STRUTTURA E FUNZIONE DELLE PROTEINE

La struttura delle biomolecole un argomento di grande interesse per molti settori della ricerca di base e applicativa

Funzione STRUTTURA Meccanismo Origine/Evoluzione

LE PROTEINE (dal greco protos: principale) SONO LE MACROMOLECOLE PIU ABBONDANTI E SVOLGONO SVARIATE FUNZIONI, ad es.:

La luce prodotta dalle lucciole coinvolge la proteina luciferina;

Gli eritrociti contengono la proteina emoglobina che trasporta lossigeno;

La proteina cheratina il componente strutturale dei capelli, squame, corna, lana, unghie etc.

Le pi importanti tecniche sperimentali e teoriche per lanalisi delle strutture di macromolecole

Difrattometria ai raggi X Microscopie Spettroscopie Modellistica molecolare Simulazioni al computer di dinamiche molecolare e interazioni molecolari

La struttura delle proteine ne determina la funzione

Le proteine sono singole catene, non ramificate di monomeri amino acidici Ci sono 20 differenti amino acidi La sequenza degli amino acidi di una proteina ne determina la sua struttura tridimensionale (conformazione) A sua volta, la struttura di una proteina ne determina la funzione

Tutti gli amino acidi hanno la stessa struttura generale ma ciascuno differisce per il gruppo R

Amino Acidi Idrofilici

Amino acidi idrofobici e amino acidi speciali

I legami peptidici uniscono gli amino acidi in catene lineari

Quattro livelli di struttura determinano la forma di una proteina

Primaria: la sequenza lineare degli amino acidi Secondaria: lorganizzazione di parti di una catena polipeptidica (esempio: l elica o il foglietto ) Terziaria: la struttura tridimensionale completa di una catena polipeptidica Quaternaria: lassociazione di due o pi polipeptidi in una struttura complessa multi-subunit

Contengono 20 amminoacidi uniti tramite un legame peptidicocovalente

Amminoacido

Il legame peptidico

Il legame peptidico

Non tutte gli orientamenti di Psi e Phi sono possibili

Il grafico di Ramachandran
Le conformazioni possibili in natura sono: 1) Foglietto beta parallelo ed antiparallelo 2) Elica C 3) Alfa elica destrogira 4) Alfa elica levogira 5) Elica 3 6) Elica pi greco

Le strutture secondarie sono mantenute da legami idrogeno tra atomi di residui aminoacidici.

 -elica Stabilizzata da legami-H intracatena fra: protoni ammidici \ ossigeni carbonilici n=3.613 (13 atomi fra i 2 atomi che fanno il ponte a H) p= 5.4 Legami H fra C=O del residuo n ed il gruppo N-H del residuo (n+4)

Strutture secondarie: il foglietto beta

Struttura beta
Stabilizzati da legami-H fra gruppi C=O e N-H dei legami peptidici intercatena (fra catene poliptidiche affiancate) Struttura antiparallela pi stabile

Strutture non ripetitive (-turns)

La struttura terziaria generata dal ripiegamento e dalla conformazione della catena polipeptidica.

La struttura quaternaria lorganizzazione di polipeptidi in ununica unit funzionale che consiste di pi di una subunit polipeptidica.

Classificazione generale delle strutture terziarie

Proteine con predominanza di elica Proteine miste

Proteine con predominanza di sheets

 In una proteina globulare: le catene laterali idrofobe si trovano prevalentemente allinterno della proteina i residui carichi + o si trovano sulla superficie della proteina i residui polari possono trovarsi verso linterno della proteina (in questo caso inevitabilmente formano ponti-H con altri residui polari)

La struttura quaternaria delle proteine

La struttura quaternaria riguarda proteine costituite da pi catene polipeptidiche o da pi domini strutturali (es. proteine regolatrici) Le interazioni tra le subunit consentono grandi variazioni nellattivit catalitica

Esempio: la emoglobina

Le interazioni non covalenti che partecipano nella definizione della struttura delle biomolecole

Comparazione sequenze
Hum globina: Bovis: Pig: mvlspadktn vkaawgkvga hageygaeal mvlsaadkgn vkaawgkvgg haaeygaeal vlsaadkan vkaawgkvgg qagahgaeal

ermflsfptt ktyfphfdls hgsaqvkghg kkvadaltna vahvddmpna ermflsfptt ktyfphfdls hgsaqvkghg akvaaaltka vehlddlpga ermflgfptt ktyfphfnls hgsdqvkahg kvadaltka vghlddlpga

lsalsdlhah klrvdpvnfk llshcllvtl aahlpaeftp avhasldkfl lselsdlhah klrvdpvnfk llshsllvtl ashlpsdftp avhasldkfl lsalsdlhah klrvdpvnfk llshcllvtl aahhpddfnp svhasldkfl asvstvltsk yr anvstvltsk yr anvstvltsk yr

Lomologia delle sequenze suggerisce relazioni funzionali ed evolutive tra le proteine

Conformazione, modificazione e degradazione delle proteine

Una catena polipeptidica appena sintetizzata deve conformarsi e spesso subire modificazioni chimiche per generare la proteina finale Tutti i polipeptidi con la stessa sequenza amminoacidica assumono, in condizioni standard, la stessa conformazione (lo stato nativo), che la pi stabile conformazione che la molecola pu assumere.

L informazione per il folding della proteina contenuta nella sequenza

Proteine denaturare al calore, con acidi, o chimici perdono la struttura terziaria e secondaria e la funzione biologica.

Il processo reversibile

Ipotesi termodinamica di Anfinsen (per proteine a singolo dominio)

Linformazione codificata nella amminoacidica di una proteina completamente la sua struttura nativa

sequenza determina

Lo stato nativo il minimo assoluto dellenergia libera della proteina

Termodinamica del folding visto come imbuto di energia libera

Si raggiunge il minimo energetico assoluto percorrendo anche strade diverse Ogni minimo relativo corrisponde a stati intermedi metastabili Le interazioni idrofobiche di residui non polari provocano il collasso idrofobico Scendendo verso il basso si ha una diminuzione delle specie

Le chaperonine assistono le proteine nella fase di folding, prevenendo il legame con ligandi inappropriati.

Molte malattie sono dovute al difettoso ripiegamento di una proteina

Alcune patologie derivano da proteine che non sono in grado di raggiungere la loro struttura funzionale e che tendono a formare grossi aggregati (fibrille o forme amiloidi): Alzheimer, Parkinson, encefalopatia spongiforme, diabete di tipo II. In altri casi mutazioni puntiformi generano proteine che non raggiungono la loro locazione finale o che non sono pi in grado di svolgere la loro funzione perch incapaci di legare i loro substrati. Fibrosi cistica: difetto nella proteina transmembrana che agisce come un canale degli ioni cloro nelle cellule epiteliali (CFTR: 1480 amminoacidi). La mutazione pi comune la delezione di un amminoacido (Phe 508) e la proteina mutata non si avvolge correttamente.

Proteine conformate in modo aberrante sono implicate nello sviluppo di patologie

Una placca amiloide nella malattia di Alzheimer un agglomerato di filamenti proteici

PROTEINE CONIUGATE
GLICOPROTEINE: enzimi, anticorpi, molecole di riconoscimento e recettori, supporti extracellulari. Tutte le proteine localizzate sulla superficie cellulare e negli spazi intercellulari sono GLICOPROTEINE. I gruppi carboidratici, a causa dei molti siti in grado di formare legami idrogeno, ne aumentano la stabilit conformazionale; conferiscono resistenza all'attacco enzimatico; forniscono gruppi specifici, riconoscibili dai ligandi. LIPOPROTEINE: moltissime nelle membrane cellulari, in special modo nella membrana plasmatica, dove il gruppo lipidico funge da ancora per la proteina. METALLOPROTEINE: spesso la loro presenza necessaria per l'attivit degli enzimi.

Alcune Applicazioni
MODELLIZZARE la struttura risoluzione atomica della molecola tridimensionale a

 Effettuare MUTAZIONI puntiformi, che possono fornire indicazioni utili per il riconoscimento del sito attivo o di strutture indispensabili all'attivit della molecola o dirette ad una certa funzione.

 Studiare le VARIAZIONI CONFORMAZIONALI provocate dallinterazione della proteina con uno o pi LIGANDI, la quale fornisce lattivazione (o inattivazione) necessaria per compiere la propria funzione biologica (o per impedirla).

 Monitorare i CAMBIAMENTI STRUTTURALI indotti su peptidi o proteine da parte di MEMBRANE BIOLOGICHE, i quali sembrano essere fondamentali per il riconoscimento con il recettore o per oltrepassare la fase lipidica e raggiungere zone altrimenti inaccessibili.

 Comprendere il processo di FOLDING delle proteine, ovvero il meccanismo di ripiegamento con cui raggiungono la confomazione biologicamente attiva.

Applicazioni FARMACOLOGICHE: viene fornita unindicazione specifica, o quanto meno restrittiva, della struttura opportuna in funzione del bersaglio del farmaco. In questo campo, la costruzione di strutture calibrate permette di ridurre la ricerca ad un ristretto raggio dazione.

Funzioni proteiche
La funzione proteica generalmente richiede cambiamenti conformazionali Le proteine possono essere destinate a legare un range di molecole (ligandi)
Il legame caratterizzato da due propriet: affinit e specificit

Gli anticorpi posseggono precise specificit di legame Gli enzimi sono catalizzatori molto efficienti e specifici
il sito attivo di un enzima si lega ad un substrato e catalizza una reazione