METABOLISMO MICROBICO

1. CLASSIFICAZIONE DEI MICRORGANISMI

1. FOTO – AUTOTROFI (piante, alghe e cianobatteri):

Ricavano energia da energia luminosa, ricavano C da CO2 ed effettuano FOTOSINTESI CLOROFILLIANA
6CO2 + 12H2O + energia luminosa => C6H12O6 + 6O2 + 6H2O

2. CHEMIO - AUTOTROFI (es. metanobatteri e solfobatteri che vivono nei depositi lacustri, nelle paludi e nelle
profondità oceaniche; batteri nitrificanti che vivono nel suolo e trasformano lo ione ammonio in nitriti e poi in
nitrati):
Ottengono energia dall'ossidazione di composti inorganici (idrogeno, azoto, zolfo); ricavano C da CO2.

3. CHEMIO-ETEROTROFI (tutti gli altri): <=== MICRORGANISMI DI INTERESSE BIOTECNOLOGICO

Ricavano energia e C dall’ossidazione di sostanze organiche assimilate dagli autotrofi.

Gli elettroni ricavati dall’ossidazione delle sostanze organiche / inorganiche vengono trasferiti ad un accettore
finale:
- O2 negli organismi aerobi
- substrato organico o inorganico negli organismi anaerobi.
Il trasferimento degli elettroni avviene tramite trasportatori di elettroni: i coenzimi ridotti NADH e FADH2.
 2. METABOLISMO CELLULARE NEI CHEMIOETEROTROFI
Insieme delle reazioni chimiche che permettono il funzionamento della cellula del microrganismo.
Si compone di CATABOLISMO e ANABOLISMO.
biomolec ole biomolec ole
complesse ricc he di
energia
proteine
polisaccaridi carboidrati
lipidi grassi
acidi nucleici proteine

c at abolismo

energia
c himic a

anabolismo

biomolec ole p rodot ti

semplici poveri
di energia
amminoacidi
monosaccaridi CO2
acidi grassi / H2O
glicerolo
urea
basi azotate

CATABOLISMO:
Insieme delle reazioni chimiche che permettono la decomposizione delle molecole organiche nutrienti
(acquisite dall’ambiente).
Le reazioni cataboliche causano l’ossidazione del Carbonio organico e liberano energia (sono esoergoniche).
Il catabolismo ha due finalità:
1. produzione di energia, sotto forma di ATP e di coenzimi ridotti (NADH e FADH2)
2. produzione di intermedi metabolici, che rappresentano i punti di arrivo dei processi catabolici e consistono
in molecole organiche più semplici, derivanti dalla demolizione di macromolecole; tali intermedi possono
essere i punti di partenza dei processi anabolici.

ANABOLISMO:
Insieme delle reazioni chimiche che permettono la sintesi di macromolecole a partire da molecole semplici.
Le reazioni causano la riduzione del Carbonio organico e sono endoergoniche (consumano energia).
L’anabolismo avviene in due fasi:
1. costruzione del pool di precursori cellulari (acidi grassi ~ 8, zuccheri ~ 25, amminoacidi ~ 20, nucleotidi ~ 8),
a partire dagli intermedi metabolici prodotti nei processi catabolici
2. polimerizzazione dei precursori e produzione di macromolecole (fosfolipidi, lipopolisaccaridi, pepidoglicano,
proteine, RNA, DNA)
I precursori verranno poi assemblati per dare la struttura cellulare del microrganismo e garantirne le funzioni.

Es:
Fosfolipidi, lipopolisaccaridi, peptidoglicano, proteine => membrana plasmatica e parete cellulare
Proteine => flagelli, pili, membrana plasmatica e parete cellulare, enzimi
RNA => ribosomi, RNA transfer, mRNA
DNA => cromosomi, plasmidi
 3. RUOLO DI ATP NEL METABOLISMO
ATP è un NUCLEOTIDE (ADENOSINA TRIFOSFATO) composto da:
- ADENINA (base azotata)
- D-RIBOSIO (monosaccaride aldopentoso)
- 3 gruppi fosfato
All’interno della cellula è complessato con ioni Mg2+ o Mn2+.

La cellula utilizza ATP per scambiare energia, attraverso la reazione di equilibrio:

ATP + H2O ADP + Pi + H+ + Energia G = -12Kcal/mol

La reazione da sinistra verso destra è detta IDROLISI DI ATP.

La reazione da destra verso sinistra è detta SINTESI DI ATP.
Le reazioni del catabolismo liberano Energia che alimenta la SINTESI di ATP.
Tutti i processi endoergonici sono alimentati dall’Energia liberata dall’IDROLISI di ATP. Essi sono:
- le reazioni dell’anabolismo
- il movimento cellulare
- il trasporto attivo di membrana (studiare esempio della pompa sodio – potassio a pag 18-19)
- l’amplificazione dei segnali cellulari

In che modo avviene l’accoppiamento tra i processi endoergonici (G >0) e l’idrolisi dell’ATP?
ATP cede il gruppo fosforico al reagente del processo, convertendolo in una forma attivata (instabile, ad alta
energia libera), che poi spontaneamente si trasforma nel prodotto; il processo endoergonico, accoppiato con
idrolisi di ATP, diventa termodinamicamente favorito (G<0). Studiare esempio del trasporto attivo Na+/K+.

L’idrolisi dell’ATP libera energia (si può dire anche che la sintesi di ATP da ADP richiede energia) perché ADP e
Pi contengono complessivamente minor energia libera di ATP. Perché? per 2 ragioni:
1. La molecola di ATP presenta 4 cariche negative, mentre ADP ne presenta solo 3 e Pi ne presenta solo 2
2. Pi è rappresentato da un ibrido di risonanza più stabile dell’ultimo gruppo fosfato nell’ATP; infatti in Pi la
carica parziale positiva è su un atomo di O legato ad H mentre in ATP essa è su un atomo di O legato al P di un
altro gruppo fosfato e H ha effetto induttivo elettron-repulsore maggiore del P.

- - - - -
O O O O O - -
- O
O O O O O O O -
R P P P R P P O OH
P
O O O O O
O

(ADENINA - RIBOSIO = R)
ATP ADP Pi = fosfato inorganico
 FUNZIONAMENTO DELLA POMPA SODIO – POTASSIO DELLA MEMBRANA CELLULARE

La pompa Na+/K+ è un esempio di come un processo endoergonico, accoppiato con l’idrolisi dell’ATP, diventi
termodinamicamente favorito (ΔG < 0): l’ATP cede il gruppo fosforico al reagente del processo convertendolo
in una forma attivata (instabile, ad alta energia libera) che poi, spontaneamente, si trasforma nel prodotto.

La pompa Na+/K+ è un esempio di trasporto attivo: è una pompa proteica che si trova immersa nella
membrana plasmatica cellulare e trasporta gli ioni Na+/K+ dal compartimento cellulare in cui essi sono meno
concentrati a quello in cui sono più concentrati; essa quindi realizza un trasporto contro gradiente di
concentrazione che richiede consumo di energia.

Il trasporto avviene in quattro stadi:

1. 3 ioni sodio (Na⁺) e una molecola di ATP si legano alla pompa proteica sul suo lato intracellulare;
2. avviene l’idrolisi dell’ATP che attiva la pompa proteica: l’energia liberata nell’idrolisi provoca la conversione
della pompa in una conformazione eccitata, che trattiene Pi e libera ADP nell’ambiente intracellulare;
3. la conformazione eccitata rilascia gli ioni Na+ nell’ambiente extracellulare e lega due ioni potassio (K⁺) nello
stesso ambiente;
4. avviene il rilascio del fosfato inorganico (Pi) nell’ambiente intracellulare: ciò causa il ritorno della pompa alla
conformazione originale, che libera gli ioni potassio (K⁺) nell’ambiente intracellulare e lega nuovamente gli
ioni sodio (Na⁺) nello stesso ambiente.
 4. RUOLO DEI TRASPORTATORI DI ELETTRONI
Nelle reazioni del catabolismo le sostanze organiche vengono ossidate e gli elettroni sottratti al C vengono
trasferiti ad un accettore finale, che è rappresentato da O2 negli organismi aerobi e da un substrato organico o
inorganico negli organismi anaerobi. Il trasferimento degli elettroni avviene tramite trasportatori di elettroni.
(forma ossidata) FAD + 2 e- + 2H+ => FADH2 (forma ridotta)
(forma ossidata) NAD+ + 2 e- + 2H+ => NADH + H+ (forma ridotta)

NAD+/NADH e FAD/FADH2 sono cofattori di enzimi, cioè sono associati ad enzimi che ossidano /riducono le
molecole organiche.
Quando NAD+ acquista 2 elettroni acquista un H+ mentre un altro H+ viene rilasciato nell’ambiente; perciò la
forma ridotta NADH è sempre associata ad un protone (NADH + H+).
Es 1) MALATO + NAD+ => OSSALACETATO + NADH + H+

+ H+

Es. 2) NADH + H+ + PIRUVATO => LATTATO + NAD+

 5. CATABOLISMO NEI CHEMIOETEROTROFI

SOSTANZE RESPIRAZIONE AEROBIA => CO2 (ossidazione totale del C)

ORGANICHE (accettore finale di e- = O2)

RESPIRAZIONE ANAEROBIA => CO2 (ossidazione totale del C)

(accettore finale di e- = composto inorganico, come NO3-, CO3- -,SO4- -)

FERMENTAZIONI [ANAEROBIE] => molec. organica (ossidazione parziale del C)

(accettore finale di e- = molecola organica)

Esempio: catabolismo del glucosio

 6. CATABOLISMO DEL GLUCOSIO NEI CHEMIOETEROTROFI

Studieremo solo alcuni processi catabolici del GLUCOSIO, proveniente dalla digestione dei polisaccaridi,
perché il glucosio è la principale fonte di energia negli organismi chemioeterotrofi.
Nei processi catabolici del glucosio possono convergere anche le molecole organiche derivanti dalla digestione
delle proteine (amminoacidi) e dei trigliceridi (acidi grassi e glicerolo).

Tra i processi catabolici del glucosio studieremo:

1. GLICOLISI

2. RESPIRAZIONE AEROBIA composta da OSSIDAZIONE DEL PIRUVATO

CICLO DI KREBS
FOSFORILAZIONE OSSIDATIVA

3. FERMENTAZIONE composta da REDOX RIGENERANTE I COENZIMI OSSIDATI

La glicolisi precede
sia la respirazione aerobia
che le fermentazioni
 7. SITO CELLULARE DEI DIVERSI PROCESSI CATABOLICI

ORGANISMI EUCARIOTI ORGANISMI PROCARIOTI

CITOPLASMA 1. GLICOLISI CITOPLASMA

2. RESPIRAZIONE AEROBIA:

MATRICE MITOCONDRIALE OSSIDAZIONE DEL PIRUVATO MEMBRANA PLASMATICA

MATRICE MITOCONDRIALE CICLO DI KREBS (dell’ACIDO CITRICO) CITOPLASMA

MEMBRANA INTERNA DEL FOSFORILAZIONE OSSIDATIVA MEMBRANA PLASMATICA

MITOCONDRIO (CATENA RESPIRATORIA + SINTESI ATP)

3. FERMENTAZIONE (ALCOLICA, LATTICA, …):

CITOPLASMA REDOX RIGENERANTE COENZIMI OSSIDATI CITOPLASMA

(detta reazione di fermentazione ...)
 8. GLICOLISI (E/P) nel citoplasma
REAZIONE COMPLESSIVA:

C6H12O6 + 2 ADP + 2 Pi + 2 NAD+ => 2 (C3H3O3)- + 2 ATP + 2 NADH + 2 H+ + 2 H2O

N.B. Ogni molecola di Pi comprende un atomo di H; i due atomi devono essere conteggiati per bilanciare H.
Inoltre la sintesi di 2ATP consuma 2 H+ (forniti da glucosio): 2H+ + 2 ADP + 2 Pi => 2 ATP + 2 H2O

BILANCIAMENTO REDOX:
N. B. I numeri di ossidazione del C sono calcolati
_____(0)_______________(+2/3) come numeri medi sulla formula molecolare
_____C6 ____________=> __6C_______ + 4 e- del D-glucosio e del piruvato

4 e- + 4H+ + 2 NAD+ => 2 NADH + 2H+

La glicolisi decorre in 10 tappe, di cui ricorderemo solo 2 intermedi:

GLUCOSIO
↓
↓
↓
FRUTTOSIO 1,6-BISFOSFATO
↓
↓
2 X GLICERALDEIDE 3-FOSFATO
↓
↓
↓
↓
↓
2 X PIRUVATO

DALLA GLICOLISI SI OTTENGONO:

2 molecole di PIRUVATO

4 e- (sotto forma di 2NADH)

2 ATP
8.B GLICOLISI
 9. OSSIDAZIONE DEL PIRUVATO
(E) nella matrice mitocondriale – (P) nella membrana plasmatica

REAZIONE COMPLESSIVA: (da moltiplicare per 2)

2x [ C3H3O3- + CoA (- SH) + NAD+ => CoA- (S-) C2H3O + CO2 + NADH ]

N.B. Il Coenzima A utilizza un suo gruppo solfidrico per legarsi al C2 del piruvato e libera un H+

BILANCIAMENTO REDOX:
N. B. Il numero di ossidazione del C nei prodotti è calcolato
____-------_(+2/3)_______________(+4/3) come numero medio sulle formule di acetilCoa e CO2:
(2 x)_____----C3 ____________=> __3C_______ + 2 e- - in CoA-C2H3O due atomi di C valgono mediamente 0,
perché S ha elettronegatività maggiore di C: +3-3=0
- in CO2 un atomo di C vale +4,
- quindi complessivamente tre atomi di C
(2 x) 2 e- + 2 H+ + NAD+ => NADH + H+
valgono mediamente +4/3

DALL’OSSIDAZIONE DEL PIRUVATO SI OTTENGONO:

2 molecole di ACETIL COENZIMA A

2 molecole di CO2

4e- (sotto forma di 2 NADH)

 10.A CICLO DI KREBS
(E) nella matrice mitocondriale - (P) nel citoplasma
REAZIONE COMPLESSIVA: (da moltiplicare x 2)

(2 x) CoA- (S-) C2H3O + GDP + Pi + 3 NAD+ + FAD + 2H2O => CoA (SH) + 2 CO2 + GTP + 3 NADH + 3 H+ + FADH2
(ATP)
N.B.
GDP = GUANOSINA DIFOSFATO e GTP = GUANOSINA TRIFOSFATO
Il GTP viene poi trasformato in ATP: GTP + ADP => GDP + ATP

BILANCIAMENTO REDOX:
____-------_ (0)_____________
(2 x)_____------C2 __________
N.B. Il numero di ossidazione del C nel reagente è calcolato
(+4) come numero medio:
in CoA-C2H3O due atomi di C valgono mediamente 0,
perché S ha elettronegatività maggiore di C: +3-3=0
=> __2 C____+ 8 e-

(2 x) 6 e- + 6 H+ + 3 NAD+ => 3 NADH + 3H+

(2 x) 2 e- + 2 H+ + FAD => FADH2

Il ciclo comprende 8 tappe di cui ricordiamo:

OSSALACETATO (C4) + ACETIL-CoA (C2)

↓
CITRATO (C6)
↓
↓
↓ + CO2
↓ + CO2
↓
MALATO (C4)
↓
OSSALACETATO (C4)

Nel ciclo avviene l’ossidazione di 2 atomi di C,

equivalenti a quelli ricavati dal gruppo
ACETILE dell’ACETIL-CoA.

DAL CICLO DI KREBS SI OTTENGONO:

4 molecole di CO2

16e- (sotto forma di 6 NADH + 2 FADH2 )

2 ATP (ricavati da 2 GTP)

CICLO DI KREBS
 10.B CICLO DI KREBS

Il ciclo di Krebs è un processo ANFIBOLICO:

- è un processo catabolico di ossidazione in cui convergono substrati derivanti dalla demolizione di
polisaccaridi, proteine, trigliceridi

- fornisce importanti precursori di vie anaboliche

(biosintesi di glucosio, amminoacidi, porfirine – per es. l’eme dell’emoglobina)