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La chimica della vita si basa sui composti del carbonio e

dipende da reazioni chimiche che avvengono in soluzione acquosa.

Le cellule contengono 4 famiglie principali di piccole molecole


organiche:

Amminoacidi Subunit delle proteine

Nucleotidi Subunit del DNA e del RNA

Zuccheri Fonti di energia per la cellula


e subunit dei polisaccaridi

Acidi grassi Fonti di energia (triacilgliceroli)


Componenti delle membrane cellulari
(fosfolipidi).
Le Proteine
La classe pi versatile delle macromolecole biologiche
Alcune funzioni delle proteine:
Struttura generale di un amminoacido
Lisina
Stereoisomeria degli amminoacidi

I due isomeri L- e D- alanina sono immagini speculari non


sovrapponibili luno dellaltro
Per la classificazione e la
nomenclatura degli stereoisomeri il
composto di riferimento lo zucchero
a 3 atomi di carbonio Gliceraldeide.
Con questo tipo di rappresentazione il gruppo R
dellamminoacido va posto sotto il carbonio . Gli L-
amminoacidi hanno il gruppo amminico sulla sinistra, i D-
amminoacidi sulla destra
Gruppi R alifatici, non polari

Glicina Alanina Valina

Leucina Metionina Isoleucina


Gruppi R aromatici

Fenilalanina Tirosina Triptofano


Il triptofano e la tirosina, e in
misura minore la fenilalanina,
assorbono la luce ultravioletta.

Questo spiega perch la


maggior parte delle proteine
possiedono un caratteristico
assorbimento della luce a una
lunghezza donda di 280 nm.

Questa propriet delle proteine


utilizzata dai ricercatori per
idividuarle e quantificarle
Assorbimento della luce da parte delle molecole:

Un gran numero di biomolecole assorbono la luce a una


catteristica lunghezza donda.

La misura dellassorbimento della luce con uno spettrofotometro


utilizzata per identificare le molecole e per valutare la loro
concentrazione in soluzione.

La frazione della luce incidente che viene assorbita da una


soluzione a una data lunghezza donda proporzionale allo
spessore della soluzione (cammino ottico) e alla concentrazione
della specie chimica che assorbe la luce.
La legge di Lambert-Beer.

Io
log = cl
I
Io = Intensit della luce incidente
I = Intensit della luce trasmessa
= coefficiente di estinsione molare (in unit di litro per moli-centimetro)
c = concentrazione della specie che assorbe la luce (in moli per litro)
l = lunghezza del cammino ottico (spessore del campione che assorbe la luce;
in centimetri)

Lespressione log (Io/I) viene detta assorbanza e indicata con A.

Lassorbanza A direttamente proporzionale alla concentrazione


del soluto che sta assorbendo la luce.
I principali componenti di uno spettrofotometro

Io, I,
Intensit Intensit
della luce della luce
incidente trasmessa

Monocromatore: Cuvetta Registratore


Lampada:
Luce emessa Sceglie e trasmette Contenente c
con una vasta una luce ad una moli/litro della
gamma di particolare specie molecolare
lunghezze lunghezza donda che assorbe la luce
donda
Gruppi R polari, non carichi

Serina Treonina Cisteina

Prolina Asparagina Glutammina


Prolina
Un amminoacido particolare

Struttura ciclica della Prolina


La catena laterale ( R ) unita sia al carbonio che al gruppo
amminico.
Cisteina
Due residui di cisteina possono essere uniti da un legame disolfuro
Gruppi R carichi positivamente

Lisina Arginina Istidina


Guanidino Imidazolo
(Arginina) (Istidina)
La ionizzazione dellIstidina.

Listidina pu legare o rilasciare un protone a pH vicini


al pH fisiologico
Gruppi R carichi negativamente

Aspartato Glutammato
Amminoacidi non standard

-Carbossiglutammato
4-Idrossiprolina

5-Idrossilisina

6-N-Metillisina Desmosina

Selenocisteina

Le proteine possono contenere amminoacidi non standard che


derivano dalla modificazione chimica di uno dei 20 amminoacidi
standard dopo il suo inserimento nella proteina

La selenocisteina un amminoacido raro che viene introdotto


nelle proteine durante la sintesi
Lornitina e la citrullina non si trovano nelle proteine ma sono
intermedi della biosintesi dellarginina e del ciclo dellurea
Struttura di un amminoacido

Forma non ionica Forma ionica dipolare


(zwitterionica)
Gli stati di ionizzazione dipendono dal pH

Acido diprotico
NH3+ NH3+ NH2
- H+
H - C - COOH H - C - COO- H - C - COO-
+ H+
R R R

Forma predominante Forma predominante Forma predominante


a pH 1 a pH 7 a pH 11
La forma zwitterionica quella predominante a valori di pH
vicini a quello fisiologico.
Gli amminoacidi hanno curve di titolazione caratteristiche

Titolazione di un amminoacido:
la glicina

pI = punto isoelettrico o pH
isoelettrico
Il valore di pH a cui la carica netta di un amminoacido uguale a 0
viene detto punto isoelettrico o pH isoelettrico (pI).

Per un amminoacido come la glicina, che non ha gruppi ionizzabili


nella catena laterale, il punto isoelettrico la media aritmetica dei
valori dei due pKa:

1 1
pI = (pK1 + pK 2 ) = (2,34 + 9,6) = 5,97
2 2

Un amminoacido ha una carica netta positiva a ogni valore di pH


inferiore rispetto al pI; se posto in un campo elettrico migra verso
lelettrodo negativo (catodo),
ad ogni valore di pH superiore al pI ha carica netta negativa e
quindi migra verso lelettrodo positivo (anodo)
Il valore di pKa di qualsiasi gruppo funzionale influenzato dallambiente
chimico in cui si trova.
Tutti gli amminoacidi con un solo gruppo amminico , un solo
gruppo carbossilico e un gruppo R non ionizzabile hanno curve
di titolazione simili a quella della glicina.

Gli amminoacidi con un gruppo R ionizzabile hanno curve di


titolazione pi complesse con tre fasi corrispondenti alle tre
possibili tappe di ionizzazione; in questo caso avremo tre valori di
pKa
Curva di titolazione del
Glutammato
(un amminoacido con R
contenente un gruppo acido).

Il pI = 3,22
(la media dei valori di pKa dei
due gruppi -COOH)

A questo valore di pH i due


gruppi -COOH contribuiscono
con una carica netta di -1 che
bilancia la carica netta +1 del
gruppo -NH3+
Curva di titolazione dell
Istidina
(un amminoacido con R
contenente un gruppobasico).

Il pI = 7,59
(la media dei valori di pKa dei
gruppi amminico e imidazolico)

A questo valore di pH i due


gruppi basici contribuiscono
con una carica netta di +1 che
bilancia la carica netta -1 del
gruppo -COO-
Tipici valori di pKa dei gruppi ionizzabili presenti nelle proteine

Listidina ha un gruppo R con pKa di 6,0 che pu comportarsi da tampone a un pH vicino alla
neutralita
Reazione di
condensazione

Legame peptidico
Una catena polipeptidica direzionale.
E possibile identificare un residuo ammino-terminale ed
un residuo carbossi-terminale

Estremit Estremit
ammino-terminale carbossi-terminale
Un tetrapeptide.
In rosa sono indicati i
gruppi ionizzabili

Come gli amminoacidi liberi, anche i


peptidi hanno curve di titolazione
caratteristiche e un pH isoelettrico (pI)
specifico, al cui valore non si muovono
in un campo elettrico.
I peptidi e i polipeptidi biologicamente attivi hanno dimensioni
molto variabili

(aspartame)
Dati molecolari di alcune proteine
E possibile calcolare in modo approssimativo il numero di residui
amminoacidici in una proteina semplice che non contiene altri gruppi
chimici dividendo la sua massa molecolare per 110.

La massa molecolare media dei 20 amminoacidi 138, ma quelli pi


piccoli sono pi rappresentati nelle proteine.
Se si tien conto della proporzione con cui i vari amminoacidi entrano a
far parte delle proteine, la massa molecolare media si avvicina a 128

Per generare un legame peptidico viene eliminata una molecola di


acqua (Mw=18); la massa molecolare media di un residuo
amminoacidico in una proteina 128 -18 = 110
Proteine che contengono solo amminoacidi = proteine semplici

Alcune proteine contengono gruppi chimici diversi dagli


amminoacidi= proteine coniugate
La parte non amminoacidica di una proteina coniugata detto
gruppo prostetico

Il gruppo prostetico ha un ruolo determinante nella funzione delle proteine