BIOCHIMICA II

IL CICLO DELL’ACIDO CITRICO

Per la maggioranza delle cellule eucariotiche e per molti

batteri che vivono in condizioni aerobiche e ossidano i loro
combustibili organici ad anidride carbonica e acqua, la glicolisi
p solo la prima fase della completa ossidazione del glucosio. Il
piruvato prodotto dalla glicolisi viene ulteriormente ossidato
ad H2O e CO2.

Questa fase aerobica del catabolismo è chiamata respirazione.

Questo termina indica quei processi molecolari attraverso i
quali le cellule consumano O2 per produrre CO2, processi più
precisamente denominati respirazione cellulare.

La respirazione si svolge in tre fasi principali:

(1) Le molecole organiche, come il glucosio, gli acidi grassi
e alcuni amminoacidi, vengono ossidate per produrre
frammenti a due atomi di carbonio, nella forma del
gruppo acetilico dell’acetil-coenzima A (Acetil-CoA);
(2) I gruppi acetilici entrano nel ciclo di Krebs, che li ossida
enzimaticamente a CO2; l’energia liberata viene
conservata come NADH o FADH2, le forme ridotte di
questi trasportatori di elettroni.
(3) I coenzimi ridotti vengono riossidati liberando elettroni
e protoni (H+). Gli elettroni vengono trasferiti all’O2, il
loro accettore finale, attraverso una serie di molecole
trasportatrici di elettroni, conosciuta come catena
respiratoria. Nel corso del trasferimento di elettroni,
una parte notevole dell’energia rilasciata viene
conservata sotto forma di ATP, tramite la
fosforilazione ossidativa.

PRODUZIONE DI ACETIL-COENZIMA A (ACETATO ATTIVATO)

IL PIRUVATO VIENE OSSIDATO AD ACETIL-COA E CO2

La reazione complessiva catalizzata dal complesso della
piruvato deidrogenasi è una decarbossilazione ossidativa,
un processo ossidativo irreversibile in cui il gruppo
carbossilico viene rimosso dal piruvato sotto forma di una
molecola di CO2, e i due atomi di carbonio che restano
diventano il gruppo acetilico dell’acetil-CoA.

Il NADH formato entra nella catena respiratoria, che

trasferisce i due elettroni poi all’ossigeno producendo 2,5
molecole di ATP per coppia di elettroni.

IL COMPLESSO DELLA PIRUVATO DEIDROGENASI RICHIEDE CINQUE COENZIMI DISTINTI

La deidrogenazione e la decarbossilazione del piruvato ad acetil-CoA richiedono l’azione sequenziale di tre
enzimi diversi e di cinque gruppi prostetici o coenzimi:
1. La timina pirofosfato (TPP)
2. Il flavin adenin dinucleotide (FAD)
 3. Il coenzima A (CoA, talvolta indicato come CoA-SH)
4. Il nicotinammide adenin dinucleotide (NAD) e
5. Il lipoato.
IL COMPLESSO DELLA PIRUVATO DEIDROGENASI È COSTITUITO DA TRE ENZIMI
Il complesso della piruvato deidrogenasi
(PDH) è costituito da molte copie di tre
enzimi:

(1) La piruvato deidrogenasi (E1)

(2) La diidrolipoil transacetilasi (E2) e
(3) La diidrolipoil deidrogenasi (E3).

Il complesso della piruvato deidrogenasi

isolato dai mammiferi ha un diametro circa
50nm, cinque volte più grande del ribosoma.

MEDIANTE L’INCANALAMENTO DEI SUBSTRATI, GLI INTERMEDI NON ABBANDONANO MAI LA SUPERFICIE
DELL’ENZIMA

L’immagine precedente mostra in modo schematico come il complesso della piruvato deidrogenasi
catalizza le cinque reazioni consecutive nel processo di decarbossilazione e di deidrogenazione del piruvato.
(1) È essenzialmente identica alla reazione catalizzata dalla piruvato decarbossilasi; l’atomo C-1 del
piruvato viene rilasciato sotto forma di CO2 e l’atomo C-2 viene legato alla TPP come gruppo
idrossietilico.
(2) Il gruppo idrossietilico viene ossidato a livello di acido carbossilico (acetato). I due elettroni rimossi
nella reazione vanno a ridurre il ponte –S–S– del gruppo lipoilico sull’E2 formando due gruppi tiolici
(–SH). Il residuo acetilico in questa reazione di ossidoriduzione viene prima esterificato su uno dei
due gruppi –SH del gruppo lipoilico e poi transesterificato al CoA, formando acetil-CoA.
(3) Quindi, l’energia dell’ossidoriduzione guida la formazione di un tioestere ad alta energia
dell’acetato. La restante parte della reazione catalizzata dal complesso PDH (da E3) è una serie di
trasferimenti elettronici necessari a rigenerare la forma ossidata a disolfuro del gruppo lipoilico
dell’E2 e a preparare il complesso per un altro ciclo di ossidazione. Gli elettroni rimossi dal gruppo
idrossietilico derivato dal piruvato passano al NAD+, transitando prima attraverso il FAD.
Incanalamento dei substrati

REAZIONI DEL CICLO DELL’ACIDO CITRICO

Per iniziare un giro del ciclo di krebs, l’acetil-CoA (2C) dona il suo gruppo acetilico all’ossalacetato (4C), un
composto a quattro atomi di carbonio, formando il citrato (6C) a sei atomi di carbonio. Il citrato (6C) viene
poi trasformato in isocitrato (6C) che viene deidrogenato con perdita di CO2, producendo il composto a
cinque atomi di carbonio α-cheroglutarato (5C). Quest’ultimo perde un’altra molecola di CO2 per formare il
succinato (4C). Il succinato viene convertito enzimaticamente in tre tappe in ossalacetato, il composto a
quattro atomi di carbonio con cui era iniziato il ciclo.
Quattro delle otto tappe di questo processo sono ossidazioni, in cui l’energia dell’ossidazione viene
conservata con un alto grado di efficienza mediante la formazione dei coenzimi NADH e FADH2.

NEL CICLO DELL’ACIDO CITRICO LA SEQUENZA DELLE REAZIONI HA UNA LOGICA CHIMICA
IL CICLO DELL’ACIDO CITRICO HA OTTO TAPPE:

(1) FORMAZIONE DEL CITRATO (5) CONVERSIONE DEL SUCCINIL-COA A

(2) FORMAZIONE DELL’ISOCITRATO SUCCINATO
ATTRAVERSO IL CIS-ACONITATO (6) OSSIDAZIONE DEL SUCCINATO A
(3) OSSIDAZIONE DELL’ISOCITRATI AD α- FUMARATO
CHETOGLUTARATO E CO2 (7) IDRATAZIONE DEL FUMARATO A MALATO
(4) OSSIDAZIONE DELL’α-CHETOGLUTARATO (8) OSSIDAZIONE DEL MALATO A
A SUCCINIL-COA OSSALACETATO

(1) FORMAZIONE DEL CITRATO

La prima reazione del ciclo è la condensazione dell’Acetil-CoA con l’ossalacetato per formare citrato,
reazione catalizzata dalla citrato sintasi. L’atomo di carbonio metilico del gruppo acetilico si lega al
gruppo carbonilico (C-2) dell’ossalacetato. Il citril-CoA è un intermedio transitorio che si forma sul sito
attivo dell’enzima e va incontro a una rapida idrolisi, producendo CoA libero e citrato, che sono poi
rilasciati dal sito attivo.
**Il CoA viene riciclato e può partecipare alla decarbossilazione ossidativa di un’altra molecola di
piruvato.

(2) FORMAZIONE DELL’ISOCITRATO ATTRAVERSO IL CIS-ACONITATO

L’enzima aconitasi (aconitato idratasi) catalizza la trasformazione
reversibile del citrato in isocitrato, mediante la formazione
intermedia dell’acido tricarbossilico cis-aconitato, che non si dissocia
dal sito attivo dell’enzima.
***Nella cellula la reazione è spinta a destra dal consumo molto
rapido di isocitrato da parte della tappa successiva, che abbassa la
sua concentrazione allo stato stazionario.

(3) OSSIDAZIONE DELL’ISOCITRATO AD α-CHETOGLUTARATO E CO2

L’isocitrato deidrogenasi catalizza la decarbossilazione dell’isocitrato per formare α-chetoglutarato.
Esistono due tipi di isocitrato deidrogenasi, una che richiede NAD+ come accettore di elettroni e
un’altra utilizza invece NADP+.

(4) OSSIDAZIONE DELL’ α-CHETOGLUTARATO A SUCCINIL-COA