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DEGRADAZIONE DEGLI IDROCARBURI

Nel metabolismo respiratorio dei


microrganismi l'ossigeno
molecolare (O2) è acce8ore finale
di ele8roni della catena di
trasporto degli ele8roni

In alcuni microrganismi O2 ha anche un ruolo importante come reagente


dire8o nelle reazioni catalizzate dalle OSSIGENASI, enzimi che catalizzano
l’incorporazione di atomi di ossigeno dall’O2 nei composti organici

Esistono due tipi di OSSIGENASI:

Monossigenasi e diossigenasi
Sono complessi enzimatici multicomponente (da 2 a 6 diversi polipeptidi)
Il sito catalitico di solito contiene atomi di ferro non eminico necessari per
l'attivazione dell'ossigeno molecolare mentre altri sono coinvolti nel trasferimento di
elettroni dal NADH al centro di reazione
Monossigenasi di gruppi alchilici

uno dei due atomi di ossigeno di O2 è trasferito al composto organico


come gruppo ossidrilico (OH) su un carbonio primario, il secondo è
rido8o ad H2O (per questo vengono chiamate anche IDROSSILASI)

In molte monoossigenasi il donatore di ele8roni è il NADH o il


NADPH (agiscono all'interno della cellula)
Tipi di monoossigenasi e loro substrati

I microrganismi che usano il metano come fonte di carbonio ed
energia lo ossidano con una metano monoossigenasi
Troviamo monoossigenasi quindi nei batteri METANOTROFI E METILOTROFI che
usano composti C1 (metano, metanolo etc) per ricavare energia e come fonte di
carbonio.

Nei batteri metanotrofi sono presenti due tipi di monoossigensi:

a) monoossigenasi particolate (pMMO), cioè legate alla membrana, prodotte da


tutti i metanotrofi. E’ un tipo di enzima costitutivo, ma la sua attività dipende dalla
disponibilità di rame. E’ specifica per il metano.

b) monoosigenasi solubili (sMMO) presenti nei metanotrofi di tipo II. Non è


specifica ed è indotta da basse concentrazioni di rame (< 50µg/L) e può utilizzare
come substrato diversi xenobiotici (e non solo il metano). La sMMO è costituita da
tre componenti: idrossilasi, reduttasi e componente B. La reazione sul metano è ad
opera dell’idrossilasi, mentre la reduttasi ed il componente B assicurano il flusso di
elettroni dal NADH Tali enzimi sono responsabili della ossidazione fortuita di altri
contaminanti come il PCE o il TCE (cometabolismo)
Le monoossigenasi, oltre che nei
ba2eri metano ossidan4, sono
presen4 anche in tu7 quei
microrganismi che possono usare
idrocarburi alifa4ci e aroma4ci per la
crescita

Ad esempio Nocardia,
Pseudomonas, Mycobacterium, e
certi lieviti e muffe

Da “Biologia dei microrganismi” Dehò & Galli CEA 2014


ALTRI TIPI DI MONOOSSIGENASI

I microrganismi che degradano alcani a corta catena (C2–C4 che per molti
microrganismi sono tossici perché hanno un “effe8o solvente”) hanno enzimi
simili alla metano monoossigenasi.

I ba8eri che degradano alcani a catena di media lunghezza (C5–C11), o
lunga (> C12), hanno di frequente monossigenasi integrali di membrana con
ferro non eminico (as es l’alcano idrossilasi AlkB di Pseudomonas putida)

Ci sono poi ba8eri che contengono enzimi della famiglia dei citocromi P450
(come CYP153) solubili che idrossilano gli alcani C5–C11

Infine ba8eri che assimilano e degradano alcani >C18 hanno altri tipi di
idrossilasi non correlate con le precedenti
DEGRADAZIONE DEGLI ALCANI
1. Nei ba2eri Gram nega4vi, come
Pseudomonas pu,da, lo strato
lipopolisaccaridico crea una barriera
impermeabile alla diffusione degli alcani
>C12


2. La proteina di membrana AlkL crea un
canale idrofobico che traversa questo
strato e consente il passaggio di
idrocarburi come il dodecano


3. Gli alcani diffondono a2raverso AlkL e
fuoriescono nello strato fosfolipidico
traversandolo fino al periplasma

4. Il complesso della alcano-1-
monoossigenasi (AlkB AlkG e AlkT)
provvede alla ossidazione ad alcol

5. Altri enzimi solubili provvedono ai
successivi passaggi
Il ba2erio marino Alcanivorax
borkumensis isolato nel 1998 dai
fondali del Mare del Nord, ma
presente in acque marine a tu2e le
la4tudini, ha due sistemi per la
degradazione degli alcani, il primo è
il sistema delle alcano idrossilasi
AlkB1 e AlkB2 e il secondo è il
sistema del citocromo P450
I citocromi P450 sono proteine capaci di idrossilare un elevato numero di
composti. Contengono ferro eminico. Inizialmente erano conosciuti nelle
cellule eucariote dove hanno una funzione nella detossificazione di vari
composti
Il citocromo P450 degli eucarioti è ancorato alle membrane
microsomiale e mitocondriale

Gli enzimi P450 per il metabolismo degli xenobiotici si trovano soprattutto


nel reticolo endoplasmatico del fegato

SUBSTRATI DEL CITOCROMO P450 eucariote

Xenobiotici Composti di origine fisiologica

Farmaci, inclusi antibiotici Colesterolo, Steroidi


Carcinogeni Eicosanoidi (leucotrieni, prostaglandine)
Antiossidanti Acidi grassi
Solventi Idroperossidi dei lipidi
Anestetici Retinoidi (vitamina A)
Coloranti Acetone
Pesticidi
Derivanti del petrolio
Alcol
Odori
Proteine simili ai citocromi P450 degli eucarioti sono state
individuate anche nei baJeri e sono coinvolte nella degradazione
degli idrocarburi (ad es CYP153)

Il primo ad essere stato identificato nel 2001 appartiene ad
Acinetobacter spEB104 altre proteine simili sono state trovate in
micoba8eri, rodococchi e proteoba8eri fra il 2005 e il 2006

Il citocromo P450 di Mycobacterium sp HXN-1500 idrossila, con alta
affinità, gli alcani C6-C11 ai corrispondenti 1-alcanoli


Questi citocromi P450 richiedono una ferredossina e una ferredossina
redu8asi che trasferisce gli ele8roni dal NAD(P)H al citocromoP450.

Sono state caratterizzate delle alcano idrossilasi differenti dalle precedenti e legate
alla degradazione di alcani LC (Long Chain >18).

Esempio di questo tipo di enzimi AlmA di Acinetobacter o LadA di Geobacillus.

AlmA (studiandone la sequenza) sembra appartenere alla famiglia delle flavin-binding


monoossigenasi coinvolte nel metabolismo di alcani >C32.
Un enzima del tipo è stato individuato anche in alcune specie di Alcanivorax,
Oceanobacter,Marinobacter,Psychrobacter (batteri marini) .
E’ ancora diversa la sequenza della proteina LadA di Geobacillus thermodenitrificans
che ossida alcani C15-C36 producendo i corrispondenti alcoli primari.
Questo enzima appartiene alla famiglia delle luciferasi batteriche che sono ossigenasi
a due componenti flavina dipendenti.

L’ossidazione può a volte
avvenire a livello di un
carbonio secondario e allora
le reazioni che seguono
sono diverse
Avviene quella che si
definisce ossidazione
subterminale
Gli idrocarburi aliciclici che non hanno un gruppo metilico terminale sono
degradati mediante un meccanismo simile all’ossidazione subterminale

  Nel caso del CICLOESANO


l’idrossilazione da parte di una
monoossigenasi porta ad un alcool
aliciclico
  La cui deidrogenazione (ossidazione)
porta ad un chetone
  Un’ulteriore ossidazione inserisce un
ossigeno nell’anello e si forma un la8one
  il gruppo idrossilico è ossidato ad
aldeide e poi a gruppo carbossilico
  L’acido dicarbossilico che ne risulta è
metabolizzato per β-ossidazione
CH3

Ossidazione ad entrambe le estremità




J.B. van Beilen, Z.L.W.A.D.T.H.M.S. and B. Witholt, Diversity of alkane hydroxylase
systems in the environment. Oil & Gas Science and Technology 2003: p. 1-14.
DEGRADAZIONE DI ALCANI RAMIFICATI

La degradazione di alcani ramificati è difficile perché le
ramificazioni possono costituire un ostacolo al
riconoscimento enzimatico.
Tu8avia certi ba8eri possono degradare alcani ramificati
come l'iso-o8ano o il pristano.

Non si conoscono i
Si è sempre de2o, sono più meccanismi ma, in
recalcitran4 alla Alcanivorax borkumensis ,
degradazione, eppure idrocarburi isoprenici come
Alcanivorax li degrada il fitano e il pristano,
facilmente inducono l’espressione dei
geni P450 e anche AlkB2