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CORSO DI BIOCHIMICA PER C T F

Programma aa 2006/2007
Prof.ssa Eufemi Margherita

CONCETTI GENERALI
La cellula e le sue parti. Liquidi biologici :composizione e caratteristiche chimiche, pH e sistemi
tampone del sangue. Pressione osmotica.

STRUTTURA DELLE PROTEINE


Panoramica sulle funzioni delle proteine. Gli amminoacidi delle proteine: struttura, simbologia,
proprietà generali, proprietà acido-base, pKa dei gruppi ionizzabili, pI, chiralità degli aminoacidi,
proprietà chimiche delle catene laterali degli aminoacidi. Reazioni caratteristiche degli aminoacidi.
Metodi di separazione e di analisi degli aminoacidi. Struttura primaria delle proteine. Il gruppo
peptidico: legame peptidico e conformazioni dello scheletro polipeptidico, angoli di torsione φ e ψ.
Diagramma di Ramachandran. Strutture secondarie: α elica e foglietto β (parallelo e antiparallelo),
regioni loop. Motivi strutturali (strutture supersecondarie): elica-loop-elica, forcina b, motivo a
chiave greca, motivo α-β-α, dito di Zn, cerniera di leucine. Le proteine fibrose: α-cheratina, fibroina
dela seta, collagene, elastina. Struttura terziaria e struttura quaternaria. Proteine del sangue:
Immunoglobuline classificazione e struttura. Proteine globulari: I domini delle proteine globulari.
Interazioni stabilizzanti e destabilizzanti nelle proteine: tipi di interazioni e residui amminoacidici
coinvolti. Effetto idrofobico. I ponti disolfuro. Il folding delle proteine: denaturazione, agenti
denaturanti e rinaturazione, il paradosso di Levinthol e concetto di disordine intrinseco come
domino di identificazione proteica. Il folding in vivo: chaperon molecolari. Tipi di chaperonine.
Metodi di analisi e purificazione delle proteine: tecniche cromatografiche ed elettroforetiche,
metodi di determinazione del peso molecolare. Idrolisi enzimatica e chimica per la determinazione
della struttura primaria. Modificazioni post-traduzionali delle proteine.

LE PROTEINE CHE TRASPORTANO L'OSSIGENO


II gruppo eme. Ruolo fisiologico dell’ Emoglobina e Mioglobina, struttura e funzione. Curve di
dissociazione dell'ossigeno: confronto tra mioglobina ed emoglobina. Emoglobina: affinità per
l'ossigeno e per il CO. Cooperatività del legame con l'ossigeno e regolazione allosterica. Effetto
Bohr. Effetto del 2,3-bisfosfoglicerato. Emoglobina fetale. Metaemoglobina. Trasporto della CO2.
Emoglobine patologiche.

GLUCIDI
Funzioni dei glucidi. Classificazione. Monosaccaridi: configurazione e conformazione. Derivati
ossidati degli aldosi (acidi aldarici, uronici e onici -acido ascorbico-). Amminozuccheri, acido
sialico e sialoglicoproteine. Disaccaridi riducenti e non riducenti. Il legame glucosidico. Forme
attivate dei monosaccaridi. Polisaccaridi: cellulosa, chitina, amido, glicogeno. Mucopolisaccaridi e
mucopolisaccaridosi, eparina. Glicoproteine. Proteoglicani. Glicolipidi. I carboidrati come
marcatori di superficie e recettori di segnali molecolari.

LIPIDI E MEMBRANE BIOLOGICHE


Ruoli biologici dei lipidi: ruoli strutturali, ruoli energetici, ruoli funzionali (precursori di ormoni,
tensioattivi, secondi messaggeri). Classificazione dei lipidi. Cere, triacilgliceroli, acidi grassi saturi
e insaturi, glicerofosfolipidi, sfingolipidi, terpeni (steroli e colesterolo), altri derivati dell'unità
isoprenica attivata (Vitamine A, D, E, K, ubichinone, dolicoli). I lipidi come segnali intracellulari
(diacilglicerolo e ceramide) ed extracellulari (eicosanoidi). Architettura delle membrane biologiche:
il modello a mosaico fluido e (lipid rafts). Fluidità delle membrane biologiche: effetto dei doppi
legami e del colesterolo. Proteine di membrana: integrali, periferiche, proteine GPI modificate.
ENZIMI - PRINCIPI DI CATALISI
Termodinamica delle reazioni: variazione di energia libera e costante di equilibrio. Velocità di
reazione e stato di transizione (equazione di Arrhenius: ΔG di attivazione). Classificazione degli
enzimi. Catalisi non covalente: generale acido-base, elettrostatica, per solvatazione, da ione
metallico (carbossipeptidasi A). Catalisi covalente elettrofila (base di Schiff ed enzimi TPP) e
nucleofila. Modelli: chiave-serratura, adattamento indotto, legame non produttivo, trappola
entropica, tensione e distorsione, stato di transizione. Proteasi: classi ed esempi. Le proteasi a
serina: esempi, meccanismo di reazione, specificità, attivazione degli zimogeni. Anticorpi catalitici.
Ribozimi.

ENZIMI - CINETICA ENZIMATICA - LE EQUAZIONI FONDAMENTALI


Terminologia: velocità di reazione (v), velocità iniziale (v0), costanti di velocità (k), costanti di
equilibrio (K, di dissociazione e di associazione), dimensioni delle costanti, attività enzimatica e
velocità, attività enzimatica specifica. La base sperimentale dell'equazione di Michaelis-Menten:
variazione di v0 rispetto alla concentrazione dell'enzima, variazione di v0 rispetto alla
concentrazione di substrato. Cinetica di saturazione: equazione e grafico. I modelli interpretativi
dell’equazione sperimentale: il modello di Michaelis-Menten. Significato dei parametri cinetici: KM,
Vmax e kcat. Effetto del pH sull'attività enzimatica. Effetto della temperatura. Rappresentazione
grafica dei dati e determinazione dei parametri cinetici: equazione e grafico di Lineweaver-Burk.

ENZIMI - INIBITORI E REGOLAZIONE


Inibitori reversibili: competitivi, acompetitivi, misti e non competitivi. Determinazione grafica del
tipo di inibizione e della Ki. Esempi di inibitori competitivi: metotrexato, statine, prodotti di
reazione. Inibitori irreversibili (inattivatori): inibitori diretti al sito e inibitori suicidi. Esempi di
inibitori irreversibili: 5-F-uracile, inibitori dei gruppi tiolici (sonde catalitiche). Controllo della
quantità e dell’attività degli enzimi. Tipi di regolazione enzimatica. Regolazione allosterica.
Cooperatività: modello concertato e modello sequenziale. Attivatori e inibitori allosterici.

INTRODUZIONE AL METABOLISMO
Generalità sul metabolismo. Vie cataboliche, anaboliche e anfiboliche. Stato stazionario e stato di
equilibrio. Reazioni limitanti e velocità complessiva di una via metabolica: tappe controllate dal
substrato e tappe controllate dall’enzima. Criteri di spontaneità delle reazioni (ΔG = ΔH - TΔS).
Processi catabolici e processi biosintetici. Additività delle ΔG e accoppiamento delle reazioni. ATP:
struttura, proprietà, tipo di reazioni ATP-dipendenti. Carica energetica della cellula. Metastabilità
dell'ATP. Le vie di sintesi dell’ATP: fosforilazione ossidativa e fosforilazione a livello del
substrato. Composti ad elevato potenziale di trasferimento del fosfato. Composti ad "alta energia".
Vitamine idrosolubili e liposolubili. Coenzimi e vitamine. Coenzima A, reattività dei tioesteri.
NADH: reazioni "solite" (deidrogenazioni) e "insolite" (adenilazioni, ADP-ribosilazioni). NADPH:
ruolo, distribuzione cellulare, confronto con il NADH. FAD, FMN e flavoproteine. Altri coenzimi
derivanti da vitamine: lipoammide, piridossal fosfato, S-adenosil-metionina, tetraidrofolato, biotina,
tiamina pirofosfato, coenzima B12, metil-cobalamina. Acido ascorbico.

GLICOLISI
Reazioni ed enzimi della glicolisi. Meccanismo di reazione della gliceraldeide-3-fosfato
deidrogenasi. Regolazione della glicolisi: enzimi regolatori e loro modulatori. Il fruttoso-2,6-
bisfosfato e l'enzima tandem chinasi-fosfatasi. Sintesi del 2,3-bisfosfoglicerato. Fosforilazioni a
livello del substrato. Destino del piruvato. Fermentazione lattica e alcolica. Metabolismo degli esosi
diversi dal glucosio: fruttosio e galattosio.

CICLO DELL'ACIDO CITRICO


II complesso della piruvato deidrogenasi: reazioni, enzimi e coenzimi. Fonti e destini metabolici di
acetil CoA. Reazioni ed enzimi del ciclo. Sintesi del GTP: una mini-fosforilazione ossidativa .
Termodinamica ed enzimi regolatori regolazione. Ruolo catabolico e biosintetico del ciclo di Krebs.
Reazioni anaplerotiche. Collegamento tra il ciclo di Krebs e le altre vie metaboliche. Il ciclo del
gliossilato.

TRASPORTO DEGLI ELETTRONI E FOSFORILAZIONE OSSIDATIVA


Potenziali redox e termodinamica delle reazioni di ossidoriduzione. I quattro complessi della catena
respiratoria e i siti di accoppiamento. Ubichinone, citocromo c e altri citocromi, centri FeS,
coenzimi flavinici. I fornitori di elettroni all'ubichinone. NADH-coenzima Q reduttasi (complesso
I), succinato-coenzima Q reduttasi (complesso II), coenzima Q-citocromo c reduttasi (complesso
III) e ciclo Q, citocromo c ossidasi (complesso IV). Sintesi dell'ATP: ipotesi chemiosmotica. Cicli
redox e pompe protoniche. Struttura e funzione dell'ATP sintasi. Accoppiamento tra flusso degli
elettroni e fosforilazione ossidativa. Il disaccoppiamento. Inibitori della catena respiratoria. Sistemi
navetta per il trasporto degli elettroni del NADH citosolico. Citocromo c e apoptosi.

VIA DEI PENTOSO FOSFATI


Generalità e confronto con la glicolisi. Corredo enzimatico della via dei pentoso fosfati: fase
ossidativa e fase non ossidativa. Transchetolasi e transaldolasi. Fonti di NADPH alternative alla via
dei pentosi: enzima malico. NADPH e glutatione reduttasi. Favismo e altre carenze di glucoso-6-
fosfato deidrogenasi.

METABOLISMO DEL GLICOGENO


Struttura e funzione del glicogeno. Demolizione del glicogeno: scissione fosforolitica, enzimi
deramificanti. Fosfoglucomutasi e destino del glucoso-6-fosfato. Sintesi del glicogeno da UDP-
glucoso. Sintesi dell'UDP-glucoso: ruolo della pirofosfatasi inorganica. Enzima ramificante. Il
glicogeno come forma vantaggiosa di immagazzinamento del glucosio. Regolazione del
metabolismo del glicogeno: fosforilazione/defosforilazione e modulazione allosterica della
glicogeno fosforilasi e della glicogeno sintasi. Cascata di reazioni mediata dall'AMP ciclico
(AMPc). Struttura e funzioni della fosforilasi chinasi. Il calcio e la calmodulina. Esempi di
integrazione tra modulazione allosterica e modulazione per fosforilazione/defosforilazione.

GLUCONEOGENESI
II glucosio da precursori non glicidici. Confronto tra glicolisi e gluconeogenesi. La piruvato
carbossilasi (biotin-enzima): localizzazione, meccanismo di reazione e regolazione da acetil-CoA.
Trasporto dell'ossalacetato dal mitocondrio al citosol. Gli enzimi "peculiari" della gluconeogenesi:
PEP-carbossichinasi, fruttoso-l,6-bisfosfatasi e glucoso-6-fosfatasi. Il ciclo di Cori.

METABOLISMO LIPIDICO - GLI ACIDI GRASSI


Degradazione e sintesi dei triacilgliceroli nel duodeno, negli adipociti e nel fegato. Destino
metabolico di glicerolo e acidi grassi. Degradazione degli acidi grassi. Attivazione degli acidi grassi
e trasferimento nella matrice mitocondriale (struttura e ruolo della carnitina). La β-ossidazione:
reazioni, enzimi e coenzimi. Ossidazione degli acidi grassi a catena dispari di atomi di carbonio: la
carbossilasi biotina-dipendente e la mutasi coenzima B12-dipendente. Degradazione degli acidi
grassi in gliossisomi e perossisomi. I corpi chetonici: funzione, biosintesi e degradazione.
Sintesi degli acidi grassi: confronto con la β-ossidazione. Trasporto di equivalenti di acetil-CoA dal
mitocondrio al citosol: ruolo del citrato e dell'enzima malico. La acetil-CoA carbossilasi: confronto
con altri biotin-enzimi. Reazioni della sintesi degli acidi grassi. Organizzazione strutturale della
acido grasso sintasi animale. Allungamento della catena degli acidi grassi. Desaturazione degli acidi
grassi. Le prostaglandine. Regolazione della sintesi degli acidi grassi: da disponibilità di metabolici,
allosterica, ormonale. Fosfosforilazione e defosforilazione dell'acetil-CoA carbossilasi.
METABOLISMO LIPIDICO - I LIPIDI DI MEMBRANA E IL COLESTEROLO
Biosintesi di fosfolipidi e triacilgliceroli da acidi grassi, glicerolo e diidrossiacetonfosfato. Ruolo
dei CDP-derivati. Sintesi degli sfingolipidi. Le lipoproteine. Colesterolo e suoi derivati: ormoni
steroidei (glucocorticoidi, mineralcorticoidi, sessuali), acidi biliari, vitamina D3. Meccanismo
d'azione degli ormoni steroidei. La prenilazione delle proteine: le Ras-farnesil transferasi.

METABOLISMO DEGLI AMMINOACIDI


Destino metabolico degli amminoacidi: amminoacidi glucogenici e chetogenici. Deamminazione
per transamminazione: meccanismo catalitico. Altre reazioni PLP-dipendenti. Deamminazione
ossidativa: la glutamico deidrogenasi. Ruolo catalitico dell'α-chetoglutarato. Eliminazione
dell'azoto: organismi ammoniotelici, uricotelici e ureotelici. Ciclo dell'urea: reazioni ed enzimi.
Sintesi mitocondriale del carbammilfosfato: meccanismo, ruolo dell'ATP. Sintesi
dell'argininsuccinato: meccanismo, ruolo dell'ATP. Collegameno tra il ciclo dell'urea e il ciclo di
Krebs. Compartimentazione cellulare e regolazione del ciclo.
Biogenesi dell'azoto organico: glutammato deidrogenasi, glutammina sintetasi. Amminoacidi
essenziali e non essenziali. Il metabolismo delle unità monocarboniose: i derivati del tetraidrofolato
e la S-adenosil metionina. La metilcobalamina. Schema generale del metabolismo delle unità
monocarboniose. Biosintesi della tirosina dalla fenilalanina: ruolo della biopterina. Fenilchetonuria
e alcaptonuria. Sintesi delle catecolammine.
Biomolecole da amminoacidi (strutture, funzioni e aspetti biosintetici comuni): glutatione, istamina,
serotonina, GABA, catecolammine, ormoni della tiroide, forma poliglutammica dell'acido folico.

METABOLISMO DEI NUCLEOTIDI


Funzioni dei nucleotidi. Struttura di nucleotidi, nucleosidi, basi puriniche e pirimidiniche. Aspetti
generali del metabolismo dei nucleotidi: vie de novo e vie di recupero. Il 5-fosforibosilpirofosfato
(PRPP), metabolita chiave delle vie biosintetiche dei nucleotidi. Confronto tra le vie biosintetiche
dei nucleotidi purinici e pirimidinici. Origine degli atomi degli anelli purinico e pirimidinico. AMP
e GMP da IMP. Formazione dei deossiribonucleotidi: la ribonucleotide reduttasi. Timidilato sintasi:
meccanismo di reazione, inibitori, associazione funzionale con la diidrofolato reduttasi.

VIE DI TRASDUZIONE DEL SEGNALE


Segnali molecolari e sistemi interpretativie: generalità, recettori di membrana e recettori nucleari.
Proteine G: proprietà generali e classi. Proteine Ras. Proteine G eterotrimeriche: struttura, classi,
ciclo funzionale, cascate inibitorie e stimolatorie dell'AMPc, adenilato ciclasi, fosfodiesterasi,
proteina chinasi A, tossine. Cascata del PIP2. Recettori-enzimi. Guanilato ciclasi di membrana e
solubile. RTKs (receptors tyrosine kinases). Recettore dell'insulina e simili. Gli oncogèni e gli
oncosoppressori.

STRUTTURA DEGLI ACIDI NUCLEICI


Basi puriniche e pirimidiniche di DNA e RNA: forme tautomeriche e loro attitudine alla formazione
di legami H. Differenze "chimiche" tra DNA e RNA. Basi modificate. La struttura a doppia elica
del DNA. Regola di Chargaff. Appaiamenti standard tra le basi, appaiamenti fra tautomeri rari,
impilamento delle basi, solchi maggiore e minore. DNA B, A e Z. Forze che stabilizzano la doppia
elica del DNA. Denaturazione del DNA. Temperatura di fusione: dipendenza dalla percentuale di
G--C.