Biochimica

8/04/2022 12-13

Vi ho gia detto che questo e’ un crocevia delle vie metaboliche perche non soltanto la produzione di
NADPH2 che servirra per la fosforilazione ossidativa ma anche perche molti di questi intermedi
vengono utilizzati come precursori per la produzione di altre sostanze da cui partirano una serie di
intermedi che entrerano nelle varie vie anaboliche.

Come sempre, potrra essere necessario trasportare le molecole al mitocondrio all’interno del citosol,
quest’ultimo dipendera delle varie reazione di cui ci sta provando. Per farvi un riassunto, quello che
accadra e’ che nostro acetil coenzimatico, con tanto impegno, andrra a condensarsi, quindi a unirsi
all’oxaloacetato che invece e’ un molecola con 4 atomo di carbonio per formare il citrato. Citrato e’
un molecola che contiene 6 atomi di carbonio. Invece vedete poi che pur essendo di un grande
variabilita chimica e vi ricordo la necessita per l’uomo di utilizzare 2 unita di atomi di carbonio,
purtroppo non riusciamo a lavorare con unita monocarboniose per tanti motivi. Quindi tutte queste
condensazioni osserviamo per fare una serie di decarbossilazione successive che porterano... Quindi
C2, C4,C6 avremo due decarbossilazioni C5, C4 doppodiche dovremo ritrasformare questo C4 in
ossaloacetato di partenza. Allora questo ciclo produrra FADH2 e NADH.
Possiamo vedere un po la tipologia delle reazioni. Vedremo mano mano la strategia per riuscire a
ottenere elettroni.
Prima tappa, come voi potrette immaginare, non e’ una reazione di ossidazione, ma e’ un reazione di
condensazione. Da una parte abbiamo l’acetil co-A con 2 atomi di carbonio che dobbiamo
condensare, cioe unire, a una molecola di ossalacetato che invece ha 4 atomi di carbonio. C4+C2=C6
che si chiama citrato. Ossalacetato rientra negli alfa-keto-gluttanati perche ha un gruppo carbonilico
ketonico e un gruppo carbossilico, quindi e’ un alfa-keto acido, c’e ne sono 2 ciclo di carbonio .
L’enzima che potra realizare la condensazione e’ citrato sintasi , rilascera coenzima A e entra acqua.

La cosa strano che succede e’ che questo carbonio carbonilico va ad attacare a questo carbonio qui
CH3 che diventa CH2 e rimane C00-. Questo e’ un reazione, vi ripeto, che e’ catalizzato da citrato
sintasi che passera come intermedio.
L’acetil coA viene condensato, vi ripeto, con questa caratteristica del gruppo carbonilico
dell’ossalacetato che viene attacato ad CH3. Gia vi dice, la rivedremo a livello del regolazione, che
citrato sintasi attivato allostericamente da calcio e ATP che ci segnava contro FAD che invece e’
necessario che aumentare il fonte energetico perche non e’ sufficiente, mentre e’ inibito, come
sempre, da NADH, citrato e succinilcoenA.

La grande variazione che abbiamo visto con Delta G negativo e’ giustificato anche dal fatto
che la concentrazione dell’ossalacetato di partenza e’ bassa.

La reazione passa ...pero di nuovo abbiamo acetil coA COCH2S-CoA che lega ossalacetato
attraverso questo carbonio ( CH2). Dopodiche c’e fuoriuscita del coA con produzione del
citrato. Rimane sempre quel punto su qui si attacca questo Carbonio di gruppo carbonilico, il
Ch3, e non a quel carbonio, addesso lo vediamo.
Questo reazione, lo dicevo di nuovo, e’ catalizzata da un enzima particolare che si chiama ...
citrato sintasi che in realta catalizza questo reazione di condensazione in maniera
particolare. Cosi quello ha due tasche... ha due parte... ciascuna di queste parti ha una
tasca e quindi una e’ piu rigida e magra e arriva questo ossalacetato nella tasca piu
piccolina e l’enzima si richiude chiaramanete e, a questo punto puo avvicinarsi acetil coA e
questo che succede e’ che catalizza per la formazione del citrato.
Qui vediamo ancora di piu come questi dimeri si richiudono quando lega il substato e questo
sono esempi di modificazione indotta dal legame dell’enzima con substrato. Questo e’ il
perche, cominciamo a capirlo da un punto di vista chimico, lega il CH3.

Quale’ il meccanismo d’azione?

Abbiamo il ossalacetato, vedrete qui, e abbiamo l’acetil coA, ci aiuta l’istidina chiaramente,
l’istidina che fa parte dell’enzima come altre residui che aiutano nella reazione stessa, fa si
che vengono estrato un protone dal gruppo carbonilico per formare questo intermedio.
Quindi quello che accade: questo e’ acetil coenzima A e vedete il C=O che si rompe, quindi
il carbonio acquisisce la possibilita di formare un legame in piu che sposta sul quell altro
carbonio e viene a formare questo intermedio emolico. Chiaramento quello che si forma a
livello del C0- e’ stabilitato da residui di istidina. A questo punto e’ chiaro che il carbonio
carbonilico dell’ossalacetato viene a reagire con il carbonio del acetil coa che abbiano
spostato le cariche, quindi chiaramente questo reazione e’ possibilie.

Se viene, quindi, a rompere questo doppio legame carbon- ossigeno, carbon-ossalacetato, il

carbonio passa dalla ibridazione sp2 a ibridazione sp3 e lega proprio il carbonio
dell’intermedio ematico. Dopodiche l’ultima cosa e’ la rottura della legame con coA e si libera
il citrato.

Quindi si lega acetil coA con ossalacetato. Nell’intermedio emolicoo c’e un doppio legame
carbonio-carbonio che puo essere a punto attacato da carbonio dell’ossalacetato. Tutto
questo per formare la famosa molecola di citrato.
La seconda tappa consiste nella formazione dell’isocitrato, che sono semplicemente due isomeri.
L’idrogeno che e’ su carbonio 3 si sposta su carbonio 2, OH che era su carbonio 2 si e’ spostata.
Questo reazione richiede un enzima che si chiama aconitase e come abbiamo visto in tutto i reazioni
in cui c’e isomerizzazione basta un disidratazione e una reidratazione perche si viene a formare
come abbiamo visto prima, un doppio legame.

Questa reazione in realta... anche questa reazione segue una schema chimica ben preciso.
Ricordiamo come si chiama il gruppo OH sul carbonio: gruppo alcolico. Questo alcool se vorremo
definire e’ primario, secondario, terziario? Dovete ricordare a quanti altri atomi di carbonio e’ legato
il carbonio che lega il gruppo alcoolico. Questo e’ legato a tre, quindi questo e’ un alcool terzario.
Quest alool invece e’ legato a due, quindi e’ un alcool secondario. Se vi ricordate l’alcool primario e’
ossidato in aldeide, un aldeide in acido carbossilico. L’alcool secondario puo essere in ketone e
l’alcool terzario non reagisce. Quindi e’ necessario fare questo spostamento in modo a riuscire a
ossidarlo.
Si forma un intermedio che si chiama cis-Aconitato, quindi la nome dell’enzima. Vi dico che questa
enzima e’ anche inibita da fluoro-acetato., lo vediamo dopo. La reazione e’ reversibile, abbiamo
detto reazioni di equilibrio che ha come scopo di rendere il gruppo OH in ...Nonostante la reazione e’
reversibile, come tutte le reazioni che abbiamo visto fin ora, e’ spinta verso destra per la formazione
dell’isocitrato.

L’aconitasi e’ un enzima, come vedrete tanti altri, in cui comincia a comparire una qualcosa che sara
ricorrente. Questo e’ un enzima che contiene un centro ferro-zolfo. Ci sono atomi di ferro, alcuni
seguono a legare la cisteina dell’enzima e quindi ancorano all’enzima mentre un atomo di ferro
andrra a legare il citrato.

In realta un enzima puo svolgere funzioni diversi, per esempio questa enzima funziona nel ciclo di
Krebs, pero se e’ nel citosol non nel mitocondrio fa qualcos’ altro. Quando la concentrazione del
ferro raggiunge un certo concentrazione, molto bassa, allora serve a regolare la concentrazione
stessa del ferro. Questi enzimi si chiamano moonlighting... hanno questo nome un po’ ...
Vi dicevo che l’aconitasi e’ il bersaglio dell’azione tossico del Fluoroacetato, che viene utilizzato in
alcuni paesi come veleno per i topi. Questo fluoroacetato si puo legare con CoA e dare
fluoracetilCoA, poi agisce aconitasi e si trasforma in fluorocitrato. Il Fluorocitrato non puo essere
ritrasformato da aconitasi e quindi questo si blocca. Questo e’ un esempio di substrato suicido.
Okayyy, andiamo avanti ed arriviamo alla prossima tappa. Quindi arriva la molecola acetilcoA, si
condensa con l’ossalacateto C4 da cui origina la molecola citrato C6, poi si trasforma in isocitrato,
che non ha qualcosa interessante pero arriviamo alla terza tappa che e’ la decarbossilazione
ossidativa. Porta avanti il isocitrato con deidrogenasi, ricordatevi come vi o gia detto se c’e
deidrogenasi sicuramente si formera NADPH, e infatti eccolo qui il NADPH che si forma.

La prima reazione e’ un reazione in qui NADP+ arriva NADPH e quindi viene trasformato questo
gruppo H che c’avevamo posizionati bene in C=O, okayy? Quindi abbiamo ossidato. A questo punto
dopo l’ossidazione avviene la decarbossilazione, quindi eliminiamo questo Co2 e otteniamo alfa-
chetoglutarato. Questa e’ la seconda che vi dicevo,che e’ un altro chetoacido.
Questo e’ il meccanismo d’azione: quello che accade praticamente, quindi questo e’ il nostro
isocitrato, questo COH viene portata a C=O e l’elettrone lo mandiamo al NADP+ e quindi si forma
NADPH. Questo intermedio che poi viene decarbossilizato si chiama ossalsuccinato e a questo punto
si elimina questo molecola di Co2 e si forma per il momento un doppio legame. A questo punto
comincia il guadango energetico

Come vi dicevo, esistono 2 isocitrato deidrogenasi, uno che agisce con NAD+ e uno che agisce con
NADP+.
Il reazione, come potete notare, e’ irreversibile, delta G minore di 0. Chiaramente positivo per NADP
e anche per Calcio.
Quarta Tappa:

Chiaramente l’altra tappa di decarbossilazione e ossidazione sempre portato avanti da deidrogenasi.

Come sempre si va a formare un NADH e quindi questo chiaramente entrera nella fosforilazione.
Pero cui abbiamo elementi un po diversi: il primo e’ un deidrogenasi specifico per alfa-
chetoglutarato che si chiama alfa-chetoglutarato deidrogenasi. Il meccanismo rimane assolutamente
identico a questo che abbiamo visto per NADPH. Per attaccare quindi sara Co2 viene perso e viene
aggiunto coA e si forma succinil coA.

Vi faccio di nuovo notare che si viene a formare un legame tioestere ad alta energia. Questo e’ alfa
chetoglutarato, esce Co2 e si lega al coA. Vi ricordo si produce NADH, che di nuovo serve come un
fonte energetico.
Quinta Tappa:

Convertiamo succinil-CoA in succinato, vi ricordate, questo legame tioestere si rompe e abbiamo

liberazione di CoA e la conversione di GDP in GTP tramite l’energia del legame tioestere. Come ci
sono enzimi che utilizzano come fonte energetico ATP, ci sono enzimi che utilizzano GTP.

Quindi esce coA e semplicemente questa diventa succinato e GDP passa in GTP.

L’energia come vedrete che qui Delta G, come in tutti reazioni reversibili e’ minore di 0, e’ andata a
finire nella produzione di una molecola di ATP.

Pero, lo vedrete dopo, la conversione da GTP a ATP ha costo 0. Chiaro?

Quindi, esce coA semplicemente e questa diventa succinato, il GDP passa GTP e si libera coA.
L’energia che vedete, questa delta G, reazione reversibile, circa uguale a 0, e’ andata a finire nella
produzione di immediata dell’altra molecola di ATP.

Come vi dicevo prima, dire ATP dire GTP e’ praticamente la stessa cosa perche possiamo
interconvertirli con delta G uguale a 0.

Allora passiamo nel... no questo e’ il meccanismo di formazione. Da succinil coA passiamo a

succinato con la formazione di GTP. Pero praticamente, questa molecole GTP come si forma? Questo
gr fosfato dove era? Perche fa parte di questa reazione? C’entra perche si forma questo gr fosfato,
perche e’ poggiato praticamente dove era prima la coA, quindi viene dato dal substrato succinil coA,
e’ succinil coA che lo lega e poi dopo lo da a GDP per formare GTP.

Arriviamo poi a reax numero 6:

Abbiamo la conversione di succinato in fumarato, guardate che succede: si forma solo un doppio
legame ferro. Vengono liberati due idrogeni che vengono presi dal FAD per diventare FADH2. La
reazione e’ catalizzato da succinato deidrogenasi, reversibile, quindi non regolata da enzimi
regolatori. L’enzima e’ proprio all’interno della membrana mitocondriale e quello insieme con quello
della reazione successiva sono esempi chimici di quando vi parlavo della stereospecificita. Questi
riconoscono esatamente una stereoisomero rispetto all’altro e producono uno solo rispetto all’altro.
Per esempio in questo caso succinato viene trasformato in fumarato ma isomero trans.
Per il resto, quindi settima reazione il fumarato, chiaramente un altra cosa che possiamo dire e’ che
nella reazione succinato-fumarato c’e questa molecolina che si chiama manolato che assomiglia
molto a succinato, come vedete ci manca solo CH2, che purtroppo funziona da inibitore competitivo
dell’enzima. Quindi puo competere con il succinato e formare qualcosa che pero non sara fumarato.
E’ un inibitore competitivo.

Torniamo alla nostra succinato deidrogenasi, anche questo e’ uno di quei enzimi che contengono
centri ferro-zolfo e importante e’ che porta alla formazione di queste famose FADH2, vi ripeto che si
forma l’isomero transfumarato e questo punto avviene la settima tappa, che e’ facile e a questo
punto dovete sapere questo info... e’ gia fatta, dobbiamo solo dare nome...

In questa settima tappa, guardate un po cosa succede: e’ un idratazione, quindi rompiamo questa
doppio legame, quindi semplicemente si porta a Malato. Come vi dicevo prima e’ stereospecifico
quindi si forma quindi si forma quelle della serie L. Quindi fumarasi e’ un enzima stereospecifico e
viene a formare L-malato. L-malato deve essere riconvertito all’ ossalacetato in modo che ricominci il
ciclo, quindi manca l’ultima tappa. Anche questa reazione e’ un reazione reversibilie.

Quindi si rompe il doppio legame, entra H e OH e si forma il famoso malato.

Quindi, malato dobbiamo ricordarci a

ossalacetato. L’unica cosa che c’e e’ che questo gruppo di atomi OH diventi C doppio legame, quindi
e’ ossidazione... ossidazione del malato in ossalacetato... vi ripeto OH del carbonio secondario viene
di nuovo ossidato a carbonio carbonilico. Se questo si ossida, questo riduce il NAD che diventa
NADH.

Il reazione come vedete, sembrerebbe con delta G... quindi un reazione non spontanea... in realta
come sempre purche l’ossalacetato viene continuamente mosso perche riprende questo famoso
ciclo che stiamo vedendo... quello LMDK quel lmdq che ricordavi fa parte del delta G, diventa
talmente importante che delta G totale e’ vicina allo 0.
Okayy, abbiamo riformato ossalacetato, abbiamo formato NADPH. La reazione completa e’ quella
qua. Siamo partiti a acetil CoA, siamo arrivati a Co2 perche abbiamo fatto 2 decarbossilazione...
quindi 2 co2, 3 nadph, 2 fadh2, gtp.