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4 luglio 2010
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Indice
I Marchetti 5
1 Aminoacidi 5
1.1 Aminoacidi comuni . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
1.2 Aminoacidi modificati . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
2 Proteine 7
2.1 La struttura proteica . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
2.1.1 Il legame peptidico e la struttura primaria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
2.1.2 La struttura secondaria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
2.1.3 La struttura terziaria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
2.1.4 La struttura quaternaria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
2.2 Denaturazione . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
2.3 Il collagene . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
2.3.1 Principali patologie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
2.4 L’emoglobina . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
2.4.1 Struttura . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
2.4.2 Funzione . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
2.4.3 Prevenzione dell’ossidazione . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
2.4.4 Genetica e principali patologie dell’emoglobina . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
2.5 Proteasi . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
2.5.1 La coagulazione del sangue . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
3 DNA 19
3.1 Struttura chimica del DNA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
3.1.1 Stabilità della struttura . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
3.2 Organizzazione del DNA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
3.2.1 Dati quantitativi e superavvolgimento del DNA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
3.2.2 La cromatina . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
3.3 La replicazione . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
3.3.1 La replicazione nei batteri . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
3.3.2 La replicazione negli eucarioti . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
3.4 Mutazioni e riparazione . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
3.4.1 Mutazioni . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
3.4.2 Riparazione . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
4 RNA 28
4.1 Trascrizione nei procarioti . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
4.1.1 Controllo trascrizionale (E.Coli) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
4.2 Trascrizione negli eucarioti . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
4.2.1 Controllo dell’espressione genica . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
4.2.2 Maturazione dell’RNA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
4.2.3 RNA interference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
5 Sintesi proteica 36
5.1 tRNA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
5.2 Il ribosoma . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
5.2.1 Fase di iniziazione . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
5.2.2 Fase di allungamento . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
5.2.3 Terminazione . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
5.3 Controllo della traduzione . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
5.3.1 Controlli generali . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
5.4 Modifiche post-traduzionali . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
5.4.1 Trasporto . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
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5.4.2 Modifiche . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
5.4.3 Degradazione intracellulare . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
6 Biosegnalazione - ormoni 45
II Dallocchio 52
7 Enzimi 52
7.1 Cinetica enzimatica . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
7.1.1 Equazione di Michaelis-Menten . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
7.1.2 Inibizione enzimatica . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
8 Glicolisi 56
8.1 Visione d’insieme . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
8.2 Passaggi della glicolisi . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
8.3 Guadagno netto e riassunto . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
8.3.1 Vie di rifornimento della glicolisi . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
8.4 Condizioni anaerobie: fermentazione del piruvato . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
9 Gluconeogenesi 62
9.1 Passaggi della gluconeogenesi . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
9.2 Riassunto ed equazione netta . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
13 Ciclo di Krebs 71
13.1 Piruvato e PDH . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
13.2 Reazioni del ciclo di Krebs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72
13.3 Bilancio energetico e riassunto . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73
13.4 Regolazione del ciclo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74
3
15.3.6Schema complessivo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86
4
Parte I
Marchetti
1 Aminoacidi
1.1 Aminoacidi comuni
Le proteine sono polimeri di aminoacidi, con ciascuno dei residui legato covalentemente agli altri da
un legame specifico. Venti sono gli aminoacidi comunemente ritrovabili nelle proteine e sono tutti di
tipo α, presentano cioè un gruppo carbossile e uno aminico legati allo stesso atomo di carbonio definito
appunto carbonio α. Le differenze tra gli aminoacidi sono legate alle loro catene laterali, o gruppi R,
che differiscono in struttura, dimensioni e carica elettrica, il che influenza la solubilità in acqua delle
varie molecole.
Per tutti gli aminoacidi ad eccezione della glicina, il carbonio α è legato a quattro differenti gruppi:
1. Il gruppo carbossile (−COOH)
2. Il gruppo aminico (−N H3 )
3. Il gruppo R
4. Un atomo di idrogeno
Il carbonio α è dunque un centro chirale e ,poichè le due possibili configurazioni non sono sovrapponi-
bili, ogni aminoacido esiste sotto forma di enantiomeri, una sottoclasse degli stereoisomeri. Virtual-
mente tutti i composti biologici che possiedono un centro chirale vengono riscontrati in una sola delle
due forme possibili, sia essa D o L: gli aminoacidi delle proteine sono esclusivamente aminoacidi di
tipo L. La discriminazione della cellula di una forma o dell’altra avviene a causa degli enzimi, i cui siti
attivi sono fortemente asimmetrici e possono catalizzare le loro reazioni solo in presenza del corretto
enantiomero.
Gli aminoacidi possono essere classificati in cinque classi principali sulla base delle proprietà del
loro gruppo R, in particolare della polarità.
Gruppi R alifatici non polari All’interno di questro gruppo convergono sette aminoacidi: glicina,
alanina, prolina, valina, leucina, isoleucina e metionina. Le singole particolarità possono essere così
elencate:
• Alanina, valina, leucina e isoleucina tendono a raggrupparsi insieme alle proteine stabilizzando la
struttura della proteina stessa grazie ad interazioni idrofobiche.
• La glicina è l’aminoacido più semplice, l’unico a non possedere un centro chirale e non fornisce
un contributo significativo alle interazioni idrofobiche.
• La metionina è uno dei due aminoacidi contenenti zolfo (il secondo è la cisteina) e il suo gruppo R
contiene un gruppo tioetere non polare (CH2 − S − CH3 )
• La prolina ha una struttura ciclica particolare che riduce la flessibilità strutturale del polipeptide
nelle regioni in cui essa è presente
Gruppi R aromatici Tre sono gli aminoacidi che presentano gruppi R aromatici: fenilalanina, tirosina
e triptofano. Tutti possono partecipare nelle interazioni idrofobiche, e il gruppo −OH della tirosina può
in aggiunta formare legami idrogeno, funzionalmente importanti per alcuni enzimi. La fenilalanina è
l’aminoacido meno polare del gruppo per via del fatto che il suo anello aromatico non è modificato da
gruppi funzionali.
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Gruppi R polari non carichi Questo gruppo è il secondo più numeroso e contiene cinque aminoacidi:
serina, treonina, cisteina, asparagina e glutamina. La polarità è derivata per serina e treonina da un
gruppo −OH, per la cisteina dal gruppo −SH, per asparagina e glutamina dai loro gruppi amminici
−N H2 .
• Asparagina e glutamina sono gli amidi di due aminoacidi di base: aspartato e glutamato.
• La cisteina può velocemente ossidarsi per formare un dimero aminoacidico chiamato cistina, che
grazie al suo ponte disolfuro stabilizza moltissimo la struttura di parecchie proteine.
Gruppi R carichi positivamente Tre sono gli aminoacidi carichi positivamente: lisina, arginina e
istidina. L’unico tra questi ad avere una catena laterale ionizzabile con un pKa vicino alla neutralità è
l’istidina, che a pH7.0 è presente sia in forma protonata che in forma neutra.
Gruppi R carichi negativamente (acidi) Due sono gli aminoacidi carichi negativamente a pH7.0:
aspartato e glutamato, entrambi dotati di un secondo gruppo carbossile.
• Ornitina e citrullina, che rappresentano intermedi (metaboliti) sia della biosintesi dell’arginina che
del ciclo dell’urea
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2 Proteine
L’arrangiamento spaziale degli atomi in una proteina è definito conformazione; una conformazione è
un qualsiasi stato ottenibile senza dover spezzare un legame covalente. Ogni proteina possiede teori-
camente centinaia di conformazioni tuttavia in condizioni biologiche una o più comunemente alcune
vengono selezionate poichè più stabili dal punto di vista termodinamico: le proteine che si trovano in
una di queste conformazioni sono definite native.
Nell’ambito strutturale, il termine stabilità di una proteina indica la tendenza a mantenere una
conformazione nativa; ciò che fa tendere una proteina alla conformazione nativa è il risultato di due
interazioni: legami disolfuro e interazioni deboli non covalenti, cioè legami a idrogeno e ionici. Molte
proteine non presentano legami disolfuro, soprattutto grazie al fatto che l’ambiente intracellulare è
quasi sempre molto riducente e quindi la formazione del legame −S − S− è sfavorita; per le proteine
intracellulari di molti organismi le interazioni deboli sono dunque le forze principali nel folding di una
catena polipeptidica. In generale è possibile affermare che molti dei pattern strutturali delle proteine
seguono due regole piuttosto semplici:
1. I residui idrofobici sono in gran parte sepolti all’interno della proteina e dunque lontano dall’acqua
2. Il numero di legami a idrogeno e interazioni ioniche è il massimo possibile in modo tale da ridurre
il numero di gruppo ionici e idrofilici che mancano di un partner
L’alfa elica La struttura più semplice che una catena polipeptidica può assumere è una struttura
ad elica in cui lo scheletro della proteina è strettamente avvolto intorno ad un asse longitudinale
immaginario che passa per il centro dell’elica; in questa struttura i gruppi R protrudono verso l’esterno.
L’unità ripetuta è un singolo giro dell’elica che si estende per circa 5.4Å lungo l’asse e comprende
3.6 residui aminoacidici. In generale, circa un quarto di tutti i residui presenti nelle proteine sono
impegnati in α − eliche ma la proporzione varia grandemente tra le varie proteine.
La formazione ad elica è grandemente favorita poichè fa un uso ottimale dei legami idrogeno interni
che stabilizzano grandemente la struttura: i legami si formano infatti tra un idrogeno legato ad un
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azoto e l’ossigeno legato ad un carbonio a quattro residui di distanza; nell’elica dunque tutti i residui,
con l’eccezione di quelli molto vicini agli estremi della molecola, sono coinvolti in legami idrogeno e
dunque stabilizzati. Teoricamente l’alfa elica è in grado di formarsi sia con aminoacidi della serie D che
della serie L, tuttavia non può essere formata da un mix di enantiomeri; inoltre possono formarsi sia
eliche ruotate verso destra che verso sinistra ma queste ultime sono meno stabili e non si osservano
nelle proteine.
Non tutte le catene polipeptidiche possono formare facilmente eliche stabili. Ogni residuo all’interno
della catena ha una propensione intrinseca nella formazione dell’elica, soprattutto in funzione dei
gruppi R, ed inoltre le interazioni tra residui vicini giocano un ruolo importante. Gli aminoacidi che
meno favoriscono la formazione di un’elica solo la prolina e la glicina. Nella prolina l’atomo di azoto
non è disponibile poichè fa parte di unanello rigido e dunque non vi è alcuna rotazione sul legame
N − Cα . La glicina si trova di rado nelle eliche per un motivo diverso: è molto più flessibile degli altri
aminoacidi e i polimeri contenenti glicina tendono a formare strutture spiralizzate diverse dall’α − elica.
Riassumendo sono cinque gli elementi che limitano la formazione di un’elica:
1. Propensione intrinseca dell’aminoacido
2. Interazioni tra i gruppi R, specialmente quelli distanti tre o quattro residui
Il beta foglietto La seconda struttura comunemente ritrovabile nelle proteine è più vasta e complessa
dell’elica. In un β −f oglietto la catena polipeptidica è arrangiata in una struttura a zigzag anzichè in una
ad elica e i legami a idrogeno si formano tra segmenti adiacenti della catena stessa; le regioni di catena
che formano un foglietto sono solitamente vicine, ma possono essere anche parecchio distanti o addirit-
tura in catene polipeptidiche diverse. Le catene polipeptidiche adiacenti possono essere in posizione
parallela o antiparallela, cioè presentare la stessa direzione carbossiterminale o quella opposta.
Il beta giro Nelle proteine globulari è particolarmente comune l’elemento β − giro dove gli aminoacidi
formano giri o anelli che fanno cambiare direzione alla catena polipeptidica. Questi giri sono elementi
di connessione tra porzioni di elica o di foglietto. A stabilizzare il giro vi è un legame idrogeno tra
l’ossigeno del primo residuo e l’idrogeno del quarto, mentre i due residui centrali non contribuiscono
con alcun legame. Glicina e prolina, che erano elementi di fortissimo disturbo per l’alfa elica, sono
invece comunissimi a livello del beta giro.
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2.1.4 La struttura quaternaria
La struttura quaternaria non è sempre presente nelle proteine in quanto è legata alla presenza di più
catene polipeptidiche separate che concorrono a formare la proteina e che possono essere identiche
o differenti. Questo tipo di struttura è funzionalmente vitale poichè è la sede dell’allosterismo, cioè
l’interazione tra le varie subunità con conseguenze sulla funzione dell’intera proteina. Esempio tipico
di proteina con struttura quarternaria è l’emoglobina umana, formata da quattro subunità (tetramero)
definite alfa e beta.
2.2 Denaturazione
Il processo di denaturazione di una proteina comporta la perdita della struttura tridimensionale a causa
di variazioni ambientali quali pH, temperatura o presenza di solventi anche deboli; si riconoscono due
tipologie di processi denaturanti:
• Processi reversibili, in cui la rimozione della variazione ambientale riporta la proteina al suo stato
tridimensionale originario. Da notare che alcune proteine possono ricompletare il folding solo in
ambiente intracellulare per via della presenza di proteine secondarie, i chaperoni, che guidano il
processo.
• Processi irreversibili, in cui la proteina ha perso la capacità di tornare allo stato originario
Considerazione banale ma fondamentale: una proteina denaturata non funziona, in quanto la funzion-
alità è legata indissolubilmente alla configurazione tridimensionale.
Il fatto che una proteina denaturata possa, in alcuni casi, tornare alla configurazione tridimen-
sionale definitiva implica che sia solo ed esclusivamente la sequenza aminoacidica a determinare ogni
struttura superiore assunta dalla molecola.
2.3 Il collagene
Il collagene è la (glico)proteina umana più abbondante, rappresentando il 25% del totale. Come tutte le
α − keratine, il collagene si è evoluto per fornire resistenza e si trova dunque in tessuto connettivo quale
la cartilagine, i tendini, la matrice ossea, la cornea e la pelle. La struttura chimica del collagene è quella
di un’elica formata da tre catene polipeptidiche a loro volta in conformazione ad elica: caratteristica
particolare è che la superelica è destrorsa mentre le singole eliche di base sono sinistrorse.
La sequenza aminoacidica del collagene presenta un’evidente abbondanza di glicina (∼ 35%) ed è cos-
tituita da un’unità tripeptidica ripetuta di tipo Gly-X-Y dove X è spesso prolina e Y spesso idrossiprolina
(uno dei più comuni aminoacidi modificati).
Formazione dell’idrossiprolina
La reazione netta di formazione dell’idrossiprolina è:
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Il collagene è sintetizzato in due fasi, una intracellulare ed una
extracellulare. Per la fase intracellulare i passaggi fondamentali Tabella 2: Principali tipologie di
sono: collagene
Tipologia Sede
1. Trascrizione del DNA I Pelle, tendini, ossa
2. Formazione delle catene II Cartilagine
III Pelle, muscolo
3. Idrossilazione della prolina IV Cristallino
V Tessuto interstiziale
4. Glicosilazione (per conferire rigidità al collagene, passaggio
più o meno presente a seconda delle destinazioni)
5. Formazione delle supereliche
2.4 L’emoglobina
2.4.1 Struttura
L’emoglobina fa parte del gruppo delle globine che presentano caratteristiche relativamente costanti:
• Catena aminoacidica singola con circa 150 residui
• α − elica molto rappresentata, fino al 75% del totale
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• Alta solubilità
• Ogni globina contiene un gruppo EME legato non covalentemente
La seconda globina legata all’ossigeno è la mioglobina. Strutturalmente le due molecole sono molto
diverse, innanzitutto la mioglobina è una singola struttura mentre l’emoglobina è un tetramero di due
subunità alfa e due beta, inoltre vi sono differenze funzionali legate al fatto che la mioglobina serve per
il deposito mentre l’emoglobina per il trasporto.
2.4.2 Funzione
L’emoglobina, insieme alla mioglobina, è deputata al trasporto dell’ossigeno attraverso il sangue: solo gli
animali unicellulari possono far affidamento ad un assorbimento diretto dell’ossigeno. Questa proteina
lega a se il 98% dell’ossigeno totale presente nel sangue, mentre il rimanente 2% si presenta disciolto
nel plasma: se non fosse presente il sangue sarebbe costretto a generare un flusso almeno cento volte
maggiore. La funzione della mioglobina è diversa in quanto rappresenta una sorta di deposito di O2 per
il tessuto muscolare.
La base funzionale dell’emoglobina e della mioglobina è data dal gruppo EME, che pertanto è definito
gruppo prostetico. l’EME consiste di un complesso anello organico, la protoporfirina IX, che lega un
atomo di ferro nel suo stato ferroso, cioè F e++ : l’atomo di ferro ha sei legami, quattro complanari per la
protoporfirina e due perpendicolari ad esso per legare da un lato un residuo di istidina presente sulla
globina e dall’altro una molecola di ossigeno.
Il gruppo EME all’interno della globina è legato covalentemente ad una tasca idrofobica piuttosto
nascosta e una caratteristica importante è che il legame con l’ossigeno induce cambiamenti nella con-
formazione quaternaria della proteina: l’emoglobina tende a proteggere l’ossigeno al suo interno. I
cambiamenti di conformazione dell’emoglobina permettono di individuare due forme stabili di questa
proteina: la forma T e la forma R. L’ossigeno si lega ad entrambe le forme ma ha un’affinità maggiore
con l’emoglobina in forma R e quando vi si lega la stabilizza. In assenza di ossigeno la forma T è la più
stabile ed è dunque la conformazione della deossiemoglobina; quando l’ossigeno si lega all’emoglobina
T ne causa la mutazione in forma R. Uno dei risultati della variazione di forma dell’emoglobina è la ca-
pacità di questa di funzionare da carrier dell’ossigeno: ha bassa affinità nei tessuti dove cede ossigeno
e alta affinità nei polmoni dove lo cattura.
L’ossigeno Il legame con l’ossigeno del ferro del gruppo EME è piuttosto particolare: è molto debole
e facilmente reversibile, inoltre poichè il legame avviene con ossigeno molecolare si dice che l’EME si
ossigena invece che ossidarsi. Riassumendo il ferro all’interno del gruppo EME è così posizionato:
• Quattro legami complanari con atomi di azoto derivanti dalla protoporfirina IX
• Un legame perpendicolare con un atomo di azoto di un residuo di istidina della globina
• Un legame perpendicolare con, a seconda dei casi, ossigeno (ossiglobina), monossido di carbonio
(carbossiglobina) o altre molecole
Importante clinicamente è il fatto che il monossido di carbonio presenti un’affinità per l’EME trecento
volte superiore a quella dell’ossigeno: in presenza di monossido dunque diminuisce la quantità di
Hb disponibile per il trasporto di ossigeno e senza una terapia di ventilazione al 100%O2 il decesso è
inevitabile.
Confronto tra emoglobina e mioglobina Molte delle differenze nel comportamento delle due proteine
sono legate al fatto che la reazione di legame tra mioglobina e ossigeno è di tipo bimolecolare, mentre i
quattro gruppi EME dell’emoglobina si riempiono in sequenza.
Il primo risultato di questa differenza è evi-
dente nelle curve di saturazione: a basse pres-
sioni parziali di ossigeno la mioglobina è co- Figura 1: Variazioni P50 con la temperatura
munque satura, mentre l’emoglobina è ancora
lontana da questo stato; il valore di P50 per la
mioglobina è di 3mmHg mentre per l’emoglobina è
di 26 − 28mmHg. I diversi valori di P50 evidenziano
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come le due proteine rispondano a due compi-
ti diversi: la mioglobina si satura subito e cede
difficilmente ossigeno, dunque è perfetta per il
deposito, mentre l’emoglobina si satura lenta-
mente e cede facilmente, dunque è perfetta per
il trasporto.
Il valore di P50 non è fisso, ma è influenzato da
parecchi fattori, tra cui la temperatura, il pH e la
presenza di biomolecole. Le variazioni di pH a rapporto con il trasporto di O2 sono alla base dell’effetto
Bohr; un’importante fonte di variazione del pH è l’idratazione della CO2 con produzione netta di H + .
Due sono le considerazioni di questo effetto, esprimibili entrambe con un’equazione:
• HbO2 + H + → HHb+ + O2
quindi la diminuzione del pH (→acido lattico) favorisce il rilascio di ossigeno
• HHb+ + O2 → HbO2 + H +
quindi l’aumento del pH rallenta il rilascio di ossigeno
Il principale contributo per la realizzazione
dell’effetto Bohr è dato dall’istidina 146, l’unico
aminoacido che a pH fisiologico è scambiatore di Figura 2: Variazioni di P50 con il pH
protoni: quando questo residuo è protonato for-
ma una coppia con l’aspartato 94 e stabilizza la
forma deossigenata (forma T). L’effetto Bohr si
basa sul fatto che l’ossigeno e lo ione H + sono en-
trambi legati all’emoglobina, ma in siti diversi e
con affinità inversa: è dunque comprensibile che
se aumenta il pH e dunque la concentrazione di
H + si avrà un rilascio di O2 e il protone acquis-
tato verrà stabilizzato dall’istidina 146 tramite il
legame con l’aspartato 94.
CO2 + H2 O
H + + HCO3−
La ragione di questa reazione si trova nel fatto che la CO2 è poco solubile nel sangue: se non fosse
trasformata in bicarbonato si avrebbero bolle di anidride carbonica nel sangue.
Quando la concentrazione di CO2 è elevata, come accade in periferia, una quantità di anidride
si legherà all’emoglobina riducendone l’affinità per O2 e causandone il rilascio; viceversa quando la
concentrazione di O2 è alta come nel polmone, il semplice gradiente promuove il legame di ossigeno e il
rilascio di anidride carbonica.
HbBP G + O2
HbO2 + BP G
Il BPG si lega in un sito distante da quello dell’ossigeno (e a differenza di quest’ultimo si lega una
sola molecola di BPG per tetramero di emoglobina) e la sua azione è una regolazione allosterica della
funzionalità di Hb: la presenza di BPG stabilizza la forma T della proteina, cioè quella a bassa affinità
12
per l’ossigeno; normalmente il BPG è presente in modo tale da garantire che la quantità di O2 trasporta-
ta ai tessuti sia circa il 40% di quella massima. Il vantaggio di spostare la curva di saturazione a destra
è quello di un immediato aumento del rilascio di O2 in periferia senza cambiare di molto la situazione a
livello polmonare; variazioni nella concentrazione di BPG sono legate all’adattamento corporeo a grandi
altitudini.
Il BPG ha ruolo anche durante la vita fetale. L’emoglobina prodotta dal feto è diversa da quella
adulta: vengono infatti sintetizzate subunità γ invece di subunità β e la proteina così formata, detta
α2 γ2 , ha un’affinità minore per il BPG rispetto a quella materna. Grazie a questo accorgimento il sangue
del feto lega meglio l’ossigeno rispetto a quello materno (P50F etale = 19mmHg; P50M aterna = 27mmHg) e
dunque si ricava una posizione di vantaggio.
Anemia falciforme L’anemia falciforme è stata la prima malattia di cui è stata riconosciuta una base
molecolare: un solo aminoacido, un glutamato, viene sostituito da una valina; la valina extra si adatta
nella tasca della molecola di Hb adiacente, particolarmente se essa non ha legami con l’ossigeno, e
questo favorisce la formazione di aggregati insolubili di fibre. Il globulo rosso omozigote per HbS assume
una caratteristica forma allungata a falce che ostruisce il deflusso ematico nel capillare e diventa fragile
con il rischio di rilascio di Hb nel circolo e conseguente infiammazione. Una caratteristica particolare
dell’anemia falciforme è la sua limitata estensione territoriale alle aree tropicali, le stesse legate alla
malaria: gli eterozigoti hanno un vantaggio su omozigoti e non portatori in quanto non risentono della
malattia ma hanno condizioni difficili di crescita per il Plasmodium Falciparum.
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Talassemie Le talassemie sono difetti quantitativi, cioè mancate espressioni di una delle due catene
dell’emoglobina: esiste dunque una α-talassemia e una β-talassemia. Questi difetti genetici, così come
l’anemia, forniscono all’eterozigote un vantaggio evolutivo nei confronti della malaria.
La talassemia β è letale nell’omozigote e caratterizzata dall’espressione anche postnatale per alcuni
anni della catena γ, quella fetale. Le β-talassemie sono di solito il risultato di mutazioni puntiformi.
La talassemia α è legata alla produzione di emoglobine β4 o γ4 che sono in qualche modo funzionanti
ma non presentano regolazione allosterica o effetto Bohr: il quadro clinico va da leggere anemie ad
aborto. Le α-talassemie sono di solito il risultato di delezione genica.
2.5 Proteasi
Alla classe delle proteasi, cioè degli enzimi in grado di degradare le proteine, appartengono quattro
biomolecole:
• Serina - proteasi
• Metallo - proteasi
• Cisteina - proteasi
• Aspartil - proteasi
Tutte catalizzano lo stesso tipo di reazione, che complessivamente può essere scritta come
E − P eptide2 + H2 O → E + P eptide2
2) Si ha l’idrolisi dell’estere e l’enzima non acetilato viene ripristinato.
L’attivazione delle serina proteasi avviene
mediante modificazione post-traduzionale irre-
versibile. La proteolisi specifica è una comune
modalità di attivazione di enzimi ed altre proteine,
ad esempio gli enzimi digestivi, le proteine del-
la cascata della coagulazione, gli ormoni proteici,
i processi di sviluppo e l’apoptosi. La selezione
evolutiva della famiglia degli enzimi proteasici ha
richiesto la parallela evoluzione di proteine in gra-
do di controllarli: l’incapacità di controllo, maga-
ri a causa di un deficit degli inibitori, può essere
fonte di patologie; una classe di inibitori delle se- Figura 3: Esempio di attivazione proteolitica
rina proteasi dette serpine sembra si sia evoluta
in modo da presentare strutture ad esse correlate e poterle meglio controllare. Importante ricordare
che alcuni importanti farmaci, tra cui alcuni legati al trattamento dell’AIDS, sono inibitori dell’attività
di varie proteasi.
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Un ruolo fondamentale delle proteasi è quello digestivo: le proteine ingerite con la dieta vengono
degradate nello stomaco da parte di proteasi specifiche che nella maggior parte dei casi vengono
prodotte in forma inattiva, cioè in forma di zimogeni. Fondamentale in questo processo è la secrezione
pancreatica, la cui componente proteica contiene enzimi proteolitici (tripsina, chimotripsina, elastasi,
carbossipeptidasi), enzimi glicolitici ed enzimi lipolitici, tutti secreti come proenzimi ed attivati a livello
del lume intestinale soprattutto grazie alla tripsina.
Sotto il termine di emostasi viene indicato il sistema finalizzato a limitare la perdita di sangue, sistema
suddiviso in quattro fasi successive:
1. Fase vascolare: vasocostrizione periferica, contrazione della muscolatura del vaso.
2. Fase piastrinica: formazione del tappo piastrinico, adesione, cambiamento morfologico, aggregazione.
3. Fase coagulativa: formazione del coagulo di fibrina, cascata delle reazioni enzimatiche.
4. Fase fibrinolitica: dissoluzione del coagulo.
Le piastrine sono le principali cellule legate al fenomeno della coagulazione, e le loro caratteristiche
salienti sono:
• Cellule discoidi prive di nucleo, Ø2 − 3µm, vita media 9 − 12gg.
• Livello normale: 150000 − 400000/µl
• Attivate da: ADP, epinefrina, collagene, trombina, PAF (platelet activating factor), complessi antigene-
anticorpo
• A seguito di attivazione:
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– polimerizzano
– aggregano
– rilasciano fattori quali ADP, trombossano, fattori coagulanti, serotonina e fattori di crescita
Le proteine della coagulazione, facenti parte delle proteine plasmatiche, quantitativamente presenti per
3mg/ml vengono principalmente sintetizzate nel fegato, molte sono serina proteasi e circolano costan-
temente sotto forma di zimogeni. Oltre alle proteine esistono anche degli enzimi o fattori coagulativi,
simili alle proteasi digestive tripsina e chemotripsina; i fattori coagulativi vengono indicati tramite un
numero romano (I, II, V,VII, VIII, IX, X, XI, XII e XIII, mancano il terzo, il quarto e il sesto) e sono spesso
vitamina K - dipendenti (II, VII, IC e X). In generale è possibile affermare che la coagulazione è effettuata
da una cascata di attivazione di zimogeni: la forma attiva di un fattore catalizza l’attivazione di quello
successivo, e ciascuna di queste tappe è legata alla catalisi da parte di un enzima.
Fibrinogeno e fibrina Il fibrinogeno, molecola presente in concentrazione di 3g/l nel plasma, viene
sintetizzato dal fegato e ha un’emivita di circa quattro giorno in circolo. Questa molecola solubile
viene convertita in fibrina insolubile grazie all’azione della trombina cui segue un’azione stabilizzante
da parte del fattore di coagulazione XIII: la conversione avviene per distruzione dei ponti disolfuro da
parte della trombina e la conseguente riduzione in monomeri di fibrina.
16
L’effetto di conversione del fibrinogeno in fibrina non è l’unico della trombina nell’uomo, in partico-
lare a questa proteina possono essere ricondotte le azioni di:
• Attivazione dei fattori V, VIII e XI
• Attivazione della transglutaminasi
Meccanismi anticoagulanti Il processo coagulativo è inibito sia in modo aspecifico che in modo
specifico. Le vie inibitorie aspecifiche sono la diluizione, la rimozione epatica e l’assorbimento della
trombina dalla fibrina. L’inibizione specifica è legata a tre molecole: antitrombina, proteina C e TFPI;
• Il TFPI ha come target inibitorio il fattore VII, che dal TF veniva attivato
• L’antitrombina, con cofattore eparina, ha come target quasi tutti i fattori coagulativi attivati: II,
VII, IX, X, XI e XII.
• La proteina C ha come target i cofattori attivati VIII e V
L’antitrombina appartiene alla famiglia delle serpine, inibitori delle serin proteasi; la sua azione
inibitoria è potenziata dall’interazione con il suo cofattore eparina, che viene prodotta e rilasciata dai
mastociti associati all’endotelio e che ha azione anticoagulante diretta. In assenza di eparina l’azione
dell’antitrombina è lenta, mentre in sua presenza l’inibizione è molto rapida; una volta formato il
complesso con l’enzima coagulante l’eparina si dissocia per poter essere riutilizzata: fondamentalmente
l’eparina presenta siti attivi sia per legare la trombina che l’antitrombina, e le fa dunque avvicinare
grazie a un meccanismo a template.
Il sistema della proteina C prevede la presenza di altre due molecole: la trombomodulina (TM) e la
proteina S. TM è un recettore endoteliale per la trombina, mentre la proteina C è uno zimogeno legato
alla membrana. Un eccesso di trombina va a legarsi a TM e dunque attiva la proteina C che va ad
associarsi con la proteina regolatrice S.
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Dissoluzione del coagulo: fibrinolisi All’interno del coagulo è presente plasminogeno, che viene con-
vertito in plasmina dal fattore tPA (Tissue Plasminogen Activator) e dall’enzima urokinasi; la plasmina,
che è una serina proteasi, degrada la fibrina per proteolisi. La conversione da plasminogeno a plasmina,
e dunque la dissoluzione del coagulo, è inibita da una molecola che prende il nome di α2 -antiplasmina
Esistono farmaci fibrinolitici, usati nell’infarto miocardico, che mimano l’azione del tPA e dell’uroki-
nasi.
Patologie della coagulazione La più comune patologia della coagulazione è l’emofilia A o emofilia
classica, un deficit nel fattore VIII X-linked che comporta frequenti emorragie con mancata coagu-
lazione: il trattamento è principalmente legato all’infusione del fattore mancante.
18
3 DNA
Il DNA è la molecola che conserva e trasmette l’informazione genetica. Il flusso canonico dell’infor-
mazione è diviso in tre passaggi: replicazione, cioè sintesi del DNA, trascrizione, cioè sintesi dell’RNA,
e traduzione, cioè sintesi delle proteine. Nell’analisi degli effetti genetici è opportuno ricordare la dif-
ferenza tra genotipo, cioè la costituzione genetica dell’organismo, e fenotipo, cioè l’insieme delle carat-
teristiche osservate nell’individuo stesso e che è il risultato dell’interazione tra background genetico ed
ambiente.
19
Figura 7: Conformazioni endo ed eso
Il DNA in forma Z è totalmente diverso dalle forme A e B in quanto è dato da un’elica sinistrorsa
anzichè destrorsa, ma non è così raro come si potrebbe pensare: è infatti sulla presenza di DNA in
forma A nella cellula che si hanno dubbi, mentre la forma Z è sicuramente presente sia nei batteri che
negli eucarioti. Le caratteristiche delle tre forme del DNA possono riassumersi in:
Alcune sequenze di DNA presentano motivi particolari che meritano di essere menzionati. Un primo
motivo è la curva che avviene quando la sequenza è composta da almeno quattro adenosine: a partire
dalla quarta adenosina più se ne aggiungono maggiore è il grado di piegatura della molecola. Un
secondo motivo comune è la sequenza palindromica del tipo TAAT T AGCAC−GT GCT AA
CGT G−CACGAT T : questo genere di
sequenze è autocomplementare e genera la possibilità di formare strutture cruciformi o a forcina. Una
variante della sequenza palindromica è la sequenza specchio: si ha in questo caso il palindromo sullo
stesso filamento, ad esempio una struttura TAGC-CGAT è una struttura a specchio; a differenza dei
palindromi veri, le strutture a specchio non possono formare forcine o croci.
• Interazioni da impilamento, stabilizzanti: sono molto deboli e legate all’impilamento dei vari
nucleotidi.
• Legami a idrogeno, stabilizzanti: sono piuttosto deboli ma gli effetti si sommano e facilitano
l’impilamento.
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3.2 Organizzazione del DNA
Lo studio della cinetica di riassociazione del DNA fornisce informazioni sia sulle dimensioni che sulla
complessità del genoma; i due concetti non sono sinonimi in quanto la complessità è il numero di
coppie di basi in una sequenza unica di DNA mentre la lunghezza comprende anche sequenze molto
ripetute. Si può affermare che non esiste una correlazione tra la quantità di DNA e la complessità di
un organismo e nemmeno tra il numero di geni e la complessità dell’organismo.
Il processo di riassociazione segue il processo di denaturazione e digestione del DNA: quando la
molecola viene divisa in pezzi da qualche centinaio di basi e denaturata a singole catene, questa tenderà
a riassociarsi con le stringhe complementari in un periodo di tempo più o meno lungo. Il valore di C0 T1/2
è il tempo, espresso in secondi, necessario alla riassociazione del 50% del DNA totale: alti valori di CoT
indicano una grande complessità del genoma in esame. Quando viene condotto un esperimento di
cinetica di riassociazione del DNA è possibile classificare il numero di frammenti ripetuti nel genoma:
le strutture più ripetute saranno le prime a ricombinare, seguite da quelle mediamente ripetute e da
quelle uniche, con un andamento simile al grafico:
Le tre tipologie di stringhe contenute nel DNA sono rappresentate in proporzioni abbastanza costanti
nel DNA dei mammiferi:
• Le stringhe altamente ripetute rappresentano il 10−15% del totale e riassociano molto rapidamente.
• Le stringhe moderatamente ripetute rappresentano il 25 − 40% del totale e riassociano ad una
velocità intermedia.
• Le stringhe uniche o rare rappresentano il 50 − 60% del totale e sono le più lente a riassociare.
Scendendo nel particolare del genoma umano, in base alla cinetica di rinaturazione si può affermare
che:
• Meno del 50% del genoma è formato da sequenze uniche o rare: 5% di geni unici, il resto sono
famiglie geniche, pseudogeni e DNA spaziatore.
• Circa l’1% è formato da geni ripetuti in tandem: istoni, rRNA, tRNA
• Più del 50% del genoma è formato da DNA ripetitivo. All’interno del DNA ripetitivo:
Una caratteristica notevole è che nell’uomo il numero di geni è molto minore a quello che ci si aspet-
terebbe: poichè solo l’1% delle sequenze codifica qualcosa, il genoma contiene 30000 − 40000 geni che,
per via dello splicing alternativo, possono produrre 50000 − 60000 proteine.
21
3.2.1 Dati quantitativi e superavvolgimento del DNA
Il genoma umano contiene circa 3 · 109 paia di basi e si pensa contenga tra i trenta e i quarantamila
geni. La lunghezza totale del DNA è di circa 1.8m che devono essere compressi in un nucleo di diametro
mediamente inferiore ai dieci micron. Per ovviare al problema delle dimensioni si ricorre al superavvol-
gimento, cioè all’avvolgimento di una struttura già avvolta: questo processo non è casuale ma avviene
se la molecola viene sottoposta a una forma di tensione meccanica. Una prova a favore del super-
avvolgimento del DNA è data dal numero di basi per giro dell’elica: se ne aspetterebbero dodici ma se
ne ritrovano mediamente di meno. Nello studio del superavvolgimento del genoma viene introdotto il
concetto di numero di legame, cioè del numero di volte in cui un filamento si avvolge intorno all’altro
nel contesto di un DNA chiuso e circolare.
Numero di legame Prendendo ad esempio un DNA circolare chiuso composto da 3000 coppie di basi,
il numero previsto di giri dell’elica sarà
4/285.7 = 1.4%
La molecola risulterà contenere al termine del superavvolgimento 1.4 giri in più ogni cento a parità di
spazio occupato.
Il superavvolgimento può essere di due tipologie. La prima tipologia è un superavvolgimento reale,
che comporta dunque un aumento dei giri e pertanto viene definita superavvolgimento positivo; la
seconda tipologia, il superavvolgimento negativo, è in realtà un parziale disavvolgimento e comporta
una diminuzione del numero di giri rispetto allo stato rilassato: il superavvolgimento negativo può
tradursi in una separazione locale delle due stringhe di genoma.
Le topoisomerasi Il controllo dell’avvolgimento del DNA è legato a una classe di enzimi che prende il
nome di topoisomerasi e che svolge entrambi i ruoli possibili: aumentano o diminuiscono l’avvolgimento
del DNA e catalizzano dunque variazioni nel numero di legame. Esistono due tipologie di topoisomerasi:
tipo I e tipo II.
Le topoisomerasi di tipo I agiscono su un singolo filamento alla volta: legano il bersaglio, lo tagliano,
fanno passare quello intatto attraverso il gap creato e infine lo richiudono. Il risultato dell’attività delle
topoisomerasi di tipo I è la variazione del numero di legame di una unità.
Le topoisomerasi di tipo II agiscono su due filamenti alla volta: il funzionamento è simile a quello
del tipo I, ma a passare nel gap, creato questa volta spezzando due filamenti, non è una catena singola
ma una doppia elica. Il risultato dell’attività delle topoisomerasi di tipo II è la variazione del numero di
legame di due unità.
Le topoisomerasi umane sono in grado solamente di aumentare il numero di legame del DNA, mentre
esistono topoisomerasi batteriche in grado di introdurre superavvolgimenti negativi.
3.2.2 La cromatina
Il DNA degli eucarioti unito alle proteine strutturali costituisce la cromatina. Per arrivare allo stadio di
cromatina è necessario attraversare tre livelli di compattamento:
• Nucleosomi:11nm, riduzione x7
22
I nucleosomi sono costituiti da DNA avvolto a strutture ottameriche di proteine istoniche: un numero
variabile da 146 a 200bp vengono avvolte attorno ad ogni istone. Gli istoni umani sono suddivisi in
quattro tipi: H1, H2, H3 e H4. L’istone H2 è in realtà un dimero composto da H2A e H2B. Queste
proteine sono suscettibili a reazioni chimiche reversibili, quali metilazione, acetilazione e fosforilazione,
che influenzano l’assemblaggio della cromatina, la replicazione e la trascrizione. L’ottamero attorno a
cui si avvolge il DNA è formato da un tetramero H32 + H42 e da due dimeri H2A + H2B. L’istone H1
interviene esternamente al nucleosoma e una volta associato ad esso prende il nome di cromatosoma.
Il compattamento totale a questo livello è di circa sette volte.
Il secondo livello di compattamento è la formazione dei filamenti da 30nm, che richiede la presenza
dell’istone H1 come stabilizzatore e che non è presente per l’intero cromosoma: a questo livello si ha
una riduzione dell’ingombro di circa cento volte.
Un terzo livello di compattamento è dato dall’interazione tra il filamento e la matrice nucleare,
costituita dalla lamina nucleare e dalle proteine della matrice interna: si creano in questo modo le anse
radiali.
3.3 La replicazione
3.3.1 La replicazione nei batteri
Il DNA è la sede dell’informazione genetica e in quanto tale deve poter essere riprodotto fedelmente in
un elevato numero di copie. Buona parte della fedeltà di copiatura è legata alla geometria delle coppie di
basi, che non possono essere scambiate e dunque ognuna lega solamente il suo bersaglio sul secondo
filamento. Un secondo elemento che aumenta la fedeltà è l’attività 3’-5’ esonucleasica, che permette di
eliminare i nucleotidi eventualmente errati durante la fase di replicazione.
La famiglia di enzimi legati alla replicazione del DNA è quella delle polimerasi. Esistono tre tipologie
di polimerasi:
• Polimerasi di tipo I, l’unica con attività esonucleasica 5’-3’ (diversa dal proofreading 3’-5’) e quindi
legata a ruolo di enzima riparatore
• Polimerasi di tipo II
23
DNA polimerasi III La DNA polimerasi III è la molecola responsabile di buona parte del lavoro di
replicazione del DNA. Tra la classe delle polimerasi è di gran lunga l’enzima più complicato in quanto
contiene dieci tipi diversi di subunità.
Una serie di proteine accessorie sono richieste per far funzionare l’apparato replicativo e quindi
soprattutto la polimerasi III:
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sintetizzato e quindi la polimerasi può operarvi sopra in modo continuo; il secondo filamento viene letto
in direzione contraria a quella di sintesi e pertanto non può essere processato in modo continuo ma
è necessario passare per i frammenti di Okazaki: questi frammenti lunghi 100-1000bp permettono di
non rallentare troppo la sintesi creando delle piccole porzioni su cui lavorare in senso contrario. Da
notare che la sintesi del frammento veloce e di quello lento prevedono l’azione di due polimerasi diverse
che lavorano insieme come un singolo complesso.
La separazione delle due catene a livello della forcella di replicazione ad opera della DNA elicasi in-
duce stress meccanico davanti a se causando un superavvolgimento positivo; un enzima facente parte
delle topoisomerasi II, la DNA girasi, spezza e richiude il DNA antistante la forcella introducendo un su-
peravvolgimento negativo bilanciando gli effetti. Gli antibiotici legati al fluoroquinolone (ciprofloxacina,
levofloxacina) hanno come target le DNA girasi di molti batteri gram negativi.
La replicazione termina quando la forcella di replicazione incontra una regione di stop detta Ter e
che nel caso di E.Coli ha una lunghezza di circa 20bp.
Procarioti Eucarioti
Dimensioni genoma 4, 8 · 106 bp 3 · 109 bp
Forcelle di replicazione Singola Multiple
Cromosoma Circolare singolo Lineari multipli
Velocità della forcella 30µm/min 3µm/min
Velocità della polimerasi ∼ 850nucl/sec 90nucl/sec
L’eccessiva lentezza di sintesi del DNA negli eucarioti impone di iniziare il processo da parecchi punti
diversi, in particolare ogni 150000 basi in media si ha una forcella replicativa che, con il procedere della
sua attività, andrà a fondersi con quelle che la seguono o la precedono.
Per quanto riguarda l’apparato enzimatico l’uomo è dotato di cinque polimerasi diverse, in generale
più specifiche nelle loro azioni rispetto a quelle di E.Coli:
α β γ δ ε
Sede Nucleo Nucleo Mitocondrio Nucleo Nucleo
Replicazione SI NO SI SI SI
Riparazione NO SI NO SI SI
Esonucleasi 3’-5’ NO NO SI SI SI
Primasi SI NO NO NO NO
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3.4 Mutazioni e riparazione
3.4.1 Mutazioni
Le mutazioni del DNA possono essere classificate in vari modi. Le mutazioni che riguardano un singolo
nucleotide o paia di basi vengono dette puntiformi e includono:
• Transizioni: da T-A a C-G o viceversa, scambio di una purina con l’altra o di una pirimidina con
l’altra
• Trasversioni: da T-A a G-C o viceversa, scambio di una purina con una pirimidina
• Da adenina ad ipoxantina
• Da guanina a xantina
Le mutazioni della citosina sono particolari. La deaminazione della citosina può essere facilmente
riparata ma la deaminazione della 5-metilcitosina no: più del 30% delle malattie genetiche sono legate
a siti che contengono la 5-metilcitosina.
I radicali liberi dell’ossigeno conducono il DNA a danni ossidativi, in particolare la modifica della
guanina a 8-ossiguanina: esiste una proteina detta MTH1 che degrada questa base modificata la cui
assenza o mutazione è associata ad un rischio maggiore di tumore.
I raggi UV sono anch’essi fonte di mutazione in quanto promuovono la formazione di dimeri di
timina.
Il fumo di sigaretta contiene benzopirene, una sostanza innocua che diventa carcinogena se ossidata
all’interno della cellula: se questo accade diventa capace di legarsi alla guanina del DNA interrompendo
la regolarità dell’elica.
Riassumendo le principali fonti di mutazione sono:
• Acidi e temperatura
26
3.4.2 Riparazione
La riparazione del DNA avviene a più livelli e privilegia i geni più attivi dal punto di vista trascrizionale.
Un dato interessante è che l’aspettativa di vita di un organismo sembra essere legata direttamente alla
capacità del DNA di auto ripararsi. Difetti nei sistemi di riparazione del DNA sono spesso associati a
predisposizioni tumorali, in particolare alle leucemie.
Il primo livello di controllo è il proofreading delle DNA polimerasi (pol I oppure pol ε), cui segue
un controllo postreplicativo legato soprattutto all’eliminazione di nucleotidio di coppie di basi. Il ciclo
cellulare è sede di controllo anch’esso in quanto se vengono riscontrati troppi errori viene arrestato
prima della replicazione del DNA.
Il test di Ames misura il potenziale di un certo composto chimico di promuovere certe mutazioni
facilmente identificabili.
Il funzionamento del test è questo: delle colonie di Salmonella con una mutazione che inattiva l’enzima
della via metabolica di sintesi dell’istidina vengono coltivate in un terreno privo di questo aminoacido.
Le poche colonie che si sviluppano avranno una mutazione spontanea che permette in qualche modo
alla via metabolica di funzionare ugualmente. Ogni coltura a questo punto riceve una dose progres-
sivamente calante di mutageno il cui effetto è di aumentare di molto il tasso di mutazioni e quindi di
colonie; immediatamente intorno alla sede di inoculazione la concentrazione di mutageno sarà troppo
alta per permettere la vita delle colonie, ma in periferia diventerà una dose subletale con il solo effetto
di promuovere la mutazione. Le sostanze mutagene possono così essere confrontate in base ai loro
effetti sul tasso di mutazione: più colonie si sviluppano, più è efficace il mutageno.
Correzione dei mismatch L’accoppiamento incorretto delle basi viene quasi sempre risolto rileggen-
do le informazioni dal filamento di origine e pertanto è necessario distinguere il vecchio dal nuovo:
questo si realizza grazie alla metilazione del filamento stampo che risulta quindi diverso dal filamento
appena sintetizzato. Una volta superato il controllo di mismatch anche il filamento neosintetizzato
viene metilato e diventa indistinguibile da quello usato come stampo.
Correzione delle basi mutate Ogni cellula possiede vari enzimi detit DNA glicosilasi che hanno la
funzione di riconoscere lesioni particolarmente comuni del DNA e di rimuovere la base che le porta
spezzando il legame N-glicosidico. Questa eliminazione crea un sito apurinico o apirimidinico comune-
mente definito sito AP. Quando viene formato un sito AP un secondo tipo di enzima si occupa di riparare
la lesione: questa riparazione non avviene per inserzione di una nuova base ma viene invece rimosso il
ribosio 5’-fosfato e rimpiazzato con un nuovo nucleotide. Questo processo inizia quando un enzima che
prende il nome di AP endonucleasi taglia il filamento di DNA contenente il sito AP; quando la porzione
contenente AP viene rimossa la DNA polimerasi I rimpiazza il DNA e la DNA ligasi si occupa di risaldare
i filamenti.
Correzione dei nucleotidi mutati Le lesioni del DNA che causano gravi distorsioni all’elica del DNA
vengono generalmente riparate tramite escissione nucleotidica. In questo processo un enzima, l’excin-
ucleasi, idrolizza due legami fosfodiesterici, uno a valle e uno a monte della lesione: questo produce
un frammento di una trentina di nucleotidi da rimuovere. Una volta rimossa la porzione tagliata
dall’enzima la DNA polimerasi (I per E.Coli, ε per gli umani) riempie il buco che si è venuto a creare.
27
4 RNA
L’RNA è il secondo acido nucleico presente nelle cellule ed è strutturalmente e funzionalmente piuttosto
diverso dal DNA. Una delle differenze principali è la presenza di una diversa base pirimidinica: la
timina presente nel DNA è qui sostituita dall’uracile. Le basi modificate che possono essere rinvenute
nell’RNA sono molto più numerose in quanto questa molecola non ha la necessità di rimanere costante
e semplice per trasmettere l’informazione genetica:
La struttura secondaria dell’RNA presenta la caratteristica forma a tre braccia con un anticodone
frontale per il riconoscimento della sequenza di DNA.
Subunità Funzione
α Incerta
β Forma i legami fosfodiesterici
0
β Lega il template di DNA
σ Riconosce il promotore
La trascrizione può essere suddivisa in almeno quattro fasi: assemblaggio della polimerasi al pro-
motore, inizio ed eliminazione del promotore, allungamento, terminazione e rilascio. Le regioni che
vengono trascritte sono varie in dimensioni e funzione: possono essere singoli geni o intere famiglie.
Assemblaggio della polimerasi al promotore L’RNA polimerasi nei procarioti si lega a specifiche
sequenze del DNA dette promotori che dirigonola trascrizione dei geni adiacenti. In E.Coli la regione
del promotore si estende tra le posizioni -70 e +30. Queste sequenze sono importanti siti di interazione
con la subunità sigma della polimerasi batterica. L’efficienza con cui la RNA polimerasi contentente il
fattore sigma si lega al promotore e dunque inizia la trascrizione è determinanta in larga misura dalle
sequenze promotrici, dagli spazi tra esse e dalla loro distanza dal sito d’inizio.
L’assemblaggio si divide in due fasi. Nella prima fase la polimerasi, diretta dal fattore sigma, si
lega al promotore e vengono formati in successione un complesso chiuso che lega il DNA intatto e
28
un complesso aperto che lega DNA intatto ma parzialmente svolto. Nella seconda fase la trascrizione
prende il via all’interno del complesso portando a un cambio conformazionale che converte il complesso
stesso nella forma di allungamento in un passaggio che vede anche l’allontanamento dell’apparato di
trascrizione dal promotore.
Allungamento L’inizio dell’allungamento è segnato dal distacco casuale del fattore sigma ora non più
richiesto: questo stesso fattore può ora legarsi ad un altra polimerasi per compiere un nuovo giro
di quello che viene definito ciclo sigma. L’allungamento procede in direzione 5’-3’ senza attività di
proofreading fino al raggiungimento di una sequenza di stop.
Terminazione e rilascio Quando viene incontrata una sequenza di stop la sintesi di RNA si ferma, la
proteina NusA (cofattore della polimerasi) si dissocia dalla polimerasi e questa si dissocia dal DNA.
E.Coli possiede almeno due classi di segnali di stop: una dipendente dalla proteina ρ (rho) e una
indipendente. I terminatori rho indipendenti hanno due caratteristiche: una regione che produce
trascritto di RNA autocomplementare e che genera quindi strutture a forcina, e una stringa conservata
di tre residui A vicini alla fine della forcina; quando la polimerasi raggiunge questa particolare struttura
si ferma e la formazione della forcina probabilmente facilita la dissociazione del trascritto. I terminatori
rho dipendenti mancano delle sequenze ripetute di A ma di solito includono regioni ricche in CA: la
proteina rho si associa all’RNA a siti specifici e migra in direzione 5’-3’ fino ad incontrare il complesso
di trascrizione che nel frattempo ha raggiunto un sito di stop. La proteina rho ha un’attività RNA-DNA
elicasica che promuove il distacco del trascritto e probabilmente anche quello della polimerasi.
29
In generale il controllo della trascrizione può essere di due tipologie: controllo positivo, che aumenta
la trascrizione quando attivatori legano il DNA, oppure controllo negativo, che riduce la trascrizione
quando repressori legano regioni regolatrici del DNA dette operatori. Una caratteristica unica della
regolazione nei procarioti è che i geni legati ad una stessa via metabolica sono organizzati in oper-
oni, che possono essere indotti quando la via è richiesta o repressi quando non lo è. Un operone è
dunque definibile come un’unità funzionale contenente geni cotrascritti e coregolati e comprende un
gene regolatore, degli operatori e i geni strutturali veri e propri.
L’operone LAC in E.Coli La via metabolica del lattosio è, in E.Coli, collegata all’operone LAC: se attivo
questo produce l’enzima necessario a scindere il lattosio.
Quando il tetramero repressore si lega all’operatore il legame con la RNA polimerasi non è più possibile e
si ha repressione, anche se questa non è assoluta ma rimane un livello basale di trascrizione. Quando il
lattosio diventa disponibile nell’ambiente, la cellula lo assorbe e l’allolattosio, un intermedio dell’idrolisi,
viene prodotto: una molecola di allolattosio si lega ad ognuna delle subunità del repressore inducendo
un cambio conformazionale che determina un cambio di affinità al DNA e la conseguente dissociazione.
Non appena il repressore carico di allolattosio si dissocia dal DNA inizia la trascrizione, che tuttavia è ad
un livello basso per via dell’instabilità di legame DNA-RNA polimerasi. Il controllo positivo sull’operone
LAC avviene grazie a cAMP, secondo questo ragionamento:
1. Quando sono presenti sia lattosio che glucosio non ha senso scindere il lattosio, quindi operone
inattivo
2. In assenza di glucosio ma presenza di lattosio diventa vantaggioso poter scindere tale zucchero
3. In assenza di glucosio la cellula produce spontaneamente cAMP
4. cAMP è il regolatore positivo dell’operone LAC, in quanto lega il dimero proteico CAP (cAMP bind-
ing protein): il risultato è l’aumento dell’affinità di CAP per il promotore e di consequenza la
facilitazione del legame della RNA polimerasi.
30
• RNA polimerasi I: sintetizza tre dei quattro rRNA (18s,28s,5.8S)
• RNA polimerasi II2 : sintetizza mRNA e il suo precursore hnRNA oltre agli snRNA di tipo U1,U2,U4,U5
• RNA polimerasi III: sintetizza tRNA, l’ultimo rRNA (5S), un snRNA (U6)
• RNA polimerasi mitocondriale: sintetizza tutti gli RNA mitocondriali
Tutte le RNA polimerasi sono complessi formati da circa dodici subunità, di cui alcune sono comuni a
tutti e tre gli enzimi (per confronto, l’unica RNA polimerasi batterica ne possiede cinque). Come era vero
per la polimerasi batterica, anche quelle degli eucarioti hanno il problema di riconoscere il promotore:
questo avviene tramite sequenze contenute dal promotore stesso che sono specifici siti di legame per i
vari enzimi.
Un gene eucariote tipico possiede una sequenza di elementi che aiutano il processo di trascrizione e
che in generale si trovano a monte della sequenza da copiare; questi elementi sono:
• TATA box. Si trova circa 25-30bp prima del sito di inizio e si lega alla TATA binding protein facente
parte del TFIID.
• GC box. Si trova circa 50bp prima del sito di inizio e lega Sp1 (Specificity factor 1).
• CAAT box. Si trova circa 90bp prima del sito di inizio e lega CTF (come TBP)
• Elemento enhancer. Si trova circa 130bp prima del sito di inizio e lega OTF (come CTF e TBP)
L’inizio della trascrizione negli eucarioti necessita di due elementi: una polimerasi e dei fattori di
trascrizione; i fattori di trascrizione sono proteine necessarie al processo ma non facenti parte del
complesso della polimerasi. I fattori di trascrizione si dividono in fattori generali (suddivisi poi in classe
I, II e III) e specifici, questi ultimi deputati ad aumentare la trascrizione in alcune cellule o in risposta
a segnali esterni.
I fattori di trascrizione generali riconoscono elementi interni del promotore e sono regolatori specifici
sia in senso positivo che negativo. Il promotore è una sequenza di DNA subito precedente alla sede di
inizio della trascrizione ed è garante di un livello basale di trascrizione: il vero sito di regolazione
del gene è l’elemento enhancer. L’elemento enhancer, la cui posizione è molto variabile, include i
silenziatori, gli enhancer e gli elementi di risposta ed è la sede di determinazione sia della frequenza
che dell’efficacia del processo di trascrizione.
• TFIID che si lega alla TATA box per iniziare l’assemblaggio dell’apparato di trascrizione: contiene
la TATA binding protein, e i fattori ad essa associati.
• TFIIA, TFIIB, TFIIE, TFIIF, TFIIH, TFIIJ, TFIID
La RNA polimerasi II si lega alla regione del promotore interagendo con i fattori di trascrizione; i fat-
tori di trascrizione che legano altri elementi promotori o di trascrizione interagiscono stabilizzando
ulteriormente il complesso in un processo detto transattivazione.
L’inizio della trascrizione vera e propria avviene quando la RNA polimerasi II viene fosforilata ad
opera del TFIIH a livello del dominio carbossi-terminale (CTD): questa azione la sgancia dal complesso
di pre-inizio e permette all’enzima di scorrere lungo il gene.
2 La RNA polimerasi II è la più sensibile all’α-amanitina, tossina del fungo mortale Amanita Phalloides.
31
4.2.1 Controllo dell’espressione genica
Il controllo dell’espressione genica negli eucarioti è più complesso e stratificato per vari motivi, tra cui:
• Maggiore estensione del genoma
• Presenza di vaste regioni non codificanti proteine
• Presenza di varie tipologie diverse di cellule
Da ricordare che il genoma umano contiene una quantità stimata tra i 30000 e i 40000 geni: di
questi in ogni momento una cellula ne esprime circa 5000. All’interno dei 5000 geni espressi, alcuni
sono definiti housekeeping in quanto legati a metabolismo, biosintesi di membrana, produzione di
istoni e di proteine ribosomiali mentre altri sono tessuti specifici e legati al differenziamento cellulare.
Tra le proteine più prodotte dalle cellule umane ricordiamo albumina (5g/dl), fibrinogeno (0, 3g/dl) ed
emoglobina (15g/dl).
Fattori di trascrizione La regolazione della trascrizione è ottenuta negli eucarioti da fattori di trascrizione
gene-specifici; i fattori di trascrizione generali, come per i procarioti, sono invece necessari per ottenere
un legame stabile tra promotore e RNA polimerasi. I regolatori gene-specifici hanno una struttura mod-
ulare con un dominio che lega il DNA e uno o più che rappresentano siti di attivazione trascrizionale;
occasionalmente sono presenti domini repressivi o domini di dimerizzazione. I fattori di trascrizione
negli eucarioti possiedono di fatto gli stessi pattern molecolari di quelli dei procarioti: zinc finger,
elica-giro-elica e cerniera di leucina.
I fattori enhancer sono gli stimolanti per la trascrizione: si legano ad un sito specifico sul DNA e ne
causano il ripiegamento in modo da portare l’enhancer stesso nelle vicinanze del promotore. L’accop-
piamento di attivatore, coattivatore e promotore, (solitamente chiamati nell’insieme complesso del pro-
motore) insieme ai fattori di trascrizione generali e alla RNA polimerasi porta all’inizio della trascrizione.
I fattori di repressione agiscono spesso inibendo il legame dell’enhancer al DNA o interagendo con esso
dopo che il legame è avvenuto prevenendo la formazione del complesso del promotore.
32
L’attività dei fattori di trascrizione può essere modulata attraverso due vie: modificazioni covalenti
(fosforilazione soprattutto, ma anche acetilazione, ubiquitinazione) o legame a recettori specifici nu-
cleari. Un esempio di regolazione fosforilativa è la reazione all’interferone: quando i recettori a ques-
ta molecola si attivano viene attivata una chinasi che si porta a fosforilare il fattore di trascrizione
rendendolo a sua volta attivo.
Probabilmente la più importante biomolecola legata alla divisione cellulare il cui funzionamento si
basa sulla fosforilazione è p53. La sua funzione è quella di agire da oncosoppressore e di prevenire la
divisione cellulare in caso di danneggiamento del codice genetico: almeno metà delle diagnosi annuali
di varie tipologie di cancro viene condotta su pazienti portatori di mutazioni sul gene di p53. L’azione
di p53 in condizioni normali non fosforilate è nulla, i geni da essa controllati non vengono trascritti; in
condizioni di danneggiamento del DNA la proteina kinasi ATM si porta a fosforilare p53 che si accumula
velocemente e questo stimola la trascrizione dei geni da essa controllati: gli effetti sono l’arresto alla
fase G1 del ciclo cellulare, l’apoptosi oppure la riparazione del genoma.
I recettori nucleari specifici sono fattori di trascrizione che vengono attivati per via ormonale da
molecole liposolubili. I principali recettori di questo tipo sono quelli per estrogeni, progesterone, tiroxi-
na, acido retinoico e glucocorticoidi: in tutti i casi il motivo di legame è dato da zinc fingers. I recettori
nucleari omodimerici sono costituiti da due subunità identiche che si legano a ripetizioni invertite del
codice genetico (AGAACA-TGTTCT); in assenza di un ormone il recettore nucleare riposa nel citoplasma,
ma quando si lega ad una molecola viene trasportato nel nucleo, dove si lega alla sua regione ripetu-
ta e invertita di DNA. Esistono anche recettori nucleari eterodimerici che in assenza di ormone sono
legati alla loro corrispettiva sequenza di DNA e reclutano deacetilasi istoniche bloccando la trascrizione;
quando l’ormone viene diffuso e si lega all’eterodimero la deacetilasi (istone deacetilasi) viene rilasciata
e sostituita dall’acetilasi (istone acetiltrasferasi) : la trascrizione viene quindi attivata.
Istoni e cromatina Un problema fondamentale della trascrizione del DNA negli eucarioti è che quan-
do il genoma è racchiuso in uno stato di cromatina condensata non è accessibile. La cromatina
viene suddivisa in due tipologie: eterocromatina non codificante e eucromatina codificante; la con-
densazione della porzione codificante è legata anche allo stato di acetilazione degli istoni (→recettori
nucleari eterodimerici).
L’acetilazione degli istoni è una modifica post-traduzionale in cui gruppi acetilici (CH3 COO− ) ven-
gono legati covalentemente ad aminoacidi basici neutralizzando cariche positive: l’effetto è l’elimi-
nazione delle interazioni ioniche del DNA con una diminuzione della condensazione e quindi un’agevolazione
della trascrizione. I residui acetilati di lisina interagiscono con un dominio specifico detto bromodo-
minio, che non a caso è contenuto nel complesso di trascrizione e nelle proteine che legano TPB, oltre
che nei complessi proteici che rimodellano la cromatina stessa.
33
La metilazione delle isole CpG blocca la trascrizione secondo due vie distinte: bloccando diretta-
mente l’aggancio di TFIID oppure reclutando deacetilasi istoniche aumentando la spiralizzazione della
cromatina.
Procarioti Eucarioti
rRNA Metilazione Metilazione RNA pol I
Taglio nucleolitico Taglio nucleolitico
mRNA Nessuna modifica Capping 5’ RNA pol II
Taglio 3’ e poliadenilazione
Rimozione intronica (splicing)
tRNA Taglio 5’ e 3’ Taglio 5’ e 3’ RNA pol III
Aggiunta CCA Aggiunta CCA
Modifica alle basi Modifica alle basi
tRNA splicing
Negli eucarioti gli enzimi per il processamento dell’mRNA sono raccolti dalla coda del dominio car-
bossiterminale di RNA polimerasi II; sono presenti enzimi per il capping, lo splicing e la poliadenilazione.
Capping Il capping è il primo processo ad avvenire subito dopo l’inizio della sintesi dell’mRNA nascente.
Le funzioni del capping sono quattro:
1. Marca il primo esone al 5’ e aiuta nello splicing
2. È essenziale nel trasporto degli mRNA nel citoplasma
3. Aumenta l’efficenza della traduzione
4. Protegge il trascritto da attività esonucleasiche
Il cap viene creato per condensazione di un GTP all’estremità 5’ del trascritto e per successiva meti-
lazione della guanina in N-7; spesso vengono aggiunti altri gruppi metilici al primo e al secondo
nucleotide a partire dal cap e in ogni caso tutti questi gruppi provengono dalla S-adenosilmetionina
(SAM).
Splicing Lo splicing dell’mRNA è un passaggio reso necessario dal fatto che il codice genetico umano è
organizzato alternando porzioni codificanti (esoni, lunghi in media meno di mille nucleotidi) e porzioni
non codificanti (introni, con lunghezza variabile tra i 50 e i 20000 nucleotidi). Il trascritto primario
contiene sia esoni che introni, ma l’mRNA finale deve contere solamente la sequenza codificante: da
qui lo splicing. Un dato interessante è che quasi tutti i geni umani contengono intorni, ma non tutti: i
geni che codificano per gli istoni non contengono alcun introne.
Gli introni si dividono in quattro classi, di cui le prime due hanno una caratteristica unica: l’au-
tosplicing; queste due classi di introni non richiedono enzimi per essere rimossi dal trascritto primario.
La maggior parte degli introni non ha attività di autosplicing e vengono chiamati introni spliceosomici
in quanto la loro rimozione è catalizzata dallo spliceosoma.
L’attività di splicing è condotta dallo spliceosoma, una struttura creata da due elementi: snRNA
(U1, U2, U4, U5, U6) e proteine associate dette snRNPs o snurps (small nuclear ribonucleoproteins). Lo
splicing vero e proprio avviene mediante due reazioni di transesterificazione. Il riconoscimento dei siti
34
di splicing avviene grazie a dinucleotidi conservati GU e AG al termine dell’introne quindi la sequenza
codificante è contenuta tra una coppia GU e una AG. L’inizio dell’operazione di splicing si ha quando
U1 riconosce il dinucleotide GU al capo 5’, sede di inizio e l’aggiunta di U2, U4 ed U5 completa la
formazione dello spliceosoma (processo che richiede ATP).
Splicing alternativo Uno dei vantaggi più marcati dell’attività di splicing è che da un singolo trascrit-
to primario, a seconda del processamento eseguito, è possibile ottenere mRNA multipli: ad esempio è
possibile regolare l’espressione tessuto-specifica di una proteina eliminando o trascrivendo un partico-
lare esone. Questa particolarità viene sfruttata per produrre due tipologie di anticorpo ma con la stessa
specificità. Lo splicing alternativo si può verificare sia per la presenza di più siti di taglio per la poli-
adeinlazione sia per la presenza di patterna alternativi di splicing (entrambe le vie possono coesistere
in uno stesso trascritto)
Un secondo esempio è la proteina Slo espressa nelle cellule dell’organo del Corti: questa proteina è
il risultato di splicing alternativo ed è alla base della diversa reazione delle cellule a varie lunghezze
d’onda del suono. La proteina Slo codifica un canale del potassio dipendente da Ca2+ e le varie isoforme
si aprono a differenti concentrazioni ioniche: le differenti concentrazioni di apertura determinano la
frequenza al quale il potenziale di membrana oscilla e quindi la cellula risponde.
Editing dell’RNA La sequenza nucleotidica dell’RNA primario non è esente da modifiche: i cambi di
base più frequenti sono quelli legati alla deaminazione della citosina a uracile.
• Blocco dei geni necessari alla codifica di proteine strutturali delle cellule tumorali
35
5 Sintesi proteica
Il processo di sintesi proteica a partire da mRNA è noto come traduzione e avviene nell’uomo sia nei
ribosomi che nei mitocondri. Il processo di traduzione è il bersaglio di parecchi antibiotici, tra cui
streptomicina, tetraciclina, eritromicina ed altre tipologie che vengono nell’insieme definiti inibitori di
sintesi proteica.
Durante la traduzione si ha un passaggio dal codice a quattro elementi dell’RNA (basi azotate)
al codice a venti elementi delle proteine (gli aminoacidi); questo passaggio impone delle domande,
ad esempio quanto è lunga un’unità codificante, o che codice è assegnato ad ogni aminoacido. La
selezione naturale predilige le soluzioni più semplici, pertanto per capire quanto è lunga l’unità minima
assegnabile ad un aminoacido è sufficiente usare le potenze:
1
1 → 4 = 4
N ucleotidi = 2 → 42 = 16
3 → 43 = 64
L’unità minima funzionale per garantire almeno venti aminoacidi diversi è dunque una tripletta di
nucleotidi. La lista completa delle sessantaquattro combinazioni è la seguente:
Le combinazioni sono in numero molto maggiore agli aminoacidi possibili, di conseguenza si dice
che il codice genetico è degenerato: più di una sequenza codifica lo stesso aminoacido. Tra le possibili
combinazioni, o codoni, ve ne sono alcune con funzioni speciali:
5.1 tRNA
La molecola di tRNA è un tramite tra l’RNA messaggero e la proteina, in quanto riconosce da un
lato il codone sull’mRNA e dall’altro trasporta l’aminoacido corrispondente. La forma della molecola è
caratteristicamente descritta a croce, con la regione dell’anticodone sullo stesso asse del braccio che
trasporta l’aminoacido:
36
L’inserimento dell’aminoacido corretto dipende in modo assoluto dal corretto accoppamento di basi
tra la regione dell’anticodone del tRNA e quella del codone dell’mRNA.
Il tRNA, come tutti gli RNA, può contenere basi modificate, tra cui
la più importante è l’inosina, cioè la guanina deaminata; questa base
modificata compete con la guanina per l’accoppiamento con l’uracile
sul codone di mRNA. Uno dei risvolti della presenza di basi non stan-
dard è il cosiddetto tentennamento dell’RNA: poichè il terzo codone è
molto spesso ininfluente ai fini dell’aminoacido selezionato, è spesso
sede di riconoscimenti di più codoni diversi (fino ad un massimo di
tre); l’anticodone X-Y-I ad esempio riconosce i codoni X’-Y’-(A,U,C). Se
tutti e tre le basi si legassero saldamente come le prime due il tRNA
si staccherebbe troppo lentamente e limiterebbe troppo la velocità di
sintesi proteica. Figura 10: Inosina
Gli aminoacidi vengono legati al tRNA, e dunque il tRNA viene cari-
cato dagli enzimi aminoacil-tRNA sintetasi, che hanno la capacità di riconoscere sia il corretto RNA che
il corretto aminoacido. La reazione catalizzata da questa classe di enzimi è la seguente:
A.A + AT P
aminoacil − adenilato + P Pi
P Pi + H2 O
2Pi
37
Caricamento del tRNA Nella prima reazione l’ossigeno negativo dell’aminoacido si lega al primo fos-
fato, liberando il pirofosfato dall’ATP e legandosi al residuo. Nella seconda reazione l’OH 3’ del tRNA
attacca il carbonio carbossilico dell’aminoacil-adenilato separandolo dall’AMP generando il tRNA carico
dell’aminoacido tramite un legame ad alta energia.
Esiste una sintetasi diversa per ogni aminoacido, ma ognuna potrebbe riconoscere tRNA multipli
per la stessa molecola. Esistono due differenti classi di sintetasi, diverse in struttura 3D e in modalità
di legame all’ATP:
• Classe I: sono monomeri che acilano il ribosio terminale in posizione 2’OH; sono specifiche per
arginina, cisteina, glutamato, glutamina, isoleucina, leucina, metionina, triptofano, tirosina e
valina.
• Classe II: sono monomeri che acilano il ribosio terminale in posizione 3’OH; sono specifiche per
alanina, aspartato, asparagina, glicina, istidina, lisina, fenilalanina, serina, prolina e treonina
Le sintetasi sono uno dei meccanismi che garantiscono una traduzione fedele: la loro alta specificità è
una sorta di secondo codice genetico di controllo. Il riconoscimento della sintetasi e del tRNA è comp-
lesso e ruota intorno ad alcuni concetti cardine. In tutti i tRNA esistono dei nucleotidi conservati che
non possono dunque essere sfruttati per il riconoscimento, esistono invece delle specifiche regioni di
riconoscimento che tendono ad essere concentrate nel braccio per l’aminoacido e in quello per l’anti-
codone, ma sono presenti anche in altre regioni. Probabilmente sono oltre dieci i nucleotidi implicati
nel riconoscimento, anche se in alcuni casi questo è molto più semplice: il più semplice in assoluto è il
riconoscimento del tRNA per l’alanina, che fa riferimento ad una singola coppia G-U (in posizione 70)
nel braccio aminoacidico dell’RNA.
Sono dunque due i livelli di controllo per avere il giusto aminoacido nella proteina: il primo è quello
delle sintetasi e del caricamento del tRNA, il secondo è quello del corretto accoppiamento del tRNA
carico all’RNA messaggero.
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5.2 Il ribosoma
Nel nucleolo la RNA polimerasi I trascrive più volte il DNA al fine di produrre il precursore RNA 45S
che viene laborato e spezzato in rRNA maturo e proteine ribosomiali che tenderanno poi ad associarsi
per generare le subunità ribosomiali grande e piccola.
Le proteine ribosomiali si trovano sulla superficie del ribosoma e presentano spesso estensioni che
vanno ad infilarsi all’interno del core dell’rRNA; queste proteine sono importanti per stabilizzare il
ribosoma, ma non hanno funzione catalitica in quanto l’rRNA ribosomiale agisce come ribozima. Sia
nei procarioti che negli eucarioti, anche se con dimensioni diverse, la subunità maggiore e quella minore
si uniscono a formare il ribosoma completo.
Una volta completo il ribosoma presenta tre siti funzionali alla sintesi proteica:
• Sito A, per l’aminoacil-tRNA
• Sito P, per il peptidil-tRNA
39
Un punto importante è che nei batteri in risposta al tRNA per la metionina di inizio sintesi viene incorpo-
rato nel peptide non l’aminoacido metionina ma una sua versione modificata detta N-formilmetionina.
L’N-formilmetionina è formata a seguito di due reazioni, la prima è il classico caricamento del tRNA:
M et + tRN Af M et + AT P
M et − tRN Af M et + AM P + P Pi
La seconda reazione, catalizzata dall’enzima transformilasi, genera l’N-formilmetionina:
Passo 1: legame con l’aminoacil-tRNA in arrivo Il tRNA carico in arrivo nel primo passo si lega
ad un complesso dato da un elongation factor (EF-Tu) e GTP. La macrostruttura risultante, detta
aminoacil-tRNA-Ef-Tu-GTP si lega al complesso A del ribosoma e successivamente, grazie all’idrolisi
del GTP, viene rilasciata la porzione Ef-Tu-GDP che verrà poi rigenerata.
40
Passo 2: formazione del legame peptidico Un legame peptidico viene ora formato tra i due aminoaci-
di legati ai loro tRNA ai siti A e P. Questo accade per trasferimento del gruppo N-formilmetionil dal primo
tRNA al secondo aminoacido che ora si trova nel sito A; questo passaggio produce un dipeptidil-tRNA
nel sito A e lascia un RNA scarico al sito P. La reazione veniva solitamente descritta come catalizzata
dall’enzima peptidil-trasferasi, ma è oggi noto che in realtà è l’rRNA 23S a compiere questo ruolo.
5.2.3 Terminazione
La fase di allungamento continua finchè il ribosoma non aggiunge l’ultimo aminoacido codificato dal-
l’mRNA. La terminazione, ultima fase della sintesi, viene segnalata dalla presenza di uno dei tre codoni
di stop: UGA, UAG, UAA. Nei batteri quando un codone di stop occupa il ribosoma, tre fattori di ter-
minazione - le proteine RF-1, RF-2 e RF-3 - contribuiscono all’idrolisi del peptidil-tRNA terminale e
rilasciano dunque il polipeptide libero e l’ultimo tRNA dal sito P.
41
5.4 Modifiche post-traduzionali
Con il termine di modifiche post-traduzionali si intende l’insieme dei vari processi che subiscono le
proteine neotradotte, tra cui modifiche dirette ma anche trasporto e degradazione.
5.4.1 Trasporto
In una cellula eucariote vengono sintetizzate fino a 10000 proteine diverse, ciascuna delle quali da
smistare nella giusta direzione: anomalie a questo livello sono alla base di importanti patologie.
Un punto di partenza importante sull’argomento è la differenziazione tra i ribosomi liberi nel cito-
plasma e quelli associati al reticolo endoplasmatico: i primi sintetizzano le proteine citoplasmatiche,
mitocondriali e nucleari mentre i secondi quelle lisosomiali, secretorie e di membrana. Questo punto è
importante perchè le proteine secretorie iniziano a essere smistate durante la traduzione, mentre quelle
citoplasmatiche vengono smistate una volta tradotte.
Il trasporto delle proteine è influenzato da modifiche post traduzionali, richiede ATP o GTP e viene
diviso in tre tipologie:
5.4.2 Modifiche
Le modifiche post traduzionali sono parecchie e complesse, le più importanti sono:
• Taglio proteolitico
• Glicosilazione
• Modifica degli aminoacidi
Buona parte delle modifiche iniziano nel reticolo endoplasmatico, e dunque molte proteine devono es-
sere dirette in questa regione. Le proteine destinate a essere modificate nel reticolo vengono legate
a livello del segnale di smistamento dalla proteina SRP (signal recognition particle); questa proteina
blocca la sintesi a una lunghezza di circa settanta aminoacidi e dirige l’intero ribosoma verso i recettori
SRP sulla faccia citosolica del RE. La proteina nascente è allora consegnata al complesso traslocatore
del peptide del reticolo che forse interagisce direttamente con il ribosoma e la SRP si dissociata accom-
pagnata da un idrolisi di GTP sia suo che del recettore. L’allungamento della proteina ora ricomincia,
termina e il ribosoma si dissocia.
42
Glicosilazione La glicosilazione è l’aggiunta di uno zucchero a un residuo aminoacidico tramite un
legame O-glicosidico se su un ossigeno (esempio alla serina) oppure N-glicosidico se su un azoto (esem-
pio all’asparagina). Circa il 50% delle proteine negli eucarioti sono glicosilate, al 90% tramite un legame
N-glicosidico. Gli zuccheri primariamente riscontrati nelle glicoproteine sono glucosio, galattosio e
mannosio.
La sintesi di un legame glicosidico avviene tramite l’attacco di uno zucchero fosfato al primo fosfato
del nucleotide:
• Nella membrana
• Nel citosol
• Nel sangue
Le lectine sono proteine presenti in tutti gli organismi che legano i carboidrati con alta specificità ed
affinità: le loro funzioni sono di riconoscimento, segnalazione, adesione intercellulare. Alcuni ormoni
peptidici in circolo possiedono oligosaccaridi che ne influenzano l’emivita per via delle lectine presenti
sugli epatociti. I residui di acido sialico proteggono le proteine plasmatiche dagli epatociti. Ultimo
dettaglio sulle lectine: molte tossine batteriche fanno parte di questa famiglia.
43
Formazione di ponti disolfuro Questa modifica ad opera del reticolo endoplasmatico è esclusiva
delle proteine secretorie e di membrana. La formazione di un ponte disolfuro avviene per ossidazione
di due residui di cisteina a cistina. La formazione dei ponti disolfuro è favorita dal glutatione (⇒ pg.
10).
Via delle vescicole Nel reticolo endoplasmatico le proteine sintetizzate sono ripiegate e assumono
struttura secondaria grazie all’enzima disolfuro isomerasi che origina i ponti disolfuro. Le proteine che
assumono la forma corretta vengono dirette al Golgi mentre quelle anomale vengono trattenute dalla
proteina BiP, una chaperonina che le aiuta a raggiungere la configurazione corretta. La via dal reticolo
al Golgi è quella di default e non richiede alcuna segnalazione.
Il trasporto vescicolare è specifico e diretto ad un compartimento preciso; esiste una via biosintetica
dal reticolo al golgi e dal golgi alla superficie, e una via endocitica, dall’esterno all’interno della cellula.
All’interno del Golgi le catene saccaridiche vengono nuovamente elaborate. L’oligosaccaride attac-
cato in N viene modificato in oligosaccaride complesso (almeno due acetilglucosammine, galattosio e
acido sialico) oppure in oligosaccaride ad alto tenore di mannosio.
Tagli proteolitici Un esempio classico di taglio proteolitico è l’insulina. Questa proteina viene prima
secreta come pre-proinsulina contenente la sequenza segnale; la sequenza viene rimossa e si viene
a formare proinsulina la quale per taglio proteolitico genera insulina matura composta da catena A,
catena B e peptide C. Il taglio della proinsulina avviene ad opera di due enzimi, PC3 e PC2 endoproteasi;
PC2 genera la catena A da sola, PC3 genera la catena B legata ad un residuo di arginina eliminato poi
da un secondo enzima detto carbossipeptidasi.
L’albumina segue lo stesso principio, secreta come proalbumina e tagliata in forma attiva dalla
furina-endoproteasi.
Destinazione ai lisosomi I residui di mannosio delle proteine destinate ai lisosomi vengono fosfo-
rilati in posizione 6 in modo da renderli marcati. L’enzima che catalizza questa reazione è il GlcNAc
fosfotrasferasi. Queste proteine marcate vengono poi trasportate dal Golgi al lisosoma oppure dalla
superficie cellulare al lisosoma: il mannosio 6-fosfato indica sia per molecole esogene che endogene la
destinazione al lisosoma.
Destinazione al nucleo Tutte le proteine del nucleo sono sintetizzate nel citoplasma: istoni, proteine
ribosomiali, polimerasi e fattori di trascrizione solo per fare qualche esempio. La membrana nucleare è
quindi un gate sia in entrata che in uscita; esistono sequenze di localizzazione nucleari per le proteine
destinate a questo compartimento, e solitamente non vengono eliminate per via delle frequenti entrate
e uscite di queste molecole.
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6 Biosegnalazione - ormoni
La capacità delle cellule di comunicare tra loro è fondamentale alla vita. Esistono almeno quattro
tipologie diverse di comunicazione cellulare:
• Via endocrina: viene secreto un ormone nel circolo sanguigno e cellule distanti ricevono il messag-
gio attraverso i loro recettori superficiali. Esempi di ormoni endocrini sono insulina e glucagone.
• Via paracrina: una cellula secretrice diffonde messaggi chimici nel fluido extracellulare e le cel-
lule vicine lo recepiscono. Gli eicosanoidi, molecole derivate dagli acidi grassi e precursori di
prostaglandine e trombossani, sono esempi di ormoni paracrini.
• Via autocrina: la cellula secerne un segnale chimico che viene recepito dai suoi stessi recettori di
membrana
• Via della membrana plasmatica: due cellule vicine dialogano tramite proteine di membrana che le
congiungono
Un ormone è una sostanza chimica secreta in tracce da una cellula e trasportata dal flusso sanguigno
ad un altra cellula, dove è in grado di modulare una risposta specifica, sia essa biochimica o fisiologica.
Il legame ad un recettore può essere di due tipi: se la molecola lega il recettore ma non genera risposta
è un antagonista,se invece genera una risposta è un agonista. Dal punto di vista chimico gli ormoni
possono essere suddivisi in:
• Peptidici. Includono un numero variabile tra tre e più di duecento nucleotidi e sono una classe
piuttosto numerosa, tra i più importanti esponenti vi sono: insulina, glucagone, calcitonina, tutti
gli ormoni ipotalamici ed ipofisari. Gli ormoni peptidici hanno la caratteristica di essere sintetiz-
zati nei ribosomi in forma di precursori, i proormoni, che vengono poi impacchettati in vescicole
secretorie e tagliati per via enzimatica ottenendo gli ormoni funzionanti.
• Amminici
• Steroidei. Gli ormoni steroidei, cioè gli ormoni adrenocorticali e gli ormoni sessuali, vengono sin-
tetizzati a partire dal colesterolo in parecchi tessuti endocrini. Tutti gli ormoni steroidei agiscono
attraverso recettori nucleari che mediano variazioni nei livelli di espressione di geni specifici anche
se possono avere effetti anche a breve termine probabilmente attraverso recettori sulla membrana
plasmatica. Esistono varie tipologie di ormoni steroidei:
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Da un punto di vista più generale queste molecole possono essere divise invece in idrosolubili (tutti i
neurotrasmettitori e gli ormoni peptidici) e liposolubili (tutti gli ormoni steroidei e tiroidei)
Un recettore non è una proteina qualsiasi ma deve rispondere a cinque requisiti fondamentali:
• Deve essere specifico, legarsi cioè ad un solo segnale
• Deve essere altamente affine, cioè saper reagire anche a concentrazioni infime
• Deve essere saturabile, cioè porre un limite al numero di molecole che una cellula può legare
• Deve essere reversibile, cioè non creare legami covalenti ma staccare il ligando quando la sua
concentrazione cala
• Deve essere accoppiato al ligando, cioè trasferirne il segnale
Le tipologie di recettore sono legate sia a caratteristiche del recettore stesso che a caratteristiche del
ligando; le principali sono:
• Canale ionico controllato (dalla concentrazione del ligando)
• Recettore enzimatico
• Recettore degli steroidi
• Recettore a serpentina (recettori accoppiati a proteine G)
• Recettore senza attività enzimatica
• Recettore di adesione
Due sono le possibili posizioni per un recettore: a livello del citosol o del nucleo per i legandi liposolubili
o a livello della membrana per i ligandi lipofilici; il primo tipo di recettore ha risposta più lenta, il
secondo più veloce.
In generale l’interazione tra l’ormone e il suo recettore produce una di queste sei risposte:
1. Attivazione di uno o più enzimi per tramite di un secondo messaggero (ad esempio cAMP o
l’inositolo trifosfato)
2. Attivazione di un recettore tirosin chinasico
3. Attivazione di un recettore guanilil ciclasico con produzione del secondo messaggero cGMP
4. Variazione del potenziale di membrana attraverso l’apertura di gate ionici ormone-dipendenti
5. Variazione della struttura del citoscheletro
6. Variazione dei livelli di espressione di uno o più geni per tramite di un ormone steroideo o simil
steroideo
Adrenalina e cAMP I recettori a serpentina sono i responsabili dell’attivazione della via dell’adenilato
ciclasi con produzione di AMP ciclico. I recettori per l’adrenalina prendono il nome di recettori β-
adrenergici e vengono suddivisi in quattro tipologie in base alle loro diverse affinità con i vari agonisti
e antagonisti: α1 , α2 , β1 e β2 .
Il primo step della via dell’adrenalina è il legame dell’ormone con il suo recettore β-adrenergico (è
la tipologia di recettore che si ritrova in fegato, muscolatura e tessuto adiposo); il recettore in ques-
tione è una proteina con sette regioni idrofobiche lunghe 20-28 aminoacidi che entrano ed escono dalla
membrana della cellula. Il legame dell’ormone promuove un cambio conformazionale del dominio in-
tracellulare che coinvolge la sua interazione con una seconda proteina della via, la proteina stimolante
G, in sigla Gs . Quando questa proteina è attiva si ha stimolazione della produzione di cAMP per tramite
dell’adenilato ciclasi.
Il secondo step è l’attivazione della proteina Gs . Questa proteina presenta un sito di legame con un
nucleotide che può essere GDP nella forma inattiva o GTP in quella attiva: il recettore β-adrenergico
attivato catalizza il rimpiazzamento del GDP con GTP attivando dunque la proteina. Ad avvenuta
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attivazione la proteina si muove e passa dall’essere vicina al recettore ad essere vicina ad una molecola
di adenilato ciclasi.
Il terzo step è la catalisi della reazione che dall’ATP produce cAMP. Questo passaggio avviene grazie
all’interazione di Gs attivata e adenilato ciclasi. La stimolazione da parte della proteina è autolimitante:
Gs è di suo dotata di attività GTPasica che degrada autonomamente il GTP a GDP spegnendosi da sola.
Il quarto step ripristina lo status iniziale. La proteina Gs dopo essersi auto-inattivata si dissocia
dall’adenilato ciclasi rendendola inattiva e si riporta nella posizione di partenza per ricominciare il
ciclo.
La presenza di cAMP nella cellu-
la ha la funzione di attivare la pro-
tein kinasi A (PKA o protein chinasi Tabella 4: Bersagli attivati da PKA (principali)
cAMP dipendente), i cui bersagli di Proteina Ruolo
azione fosforilativa sono multipli e rap- Glicogeno sintetasi Sintesi del glicogeno
presentano l’output ultimo del sistema Piruvato chinasi Glicolisi
di attivazione dell’adrenalina. Quando Piruvato deidrogenasi Da piruvato ad acetil-CoA
il cAMP viene degradato a causa del- Fosfofruttochinasi Glicolisi
lo spegnimento della via adrenalinica Fruttosio 2,6- bisfosfatasi Gluconeogenesi
viene a mancare l’attivazione di PKA Istoni H1 / H2B Condensazione DNA
e dunque si ha la chiusura della via Glicogeno fosforilasi b Metabolismo del glicogeno
aperta. L’attivazione di PKA si realiz-
za grazie al fatto che questa presenta
due subunità regolatrici che coprono i siti attivi: queste subunità a loro volta presentano siti attivi per
il cAMP che, una volta legato, le fa staccare dalle subunità catalitiche sede delle varie attività della
proteina.
Caratteristica comune di questa tipologia di vie di comunicazione è l’amplificazione: solitamente un
recettore è in grado di attivare più di una proteina G, che a loro volta attiveranno enzimi che produr-
ranno più di un messaggero e così via; l’amplificazione è la spiegazione delle bassissime concentrazioni
di ormoni necessarie ad ottenere un effetto evidente sulla cellula e sull’organismo: tra le concentrazioni
di adrenalina e quelle dei prodotti dalle vie da essa aperte può esserci una differenza anche di sette
ordini di grandezza.
La terminazione del ciclo del cAMP non è esclusivamente legata all’autospegnimento di Gs . Le
modalità di terminazione dello stimolo possono essere riassunte in:
• Drop della concentrazione dell’ormone: quando la concentrazione di epinefrina scende sotto la
soglia Kd di attivazione del recettore l’ormone si dissocia e il recettore ritorna inattivo e dunque
smette di attivare Gs .
• L’attività GTPasica della proteina Gs è in realtà parecchio debole e viene resa molto più veloce
dall’intervento di proteine che stimolano questa proprietà e che prendono il nome di GAPs (GTPase
activator proteins).
• Il secondo messaggero della via, il cAMP, è soggetto a idrolisi da parte della nucleotide ciclico
fosfodiesterasi che catalizza la formazione di 5’-AMP che non può funzionare come tramite.
• L’ultima via di arresto del ciclo differisce dalle precedenti in quanto queste ultime si attivano
quando lo stimolo è ormai cessato mentre questa via è funzionale anche in presenza di stimolo
in picco: si tratta della desensibilizzazione del recettore. La desensibilizzazione del recettore è
mediata da una proteina chinasi che fosforila il recettore dal suo lato intracellulare che normal-
mente è deputato ad interagire con Gs ; quando il recettore è legato all’epinefrina, la chinasi per
il recettore β-adrenergico (βARK o GRK2) fosforila parecchi residui di serina nelle vicinanze del
dominio carbossiterminale del recettore stesso: questa fosforilazione della serina crea un sito di
legame per la proteina β-arrestina (o βarr) che previene ulteriori interazioni tra il recettore e Gs .
Il legame con la β-arrestina favorisce inoltre il sequestramento delle molecole di recettore dalla
membrana a piccole vescicole intracellulari.
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Esotossine batteriche e trasduzione del segnale Due esotossine batteriche sfruttano la via del cAMP
per danneggiare l’organismo: tossina del colera e tossina della pertosse.
La tossina del colera opera una ribosilazione su un residuo argininico di Gs abolendone l’attività
GTPasica: in questo modo Gs non ferma mai la sua attività e la produzione di cAMP è continua.
La tossina della pertosse opera anch’essa una ribosilazione ma su un residuo cisteinico di Gs : questo
inibisce le possibilità della proteina di reagire con i recettori e pertanto viene bloccata nel suo stato
inattivo.
Calcio e proteina kinasi C Le varie proteine G presenti nelle cellule sono attivate di volta in volta
da recettori diversi e regolano proteine effettrici diverse. Una classe piuttosto ampia di recettori sono
accoppiati grazie ad una proteina G alla fosfolipasi C, specifica per un fosfolipide di membrana che
prende il nome di P IP2 ; quando i recettori vengono attivati la fosfolipasi C catalizza la formazione di
due secondi messaggeri potenti: diacilglicerolo e inositolo 1,4,5-trifosfato (IP3 ). L’inositolo diffonde
fino al reticolo endoplasmatico dove apre specifici canali al Ca++ IP3 -dipendenti; normalmente la con-
centrazione di calcio è molto più alta nel reticolo endoplasmatico rispetto al citosol, quindi l’apertura
genera un flusso netto e rapido di Ca2+ verso il citosol e questo causa l’attivazione della proteina kinasi
C; il diacilglicerolo ha la funzione di cooperare con lo ione Ca++ nell’attivazione della proteina kinasi. La
proteina kinasi C fosforila parecchie tipologie di proteine (cromosomiche, citoscheletriche, contrattili e
di trasporto) e controlla la divisione cellulare e la proliferazione.
Il calcio non ha un ruolo confinato solamente a questo meccanismo ma anzi è un messaggero fonda-
mentale cellulare. La concentrazione di questo ione è mantenuta bassa nel citosol dall’azione di pompe
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nel reticolo, nei mitocondri e nella membrana, ma rimane alta all’esterno: dietro stimolo ormonale
è dunque possibile aprire i vari canali e far variare la concentrazione. I cambi nella concentrazione
intracellulare di calcio vengono registrati dalle proteine leganti il calcio che regolano parecchi enzimi
Ca2+ dipendenti. La principale proteina legante il calcio è la calmodulina, la cui struttura presenta
quattro siti di legame ad alta affinità per questo ione: quando la concentrazione di calcio intracellulare
aumenta la calmodulina si satura e da questo deriva un cambio conformazionale che ne scatena l’attiv-
ità modulatoria. Sotto il controllo della calmodulina vi sono molte proteine presenti in varie tipologie di
tessuti e con varie funzioni; un importante controllo operato da questa proteina è quello sulla fosforilasi
b chinasi del muscolo: si ha sia contrazione del muscolo che l’avvio della demolizione del glicogeno per
produrre ATP destinato alla contrazione stessa.
Recettori tirosin chinasici: l’insulina I recettori tirosin chinasici rappresentano una famiglia di
recettori di membrana con attività intrinseca di proteina chinasi e il loro meccanismo di traduzione del
segnale è molto diverso da quello dei recettori accoppiati alle proteine G. I recettori tirosin chinasici
hanno un dominio di legame per l’ormone da un lato della membrana plasmatica e dall’altro un sito
attivo enzimatico tirosin chinasico che quando attivato fosforila residui di tirosina su specifiche proteine
bersaglio. I recettori dell’insulina sono i capostipite di questa tipologia di recettori.
L’insulina è una proteina costituita da due catene A e B unite da due ponti disolfuro. Viene sinte-
tizzata nel pancreas sotto forma di un singolo polipeptide precursore che prende il nome di pre-pro-
insulina che ad un capo possiede una sequenza segnale che ne dirige il trasporto verso le vescicole
secretorie. La rimozione proteolitica della sequenza segnale e la formazione di tre ponti disolfuro pro-
duce la proinsulina che viene conservata in granuli secretori nelle cellule β del pancreas. Quando il
glucosio ematico è presente in concentrazioni sufficientemente elevate da scatenare la secrezione di
insulina la proinsulina viene convertita in forma attiva da proteasi specifiche che spezzano due legami
peptidici e generano la forma matura dell’ormone.
L’insulina in forma attiva non entra nella cellula ma attiva una cascata di segnalazione che termina
a livello degli enzimi insulino-sensibili presenti nel nucleo e nel citosol, i quali stimolano la trascrizione
di geni specifici. Il recettore tirosin chinasico dell’insulina prende il nome di INS-R (Insulin Receptor
protein) e consiste di due subunità α identiche che protrudono all’esterno della membrana e di due
subunità β transmembrana. Il processo di segnalazione inizia quando INS-R lega l’insulina e l’attività
tirosin chinasica viene stimolata: ogni subunità β a questo punto fosforila tre tirosine dell’altra sub-
unità in un processo di autofosforilazione che causa un cambio conformazionale del recettore e libera
il vero sito attivo per la fosforilazione delle proteine bersaglio. Una delle proteine bersaglio di INS-R è
IRS-1 (insulin receptor substrate 1) che una volta fosforilata va a legarsi per mezzo di una delle tirosine
attivate al dominio SH2 della proteina Grb2. La proteina Grb2 non ha altra funzione se non mettere in
contatto IRS-1 e la proteina Sos; quest’ultima proteina viene reclutata da Grb2 grazie a un suo altro
dominio, SH3, che si lega ad una regione ricca in prolina di Sos avvicinandola al nascente complesso.
Quando Sos si lega a Grb2 scatena la sua attività di fattore rimpiazzante nucleotidi guanosinici e catal-
izza la sostituzione di GDP con GTP sulla proteina Ras (che fa parte della famiglia delle proteine G). La
proteina Ras attivata si occupa di fosforilare una proteina chinasi che prende il nome di Raf-1 e che è
il primo elemento di una cascata di tre protein chinasi:
• Raf-1
• MEK
• ERK
I tre elementi della cascata sono collegati da fosforilazioni successive; quando ERK viene fosforilata
si hanno alcuni degli effetti biologici dell’insulina nel senso che questa proteina si porta nel nucleo e
fosforila un fattore di transizione, Elk1, che modula la trascrizione di un centinaio di geni insulina-
regolati.
Il percorso di segnalazione dell’insulina presenta un bivio a livello di IRS-1: Grb2 infatti non è l’unica
proteina che si associa alla forma fosforilata di questa molecola. L’enzima fosfoinositide 3-chinasi (PI-
3K) si lega a IRS-1 attraverso il suo personale dominio SH2 e ne viene attivata: questa proteina attivata
converte P IP2 (un fosfolipide di membrana il cui nome completo è fosfatidilinositolo 4, 5-bisfosfato) in
P IP3 . Quando legata a P IP3 la proteina chinasi B (PKB) viene fosforilata e attivata grazie ad un’altra
proteina chinasi, PDK1; ad avvenuta attivazione di PKB è promossa la fosforilazione di residui di serina
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o treonina sulle proteine bersaglio tra cui la più importante è la glicogeno sintetasi chinasi 3 (GSK3).
Nella sua forma attiva non fosforilata la GSK3 fosforila la glicogeno sintasi inibendola e rallentando
la sintesi del glicogeno; dopo fosforilazione da parte di PKB la GSK3 viene a sua volta inattivata e
viene quindi a mancare l’inibizione sulla glicogeno sintasi che è libera di catalizzare la sintesi del
glicogeno con risultato finale di diminuzione del glucosio circolante. L’azione di PKB non si limita alla
fosforilazione di GSK3 ma si estende allo stimolo al movimento del glucosio a livello di GLUT4.
Recettori privi di attività enzimatica intrinseca Una variante al tema dei recettori tirosin chinasici
è portata dai recettori privi di attività tirosin chinasica intrinseca: questo tipo di recettori quando
occupati dai loro ligandi attivano una tirosin chinasi citosolica. Esempio classico di questo tipo di
recettori è il sistema che regola la formazione degli eritrociti che si basa sull’eritropoietina, una proteina
facente parte delle citochine.
Quando l’eritropoietina si lega al suo recettore di membrana questo va incontro a dimerizzazione e
il dimero può legare ed attivare una protein chinasi solubile che prende il nome di JAK. JAK attivata
fosforila due bersagli principali: il recettore stesso e il fattore di trascrizione STAT. Un dominio SH2
di STAT si va a legare ad una tirosina fosforilata del recettore posizionandosi nel modo migliore per la
fosforilazione del fattore di trascrizione da parte di JAK in risposta all’eritropoietina. STAT fosforilato
forma dimeri dotati di un segnale per il trasporto al nucleo dove inducono la trascrizione di geni specifici
essenziali per la maturazione dei globuli rossi.
Un altro esempio di recettore privo di attività enzimatica intrinseca è quello per l’interferone: la via è
esattamente la stessa dell’eritropoietina, cambia ovviamente solo la struttura delle molecole interessate.
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Recettori guanilil ciclasici Questo tipo di recettori una volta attivati convertono il GTP nel secondo
messaggero cGMP: quest’ultimo porta messaggi diversi in tessuti diversi, ad esempio in reni e intestino
stimola ritenzione idrica, nel tessuto cardiaco stimola il rilassamento.
A livello renale l’attività guanilil ciclasica è attivata dall’ormone peptidico ANF, fattore atriale natri-
uretico, che viene rilasciato dalle cellule cardiace dell’atrio quando questo viene dilatato da un volume
ematico troppo alto. Giunto ai reni ANF attiva la guanilil ciclasi che produce cGMP il quale attiva un
aumento nell’escrezione renale di N a+ e di conseguenza di acqua: la perdita d’acqua riduce il volume
ematico e quindi controbilancia l’aumento di volume ematico che aveva scatenato il rilascio di ANF.
Recettori guanilil ciclasici sono presenti anche nelle cellule epiteliali dell’intestino e sono il target
dell’endotossina di E.Coli: l’aumento di cGMP causato dalla tossina aumenta la secrezione di Cl− con
conseguente perdita d’acqua e quindi diarrea.
Una categoria a parte di guanilil ciclasi è una proteina citosolica strettamente associata ad un
gruppo EME e attivata dalla presenza di ossido nitrico. L’ossido nitrico viene prodotto a partire da
arginina e calcio dall’enzima NO sintetasi, presente in molte tipologie di cellule:
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Parte II
Dallocchio
7 Enzimi
Con l’eccezione di alcune molecole di RNA con funzione catalitica, tutti gli enzimi sono proteine e quin-
di la loro funzionalità dipende dall’integrità della loro configurazione tridimensionale. Alcuni enzimi
funzionano da soli, mentre altri richiedono altri composti chimici detti cofattori, ad esempio ioni inor-
ganici o un complesso organico o metallorganico definito coenzima; gli enzimi più complessi possono
richiedere sia un coenzima che qualche ione metallico.
In condizioni biologicamente rilevanti le reazioni non catalizzate tendono ad essere lente al punto da
non essere utilizzabili dagli esseri viventi: gli enzimi risolvono questo ostacolo fornendo un ambiente
specifico all’interno del quale la reazione può avvenire rapidamente; la caratteristica chiave di una
reazione catalizzata da un enzima è che questa avviene all’interno di una porzione dell’enzima stesso
detta sito attivo: la superficie di questa regione è rivestita da residui aminoacidici e sostituenti che
legano il substrato creando l’ambiente di catalisi.
Una semplice reazione enzimatica può essere scritta in questo modo:
E + S
ES
EP
E + P
dove E è l’enzima, S il substrato, P il prodotto ed ES e EP i complessi di transizione. La funzione
di un catalizzatore non è di aumentare il tasso di reazione: gli equilibri non vengono toccati. Il punto
di partenza per una qualsiasi reazione chimica è definito stato di riposo e vi contribuisce fondamen-
talmente l’energia libera della molecola in esame, sia essa un reagente o un prodotto; l’equilibrio tra S
e P riflette la differenza tra le energie libere dei due stati di riposo e la sua posizione e direzione non
vengono influenzate da alcun catalizzatore conosciuto. Un punto importante è però questo: un equi-
librio favorevole non significa che la conversione S → P avvenga in tempo utile; la velocità di reazione è
un parametro totalmente diverso dipendente da una barriera energetica posta tra substrato e prodotto.
La barriera tra reagenti e prodotto è derivata dall’energia richiesta per allineare i gruppi della reazione,
per formare intermedi instabili, per riarrangare i legami e altre trasformazioni simili: nel grafico di
reazione questo è rappresentato dalla pendenza tra lo stato S e quello P. La reazione è libera di avvenire
solo quando la barriera energetica viene superata: all’apice della barriera si raggiunge uno stato in
cui il decadimento allo stato S o P è ugualmente probabile ed è la situazione definita come stato di
transizione. La differenza energetica tra lo stato a riposo e lo stato di transizione è definita energia di
attivazione ∆G: un alto valore corrisponde a una reazione lenta. Il fulcro dell’azione dei catalizzatori è
a livello dell’energia di attivazione: una reazione catalizzata occorre più velocemente perchè la sua en-
ergia di attivazione è abbassata. Per via del fatto che gli equilibri non vengono spostati, un enzima che
catalizza la reazione S → P catalizza necessariamente anche P → S: un enzima di fatto accelera le in-
terconversioni facendo raggiungere prima l’equilibrio. Qualsiasi reazione può avvenire in vari passaggi
includenti la formazione e la rottura di specie chimiche transienti dette intermedi di reazione3 : nell’e-
sempio di reazione sono intermedi le specie ES e EP, che nel grafico occupano gli avvallamenti della
curva. Quando sono necessari parecchi step per condurre una reazione, la velocità totale è determinata
dallo step o dagli step con la più alta energia di attivazione, che vengono definiti step limitanti.
Gli equilibri di reazione sono legati alla variazione di energia libera di legame standard. Un equi-
librio semplice per un’interconversione S
P possiede una costante di equilibrio con espressione
matematica
[P ]
Keq = K =
[S]
Su base termodinamica la reazione tra K e la variazione di energia libera di legame è descrivibile con
la formula
0
∆G ◦ = −RT lnKeq
3 Un intermedio è una qualsiasi molecola la cui vita chimica è maggiore della vibrazione molecolare, cioè ∼ 10−13 secondi
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Il punto del discorso è che la costante di equilibrio è legata direttamente all’energia di legame: un
0
valore di ∆G ◦ largamente negativo è correlato ad una reazione favorita, anche se questo non garantisce
che essa proceda a velocità utile.
La velocità di una qualsiasi reazione è determinata dalle concentrazioni dei reagenti e da una
costante di velocità, solitamente definita k, che per una semplice reazione unimolecolare rappresenta
la quantità di substrato che reagisce per unità di tempo:
V = k[S]
se la reazione dipende dalle concentrazioni di due composti, o tra due molecole dello stesso compos-
to, l’equazione diventerà
V = k[S1 ][S2 ]
La relazione tra k e l’energia di attivazione è di tipo inversamente proporzionale ed esponenziale:
questo significa che una bassa energia di attivazione è legata ad una reazione che si svolge velocemente.
Le reazioni chimiche solitamente avvengono tra i substrati e i gruppi funzionali degli enzimi. Questi
gruppi possono formare legami covalenti temporanei con il substrato ed attivarlo, o un gruppo può
essere trasferito dal substrato all’enzima: le interazioni covalenti tra enzimi e substrati abbassano l’en-
ergia di attivazione fornendo una via alternativa a più bassa energia per il procedere della reazione.
Un secondo e più importante contributo al funzionamento enzimatico è dato dalle interazioni nonco-
valenti tra enzima e substrato: buona parte dell’energia richiesta per abbassare le soglie di attivazione
è derivata da interazioni deboli noncovalenti. L’energia derivata dall’interazione substrato-enzima è
definita energia di legame ∆GB : è questa la fonte principale di energia libera sfruttata dagli enzimi per
abbassare l’energia di attivazione.
il secondo passaggio è invece la rottura del complesso ES a dare enzima libero e prodotto di reazione:
k2
ES
E + P
k−2
La seconda reazione è più lenta ed è dunque quella limitante: la velocità totale sarà proporzionale
alla concentrazione delle specie reagenti al secondo step, dunque a [ES]. Si può affermare che in
qualsiasi istante di una reazione catalizzata l’enzima è presente in due forme: quella libera E e quella
combinata ES. A basse concentrazioni di substrato quasi tutto l’enzima sarà libero, ma aumentandole si
raggiungerà la situazione di plateau poichè ad un certo punto tutto l’enzima sarà combinato a formare
il complesso ES. Quando si raggiunge la saturazione dell’enzima si ha la situazione di stato stazionario
in cui la concentrazione di ES rimane costante grazie al fatto che si forma tanto complesso quanto ne
viene degradato.
53
7.1.1 Equazione di Michaelis-Menten
La curva espressa dalla relazione tra [S] e V0 trova la sua espressione algebrica nell’equazione di
Michaelis-Menten. Il punto di partenza per ricavarla è l’equazione che descrive lo stato delle condizioni
sperimentali:
k1 k
E + S
ES →2 E + P
k−1
V0 = k2 [ES]
Essendo ES un parametro difficilmente misurabile direttamente viene ora introdotto il concetto di
Etot , cioè di enzima totale presente nel sistema. La frazione libera di enzima può dunque essere scritta
come [Etot ] − [ES]. Le velocità di formazione e di demolizione di ES sono determinate dai vari coefficienti
di velocità, in particolare:
Formazione di ES: k1 [E][S] = k1 ([Etot ] − [ES])[S]
Breakdown di ES: k−1 [ES] + k2 [ES]
La reazione raggiunge presto lo stato stazionario, dunque formazione e breakdown di ES devono
essere equivalenti e le loro formulazioni matematiche possono essere eguagliate:
[Etot ][S]
[ES] = k−1 +k2
[S] + k1
La frazione al denominatore è un insieme di costanti e dunque può essere sostituita da un’unica
costante che prende il nome di costante Michaelis Km , l’equazione diventa dunque
[Etot ][S]
[ES] =
[S] + Km
Ottenuta espressione della concentrazione di ES è possibile sostituirla all’equazione per ottenere la
velocità:
[Etot ][S]
V0 = k2 [ES] = k2
Km + [S]
La velocità massima di questa reazione viene raggiunta quando tutto l’enzima è legato al suo
substrato, cioè quando [Etot ] = [ES]. Vmax si può allora definire come k2 [Etot ] e riformulare l’equazione:
Vmax [S]
V0 =
Km + [S]
è questa l’equazione di Michaelis-Menten, cioè l’equazione di velocità per una reazione catalizzata
ad un unico substrato.
Una relazione importante derivata dall’equazione di Michaelis-Menten si ottiene quando V0 è pari a
metà di Vmax :
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7.1.2 Inibizione enzimatica
Gli inibitori enzimatici sono molecole che interferiscono con la catalisi, rallentandola o interrompendola
totalmente. Un esempio di inibitore è l’acetilsalicilato (aspirina), che interrompe il primo passaggio della
sintesi delle prostaglandine che tra l’altro mediano il dolore. Esistono due grandi categorie di inibitori
enzimatici: gli inibitori reversibili e quelli irreversibili.
Vmax [S]
V0 =
αKm + [S]
Si ha dunque una variazione alla sola costante di Michaelis, così definita:
[I] [E][I]
α=1+ KI KI = [EI]
L’inibitore in questo tipo di processo si lega in modo reversibile all’enzima, pertanto la competizione
può essere portata a favore del substrato semplicemente aumentando la sua concentrazione: quando
[S] [I] la probabilità per l’inibitore di incontrare l’enzima è minima e la reazione torna alla Vmax
normale.
Esistono almeno altre due tipologie di inibizione reversibile: l’inibizione non competitiva e l’inibizione
mista. Un inibitore non competitivo si lega a un sito diverso da quello attivo per il substrato e, a
differenza dell’inibitore competitivo, si lega solamente al complesso ES. In presenza di questo tipo di
inibizione l’equazione di Michaelis-Menten viene così corretta:
Vmax [S]
V0 =
Km + α0 [S]
dove
0 [I] 0 [ES][I]
α =1+ KI
0 KI = [ESI]
Vmax [S]
V0 =
αKm + α0 [S]
Un inibitore misto influenza dunque sia il valore di Km che quello di Vmax .
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8 Glicolisi
La glicolisi è l’insieme di passaggi chimici grazie al quale una molecola di glucosio è degradata a due
molecole di piruvato, composto a tre atomi di carbonio. Durante le reazioni parte dell’energia rilasciata
dal glucosio viene conservata sotto forma di ATP e di NADH.
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D-mannosio. Durante questo primo step si ha la richiesta di una molecola di ATP per fornire il gruppo
fosfato, oltre che della presenza dello ione M g 2+ che scherma le cariche negative dei fosforili dell’ATP
in modo da rendere il fosforo terminale più facilmente attaccabile dall’-OH del glucosio. L’esochinasi è
presente praticamente in ogni organismo e nell’uomo è presente in quattro forme diverse dette isozimi
che differiscono in proprietà cinetiche, in particolare l’esochinasi IV è esclusiva degli epatociti.
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5 - Interconversione dei triosi Solo uno dei due prodotti dello step
4, la gliceraldeide 3-fosfato, può essere diretto ai passi successivi del-
la glicolisi; il secondo prodotto, il diidrossiaceton fosfato, viene quindi
recuperato mediante una reazione di interconversione che lo trasfor-
ma in una seconda molecola di gliceraldeide. La reazione, rapida e
reversibile, è catalizzata dal quinto enzima della glicolisi, chiamato
trioso fosfato isomerasi.
Il meccanismo di reazione è simile a quello promosso dalla fosfoesosoisomerasi dello step 2. Questo
passaggio completa la fase di preparazione della glicolisi: la molecola di glucosio è stata dunque fino a
qui fosforilata in C-1 e C-6 e poi spezzata per ottenere due molecole di gliceraldeide 3-fosfato.
L’accoppiamento delle due reazioni conduce dunque a una reazione nel complesso esoergonica.
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8 - Conversione del fosfoglicerato L’enzima fosfoglicerato mutasi
catalizza lo spostamento reversibile del gruppo fosfato da C-2 a C-
3 in una reazione M g 2+ dipendente. La reazione prevede due pas-
saggi. Nel primo passaggio un gruppo fosfato originariamente pos-
to sull’enzima viene trasferito a C-2 del 3-fosfoglicerato ottenendo il
2,3-bisfosfoglicerato (⇒emoglobina) mentre nel secondo passaggio il
gruppo fosfato in C-3 viene ritrasferito all’enzima rigenerandone la forma fosforilata. Per garantire un
continuo funzionamento del ciclo il 2,3-bisfosfoglicerato è continuamente rigenerato dal ciclo stesso.
D-Fruttosio Il D-fruttosio, presente in molti tipi di frutta e formato dall’idrolisi del saccarosio nell’in-
testino, viene fosforilato dall’esochinasi secondo la reazione
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F ruttosio + AT P → F ruttosio1 − f osf ato + ADP
il fruttosio 1-fosfato viene poi spezzato in gliceraldeide e diidrossiacetone fosfato dall’enzima fruttosio
1-fosfato aldolasi; i successivi due passaggi creano metaboliti del ciclo della glicolisi:
T riosof osf ato−isomerasi
Diidrossiaceton − f osf ato −→ Gliceraldeide3 − f osf ato
T rioso−chinasi
Gliceraldeide −→ Gliceraldeide3 − f osf ato
D-Mannosio Il D-Mannosio, prodotto dalla digestione di parecchi polisaccaridi, viene fosforilato in C-6
dall’esochinasi e il mannosio 6-fosfato prodotto viene isomerizzato dall’enzima fosfomannoso isomerasi
a dare fruttosio 6-fosfato che entra direttamente nella glicolisi
D-Galattosio Il D-Galattosio è un prodotto dell’idrolisi del lattosio e viene in primis fosforilato in C-1
dall’enzima galattochinasi
Galattochinasi
Galattosio + AT P −→ Galattosio1 − f osf ato + ADP
a questo punto il galattosio 1-fosfato viene convertito nel suo epimero glucosio 1-fosfato da una
serie di reazioni in cui l’uridina difosfato funziona come coenzima carrier di gruppi esosi. Tre sono gli
enzimi che vengono coinvolti nella trasformazione da galattosio a glucosio e un qualsiasi difetto nella
loro funzione porta a galattosemia nell’uomo
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61
9 Gluconeogenesi
La gluconeogenesi risponde all’enorme esigenza di glucosio da parte dell’organismo: il cervello da solo
richiede almeno 120g di glucosio al giorno; tra i pasti e durante digiuni prolungati o esergizi pesanti il
glicogeno viene demolito e l’organismo deve sintetizzare glucosio extra a partire da precursori diversi
dai carboidrati. La gluconeogenesi in sostanza è la conversione del piruvato e di altri composti a tre e
quattro atomi di carbonio a glucosio e avviene nei mammiferi fondamentalmente nel fegato. Importante
è sottolineare che glicolisi e gluconeogenesi non sono vie identiche e opposte anche se condividono
parecchi step: sette dei dieci passaggi della glicolisi sono ripercorsi al contrario nella gluconeogenesi
ma i tre rimanenti sono essenzialmente irreversibili nel vivente. Le tre reazioni irreversibili sono tutte
caratterizzate da una variazione di energia libera molto negativa e devono essere bypassate da un set
di enzimi esclusivi della gluconeogenesi: il risultato è che entrambe le vie, glicolisi e gluconeogenesi,
sono irreversibili nelle cellule.
Ossaloacetato + N ADH + H +
L − M alato + N AD+
Il malato abbandona il mitocondrio grazie a un trasportatore dedicato e una volta nel citosol viene
riossidato ad ossaloacetato con produzione citosolica di NADH:
Ossaloacetato + GT P
P EP + CO2 + GDP
In totale dunque è necessario consumare due legami ad alta energia per fosforilare il piruvato a
fosfoenolpiruvato.
Quando è il lattato ad essere il precursore gluconeogenetico la via gluconeogenetica è diversa: la
conversione di questo a piruvato nel citosol degli epatociti produce già NADH e dunque l’esportazione
di equivalenti riducenti come il malato dal mitocondrio è inutile. La via dunque procede con una con-
versione a ossaloacetato del piruvato da parte della piruvato carbossilasi come negli step precedenti, ma
questo ossaloacetato viene convertito poi direttamente a PEP da un isozima mitocondriale e trasportato
al di fuori del mitocondrio per continuare la gluconeogenesi.
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Conversione del fruttosio 1,6-bisfosfato a fruttosio 6-fosfato Il bypass del terzo step della glicolisi è
realizzato semplicemente catalizzando la reazione con un diverso enzima, in questo caso la fruttosio 1,6-
bisfosfatasi M g 2+ dipendente: questo enzima promuove l’idrolisi del fosfato in C-1 e quindi la reazione
Conversione del glucosio 6-fosfato a glucosio L’inversione della reazione promossa dall’esochinasi
richiederebbe il trasferimento di un fosfato dal glucosio ad ADP formando ATP, una reazione ener-
gicamente sfavorita; l’enzima glucosio 6-fosfatasi bypassa questo problema promuovendo la semplice
idrolisi di un estere fosfato:
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9.2 Riassunto ed equazione netta
L’equazione netta della gluconeogenesi è
2P iruvato + 4AT P + 2GT P + 2N ADH + 2H + + 4H2 O → Glucosio + 4ADP + 2GDP + 6Pi + 2N AD+
per ogni molecola di glucosio neosintetizzata si ha dunque perdita di sei legami ad alta energia: la
gluconeogenesi è un processo costoso ma necessario.
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10 Via dei pentosi fosfati
La glicolisi in buona parte dei tessuti animali non è l’unica via per il glucosio 6-fosfato: questa molecola
segue anche altre vie per essere trasformata in prodotti specializzati per la cellula. Tra le vie alternative
alla glicolisi è di particolare importanza la via dei pentosi fosfati in cui N ADP + è l’accettore di elettroni e
si ottiene NADPH; alcune cellule usano i prodotti della via per produrre RNA, DNA, ATP, NADH, F ADH2
e coenzima A, altre semplicemente hanno bisogno di NADPH per evitare il danneggiamento dai radicali
liberi dell’ossigeno (in particolare la carenza di NADPH negli eritrociti è a rischio medico).
La via si divide in due porzioni, una fase ossidativa che produce pentosi fosfati e NADPH e una fase
nonossidativa che ricicla i pentosi fosfati a glucosio 6-fosfato. La prima reazione della fase ossidativa
è l’ossidazione del glucosio 6-fosfato ad opera della glucosio 6-fosfato deidrogenasi a formare un estere
intramolecolare detto 6 − f osf oglucono − δ − lattone : N ADP + è l’accettore di elettroni e l’equilibrio è
fortemente spostato verso la formazione di NADPH. Il lattone viene prontamente idrolizzato da una
lattonasi specifica a acido 6-fosfogluconato che subisce poi ossidazione e decarbossilazione dalla 6-
fosfogluconato deidrogenasi a dare ribuloso 5-fosfato, un chetopentoso, generando un secondo NAPDH.
L’enzima fosfopentoso isomerasi converte il ribuloso 5-fosfato nel suo isomero aldoso riboso 5-fosfato e
in alcuni tessuti questo rappresenta la fine della via, con un’equazione netta:
Nelle cellule che primariamente necessitano di NADPH e il cui bisogno di ribosio 5-fosfato è minimo
la fase nonossidativa della via risintetizza glucosio 6-fosfato a partire dal ribuloso 5-fosfato. Nella prima
reazione della fase non ossidativa il ribuloso viene epimerizzato a xiluloso 5-fosfato grazie all’azione
dell’enzima ribosio 5-fosfato epimerasi. A partire da questi due composti una serie di riarrangiamenti
dello scheletro carbonioso produce la conversione di sei zuccheri a cinque atomi di carbonio in cinque
zuccheri a sei atomi di carbonio: tutte queste reazioni sono sotto controllo di due tipologie di enzimi,
definiti transchetolasi e transaldolasi.
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L’enzima transchetolasi necessita il cofattore tiamina pirofosfato (TPP) per funzionare.
La discriminazione per una molecola di glucosio all’entrare nei vari cicli dipende dalle necessità
cellulari del momento e dalle concentrazioni di N ADP + nel citosol: quando una cellula sta rapidamente
convertendo NADPH in N ADP + la concentrazione di quest’ultimo aumenta stimolando allostericamente
il primo enzima della via dei pentosi aumentando dunque il flusso lungo questa strada.
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11 Controllo di glicolisi e gluconeogenesi
Nei mammiferi la gluconeogenesi avviene principalmente nel fegato. Ad ognuno dei tre punti in cui la
gluconeogenesi e la glicolisi divergono, la simultanea apertura di entrambe le vie sarebbe uno spre-
co di ATP senza produzione di lavoro chimico o biologico, ad esempio le due reazioni catalizzate da
fosfofruttochinasi-1 e fruttosio bisfosfatasi potrebbero riassumersi in:
P F K−1
AT P + F ruttosio6 − f osf ato → ADP + F ruttosio1, 6 − bisf osf ato
F BP asi−1
F ruttosio1, 6 − bisf osf ato + H2 O → F ruttosio6 − f osf ato + Pi
AT P + H2 O → ADP + Pi + Calore
questo esempio è quel che viene definito un ciclo futile che è dannoso per la cellula.
Controllo delle esochinasi L’esochinasi, che catalizza l’ingresso del glucosio nel ciclo glicolitico, è
un enzima regolatore. L’uomo possiede quattro isozimi codificati da quattro geni diversi, ciascuno con
ruoli diversi. L’esochinasi II, predominante nella muscolatura, ha un’altissima affinità per il glucosio
ed è satura al 50% a una concentrazione di glucosio pari a 0.1mM (quella del sangue è 4 − 5mM ) e
dunque opera quasi sempre alla velocità massima possibile. L’inibizione di esochinasi I e II avviene
allostericamente ad opera del loro prodotto, il glucosio 6-fosfato: quando quest’ultimo si accumula a
causa di un blocco nella glicolisi l’uptake del glucosio viene dunque rallentato enormemente. L’isozima
del fegato, l’esochinasi IV, differisce dai primi tre per almeno tre motivi:
• ha una saturazione del 50% ad una concentrazione di glucosio più alta di quella normale, cioè
circa 10mM : questo significa che alte concentrazioni di glucosio nel sangue vengono bilanciate
da un maggiore uptake a livello degli epatociti. Quando il livello di glucosio nel sangue è basso
l’azione dell’esochinasi IV è di far si che il glucosio possa uscire dall’epatocita prima di essere
intrappolato dalla fosforilazione.
• non si ha inibizione da parte del glucosio 6-fosfato, dunque l’uptake continua nel fegato anche
quando tutti gli altri isozimi sono stati inibiti.
• si ha il controllo reversibile da parte di una proteina specifica del fegato con un legame che è molto
più stabile in presenza del fruttosio 6-fosfato
Un secondo controllo su esochinasi IV è posto a livello della sintesi proteica. Circostanze che richiedono
una maggior produzione di energia da parte della cellula causano un aumento della trascrizione del
gene di esochinasi IV.
67
fosfofrutto chinasi è il citrato, un intermedio del
ciclo di Krebs , la cui alta concentrazione potenzia
l’effetto inibitore di ATP riducendo ulteriormente
il flusso di glucosio alla glicolisi.
Il passo corrispondente all’azione di PFK-1 nel-
la gluconeogenesi è la reazione promossa dalla
FBPasi-1 che subisce regolazione opposta: ADP
ed AMP la inibiscono fortemente poichè la sintesi di glucosio richiede ATP e non è conveniente quando
quest’ultimo è scarso.
La regolazione ormonale di glicolisi e gluconeogenesi, quindi quella legata ad insulina e glucagone, è
mediata dal fruttosio 2,6-bisfosfato, un regolatore allosterico di entrambi gli enzimi. Quando il fruttosio
2,6-bisfosfato si lega a PFK-1 aumenta la sua affinità al fruttosio 6-fosfato: la sua azione è talmente po-
tente che in condizioni fisiologiche di fatto PFK-1 è inattivo in assenza di questo regolatore. L’effetto del
fruttosio 2,6-bisfosfato su FBPasi è ovviamente opposto e rallenta la gluconeogenesi. Le concentrazioni
intracellulari di fruttosio 2,6-bisfosfato sono regolate dalla formazione e dal breakdown dello stesso,
reazioni catalizzate da fosfofruttochinasi-2 (PFK-2) e fruttosio 2,6-bisfosfatasi (FBPasi-2): il bilancio
delle azioni di questi due enzimi nel fegato è regolato da insulina e glucagone; il glucagone abbassa il
livello di fruttosio 2,6-bisfosfato inibendo quindi la glicolisi e promuovendo la gluconeogenesi, mentre
l’insulina ha effetti opposti. Un secondo controllo sui livelli di fruttosio 2,6-bisfosfato è portato avanti
dallo xiluloso 5-fosfato; questo composto, intermedio della via dei pentosi fosfati, media l’aumento della
glicolisi a seguito di un pasto abbondante in carboidrati. La sua azione è l’attivazione della fosfopro-
teina fosfatasi 2A (PP2A) che defosforila l’enzima bifunzionale PFK-2/FBPasi-2 inibendo la FBPasi e
aumentando dunque la concentrazione di fruttosio 2,6-bisfosfato stimolando la glicolisi e rallentando
la gluconeogenesi.
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12 Metabolismo del glicogeno
In tutti gli organismi il glucosio in eccesso viene conservato in forma polimerica: amido nelle piante e
glicogeno in vertebrati e molti microorganismi. Nei vertebrati il glicogeno si trova principalmente nel
fegato e nel muscolo scheletrico, in percentuali rispettivamente intorno al 10% e 1 − 2%. La funzione
dell’accumulo polimerico è osmotica: se la stessa quantità di glucosio fosse libera si avrebbe una
concentrazione 0.4M mentre così se ne ottiene una intorno a 0.01µM .
L’unità di base del glicogeno consiste di circa 55000 residui di glucosio con almeno 2000 estremità
non riducenti. La presenza di questo polimero garantisce una fonte veloce di energia per il metabolismo
nel muscolo e rappresenta un deposito di riserva nel fegato nei confronti degli altri tessuti.
12.1 Glicogenolisi
Nel fegato e nella muscolatura le unità di glucosio dalle ramificazioniesterne del glicogeno entrano nella
via glicolitica attraverso l’azione di tre enzimi:
• glicogeno fosforilasi
• enzima deramificante del glicogeno
• fosfoglucomutasi
Il primo enzima catalizza la reazione in cui un legame glicosidico tra due residui di glucosio ad
un’estremità non riducente viene attaccato da un fosfato inorganico rimuovendo un residuo termi-
nale sotto forma di α − D − glucosio1 − f osf ato. Per questa reazione il piridossal fosfato è un cofattore
essenziale anche se questo è un ruolo inusuale in quanto di solito è un cofattore nel metabolismo degli
aminoacidi. L’azione della glicogeno fosforilasi continua fino a che non raggiunge un punto quattro
residui a monte di un legame α1−6, cioè ad una ramificazione, dove la sua attività si ferma. Un’ulteriore
degradazione da parte della fosforilasi può avvenire solo a seguito dell’azione dell’enzima deramificante
che catalizza due reazioni successive che trasferiscono ramificazioni intere: i tre residui lasciati dalla
fosforilasi vengono staccati e portati all’estremità non riducente di una seconda ramificazione e l’attività
del primo enzima è libera di continuare.
Il glucosio 1-fosfato viene convertito a glucosio 6-fosfato dall’azione della fosfoglucomutasi, che
catalizza la reazione reversibile
12.2 Glicogenosintesi
Nella polimerizzazione degli esosi spesso vengono coinvolti gliconucleotidi , cioè zuccheri in cui il
carbonio anomerico è attivato dall’attacco di un nucleotide attraverso un legame esterico.
La sintesi del glicogeno avviene primariamente in fegato e muscoli e virtualmente in ogni tessuto. Il
punto di partenza è il glucosio 6-fosfato che deriva dal glucosio libero dall’azione delle varie esochinasi;
il primo passo per la sintesi è la conversione del glucosio 6-fosfato a glucosio 1-fosfato grazie all’azione
della fosfoglucomutasi. Il prodotto del primo passaggio viene convertito a UDP-glucosio dall’azione
dell’enzima UDP-glucosio pirofosforilasi e questo è un passaggio chiave:
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L’enzima glicogeno sintetasi non può iniziare una catena di glicogeno dal nulla ma richiede un
primer dotato di almeno otto residui di glucosio. La proteina glicogenina è sia il primer su cui vengono
assemblate le nuove catene sia l’enzima che ne catalizza la formazione. Il primo step è il trasferimento
di un residuo dall’UDP-glucosio alla glicogenina in una reazione catalizzata dalla proteina stessa: la
catena nascente è dunque allungata da altri sette residui fino a diventare sufficientemente lunga per
la glicogeno sintetasi.
Analogamente anche la glicogeno fosforilasi esiste in due forme e , in linea con la sua azione opposta,
sarà la forma non fosforilata ad essere attiva. Questo enzima è notevole per la sua capacità di essere
fosforilato da almeno undici protein chinasi diverse, tra cui la più importante è la glicogeno sintetasi
chinasi 3 (GSK3). Questo enzima regolatore non può fosforilare la sintasi se prima questa non è stata
fosforilata dalla casein chinasi II in un processo definito priming. Nel fegato la conversione tra le forme
“a” e “b” è promossa da PP1 (fosfoprotein fosfatasi 1) che rimuove i gruppi fosfati collocati da GSK3.
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13 Ciclo di Krebs
13.1 Piruvato e PDH
Il ciclo di Krebs, o ciclo dell’acido citrico, è un hub nel metabolismo con vie degradative in ingresso e
vie anaboliche in uscita ed è dunque strettamente regolato in coordinamento con le altre vie.
Gli scheletri carboniosi di zuccheri e acidi grassi prima di entrare nel ciclo devono essere degradati
a gruppo acetile dell’acetil-CoA, cioè la forma in cui il ciclo accetta la maggior parte dei suoi input. Il
piruvato derivante dalla glicolisi è ossidato ad acetil-CoA e CO2 dal complesso piruvato deidrogenasi
(PDH), un agglomerato di copie di tre enzimi posto nel mitocondrio delle cellule degli eucarioti e nel
citosol di quelle dei batteri. Cinque cofattori, di cui quattro di derivazione vitaminica, partecipano al
meccanismo di reazione.
La reazione totale catalizzata dal complesso della piruvato deidrogenasi è una decarbossilazione os-
sidativa in cui il gruppo carbonile è rimosso dal piruvato come CO2 e i due atomi di carbonio rimanenti
vengono trasformati nel gruppo acetile per l’acetil-CoA. Il NADH formato in questa reazione fornisce
uno ione idruro alla catena respiratoria, che trasporta dueelettroni all’ossigeno.
• E2 - Diidrolipoil transacetilasi
• E3 - Diidrolipoil deidrogenasi
E2 è la porzione più complessa in quanto punto di inserzione del gruppo prostetico lipoato ed è dotata
di tre distinti domini funzionali: il dominio lipoile, il dominio aciltrasferasi e il dominio legante E1 ed
E3. Gli altri due enzimi legano TPP (E1) e FAD (E3) e fanno parte del complesso anche due proteine
regolatrici, una chinasi e una fosfatasi.
Gli step con cui procede la reazione sono essenzialmente cinque:
1. Distacco della CO2 e attacco del residuo del piruvato alla TPP. Questo primo passaggio è quello
limitante.
2. Il gruppo idrossietile viene ossidato ad acido carbossilico e i due elettroni rimossi riducono il ponte
disolfuro del lipoato a due tioli.
3. L’acetile prodotto viene prima esterificato ad uno dei gruppi -SH del lipoato e poi transesterificato
al CoA formando l’acetil-CoA.
4. Il FAD si fa carico dei due elettroni del lipoato ossidandolo e riportandolo alla condizione di
partenza.
5. Il N AD+ si fa carico di uno degli idrogeni del F ADH2 mentre il secondo viene liberato sotto forma
di H + .
71
13.2 Reazioni del ciclo di Krebs
Il ciclo in totale conta otto passaggi che negli eucarioti avvengono interamente nei mitocondri; quattro
di questi passaggi sono ossidazioni in cui l’energia è conservata sotto forma di coenzimi ridotti NADH e
F ADH2 . In totale ad ogni giro del ciclo entra un gruppo acetile come acetil-CoA ed escono due molecole
di CO2 .
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Step 4 - Ossidazione dell’alfaketoglutarato In modo analogo allo
step 3, si ha una decarbossilazione ossidativa in cui l’α-ketoglutarato
viene convertito a succinil-CoA da parte del complessoα-ketoglutarato
deidrogenasi. L’accettore di elettroni in questa reazione è N AD+ men-
tre CoA è il carrier del gruppo succinile. L’energia di ossidazione
del reagente è conservata nella formazione del legame tioestere del
succinil-CoA. Questa reazione è virtualmente identica a quella promossa dal complesso della piruvato
deidrogenasi e infatti i due enzimi si somigliano sia strutturalmente che funzionalmente: entrambi i
complessi derivano certamente da un progenitore comune.
GT P + ADP
AT P + GDP
Questa reazione non comporta variazioninell’energia libera: GTP e ATP sono energeticamente iden-
tici.
Step 8 - Ossidazione del malato Nell’ultimo step del ciclo di Krebs la L-malato deidrogenasi catalizza
l’ossidazione dell’L-malato a ossaloacetato, che viene continuamente rimosso dalla reazione promossa
dalla citrato sintetasi: è questo il motivo per cui l’equilibrio viene continuamente spostato verso la
formazione del prodotto.
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breve, ma di quella più vantaggiosa. Un problemaderivante dalla condivisione di una stessa molecola
in più vie è quello di rimanere senza scorte: questo è risolto nel ciclo di Krebs dalle cosiddette reazioni
anaplerotiche, tese unicamente a ripristinare le scorte. La più importante reazione anaplerotica è
quella promossa dalla piruvato carbossilasi (→cfr. gluconeogenesi) che genera ossaloacetato secondo
l’equazione
P iruvato + HCO3− + AT P
Ossaloacetato + ADP + Pi
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14 Metabolismo degli acidi grassi
14.1 Accumulo e mobilitazione
Nei vertebrati prima che i trigliceridi ingeriti possano essere assorbiti è necessaria una conversione da
grassi insolubili a micelle finemente disperse: questo stratagemma aumenta enormemente il numero
di molecole accessibili alle lipasi intestinali in modo da convertire i trigliceridi a mono e digliceridi,
acidi grassi liberi e glicerolo. Una volta assorbite dalle cellule queste molecole vengono riconvertite
a trigliceridi, confezionate insieme al colesterolo e a specifiche proteine e conservati sotto forma di
aggregati lipoproteici detti chilomicroni.
La classe delle apolipoproteine è quella delle proteine in grado di legare i lipidi e responsabile del
trasporto ematico di trigliceridi, fosfolipidi e colesterolo tra gli organi. Le apolipoproteine si combinano
ai lipidi a formare parecchie classi di lipoproteine le cui densità variano da valori molto bassi (VLDL) a
valori molto alti( VHDL). La consegna dei lipidi ai tessuti avviene secondo questo schema: l’enzima ex-
tracellulare lipoprotein lipasi idrolizza i trigliceridi a acidi grassi e glicerolo che possono essere assorbiti
dalle cellule bersaglio.
I lipidi neutri vengono conservati negli adipociti sotto forma di goccioline lipidiche circondate da
perilipine, una classe di proteine con la funzione di restringere l’accesso alle goccioline in modo da
evitare mobilitazioni lipidiche incontrollate. Quando si ha stimolazione ormonale i trigliceridi accumu-
lati nell’adipe vengono invece mobilitati e trasportati ai tessuti. La via di mobilitazione dei lipidi è la
seguente:
1. L’adrenalina o il glucagone attivano l’enzima adenilato ciclasi (→ cfr. “Adrenalina e cAMP”)
2. L’adenilato ciclasi produce il secondo messaggero intracellulare cAMP
14.2 Ossidazione
14.2.1 Shuttle della carnitina
Il set di enzimi per l’ossidazione degli acidi grassi è collocato nella matrice mitocondriale. Gli acidi
grassi con meno di dodici atomi di carbonio possono attraversare la membrana mitocondriale senza
75
aiuti ma quelli con più di quattordici atomi, cioè la maggioranza, devono prima passare attraverso le
tre reazioni dello shuttle della carnitina.
La prima reazione è catalizzata da una famiglia di isozimi presente sulla membrana mitocondriale,
le acil-CoA sintetasi, che promuovono la generica reazione
AcidoGrasso + CoA + AT P
Acil − CoA + AM P + P Pi
Gli acil-CoA di derivazione lipidica sono, come l’acetil-CoA, composti ad alta energia.
Gli acidi grassi sono provvisoriamente attaccati al gruppi idrossile della carinitina a formare acil-
carinitina nel secondo step dello shuttle; questa transesterificazione è promossa dall’enzima car-
nitina aciltrasferasi I. L’estere così formato entra nella matrice per diffusione facilitata attraverso il
trasportatore acetil-carnitina/carnitina.
Nel terzo e ultimo step dello shuttle il gruppo acile lipidico viene trasferito per via enzimatica dalla
carnitina al CoA mitocondriale in una reazione promossa dalla carnitina aciltrasferasi II. La carnitina
ora liberata ritorna nello spazio intermembrana attraverso il trasportatore per ricominciare il ciclo.
Questo sistema a tre step connette due pool separati di CoA: quello citosolico e quello mitocondriale.
14.2.2 Ossidazione
L’ossidazione mitocondriale degli acidi grassi avviene in tre passaggi. Nel primo passaggio, la beta-
ossidazione, gli acidi subiscono una rimozione ossidativa ciclica di unità a due atomi di carbonio sotto
forma di acetil-CoA a partire dall’estremità carbossilica della catena. La formazione di ciascun acetil-
CoA prevede la rimozione di quattro atomi di idrogeno da parte di deidrogenasi dedicate. Nel secondo
passaggio i gruppi acetilici dell’acetil-CoA vengono ossidati a CO2 nel ciclo di Krebs. I primi due pas-
saggi dell’ossidazione producono NADH e F ADH2 che nel terzo passaggio donano elettroni alla catena
respiratoria mitocondriale attraverso cui arrivano all’ossigeno con fosforilazione accoppiata di ADP ad
ATP e conservazione dell’energia.
Beta ossidazione La beta ossidazione è compiuta grazie a quattro reazioni catalizzate da enzimi.
Nella prima reazione la deidrogenazione dell’acil-CoA produce un
doppio legame tra i carboni α e β (C-2 e C-3) generando un trans −
∆2 − enoil − CoA; il prefisso trans del prodotto di reazione indica il tipo
di doppio legame introdotto, da notare che negli acidi grassi insaturi il
legame è invece semrpe di tipo cis. Questo primo passaggio è cataliz-
zato dai tre isozimi dell’acil-CoA deidrogenasi, ciascuno specifico per un range di lunghezza della catena
lipidica; tutti e tre gli isozimi sono però flavoproteine a FAD ed è dunque a quest’ultimo che vengono
trasferiti gli elettroni con produzione di F ADH2 (quest’ultimo cederà immediatamente i suoi elettroni
a un carrier per la catena respiratoria mitocondriale che prende il nome di flavoproteina trasferente
elettroni ETF).
Nella seconda reazione del ciclo della beta ossidazione viene ag-
giunta acqua al doppio legame del trans − ∆2 − enoil − CoA formandone
lo stereoisomero L − β − idrossiacil − CoA. Questa reazione, cataliz-
zata dall’enzima enoil-CoA idratasi, è analoga all’aggiunta di acqua al
fumarato nel ciclo di Krebs.
Nel terzo passaggio della beta ossidazione l’L − β − idrossiacil − CoA
subisce deidrogenazione a formare β − chetoacil − CoA dall’azione del-
l’enzima β − idrossiacil − CoA deidrogenasi che sfrutta N AD+ come
accettore di elettroni. Questo enzima è assolutamente specifico per
76
lo stereoisomero L dell’idrossiacil-CoA. Il NADH formato in questa
reazione dona gli elettroni alla NADH deidrogenasi, un carrier della catena respiratoria.
Nella quarta ed ultima reazione della beta ossidazione, catalizzata dall’enzima tiolasi, si ha la com-
binazione del β − idrossiacil − CoA con una molecola di CoA libera e la conseguente separazione dei due
atomi di carbonio carbossiterminali sotto forma di acetil-CoA. La porzione di acido grasso rimanente a
seguito dell’ultimo passaggio è dunque una catena carboniosa più corta di due elementi:
In un singolo ciclo di beta ossidazione una molecola di acetil-CoA, due coppie di elettroni e quattro
protoni vengono rimosse da una catena di acil-CoA che risulterà più corta di due atomi di carbonio;
prendendo ad esempio il caso del palmitato, un acido grasso con sedici atomi di carbonio, il primo ciclo
ha come equazione
P almitoil − CoA + CoA + F AD+ + N AD+ + H2 O → M iristoil − CoA + acetil − CoA + F ADH2 + N ADH + H +
L’ossidazione viene ripetuta fino a rimanere con un solo acetil-CoA, quindi si può riassumere in
P almitoil − CoA + 7CoA + 7F AD+ + 7N AD+ + 7H2 O → 8acetil − CoA + 7F ADH2 + 7N ADH + 7H +
A partire da ogni molecola di F ADH2 vengono generate circa 1.5 molecole di ATP, mentre per og-
ni molecola di NADH circa 2.5: dalla beta ossidazione completa dell’acido grasso in esame verranno
prodotte dunque 28 molecole di ATP (prendendo in esame la sola ossidazione, le molecole di acetil-CoA
prodotte verrano poi ulteriormente elaborate nel ciclo di Krebs producendo altro ATP).
Il secondo enzima ausiliario, una reduttasi, è necessario quando si opera su grassi polinsaturi e
catalizza la seguente procedura
77
14.2.4 Ossidazione degli acidi grassi a catena dispari
Gli acidi grassi a catena dispari seguono la canonica via di ossidazione fino all’ultimo ciclo, dove il
substrato si trova ad essere uno scheletro carbonioso a cinque atomi di carbonio: quando questo viene
attaccato i prodotti sono acetil-CoA e propionil-CoA. Il propionil-CoA viene prima carbossilato a for-
mare metilmalonil-CoA grazie all’azione della propionil-CoA carbossilasi; la reazione di carbossilazione
richiede sia biotina che l’energia proveniente dalla rottura di una molecola di ATP. Il metilmalonil-CoA
inizialmente prodotto è lo stereoisomero D, che viene epimerizzato nello stereoisomero L ad opera del-
l’enzima metilmalonil-CoA epimerasi. L’ultimo passaggio è il riarrangiamento del L-metilmalonil-CoA
a formare succinil-CoA che è libero di entrare nel ciclo di Krebs: questa reazione è promossa dalla
metilmalonil-CoA mutasi che richiede un derivato della vitamina B12 per funzionare correttamente.
78
di questo coenzimadal succinil-CoA in una reazione catalizzata dall’enzima β − ketoacil − CoA trasferasi
(questo
enzima non esiste nel fegato, che quindi è solo produttore di corpi chetonici e non consumatore);
l’acetoacetil-CoA così creato viene spezzato dalla tiolasi per ottenere due acetil-CoA che entrano nel
ciclo di Krebs.
Dallo schema è evidente il significato della via dei corpi chetonici: uno shunt attraverso cui far fluire
l’acetil-CoA in modo da continuare l’ossidazione degli acidi grassi in ogni situazione.
79
15 Metabolismo degli aminoacidi
Indipendentemente dal motivo della demolizione, tutti gli aminoacidi vengono privati del loro gruppo
aminico per formare α − keto acidi che subiscono a loro volta ossidazione a CO2 e H2 O ma soprattutto
forniscono scheletri a tre e quattro atomi di carbonio perfetti per la gluconeogenesi. Gli aminoacidi
derivanti dalla dieta sono la sorgente della magior parte dei gruppi aminici. Parte dello ione ammo-
nio generato nel metabolismo epatico di queste molecole viene riciclato e usato nelle vie biosintetiche
mentre l’eccesso è escreto direttamente o sotto forma di urea; lo ione ammonio generato in tessuti
extraepatici viene direzionato al fegato sotto forma di gruppi aminici e convertito. Nel citosol degli epa-
tociti i gruppi aminici di quasi tutti gli aminoacidi vengono trasferiti all’α − ketoglutarato con formazione
di glutamato, libero di entrare nel mitocondrio e di cedere il gruppo formando N H4+ . L’N H4+ in eccesso
generato negli altri tessuti viene invece convertito nell’amide nitrato della glutamina che passa nel fe-
gato e nei mitocondri epatici. Glutamina e glutamato per via di questo ruolo metabolico sono presenti
in concentrazioni più alte di qualsiasi altro aminoacido in quasi tutti i tessuti.
80
via ematica a fegato, reni ed intestino dove viene ulteriormente elaborata; all’interno dei mitocondri
delle cellule di questi tessuti l’enzima glutaminasi converte la glutamina inglutamato e ione ammonio,
quest’ultimo diretto al fegato e da li alla sintesi dell’urea. Un ruolo speciale nel trasporto dell’ammo-
niaca è ricoperto dall’alanina, che è parte di una via definita ciclo glucosio alanina. Nel muscolo il
glutamato può essere sia convertito in glutamina che trasferire il suo gruppo aminico al piruvato grazie
all’azione dell’alanina transaminasi; l’alanina così formata passa nel sangue e raggiunge il fegato dove
lo stesso enzima trasferisce il gruppo aminico all’α-ketoglutarato producendo piruvato e glutammato.
Il carbamoil fosfato non è altro che un donatore attivato di gruppo carbamoile che può ora affrontare
i quattro step successivi. Innanzitutto il carbamoil fosfato dona il suo gruppo carbamoile (C − N H2 )
all’ornitina a formare citrullina con liberazione di Pi : l’ornitina nel ciclo dell’urea è quello che l’ossaloac-
etato è nel ciclo di Krebs, cioè un accettore di materiale per iniziare il ciclo. La reazione di trasferimento
tra carbamoil fosfato e ornitina è catalizzata dall’ornitina transcarbamoilasi e la citrullina così creata
abbandona il mitocondrio a favore del citosol.
Il secondo gruppo amminico entra nel ciclo dall’aspartato, generato nel mitocondrio per transam-
inazione e trasportato poi nel citosol: si ha una condensazione tra il gruppo dell’aspartato e il grup-
po carbonile della citrullina, con formazione di argininosuccinato in una reazione ATP dipendente
catalizzata dall’argininosuccinato sintetasi.
81
Al termine del ciclo di fatto l’unico metabolita rilasciato nel citosol dell’epatocita è l’urea.
I cicli dell’urea e di Krebs si incontrano in un punto molto importante definito shunt aspartato-
argininosuccinato ed è possibile costruire un grafico che mostra come questo collegamento avvenga:
82
Le venti diverse vie di degradazione, tante quanti gli aminoacidi di base, convergono a formare sola-
mente sei prodotti, tutti diretti al ciclo di Krebs per essere usati per la gluconeogenesi o la ketogenesi.
Sette aminoacidi vengonodegradati interamente o in parte ad acetoacetil-CoA e/o acetil-CoA (fenilalani-
na, tirosina, isoleucina, leucina, triptofano, treonina e lisina): queste molecole nel fegato possono essere
trasformate in corpi chetonici e pertanto vengono definite chetogeniche. Gli aminoacidi che invece ven-
gono degradati a piruvato, α-ketoglutarato, succinil-CoA, fumarato e/o ossaloacetato possono essere
convertiti in glucosio e glicogeno e pertanto sono definiti aminoacidi glucogenici. Cinque aminoacidi
(triptofano, fenilalanina, tirosina, treonina e isoleucina) sono sia chetogenici che glucogenici.
Cofattori nella degradazione Oltre alla già vista transaminazione, nelle degradazioni degli aminoaci-
di sono comuni anche i trasferimenti di un singolo atomo di carbonio che di solito includono uno di
questi tre cofattori:
• Biotina, che trasferisce CO2
• Tetraidrofolato
• S-adenosilmetionina
Il tetraidrofolato è una molecola composta da tre porzioni che nella sua forma ossidata, il folato, è una
vitamina: la conversione nella forma ridotta avviene in due step grazie all’enzima diidrofolato reduttasi.
Questo cofattore trasporta gruppi ad un atomo di carbonio che, in ognuno dei tre stati di ossidazione
possibili, vengono legati a N-5 o N-10:
Il passaggio di conversione da omocisteina a metionina è uno dei due soli eventi che richiedono la
vitamina B12: il secondo è la conversione da metilmalonil-CoA a succinil-CoA (→cfr. acidi grassi a
catena dispari).
83
Alanina L’alanina produce piruvato direttamente per transaminazione con l’α-ketoglutarato (→ cfr. via
del glucosio - alanina).
Triptofano Il triptofano attraverso quattro step viene convertito in alanina e dunque in piruvato
anch’esso.
Cisteina La cisteina viene convertita in piruvato in due passaggi: il primo rimuove l’atomo di zolfo, il
secondo è una transaminazione.
Serina La serina viene convertita a piruvato dalla serina deidratasi; sia il gruppo β-idrossilico che
quello α-amminico vengono rimossi in una singola reazione dipendente dal piridossal fosfato.
Glicina La glicina viene degradata in tre modi diversi di cui solo uno porta al piruvato. La via che
porta al piruvato prevede la conversione in serina grazie all’aggiunta di un gruppo idrossimetile
catalizzata dall’enzima serina idrossimetil trasferasi (che richiede tetraidrofolato e piridossal fos-
fato per funzionare). La seconda via prevede rottura ossidativa dell’aminoacido a dare CO2 , N H4+ e
un gruppo metilene che viene accettato dal tetraidrofolato. Nella terza via la glicina è conver-
tita a gliossilato che viene ossidato in una reazione NAD dipendente a ossalato (è il costituente
principale dei calcoli renali).
Treonina Due vie interessano la treonina: una porta a piruvato, l’altra a succinil-CoA. La via che
porta al piruvato prevede la conversione dell’aminoacido a glicina in due step, con una prima
conversione a 2-amino-3-chetobutirrato.
Leucina La leucina viene rielaborata dando come prodotti sia acetil-Coa che acetoacetato e quindi
indirettamente acetil-CoA per tramite dell’acetoacetil-CoA.
84
Isoleucina Parte dello scheletro carbonioso viene trasformato in propionil-CoA e da questo viene rica-
vato succinil-CoA mentre la rimanente porzione viene trasformata direttamente in acetil-CoA.
Lisina La lisina viene convertita in quattro step ad α-chetoadipato, un intermedio della via di degradazione
del triptofano, che a sua volta viene convertito in glutaril-CoA e in una serie di quattro ulteriori
passaggi porta alla formazione di acetoacetil-CoA.
Treonina La via secondaria della treonina produce una piccola quantità di acetil-CoA a partire dal
2-amino 3-chetobutirrato.
Prolina La struttura ciclica della prolina viene aperta per ossidazione del carbonio più distante dal
gruppo carbossile e viene così creata una base di Schiff che viene poi idrolizzata a creare una
struttura semialdeidica chiamata glutammato γ-semialdeide; questo intermedio viene ossidato a
livello dello stesso carbonio per produrre glutammato.
85
15.3.4 Aminoacidi degradati a succinil-CoA
Gli scheletri carboniosi di metionina, isoleucina, treonina e valina vengono degradati a dare succinil-
CoA.
Metionina La metionina cede il suo gruppo metile a vari accettori tramite SAM e tre dei sui quattro
carboni rimanenti vengono convertiti nel propionato del propionil-CoA, un precursore del succinil-
CoA.
Isoleucina Lo scheletro a cinque atomi di carbonio dell’isoleucina viene ossidato a dare acetil-CoA e
propionil-CoA.
Valina La valina subisce una serie di ossidazioni che la trasformano in propionil-CoA.
Treonina In due step viene convertita in propionil-CoA ed è questa la via primaria di manipolazione
della treonina.
86
16 Catena respiratoria e fosforilazione ossidativa
Tutti i processi ossidativi di degradazione di carboidrati, grassi e aminoacidi convergono in questo
stadio finale della respirazione cellulare in cui l’energia di ossidazione guida la sintesi di ATP. La fosfo-
rilazione ossidativa in breve implica la riduzione di O2 ad H2 O grazie agli elettroni donati dal NADH e
dal F ADH2 . La teoria che spiega il funzionamento di questo processo prende il nome di teoria chemios-
motica e prevede che l’energia estratta dalle ossidazioni venga immagazzinata sotto forma di differenti
concentrazioni protoniche transmembrana; questa teoria rispecchia il fatto che la membrana interna
del mitocondrio non è attraversabile se non attraverso un trasportatore e quindi i protoni sono confinati
nella loro sede, sia essa interna o esterna.
Gli elettroni che fanno iniziare il processo di fosforilazione arrivano dall’azione delle varie deidroge-
nasi che li porta a convergere verso accettori universali a NAD secondo reazioni standard:
SubstratoRidotto + N AD+
SubstratoOssidato + N ADH + H +
SubstratoRidotto + N ADP +
SubstratoOssidato + N ADP H + H +
Quasi tutte le deidrogenasi sono specifiche per il NAD e rimuovono due idrogeni dal substrato, di cui
uno finisce libero come H + e uno si lega sotto forma di ione : H − . Il NADPH solitamente ha la funzione
di fornire elettroni nelle reazioni anaboliche e in generale la cellula mantiene pool separati di NADH e
NADPH con diversi potenziali redox. Il secondo tipo di accettori universali per elettroni è quello delle
flavoproteine che contengono un flavonucleotide, il FAD, saldamente legato e che possono accettare
sia un singolo elettrone (generando un semichinone) che una coppia (generando F ADH2 ); per via della
capacità di accettare uno o due elettroni le flavoproteine vengono sfruttate nelle reazioni in cui vengono
donati due elettroni ma ne viene accettato solo uno.
La catena respiratoria mitocondriale consiste in una serie di carrier di elettroni, quasi tutti proteine
integrali con gruppi prostetici in grado di donare o accettare uno o due elettroni. I trasferimenti di
elettroni avvengono in tre forme:
• Trasferimento di elettroni, ad esempio nella riduzione da F e+++ a F e++
• Trasferimento di un atomo di idrogeno (H + + e− )
• Trasferimento di uno ione idruro : H − che porta due elettroni
In aiuto di NAD e flavoproteine nella catena respiratoria intervengono altri tre carrier di elettroni:l’ubiquinone,
i citocromi e le proteine ferro-zolfo. L’ubiquinone (o coenzima Q o Q semplicemente) è un benzochinone
liposolubile con una lunga catena isoprenica laterale e può accettare un singolo elettrone diventan-
do un semichinone radicalico . QH oppure due diventando ubiquinolo QH2 .L’ubiquinone è una strut-
tura piccola e idrofobica e pertanto diffonde liberamente tra il doppio strato lipidico della membrana
mitocondriale esterna e può agire da shuttle di equivalenti riducenti tra gli altri carrier meno mobili.
I citocromi sono proteine contenenti gruppi prostetici EME legati al ferro. I mitocondri contengono
tre diverse classi di citocromi, chiamate “a”, “b” e “c”; a distinguere le varie classi è il cofattore EME
che nelle classi “a” e “b” è legato saldamente ma in modo non covalente mentre nella classe c ha
legami covalenti. I citocromi “a” e “b” sono proteine integrali della membrana mitocondriale interna
mentre i citocromi “c” sono proteine solubili associate per via elettrostatica alla superficie esterna della
membrana interna.
Nelle proteine ferro-zolfo il ferro è presente non in un gruppo EME ma in associazione ad atomi di
zolfo inorganico o a zolfo legato a residui di cisteina (o entrambe le tipologie). I centri ferro-zolfo possono
essere della tipologia più semplice cioè un atomo di ferro legato a quattro di zolfo, oppure strutture più
complesse come la “2Fe-2S” o la “4Fe-4S”:
87
Nel processo totale catalizzato dalla catena respiratoria mitocondriale gli elettroni passano dal NADH
o da altri donatori a flavoproteine, ubiquinone, proteine ferro-zolfo, citocromi e infine a O2 dove termina
la catena.
88
Il passaggio degli elettroni e dei protoni attraverso il complesso III è stato definito ciclo Q, la cui
reazione redox netta e:
+ 1 + +
N ADH + 11HM atrice + O2 → N AD + 10HIntermembrana + H2 O
2
La disparità e la separazione di cariche rappresenta una conservazione temporanea dell’energia dei
trasferimenti elettronici e prende il nome di forza protonica: sarà questa forza a guidare la sintesi
dell’ATP.
89
Il complesso dell’ATP sintetasi conta due proteine, Fo e F1 .
Fo crea fondamentalmente il poro attraverso il quale i protoni accumulati dal lato della matrice ritor-
nano nello spazio intermembrana secondo gradiente. Una sua piccola porzione composta dalle due
subunità b, è associata alla proteina F1 (in particolare alla porzione δ) e la tiene saldamente ancorata
alla membrana.
F1 è una struttura complessa composta da nove subunità di cinque tipi diversi secondo la composizione
α3 β3 γδ; Le subunità e γ rappresentano il raccordo di F1 con Fo e formano un cilindro attorno al quale
le subunità α e β si associano alternandosi: quando il flusso di protoni attraversa Fo questa ruota
insieme al cilindro che vi è associato e causa cambiamenti conformazionali a livello di α e β , che si
presentano dunque in due forme, una catalitica e una rilasciante le neomolecole di ATP.
90
17 Biosintesi dei lipidi
17.1 Biosintesi degli acidi grassi
Il processo di biosintesi degli acidi grassi non è semplicemente l’inverso della degradazione ma prevede
la partecipazione di un intermedio a tre atomi di carbonio, il malonil-CoA che non è presente nel
processo di degradazione. La formazione del malonil-CoA a partire dall’acetil-CoA è un processo irre-
versibile catalizzato dall’enzima acetil-CoA carbossilasi e prevede tre attività che negli animali vengono
svolte da un unico polipeptide multifunzionale. L’enzima contiene biotina come gruppo prostetico lega-
to covalentemente a un residuo di lisina; i due passaggi sono simili alle reazioni che coinvolgono la
biotina:
• Un gruppo carbossile derivante d al bicarbonato viene prima trasferito sulla biotina in una reazione
ATP dipendente
• Il gruppo biotinile viene usato come carrier temporaneo di CO2 per poi trasferire il gruppo sull’acetil-
CoA a dare malonil-CoA
In tutti gli organismi la sintesi delle catene degli acidi grassi avviene per ripetizione degli stessi quattro
passaggi catalizzati da un sistema enzimatico chiamato genericamente acido grasso sintasi; ad ogni
ciclo di quattro step la catena dell’acido grasso nascente viene allungata di due atomi di carbonio.
Nella reazione di sintesi sia il cofattore trasportante gli elettroni che i gruppi attivatori sono diversi da
quelli usati nella degradazione: nella β-ossidazione engono usati N AD+ e FAD e il gruppo attivante è
-SH sul coenzima A, mentre nella sintesi l’agente riducente è il NADPH ei gruppi attivanti sono due
gruppi -SH legati ad enzimi.
Esistono due acido grasso sintasi, il tipo I (FAS-I) per gli animali e il tipo II (FAS-II) per piante e
batteri. Il tipo I, che è il prototipo e si trova esclusivamente nel citosol, presenta sette siti attivi separati
per differenti reazioni: funzionano infatti come enzimi distinti ma collegati. I sette enzimi della FAS
sono:
1. KS: β-chetoacil-ACP sintasi
91
Step 1: condensazione Nella prima reazione si ha la con-
densazione tra il gruppo acetile e il gruppo malonile prece-
dentemente caricati per formare acetoacetil-ACP con pro-
duzione simultanea di una molecola di CO2 . In questa
reazione, catalizzata dall’enzima β-chetoacil-ACP sintasi, è
il gruppo acetile legato a Cys-SH a essere trasferito al grup-
po malonile già legato ad ACP diventando così l’unità metil terminale a due carboni del nuovo gruppo
acetoacetile. L’atomo di carbonio rimosso in questa reazione sotto forma di CO2 è lo stesso che era stato
introdotto nel malonil-CoA a partire dal bicarbonato per azione della acetil-CoA carbossilasi (tramite
la biotina). La ragione di questa aggiunta e rimozione è termodinamica: poichè nella β-ossidazione
la rottura di un legame tra due gruppi acili è altamente esoergonica, il processo inverso è altamente
endoergonico e quindi sfavorito. Il C-2 del malonile è posto tra carbonile e carbossile ed è in un’ottima
posizione per agire da nucleofilo.
Reazione complessiva Nel considerare il processo totale di produzione di una molecola di palmitato
è possibile semplificare la reazione in due passaggi. Il primo passaggio è la formazione di sette molecole
di malonil-CoA:
Acetil − CoA + 7M alonil − CoA + 14N ADP H + 14H + → P almitato + 8CoA + 7ADP + 7Pi + 14N ADP + + 6H2 O
8Acetil − CoA + 7AT P + 14N ADP H + 14H + → P almitato + 8CoA + 7ADP + 7Pi + 1N ADP + + 6H2 O
92
Fornitura dell’acetil-CoA Il processo di biosintesi degli acidi grassi avviene esclusivamente nel citosol,
mentre la formazione dell’acetil-CoA per ossidazione del piruvato avviene praticamente solo nei mito-
condri la cui membrana è impermeabile a questa molecola: è quindi necessario introdurre un carrier
che possa trasportare fuori l’acetil-CoA necessario alle biosintesi.
L’acetil-CoA mitocondriale reagisce prima con l’ossaloacetato per formare citrato (primo passo del
ciclo di Krebs), quest’ultimo possiede poi un trasportatore che lo porta nel citosol. Nel citosol il citrato
viene attaccato dalla citrato liasi che produce acetil-CoA e ossaloacetato in una reazione ATP dipen-
dente: è questa la fonte di acetil-CoA per la sintesi degli acidi grassi. L’ossaloacetato prodotto non
può rientrare nel mitocondrio autonomamente (era lo stesso problema della gluconeoneogenesi) ma
deve essere prima convertito a malato dalla malato deidrogenasi citosolica; il malato prodotto può sia
rientrare nel mitocondrio attraverso un trasportatore dedicato sia essere substrato per l’enzima malico
e produrre grandi quantità di NADPH (è questa la via principale di produzione di NADPH, l’altra è la via
dei pentosi fosfati). Il ciclo di fornitura di acetil-CoA risulta dunque in una spesa di due ATP (citrato
liasi e piruvato carbossilasi) per ogni molecola fornita alla sintesi degli acidi grassi.
17.1.4 Eicosanoidi
Gli eicosanoidi sono molecole di segnalazione molto potenti che agiscono come messaggeri a corto
raggio.
In presenza di stimolo ormonale la fosfolipasi A2 presente in quasi ogni cellula di mammifero attac-
ca i fosfolipidi di membrana rilasciando acido arachidonico dal carbonio centrale del glicerolo. Enzimi
93
presenti sul reticolo endoplasmatico liscio convertono l’acido arachidonico a prostaglandine iniziando
con la formazione della prostaglandina H2 (P GH2 ) che è il precursore di prostaglandine e trombossani.
Le due reazioni che portano alla formazione di P GH2 sono catalizzate da un enzima bifunzionale detto
cicloossigenasi (COX) o prostaglandina H2 sintetasi: nella prima reazione l’arachidonato viene conver-
tito in P GG2 , nella seconda si ha la conversione da P GG2 a P GH2 . I mammiferi possiedono due COX:
COX-1 e COX-2; il primo isozima sintetizza le prostaglandine che regolano la secrezione gastrica di
mucina, il secondo quelle che mediano infiammazione, dolore e febbre.
L’enzima trombossano sintasi, presente nelle piastrine, converte P GH2 in trombossano A2 da cui
tutti gli altri trombossani derivano a loro volta: queste molecole inducono vasocostrizione e aggregazione
piastrinica, le prime fasi della coagulazione.
Gli ormoni facenti parte della famiglia degli eicosanoidi hanno grande importanza medica, soprattutto
per quanto riguarda le prostaglandine. Un’applicazione molto comune è l’inibizione dell’attività di COX-
2 da parte dell’aspirina, che allevia così i sintomi di febbre e infiammazione per mancata produzione
delle prostaglandine di riferimento. Sempre le prostaglandine inducono contrazione della muscolatura
liscia e dell’utero e possono essere usate a scopo medico nell’induzione del parto. I trombossani sono
importanti regolatori della funzione piastrinica e dunque della cascata coagulativa: la riduzione della
loro formazione tramite l’uso di piccole quantità quotidiane di aspirina è alla base della terapia dei
restringimenti coronarici.
94
La gliceroneogenesi è una versione accorciata della gluconeogenesi che dal piruvato produce di-
idrossiaceton fosfato prima e lo converte in glicerolo 3-fosfato poi grazie all’azione della glicerolo 3-
fosfato deidrogenasi. Questo processo ha più di una funzione. Nel tessuto adiposo la gliceroneogenesi
è abbinata alla reesterificazione degli acidi grassi liberi e controlla il tasso di rilascio di questi ultimi
nel sangue: in individui malnutriti la gliceroneogenesi nel solo fegato supporta la sintesi di abbastanza
glicerolo 3-fosfato da contare per il 65% del totale.
• Attaccamento degli acidi grassi allo scheletro attraverso un legame esterico o amidico
• Aggiunta di una testa idrofilica allo scheletro tramite un legame fosfodiesterico
• Eventualmente manipolazione della testa per dare il fosfolipide finale
95
Negli eucarioti alcuni passag-
gi sono leggermente diversi nel
senso che la cardiolipina viene
sintetizzata per condensazione
tra fosfatidil glicerolo e CDP-
diacilglicerolo. Nei mammiferi
anche la sintesi della fosfatidil-
serina è diversa da quella batter-
ica in quanto deriva dalla fosfa-
tidiletanolammina o dalla fosfatidilcolina attraverso uno scambio di gruppi polari nel reticolo endo-
plasmatico; la sintesi dei precursori a sua volta avviene secondo la strategia 2 (attivazione del gruppo
polare e non del diacilglicerolo).
17.3.2 Sfingolipidi
La biosintesi degli sfingolipidi prevede quattro step:
96
• Sintesi della sfinganina, un ammina a 18 atomidicarbonio, a partire da palmitoil-CoA e serina
• Attacco di un acido grasso con legame di tipo ammide a dare N-acilsfinganina
• Desaturazione a formare N-acilsfingosina
• Attacco della testa polare a dare lo sfingolipide, ad esempio la sfingomielina
97
Step 1: sintesi del mevalonato In questo step due molecole di acetil-CoA vengono condensate a
formare acetoacetil-CoA che viene fatto condensare a sua volta con una terza molecola di acetil-CoA
a dare l’intermedio a sei atomi di carbonio β − idrossil − β − metilglutaril − CoA in sigla HMG-CoA
(→ cfr. corpi chetonici). Questi primi due passaggi sono catalizzati dall’enzima tiolasi e HMG-CoA
sintetasi (questo enzima citosolico è diverso da quello mitocondriale che catalizza la sintesi nel processo
di formazione dei corpi chetonici) rispettivamente. La terza reazione è la riduzione di HMG-CoA a
mevalonato in cui due molecole di NADPH donano due elettroni. L’enzima HMG-CoA reduttasi è un
punto importante di regolazione della via del colesterolo.
Step 2: conversione in isoprene In questo step tre gruppi fosfato vengono trasferiti da tre diversi
ATP al mevalonato: uno viene attaccato all’OH in C3, gli altri due all’OH in C-5 come pirofosfato. Il
fosfato attaccato all’idrossile in C-3 (nell’intermedio 3-fosfo 5- pirofosfomevalonato) è un buon gruppo
uscente e la sua dipartita insieme al carbossile terminale produce un doppio legame nel prodotto
∆3 − isopentenil − pirof osf ato: è questo il primo dei due isopreni attivati. L’isomerizzazione del ∆3 −
isopentenil − pirof osf ato produce il secondo isoprene attivato, chiamato dimetilallil-pirofosfato.
Step 3: formazione dello squalene ∆3 − isopentenil − pirof osf ato e dimetilallil pirofosfato nel terzo
step subiscono una condensazione testa coda in cui un pirofosfato viene rimosso e una catena di dieci
atomi di carbonoio, il geranil pirofosfato, viene formata. Il geranil pirofosfato subisce una seconda
condensazione conisopentenile pirofosfato a dare l’intermedio a quindici carboni farnesil-pirofosfato.
Nell’ultimo passaggio due molecole di farnesil pirofosfato vengono unite testa a testa a dare lo squalene.
Step 4: creazione del nucleo steroideo L’azione dell’enzima squalene monoossigenasi aggiunge un
atomo di ossigeno preso da O2 ad un’estremità dello squalene formando un epossido che prende il
nome di squalene 2,3 epossido; i doppi legami dell’epossido sono posizionati in modo da poter passare
da una struttura lineare ad una ciclica che negli animali prende il nome di lanosterolo. Il lanosterolo
in una serie di almeno venti reazioni viene poi convertito nel prodotto finale che è il colesterolo.
98
99
18 Biosintesi degli aminoacidi non essenziali
Gli aminoacidi possono essere suddivisi in due categorie: non essenziali, cioè non indispensabili nella
dieta, ed essenziali, cioè non sintetizzabili dall’organismo e da introdurre necessariamente tramite
l’alimentazione. Per organizzare le vie biosintetiche per gli aminoacidi è utile dividere gli aminoacidi
non essenziali in sei famiglie in base al precursore dal quale originano:
Prolina la prolina è un derivato ciclico del glutammato. Nel primo step l’ATP reagisce con il gruppo γ-
carbossile del glutammato a dare un acil fosfato che viene poi ridotto da NAD(P)H a dare glutamato
γ-semialdeide; la semialdeide va incontro a rapida e spontanea ciclizzazione e con una successiva
riduzione si raggiunge la configurazione della prolina.
100
Arginina nei mammiferi l’arginasi, un enzima del ciclo dell’urea, converte arginina ad ornitina ed urea.
L’ornitina viene convertita a glutammato γ-semialdeide dall’enzima ornitina δ-amminotrasferasi
e ciclizza poi spontaneamente a ∆1 -pirrolina-5-carbossilato che viene poi converita in prolina.
Quando l’arginina assunta con la dieta è insufficiente l’ornitina amminotrasferasi spinge in di-
rezione della formazione di ornitina che verrà poi convertita in citrullina ed arginina nel ciclo
dell’urea.
Glicina La serina a tre atomi di carbonio è il precursore della glicina a due atomi di carbonio attraver-
so la rimozione di un carbonio da parte dell’enzima serina idrossimetiltrasferasi che lo sposta sul
tetraidrofolato. La reazione complessiva, peraltro reversibile, richiede anche la presenza di piri-
dossal fosfato. Esclusivamente nel fegato la glicina può pure essere prodotta tramite la reazione
promossa dall’enzima glicina sintasi.
101
Cisteina La cisteina viene prodotta nei mammiferi a partire da altri aminoacidi: la metionina fornisce
l’atomo di zolfo mentre la serina lo scheletro carbonioso. La metionina viene prima convertita in
S-adenosilmetionina che può donare il suo gruppo metile formando così la S-adenosilomocisteina;
la S-adenosilomocisteina viene idrolizzata a dare omocisteina libera che può reagire con la serina
in una reazione catalizzata dall’enzima cistationina β-sintasi che produce cistationina. Nell’ultimo
passaggio la cistationina γ-liasi catalizza la rimozione dell’amoniaca e la rottura della cistationina
a dare cisteina libera.
Aspartato l’aspartato viene sintetizzato a partire dall’ossaloacetato per transaminazione dal glutam-
mato
Asparagina l’asparagina viene sintetizzata per amidazione dell’aspartato grazie al dono di N H4+ da
parte della glutammina
102
19 Biosintesi dell’EME
La biosintesi dell’EME inzia con la biosintesi delle porfirine, molecole per
le quali la glicina è un importante precursore. Le porfirine sono costru-
ite a partire da quattro molecole di porfobilinogeno a loro volta derivate
ciascuna da due molecole di δ-aminolevulinato. Esistono due vie maggiori
di produzione dell’δ-aminolevulinato; nell’uomo questo viene prodotto in
due passaggi: nel primo glicina e succinil-CoA reagiscono a formare α-
ammino,β-chetoadipato, nel secondo questa molecola viene decarbossilata
a produrre l’δ-aminolevulinato. In tutti gli organismi una coppia di molecole
di aminolevulinato reagisce a formare porfobilinogeno il quale in una serie
complessa di reazioni si associa ad altre tre molecole analoghe a formare
la protoporfirina. Una volta assemblata la protoporfirina un atomo di ferro viene incorporato grazie
all’azione dell’enzima ferrochelatasi. Difetti genetici nel set enzimatico che porta alla formazione delle
protoporfirine sono alla base del gruppo di malattie dette porfirie.
A seguito della morte dei globuli rossi avviene il rilascio di emoglobina e quindi di gruppo EME che
deve essere degradato a dare F e++ libero e bilirubina. Il primo step della degradazione è catalizzato
dall’enzima EME ossigenasi e converte l’EME in biliverdina, una struttura lineare, producendo F e++ e
CO. La biliverdina viene convertita in bilirubina dall’azione della biliverdina reduttasi; la bilirubina è
totalmente insolubile e viene trasportata nel sangue legata all’albumina. Una volta giunta nel fegato
viene trasformata nel pigmento biliare bilirubin diglucuronide che è sufficientemente solubile da es-
sere secreto insieme ad altri componenti nella bile che viene svuotata nell’intestino tenue. All’interno
dell’intestino tenue enzimi di origine microbica convertono questa molecola in altri prodotti, soprat-
tutto urobilinogeno che viene riassorbito e trasportato per via ematica al rene dove viene convertito in
urobilina, il composto che fornisce colorazione giallastra alle urine.
103
20 Biosintesi dei principali neurotrasmettitori
I principali neurotrasmettitori derivano da tre aminoacidi: tirosina, glutammato e triptofano. A partire
dalla tirosina è possibile ottenere dopamina, norepinefrina ed epinefrina, tutte molecole facenti parte
della classe delle catecolammine. Dal glutammato per decarbossilazione è possibile ottenere l’acido
gamma ammino butirrato (GABA) mentre la serotina è un derivato del triptofano.
Biosintesi del GABA La sintesi del GABA è una semplice reazione ad un solo passaggio catalizzata
dall’enzima glutammato decarbossilasi:
Biosintesi della serotonina La sintesi avviene a partire dal triptofano in due passaggi, il primo
catalizzato dalla triptofano idrolasi, il secondo da una decarbossilasi:
104
21 Biosintesi e degradazione dei nucleotidi
21.1 Sintesi
Esistono due vie per arrivare ai nucleotidi: la sintesi ex novo ed il riciclo. La sintesi ex novo inizia con
precursori metabolici quali aminoacidi, ribosio 5-fosfato, CO2 e N H3 mentre il riciclo sfurutta le basi e
i nucleosidi rilasciati durante il breakdown degli acidi nucleici.
La sintesi ex novo è uguale in tutti gli organismi viventi e non prevede come intermedi le basi libere,
cioè non si ha un meccanismo di sintesi delle basi con seguente attacco al ribosio: gli anelli vengono
invece costruiti uno o due atomi alla volta per le purine o sotto forma di orotato per le pirimidine.
Parecchi precursori sono condivisi dalle vie di sintesi per purine e pirimidine di cui uno fondamen-
tale è il fosforibosil pirofosfato (PRPP); un aminoacido per ciascuno tipo di base è inoltre precursore
fondamentale: glicina per le purine ed aspartato per le pirimidine.
Arrivati alla costruzione dell’anello imidazolico tre dei sei atomi necessari al seondo anello sono già
in posizione. A questo punto si ha carbosilazione diretta grazie all’enzima AIR carbossilasi; l’aspartato
dona ora il suo gruppo amminico in due step mentre l’ultimo carbonio è dato dall’N 10 -formiltetraidrofolato:
il primo intermedio con un anello purinico completo è l’inosinato (IMP).
105
trasferimento di un gruppo amminico derivante dalla glutammina a formare guanilato con spesa di un
ATP.
Controllo della sintesi purinica Il controllo della sintesi purinica si basa su meccanismi a feedback
relativi ai prodotti delle varie reazioni preparatorie. Un passaggio di regolazione è unico per le purine ed
è quello della formazione della 5-fosforibosilammina a partire da PRPP con catalisi della glutammina-
PRPP amidotrasferasi: questo enzima viene inibito da IMP, AMP e GMP. Gli altri shunt di controllo sono
nello schema.
Queste prime tre reazioni vengono catalizzate da enzimi che fanno parte di una singola proteina
trifunzionale che prende l’acronimo di CAD. A questo punto l’L-diidroorotato viene ossidato a orotato in
una reazione in cui N AD+ è l’accettore di elettroni grazie alla catalisi della diidroorotatodeidrogenasi.
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Una volta formato l’orotato il ribosio 5’fosfato, fornito sotto forma di PRPP, viene attaccato a dare
uridilato (o uridina 5’monofosfato o UMP), che viene poi fosforilato a formare UTP. CTP viene formato
a partire da UTP per azione della citidilato sintetasi in cui solitamente la glutammina dona un gruppo
azotato.
Controllo della sintesi pirimidinica Il controllo (nei batteri) avviene soprattutto a livello del primo
passaggio della sintesi, cioè sull’attività dell’enzima aspartato transcarbamoilasi, che viene inibito da
CTP.
AT P + AM P
2ADP
L’ADP formato in questa reazione viene poi fosforilato ad ATP dagli enzimi glicolitici o attraverso la
fosforilazione ossidativa. L’ATP promuove anche la formazione di altri nucleosidi difosfati in una classe
di reazioni catalizzate da enzimi chiamati nucleoside monofosfato chinasi; la reazione generica è:
AT P + N M P
ADP + N DP
I nucleosidi difosfati vengono convertiti in trifosfati da parte di un enzima ubiquitario, la nucleoside
difosfato chinasi, che catalizza la reazione
N T Pdonatore + N DPaccettore
N DPdonatore + N T Paccettore
L’enzima non è specifico per purine/pirimidine o per ribosio/desossiribosio anche se N T Pdonatore è
quasi sempre ATP per via della sua concentrazione sempre alta nella cellula.
107
Il DNA contiene la timina invece dell’uracile e la sintesi di questa base azotata coinvolge sola-
mente desossiribonucleotidi. Il precursore del timidilato (dTMP) è il dUMP; la conversione da dUMP a
dTMP è catalizzata dall’enzima timidilato sintasi. Un’unità monocarboniosa idrossimetilica (−CH2 OH)
viene trasferita da N 5 , N 10 -metilentetraidrofolato al dUMP e ridotta poi a un gruppo metile a spese del
tetraidrofolato che viene ossidato a diidrofolato. Il diidrofolato formato in questa reazione viene ridotto a
tetraidrofolato dall’enzima diidrofolato reduttasi e questa rigenerazione è essenziale per tutti i processi
che richiedono il tetraidrofolato.
21.2 Degradazione
21.2.1 Degradazione purinica
La degradazione delle purine prevede la perdita del fosfato attraverso l’azione della 5’ nucleotidasi.
L’adenilato produce così adenosina che viene deaminata a dare inosina dall’enzima adenosina deami-
nasi. L’inosina viene a questo punto idrolizzata a ipoxantina, la sua base purinica, e D-ribosio. L’ipox-
antina subisce gli ultimi due passaggi del ciclo: il primo è l’idrolisi a formare xantina, il secondo è
l’ossidazione ad acido urico promossa dalla xantina ossidasi.
GMP produce ugualmente acido urico come prodotto finale di degradazione. Si ha una prima idrolisi
a guanosina che viene poi spezzata per dare guanina libera. La guanina ottenuta subisce rimozione
idrolitica della sua ammina a dare xantina, che segue poi gli stessi passi della degradazione dell’AMP.
In quasi tutti i mammiferi l’acido urico prodotto in questo modo viene ulteriormente degradato ad
allantoina dall’azione dell’urato ossidasi.
108
21.2.2 Degradazione pirimidinica
La degradazione delle pirimidine porta alla formazione di N H4+ e quindi alla sintesi di urea. La timina
per esempio è degredata a metilmalonilsemialdeide che è un intermedio del catabolismo della valina e
viene degradata ulteriormente attraverso il propionil-CoA e il metilmalonil-CoA a succinil-CoA.
21.3 Riciclo
Durante il metabolismo dei nucleotidi vengono costantemente rilasciate purine e pirimidine libere nella
cellula. Le purine libere vengono per la gran parte riciclate e riutilizzare per nuovi nucleotidi in una via
molto più semplice della sintes ex-novo; un singolo passaggio catalizzato dall’adenosina fosforibosil-
trasferasi porta alla reazione dell’adenina libera con PRPP a dare il corrispondente nucleotide:
Adenina + P RP P → AM P + P Pi
Gunanina e ipoxantina vengono riciclate nello stesso identico modo da due enzimi che portano il
loro nome, cioè l’ipoxantina e la guanina fosforibosiltrasferasi.
Un processo di riciclo simile esiste per le pirimidine nei microorganismi e probabilmente anche nei
mammiferi.
109
22 Metabolismo tessuto specifico
22.1 Fegato
Il fegato gioca un ruolo di primo piano nel metabolismo in quanto rifornisce tutti gli altri organi e
tessuti di un appropriato mix di nutrienti per via ematica. Durante la digestione le tre principali classi
di nutrienti, cioè carboidrati, grassi e proteine, subiscono idrolisi dando i loro componenti di base
come prodotto. Molti degli acidi grassi e dei monogliceridi vengono riassemblati nelle cellule epiteliali
intestinali come trigliceridi. Molti degli zuccheri e degli amminoacidi e dei trigliceridi passano poi nei
capillari dirigendosi al fegato (parte dei trigliceridi si dirige invece al tessuto adiposo) attraverso la vena
porta. All’interno del fegato gli epatociti trasformano i nutrienti in carburanti e precursori per gli altri
tessuti e li esportano per via ematica. L’adattabilità del fegato ai nutrienti in arrivo è enorme: i set
enzimatici epatici hanno un turnover tra le cinque e le dieci volte maggiore di quello di qualsiasi altro
tessuto.
22.1.1 Zuccheri
Gli zuccheri vengono trasportati all’interno dell’epatocita da GLUT2, un trasportatore talmente effi-
ciente da garantire che all’interno della cellula la concentrazione di glucosio sia praticamente quella
ematica. Il glucosio viene poi fosforilato dall’esochinasi IV a glucosio 6-fosfato, e questo isozima è l’uni-
co a non essere inibito dal suo stesso prodotto e può quindi operare praticamente sempre; l’esochinasi
IV ha inoltre una Km molto più alta degli altri isozimi e questo garantisce che alte concentrazioni di
glucosio ematico non vadano a minarne la funzionalità. Un risvolto della alta Km di esochinasi IV si
ha a basse concentrazioni di glucosio: il fegato non cattura più glucosio, risparmiandolo per tessuti
meno adattabili, nervoso in primis. Il destino del glucosio 6-fosfato è piuttosto vario in quanto esistono
parecchie vie epatiche di utilizzo:
• Il glucosio 6-fosfato può essere defosforilato dalla glucosio 6-fosfatasi a dare glucosio libero per
ripristinare la concentrazione ottimale di glucosio nel sangue.
• Il glucosio 6-fosfato può essere convertito a glicogeno.
• Il glucosio 6-fosfato può entrare nella glicolisi e, dopo la reazione della piruvato deidrogenasi,
l’acetil-CoA può essere ossidato nel ciclo di Krebs per produrre energia.
• L’acetil-CoA può essere usato come precursore degli acidi grassi che verranno incorporati in
trigliceridi, fosfolipidi e colesterolo
• Il glucosio 6-fosfato può entrare nella via dei pentosi producendo sia potere riducente (NADPH)
che D-ribosio-5-fosfato per la sintesi dei nucleotidi
22.1.2 Aminoacidi
Gli aminoacidi che entrano nel fegato hanno moltissime vie di metabolizzazione.
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• Sintesi proteica:il fegato rinnova costantemente le sue stesse proteine e buona parte delle proteine
plasmatiche
• Trasmissione ad altri organi per la sintesi proteica tessuto specifica
• Sintesi di nucleotidi, ormoni e composti azotati
22.1.3 Lipidi
Gli acidi grassi che costituiscono i lipidi in ingresso negli epatociti hanno vari destini:
• alcuni vengono convertiti a lipidi epatici
• la maggior parte rappresenta il carburante principale per le ossidazioni nel fegato: la porzione
ossidata diventerà poi NADH o acetil-CoA
• la porzione trasformata in acetil-CoA viene ossidata ulteriormente nel ciclo di Krebs per in defini-
tiva produrre ATP
• l’eccesso di acetil-CoA viene convertito in corpi chetonici
• una piccola porzione viene usata per sintetizzare colesterolo
• si ha conversione a fosfolipidi e trigliceridi per le proteine del sangue che portano i grassi al tessuto
adiposo
• una quantità di acidi grassi liberi viene legata all’albumina e portata a cuore e muscolatura dove
produrrà energia
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22.2 Tessuto adiposo
Esistono due distinte tipologie di tessuto adiposo: bianco e bruno. Il tessuto adiposo bianco è il
più abbondante e composto da adipociti di grande diametro completamente riempiti da un singolo
trigliceride che costituisce il 65% in massa della cellula. Nell’uomo adulto il tessuto adiposo bianco
costituisce circa il 15% della massa corporea.
L’adipocita è una cellula che come tutte le altre conduce glicolisi, ossida il piruvato e gli acidi grassi
nel ciclo di Krebs, conduce fosforilazione ossidativa ed è in grado di adattarsi velocemente a stimoli
ormonali. Quando si hanno periodi di grande assunzione di carboidrati il tessuto adiposo è in grado di
convertire il glucosio (via piruvato e acetil-CoA) in acidi grassi per poi convertirli in trigliceridi e stoccarli
sotto forma di globuli di grasso; anche se esiste questa capacità è da sottolineare che comunque la
maggior parte della sintesi di grasso avviene grazie al fegato. Quando la richiesta di energia aumenta
le lipasi degli adipociti idrolizzano i trigliceridi accumulati che possono dunque sfruttare la circolazione
per raggiungere cuore e muscoli. La liberazione degli acidi grassi è fortemente velocizzata dall’epinefrina
che stimola la fosforilazione cAMP dipendente delle perilipine e fornisce dunque un accesso ormone-
dipendente alle lipasi. L’insulina si occupa di bilanciare gli effetti dell’epinefrina rallentando l’attività
delle lipasi.
Il breakdown e la sintesi dei trigliceridi costituiscono un ciclo tra loro: fino al 70% degli acidi grassi
liberati vengono riesterificati dagli adipociti riformando i trigliceridi di partenza. Questo tipo di ciclo
consente una regolazione più fine della velocità e del flusso degli intermedi in una via bidirezionale. Nel
tessuto adiposo il glicerolo liberato dalla lipasi non può essere riutilizzato per la sintesi dei trigliceridi
perchè gli adipociti non possiedono la glicerolo chinasi: il glicerolo fosfato è infatto prodotto a partire
dal piruvato nella gliceroneogenesi. (→ cfr. 17.2)
Il tessuto adiposo bruno ha funzione termogenica e termoregolatrice nei vertebrati minori e negli
animali in letargo ma nell’uomo adulto non è presente anche se gli adipociti bruni rimangono sparsi
all’interno del tessuto adiposo bianco. In fase fetale e postnatale esiste una piccola quantità di tessuto
adiposo bruno, circa l’1% in massa, con funzione di protezione dallo shock termico degli organi vitali
ma questa tende a sparire in poche settimane.
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dall’adipe e i corpi chetonici derivanti dal fegato e li ossida e degrada ad acetil-CoA che entra nel
ciclo di Krebs. Il muscolo in fase di moderata attività usa il glucosio ematico in aggiunta a acidi
grassi e chetoni: il glucosio è fosforilato, passa per la glicolisi, viene indirizzato nel ciclo di Krebs e
poi sfruttato per la fosforilazione ossidativa. Il muscolo in tensione massima ha una domanda di ATP
tanto grande da rendere insufficiente l’apporto in arrivo dal sangue e si ha dunque lo sfruttamento del
glicogeno muscolare che viene demolito producendo lattato. L’aumento della concentrazione di lattato e
la conseguente caduta del pH limita però l’efficienza muscolare e contribuisce al senso di affaticamento.
La muscolatura scheletrica contiene anche un’altra fonte di ATP, la fosfocreatinina che rapidamente
può rigenerare ATP dall’ADP grazie all’azione della creatinina chinasi:
Durante periodi di contrazione e glicolisi la reazione procede in direzione della creazione di ATP
mentre durante i periodi di riposo e recupero lo stesso enzima resintetizza la fosfocreatina a partire da
creatina ed ATP.
Dopo uno sforzo intenso la respirazione è affannosa per via dell’aumentata necessità di O2 che viene
sfruttato per la fosforilazione ossidativa nel fegato. L’ATP prodotto viene usato per la gluconeogenesi
nel fegato a partire dal lattato che è stato trasportato dai muscoli. Il glucosio così formato ritorna ai
muscoli per riformare le scorte di glicogeno in quello che viene chiamato ciclo di Cori.
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