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IL METABOLISMO CELLULARE
La composizione chimica della cellula un dato certamente molto interessante, per esempio nelle fermentazioni finalizzate alla produzione di proteine monocellulari. Ancor pi interessante della composizione per il meccanismo con cui le sostanze costituenti la cellula sono sintetizzate, accumulate ed eventualmente distrutte ossia il metabolismo cellulare. Come facile intuire il numero delle reazioni costituenti il metabolismo elevatissimo. Per farsene un'idea basta esaminare la composizione di uno degli organismi pi semplici (Escherichia coli) che abbiamo visto precedentemente. Il numero dei tipi molecolari presenti dell'ordine di 4-5.000 e per la sintesi di ognuno di essi necessaria almeno una reazione. Il quadro si complica ulteriormente se si considera l'estrema variet morfologica e quindi anche metabolica che differenzia una specie vivente dall'altra. Sulla base di queste considerazioni lo studio per la conoscenza del metabolismo pu apparire un'impresa disperata.Convenzionalmente il metabolismo suddiviso in vie e cicli. Un esempio di via la fermentazione alcolica in cui il glucosio trasformato in etanolo, un esempio di ciclo il ciclo dell'acido citrico in cui l'acido ossalacetico che reagisce con l'acetil coenzima A rigenerato alla fine del processo. Si defisce catabolismo l'insieme di reazioni che conducono a una degradazione e anabolismo quelle che portano a una sintesi. Le prime reazioni normalmente sviluppano energia (sono cio esoergoniche), le seconde ne assorbono e sono endoergoniche. Vie cataboliche e vie anaboliche sono collegate da cicli come quello dell'acido gliossilico o dell'acido citrico che possono funzionare sia per completare la degradazione di piccole molecole derivanti dalle vie cataboliche, sia per rifornire le vie anaboliche dei necessari precursori. Cicli di questo tipo.sono chiamati anfibolici. Pich la cellula ha bisogno di energia, essa deve essere alimentata con sostanze altamente energetiche da cui o per degradazione anaerobia, con passaggio da una struttura pi complessa a una pi semplice e quindi con un aumento dell'entropia, o per ossidazione con reazioni fortemente esoergoniche, tale energia sia ottenibile. Le reazioni cataboliche che sono esoergoniche procedono spontaneamente. Quelle anaboliche richiedono un apporto di energia attraverso il meccanismo delle reazioni accoppiate. Una reazione non spontanea endoergonica (G1 >0): A + L + 1 N anabolismo

Si pu accoppiare con una reazione fortemente esoergonica (G2 < 0) B C + M + 2

catabolismo

In modo tale che la combinazione delle due sia esoergonica (G3 < 0) in quanto G1 < G2 A + B + L C + M + N + 3

L'energia liberata dal metabolismo in parte dissipata sotto forma di calore per far procedere le reazioni, in parte (di solito non pi di un terzo) viene riutilizzata per sintetizzare composti ad alta energia come ATP e NADPH. Il vantaggio per a cellula di avere a disposizione queste nuove sostanze sta nel fatto che esse sono utilizzabili nelle reazioni accoppiate e rappresentano quindi una sorta di moneta energetica

3 universalmente accettata sul mercato energetico cellulare. L'ATP fornisce energia, per la precisione 7.3 Kcal/mole, attraverso l'idrolisi di un fosforile. Il NADPH forte riducente interviene invece nei processi riduttivi fornendo il necessario potenziale riducente alle reazioni che di per s stesse tenderebbero ad aumentare il numero di ossidazione del substrato. ATP e NADPH sono le forme molecolari attraverso a cui, indipendentemente dal tipo di reazione, viene distribuita l'energia necessaria per il buon funzionamento del metabolismo.

Una strategia similare utilizzata dalla cellula per sintetizzare le molecole pi complesse che sono costruite per gradi usando pochi tipi di reazione e un numero relativamente ridotto di gruppi funzionali.

4 Ogni gruppo funzionale (metile, fosforile, formile ecc.) trasportato da una molecola specializzata che chiamata coenzima. La fosforilazione del glucosio, ad esempio, richiede la presenza del coenzima ATP che funge da trasportatore di fosforili.

Tabella 1. Coenzimi Simbolo NAD NADP FMP FAD CoQ TPP COA Coenzima Nicotinamide adenin dinucleotide Nicotinamide adenin dinucleotide fosfato Flavin mononucleotide Flavin adenin dinucleotide Coenzima Q Tiamina pirofosfato Coenzima A Lipoamide Coenzimi cobamidici Biotina PALP THF Piridossil fosfato Coenzimi tetraidrofolici Entit trasferita Atomi di idrogeno (elettroni) Atomi di idrogeno (elettroni) Atomi di idrogeno (elettroni) Atomi di idrogeno (elettroni) Atomi di idrogeno (elettroni) Aldeidi Gruppi acile Gruppi acile Gruppi alchilici Anidride carbonica Gruppi amminici Gruppi formilici metilici, metilenici,

Consideriamo ora come vengono metabolizzate le principali categorie di sostanze organiche naturali. La principale via catabolica dei glicidi la glicolisi anaerobia. Il glucosio per essere utilizzato deve essere preventivamente fosforilato. Ci avviene con il consumo di due molecole di ATP e la successiva isomerizzazione a fruttosio. A questo punto il composto a sei atomi di carbonio spezzato in due frammenti C3 ad opera di una aldolasi e pu iniziare il recupero di energia che avviene a livello delll,3 difosfoglicerato e del fosfoenolpiruvato. La reazione intermedia di ossidazione da gliceraldeide ad acido glicerico bilanciata dalla riduzione finale dell'acido piruvico ad acido lattico. Il bilancio complessivo del ciclo risulta quindi essere. 2 C3H6O3 +

C6H12O6 + 2ADP + 2H3PO4

2 ATP - 56,1 Kcal/mole

6 Questa via metabolica non richiede ossigeno ed comune sia agli organismi aerobi che a quelli anaerobi. Probabilmente una delle prime vie metaboliche elaborate dalla cellula vivente nel corso della sua evoluzione. Il suo guadagno energetico piuttosto basso. Si formano due molecole di ATP, pari a 15 Kcal/mole e il resto va disperso sotto forma di calore. La resa complessiva risulta quindi del 30%. La fermentazione alcolica pu essere considerata una variante della glicolisi da cui differisce solo per le due ultime reazioni. I prodotti ultimi della via metabolica sono l'alcol etilico e l'anidride carbonica. Una via alternativa alla glicolisi il ciclo dei pentosi che parte dal glucosio 6-fosfato e procede secondo lo schema sotto riportato.

Ciclo dei pentosi

A differenza della via precedente che anaerobia, il ciclo dei pentosi si sviluppa attraverso due fasi. La prima ossidativa e, oltre ai prodotti ossidativi, produce NADPH che serve alla cellula per le reazioni di riduzione. Il ciclo ha una funzione fondamentale sia per questo motivo, sia per la sintesi e il catabolismo dei pentosi che, come componenti degli acidi nucleici, sono presenti in ogni cellula. Come bilancio complessivo della materia, il ciclo consuma 1/6 del carbonio glicidico con la formazione di CO2 e NADPH.

7 6 Glucoso-6-P + 12 NADP+ 5 Glucoso-6-P + 6 CO2 + 12 NADPH + 12 H+ + H3PO4

La maggior parte dei microrganismi utilizzati nelle fermentazioni di tipo aerobio e di conseguenza il metabolismo ossidativo e i suoi prodotti ultimi sono anidride carbonica e acqua. In questo tipo di organismi il piruvato prodotto dalla glicolisi dapprima decarbossilato ad acetilcoenzima A e sotto questa forma poi inserito nel ciclo dell'acido citrico o ciclo di Krebs.

Decarbossilazione ossidativa del piruvato

Schematicamente un'unit C2 (acetil-coenzima A) viene unita ad un'unit C4 (acido ossalacetico) per dare l'acido citrico C6. Questo successivamente decarbossilato ad acido -chetoglutarico (C5) prima e ad acido succinico poi (C4). L'acido succinico infine ossidato ad acido ossalacetico e il ciclo riprende dall'inizio.

Anche questo ciclo complessivamente esoergonico (AG -14,3 Kcal/mole). Accanto a vari metaboliti nel ciclo vengono generate tre molecole di NADH e una molecola di FADH2 che sono successivamente riossidate nella via della catena respiratoria. Il ciclo dell'acido citrico ha due funzioni principali: fornire alla catena respiratoria il combustibile per sintetizzare ATP costituire una sorta di serbatoio di compensazione a cui affluiscono e da cui attingono praticamente tutte le vie metaboliche

9 Attraverso a questo ciclo quindi possibile l'interconversione ad esempio di un eccesso di glicidi in altri metaboliti come ad esempio i lipidi. Strettamente collegato col ciclo di Krebs il ciclo dell'acido gliossilico che ha in comune con il primo le prime tre reazioni.

L'acido isocitrico formatosi nella seconda reazione viene scisso in acido gliossilico e acido succinico secondo lo schema riportato. Complessivamente da due moli di acetil coenzima A (C2), si forma una mole di NADH e una di acido succinico (C4) che usualmente utilizzata per la sintesi degli esosi. 2 CH3COCoA + NAD+ + H2O

2 CoA-SH + NADH + HOOC-CH3-CH3-COOH

I coenzimi ridotti NADH e FADH2 provenienti per la maggior parte dal ciclo di Krebs, ma eventualmente anche da altre vie metaboliche, vengono rigenerati attraverso alla catena respiratoria utilizzando l'ossigeno come accettore finale di idrogeno.

10 Essi trasportano ioni idrogeno ed elettroni e viene prodotta energia quando si combinano con lossigeno per dare acqua. 4 H+ + 4 e + O2
-

H2O

L'energia liberata in parte recuperata sotto forma di ATP nelle fosforilazioni ossidative. La catena respiratoria e la fosforilazione ossidativa sono catalizzate da enzimi di membrana che negli organismi eucarioti la membrana del mitocondrio, in quelli procarioti la membrana cellulare. Questa semplice reazione avviene in molti stadi. Gli enzimi sono sistemati in ordine di affinit crescente per gli elettroni, cos questi scorrono attraverso il sistema enzimatico. La maggior parte del fabbisogno energetico della cellula fornito da queste reazioni.

Le vie metaboliche finora descritte portano alla demolizione dei glicidi. In condizioni favorevoli questi composti possono anche essere sintetizzati a partire da composti pi semplici. Una via molto importante la gluconeogenesi che per le reazioni meno esoergoniche ripercorre in senso inverso la glicolisi, discostandosene per le reazioni in cui questa via produce ATP e cio quella

11 di sintesi dei fosfoenolpiruvato, che nella gluconeogenesi viene sintetizzato in due reazioni con il consumo di due molecole di ATP e della sintesi dell 1,6 difosfofruttosio e del glucosio-6-fosfatoIl glucosio in eccesso pu essere ulteriormente polimerizzato a glicogeno che funge da materiale di riserva energetica a cui attingere nei periodi di bisogno.

12 Catabolismo carboidrati, lipidi e proteine La degradazione dei carboidrati, dei lipidi e delle proteine convergono tutte in un comune percorso catabolico.

Carboidrati
monosaccaridi

lipidi

Proteine
glicerolo GLICOLISI piruvato -ossidazione amminoacidi glucogenici amminoacidi chetogenici Deamminazione ossidativa

acidi grassi

ACETIL CoA

ciclo acido citrico

ammoniaca fosforilazione ossidativa ciclo dell'urea ATP urea

Il catabolismo dei lipidi inizia con la degradazione ad opera delle lipasi che idrolizzano i legami esterei formando alcol e acidi grassi. Questi ultimi, solitamente a numero pari di atomi di carbonio, per ossidazione sono poi trasformati in acetil coenzima A (C2). L'ossidazione ha un bilancio energetico fortemente positivo sia per i coenzimi ridotti che fornisce alla catena respiratoria (NADH e FADH,), sia per le molecole di acetil coenzima A generate, che attraverso al ciclo di Krebs e alla catena respiratoria forniscono ulteriore energia.

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Se il catabolismo degli acidi grassi fortemente esoergonico, la biosintesi richiede corrispondentemente una grande quantit di energia. Le reazioni della biosintesi, come per la gluconeogenesi, in parte ripercorrono in senso inverso le tappe della via catabolica e se ne discostano l dove il dispendio energetico maggiore.

14 Il catabolismo dei protidi procede attraverso tre fasi. Nella prima il polimero idrolizzato nei singoli amminoacidi ad opera di una serie di proteasi con diversa specificit. Gli amminoacidi derivati dallidrolisi possono essere metabolizzati lungo due vie principali: la deamminazione, che porta alleliminazione dellazoto mediante il ciclo dellurea, e il metabolismo della parte carbonica, che entra nel ciclo dellaacido citrico.

La pi importante via riguarda il metabolismo dellazoto che passa per la transamminazione con l'acido -chetoglutarico e la successiva deamminazione ossidativa dell'acido glutammico cos formatosi che porta a ione ammonio e rigenera -chetoglutarato.

Lo ione ammonio generato pu poi essere allontanato tal quale (organismi ammoniotelici) oppure dopo essere trasformato in. urea (organismi ureotelici) o in acido urico (organismi uricotelici). Lo scheletro carbonioso rimasto dopo la desamminazione se il caso viene opportunamente modificato ed introdotto nelle vie metaboliche gi esaminate.