RESPIRAZIONE, FERMENTAZIONE E IL LORO RAPPORTO

Metabolismo fermentativo
Molti microrganismi possono vivere producendo energia con la
fosforilazione e livello del substrato, grazie ai processi di fermentazione
che non richiedono l’uso di una catena di trasporto degli elettroni.
La fermentazione può essere definita come un processo catabolica
anaerobia in cui un substrato organico ridotto cede elettroni al NAD in
una serie di ossidoriduzioni, grazie alle quali è prodotto ATP mediante
fosforilazione a livello del substrato. Il NADH prodotto, si riossida
riducendo un’altra molecola organica, e il NAD ossidato può essere
riutilizzato per ossidare una nuova molecola di substrato e consentire
pertanto nuova produzione di ATP.
I substrati organici più comunemente fermentati sono gli zuccheri come il
glucosio, ma possono essere usati come substrati fermentabili anche altri
composti organici come aminoacidi, acidi organici, purine e pirimidine.
Poiché nelle fermentazioni l’ossidazione del substrato è parziale e quindi
la ΔG0 ´ tra prodotti della fermentazione e substrati è piccola, questi
processi metabolici producono poco ATP per molecola di substrato
fermentato.
Quindi per ricavare dal substrato una quantità di ATP sufficiente per la
crescita, il microrganismo deve utilizzarne grandi quantità.
Esiste una grande varietà di fermentazioni che sono caratteristiche dei
diversi gruppi microbici. Molte di esse hanno l’acido piruvico come
intermedio chiave della fase di ossidazione del substrato, mentre la
successiva riduzione finale è diversificata tra i diversi tipi di fermentazione
che prendono il nome dai prodotti finali.
Pertanto tutte le fermentazioni si basano su una reazione di riduzione
resa possibile dal potere riducente prodotto durante un primo processo
catabolico di zuccheri.
Degradazione del glucosio ad acido piruvico
Sono conosciute 3 principali vie di conversione degli zuccheri e sono
molto importanti anche nella produzione di metaboliti intermedi sfruttati
nei processi di biosintesi:
1. VIA DI EMBDEN-MEYERHOF-PARNAS (EMP) (glicolisi) → è la
principale via metabolica utilizzata da molti organismi sia eucarioti
che procarioti, che porta all’ossidazione del glucosio ad acido
piruvico con la produzione di una piccola quantità di ATP (per
fosforilazione a livello del substrato), di potere riducente (NADH) e
di 6 dei 13 precursori essenziali per le biosintesi cellulari.

Nella glicolisi una molecola di glucosio è degradata a due molecole

di acido piruvico tramite 10 reazioni enzimatiche che comportano la
rottura di un legame covalente e il trasferimento di 4 atomi di H al
NAD+ con formazione di 2 NADH +H+.
Nei primi passaggi ci sono solo reazioni di riarrangiamento e
fosforilazione (consumo di 2 ATP), non avvengono ossidoriduzioni e
non c’è rilascio di energia. Da una molecola di glucosio sono
prodotte due molecole di gliceraldeide-3-fosfato con rottura di un
legame covalente.
Nel secondo stadio le molecole di gliceraldeide-3-fosfato sono
ossidate e fosforilate producendo acido 1,3- difosfoglicerolo e
NADH.
 Complessivamente, nella via glicolitica, da una molecola di glucosio
sono prodotte due molecole di acido piruvico, con una resa netta di
due ATP (2 se ne consumano nella prima parte della via e 4 se ne
producono nella parte finale) e due NADH.
La glicolisi genera NADH, che può essere riossidata nella catena di
trasporto degli elettroni nella respirazione aerobia e anaerobia, o
attraverso la riduzione di intermedi del processo fermentativo.
2. VIA DI ENTNER-DOUDOROFF → o via del chetogluconato.
In Gram – e Archaea la
via glicolitica non è
completa e viene
sostituita da questa
via. In altri batteri
come in Pseudomonas,
dove è stata descritta
per la prima volta, le
due vie coesistono.
Il glucosio 6-fosfato
viene trasformato ad
acido piruvico e
gliceraldeide-3-fosfato
successivamente
ossidata ad acido
piruvico dagli stessi
enzimi attivi nella via
glicolitica di EMP
(glicolisi). Con questa
via catabolica si
producono una sola molecola di ATP, una di NADPH e una di NADH
per ogni molecola di glucosio degradata.

3. CICLO OSSIDATIVO DEI PENTOSO FOSFATI → indipendente dal fatto

che sia usata la glicolisi o la via di Enter-Doudoroff, i batteri sono
comunemente sono dotati di tutti o parte degli enzimi del ciclo
ossidativo dei pentoso fosfati (o via dell’esoso monofosfato) tramite
i quali vengono generati precursori metabolici essenziali per le
biosintesi.

La via non porta alla produzione diretta di acido piruvico. Dagli

intermedi come la gliceraldeide-3-fosfato si può ottenere acido
 piruvico attraverso l’azione degli enzimi glicolitici che la cellula
possiede.
In questo caso produce una molecola di ATP nelle reazioni che
portano la gliceraldeide-3-fosfato ad acido piruvico.
Il ciclo dei pentoso fosfati genera NADPH, che è utilizzato come
riducente nei processi biosintetici della cellula.
Questo ciclo assume significato nella produzione di energia solo in
alcuni organismi.

CICLO DEGLI ACIDI TRICARBOSSILICI

Il catabolismo segue tre fasi:

1. Fase preparatoria: semplificazione (depolimerizzazione). in questa
fase le proteine producono amminoacidi e i polisaccaridi
monosaccaridi. I lipidi sono formati da una catena alifatica di alcani
 e alcheni. Alla fine di un alcano si trova un metile ma qui troviamo
un carbossile che può esterificare (perdere una molecola di H2O)
con un alcol. Per cui si avrà COO-R e non CO-R. i lipidi formano
glicerolo e acidi grassi.
2. Catabolismo vero e proprio: si arriva al piruvato attraverso la
glicolisi
3. Ciclo di Krebs: respirazione o fermentazioni
Da una molecola di glucosio ossidata mediante glicolisi si ottengono due
molecole di acido piruvico, due molecole di ATP e due molecole di NADH.
L’acido piruvico, nella maggior parte degli organismi aerobi, è trasformato
in acetil-CoA per decarbossilazione ossidativa operata dal complesso
enzimatico piruvico deidrogenasi:
CH3–CO–COOH + CoA + NAD+ → → CH3–CO–CoA + CO2 + NADH + H+
L’acetil-CoA è un trasportatore di acetili in cui tra l’acetile e il gruppo –SH
del coenzima A si stabilisce un legame ad alta energia. La rottura di
questo legame rilascia –35,70 kJ mole–1, più energia di quanta ne sia
rilasciata dall’idrolisi dell’ATP ad ADP (–31,80 kJ mole–1).
L’acetil-CoA prodotto dalla decarbossilazione ossidativa dell’acido
piruvico può essere usato direttamente nelle biosintesi oppure essere
completamente ossidato a CO2 e H2O nel ciclo degli acidi tricarbossilici,
illustrato in figura 5.19. In questa serie di reazioni, per ogni molecola Totale
di 15 ATP
piruvato ossidata a CO2 si producono:
3 NADH: per fosforilazione ossidativa possono generare 9 ATP
1 NADPH: per fosforilazione ossidativa può generare 3 ATP
1 FADH2: per fosforilazione ossidativa può generare 2 ATP
1 GTP: per fosforilazione a livello di substrato, equivale a 1 ATP

Per ogni molecola di glucosio ossidata si producono quindi, nel ciclo degli
acidi tricarbossilici, 15 × 2 = 30 ATP, cui si aggiungono 2 ATP prodotti a
livello del substrato dalla glicolisi e altri 6 ATP prodotti per fosforilazione
ossidativa a seguito dell’ossidazione delle 2 molecole di NADH prodotte
nella glicolisi, per una resa totale di 38 molecole di ATP.
Negli organismi aerobi chemiorganotrofi il TCA rappresenta la via più
importante e produttiva per generare ATP e inoltre permette di produrre
tre precursori metabolici essenziali per le biosintesi (α-chetoglutarato,
succinil-CoA e ossalacetato). Alcuni batteri anaerobi stretti non hanno un
ciclo degli acidi tricarbossilici completo, poiché sono privi dell’α-
chetoglutarato deidrogenasi e, per la produzione degli intermedi
fondamentali della biosintesi, utilizzano retro-rea zioni che permettono di
produrre succinil-CoA da ossalacetato (ramo riduttivo del TCA interrotto)
e α-chetoglutarato da acido citrico.

RIOSSIDAZIONE DEL NADH E RIDUZIONE DEL PIRUVATO

L’ossidazione parziale del glucosio nelle vie qui considerate porta alla
produzione di una piccola quantità di ATP e alla riduzione del NAD(P).
Perché queste reazioni di ossidazione possano continuare, e quindi altro
ATP venga prodotto, è necessario ripristinare l’accettore di elettroni,
ossia occorre che il NAD(P)H venga riossidato a NAD(P). Una piccola parte
di NAD(P)H cede i propri elettroni nelle reazioni anaboliche che
richiedono la riduzione del substrato. La quota rimanente, invece, li cede
a un “accettore finale” che, una volta ridotto, viene “eliminato” dalla
cellula come “prodotto di scarto”. Saranno ora descritte alcune
fermentazioni che, oltre alla loro rilevanza biologica, hanno avuto un
forte impatto sulla vita dell’uomo o perché sono utilizzate per la
produzione e/o la conservazione di alimenti, o perché sono sfruttate in
processi industriali per produrre sostanze utili agli uomini.

FERMENTAZIONE LATTICA
Ci sono diverse specie batteriche che producono acido lattico per
fermentazione, ma quelle utilizzate dall’industria fanno capo ai cosidetti
batteri lattici (LAB, lactic acid bacteria) in cui si distinguono due gruppi
metabolici principali:
1. I batteri lattici omofermentanti (che producono solo acido lattico)
2. I batteri lattici eterofermentanti (che producono acido lattico, CO2
ed etenaolo)
Nell’industria alimentare, per la produzione di yogurt e di alimenti
probiotici, ha assunto importanza un terzo gruppo di batteri, i
Bifidobacteria, appartenenti al genere Bifidobacterium nel phylum degli
Actinobacteria, che conducono una fermentazione lattica particolare.
In base alla strategia adottata che ciascuno di questi gruppi adotta, si
distinguono vari tipi di fermentazione:
➔ Fermentazione omolattica: I batteri lattici omofermentanti come
Lactobacillus usano la via glicolitica per ossidare la molecola di
glucosio producendo due molecole di acido piruvico, due molecole di
ATP e due
molecole di
NADH.
Nella fase
successiva
le due
molecole di
acido
piruvico
sono ridotte ad acido lattico dal NADH tramite l’enzima lattato
deidrogenasi (fig. 5.6). L’acido lattico è il prodotto finale della
fermentazione e non subisce ulteriori ossidazioni.
Studi compiuti utilizzando glucosio marcato con carbonio radioattivo
(14C) hanno evidenziato che la fermentazione avviene tramite la via
glicolitica e che più del 90% del carbonio proveniente dai substrati
fermentabili è convertito nel prodotto finale (acido lattico), mentre
solo il 5% è convertito in biomassa batterica. Batteri lattici
omofermentanti sono, ad esempio, Lactobacillus casei, Lactobacillus
pentosus e Streptococcus faecalis, che possiedono l’enzima
fruttosio-1,6-difosfato aldolasi (enzima chiave della via glicolitica).
➔ Fermentazione eterolattica: Un secondo gruppo di batteri lattici è
costituito da batteri lattici eterofermentanti che, dalla
fermentazione, non producono esclusivamente acido lattico, ma
anche etanolo e CO2. Questi batteri mancano dell’enzima fruttosio-
1,6-difosfato aldolasi e non sono in grado di utilizzare la via glicolitica
per la degradazione del glucosio bensì la via dell’esoso monofosfato
(detta anche via della fosfochetolasi dal nome dell’enzima chiave)
(fig. 5.7).
Questa via è utilizzata da numerosi batteri lattici per il catabolismo
del glucosio. In Lactobacillus pentoaceticus e Leuconostoc
mesenteroides la via porta alla produzione, in quantità equimolari, di
acido lattico, etanolo e CO2. Specie eterofermentanti si trovano
anche nei generi Streptococcus, Lactococcus, Pediococcus,
Microbacterium e Bacillus.
➔ Fermentazione dei bifidobatteri: un terzo tipo di fermentazione
lattica è condotto dai batteri del genere Bifidobacterium. Questi
batteri degradano gli zuccheri esosi esclusivamente attraverso la via
del fruttosio-6-fosfato con produzione di acido piruvico che può
essere ridotto ad acido lattico dall’enzima lattato deifrogenasi o
scisso in acido formico e acetilfosfato, a sua volta trasformato in
acido acetico con produzione di ATP.
FERMENTAZIONE ALCOLICA (LIEVITI E BATTERI)
Tipica di lieviti come Saccaromyces cerevisiaes che utilizza la via glicolitica
per il catabolismo del glucosio e, in anaerobiosi e a pH neutro o
leggermente acido, produce etanolo e CO2 con la fermentazione alcolica:
C6H12O6 → 2 C2H5OH + 2 CO2
L’acido piruvico prodotto dalla glicolisi subisce una decarbossilazione non

ossidativa ed è convertito ad acetaldeide e CO2. Le due molecole di NADH

prodotte durante la glicolisi sono usate nella reazione di riduzione
dell’acetaldeide ad alcol etilico (fig. 5.9). In questo modo si riossida il
NADH a NAD e la glicolisi può continuare. Da notare che la
decarbossilazione dell’acido piruvico in questa fermentazione è diversa da
quella che avviene nella respirazione, dove si ha una decarbossilazione
ossidativa dell’acido piruvico ad acetil-CoA catalizzata dall’enzima
piruvato deidrogenasi.
La fermentazione alcolica del lievito può essere alterata semplicemente
modificando le condizioni ambientali. Ad esempio, il bisolfito di sodio,
aggiunto al mezzo di coltura, complessa e fa precipitare l’acetaldeide che
non può più fungere da accettore di elettroni, rendendo così possibile la
via alternativa di riduzione del diidrossiacetone-fosfato a glicerolo-fosfato
(fig. 5.10). Questa procedura è tra quelle utilizzate per la produzione
industriale di glicerolo. Non è comunque possibile spingere
eccessivamente questo processo senza che le cellule subiscano gli effetti
tossici del bisolfito di sodio e quindi si troverà comunque etanolo fra i
prodotti della fermentazione.
La produzione industriale di etanolo è ottenuta prevalentemente con i
lieviti; tuttavia, è noto anche un batterio, Zymomonas mobilis, capace di
attuare una fermentazione esclusivamente alcolica utilizzando come
substrato fermentabile il glucosio. Questo batterio possiede, come
S. cerevisiae, l’enzima piruvato decarbossilasi (che catalizza la reazione:
acido piruvico → acetaldeide + CO2), la cui presenza è molto rara nel
mondo batterico mentre è frequente in funghi e lieviti. Inoltre, è più
tollerante del lievito all’etanolo prodotto (11-16%) e questo può
determinare una migliore resa produttiva.
La fermentazione alcolica in Z. mobilis (fig. 5.11) inizia con la
degradazione del glucosio attraverso la via di Entner-Doudoroff,
dopodiché il piruvato prodotto subisce (come avviene nella
fermentazione alcolica di S. cerevisiae) una decarbossilazione non
ossidativa ad acetaldeide e questa è ridotta ad etanolo con una resa di
1,58-1,93 moli di etanolo per mole di glucosio. La fermentazione di
glucosio o di altri substrati porta frequentemente alla produzione di
piccole quantità di altri prodotti come mannitolo.
METABOLISMO RESPIRATORIO
La respirazione è il processo metabolico in cui un donatore di elettroni,
che può essere sia una molecola organica sia una molecola inorganica
riducente, è ossidato attraverso una serie di reazioni al termine delle
quali gli elettroni sottratti al substrato sono ceduti all’ossigeno o a
un’altra molecola, inorganica od organica, ossidante. L’energia liberata da
questo processo è trasformata in forza proton-motrice e utilizzata per
produrre ATP, tramite l’ATP sintasi, o per compiere altri tipi di lavoro
cellulare.
Questo tipo di metabolismo energetico è caratteristico di molti organismi
chemiorganotrofi e chemiolitotrofi e si può svolgere in aerobiosi o in
anaerobiosi con modalità diverse in base alle caratteristiche del
microrganismo e della disponibilità dei diversi accettori di elettroni
nell’ambiente. Rispetto alla fermentazione, la respirazione utilizza
accettori finali di elettroni esterni e ha una resa energetica più elevata.
Vedremo ora i diversi modi di svolgere un metabolismo di tipo
respiratorio da parte dei batteri chemiotrofi, come vengono ossidati i
substrati organici o inorganici in aerobiosi e in anaerobiosi e potremo
apprezzare la notevole diversità metabolica dei procarioti e la vastissima
capacità di sfruttare fonti energetiche di natura chimica che altri
organismi viventi non possono invece utilizzare.

RESPIRAZIONE AEROBIA DEI BATTERI

Il glucosio, una volta assimilato dalla cellula è inizialmente ossidato fino
ad ottenere acido piruvico. Questo è ulteriormente ossidato a CO2 e H2O
nel ciclo degli acidi tricarbossilici (TCA o CICLO DI KREBS) con il rilascio di
numerose coppie di elettroni e protoni, che vengono catturati dal NAD
nelle diverse reazioni di ossidoriduzione del ciclo.
In questo modo il substrato organico è completamente mineralizzato e
l’energia chimica in esso contenuta è accumulata in energia metabolica
sia sottoforma di ATP (o molecole simili, come il GTP) sia come potere
riducente (soprattutto NADH).
Il NADH prodotto nella glicolisi e nel ciclo degli acidi tricarbossilici rilascia
il suo potere riducente alla catena di trasporto degli elettroni creando il
gradiente protonico transmembrana.

RESPIRAZIONE ANAEROBICA
Quando l’ossigeno molecolare non è disponibile nell’ambiente o non può
essere usato come accettore finale degli elettroni, alcune specie
microbiche usano accettori diversi; infatti, nel caso delle fermentazioni le
cellule possono usare come accettori di elettroni composti organici
derivanti dall’iniziale ossidazione parziale dei substrati fermentati,
ricavando così energia.
I microrganismi che possiedono una catena di trasporto di elettroni di
membrana sono in grado di utilizzare composti inorganici od organici
ossidati presenti nel mezzo di crescita come accettori finali; questo
processo è detto respirazione anaerobia.
Questo tipo di respirazione è tipico dei procarioti.
I possibili accettori di tale respirazione sono:
- Nitrati
- Solfati
- Lo zolfo elementare
 - Gli ossidi ferrici
- Lo ione manganato
- Molecole organiche come il fumarato
Tutti questi accettori saranno poi trasformati nelle corrispondenti forme
ridotte.
Affinché gli elettroni del substrato
siano trasferiti a un accettore
diverso dall’ossigeno occorrono
sistemi enzimatici specifici per
ciascun tipo di accettore (ossidasi
terminali), equivalenti alla
citocromo ossidasi che trasferisce
gli elettroni all’ossigeno nella
respirazione aerobia.
Molti microrganismi anaerobi
facoltativi che attuano respirazione
anaerobia sono capaci, in presenza
di ossigeno, di respirazione
aerobia; inoltre, molti di questi (ad es. E. coli) in anaerobiosi possono
compiere fermentazioni. In questi casi le ossidasi terminali sono espresse
in anaerobiosi solo quando nel mezzo di coltura è presente l’accettore di
elettroni che ne induce la sintesi, si assiste in oltre alla sintesi di specifici
citocromi per la catena di trasporto di elettroni, in relazione al tipo di
accettore.
Nella respirazione anaerobia il passaggio degli elettroni dal NADH
all’accettore finale attraverso i vari trasportatori produce un gradiente
protonico, come nella respirazione aerobia, e genera forza proton-
motrice.
La quantità di ATP prodotto dipende dalla differenza di potenziale
ossidoriduttivo fra il donatore e l’accettore finale ed è molto diversa per i
nitrati o i solfati, gli ioni ferrici o il fumarato. Nel caso del fumarato, ad
esempio, si sa che la coppia redox succinato/fumarato ha un potenziale di
circa 0 volt, che è sufficiente per accoppiare la riduzione del fumarato
all’ossidazione di NADH o di H2, ma ha una resa energetica piuttosto
scarsa che permette di sintetizzare poco ATP. Alcuni batteri come
Wolinella succinogenes o E. coli possono crescere utilizzando H2 come
donatore di elettroni e fumarato come accettore. Vediamo ora alcuni
esempi di respirazione anaerobia nei quali sono usati accettori di elettroni
diversi (nitrati, solfati, ioni ferrici).