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Riepilogo Parte 1 - Introduzione,Classificazione e Caratteristiche Gli enzimi sono proteine con funzione catalitica che regolano la velocit delle

trasformazioni chimiche che sottendono i processi fisiologici. In relazione al tipo di reazione catalizzata sono distinti in sei classi principali: -ossidoreduttasi, -transferasi, -idrolasi -liasi, -isomerasi ligasi. Spesso sono pienamente attivi solo in presenza di cofattori (ioni metallici) o coenzimi (molecole organiche). I coenzimi, a differenza degli enzimi, sono spesso modificati nel corso della reazione chimica. Gli enzimi si caratterizzano per una elevata specificit di substrato e reazione: interagiscono con un reagente specifico e ne catalizzano una specifica trasformazione. Nei diversi tessuti di un organismo possono esistere enzimi che, pur catalizzando la medesima reazione chimica, differiscono per alcune propriet fisiche: questi sono detti isoenzimi. Il dosaggio di enzimi e isoenzimi nei campioni biologici pu fornire informazioni diagnostiche importanti. 2. Meccanismo dazione. Quando un substrato S viene convertito in prodotto P (a minore contenuto energetico rispetto a S, altrimenti la reazione sarebbe termodinamicamente impossibile e nessun enzima sarebbe in grado di farla avvenire!) le molecole di S passano attraverso uno stato intermedio tra S e P (lo stato di transizione, S*) caratterizzato da un contenuto energetico maggiore di S. La differenza tra il contenuto energetico di S e quello di S* detta energia di attivazione di S. Lenzima in grado di legare S* (ha maggiore affinit per S* che per S) e il legame E-S* abbassa lenergia di attivazione: la formazione di legami tra E ed S* libera energia (energia di legame E-S*) e abbassa il contenuto energetico di E-S*. Quindi statisticamente, nellunit di tempo, pi molecole di S riusciranno a superare la barriera di attivazione e procedere lungo la direzione di reazione. Lenzima lega S* a livello di un sito preciso sulla superficie della proteina che si chiama sito attivo: questa tasca, di solito superficiale, corrisponde esattamente per forma e disposizione di cariche elettriche e/o residui idrofobici (dei gruppi R degli amminoacidi che foderano il sito attivo) a S*. Si pu immaginare che S* sia la chiave e il sito attivo sia la serratura specifica per quella chiave. I legami che si formano tra S* e il sito attivo sono di solito legami deboli (ponti H, legami ionici e idrofobici) anche se in alcuni enzimi si tratta di legami covalenti. Lesistenza di un sito attivo dove si lega il substrato e dove avviene la sua trasformazione in prodotto determina alcune propriet comuni a tutti gli enzimi: specificit, saturabilit e inibibilit. Specificit: ogni enzima riconosce specificamente il/i substrato/i e non altre molecole, anche chimicamente simili a S. Saturabilit: quando tutti i siti attivi di tutte le molecole enzimatiche presenti sono legate al substrato (saturate) la velocit di catalisi massima e non pu aumentare ulteriormente, anche aggiungendo altro substrato. Inibibilit: una molecola che assomigli moltissimo al substrato (per forma, distribuzione di cariche, ecc.) e che si leghi al sito attivo pu spiazzare il vero substrato dal legame con il sito attivo e inibire lattivit enzimatica (inibizione competitiva). Laggiunta di un eccesso di substrato, per, rende reversibile linibizione. Molti farmaci agiscono per inibizione enzimatica. 3. Cinetica enzimatica. Lattivit catalitica degli enzimi caratterizzata da due parametri cinetici che consentono di confrontare lazione di enzimi diversi e la loro affinit per il substrato. Questi due parametri sono la costante di Michaelis-Menten (Km) e la velocit massima (Vmax). Con laumentare della concentrazione di S ([S]) la velocit di catalisi (prodotto/tempo) aumenta secondo una funzione iperbolica fino a un valore massimo (Vmax), raggiunto quando tutti i siti attivi disponibili sono saturati da S. Cinetica enzimatica degli enzimi a singola subunit Da questo

grafico si pu derivare il valore di Km, cio la [S] alla quale V = Vmax. Dato che n il valore di Vmax n quello di Km possono essere calcolati in modo preciso da una curva iperbolica, si preferisce trasformare questa curva in una retta (prendendo il reciproco di ogni valore), dallequazione della quale si possono calcolare precisamente -1/Km e 1/Vmax. Vmax = velocit massima di catalisi, in condizioni di saturazione dellenzima (dipende dalla [E]) Km = concentrazione di S a cui la velocit di catalisi met della massima (non dipende dalla [E]). Km una misura dellaffinit dellenzima per S: maggiore la Km (che si misura in molarit), minore laffinit. Un inibitore competitivo (si lega al sito attivo al posto di S) aumenta la Km e lascia invariata la Vmax (un eccesso di S spiazza linibitore e lenzima raggiunge comunque la sua Vmax, anche se ad una [S] maggiore rispetto alla condizione senza inibitore). Un inibitore non competitivo (si lega allenzima in un punto diverso dal sito attivo, ma induce una modifica conformazionale della proteina enzimatica tale per cui S non si pu pi legare al sito attivo) abbassa Vmax ma lascia invariata Km (affinit dellenzima per S). Gli inibitori: Le reazioni catalizzate da enzimi possono essere rallentate o bloccate da inibitori enzimatici. Molti farmaci sono inibitori enzimatici. Gli inibitori possono essere: reversibili e irreversibili. I primi si possono dissociare dallenzima ripristinandone lattivit, mentre i secondi legano covalentemente o modificano definitivamente alcune porzioni essenziali dellenzima alterandone la funzionalit; spesso vengono definiti veleni degli enzimi.Gli inibitori reversibili possono essere distinti in competitivi e non competitivi in base alle loro modalit di interazione con lenzima. I metodi danalisi cinetica con cui si studiano gli enzimi (curva di saturazione dellenzima) consentono di distinguere questi due tipi di inibizione enzimatica. Un inibitore competitivo compete con il substrato per il legame con il sito attivo. Se linibitore occupa il sito attivo blocca laccesso del substrato e rallenta/blocca il processo catalitico. Solitamente gli inibitori competitivi sono molto simili al substrato e ne mimano la capacit di interazione con il sito attivo. Essendo tuttavia linterazione inibitore/enzima reversibile, ne risulta che linibizione pu essere scalzata da un incremento della concentrazione del substrato. Il diagramma di Lineweaver-Burk evidenzia alcune caratteristiche fondamentali di tale inibizione: la Vmax della reazione non viene cambiata poich, anche in presenza di un inibitore, si pu incrementare [S] per ottenere la stessa Vmax. Si osserva invece una riduzione apparente dellaffinit per il substrato (1/Km apparente < 1/Km), poich occorre un maggiore [S] per ottenere di Vmax.Un inibitore non competitivo si lega invece ad un sito diverso da quello che riconosce il substrato e riduce o blocca lattivit dellenzima. Questo pu legare normalmente il substrato (la Km dellenzima rimane quindi invariata), ma non pu catalizzarne la trasformazione in prodotto; la Vmax della reazione conseguentemente inferiore a quella ottenibile in assenza di enzima competitivo. Gli enzimi allosterici
Gli enzimi allosterici hanno quasi sempre una struttura quaternaria (pi subunit polipeptidiche) e possiedono, oltre al sito attivo in una subunit, anche un altro sito, sito regolatore in un'altra subunit , al quale si lega leffettore (omodulatore).

Lenzima esiste in due configurazioni tra loro convertibili. In una subunit troviamo il sito regolatore che pu essere nella configurazione attivata oppure in quella inattivata. Se il modulatore induce una attivazione della catena metabolica allora esso si lega al sito regolatore dellenzima stimolando il sito attivo, situato generalmente in altra subunit, a legarsi col substrato. Al contrario, se il modulatore un inibitore, si avr la perdita di affinit sul sito attivo dellenzima. Tale condizione determina il blocco della via metabolica. Inibizione allostrerica In alcuni sistemi multienzimatici l'enzima regolatore viene inibito in modo specifico dal prodotto finale della via, quando tale prodotto si accumula oltre le necessit delle cellule. In genere l'enzima allosterico il primo della via metabolica.Questa inibizione si chiama inibizione retroattiva o inibizione da prodotto(meccanismo a feedback).

Altri meccanismi di regolazione enzimatica si hanno quando lenzima viene modificato covalentemente da alcuni gruppi chimici come il fosfato, ladenosina monofosfato, luridina monofosfato e i gruppi metilici. Questi gruppi possono legarsi allenzima ed essere rimossi da altri enzimi. Un enzima appartenente a questa categoria la glicogeno fosforilasi che regola nel muscolo e nel fegato il processo di demolizione del glicogeno.

ENZIMI PROTEOLITICI
Con il termine proteasi (peptidasi, o enzima proteolitico nel tuo caso) si indica un enzima che sia in grado di catalizzare la rottura del legame peptidico tra il gruppo amminico e il gruppo carbossilico delle proteine. La rottura del legame avviene attraverso un meccanismo che utilizza una molecola di acqua, per cui le proteasi vengono classificate tra le idrolasi... esistono oltre 170 proteasi...esistono endopeptidasi che tagliano la proteina in porzioni interne e le esopeptidasi che la tagliano nelle regioni terminali...di solito le proteasi sono classificate in famiglie a seconda dell'aminoacido che attaccano ci sono le serin proteasi, treonin proteasi...ci sono tante famiglie quanti sono gli aminoacidi...

Coagulazione La "reazione a cascata" della coagulazione (a cascata perch ciascuno dei fattori coinvolti scatena una reazione che attiva un fattore che ne scatena un'altra e cos via) un processo complesso che coinvolge 13 diversi fattori (Vitamina K Tra le proteine che subiscono questa reazione si ricordano: i fattori II (protrombina), VII, IX, X della coagulazione) Alla fine della reazione le molecole di fibrinogeno presenti in soluzione nel sangue si aggregano tra loro formando dei filamenti di fibrina che trattengono i globuli rossi e formano il coagulo. Per semplicit il processo di coagulazione pu essere cos riassunto: 1.I tessuti danneggiati rilasciano tromboplastina, che interagisce con un fattore presente sulla membrana cellulare delle piastrine, innescando l'attivatore protrombinico. 2.L'attivatore protrombinico converte la protrombina, presente nel plasma, nell'enzima trombina. 3.La trombina determina la polimerizzazione delle molecole difibrinogeno, una proteina solubile presente nel sangue, che si uniscono tra loro formando filamenti di fibrina. 4.I filamenti di fibrina formano una rete che, in corrispondenza della lesione, intrappola i globuli rossi e costituisce la base del coagulo. 5.Entro un'ora, il coagulo inizia a contrarsi, spremendo fuori dalla sua massa il siero (plasma privato dalle proteine della coagulazione) e avvicinando i margini della lesione della parete del vaso sanguigno. 6.Normalmente il sangue coagula in circa 3-6 minuti e, una volta iniziato il processo della coagulazione, i fattori che l'hanno scatenato vengono di solito rapidamente inattivati per impedire che la coagulazione del sangue si diffonda per tutto l'apparato circolatorio.