IDROCARBURI
Es. Carbonio e Idrogeno
Sono sostanze organiche contenenti soltanto atomi di Carbonio e di Idrogeno. Gli
idrocarburi possono essere alifatici (dal greco: Grasso, olio), essi sono idrocarburi
non contenenti anelli benzenici e possono essere suddivisi in saturi e insaturi.
● Saturi: contengono legami semplici (alcani)
● Insaturi: Contengono doppi e/o tripli legami (Alcheni, Alchini)
Gli idrocarburi alifatici tendono a dare reazioni di sostituzione quando sono saturi e
reazione di addizione quando sono insaturi.
ALCANI
Gli alcani sono idrocarburi che impiegano solo legami singoli.
La formula generale degli alcani è Cn H2n+2
Dove n= 1, 2, 3, 4, ecc… pertanto:
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Configurazione elettronica: 1s22s22p2
MOLECOLA DI METANO
CH4
Se al metano viene strappato un idrogeno con il suo elettrone (H-), con il suo elettrone e
quello del Carbonio otterrà uno ione covalente che si chiamerà carbocatione (gruppo metile).
Il nome del carbocatione varia a seconda di quanti legami instaura. Se il carbocatione si lega
a un altro carbonio si chiamerà carbocatione secondario.
I gruppi CH3 sono gruppi elettron donatori. Il doppietto tra l'idrogeno e il carbonio, si sposta
di più sul carbonio perché il carbonio è più elettronegativo.
Il gruppo metile da elettroni al carbonio, più gruppi metile ci sono più il carbonio diventa
negativo perché riceve elettroni e più è stabile.
Se in un alcano c'è un gruppo metile numererò la catena per definire la posizione e prenderò
sempre il numero più piccolo.
GLI ISOMERI
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Sono molecole con una formula sempre uguale (glucosio, fruttosio), in chimica organica ci
sono tantissimi isomeri.
ISOMERIA STRUTTURALE:
Gli isomeri strutturali sono quei composti che hanno formule molecolari brute identiche ma
differiscono gli uni dagli altri poiché i loro atomi di carbonio sono uniti fra loro in un differente
ordine.
Butano:
Il primo alcano che esiste sotto forma di isomeri strutturali è il Butano.
Il Butano (C4H10) esiste sotto forma di due isomeri strutturali: il normal butano e l'isobutano
(2-metilpropano)
Etano:
L'Etano (C₂H₆) Formato da 2 carboni legati ciascuno a 3 idrogeni, i tre idrogeni possono
stare allineati nella conformazione eclissata o sfalsati nella conformazione sfalsata.
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elettrico esterno induce una separazione di carica nella molecola e la formazione di
un dipolo temporaneo (indotto)
● Dipolo istantaneo-Dipolo indotto= le molecole apolari possono diventare per un
attimo polari, ciò è dovuto al moto degli elettroni attorno al nucleo. In un moto la
distribuzione degli elettroni è simmetrica rispetto al nucleo e la molecola non è
polare, per un istante può però succedere che la distribuzione sia asimmetrica
rispetto al nucleo e addensata un lato. Ciò determina la formazione di un dipolo
istantaneo. Ciascun dipolo istantaneo genera un campo elettrico che a sua volta
induce un dipolo indotto nelle molecole circostanti.
ALOGENAZIONE
La reazione che danno e fanno gli alcani si chiama alogenazione, significa che reagiscono
con gli alogeni.
Anche gli alcheni fanno alogenazione solo che gli alcani alogenano per sostituzione mentre
gli alcheni alogenano per addizione.
La reazione per avvenire deve essere sottoposta a energia (raggi UV o calore).
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A seconda della concentrazione di cloro se abbiamo 7 cloro e 7 metano si crea tutto
cloruro di metile, se abbiamo una concentrazione di cloro maggiore, tutti gli idrogeni
verranno sostituiti dal cloro e si creerà tetracloruro di metile.
IBRIDAZIONE sp2
Gli alcheni sono insaturi perché hanno un doppio legame carbonio. La loro formula
generale è CnH2n , dov'è n= 1, 2, 3, 4, 5, ecc...
Etilene: 1s22s22p2
Questa cosa dà modo agli alcheni di fare una reazione completamente diversa dagli alcani.
La loro è una reazione di addizione.
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La Molecola HCl è una molecola polare.
1. Il doppietto di elettroni (il legame π) tra i carboni cattura H+ formando uno ione
positivo (carbocatione) e Cl-
Addizione Acqua:
L'acqua è una molecola polare.
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Etanolo + H2O
Propene + Acqua:
1. Il doppietto cattura H+ che si può legare sia a C1(2 Propano) che a C2 (1
Propano) ,1 Propano sperimentalmente non è possibile, quindi si forma per
forza 2-propano.
2. Una molecola di acqua si è avvicinata alla carica positiva del carbocatione.
3. L'ossigeno diventa però positivo
4. L'ossigeno essendo positivo caccia un H+
5. L'H+ cacciato continuerà la reazione.
1 BUTENE: 2 BUTENE:
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ISOMERIA CIS-TRANS
GLI ALCHINI
Hanno un triplo legame.
Ibridazione sp
2 legami uguali, teoria della promozione (un elettrone passa dall'orbitale s all'orbitale
p) ibridazione sp
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IL BENZENE
Il benzene ha formula C6H6 e ha forma ad anello
Ogni carbonio ha 3 legami uguali (sp2) per ogni carbonio c'è un elettrone spaiato, quindi ci
sono 6 elettroni da sistemare.
Questi si spostano continuamente, quindi sono delocalizzati, e formano gli orbitali pz.
Bisogna sistemare gli orbitali pz che si sistemano uno davanti e uno dietro la molecola,
formando due anelli, entro i quali si muovono gli elettroni.
Il benzene, a differenza del cicloesene, nel quale gli elettroni sono localizzati, è molto
stabile, infatti è impossibile farlo reagire.
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Cl+ reagisce con il benzene.
1. Cl+ è molto elettronegativo e cattura il doppietto del benzene e con questo si lega al
carbonio. Ora ha una deficienza di elettroni.
2. Il doppietto tra l'idrogeno è il carbonio del benzene, viene catturato dal carbonio e
rilascia H+. Si forma il clorobenzene
ACOLI
Gli alcoli sono sostanze organiche che derivano formalmente da un alcano per sostituzione
di un atomo di idrogeno con un gruppo idrossilico (OH).
Negli alcoli l'idrogeno è debolmente acido a causa dell'elevata elettronegatività dell'ossigeno
che permette di sopportare In modo efficace una carica negativa.
Gli alcoli possono essere classificati come primari, secondari e terziari a seconda del
numero di gruppi alchilici legati al carbonio che porta il gruppo OH.
Gli alcoli sono legati da legami Ponte idrogeno, sono solubili in acqua e sono basici.
Hanno il punto di ebollizione più basso dell'acqua perché le molecole d'acqua sono più
strettamente legate tra loro rispetto a quelle degli alcoli.
Fino a 4 Carboni sono liquidi, dai 5 in poi sono gassosi.
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TRASFORMAZIONE DI UN ALCOL IN ALCHENE
DISIDRATAZIONE
Il fenolo invece è una sostanza acida formata da 6 Carboni. L'anello benzenico ha 3 elettroni
da un lato e 3 elettroni dall'altro. Il carbonio Ha un difetto di ottetto, di conseguenza va in
sofferenza di elettroni, prende i due elettroni tra carbonio e ossigeno che sono più spostati
verso il carbonio Perché l'anello benzenico è elettrondonatore, E di questo ne risente il
doppietto, L'ossigeno che è più elettronegativo del carbonio prende il doppietto e rilascia H+ ,
quindi si Ha una sostanza acida.
I POLIALCOLI
I polialcoli sono composti che presentano più di un gruppo funzionale OH, in base al numero
di gruppi -OH si parlerà di Dioli, trioli…
I polialcoli con due gruppi funzionali sono chiamati DIOLI. Quelli con tre gruppi -OH sono
chiamati TRIOLI. La molecola più piccola tra i trioli è Il glicerolo.
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È molto importante a livello biologico Poiché per esterificazione con gli acidi
grassi genera trigliceridi o fosfogliceridi. I trigliceridi sono formati da una
molecola di glicerolo esterificato con 3 molecole di acidi grassi.
Il Fosfogliceridi invece è composto da una molecola di glicerolo che lega due acidi grassi
e una molecola di acido fosforico.
In questo modo si forma il fosfogliceride che è l'unità
base di tutti i fosfolipidi, costituenti principali delle
membrane cellulari.
ESTERIFICAZIONE
Gli acidi carbossilici reagiscono con gli alcoli in presenza di catalizzatori acidi per dare esteri.
Gli esseri sono appunto composti organici che derivano dagli acidi carbossilici per
sostituzione del gruppo OH con il gruppo OR.
Avviene tra un alcol e l'acido carbossilico. L'acido carbossilico, desinenza oico (acido
propanoico) va via una molecola d’acqua
1. OH reagisce con H+ dell’etanolo, si forma una molecola d’acqua che va via
2. L’Ossigeno dell'etanolo si lega al carbonio.
ENANTIOMERIA
Quando due molecole sono una speculare dell'altra, come la mano sinistra è quella destra
sono una speculare dell'altra. Qualsiasi molecola che non è sovrapponibile alla propria
immagine speculare è detta chirale. La molecola del gliceraldeide sono due molecole una
spettacolare dell'altra.
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La differenza è la posizione del gruppo ossidrilico negli esseri viventi è presente solo la
forma D e aiuta la glicolisi, la sintesi dei fosfolipidi e altro, mentre la forma L gli è inutile. La
forma L è presente nei batteri, ecco perché è così difficile per gli altri esseri viventi
combatterli. Tutti quelli che hanno il gruppo ossidrilico a destra si chiamano gliceraldeide di
forma D, quelli con il gruppo ossidrilico a sinistra hanno la forma L.
GLI ALDEIDI
Chiusura dell'anello di Glucosio
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1. C1 è Positivo perché i doppietti sono più spostati verso l'ossigeno che è più
elettronegativo, C5 ma un gruppo ossidrilico, Il legame del gruppo ossidrilico va
sull'ossigeno e va via H+
2. L'ossigeno si prende il doppietto tra O e H e va via H+ L'ossigeno prende il doppietto
tra C1 è l'idrogeno a cui è legato. H+ Va via e l'ossigeno si lega a C1
3. L'ossigeno legato a C1 cattura un doppietto e diventa O-
4. L'ossigeno che è negativo, si lega a C1
ACIDI CARBOSSILICI
Sono acidi organici caratterizzati dalla presenza del gruppo carbossilico –COOH. Hanno
nomenclatura oico, Gli acidi carbossilici hanno come gruppo funzionale OH. Sono sostanze
acide perché liberano ioni H+. Sono solubili in acqua fino a 4 atomi di carbonio perché poi la
parte apolare prende il sopravvento sulla parte polare. Sono liquidi perché formano tra loro
legami Ponte a idrogeno. (50% legati, 50% slegati)
Possono legarsi facilmente i coppie formando legami a idrogeno tra il carbonile di un acido e
l'ossidrile dell'altro
Importanti sono gli acidi grassi che sono formati da una lunga catena alifatica e terminano
con COH
● Sono solidi i grassi animali perché a temperatura ambiente sono solidi ( saturi,
legami semplici)
● Sono liquidi i grassi vegetali, liquidi perché gli insaturi sono legami piegati e si legano
con difficoltà, quindi a temperatura ambiente sono liquidi (insaturi, doppi legami).
CHETONI
I chetoni sono composti caratterizzati dal gruppo carbonilico e hanno formula generale:
In cui R e R' sono 2 gruppi alifatici e/o aromatici.
Alcuni chetoni si riscontrano in natura: L'acetone si trova nel corpo umano e
si forma in alcune fermentazioni; altri chetoni fanno parte di oli essenziali o di
secrezioni animali.
Hanno come desinenza -one.
CARBOIDRATI
chiamati anche zuccheri, sono formati da Carbonio, idrogeno e ossigeno.
I carboidrati sono i componenti principali della materia vivente; hanno infatti una importanza
fondamentale nella vita delle piante e degli animali in quanto sono necessari al
mantenimento dell'attività funzionale delle cellule.
Le piante verdi sono gli unici esseri viventi in grado di sintetizzare i Carboidrati per
fotosintesi fornendo ossigeno.
Le proprietà dei carboidrati differiscono l'uno dall'altro. Con legami semplici sono composti
cristallini, facilmente solubili in acqua e di sapore dolce. Con legami più complessi sono
insolubili in acqua o danno soluzioni colloidali. I MONOSACCARIDI
Sono Monomeri o molecole che possono combinarsi con molecole simili per formare un
polimero più grande.
Abbiamo: glucosio, Fruttosio e galattosio.
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GLUCOSIO: è Aldo-esoso che, in soluzione acquosa può avere 2 strutture
cicliche, α e β a seconda di dove si trova il gruppo carbossilico. Il glucosio
è un componente della frutta e della verdura ed è presente in forte
concentrazione nel sangue.
FRUTTOSIO: è cheto-esoso.
È molto diffuso nel regno vegetale, è lo zucchero della frutta e del miele.
Presenta potere dolcificante superiore al saccarosio.
DISACCARIDI
I Disaccaridi sono sostanze solide, bianche, dal sapore dolce e solubili in Acqua (insolubili in
solventi organici). Nascono dal legame covalente tra 2 monomeri con rilascio di una
molecola di acqua.
Tra i Disaccaridi abbiamo: lattosio e saccarosio.
LATTOSIO: Dato dalla condensazione tra galattosio e glucosio con eliminazione di una
molecola di acqua. È l'unico disaccaride di origine animale e costituisce lo zucchero del latte.
SACCAROSIO: è dato dalla condensazione tra glucosio e fruttosio con eliminazione di una
molecola di acqua. È il comune zucchero da
tavola.
POLISACCARIDI:
Sono macromolecole formate dall'unione di numerosi monomeri (uguali o diversi) uniti da
legame covalente. Sono poco solubili o insolubili in acqua, privi di sapore dolce. Hanno
funzione di riserva (permettono a animali e vegetali di accumulare riserva di glucosio) e
sostegno (costituiscono la struttura di tessuti animali e vegetali)
Tra i polisaccaridi abbiamo: amido, glicogeno e cellulosa.
AMIDO: È un polimero dell'alfa glucosio. Rappresenta la riserva energetica delle piante che
attuano la fotosintesi e lo immagazzinano in semi, tuberi e radici.
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GLICOGENO: è un polimero dell'alfa glucosio. Costituisce il polisaccaride di riserva degli
animali e viene depositato in granuli nel fegato (serve a mantenere costante la glicemia) e
nei muscoli (funzione energetica)
OLIGOSACCARIDI
Gli oligosaccaridi derivano dalla condensazione di più molecole di monosaccaridi. I composti
formati dalla condensazione di un numero di (2 a 10) monosaccaridi superiore a 10
prendono invece il nome di polisaccaridi.
GLI AMMINOACIDI
Gli amminoacidi o aminoacidi sono composti organici che contengono nella molecola sia un
gruppo acido (di solito carbossile, -COOH) che un gruppo amminico (-NH2).
Nella maggioranza degli amminoacidi naturali il gruppo amminico è legato al carbonio Alfa
rispetto al gruppo carbossilico. Nella maggior parte dei casi il carbonio in Alfa porta anche un
atomo di idrogeno, il quarto legame del carbonio in Alfa È unito ad un gruppo R che varia.
Quindi la maggior parte degli amminoacidi differisce per la struttura del gruppo R legato al
carbonio in Alfa. La struttura generale di un amminoacido è la seguente:
Gli amminoacidi sono i costituenti fondamentali delle proteine,
nelle quali Essi sono collegati l'uno all'altro mediante legami
peptidici tra il gruppo carbossile di una molecola è il gruppo
amminico di un'altra.
LE PROTEINE
sono polimeri di amminoacidi e formano parte dei tessuti animali.
Varie sono le loro funzioni:
● strutturale= formano pelle, capelli e fibre muscolari
● catalitica= permettono le reazioni chimiche nei sistemi viventi, che in assenza di
Enzimi si verificherebbero tanto lentamente da non permettere il mantenimento della
vita.
● Regolazione degli ormoni
● Anticorpi= difendono l'organismo aiutando il sistema immunologico. Le proteine sono
composte da Alfa amminoacidi condensati tra loro mediante un legame peptidico.
Le proteine hanno tre strutture:
1. Primaria: è costituita da una sequenza di amminoacidi Legati con legami peptidici
nella catena polipeptidica.
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2. Secondaria: ha una configurazione ad alfa elica, è stabilizzata da legami a idrogeno
La configurazione a beta foglietto.
3. Terziaria: le strutture Alfa eliche della secondaria si uniscono formando una sfera.
Quaternaria: è definita dall'Associazione di due o più strutture terziarie.
I NUCLEOTIDI
Sono formati da uno zucchero, una base azotata e gruppi fosforici. Sono noti per unirsi in
lunghe catene formando Gli acidi nucleici, ovvero il DNA e RNA. Lo zucchero che compone i
nucleotidi può essere il Ribosio o il Deossiribosio.
Il Deossiribosio è chiamato così perché ha un atomo di ossigeno in meno rispetto al Ribosio.
Le basi azotate sono delle molecole cicliche contenenti azoto, Ne esistono cinque diverse
che possono essere presenti sui nucleotidi, in base al numero di anelli contenuti nella loro
struttura si classificano in purine (adenina e guanina) e pirimidine (citosina, timina e uracile).
Le basi normalmente legate al Ribosio sono la guanina, adenina, la citosina e uracile.
Normalmente nelle RNA la timina non è presente, mentre nel DNA non è presente l’uracile.
Ai nucleosidi (deossiribosio) si possono legare da uno a tre gruppi fosforici (nucleoside
monofosfato, difosfato e trifosfato), con il gruppo fosfato prende il nome di Nucleotide.
I nucleotidi possono fungere anche da Messaggeri all'interno della cellula.
ATP
L’adenosina trifosfato è un nucleotide con 3 gruppo fosfato, che ha l'adenina come base
azotata e il Ribosio come zucchero. È un nucleotide che ha una particolare rilevanza nelle
cellule, rappresenta infatti la moneta energetica che la Cellula paga per ogni suo processo.
L'atp, contenendo tre gruppi fosforici, essendo negativi si respingono tra loro (come se ci
fosse una molla ad allontanarli) ma il legame molecolare tra questi gruppi li mantiene vicini
(tenendo questa molla virtuale carica). Quindi nella molecola ci sono due legami ad alta
energia, Uno per ogni legame tra due gruppi fosforici, la rottura di questi due legami rilascia
l'energia che veniva trattenuta tra i due gruppi e può essere spesa dalla cellula Per compiere
processi faticosi.
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Il distacco di un gruppo fosforico dall’ATP porta alla formazione di ADP (adenosina difosfato)
e al rilascio di energia. Lo stesso discorso vale per il passaggio dall’ADP all’AMP. L’AMP
(adenosina monofosfato) Non rappresenta più una riserva di energia in quanto il legame tra
il gruppo fosfato e il Ribosio non è ad alta energia.
ACIDI NUCLEICI
Nelle cellule si trovano due varietà di acidi nucleici: gli acidi ribonucleici (RNA) e gli acidi
desossi-ribonucleici (DNA). Gli Acidi nucleici sono i depositari dell'informazione genetica e
svolgono un ruolo fondamentale nella sintesi di tutte la proteine.
Il DNA è una catena polinucleotidica, ossia una sequenza lineare di nucleotidi. I nucleotidi
del DNA hanno come zucchero il Deossiribosio, le basi Azotate sono 4, distinte in purine e
pirimidine.
● Le purine derivano dalla purina e come questa
sono formate da 2 anelli eterociclici contenenti
azoto e sono Adenina e Guanina.
● Le pirimidine derivano dalla pirimidina, nella quale
l'anello azotato è unico e sono Citosina e Timina
I Nucleotidi sono uniti a formare una lunga catena attraverso dei legami fosfodiesterici. La
reazione di questo particolare legame è catalizzata dagli Enzimi DNA-polimerasi.
Il DNA non è però un unico filamento, ogni catena è associata ad una seconda a formare un
doppio filamento in cui i 2 filamenti sono complementari. I legami che uniscono i 2 filamenti
sono tra le basi azotate mediante legami a idrogeno, facilmente interrompibili per permettere
l'apertura del doppio filamento e la trascrizione operata dall'RNA-polimerasi.
La complementarietà è determinata dal fatto che ogni base Azotata può legare solo con
un'altra specifica Base.
La molecola di DNA completa ha l'aspetto di una scaletta in cui i gradini sono rappresentati
dai legami tra le basi azotate e gli assi longitudinali sono costituiti dalla intelaiatura di
zuccheri e gruppi fosfati. In realtà però la scaletta descritta dall'insieme di nucleotidi non si
sviluppa su un solo piano ma si avvolge su sé stessa a formare una doppia elica.
La struttura a doppia elica è determinata da un lato dalla natura idrofoba delle basi azotate e
dall'altra dalla rigidità dei legami fosfodiesterici che non possono modificarsi nella propria
lunghezza ma permettono solo la rotazione della molecola attorno al proprio asse. Così le
catene nucleotidiche, poste l'una di fronte all'altra, per evitare una eccessiva presenza di
acqua intorno alle basi azotate idrofobe si avvolgono intorno a un asse centrale assumendo
la tipica conformazione.
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così si ottengono due copie del DNA di partenza. Le estremità di una singola bolla sono
dette forcelle di duplicazione esse si muovono in direzioni opposte ampliando la bolla. Nel
frattempo sui filamenti stampo non appaiati avviene la sintesi dei nuovi filamenti. completata
la sintesi Il DNA si riavvolge ad elica.
L'enzima Topo isomerasi svolge la doppia elica, l'enzima elicasi rompe i legami a idrogeno e
le interazioni idrofobiche che tengono uniti i due filamenti di DNA. Una serie di proteine dette
"single strand binding proteins" si legano ai filamenti per impedire che questi si riassocino tra
loro e si riformi la doppia elica. A questo punto può iniziare la copiatura che avviene
contemporaneamente sui due filamenti; i due filamenti di DNA sono complementari e hanno
orientamento opposto. L'orientamento dei filamenti ha effetto sul meccanismo di
duplicazione. Un gruppo di enzimi detti nel complesso DNA polimerasi è responsabile della
sintesi dei nuovi filamenti. La DNA polimerasi però non è in grado di sintetizzare un
filamento dal nulla, può solamente aggiungere nucleotidi a un filamento preesistente, perciò
è necessario l'intervento di un enzima specifico: la RNA primasi che sintetizza un breve
filamento di RNA complementare allo stampo. questo frammento è detto primer ad esso la
DNA polimerasi aggiunge nucleotidi del nuovo filamento di DNA. L'ultimo nucleotide del
primer, ad esempio una guanina, ha sullo zucchero un gruppo ossidrile in posizione 3¹
questo gruppo reagisce con il gruppo fosfato in posizione 5¹ dello zucchero legato al
nucleotide che viene aggiunto, l'adenina. Si forma un legame fosfodiesterico. La reazione si
ripete ogni volta che viene aggiunto un nucleotide e solo in una direzione. Poiché la DNA
polimerasi può aggiungere nucleotidi in direzione 5¹- 3¹ ma non in direzione 3¹ - 5¹ la
forcella di duplicazione è asimmetrica. I nuovi filamenti vengono assemblati in modo diverso,
solamente uno dei due filamenti (filamento guida) viene infatti sintetizzato in modo continuo;
l'altro filamento parentale è replicato in modo discontinuo e la sua copia è detta filamento in
ritardo o lento. Su questo stampo la primasi sintetizza ogni volta un primer e da questo la
DNA polimerasi sintetizza in direzione 5¹ - 3¹ un tratto di DNA. Questi filamenti sono chiamati
frammenti di okazaki e negli eucarioti sono lunghi circa 100-200 nucleotidi. Vengono poi uniti
a formare il filamento in ritardo. I primer, che sono sequenze di RNA, vengono ora sostituiti
da sequenze identiche di DNA, sintetizzati da un enzima della classe delle DNA polimerasi.
Una DNA ligasi infine unisce i frammenti di DNA neo sintetizzati, creando man mano un
filamento di DNA unico.
GLI ENZIMI
Gli enzimi sono catalizzatori biologici di natura proteica. Solo un piccolo gruppo di enzimi è
costituito di molecole di RNA, detti ribozomi, che entrano in gioco in alcuni processi come la
sintesi proteica. Gli enzimi presiedono alle innumerevoli reazioni metaboliche di un
organismo vivente, regolando gli scambi di energia con l'ambiente esterno. Grazie agli
enzimi è possibile digerire gli alimenti, recuperare l'energia nei legami delle biomolecole
sotto forma di ATP ed altro ancora. Gli enzimi riescono ad accelerare le reazioni, mostrando
un potere catalitico superiore rispetto ai catalizzatori inorganici e di sintesi.
Gli enzimi sono proteine di grandi dimensioni, spesso a struttura quaternaria, in grado di
legare in modo specifico una o più sostanze reagenti, dette substrati, catalizzando ne la
conversione in altre. Il legame dei substrati avviene in tasche degli enzimi dette siti attivi,
dove i residui aminoacidi presenti assicurano la specificità del legame con i substrati e i
meccanismi di catalisi necessari a far avvenire la reazione. La specificità è soprattutto
assicurata da interazioni deboli.
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I meccanismi di catalisi sono le strategie messe in atto dagli enzimi nei processi di rottura e
formazione dei legami che avvengono nel corso della reazione. Tra i meccanismi meglio
caratterizzati vi sono:
● La catalisi acido-base
● La catalisi covalente
● La catalisi da ioni metallici
La catalisi acido-base consiste nel trasferimento di H+dai residui aminoacidi del sito attivo
dell'enzima o viceversa creando intermedi la cui trasformazione nei prodotti avviene più
facilmente.
La catalisi covalente presuppone la formazione di un legame covalente transitorio tra il
substrato e la componente proteica dell'enzima o un suo coenzima.
Alcuni enzimi possiedono come fattore ioni metallici, le cui cariche positive hanno in genere
la funzione di orientare il substrato e stabilizzare le eventuali cariche.
L'ATTIVITÀ ENZIMATICA
L'attività enzimatica può variare a seconda della temperatura,del pH e della concentrazione
del substrato. Essa viene definita come quantità di substrato che viene trasformato in
prodotto nell’unità di tempo.
Temperatura: la temperatura aumenta la velocità di reazione, però se la temperatura
aumenta in modo esponenziale, il calore denatura la proteina e si blocca la velocità di
reazione. Nelle cellule del nostro organismo la temperatura ottimale è di 37°. Ma esistono
alcuni batteri (Termofili), i cui enzimi agiscono al massimo dell’attività anche a 80°C poiché
essi vivono nelle sorgenti termali.
esempio: l'uovo crudo è filamentoso, quando viene cotto da filamentoso diventa bianco.
nell’uovo crudo le strutture delle proteine sono svolte, nell’uovo cotto possiamo osservare
microscopicamente i filamenti poiché la struttura quaternaria si è svolta, dunque è digeribile
più facilmente l’uovo cotto.
L'effetto del pH: l'attività catalitica dipende anche dal valore del ph che negli enzimi è
neutro. Se il PH è troppo acido o basico la proteina si denatura, si svolge quindi la struttura
quaternaria.
Concentrazione del substrato: se si aumenta la concentrazione del substrato, l'enzima
funziona meglio poiché la reazione avviene più facilmente. Aumentando la concentrazione
del substrato anche la velocità aumenta, raggiungendo un valore massimo che resta
costante. Questo andamento è chiamato anche di saturazione, questo significa che
l'ennesima è saturo.
Meccanismi di regolazione
Gli Effettori: sono le molecole che si legano all'enzima (non covalentemente) e le cambiano
la conformazione, facilitando (se sono positivi) ho intralciando (se sono negativi) la capacità
del sito attivo di legarsi al substrato.
Gli inibitori:
Le sostanze che rallentano o bloccano una reazione sono dette inibitori. Sono inibitori di vie
enzimatiche. L'aspirina, ad esempio, blocca la via enzimatica che porta alla produzione di
sostanze responsabili della sensazione del dolore. Gli inibitori vengono classificati come
reversibili e irreversibili.
Gli inibitori reversibili possono essere:
● Competitivi, se si legano nel sito attivo competendo con il substrato
● Incompetitivi, se si legano in un sito diverso dal sito attivo
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● Misti, se non si leggono al sito attivo ma interagiscono sia con le zima libero sia con
l'enzima legato al substrato
Nell' inibizione reversibile è possibile ripristinare la normale attività catalitica una volta
rimosso l'inibitore. Gli inibitori irreversibili, invece, distruggono gruppi funzionali dell'enzima o
si legano covalentemente adesso compro mettendole in modo definitivo l'attività. Alcuni
inibitori irreversibili sono detti suicidi. Essi si legano al sito attivo e riescono a portare avanti
le prime tappe della reazione, non formando il prodotto, ma un composto altamente reattivo
che si lega irreversibilmente all'enzima.
LE REAZIONI METABOLICHE
Le reazioni metaboliche possono essere:
● ANABOLICHE se da una molecola semplice se le sintetizza una complessa. Sono
reazioni endoergoniche (richiedono energia)
● CATABOLICHE se molecole complesse vengono scisse in semplici. Sono reazioni
esoergoniche (producono energia)
Le reazioni possono inoltre avvenire in presenza (aerobie) o in assenza (anaerobie) di
ossigeno.
IL METABOLISMO DEL GLUCOSIO: LA GLICOLISI
È un processo tramite il quale da una molecola di glucosio, tramite ossidazione, si formano
due molecole di piruvato e si produce energia sotto forma di ATP e NADH
1. Il glucosio reagisce con l'atp con una reazione di fosforilazione sul carbonio C6. Si
consuma una molecola di ATP e si forma il glucosio 6 fosfato.
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5. 1-3 difosfoglicerato perde il gruppo fosfato, che va all'ATP trasformandola in ADP, e
forma il 3 fosfoglicerato
La fermentazione alcolica
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Avviene nei lieviti, che sono anaerobi e sopravvivono con la glicolisi, necessitano perciò di
NAD+, che ottengono trasformando il piruvato in etanolo
acetil-COA
Il piruvato è troppo lungo per entrare nel mitocondrio, perciò per farlo si deve legare
all'acetil-COA
CICLO DI KREBS
Serve a produrre energia attraverso l'acetil COenzima A. Alla fine del processo della glicolisi
si ottiene il piruvato. Il piruvato viene inizialmente ossidato in acetil-COA. Una volta ottenuto
l'acetil-COA, questo entrerà nel ciclo di krebs. Esso è un ciclo di reazioni che avvengono
nella matrice mitocondriale. Avviene in 8 tappe, ognuna delle quali è caratterizzata da un
enzima specifico. La prima reazione che avviene è quella tra l'acetil-COA e un composto
detto Ossalacetato, attraverso l'enzima, citrato sintetasi, viene prodotto il citrato.
Una volta ottenuto il citrato, attraverso l'enzima aconitasi, viene prodotto l'isocitrato.
Successivamente si ottiene l'Alfa chetoglutarato, attraverso l'enzima isocitrato deidrogenasi,
con produzione di CO2 e riduzione di NADH. Una volta ottenuto l'Alfa chetoglutarato, verrà
trasformato in succinil COenzima A dall' Alfa chetoglutarato deidrogenasi, con produzione di
NADH e CO2. Il succinil COenzima A, a sua volta viene trasformato in succinato dall'enzima
succinil COenzima A sintetasi con produzione di un GTP (simile all'ATP). Il succinato viene
trasformato in fumarato, attraverso l'enzima succinato deidrogenasi con produzione di un
FADH2. Il fumarato viene trasformato in malato attraverso l'enzima fumarasi. Come ultima
reazione il malato viene trasformato in ossalacetato (per questo si chiama ciclo) dall'enzima
malato deidrogenasi con produzione di un altro NADH.
Alla fine di un primo ciclo di krebs si hanno:
2 Molecole di CO2
1 Molecola di GTP
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3 Molecole di NADH+H+
1 Molecola di FAD2
BILANCIO: 3 NADH+H+ + H+ + 1 ATP + 1 FADH2
BILANCIO FINALE: 6 NADH+H+ + 2 ATP + 2 FADH2
CATENA DI TRASPORTO DEGLI ELETTRONI
La catena di trasporto degli elettroni è l’ultima fase della respirazione cellulare. in questa
catena di trasporto degli elettroni arrivano due coenzimi, l’NADH+H+ e il FADH2 i quali
trasportano elettroni.
come sappiamo l ciclo di Krebs produce NADH+H+, questa si accumula all’interno della
matrice mitocondriale, esce dalla matrice passando sulle creste mitocondriali dove si trovano
i citocromi i quali sono degli enzimi al cui centro hanno atomi di ferro il quale si riduce (da +3
a +2) e si ossida (da +2 a +3). gli elettroni con i rispettivi idrogeni passano lungo la catena di
trasporto degli elettroni, successivamente escono all’esterno della membrana mitocondriale
interna dove si trova la proteina dell’ATP sintasi. Grazie a questa proteina escono ioni
idrogeno contro gradiente (concentrazione maggiore di ioni H+ all’esterno) i quali rientrano
secondo gradiente e grazie a questo movimento si producono molecole di ATP (si crea
quindi energia grazie a questo movimento di idrogeni ed elettroni). Ad accogliere gli ioni di
idrogeno al loro rientro c’è una molecola di ossigeno O2 la quale si unisce con gli ioni
idrogeno e si formano molecole di acqua. Si formano 2,5 molecole di ATP per ogni
movimento di NADH+H+, per ogni movimento di FAD2 si formano 1,5 molecole di ATP.
TRASCRIZIONE DNA
Dal DNA si forma l'RNA; l'enzima che catalizza questa reazione si chiama RNA polimerasi.
Questo enzima riconosce sul DNA una determinata sequenza, dopo che si attacca sul DNA
aggiunge nucleotidi complementari. Questa sequenza è una successione di nucleotidi che
contengono come basi azotate, adenina e timina (TATATA). Le RNA polimerasi agirà solo
sulla sequenza "TATATA". Questo filamento di DNA prenderà il nome di promotore. Ad un
certo punto, sempre la RNA polimerasi dovrà riconoscere un punto in cui stoppar sì: questo
si chiama sito di terminazione.
Mentre nei batteri (procarioti) il pezzo di DNA forma RNA, che forma proteine, negli eucarioti
si forma un lungo pezzo di RNA. Esso deve maturare, devono essere eliminati dei pezzi di
RNA, chiamati introni. Ciò accade perché la sequenza rimossa potrebbe servire in futuro per
fornire una proteina utile per far sopravvivere l'ente all'ambiente. Il processo nel quale
vengono rimossi e poi uniti i pezzi di RNA si chiama splicing.
GLUCONEOGENESI
È un processo inverso della glicolisi avviene all'interno del fegato e dei reni, principalmente
all'interno del fegato. È un processo anabolico perché parte da sostanze semplici come il
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piruvato e arriva a formare sostanze più complesse come il glucosio. È caratterizzata da 10
reazioni totali di cui 7 reversibili e 3 irreversibili. Le 7 reversibili sono quelle della glicolisi
mentre le irreversibili vengono catalizzate da altri enzimi.
Una volta che il glucosio viene trasformato in piruvato, il piruvato entra all'interno del
mitocondrio e verrà convertito in ossalacetato tramite L'enzima piruvato carbossilasi con
utilizzo di una molecola di CO2 e una molecola di ATP. L'ossalacetato verrà portato fuori dal
mitocondrio e verrà trasformato dall'enzima fosfoenolpiruvato carbossilasi in
fosfoenolpiruvato, con l'utilizzo di una molecola di GTP e una di CO2. Il fosfoenolpiruvato
tornerà essere fruttosio 1 6 fosfato attraverso reazioni che non sono reversibili, quindi il
fruttosio 1 6 fosfato verrà trasformato formato in fruttosio 6 fosfato. Il fruttosio 6 fosfato verrà
trasformato dal glucosio 6 fosfatasi in glucosio.
Metabolismo delle cellule muscolari: le cellule muscolari fanno la glicolisi,il ciclo di krebs
e la catena di trasporto degli elettroni. Esse però in condizioni anatomiche hanno bisogno di
produrre energia, e fanno la fermentazione Lattica per procurarsi NAD+ per far avvenire
numerose glicolisi. Le cellule muscolari accumulano glicogeno e fanno la glicogenosintesi o
la glicogenolisi (quando sono colpite dall’insulina).
Metabolismo cellule adipose: Le cellule adipose hanno la funzione di immagazzinare i
grassi. Esse fanno la glicolisi e la formazione di acetil-COA. L’insieme di gruppi acetilici
forma poi gli acidi grassi. Se mangiamo 15 piatti di pasta, questa va nell’apparato digerente
dove viene scissa in molecole di glucosio. Il fegato, essendoci molto glucosio, non può
formar troppo glicogeno, quindi il glucosio in eccesso viene trasformato nel fegato in lipidi e
via via in altre cellule adipose che formano la cellulite e si ingrassa.
Metabolismo del fegato: Il fegato fa la glicolisi, il ciclo di krebs e la catena di trasporto degli
elettroni. Inoltre svolge la glicogenosintesi, la trasformazione da lattosio in piruvato e la
trasformazione di piruvato in glucosio.
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rimossi dei pezzi (introni) per distinguerli dai pezzi mutati (esoni), questo processo di taglio è
chiamato slicing.
Il virus a DNA si poggia su una cellula, fa entrare il DNA, il quale a nel nucleo della cellula
del DNA, si forma RNA che va sui ribosomi e forma le proteine del Capside e
contemporaneamente si duplica. Si formano tanti capsidi al cui interno va il DNA, la cellula
sfascia e i capsidi escono, andando in un'altra cellula.
VIRUS A DNA: CICLO LISOGENO
A volte accade che il DNA invece che formare l'RNA, si mette all'interno del cromosoma
della cellula ospite, cellula che non si sfascerà e dove il virus rimarrà silente. Quando la
cellula va in mitosi forma altre 2 cellule col virus, che prima o poi si staccherà e svolgerà il
ciclo litico.
Un esempio di Virus a DNA è una persona sieropositiva, la quale non si ammala poiché non
svolge il ciclo litico, ma può trasmettere la sua malattia.
Il Filamento (-) fungerà da Filamento stampo per formare altri RNA e le proteine del
Capside.
I VIRUS A RETROVIRUS
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I retrovirus sono dei virus che posseggono particolari in meno chiamato trascrittasi inversa.
Questo tipo di virus forma il DNA a partire dall' RNA. Questi virus provocano la mutazione di
cellule di DNA e ciò comporta la formazione di tumori. Il virus dell'AIDS ha la capacità di
formare DNA a partire dall'RNA. L'ADS è una malattia che colpisce i globuli bianchi, i quali
proteggono dalla malattie, per questo coloro affetti da AIDS vivono isolati, poiché anche un
semplice raffreddore potrebbe essergli fatale.
I BATTERI
I batteri sono organismi aploidi, a differenza degli esseri umani che hanno un corredo
genetico diploide (46 cromosomi, 23 coppie di cromosomi).
Un pezzo del cromosoma equivale ad un pezzo di DNA il quale formerà l'RNA che formerà
le proteine. Se quel pezzo di DNA non andasse più bene, abbiamo il pezzo del cromosoma
omologo.
Quando si uniscono lo spermatozoo (aploide) e cellula uovo (diploide) questi danno vita ad
uno zigote (diploide) che sarà quindi diverso da entrambi i genitori. La differenza di sesso è
molto importante poiché si formano individui differenti e questo è fondamentale, più diversità
è presente, maggiore è la sopravvivenza della specie. Gli aploidi sotto questo punto di vista
sono svantaggiati poiché non hanno una variabilità genetica che invece i diploidi
possiedono.
I batteri hanno un solo cromosoma quindi da unico individuo si vengono a formare due
cellule uguali prive di variabilità genetica. Per sopperire a ciò, i batteri cercano di modificare
il loro DNA attraverso tre modi:
1. Trasformazione: Se abbiamo una colonia di batteri e la si tratta con un determinato
antibiotico, ai quali questi batteri risultano resistenti, questi sopravvivono. Se invece lì
si uccide con del fuoco esposto: batteri morti in un'altra provetta con altri batteri che a
differenza di quelli morti sono molto sensibili a quella antibiotico a cui quelli morti
riescono a resistere. I batteri sensibili allora volta diventano resistenti. Questo perché
i batteri morti hanno liberato il loro DNA, che è entrato in quelli sensibili, ricambiando
il DNA presente, trasformando così i batteri sensibili in resistenti.
2. Trasduzione: la trasduzione può essere generalizzata o specializzata.
In quella generalizzata il batterio viene attaccato da un virus chiamato batteriofagico,
il quale entra all'interno del batterio è svolge il ciclo litico, quindi si formano due
capsidi vuoti. In questi capsidi vuoti va il DNA del batterio e non quello del virus,
allora il DNA del batterio si combina con quello della cellula ospite, così il batterio
acquista delle nuove caratteristiche.
In quella specializzata si ha un ciclo lisogeno. In questo Il virus va nel DNA della
cellula ospite, Poi quando questo si stacca per fare il ciclo litico si porta il DNA della
cellula ospite e quello del batterio. Si forma così un nuovo virus.
3. Coniugazione:
LIPIDI
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