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Marcella Camici

Esame scritto
Dipartimento di Biologia
Unità di Biochimica
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Tel: 0502211450-458
E-mail: mcamici@biologia.unipi.it
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LAUREA IN CHIMICA E CHIMICA PER L’INDUSTRIA E L’AMBIENTE
AA 2017– 2018
CORSO DI BIOCHIMICA (6CFU)

introduzione al corso
1) Considerazioni generali su molecole d’interesse biologico
2) Le membrane biologiche e i meccanismi di trasporto cellulare
3) Elementi di struttura cellulare
4) Le proteine:
elementi strutturali
struttura e funzione
5) Gli enzimi:
la catalisi enzimatica
meccanismo d’azione
la cinetica enzimatica
la regolazione degli enzimi

6) Gli acidi nucleici:


Elementi strutturali
Funzione degli A.N. nel ciclo cellulare

7) Elementi di metabolismo cellulare


VI / 2014

IV / 2017

VII / 2012

Errata corrige su web


“Edises Università”
ESAME DI CHIMICA BIOLOGICA
Corsi di Laurea in Chimica. e Chimica per l’Industria e l’Ambiente (6CFU)

1) Scrivere la formula di struttura dei seguenti composti e, ad eccezione dell’esapeptide, indicare per ciascuno
di essi almeno un ruolo nel metabolismo:

a) Metionil-prolil-istidil-valil-arginil-triptofano ; b) Nicotinammide adenindinucleotide fosfato ossidato


(NADP+); c) Tiamina pirofosfato; d) Fruttosio 2,6-bisfosfato; e) 3’5’-AMP ciclico; f) Biotina.

2 )Fenomeni di “cooperatività apparente” e di “amplificazione del segnale”: definizione, cause, significato, e loro
rilevanza nei meccanismi di regolazione a cascata.

3) Struttura di tipo secondario delle proteine: definizione, forze e fattori che lo determinano e lo condizionano.

4) Descrivere il meccanismo d’azione delle proteasi a serina quale esempio di catalisi nucleofila covalente
discutendo la concertazione che nello specifico si realizza tra gruppi funzionali di residui amminoacidici che
assistono alla catalisi.

5) Il ciclo degli acidi tricarbossilici (ciclo di Krebs): le reazioni, il ruolo e la regolazione.

6) La struttura del glicogeno, le reazioni che portano alla sua sintesi a partire dal glucosio e il meccanismo di
controllo della sua omeostasi.

7) Il processo di “attivazione” degli amminoacidi ed il meccanismo che permette il loro corretto inserimento nella
biosintesi delle proteine.

8) Analizzare l’effetto del pH sui parametri cinetici Vmax KM e ks (costante di specificità).

9) L’azione concertata della concentrazione idrogenionica e della CO2 nella regolazione del trasporto
dell’ossigeno dai polmoni ai tessuti.

10) Ricavare l’equazione che descrive il modello d’inibizione enzimatica di tipo misto e discutere l’effetto della
stabilità dei complessi che l’inibitore è in grado di formare sul valore dei parametri cinetici della reazione.
le molecole della vita

Fatty acids
lipids
La gerarchia nell’organizzazione molecolare
delle cellule
• Organelli nucleo, mitocondri, cloroplasti

• Strutture sopramolecolari ribosomi, complessi enzimatici, peso molecolare ?


sistemi
(P.M. 106-109) contrattili, microtubuli, sistemi membranosi

• Macromolecole acidi nucleici, proteine, polisaccaridi, lipidi


(P.M. 103-109)

• Biomolecole di base nucleotidi, amminoacidi, monosaccaridi, acidi


(P.M. 100- 1000) grassi

• Intermedi metabolici acido piruvico, acido citrico, acido malico,


(P.M. 50 -250) gliceraldeide 3-fosfato

• Precursori dall’ambiente CO2, H2O, NH3, N2, H3PO4


(P.M. 18 -44)
i gruppi funzionali possono interagire

una tipica reazione tra gruppo carbonilico e gruppo


alcolico

e tra un gruppo
carbonilico ed
una ammina?
più gruppi funzionali sulla stessa molecola: i monosaccaridi

aldosi e chetosi importanti per la cellula


I monosaccaridi in struttura emiacetalica
i disaccaridi
le molecole della vita

I polisaccaridi

legami glicosidici β 1->4

legami glicosidici α 1->4


con inserzioni α 1->6 più
frequenti nel glicogeno
le molecole della vita
gli α-amminoacidi
gli amminoacidi sono i costituenti di base delle proteine

tirosina

serina valina cisteina


le molecole della vita
i lipidi
le molecole della vita

Lipidi di riserva: i trigliceridi ….. i grassi


lipidi di membrana

fosfocolina
fosfolipide
le molecole della vita
le molecole della vita

il colesterolo è un importante componente della


membrana cellulare
Acidi biliari
Sono molecole anfipatiche, che agiscono rendendo solubili i globuli di grasso.
Derivano dal colesterolo e sono sintetizzati nel fegato e secreti in forma di coniugati
con la glicina o la taurina nella cistifellea, dove si accumulano. Vengono liberati
nell’intestino dove avviene l’assorbimento dei lipidi.
Ormoni steroidei
Agiscono tramite recettori nucleari specifici e modificano
l’espressione di alcuni geni

Glucocordicoidi: cortisolo, metabolismo Mineralcorticoidi: aldosterone,


carboidrati, proteine, lipidi, reazioni escrezione di acqua e sali dal rene
infiammatorie (corteccia ghiandole (corteccia ghiandole surrenali)
surrenali)

Androgeni e estrogeni:
testosterone e β-estradiolo,
sviluppo e funzione sessuale
(gonadi maschili e femminili e
placenta)
le molecole della vita

le basi azotate 1
2
6

3
5
4
7
9
8

pirimidine 4
3 5
2 16

Uracile (U)

le basi azotate sono i costituenti essenziali degli


acidi nucleici (DNA e RNA)
I nucleotidi

• Definizione di nucleotide

Adenina adenosina adenosina monofosfato


Guanina guanosina guanosina monofosfato
ipoxantina inosina inosina monofosfato
Timina timidina timidina monofosfato
Uracile uridina uridina monofosfato
Citosina citidina citidina monofosfato
le molecole della vita
i nucleosidi trifosfato
le molecole della vita
i desossi nucleosidi trifosfato
le molecole della vita

l’ATP è energia metabolica

γ β α
La bio-energetica è associabile al
consumo e alla sintesi di ATP

…..ma come
facciamo ad usare
l’energia di una
molecola?
Sintesi di una ammide ?

!
La sintesi della glutammina

…..potremmo
attivare l’acido
glutammico

La glutammina sintetasi si fa carico di


?
attivare il glutammato e di catalizzare la
condensazione

Glutammato + NH4+ + ATP  Glutammina + ADP + Pi


La glutammina sintetasi

H
_
H
+
H-N-H
H Asp50

_
molecole ad “alta” e “bassa” energia
le molecole della vita

i coenzimi piridinici quali co-reagenti nei


processi ossidoriduttivi
nicotinammide adenina dinucleotide (NAD+)

nicotinammide adenina dinucleotide fosfato (NADP+)


il NAD+ quale ossidante

H H
O

O H H O
H H O
C O OH E
C C
NH2
NH2 + C + H+
N+

:
CH3 N
CH3
R R
NAD+ NADH

O2
La gliceraldeide 3 fosfato deidrogenasi

-O O-
P
H++
NADH ++ H
NADH
OO O-
O H O O
NAD++
NAD
CC E
C
E
H C OH HH CC OH
OH
O- CH
CH2 2 OO
--
OO
C H2 O H2O
HO O- PP
P
-O P
--OO OO
O
-O O

Fosforilazione a livello
+

ADP
+

ATP
di substrato
le molecole della vita

FAD: flavina adenin-dinucleotidie

il coenzima A (CoASH)
La lista delle molecole della vita continua …

Vit A
…… continua

Vit B8 biotina

Vit B3

Vit C

…… continua