Il ciclo di Krebs, appunti univesitari di Biochimica

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Il ciclo di Krebs Il ciclo di Krebs

Introduzione generale.
Il ciclo di Krebs, o ciclo degli acidi carbossilici, una via metabolica centrale negli eucarioti che prende posto all'interno dei mitocondri. In tale processo si assiste alla fase centrale della degradazione degli zuccheri, dei grassi, delle proteine per fornire, sotto forma di composti eterogenei, energia. Il ciclo di Krebs, inoltre, un ciclo anfibolitico poich gli intermedi di catalisi servono per la sintesi di costituenti essenziali della vita biologica.

Le tappe del ciclo di Krebs.

Il ciclo di Krebs regolato da dieci tappe nelle quali si assistono a diversi tipi di reazioni. Ogni tappa mediata da almeno un enzima.

1) Condensazione di Acetil-CoA e ossalacetato.

Tipo di reazione: Condensazione Reagente: Acetil-CoA, Ossalacetato Prodotto: Citrato Enzima coinvolto: Citrato sintasi La prima reazione del ciclo di Krebs una condensazione tra Ossalacetato ed acetil coenzima A. L'enzima coinvolto il citrato sintasi che trasferisce il gruppo acetilico dal coenzima A all'ossalacetato. La reazione fortemente esoergonica e non reversibile.

2) Deidratazione-Idratazione del citrato.

Tipo di reazione: Disidratazione / Idratazione Reagente: Citrato Prodotto: Isocitrato Enzima coinvolto: Aconiato Nella seconda reazione il citrato viene disidratato
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Nella seconda reazione il citrato viene disidratato dall'enzima aconitasi. Si forma un intermedio insaturo chiamato cis-aconiato che, per mezzo dello stesso enzima aconiato, viene idratato per formare l'isocitrato.

3) Decarbossilazione ossidativa dell'isocitrato.

Tipo di reazione: Deidrogenazione / Decarbossilazione ossidativa Reagente: Isocitrato Prodotto: alpha-chetoglutarato, anidride carbonica. Enzima coinvolto: Isocitrato deidrogenasi, Catalizzatore: Mn++ Nella terza reazione l'isocitrato viene prima deidrogenato ad opera dell'enzima isocitrato deidrogenasi. A seguito di questo evento si verifica una decarbossilazione dovuta al riarrangiamento interno della molecola e viene a formarsi l'alphachetoglutarato. I protoni strappati dall'isocitrato vengono convogliati verso il NAD ossidato (NAD+)

Meccanismo della decarbossilazione ossidativa dell'isocitrato: Nel primo passaggio l'isocitrato deidrogenasi strappa due protoni all'isocitrato trasferendoli al NAD+. Segue un riarrangiamento coadiuvato dal catalizzatore Mn++ che, in quanto elettron-attrattore, veicola verso s gli elettroni del doppio legame alpha-carbonilico. A questo punto l'ossigeno carbossilico, che ha tre doppietti, cede una coppia di elettroni per formare il doppio legame carbonio-ossigeno. Il carbonio carbossilico legato in gamma, in quanto pentavalente ed ibridizzato sp2 tende a liberarsi degli elettroni coinvolti nel legame i quali si localizzano tra i carboni alpha e beta. A questo punto si forma un doppio legame tra carbonio alpha e beta che attrae un protone, fortissimo elettrofilo, per formare un legame covalente con il carbonio gamma. La molecola cos formata e stabile e prende il nome di alpha-chetoglutarato.

4) Decarbossilazione ossidativa dell'alpha-chetoglutarato.

Tipo di reazione: Deidrogenazione / Decarbossilazione ossidativa Reagente: Alpha-chetoglutarato, Coenzima A Prodotto: Succinil-CoA, anidride carbonica, NADH Enzima coinvolto: Complesso di deidrogenasi dell'alpha-chetoglutarato Nella quarta reazione avviene una
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Nella quarta reazione avviene una decarbossilazione ossidativa preceduta da una deidrogenazione dell'alpha-chetoglutarato operata dal complesso di deidrogenasi dell'alpha-chetoglutarato. Contemporaneamente alla decarbossilazione una molecola di Coenzima A viene addizionata per formare Succinil-CoA. L'anidride carbonica viene liberata dal sistema.

5) Fosforilazione a livello del substrato del Succinil-CoA.

Tipo di reazione: Fosforilazione a livello del substrato. Reagente: Succinil-CoA, Fosfato inorganico, GDP Prodotto: Succinato, CoA Enzima coinvolto: Succinil-CoA sintetasi La quinta reazione avviene al livello del substrato. L'enzima Succinil-CoA sintetasi toglie dal Succinil-CoA il CoA e coadiuva la formazione di un gruppo carbossilico. Il Coenzima A viene reso disponibile e la molecola di GTP immediatamente disponibile per la sintesi di ATP a partire da ADP.

Meccanismo di sintesi del succinato: L'enzima Succinil-CoA sintetasi nel residuo di Istidina capace di catturare il fosfato inorganico e veicolarslo verso il CoA legato al Succinile. A questo punto avviene una prima sostituzione e si forma un intermedio fosfosuccinico ad alta energia. L'enzima stesso catalizza il trasferimento del gruppo fosforico dal succinilfosfato al GDP formando GTP. Dopo questa reazione l'enzima libero e viene rilasciato, proprio come viene rilasciato il GTP appena formato assieme al succinato.

6) Deidrogenazione del Succinato.

Tipo di reazione: Deidrogenazione reversibile Reagente: Succinato, FAD Prodotto: Fumarato, FADH2 Enzima coinvolto: Succinato deidrogenasi Nella sesta reazione il succinato viene ossidato a fumarato. Interviene l'enzima succinato deidrogenasi che strappa dal succinato due protoni trasferendoli al FAD che diventa FADH2. Il fumarato viene, dunque, sintetizzato. La reazione modestamente esoergonica per cui reversibile.

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7) Idratazione del fumarato.

Tipo di reazione: Idratazione, reversibile Reagente: Fumarato, acqua Prodotto: L-Malato Enzima coinvolto: Fumarato idratasi La settima reazione vede la sintesi dell' L-Malato a partire dal fumarato. L'enzima fumarato idratasi addizione al doppio legame acqua per formare la molecola di L-Malato. La reazione modestamente esoergonica per cui reversibile.

8) Deidrogenazione del L-Malato.

Tipo di reazione: Deidrogenazione, reversibile Reagente: Malato, NAD+ Prodotto: Ossalacetato Enzima coinvolto: Malato deidrogenasi L'ottava tappa vede la deidrogenazione del malato per formare ossalacetato. Gli idrogeni strappati vengono trasferiti, mediante l'aiuto fornito dall'enzima malato deidrogenasi, al NAD+ che diventa NADH. A questo punto l'ossalacetato pu ripartire dalla tappa numero uno con la condensazione del Coenzima A. La reazione modestamente esoergonica per cui reversibile.

Bilancio energetico globale.

Di per s il ciclo di Krebs non produce energia liberamente utilizzabile, se non nella reazione tra Succinil-Coa e Succinato dove si assiste alla formazione di GTP facilmente scambiabile in ATP. Il ciclo, per, fornisce due tipi di cofattori ridotti capaci di trasportare elettroni ad alta energia ovvero il NADH ed il FADH2 che possono essere agilmente utilizzati nella catena respiratoria. Tenendo conto che per ogni molecola di NADH e FADH2, possono essere sintetizzate circa 2,5 molecole di ATP e che una molecola di ATP facilmente sintetizzabile da GTP nel ciclo di Krebs vengono formate un numero di molecole sufficienti per sintetizzare ben 11 molecole di ATP.

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