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BIOCHIMICA APPROFONDIMENTI_1_BIOLOGIA_2010 29/04/14 10:21 Pagina 1

La biologia
molecolare

Le basi chimiche dell’ereditarietà Il controllo dell’espressione genica


1. Il DNA è la molecola dell’informazione genetica 2 1. L’informazione genica è espressa in modo selettivo 25
La scoperta della molecola del DNA 2 2. L’organizzazione del DNA nei cromosomi 26
La scoperta della funzione del DNA 3 Il cromosoma procariote 26
La scoperta della struttura del DNA 6 Il cromosoma eucariote 27
2. La duplicazione del DNA 8 ◆ Considerazioni sul genoma eucariote 29
◆ L’esperimento di Meselson e Stahl 10 3. La regolazione dell’espressione genica
3. L’ipotesi “un gene-una proteina” nei procarioti 30
e la scoperta del ruolo dell’RNA 10 Come funziona l’operone 31
I geni codificano gli enzimi 4. La regolazione dell’espressione genica
e ogni altra proteina 10 negli eucarioti 33
L’RNA: il tramite fra il DNA e le proteine 11 ◆ Schema riassuntivo dei livelli di controllo
I vari tipi di RNA 12 dell’espressione genica 33
4. La trascrizione e il processamento dell’RNA 13 Controllo conformazionale 34
5. Il codice genetico 14 ■ iL puNto su
◆ La decifrazione del codice genetico 15 L’epigenetica 35
6. La traduzione e la sintesi proteica 16 Controllo trascrizionale 36
Il processo di traduzione 17 ■ iL puNto su
7. Mutazioni geniche e loro effetti La regolazione dello sviluppo del fiore
sulla sintesi delle proteine 19 delle Angiosperme 37
Controllo post-trascrizionale
Approfondimento e della stabilità dell’mRNA 38
• Mutazioni e “malattie molecolari”
Approfondimento
• Quando lo “splicing” è programmato:
CoNCetti iN siNtesi-Summary 21 lo sviluppo del sistema immunitario
Verifiche
• Verifica delle Conoscenze 22-23 ◆ Controllo della stabilità dell’mRNA 39
• Verifica delle abilità 24 Controllo traduzionale 39
Controllo post-traduzionale 40

CoNCetti iN siNtesi-Summary 41
Verifiche
• Verifica delle Conoscenze 42-43
• Verifica delle abilità 44
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La basi
chimiche
dell’ereditarietà
Conoscenze Abilità
• La struttura e il meccanismo • Riconoscere alcune tappe
di duplicazione del DNA. della scoperta della struttura
• La struttura e la funzione dei e delle funzioni del DNA.
diversi tipi di RNA presenti • Spiegare il ruolo dei diversi tipi di
nella cellula. RNA presenti nella cellula.
• Il processo di traduzione • Ordinare la sequenza delle fasi
dell’informazione genica della sintesi delle proteine.
in proteine.
• Effetti delle mutazioni geniche
sulle proteine.

1 Il DNA è la molecola dell’informazione


genetica
La scoperta della molecola del DNA
Una volta dimostrato, grazie agli esperimenti di Morgan sulla drosofila (1910),
che i geni sono localizzati sui cromosomi, agli studiosi si poneva la domanda: qual
è la componente molecolare dei cromosomi e, quindi, dei geni?
La risposta era già virtualmente disponibile da oltre 40 anni. Nel 1868 il medico
svizzero Friedrich Miescher aveva infatti concluso una serie di analisi chimiche del
nucleo cellulare, dopo avere isolato ed esaminato i nuclei dei globuli bianchi che
formano il pus delle ferite aperte. I globuli bianchi hanno un nucleo relativamente
1
grande (fig. 1) e Miescher fu in grado di separarlo accuratamente dal citoplasma.
Le sue analisi rivelarono la presenza di un composto chimico fino ad allora sco-
nosciuto con le caratteristiche di un acido, ricco di fosforo e formato da molecole di
grandi dimensioni: lo chiamò nucleina. Miescher aveva scoperto l’acido nucleico
che molti anni dopo sarebbe stato chiamato acido desossiribonucleico o DNA
(per distinguerlo da un altro tipo di acido nucleico presente anche nel citoplasma
cellulare: l’acido ribonucleico o RNA). Poco dopo la sua identificazione vennero
chiariti gli aspetti fondamentali della chimica di questo composto. La sua moleco-
la risultava formata da una lunghissima catena di unità chiamate nucleotidi, cia-
scuna costituita da un insieme di tre componenti: un gruppo fosfato legato a uno zuc-
chero a cinque atomi di carbonio (desossiribosio) a sua volta unito a una base azo-
tata di quattro tipi differenti (adenina, citosina, guanina e timina).
La scoperta di questo acido nucleico, tuttavia, non suscitò alcun interesse nella
nucleo comunità scientifica. La sua molecola appariva troppo semplice e ripetitiva per
essere messa in relazione con la varietà dei caratteri ereditari; si presentava infat-
Fig. 1. ti come una monotona sequenza di nucleotidi, nei quali la diversità era data solo
Un globulo bianco ha dimensioni
di circa 10 μm e la maggior parte da quattro differenti basi azotate. La maggior parte dei ricercatori era propensa a
del suo volume è occupato individuare nelle proteine i candidati più idonei a costituire il materiale genetico,
dal nucleo (immagine al microscopio sia per la loro complessità chimica, sia perché si era già dimostrato il ruolo fon-
elettronico a trasmissione). damentale da esse svolto nella sintesi di enzimi aventi funzioni diverse.

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LE BASI CHIMICHE DELL’EREDITARIETÀ

La scoperta della funzione del DNA


Focus ■ L’idea che il materiale genetico della cellula potesse coincidere con la mole-
cola di DNA cominciò a farsi strada alla fine degli anni Venti del secolo scorso.
VACCINO. Preparato spesso co- Nel 1928 il medico e microbiologo inglese frederick Griffith (1879-1941)
stituito da batteri morti o inatti- stava lavorando alla messa a punto di un VACCINO contro la polmonite causata dal
vati che, introdotti nell’organi- batterio Streptococcus pneumoniae. Egli studiò la differente virulenza di due
smo, ne mobilitano le difese in- ceppi del batterio: un ceppo formava colonie dall’aspetto liscio, indicato come S
terne rendendolo immune al lo- (da smooth = liscio), l’altro formava colonie dall’aspetto rugoso, indicato come
ro attacco, se questo dovesse
presentarsi realmente.
R (da rough = rugoso).
Il ceppo S quando veniva iniettato in topolini di laboratorio era sempre virulento
e ne provocava la morte (fig. 2a), mentre il ceppo R era inoffensivo (fig. 2b).
I batteri del ceppo S, tuttavia, se venivano preventivamente uccisi col calore e
poi iniettati nei topolini, non mostravano più alcuna virulenza (fig. 2c).
Quando però Griffith provò a iniettare i batteri R inoffensivi insieme ai batteri
S preventivamente uccisi, non solo i topi morivano (fig. 2d), ma dal loro sangue
si ricavavano batteri del ceppo S vivi e virulenti.
I risultati di questo esperimento, confermati in vari laboratori, suggerivano che
il calore aveva ucciso le cellule batteriche S, ma che una certa “sostanza” cellu-
lare riusciva a passare dai batteri S morti a quelli R vivi, “trasformandoli”.
In questo modo Griffith scoprì il fenomeno della trasformazione batterica.
■ Negli anni successivi il fenomeno della trasformazione batterica fu studiato
in modo particolarmente approfondito dal medico e microbiologo oswald t.
Avery (1877-1955), presso il Rockfeller Institute di New York. Alla guida di un
gruppo di collaboratori, Avery si concentrò nella ricerca di quello che veniva chia-
mato “fattore trasformante” che si pensava fosse una proteina. Dopo anni di accu-
rati esperimenti, il gruppo di Avery nel 1944 riuscì a isolare una sostanza che ven-
ne identificata come DNA. Ciò suggeriva che la trasformazione batterica potesse
consistere con ragionevole certezza nel passaggio di DNA da un batterio ad un al-
tro e nella sua successiva integrazione nel cromosoma del batterio trasformato.
La scoperta di Avery indicava che, almeno per quanto concerneva i batteri, il DNA
potesse essere la molecola depositaria dell’informazione genetica. Nonostante ciò,
essa fu accolta con grande scetticismo dalla comunità scientifica: lo stesso Avery,
nell’articolo in cui annunciava la sua scoperta, non faceva, per prudenza, alcun cen-
no al concetto di “eredità”. Va precisato che ancora in quegli anni i genetisti non
pensavano che il DNA fosse in stretta relazione con i processi ereditari.

2
a b c d

Fig. 2.
Schema dell’esperimento
di Griffith (vedi il testo)
che dimostra il fenomeno
della trasformazione
batterica.
S = ceppo di batteri virulenti;
R = ceppo di batteri innocui.
Il ceppo virulento S forma
colonie di aspetto liscio,
con la superficie che riflette
la luce, poiché le cellule sono
circondate da una capsula
mucillagginosa che le protegge
dai sistemi di difesa dell’ospite.
L’aspetto rugoso delle colonie
non virulente R è dovuto
al fatto che le cellule sono
prive della capsula protettiva:
per questo sono facilmente
respinte quando cercano
di attaccare l’ospite.

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LE BASI CHIMICHE DELL’EREDITARIETÀ

■ Non trascorse comunque molto tempo perché si arrivasse a identificare con


certezza il DNA come il vettore dell’informazione genetica.
La prova definitiva giunse al termine di un esperimento condotto nel 1952
dal genetista Alfred hershey (1908-1997) e dalla sua assistente Martha cha-
se (1927-2003), entrambi statunitensi (fig. 3).
Hershey e Chase cercavano di chiarire come avvenisse la riproduzione di partico-
lari virus detti “batteriofagi” (in quanto infettano i batteri) o semplicemente “fagi”.
Questi virus sono formati da un involucro proteico al cui interno si trova un fi-
lamento di DNA (fig. 4). Quando un batteriofago attacca un batterio quest’ultimo,
3 dopo circa 30 minuti, subisce una disgregazione della parete cellulare (lisi) e li-
Fig. 3. bera all’esterno numerosi nuovi virus ciascuno dei quali è una copia del virus in-
Martha S. Chase e Alfred D. Hershey. fettante.
I due ricercatori lavoravano Il problema era quello di stabilire che cosa iniettava il virus nel batterio che ne
presso il Dipartimento di Genetica causava l’infezione: aveva a che fare con l’involucro proteico o con il DNA virale?
della Carnegie Institution, Cold Spring
Harbor (New York). L’esperimento allestito per risolvere il problema prendeva spunto da questo
Hershey fu insignito del premio Nobel presupposto:
per la medicina nel 1969, insieme – alcune proteine dei virus contengono zolfo, ma nessuna contiene fosforo;
a Salvador Luria e Max Delbrü ck,
per la scoperta della replicazione
– il DNA virale contiene fosforo ma non zolfo.
dei virus e della loro struttura genica. Hershey e Chase procedettero in questo modo. Fecero sviluppare fagi e batteri
(Escherichia coli) in due distinte colture: una contenente fosforo radioattivo (32P)
per potere marcare il DNA dei batteriofagi, l’altra contenente zolfo radioattivo (35S)
per potere marcare le proteine dell’involucro dei batteriofagi. In questo modo ot-
4
tennero due ceppi di fagi marcati radioattivamente da utilizzare nell’esperimento.
A questo punto:
1. infettarono batteri non marcati con i fagi marcati con fosforo radioattivo (fig.
5a) e con zolfo radioattivo (fig. 5b);
2. procedettero alla separazione dei fagi dai batteri a cui aderivano; per questo
scopo si servirono di un semplice frullatore da cucina: bastavano pochi minuti di
energica agitazione perché i rivestimenti dei fagi si staccassero dalla parete delle
cellule batteriche (lo constatarono osservando le immagini al microscopio elet-
tronico);
5

a (in rosso) b
a b
© Photo Researchers

Fig. 4.
a. Immagine al microscopio elettronico
a scansione, e b., struttura di un batteriofago.
È per mezzo delle fibre della coda che
il virus si attacca alla superficie del batterio.

Fig. 5.
L’esperimento di Hershey e Chase
dimostrò che la causa responsabile
dell’infezione delle cellule batteriche
a opera dei fagi e della conseguente
riproduzione di questi ultimi è il loro DNA
e non le proteine dei loro involucri.
Il DNA iniettato dai fagi nelle cellule
batteriche induce queste ultime
a sintetizzare altro DNA virale
e altre proteine, in modo
da produrre nuovi fagi completi.

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LE BASI CHIMICHE DELL’EREDITARIETÀ


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3. sottoposero a centrifugazione la miscela per separare le cellule bat-
testa teriche (raccolte come precipitato sul fondo delle provette) dal liquido
del fago
di coltura contenente in sospensione i frammenti proteici dei fagi;
4. misurarono la radioattività nelle cellule batteriche e nel liquido e
coda
osservarono quanto segue. Le proteine marcate con zolfo radioattivo
© Pearson Education, Inc

fibra si ritrovavano nel liquido contenente i frammenti dei fagi e non nei
della coda
batteri, segno che non erano penetrate nelle cellule di Escherichia coli.
DNA Invece, il DNA marcato con fosforo radioattivo si ritrovava sempre al-
l’interno delle cellule batteriche: se queste erano rimesse in un mezzo
cellula di coltura, andavano incontro a lisi e liberavano una nuova generazio-
batterica a ne di fagi contenenti DNA marcato con fosforo radioattivo (fig. 5a); nel
caso delle cellule batteriche infettate da fagi con proteine marcate, in
seguito a lisi liberavano fagi che non contenevano zolfo radioattivo
nelle loro proteine (fig. 5b).
I due ricercatori poterono così trarre la conclusione che è il DNA il
materiale ereditario che contiene le istruzioni per realizzare all’inter-
no delle cellule batteriche altre particelle virali (fig. 6).
Alla luce di questi fatti, anche altre osservazioni relative al DNA as-
sunsero un’importanza fondamentale. Si sapeva, per esempio, che il
DNA degli organismi superiori raddoppia prima della mitosi per poi
potere essere distribuito equamente alle cellule figlie, e che le cellule
0,5 mm
aploidi, come i gameti, contengono la metà del DNA delle cellule so-
matiche. Tutto ciò indicava che le quantità di DNA variano in modo
b preciso, parallelamente al numero di cromosomi.
Fig. 6.
a. Batteriofagi mentre stanno iniettando Altre evidenze di tipo biochimico avevano inoltre mostrato che la co-
il loro DNA in una cellula batterica; stituzione della molecola di DNA presentava certe peculiarità molto si-
b. una cellula batterica attaccata da numerosi gnificative. Poco tempo prima (1950), il biochimico austriaco erwin
batteriofagi. Entrambe le immagini sono chargaff (1905-2002) aveva comunicato i risultati delle sue analisi del
al microscopio elettronico a scansione.
DNA utilizzando la nuova tecnica della “cromatografia su carta”. Esa-
minando le quantità relative delle quattro basi azotate contenute nel
DNA di vari organismi – adenina (A), citosina (C), timina (T) e guanina
(G) – si osservavano due fatti sorprendenti:
• nel DNA di ogni organismo analizzato vi era un rapporto numerico
di 1 : 1 tra le molecole di adenina e di timina, così come tra le mo-
lecole di guanina e di citosina;
• il numero relativo di queste coppie di basi, cioè il rapporto
(A + T) ⁄ (G + C), variava tipicamente da specie a specie (tabella 1).
Questi dati indicavano che il DNA era una molecola con precise re-
golarità e caratteristiche specifiche per ogni organismo.
I risultati dell’esperimento di Hershey e Chase e i fatti prima esposti
costituirono per molti biologi una base convincente per attribuire al
DNA la funzione di molecola dell’ereditarietà genetica.

Tabella 1. Composizione percentuale delle basi del DNA


di vari organismi

SPECIE A G C T (A + T)/(G + C)

Guida allo Escherichia coli


STUDIO ✔ (batterio) 23,8 26,0 26,4 23,8 0,91

•In che modo Griffith scoprì il fenome- pollo 27,9 21,2 21,5 29,4 1,34
no della trasformazione batterica? topo 28,9 21,1 20,3 30,0 1,44
•Che cos’è un batteriofago? mucca 27,3 22,5 22,5 27,7 1,22
•In che modo l’esperimento di Hershey e grano 27,2 22,6 22,8 27,4 1,20
Chase con i batteriofagi dimostrò che è
il DNA, e non le proteine, il materiale uomo 30,4 19,6 19,9 30,1 1,53
portatore dell’informazione ereditaria?

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LE BASI CHIMICHE DELL’EREDITARIETÀ

a La scoperta della struttura del DNA


Rimaneva tuttavia ancora aperto un problema di fondo: che cosa rendeva il
DNA capace di svolgere la funzione di archivio della “memoria ereditaria”?
Tra vari laboratori di ricerca si sviluppò un’accesa competizione per identifi-
care la struttura fine della molecola di DNA.
Nell’aprile del 1953, un breve articolo a firma di James Watson e francis
crick, pubblicato sulla rivista scientifica Nature, metteva fine alla gara, propo-
nendo una brillante soluzione al problema (fig. 7a).
La comunicazione di Watson e Crick, di appena una pagina, iniziava con questo
stringato paragrafo:
“Vorremmo proporre un modello per il sale dell’acido desossiribonucleico
(DNA). Questa struttura presenta nuove caratteristiche di grande interesse bio-
logico”.

La struttura suggerita è ovviamente la celebre “doppia elica”, destinata ad aprire


un nuovo, fondamentale capitolo della biologia molecolare.
James Watson (n. 1928), giovane biochimico statunitense, si era recato nel 1951
con una borsa di studio postlaurea presso l’Università di Cambridge (Gran Breta-
gna) dove erano in corso ricerche sulla struttura tridimensionale delle proteine con
7 la tecnica della cristallografia a raggi X. A queste partecipava il fisico inglese Francis
Crick (1916-2004), con cui Watson iniziò una breve ma intensa collaborazione.
Nello stesso tempo, in un altro laboratorio presso il King’s College di Londra,
diretto dal biologo neozelandese Maurice Wilkins, si stavano conducendo analisi
b cristallografiche a mezzo di raggi X su molecole di DNA. Un’assistente di
Wilkins specializzata in questa tecnica, Rosalind franklin, era riuscita a realiz-
zare ottime immagini di diffrazione ai raggi X della molecola di DNA in forma
cristallina (come sale di sodio), che ne lasciava intuire una forma elicoidale (fig.
7b); ciò confermava una ipotesi avanzata dal chimico statunitense Linus Pauling:
questi nel 1950 aveva dimostrato che alcune proteine, come il collagene, possie-
dono una struttura secondaria a elica e riteneva che anche il DNA potesse presen-
tare una struttura simile.
Watson e Crick poterono vedere l’immagine ottenuta dalla Franklin e, dopo
avere analizzato tutte le informazioni disponibili e costruito modelli di DNA in
semplice filo di ferro e stagno, trovarono la soluzione vincente. Dedussero che
la struttura elicoidale fosse in realtà costituita da due lunghi filamenti di po-
linucleotidi, avvolti l’uno intorno all’altro in modo da formare una doppia elica
destrogira, con diametro uniforme di 2 nm (ricavato dalle immagini della Frank-
c
lin) (fig. 7c).
Il punto chiave del modello proposto da Watson e Crick è che i filamenti sono
tenuti insieme da accoppiamenti per mezzo di legami idrogeno tra le rispetti-
ve basi azotate che sporgono verso il centro. Si può immaginare una scala a pio-
li che in seguito a torsione sia avvolta su se stessa in più spire, in modo che i pio-
li si mantengano perpendicolari all’asse della spirale: i due montanti corrispon-
dono agli “scheletri” dei due filamenti formati da unità “zucchero-fosfato” e i
pioli corrispondono alle coppie di basi azotate.
Per la scelta degli accoppiamenti tra le basi azotate i due autori furono guidati
da considerazioni di ordine geometrico e di ordine chimico.

Fig. 7.
a. James Watson (a sinistra) e Francis Crick, articolo pubblicato nel 1953, con i dati che
di fronte al modello molecolare a doppia elica caratterizzano la doppia elica. Le barrette
del DNA. b. Immagine di diffrazione ai raggi X orizzontali sono formate da coppie di basi che
effettuata su un precipitato cristallino tengono uniti i due filamenti costituiti da catene
di DNA da Rosalind Franklin: la disposizione o scheletri di “ zucchero-fosfato”. Nel 1962
delle macchie nere che si incrociano Watson e Crick ricevettero per questa loro
al centro permette di stabilire che il DNA ha scoperta il premio Nobel, insieme a Wilkins
una struttura a elica. c. Modello schematico (anche Rosalind Franklin avrebbe
della struttura, a doppio filamento, probabilmente ricevuto il premio, se non fosse
di un segmento della molecola di DNA simile stato per la sua morte prematura nel 1958,
a quello presentato da Watson e Crick nel loro ad appena 37 anni).

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a LE BASI CHIMICHE DELL’EREDITARIETÀ

8
L’uniformità del diametro della doppia elica può essere ri-
spettata solo se l’insieme di ogni coppia di basi ha le stesse di-
mensioni. Ciò suggeriva che una purina (adenina o guanina),
che possiede un doppio anello, si accoppiasse con una più “pic-
cola” pirimidina (citosina o timina), che possiede un solo anel-
lo e portava a escludere accoppiamenti tra due purine o due pi-
rimidine che avrebbero prodotto, rispettivamente, “rigonfiamen-
ti” e “strozzature”.
In secondo luogo, come aveva scoperto Chargaff, in qua-
lunque campione di DNA le quantità totali di adenina (A) e
di timina (t) sono uguali, così come lo sono le quantità totali di
guanina (G) e di citosina (c); di conseguenza è logico suppor-
re che gli accoppiamenti siano: A – T e G – C. Ciò si accorda del
resto con i legami idrogeno (legami deboli simili a quelli tra le
molecole d’acqua) che le basi disposte su due filamenti possono
formare tra di loro tramite i rispettivi gruppi laterali.
Watson e Crick compresero che l’adenina e la timina poteva-
b c no unirsi con due legami idrogeno e la guanina e la citosina po-
tevano unirsi con tre legami idrogeno: in tal modo si formano
due coppie complementari A – T (o T – A) e G – C (o C – G)
aventi un’uguale conformazione (fig. 8).
La figura 9a mostra un segmento della molecola di DNA: si
può notare come, una volta posta la condizione dell’accoppia-
mento “obbligato” delle basi azotate, la sequenza di queste lun-
Fig. 8. go la doppia elica può presentare illimitate variazioni.
a. Legami idrogeno tre le coppie di basi azotate
timina-adenina (T– A) e citosina-guanina (C – G); L’aspetto forse più rilevante da sottolineare è che i due fila-
la conformazione della coppia T– A è uguale a quella menti della doppia elica hanno andamento antiparallelo, come
della coppia C – G, perciò qualunque ordine delle coppie spiegato nella figura 9b, e sono in un certo senso l’una l’imma-
di basi lungo la molecola di DNA non ne altera la forma. gine speculare dell’altra: data la sequenza delle basi di una cate-
I due filamenti della doppia elica sono tenuti insieme na, è automaticamente definita la sequenza complementare del-
da legami idrogeno che sono molto più deboli dei normali
legami chimici: essi possono quindi facilmente separarsi l’altra. In altre parole, ogni filamento potrebbe fare da stampo
tra loro senza danni. b. Formula di struttura dello zucchero per un filamento complementare e quindi la molecola di DNA
ribosio e, c., del gruppo “zucchero fosfato”. potrebbe duplicarsi e trasmettere il messaggio in essa contenu-
to.
9

a b c

Fig. 9.
a. Modello schematico, cosiddetto a nastro, di un segmento di DNA. Ogni filamento ha quindi un’estremità 5’, che termina con un gruppo
b. Struttura chimica del DNA. Gli scheletri di “zucchero-fosfato” fosfato, e un’estremità 3’ che termina con un gruppo OH.
dei due filamenti hanno una direzione e un verso perché ciascun Nella doppia elica i due filamenti hanno andamento antiparallelo:
gruppo fosfato si lega con un atomo di carbonio in posizione 3’ perciò l’estremità 5’ di un filamento si trova sempre di fronte
di una molecola di zucchero (vedi figura 8b) all’estremità 3’ dell’altro.
e con quello in posizione 5’ della molecola successiva. c. Modello molecolare di DNA realizzato al computer.

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LE BASI CHIMICHE DELL’EREDITARIETÀ

10 2 La duplicazione del DNA


Nel loro articolo riportante la scoperta della struttura del DNA Watson e
Crick facevano notare:
“Non ci è sfuggito come l’accoppiamento specifico delle basi da noi pro-
posto suggerisca immediatamente un possibile meccanismo di copiatura
del materiale genetico”.
Tra i ricercatori che si misero all’opera per dimostrare la fondatezza dell’i-
potesi di Watson e Crick, riuscirono nell’impresa Matthew Meselson e
frank stahl, entrambi statunitensi, che nel 1958 con un brillante esperi-
mento (vedi riquadro a pag. 300) spiegarono il meccanismo della cosiddetta
duplicazione semiconservativa del DNA (già accennata nel Capitolo 1).
In sintesi, si poté osservare che la riproduzione del DNA avviene secondo
questa modalità: la doppia elica si apre come una cerniera in seguito a rottura
dei legami idrogeno tra le basi complementari e i due filamenti che si separano
fungono da “stampo” sul quale, se sono disponibili i nucleotidi e gli enzimi ne-
cessari a unirli, si ricostruisce un filamento identico a quello che si è separato
(fig. 10).
Pertanto, ciascuna delle due nuove molecole di DNA che si formano è co-
stituita da un filamento “conservato” (quello parentale) e da un altro neosin-
tetizzato (da qui il termine di “duplicazione semiconservativa”).
Se in via teorica il meccanismo di duplicazione del DNA è piuttosto sem-
plice, nella realtà della cellula è un processo molto complesso, che richiede
l’intervento e la cooperazione di molti fattori proteici (enzimi e altre proteine).
Fig. 10.
La doppia elica si svolge
a partire da un punto detto
“di origine della duplicazione”
e ogni filamento funge
da stampo per la sintesi di due
nuovi filamenti complementari.

Inizia la duplicazione: Ogni filamento parentale Entrambe le molecole di DNA


Fig. 11. i due filamenti si srotolano serve come stampo per il così generate, per metà vecchie
Lo schema esemplifica come e si separano tra loro in punti montaggio delle basi secondo e per metà nuove, sono del tutto
la duplicazione del DNA specifici lungo la molecola. le loro regole di appaiamento. identiche alla molecola parentale.
proceda attraverso
la formazione lungo la sua
molecola di differenti bolle
di duplicazione che alla fine
si fondono insieme. ■ IL MeccANIsMo DeLLA DupLIcAzIoNe. Nel genoma
umano sono presenti oltre 3 miliardi di nucleotidi distri-
11 buiti, in doppia copia, in 46 cromosomi, cioè in 46 mole-
cole di DNA e la sintesi del DNA avviene, come in tutti i
mammiferi, a una velocità di circa 50 nucleotidi al se-
condo. Ora, si è calcolato che, se la duplicazione del
DNA avvenisse a partire da un’unica estremità della mo-
lecola, l’intero processo durerebbe anche una o più setti-
mane, un tempo assai maggiore del periodo destinato, nel
ciclo cellulare, alla sintesi di DNA (circa un’ora).
Per ovviare a questo problema, la duplicazione negli
eucarioti di fatto prende avvio contemporaneamente in
moltissimi punti della molecola, detti punti di origine del-
la duplicazione (fig. 11). In corrispondenza di questi si
formano le cosiddette forcelle di duplicazione, che pro-
cedono in senso bidirezionale rispetto al punto di origi-
ne, formando delle bolle di duplicazione. In uno stesso
istante migliaia di bolle di duplicazione si allargano fino
a che si incontrano e si fondono insieme generando alla
fine due nuove molecole di DNA.

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LE BASI CHIMICHE DELL’EREDITARIETÀ

Guida allo Osserviamo ora più in dettaglio il processo di duplicazione (fig. 12).
STUDIO ✔ La doppia elica del DNA, come vedremo nel Capitolo 13, paragrafo 2, è im-
•Quali furono gli studi decisivi che
pacchettata in modo tale da potere essere contenuta nello spazio ridotto del nu-
portarono a concludere che il cleo. Affinché la duplicazione possa avere luogo, il DNA deve prima essere
DNA è la molecola che contiene “spacchettato” e la doppia elica svolta; occorre quindi che nel punto di origine
l’informazione genetica? della duplicazione, contrassegnato da una specifica sequenza di nucleotidi, i le-
•In che modo Watson e Crick han- gami idrogeno tra le basi complementari siano spezzati in modo da aprire la dop-
no ragionato per stabilire gli ac- pia elica e i filamenti siano separati: ciò affinché le loro basi siano esposte e pos-
coppiamenti tra le basi comple- sano accoppiarsi a nuovi nucleotidi tramite legami idrogeno e dare corso alla du-
mentari nella doppia elica del
DNA? plicazione.
•Perché si parla di duplicazione
A queste operazioni presiedono enzimi, in particolare le elicasi, e proteine di
semiconservativa del DNA? attivazione che si attaccano ai singoli filamenti per tenerli separati.
•Come si svolge la duplicazione Una volta che i filamenti della doppia elica si sono separati, intervengono altri
del DNA? complessi proteici, tra cui il più importante consiste di un gruppo di enzimi chia-
mato DNA-polimerasi, che catalizzano la reazione di sintesi (cioè di polimeriz-
zazione) delle due nuove catene polinucleotidiche per aggiunta successiva dei nu-
cleotidi necessari. Nel punto dove inizia la replicazione occorre la presenza di un
“primer” o “innesco”, ossia un brevissimo frammento di acido nucleico com-
plementare alla catena da replicare (alla sua formazione presiede l’enzima pri-
masi).
Come abbiamo detto, i due filamenti di una molecola di DNA sono antiparalle-
li: uno corre da un’estremità 3’ a un’estremità 5’, cioè in direzione 3’➝ 5’, l’altro
da un’estremità 5’ a un’estremità 3’, cioè in direzione 5’➝ 3’. I due nuovi fila-
menti dovranno pertanto allungarsi e accoppiarsi ai filamenti “stampo”, rispetti-
vamente, in direzione 5’➝ 3’ e 3’➝ 5’.
Ora, l’attività della DNA polimerasi è unidirezionale, cioè va da 5’ a 3’: l’ag-
giunta di nucleotidi alla nuova catena in formazione può solo procedere in que-
sta direzione.
Consideriamo il filamento stampo parentale che ha direzione 3’➝ 5’: il fila-
mento a esso complementare che viene sintetizzato, detto filamento guida, può
allungarsi in modo continuo per azione della DNA-polimerasi in direzione
5’➝ 3’, nello stesso verso in cui avanza la forcella di replicazione.
Il filamento complementare all’altro filamento stampo può allungarsi solo nel
verso contrario rispetto al filamento guida, cioè nella condizione in cui la DNA-
polimerasi può operare procedendo in direzione 5’➝ 3’. In questo caso il filamen-
to viene sintetizzato in modo discontinuo attraverso una procedura più laboriosa:
perciò viene chiamato filamento lento (o in ritardo). In pratica la DNA-polime-
rasi, partendo dall’estremità 3’ del primer, replica piccoli segmenti di circa 100-200
nucleotidi, chiamati frammenti di okazaki (dal nome del ricercatore giapponese
che li ha scoperti) i quali sono via via uniti dall’enzima DNA-ligasi; per la sintesi
di ogni nuovo frammento di Okazaki deve essere presente un nuovo primer. 12

Fig. 12.
Schema complessivo
della duplicazione del DNA.

9
BIOCHIMICA APPROFONDIMENTI_1_BIOLOGIA_2010 28/04/14 16:03 Pagina 10

LE BASI CHIMICHE DELL’EREDITARIETÀ

13 ■ pRoofReADING. Il complesso della DNA polimerasi ha una caratteristica


importante: è in grado di correggere eventuali errori introdotti durante la sintesi.
Quando ciò succede, la DNA polimerasi è in grado di invertire il suo “senso di
marcia” e la sua attività: diventa così una esonucleasi, ossia un enzima che de-
grada il DNA, agendo in direzione da 3’ a 5’ (fig. 13).
Fig. 13. La degradazione procede fino al punto in cui è stato introdotto l’errore, quindi
L’analisi della struttura della DNA riparte l’attività “polimerasica” in direzione da 5’ a 3’.
polimerasi ha permesso di localizzare Questa capacità di correzione degli errori è conosciuta col termine “proofrea-
nell’enzima, dalla parte opposta rispetto
al sito con “attività polimerasica”, ding” (parola inglese che significa “correzione di bozze”).
un sito in cui esso svolge l’attività Questa funzione ha un’importanza vitale per gli organismi perché, eliminando
di una esonucleasi, specializzata gli errori, impedisce di fatto che si introducano come conseguenza pericolose
in “correzione delle bozze” (proofreading). mutazioni.

L’esperimento di Meselson e Stahl 14


Meselson e Stahl partirono dalla considerazione che l’azoto è un
componente essenziale del DNA, perciò, ogni volta che una cellu-
la si divide e il suo DNA si duplica, quest’ultimo dovrà incorpora-
re nuovi atomi di N per distribuirsi nelle cellule figlie. Scelsero allo-
ra di utilizzare, accanto all’isotopo comune 14N “leggero”, l’isotopo
radioattivo 15N più “pesante”. L’idea era poi quella di sottoporre le a
miscele di coltura delle cellule duplicate a una particolare tecnica di
centrifugazione, detta per gradiente di densità, in grado di separare le
frazioni di DNA contenenti l’isotopo 14N “leggero” da quelle marca-
te con l’isotopo 15N “pesante” (fig. 14).
L’esperimento conferma quindi l’ipotesi della duplicazione semiconservati- b
va del DNA: le nuove molecole di DNA che si formano per duplicazione
sono formate da un filamento parentale e da un filamento neosintetizzato.

Fig. 14.
a. Furono coltivate cellule per varie generazioni in un terreno c
contenente solo azoto “pesante” (15N); dopo centrifugazione
nella provetta si ottenne una sola banda (in blu) di DNA “pesante”;
b. cellule coltivate in 15N “pesante” furono trasferite in un terreno
contenente solo 14N “leggero”; dopo centrifugazione c. continuando la duplicazione per un’altra generazione,
si ha la sedimentazione di una banda (in viola) in una zona si ottengono due bande, una formata da solo DNA
più in alto rispetto alla precedente, poiché il DNA è un ibrido 15N/ 14N leggero (in rosso) contenente solo 14N, l’altra (in viola)
(tutto il DNA contiene quindi un uguale rapporto di 15N e 14N); formata da DNA ibrido.

3 L’ipotesi “un gene-una proteina”


e la scoperta del ruolo dell’RNA
I geni codificano gli enzimi e ogni altra proteina
Una volta raggiunta la certezza che il materiale ereditario è costituito da DNA
e dopo la rivelazione della sua struttura a doppia elica, rimaneva il problema di
stabilire come l’informazione contenuta nel DNA, e quindi nei geni, potesse da-
re origine al fenotipo, cioè all’insieme di proteine che determinano la struttura di
un organismo e degli enzimi che ne governano le attività metaboliche.
La risposta precisa a questo problema sarebbe giunta entro pochi anni, a coro-
namento di un percorso che parte agli inizi del Novecento con gli studi di un me-
dico inglese, Archibald Garrod: questi per primo ipotizzò l’esistenza di una
correlazione fra ereditarietà ed errori congeniti del metabolismo. In particolare
studiò una malattia ereditaria, l’alcaptonuria, in cui si ha la produzione di urine
con colorazione rosso scura, dovuta alla presenza di una sostanza acida chiama-
ta alcaptone. Secondo Garrod le persone colpite dalla malattia erano prive di un
enzima in grado di decomporre l’alcaptone e postulò che ciò fosse dovuto alla
presenza di un gene difettoso. La sua ipotesi fu in seguito confermata.

10
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LE BASI CHIMICHE DELL’EREDITARIETÀ


15
L’esistenza di una relazione fra geni ed enzimi trovò una conferma defini-
tiva agli inizi degli anni Quaranta del secolo scorso grazie al lavoro di due ge-
netisti statunitensi, George Beadle e edward tatum, che effettuarono una
serie di esperimenti su Neurospora crassa, una comune muffa del pane (fig.
15).
Varietà selvatiche di questa muffa, poste in un terreno di coltura minimo, con-
© CSHL Press.

tenente cioè solo sali inorganici, carboidrati e biotina, erano in grado di sintetiz-
zare autonomamente ogni altra sostanza che serviva loro per crescere, come le
vitamine e gli amminoacidi.
Fig. 15. Beadle e Tatum fecondarono gli organi riproduttivi femminili di un ceppo
La muffa Neurospora crassa selvatico con dei conidi del fungo recanti mutazioni indotte mediante tratta-
(immagine al microscopio mento con raggi X. Le spore ottenute furono isolate e fatte crescere in un ter-
elettronico a scansione).
reno adeguato a soddisfare le loro richieste nutrizionali (in particolare conte-
neva tutti gli aminoacidi che solitamente la muffa non è in grado di sintetizzare
da sola).
Campioni di questi ceppi furono quindi trasferiti su un terreno di coltura pri-
vo di amminoacidi e si osservò che alcuni cessavano di crescere. Questa inca-
pacità fu attribuita alla mancanza di uno degli enzimi che nel metabolismo pre-
siedono alla sintesi di un certo amminoacido: il ceppo mutante era quindi privo
del gene che codificava per quell’enzima.
L’ipotesi fu provata dimostrando che l’aggiunta dell’amminoacido la cui sin-
tesi era bloccata, permetteva al ceppo mutato di riprendere a crescere.
In base ai risultati dei loro esperimenti, Beadle e Tatum poterono giungere alla
conclusione che la funzione di un gene è quella di determinare la produzione di
uno specifico enzima e di formulare quindi l’ipotesi “un gene-un enzima” che,
verificata in numerosi altri esperimenti, risultò confermata nei suoi aspetti ge-
nerali.
In seguito, tuttavia, si precisò meglio la formulazione dell’ipotesi che venne
modificata nell’espressione “un gene-una proteina”, per tenere conto del fat-
to che non tutte le proteine sono enzimi (esse possono avere, per esempio, fun-
zione strutturale, come il collagene, una proteina presente nei tessuti connet-
tivali); infine, dopo che si osservò che in molti casi una proteina è costituita
da più catene di polipeptidi, ciascuno codificato da un gene, fu introdotta l’e-
spressione “un gene-un polipeptide”.

16 L’RNA: il tramite fra il DNA e le proteine


Dopo la scoperta che i geni sono costituiti da DNA, l’ipo-
tesi “un gene - un polipeptide” poneva una serie di interro-
gativi. Quello più pressante riguardava il modo in cui l’infor-
mazione genetica contenuta nel DNA confinato nel nucleo, e
codificata in sequenze di soli quattro nucleotidi diversi, fosse
riconducibile alla formazione di proteine, che non solo ven-
gono sintetizzate nel citoplasma, ma sono costituite da se-
quenze di venti possibili amminoacidi.
Le ricerche stimolate da questo problema portarono a con-
cludere che il DNA non agisce direttamente nella trasmis-
sione del proprio messaggio, ma utilizza un intermediario
che, dopo essere stato debitamente “istruito”, trasferisce le
informazioni là dove avviene effettivamente la sintesi delle
proteine.
Si scoprì che il ruolo di intermediario è svolto da un altro
acido nucleico: l’RNA o acido ribonucleico.
Dal punto di vista chimico l’RNA è un polinucleotide for-
mato da sequenze di quattro tipi di nucleotidi; è quindi molto
simile al DNA, ma rispetto a questo presenta alcune diffe-
renze specificate nella figura 16.

Fig. 16.
Le differenze tra RNA e DNA.

11
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LE BASI CHIMICHE DELL’EREDITARIETÀ

17 Esistono vari tipi di RNA (descritti oltre), ciascuno dei quali svolge compiti ben
precisi; i principali sono: RNA messaggero (mRNA), RNA di trasporto (tRNA) e
RNA ribosomale (rRNA).
A grandi linee il processo che, partendo dal DNA, porta alla sintesi delle pro-
teine consiste di due fasi:
– una fase di trascrizione in cui il DNA copia o trascrive il proprio messaggio
in una molecola di RNA (mRNA);
– una fase di traduzione in cui l’RNA (mRNA) “trascritto” si trasferisce dal
nucleo al citoplasma dove un adeguato “macchinario”, costituito da tRNA,
rRNA e ribosomi, lo traduce nel linguaggio delle proteine basato sugli am-
minoacidi (fig. 17).
Il processo, che prende il nome di espressione genica, può essere così schema-
tizzato:
DNA ➞ trascrizione ➞ RNA ➞ traduzione ➞ proteine
Fig. 17. (nucleo) (cittoplasma)
Nel nucleo della cellula eucariote il DNA
è trascritto in mRNA che migra
nel citoplasma dove, con l’aiuto di rRNA L’espressione genica si realizza quindi attraverso un flusso di informazioni che va
(presente nei ribosomi) e di tRNA (non dal DNA all’RNA, alle proteine.
rappresentato), traduce il suo messaggio Questa sequenza, che è universalmente valida, tranne alcune rare eccezioni (vedi a
in una sequenza di amminoacidi,
cioè in una proteina. lato), è stata definita da Crick il dogma centrale della biologia molecolare (fig. 18).

“Il dogma centrale della biologia molecolare”

18

Focus rRNA
UN’ECCEZIONE AL DOGMA CENTRALE
DELLA BIOLOGIA MOLECOLARE. In al-
cuni virus l’informazione geneti-
ca è contenuta nella molecola
di RNA che, con l’aiuto di un dNA tRAscRizioNe mRNA RibosomA tRAduzioNe pRoteiNA
particolare enzima, la trascritta-
si inversa, viene tradotto in una
molecola di DNA: sarà questa
a dirigere nell’organismo infet-
tato le operazioni necessarie
per la moltiplicazione del virus
stesso. La scoperta di questa ec- tRNA
cezione si è rivelata importan-
tissima per lo sviluppo delle tec-
niche di biologia molecolare.

I vari tipi di RNA


• RNA messaggero (mRNA). Ha il compito di veicolare l’informazione ge-
netica nella cellula: per la precisione dal nucleo, dove l’mRNA è sintetizzato, al
citoplasma, dove sono presenti i ribosomi che, come vedremo più in dettaglio, so-
no il sito in cui a partire dagli mRNA vengono sintetizzate le proteine.
Guida allo • RNA di trasporto (tRNA). È costituito da molecole piuttosto piccole e ha il
STUDIO ✔ ruolo di traduttore dell’informazione trasportata dall’mRNA.
•Come può essere descritto il si- • RNA ribosomale (rRNA). È il tipo di RNA più abbondante nella cellula. Fa
gnificato dell’ipotesi: parte dei ribosomi, in cui è presente associato a proteine ribosomali. rRNA e
“un gene-un enzima”? proteine ribosomali funzionano insieme in modo da far interagire correttamente
•In che modo si inserisce la mole- mRNA e tRNA nel processo di sintesi proteica (vedi paragrafo 6).
cola dell’RNA in questa ipotesi?
• micro RNA (miRNA) e small interfering RNA (siRNA). Sono una classe
•In che cosa differisce la molecola
dell’RNA da quella del DNA? di piccole molecole di RNA non codificante, che si legano a molecole di mRNA
•Quali RNA sono presenti nella
complementari e ne inibiscono la traduzione o ne facilitano la degradazione.
cellula? Quali funzioni svolgono? Questi tipi di RNA, come vedremo nel prossimo capitolo, svolgono un ruolo
molto importante nel controllo dell’espressione genica.

12
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LE BASI CHIMICHE DELL’EREDITARIETÀ

4 La trascrizione
Fig. 19.
a. Rappresentazione del processo
di trascrizione.
b. Struttura base di un gene e il processamento dell’RNA
che codifica per una proteina.
c. Schema del processamento Come abbiamo detto, il messaggio genetico codificato nella molecola del DNA non
dell’mRNA che ha lo scopo può essere utilizzato direttamente per la sintesi delle proteine che avviene nel citopla-
di rimuovere gli introni.
sma, ma viene trasferito nella molecola dell’mRNA, grazie al processo di trascrizio-
ne: in questo uno dei filamenti del DNA è usato come stampo per la sintesi di un fila-
mento complementare di RNA. Il processo è mediato dall’enzima RNA polimerasi,
che, muovendosi in direzione 3’➝ 5’ lungo il filamento stampo di DNA, sintetizza un
RNA complementare (fig. 19a). Si tratta di un meccanismo simile alla duplicazione del
DNA, con questa differenza: a essere copiato è uno solo dei due filamenti del DNA e
la copiatura (trascrizione) produce una molecola di mRNA, cioè una sequenza di ribo-
nucleotidi complementare al tratto copiato, dove le basi complementari sono G - C e
A - U (invece di A - T). La trascrizione inizia in corrispondenza di un promotore, che
è una specifica sequenza di basi del DNA che segnala l’inizio di un gene e al quale si
19 lega l’RNA polimerasi; l’enzima si sposta lun-
go il filamento di DNA fino a completare la
a trascrizione in corrispondenza di un’altra spe-
cifica sequenza di terminazione che segnala
la fine del gene (fig. 19b). A questo punto av-
viene il distacco e la liberazione della nuova
molecola di mRNA, che prende il nome di tra-
scritto primario. La molecola di mRNA, tutta-
via, non è ancora ultimata. Affinché le sue
istruzioni possano essere utilizzate nella tradu-
zione essa deve subire una serie di “ritocchi”:
questa operazione è chiamata processamento
dell’RNA (fig. 19c).
Per prima cosa alle estremità 5’ e 3’ della mo-
lecola di mRNA trascritto primario sono ag-
giunti, rispettivamente, un cappuccio formato
da un solo nucleotide e una coda di poli-A for-
b mata da alcuni nucleotidi contenenti come ba-
se solo adenina. Il cappuccio ha un ruolo nel ri-
conoscimento da parte dei ribosomi, mentre la
coda ha una funzione protettiva dall’attacco
degli enzimi cellulari.
Vi sono poi altre modifiche interne. La mag-
gioranza dei geni degli eucarioti contiene se-
quenze di basi non codificanti, cioè non conte-
c nenti istruzioni per sintetizzare proteine, dette
introni, che si interpongono tra le regioni dette
esoni: queste sono le parti destinate a essere
“espresse”, cioè tradotte in amminoacidi e
quindi in proteine.
Introni ed esoni sono trascritti entrambi nel-
la molecola del trascritto primario di mRNA;
occorre perciò eliminare gli introni non codifi-
canti e unire tra loro gli esoni: questo inter-
vento, chiamato splicing (“saldatura”) avvie-
ne per azione di un complesso formato da pro-
teine e piccoli frammenti di RNA. A questo
punto è pronto l’mRNA trascritto maturo, ido-
neo per essere trasferito nel citoplasma.
Nei procarioti, invece, la struttura dei geni
non presenta introni e data l’assenza di una
membrana nucleare, l’mRNA è introdotto di-
rettamente nel citoplasma.

13
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LE BASI CHIMICHE DELL’EREDITARIETÀ

5 Il codice genetico
La molecola di mRNA porta un’informazione scritta in un “alfabeto” a 4 let-
tere, rappresentate dalle quattro basi nucleotidiche (A, C, G, U).
L’alfabeto delle proteine è formato da 20 lettere, tante quanti sono gli am-
minoacidi naturali utilizzati come monomeri per formare le loro sequenze mo-
lecolari.
In che modo il linguaggio dell’mRNA e quindi del DNA può essere “tradotto”
nel linguaggio delle proteine?
La regola di corrispondenza che fornisce la chiave per tradurre l’informazione
contenuta in una sequenza di nucleotidi di un gene nella sequenza di amminoa-
cidi di una proteina costituisce il codice genetico.
Questo fu decifrato dai biologi all’inizio degli anni Sessanta del secolo scor-
so, in particolare grazie agli esperimenti compiuti dal biochimico statunitense
Marshall Nirenberg (vedi riquadro nella pagina a lato).
Fu subito scartata l’idea che ogni base azotata potesse corrispondere a un am-
minoacido: solo 4 amminoacidi su 20 avrebbero potuto essere codificati; allo
stesso modo fu scartata l’idea di un codice con parole di 2 lettere, che fornireb-
be solo 16 (42) possibili combinazioni di “parole”, cioè di basi prese a due a due,
meno delle 20 necessarie.
Un codice basato su combinazioni di basi prese a tre a tre poteva invece con-
templare un dizionario di 64 (43) parole, ampiamente sufficiente a rappresentare
i 20 amminoacidi.
Gli esperimenti dimostrarono che questa era la chiave cercata per la traduzione:
un codice a triplette.
Ogni amminoacido è in effetti codificato da una sequenza di 3 basi azotate,
chiamata tripletta o codone.
L’insieme dei 64 codoni, che sono triplette di basi dell’RNA, rappresenta il
codice genetico (fig. 20).

20
Fig. 20.
Il codice genetico costituito
da 64 basi dell’mRNA.

Phe = fenilalanina
Leu= leucina
Ile = isoleucina
Met= metionina
Val = valina
Ser = serina
Pro = prolina
Thr = treonina
Ala = alanina
Tyr = tirosina
His = istidina
Gln = glutammina
Asn= asparagina
Lys = lisina
Asp= ac. aspartico
Glu = ac. glutammico
Cys= cisteina
Trp = triptofano
Arg = arginina
Gly = glicina

14
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LE BASI CHIMICHE DELL’EREDITARIETÀ

La decifrazione del codice genetico


Gli esperimenti, iniziati nel 1961 da Mars hal l trasporto (tRNA), basando le sue ricerche su studi precedente-
Ni renberg (1927-2010) e collaboratori presso i National mente effettuati dal biochimico ispano-statunitense s evero
Institutes of Health (Stati Uniti), cominciarono con la tradu- ochoa (insignito del premio Nobel nel 1959 per i suoi lavo-
zione in vitro di sequenze contenenti un’unica base azotata. ri sugli aspetti enzimatici della sintesi delle proteine).
La traduzione in vitro consiste nel ricreare artificialmente il Nel 1968, Nirenberg, Holley e Khorana ricevettero il premio
sistema di traduzione. Ciò si fa mettendo insieme in una pro- Nobel per la fisiologia e la medicina.
vetta l’RNA che si vuole tradurre con un estratto cellulare, per
21
esempio da batterio (che contiene tutti gli enzimi necessari),
ATP, per fornire energia, e tutti gli amminoacidi. Dopo un
certo tempo, l’RNA è convertito in proteina, che può essere
isolata e analizzata.
Si vide così che un RNA costituito solo da uracile, ripetuto
più volte, chiamato “poli-U”, dava luogo a un polipeptide
contenente solo l’amminoacido fenilalanina. Si procedette
quindi a tradurre dei poli-A, poli-C, poli-G e poi via via com-
binazioni sempre più complesse (poli-AC, poli-AG, poli-
AAC, poli-AAG, ecc.) (fig. 21). Tutte queste prove permise-
ro alla fine di approdare alla decifrazione di 54 dei 64 codoni
del codice genetico.
Successivi lavori compiuti da Gobind Khorana (biologo
molecolare statunitense di origine indiana) permisero di iden-
tificare i restanti codoni e poco tempo dopo il biochimico sta-
tunitense Robert holley determinò la struttura dell’RNA di

Fig. 21. L’ordine di successione dei codoni sul filamento di mRNA stabilisce l’ordine in
L’analisi dei polipeptidi sintetizzati
da diversi tipi di mRNA sintetici permise cui i singoli amminoacidi saranno uniti tra loro nella catena polipeptidica (fig. 22).
di stabilire la corrispondenza Le possibili triplette sono molto superiori al numero degli amminoacidi ma, co-
tra codone e amminoacido. me si osservò, molti di questi sono codificati da più di un codone: per esempio, la
fenilalanina (Phe) è codificata dalle due triplette, UUU e UUC, la valina (Val)
22 dalle quattro triplette GUU, GUC, GUA e
GUG. Per questo si dice che il codice gene-
tico è ridondante.
La tripletta AUG ha una doppia funzione:
oltre a codificare la metionina (Met), rappre-
senta un codone di inizio, che avvia la tradu-
zione dell’mRNA sui ribosomi. Infine, tre co-
doni – UAA, UAG e UGA – non codificano
per alcuna proteina, ma sono segnali di stop
o fine, che arrestano l’allungamento della ca-
tena polipeptidica in formazione.
L’aspetto più significativo, soprattutto per
le implicazioni evolutive, della decifrazione
del codice genetico, è la scoperta che esso è
un codice universale, che viene adottato con
lo stesso significato (escluse poche eccezioni)
da tutti gli organismi viventi, dal più piccolo
batterio alla gigantesca sequoia.
Questo fatto rappresenta quindi una prova
inequivocabile dell’origine comune di tutti
gli esseri viventi.

Fig. 22.
La traduzione di una sequenza
di basi del DNA in un polipeptide.

15
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LE BASI CHIMICHE DELL’EREDITARIETÀ

23 6 La traduzione e la sintesi proteica


tRNA
Per tradurre un messaggio da una lingua all’altra occorre un interprete:
nella sintesi proteica l’interprete è costituito da molecole di tRNA (RNA
di trasporto), presenti in gran numero nel citoplasma. Un tRNA è costi-
tuito da una catena relativamente corta, formata da circa 80 nucleotidi, ri-
piegata e avvolta su se stessa in seguito a numerosi appaiamenti tra le sue
basi azotate tramite legami idrogeno (fig. 23a e b); la sua struttura tridi-
mensionale viene spesso rappresentata su un piano con una forma simile
a un trifoglio (fig. 23c). Sono presenti oltre 20 tipi diversi di tRNA, alme-
no uno per ciascuno dei vari tipi di amminoacidi.

a b c

Fig. 23.
a. Rappresentazione
al computer della struttura
tridimensionale
di una molecola di tRNA
e, b., modello grafico della stessa
molecola con evidenziati il sito
di legame dell’amminoacido
e l’anticodone: nell’esempio
questo è accoppiato al codone
che nella molecola di mRNA
codifica per la serina.
c. Modello detto a trifoglio del tRNA. L’estremità 3’, che termina sempre con una sequenza CCA, costituisce il
sito di legame per uno specifico amminoacido. Un enzima presente nel
citoplasma riconosce ogni specifica molecola di tRNA e, utilizzando l’e-
nergia fornita da una molecola di ATP, lega alla sua estremità l’amminoa-
24 cido corrispondente, scegliendolo con precisione tra quelli che si trovano
nel citoplasma (il processo è detto attivazione degli amminoacidi; vedi la
fig. 25 nella pagina a lato).
Dalla parte opposta, in un’ansa della molecola di tRNA è presente una
speciale tripletta di basi che rappresenta l’anticodone. Questo è comple-
mentare al codone dell’mRNA che specifica l’amminoacido che si attacca
nel sito di legame: l’appaiamento tra anticodone del tRNA e codone del-
l’mRNA costituisce la regola per fare corrispondere un certo amminoaci-
do a una sequenza del messaggio degli acidi nucleici, in altre parole è la
chiave per tradurre il linguaggio dei geni nel linguaggio delle proteine.
L’assemblaggio effettivo dei singoli amminoacidi in catene polipeptidi-
che, cioè la traduzione vera e propria che si concretizza nella sintesi delle
proteine, avviene sui ribosomi, organuli presenti nel citoplasma che han-
a no il ruolo di coordinare l’interazione tra mRNA e tRNA. I ribosomi sono
costituiti da due subunità, una grande e una piccola, fatte per due terzi
di rRNA (RNA ribosomale) e per un terzo di proteine (fig. 24). La subu-
nità più piccola contiene il sito di legame per l’mRNA, mentre quella più
grande ospita i siti di legame per le molecole di tRNA, indicati con A e P.

Fig. 24.
a. Modello al computer di un ribosoma rappresentato in modo da evidenziare
il suo “funzionamento” nel corso della traduzione: in particolare si osservano
il posizionamento degli anticodoni dei tRNA sui codoni dell’mRNA e la catena
polipeptidica in via di formazione.
b. Modello schematico di un ribosoma in cui sono indicati, oltre al sito di legame
b dell’mRNA, i siti di legame A e P dei tRNA, presenti nella subunità grande.

16
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LE BASI CHIMICHE DELL’EREDITARIETÀ

Il processo di traduzione 25
Quando un mRNA si trova nel citoplasma, è pronto per
essere tradotto e l’apparato di traduzione viene allestito.
Per prima cosa è necessario che le molecole di tRNA si
leghino ai rispettivi amminoacidi. Questa operazione,
detta attivazione degli amminoacidi, è descritta nella
figura 25.
Segue quindi la traduzione vera e propria che può essere
divisa in tre fasi: inizio, allungamento e terminazione.

Fig. 25.
Attivazione degli amminoacidi.
Come abbiamo in precedenza accennato, ogni molecola di tRNA Nel processo parte dell’energia dell’ ATP è trasferita nel legame tra il
deve legarsi all’amminoacido di propria competenza e la reazione tRNA e l’amminoacido che formano il complesso “amminoacil-tRNA”:
viene catalizzata da un enzima chiamato amminoacil-tRNA sintetasi. l’amminoacido così “attivato” è ora in grado di essere aggiunto
Per ogni amminoacido esiste un enzima specializzato alla catena polipeptidica che andrà via via formandosi, utilizzando,
nel riconoscimento del corrispondente tRNA. per formare il legame peptidico, l’energia immagazzinata.

■ INIzIo. Questa fase consiste in un processo che ha lo scopo A questo punto, la subunità grande del ribosoma si assembla
di stabilire con precisione il punto dove prenderà avvio la tra- con quella piccola formando un ribosoma completo funziona-
duzione. Una molecola di mRNA si lega alla subunità piccola le; nel contempo, il tRNA di partenza (met tRNA) si posiziona
del ribosoma e un tipo particolare di tRNA “di partenza”, il nel sito p (o sito pepti di l i co ) della subunità grande (fig.
met tRNA, che porta legato l’amminoacido modificato fo r- 26c).
mi l -meti o ni na (fMet) e che espone l’anticodone UAC, si Il sito P è, come vedremo, la sede in cui la catena polipepti-
lega alla molecola dell’mRNA (fig. 26a) in corrispondenza del dica inizia a formarsi per poi via via allungarsi, mentre il si-
co do ne di i ni zi o , AUG, che codifica una metionina (questa è to A (o sito ammi no aci l i co ) è quello in cui si ha il rico-
sempre il primo amminoacido di qualsiasi catena polipeptidi- noscimento fra codone e anticodone e dove avviene il posi-
ca, essendo corrispondente al codone di inizio). Si forma così zionamento del tRNA carico del successivo amminoacido
il “complesso di inizio”, costituito da (fig. 26b): mRNA- met - (amminoacil-tRNA) da aggiungere alla catena (nella figura è
tRNA-subunità piccola del ribosoma. mostrato in avvicinamento).
26

a b c

■ ALLuNGAMeNto. Il secondo codone dell’mRNA si trova in tempo, il ribosoma fa scorrere in avanti l’mRNA con attac-
corrispondenza del sito A, dove viene riconosciuto da un am- cato il tRNA che porta il polipeptide in via di formazione:
minoacil-tRNA avente un anticodone complementare (fig. ciò determina lo spostamento o tras l o cazi o ne di quest’ulti-
26d). Questo fa sì che l’amminoacido legato al tRNA nel sito P mo dalla posizione A alla posizione P (fig. 26e). Il sito A va-
si stacchi da questo e si unisca all’amminoacido del tRNA in cante viene subito occupato da un nuovo amminoacil-tRNA
posizione A grazie alla formazione di un l eg ame pepti di co che attacca il suo amminoacido alla catena: il meccanismo si
catalizzata dal ribosoma. A questo punto il tRNA in P, ora “sca- ripete e ogni volta viene aggiunto un amminoacido al poli-
rico”, si stacca dal ribosoma (rendendosi di nuovo disponibile peptide che così si allunga (fig. 26f).
per legare un'altra molecola di amminoacido); nello stesso

d e f

17
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LE BASI CHIMICHE DELL’EREDITARIETÀ

■ teRMINAzIoNe. La sequenza di eventi prima descritta si ripete Mano a mano che l’mRNA scorre nel primo ribosoma, il suo si-
fino a quando nell’RNA in corrispondenza del sito A si presenta to di inizio si presenta libero e disponibile ad assemblarsi con
un co do ne di s to p (UAA, UGA, UAG). Si giunge così alla fase un secondo ribosoma e così via, per cui alla fine numerosi ri-
di termi nazi o ne. bosomi possono essere simultaneamente inseriti sulla stessa
Nel sito A si lega un fatto re di ri l as ci o (fig. 26g): ciò comporta molecola di mRNA. Ne risultano strutture chiamate po l i s o mi
prima il distacco del polipeptide dall’ultimo tRNA a cui era legato o po l i ri bo s o mi (fig. 27), che consentono di rendere estre-
(fig. 26h), e successivamente la di v i s i o ne del ribosoma nelle due mamente veloce il processo di traduzione, in modo da assicura-
subunità, con il conseguente rilascio dell’mRNA (fig. 26i). re la tempestiva disponibilità di proteine per la cellula.

26

g h i

polipeptide
completo
subunità
27 a grande

A
UG

subunità
piccola
AU
G

codone codone
di terminazione d’inizio

inizio dell’mRNA
(estremità 5’)

Fig. 27.
a. Immagine al microscopio
elettronico di un polisoma
con 5 ribosomi agganciati
sulla catena di mRNA. polipeptidi
b. Nei polisomi, una serie che si allungano
di ribosomi può tradurre
simultaneamente
lo stesso mRNA.

Per riassumere, le diverse componenti che prendono parte alla traduzione-sintesi proteica nel citoplasma sono:

• l’mRNA (prodotto nel processo di trascrizione) che • gli amminoacidi, cioè i mattoni costitutivi delle proteine;
porta codificate le informazioni per costruire la pro- • enzimi e molecole di Atp (fonte di energia), neces-
teina; sari per lo svolgimento delle varie reazioni implicate
• il tRNA, che traduce il messaggio basato su triplette nella sintesi proteica.
di basi azotate in specifici amminoacidi; La velocità di sintesi delle proteine è molto elevata e ri-
• i ribosomi, dove avviene materialmente la sintesi proteica: chiede pochi secondi. In tal modo il processo di traduzio-
unendosi all’mRNA e ai tRNA consentono la costruzione ne può rispondere molto rapidamente ai fabbisogni della
della proteina, amminoacido dopo amminoacido; cellula.
18
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LE BASI CHIMICHE DELL’EREDITARIETÀ

28

NUCLEO

CITOPLASMA

Fig. 28.
Schema riassuntivo
delle principali tappe
che portano dal DNA alle proteine.
7 Mutazioni geniche e loro effetti
sulla sintesi delle proteine
Le proteine, a mano a mano che vengono prodotte, assumono la loro tipica
struttura terziaria o quaternaria e divengono funzionali come enzimi o come pro-
teine strutturali. Ciò richiede che il messaggio contenuto nel DNA sia trascritto
e tradotto in modo perfetto. Tuttavia, la sequenza dei nucleotidi che costituisce
Guida allo ✔ il messaggio può avere subìto modificazioni durante la duplicazione del DNA,
STUDIO
dovute a sostituzione, perdita o aggiunta di una o più basi: queste alterazioni so-
•Che cos’è il codice genetico? no definite mutazioni puntiformi o mutazioni geniche (vedi al Capitolo 1).
•Che cos’è un codone? Le mutazioni spontanee dovute a errori di duplicazione (fattori intrinseci)
•Come si può riassumere il processo sono rare. Fattori fisici e chimici esterni, chiamati mutageni (cioè “che inducono
di traduzione-sintesi proteica? mutazioni”) possono viceversa interagire con il DNA e provocare mutazioni an-
•Descrivi le diverse fasi della sintesi che in numero elevato a seconda della loro intensità e concentrazione: come si
proteica. rammenta, le radiazioni elettromagnetiche, come i raggi X o i raggi ultravioletti,
•Che cosa sono i polisomi? Quale sono potenti mutageni fisici; hanno effetti mutageni anche molte sostanze chi-
vantaggio danno alla cellula? miche (come coloranti, pesticidi, farmaci, additivi alimentari).

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LE BASI CHIMICHE DELL’EREDITARIETÀ

Le mutazioni puntiformi possono o meno avere diversi effetti a seconda di


H H dove si verificano e di come modificano la sequenza nucleotidica coinvolta.
H2N C COOH H2N C COOH
Le mutazioni puntiformi non hanno alcun effetto quando non cambiano il si-
gnificato del codone: per esempio, una mutazione che sostituisca la terza base
CH2 CH2 del codone CGT, non cambia l’amminoacido che verrà inserito nella proteina
R
gruppo
R CH2 COO– (CGT, CGA, CGG e CGC codificano tutti per l’arginina).
Questo tipo di mutazioni è detto silente.
COO–
Talvolta può accadere che il cambiamento nel codone determini la sostitu-
acido glutammico acido aspartico
zione dell’amminoacido con un altro avente proprietà compatibili con la posi-
H zione in cui si trova nella proteina: ad esempio, la sostituzione dell’acido glu-
tammico con l’acido aspartico solitamente non comporta cambiamenti di rilie-
H2N C COOH vo, perché entrambi sono amminoacidi con gruppo R di tipo acido (fig. 29).
CH Altre volte, invece, la mutazione può avere effetti rilevanti; la sostituzione di
R
CH3 CH3 un amminoacido causata da una mutazione puntiforme si ripercuote sulla fun-
zionalità della proteina in modo più o meno grave: è questo il caso di varie for-
valina
me di anemia dovute a mutazioni nel gene dell’emoglobina, come nel caso del-
l’anemia falciforme (fig. 30).
Fig. 29. 29 In questi casi la mutazione è detta di senso.
L’acido glutammico In alcuni casi, la mutazione puntiforme invece di dare luogo a una sostituzio-
e l’acido aspartico ne di amminoacidi, può trasformare un normale codone in un codone di stop e
sono due amminoacidi molto simili determinare quindi la formazione di una proteina “troncata”.
tra loro e differiscono solo
per l’estensione del gruppo R. Questo tipo di mutazione è detta nonsenso (o di senso errato).
Al contrario la valina, non solo Infine, si possono avere degli slittamenti di lettura causati da inserzione o
non è acida, ma ha anche
una geometria del gruppo R delezione (eliminazione) di una singola base (fig 31): cambia infatti il tipo di
molto diversa. raggruppamento in triplette dei nucleotidi, determinando la produzione di una
proteina del tutto nuova. Nei casi di sostituzione del codone con un segnale di
terminazione e in quelli di inserzione o delezione, le conseguenze sulla funzio-
Approfondimento nalità della proteina colpita sono quasi sempre gravi.
• Mutazioni e “malattie Va comunque rammentato che le mutazioni, pur essendo responsabili di ma-
Approfondimento on line
molecolari”
lattie genetiche, determinano la comparsa di nuovi geni e contribuiscono al-
l’arricchimento della variabilità genetica, che è alla base dei processi evolutivi.

30 31

Fig. 30. Fig. 31.


In alto: porzione di gene (DNA) normale per l’emoglobina. Mutazione per delezione.
In basso: per un errore (mutazione), invece della tripletta CTT L’eliminazione di un nucleotide provoca uno spostamento
c’è CAT. Di conseguenza, invece di avere nell’mRNA l’istruzione del quadro di lettura delle triplette dell’mRNA: a partire dal punto
GAA, si ha la tripletta GUA (si ricordi che nell’RNA la U sta per la T). di delezione tutti i nucleotidi saranno riuniti in codoni differenti
Così l’emoglobina, invece di avere in sesta posizione da quelli contenuti nel messaggio originario
un Glu (acido glutammico), avrà un Val (valina). e la traduzione darà origine a una proteina non funzionale.

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Concetti in sintesi
Summary LE BASI CHIMICHE DELL’EREDITARIETÀ

1 Dopo la scoperta di Frederick Griffith del fenomeno della tra- 1 After Frederick Griffith discovered bacterial transformation,
sformazione batterica, una serie di esperimenti condotti nei pri- a series of experiments conducted in the early 1940s by Oswald T.
mi anni Quaranta del secolo scorso da Oswald T. Avery fornirono Avery provided a strong indication that deoxyribose nucleic acid
una prima indicazione convincente che l’acido desossiribonuclei- (DNA) molecules are the basis of genetic information. DNA’s role
co (DNA) è la molecola depositaria dell’informazione genetica. La in genetics was confirmed after Alfred Hershley (1908-1997)
conferma definitiva del ruolo genetico svolto dal DNA venne in se- and Marta Chase conducted research on bacteriophages.
guito da ricerche condotte sui batteriofagi da Alfred Hershey In 1953 James Watson and Francis Crick discovered that
(1908-1997) e Martha Chase. the DNA molecule is composed of two polynucleotide strands
Nel 1953 James Watson e Francis Crick scoprirono che la mole- twisted around each other forming a double helix. Each strand
cola del DNA consiste di due filamenti polinucleotidici avvolti l’uno has nitrogenous bases which protrude towards the middle and are
intorno all’altro in modo da formare una doppia elica. Da ciascun part of every single nucleotide. The bases pair up in complementary
filamento sporgono verso il centro le basi azotate che fanno parte pairs: adenine-thymine (A-T) and guanine-cytosine (C-T).
di ciascun nucleotide e che risultano appaiate in due coppie com- For each DNA molecule, the sequence of bases in one strand
plementari: adenina-timina (A-T) e guanina-citosina (G-C). Nel- automatically determines the complementary sequence
la molecola di DNA, data la sequenza di basi di un filamento, è au- in the other strand.
tomaticamente definita la sequenza complementare dell’altro.
2 La molecola del DNA può replicarsi conservando e tramandando 2 A DNA molecule can replicate, conserve and transmit genetic
l’informazione genetica contenuta mediante il meccanismo della information through semi-conservative replication. The two
duplicazione semiconservativa. I due filamenti del DNA si sepa- DNA strands separate after the bonds between the bases are
rano in seguito alla rottura dei legami tra le basi complementari e broken. The bases are then used as a template to build a new strand
fungono da stampo per costruire ciascuno il proprio filamento for each old strand, using nucleotides present in the cytoplasm.
complementare attingendo ai nucleotidi presenti nel citoplasma. Each of the two new DNA molecules formed during replication
Ciascuna delle due nuove molecole di DNA che si formano nel- has a conserved strand (the parent) and a newly synthesized one.
la duplicazione è costituita da un filamento conservato (quel- Numerous enzymes take part in the replication process,
lo parentale) e da un altro neosintetizzato. Al processo di du- e.g. helicases and RNA polymerases.
plicazione prendono parte numerosi enzimi, tra cui l’elicasi e
l’RNA-polimerasi.
3 Nella sequenza di nucleotidi della molecola di DNA è codificata 3 The nucleotide sequence in a DNA molecule codes for genetic
l’informazione genetica che determina la sequenza di amminoaci- information which determines the amino acid sequences in proteins.
di delle proteine che vengono sintetizzate nel citoplasma cellulare. Proteins are synthesised in the cell cytoplasm.
Il DNA non partecipa direttamente alla sintesi proteica, ma tra- DNA does not participate directly in protein synthesis, but
smette la propria informazione a una molecola di acido ribonu- transmits its information using special ribonucleic acid (RNA)
cleico (RNA), di un tipo detto RNA messaggero o mRNA, che molecules known as messenger RNA or mRNA, which carries out
provvede all’attuazione delle istruzioni ricevute. the instructions it received from the template.
La molecola di RNA differisce dal DNA per le seguenti caratteri- The RNA molecule differs from DNA in the following ways: it has
stiche: è formata da un singolo filamento; contiene lo zucchero one single strand; it contains ribose sugar (not deoxyribose);
ribosio (anziché deossiribosio); contiene tre basi comuni al DNA it has three bases in common with DNA but contains uracil (U)
e una quarta base diversa, l’uracile (U), al posto della timina. instead of thymine.
4 Il trasferimento dell’informazione del DNA all’mRNA si chiama 4 The transmission of genetic data from DNA to mRNA is known
trascrizione. Un tratto esposto di un filamento di DNA funge da as transcription. An exposed strand of DNA acts as a template
stampo su cui viene copiato un filamento di mRNA, grazie all’in- on which an mRNA strand is created. This happens with the help
tervento dell’enzima RNA-polimerasi che riconosce una regione of RNA-polymerase, an enzyme which recognises regions of DNA
del DNA, detta promotore, come l’inizio di un gene. L’enzima pro- known as promoter regions. These mark the beginning of a gene.
cede quindi all’assemblaggio di ribonucleotidi liberi per sintetiz- The enzyme starts assembling free ribonucleotides to synthesise
zare una molecola di mRNA complementare alla sequenza di DNA the mRNA molecule, whose sequence will be complementary to
che codifica per il gene che deve essere espresso. Sono seguite le that of the DNA strand. This sequence will code for the expressed
stesse regole di appaiamento delle basi che valgono per la dupli- gene. The bases will pair up the same way they do with DNA,
cazione del DNA, salvo che l’uracile (e non la timina) si accoppia except uracil will pair with adenine instead of thymine. Newly
con l’adenina. synthesised mRNA strands in eukaryote cells contain sequences
Nelle cellule eucarioti il filamento di mRNA neoformato (trascrit- known as introns (copied from DNA) which do not code for any
to primario) contiene sequenze, dette introni (ricopiate dal DNA), protein and are therefore modified before migrating to the cytoplasm.
che non servono per codificare proteine e ciò richiede che, prima Enzymes cut the DNA elminating the introns (RNA splicing)
di migrare nel citoplasma, sia modificato (processamento del- and join together the sequences which will go on to be translated,
l’mRNA): a ciò provvedono enzimi che tagliano ed eliminano gli known as exons.
introni e riuniscono tra di loro le parti destinate a essere tradotte,
chiamate esoni.
5 Il codice genetico è la regola di corrispondenza per tradurre 5 The genetic code uses corresponding matches to translate genetic
l’informazione contenuta in una sequenza di nucleotidi di un gene, information found in a sequence of nucleotides into the sequence
nella sequenza di amminoacidi di una proteina. È basato su com- of amino acids of a protein. These are based on combinations
binazioni di quattro lettere – le quattro basi azotate del mRNA – of four letters which represent the four nitrogenous bases of mRNA.
prese a tre a tre, dette triplette o codoni: un codone è una “parola” The bases are read three by three and are called triplets,
che specifica un certo amminoacido. Delle 64 possibili combi- or codons. One codon is like a word which describes a specific
nazioni di triplette, 61 codificano per amminoacidi specifici: dato amino acid. There are 64 possible combinations of triplets, 61 code
che gli amminoacidi sono 20, più triplette codificano per uno for specific amino acids. There are only 20 existing amino acids,
stesso amminoacido, mentre le residue tre triplette fungono da so different triplets can code for a given amino acid.
segnali di arresto (stop) della sintesi proteica. Il codice genetico è The three remaining triplets which do not code for amino acids
ridondante e universale (è lo stesso per tutti gli organismi vi- function as ‘stop’ signals during protein synthesis. The genetic code
venti). is redundant and universal (it is the same for all living organisms).

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6 La sintesi proteica o traduzione avviene nel citoplasma, dove 6 Protein synthesis or translation occurs in the cytoplasm, where
si dirige l’mRNA dopo aver lasciato il nucleo. L’mRNA si lega ai mRNA travels to after exiting the nucleus. Here, mRNA binds
ribosomi, formati da due subunità e costituiti da molecole di RNA to ribosomes, structures formed by two subunits composed
ribosomale (rRNA) legate a proteine. Il traferimento ai ribosomi of ribosomal RNA (rRNA) and proteins. Transfer RNA (tRNA)
dei vari amminoacidi, che legandosi tra loro formeranno la protei- provides the ribosomes with the amino acids needed to form
na, avviene grazie all’RNA di trasporto o tRNA. Ogni molecola di the protein. Each tRNA molecules has a site which the amino acid
tRNA possiede a un’estremità un sito a cui può legarsi un ammi- can bind to, as well as a triplet of bases known as the anticodon,
noacido e all’altra una tripletta di basi, detta anticodone, comple- on its other extremity. The anticodon is complementary to codons
mentare a un dato codone dell’mRNA: funge così da interprete found on mRNA strands. This way the tRNA acts as a molecular
molecolare che traduce il messaggio genetico del mRNA nel lin- interpreter that translates the genetic message into protein.
guaggio delle proteine. La traduzione si svolge in tre tappe: inizio, The translation occurs in three stages: initiation, elongation and
allungamento, terminazione della nuova catena polipeptidica. termination of the new polypeptide chain.

7 Nella duplicazione della catena del DNA possono avvenire sosti- 7 During the replication of the DNA strand substitutions, deletions
tuzioni oppure delezioni o inserzioni di basi. Tali modificazioni or insertions of bases might occur. These modifications in the DNA
nella sequenza del DNA costituiscono mutazioni geniche. Una sequence cause genetic mutations. A mutation can determine
mutazione può determinare la codificazione di un amminoacido the code of an amino acid and cause an ‘error’. This could affect
“sbagliato” e influire, più o meno pesantemente, sulla struttura e the structure and function of the protein which is being coded
sulla funzionalità della proteina codificata dal gene mutato. by the mutated gene.

VERIFICHE

VeRIfICA DeLLe CoNosCeNze

1. IL DNA è LA MoLeCoLA DeLL’INfoRMAzIoNe geNeTICA 3 Quali delle seguenti combinazioni corrisponde all’ac-
coppiamento di basi azotate del DNA?
1 Point out if the statements are True (T) or False (F)
a. A-C, T-G
giving a reason for your answer.
b. G-A, T-C
T F
a. Hershey and Chase used an 35S radioactive c. T-A, G-C
isotope to label bacteriophage DNA. ❏ ❏
d. G-T, C-A
b. Thymine and adenine form complementary
bases in DNA. ❏ ❏
c. Guanine is a purine base which can form
two hydrogen bonds. ❏ ❏ 2. LA DupLICAzIoNe DeL DNA
d. DNA’s double helix has a diameter of 2 mm. ❏ ❏
e. DNA’s double helix consists of two antiparallel 4 Indica Vero (V) o Falso (F) motivando la risposta.
sugar phosphate backbones. ❏ ❏ V F
f. The sugar in DNA is ribose. ❏ ❏ a. Le molecole prodotte nella duplicazione
g. DNA had the same sequence of nitrogenous del DNA sono l’una l’immagine speculare
bases in every living organism. ❏ ❏ dell’altra. ❏ ❏
b. Il meccanismo della duplicazione
2 Associa a ciascuna scoperta lo scienziato che ne è stato semiconservativa del DNA fu dimostrato
l’autore. da Linus Pauling. ❏ ❏
a. Determinazione della struttura molecolare del DNA c. Nella duplicazione del DNA la separazione
b. La causa responsabile della replicazione dei due filamenti avviene per opera
dei batteriofagi nei batteri è il DNA dell’enzima elicasi. ❏ ❏
c. Trasformazione batterica d. L’attività della DNA-polimerasi
d. Conferma che nella trasformazione batterica si ha è unidirezionale. ❏ ❏
un trasferimento di DNA
e. I frammenti di Okazaki sono uniti
e. Regolarità della composizione in basi del DNA
dall’enzima DNA ligasi. ❏ ❏
[a. ..............................................; b. ..............................................;
f. Al processo di duplicazione del DNA
c. ..............................................; d. ..............................................; prendono parte l’elicasi e l’RNA-polimerasi. ❏ ❏
e. ..............................................]

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LE BASI CHIMICHE DELL’EREDITARIETÀ

5 Choose the correct statement (could be more than one). 8 Disponi le seguenti parole, separate da frecce, nell’or-
dine corretto per rappresentare i passaggi che espri-
1. DNA replication is semi-conservative because mono il dogma centrale della biologia.
a. the DNA conserves its genetic traits
b. one of the DNA strands in the daughter cell is proteine, DNA, RNA, trascrizione, traduzione
unaltered [...........................................................................................................]
c. half of the DNA is lost
d. only part of the DNA is replicated
9 Scegli il completamento corretto.
2. DNA replication È assente nell’RNA
a. starts at a replicating fork a. timina
b. starts in many points of the sequence b. uracile
at the same time c. citosina
c. starts at one end of the molecule d. adenina
d. occurs with the help of enzymes
3. In DNA replication the synthesis of new strands
a. is catalysed by DNA polymerases 4. LA TRAsCRIzIoNe e IL pRoCessAMeNTo DeLL’RNA
b. happens non continuously in the 5’ to 3’ direction 5. IL CoDICe geNeTICo
from the leading strand
c. happens in the 3’ to 5’ direction from the lagging 10 Per le seguenti affermazioni relative al codice genetico,
strand indica Vero (V) o Falso (F).
d. happens continuously from the lagging strand V F
a. Il codone UAA è il codone di inizio. ❏ ❏
6 Individua le affermazioni false, giustificando la tua b. Il codone ATG è il codone di inizio. ❏ ❏
scelta. c. I codoni UAG e AAG codificano entrambi
per l’amminoacido lisina. ❏ ❏
Watson e Crick dimostrarono
d. I codoni UCU, UCC, UCA e UCG codificano
a. che il rapporto tra il numero delle molecole per l’amminoacido serina. ❏ ❏
di adenina e di timina è 1:1, come quello tra guanina
e citosina
11 Scegli il completamento corretto.
b. che il DNA è costituito da due catene di nucleotidi
complementari, avvolti a elica, l’una intorno all’altra Il codice genetico è ridondante perché
c. come avviene la replicazione semiconservativa a. ogni tripletta corrisponde a un amminoacido
del DNA b. alcuni amminoacidi possono corrispondere
d. che il DNA è la molecola depositaria a più triplette diverse
dell’informazione genetica c. definisce molte proteine
d. alcune triplette non corrispondono
ad alcun amminoacido
3. L’IpoTesI “uNgeNe-uNA pRoTeINA”
e LA sCopeRTA DeL RuoLo DeLL’RNA 12 Complete the following sentences by adding the correct
words.
7 Indica Vero (V) o Falso (F) motivando la risposta. a. The genetic message coded in the .................... molecule
V F cannot be used directly for the synthesis of ..........................,
a. La funzione di un gene è quella di determinare which occurs in the cytoplasm. It must be transferred in
la produzione di una specifica proteina. ❏ ❏ the form of a molecular message in an ................ molecule.
b. Il tRNA è contenuto nel nucleo. ❏ ❏ This occurs through the .............................................. process
c. Gli RNA più piccoli sono i miRNA e i siRNA. ❏ ❏ helped by the .................................................................... enzyme.
d. L’mRNA ha la funzione di traduttore It moves along the template DNA strand in a ........................
dell’informazione contenuta nel tRNA. ❏ ❏ direction and synthesises a ........................................................ .
e. L’ipotesi “un gene-un enzima” fu formulata b. Usually in ......................................, only part of a DNA helix
da Meselson e Stahl. ❏ ❏ and the corresponding RNA are needed to code for
f. I ribosomi sono costituiti da rRNA associato proteins. These parts are known as ...................... .
a proteine. ❏ ❏ Non-coding RNA sequences are known as ...........................,
they are cut off and eliminated before the RNA exits the
nucleus. This is known as .............. ................................. .

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LE BASI CHIMICHE DELL’EREDITARIETÀ

6. LA TRADuzIoNe e LA sINTesI pRoTeICA 7. MuTAzIoNI geNIChe e LoRo effeTTI suLLA sINTesI


DeLLe pRoTeINe
13 Point out which statements are true.
1. During translation 14 Completa il seguente brano scegliendo fra i termini in-
a. a sequence of triplets is translated into a sequence dicati in basso.
of proteins Le mutazioni ……...................……….… riguardano la sostituzio-
b. a sequence of amino acids is translated into
triplets ne di un singolo nucleotide. Le mutazioni puntiformi non
c. a sequence of triplets is translated into a sequence hanno alcun effetto quando ………...............................……….. il
of amino acids significato del codone e si dicono perciò …................……… .
d. tRNA is translated into amino acids
In altri casi la mutazione puntiforme ha un effetto sul ........
2. When amino acids are activated during translation ……................................…. perché determina un cambiamen-
a. each amino acid binds to its specific tRNA
to significativo nella proteina, e viene detta
b. tRNA attach the amino acids to the polypeptide
chain ................................. …............................... .
c. amino acids bind to the ribosome
d. tRNA binds to the ribosome [cambiano, fenotipo, genotipo, non cambiano, nonsenso,
puntiformi, di senso, silenti ]

VeRIfICA DeLLe AbILITà

1 Collega i seguenti enzimi con la loro funzione (anche 3 Se il codice genetico fosse scritto in blocchi di 4 nu-
più di una). cleotidi, quante sarebbero le possibili combinazioni di
codifica?
1. DNA-ligasi
Discuti questa possibilità e i vantaggi o svantaggi che
2. DNA-polimerasi
ne potrebbero derivare.
3. elicasi
4. RNA-polimerasi
4 The following are the first 30 nucleotides in a DNA
a. catalizza la polimerizzazione della catena di DNA
strand of a human gene from the β chain
nella duplicazione
of heamoglobin:
b. corregge eventuali errori della duplicazione del DNA
c. nella duplicazione unisce i frammenti di DNA sparsi 3’-TACCACGTGGACTGAGGACTCCTCTTCAGA-5’
d. nella duplicazione svolge la doppia elica del DNA
e. sintesi di RNA complementare nella trascrizione What is the sequence of the complementary strand?

[1. ...........]; [2. ...........]; [3. ...........]; [4. ...........].


5 Se la doppia elica di DNA per la catena β dell’emoglo-
bina del problema precedente fosse trascritta da sini-
2 Fill in the definitions with the correct word.
stra a destra quali sarebbero:
a. A group of ribosomes which simultaneously synthesise a. la sequenza dell’RNA relativa a questa regione
the same protein from a DNA molecule. codificante?
[…......................................………..] b. la sequenza di amminoacidi della corrispondente
b. Non coding part of mRNA which is removed from the catena polipeptidica?
primary transcript. […......................................………..]
c. Structure where amino acids from tRNA are assembled. 6 Quali sono le tre principali differenze strutturali fra DNA
[…......................................………..] e RNA?
d. Triplet of RNA bases which codes for an amino acid. 1. .........................................................................................................
[…......................................………..] .........................................................................................................
e. Parts of mRNA which codes for a protein. 2. .........................................................................................................
[…......................................………..] .........................................................................................................
f. Triplet found at the tip of tRNA. 3. .........................................................................................................
[…......................................………..] .........................................................................................................

24
BIOCHIMICA APPROFONDIMENTI_2_BIOLOGIA_2010 28/04/14 16:06 Pagina 25

Il controllo
dell’espressione
genica
© Andrew Syred-Photo reasearchers.

Conoscenze
• Espressione selettiva dell’informazione genica.
• Organizzazione del genoma nei procarioti e negli eucarioti.
• Regolazione dell’espressione genica nei procarioti.
• Livelli di controllo nella regolazione dell’espressione genica negli eucarioti.

Abilità
• Spiegare perché l’informazione genica deve essere espressa in modo
selettivo.
• Illustrare come l’organizzazione del DNA nella cellula procariote ed eucariote
influenza l’espressione genica.
• Spiegare il controllo trascrizionale nei procarioti.
• Illustrare i principi essenziali alla base dei diversi livelli di controllo nella
regolazione dell’espressione genica negli eucarioti.

1 L’informazione genica
è espressa in modo selettivo
Una cellula batterica contiene nel suo DNA l’informazione genica necessaria
1 per codificare per alcune migliaia di proteine diverse, mentre il DNA di una cel-
lula di un organismo eucariote, come l’uomo o una pianta di frumento, codifica
per alcune decine di migliaia di proteine differenti. Questa imponente dotazione
di molecole proteiche assicura lo svolgimento delle numerose funzioni attuate
dalla cellula per far fronte alle proprie esigenze, variabili da momento a momen-
to in relazione al suo ciclo vitale e ai cambiamenti dell’ambiente circostante.
La gestione di questa complessa attività avviene in modo economico e alta-
mente coordinato. Difatti le cellule, di volta in volta, a seconda delle condizioni
interne ed esterne, esprimono solo una parte delle molte migliaia dei propri geni,
quella che al momento viene coinvolta.
Per esempio, una semplice cellula batterica per nutrirsi deve assorbire sostanze
organiche dall’ambiente esterno. Queste, a seconda del substrato, possono essere
assai diverse: in rapporto alla loro composizione, il batterio ha la facoltà di atti-
vare certi geni o di disattivarne altri, in modo da produrre solo gli enzimi utili per
sfruttare al meglio i nutrienti presenti in quel dato substrato (fig. 1).

Fig. 1.
Il batterio Shewanella oneidensis MR-1 possiede Dopo che sono stati determinati tutti i geni
caratteristiche che si sono rivelate utili per presenti nel suo DNA, si è studiato il processo
neutralizzare un inquinante ambientale molto attraverso cui il batterio interagisce con il cromo.
tossico, il cromo esavalente (Cr 6+), Esso comporta l’attivazione di determinati
un metallo pesante estremamente solubile geni che controllano la sintesi specifica
in acqua. Il batterio è infatti in grado di proteine enzimatiche, in grado
di trasformare il cromo esavalente in cromo di metabolizzare il cromo esavalente,
trivalente (Cr3+) che si separa sotto forma di tramite la sua “bioriduzione” a cromo trivalente
un sale poco solubile relativamente innocuo. che rappresenta il metabolita.

25
BIOCHIMICA APPROFONDIMENTI_2_BIOLOGIA_2010 28/04/14 16:06 Pagina 26

IL CONTROLLO DELL’ESPRESSIONE GENICA

Guida allo Ben più complessa è la situazione della cellula eucariote di un organismo
STUDIO ✔
pluricellulare, sia esso un animale, una pianta o un fungo. Ciascuno di essi è
•Come è organizzato il DNA della infatti costituito da un numero talvolta sterminato di cellule (un uomo ne pos-
cellula procariote? siede almeno dieci trilioni, ossia 1013) diversificate in numerosi tipi specia-
•Che cosa sono gli istoni? lizzati (cellule nervose, muscolari, epatiche, globuli rossi e così via).
•Quali sono i diversi livelli di orga- Nell’uomo esistono circa 200 tipi cellulari diversi, ciascuno dei quali svolge
nizzazione del DNA della cellula funzioni altamente specifiche, che richiedono proteine ed enzimi differenti da
eucariote? tessuto a tessuto. Inoltre, l’attività cellulare varia a seconda delle condizioni
dell’organismo, per esempio se si sta muovendo oppure se sta mangiando, o
ancora se fa freddo oppure caldo e così via.
In conclusione, l’informazione genica contenuta nel DNA degli organismi
2 viventi è espressa in modo altamente selettivo, differenziato e regolato in
a relazione alle condizioni interne e agli stimoli esterni. Sia le cellule procario-
ti che quelle eucarioti mettono in atto il controllo dell’e-
spressione dei geni modulando la quantità e il tipo di pro-
teine. I relativi processi, che costituiscono la regolazione
genica, possono avvenire in diversi momenti nel corso
degli eventi che dal DNA portano alle proteine.
La regolazione del processo di trascrizione è sicuramen-
te uno dei punti di controllo più importanti e diffusi. Ta-
le meccanismo dipende essenzialmente dalle informazio-
ni presenti nelle regioni adiacenti al gene che deve esse-
re trascritto. Tra le cellule procarioti e quelle eucarioti esi-
stono differenze dovute alla diversa organizzazione del
DNA nella cellula come riassunto nella figura 2.

Fig. 2.
Gli eventi necessari per trascrivere e tradurre in una proteina un gene di un cappuccio e di una coda formata da adenine (- AAAA- inserite
eucariote sono più numerosi e complessi di quelli necessari nel caso per poliadenilazione; si veda al paragrafo 4): solo a questo punto l’mRNA
della cellula procariote. a. Nella cellula eucariote, a differenza di quella è trasportato, attraverso la membrana nucleare, dal nucleo al citoplasma
procariote, l’informazione genetica codificata dal DNA è contenuta dove è tradotto in una proteina.
nel nucleo e i geni spesso sono interrotti da sequenze non codificanti, b. In una cellula procariote la trascrizione dell’mRNA avviene
gli introni, che sono trascritte nella molecola di mRNA trascritto primario; in un solo passaggio perché il DNA non contiene introni da rimuovere;
questa subisce un processamento in cui gli introni sono rimossi e gli esoni inoltre, data l’assenza di una membrana nucleare, sia la trascrizione
saldati insieme (splicing) e le sue estremità sono modificate (per aggiunta sia la traduzione si svolgono nel citoplasma.

2 L’organizzazione del DNA


nei cromosomi
Il cromosoma procariote
3 Nella maggioranza delle cellule batteriche tutti i geni sono disposti, come sap-
piamo, su un unico cromosoma circolare.
In Escherichia coli, ad esempio, il DNA è lungo circa 1 mm, pari a oltre 4 mi-
lioni di basi, e questa molecola deve essere contenuta in una cellula larga ap-
prossimativamente 0,5-1 mm e lunga non più di 2 mm (fig. 3). Ciò è possibile so-
lo grazie alla formazione di superavvolgimenti del DNA che ne permettono il
compattamento nella cellula del batterio in una regione chiamata nucleoide.
© Pearson Education.

Fig. 3.
Immagine al microscopio elettronico a scansione del cromosoma di Escherichia coli: il batterio
è stato trattato in modo da determinare la fuoriuscita dalla cellula del lungo filamento di DNA
in forma completamente “svolta”.

26
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IL CONTROLLO DELL’ESPRESSIONE GENICA

Il cromosoma eucariote
Focus Il cromosoma eucariote differisce da quello procariote per alcuni aspetti im-
portanti. Innanzi tutto per quello quantitativo: nella cellula eucariote il DNA è
OLTRE 2 METRI DI DNA presente in quantità molto maggiore, in forma di lunghe molecole lineari, anzi-
Le molecole di DNA dei 46 cro- ché come singola molecola circolare, come nei procarioti; inoltre, le molecole di
mosomi delle nostre cellule, com- DNA sono in stretta associazione con proteine che influenzano in modo determi-
pletamente svolte, avrebbero
nante la struttura dei cromosomi; infine, il modo in cui sono organizzate le se-
una lunghezza complessiva sti-
mata all’incirca di 2 metri. quenze di geni che codificano per le proteine e i meccanismi che ne controllano
l’espressione sono assai più complessi.
Osserviamo ora in dettaglio la struttura del cromosoma eucariote.
L’impacchettamento del voluminoso contenuto di DNA in un nucleo di appena
5 mm di diametro si realizza grazie a un sistema di “spiralizzazione” delle mole-
cole di DNA attuato tramite avvolgimenti e ripiegamenti. Come risultato, i cro-
mosomi assumono strutture estremamente compatte.
Ciò è reso possibile dall’associazione del DNA con proteine di piccole dimen-
sioni, chiamate istoni.
Il sistema di spiralizzazione è organizzato su vari livelli di complessità (fig. 4).
Il primo livello è caratterizzato dalla formazione di un complesso “DNA - istoni”:
la molecola di DNA (che ha carattere “acido”) si avvolge con circa due spire in-
torno a un nucleo proteico costituito da otto istoni (aventi carattere “basico”) for-
mando una struttura chiamata nucleosoma. La compagine di nucleosomi in suc-
cessione dà origine a una catena di nucleosomi uniti da brevi tratti di DNA, si-
mile a una collana di perle (i nucleosomi stessi). Questa struttura filamentosa del
diametro di 10 nm costituisce una fibrilla elementare. Nel successivo livello di
spiralizzazione la fibrilla elementare si avvolge su se stessa in forma di fibra eli-
Guida allo ✔ coidale compatta (o solenoide), le cui spire comprendono da 6 a 8 nucleosomi
STUDIO
ciascuna: questa struttura, del diametro di circa 30 nm, rappresenta una fibra di
•Come è organizzato il DNA della cel- cromatina. Al momento della divisione della cellula, i filamenti di cromatina si
lula procariote? avvolgono ulteriormente su se stessi, ispessendosi e accorciandosi e formando un
•Che cosa sono gli istoni? “superavvolgimento” o superspirale che costituisce un ulteriore livello di orga-
•Quali sono i diversi livelli di organizza- nizzazione; altri ripiegamenti della superspirale compattano ancora di più la cro-
zione del DNA della cellula eucariote? matina, facendo assumere in questo modo ai cromosomi la tipica forma conden-
sata che si osserva, nel corso della mitosi, quando sono in metafase.
c 4
a b

Fig. 4.
Come il DNA si organizza nei cromosomi.
a. La molecola del DNA si avvolge intorno
a nuclei costituiti da istoni formando
nucleosomi e originando,
b., una fibrilla elementare.
c. La fibrilla elementare si avvolge su se
stessa formando una fibra elicoidale
compatta di cromatina.
d. Al momento della divisione della cellula, e d
i filamenti di cromatina si avvolgono
ulteriormente su se stessi formando
una superspirale che si organizza,
e., in strutture condensate a forma
di bastoncino, i cromosomi.
È presumibile che la “spiralizzazione”
del DNA serva a preservare quest’ultimo
dal contatto dell’enzima DNA-polimerasi
che potrebbe attivare la prematura
espressione dei geni. In ogni caso,
perché si avvii la trascrizione genica
sull’mRNA, occorre il distacco degli istoni
dal DNA (che richiede l’allentamento dei
legami nel complesso “DNA-istoni” che
sono controllati da specifiche proteine).

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IL CONTROLLO DELL’ESPRESSIONE GENICA

Nucleo e cromosomi. Osservando a livello microscopico il nucleo du-


Guida allo ✔
STUDIO rante l’interfase, cioè quando la cellula non è in divisione mitotica, i cromo-
somi appaiono in forma di cromatina, molto decondensati: si distinguono tut-
•Che cosa si intende per eucromatina tavia zone dove la loro dispersione è maggiore, chiamate eucromatina, e zo-
ed eterocromatina? ne dove essi sono più addensati, chiamate eterocromatina, localizzate spe-
•Quale è la funzione della membrana cialmente alla periferia del nucleo (fig. 5). Mentre l’eucromatina è quella nor-
nucleare?
malmente attiva ai fini della trascrizione e quindi nella sintesi dell’RNA, l’e-
terocromatina corrisponde a parti della cromatina che sembrano essere total-
mente o parzialmente inattive in relazione all’espressione genica.
Nelle cellule degli eucarioti, specialmente in quelli caratterizzati da una
molteplicità di tessuti, gran parte del DNA è “silente”, cioè non viene tra-
5 scritta, poiché solo i geni connessi con la specializzazione funzionale delle
membrana cellule sono normalmente attivi. L’eterocromatina è detta costitutiva quando è
cromatina nucleare sempre e comunque inattiva, facoltativa quando, durante il differenziamento,
diviene inattiva. Un esempio tipico di eterocromatina facoltativa è rappresen-
tato dal cromosoma sessuale dei mammiferi. Nella femmina vi sono due cro-
mosomi X, uno di origine materna e l’altro di origine paterna. Uno di essi vie-
nucleo ne inattivato e diviene eterocromatico, rimanendo costantemente spiralizzato
(esso costituisce il cosiddetto corpo di Barr, evidenziabile al microscopio).
Quale dei due cromosomi venga inattivato è un fatto puramente casuale: di
nucleolo
conseguenza, se essi contengono alleli diversi dello stesso gene, si manife-
sterà solo il fenotipo associato all’allele presente nel cromosoma attivo.
Al microscopio si evidenzia nel nucleo un’altra struttura, il nucleolo, che appa-
re come un corpicciolo sferico ben distinguibile dalla cromatina (vedi fig. 5). Il
eterocromatina nucleolo è costituito prevalentemente da RNA ribosomale e da proteine. Queste
vengono assemblate nelle due subunità dei ribosomi per poi migrare nel citopla-
Fig. 5. sma, dove parteciperanno alla sintesi proteica.
Nucleo di una cellula eucariote. Il nucleo, con la cromatina e il nucleolo, è racchiuso dalla membrana nuclea-
Immagine al microscopio
elettronico a trasmissione.
re: come si rammenta, è una doppia membrana che presenta delle strutture, chia-
mate pori nucleari, assai numerose (3000-5000 per nucleo), aventi un diametro
di circa 100 nm (fig. 6). La membrana interna sembra rivestire un ruolo nell’an-
coraggio dei cromosomi, mentre i pori sono importanti sia per il trasporto nel ci-
toplasma di ribosomi e di macromolecole (quali mRNA), sia per l’accesso di ma-
cromolecole, quali proteine, che dal citoplasma debbono passare nel nucleo.
6
nucleo
a b c

pori nucleari

La membrana nucleare non solo separa fisicamente il DNA dal citoplasma,


ma di fatto rappresenta una barriera fisica fra gli eventi che hanno luogo in
questo compartimento e quelli che avvengono nel citoplasma. Sappiamo, per
esempio, che le molecole di mRNA prodotte durante la trascrizione, prima di
passare nel citoplasma dove verranno tradotte, subiscono una serie di modifi-
Fig. 6. cazioni (processamento dell’mRNA): la membrana nucleare assicura che ciò
a. Schema della struttura della membrana avvenga in modo indisturbato. Attraverso i pori nucleari si svolge, inoltre, il
nucleare. b. La membrana nucleare transito di tutte le componenti proteiche necessarie per i processi di duplica-
punteggiata da pori nucleari, che in c. sono zione e trascrizione.
mostrati in maggiore dettaglio
(nel cerchio, ingrandimento della struttura
La membrana nucleare costituisce una sorta di linea di confine attrezzata
di un poro nucleare che è formata per il controllo capillare su tutto ciò che entra e che esce dal nucleo. Questo
da un complesso proteico costituito è un fatto molto importante, perché fornisce agli organismi eucarioti un mezzo
da centinaia di singole proteine). per affinare la regolazione dell’espressione genica.

28
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IL CONTROLLO DELL’ESPRESSIONE GENICA

Considerazioni sul genoma eucariote


Abbiamo sottolineato il fatto che il 7
DNA negli eucarioti è molto più abbon-
dante che nei procarioti. Questa differen-
za però non si spiega solo sulla sempli-
ce base di un diverso grado di comples- Fagiolo Giglio
sità fra questi organismi, e quindi nella
necessità di un numero maggiore di geni
(e funzioni) negli eucarioti rispetto ai Drosophila
procarioti.
Una serie di analisi di tipo molecolare e Squalo
genetico ha messo in evidenza che negli
eucarioti solo una frazione del PESCI OSSEI
Rana Salamandra
DNA è trascritta in mrNA (circa il
2%). La restante parte è invece costitui-
ta da sequenze non funzionali. L’am-
montare di questa seconda frazione varia
molto fra i diversi organismi, e non è Uomo
correlabile né con il loro grado evoluti-
vo né con la loro complessità (fig. 7).
Ad esempio, nel regno delle piante la Numero di coppie di nucleotidi (paia di basi) per genoma aploide
specie con il genoma più piccolo è Fig. 7.
Arabidopsis thaliana, che tuttavia non è Grafico che illustra la complessità del genoma di vari organismi, espressa come nume-
certo una delle specie più antiche. Da ro di paia di basi contenute in un genoma aploide.
parte sua l’uomo ha una quantità di
DNA per cellula che è circa un decimo di questa disciplina; molti ricercatori si so- di un eucariote contiene sequenze
quella contenuta in una cellula di tulipa- no perciò dedicati allo studio di queste singole, ossia presenti una sola volta
no (tab. 1). sequenze e oggi comincia a emergere un nel genoma. Solo l’1% circa di queste
Questa grande variabilità nel contenuto quadro sorprendente, in quanto spesso sequenze sono funzionali e codificano
di DNA non funzionale nel genoma de- questo DNA considerato “inutile” ha per proteine. Le restanti sono perlopiù
gli eucarioti è stato, ed è tuttora, uno dei mostrato di svolgere ruoli importanti nel regioni di DNA che costituiscono gli in-
misteri più affascinanti della biologia, e controllo della regolazione genica. Oggi troni o che fungono da spaziatori non
rappresenta uno degli enigmi irrisolti di sappiamo che circa il 50-75% del DNA trascritti tra geni adiacenti.

l’amplificazione genica
Tabella 1. Contenuto di DNA di organismi appartenenti a specie diverse
A volte, nel corso dell’evoluzione, i geni
NOME DELLA SPECIE GRANDEZZA NUMERO APLOIDE in copia singola possono andare incontro
DEL GENOMA APLOIDE DI CROMOSOMI
a eventi di duplicazione, dando origine
COMUNE SCIENTIFICO IN PAIA DI BASI
così alle famiglie multigeniche, os-
Lievito Saccharomyces cerevisiae
sia gruppi di geni tra loro correlati per se-
13 x 106 16
quenza e funzione del prodotto proteico.
Tripanosoma Trypanosoma brucei 80 x 106 sconosciuto Talvolta la duplicazione può raggiunge-
Nematode Caenorhabditis elegans 80 x 106 6 re livelli notevoli, anche qualche centi-
Baco da seta Bombyx mori 500 x 106 28 naio di copie, e si parla quindi di am-
plificazione genica. In questi casi
Moscerino della frutta Drosophila melanogaster 165 x 106 4
non è raro che alcune delle copie non sia-
Riccio di mare Strongylocentrotus purpuratus 800 x 106 21 no più funzionali a causa di errori verifi-
Rospo africano Xenopus laevis 3000 x 106 18 catisi durante gli eventi di amplificazio-
Salamandra Necturus maculosus 5000 x 106 19 ne.
Questi geni non funzionali vengono
Pollo Gallus domesticus 1200 x 106 39 chiamati pseudogeni.
Topo Mus musculus 3000 x 106 20 Dal punto di vista evolutivo, l’amplifi-
Uomo Homo sapiens 3100 x 106 23 cazione genica è un meccanismo che da
Mais Zea mays
un lato consente di assicurare alla cellu-
2300 x 106 10
la una quantità di mRNA maggiore, e di
Cipolla Allium cepa 15000 x 106 8 conseguenza una quantità superiore di
Tulipano Tulipa sp. 30000 x 106 – proteina, dall’altro lato permette lo svi-
Arabetta Arabidopsis thaliana 140 x 106 5 luppo di nuove funzioni che potrebbero
risultare vantaggiose per l’organismo.
Pomodoro Lycopersicum esculentum 1000 x 106 12
Infatti il gene duplicato, non essendo in-
dispensabile per la cellula, è libero di
cambiare senza compromettere la vita-

29
BIOCHIMICA APPROFONDIMENTI_2_BIOLOGIA_2010 28/04/14 16:06 Pagina 30

IL CONTROLLO DELL’ESPRESSIONE GENICA

lità dell’individuo.
sequenze ripetute di DNA
La grande maggioranza del DNA euca-
riote è comunque costituita da sequen-
ze mediamente o altamente ripe-
tute. Alcune di queste svolgono delle
funzioni, come ad esempio i geni per i
tRNA e gli RNA ribosomali. Le se-
quenze altamente ripetute dette DNA
satellite sono solitamente localizzate
in regioni dell’eterocromatina specifi-
che, come quelle centromeriche e quel-
le telomeriche, ossia poste a chiusura
dei cromosomi (figg. 8 e 9). Altri tipi
di sequenze ripetute possono invece es- 8 9
sere intersperse nel genoma.
La maggior parte delle sequenze ripetu-
te è apparentemente priva di funzione, sta trascrizionale, quindi la presenza di per
Fig.l’organismo.
8.
anche se negli ultimi tempi si è comin- sequenze altamente ripetute potrebbe Localizzazione di sequenze ripetute
ciato a proporre per alcune di esse un rappresentare un modo per segnalare che di DNA mediante ibridazione in situ
ruolo nella dinamica dei processi repli- le regioni in cui esse sono presenti non con traccianti radioattivi.
cativi e di trascrizione. Le sequenze al- devono essere trascritte.
tamente ripetute poste in posizione te- Infine, un’altra ipotesi sul significato
lomerica potrebbero svolgere un ruolo delle sequenze ripetute è che esse possa- Fig. 9.
di protezione del cromosoma dall’attac- no avere un ruolo nell’evoluzione: po- Localizzazione mediante
co di enzimi degradativi (nucleari). Le trebbero essere regioni in cui si accu- marcatura fluorescente
regioni eterocromatiche sono invece no- mulano mutazioni neutre, che alla lun- dei telomeri (sequenze di DNA
te per la loro inattività dal punto di vi- ga potrebbero però offrire dei vantaggi a chiusura dei cromosomi).

Guida allo
STUDIO ✔ 3 La regolazione dell’espressione
•In che cosa consiste il meccanismo genica nei procarioti
dell’amplificazione genica?
Che cosa ne consegue? Negli organismi procarioti i meccanismi della regolazione dell’espressio-
•Quali ipotesi sono state fatte sul si- ne genica sono stati spiegati nel 1961 dai biochimici francesi François Ja-
gnificato delle sequenze di DNA ripe- cob (n. 1920) e Jacques monod (1910-1976), grazie a una serie di esperimenti
tute negli eucarioti?
eseguiti sul batterio Escherichia coli (fig. 10).
L’Escherichia coli che, come abbiamo più volte ricordato, è un normale ospi-
te dell’intestino dei mammiferi, uomo compreso, usa normalmente come nu-
triente il glucosio, sempre presente in discrete quantità nell’intestino. In assenza
di glucosio, come avviene nei neonati che si nutrono di solo latte, l’E. coli è in
grado di utilizzare il lattosio, lo zucchero presente nel latte.
Jacob e Monod si proposero di spiegare in che modo E. coli sia in grado di pro-
durre enzimi differenti in risposta alla presenza di un diverso nutriente nell’am-
biente esterno.
10
A tal fine effettuarono una serie di esperimenti per analizzare il meccanismo
attraverso cui, nei batteri posti in presenza di lattosio, avveniva l’attivazione de-
gli enzimi necessari per metabolizzare questo carboidrato.
I risultati ottenuti permisero loro di definire il concetto di operone, inteso
come un insieme di geni che vengono regolati in modo strettamente coordinato
e che tuttora rappresenta il punto di partenza delle nostre conoscenze sulla rego-
lazione dell’espressione genica.
© Institut Pasteur.

Fig. 10.
Franç ois Jacob, a sinistra e Jacques Monod, al centro,
ricevettero il premio Nobel per la medicina nel 1965, insieme a un altro
biologo francese, A. Lwoff, a destra nella fotografia.
Monod fu direttore dell’Istituto Pasteur di Parigi dal 1971 al 1976.

30
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IL CONTROLLO DELL’ESPRESSIONE GENICA

Come funziona l’operone


Nella figura 11a è rappresentato schematicamente un segmento del cromosoma di E. coli
che ci permette di visualizzare il significato di “operone”.
Su questo segmento sono localizzati i tre geni, chiamati geni strutturali, che codificano
per altrettanti enzimi necessari al batterio per potere metabolizzare il lattosio (“lac”): lacZ,
lacY e lacA. I geni strutturali hanno la caratteristica di essere trascritti in una singola mole-
cola di mRNA, che verrà poi tradotta nelle proteine corrispondenti in quantità sostanzial-
mente equivalenti. Questa modalità di espressione si dice di tipo coordinato perché i geni
sono tutti espressi insieme e nella stessa quantità.
A monte dei geni strutturali, vi sono due porzioni di DNA dette promotore e operatore che
hanno funzioni di regolazione.
Il promotore è la sequenza di nucleotidi del DNA a cui si lega, quando consentito, l’en-
zima RNA-polimerasi che catalizza la trascrizione di tutti e tre i geni strutturali.
L’operatore, collocato fra il promotore e i geni strutturali, è la sequenza di DNA che ha la
funzione di permettere o impedire alla RNA-polimerasi di legarsi al promotore per dare
corso alla trascrizione.
L’insieme costituito da “promotore – operatore – geni strutturali” rappresenta l’operone,
che nel nostro caso è chiamato operone lac (o operone lattosio).
Fig. 11.
Quando nell’ambiente cellulare non è presente lattosio (come nella fig. 11a), l’operone lac
Funzionamento dell’operone è disattivato: ciò accade perché l’operone è bloccato da una molecola proteica, chiamata
lattosio. repressore, che viene codificata da un gene collocato all’esterno dell’operone, detto ge-
a. In assenza di lattosio ne regolatore.
il repressore si lega Quando il repressore si lega all’operatore, viene impedita la formazione del legame tra l’RNA-
all’operatore e blocca
la trascrizione degli enzimi
polimerasi e il promotore, e quindi i geni strutturali non sono in condizione di trascrivere la
ad opera dei geni strutturali. produzione degli enzimi per l’utilizzo del lattosio. È ciò che avviene in condizioni normali,
b. La presenza di lattosio cioè in presenza di glucosio, quando E. coli non ha bisogno di metabolizzare il lattosio: di
disattiva il repressore conseguenza, il repressore è legato all’operatore per cui l’operone lac è disattivato.
rendendolo incapace Quando invece l’unica fonte di zucchero disponibile è costituita da lattosio, il batterio
di legarsi all’operatore.
Ciò consente ai geni strutturali
attiva l’operone (fig. 11b). Questo è possibile perché la molecola del repressore ha un sito di
di operare la trascrizione legame per il lattosio: quando una molecola di lattosio si lega al repressore si comporta da
degli enzimi. induttore in quanto ne modifica la forma e determina così il suo distacco dall’operatore.

11 a

31
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IL CONTROLLO DELL’ESPRESSIONE GENICA

L’RNA-polimerasi può allora legarsi senza difficoltà al promotore e dare av-


Guida allo ✔
STUDIO vio alla trascrizione dei geni strutturali in una molecola di mRNA che contiene
le sequenze codificanti di tutti e tre gli enzimi che consentono al batterio di uti-
•Come funziona l’operone del latto- lizzare come nutriente il lattosio.
sio? E quello del triptofano?
Un meccanismo di regolazione come quello dell’operone del lattosio è detto
•Che cosa si intende per operone in- inducibile, in quanto la presenza del lattosio induce appunto l’espressione del-
ducibile o reprimibile?
l’operone ad esso correlato che, normalmente, è invece inibito.
Oltre agli operoni di questo tipo ci sono anche gli operoni reprimibili, come
ad esempio l’operone triptofano (operone trp).
Quest’ultimo codifica per una serie di enzimi che conducono alla biosintesi
dell’amminoacido essenziale triptofano che E. coli è normalmente in grado di
sintetizzare da solo (fig. 12a).
Tuttavia, se il triptofano è presente nel substrato, cioè se viene incluso nel ter-
reno di crescita, si sviluppa un meccanismo di retroazione.
Esso fa sì che il triptofano funzioni da corepressore, nel senso che, legandosi
al repressore – che è normalmente inattivo – lo rende attivo.
Si forma un complesso repressore-corepressore che si unisce all’operatore, im-
pedendo così il legame dell’RNA polimerasi e quindi l’espressione dei geni che
codificano per gli enzimi della via del triptofano (fig. 12b).
Questi esempi mostrano in modo chiaro come un organismo assai semplice co-
me un batterio possieda sofisticati sistemi di regolazione genica. Essi hanno la
Fig. 12. funzione di conferire al “sistema batterio” una elevata capacità di coordinare le
Funzionamento dell’operone triptofano. proprie attività e di operare in modo economicamente vantaggioso, cioè senza
a. In assenza di triptofano
si sintetizzano tutti gli enzimi necessari
sprechi.
alla produzione di questo amminoacido. Nei procarioti il principale meccanismo regolativo è fondato sul controllo del-
b. Quando il livello di triptofano la trascrizione, che di fatto si manifesta come disponibilità della proteina.
è troppo alto, alcune molecole Questo meccanismo regolativo è infatti quello che meglio si presta ai problemi,
dell’amminoacido possono legarsi
al repressore che passa
di tipo essenzialmente nutrizionale, che può incontrare nella propria esistenza un
in una forma attiva capace organismo procariote.
di legarsi all’operatore. Si blocca così Va infine sottolineato che gli operoni, se si escludono poche eccezioni, sono
la trascrizione e la sintesi di triptofano. presenti solo nei procarioti.

12
a

32
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IL CONTROLLO DELL’ESPRESSIONE GENICA

Schema riassuntivo dei livelli 4 La regolazione dell’espressione


di controllo dell’espressione genica genica negli eucarioti
La cellula eucariote è il risultato dell’interazione di più com-
parti subcellulari che svolgono funzioni diverse; inoltre, la mag-
gior parte degli eucarioti è rappresentata da organismi pluricellu-
lari. Gli eucarioti necessitano quindi, rispetto ai procarioti, di si-
stemi di regolazione dell’espressione genica che tengano conto di
questa maggiore complessità.
L’uomo, come tutti gli organismi pluricellulari, deriva da una
singola cellula iniziale, lo zigote, che durante una lunga fase em-
brionale si divide moltiplicando il numero delle cellule e suben-
do una serie di processi morfogenetici e differenziativi.
Al termine si forma un organismo che, alla nascita, è costituito
da tutti i tessuti e gli organi dell’adulto. Già questo fatto pone una
serie di questioni circa il controllo dell’espressione genica. Infatti,
la singola cellula dello zigote contiene nel suo DNA tutta la massa
di informazioni che si esprimeranno, alla fine, in un organismo
umano completo.
Ogni cellula, poi, a seconda della sua specializzazione, esprime
solo una piccola parte di geni (circa 1%), quelli cioè che sono ne-
cessari alla sua organizzazione e al suo funzionamento specifico.
Una cellula muscolare, per esempio, esprimerà i geni per la sin-
tesi delle proteine utili per il movimento, mentre una cellula ner-
13
vosa esprimerà i geni necessari alla sua funzione di conduzione
dell’impulso nervoso.
1. CONTROLLO CONFORMAZIONALE. Riguarda variazioni nel-
l’organizzazione della cromatina, che deve essere sroto- Eppure tutte queste cellule, assai diverse tra di loro, derivano da
lata per risultare accessibile ai complessi per la trascri- una sola cellula indifferenziata (zigote) e contengono lo stesso nu-
zione; questa, tuttavia, può essere impedita da alcune mero e lo stesso tipo di geni: hanno cioè equivalenza genomica.
modifiche del DNA, come la metilazione. Il fatto che ogni cellula esprima solo una piccola parte della
2. CONTROLLO TRASCRIZIONALE. Permette al gene di esse- propria informazione genica è il risultato del processo, chia-
re trascritto e quindi espresso. Speciali proteine, i fattori mato differenziamento cellulare, al quale sottostanno le cellule
di trascrizione, si possono legare al promotore e prende stesse a mano a mano che assumono la propria specificità morfo-
così avvio il processo di trascrizione.
logica, biochimica, funzionale e spaziale. Per esempio, un globulo
3. CONTROLLO POST-TRASCRIZIONALE E DELLA STABILITÀ rosso di mammifero è un tipo di cellula diversa da tutte le altre
DELL’mRNA.
perché è discoidale, priva di nucleo, e di colore rosso per la pre-
Consiste nel controllo del processamento dell’mRNA e del
suo trasporto attraverso i pori della membrana nucleare. senza del pigmento emoglobina, che ha la funzione di trasportare
L’mRNA sintetizzato, il trascritto primario, spesso contiene l’ossigeno dai polmoni a tutte le cellule del corpo.
regioni non codificanti (introni) che devono essere rimos- Il differenziamento, quindi, consiste nell’espressione diversi-
se (grazie al meccanismo di “splicing”). Inoltre, l’mRNA ficata di quei geni specifici relativi alla struttura e alla funzio-
subisce delle modificazioni (aggiunta del cappuccio al 5’ e
della coda di poli-A al 3’) per assicurarne la stabilità e con- ne proprie della cellula di un dato tessuto e si realizza attraver-
sentirne il riconoscimento da parte dell’apparato di tradu- so la regolazione dell’espressione genica, determinata da fatto-
zione. Infine, l’mRNA deve essere impacchettato per po- ri intrinseci (i geni stessi) ed estrinseci (luce, temperatura, nu-
ter uscire dal nucleo e giungere nel citoplasma. trienti, ecc.). Tale regolazione negli eucarioti può manifestarsi
In particolari condizioni vi è la necessità di degradare in a una molteplicità di livelli di controllo, che vanno dall’orga-
modo selettivo specifici mRNA pervenuti nel citoplasma,
per impedire che vengano ulteriormente tradotti e a que- nizzazione e dalla conformazione del DNA nella cromatina, alla
sto provvedono meccanismi regolativi molto precisi. regolazione della trascrizione, alla traduzione, fino all’attivazio-
ne degli enzimi e alla loro degradazione.
4. CONTROLLO TRADUZIONALE. Una volta nel citoplasma,
l’mRNA viene agganciato dai ribosomi che lo avviano alla Si distinguono principalmente 5 livelli di controllo, schematiz-
sua traduzione in proteina (particolari strutture assunte dal- zati nella figura 13.
l’mRNA possono agevolare o rendere più difficile la sua
traduzione, influendo sulla qualità della proteina prodotta).
5. CONTROLLO POST-TRADUZIONALE. Consiste in varie modi-
ficazioni delle proteine neosintetizzate (glicosilazione, fo-
sforilazione, formazione di ponti disolfuro) che ne posso- Guida allo ✔
STUDIO
no modulare le proprietà , per esempio attraverso cam-
biamenti nella forma o nell’attività e, quindi, nella loro at- •Per quali motivi la regolazione dell’espressione genica
tivazione o meno. negli eucarioti è più complessa che nei procarioti?

33
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IL CONTROLLO DELL’ESPRESSIONE GENICA

Controllo conformazionale
Guida allo Negli eucarioti, come abbiamo visto, le lunghe catene di DNA possono siste-
STUDIO ✔ marsi nel minuscolo spazio del nucleo grazie a una serie ordinata e organizzata
di moduli di impacchettamento del DNA nella cromatina, costituiti da nucleoso-
•Che cosa si intende per differenzia-
mento?
mi in cui tratti di DNA sono avvolti a spirale e associati chimicamente a un nu-
cleo formato da otto proteine (istoni). Il DNA della cromatina, per poter esse-
•Quali sono i principali livelli di con-
trollo dell’espressione genica negli re espresso, deve subire modificazioni, per lo più di “decondensazione”, tali da
eucarioti? renderlo accessibile all’RNA-polimerasi e più in generale al macchinario per la
trascrizione. Deve, in altre parole, intervenire un processo di rimodellamento
della cromatina (fig. 14) che può attuarsi attraverso vari meccanismi di “con-
trollo conformazionale”, di cui il meglio conosciuto è chiamato acetilazione.
14
a

Fig. 14.
a. I meccanismi per il rimodellamento
della cromatina rendono il DNA
accessibile all’RNA-polimerasi
e i geni possono essere trascritti. b
b. Porzione di cromosoma con evidenziate
regioni con diverso grado di condensazione:
le regioni dove la trascrizione è più attiva
appaiono come delle anse in cui
lo spessore del filamento di DNA
è più sottile (riquadro a destra).

Lo stato di condensazione del DNA dipende da quanto esso è più o meno as-
sociato agli istoni nei nucleosomi. Le proteine istoniche presentano delle “code”
che portano cariche positive e che, si presume, interagiscono con i gruppi fosfa-
to del DNA, trattenendo saldamente il filamento di acido nucleico (fig. 15a).
Quando un gene deve essere trascritto, la regione di DNA che lo contiene si dis-
15 socia temporaneamente dagli istoni. Questo avviene grazie a un enzima che fa-
vorisce il legame tra le code istoniche e gruppi acetile (CH3 CO –): attraverso
istoni a questo processo di acetilazione si allentano le interazioni tra gli istoni e il DNA,
DNA la cromatina si rimodella e il DNA diventa accessibile all’apparato per la tra-
scrizione (fig. 15b).
Strettamente interconnesso con l’acetilazione vi è poi un altro processo in gra-
do di reprimere l’espressione genica: la metilazione del DNA, che consiste nel
legame di un gruppo metile (– CH3) a una base azotata (vedi nel box successivo).
Solitamente i promotori di geni attivamente trascritti sono poco metilati, mentre
un alto livello di metilazione è associata ad assenza di espressione genica.
Il rimodellamento della cromatina e la metilazione del DNA rappresentano i
due meccanismi alla base di una branca della biologia oggi estremamente attua-
le: l’epigenetica (vedi oltre).
Si è infatti osservato che molte modificazioni della cromatina (e quindi anche
b dell’espressione genica delle regioni coinvolte), una volta che si sono verificate,
possono essere “memorizzate” e quindi ereditate e trasmesse alle generazioni
successive: da qui il termine “epigenetica” che indica modificazioni del DNA e
della cromatina che influenzano il genoma e l’espressione genica, ma senza al-
terare il DNA stesso.
Fig. 15.
L’acetilazione degli istoni è associata alla decondensazione
della cromatina.

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BIOCHIMICA APPROFONDIMENTI_2_BIOLOGIA_2010 28/04/14 16:06 Pagina 35

IL CONTROLLO DELL’ESPRESSIONE GENICA

ilpunt su
◆L’epigenetica

“La differenza fra genetica ed epigenetica può essere paragonata alla differenza che passa fra leggere e scri-
vere un libro. Una volta scritto il libro, il testo (i geni o le informazioni memorizzate nel DNA) sarà identico in
tutte le copie distribuite al pubblico. Ogni lettore potrà tuttavia interpretare la trama in modo leggermente
diverso, provare emozioni diverse e attendersi sviluppi diversi man mano che affronta i vari capitoli. Analo-
gamente, l'epigenetica permette interpretazioni diverse di un modello fisso (il libro o il codice genetico) e può
dare luogo a diverse letture, a seconda delle condizioni variabili con cui il modello viene interrogato”.
(ThomAS JeNUWeIN, direttore del max-Planck Institute
of Immunobiology di Friburgo
ed esperto di epigenetica)

Il termine epigenetica fu coniato nel 1942 dal biologo in- ditabili? Durante il loro sviluppo le cellule degli organismi
glese Conrad Waddington (1905-1975) che la definì come vanno incontro a modificazioni del livello di metilazione del
“la branca della biologia che studia le interazioni causali fra loro DNA; in particolare la metilazione è molto bassa nelle
i geni e il loro prodotto e pone in essere il fenotipo”. cellule riproduttive, mentre aumenta col procedere del dif-
Il significato del prefisso epi è “oltre” o “in aggiunta a”, quin- ferenziamento nello stadio embrionale e fetale. Ciò è del
di l’epigenetica si occupa dei cambiamenti ereditabili dell’e- tutto in accordo col fatto che i diversi gruppi di cellule si dif-
spressione genica che non sono dovuti a cambiamenti della ferenziano selezionando il tipo di geni che esprimeranno e
sequenza del DNA, ma dipendono da qualcosa che viene ag- che non esprimeranno. Uno dei meccanismi adottati dalle
giunto ad essa. Più precisamente queste modificazioni sono cellule per effettuare questa selezione prevede cambiamen-
i due processi accennati in precedenza che regolano la tra- ti dello stato di metilazione del DNA: questi sono resi possi-
scrizione: il rimodellamento della cromatina (“trascrizione bili grazie all’azione di particolari enzimi, la DNA metilasi
accesa”) e la metilazione del DNA (“trascrizione spenta”) (de novo e di mantenimento) e la DNA demetilasi, che inter-
(fig. 16). La metilazione negli eucarioti avviene tipicamente vengono a modificare lo stato di metilazione durante la re-
su una citosina (che è convertita in 5-metilcitosina), ma so- plicazione del DNA e agiscono in modo preferenziale nel
lo nei siti in cui un nucleotide contenente citosina è seguito, corso dello sviluppo. In particolare, le metilasi di manteni-
lungo la stessa catena di DNA, da un nucleotide contenente mento assicurano che la metilazione delle basi venga man-
guanina, separato da questo da un gruppo fosfato: per que- tenuta durante la replicazione del DNA nel corso delle divi-
sto si parla di sito o regione CpG (da cytosine-phosphate- sioni cellulari e in tal modo può essere ereditato il “profilo
guanine). di metilazione”.
Solitamente le regioni CpG nei promotori di geni attivamen-
te trascritti sono poco metilate, mentre un alto livello di me- • Per SAPerNe Di Più: http://epigenome.eu/it/1,1,0
tilazione delle CpG è associata ad assenza di espressione ge-
nica.
Studi approfonditi hanno dimostrato inoltre che la repres- Fig. 16.
sione della trascrizione avviene quando la metilazione del Lo schema sintetizza il rimodellamento della cromatina attraverso
DNA del promotore è associata a livelli ridotti di acetilazio- la modificazione degli istoni e la metilazione del DNA,
ne degli istoni e a uno stato condensato della cromatina. due dei fondamentali meccanismi alla base dell’epigenetica.
In che modo le modificazioni indotte dal rimodellamento Nel riquadro è rappresentata la metilazione
della cromatina e dalla metilazione del DNA diventano ere- della citosina a 5-metilcitosina.

16

35
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IL CONTROLLO DELL’ESPRESSIONE GENICA

Controllo trascrizionale
Come nei procarioti, anche negli eucarioti la regolazione dell’espressione di un
gene dipende innanzitutto dal fatto che esso sia o meno trascritto. Tuttavia, negli
eucarioti i meccanismi di regolazione sono più sofisticati e prevedono l’azione
combinata delle informazioni presenti nelle sequenze dei promotori e di parti-
colari proteine regolatrici (fattori di trascrizione) che interagiscono fisica-
mente con queste regioni di DNA. L’interazione fra promotore e fattori di tra-
scrizione permette così una regolazione dell’espressione genica molto precisa.
I promotori, situati adiacenti e a monte dei geni che regolano, di norma con-
tengono un certo numero di corte sequenze specifiche (in genere non più lunghe
di dieci paia di basi), la cui presenza conferisce precise caratteristiche di espres-
sione. La sequenza più importante, sempre presente, è quella detta TATA box,
perché contiene una sequenza alternata di timina-adenina comune a tutti gli or-
ganismi: questa sequenza rappresenta il sito di riconoscimento per l’RNA-poli-
merasi. Una seconda sequenza essenziale per il funzionamento dei promotori eu-
carioti è quella che determina il sito di inizio della trascrizione e che coincide
con l’effettivo punto dove questa inizia.
Un interessante esempio dell’interazione fra fattori di trascrizione nel control-
lo dell’espressione genica riguarda la regolazione dello sviluppo del fiore nelle
angiosperme (vedi Il punto su nella pagina successiva).
Oltre ai promotori, vi sono spesso altre sequenze di DNA, dette enhancer
(“intensificatore”) o silencer (“silenziatore”) a seconda che attivino o reprimano
la trascrizione: la loro presenza è essenziale per regolare la trascrizione. Queste
sequenze sono localizzate lontano dal gene che regolano. Gli enhancer interagi-
scono con il complesso trascrizionale attivandolo e consentendo quindi che la
trascrizione abbia inizio (fig. 17). Al contrario i silencer legano fattori di trascri-
zione che impediscono l’attivazione del complesso trascrizionale.
In conclusione, l’espressione di un gene eucariote dipende dalla presenza con-
temporanea e coordinata di un numero considerevole di proteine e dalla presen-
za nel promotore di specifiche sequenze di DNA che devono essere riconosciu-
te dalle proteine del complesso trascrizionale.

17

Fig. 17.
Meccanismo di attivazione dell’enhancer
nella regolazione della trascrizione.
La sequenza dell’enhancer è distante
dal promotore e l’attivazione
della trascrizione avviene solo
se il fattore di attivazione
della trascrizione riconosce
e lega l’enhancer.

36
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IL CONTROLLO DELL’ESPRESSIONE GENICA

ilpunt su
◆La regolazione dello sviluppo del fiore
delle Angiosperme
Il tipico fiore di una Angiosperma (gruppo di piante che si caratterizza per la presen-
za del fiore) (fig. 18a) può essere idealmente diviso in quattro anelli concentrici che
dall’esterno verso l’interno comprendono: 1. sepali, 2. petali, 3. stami, 4. carpelli.

18
a

Fig. 18.
La struttura del fiore di Angiosperma, a., può essere pensata come organizzata
in quattro anelli concentrici ideali, b., che si riferiscono ai costituenti fondamentali
(sepali, petali, stami e carpelli).

L’analisi genetica ha permesso di individuare molti mutanti che influenzano ta-


le organizzazione e mostrano fenotipi aberranti. Questi mutanti sono detti
omeotici, e si è visto che riguardano sempre gli eventi che avvengono in due
anelli adiacenti.
Lo studio di questi mutanti ha permesso di stabilire che esistono quattro anelli
morfologicamente diversi (fig. 18b), la cui formazione è affidata alla combina-
zione di tre funzioni distinte dette A, B e C. I geni per queste funzioni sono stati
isolati e si è visto che essi codificano per fattori di trascrizione.
Dall’analisi dei dati genetici e molecolari si è arrivati a proporre il modello ABC
per la regolazione dello sviluppo del fiore. Secondo questo modello la differen-
ziazione nei diversi anelli dipende dall’interazione reciproca dei diversi fattori
di trascrizione (fig. 19).
• L’espressione dei geni A provoca lo sviluppo dei sepali (anello 1).
• L’espressione dei geni A unita con quella dei geni B fa sviluppare i petali (anello 2).
• L’espressione dei geni B con quelli C fa sviluppare gli stami (anello 3).
• L’espressione dei geni C fa sviluppare i carpelli (anello 4).
Il modello ABC funziona bene per le Brassicacee (famiglia comprendente il cavo-
lo, la Arabidopsis, ecc.). Le altre Angiosperme presentano invece meccanismi di
regolazione diversi e più complessi.
19
Fig. 19.
In un fiore normale,
a., l’identità di ciascuno degli anelli
indicati nella fig. 18 b. è determinata
dall’attività di tre specifici
fattori di trascrizione (A, B, C).
b. Mutanti in cui manca l’attività di A
sviluppano solo carpelli (anello 4)
e stami (anello 3). a b c d
c. Mutanti in cui manca l’attività di B
sono costituiti solo da sepali (anello 1)
e carpelli (anello 4).
d. Infine, mutanti in cui manca l’attività
di C producono solo sepali (anello 1)
e petali (anello 2).

37
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IL CONTROLLO DELL’ESPRESSIONE GENICA

Controllo post-trascrizionale
e della stabilità dell’mRNA
Sebbene il controllo dell’inizio della trascrizione sia una delle forme di regola-
zione più diffuse per la maggioranza dei geni, vi sono altre forme di controllo che
possono agire in punti successivi del percorso che dall’RNA porta alle proteine.
Il tipo di controllo più raffinato è quello relativo alla rimozione degli introni.
Infatti, in alcuni geni gli introni possono essere rimossi con meccanismi diffe-
Approfondimento renti e si parla di splicing alternativo degli introni.
• Quando lo “splicing” è Si tratta di una modificazione post-trascrizionale che permette a un singolo
programmato: lo sviluppo gene di codificare per più tipi di proteine che risultano strutturalmente e funzio-
del sistema immunitario nalmente distinte.
Nell’esempio riportato nella figura 20 sono mostrati gli mRNA maturi che ven-
gono prodotti da situazioni diverse in cui la proteina elaborata è il risultato di
splicing alternativi dello stesso trascritto primario.
Nel caso (a) i due mRNA prodotti differiscono perché vi sono due possibili si-
ti di inizio della trascrizione (indicati in figura con P1 e P2) nello stesso promo-
tore; nel caso (b), al contrario, vi sono due possibili siti per l’attacco della “coda
poli-A” e quindi gli mRNA avranno due diversi esoni terminali; nel caso (c) è
mostrato l’effetto della mancata rimozione di un introne, per cui un mRNA ne
sarà privo mentre l’altro lo conterrà; infine, nel caso (d) si ha un evento di
splicing che rimuove anche un esone per cui uno dei due mRNA avrà un esone in
Fig. 20. più rispetto all’altro.
Esempi di splicing alternativo Il controllo della regolazione genica operata mediante splicing alternativo rap-
su un trascritto primario. presenta un’importante risorsa di complessità genetica per gli organismi.
Nella figura i rettangoli colorati indicano Ad esempio, sebbene l’uomo abbia un numero di geni circa doppio di quelli
i vari esoni (E) presenti nel gene, mentre
le linee nere rappresentano gli introni;
della drosofila, il numero di proteine diverse che può produrre è ben cinque vol-
le linee colorate indicano le modalità te superiore a quello del moscerino della frutta.
con cui sono uniti i vari esoni Infatti, grazie ai risultati del Progetto Genoma Umano, si è visto che circa il
durante lo splicing. 40-60% dei geni sono soggetti a splicing alternativo.

20
a

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IL CONTROLLO DELL’ESPRESSIONE GENICA

Controllo della stabilità dell’mrNA


Un importante meccanismo di regolazione della stabilità dell’mRNA è un fenomeno scoperto negli
ultimi anni e noto col nome di “rNA-interference” (interferenza dell’RNA). Si tratta di un mec-
canismo di silenziamento genico post-trascrizionale, che permette il riconoscimento all’interno
della cellula di RNA a doppio filamento (dsrNA), il quale viene poi utilizzato per inibire o degra-
dare l’mRNA a esso complementare: questo, pertanto, non può più essere tradotto in una proteina al-
l’interno della cellula.
Gli RNA a doppio filamento, vengono riconosciuti da un particolare enzima chiamato Dicer (dal-
l’inglese to dice = tagliare in cubetti), una ribonucleasi che è in grado di tagliare i dsRNA in fram-
menti più piccoli (di 21-23 nucleotidi), chiamati sirNA (small interfering RNA) (fig. 21a). I siR-
NA sono poi riconosciuti da un secondo complesso proteico chiamato ris c (fig. 21b); questo do-
po aver individuato e legato l’mRNA complementare alla sequenza del siRNA, ne induce la degra-
dazione (fig. 21c), impedendo la traduzione e portando al silenziamento del gene.
21 Fonti di dsRNA sono gli RNA virali
che vengono riconosciuti come estranei
e inibiti, ma anche intermedi aberranti
provenienti da sequenze ripetitive e da
RNA trascritti che abbiano sequenze
omologhe (ossia identiche o molto si-
mili fra loro) o, infine, piccoli RNA tra-
scritti da promotori specifici, che pos-
sono formare strutture secondarie con
intermedi a dsRNA chiamati mirNA
(microRNA), piccoli RNA di 70-90 nu-
cleotidi.
L’RNA-interference è un sistema di re-
golazione molto specifico: sono infatti
sufficienti poche molecole di RNA a
doppio filamento per avviare la degrada-
zione di migliaia o milioni di molecole
di mRNA. Inoltre, l’RNA a doppia eli-
ca, essendo molto piccolo e molto sta-
bile, può essere trasportato nelle cellule
adiacenti attraverso specifici canali e
quindi l’effetto può essere trasmesso da
cellula a cellula.

Fig. 21.
Schema del meccanismo
di silenziamento genico mediante RNAi
(RNA-interference).

Controllo traduzionale
Focus Questo tipo di regolazione avviene a livello della sintesi proteica. Uno dei mec-
La FERRITINA è un complesso fer- canismi più diffusi è quello che impedisce all’mRNA di attaccarsi ai ribosomi per
ro-proteico che si trova in tutti i essere tradotto, ad esempio attraverso la formazione di strutture secondarie nella
tessuti, ma particolarmente nel regione 5’.
fegato, nella milza, nel midollo Questo è quello che succede, per esempio, nel controllo della traduzione del-
osseo e nei muscoli scheletrici. l’mRNA della proteina ferritina, la cui regione 5’ forma una struttura ad ansa,
Piccole quantità di ferritina si detta IRE (Iron Response Element, elemento di risposta al ferro) riconosciuta da
trovano anche nel sangue. La
una proteina, detta IRP (Iron Response binding Protein, proteina che lega IRE),
sua funzione primaria è quella
di costituire un’importante depo- che, se vi si lega, blocca la traduzione.
sito di ferro nell’organismo, fa- Quando nella cellula il livello di ferro aumenta, la proteina IRP lega il ferro,
cilmente mobilizzabile. staccandosi dalla struttura IRE sull’mRNA della ferritina. La ferritina può quin-
di essere prodotta e sequestra il ferro in eccesso (fig. 22 nella pagina seguente).

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IL CONTROLLO DELL’ESPRESSIONE GENICA


22

a b

Fig. 22.
Esempio di regolazione post-traduzionale dell’espressione genica mediante la formazione di strutture secondarie
nella molecola dell’mRNA: si osserva l’effetto dell’elemento IRE presente nella regione 5’ dell’mRNA della ferritina umana
in condizioni di bassa (a) o alta (b) concentrazione di ferro (Fe).

Controllo post-traduzionale
Le proteine prodotte nel processo di sintesi proteica, non sempre sono pronte a
svolgere il loro compito. Infatti, spesso la loro funzione può essere compiuta so-
lo se subiscono particolari modificazioni, dette modificazioni post-traduzionali.
Un esempio lo abbiamo appena visto: si tratta delle modificazioni (acetilazione)
delle proteine istoniche che hanno l’effetto di determinare la forza delle intera-
zioni fra nucleosoma e DNA.
Altri tipi di modificazioni sono, per esempio, quelle che subiscono le proteine
sintetizzate nel sistema di endomembrane, che di solito sono modificate me-
diante l’aggiunta di oligosaccaridi (glicosilazione), oppure quelle che interessa-
no la struttura tridimensionale di una proteina quando deve essere stabilizzata
mediante la formazione di ponti disolfuro.
Un’altra modificazione molto frequente è la fosforilazione di residui di amminoa-
cidi quali la serina o la treonina: si tratta di un fenomeno reversibile, che può essere
paragonato a un interruttore che accende o spegne l’attività della proteina.
Se queste modificazioni non avvengono, la proteina è inattiva o comunque non
funziona come dovrebbe.
Infine, un altro importante punto di controllo è quello che determina la vita di
una proteina.
Esiste nella cellula un apparato destinato alla degradazione delle proteine, chiama-
Guida allo ✔ to proteasoma. Alla proteina da demolire si legano, grazie all’intervento di un enzi-
STUDIO
ma e all’energia fornita dall’ATP, alcune piccole molecole di ubiquitina, una protei-
•Su che cosa si basa il controllo na che funge da segnale di riconoscimento per il proteasoma (fig. 23).
conformazionale? Una volta legata la prima molecola di ubiquitina, segue l’attacco di molte
•Che cos’è un promotore e come fun- altre, in modo da avere una proteina bersaglio che presenti numerosissime rami-
ziona? ficazioni, rappresentate da residui di ubiquitina.
•Come funziona lo splicing alternativo? Il polipeptide viene così riconosciuto dal proteasoma, che lo degrada in piccoli
•In che cosa consistono le modifica- frammenti.
zioni post-traduzionali? Contemporaneamente, le molecole di ubiquitina vengono rimosse e liberate
nel citosol, per essere riutilizzate.
23

proteina
demolita

Fig. 23.
Schema del “macchinario” costituito
dal sistema ubiquitina-proteasoma
che nella cellula ha la funzione
di degradare le proteine,
utilizzando l’energia fornita dall’ATP.

40
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Concetti in sintesi
Summary IL CONTROLLO DELL’ESPRESSIONE GENICA

1 L’informazione genica contenuta nel DNA degli organismi viven- 1 Genetic information found in the DNA of living organisms is expressed
ti viene espressa in modo selettivo, differenziato e regolato in in a selective, differentiated and regulated way in cells. According
quanto le cellule, a seconda delle condizioni interne ed esterne, to the internal and external conditions, only part of the genes in DNA
esprimono solo una parte dei geni presenti nel DNA. are expressed.
Sia le cellule procarioti che quelle eucarioti mettono in atto il con- Both prokaryote and eukaryote cells control gene expression by changing
trollo dell’espressione dei geni modulando la quantità e il tipo di the quantity and type of proteins produced. These processes are part of the
proteine. Questi processi, costituiscono la regolazione genica e gene regulation and can intervene in the many different steps which turn
possono avvenire in diversi momenti nel corso degli eventi che DNA into protein.
portano dal DNA alla proteina.
2 Nella maggioranza delle cellule procarioti tutti i geni sono disposti 2 The way DNA is organized in prokaryote and eukaryote cells influences
su un unico cromosoma circolare che può essere contenuto nella the mechanisms involved in the control of gene expression. In most
cellula grazie alla formazione di superavvolgimenti del DNA. prokaryote cells, all genes are laid out on a single circular chromosome
Nelle cellule eucarioti, rispetto a quelle procarioti, il DNA è pre- that can be contained in the cell thanks to the formation of superhelical
sente in quantità molto maggiore (ci sono più cromosomi) e si ri- turns of DNA. Eukaryote cells differ from prokaryote cells since DNA
scontra inoltre una stretta associazione delle molecole di DNA con is present in much larger quantities (several chromosomes) and the DNA
proteine dette istoni. In particolare le lunghe molecole di DNA si molecules are tightly associated with proteins known as histones.
avvolgono intorno agli istoni a formare nucleosomi. Le lunghe fi- The long DNA molecules wind around the histones to form nucleosomes.
le di nucleosomi sono a loro volta superavvolte in una fibra eli- The long lines of nucleosomes form superhelixes which in turn form a helical
coidale che costituisce la cromatina. fibre known as chromatin. Chromatin fibres wind around themselves
Le fibre di cromatina si avvolgono ulteriormente su se stesse forman- forming a supercoil which finally forms a chromosome. Chromosomes are
do una superspirale che va infine a formare il cromosoma. I cromo- found in the nucleus and are only clearly visible during mitosis. During
somi sono contenuti nel nucleo e appaiono ben evidenti solo durante interphase the chromosomes are decondensed and show unwound areas
la mitosi. Nell’interfase, invece, essi sono assai decondensati, e mo- called euchromatin (which are normally active because of transcription
strano zone di maggior dispersione chiamate eucromatina (quella and RNA synthesis).
normalmente attiva ai fini della trascrizione e quindi nella sintesi del- More compact areas known as heterochromatin, which are localized
l’RNA), e zone più compatte chiamate eterocromatina, localizzate towards the outside of the nucleus and are inactive parts of chromatin in
specialmente alla periferia del nucleo e che sarebbero parti della cro- terms of gene expression.
matina inattive da un punto di vista dell’espressione genica. The nucleus of a eukaryotic cell also contains a nucleolus, made up mostly
Nel nucleo della cellula eucariote è presente anche il nucleolo, co- of ribosomal RNA and proteins. The nucleus, along with chromatin and
stituito prevalentemente da RNA ribosomale e da proteine. Il nu- the nucleolus, is contained within the nuclear membrane, which has a
cleo è contenuto all’interno della membrana nucleare che è dop- double layer and has structures known as nuclear pores.
pia e presenta strutture chiamate pori nucleari.
3 Negli organismi procarioti i meccanismi della regolazione genica 3 In prokaryote organisms the mechanisms of gene regulation have been
sono stati spiegati grazie ad una serie di esperimenti eseguiti sul explained thanks to a series of experiments carried out on the escherichia coli
batterio Escherichia coli da François Jacob e Jacques Monod. bacterium by François Jacob and Jaques Monod. escherichia coli normally
L’Escherichia coli usa normalmente come nutriente il glucosio, in as- uses glucose as a nutrient, in the absence of which it can eat lactose.
senza del quale però è in grado di utilizzare il lattosio. Jacob e monod, Jacob and Monod first wanted to show how the bacteria is able to produce
partiti col proposito di spiegare come il batterio riesca a produrre different enzymes in the presence of a different nutrient. This led them
enzimi differenti in presenza di un diverso nutriente, giunsero alla to define the operon, a group of structural genes which code for enzymes
definizione del concetto di operone, che è un insieme costituito da needed to process lactose, and sequences of DNA which precede and follow
geni strutturali, che codificano per gli enzimi necessari per l’utilizzo the genes, known as promoters and operators, which have regulatory
del lattosio, e da sequenze di DNA collocate a monte di questi, chia- functions. RNA polymerase binds to the promoter and is the enzyme
mate promotore e operatore, che hanno funzioni di regolazione. responsible for the transcripiton of structural genes. The operator is
Al promotore si lega la RNA polimerasi. L’operatore, situato fra il between the promoter and the structural genes and is the region of DNA
promotore e i geni strutturali, è la regione di DNA a cui si lega il re- to which the repressor binds to. This is a molecule coded by a regulator
pressore che, impedisce la trascrizione dei geni strutturali da par- gene outside of the operon. When the repressor binds to the operator
te dell’RNA polimerasi. it inhibits transcription of the structural genes by RNA polymerase. In the
In presenza di glucosio, E. coli non ha bisogno di metabolizzare il presence of glucose, e. coli doesn’t need to metabolize lactose, therefore
lattosio, per cui il repressore è legato all’operatore e quindi non si the repressor is bound to the operator and the lac operon genes are not
ha l’espressione dei geni strutturali dell’operone del lattosio. Tut- expressed. When the only source of sugar present is lactose, then the operon is
tavia, quando l’unica fonte di zucchero disponibile è il lattosio, il activated by the bacteria. Things proceed the following way: the lac repressor
batterio attiva l’operone del lattosio. Il lattosio si lega al repressore has a specific binding site for lactose, when a lactose molecule binds to the
e si comporta da induttore in quanto ne modifica la forma, causan- repressor, it acts as an inducer by changing its shape and causing it to
done il distacco dall’operatore. Un meccanismo di regolazione co- detach from the operator. A regulatory mechanism such as the lac operon
me quello dell’operone del lattosio è detto inducibile. oltre agli is called inducible. Both inducible and repressible operons exist.
operoni di questo tipo esistono anche operoni reprimibili.
4 La regolazione dell’espressione genica negli eucarioti si effettua 4 The regulation of gene expression in eukaryotes is more complex than
a più livelli sia nel nucleo, sia nel citoplasma. that of prokaryotes and occurs in the cytoplasm as well as the nucleus.
Si distinguono principalmente i seguenti livelli di controllo: The following types of gene control stand out:
– conformazionale, che si basa sul fatto che l’eterocromatina, essen- − conformational, based on the fact that heterochromatin, being very
do molto compatta, è inattiva dal punto di vista della trascrizione; condensed, is transcriptionally inactive;
– trascrizionale, basato sulla possibilità di controllare la produ- − transcriptional, which works by controlling the production of mRNA
zione di mRNA attraverso l’interazione fra sequenze adiacenti al through sequences adjacent to the gene and the binding of transcription
gene e fattori di trascrizione che a esse si legano; factors to those sequences;
– post-trascrizionale, che viene effettuato sulla molecola di mRNA; − post-transcriptional, carried out on the mRNA molecule, the most
il tipo più diffuso e raffinato è lo splicing alternativo; common and specific type is RNA splicing;
– traduzionale (e della stabilità dell’mrNA), che si attua in rela- − translational (and control of mRNA’s stability), which occurs along
zione alla sintesi proteica; with protein synthesis; one of the mechanisms used inhibits mRNA from
– post-traduzionale, che prevede un passaggio durante il quale le binding to the ribosomes for translation
proteine possono subire delle modificazioni che le rendono atti- − post-translational, providing a step during which proteins may
ve, oppure, se non sono più necessarie, vengono indirizzate al undergo modifications resulting in their activation or, if proteins are
proteasoma che le degrada. no more necessary, they are directed to proteasome which carries
out their degradation.

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VERIFICHE
IL CONTROLLO DELL’ESPRESSIONE GENICA

VeRIfICA DeLLe CoNosCeNze

1. L’INfoRmAzIoNe geNICA è espRessA IN moDo seLeTTIVo


2. L’oRgANIzzAzIoNe DeL DNA NeI CRomosomI 5. The nuclear membrane
a. separates the nucleolus from the nucleus
1 Indica Vero (V) o Falso (V) motivando la risposta. b. separates chromosome DNA from the cytoplasm
c. is a barrier that allows to control gene expression
V F d. is made of a phospholipid layer
a. Tutti i geni presenti nella cellula sono
espressi contemporaneamente. ❏ ❏ 6. Nuclear pores
b. L’ambiente esterno non è in grado a. have a diameter of 100 micrometres
di influenzare in modo selettivo b. allow the passage of ribosomes to the cytoplasm
l’espressione dei geni della cellula. ❏ ❏ c. play a role in anchoring chromosomes
d. are present in about 3000-5000 per nucleus
c. Nell’uomo esistono più di 200 tipi cellulari
con funzioni diversificate. ❏ ❏
d. La regolazione genica è il meccanismo 3. LA RegoLAzIoNe DeLL’espRessIoNe geNICA

utilizzato dagli organismi per rispondere NeI pRoCARIoTI

ai cambiamenti interni e agli stimoli esterni. ❏ ❏


3 Point out if the statements are True (T) or False (F)
e. La regolazione dell’espressione genica avviene
con modalità identiche in tutti gli organismi. ❏ ❏ giving a reason for your answer.
f. L’informazione genetica è espressa T F
in modo selettivo. ❏ ❏ a. Gene regulation in prokaryotes has been
discovered thanks to the experiments
g. Il cromosoma batterico è costituito on Escherichia coli. ❏ ❏
da un unico filamento di DNA circolare. ❏ ❏
b. In prokaryotes the regulation of gene
h. In un cromosoma eucariote il DNA è associato expression occurs only
con istoni. ❏ ❏ at the transcriptional level. ❏ ❏
i. L’eucromatina può essere facoltativa o costitutiva. ❏ c. A regulatory mechanism like that of the lac
❏ operon is said to be repressible. ❏ ❏
l. Negli eucarioti solo metà all’incirca del DNA d. The promoter is the binding site for
è trascritto in mRNA. ❏ ❏ the repressor. ❏ ❏
e. Structural genes in prokaryotes are transcribed
2 Scegli il completamento corretto (anche più di uno). from a single DNA molecule. ❏ ❏
f. In the lac operon the repressor is activated
1. Negli eucarioti il DNA when it bonds to a lactose molecule. ❏ ❏
a. assume forma circolare
b. è organizzato in strutture lineari
c. si trova nei cromosomi circolari 4 Scegli il completamento corretto (anche più di uno).
o lineari secondo la specie Nel funzionamento dell’operone
d. si trova nei cromosomi solo durante la meiosi a. il repressore si lega al promotore
b. la RNA-polimerasi si lega al promotore
2. Ogni spira della superspirale che costituisce c. i geni strutturali sono localizzati tra il promotore
la cromatina è costituita da e l’operatore
a. 2-4 nucleosomi d. il repressore è codificato dal gene regolatore
b. 6-8 nucleosomi
c. 8-10 nucleosomi
5 Completa le seguenti frasi inserendo il completamento
d. 10-12 nucleosomi
corretto.
3. L’eterocromatina a. La trascrizione dei geni strutturali è spesso controllata
a. è localizzata specialmente alla periferia dall’attività di un altro gene, detto …...........................………. ,
del nucleo che può trovarsi in qualsiasi punto del cromosoma bat-
b. non si trova nel nucleo
terico; nel caso di ……..........……… reprimibili, questo gene
c. risulta meno compatta rispetto all’eucromatina
d. è inattiva per l’espressione genica codifica per una proteina, detta …...............……………, che si
lega a una sequenza di nucleotidi detta ….....................……... .
4. The nucleolus b. Una molecola che attiva un repressore è detta
a. is made only of proteins ……………… ............... mentre una che lo disattiva è detta
b. is the site of ribosomal subunit assemblage
…..................…..
c. is present in all cells
d. contains heterochromatin ............... . Un esempio di questo tipo di regolazione è da-
to dall’operone del ……....................……………. .
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IL CONTROLLO DELL’ESPRESSIONE GENICA

4. LA RegoLAzIoNe DeLL’espRessIoNe geNICA dell’organismo


NegLI euCARIoTI 4. Le sequenze nucleotidiche trascritte dal DNA ma
successivamente eliminate dall’mRNA, prima che
6 Scegli il completamento corretto (anche più di uno). questo esca dal nucleo, si chiamano
a. nucleosomi
1. Il controllo dell’espressione genica negli eucarioti è
b. introni
c. istoni
più complesso che nei procarioti perché
d. esoni
a. gli eucarioti hanno un numero maggiore di geni
b. gli eucarioti sono tutti organismi pluricellulari
7 Match each sentence with the type of regulatory
c. i procarioti vivono in condizioni non soggette a
mutamenti mechanism it refers to.
d. gli eucarioti pluricellulari vanno incontro 1. Post transcriptional regulation
a differenziamento 2. Conformational regulation
3. Transcriptional regulation
2. Ogni cellula eucariote appartenente a uno specifico
4. Translational regulation and regulation of mRNA stability
tipo
a. esprime solo i geni necessari alla sua 5. Post-translational regulation
organizzazione e al suo funzionamento specifico a. Controls the life and longevity of mRNA before
b. esprime solo la metà dei geni che possiede its degradation.
c. deriva dallo zigote b. Controls when and how much mRNA of a particular
d. ha una quantità diversa di geni gene is produced.
3. Il differenziamento cellulare c. Controls mRNA processing and its transfer
a. consiste nell’espressione diversificata di geni to the cytoplasm.
specifici relativi alla struttura e alla funzione d. Controls the changes some proteins undergo to function
proprie della cellula di un dato tessuto correctly and determines when each protein must
b. è controllato da particolari proteine, dette istoni be degraded.
c. si realizza attraverso il controllo dell’espressione e. This refers to changes in the organizational structure
genica, determinato dai geni stessi e da fattori of chromatin and its accessibility for transcription.
esterni come luce, temperatura, disponibilità
di nutrienti [a. .......... ]; [b. .......... ]; [c. .......... ]; [d. .......... ]; [e. .......... ].
d. comporta l’inattivazione di un terzo dei geni

VeRIfICA DeLLe AbILITà

1 A. Ordina (dal più semplice al più complesso) i seguenti gradi di organizzazione del genoma.
a. nucleosoma
b. filamento di cromatina
c. cromosoma
d. doppia elica del DNA
e. superspirale
f. fibrilla elementare
[…………………………………………………................................................................................…………]

b. Associa i seguenti elementi alla corrispondente struttura indicata in A.


1. diametro 300 nm [………....................................………………]
2. diametro 30 nm [………....................................………………]
3. diametro 10 nm [………....................................………………]
4. cromatidi [………....................................………………]
5. insieme di 8 istoni [………....................................………………]
6. fibra elicoidale compatta [………....................................………………]

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IL CONTROLLO DELL’ESPRESSIONE GENICA

2 Complete the following definitions using terms which are linked to lac operon and its functioning.
a. part of the operon which codes for an enzyme [..........................................................]
b. a protein coded by a regulatory gene [..........................................................]
c. sequence of nucleotides which block the activity of RNA polymerase [..........................................................]
d. sequence of nucleotides which start the transcription of enzymes which metabolise sugar
when in the presence of the sugar which correlates to the operon [..........................................................]
e. molecule which acts as an inducer [..........................................................]

3 Spiega perché l’operone triptofano è detto reprimibile.

4 Leggi il seguente brano e rispondi alle domande.


Tutte le cellule del nostro corpo (quasi 10 trilioni) discendono da un’unica cellula, e ogni cellula con-
tiene lo stesso genoma.
Sapendo che la composizione, la struttura e la funzione di una cellula dipendono dai geni, sorge il pro-
blema della diversità delle cellule del nostro corpo (per esempio, le cellule della pelle, del sangue e del
tessuto nervoso...). È il problema del differenziamento cellulare.
Oggi si sa che, per esempio, una cellula nervosa e una cellula muscolare sono diverse perché il loro
DNA, benché identico, produce solo alcune proteine: rispettivamente, quelle adatte a una cellula nervo-
sa e quelle adatte a una cellula muscolare. Mediamente, una cellula attiva la sintesi di solo l’1% delle pro-
teine che potrebbe costruire, attraverso un meccanismo di regolazione dei geni.
a. Come si chiama la cellula da cui discendono tutte le cellule del nostro corpo?
b. Che cos’è il genoma?
c. Che cosa sono i geni?
d. Che cos’è il differenziamento cellulare?
e. Quali sono i meccanismi che regolano l’attivazione di alcuni geni e non di altri?

5 Choose the correct statement.


If Escherichia coli cells are grown in a lactose medium, their lac operon will produce
a. mRNA that codes for lactase
b. mRNA that codes for RNA polymerase
c. mRNA that codes for beta-galactosidase
d. RNA that codes for a repressor

6 È necessario per un gene che codifica per il repressore di un operone batterico essere in posizione
adiacente ai geni strutturali che devono essere regolati? Motiva la tua risposta.

7 Nella regolazione genica degli eucarioti molto frequentemente vengono utilizzati più meccanismi di
controllo dell’espressione di un gene: sapresti fare un esempio?

8 Match the following processes and components with their respective stages in the regulation of gene
expression, choosing from numbers 1-6.
a. ubiquitin 6; b. RNA splicing 3; c. polyadenylation 3; d. glycosylation; e. TATA box 2;
f. poly-A; g. enhancer 2; h. RNA interference 4; i. phosphorylation.
1. conformational regulation
2. transcriptional regulation
3. post transcriptional regulation
4. mRNA stability control
5. translational regulation
6. post-translational regulation
[a. .......... ]; [b. .......... ]; [c. .......... ]; [d. .......... ]; [e. .......... ];
[f. ........... ]; [g. .......... ]; [h. .......... ]; [i. .......... ].

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