessaria a
generare una proteina con una forma tridimensionale esclusiva.

STRUTTURA PRIMARIA:
 Riguarda la sequenza lineare degli amminoacidi.
 È una struttura covalente (legami peptidici).
 Per convenzione, la sequenza di un peptide viene indicata da sinistra a destra
(dall’estremità N-terminale alla C-terminale).

STRUTTURA SECONDARIA:
 L’N-H di un legame ammidico può formare un legame ad idrogeno con il C=O di un
altro.

 -elica:
o È una struttura in cui la catena polipeptidica è avvolta a spirale.
o Le catene laterali degli amminoacidi (-R) si protendono verso l’esterno rispetto
all’asse della spirale.
o L’-elica è stabilizzata dai legami idrogeno intracatena che si formano tra
l’ossigeno carbonilico di un legame peptidico e l’idrogeno ammidico di un
legame peptidico situato a 4 residui di distanza sulla catena.
o Gli amminoacidi con catene laterali (-R) voluminose o cariche possono
interferire con la formazione dell’-elica.
 Foglietto β:
o Le catene possono essere antiparallele o parallele.

15
 o La caratteristica forma globulare della maggior parte delle proteine è dovuta ai
numerosi cambiamenti di direzione della catena polipeptidica dovuti ad un
elemento strutturale: ripiegamento β. È formato da un legame a ponte di
idrogeno fra un CO del residuo n e l’NH del residuo n+3.
STRUTTURA TERZIARIA
 Avvolgimento spaziale di tutte le -eliche e le forme β.
 Risulta dall’interazione tra le catene laterali. Ha origine da interazioni tra gruppi che
possono essere anche molto lontani tra loro nella struttura primaria:
o Legami a idrogeno.
o Interazioni ioniche (salt bridge).
o Legami covalenti (ponti disolfuro).
o Interazioni idrofobiche tipo van der Waals.
 È stabilizzata da 4 tipi di interazioni:
o Interazioni idrofobiche: gli amminoacidi con catene laterali non polari tendono
a localizzarsi all’interno della molecola dove si associano con altri residui
idrofobici.
o Interazioni ioniche: i gruppi con carica negativa (-COO -) possono interagire con
gruppi carichi positivamente (-NH3+).
o Legami a idrogeno.
o Legami disolfuro.

STRUTTURA QUATERNARIA
Alcune proteine ad elevato peso molecolare esistono come aggregati costituiti da diverse
subunità e questi aggregati determinano la struttura quaternaria della proteina.
L’aggregazione serve a evitare alle parti non polari della superficie della proteina
l’esposizione all’ambiente acquoso della cellula. I legami sono gli stessi della struttura
terziaria.

16
MALATTIE
Alcune patologie derivano da proteine che non sono in grado di raggiungere la loro struttura
funzionale e che tendono a formare grossi aggregati (fibrille o forme amiloidi): Alzheimer,
Parkinson, encefalopatia spongiforme, diabete di tipo II.
In altri casi mutazioni puntiformi generano proteine che non raggiungono la loro locazione
finale o che non sono più in grado di svolgere la loro funzione perché incapaci di legare i loro
substrati.
Fibrosi cistica: difetto nella proteina transmembrana che agisce come un canale degli ioni
cloro nelle cellule epiteliali. La mutazione più comune è la delezione di un amminoacido e la
proteina mutata non si avvolge correttamente.

DENATURAZIONE DELLE PROTEINE

Quando le interazioni vengono meno, in presenza di elevate temperature, di pH non ottimale o
di detergenti, la struttura tridimensionale viene persa, così la proteina va incontro a
denaturazione, perdendo la sua attività biologica.
A volte è possibile la rinaturazione (riorganizzazione strutturale in una proteina funzionante),
tuttavia spesso la denaturazione è un processo irreversibile.
La denaturazione distrugge la struttura di una proteina (facendola passare da quaternaria a
terziaria o a secondaria o primaria), rompendo tutte le interazioni.

CARBOIDRATI
Cn(H2O)n
 Principali funzioni biologiche:
o Fonte di energia per gli organismi.

17
 o Elementi strutturali.
o Componenti degli acidi nucleici (ribosio, desossiribosio).
 Monosaccaridi:
o Sono poliidrossialdeidi o poliidrossichetoni.
o A seconda del numero di atomi di carbonio della molecola definiamo:
 Triosi.
 Pentosi: ribosio (DNA e RNA). 5 atomi di Carbonio.
 Esosi: glucosio (gruppo aldeico), galattosio, fruttosio (gruppo chetonico).
Hanno 5 gruppi OH e 6 atomi di Carbonio.

 Glucosio: deriva soprattutto da disaccaridi e amido.

 Galattosio: deriva essenzialmente dal disaccaride lattosio.
 Fruttosio: deriva dal disaccaride saccarosio.
o Sono composti polari.
o Il nostro organismo riconosce solo le forme D dei monosaccaridi:

o Forme alfa e forme beta: benché sia comune rappresentare i monosaccaridi con
una catena lineare, in ambiente acquoso avviene una reazione tra il gruppo
aldeidico del C1 e il gruppo ossidrilico del C 5, formando un composto a struttura
ciclica con un gruppo emiacetalico.

18
 Disaccaridi (oligosaccaridi): carboidrati costituiti dall’unione di due monosaccaridi
tenuti insieme da un legame covalente detto legame glicosidico. Il metabolismo di
tutte le cellule avviene grazie al glucosio.
o Maltosio = glucosio + glucosio (reaz. di condensazione (-H 2O)
o Lattosio = glucosio + galattosio
o Saccarosio = glucosio + fruttosio
 Polisaccaridi: voluminose molecole costituite dall’unione di numerose unità
monomeriche (monosaccaridi). I monomeri possono essere di un solo tipo
(omopolisaccaridi) o di più tipi (eteropolisaccaridi) e sono uniti mediante legami
glicosidici. Il monomero di partenza è sempre il glucosio.
o Amido:
 Biosintetizzato nelle piante.
 20 % Amilosio: catena lineare, legame  1-4.
 80% Amilopectina: polimero ramificato, legame  1-6.
o Glicogeno:
  glicoside ramificato.
 Polisaccaride riserva energetica per gli animali.
o Cellulosa:
 Polisaccaride strutturale delle piante.
 Catena lineare, legami β1-4

19
LIPIDI
 Classe di sostanze organiche, molto eterogenee da un punto di vista chimico,
caratterizzate da:
o Solubilità in acqua molto scarsa o nulla e solubili invece nei solventi organici.
o Dimensioni molecolari modeste rispetto a proteine, acidi nucleici e
polisaccaridi.
 Funzioni:
o Fonte di energia per l’organismo (principale riserva energetica).
o Funzione strutturale e metabolica (veicolano vitamine liposolubili, apportano
acidi grassi essenziali).
o Sono ormoni e messaggeri intracellulari.

LIPIDI DI RISERVA
 Gli acidi grassi sono derivati degli idrocarburi.
 I triacilgliceroli sono esteri degli acidi grassi (hanno almeno 4 atomi di Carbonio), li
ingeriamo come trigliceridi.
 I triacilgliceroli sono una riserva energetica e fungono da isolamento termico.
 Legame estere, si rompe con reazione di idrolisi.

GRASSI O TRIACILGLICEROLI
 I trigliceridi (o triacilgliceroli) sono composti da tre acidi grassi, ognuno legato con
un legame estere a uno dei gruppi ossidrilici di una molecola di glicerolo.
 Sono insolubili in acqua.
 Possono essere semplici o misti.
 Utilizzati quasi universalmente come riserva energetica dagli organismi viventi.
 Sono composti derivati dagli acidi grassi.

ACIDI GRASSI
 Struttura generale: R-COOH
 Sono acidi carbossilici con una catena idrocarburica compresa tra 4 e 36 atomi di
carbonio.
 I più comuni hanno 12-24 C
 Acidi grassi saturi: sono quelli che non contengono doppi legami.
 Acidi grassi insaturi: sono quelli che contengono uno o più doppi legami in
configurazione cis.
 Il gruppo carbossilico è polare e ionizzato a pH neutro.
GRASSI E OLI
 Per la presenza dei doppi legami cis, gli acidi grassi insaturi sono flessibili, cioè si
compattano (tra di loro e/o con gli acidi grassi saturi) meno strettamente che con gli
acidi grassi saturi.

20
Vantaggio nell’usare i trigliceridi come depositi energetici:
 Rendono una quantità di energia due volte più grande di quella liberata da una pari
quantità di carboidrati.
 Essendo idrofobici non sono idratati: l’organismo non deve trasportare un peso
extra di acqua.

LIPIDI STRUTTURALI
 Fosfolipidi:
 Sono molecole anfipatiche: contengono regioni
polari (o cariche) e regioni non polari.
 Sono i principali costituenti delle membrane
cellulari.
 In ambiente acquoso si organizzano in
aggregati (micella, liposoma, doppio strato).

 Steroidi:
 Lipidi caratterizzati da uno scheletro carbonioso costituito da quattro anelli
fusi.
 Lo steroide più abbondante nei tessuti animali è il colesterolo.
 Colesterolo:
o Componente delle membrane cellulari.
o Precursore di importanti molecole biologiche: ormoni e acidi biliari.
o Vitamina D2: può essere prodotta nella cute per azione delle radiazioni
ultraviolette su un derivato del colesterolo.
o Cortisolo: ormone secreto dalle ghiandole surrenali.
21
 o Testosterone: ormone sessuale maschile.

NUCLEOTIDI E ACIDI NUCLEICI (DNA e RNA)

Portatori chimici dell’informazione genetica della cellula.
ACIDI NUCLEICI:
 Sono macromolecole a catena lineare isolate per la prima volta dai nuclei delle cellule.
 L’idrolisi completa di un acido nucleico fornisce una miscela di:
o Basi eterocicliche (quattro basi azotate).
 Purine: 2 anelli condensati 
Adenina, Guanina.
 Pirimidine: 1 anello  citosina,
uracile (RNA) e timina (DNA).

o Acido fosforico.
o Uno zucchero (Desossiribosio nel DNA e Ribosio nell’RNA).
 Nucleoside: zucchero Ribosio legato a una base attraverso un legame β-glicosidico.
 Nucleotide: base, zucchero, fosfato.
o Unità strutturali degli acidi nucleici.
o Deposito di energia delle reazioni di trasferimento di fosfato (ATP-GTP).
o Mediatore di processi cellulari (cAMP).
o Parte di coenzimi (NADH, FAD, CoA).
o Intermedi di reazioni sintetiche.
 Acidi nucleici: polimeri di nucleotidi attraverso legame tra 5’ e 3’.

22
ENZIMI
LE REAZIONI CHIMICHE
Reazione chimica: processo in cui alcune specie chimiche, chiamate reagenti, interagiscono
tra loro e si trasformano in altre specie chimiche, chiamate prodotti. Sono processi in cui si ha
rottura e formazione di legami chimici con modificazione della composizione chimica delle
sostanze che vi partecipano.
Studio delle reazioni chimiche:
 Aspetto stechiometrico: trovare le relazioni quantitative tra le sostanze coinvolte
nella reazione.
 Aspetto cinetico: stabilire in quanto tempo avviene la reazione.
 Aspetto termodinamico: stabilire in quali condizioni di temperatura, pressione, ecc.
può avvenire la reazione.

TEORIA DELLE COLLISIONI:

Quando descriviamo la generica reazione: A + B  C + D, dobbiamo immaginare che le
molecole A e B si incontrino, anzi si urtino trasferendo energia.
Urto efficace:
 Le molecole dei reagenti devono urtarsi per reagire fra loro e dare prodotti. Maggiore è
la frequenza degli urti e maggiore è la probabilità che le molecole possano reagire fra
loro.
 Le molecole dei reagenti si trasformano nei prodotti solo se gli urti avvengono in
posizioni favorevoli, cioè quelle adatte a trasformare i reagenti in prodotti.
 L’urto deve avere un’energia sufficiente (energia di attivazione – Ea).
 L’urto deve avvenire secondo un’orientazione opportuna.
Tra i reagenti (stadio iniziale della reazione) ed i
prodotti (stadio finale) c’è uno stadio intermedio
(complesso attivato) che ha energia maggiore dei
reagenti e dei prodotti. In questo stadio intermedio
le molecole dei reagenti che si sono urtate in
posizione favorevole e con sufficiente energia sono
in uno stadio di trasformazione intermedio fra i
reagenti ed i prodotti.
Complesso attivato:
 È uno stadio intermedio che può esistere per pochissimo tempo (labile).
 Si trova a valori di energia superiori ai prodotti ed ai reagenti (energia di attivazione).
 Alcuni atomi del complesso non rispettano la valenza che normalmente possiamo
attribuire loro.

23
  Il complesso può evolversi verso i prodotti ma, nel caso di reazioni reversibili, anche
tornare verso i reagenti.

Velocità di reazione e temperatura: poiché con l’aumentare della temperatura aumenta la

percentuale di molecole che hanno Ecin > Eatt, di conseguenza aumenterà la velocità di reazione.
Velocità di reazione e concentrazione: l’aumento della concentrazione dei reagenti fa
aumentare la frequenza degli urti e la velocità della reazione. Tuttavia, solo una piccola
percentuale degli urti trasforma effettivamente i reagenti nei prodotti.

CATALISI E CATALIZZATORI
Catalisi: è il mezzo per aumentare la velocità di reazione.
Catalizzatori: sostanze che, messe a contatto coi reagenti, fanno aumentare la velocità di
reazione abbassandone l’energia di attivazione.
 Partecipano alla reazione ma non sono
indicati nell’equazione chimica:
compaiono prima e dopo la reazione
come se non avessero partecipato e
quindi non possono essere indicati.
 Svolgono la loro funzione efficacemente
anche in piccole quantità , poiché
vengono riciclati.

24
  Non prendono parte alla reazione, ma cambiano l’energia dello stato di transizione.
ENZIMI
 Sono catalizzatori biologici: abbassano l’Energia di attivazione favorendo lo stato di
transizione. Inoltre, tolgono l’acqua dal substrato (desolvatazione) e orientano
correttamente le molecole per la formazione del complesso attivato.
 Permettono alle cellule di esercitare controllo cinetico sulle potenzialità
termodinamiche.
 Esercitano funzioni metaboliche.
 Sono proteine molto grasse.
 Permettono di fare avvenire le reazioni chimiche nei sistemi biologici.
 Sono in grado di fare avvenire le reazioni velocemente (fino a 10 16 volte).
 Hanno un’alta efficienza.
 Sono specifici per pochissimi tipi di molecole (substrati).
o Riconoscono selettivamente i giusti substrati rispetto ad altre molecole.
o Producono prodotti con altissime rese (spesso più alte del 95%).
o La specificità è controllata dalla struttura.
o L’adattamento unico del substrato con l’enzima controlla la selettività per il
substrato e la resa del prodotto.
 Regolabilità : l’attività enzimatica è regolata da specifici effettori e da variazioni
chimico-fisiche del mezzo in cui opera l’enzima.
 Ottimizzano la resa:
o Svolgono solo le reazioni necessarie.
o Impediscono reazioni indesiderate (specificità di substrato).
o Portano a termine le reazioni in tempi brevi.
o Sono indipendenti dall’ambiente (temperatura, pressione).
o Riutilizzo della stessa “macchina” per molte volte.
 Minimizzano gli sprechi:
o Non producono sottoprodotti (specificità di reazione).
o Minimizzano il dispendio energetico.
 Gli enzimi modificano solo la velocità della reazione e non gli equilibri.

 2 possibili modelli:
o Modello chiave-serratura: il sito attivo dell’enzima libero ha una forma
complementare a quella del substrato.
25
 o Modello dell’andamento indotto: l’enzima cambia forma in seguito al legame
con il substrato. Il sito attivo ha forma complementare al substrato solo dopo il
legame del substrato stesso.
CINETICA ENZIMATICA

La velocità di formazione del prodotto è tanto maggiore quanto:

 Maggiore è la concentrazione del substrato.
 Maggiore è l’affinità tra enzima e substrato.
 Maggiore è la velocità di dissociazione del complesso enzima-substrato.

26
FATTORI CHE INFLUENZANO LA VELOCITÀ DI UNA REAZIONE CATALIZZATA DA UN
ENZIMA:
 Condizioni ambientali:
o Alte temperature sono estremamente dannose, perché possono denaturare gli
enzimi: se maggiore di 50° si ha denaturazione degli enzimi; se minore di 37° le
molecole non possiedono l’energia sufficiente per superare la barriera
dell’energia di attivazione (anche se catalizzate).
o pH: deve essere tra 6 e 8.
 Ciascun enzima ha un pH ottimale al quale la reazione è catalizzata con la
massima efficienza. In genere rispecchia quello dell’ambiente in cui
l’enzima svolge normalmente le sue funzioni.
 La concentrazione degli H+ (pH) influenza l’attività enzimatica
modificando la geometria del sito attivo e la distribuzione delle cariche
elettriche dei gruppi coinvolti nel legame del substrato o nel processo
catalitico stesso.
 Valori di pH estremi possono anche provocare la denaturazione
dell’enzima.
 Cofattori e coenzimi:
o Sono molecole organiche, spesso derivate da vitamine.
o Per diventare coenzima, la vitamina subisce delle trasformazioni che vanno
dalla semplice fosforilazione (uno dei casi più comuni) a trasformazioni più
complesse.
o Sono a volte necessarie per l’attività dell’enzima.
o Agiscono da ossidanti e da riducenti e attivano i gruppi funzionali per ulteriori
reazioni.
 Regolazione enzimatica:
o Cambio conformazionale: in molte molecole proteiche, cambiamenti strutturali
possono determinare profondi cambiamenti nella funzione o nell’attività .
o Regolazione dell’attività enzimatica  enzimi regolatori: determinano la
velocità complessiva della sequenza metabolica, controllando la quantità di
sostanze che devono essere trasformate in una via metabolica (catalizza la
reazione più lenta).
 Enzimi allosterici: proteine che contengono due o più siti di legame
topologicamente distinti che interagiscono in modo funzionale l’uno con
l’altro.
o Agiscono mediante il legame reversibile di un metabolita
chiamato modulatore.
o Sono formati da più subunità (struttura quaternaria).
o In genere catalizzano una reazione limitante di una vita
biochimica (cioè la tappa che ne determina la velocità ).
o In genere l’enzima allosterico è il primo della via metabolica.
o Sono regolati da molecole chiamate effettori o modulatori, che si
legano in modo non covalente in un sito diverso dal sito attivo.
o I siti regolatori a cui si legano gli effettori possono trovarsi su una
subunità diversa da quella che ha attività catalitica.
27
 Effettore allosterico: molecole che interagisce in siti lontani dal sito
attivo di un enzima.
o Effettori positivi: fanno aumentare l’attività dell’enzima.
o Effettori negativi: inibiscono l’attività di un enzima.
 Enzimi regolati mediante modificazioni covalenti reversibili.
o Funzioni dell’enzima:
 Accelerare le reazioni.
 Controllare e regolare i processi metabolici  inibizione enzimatica.
o Reversibili: agiscono con modalità che consentono all’enzima di
recuperare la propria funzionalità biologica.
 Inibizione competitiva: si verifica quando l’enzima viene a
contatto con un composto strutturalmente simile al
substrato naturale. Un inibitore competitivo è una sostanza
che si lega all’enzima libero, impedendo così la formazione
del complesso enzima-substrato.
 Inibizione non competitiva: l’inibitore si lega
reversibilmente all’enzima ma non in corrispondenza del
sito catalitico. Modifica la struttura secondaria e terziaria
dell’enzima e quindi anche quella del sito attivo, rendendo
difficile la formazione del complesso enzima-substrato.
Non viene modificata dall’aumento della concentrazione
del substrato.
o Irreversibili:
 Si legano con un legame covalente ad un residuo di un
amminoacido presente nel sito attivo.
 Si modifica in modo irreversibile la forma del sito attivo e
la conformazione della molecola enzimatica.
 L’attività dell’enzima si annulla.
Inibitore enzimatico: molecola che impedisce all’enzima di funzionare correttamente.

28
BIOENERGETICA
Bioenergetica: utilizzazione e conversione dell’energia ad opera dei sistemi viventi:
 Metabolismo: reazioni che si svolgono nelle cellule.
 Energia libera.
 Composti ad “alta energia”.
 Ossidazione, riduzione e trasferimento energetico.
Gli organismi viventi richiedono un continuo apporto di energia per favorire tre processi
biologici:
1. Produzione di lavoro meccanico durante la contrazione muscolare e i movimenti
cellulari.
2. Sintesi di macromolecole e di altre biomolecole a partire da precursori più semplici.
3. Trasporto attivo di molecole e ioni.
 l’energia libera utilizzata in questi processi viene ricavata dall’ambiente circostante.
 Organismi fototrofi (fotosintetici): ottengono l’energia sfruttando l’intrappolamento
della luce solare.
 Organismi chemiotrofi: ottengono l’energia attraverso l’ossidazione di combustibili
carboniosi (gli animali sono chemiotrofi).
Il motore che muove tutti i cicli vitali è l’energia proveniente dalla luce solare.
Fotosintesi e respirazione sono processi complementari nel mondo vivente.
Energia: grandezza fisica che esprime l’attitudine di un corpo o di un sistema di corpi a
compiere lavoro. È un fattore in grado di cambiare, potenzialmente o effettivamente, lo stato
iniziale di un qualsiasi corpo o sistema.
Gli esseri viventi possono essere considerati dei sistemi biologici dinamici, cioè passano
continuamente da uno stato energetico ad un altro.
La quantità di lavoro che gli esseri viventi devono compiere per rimanere in vita determina le
loro esigenze energetiche.

FLUSSO DI ENERGIA NEGLI ORGANISMI VIVENTI

 Le sostanze nutrienti vengono degradate e le grandi macromolecole vengono costruite
in una serie di reazioni dette vie metaboliche.
 Una molecola comune a tutte le forme di vita, l’ATP, mette in collegamento la via di
rilascio di energia con la via di richiesta di energia.
 L’ossidazione dei combustibili carboniosi fornisce l’energia necessaria alla formazione
dell’ATP.

29
  Le vie metaboliche sono numerose ma molte hanno in comune un certo numero di tipi
di reazioni e intermedi.
 Le vie metaboliche sono finemente regolate.

Energetica biochimica: si occupa dell’energia chimica, cioè l’energia potenziale

immagazzinata nei legami delle molecole dei nutrienti.
Termodinamica chimica: studia le variazioni di energia che intervengono nelle reazioni
chimiche quando si rompono i legami presenti nei reagenti e si formano i nuovi legami nei
prodotti.
Scopi:
 Individuare un criterio per prevedere se, per una generica reazione i prodotti si
trasformano spontaneamente in prodotti.
 Individuare un criterio per poter determinare la costante di equilibrio di una
reazione chimica.
Nello studio di un fenomeno, si cerca di
isolare la ‘zona di spazio’ dove avviene il
fenomeno da quello che la circoda.
Sistema termodinamico: porzione di
materia oggetto dello studio.
Organismo: sistema aperto ad elevata
energia interna che interagisce con
l’ambiente scambiando materia ed energia.
Sistema isolato: non può scambiare né
materia né energia con l’ambiente esterno.
Sistema chiuso: può scambiare con
l’ambiente energia ma non materia.
Sistema aperto: può scambiare sia materia
sia energia con l’ambiente esterno.
Lo stato di un sistema è definito dalle sue proprietà : le proprietà di un sistema si definiscono
funzioni di stato. Le funzioni di stato hanno la caratteristica di essere indipendenti dal
“percorso” attraverso il quale un determinato stato è stato raggiunto.
 le loro variazioni sono esattamente definite dalla differenza fra il valore che hanno nello
stato finale e quello che hanno nello stato iniziale.

30
TERMODINAMICA
Qualsiasi processo che avviene in natura è regolato dalle leggi della termodinamica:
Prima legge della termodinamica (principio di conservazione dell’energia): in qualsiasi
modificazione chimica o fisica, la quantità totale di energia dell’universo resta costante;
l’energia può cambiare forma o essere trasferita da una zona ad un’altra, ma non può essere
né creata né distrutta.
 La prima legge definisce un principio di conservazione dell’energia (sistema + ambiente),
ma non fornisce nessuna informazione sulla direzione che spontaneamente i processi
prendono.
Principio della termodinamica: in una trasformazione spontanea l’Entropia totale del
sistema e dell’ambiente aumenta (in ogni processo naturale l’Entropia dell’Universo
aumenta).
Entropia (S): funzione di stato di un sistema la cui variazione, in una trasformazione che porti
il sistema da uno stato iniziale A ad uno finale B, viene calcolata sommando le quantità di
calore scambiate dal sistema in una qualsiasi trasformazione reversibile che vada da A a B,
divise rispettivamente per le temperature assolute delle sorgenti con cui si scambia calore. Si
misura in joule per grado Kelvin.
Seconda legge della termodinamica: l’entropia dell’universo aumenta durante tutti i
processi chimici e fisici.
Gli organismi viventi sono costituiti da un insieme di molecole in genere più organizzate di
quelle dell’ambiente circostante, quindi contengono e producono ordine. Apparentemente gli
esseri viventi sfuggono al secondo principio della termodinamica ma ciò , oltre a essere
impossibile, non è vero. Essi riescono a mantenere l’ordine interno e quindi entropia negativa,
rilasciando nell’ambiente fattori entropici che compensano ampiamente l’ordine interno ed in
modo che l’entropia ambiente-sistema cellula sia > 0.
Energia libera di Gibbs:
Il primo e il secondo principio stabiliscono due tendenze della natura: la tendenza ad
assumere un valore minimo dell’energia interna U e la tendenza ad assumere la
conformazione di massimo disordine e cioè il massimo valore di Entropia S.
Queste due tendenze, accoppiate con la T del sistema, permettono di definire una nuova
funzione di stato, capace di indicarci in quale direzione evolverà il sistema: Energia libera di
Gibbs (G): G = H - TS
G = variazione energia libera del sistema.
H = cambio di entalpia (calore assorbito o ceduto da una reazione a pressione costante).
S = variazione di entropia.
31
T = temperatura.
 È la grandezza termodinamica che indica la spontaneità di una reazione chimica. È la
grandezza termodinamica più utile per lo studio del metabolismo cellulare.
 G rappresenta la quantità massima di energia ottenibile da una reazione chimica.
Tiene conto del calore liberato e dell’entropia (disordine).
o Fornisce la direzione del processo.
o Fornisce il massimo lavoro utilizzabile dal processo.
o È indipendente dalla “strada” percorsa dai reagenti per diventare prodotti.
o Non fornisce informazioni sulla velocità della reazione.
 Il termine spontanea ci dice che una reazione può avvenire, non che effettivamente
avverrà .
Se G < 0  reazione esoergonica: può avvenire spontaneamente.
Se G = 0  il sistema è all’equilibrio: non c’è variazione netta di reagenti e prodotti.
Se G > 0  reazione endoergonica: non può avvenire spontaneamente.
Per avere reazioni consecutive in serie i valori di G sono additivi.

Reazioni sfavorevoli: reazioni necessarie al metabolismo che hanno G positivo.

Reazioni sfavorevoli:
 Idrolisi di ATP (adenosina trifosfato).
 Conformazione di proteine attivate.
 Gradienti ionici attraverso le membrane.
Accoppiamento: una reazione termodinamicamente sfavorevole può essere guidata da una
termodinamicamente favorevole mediante accoppiamento.
Quando due reazioni sono accoppiate è sufficiente che la somma dei G sia < 0.
Quindi reazioni non spontanee possono essere accoppiate a reazioni spontanee.
32
VITA E REAZIONI SPONTANEE
Negli esseri viventi avvengono milioni di reazioni non spontanee, grazie all’ATP.
 La reazione di idrolisi ATP  ADP è spontanea.
 Quando il corpo ha bisogno di energia accoppia l’idrolisi dell’ATP con la reazione
desiderata (e un enzima opportuno).
 Il metabolismo del glucosio ritrasforma ADP in ATP, che viene immagazzinato.

IL CICLO DELL’ATP
1. ATP – composto ad alto livello energetico.
2. ADP – composto a basso livello energetico.
3. La conversione di ADP ad ATP è chiamata
fosforilazione e richiede energia.
4. La conversione di ATP ad ADP è chiamata
defosforilazione e rilascia energia.
La repulsione tra le cariche è maggiore in ATP
che in ADP, per questo si liberà così tanta
energia.
L’energia delle molecole nutritizie viene liberata
in parte come calore e in parte recuperata sotto forma di ATP.

SINTESI DELL’ATP

33
METABOLISMO
Metabolismo: studia le reazioni nelle cellule e come queste vengono regolate e controllate;
come le cellule acquisiscono, trasformano, immagazzinano ed utilizzano energia.
Il metabolismo cellulare è organizzato in vie metaboliche.
Via metabolica: sequenza di reazioni chimiche catalizzate da specifici enzimi e con una
comune organizzazione spaziale in cui il prodotto della prima reazione è il reagente della
seconda ecc.
A  B  C  ………  Z
Intermedi
Metabolismo: rete altamente integrata di reazioni chimiche che avvengono in una cellula o in
un organismo in cui cooperano molti sistemi multienzimatici per rendere possibili due
processi fondamentali:
1. Estrarre energia e potere riducente dall’ambiente.
2. Sintetizzare prima i precursori delle macromolecole biologiche e poi le macromolecole
stesse.
La possibilità che una reazione si svolga in un sistema biologico dipende:
1. Dalla sua rilevanza o utilità in un particolare sistema metabolico.
34
 2. Dalla velocità con cui deve svolgersi.
Le reazioni che si svolgono nella cellula rappresentano un meccanismo che l’evoluzione ha
messo in atto per poter eludere reazioni impossibili, cioè reazioni troppo lente per poter
fornire un contributo al funzionamento della cellula, anche in presenza di enzimi.
Nelle cellule si svolgono migliaia di reazioni, ma i tipi principali di reazioni sono relativamente
pochi.
Le reazioni biochimiche sono caratterizzate da meccanismi classici di chimica organica.
La maggior parte delle reazioni che si svolgono nella cellula appartiene ad una delle seguenti
categorie generali:
 Reazioni che formano o spezzano un legame C-C.
 Riarrangiamenti interni, isomerizzazioni ed eliminazioni.
 Reazioni che implicano la formazione di radicali liberi.
 Trasferimenti di gruppi chimici.
 Ossidoriduzioni.
I processi metabolici sono regolati in tre modi:
 Attraverso il controllo della quantità degli enzimi: bilancio tra velocità di sintesi e
velocità di degradazione. Principalmente tramite la regolazione della velocità di
trascrizione del gene che li codifica.
 Attraverso il controllo dell’attività catalitica: regolazione enzimatica (allosterica,
modificazione covalente, mediata da ormoni).
 Attraverso il controllo della disponibilità dei substrati: importante la
compartimentalizzazione e il controllo del flusso dei substrati da un comparto all’altro
della cellula.
Le cellule depositano ed utilizzano energia sotto forma di ATP: l’ATP è il “motore” di
numerose reazioni cellulari e serve a:
 Attivazione dei substrati: es. fosforilazione del glucosio, attivazione degli amminoacidi.
 Ripiegamento delle proteine.
 Mantenimento del gradiente di concentrazione di ioni e substrati ai due lati della
membrana: es. pompa sodio-potassio.
 Contrazione.

Substrati: sostanze che entrano nelle reazioni.

Intermedi: composti diversi dai reagenti che verranno convertiti in prodotti.
Enzimi: catalizzatori delle reazioni.
Cofattori e coenzimi: contribuiscono alle reazioni metaboliche.
Trasportatori energetici: es. ATP.
Prodotti finali: risultati delle reazioni.

35
Principi delle vie metaboliche:
 Le trasformazioni chimiche più complesse non si verificano in una sola reazione ma in
più reazioni.
 Ogni reazione è catalizzata da uno specifico enzima.
 Le vie metaboliche sono compartimentate.
 Le vie metaboliche sono regolate dall’attività di enzimi chiave.

Nella cellula le vie metaboliche hanno localizzazioni specifiche:

 Vantaggio: compartimentalizzazione di vie metaboliche opposte e di attività
enzimatiche “antagoniste”.
 Svantaggio: necessità di trasportatori attraverso le membrane che delimitano i
compartimenti cellulari.

Il metabolismo si può suddividere in:

 Anabolismo: comprende tutti i processi che usano energia per far accrescere,
mantenere e riparare la cellula. È un processo divergente.
o Biosintesi di composti complessi da molecole (ossidate) semplici.
o L’energia necessaria viene fornita dall’idrolisi dell’ATP.
o Gli elettroni necessari per far avvenire queste reazioni provengono
dall’ossidazione del NADH a NAD+.
 Catabolismo: comprende tutti i processi in cui vengono demolite delle sostanze per
liberare energia. È un processo convergente.
o Ossidazione di sostanze nutrienti complesse a dare composti ossidati semplici.
o Questi processi producono energia e sono accoppiati alla formazione di ATP.
o Questi processi ossidativi producono elettroni che vengono utilizzati per la
riduzione del NAD+ a NADH. Il NADH così prodotto può essere utilizzato per
generare ATP dall’ADP.
I processi anabolici e catabolici avvengono costantemente.
Le sostanze alimentari che costituiscono il nostro nutrimento si dividono in tre categorie
principali: carboidrati, grassi e proteine.
Metabolismo del glucosio: ATP + C6H12O6 + 6O2  6CO2 + 6H2O
Ogni trasferimento di elettroni è associato ad un trasferimento di protoni H+.
36
METABOLISMO ENERGETICO
Ossidazione, riduzione e trasferimento energetico: durante la demolizione dei nutrienti
(molecole organiche complesse) aumenta l’entropia e viene rilasciata energia libera.
Ossidazioni biologiche: un aspetto centrale del metabolismo è il trasferimento di elettroni tra
molecole diverse.
Ossidoriduzioni nel metabolismo:
 Un flusso di elettroni produce lavoro (es. motore elettrico alimentato da una batteria).
 Batteria: contiene due specie chimiche aventi affinità diverse per gli elettroni e
collegate da un circuito.
 La forza che fa muovere gli elettroni (forza elettromotrice) è proporzionale alla
differenza di affinità per gli elettroni delle specie chimiche.
 Durante l’ossidazione gli elettroni vengono rilasciati e attraverso piccole tappe
vengono raccolti dall’O2, l’accettore finale (prende gli elettroni e diventa acqua).
Forme di trasferimento di elettroni: in biochimica spesso deidrogenazione (deidrogenasi) è
sinonimo di ossidazione:
 Molte reazioni redox ioni avvengono infatti per trasferimento di atomi di H o ioni
idruro.

37
  I coenzimi raccolgono gli elettroni rilasciati dal catabolismo e li mettono a disposizione
delle reazioni anaboliche.
Coenzimi trasportatori di elettroni:
 Durante le riduzioni, i coenzimi accettano atomi di idrogeno.
 Durante le ossidazioni, i coenzimi rimuovono atomi di idrogeno.
 FAD: flavin adenina dinucleotide.
 NAD+: nicotinamide adenine dinucleotide.
 I coenzimi raccolgono gli elettroni rilasciati dal catabolismo.
 Il catabolismo è ossidativo: i substrati perdono equivalenti riducenti, di solito ioni H -.
 L’anabolismo è riduttivo: NADPH fornisce il potere riducente (elettroni).

NAD+ + 2e- + 2H+  NADH + H+

38
FAD + 2e- + 2H+  FADH2

ossidazione

Respirazione cellulare: C6H12O6 + 6O2  6CO2 + 6H2O

riduzione

+ energia
 Ciclo di Krebs + fosforilazione ossidativa = respirazione cellulare (ciclo di Krebs nella
matrice mitocondriale formazione di NADH e FADH 2, fosforilazione nella membrana interna
mitocondriale, passaggio di energia all’ATP da parte di queste molecole).
Respirazione aerobica: il più comune combustibile delle cellule è il glucosio. Le cellule
ottengono energia dal glucosio attraverso reazioni di ossidazione, attraverso una serie di vie
metaboliche. Avviene in quattro stadi:
1. Glicolisi (citoplasma): degrada il glucosio ad acido piruvico. Reazione catabolica,
degrada sostanze organiche nel citoplasma.
Glucosio + 2ADP + 2NAD+ + 2Pi  2Piruvato + 2ATP + 2NADH + 2H+
 Avviene nel citoplasma delle cellule.
 Produce una piccola quantità di energia e non genera CO2.
 Dopo 10 reazioni il prodotto finale sono due molecole di piruvato.
 Il glucosio arriva dal sangue per demolizione di polisaccaridi superiori.
 Viene demolito nel citoplasma ad opera di 10 enzimi nella via glicolitica.
39
 Per ogni molecola di glucosio ossidata a piruvato si forano 2ATP e si riducono 2
NAD+ a NADH + H+.
 Due stadi della glicolisi: reazioni di investimento energetico e reazioni che
liberano energia.
 Il piruvato che si forma può subire l’ossidazione aerobica o entrare nelle
fermentazioni anaerobiche.
1) Fase preparatoria (reazioni di investimento energetico): fosforilazione
del glucosio e sua conversione a gliceraldeide 3-fosfato.

2) Fase di recupero energetico (reazioni che liberano energia): conversione

della gliceraldeide 3-fosfato in piruvato con formazione di ATP e NADH.

40
2. Formazione dell’acetil CoA (matrice mitocondriale):
l’acido piruvico passa nella matrice del mitocondrio,
attraverso le sue membrane (esterna e interna) e viene
trasformato in acetilcoenzima A (acetil-CoA) + CO 2 +
NADH.
Piruvato deidrogenasi: complesso enzimatico legato alla
membrana mitocondriale, catalizza la formazione di
Acetil CoA.

3. Ciclo dell’acido citrico / Ciclo di Krebs / Ciclo degli acidi tricarbossilici (matrice
mitocondriale): reazione catabolica, completa la degradazione di sostanze organiche.

41
 Una serie di 8 reazioni che:
o Funziona solo in condizione aerobiche.
o Gli enzimi sono localizzati nella matrice o membrana mitocondriale
interna.
o Fornisce coenzimi ridotti e ATP.
 È un ciclo metabolico di importanza fondamentale in tutte le cellule aerobie
(che utilizzano ossigeno nel processo della respirazione cellulare).
 È l’anello di congiunzione delle vie metaboliche responsabili della degradazione
(catabolismo) dei carboidrati, dei grassi e delle proteine in anidride carbonica e
acqua con la formazione di energia chimica.
 Il ciclo di Krebs fornisce inoltre anche molti precursori per la produzione di
alcuni amminoacidi quali -chetoglutarato e ossalacetato.
 È una via metabolica che partecipa sia a processi catabolici sia anabolici.
 Il ciclo è deputato alla demolizione di acetil-CoA in CO2.
 Quattro delle reazioni che lo compongono sono catalizzate da ossido-reduttasi,
tre delle quali sono NAD-dipendenti e una è FAD-dipendente.
 Le quattro reazioni di ossido-riduzione producono: 3NADH + H + e 1FADH2, la
cui riossidazione darà luogo in catena respiratoria alla sintesi di ATP.
 Il ciclo è funzionale alla fosforilazione ossidativa (trasporto di elettroni).
 La respirazione cellulare estrae energia da NADH e FADH 2, producendo NAD+ e
FAD, che tornano al ciclo di Krebs sostenendolo.
 Il ciclo di Krebs non usa ossigeno, che è invece utilizzato nella fosforilazione
ossidativa.

42
4. Sistema di trasporto degli elettroni (membrana mitocondriale interna) e fosforilazione
ossidativa: trasferimento di elettroni di solito dal NADH, con formazione finale di
acqua e ATP. La fosforilazione ossidativa avviene sulle creste mitocondriali, produce il
90% dell’ATP cellulare. Una quantità minore di ATP si forma direttamente in poche
reazioni della glicolisi e del ciclo di Krebs attraverso la fosforilazione di un substrato.
 Dalla glicolisi e dal ciclo dell’acido citrico viene prodotto un gran numero di
NADH e FADH2, trasportatori di elettroni ridotti ad alto contenuto energetico.
 Nella respirazione ossidativa questi possono trasferire gli elettroni liberando
energia conservata sotto forma di ATP.
 La catena respiratoria:
o Gli e- passano attraverso trasportatori associati alla membrana.
o Il flusso di e- lungo la catena determina trasporto attivo di H+ dalla
matrice alla membrana mitocondriale interna: il trasferimento degli
elettroni attraverso la catena respiratoria richiede l’intervento di enzimi
detti deidrogenasi, che hanno la funzione di strappare l’idrogeno alle
molecole donatrici (FADH e NADH), in modo che si producano ioni H + ed
elettroni per la catena. Questo processo richiede la presenza di alcune
vitamine: C, E, K e B2.
o Gli H+ diffondono indietro nella matrice con sintesi di ATP: gli ioni H +
diffondono spontaneamente indietro nella matrice con sintesi di ATP.
 ATP sintasi: è il motore della respirazione cellulare. È un grande complesso
proteico inserito nella membrana mitocondriale. Il flusso degli H + fa ruotare una
parte mobile di questa proteina ad una velocità di circa 100 giri al secondo.
Questa rotazione è il meccanismo attraverso il quale viene messa a disposizione
energia per ottenere l’ATP (per aggiunta di un gruppo fosfato).
 ATP: prodotto finale della glicolisi. Una grande quantità di ATP indica che la
cellula non ha necessità di demolire il glucosio in quanto il suo fabbisogno
energetico è abbondantemente soddisfatto.
 Una grande quantità di ADP o AMP, invece, sta a significare che la cellula ha in
corso delle reazioni che richiedono energia, sotto forma di ATP, per cui la
valvola di controllo della glicolisi deve essere necessariamente aperta.
 La respirazione anaerobica e la fermentazione non richiedono ossigeno.
 Fermentazione lattica: in condizioni anaerobiche (senza O2) bisogna che
qualche altra molecola funga da ossidante finale. Questo ruolo può essere svolto
dall’acido piruvico che viene ridotto ad acido lattico per consentire l’ossidazione
del NADH a NAD+.
o Durante intensi sforzi fisici in carenza di ossigeno si rigenera NAD +
attraverso la riduzione di piruvato ad acido lattico che si accumula nei
muscoli e provoca la dolorosa sensazione dei crampi.
o In condizioni normali l’acido lattico viene trasportato nel fegato e
riconvertito a glucosio (gluconeogenesi).
 Fermentazione alcolica: avviene nel lievito e in altri microrganismi che
ripristinano NAD+ in assenza di ossigeno. Utilizzate a livello industriale per
produzione di bevande alcoliche e nella panificazione.

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STRATEGIE METABOLICHE
o Gli organismi possono ottenere energia, oltre che dal glucosio, anche dai trigliceridi e
dalle proteine.
o I trigliceridi sono scomposti in glicerolo e acidi grassi. Gli acidi grassi sono demoliti in
frammenti a due atomi di carbonio ed entrano nel ciclo di Krebs come acetil CoA.
o Le proteine sono scomposte nei loro amminoacidi dai quali vengono rimossi i gruppi
amminici e lo scheletro carbonioso entra nel ciclo di Krebs.

PROCESSI METABOLICI
Durante il ciclo di Krebs si formano 3 molecole di NADH e una molecola di FADH 2, due
coenzimi trasportatori di elettroni. Al termine del ciclo di Krebs, gran parte dell’energia della
molecola di glucosio di partenza (ora completamente demolita) è rimasta negli elettroni
rimossi dagli atomi di carbonio e trasferiti ai trasportatori di elettroni. Nella membrana
interna dei mitocondri vi sono dei complessi proteici che fungono da catena di trasporto degli
elettroni. Cioè, gli elettroni, una volta percorsa la catena di trasporto, si combinano con gli ioni
H+ e con le molecole di O2 per formare una molecola d’acqua. Nella fosforilazione ossidativa
l’ossigeno è l’accettore finale degli elettroni. L’energia prodotta dal trasporto degli elettroni è
sfruttata per produrre una concentrazione di protoni nello spazio tra le due membrane molto
più elevata rispetto a quella che c’è nella matrice del mitocondrio. I protoni non possono
diffondere attraverso la membrana interna spontaneamente ma devono attraversare una
proteina trasportatrice: l’ATP-sintasi che è in grado di sfruttare la corrente di protoni per
sintetizzare ATP a partire da ADP + Pi.

REAZIONI DI OSSIDORIDUZIONE
Le reazioni di ossidoriduzione implicano la perdita di elettroni da una specie chimica, che si
ossida, e l’acquisizione di elettroni da parte di un’altra specie chimica, che si riduce.
Ossidazione: perdita di elettroni. Perdita di idrogeno o somma di ossigeno.
Riduzione: acquisizione di elettroni. Perdita di ossigeno o somma di idrogeno.
I processi di ossidazione e riduzione devono necessariamente avvenire contemporaneamente
e le reazioni di
ossidoriduzione sono quasi
sempre reversibili.

Ossidazione
Perdita
Elettroni
44
Riduzione
Acquisto

Agenti ossidanti: sostanze che provocano un’ossidazione. Rimuove gli elettroni dalla
sostanza che viene ossidata. È l’accettore di elettroni, si riduce.
Agenti riducenti: sostanze che provocano una riduzione. Fornisce gli elettroni alla sostanza
che viene ridotta. È il donatore di elettroni, si ossida.
Una sostanza può acquistare o donare elettroni a seconda dell’altra sostanza coinvolta nella
reazione.
Durante il ciclo di Krebs si formano 3 molecole di NADH e una molecola di FADH 2, due
coenzimi trasportatori di elettroni. Al termine del ciclo di Krebs, gran parte dell’energia della
molecola di glucosio di partenza (ora completamente demolita) è rimasta negli elettroni
rimossi dagli atomi di carbonio e trasferiti ai trasportatori di elettroni. Nella membrana
interna dei mitocondri vi sono dei complessi proteici che fungono da catena di trasporto degli
elettroni. Cioè, gli elettroni, una volta percorsa la catena di trasporto, si combinano con gli ioni
H+ e con le molecole di O2 per formare una molecola d’acqua. Nella fosforilazione ossidativa
l’ossigeno è l’accettore finale degli elettroni. L’energia prodotta dal trasporto degli elettroni è
sfruttata per produrre una concentrazione di protoni nello spazio tra le due membrane molto
più elevata rispetto a quella che c’è nella matrice del mitocondrio. I protoni non possono
diffondere attraverso la membrana interna spontaneamente ma devono attraversare una
proteina trasportatrice: l’ATP-sintasi che è in grado di sfruttare la corrente di protoni per
sintetizzare ATP a partire da ADP + Pi.

GLICOLISI
45
L’ATP è la moneta di scambio energetico della cellula, cioè quando la cellula grazie al
metabolismo produce ATP significa che ha prodotto energia, che viene conservata e verrà
utilizzata in momenti successivi durante l’anabolismo. ADP (Adenosinadifosfato) grazie a
dell’energia che viene immagazzinata nel legame con il fosfato, si trasforma in ATP
(Adenosinatrifosfato). La molecola di ATP, quando nella cellula c’è bisogno di energia, può
essere scissa in ADP + fosfato, e questo porta al rilascio di energia.
NAD+: è una molecola che serve a conservare energia. La differenza con l’ATP è il fatto che il
nostro corpo non la può utilizzare per i processi anabolici. Quindi il NAD + serve solo a
conservare e trasportare energia. NAD + acquisendo 2 elettroni, e quindi energia, si trasforma
in NADH + H+, infatti spesso all’aggiunta di due elettroni consegue un aggancio di due protoni;
quindi 2 H+ dei quali solo uno si riesce a legare alla molecola. Come in tutte le reazioni
chimiche, ci può essere una reversibilità e quindi il NADH (ridotto), perdendo due elettroni
può ritrasformarsi in NAD+ (ridotto).
Il processo della glicolisi avviene nel citoplasma, mentre i processi successivi avvengono nel
mitocondrio. La molecola di glucosio (6 atomi di Carbonio), deve essere scissa, così da liberare
energia, che verrà conservata dentro ATP: la rottura dei legami di Glucosio provoca la
formazione di ATP. Si formano quindi due molecole da 3 atomi di Carbonio (Gliceraldeidi). In
questo processo si può vedere bene che per separare il Glucosio vengono richieste due ATP.
Successivamente la glicolisi trasforma la Gliceraldeide in due molecole di Piruvato (acido
piruvico), sempre formate da 3 atomi di Carbonio, attraverso la produzione di 2 molecole di
ATP per ogni molecola di Piruvato (quindi si formano 4 ATP totali).
La glicolisi è un processo metabolico mediante il quale una molecola di glucosio viene scissa in
due molecole di piruvato al fine di generare 2 molecole di ATP. Il processo è composto da 10
reazioni (10 tappe), e ogni tappa viene catalizzata da un enzima. 5 tappe sono di preparazione
(viene consumato ATP – 2 molecole) e 5 tappe sono di produzione di energia (vengono
prodotti 4 ATP). Mediante la glicolisi si producono quindi 2 ATP totali.

1. La fase di
preparazione
inizia con il
Glucosio a cui
viene agganciato
un fosfato,
utilizzando un
ATP. Quindi il
glucosio si
trasforma in
glucosio 6-fosfato
(il fosfato viene
aggiunto sul
carbonio numero 6).

46
 2. Vari enzimi trasformano il glucosio 6-fosfato in fruttosio 6-fosfato.
3. Il fruttosio 6-fosfato utilizza un altro ATP per andare a collegare un ulteriore fosfato
all’inizio della catena carboniosa, andando a formare il fruttosio 1,6-difosfato.
4. La molecola viene scissa in due molecole ognuna formata rispettivamente da tre atomi
di carbonio più un fosfato (gliceraldeide 3-fosfato).
TERMINA LA FASE DI PREPARAZIONE
5. Fase di produzione
di energia: viene
utilizzato un NAD+,
che viene ridotto a
NADH + H+. aggiunta
di un fosfato che va
a formare l’acido
1,3-difosfoglicerico.
6. L’acido 1,3-
difosfoglicerico,
grazie alla
fuoriuscita di un
fosfato che va a
formare il primo
ATP prodotto, si
trasforma in acido
3-fosfoglicerico.
7. Formazione
dell’acido 2-
fosfoglicerico (il fosfato si sposta legandosi al carbonio 2).
8. Produzione di acqua e formazione dell’acido fosfoenolpiruvico.
9. L’ultimo fosfato si stacca andando a produrre un’altra molecola di ATP e formando il
piruvato (o acido piruvico).
Essendo 2 le molecole di gliceraldeide, il processo avviene contemporaneamente su due
molecole, e quindi i prodotti sono raddoppiati (4 ATP e 2 NADH).
Una volta conclusa la glicolisi, il metabolismo può prendere due diverse vie, a seconda che la
cellula abbia a disposizione ossigeno oppure no.
Se è presente Ossigeno, la via metabolica può continuare con il ciclo di Krebs, altrimenti si
andrà incontro a fermentazione (lattica o alcolica).

47
CICLO DI KREBS
Nella maggior parte degli organismi, i prodotti della glicolisi subiscono ulteriori
trasformazioni in una serie di reazioni che vengono chiamate Ciclo di Krebs. Si svolgono nella
matrice mitocondriale. Il collegamento tra glicolisi e ciclo di Krebs avviene attraverso una
reazione molto importante, in cui l’acido piruvico (Piruvato) prodotto dalla glicolisi perde un
atomo di Carbonio e si lega al coenzima A (CoA). Prima di entrare nel ciclo, il Piruvato subisce
questo passaggio che va a perdere un Carbonio sotto forma di CO 2; di conseguenza dentro il
ciclo di Krebs ci entrano solamente 2 Carboni derivanti dallo zucchero iniziale (il Glucosio da
cui si era partiti in glicolisi). Dopo che viene decarbossilato il piruvato, quello che ne rimane è
un gruppo Acetile, cioè un gruppo formato da due Carboni, e può entrare nel ciclo.

Come avviene la decarbossilazione del piruvato: il piruvato prodotto nel citoplasma dalla
glicolisi entra nella matrice mitocondriale grazie ad una proteina di trasporto (che consuma
dell’ATP). Nella matrice, la Piruvato-deidrogenasi (enzima) trasforma il piruvato in Acetil-
CoA.
Il Piruvato tramite la riduzione di un NAD+ che diventa NADH, viene persa una CO 2 e cioè un
Carbonio. Questo piruvato si trasforma di conseguenza in acido acetico. L’acido acetico
(gruppo acetile) si lega al coenzima A, formando la molecola di Acetil-CoA, che entrerà nel
ciclo di Krebs. Questa operazione avviene in parallelo per 2 molecole di Piruvato, perché dalla
glicolisi si sviluppano due molecole di piruvato, perché derivano dalla separazione di un
glucosio, che è formato da 6 atomi di Carbonio.

48
L’ossidazione del Glucosio si completa, rompendo l’ultimo legame del carbonio e liberando
due molecole di anidride carbonica (CO 2). Inoltre, durante il ciclo si formano 3 molecole di
NADH e una molecola di FADH2.
Il ciclo parte dalla molecola di Ossalacetato, che presenta 4 atomi di Carbonio, che si legano
con la molecola di Acetil-CoA, andando a formare il Citrato (6 atomi di Carbonio). Tramite vari
passaggi si ha la produzione di NADH e CO 2 (quindi si è staccato un Carbonio, infatti nello
stadio 3 si hanno 5 atomi di Carbonio e non più 6). Tramite un altro passaggio si ha
nuovamente la formazione di energia attraverso la produzione di NADH (si rompe un legame
e si stacca un altro Carbonio, formando una molecola che presenta 4 atomi di carbonio).
Questa molecola deve essere riarrangiata per tornare ad essere Ossalacetato e quindi per far
ripartire il ciclo. Durante lo stadio 5 si ha la formazione di un ATP (in realtà di GTP, una
molecola molto simile all’ATP che poi verrà trasformata in ATP – fuori dal ciclo); nello stadio 6
si ha la formazione di FADH2, nello stadio 8 la formazione di un altro NADH.
Nel complesso si ha la formazione di 3 molecole di NADH, 1 ATP e 1 FADH 2, che contengono
energia, e abbiamo perso gli ultimi due Carboni che componevano il Glucosio iniziale.
Al termine del ciclo, gran parte dell’energia della molecola di Glucosio di partenza, che ora è
completamente demolita, è rimasta negli elettroni, che sono stati rimossi dagli atomi di
Carbonio e trasferiti ai trasportatori (le tre molecole prodotte).

NEL DETTAGLIO:
Sono in tutto 8 reazioni (in realtà 9)
1. Nella prima fase si forma il Citrato e si perde il coenzima A (l’Acetil coenzima A perde
il Co-A e diventa citrato, legandosi con l’Ossalacetato.
2. Il citrato diventa Cis-Aconitato tramite la perdita di H2O, che riacquisirà subito dopo.
3. Riacquisisce H2O diventando Isocitrato.
4. Avviene la prima perdita di CO 2 e la prima formazione di NADH, diventando -
Chetoglutarato.
5. Si reinserisce il coenzima A, facendo perdere una CO 2 e diventando Succinil-CoA.
Anche in questo passaggio si forma NADH.
6. Si forma una molecola di GDP e il Succinil-CoA diventa Succinato, andando a perdere
CoA. Il GTP è un equivalente dell’ATP.
7. Il succinato diventa Fumarato, producendo FADH2.
8. Il fumarato acquisisce una molecola di H2O e diventa Malato.
49
 9. Il Malato torna Ossalacetato, liberando la terza molecola di NADH.

Dopo il ciclo di Krebs avviene la fosforilazione ossidativa, cioè i NADH e i FADH 2 vengono
trasportati sulla membrana interna del mitocondrio e trasferiscono l’energia che trasportano
all’ATP. Questi due processi (ciclo e fosforilazione) avvengono in parallelo, non uno dopo
l’altro.
La resa complessiva di tutto il processo catabolico (glicolisi + ciclo di Krebs + fosforilazione):
2 ATP + 2 ATP + 34 ATP = 38 ATP.

50
FOSFORILAZIONE OSSIDATIVA
È l’ultima tappa del metabolismo, che avviene in parallelo al ciclo di Krebs.
Nel ciclo di Krebs vengono prodotte molecole trasportatrici di energia, cioè che trasportano
elettroni e quindi energia. La cellula però deve avvalersi dell’ATP per utilizzare questa
energia. Quindi serve un processo che passa l’energia del NADH e del FADH 2 all’ATP, così che
possa essere utilizzata per l’energia. La fosforilazione ossidativa avviene nella membrana
interna mitocondriale.
Si compone di due tappe, che avvengono in contemporanea: la prima è la catena di trasporto
degli elettroni, cioè gli elettroni passano dal NADH all’ossigeno, formando acqua; il secondo è
la formazione di ATP attraverso la forza proton-motrice, in cui l’ATP sintasi (un enzima),
grazie alla spinta degli ioni H+ produce ATP.
Nella membrana interna (membrana a doppio strato fosfolipidico), sono situate delle proteine
mitocondriali, che sono complessi enzimatici che andranno a svolgere la fosforilazione.
Il NADH va a contattare il primo enzima di questa catena (NADH reduttasi), che prende due
elettroni dal NADH, ossidandolo in NAD +, e vengono rilasciati nella matrice mitocondriale 2
H+.
I due elettroni passeranno da un enzima all’altro, cioè verranno trasportati sui vari enzimi, e
ogni volta gli enzimi andranno a prendere degli H + dalla matrice mitocondrialee li butteranno
nello spazio intermembrana, e quindi ogni volta che questi elettroni vanno a passare in un
enzima, l’enzima stesso, riducendosi e poi ossidandosi, andrà a trasportare degli H+ nello
spazio intermembrana. Questi H+ sono dei protoni. Infine i due elettroni andranno a finire su
un atomo di ossigeno, facendo sì che, accogliendo questi due elettroni e trovando nella
matrice degli ioni H+, questo atomo di ossigeno va ad associarsi a questi H + andando a formare
acqua (H2O). tutti gli ioni H+ che si sono accumulati nello spazio intermembrana, grazie al
gradiente di concentrazione, tenderanno a spingere per tornare dall’altro lato della
membrana.
L’ATP sintasi fa passare un H + dallo spazio intermembrana alla matrice mitocondriale, e
sfruttando la spinta del protone, l’ATP sintasi va a produrre ATP.
Lo stesso avviene con il FADH2.

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52