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Universit di Pisa - Registro lezioni

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RICCARDO ZUCCHI
DATI REGISTRO
insegnamento

BIOCHIMICA
(cod. 140EE)

corso di studi

IBM-L - INGEGNERIA BIOMEDICA

responsabile

Riccardo Zucchi

docenti

Riccardo Zucchi

totale ore

57

LEZIONI
Introduzione generale al corso. Propriet generali degli esseri viventi e
loro definizione in rapporto al secondo principio della termodinamica. La
2:0
vita come un sistema di reazioni chimiche in soluzione acquosa.
02/03/2016 16:30 18:30
lezione
hh
Propriet generali del carbonio. Principali gruppi funzionali della chimica
organica e relativa nomenclatura: idrocarburi saturi ed insaturi, alcoli,
aldeidi, chetoni, acidi carbossilici, ammine.

RICCARDO
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Struttura generale degli aminoacidi. Tipi di isomeria presenti nelle


molecole organiche. Propriet acido-base degli aminoacidi. L'equazione
di Henderson-Hasselbach ed il grado di dissociazione delle molecole
organiche in condizioni fisiologiche. Il legame peptidico. Richiami sul
3:0
concetto di legame covalente e sui concetti di risonanza e
03/03/2016 08:30 11:30
lezione
hh
delocalizzazione elettronica. Struttura e propriet generali delle catene
laterali degli aminoacidi: aminoacidi alifatici, aminoacidi con gruppi
alcoolici, aminoacidi contenenti zolfo (propriet del legame disolfurico),
aminoacidi acidi (ruolo della risonanza nelle propriet acide del gruppo
carbossilico), aminoacidi basici (confronto fra ammoniaca e guanidina).

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Aminoacidi aromatici. Propriet degli atomi di azoto inseriti in anelli


etrociclici. Il ripiegamento delle proteine e
i suoi vincoli. Tipi di interazioni
2:0
09/03/2016 16:30 18:30
lezione coinvolti nel ripiegamento delle proteine: legami disolfurici, legami ionici,
hh
legami ad idrogeno, legami dipolari, legami di van der Waals, effetto
idrofobico.

RICCARDO
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Struttura secondaria delle proteine: alfa elica ed altri tipi di struttura alfa;
foglietto beta parallelo e antiparallelo; collagene. Struttura terziaria delle
3:0
proteine: concetto di dominio e tipi di dominio. Struttura quaternaria delle
10/03/2016 08:30 11:30
lezione
hh
proteine. Proteine fibrose:
collagene ed alfa-cheratina. Struttura
dinamica delle proteine. Propriet generali delle proteine: formazione di
complessi stereospecifici non covalenti.

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Analisi termodinamica del ripiegamento delle proteine. Denaturazione


delle proteine: ruolo della temperatura, di variazioni di pH e di agenti
caotropici. Dinamica del ripiegamento e sue
fasi. Chaperoni molecolari e
loro funzione. Concetto di catalizzatore. Meccanismi di catalisi
2:0
16/03/2016 16:30 18:30
lezione enzimatica: effetto prossimit ed orientamento e stabilizzazione dello
hh
stato di transizione. Come gli enzimi modificano il meccanismo delle
reazioni: classificazione dei meccanismi di azione. L'esempio della trioso
fosfato isomerasi: meccanismo della reazione spontanea e della
reazione catalizzata.

RICCARDO
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Catalisi covalente: meccanismo dell'idrolisi spontanea del legame


peptidico utilizzando H2O, OH- o H+ come reagenti. Meccanismo di
2:0
17/03/2016 08:30 10:30
lezione azione delle proteasi a serina: la triade catalitica e le sue funzioni. Cenni

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hh

sugli altri tipi di proteasi. (terza ora di lezione non svolta per assemblea
studenti)

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Idratazione dell'anidride carbonica: meccanismo della reazione


spontanea. Meccanismo di azione dell'anidrasi carbonica e
ruolo dello
Zn2+. Altre funzioni degli ioni metallici: catalisi elettrofila e catalisi
2:0
elettrostatica. Cinetica enzimatica. Il modello di Mentens e Michaelis:
23/03/2016 16:30 18:30
lezione
hh
assunzioni del modello e suo sviluppo. Significato di Vmax e KM.
Concetti di saturazione ed affinit. Cinetica sigmoide e modello
allosterico. Meccanismo dell'effetto cooperativo. Concetto di regolazione
allosterica e sua importanza biologica.

RICCARDO
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Definizione dei glucidi e dei monosaccaridi. L'isomeria ottica.


Nomenclatura degli aldosi e dei chetosi. La configurazione ciclica dei
monosaccaridi. Differenza fra enantiomeri, diasteroisomeri e anomeri.
Derivati dei monosaccarici: acidi, alcoli, aminozuccheri, desossizuccheri,
3:0
31/03/2016 08:30 11:30
lezione glicosidi. Il legame O-glicosidico ed N-glicosidico. Definizione di
hh
disaccaride. Struttura di maltosio, lattosio e saccarosio. Polisaccaridi e
loro classificazione. Struttura dell'amido, del glicogeno e della cellulosa e
loro implicazioni funzionali. Classificazione dei lipidi. Nomenclatura e
propriet degli acidi grassi saturi ed insaturi.

RICCARDO
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I trigliceridi: struttura e funzione. Struttura dei fosfogliceridi e degli


sfingolipidi. Propriet del fosfato. Propriet generali dei lipidi polari e loro
distribuzione in ambiente acquoso. Propriet dei doppi strati lipidici e loro
2:0
06/04/2016 16:30 18:30
lezione importanza per la struttura e la funzione delle membrane cellulari.
hh
Steroidi e colesterolo. Ruolo del colesterolo nella costituzione delle
membrane cellulari delle cellule animali. Definizione di isoprenoidi ed
eicosanoidi.

RICCARDO
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Struttura dei nucleotidi. Tautomeria cheto-enolica e


configurazione sinanti. Catene polinucleotidiche unite da legami fosfoesterici. Struttura del
DNA secondo il modello di Watson e Crick. Interazioni che stabilizzano
la doppia elica. Altri tipi di struttura a doppia elica. Struttura
3:0
nucleosomiale del DNA e cenni sulla struttura della cromatina. Propriet
07/04/2016 08:30 11:30
lezione
hh
generali degli acidi nucleici: il concetto di informazione a livello
molecolare. Il problema della stabilit rispetto all'idrolisi in soluzione
acquosa: ragioni della stabilit del legame fosfoesterico e della
particolare stabilit del DNA rispetto all'RNA. Ragioni della sostituzione
dell'uracile con la timina nella molecola del DNA.

RICCARDO
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Introduzione al metabolismo. Concetto di via metabolica, propriet


generali delle vie metaboliche e concetto di stato stazionario.
2:0
Organizzazione generale del catabolismo. Fase idrolitica del catabolismo
13/04/2016 16:30 18:30
lezione
hh
delle macromolecole. Concetto biochimico di respirazione. La molecola
dell'Acetil-CoA: struttura e significato. Struttura e funzione dei coenzimi
piridinici (NAD e NADP) e flavinici (FAD e FMN).

RICCARDO
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Respirazione anaerobia e fermentazione. Organizzazione generale


dell'anabolismo. Il principio delle reazioni accoppiate. La molecola
dell'ATP. Determinanti dell'energia libera di idrolisi dell'ATP. Reazioni di
trasferimento del gruppo fosforilico e tipi di composti implicati: anidridi
3:0
14/04/2016 08:30 11:30
lezione fosforiche, acilfosfati, esteri forforici, enolfosfati. Struttura e funzione
hh
della fosfocreatina. Significato metabolico dei tioesteri. Ruolo dei
nucleotidi adenilici nella regolazione del metabolismo. Metabolismo e
secondo principio della
termodinamica: gli esseri viventi come sistemi
chimici aperti che mantengono uno stato stazionario.

RICCARDO
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Glicolisi: bilancio generale. Singole reazioni e loro meccanismo: reazioni


dell'esochinasi, della fosfoglucoisomerasi, della fosfofruttochinasi,
2:0
dell'aldolasi, della trioso fosfato isomerasi.
Logica chimica della prima
20/04/2016 16:30 18:30
lezione
hh
parte della glicolisi. Reazioni della gliceraldeide-3-fosfato deidrogenasi e
della fosfoglicerato chinasi: logica chimica dell'accoppiamento fra

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RICCARDO
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ossidoriduzione e sintesi di ATP.


Reazioni della fosfoglicerato mutasi, dell'enolasi e
della piruvato chinasi
e loro logica chimica. Riassunto generale della glicolisi e guida all'analisi
degli effetti di interventi sui singoli enzimi. Metabolismo del fruttosio e del
glicerolo. Reazione della lattato deidrogenasi e concetto di
3:0
fermentazione lattica: il problema della rigenerazione del NAD.
21/04/2016 08:30 11:30
lezione
hh
Distribuzione della fermentazione alcolica nei diversi tessuti.
Decarbossilazione ossidativa del piruvato: descrizione formale della
reazione ed analisi delle problematiche chimiche. Decarbossilazione
degli alfachetoacidi e ruolo della tiamina pirofosfato. La fermentazione
alcolica.

RICCARDO
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Reazione della piruvato deidrogenasi: transacilazione e ruolo dell'acido


lipoico; ossidazione dell'acido diidrolipoico e ruolo del FAD. Destino
catabolico dell'acetil-CoA nel ciclo di Krebs: concetto ed organizzazione
2:0
RICCARDO
27/04/2016 16:30 18:30
lezione generale. Analisi delle singole reazioni e loro meccanismo: citrato sintasi,
hh
ZUCCHI
aconitasi, isocitrato deidrogenasi, alfa-chetoglutarato deidrogenasi,
succinil-CoA sintetasi, succinato deidrogenasi, fumarasi, malato
deidrogenasi.
Intermedi del ciclo di Krebs come precursori anabolici. Reazioni che
producono intermedi del ciclo di Krebs. Fosforilazione ossidativa:
2:0
organizzazione generale e significato metabolico. Bilancio energetico del
28/04/2016 08:30 10:30
lezione
hh
catabolismo glucidico. Interazione della luce con la materia e reazioni di
ossidoriduzione. Organizzazione generale della fotofosforilazione e della
fotosintesi.
(terza ora non svolta per assemblea studenti)

RICCARDO
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Gluconeogenesi: bilancio globale e localizzazione tissutale. Strategia


metabolica ed organizzazione della via metabolica. Struttura e propriet
2:0
04/05/2016 16:30 18:30
lezione della biotina. Reazioni della piruvato carbossilasi,della fosfoenolpiruvato
hh
carbossichinasi, della fruttosio-1,6-bisfosfatasi, della glucosio-6-fosfatasi
e loro meccanismo. Substrati generali per la gluconeogenesi.

RICCARDO
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Significato della struttura del glicogeno. Reazioni della glicogenosintesi e


della glicogenolisi. Metabolismo idrolitico dei
di- e polisaccarici.
2:0
05/05/2016 08:30 10:30
lezione Glicosidasi dell'apparato digerente. Regolazione del metabolismo:
hh
principi generali. Propriet dei trasportatori GLUT e regolazione del
trasporto del glucosio nei diversi tessuti.

RICCARDO
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Regolazione delle vie metaboliche del metabolismo glucidico.


Regolazione della glicolisi nei tessuti non gluconeogenetici.
Regolazione
2:0
concertata della glicolisi e della gluconeogenesi. Regolazione della
11/05/2016 16:30 18:30
lezione
hh
piruvato deidrogenasi.Regolazione concertata della glicogenosintesi e
glicogenolisi. Il problema del trasporto dell'ossigeno nel sangue e nei
tessuti.

RICCARDO
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12/05/2016 08:30 11:30

3:0
lezione Dr.sa Palumbo: metodiche di analisi delle proteine.
hh

RICCARDO
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19/05/2016 08:30 11:30

3:0
Dr.sa Carnicelli: isolamento degli acidi nucleici, quantificazione,
lezione
hh
elettroforesi, PCR, sequenziamento automatico e real-time PCR.

RICCARDO
ZUCCHI

Proteine trasportatrici di ossigeno. Necessit di metalli di transizione per


il trasporto dell'ossigeno. Struttura della mioglobina e dell'emoglobina.
Struttura elettronica del Fe. Struttura delle porfirine e dell'eme e loro
2:0
23/05/2016 10:30 12:30
lezione propriet. Il legame dell'ossigeno all'eme ed la sua analisi quantitativa.
hh
Curve di saturazione della mioglobina e dell'emoglobina. L'emoglobina
come proteina allosterica: struttura della desossiemoglobina e
dell'ossiemoglobina
Ragioni della diversa affinit per l'ossigeno
della desossi- e della
ossiemoglobina. Meccanismo molecolare dell'effetto cooperativo. Il 2,3bisfosfoglicerato come effettore allosterico negativo. Effetto Bohr e suo
2:0
lezione
25/05/2016 16:30 18:30
hh
meccanismo molecolare. Il legame del bicarbonato all'emoglobina di

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RICCARDO
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RICCARDO
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coccodrillo e la sua funzione. Propriet dell'emoglobina fetale e looro


basi molecolari. Basi molecolari della tossicit del CO.
Analisi delle molecole dell'ossigeno e del CO in base alla teoria degli
orbitali molecolari. Basi molecolari delle alterazioni eritrocitarie
nell'anemia falciforme. Termodinamica dei flussi ionici di membrana.
3:0
26/05/2016 08:30 11:30
lezione Equazione di Nernst e potenziale di equilibrio. Tipi di proteine che
hh
modulano i flussi ionici di membrana: ATPasi (pompe ioniche),
scambiatori e canali ionici. Analisi termodinamica della funzione della
Na/K-ATPasi, della Ca-ATPasi e dello scambiatore Na/Ca.

hh = ore accademiche

DETTAGLIO SUDDIVISIONE ORE


docente

ore effettuate tipo didattica

RICCARDO ZUCCHI

57 ore lezione

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