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Gli amminoacidi

Le proteine rappresentano gli elementi strutturali e funzionali pi importanti nei sistemi viventi. Qualsiasi processo vitale dipende da questa classe di molecole: p. es. la catalisi delle reazioni metaboliche (enzimi), le difese immunitarie (immunoglobuline), il trasporto di ossigeno (emoglobina), il trasporto di nutrienti (albumina), il movimento (actina, miosina).

Le proteine sono macromolecole costituite dallunione di un grande numero di unit elementari: gli amminoacidi (AA) Sebbene in natura esistano pi di 300 amminoacidi, soltanto 20 sono incorporati nelle proteine dei mammiferi poich sono gli unici codificati dal DNA La caratteristica strutturale comune a tutte le proteine di essere dei polimeri

lineari di amminoacidi

Ciascuna proteina ha per una propria struttura tridimensionale che la rende capace di svolgere specifiche funzioni biologiche

Struttura degli amminoacidi


Ogni amminoacido (eccetto la prolina) possiede un carbonio centrale, chiamato carbonio a, al quale sono legati quattro differenti gruppi: un gruppo amminico basico (-NH2) un gruppo carbossilico acido (-COOH) un atomo di idrogeno (-H) una catena laterale, diversa per ciascun amminoacido (-R)

Gli aminoacidi

Anatomia di un amminoacido. Ad eccezione della prolina e dei suoi derivati, tutti gli amminoacidi che si trovano comunemente nelle proteine possiedono questo tipo di struttura.

Tutti gli amminoacidi (tranne la glicina) hanno latomo di carbonio a legato a quattro gruppi diversi: il carbonio a (asimmetrico) quindi un centro chiralico o otticamente attivo Gli amminoacidi che hanno un centro asimmetrico nel carbonio a possono esistere in due forme speculari (D ed L) dette stereoisomeri, isomeri ottici o enantiomeri Le proteine contengono solo L- amminoacidi

Champe et al., Le basi della biochimica, Ed. Zanichelli

Quando un amminoacido viene sciolto in H2O diventa uno ione dipolare (zwitterione) che pu agire sia come acido (donatore di protoni) che come base (accettore di protoni) Le sostanze che hanno questa doppia natura si definiscono anftere o anfoliti. Al pH fisiologico (valore attorno a 7,4) tutti gli amminoacidi hanno: il gruppo carbossilico dissociato, si forma lo ione negativo carbossilato (-COO-) il gruppo amminico protonato (-NH3+)

Champe et al., Le basi della biochimica, Ed. Zanichelli

Oltre alla parte funzionale, comune a tutti, ogni amminoacido presenta un gruppo -R proprio La natura del gruppo -R conferisce propriet diverse a ciascun amminoacido Punto isoeletrico (pI): il valore di pH al quale un amminoacido ha carica netta 0 cio elettricamente neutro Il pI una caratteristica di ogni singolo amminoacido

Nelle proteine quasi tutti i gruppi carbossilici e amminici degli amminoacidi sono uniti in legami peptidici Le propriet di ciascun amminoacido dipendono dalle catene laterali (-R) che sono i gruppi funzionali responsabili della struttura, delle funzioni e della carica elettrica delle proteine

Ci che sostanzialmente determina il ruolo di un amminoacido in una proteina la natura della catena laterale (-R)

Gli amminoacidi possono essere classificati in base alle propriet delle loro catene laterali (-R), considerando la loro polarit o non polarit al pH fisiologico e quindi la tendenza ad interagire con lacqua Gli amminoacidi con catene laterali cariche, idrofiliche, sono generalmente esposti sulla superficie delle proteine I residui idrofobici, non polari, si trovano in genere allinterno delle proteine, protetti dal contatto con lacqua

Amminoacidi con gruppi -R alifatici (non polari)


Glicina, alanina, valina, leucina, isoleucina, metionina, prolina. Le loro catene laterali sono costituite da una catena idrocarburica satura: sono idrofobici. La metionina uno dei due amminoacidi contenenti zolfo. La prolina ha una caratteristica struttura ad anello, formato dalla catena laterale e dal suo gruppo amminico, e differisce dagli altri amminoacidi perch contiene un gruppo imminico (R-NH-R). E solo moderatamente polare.

Champe et al., Le basi della biochimica, Ed. Zanichelli

Amminoacidi con gruppi -R aromatici


Fenilalanina, tirosina, triptofano Le loro catene laterali sono aromatiche Sono relativamente non polari (idrofobici) Possono partecipare tutti ad interazioni idrofobiche I gruppi -OH della tirosina ed NH del triptofano possono formare legami a idrogeno

Amminoacidi aromatici
ionizzabile Non polare Non polare

Serina, treonina, cisteina, asparagina, glutammina Sono polari ma in condizioni fisiologiche sono privi di

Amminoacidi con gruppi -R polari, non carichi

carica elettrica.

I loro gruppi -R sono pi idrofilici di quelli degli AA non polari: contengono gruppi funzionali che formano legami idrogeno con lacqua. La polarit di serina e treonina dovuta al gruppo ossidrilico (-OH), quella della cisteina al gruppo sulfidrilico (-SH), quella di asparagina e glutammina ai gruppi ammidici (-CONH2), dove sia la porzione carbonilica che quella amminica possono entrare in gioco.

Amminoacidi con gruppi -R carichi positivamente (basici)


Lisina, arginina, istidina Sono accettori di protoni Le loro catene laterali, contenenti gruppi amminici, a pH fisiologico sono ionizzate ed hanno carica positiva Listidina debolmente basica (pKa = 6,0) ed a pH fisiologico lamminoacido libero in gran parte non ionizzato; quando si trova incorporata in una proteina pu recare una carica positiva o essere neutra (propriet molto importante!)

Struttura degli amminoacidi

Amminoacidi polari con carica


Si dispongono allesterno della molecola proteica a contatto con il solvente
* H

Amminoacidi con gruppi -R carichi negativamente (acidi)


Acido aspartico, acido glutammico.
Sono donatori di protoni. I gruppi carbossilici delle loro catene laterali, al pH fisiologico, sono ionizzati ed hanno carica negativa.

PROTEINE ACIDE E BASICHE


Le proteine nelle quali il rapporto:

(lys + arg ) / (asp + glu ) >1

sono basiche.

Quando tale rapporto

(lys + arg ) / (asp + glu ) <1

sono acide.

Struttura degli amminoacidi

Amminoacidi con caratteristiche particolari

Champe et al., Le basi della biochimica, Ed. Zanichelli

Dal punto di vista biochimico gli amminoacidi si possono classificare in:


Essenziali: quegli AA che una determinata specie non in grado di sintetizzare (o li sintetizza in quantit non sufficienti *); - devono essere introdotti con la dieta - Phe, Val, Thr, Try, Ile, Met, Leu, Lys, His*, Arg* (* sono necessari nella dieta solo durante lo stadio giovanile di crescita) Non essenziali: quegli AA che una determinata specie in grado di sintetizzare.

Glucogenici: tutti gli AA dal cui catabolismo otteniamo acido piruvico o un intermedio del ciclo di Krebs e che quindi possono essere utilizzati per riformare glucosio (Asp, Glu, Asn, Gln, His, Pro, Arg, Gly, Ala, Ser, Cys, Met, Val). Chetogenici: gli AA dal cui catabolismo otteniamo acetilCoA o acetoacetilCoA, che quindi non possono essere utilizzati per riformare glucosio (leucina e lisina). Sia chetogenici che glucogenici: dal loro catabolismo otteniamo acido piruvico o un intermedio del ciclo di Krebs, oltre che acetil CoA o acetoacetilCoA (Phe, Tyr, Trp, Ile, Thr).

La struttura delle proteine

Proteine globulari e fibrose


Le proteine possono essere classificate in due gruppi principali: proteine globulari e fibrose.

Proteine globulari
Le catene polipeptidiche sono ripiegate ed assumono forma compatta, sferica o globulare. Contengono pi tipi di struttura secondaria. Le proteine globulari comprendono : enzimi, proteine di trasporto (p.es. albumina, emoglobina), proteine regolatrici, immunoglobuline, etc.

Proteine Fibrose
Hanno catene polipeptidiche disposte in lunghi fasci o in foglietti. In genere presentano un unico tipo di struttura secondaria. Sono insolubili in H2O per la presenza di elevate [ ] di AA idrofobici. Le catene polipeptidiche si associano in complessi sopramolecolari in modo da nascondere al solvente le superfici idrofobiche. Sono adatte a ruoli strutturali (p.es. a-cheratina, collageno).

Proteine Fibrose e Globulari


Le proteine possono essere divise in due classi:
Proteine Globulari

Proteine fibrose

Le Proteine Fibrose
Sono di origine animali, insolubili in acqua, Assolvono ruoli strutturali per lo pi.

Si dividono in tre categorie: le cheratine i collageni le sete


Formano tessuti protettivi

Formano tessuti connettivi


Come i bozzoli dei bachi da seta

Le Proteine Fibrose
Cheratine e collageni hanno strutture ad elica, Le sete hanno struttura foglietto beta
Gruppi apolari e ponti disolfuro tendono a conferire rigidit e insolubilit alle proteine fibrose.

Le Proteine Globulari
Sono solubili in acqua, di forma quasi sferica, Assolvono funzioni biologiche. Possono essere: Enzimi Ormoni Proteine di trasporto Proteine di deposito

Le Proteine Globulari
Contengono amminoacidi con catene polari e carichi, Sono strutture elicoidali.
Mioglobina, proteina globulare che trasporta lossigeno nei muscoli.

Le interazioni sono dovute a ponti disolfuro, alla polarit o meno dei gruppi R, e alla capacit di formare legame ad idrogeno.

Proteina

molecole composte da una o pi catene polipeptidiche

Proteine monomeriche

Proteine multimeriche

omomultimeriche
(stesso tipo di polipeptide)

eteromultimeriche
(diversi tipi di polipeptidi)

Le proteine
Fondamentali in ogni organismo, hanno molteplici ruoli: Componenti strutturali (collagene, tessuto connettivo, citoscheletro, pelle) Trasportatori (emoglobina, albumina) Trasmettitori di messaggi (ormoni peptidici) Catalizzatori di reazioni chimiche (enzimi) Difesa contro i patogeni (immunoglobuline) Controllo e regolazione dellespressione genica (istoni) Deposito di materiale (ferritina) Proteine dei sistemi contrattili (miosina)
Es. Albumina: aumenta solubilita degli acidi grassi nel sangue Istoni: proteine nucleiche, formano la cromatina insieme al DNA

Molte malattie sono dovute al difettoso ripiegamento di una proteina


Alcune patologie derivano da proteine che non sono in grado di raggiungere la loro struttura funzionale e che tendono a formare grossi aggregati (fibrille o forme amiloidi): Alzheimer, Parkinson, encefalopatia spongiforme, diabete di tipo II. In altri casi mutazioni puntiformi generano proteine che non raggiungono la loro locazione finale o che non sono pi in grado di svolgere la loro funzione perch incapaci di legare i loro substrati. Fibrosi cistica: difetto nella proteina transmembrana che agisce come un canale degli ioni cloro nelle cellule epiteliali (CFTR: 1480 amminoacidi). La mutazione pi comune la delezione di un amminoacido (Phe 508) e la proteina mutata non si avvolge correttamente.

I 20 amminoacidi che si trovano comunemente nelle proteine sono uniti luno allaltro da legami peptidici. La sequenza lineare degli amminoacidi legati contiene linformazione necessaria a generare una proteina con una forma tridimensionale

esclusiva.

La struttura di una proteina complessa: organizzazione in 4 livelli gerarchici (struttura primaria, secondaria, terziaria, quaternaria).

Gli amminoacidi possono unirsi tra loro con legami peptidici

Estremit amminica

Il ripetersi di questa reazione d luogo a polipeptidi e proteine.

Proprieta del legame peptidico:


Planare, ha una forza intermedia tra il legame semplice ed il legame doppio.

R
H N H H C C

O C OH

+
OH

N
H

C H

Champe et al., Le basi della biochimica, Ed. Zanichelli

Il legame peptidico rigido e planare Gli atomi di Ca di amminoacidi adiacenti sono separati da tre legami covalenti: Ca C N Ca
PROPRIETA DEL LEGAME PEPTIDICO I 6 atomi del gruppo peptidico giacciono sullo stesso piano lossigeno legato al carbonio del gruppo carbonilico e latomo di idrogeno legato allazoto amminico, si trovano in trans. Lossigeno carbonilico ha una parziale carica negativa e lazoto amminico ha una parziale carica positiva ci genera un parziale dipolo elettrico. I legami ammidici C-N hanno un parziale carattere di doppio legame per effetto della risonanza non possono ruotare liberamente. La rotazione permessa solo attorno ai legami N-Ca e Ca-C.

Il legame peptidico rigido e planare

e sono di 180 quando il polipeptide nella conformazione complanare estesa e tutti i gruppi peptidici sono sullo stesso piano. e possono assumere tutti i valori compresi tra -180 e +180, ma molti valori risultano proibiti per interferenze steriche tra gli atomi dello scheletro del polipeptide e quelli delle catene laterali.

peptidi, polipeptidi e proteine


gli aminoacici sono uniti tra loro da legami peptidici
energia di legame 100 Kcal/mol
non vengono rotti con lebollizione, ma solo con lazione prolungata di acidi o basi concentrate gli enzimi proteolitici sono in grado di rompere tali legami

esistono sequenze lunghe da pochi aminoacidi a migliaia di aminoacidi con peso molecolare da 5 a 1000 KDalton (1 Dalton = 1/12 massa 12C) # aminoacidi peptide (oligopeptide) <20 polipeptide <60 proteina >60

Polarit del legame peptidico

Legame peptidico

Caratteristiche del legame peptidico


Ha il carattere di un doppio legame parziale ( pi corto di un legame singolo). E rigido e planare (non possibile la rotazione attorno al legame tra il carbonio carbonilico e lazoto del legame peptidico). In genere un legame di tipo trans, a causa di interferenze steriche tra i gruppi -R (i legami tra un Ca e un gruppo a-amminico o a-carbossilico possono ruotare!) I gruppi -C=O ed -NH del legame peptidico non hanno una carica elettrica (a differenza del gruppo aamminico allestremit N-terminale ed a-carbossilico al C-terminale) ma sono polari e partecipano alla formazione di legami a idrogeno.

Denominazione dei peptidi


Lunione di pi amminoacidi mediante legami peptidici produce una catena denominata polipeptide. Per convenzione, lestremit amminica libera della catena peptidica (estremit N) si scrive a sinistra mentre quella carbossilica libera (estremit C) si scrive a destra. Le sequenze di amminoacidi si leggono sempre dallestremit N allestremit C del peptide.

I singoli amminoacidi in una catena peptidica sono chiamati residui amminoacidici.

In genere le proteine sono composte da 502000 residui amminoacidi.

La struttura primaria di una proteina definita dalla sequenza lineare dei residui amminoacidici.

proteine: struttura primaria


riguarda la sequenza lineare degli aminoacidi struttura covalente (legami peptidici)

.Sequenza di 2: 20 x 20 = 202 = 400 dipeptidi diversi


.Sequenza di 3: 20 x 20 x 20 = 203 = 8000 tripeptidi diversi .Sequenza di 100: 20100 = 1.27x10130 peptidi diversi Di tutte queste possibili forme, levoluzione ha scelto solo alcune, che rappresentano il risultato di una precisa selezione mirata ad ottimizzare la funzione della proteina

Struttura primaria
La sequenza degli aminoacidi di una proteina si chiama struttura primaria. Nelle proteine, gli amminoacidi sono uniti covalentemente con legami peptidici. I legami peptidici sono legami ammidici tra il gruppo a- carbossilico (-COOH) di un amminoacido ed il gruppo a-amminico (-NH2) dellamminoacido successivo. Durante la formazione del legame peptidico viene eliminata una molecola di acqua (reazione

di condensazione).

La peculiare sequenza amminoacidica di una catena polipeptidica rappresenta la struttura primaria

Lisozima

Per funzionare una proteina deve assumere una struttura tridimensionale precisa collagene mioglobina

Struttura secondaria
Si riferisce alla conformazione locale della E determinata da interazioni di tipo legame a idrogeno fra lossigeno di un gruppo carbonilico del legame peptidico e lidrogeno del gruppo ammidico di un altro legame peptidico. Esistono due tipi di strutture secondarie: l a-elica ed il foglietto b.

catena polipeptidica.

proteine: struttura secondaria


strutture dovute ad interazioni locali di tipo ponte-H

a-elica

b-foglietto

ponte-H ogni 3,6 aminoacidi Il legame H si instaura tra lH dellazoto amidico e lO del gruppo carbonilico residui esterni alla spirale

legami idrogeno fra aminoacidi di catene diverse foglietto piegato

E una struttura in cui la catena polipeptidica avvolta a spirale . Le catene laterali degli amminoacidi (-R) si protendono verso lesterno rispetto allasse della spirale. La-elica stabilizzata da legami idrogeno intracatena che si formano tra lossigeno carbonilico di un legame peptidico e lidrogeno ammidico di un legame peptidico situato a 4 residui di distanza sulla catena. La prolina interrompe la-elica!!! Gli amminoacidi con catene laterali (-R ) voluminose o cariche possono interferire con la formazione della-elica.

Struttura secondaria (a-elica)

Struttura secondaria: alfa elica


Legame idrogeno

Le propriet idrofobiche o idrofiliche di una alfa-elica dipendono dalle catene laterali degli aa

Champe et al., Le basi della biochimica, Ed. Zanichelli

Ogni idrogeno ammidico coinvolto in un legame idrogeno con il carbonile di un altro amminoacido

Legame H
a-elica
ponte-H ogni 3,6 aminoacidi

Il legame H si instaura tra lH dellazoto amidico e lO del gruppo carbonilico

Esempio di proteina composta da alfa eliche

Struttura secondaria

(foglietto b)

E una struttura ripiegata, formata da 2 o pi catene polipeptidiche (filamenti) quasi completamente distese. I legami a idrogeno sono intercatena e perpendicolari allo scheletro del peptide. Tutti i componenti di un legame peptidico partecipano alla formazione di legami a idrogeno. Tali legami si realizzano tra lossigeno di un gruppo carbonilico di un legame peptidico e lidrogeno del gruppo ammidico di un altro legame peptidico appartenente ad un filamento diverso.

Struttura secondaria: foglietto beta

Nei foglietti pieghettati ci sono ancora dei legami ad idrogeno, ma stavolta sono tra fogli adiacenti (sheet)

Struttura secondaria

(foglietto b)

I polipeptidi che formano un foglietto b possono disporsi in modo parallelo o antiparallelo. Un foglietto b pu essere formato anche da una singola catena polipeptidica ripiegata su se stessa: in tal caso i legami a H sono legami

intracatena.

La superficie dei foglietti b pieghettata.

b Sheet
Stabilizzata da legami H intercatena tra N-H & C=O

2 Orientations
Parallel

Not optimum H-bonds; less stable

Anti-parallel Optimum H-bonds; more stable

Struttura secondaria (sequenze non ripetitive)


Queste strutture non ripetitive non sono casuali. Hanno una forma meno regolare rispetto all a-elica ed al foglietto b. La catena polipeptidica assume una conformazione ad anse ed avvolgimenti.

Una proteina tende a ripiegarsi in una configurazione compatta

Cosa determina la forma di una proteina?

Struttura terziaria: struttura tridimensionale


dellintero polipeptide che deriva dallinterazione fra le catene laterali di aa anche distanti nella sequenza primaria

Struttura terziaria
La struttura terziaria la conformazione tridimensionale, avvolta, di una proteina. La struttura primaria di una catena polipeptidica determina la sua struttura terziaria. Quando una proteina si avvolge su se stessa, gli AA che si trovano in regioni lontane della sequenza polipeptidica possono ugualmente interagire tra loro.

La Struttura Terziaria
La struttura terziaria

la conformazione tridimensionale assunta da una proteina. stabilizzata da legami non covalenti come ponti idrogeno, interazioni idrofobiche tra amminoacidi non polari e legami ionici.

indispensabile per la sua attivit biologica.

Ma anche da legami

La Struttura Terziaria

covalenti, sotto forma di ponti disolfuro fra due cisteine. Le interazioni che si instaurano a livello tridimensionale coinvolgono amminoacidi non necessariamente vicini nella struttura primaria.

ossidazione

proteine: struttura terziaria


Determina la struttura 3D R apolari verso linterno (eccetto in Stabilizzata da proteine integrali di membrana) ponti S-S R polari verso lesterno (solvatati da H2O) interazioni idrofobiche interazioni elettrostatiche (legami ionici) legami di Wan der Waals
Suscettibile di denaturazione-rinaturazione ponti disolfuro

Come si forma una struttura terziaria?


Ponti S_S

Interazioni idrofobiche

Formazione di sali

Legame idrogeno

La struttura terziaria stabilizzata da 4 tipi di interazioni


Interazioni idrofobiche: gli amminoacidi con catene laterali non polari tendono a localizzarsi allinterno della molecola dove si associano con altri residui idrofobici. Interazioni ioniche: i gruppi con carica negativa (-COO-) possono interagire con gruppi carichi positivamente (-NH3+) Legami a idrogeno Legami disolfuro

Legame disolfuro
E un legame covalente che deriva dalla ossidazione del gruppo sulfidrilico (-SH) di due residui di cisteina con formazione di un residuo di cistina. Le due cisteine possono essere molto lontane nella stessa catena polipeptidica o appartenere a due diverse catene. Essendo legami covalenti, i legami disolfuro concorrono a stabilizzare la struttura delle proteine impedendone la denaturazione nellambiente extracellulare.

La Struttura Terziaria
Quando le interazioni vengono

meno, in presenza di elevate temperature, di pH non ottimale o di detergenti, la struttura tridimensionale viene persa, cos la proteina va incontro a denaturazione, perdendo la sua attivit biologica.

la denaturazione a volte un processo reversibile, e, allontanando l'agente denaturante, la proteina riprende spontaneamente la sua conformazione tridimensionale (che dettata dalla struttura primaria).

Denaturazione e rinaturazione di una proteina

RNasi nativa

RNasi denaturata

RNasi nativa

La sequenza aminoacidica contiene tutta linformazione necessaria a specificare la forma tridimensionale di una proteina

Form between adjacent cysteine sulfhydryl groups (-S-H). Formation is oxidation, disulfide breaking is reduction.

Denatured inactive ribonuclease

Champe et al., Le basi della biochimica, Ed. Zanichelli

Struttura terziaria di proteine Proteine: Fibrose Insolubili in acqua Utilizzate per tessuti connettivi Seta, collagene, cheratina
Proteine globulari Solubili in acqua Usate per proteine cellulari Hanno un struttura complessa tridimensionale

Le catene polipeptidiche formate da pi di 200 amminoacidi in genere comprendono 2 o pi domini, piccole unit compatte. I domini sono le unit strutturali e funzionali di una proteina. Ciascun dominio una regione globulare, compatta, che si forma per la combinazione di pi elementi strutturali secondari (a-eliche, foglietti b, sequenze non ripetitive). Strutturalmente, ciascun dominio indipendente da altri domini della stessa catena polipeptidica. La struttura terziaria riguarda sia il ripiegamento di ciascun dominio sia la disposizione reciproca finale dei domini di un polipeptide.

Struttura terziaria (i domini)

Struttura terziaria di una proteina chinasi


dominio proteico:parte di una catena polipeptidica che si pu ripiegare indipendentemente in una struttura compatta stabile

Src
2 domini con funzioni regolatorie 2 domini con funzioni catalitiche

Struttura quaternaria delle proteine

Molte proteine NON sono ununica catena polipeptidica Sono combinazione di oggetti Aggregati di proteine (globulari o fibrose) Ci possono essere parecchie unit identiche
Molte proteine inglobano un gruppo non proteico che viene utilizzato per compiere una funzione specifica e viene detto PROSTETICO

Struttura quaternaria
Molte proteine sono costituite da una sola catena polipeptidica (proteine monomeriche). Alcune proteine sono costituite da 2 o pi catene polipeptidiche (subunit) strutturalmente identiche o diverse (proteine multimeriche). Lassociazione di queste subunit costituisce la struttura quaternaria. Le subunit sono tenute insieme da

interazioni non covalenti.

Struttura quaternaria: associazione di pi catene polipeptidiche

Alcune proteine contengono gruppi chimici diversi dagli amminoacidi


Molti enzimi contengono solo amminoacidi e nessun altro gruppo chimico PROTEINE SEMPLICI.

Altre proteine contengono, oltre agli amminoacidi, gruppi chimici funzionali permanentemente associati PROTEINE CONIUGATE. La parte non amminoacidica viene definita GRUPPO PROSTETICO.

proteine: struttura quaternaria


associazioni non covalenti di pi subunit ( emoglobina 4,

aspartato transcarbamilasi 12, virus del mosaico del tabacco >2000)

sede dellallosterismo (interazioni fra le subunit con conseguenze funzionali)


Modello di enzima allosterico A induce una conformazione con maggiore affinit per S I diminuisce laffinit dellenzima per S

Carica e polarit di una catena polipeptidica


La composizione in amminoacidi influenza le propriet chimico-fisiche di una proteina. Proteine ricche in amminoacidi alifatici o aromatici sono relativamente poco solubili in acqua rispetto a quelle ricche in amminoacidi polari. Gli amminoacidi con catena laterale contenente gruppi acidi o basici conferiscono carica elettrica e capacit tampone ad una proteina.

In soluzione acquosa le proteine globulari hanno una struttura compatta: le catene laterali idrofobiche si trovano nella parte interna della molecola mentre i gruppi idrofilici in genere si trovano in superficie.

In un ambiente non polare (lipidico), per esempio una membrana, la disposizione opposta: catene laterali idrofiliche allinterno, amminoacidi idrofobici sulla superficie della molecola.

Champe et al., Le basi della biochimica, Ed. Zanichelli

La proteina normale chiamata PrPC (Prion Related Protein Cellular). Questa proteina, presente soprattutto nei tessuti nervosi, probabilmente coinvolta nel trasporto di ioni (quali rame) e nei processi di segnalazione cellulare o nella formazione di sinapsi. Nella proteina normale sono presenti pi sequenze a-elica che sequenze foglietto b.

Al contrario, nella proteina modificata PrPSc (Sc da Scrapie), maggiormente presente la struttura a foglietto b.
La proteina assume facilmente questa conformazione poich pi rilassata. La struttura con prevalenza di sequenze a foglietto b, oltre ad essere nociva per lorganismo, di gran lunga pi resistente alle proteasi dunque meno degradabile.

Quando la PrPSc e la PrPC entrano in contatto, la prima modifica irreversibilmente la seconda, facendole assumere la sua stessa conformazione. PrPSc + PrPC = 2 PrPSc

I prioni mal ripiegati, provocano un sistema a feed-back positivo. A causa della loro elevata resistenza alle proteasi, si accumulano nei tessuti nervosi, formando placche amiloidi e provocando la morte delle cellule. Questo fenomeno causa il tipico aspetto spongiforme del cervello.

Malattie da prioni:
Scrapie
Kuru Fatal familial insomnia BSE (Bovine Spongiform Encephalopathy) Creutzfeldt-Jacob