Corso 

di Biochimica  1 

Enrico Colombo

CORSO DI BIOCHIMICA

Anno accademico 2008/2009


I glucidi
Definizione e significato
I glucidi o saccaridi sono aldeidi o chetoni di alcoli poliossidrilici.
Questi sono i monosaccaridi, che per condensazione possono
formare:
- oligosaccaridi: da 2 a 10 monosaccaridi
- polisacaridi: più di dieci monomeri monosaccaridici.
Le loro principali funzioni sono:
- energetica: costituiscono la fonte di energia primaria e di
rapida utilizzazione degli esseri viventi
- strutturale: formano le strutture vegetali (cellulosa),
l’esoscheletro degli invertebrati (chitina) e le membrane delle
cellule animali (glicoproteine e glicolipidi) o delle cellule
batteriche (glicopeptide).
Quando sono coniugati con proteine o lipidi entrano a far parte della
famiglia dei glicoconiugati:
- glicolipidi
- glicoproteine.
Monosaccaridi
La formula empirica dei monosaccaridi è (CH2O)n in cui n varia da 3 a
9, dando le denominazioni aldo/cheto +
triosi/tetrosi/pentosi/esoso/ecc…
Il monosaccaride di maggior rilievo è il glucosio (CH2O)6 per una
duplice motivazione:
- è il più presente in natura
- le cellule utilizzano gli altri monosaccaridi dopo averli convertiti
in glucosio.
A seconda del gruppo funzionale di partenza, ovvero che il carbonio
carbonilico sia terminale o meno, si distinguono:
- zuccheri aldosi: il carbonilico è al terminale
- zuccheri chetosi: il gruppo carbonilico non è terminale.
Il glucosio è il principale aldoso con 6 carboni e il fruttosio è il
corrispondente chetoso con il gruppo carbonilico in C2.
Stereoisomeria o isomeria ottica: forme D e L o forme (+) e (-).
Per atomo di carbonio asimmetrico si intende un atomo di carbonio
che possieda, con le sue 4 valenze, legami a gruppi differenti.
Il glucosio, ad esempio, possiede 4 C asimmetrici, quindi 4 centri
chirali. Questi diventano tre nell’omologo a 6 atomi di carbonio, il
fruttosio, poiché esso è un chetoso.
Regola di Vant’Hoff: i possibili stereoisomeri di una molecola a
catena carboniosa sono 2n, dove n è il numero di atomi di carbonio
chirale.
Nei monosaccaridi, gli isomeri ottici, si raggruppano a coppie, che
differiscono solamente per la posizione dei gruppi OH e H attorno agli
atomi di carbonio:
- le coppie formate da molecole che sono una l’immagine
speculare dell’altra sono formate da enantiomeri.
- Due enantiomeri hanno le medesime caratteristiche fisiche
quali il punto di fusione e di ebollizione.
- Differiscono invece per la possibilità di ruotare la luce
polarizzata:
o (+): si attribuisce alle molecole che possono ruotare la
luce polarizzata in senso destrorotatorio
o (-): si attribuisce alle molecole che sono in grado di
ruotare la luce polarizzata in senso antiorario
(levorotatorio).
 the same as that of D-glyceraldehyde are designated D
CHO CHO isomers, and those with the same configuration as L-
Six carbons glyceraldehyde are L isomers. When the hydroxyl group
H
EDL: O H O H O H O H O on the reference carbon is on the right in the projection
_EDL:
H formula, the sugar is the D isomer; when on the left, it
C C C C
H
C
OH
OH Corso di Biochimica  3 
is the L isomer. Of the 16 possible aldohexoses, eight are
C H H C OH HO C H H C OH HO C H
D forms and eight are L. Most of the hexoses of living
C H H C OH H C OH HO C H HO C H
La gliceraldeide possiede un solo C asimmetrico e può produrre due organisms
Strutturaare D isomers.
ciclica.
C OH HO C H HO C H HO C H
forme otticamente enantiomeriche.
HO C H CH2OH Figure 7–3 shows the structures of the D stereoiso-
C OH H C
Chapter 77 OH H C and
Carbohydrates OH
CH OH
H C OH 2 H C OH
239
Altreofindicazioni
mers (come
all the aldoses andil ketoses
fenomeno della
having threemutarotazione
to six e il fatto che il
Chapter Carbohydrates andGlycobiology
Glycobiology 239
CH2OH
La CH
D (+) gliceraldeide ha l’OH sul C2 posta a destra, mentre la L (-) glucosio
carbon abbia
atoms. Theuncarbons
potereofriducente
a sugar aremolto maggiore
numbered be- rispetto agli altri
2OH CH2OH CH2OH CH2OH
gliceraldeide ha l’OH posto sulla sinistra. aldosi) at
ginning indicano
the endche i monosaccaridi
of the chain nearest devono esistere in altre forme
the carbonyl
Mannose D-Gulose D-Idose D-Galactose D-Talose
HH Ball-and-stick models predominanti.
group. Each of the eight D-aldohexoses, which differ in
HH OO the stereochemistry at C-2, C-3, or C-4, has its own
D-Aldoses CC HH CC OH
OH Infatti,Dad
name: esempio,
-glucose, il glucosio esiste in una forma α e in una forma β,
D-galactose, D-mannose, and so forth
(a)
HH CC OH
OH CC OO CHO CHO (Fig. 7–3a). The four- anddifive-carbon
che producono angoli rotazione ketoses
differenti,
areche
des-però diventano
FIGURE
AA
HH 7–3 Aldoses andH
ketoses. The
AA
of (a)CD-aldoses ignated by inserting “ul” into the name of a correspond-grazie al fenomeno
identici se posti in soluzione portandosi a 52,7°,
CC OH
OH H CC OH OHseries H OH and HO C H
(b) D-ketoses having from three to six carbon atoms, shown as della
ing mutarotazione.
aldose; for example, D-ribulose is the ketopentose
H H
projectionHformulas. The carbonHatoms in red are chiral
CH2OH centers. CH2OH corresponding to the aldopentose D-ribose. The keto-
Glyceraldehyde,
Glyceraldehyde, Dihydroxyacetone,
Dihydroxyacetone, -Glyceraldehyde -Glyceraldehyde
Il tutto si spiega poiché il C1 aldeidico, a causa degli angoli di valenza
D
In all these D isomers, the chiral carbon most distant from the L hexoses are named otherwise: for example, fructose
ananaldotriose
aldotriose aaketotriose
ketotriose della forma tetraedrica, viene a trovarsi molto vicino al gruppo idrossile
carbonyl carbon has the same configuration as the chiral carbon (from the Latin fructus, “fruit”; fruits are rich in this
(a)
(a)
in D-glyceraldehyde. The sugars named in boxes areFischer
the mostprojection formulas
sul C5:
Secondo una convenzione consolidata, si considera, per l’attribuzione sugar) and sorbose (from Sorbus, the genus of moun-
common in nature; you will encounter these again in this and
della serie L o D, il C adiacente a quello terminale (gruppo alcolico tain ash,
- la which has berries
molecola rich inadthe
si ripiega related sugar
esagono al-
con l’ossigeno dell’ossidrile
HH
later H H OO
chapters. cohol sorbitol).
sul C5 Twoche sugars
imprime thatundiffer only nucleofilo
attacco in the con-sul carbonio del
primario)
CC
e si attribuisce:
HH CC OH
OH CHO CHO figurationcarbonile
around one C1. atom are called epimers;
in carbon
- CCD:OH
HH alla
molecolaCCche
OH OO ha il penultimo C come la D gliceraldeide. D-glucose and -mannose,
- Sull’ossigeno del
D which differ only
carbonile, nelinfrattempo,
the stere- si viene a creare una
H2OH - L:
HO C H
alla molecola
HO C H
che ha ilHpenultimo
C OH
C come la LHO C H
gliceraldeide. ochemistry carica negativa che attrae il protone and
at C-2, are epimers, as are D-glucose D-
dell’ossidrile in C5.
HO C H HO C H
CH 2OH CH2OH galactose (which differ at C-4) (Fig. 7–4).
O
I glucidi
HH CC naturali appartengono - Pertanto, l’O del C5 si lega al C1, rendendo il glucosio una
OH
OH OH Dalla
HH CC OH serie D.
-Glyceraldehyde L-Glyceraldehyde Somemolecola
sugars occur naturally
H ciclica, dettainglucopiranosio,
their L form; exam- poiché con
Quando
HH CC invece
OH
OH due Hmonosaccaridi
H CC OHOH differiscono solamente per la ples are L-arabinose and the L isomers of some sugar de-
OH configurazione molto simile a quella del pirano.
posizione di un solo OH si dicono Perspective formulas
epimeri. rivatives that are common components of glycoconju-
CH2OH
CH 2OH CH2OH
CH 2OH
OH
-Glucose,
-Glucose, -Fructose,
-Fructose,
gates (Section 7.3).
DD DD FIGURE 7–2 Three ways to represent the two stereoisomers of glyc-
H2OH an
analdohexose
aldohexose aaketohexose
ketohexose
1 1 eraldehyde. The stereoisomers
1 are mirror images of each other. Ball- H O
tose CHO (b)
(b) CHO CHO G J
and-stick models show the actual configuration of molecules. By con- C
2 2 2 A
HO C H H Cvention, H C OH
OH in Fischer projection formulas, horizontal bonds project out
HH HH 3 of HOCOOH
2OH 3 OO OOthe plane of the paper,
3 toward the reader; vertical bonds project A
HO C H HO C H HO C H
O C4C C4Cbehind the plane of the4 paper, away from the reader. Recall (see Fig. HOOCOH
H C OH H C1–17) OHthat in perspective
HO Cformulas,
H A
solid wedge-shaped bonds point HOOCOH
H HH C5C OH
OH CHCH
5 22 5
H C OH H CtowardOH the reader, dashed
H C wedges
OH point away. A
H HH C6C OH
OH HH C6C OH
OH CH2OH
6
CH2OH CH2OH CH2OH L-Arabinose
OH HH CC OHOH HH CC OHOH
D-Mannose D-Glucose D-Galactose
2OH (epimer at C-2) (epimer at C-4)
CH
CH 2OH
2OH CH2OH
CH 2OH
By convention, one of these two forms is designated the The Common Monosaccharides
ose -Ribose,
DD -Ribose, 2-Deoxy-
2-Deoxy- DD-ribose,
-ribose,
D isomer, the other the L isomer. As for other biomole-
an
analdopentose
FIGUREaldopentose an
analdopentose
7–4 Epimers. D-Glucosealdopentose
and two of its epimers are shown Have Cyclic Structures
(c)
(c)
cules with chiral centers, the absolute configurations of
as projection formulas. Each epimer differs from D-glucose in the con-
sugars are known from x-ray crystallography. To repre- For simplicity, we have thus far represented the struc-
figuration at one chiral center (shaded red).
FIGURE
FIGURE 7–1
7–1 Representative
Representativemonosaccharides.
monosaccharides.sent (a)three-dimensional
(a) Two
Twotrioses,
trioses,anan sugar structures on paper, we tures of aldoses and ketoses as straight-chain molecules
aldose
aldoseand
andaaketose.
ketose.The
Thecarbonyl
carbonylgroup
groupinineach
often
each Fischer
isisshaded.
use
shaded. (b) Two projection formulas (Fig. 7–2).
(b)Two (Figs 7–3, 7–4). In fact, in aqueous solution, aldotet-
common hexoses. (c)
common hexoses. (c)The
The pentose
pentose components
components of of nucleic
In nucleic acids.
general, a molecule with n chiral centers can
acids. roses and all monosaccharides with five or more carbon
-Ribose
DD -Riboseisisaacomponent
componentofofribonucleic
ribonucleicacid
acid(RNA),
(RNA), and
n 2-deoxy-
and 2-deoxy-
have 2 stereoisomers. DD-- Glyceraldehyde has 21 ! 2; the atoms in the backbone occur predominantly as cyclic
 h contain “chair” conformations (Fig. 7–8). Recall from Chapter 1
us can ex- (p. 19) that two conformations of a molecule are in-
D-glucose terconvertible without the breakage of covalent bonds,
iacetal in
cted with
on asym- Questi due anomeri, differiscono rispettivamente per la posizione
H O
ignated ! dell’OH in 1 rispetto al piano dell’anello:
1C
ompounds
e the six-
2
H C OH
- α−D-glucosio, OH è sotto il piano
The sys- 3
D-Glucose
- β−D-glucosio, OH è sopra il piano dell’anello.
HO C H
ucose are 4 La stabilizzazione del piano di rotazione della luce polarizzata una
H C OH
5 volta raggiunta la forma ciclica sta nella proporzione tra le due forme
aving five- H C OH
anomeriche
8885d_c07_238-272 11/21/03 all’equilibrio
7:38 AM Page (36%
243 per α−D-glucosio
Mac113 e 64% la forma ß).
mac113:122_EDL:
e the five- 6
CH2OH
uranoses. Anche il fruttosio, così come tutti i chetoesosi, esiste nella forma
g is much anomerica e ciclica tramite il gruppo chetonico:
predomi- 6
CH2OH
aving five 5C
- forma un anello pentatomico
OH
gs. H H - il legame semiacetalico si stabilisce tra il carbonio carbonilico
H Chapter 7 Carbohydrates and
differ only 4
C C1 C2 e il C5.
OH H
r hemike- HO O
acetal (or 3
C 2
C
6 CH
2OH the hydroxyl group at C-6 of L-gala
c carbon. H OH 5 O produces L-fucose or L-rhamnose,
6
t in aque- H H H HOCH2 O 1 CH
2OH deoxy sugars are found in plant po
on. Thus, 4 1 5 2
the complex oligosaccharide comp
OH H H HO
D-glucose HO OH H OH
6
CH2OH 6
CH2OH 3 2
teins and glycolipids.
es having 4 3
Oxidation of the carbonyl (alde
5
C O 5
C O H OH OH H
onsists of H H cose to the carboxyl level produces
H OH ! -D-Glucopyranose ! -D-Fructofuranose
D-glucose, H H
4
C 1C 4
C 1C aldoses yield other aldonic acids.
membered OH H OH H
bon at the other end of the carbon c
HO OH HO H CH2OH
3
C 2
C 3
C 2
C O galactose, or mannose—forms the c
ric forms. H OH HOCH2 O OH acid: glucuronic, galacturonic, or m
H OH H OH H
5 (or C-6) aldonic and uronic acids form stab
! -D-Glucopyranose " -D-Glucopyranose OH H H HO
furanose HO H H CH2OH ters called lactones (Fig. 7–9, lowe
kage (Fig. FIGURE 7–6 Formation of the two cyclic forms of D-glucose. Reac- these acidic hexose derivatives, on
ring (Fig. H OH OH H
Forme anomeriche
tion between the aldehyde(α e β).
group at C-1 and the hydroxyl group at
" -D-Glucopyranose " -D-Fructofuranose sugar deserves mention: N-acetylneu
r in com- C-5 forms a hemiacetal linkage, producing either of two stereoiso- acid, but often referred to simply a
anose. L’anello
mers, the esagonale
! and " anomers,chewhich
deriva
differdalla
only inciclizzazione lo si considera
the stereochemistry
O rivative of N-acetylmannosamine, is
ose in Fig- derivato
around thedal pirano,
hemiacetal quindi
carbon. le forme deiof monosaccaridi
The interconversion ! and " anomers cicliche HC O
glycoproteins and glycolipids in ani
reochem- assumono il nome di forme piranosiche.
is called mutarotation. HC CH
HC CH acid groups of the acidic sugar deri
In conseguenza della ciclizzazione, il carbonio-1 è diventato un C C pH 7, and the compounds are there
H2C CH H H as the carboxylates—glucuronate, g
carbonio asimmetrico, donde la formazione di due stereoisomeri
denominati (α e β). Questi due stereoisomeri si dicono anche anomeri Pyran Furan forth.
e il C1 carbonio anomerico. FIGURE 7–7 Pyranoses and furanoses. The pyranose forms of D-

glucose and the furanose forms of D-fructose are shown here as

Haworth perspective formulas. The edges of the ring nearest the reader
are represented by bold lines. Hydroxyl groups below the plane of the Axis
ring in these Haworth perspectives would appear at the right side of ax
a Fischer projection (compare with Fig. 7–6). Pyran and furan are eq O e
eq
 tion, the name describes the compound with its nonre-
Disaccharides Contain a Glycosidic Bond ducing end to the left, and we can “build up” the name
in the following order. (1) Give the configuration (! or
Disaccharides (such as maltose, lactose, and sucrose)
") at the anomeric carbon joining the first monosac-
consist of two monosaccharides joined covalently by an
O-glycosidic bond, which is formed when a hydroxyl
charide unit (on the left) to the second. (2) NameCorso di Biochimica
the   5 
group of one sugar reacts with the anomeric carbon of
the other (Fig. 7–11). This reaction represents the for-
La regola di denominazione segue ancora una volta la posizione CH2OH CH2OH
mation of an acetal from a hemiacetal (such as glu-
relativa del gruppo OH sul C2: O O
copyranose) and an alcohol (a hydroxyl group of the hemiacetal
H H H H H OH
- α−D-fruttosio, OHsecond
è sotto il piano
sugar molecule) (Fig. 7–5). Glycosidic bonds are
!
- β−D-fruttosio, OHreadily
è soprahydrolyzed
il piano by acid but resist cleavage by base.
dell’anello. OH H OH H
HO OH HO H
Thus disaccharides can be hydrolyzed to yield their free
Si dice che la forma in cui il Fruttosio ciclizza
monosaccharide sia laby
components forma
boiling with dilute acid. H OH alcohol
H OH
furanosidica, per similitudine con il furanosio.
N-glycosyl bonds join the anomeric carbon of a sugar to % -D-Glucose $ -D-Glucose

Anche i pentosi possonoa ciclizzare

nitrogen atom in glycoproteins (see Fig. 7–31) and nu-
in forma furanosidica o hydrolysis condensation
cleotides (see Fig. 8–1).
pirianosidica. Alcuni esempi: H2O H 2O
The oxidation of a sugar’s anomeric carbon by
6 CH 6 CH
- D-ribosio ciclizzacupric
in ribofuranosio
or ferric iono(the
ribopiranosio.
reaction that defines a reduc-
5
2OH
5
2OH

ingilsugar)
- Negli acidi nucleici ribosiooccurs only with
è presente the linear
in forma form, which ex-
ß-furanosidica. O acetal O hemiaceta
H H H H H OH
ists in equilibrium with the cyclic form(s). When the
4 1 4 1
anomeric carbon is involved in a glycosidic bond, that OH H OH H
Glicosidi e legame glicosidico. HO H
sugar residue cannot take the linear form and therefore O
3 2 3 2
L’ossidrile anomerico delle formeacicliche
becomes dei monosaccaridi
nonreducing può disaccha-
sugar. In describing H OH H OH
ridescreando,
reagire con un –OH alcolico or polysaccharides, the end of
per eliminazione diauna
chain with a free
molecola Maltose
anomeric carbon (one not involved in a glycosidic bond)
d’acqua, il legame glicosidico. %-D-glucopyranosyl-(1n4)-D-glucopyranose
is commonly called the reducing end.
A seconda del tipo di anomero FIGURE 7–11 Formation of maltose. A disaccharide is formed from
Theche forma il legame
disaccharide si dice
maltose (Fig. checontains
7–11) si formatwo Tale legame è resistente agli alcali, ma è idrolizzato da:
two monosaccharides (here, two molecules of D-glucose) when an
un legame α o ß glicosidico.
D-glucose residues joined by a glycosidic linkage be-
OOH- (alcohol)
acidiof one glucose molecule (right) condenses with the
tween C-1 (the anomeric carbon) of one glucose residue
- enzimi
intramolecular appositi
hemiacetal of thedenominati
other glucose glicosidasi.
molecule (left), with
and C-4 of the other. Because the disaccharide retains elimination of H2O and formation of an O-glycosidic bond. The re-
a free anomeric carbon (C-1 of the glucose residue on Per convenzione
versal si utilizza il termine
of this reaction is hydrolysis—attack glicoside
by H2O on per indicare qualsiasi
the glycosidic
the right in Fig. 7–11), maltose is a reducing sugar. The derivato
bond. di un monosaccaride,
The maltose mentre
molecule retains a reducing specificamente
hemiacetal at the si utilizza:
configuration of the anomeric carbon atom in the gly- C-1 not involved in the glycosidic bond. Because mutarotation inter-
cosidic linkage is !. The glucose residue with the free - glucoside: per indicare un prodotto del glucosio
converts the ! and " forms of the hemiacetal, the bonds at this posi-
anomeric carbon is capable of existing in !- and "-pyra- - galattoside: per indicare un prodotto del galattosio
tion are sometimes depicted with wavy lines, as shown here, to indi-
nose forms. - the
cate that fruttoside:
structure may per indicare
be either ! or ".un prodotto del fruttosio
- ecc…

Principali monosaccaridi naturali.

Il D-glucosio è anche detto destrosio per il suo potere
destrorotatorio. È il monosaccaride prevalente e più importante nei
mammiferi ed è molto presente anche nei vegetali:
- nel sangue umano ha concentrazione di 65-110 mg/dl
 - presente solamente in tracce nelle urine
Il D-mannosio è molto raro allo stato libero e i polisaccaridi che lo
contengono sono poco digeribili.
Il D-galattosio è raro in forma libera, ma in forma di dimero compone il
lattosio, presente ance nei glicolipidi, nel glicogeno delle uova di alcuni
invertebrati.
Glucosio, mannosio e galattosio sono epimeri.
Il D-fruttosio detto anche zucchero della frutta:
- costituente del saccarosio
- presente nel polisaccaride inulina
- allo stato libero è prevalente la forma piranosidica, mentre in
quello di oligosaccaride in forma furanosidica.
- È presente in quantità discreta nel liquido seminale, come
nutritivo preferenziale per gli spermatozoi.
Reazioni dei monosaccaridi.
Prodotti di riduzione dei monosaccaridi.
I gruppi aldeidici o chetonici dei monosaccaridi possono essere ridotti
a gruppi alcolici, primari o secondari con la formazione di alcoli
poliossidrilici.
Alcune delle possibili formazioni sono:
- sorbitolo: si forma per la riduzione del carbonile del glucosio a
gruppo alcolico. Nell’organismo si forma ad opera della aldoso-
reduttasi.
- Mannitolo: riduzione del mannosio
- Dulcitolo: riduzione del galattosio.
L’accumulo di sorbitolo nelle terminazioni nervose provoca la
demielinizzazione del nervo, che nel diabete mellito si chiama
neuropatia diabetica.
Il fruttosio, se ridotto, da origine come tutti i chetosi a due possibili
composti in quanto il C diventa asimmetrico.
Prodotti di ossidazione dei monosaccaridi.
Il gruppo aldeidico degli aldosi viene facilmente ossidato a gruppo
carbossilico per azione di blandi ossidanti o di enzimi:
- si formano gli acidi aldonici,
- es. acido gluconico, acido galattonico, ecc…
Per azione di ossidanti molto più forti viene ossidato anche il gruppo
alcolico primario:
- si formano acidi bi carbossilici, chamati acidi aldarici.
- Es. acido glucarico, acido galattarico, ecc…
Gli acidi uronici, ovvero quelli che si formano per la sola ossidazione
del carbonio alcolico primario:
- il gruppo aldeidico deve essere protetto.
- Ad esempio, nelle cellule viene protetto dall’UDP
- Si conserva l’anomeria.
Potere riducente degli zuccheri.
La facilità con cui gli zuccheri si ossidano ad acidi fa si che si
comportino come forti riducenti.
Proprio il loro potere riducente fu usato per la determinazione della
concentrazione del glucosio nel sangue e nelle urine:
- oggi si utilizza la glucosio ossidasi, che permette
l’individuazione specifica del glucosio.
Reazione con gli alcali
Trattati con alcali deboli, glucosio, mannosio e fruttosio si
interconvertono tra loro a dare una miscela dei tre.
Ciò spiega anche perché il fruttosio, che è un chetone, abbia potere
riducente:
- non di per sé, ma perché si converte in glucosio e mannosio.
 244 Part I Structure and Catalysis Corso di Biochimica  7 

Derivati dei monosaccaridi Gli acidi sialici e l’acido muramico.

Glucose family
Gli acidi sialici sono desossiamminozuccheri carbossilasi a 9 atomi di
Amino sugars
Deossizuccheri carbonio:
CH2OH CH2OH CH2OH CH2OH CH2OH
Sono caratterizzati dalla sostituzione di uno o più ossidrili (OH) con O - il gruppo
O amminico èO solitamente acetilato (acido N- O O
uno o più H. H H OH H OH H H
H acetilneuraminico). OH HO H OH H H H N OH
2
OH H OHGliHacidi OH H OH H OH
Alcuni desossizuccheri sono molto importanti: HO H HO - H sialici
HO sono importanti H costituenti di glicoproteine
H H e HO H
glicolipidi presenti nelle membrane cellulari e nel sangue.
- 2-deossi-D-ribosio: componente del DNA H OH NH2
- H Acido H NH
N-acetilneuramminico: H NH2
prodotto dalla condensazione H H
- L-ramnosio: (6-deossi-L-mannosio) componente di C O # -D-Galactosamine # -D-Mannosamine
aldolica dell’acido piruvico con la N-acetilmannosammina.
glicoconiugati delle membrane batteriche - L’acido muramico:CH presente
3 nei glicoconiugati complessi delle
- L-fucosio: (6 deossigalattosio) presente in glicoproteine #e-D-Glucose # -D-Glucosamine N-Acetyl- -D-glucosamine
pareti cellulari batteriche.
#
glicolipidi di cellule animali. Deoxy sugars

CH2 O PO2%
3 CH2OH CH2OH H H
Amminozuccheri od esosamine O O O CH3 O O
H OH H OH H OH H CH3 H HO CH3 OH
H H H
R& O C H
Derivano dai corrispondenti monosaccaridi per sostituzione del gruppo
OH H R H R H H OH H H
HO H HO H HO H HO OH H H
OH sul C2 con un NH2. COO%
H OH H NH2 H NH OH H OH OH
I due amminozuccheri più importanti sono:
C O
272 11/21/03 7:38 AM Page 244 Mac113 mac113:122_EDL:
- D-glucosammina CH3
- D- galattosammina # -D-Glucose 6-phosphate Muramic acid N-Acetylmuramic acid # -L-Fucose $ -L-Rhamnose

Molto spesso questi amminozuccheri si trovano nella forma N-

acetilata e costituiscono glicoproteine, glicolipidi e Prodotti di esterificazione con acido fosforico
Acidic sugars
Part I Structure and Catalysis
glicosamminoglicani:
O O%
Sono di gran lunga i più importanti derivati perché sono prodotti che %
CH3 O O
- N-acetilglucosammina C hanno: CH2OH CH2OH H R&
O C C
- N-acetilgalattosammina O
-
OH
ruolo primario nel O O
ose family O H metabolismo glucidico
%
H OH H H H HN
H R
Amino sugars - partecipazione
C negli acidi nucleici
O H C OH
OH H OH H OH H H H
HO H HO
- funzione di
O coenzimi.
HO H OH H C OH
CH2OH CH2OH CH2OH CH2OH CH2OH
O O O O O CH2OH
OH H OH H OH HO OH H H OH H OH sono:
Alcuni esempi H OH OH H
H H H H H H N OH
2
OH H OH H OH H OH H OH
# -D-Glucuronate D-Gluconate D-Glucono-" -lactone N-Acetylneuraminic acid
H HO H HO H H H HO H - glucosio-6-fosfato (a sialic acid)

H OH H NH2 H NH H NH2 H H - glucosio-1-fosfato

C O # -D-Galactosamine # -D-Mannosamine - fruttosio-6-fosfato
CH3 - ribosio-5-fosfato.
FIGURE 7–9 Some hexose derivatives important in biology. In amino mers. The acidic sugars contain a carboxylate group, which confers
-D-Glucose # -D-Glucosamine N-Acetyl-# -D-glucosamine sugars, an ONH2 group replaces one of the OOH groups in the par- negative charge at neutral pH. D-Glucono-!-lactone results from fo
Deoxy sugars
ent hexose. Substitution of OH for OOH produces a deoxy sugar; mation of an ester linkage between the C-1 carboxylate group and t
CH2 O PO2%
3 CH2OH CH2OH H noteHthat the deoxy sugars shown here occur in nature as the L iso- C-5 (also known as the ! carbon) hydroxyl group of D-gluconate.
O O O CH3 O O
OH H OH H OH H CH3 H HO CH3 OH
H H H
R& O C H
OH H R H R H H OH H H
H HO H HO H % HO OH H H
 2
A A conditions forms a red cuprous oxide precipitate. In the hemi-
this book are the D enantiomers 6 CH OH
5
2 and the HOpyranose
3
COOH
A form HOCOOH
A acetal (ring) form, C-1 of glucoseLactose ( " form)
cannot be oxidized by Cu . 2!

O
of hexoses predominates, H Hwe generally OH use
HOOCOH
4A
a shortened
2Cu 2!
2Cu
!
HO OCOH
A
However, the open-chain form is in equilibrium with the ring
" -D-galactopyranosyl-(1n4)-" -D-glucopyranose
form, and eventually the oxidation reaction goes to completion.
version of the formal HO name
4
OH of H such compounds,
1 HOCOOH
giving AHOCOOH 2! Gal( " 1n4)Glc
5A The reaction with Cu is not as simple as the equation here
H HOCOOH HOCOOH implies; in addition to -gluconate, a number of shorter-chain
the configuration of the anomeric 3 2 carbon A and naming A
6 CH
D

2OH
6 acids are produced by the fragmentation of glucose. (b) Blood
H OH CH OH 2 CH OH
2
the carbons
Disaccaridi joined by the glycosidic
$ - -Glucose
D bond.
D -Glucose In this ab-
D-Gluconate glucose concentration is commonly
O
1
determined by measuring
HOCH
the
(a) (linear form) amount of H O produced 2
in the reaction catalyzed by glucose
breviated nomenclature, maltose is Glc(!1n4)Glc. oxidase. InH
2 2 5 O
I disaccaridi sono tra gli oligosaccaridi i più comuni riscontrabili in H mixture, a H
the reaction second enzyme, peroxidase, H
The disaccharide lactose (Fig. 7–12), which yields
natura:
catalyzes 4reaction of the H O with 2 1 a!colorless compound
2 " 2 to
H HO
5
produce a coloredOH compound, H the amount of which is then
D-galactose andformati
D-glucose on dihydrolysis, glucose oxidase
occurs natu- HO CH2OH
- sono (b)
dall’unione -Glucose
D ! O monosaccaridi
due 2 -Glucono-"-lactone!
Dcon un legameH O 2 2 measured spectrophotometrically. O 6
rally only inglicosidico
milk. The anomeric carbon of the glucose 3 2 3 4
- si distinguono in: H OH OH H
residue is available for mellitus.
betes
o α,β−glicosidico,
oxidation, Now, more
a seconda
and thusmethods
delsensitive
tipo di carbonio
lactosefor meas- To name reducing disaccharides such as maltose un-
uring blood glucose employ an enzyme, glucose oxidase ambiguously, and especially to name Sucrose more complex
is a reducing disaccharide.
anomerico che forma
(Fig. 7–10b). ■
Its ilabbreviated
legame. name is oligosaccharides, ! -D-glucopyranosyl
several rules are followed. " -D-fructofuranoside
By conven-
Gal("1n4)Glc.- A seconda della posizione
Sucrose (table sugar) del legame is glicosidico
a disaccharide si classificano tion, the name describes the Glc( ! 1n2
compound n with")Fru its nonre-
i disaccaridi come:
Disaccharides Contain a Glycosidic Bond ducing end to the left, and we can “build up” the name
of glucose ando fructose. Riducente:Itsono is formed
interessatiby plants
entrambi but not
i carboni in the following6order. (1) Give the configuration (! or
by animals. In contrast Disaccharides
anomerici to deimaltose (such as maltose, lactose, and sucrose)
monosaccaridi and lactose, sucrose ") at the anomeric CHcarbon
2OH joining the first monosac- H
consist of two monosaccharides joined covalently by an 5
o Non riducente: è interessato solamente un carbonio charide unit (on the left)Oto the second. (2) NameOthe
contains no free anomerico.
anomeric
O-glycosidic carbon bond, atom;
which is the formed anomeric
when a hydroxyl
H H
5
H
carbons of both group of one sugar reacts with the anomeric carbon of
monosaccharide units are involved in
Maltosio HOCH2 OH
6
Il legame glicosidico the vieneotherindicato con: This reaction represents the for-
(Fig. 7–11). 4
Il maltosio è un disaccaride 1 ! O ! da
formato 1
due molecole 4
the glycosidic bond (Fig.
mation7–12). of an acetal Sucrose is
from a hemiacetal therefore (such as a glu- CH OH OH H CH OH OH H di glucosio
- i numeri degli atomi di carbonio interessati, a partire da quello legateHOcon
2
O
legame α -1,4 glucosidico. HO
2
H
nonreducinganomerico sugar. copyranose)
Nonreducing and an alcohol (a hydroxyl group of the
disaccharides
second sugar molecule) (Fig. 7–5). Glycosidic bonds are
are H H
È dunque uno
H
hemiacetal
3 zucchero
2 H H
non riducente,
OH 2
poiché 3 un carbonio
ha
named as- glycosides;
la lettera greca inche
readilythis case,
indica
hydrolyzed bythe
la natura acid positions
del butcarbonio joined
anomerico.
resist cleavage by base.
HO
OH H
anomerico libero. H
OH
OH!
HO
OH H
H
H OH
are the anomeric carbons. Thus disaccharides can be hydrolyzed
In the abbreviated nomen- to yield their free Trehalose
Saccarosio. monosaccharide components by boiling with dilute acid. Esiste H
anche
OH
una molecola alcohol isomeraH
di maltosio, detta isomaltosio,
OH
clature, a double-headed arrow ! -D-glucopyranosyl ! - D-glucopyranoside
N-glycosyl bonds connects
join the anomeric thecarbon
symbols
of a sugar to che differisce
% - -Glucose
solamente per il legame
$ - -Glucose
che si configura come α -1,6-
Glc( 1n1 )Glc
D D
Il saccarosio è lo zucchero
a nitrogen
comune, che si
atom in glycoproteins
estrae dalla canna da glucosidico. hydrolysis condensation ! n !
specifying
zucchero thee dalla
anomeric
barbabietola. carbons
cleotides (see Fig. 8–1).
and their(seeconfigura- Fig. 7–31) and nu-
HO H O
tions. ÈFor example,
formato theThe abbreviated
per la condensazione, oxidation of a name
con eliminazionesugar’s di ofunasucrose
anomeric carbon by FIGURE 7–12 Some common disaccharides. Like maltose in Figure
molecola
2 2

6 CH OH 6 CH OH
is either Glc(!1m
d’acqua da: n2")Fru cupric or orferric
Fru("2mion (the nreaction
1!)Glc. that Sucrose
defines a reduc-
7–11, these are 5
2
shown
O
as Haworth 2
5 perspectives.
O
The common name,
ing sugar) occurs only with the linear form, which ex- acetal hemiaceta
is a major - intermediate
α -D-glucosioists inproduct
equilibriumof with photosynthesis;
the cyclic form(s). When in the full systematic 4
H H
H name, and abbreviation
1
H
4
H areOH
1
given for each disaccharide.
- β -D-fruttosio anomeric carbon is involved in a glycosidic bond, that OH H OH H
H
HO O
sugar residue cannot take the linear form and therefore 2 2
è uno zucchero riducente poiché intervengono entrambi i carboni
becomes a nonreducing sugar. In describing disaccha-
3 3
H OH H OH
anomerici, infatti il legame
rides orèpolysaccharides,
di tipo α -1,2-glicosidico.
TABLE 7–1 Abbreviations for Common Monosaccharides
the end of a chain with a free Maltose
anomeric carbon (one not involved in a glycosidic bond) %-D-glucopyranosyl-(1n4)-D-glucopyranose
and Some of Their Derivatives
is commonly called the reducing end.
FIGURE 7–11 Formation of maltose. A disaccharide is formed from
The disaccharide maltose (Fig. 7–11) contains two two monosaccharides (here, two molecules of D-glucose) when an
DAbequose
-glucose residues joined byAbe Glucuronic
a glycosidic linkage be- acid of one glucose molecule (right) GlcAcondenses with the
OOH (alcohol)
tween C-1 (the anomeric carbon) of one glucose residue
Arabinose
and Arathe disaccharide retains
C-4 of the other. Because Galactosamine GalN
intramolecular hemiacetal of the other glucose molecule (left), with
elimination of H2O and formation of an O-glycosidic bond. The re-
aFructose
free anomeric carbon (C-1Fruof the glucose residue Glucosamine
on GlcN
versal of this reaction is hydrolysis—attack by H2O on the glycosidic
the right in Fig. 7–11), maltose is a reducing sugar. The
Fucose Fuc N-Acetylgalactosamine
bond. The maltose molecule retains a reducing hemiacetal at the
GalNAc
 mac113:122_EDL: Corso di Biochimica  9 

Cellobiosio
Polisaccaridi o glicani
È un prodotto intermedio dell’idrolisi della cellulosa, formato da legame
glicosidico ß-1,4.
I polisaccaridi sono polimeri ad elevato peso molecolare composti da
monosaccaridi o derivati (glucosammina, ac. Glucuronico, ecc…) legati
Lattosio tra loro.
mem- many plants itè is
Il lattosio unthe principal form
disaccaride in which
di origine sugar is
esclusivamente animale: Si possono suddividere in:
” into transported from the leaves to other parts of the plant
arbon - formato
body. Trehalose, da: n1!)Glc (Fig. 7–12)—a disac-
Glc(!1m - omopolisaccaridi: composti solamente da un solo
w con- o α-D-glucosio.
charide of D-glucose that, like sucrose, is a nonreducing monosaccaride
shows sugar—is a major o β,D-galattosio.
constituent of the circulating fluid - etero polisaccaridi: composti da più polisaccaridi legati tra
ed to - Legati
(hemolymph) tra loroserving
of insects, con legame
as an energy-storage
β-1,4-glicosidico. loro.
there compound.
bond I polisaccaridi differiscono anche per il peso e per la ramificazione
iption 6 CH 6 CH della catena di monosaccaridi. Sono inoltre resistenti agli alcali, ma
2OH 2OH
ations O O
idrolizzabili dagli acidi.
5 5
en in HO H H H OH
4 1 " O 4 1 "
I polisaccaridi sono, come le proteine, macromolecole, ma non
aming OH H OH H caratterizzabili da un peso molecolare indefinito:
n4)- H H H
red in
3 2 3 2
- la biosintesi avviene ad opera di enzimi, ciascuno dei quali è
H OH H OH
form Lactose ( " form)
specifico per ogni tipo di monosaccaride
tened " -D-galactopyranosyl-(1n4)-" -D-glucopyranose - l’enzima agisce solamente quando il precedente ha svolto la
giving Gal( " 1n4)Glc sua funzione catalitica.
aming 6 CH - Anche nell’ambito dei polisaccaridi le molecole possono variare
2OH
is ab- O HOCH2
1
le proprie dimensioni.
c. H
5
H O H
H
yields 4 1 ! " 2
H HO
5
OH H Omopolisaccaridi.
natu- HO O CH2OH
6
ucose 3 2 3 4
H OH OH H Cellulosa.
ctose
Sucrose
me is ! -D-glucopyranosyl " -D-fructofuranoside La cellulosa è il componene polisaccaridico più rappresentato sulla
haride Glc(! 1n2
n ")Fru
terra e costituisce il 50% del carbonio dei vegetali.
ut not
6 CH
crose 2OH H È un omopolisaccaride formato da legami β-1,4-glicosidici, contratti
O O 5
meric H
5
H tra molecole di β-4-glucosio.
ved in H HOCH2 OH
6
4 1 ! O ! 1 4
fore a OH H OH H
HO H H
s are 3 2 2 3
oined H OH H OH
omen- Trehalose
mbols ! -D-glucopyranosyl ! -D-glucopyranoside
Glc(!1n1
n !)Glc
igura-
Gli animali non possiedono enzimi amilasici che possono scindere o α-1,4-glucosidico
legami beta, quindi non utilizzano il glucosio delle piante come o α-1,6-glicosidico
nutriente. - è composta da 3000-30000 unità di glucosio
La cellulosa è resistente all’idrolisi acida e alle amilasi animali. - solamente una estremità possiede un’unità riducente (il
carbonio anomerico in C1).
Un prodotto intermedio della cellulosa è il cellobiosio. o Consente una notevole velocità di degradazione poiché
la ramificazione elevata provvede a fornire numerosi
Amido. terminali non riducenti
o Poca reattività
L’amido è il polisaccaride che probabilmente costituisce la principale
- La ramificazione consente l’ingombro minimo e la massima
fonte di energia per gli animali. Si trova nei semi, nei tuberi e nelle
solubilità.
radici dei vegetali sotto forma di granuli con forma e dimensioni molto
- Numerosi legami idrogeno.
variabili.
Il glicogeno è presente in notevoli quantità nell’organismo umano come
I granuli di amido sono composti da due polisaccaridi:
riserva energetica. I depositi principali sono:
- Amilosio per il 25%
- nel fegato: ha notevole quantità che all’occorrenza entra in
- Amilopectina per il 75% circa.
circolo e rifornisce tutti gli organi
L’amilosio contiene una successione lineare di molecole di α-D- - nei muscoli: il glicogeno serve a rifornire di energia
8885d_c07_238-272 11/21/03 7:38 AM Page 249 Mac113 mac113:122_EDL:

glucosio, legate tra loro con legami α-1,4-glicosidico: repentinamente i muscoli sotto sforzo.
- presenta una conformazione elicoidale stabilizzata da legami Amido e glicogeno evitano nei viventi la produzione di una elevata
idrogeno che si instaurano tra i vari monomeri. pressione osmotica del glucosio libero. Chapter 7 Carbohydrates and Glycobiology 249

- In conf. Elicoidale è poco aggredibile dalle amilasi.

6 CH
2OH CH2OH CH2OH CH2OH
- La cottura rompe la conformazione elicoidale. 5 O O O O
H H H H H H H H H H
Nonreducing H H Reducing
L’amilopectina, invece presenta una struttura con catene ramificate in end
4
OH H
1 ! 4
OH H
1 ! 4
OH H
1 ! 4
OH H
1 !
end
O O O O
cui le molecole di α-D-glucosio sono legate tra loro in due differenti 3
H
2
OH H OH H OH H OH
modalità: (a) amylose

- α-1,4-glucosidico 6 CH
2OH
O
- α-1,6-glicosidico. H
4
H
1
H
OH H
(! 1n6)
O Amylose
branch
Branch H OH point
Glicogeno O
A Reducing
6 CH ends
La molecola di glicogeno è una molecola molto simile all’amilopectina, 2
O Nonreducing
H H
ma con un tasso di ramificazione doppiamente elevato (10 lineari e 1 4
H
1
ends
Amylopectin
OH H
ramificati): O O
Main H OH
- legami tra molecole di α-D-glucosio sono: chain

(b) (c)

FIGURE 7–15 Amylose and amylopectin, the polysaccharides of
starch. (a) A short segment of amylose, a linear polymer of D-glucose
residues in (!1n4) linkage. A single chain can contain several thou-
sand glucose residues. Amylopectin has stretches of similarly linked
residues between branch points. (b) An (!1n6) branch point of amy-
lopectin. (c) A cluster of amylose and amylopectin like that believed
to occur in starch granules. Strands of amylopectin (red) form double-
helical structures with each other or with amylose strands (blue).
Glucose residues at the nonreducing ends of the outer branches are
removed enzymatically during the mobilization of starch for energy
production. Glycogen has a similar structure but is more highly
branched and more compact.
 Corso di Biochimica  11 

Inulina - legame β-1,3-glicosidico, tra acido e N-acetilglucosammina

Omopolimero del fruttosio,le cui unità sono connesse con legami β- - legame β-1,4-glicosidico tra i vari dimeri.
1,2-glicosidico. Per il notevole numero di gruppi carbossilici dissociati l’acido
Utilizzato in medicina nel test della clearance renale: l’inulina viene ialuronico, nonostante sia costituito da catene molto lunghe, è solubile
filtrata intatta nei glomeruli senza entrare nei tubuli. in acqua, formando un gel:
- regola il flusso di molecole negli spazi intercellulari
Eteropolisaccaridi. - la repulsione elettrostatica tra i vari –COO- permette alla
molecola di rimanere distesa e idratata.
Glicosamminoglicani (GAG). L’acido ialuronico viene depolimerizzato dalla ialuronidasi, un enzima
che idrolizza i legami β-1,4-glicosidico:
I glicosamminoglicani sono polimeri di unità disaccaridiche ripetitive
costituite da: - la presenza della ialuronidasi in olti batteri e negli spermatozoi
- esosamina spiega ne le capacità penetrativa e invasiva.
- N-acetilgalattosammina - Viene utilizzato in terapia per aiutare la penetrazione di alcuni
- N-acetilglucosammina farmaci.
- Acido glucuronico
- Galattosio. Condroitinsolfati
I composti più noti e comuni sono: I condroitinsolfati sono molecole polisaccaridi che composte di:
- nel tessuto connettivo - acido glucuronico
-
o acido ialuronico - N-acetilgalattosammina solforata in posizione 4 o 6 (SO3 ).
o eparina
I legami sono, in ordine, ß-1,3 e ß-1,4.
o condroitinsolfati
o cheratansolfati Sono macromolecole presenti in:
- nella pelle i dermatansolfati. - cartilagine,
- Nelle arterie e sulle superfici cellulari gli eparansolfati. - cornea
- osso
Acido ialuronico - pelle
È un etero polimero costituente costante del tessuto connettivo, - pareti delle arterie
rintracciabile anche nell’umor vitreo e nel cordone ombelicale.
Lìacido jaluronico un etero polimero composto dall’alternarsi di unità
di acido glucuronico e di N-acetilglucosammina, che si legano tra
loro con:
 Chapter 7 Carbohydrates and Glycobiology 253

Dermatansolfati Eparansolfati
O of sulfate groups and the carboxylate groups of the uronic
HO
Il dermatansolfato è una molecola molto simile al condroitinsolfato,
CH2 che
1
Gliacid residues gives
eparansolfati glycosaminoglycans
sono strutturalmentea identici
very highall’eparina,
den- tranne per
CH OH O O
differisce solamente per la presenza2 di un isomero dell’acido D- sity of negativedel
l’acetilazione charge. To minimize
gruppo the repulsive
amminico forces
della glucosammina.
glucuronico (talvolta solforato): OSO3! among neighboring charged groups, these molecules as-
O Sisume
riscontrano sullaconformation
an extended superficie delle cellule,
in solution. sulle
The pareti arteriose, nei
specific
OH 1
- il legame rimane identico 3 4 O polmoni.
patterns of sulfated and nonsulfated sugar residues in gly-
- si sposta solamente il gruppo carbossilico da C6 a C3.
Agarose cosaminoglycans provide for specific recognition by a
3)D-Gal(!1 4)3,6-anhydro-L-Gal2S("1 repeats Non possiedono però l’attività anticoagulante.

Cheratansolfato. Glycosaminoglycan Repeating disaccharide

FIGURE 7–23 The structure of agarose. The repeating unit consists Number of
Il cheratansolfato è presente nella cartilagine
of D-galactose (!1n4)-linked dei mammiferi
to 3,6-anhydro- adulti,
L-galactose (in which an disaccharides
assieme ai condroitinsolfati e nei
ether ring dischi
connectsintervertebrali.
C-3 and C-6). These units are joined by ("1n3) per chain
CH2OH
glycosidic links to form a polymer 600 to 700 residues long. A small
O
Si compone di un’unità disaccaridica composta da: residues have a sulfate ester at
fraction of the 3,6-anhydrogalactose H H O
C-2 (as shown here). COO!
- Galattosio (talvolta solforilato) H
O HO H
- N-acetilglucosammina-6-solfato H O (" 1n4)
Hyaluronate H
tures indaturn
o I due sono legati associate
legame with each other to form a gel—
β-1,4-glicosidico. H NH
!50,000 OH H
- a three-dimensional matrix that traps large amounts of
Il legame tra l’unità disaccaridica è β-1,3-glicosidico. A
H CP O
water. Agarose gels are used as inert supports for the (" 1n3) A
electrophoretic separation of nucleic acids, an essential H OH CH3
Eparina part of the DNA sequencing process (p. 8-24). Agar is GlcA GlcNAc
L’eparina è formata da unaalso used
unità to form a surface
disaccaridica for the
ripetuta growth
formata of bacterial
da:
colonies. Another commercial use of agar is for the cap-
- acido D-glucuronico (oppure
sules L-iduronico)
in which some vitamins and drugs are packaged; CH2OH
- glucosammina the dried agar material dissolves readily in the stomach O
!
O3SO
o tutti i legamiand
sono
is metabolically inert.
α-1,4-glicosidico. H O
COO !
H
L’acido solforico è responsabile dell’esterificazione: O H H
Glycosaminoglycans Are Heteropolysaccharides Chondroitin H O (" 1n4)
4-sulfate H
- of the Extracellular Matrix
in C2 sull’acido glucuronico H NH
20–60 OH H A
- in posizione 2 e 6 sulla glucosammina.
The extracellular space in the tissues of multicellular an-
H CP O
(" 1n3) A
imals is
L’elevato grado di solfatazione è ilfilled with a gel-like
responsabile material, the
dell’azione extracellular
biologica di H OH CH3
matrix, also called ground substance,
questo etero polisaccaride, che si trova nei mastociti, per svolgere una which holds the GlcA GalNAc4S
duplice funzione: cells together and provides a porous pathway for the dif-
fusion of nutrients and oxygen to individual cells. The
- anticoagulante nel extracellular
sangue matrix is composed of an interlocking CH2OSO!
3
- azione chiarificantemeshwork
del sangue (diminuzione della torbidità
of heteropolysaccharides del
and fibrous proteins O
CH2OH O
sangue). such as collagen, elastin, fibronectin, and laminin. These H H
O
heteropolysaccharides, the glycosaminoglycans, are a Keratan HO H OH H
sulfate O H
family of linear polymers composed of repeating disac- H (" 1n3)
charide units (Fig. 7–24). One of the two monosaccha- !25 H H H NH
rides is always either N-acetylglucosamine or N-acetyl- (" 1n4) A
H OH CP O
galactosamine; the other is in most cases a uronic acid, A
usually D-glucuronic or L-iduronic acid. In some gly- CH3
cosaminoglycans, one or more of the hydroxyls of the
 O H H
ides Chondroitin H O (" 1n4)
4-sulfate H
H NH
20–60 OH H A
H CP O
cellular an- (" 1n3) A
racellular H OH CH3 Corso di Biochimica  13 
h holds the GlcA GalNAc4S
for the dif-
l cells. The Proteoglicani
nterlocking CH2OSO3 !

us proteins CH2OH O
O
I proteoglicani sono complessi macromolecolari costituiti da:
inin. These H H
O - una proteina
cans, are a Keratan HO H OH H
ating disac- sulfate O H - parecchie catene di glicosamminoglicani legati alla proteina.
H (" 1n3)
onosaccha- !25 H H H NH Si possono trovare:
r N-acetyl- (" 1n4) A
H OH CP O - in forma di granuli nelle cellule
uronic acid, A
some gly- CH3 - ancorati alle membrane plasmatiche (per mezzo di un
xyls of the Gal GlcNAc6S segmento amminoacliico transmembrana)
ombination - nella matrice extracellulare.
COO! La catena di amminoacidi può avere lunghezze molto variabili a
aminoglycans seconda del tipo di proteoglicano:
of alternating H
or CH2OSO!3 - si va da circa 300 a circa 2400 amminoacidi
ers in any of
H O
ups (red) give H H H Per quanto riguarda invece i GAG legati:
Heparin con- O H
H OSO3
! (# 1n4)
- aggrecano: condroitinsolfato e cheratansolfato
ortion of glu- COO!
Heparin O O
and heteroge- OH H - versicano, decorina e seriglicina: condroitinsolfato e
15–90 H
o heparin but H NH SO!
3 dermatansolfato.
ups, arranged H OSO!3
- Sindecano: condroitinsolfato e eparansolfato.
(# 1n4)
GlcA2S or IdoA2S GlcNS3S6S
Alla catena proteica, i GAG si legano attraverso saccaridi di raccordo:
- xilosio e N-acetigalattosammina si legano glicosidicamente a
resti di serina
- la N-acetilglucosammina a resti di asparagina.
I proteoglicani, in sintesi, funzionano da ponti molecolari di
collegamento fra proteine di diversa collocazione:
- intracellulare (citoscheletro)
- di membrana (recettori)
- extracellulari (fibronectina).
Nella cartilagine. I proteoglicani nella cartilagine formano assieme al
collagene la trama che permette la sua elasticità:
 8885d_c07_238-272 11/21/03 7:38 AM Page 256 Mac113 mac113:122_EDL:

8885d_c07_238-272 11/21/03 7:38 AM Page 259 Mac113 mac113:122_EDL:

- la natura policationica dei componenti cheratansolfato e
256 Part I Structure and Catalysis
condroitinsolfato ne permette una forte idratazione.
- Quando la regione cartilaginea viene compressa, l’acqua viene
spremuta all’esterno fino a quando le cariche ioniche non ne
adhesion, cell migration during development, blood clot- Carboxyl terminus
impediscono per repulsione elettrostatica
ting, the immune response,una
andulteriore
wound healing, to name
compressione. Chapter 7 Carbohydrates and Glycobiology 259
but a few of their many roles. In most of these cases,
- Appena la compressione si allenta, carbohydrate
the informational l’acqua vieneis richiamata nei to a
covalently joined Gly
proteoglicani. protein or a lipid to form a glycoconjugate, which is A number of cases are known in which the same X
the biologically active molecule. protein produced in two types of tissues has different
Proteoglycans are macromolecules glycosylation of the cell patterns. For example, the human protein Gly
surface or extracellular matrix in which one or more !! 1 3" ! ! 1 4" ! ! 1 3" ! ! 1 3" ! ! 1 4"
interferon IFN-!1 has one set of oligosaccharide chains
glycosaminoglycan chains are joined covalently whento aproduced
mem- !GlcAcellsGalNAc
in ovarian
4S"n GlcA
and a different
Gal
set when
Gal Xyl Ser
brane protein or a secreted protein. The glycosamino- Chondroitin sulfate
produced in breast epithelial cells. The biological sig-
glycan moiety commonly forms the greater nificance fraction (by Core protein
of these tissue glycoforms is not understood,
mass) of the proteoglycan molecule, dominates the struc-
but in some way the oligosaccharide chains represent a Amino terminus
ture, and is often the main site of biological activity. In marker.
tissue-specific
many cases the biological activity is the provisionThe of mul-
biologicalFIGURE 7–26 Proteoglycan
advantages of adding structure, showing the trisaccharide
oligosaccha-
tiple binding sites, rich in opportunities for hydrogen bridge. A typical trisaccharide linker (blue) connects a glycosamino-
rides to proteins are not fully understood. The very hy-
bonding and electrostatic interactions with other proteins
drophilic clusters glycan—in this case chondroitin sulfate (orange)—to a Ser residue (red)
of carbohydrate alter the polarity and
Hyaluronate of the cell surface or the extracellular matrix. Proteogly- in the core protein. The xylose residue at the reducing end of the linker
solubility of the proteins with which they are conju-
(up to 50,000 cans are major components of connective tissue such as is joined by its anomeric carbon to the hydroxyl of the Ser residue.
repeating gated. Oligosaccharide chains that are attached to newly
disaccharides)
cartilage, in which their many noncovalent interactions
synthesized proteins in the endoplasmic reticulum and
with other proteoglycans, proteins, and glycosaminogly- elaborated in the Golgi complex may also influence the
cans provide strength and resilience. Ser residue, to events
sequence of polypeptide-folding which that the glycosaminoglycan
determine is joined
Keratan
sulfate Glycoproteins have one or several oligosaccha- through a trisaccharide
the tertiary structure of the protein (see Fig. 27– 34). bridge (Fig. 7–26). The Ser
rides of varying complexity joined covalently to a pro- residue is generally in
Steric interactions between peptide and oligosaccharide the sequence –Ser–Gly–X–Gly–
Chondroitin
sulfate
tein. They are found on the outer face ofmay the preclude
plasma one (where X is any
folding route andamino
favoracid residue),
another. Whenalthough not every
Link
membrane, in the extracellular matrix,
proteins and in
numerous negatively charged oligosaccharide chains arean attached gly-
the blood. protein with this sequence has
Inside cells they are found in specific organelles such as
clustered cosaminoglycan.
in a single region of a Many protein, proteoglycans
the charge are secreted into
Aggrecan
Golgi complexes, secretorycoregranules, protein and repulsion among them favors the formation some
lysosomes. the extracellular matrix, but of anareex-integral membrane
The oligosaccharide portions of glycoproteins tended, rodlike structure in that region. The bulkiness syndecan core
are less proteins (see Fig. 11–7). For example,
FIGURE 7–29 Proteoglycan aggregate
monotonous of the
than theextracellular matrix.
glycosaminoglycan chains of pro- charge protein
and negative of (M r 56,000) has a single
oligosaccharide chainstransmembrane
also domain
One very long molecule of hyaluronate
teoglycans; theyis are
associated
rich innoncovalently
information, forming highly and an extracellular domain bearing three chains of he-
with about 100 molecules of thesites
specific core for
protein aggrecan. and
recognition Each high-affinity
aggre- binding by paran sulfate and two of chondroitin sulfate, each at-
can molecule containsother
many covalently
proteins.bound chondroitin sulfate and tached to a Ser residue (Fig. 7–27a). There are at least
Actin filaments
keratan sulfate chains. Link proteins situated at the junction between
Glycolipids are membrane lipids in which the hy- four members of the syndecan family in mammals. An-
each core protein and the hyaluronate backbone mediate the core Integrin
drophilic head groups are oligosaccharides, which, as in other family of core proteins is the glypicans, with six
protein–hyaluronate interaction.
glycoproteins, act as specific sites for recognition by car- members. These proteins are attached to the membrane
bohydrate-binding proteins. by a lipid anchor, a derivative of the membrane lipid
protein by mass. The structures of a large number of
phosphatidylinositol (Chapter 11).
O- and N-linked oligosaccharides from a variety of gly-
Proteoglycans Areshows
Glycosaminoglycan-Containing The heparan sulfate moieties in proteoglycans bind
coproteins are known; Figure 7–31 a few typical
Macromolecules of the Cell Surface a variety of extracellular ligands and thereby modulate
examples. Proteoglycan
the ligands’ interaction with specific receptors of the cell
As we shall see andinExtracellular
Chapter 11, the Matrix
external surface
surface. Detailed examination of the glycan moiety of

I lipidi
Definizione e significato
I lipidi, o grassi, sono un gruppo eterogeneo di sostanze accomunate
dalle proprietà di:
- essere solubili in solventi apolari, ovvero lipofile.
- Essere insolubili in solventi polari, ovvero idrofobche.
- Presentare almeno un acido grasso all’interno della molecola.
Dal punto di vista fisiologico i lipidi sono distinguibili in:
- lipidi di deposito: con funzione energetica e protettiva
(trigliceridi)
- lipidi strutturali: costituenti fondamentali delle membrane
cellulari e intracellulari (fosfolipidi, glicolipidi, colesterolo).
I lipidi si classificano secondo queste classi:
1) acidi grassi
2) omolipidi o lipidi semplici: esteri degli acidi grassi con alcoli
a. gliceridi o acilgliceroli: esteri di acidi grassi con li
glicerolo
b. cere: esteri di acidi grassi con alcoli monoossidrilici a
catena lunga
c. steridi: esteri di acidi grassi con il glicerolo.
3) Etero lipidi: oltre ad acidi grassi ed un alcol contengono altri
componenti:
a. Fosfolipidi: presenza di acido fosforico esterificato con
un alcool (glicerolo, sfingolo) e altri componenti.
b. Glicolipidi: ceramide, legato con legame glicosidico ad
uno (cerebrosidi) o più monosaccaridi
4) Lipidi associati: lipoproteine, lipopolisaccaridi, ecc…
Corso di Biochimica  15 
5) Terpeni: polimeri dell’unità isoprenica. Comprendono composti
di interesse biologico quali dolicoli, vitamine A, E e K.
Acidi grassi.
Gli acidi grassi naturali, salvo rare eccezioni sono:
- numero pari di atomi di carbonio
- monocarbossilici.
Nelle cellule di tutti gli organismi sono presenti in minime quantità allo
stato libero:
- quasi tutti legati covalentemente nelle varie classi di lipidi.
- Quei pochi che si trovano liberi sono associati a proteine:
o Albumina nel sangue
o Altre proteine leganti acidi grassi nelle cellule.
Acidi grassi saturi
Sono grassi che non contengono alcun doppio legame.
Proprietà chimico fisiche. Le proprietà chimico fisiche sono quelle di
una molecola anfipatica, ovvero risultanti dalla fusione di:
- testa polare –COOH
- coda apolare (CH2)n.
Se posti in acqua tendono a porre le teste polari a contatto con l’acqua
e le code rivolte verso l’esterno formando un monolayer:
- con l’accrescere delle dimensioni della coda apolare la
solubilità diminuisce e si innalzano i punti di fusione ed
ebollizione.
- I legami C-C godono di libertà di rotazione, potendo quindi
asssumere numerose conformazioni, tra cui la più probabile è
quella estesa.
Negli organismi superiori i grassi più importanti sono:
 - acido palmitico
- acido stearico.
La nomenclatura chimica e sistematica prevede il numero geco degli
atomi di carbonio (nome dell’idrocarburo corrispondente), con
l’aggiunta di un suffisso –oico.
In tabella alcuni grassi saturi con le nomenclature tradizionali.
- Nei polienoici il secondo doppio legame e gli altri sono quasi
sempre tra C10 e il carbonio terminale.
Si confronti ad esempio gli acidi derivanti dall’insaturazione dell’acido
stearico (18 C):
oleico

Nome comune acido Numero C Formula di struttura

Acetico 2 CH3COOH

Butirrico 4 CH3(CH2)4COOH Linoleico

Laurico 12 CH3(CH2)10COOH

Palmitico 16 CH3(CH2)14COOH

stearico 18 CH3(CH2)16COOH
Linolenico
Arachico 20 CH3(CH2)18COOH

Beenico 22 CH3(CH2)20COOH

Gli acidi grassi vengono numerati a partire dall’atomo di carbonio

carbossilico. In alternativa si utilizza l’alfabeto greco a partire da:
- C2=α
Negli acidi grassi polienoici non vi sono mai doppi legami consecutivi,
- C3=β
ma sempre separati da un gruppo metilenico.
- Ultimo carbonio è indicato con ω.
Le nomenclature e le numerazioni degli acidi grassi insaturi:
Acidi grassi insaturi. 1) numerazione carbossilica: si utilizza il suffisso –
Gli acidi grassi insaturi sono caratterizzati dalla presenza di uno o più monoenoico, -dienoico, ecc… o semplicemente –enoico con
doppi legami nella catena apolare: davanti i numeri dei primi atomi di carbonio coinvolti nei doppi
legami. (es. 9,12 ottodecanoico, cioè acido linoleico.)
- quasi tutti i doppi legami, in natura, sono in conformazione cis. 2) numerazione ω: si numera la catena a partire dal carbonio
- Negli acidi monoenoici il doppio legame è quasi sempre tra C9 terminale, quindi si indicano gli acidi con la seguente formula.
e C10.
 Corso di Biochimica  17 
10.1

atomi:doppi legami ω-atomo di doppio legame. Ad esempio

l’acido linoleico si indica con 18:2 ω-6,9. (a) Carboxyl "
O O (b) "
O O cannot pack together as tightly
group C acids, and their interactions wi
Caratteristiche fisiche. La presenza del doppio legame abbassa C
fore weaker. Because it takes
notevolmente il punto di fusione del corrispondente acido grasso disorder these poorly ordered
saturo. fatty acids, they have marked
Si può affermare che la fluidità degli acidi grassi e dei lipidi che li than saturated fatty acids of
contengono è: (Table 10–1).
In vertebrates, free fatty
- inversamente proporzionale alla lunghezza della catena acids, with a free carboxylate
Hydrocarbon
- direttamente proporzionale al numero di doppi legami cis. chain blood bound noncovalently to
albumin. However, fatty acid
Le insaturazioni trans non fanno variare sostanzialmente il punto di
plasma mostly as carboxylic ac
fusione dall’acido saturo corrispondente, poiché non determinano un
(c) (d) ters or amides. Lacking the cha
angolo così ampio come fanno cis:
Reazioni degli acidi grassi insaturi these fatty acid derivatives are
- l’angolatura creata dal doppio legame in un acido grasso uble in water than are the free
insaturo cis crea un ingombro sterico che diminuisce le Idrogenazione. Comporta la saturazione dei doppi legami, quindi la
attrazioni idrofobiche. trasformazione nei corrispondenti grassi saturi. Triacylglycerols Are Fatty Acid
Gli acidi grassi insaturi più importanti si riportano in tabella, facendo la The simplest lipids constructed
distinzione tra: triacylglycerols, also referred
or neutral fats. Triacylglycerol
- essenziali: devono essere introdotti con la dieta, come l’acido fatty acids each in ester linkag
linoleico, linolenico e arachidonico. (Fig. 10–2). Those containing th
Saturated Mixture of saturated and
- Non essenziali: l’organismo li ricava dai grassi saturi per fatty acids unsaturated fatty acids
desaturazione. Acido palmitoleico, oleico e erucico. CH2 C
FIGURE 10–1 The packing of fatty acids into stable aggregates. The
HO CH
extent of packing depends
Alogenazione. Alogeni on the degree
come il of
bromo e lo(a)iodio
saturation. Two rep-
si addizionano
resentations of the fully saturated acid stearic acid (stearate at pH 7) OH
facilmente ai doppi legami per formare gli alogeno-derivati
in its usual extended conformation. Each line segment of the zigzag Glycero
corrispondenti.
represents a single bond between adjacent carbons. (b) The cis dou-
ble bond (shaded) in oleic acid (oleate) does not permit rotation and
introduces a rigid bend in the hydrocarbon tail. All other bonds in the
chain are free to rotate. (c) Fully saturated fatty acids in the extended
form pack into nearly crystalline arrays, stabilized by many hydro-
phobic interactions. (d) The presence of one or more cis double bonds
interferes with this tight packing and results in less stable aggregates.

in water. The carboxylic acid group is polar (and ion-

1
ized at neutral pH) and accounts for the slight solubil- O CH2 3
ity of short-chain fatty acids in water. C O 2 CH
Melting points are also strongly influenced by the O
length and degree of unsaturation of the hydrocarbon
 C
acids, and their interactions with each other are there-
represents a single bond between adjacent carbons. (b) The cis dou-
fore weaker. Because it takes less thermal energy to
ble bond (shaded) in oleic acid (oleate) does not permit rotation and
introduces a rigid bend in the hydrocarbon tail. All other bonds in the
disorder these poorly ordered arrays of unsaturated
chain are free to rotate. (c) Fully saturated fatty acids in the extended
fatty acids, they have markedly lower melting points
form pack into nearly crystalline arrays, stabilized by many hydro-
than saturated fatty acids of the same chain Inlength
phobic interactions. (d) The presence of one or more cis double bonds
natura si presentano solitamente dei trigliceridi misti, in cui tutte le
interferes with this tight packing and results in less stable aggregates.
(Table 10–1). catene idrofobiche sono differenti tra loro.
In vertebrates, free fatty acids (unesterified fatty
in water.
acids,The carboxylic
with a freeacid group is polargroup)
carboxylate (and ion-circulate in the
ized at neutral pH) and accounts for the slight solubil- O 1
CH2 3 CH2 O
blood bound noncovalently
ity of short-chain fatty acids in water. to a protein carrier, serum C O 2 CH O C
albumin.
Melting pointsHowever, fatty influenced
are also strongly acids are present in blood
by the O
length and degree of unsaturation of the hydrocarbon
plasma mostly as carboxylic acid derivatives such as es- O
C
chain. At room temperature (25 !C), the saturated fatty
Questa reazione viene ters or amides.
acidsutilizzata
from 12:0 per Lacking
determinare
to 24:0 the charged
have a waxyilconsistency,
numero diwhereas carboxylate
iodio, group,
these
ovvero i grammi di iodio fatty
assorbiti
unsaturated acid
fattyper 100g
acids ofderivatives
lengths are
di grasso:
these generally
are oily liquids. even less sol-
Thisuble
difference in melting
inilwater than points
are isthe
duefree
to different acids.
de-
- serve per determinare grado di insaturazione deglifatty
acidi
grees of packing of the fatty acid molecules (Fig. 10–1).
contenuti in In
unthe
campione di grasso.
fully saturated compounds, free rotation around
eachTriacylglycerols
carbon–carbon Are
bond
Ossidazione. In presenza di O2 gli acidi grassi Fatty
gives Acid Esters
the hydrocarbon
insaturi formano deiof
chain Glycerol
perossidi, responsabili dell’irrancidimento dei grassi alimentari. fully
great flexibility; the most stable conformation is the
The simplest
extended lipids
form, in which theconstructed
steric hindrancefrom fatty acids are the
of neigh-
1-Stearoyl, 2-linoleoyl, 3-palmitoyl glycerol,
triacylglycerols, also referred to as triglycerides,
boring atoms is minimized. These molecules can pack to- fats, a mixed triacylglycerol
gether tightly in nearly crystalline arrays, with atoms all
Acilgliceroli o gliceridi.
or neutral fats. Triacylglycerols are composed of three
along their lengths in van der Waals contact with the FIGUREDurante
10–2 Glycerol and a triacylglycerol.
l’esterificazione The mixed tutti
si perdono triacylglyc-
i gruppi idrofilici, quindi i
fatty
atoms of acids eachmolecules.
neighboring in esterIn linkage with
unsaturated a single
fatty erol glycerol
shown here has three different fatty acids attached to the glyc-
I gliceridi sono esteri del glicerolo con acidi grassi a catena lunga. trigliceridi sono molecole fortemente idrofobiche, che si depositano
(Fig.
acids, a cis10–2).
double Those containing
bond forces thehydrocar-
a kink in the same kind of erolfatty
nei acid
backbone. When glycerol has two different fatty acids at C-1 and
tessuti in forma totalmente anidra:
e of saturated and
Il glicerolo è un alcol
bontrivalente
chain. Fatty acids with one or several such kinks C-3, the C-2 is a chiral center (p. 76).
urated fatty caratterizzato
acids da: - elevato valore calorico (9 kcal/g)
CH2 CH2 - sono un’ottima forma di deposito di materiale energetico nei
- due gruppi
ds into stable aggregates. The alcolici primari C1 e
C3. HO CH OH tessuti
ee of saturation. (a) Two rep- - ricalcano le proprietà chimico-fisiche delle catene sostituenti.
- uno secondario sul C2. OH
stearic acid (stearate at pH 7) - Entrano nella categoria dei grassi neutri, poiché sono privi di
ch line segment È un
of liquido incolore, viscoso, dolciastro
the zigzag carica elettrica.
Glycerol
e solubile in acqua in tutte le proporzioni.
cent carbons. (b) The cis dou- Per azione di enzimi idrolitici, le lipasi, i trigliceridi vengono idrolizzati
Ha larotation
does not permit capacità
anddi richiamare acqua dai tessuti, se viene aumentata la gradualmente in glicerolo e negli acidi grassi costituenti, passando per
bon tail. All other bonds in theosmotica nel sangue.
sua pressione gli stadi intermedi di:
ed fatty acids in the extended - di gliceride
Trigliceridi o triacilgliceroli. - monogliceride
s, stabilized by many hydro-
one or more Icistrigliceridi sono esteri del glicerolo che presentano tre catene di acidi
double bonds I trigliceridi sono particolarmente abbondanti nel tessuto adiposo
grassi (glicerolo tri-esterificato). umano, con alcune differenze:
sults in less stable aggregates.

group is polar (and ion-

ts for the slight solubil- O 1
CH2 3
CH2 O
2
rhododendrons, poison ivy, and many tropical plants
are coated with a thick layer of waxes, which prevents
excessive evaporation of water and protects against 10.2 Structural Lipids in Membranes
parasites. Corso di Biochimica  19 
The central architectural feature of biological mem-
8885d_c10_343-368 1/12/04 1:06 PM Page 350 mac76 mac76:385_reb:

Biological waxes find a variety of applications in the

branes is a double layer of lipids, which acts as a bar-
pharmaceutical, cosmetic,
- tessuto adiposo and>>
periferico other industries.
prevalenza di cateneLanolin
sature Glicerofosfolipidi
- t. adiposo interno >> prevalenza di catene insature. rierI glicerofosfolipidi
to the passage of polar molecules and ions. Mem-
(from lamb’s wool), beeswax (Fig. 10–5), carnauba wax si possono considerare come derivati
brane 350
lipids are amphipathic:
Chapter 10 Lipids
dall’esterificazione del glicerolo-3-fosfato one end of the
con acidi grassi. molecule
(from a Brazilian palm tree), and wax extracted from
Cere o ceridi is hydrophobic, the Oother hydrophilic. Their hydropho-
spermaceti oil (from whales; see Box 10–1) are widely
bic interactionsCH with 1
O C each other and their hydrophilic
usedLeincerethe manufacture
costituite of grassi
da esteri di acidi lotions, ointments,
con alcoli and Ad
a lunga catena.
2 Saturated fatty acid

esempio, il palmitato di miricile, costituente della cera d’api, ha la interactions with water direct their packing into
O sheets
(e.g., palmitic acid)

polishes. Glycerophospholipid
(general structure) 2
CH O C Unsaturated fatty acid
seguente formula. called membrane bilayers. O
In this section we describe (e.g., oleic acid)

five general types 3

CH OofP membrane
2 O X lipids: glycerophospho-
O
lipids, in which the hydrophobic O Head-group
regions are composed
!

substituent

CH3 (CH2 ) 14 C O CH2 (CH2 ) 28 CH3 of two fatty acids joined to glycerol; galactolipids and
Il piùName semplce
of
è l’acido fosfatidico. Il C2 è sempre un centro chirale, Net charge

Palmitic acid 1-Triacontanol

sulfolipids,
quindi sonowhich possibilialso
glycerophospholipid sempre contain X two fatty
dueof stereoisomeri:
Name Formula acids
of X esterified (at pH 7)

to glycerol, but
-Phosphatidic
i compostiacid
lack the characteristic
naturali appartengono tuttiphosphate alla
H serie L.
of phos- !1

(a)lunghe catene alifatiche costituenti le

A causa della saturazione delle pholipids;
La molecola archaebacterial ètetraether
di un fosfolipideEthanolamine
Phosphatidylethanolamine lipids,
antipatica, pertanto CH CHsi
2 incompone
NH
2 which di
"
two
3 due 0
cere sono totalmente insolubili in acqua e chimicamente inerti: porzioni ben distinte:
very long alkyl chains are ether-linked to glycerol at both
CH CH N(CH )
"
Phosphatidylcholine Choline 0
- schermo di protezione contro acqua e batteri per animali e - porzione polare:
2 2 3 3

piante.
ends; sphingolipids, in parte
which di molecola
a singleche fattyè esterificata
acid is joined con
l’acido fosforico "

to a fatty - porzione amine,apolare:

Phosphatidylserine
sphingosine;la parte in and
Serine
cui sonosterols,
CH CH NH
2
disposte compounds
COO le code !
3 !1

Fosfolipidi
characterized idrofobe. by a rigid Glycerol
Phosphatidylglycerol
system of fourCHfused CH CH OH
hydrocar- !1
2 2

bonL’acido
rings.fosfati dico preso come tale è presente poco OH all’interno
dell’organismo, ma si riscontra di frequente con un secondo legame
I fosfolipidi sono così denominai poiché contengono la molecola The hydrophilic moieties in these amphipathic
estereo con altri composti: H O P com-
dell’acido fosforico (PO3-). 6 5

pounds may be as simple

Phosphatidylinositol
- 4,5-bisphosphate
fosfatidilcolina: legabisphosphate
as 4,5-
myo-Inositol a single OH
al fosfato una molecola
OOH H H group at
di colina.
!4
Si distinguono in: 1 4

one end - of the sterol ring system,

Fosfatidiletanolammina: lega al or they
H OH
fosfato una may
HO O be
molecola P much
di
- glicerofosfolipidi: l’acido fosforico e gli acidi grassi sostituenti etanolammina
2 3

sono esterificati con il glicerolo

more complex. In glycerophospholipids and H H some sphin-
- Fosfatidilserina: lega una serina con legame estereo
- sfingolfosfolipidi: acido fosforico e acidi grassi sono golipids, a polar head group
-Cardiolipin
Fosfatidilinositolo: alisfosfato
Phosphatidyl-
lega
glycerol
joined to
unoCH the hydropho-
zucchero,
2
l’inositolo. !2
esterificati con lo sfingolo. bic Lamoiety by a phosphodiester linkage;CHOH
theseCHare the
O
fosfatidilcolina, o lecitina, è il fosfolipide più
CH diffuso
2 O P Oall’interno delle 2
Costituiscono la classe più importante dei lipidi strutturali. phospholipids. Other sphingolipids lack phosphate
membrane biologiche: O !
Obut

have a simple sugar or complex oligosaccharide at their CH O C R 1

(b) polar ends; these are the glycolipids (Fig. 10–6). Within
O
2
CH O C R 2

FIGURE 10–5 Biological wax. (a) Triacontanoylpalmitate, the major these groups of membrane lipids, enormous diversity re-
FIGURE 10–8 Glycerophospholipids. The common glycerophospho- parent compound. Each derivative is named for the head-group alc
component of beeswax, is an ester of palmitic acid with the alcohol sultslipidsfrom various
are diacylglycerols linked combinations ofa fatty
to head-group alcohols through hol (X), acid “tails”
with the prefix andIn cardiolipin, two phosph
“phosphatidyl-.”
phosphodiester bond. Phosphatidic acid, a phosphomonoester, is the tidic acids share a single glycerol.
 O
3
CH2 O P O X
O !
Head-group
substituent

- A pH fisiologico la porzione polare presenta una carica elettrica

Name of Net charge
negativa sul residuo fosforico e una positiva sulla colina
glycerophospholipid Name of X Formula of X (at pH 7)
- Gli acidi grassi sono generalmente saturi in R1 e insaturi in R2.
o Fa eccezione la dipalmitoilfosfatidilcolina, Phosphatidic acid
che riveste H !1
gli alveoli polmonari, facilitando gli scambi di ossigeno "
tra aria alveolare e sangue. Phosphatidylethanolamine Ethanolamine CH2 CH2 NH3 0

Le fosfatidiletanolammine e fosfatidilserine sono abbondanti nel "

Phosphatidylcholine Choline CH2 CH2 N(CH3)3 0
cervello.
Il difosfatidilglicerolo è costituito da una molecola di Phosphatidylserine
glicerolo Serine CH2 CH NH3
"
!1
esterificato in 1 e in 3 con due molecole di acido fosfatidico: COO !

- è detto anche cardiolipina, poiché isolata per prima nel

Phosphatidylglycerol Glycerol CH2 CH CH2 OH !1
miocardio.
- Ha funzioni immunologiche. OH

H O P
6 5

Phosphatidylinositol myo-Inositol 4,5- OH H H !4

4,5-bisphosphate bisphosphate 1 4

H OH HO O P
2 3
H H

Cardiolipin Phosphatidyl- CH2 !2

glycerol
CHOH O
CH2 O P O CH2
O! O
CH O C R1
O
CH2 O C R2

FIGURE 10–8 Glycerophospholipids. The Nelle

commoncellule, i glicerofosfolipidi
glycerophospho- parent compound. sonoEachdemoliti
derivative is da enzimi
named idroliticialco-
for the head-group
specifici,
lipids are diacylglycerols linked to head-group alcoholsche attaccano
through a hol i(X),
vari
withlegami
the prefix esterei, le fosfolipasi.
“phosphatidyl-.” In cardiolipin, two phospha-
phosphodiester bond. Phosphatidic acid, a phosphomonoester, is the tidic acids share a single glycerol.

ether lipids. The functional significance of ether lipids in
these membranes is unknown; perhaps their resistance
to the phospholipases that cleave ester-linked fatty acids
from membrane lipids is important in some roles.
At least one ether lipid, platelet-activating
factor, is a potent molecular signal. It is released
from leukocytes called basophils and stimulates platelet
aggregation and the release of serotonin (a vasocon-
strictor) from platelets. It also exerts a variety of effects
on liver, smooth muscle, heart, uterine, and lung tissues
and plays an important role in inflammation and the
allergic response. ■
 Corso di Biochimica  21 
8885d_c10_343-368 1/12/04 1:06 PM Page 353 mac76 mac76:385_reb:

Sfingofosfolipidi o sfingomieline
Plasmalogeni o alchenilfosfatidi
Gli sfingofosfolipidi o sfingomieline contengono, invece del glicerolo,
Il legame estereo sul glicerolo non è l’unico legame possibile all’interno un amminoalcol insaturo a lunga catena:
della classe
85d_c10_343-368 dei fosfolipidi:
1/12/04 1:06 PM Page 351 mac76 mac76:385_reb: - lo sfingolo o sfingosina, a 16 o 18 atomi di carbonio
10.2 Structural Lipids in Membranes
- esistono anche legami di altro tipo. - il doppio legame dello sfingolo è in trans.
I plasmalogeni sono caratterizzati dall’avere in C1 un legame etere- Sphingosine
alchenico, ovvero in C1 si lega: HO 3
CH CH CH (CH2 )12 CH3 Fatty acid
- un aldeide in forma enolica a catena lunga O
Sphingolipid
2
(general CH N C
I maggiori plasmalogeni sono: structure)
H
- fosfatidaletanolammina 10.2 Structural Lipids in Membranes 351
1
CH2 O X
- fosfatidalserina
- fosfatidalcolina.
L’acido grasso si lega all’amminoalcol (sfingosina) con legame
ether-linked alkene carboamidicoName of sphingolipid
formando il ceramide: Name of X Formula of X
ether-linked alkane
H H - gli esteri del ceramide con la fosforilcolina o con la
1
CH2 O C C 1
CH2 Ceramide
CH2 O fosforiletanolamina
CH2 sono le sfingomieline.
H

2
CH O C
2
CH -O ÈCpossibile
CH3 distinguere due porzioni nella molecola di O
sfingolipide: "
3 Sphingomyelin Phosphocholine P O CH2 CH2 N(CH3
3
CH2 O CH2 O o Porzione polare: il sostituente fosfatato
O!
esterPorzione apolare: la coda della sfingosina e dell’acido
acetyl o
O O grasso.
" - Le sfingomieline " sono normali costituenti delle membraneCH2OH
O P O CH2 CH2 N(CH3)3 O P O CH 2 CH 2
cellulariNeutral N cellule3)3animali
(CH
delle glycolipids O
H H
!
O choline !
O - Costituiscono choline la guaina mielina, quindi
Glucosylcerebroside sono fortemente
Glucose
OH H
presenti nel tessuto nervoso. H
Plasmalogen Platelet-activating factor OH
H OH
FIGURE 10–9 sono
I plasmalogeni Ether molto
lipids. abbondanti nel
Plasmalogens muscolo
have e nel tessuto
an ether-linked alkenyl which makes the compound much more water-soluble than most glyc-
cerebrale:
chain where most glycerophospholipids have an ester-linked fatty acid erophospholipids andLactosylceramide
plasmalogens. The head-groupDi-,
alcohol
tri-, or is choline Glc Gal
- nel Fig.
cervello sono il 10% dei fosfolipidi totali. tetrasaccharide
(compare 10–8). Platelet-activating factor has a long ether-linked in plasmalogens and in(aplatelet-activating
globoside) factor.
alkyl chain at C-1 of glycerol, but C-2 is ester-linked to acetic acid,
Neu5Ac

Complex
abundant membrane lipids
Ganglioside in the biosphere.
GM2 Phosphate
oligosaccharide
Chloroplasts Contain Galactolipids and Sulfolipids Glc Gal GalNAc
is often the limiting plant nutrient in soil, and perhaps
Johann Thudichum,

The second group of membrane lipids are those that the evolutionary pressure to conserve phosphate for
1829–1901

FIGURE 10–12 Sphingolipids. The first three carbons at the polar end for this group. Other sphingolipids differ in the polar hea
 Sphingolipid
2
(general CH N C
structure)
H
1
CH2 O X
354 Chapter 10 Lipids

Name of sphingolipid Name of X Formula of X

O O"
O" CH2
Ceramide H CH2 CH2 O P O
C CH OH
O P O CH O C
CH3 CH2 O NH
O CH3 CH2 O O
CH3 N
!
CH2 H
! O C
" CH3 N CH2 O C
Sphingomyelin Phosphocholine P O CH2 CH2 N(CH3)3 CH3
! CH3
O
8885d_c10_343-368 1/12/04 1:06 PM Page 354 mac76 mac76:385_reb:
CH2OH
O
Neutral glycolipids H H
Glucosylcerebroside Glucose
OH H
H
OH
354 Chapter 10 Lipids H OH Sphingomyelin

Phosphatidylcholine
Lactosylceramide Di-, tri-, or Glc Gal
tetrasaccharide O FIGURE 10–13 The similarities
O" in shape and in molecular structure
(a globoside) O" CH2
of phosphatidylcholine (a glycerophospholipid) and sphingomyelin (a
CH2 CH2 O P O
C CH
sphingolipid) are clear when their space-filling OHstructural formu-
and
O P O CH O las are drawn as here. C
CH CH O
3 2 NH
CH3 CH2 O O Neu5Ac
CH3 N
!
CH2 H
! O C
Ganglioside GM2 CH3 Complex
N CH2 O C Gangliosides are concentrated in the
oligosaccharide CHSphingosine
3
CH3 Glc Gal GalNAc of cells, where they present points of reco
um, Ceramide O Antigen
Fatty acid tracellular molecules or surfaces of neig
The kinds and amounts of gangliosides
membrane change dramatically during e
Sphingolipids. The first three carbons at the polar end for this group. Other sphingolipids differ in the polar head group (X) Glc Gal GalNAc Gal
velopment. Tumor formation induces the
are analogous to the three carbons of glycerol in glyc- attached at C-1. Gangliosides have very complex oligosaccharide head
new complement of gangliosides, and ver
ds. The amino group at C-2 bears a fatty acid in amide groups. Standard abbreviations for sugars are used in this figure: Glc,
Fuc trations of a specific ganglioside have bee
y acid is usually saturated or monounsaturated, with D-glucose; Gal, D-galactose; GalNAc, N-acetyl-D-galactosamine;
duce differentiation of cultured neurona
24 carbon atoms. Ceramide is the parent compound Neu5Ac, N-acetylneuraminic acid (sialic acid).
Investigation of the biological roles of di
sides remains fertile ground for future re
Sphingomyelin
A Antigen
c acid gives gangliosides the negative charge Sphingolipids at Cell Surfaces Are Sites of
hat distinguishes them from globosides.
Phospholipids and Sphingolipids Are Deg
Biological Recognition
Phosphatidylcholine
Lysosomes
with one sialic acid residue are in the GM GalNAc
-) series, those with two are in the GD (D FIGURE When
10–13sphingolipids were
The similarities discovered
in shape a century
and in molecular ago by
structure Most cells continually degrade and replac
s, and so on (GT, three sialic acid residues; of the physician-chemist
phosphatidylcholine (a Johann Thudichum,
glycerophospholipid) and their
sphingomyelin biolog-
(a brane lipids. For each hydrolyzable bo
ical role
sphingolipid) areseemed as their
clear when enigmatic as the
space-filling andSphinx,
structuralfor which
formu- erophospholipid, there is a specific hydr
las arehe therefore
drawn as here.named them. In humans, at least 60 dif- in the lysosome (Fig. 10–15). Phospholip
COO! OH OH ferent sphingolipids have been identified in cellular type remove one of the two fatty acids
O lysophospholipid. (These esterases do n
H OH CH CH CH2OH membranes. Many of these are especially prominent in
the plasma membranes of neurons, and some are clearly
Sphingosine
Gangliosides are concentrated in the outer surfaceether link of plasmalogens.) Lysophosphol
B Antigen
OH H of cells, where they present points of recognition for ex-the remaining fatty acid.
H H recognition sites on the cell surface, but a specific func-
Ceramide
Fatty acidsphingolipids has been O Antigen tracellular molecules or surfaces of neighboring cells. Gangliosides are degraded by a set of
tion for only a few discovered Gal
H HN C CH3 thus far. The carbohydrate moieties of certain sphin- The kinds and amounts of gangliosides in the plasmazymes that catalyze the stepwise removal
finally yielding a ceramide. A genetic de
 8885d_c10_343-368 1/12/04 1:06 PM Page 361 mac76 mac76:385_reb:
Corso di Biochimica  23 

Glicolipidi La presenza di acido sialico conferisce alla molecola dei gangliosidi

una forte carica negativa e quindi una ulteriore idrofilia:
Sono costituiti da ceramide legato covalentemente con una o più - si aggregano spontaneamente in micelle nonostante la
molecole di monosaccaridi: complessità del lipide
- ceramide + monosaccaride - Nella cellula:
10.3 Lipids as S
o Porzione idrofobica inserita nella membrana cellulare
Più propriamente si dicono glicosfingolipidi, a sottolineare la o Porzione idrofilica (parte glucidica) proiettata verso
presenza dello sfingolo. l’esterno per captare segnali – recettore.
Sono molto abbondanti nel tessuto nervoso e si dividono in: - Sono quindi rei recettori specifici per molecole di varia natura,
studies identified presenti
two soprattutto
general a livello
classes ofdelle
suchsinapsi!
com- leads to defective
- cerebrosidi
- solfatidi I lipidi neutri
pounds: those soluble complessiorganic
in nonpolar non possiedono
solventsl’acido sialico ma ets, for which ad
(fat-
- gangliosidi presentano struttura analoga a quella dei gangliosidi.
- glicolipidi neutri complessi. soluble vitamins) and those that could be extracted from dramatic cure. V
foods with aqueous solvents (water-soluble vitamins). mercial product f
Terpeni
Cerebrosidi e solfatidi. Eventually the fat-soluble group was resolved into the terol of yeast. Vi
Sono costituiti da: four vitamin groups A, D,
I terpeni E, and K,sono
o poliprenoidi all of
i piùwhich arecomposti
importanti iso- lipidiciwith slight modifi
insaponificabili, privi cioè di acidi grassi:
- ceramide prenoid compounds synthesized by the condensation of sterol D ring. Bot
- monosaccaride (solitamente galattosio). - comprendono numerosi composti eterogenei per natura
multiple isoprene units. Two of these (D and A) serve
chimica D2 is commonly
Il galattosio e il ceramide sono uniti con un legame ß-glicosidico:
as hormone precursors. - sono polimeri dell’isoprene. supplement. Like
- se in C3 o C6 l’ossidrile del monosaccaride è esterificato con
un acido solforico si hanno i solfatidi. CH3 tamin D metaboli
ulates gene expr
CH2 C CH CH2 synthesis of an in
Gangliosidi e glicolipidi complessi. Isoprene Vitamin A (
Vitamin D3Fanno
I gangliosidi sono una famiglia di glicolipidi molto abbondanti nella , alsopartecalled cholecalciferol,
della classe dei terpeni: is nor- as a hormone an
sostanza grigia:
mally formed in the - skin from
vitamine A, E,7-dehydrocholesterol
K in brate eye (Fig. 10
- caratterizzati dalla presenza di molecole di acido sialico (N- - coenzima Q
acetilneuramminico)
a photochemical reaction
- squalene
driven by the UV component in the cell nucleu
- sono costituiti da ceramide + ac sialico. of sunlight (Fig. 10–20). Vitamin D3 is not itself biolog-
- carotene regulates gene e
ically active, but it -is converted
fitolo: terpeneby conenzymes
lunga catena inrettilinea
the liver ithelial tissue, inc
and kidney to 1,25-dihydroxycholecalciferol, a hormone ingredient in the
that regulates calcium uptake in the intestine and cal- treatment of sev
cium levels in kidney and bone. Deficiency of vitamin D min A derivative
 - dolicoli: lunga catena con 16/20 unità isopreniche di cui In vista dei legami tra gli anelli di ciclopentano, carboni 5-8-10-13-14,
l’ultima saturata con un gruppo alcolico: sono possibili le formazioni di 26 stereoisomeri differenti, poiché questi
6:385_reb: o in forma di esteri fosforici sono i “carrier” delle unità carboni sono asimmetrici.
oligosaccaridiche,
o trasportano le porzioni glucidiche nel RER per formare Colesterolo
le glicoproteine.
Il colesterolo è tra i derivati del ciclopentanoperiidrofenantrene, il più
interessante dal punto di vista biologico.
Steroli È caratterizzato da:
10.2 Structural Lipids in Membranes 355
Gli steroli sono dei derivati dal ciclopentanoperidrofenantrene, un - un gruppo OH in C3,
nucleo tetra ciclico formato da: - doppio legame tra C5 e C6
- catena laterale isoottilica in C17.
- periidrofenantrene: anelli A, B, C.
- ciclopentano: anello D. L’esterificazione dell’OH in C3 con un acido grasso può dare il
colesterolo esterificato:
- quando è esterificato presenta delle lunghe catene idrofobiche
26
- si trova nelle lipoproteine ematiche (LDL, HDL).
CH3 - Può formare placche ateroma tose che si depositano sull’intima
25
CH 27
CH3 delle arterie nell’aterosclerosi.
24
CH2 Alkyl Il colesterolo nel sangue è presente, in condizioni normali, in
side concentrazione di 130-200 mg/100ml:
23
CH2 chain
- due terzi in forma esterificata
22
CH2 - un terzo in forma libera.
20 21
CH CH3 Il colesterolo, nell’organismo si trova:
18
CH3 - nella bile, presente in sospensione satura e precipita a formare
12 17
11 13
D
16 i calcoli
CH3 9 C
19
14 15 - nelle membrane cellulari, diminuendo la fluidità dei fosfolipidi
1
2 10 8 - isola elettricamente alcune guaine mieliniche
A B
3 5 7 - precursore degli ormoni steroidei, dei sali biliari e delle vitamine
Polar 4 6
Steroid
HO
head nucleus
holipases Sali biliari
pholipids FIGURE 10–16 Cholesterol. The stick structure of cholesterol is visi- I sali biliari costituiscono la forma quantitativamente più rilevante dei
C and D ble through a transparent surface contour model of the molecule (from prodotti di trasformazione metabolica del colesterolo:
up. Some coordinates supplied by Dave Woodcock). In the chemical structure,
d, such as the rings are labeled A through D to simplify reference to derivatives
phatidyl- of the steroid nucleus, and the carbon atoms are numbered in blue.
has been The C-3 hydroxyl group (pink in both representations) is the polar head
s cleaved group. For storage and transport of the sterol, this hydroxyl group con-
denses with a fatty acid to form a sterol ester.
 derives from the prostate gland, the tissue from which 10–19). Prednisone and prednisolone are steroid drugs
they were first isolated by Bengt Samuelsson and Sune with potent antiinflammatory activities, mediated in part
Bergström. Two groups of prostaglandins were originally by the inhibition of arachidonate release by phospholi-
defined: PGE, for ether-soluble, and PGF, for phosphate Corso di Biochimica  25 
pase A2 (Fig. 10–18) and consequent inhibition of the
( fosfat in Swedish) buffer–soluble. Each group contains
numerous
- prodotto subtypes,
nel fegato, named nella
immagazzinati , PGE2, and
PGE1cistifellea, so forth.
rilasciati
Prostaglandins act in many tissues by regulating the syn-
nell’intestino.
- La thesis
molecola ofdei
thesaliintracellular messenger
biliari differisce 3!,5!-cyclic
dal colesterolo per le AMP OH OH
H 3C H3C
seguenti motivazioni:
(cAMP). Because cAMP mediates the action of diverse
o Presenza in C17 di una catena laterale di 5 carboni anzi
hormones, the prostaglandins affect a wide range of H 3C
che di 18 terminante con un gruppo carbossilico: acido
cellular and tissue functions. Some prostaglandins stim-
colanico.
ulate contraction
o Mancanza di doppioof the smooth
legame C5-C6. muscle of the uterus
during menstruation and labor. Others
o Presenza di ossidrili α, incapaci di affect
reagire con blood
la flow O HO
digitonina.
to specific organs, the wake-sleep cycle, and the re- Testosterone Estradiol
- Differiscono gli uni dagli altri per il numero di ossidrili secondari.
sponsiveness of certain tissues to hormones such as
Si può operare una distinzione
epinephrine a seconda diProstaglandins
and glucagon. dove sono prodotti: in a third CH2OH
CH2OH
groupacido
- Primari: elevate
colicobody temperature (producing
e chenodeossicolico, poiché sono fever) and
formati H
C O O C O
nelcause
fegato inflammation
partendo dal colesterolo
and pain. H 3C OH C
- Secondari: The acido deossicolico e
thromboxanes acido
have litocolico. Formatiring con-
a six-membered HO HO
nell’intestino dai primari.
taining an ether. They are produced by platelets (also H 3C H 3C
Gli acidi biliari
calledvengono rilasciati neland
thrombocytes) fegatoactininforma coniugata,of blood
the formation
ovvero con il loro carbossile legato mediante legame carboamidico con
clots and the reduction of blood flow to the site of a clot.
il gruppo amminico:
The nonsteroidal antiinflammatory drugs (NSAIDs)— O O
- della glicina se sono acidi glicocolici Cortisol Aldosterone
aspirin, ibuprofen, and meclofenamate, for example—
- della taurina se sono acidi taurocolici.
were shown by John Vane to inhibit the enzyme
A pH della bile e del succo intestinale, sia il carbossile degli acidi
prostaglandin H2 synthase (also called cyclooxygenase CH2OH CH2OH
glicocolici che quello solfonico degli acidi taurocolici sono associati e
or COX),
salificati con Na+ e K+:which catalyzes an early step in the pathway C O C O
from arachidonate to prostaglandins and thromboxanes H 3C OH H 3C OH
- nella bile normale gli acidi glicocolici sono presenti 3 volte tanto HO O
(Fig.taurocolici.
gli acidi 10–18; see also Box 21–2).
Leukotrienes, firstbiliari
found in leukocytes, contain H 3C H 3C
- La principale funzione dei sali è quella di emulsionare i
three
grassi conjugated
alimentari, double
facilitare bonds. They
la digestione are powerful bio-
e l’assorbimento
intestinale.
logical signals. For example, leukotriene D4, derived
O O
Di seguito from
alcunileukotriene
ormoni steroidei. A4, induces contraction of the muscle
Prednisolone Prednisone
lining the airways to the lung. Overproduction of
leukotrienes causes asthmatic attacks, and leukotriene FIGURE 10–19 Steroids derived from cholesterol. Testos-
synthesis is one target of antiasthmatic drugs such as terone, the male sex hormone, is produced in the testes. Estra-
prednisone. The strong contraction of the smooth mus- diol, one of the female sex hormones, is produced in the ovaries and
cles of the lung that occurs during anaphylactic shock placenta. Cortisol and aldosterone are hormones synthesized in the
is part of the potentially fatal allergic reaction in indi- cortex of the adrenal gland; they regulate glucose metabolism and salt
 376 Chapter 11 Biological Membranes and Transport

Amino enough to span the thick

Outside terminus
(recall that the length of
Strutture per amino acid residue
rounded by lipids, having
Strutture degli acidi grassi to hydrogen-bond, will
Gli acidi grassi, con la loro testa polare e la lunga coda idrofobica, sheets, in which intracha
tendono a disporsi a micelle, se posti in acqua: mized. If the side chains o
nonpolar, hydrophobic in
- la testa polare rimane all’esterno
ing lipids further stabilize
- le catene idrofobiche si dispongono circolarmente formando un
Several simple metho
monolayer sferoidale.
quences yield reasonably
Inside
ondary structure for tran
Strutture dei fosfolipidi ative polarity of each am
I fosfolipidi sono i principali costituenti delle membrane biologiche: Carboxyl
experimentally by measur
terminus companying the movemen
- in acqua si aggregano spontaneamente in strutture a bilayer
from a hydrophobic solve
fosfolipidico, ovvero ponendo a contatto le code apolari le une FIGURE 11–9 Bacteriorhodopsin, a membrane-spanning protein. of transfer ranges from v
con le altre (PDB ID 2AT9) The single polypeptide chain folds into seven hy-
- le teste polari restano a contatto invece con il solvente polar residues to very en
drophobic ! helices, each of which traverses the lipid bilayer roughly aromatic or aliphatic h
acquoso. perpendicular to the plane of the membrane. The seven transmem-
overall hydrophobicity of
La fluidità delle membrane fosfolipidiche dipende da: brane helices are clustered, and the space around and between them
estimated by summing th
is filled with the acyl chains of membrane lipids. The light-absorbing
- lunghezza della catena pigment retinal (see Fig. 10–21) is buried deep in the membrane in
- temperatura contact with several of the helical segments (not shown). The helices
- grado di saturazione. are colored to correspond with the hydropathy plot in Figure 11–11b.
La fluidità è uno dei più importanti attributi delle membrane biologiche:
- consente lo spostamento delle proteine di membrana
- è alterata dalla presenza di colesterolo which hydrophobic residues are buried within the
protein core and hydrophilic residues are on the
i liposomi, ovvero piccole vescicole a bilayer, sono state usate in surface (recall the structures of myoglobin and hemo-
farmacia per enzimoterapia, che consente il passaggio delle globin, for example). In Chapter 19 we will encounter
membrane. several complex membrane proteins having multiple
transmembrane helical segments in which hydrophobic Outside
chains are positioned to interact with the lipid bilayer.

The Topology of an Integral Membrane Protein

Can Be Predicted from Its Sequence
Determination of the three-dimensional structure of a
membrane protein, or its topology, is generally much
more difficult than determining its amino acid sequence,
which can be accomplished by sequencing the protein Inside
 Corso di Biochimica  27 

- gruppo acido dissociato.

Classificazione degli amino acidi.

Amminoacidi e peptidi. La classificazione più razionale degli aa è fatta tenendo conto della
composizione chimica dei residui, che condiziona del resto la loro
funzionalità:
Gli amminoacidi
1) amino acidi con residui apolari
Gli amminoacidi sono le componenti strutturali delle proteine: 2) amino acidi con residui polari privi di carica
3) amino acidi con residui polari con carica +
- le proteine sono copolimeri di 20 amminoacidi
4) amino acidi con residui carichi –
- i 20 amminoacidi che costituiscono le proteine formano un vero
e proprio alfabeto proteico. 5) amminoacidi particolari: prolina e glicina.

Gli amminoacidi sono anche costituenti dei peptidi naturali, strutture Amminoacidi con residui apolari.
più semplici delle proteine e fisiologicamente autonome.
Gli amminoacidi con residui apolari possiedono residui idrofobici, che
Altri amminoacidi
8885d_c03_079 sono importanti
12/23/03 10:20 AMdi per
Pagese:79 mac111 mac111:reb: possono essere di tipo:
- precursori di composti non proteici fisiologicamente importanti - alifatico: alanina, valina, leucina, isoleucina, metionina
- messaggeri neuronali. - aromatico: fenilalanina, triptofano.
Tutti gli amino acidi che formano le proteine sono α amminoacidi: La solubilità in acqua di questi amminoacidi è molto scarsa:
- hanno il gruppo amminico legato all’atomo di carbonio α - nella conformazione
3.1 tridimensionale
Amino Acids 79 proteine sono
delle
adiacente al gruppo carbossilico, generalmente situati all’interno
- il carbonio α è un atomo chirale, ad eccezione che nella glicina, - stringono tra le loro catene interazioni idrofobiche.
poiché ha 4 sostituenti differenti:
o un atomo di idrogeno H aliphatic R groups
Nonpolar, Aromatic R groups
-
o un gruppo
COO " carbossilico (-COO
COO" ) COO" COO" COO "
COO" COO"
o un residuo (-R)
! ! H ! ! ! !
H 3N C H H 3N C H + C H3N C H H 3N C H H 3N C H H3N C H
o un gruppo amminico (-NH3 ).H 2N!
CH 2
- Esistono quindiH due forme stereoisomeriche:
CH3 CH CH2 CH2 CH2
H 2C CH 2
o Enantiomeri D e L CH3 CH3 C CH
o InGlycine
natura, gli aminoacidi
Alanine proteici sono
Prolinedella serie L.
Valine NH

In soluzioni acquose a pH neutro gli amminoacidi sono generalmente OH

COO" COO" COO"
dissociati: ! ! !
H3N C H H3N C H H3N C H
- gruppo amminico carico positivamente Phenylalanine Tyrosine Tryptophan
CH2 H C CH3 CH2
CH CH2 CH2
CH3 CH3 CH3 S Positively charged R groups
CH3 COO" COO" COO"
 Positively charged R groups
3.1 Amino Acids 79 CH3 COO" COO"
Leucine Isoleucine Methionine ! ! !
H3N C H H3N C H H3N
8885d_c03_079 12/23/03 10:20 AM Page 79 mac111 mac111:reb: CH2 CH2
Nonpolar, aliphatic R groups Aromatic R groups
Polar, uncharged R groups CH2 CH2

COO" COO" COO" COO" COO" COOCOO

" "
COOCOO
" "
COO" CH2 CH2
! ! H ! ! ! !
! ! !
CH2 NH H
N C H H 3N C H !
C H3N C H H 3N C H H3N HC C HH N
3N H
3
HC
3N H
C H H3N C H
!
H 2N CH 2 CH2OH H C OH CH2 3.1!NAmino
H3 Acids C 79H2
N
H CH3 CH CH2 CH2 CH2
H 2C CH 2 CH3 SH NH2
CH3 CH3 CThreonine
CH
Serine Cysteine Lysine Arginine Hist
Glycine Alanine Proline Valine NH
Nonpolar, aliphatic R groups Aromatic R groups
COO "
COO "
COO "
COO "
COO COO" "
COO"
COO" COO" COO" ! ! OH H ! COO " ! COO " ! Negatively
! charged R groups
! ! ! H 3N C H H 3N C H !
C H3N C H H 3N C H H 3N C H H3N C H
! !
H3N C H H3N C H H3N C H H 2N CH 2 H 3N C H H 3N C H COO" COO"
H Phenylalanine
CH3 Tyrosine CH
Tryptophan CH2 CH2 CH2
! !
CH2 H 2C CH 2
H C CH3 CH2 CH3 CH3CH2 CH2 H3N CC HCH H3N C H
Glycine Alanine Proline Valine C CH2 CH2 NH CH2
CH CH2 CH2
H 2N O C COO" CH2
CH3 CH3 CH3 S COO" COO" COO" OH
Positively charged R groups ! H2N O
! ! COO"
CH3 H3N C H H3N C H H3N C H
8885d_c03_080 12/23/03 10:20 AM COO
Page 80 mac111
"
mac111:reb: COO "
COO "
Asparagine Glutamine
Phenylalanine Tyrosine Aspartate
Tryptophan Glutamate
Leucine Isoleucine Methionine !
CH2 !
H C CH3 !
C H2
H3N C HCH H3N La C cisteina
HCH2 H
può3N facilmente
CCHH ossidarsi a cistina legandosi con un’altra
FIGURE 3–5 The 20 common 2
amino acids of proteins. The structural
cisteina e formando un ponte disolfuro: histidine is shown uncharged, its pKa (see Table 3–1) i
Amminoacidi con residui polari privi di carica. C HCH
formulas CH3 the state
2 3 show CHof2CH
ionization
3 CHS 2predominate at pH Positively
that would small but significant
charged fraction of these groups are positive
R groups
- areperdendo
7.0. The unshaded portions i gruppi
those common to all theSH nonacids;
amino è più molto idrofilica
pH 7.0.
Questa classe di amminoacidi
uncharged comprende
R groups tre sottoclassi a seconda CH2 dei CCHNH
CH2 are the R groups. Although
Polar, R group ofCOOa due cisteine
COO" COO"
3 "
-
the portions shaded in red
Leucine può
Isoleucine essere ridotto
Methionine nuovamente
the attraverso la
gruppi che le "caratterizzano:
80 Chapter 3 Amino Acids, Peptides, and Proteins
presenza di agenti CHriducenti. !
H3N C H
!
H3N C H
!
H3N C H
COO "
COO "
COO CH2 CH2
- aÈdistinctive
la principaleC N forma di legame
-!
H-3N
idrossilico: serina,
C H H
!
N C
treonina e tirosina.
H H
!
N C H aliphatic
C H 2
side chain
N Hwith cyclic
H structure. TheCH2 trational
catene Cproteiche.
H2 in some enzymes.
group CH2 Tyrosine and t
tiolico: cisteina3 Polar, Uncharged R Groups The R groups ofsecondary
3
these amino amino (imino) group of
COO proline
" residues is
C COO
H are
" significantly
CH2 more polar
C than
NH phenylalanin
Polar, uncharged
! R groups 2
- amidico:
CH2OH asparagina C e OH
H acids glutammina (amidi
are more solubleCHin dell’acido aspartico
2 water, or moreN
!
H3 in a rigid
held
hydrophilic, C N H
conformation
2 that
! reduces the structural
! of the tyrosine hydroxyl group
CH and the nitro
e glutammico). COO" COO"H3N CH COO" H3N CH CH2 CH2
flexibility
than those of the nonpolar amino acids, because of
they polypeptide
NH
Cysteine regions containing proline. tryptophan indole ring. C N
CH3 SH !
H3N Cbonds H
!
H 3N 2 C H HCH
!
CHCH NH H
contain functional groups that form hydrogen 3N 2 C H 2 2 Tryptophan and tyrosine, and to a much
class of amino acids Lysine Arginine Histidine 2H ! 2e ! "
Serine with water. ThisCysteine
Threonine includes
Aromaticserine,
CHR2OH
Groups H Phenylalanine,
C OH SHtyrosine,
CH2
!
and tryp-NHS3 tent phenylalanine,
!
C NH2 absorb ultraviolet light
threonine, cysteine, asparagine, and tophan, glutamine. with their aromatic side chains, are relatively Box Cystine
3–1). This accounts for the characteristic
CH3 SH SH S NH2
The polarity of serine and threonine is contributed
nonpolar by (hydrophobic). All can participate 2H ! 2ein hy- sorbance
! "
of light by most proteins at a wav
Serine Threonine Cysteine Lysine Arginine Histidine
their hydroxyl groups; that of cysteine by its sulfhydryl
drophobic interactions. The CH2 group of tyrosine CH2 280 nm, a property exploited by researchers i
hydroxyl
Cysteine
COOand
group; "
COO" and glutamine
that of asparagine canNegatively
by their
form charged
hydrogen R groups
bonds, and itCH
!
is anNH important
!
func- CH acterization of proteins.
3 NH3
!amide groups. !
H3N CAsparagine
H H3and
N glutamine
C H COO" COO"COO" COO
are the amides of two COO " COO"
"
Negatively charged R groups
! !
other
CHamino acids alsoCfound
H2 in proteins, aspartate
H3N and
C H FIGURE
H 3N
!
CReversible
HH3N !
2 H 3N C3–7H C H of a disulfide bond byCOO
formation "
the oxida- COO"
glutamate, respectively, to which asparagine and gluta- tion of two molecules of cysteine. Disulfide bonds between Cys
! !
mine CH2 by acid or base. CysteineCis
C are easily hydrolyzed H2 CH2 CH2 CH2 H 3N C H H 3N C H
residues stabilize the structures of many proteins.
readily
H 2N O oxidized to form a covalently linked dimeric C CH CH2 CH2 CH2
C COO" 2
amino acid called cystine, in which two cysteine mole- H 2N O
H2N O " C COO "
CH2
 COO COO COO
Leucine Isoleucine Methionine ! ! !
H3N C H H3N C H H3N C H

Aromatic R groups CH2 CH2 CH2

Corso di Biochimica  29 
OO "
COO " Polar,
COOuncharged RCOO
"
groups
" CH2 CH2 C NH
! CH
H
!
H3N C H COO
"
H 3N C H HCOO " !
COO" CH2
Amminoacidi CH2residui polari con carica negativa.
aventi
3N C H
Amminoacidi !aventi residui polari
! con carica positiva
! C N
H H23N C H CH2H3N C H CH2 H3N C H CHcarica
La negativaNèHriscontrabile sugliHamino acidi bicarbossilici
CH
Gli amminoacidi aventi una carica positiva sono:
2
derivanti da: !
CH3 - CH2OH
lisina: possiede un secondo H gruppo
C OH C CH (pKC=10,5)
amminico H2 !
NH3 C NH2
- acido aspartico >> aspartato,
ne - arginina: caratterizzata dal gruppo
CH3guanidinico
NH (pKSH = 12,3). NH2 >> glutammato.
- acido glutammico
- Istidina: caratterizzata dal gruppo imidazolico, leggermente
Serine
basico (pK = 6). Threonine Cysteine Lysine Arginine
Sono completamente dissociati aHistidine
pH fisiologico:
COO" OH
A pH fisiologico: - aspartato (pK = 3,9)
C H - glutammato (pKa = 4,3).
- arginina e lisinaTyrosine
Phenylalanine sono completamente protonate
Tryptophan
CH2 - l’istidina è protonata per il 10% e COO
risente
" sensibilmente delle L’acidità o basicità di una
COO" Negatively charged R groups
variazioni di pH dell’ambiente!cellulare. proteina si calcola facendo il
!
CH2 o Proprietà fondamentaleH3N per
C l’emoglobina
H H3Ne altri
C enzimi.
H COO" COO" rapporto di:
S H 3N
!
C H
!
H 3N C H -
totale di lys+arg
CH2
Positively charged R groups CH2
-
diviso la sommatorioa
8885d_c03_079 12/23/03 10:20 AM Page 79 mac111 mac111:reb:
CH3 COO" COO" C COO" CH2 CH2
8885d_c03_079 CH2 10:20 AM Page
12/23/03 di asp/glu.
79 mac111 mac111:reb:
ionine - se il rapporto è
! ! H 2N ! O C COO" CH2
H3N C H H3N C H H3N C H maggiore di 1 le
H2N O proteine sono basiche
CH2 CH2 CH2 COO"
- se il rapporto è
Asparagine Glutamine Aspartate Glutamate inferiore a 1 sono 3.1
CH2 CH2 C NH
proteine acide.
CH
COO" CH2 CH2
FIGURE 3–5 The 20 common amino acids of proteins. The C structural
N histidine is shown uncharged, its pKa (see Table 3–1) is such that a
Amminoacidi particolari: glicina e prolina.
C formulas
H C H 2 N H H
show the state of ionization that would predominate at pH small but significant fraction of these groups
Nonpolar, are positively
aliphatic R groups charged at Aromatic R g
! La glicina " è l’amminoacido più semplice, in cui il
CH7.0. The unshaded!Nportions are those C
common
NH2 to all the amino acids; pH 7.0. COO "
COO COO "
COO "
COO "
CO
2 H3 ! sostituente
! –R è un atomoH Nonpolar,
di ! aliphatic R groups ! !
the portions shaded in red are the R groups. Although the R group of H 3N C H H 3N C H
idrogeno: C H3N" C H H N C H H 3N C
SH NH2 COO ! "
H 2N CH 2 COO COO" 3 COO"
H
- CHH
non
3 !
è Hcarica ! CH H CH2 ! CH
eine Lysine Arginine Histidine 3N C 2CH H
CH3N C H C H 3N C H
- Tyrosine
priva di centri
2
CH3 CH3!
aliphatic side chain with a distinctive cyclic structure. The tional group in some enzymes.
Glycine Alanine
andditryptophan
H
simmetria.
Proline
H 2N
CH3 Valine
CH 2
CH
secondary amino (imino) group of proline residues is are significantly more polar Lathan phenylalanine,
prolina è un imminoacido because
che H 2C CH 2
CH3 CH3
è praticamente circolarizzato, con un anello
held in a rigid conformation that reduces the structural of the tyrosine hydroxyl groupCOO and
"
the
Glycine ! nitrogen
COO "
of
Alanine !the COO "
Proline Valine
OH
COO "
Negatively charged R groupsproline. pirrolidinico. !
flexibility of polypeptide regions containing tryptophan indole ring. H3N C H H3N C H H3N C H
Phenylalanine Tyrosine
C H COO" COO" Tryptophan and tyrosine, Cand H2 to a muchH C Clesser
H3 COOex-
" CH2 COO" COO"
Aromatic R Groups HPhenylalanine,
! tyrosine, and tryp-
! tent phenylalanine, absorb ultraviolet
CH lightH23(Fig.
CH N C 3–6;
! !
H CH2H3N C H
!
H3N C H
CH2 3N C H H 3N C H
tophan, with their aromatic side chains, are relatively Box 3–1). This accounts for the CH3
CH3 characteristic CH3 strong ab- S
CH2 H C CH3 PositivelyCcharge H2
CH
nonpolar
2 CH2 All can participate
(hydrophobic). CH2 in hy- sorbance of light by most proteins at a wavelength of CH3
CH COO
CH
"
COO
CH
 Amminoacidi non proteici.
Amminoacidi proteici postsintetici.
Allo stato libero o incorporati in brevi peptidi esistono degli
Il codice genetico che risiede nel DNA codifica per le varie proteine amminoacidi che, non riscontrandosi mai nelle proteine, vengono
con gli amminoacidi normali. chiamati amminoacidi non proteici.
Tuttavia, dopo essere state sintetizzate le proteine possono andare Se ne rammentano alcuni:
incontro a successive modificazioni sui loro residui, ad opera di
specifici enzimi, per cui quegli amminoacidi sono detti postsintetici. -
citrullina e ornitina: partecipanti al ciclo dell’urea. L’ornitina è
l’omologo inferiore della lisina.
Alcune di queste modificazioni sono: - Omocisteina: omologo superiore della cisteina, da cui deriva
8885d_c03_081 12/23/03 10:21 AM Page 81 mac111 mac111:reb:
- cistina: formazione di ponti disolfuro tra due cisteine la metionina.
- idrossiprolina: idrossilazione di residui di prolina - Acido amminobutirrico (GABA): prodotto di
- idrossilisina: idrossilazione di residui di lisina. decarbossilazione dell’acido glutammico, è un
- Acido carbossiglutammico: viene aggiunto un ulteriore neurotrasmettitore.
carbossile sul terminale del glutammato. - ß-alanina: è isomero dell’alfa alanina, contenuto nell’acido
- Fosfoserina, fosfotreonina, fosfotirosina: vengono Fosforilazione degli aminoacidi
3.1 Aminopantotenico.
Acids 81
fosforilate con legame fosfo-estere sui loro ossidrili.
H FIGURE 3–8 Uncommon amino acids. (a) Some uncommon amino
acids found in proteins. All are derived from common amino acids.
HO C CH2
Extra functional groups added by modification reactions are shown in
H2C !
CH COO" red. Desmosine is formed from four Lys residues (the four carbon back-
N bones are shaded in yellow). Note the use of either numbers or Greek
H H letters to identify the carbon atoms in these structures. (b) Ornithine
4-Hydroxyproline and citrulline, which are not found in proteins, are intermediates in
the biosynthesis of arginine and in the urea cycle.
!
H3N CH2 CH CH2 CH2 CH COO"
OH !
NH3
5-Hydroxylysine
O O
HO C "
O C
CH3 NH CH2 CH2 CH2 CH2 CH COO" !
H2N C H H 3N C H
!
NH3
6-N-Methyllysine R R
Nonionic Zwitterionic
form form
COO"
FIGURE 3–9 Nonionic and zwitterionic forms of amino acids. The
OOC
"
CH CH2 CH COO" nonionic form does not occur in significant amounts in aqueous so-
NH3 !
lutions. The zwitterion predominates at neutral pH.
# -Carboxyglutamate

!
H3N COO"
Amino Acids Can Act as Acids and Bases 15
CH
! (CH2)3 ! When an amino acid is dissolved in water, it exists in so-
H3N NH 3
lution as the dipolar ion, or zwitterion (German for
CH (CH ) (CH ) CH
 OOC CH CH2 CH COO CH2 CH COO
Gli ormoni tiroidei 2
(CH )
2 4 H H
Glutamate
CH R C COO " R C COO" ! H!
!
H3N PLP
COO" N! Tryptophan Corso di Biochimica  31 
glutamate
Desmosine H NH3 NH2
decarboxylase CO2 Zwitterion

HSe CH2 CH COO""

Tetrahydrobiopterin
8885d_c03_083 Proprietà
12/23/03 elettrochimiche
10:21 AM Page 83degli amminoacidi.
mac111 mac111:reb:

NH3 or a base (proton acceptor):

O2
!
NH3 tryptophan Titolazione
(a) !
OOC Selenocysteine
CH2 CH2 CH2 hydroxylase H H
H2O Gli amminoacidi sono anfoliti, ovvero dotati di:
!-Aminobutyrate RDihydrobiopterin
C COO" ! H! R C COOH
(GABA) - un gruppo acido, il carbossilico
3.
!
NH3 - unNH
!
gruppo
3 basico, il gruppo amminico.
! Zwitterion"
H3N CH2 CH2 CH2 CH COO" NH3 !
NH
!
NH3 NH 2 From the titration curve of
!
NH3
Substances CH having this COO
dual !nature 3 are
amphoteric
Ornithine
"
2 CH pK pK2 several important pieces of info
NH3
1

and are often called ampholytes CH

(from CH2
“amphoteric CH2
HO 2
quantitative measure of the pKa
electrolytes”). A simple monoamino COOH
monocarboxylicCOO
!-# COO# izing groups: 2.34 for the OCO
CH2 CH COO! 21
H2N C N CH2 CH2 CH2 CH COO "
amino acid, such as alanine, is a diprotic acid when fully the ONH! 3 group. Note that
13
N
protonated—it has 5-Hydroxy-
two groups, the OCOOH
Glycine group and glycine is over 100 times more
O H !
NH3 H
(b) N NH Citrulline ized) than the carboxyl group o
the ONH! 3 group, tryptophan
that can yield protons: pK2 " 9.60
we saw in Chapter 2, has a pKa
Histidine aromatic PLP for a carboxyl group attached
amino acid H H! H H! H stituted aliphatic hydrocarbon.
PLP decarboxylase CO2
histidine R C COOH R C COO " R C COO " glycine is caused by repulsion
(Fig. 3–8b) deserve special note because they are key proton and the nearby positivel
decarboxylase CO NH3 NH3 7 NH2
intermediates (metabolites) in2 the biosynthesis of argi-
! !
Net " on the !-carbon atom, as descri
nine (Chapter 22) and in the urea" cycle (Chapter 18). charge: !1 NH3 pH
0 "1 pI " 5.97 opposite charges on the resulti
NH3 lizing, nudging the equilibrium f
CH2 CH2
pK 2.34 ilarly, the pKa of the amino group
HO 1 "
CH2 CH2 downward relative to the averag
This effect is due partly to the
N atoms in the carboxyl groups, w
N NH
H trons toward them, increasing th
Histamine Serotonin 0 group to give up a proton. Hen
0 0.5 1 1.5 2 has a pKa that is lower than tha
OH# (equivalents) such as methylamine (Fig. 3–1
FIGURE 3–10a Titration of an amino acid. Shown here is the titration
any functional group is greatly
Quindi, seconda del pH della soluzione possono associarsi o
environment, a phenomenon som
FIGURE 22–29 Biosynthesis of some neurotransmitters from amino curve of 0.1 M glycine at 25 $C. The ionic species predominating at
dissociarsi a protoni:
key points in the titration are shown above the graph. The shaded active sites of enzymes to prom
acids. The key step is the same in each case: a PLP-dependent de- reaction mechanisms that depen
boxes, centered at about pK1 " 2.34 and pK2 " 9.60, indicate the re-
carboxylation (shaded in pink). gions of greatest buffering power. values of proton donor/accep
22
residues.

This simple gaseous substance diffuses readily through pKa 2 4 6 8 10

 - se il pH < pK1, ovvero in una soluzione acida, quindi ricca di
protoni, gli amminoacidi sono protonati.
- se il pH > pK2, in una soluzione povera di protoni, gli
amminoacidi sono deprotonati.
il punto isoelettrico corrisponde al valore del pH in cui l’amminoacido
si trova in forma dipolare, o anfoione, in cui la carica risultante è
neutra.
In una titolazione, si può osservare che in un amminoacido semplice
(monoamminico e monocarbossilico) la curva si presenta come una
curva simmetrica a doppio flesso, che è proprio in pK1 e pK2:
- il pI è il centro di simmetria della curva.
- Si può determinare con la semisomma di pK1 e pK2.
- L’amminoacido esplica una forte azione tamponante nell’ambito
dei due punti di viraggio pK1 e pK2.
Equazione di Handersonn-hasselbach.
L’equazione di Henderson-Hasselbach, per gli amminoacidi è la
seguente:
[R − COO− ]
pH = pK1 + log
[R − COOH]
Questa equazione permette di conoscere:
- pK: se sono note le concentrazioni delle diverse forme di
aminoacido
€ L’elettroforesi di amminoacidi o proteine viene eseguita
- rapporto tra ione carbossilato e gruppo carbossilico: con
pH e pK noti.
Le medesime considerazioni si possono fare per determinare il pK2,
relativo cioè al gruppo amminico e al rapporto tra ione ammonio e
gruppo amminico.
La dissociazione è fortemente influenzata dalla coesistenza di due
gruppi sensibili alla protonazione o alla deprotonazione, quindi i valori
di pK sono differenti a quelli delle basi o degli acidi omologhi
corrispondenti.
Quando gli amminoacidi sono legati tra loro con legami carboamidici
nelle catene peptidiche non possono avere i gruppi aminici e
carbossilici protonati o deprotonati:
- solamente i residui R e gli aa terminali possono avere carica
- i pK degli R ionizzati differiscono sensibilmente tra
l’amminoacido libero e in catena a causa delle interazioni con i
gruppi vicini.
Elettroforesi.
Un amminoacido sottoposto ad un campo elettrico migra verso il
catodo (-) o verso l’anodo (-) secondo la sua natura e la quantità delle
sue cariche:
- su questo principio si basa la separazione detta elettroforesi.
- Ponendo il pH della soluzione al valore del punto isoelettrico di
un aa questo non si muove poiché ha carica nulla.
- Migrano verso il catodo gli aa a carica positiva
- Migrano verso l’anodo gli aa a carica negativa.
La carica elettrica di un amminoacido, la sua mobilità nel mezzo o
soluzione se sottoposto a campo elettrico dipende dal pH della
soluzione:
- a pH inferiore al pI di un amminoacido, questo migra al
catodo, poiché ha una carica positiva
- a pH superiore al pI un amminoacido migra all’anodo.
immobilizzando la soluzione tampone su un supporto (carta da filtro,
struscia di cellulosa, gel, ecc…):
- si immerge la carta nella soluzione
- si applica potenziale ai due elettrodi
- gli amminoacidi si pongono su una estremità (quella positiva a
pH basso o quella negativa a pH alto).
- Quando questi si sono spostati si visualizzano mediante
reagenti.
 residues in proteins contain an !-carboxyl linked to form tetrapeptides, pentapeptides, and so
group, an !-amino group, and a distinctive R forth. When a few amino acids are joined in this fash-
group substituted on the !-carbon atom. The ion, the structure is called an oligopeptide. When many
!-carbon atom of all amino acids except glycine amino acids are joined, the product is called a polypep- Corso di Biochimica  33 
is asymmetric, and thus amino acids can exist tide. Proteins may have thousands of amino acid
in at least two stereoisomeric forms. Only the residues. Although the terms “protein” and “polypep-
stereoisomers, with
Riconoscimento eL determinazione deglia amminoacidi.
configuration related to tide” are sometimes used interchangeably, molecules re-
Il riconoscimentothe absolute
degli configuration
amminoacidi ofuna
presenti in themiscela
reference
si ferred to as polypeptides generally have molecular
I peptidi
molecule L-glyceraldehyde,
effettua con cromatografia su carta. are found in weights below 10,000, and those called proteins have
proteins. higher molecular
Il legame weights. o legame peptidico.
carboamidico
La determinazione degli amminoacidi liberati viene fatta su
su Other,
cromatografia ■ resine less common
a scambio amino acids also occur,
ionico. Figure 3–14 shows the structure of a pentapeptide.
Gli amminoacidi possono legarsi tra loro per formare strutture più
either as constituents of proteins (through As complesse:
already noted, an amino acid unit in a peptide is often
Cromatografia sumodification
carta. of common amino acid residues called a residue (the part left over after losing a hydro-
gen atom- peptidi:
from itsstrutture con meno
amino group and di 50hydroxyl
the aa. moi-
after
La cromatografia su protein
carta si basasynthesis) or diasripartizione:
sul principio free metabolites. - Proteine: numero superiore ai 50 aa.
ety from its carboxyl group). In a peptide, the amino
■ Amino acids are classified into five types on the
- estrazione frazionata di una fase acquosa mediante una fase Il legame
acid residue che si instaura
at the end withtraa ifree
diversi L-amminoacidi
!-amino si forma con
group is the
basis of the polarity and charge (at pH 7) of
organica apolare l’eliminazione di una molecola d’acqua tra il gruppo carbosilico e il
amino-terminal (or N-terminal) residue; the residue
- their R degli
per la separazione groups.
aa si usano miscele più o meno gruppo amminico dell’altro.
complesse di acqua e alcoli.
■ Amino acids vary in their acid-base properties
o L’acqua, in quanto permea nella cellulosa forma la fase R1 H R2
and have characteristic titration curves.
stazionaria.
Monoamino
o Gli alcoli, formano monocarboxylic
la fase mobile,amino acids
che fatto (with
passare
"
H3N CH C OH " H N CH COO!
nonionizable R groups) are diprotic acids
sulla "fase stazionaria trascina con sé gli amminoacidi O
con (differenti
H3NCH(R)COOH)
velocità at low pH and exist in
- Si pone unaseveral
goccia different ionic
di soluzione forms as ilthe
contenente pH is
campione H2O H2O
amminoacidicoincreased. Aminodella
sul margine acids with ionizable R groups
carta-
- Si imbeve l’estremità della goccia
have additional con la fase
ionic species, mobile: on the
depending R1 H R2
o Gli amminoacidi si muovono con velocità
pH of the medium and the pKa of the differenti dalla
R group. "
fase mobile H3N CH C N CH COO!
o Il rapporto tra la distanza percorsa da un aa e il fronte
del solvente costituiscono i valori Rf. O
- 3.2 Peptides
A corsa conclusa and Proteins
gli amminoacidi vengono spruzzati di
ninidrina, in modo da colorare le macchie sul foglio. FIGURE 3–13 Formation
il dipeptide of a peptide
che si viene bond può
a formare by condensation. The !- stringere
successivamente
We now turn to polymers of amino acids, the peptides amino group of one amino acid (with R2
group) acts as a nucleophile
ulteriori legami negli estremi amminici e carbossilici liberi fino a poter
A questo punto si è conclusa
and proteins. una cromatografia
Biologically occurring monodimensionale.
polypeptides range to displace theuna
hydroxyl group of another amino acid (with R1 group),
formare catena polipeptidica.
in size from small to very large, consisting
La bidimensionale prevede di far migrare le macchie anche ofsull’altra
two or forming a peptide bond (shaded in yellow). Amino groups are good
Il legame carboamidico è stabile:
direttrice delthree
foglio,tocon
thousands of linked
il medesimo amino acid
procedimento, per residues. Our nucleophiles, but the hydroxyl group is a poor leaving group and is
focus is on the fundamental chemical properties of these
un’identificazione più corretta. - displaced.
not readily non consente alcuna libertà
At physiological di reaction
pH, the rotazione ai gruppi
shown does atomici
polymers. not occur- toha
anystruttura
appreciableplanare,
extent. poiché i due atomi giacciono sullo stesso
piano.
 - La causa di detta stabilità è la risonanza con la struttura doppio Peptidi naturali
legame.
Si considerano peptidi naturali quelli sintetizzati come tali, ma non
o La lunghezza di legame è infatti intermedia tra un
quelli derivanti dall’idrolisi parziale delle proteine.
legame singolo e uno doppio, 1,32 Å.
I peptidi naturali sono una classe decisamente eterogenea non
Ai legami adiacenti, invece è consentita una ampia libertà di rotazione
solamente per le dimensioni della molecola, ma anche per il tipo di
per cui, nonostante la rigidità del legame carboamidico, le catene
catena:
possono assumere le conformazioni steriche caratteristiche delle
strutture terziarie delle proteine: - rettilinea
- circolare
- angolo Φ: corrisponde al legame tra NH-CαHR
- ramificata.
- angolo Ψ: è il legame successivo CαHR-CO.
Glutatione (GSH)
Oligopeptidi e polipeptidi.
Il glutatione è un tripeptide costituito da:
Per convenzione, una catena amminoacidica ha una direzionalità:
- acido glutamico,
- inizia con il gruppo aminico libero. - cisteina
- termina con il gruppo carbossilico libero. - glicina.
Per indicare un amminoacido inserito in una catena carbossilica si
La particolarità più spiccata riguardo al glutatione (GSH) è che l’acido
utilizza il termine residuo, che indica che avendo fatto il legame
glutammico non si lega con il carbossile in α, ma con quello in γ,
peptidico hanno perso una molecola d’acqua e ciò che è nella catena è
ovvero il COO- sulla catena laterale.
ciò che resta dell’aa originario.
Il glutatione, è solitamente caratterizzato dallo stato ridotto dal gruppo
Il legame peptidico avviene sempre in posizione trans tra –O e –H:
tiolico presente sulla cisteina:
- fanno sì che i residui laterali non si respingano tra loro per
- può essere facilmente ossidato in maniera reversibile
ingombro reciproco.
- il fatto che il gruppo tiolico formi un ponte disolfuro con un altro
Le sequenze di amminoacidi, brevi o lunghe che siano, sono codificate zolfo
geneticamente: o fa si che il glutatione possa fungere nelle cellule da
tampone solfidrico,
- la più lunga proteina codificata è la titina, proteina presente a
 proteggendo e proteine e altri composti
livello muscolare, di natura fibrosa, che occupa mezzo
ossidabili dall’azione di perossidi o radicali liberi
sarcomero.
dell’ossigeno.
- La sequenza degli amminoacidi, compreso l’ordine, è molto
- Ricco il sangue (protegge l’integrità dei globuli rossi) e presente
rilevante per la specificità della proteina.
nel cristallino.
 Glycine
ATP

glutathione
synthetase
Corso di Biochimica  35 
ADP " Pi

!-Glu Cys Gly

"
NH3 O O
#
OOC CH CH2 CH2 C N CH C N CH2 COO#
Le proteine
H CH2 H
SH
Introduzione.
Glutathione (GSH)
(reduced) In tutti gli organismi viventi le proteine sono la classe di molecole più
abbondanti, costituendo circa il 50% del peso secco.

(b) !-Glu–Cys–Gly Le proteine sono costituite da catene di tutti i 20 amminoacidi descritti,

ciascuno dei quali si ripete un numero più o meno elevato di volte:
S
- le differenze delle catene riguardano la lunghezza e le posizioni
S relative degli amminoacidi.
!-Glu–Cys–Gly
In base alla composizione le proteine si distinguono in:
Glutathione (GSSG)
atine. Crea-
(oxidized) - semplici: costituite solamente di amminoacidi
d methion-
- complesse: composte anche da porzioni glucidiche, organiche
precursors FIGURE 22–27 Glutathione metabolism. (a) Biosynthesis of glu-
(es. eme), lipidiche, ecc…
tathione. (b) Reduced form of glutathione.
Gramicidine
in base alla struttura si distinguono proteine:
Le gramicidine sono tipici antibiotici proteici. La gramicidina S è un
composto di origine batterica e contiene anche amminoacidi della serie - fibrose: collagene, miosina, actina, ecc…
D: - globulari: la maggior parte.

- è ciclico La classificazione funzionale prevede un alto numero di classi:

- gli amminoacidi terminali sono impegnati in legami carboamidici
con le teste degli altri aa.
- La struttura ciclica permette di formare dei pori nella
membrana batterica, che permettono il passaggio di ioni:
o Alterando il gradiente ionico del batterio, lo si stermina.
- enzimi: tutti gli enzimi sono generalmente proteine.
- Trasporto: numerose sostanze vengono trasportate tra i
tessuti, tra le cellule dello stesso tessuto o all’interno della
stessa cellula attraverso delle proteine carrier.
o Emoglobina: trasporta ossigeno
o Lipoproteine ematiche: trasportano i trigliceridi e altri
lipidi.
o Albumina: trasporta gli acidi grassi.
 o Proteine di membrana: sono adibite al trasporto di
sostanze inorganiche e organiche attraverso le
membrane.
- Deposito: funzioni di deposito aspecifico o specifico. La
ferritina è adibita al deposito del ferro, la caseina al deposito
degli amminoacidi nel latte.
- Protezione: numerose proteine di protezione quali gli
anticorpi o il fibrinogeno, responsabile della coagulazione del
sangue.
- Contrazione: le proteine contrattili dei muscoli, actina e
miosina, sono proteine fibrose.
- Regolazione ormonale: numerosi ormoni di natura proteica
(insulina, glucagone, paratormone, ecc…)
- Funzione strutturale: collagene ed elastina, componenti del
tessuto connettivo.
- Regolazione genica: proteine che agiscono a livello del nucleo
per regolare trascrizione, replicazione e traduzione.
- Ricezione e trasduzione dei segnali: proteine che captano
segnali esterni specifici e trasducono risposte interne.
Proprietà principali delle proteine.
Solubilità e precipitabilità.
La solubilità delle proteine in acqua dipende dal rapporto tra i gruppi
polari e non polari dei residui degli amminoacidi costituenti la proteina:
- più residui polari sono presenti più è elevata la solubilità
- normalmente i residui polari sono esposti all’esterno in
soluzione acquosa, mentre quelli apolari si richiudono
all’interno della proteina per non entrare in contatto con il
mezzo acquoso.
- A titolo esemplificativo:
o Proteine globulari sono altamente solubili
o Proteine fibrose scarsamente solubili.
Azione dei sali inorganici.
La solubilità in acqua delle proteine è notevolmente influenzata dal pH
e dalla presenza di elettroliti:
- i sali neutri, come i cationi bivalenti, hanno la proprietà di
modificare sostanzialmente la solubilità delle proteine.
Salting in: è l’effetto di incremento della solubilità delle proteine in
basse concentrazioni di sali:
- dovuto all’interazione degli ioni salini con i residui
amminoacidici carchi, con conseguente riduzione
dell’interazione proteina-proteina.
Salting out: è l’effetto di diminuzione della solubilità in acqua delle
proteine in soluzioni ad alta concentrazione salina:
- l’acqua che dovrebbe idratare le proteine è sequestrata dal
sale.
Azione dei solventi apolari.
I solventi apolari causano nelle proteine l’effetto di precipitazione
frazionata, così come alte concentrazioni di sali:
- solventi apolari miscibili con acqua abbassano la costante
dielettrica del mezzo acquoso
- le forze repulsive intermolecolari diminuiscono e le proteine si
aggregano, precipitando.
Influsso del pH.
Anche il pH di una soluzione in cui sono immerse proteine influisce
notevolmente sulla solubilità.
La solubilità minima di una proteina è in corrispondenza del punto
isoelettrico (pH=pI):
- la carica della proteina è nulla a qual valore di pH, quindi le
repulsioni molecolari sono minime
- le proteine si aggregano e precipitano (precipitazione
isoelettrica).
 Corso di Biochimica  37 

Tuttavia la precipitazione isoelettrica non comporta denaturazione,
così come quella salina.
Precipitazione per denaturazione.
Quando non interessa avere proteine all’interno di una soluzione
acquosa, per analizzare i metaboliti, ad esempio, si utilizzano
alternativamente:
- denaturanti acidi (acido tricloroacetico, acido perclorico o
acido fosfotungstico)
- ioni di metalli pesanti in ambiente alcalino.
Le proteine vengono irreversibilmente denaturate con entrambe le
metodiche e non sono più recuperabili.
Chiaramente si può dedurre che:
- proteine con alto numero di amminoacidi basici hanno pI
elevato
- proteine con molti residui acidi hanno un pI molto basso.
Generalmente la maggior parte delle proteine ha pI compreso tra 4,5 e
6,5, cioè inferiore al pH del sangue:
- sono presenti nell’organismo come anioni, che sono proteinati
di cationi (sodio, potassio, ecc…)
- chiaramente svolgono un azione tampone, poiché ricevono le
cariche positive dei cationi.
o L’unico residuo in grado di accettare o cedere protoni a
pH 7 è l’istidina, il responsabile dell’azione tampone.

Proprietà elettrochimiche. Elettroforesi.

L’elettroforesi è un metodo di separazione delle proteine basato sulla
Punto isoelettrico. proprietà che hanno di migrare verso l’anodo o il catodo ad un dato
pH:
Le proteine sono dotate di un numero variabile di cariche elettriche,
localizzate: - pI superiore pH: le proteine sono dotate di carica positiva e
migrano al catodo
- sugli amminoacidi ionizzabili
- pI inferiore pH: le proteine hanno carica negativa e migrano
- in corrispondenza dei terminali amminici e carbossilici.
all’anodo.
Il numero e la natura di queste cariche dipende dal pH del mezzo: - pI uguale pH: le proteine hanno carica nulla e non si muovono.
- si definisce punto isoelettrico (pI) di una proteina il pH in La velocità di migrazione V di una proteina è proporzionale:
corrispondenza del quale la proteina ha carica netta pari a
- forza del campo elettrico (E).
zero,
- cariche elettriche della proteina (Z)
- ovvero la somma delle cariche positive eguaglia quella delle
- inversamente proporzionale alla resistenza frizionale che si
cariche negative.
oppone alla migrazione (f).
In corrispondenza del punto isoelettrico le proprietà dipendenti dallo
EZ
stato di ionizzazione (solubilità in acqua e conduzione elettrica, ecc..) V=
sono minime: f
- pH superiore a pI: la proteina ha carica negativa. ad un determinato pH proteine differenti migrano in modo differente,
- pH inferiore a pI: la proteina ha carica positiva. separandosi.
€
8885d_c03_093 1/16/04 6:48 AM Page 93 mac76 mac76:385_reb:

3.3 Working with Proteins 93

Alcuni metodi per la determinazione del peso molecolare sono:
- ultracentrifugazione: si calcola la velocità di sedimentazione
di una proteina sottoposta a forze gravitazionali molto elevate.
Sample
–
- Cromatografia di esclusione molecolare: è una particolare
Well
applicazione della filtrazione su gel. Basato sulla capacità della
proteina di entrare in un determinato composto di destrano.
Direction
of
migration
Isolamento e criteri di purezza di una proteina.

+
I processi come elettroforesi, ultracentrifugazione, cromatografia sono
impiegati normalmente per isolare una proteina da un sistema più o
meno complesso e anche per stabilire il suo grado di purezza:
(a) (b)
- una proteina è pura se forma un unico picco durante
FIGURE 3–19 Electrophoresis. (a) Different samples are loaded in tein (or protein subunit); smaller proteins move through the gel more
wells or depressions at the top of the polyacrylamide gel. The proteins rapidly than larger proteins and therefore are found nearer the bottom l’ultracentrifugazione o un’unica banda dopo elettroforesi.
move into the gel when an electric field is applied. The gel minimizes of the gel. This gel illustrates the purification of the enzyme RNA poly-
convection currents caused by small temperature gradients, as well as merase from E. coli. The first lane shows the proteins present in the
protein movements other than those induced by the electric field. crude cellular extract. Successive lanes (left to right) show the proteins
(b) Proteins can be visualized after electrophoresis by treating the gel present after each purification step. The purified protein contains four Cromatografia di affinità.
with a stain such as Coomassie blue, which binds to the proteins but subunits, as seen in the last lane on the right.
not to the gel itself. Each band on the gel represents a different pro- La cromatografia di affinità è applicabile a proteine che si legano ad
uno specifico ligando:
Isoelectric focusing is a procedure used to de- ture is applied, each protein migrates until it reaches
Peso
termine molecolare.
the isoelectric point (pI) of a protein (Fig. the pH that matches its pI (Table 3–6). Proteins with
- il ligando viene legato covalentemente su una matrice
3–21). A pH gradient is established by allowing a mix- different isoelectric points are thus distributed differ-
Le proteine hanno peso molecolare (PM) elevato e molto variabile
ture of low molecular weight organic acids and bases ently throughout the gel. insolubile (agarosio, poliacrilammide, destrano, ecc…)
(ampholytes; p. 81) to distribute themselves in an elec- Combining isoelectric focusing and SDS electropho-
all’interno della classe:
tric field generated across the gel. When a protein mix- resis sequentially in a process called two-dimensional - si riempie con esso una colonna cromatografica lungo la quale
si fa colare la soluzione che contiene la proteina che si vuole
- da 13000 dalton del 1 citocromo
2 C (1D = peso di un atomo di
FIGURE 3–20 Estimating the molecular weight of a protein. The isolare.
–
idrogeno). electrophoretic mobility of a protein on an SDS polyacrylamide gel
- Mentre la proteina si legherà ai ligandi, il solvente con le sue
is related to its molecular weight, M . (a) Standard proteins of
- ai 2'800’00 Dalton dell’emocianina
Myosin 200,000
di Octopus.
known molecular
r
weight are subjected to electrophoresis (lane 1). altre componenti scorrerà via.
These marker proteins can be used to estimate the molecular
Il numero b-Galactosidase
medio di 116,250amminoacidi in una proteina
weight of an unknown si ottiene
protein (lane 2). (b) dividendo il
A plot of log M of the r
- Successivamente si stacca la proteina mediante un eluente
pesoGlycogen
molecolare
phosphorylase bper
97,400
marker proteins versus relative migration during electrophoresis is
110, dove questo numero
linear, rappresenta
which allows the molecular weight of theilunknown
pesoprotein capace di promuoverne la dissociazione dal ligando.
medio Bovine
di un amminoacido, calcolato: to be read from the graph.
serum albumin 66,200

-
Ovalbumin 45,000
tra gli amminoacidi che costituiscono le proteine più comuni Immunoelettroforesi.
Carbonic anhydrase 31,000
- diminuito del peso di una molecola d’acqua che viene eliminata
Unknown
protein Un anticorpo prodotto contro una determinata proteina reagisce
durante la formazione
Soybean trypsin inhibitor 21,500
del legame peptidico.
log Mr

Lysozyme 14,400 specificamente con questa proteina formando un complesso antigene-

Il peso molecolare di una proteina è fondamentale per la sua anticorpo:
caratterizzazione e per+ laMcomprensione
Unknown
della sua struttura e della sua - gli anticorpi sono sensibili alle differenze della struttura
r
funzione.
(a) standards protein (b) Relative migration
dell’antigene proteico,

- i metodi chimici e fisici raramente hanno tale specificità.
La proprietà della specificità anticorpale è utilizzata nel procedimento
dell’immunoelettroforesi:
- si attua una normale elettroforesi zonale su gel, basata sul
peso
- si fa scorrere sul gel un siero contenente gli anticorpi specifici:
o dove gli anticorpi incontrano la proteina specifica
compare una zona di precipitazione ad arco, che indica
la presenza della proteina.
Le proteine possono essere determinate anche in quantità minime
mediante l’utilizzo degli anticorpi monoclonali, con varie tecniche
quali:
- ELISA
- Western Blotting
Con anticorpi marcati è possibile riconoscere e localizzare una
proteina mediante microscopia a fluorescenza o immunoelettronica.
Idrolisi delle proteine.
L’idrolisi delle proteine è la loro completa scissione negli
amminoacidi costituenti, mediante la rottura di tutti i legami
carboamidici.
Idrolisi chimica.
L’idrolisi chimica può essere effettuata mediante acidi o alcali.
Nell’idrolisi acida si utilizza un acido molto forte e concentrato (es.
HCl a 6M) a temperatura di 110°:
- devono restare in tali condizioni per un periodo di 18-24 ore.
- Vengono distrutti il triptofano, la cistina e gran parte delle
cisteine.
- I residui di asparagina e glutammina vengono convertiti in acido
aspartico e acido glutammico.
Corso di Biochimica  39 
L’idrolisi alcalina consente il recupero del triptofano, ma danneggia
altri amminoacidi.
Idrolisi enzimatica.
Alcuni enzimi di origine batterica sono capaci di idrolizzare
specificamente qualsiasi legame carboamidico e quindi di scindere in
amminoacidi le proteine:
- con l’idrolisi enzimatica non si ha danneggiamento degli
amminoacidi.
Organizzazione strutturale delle proteine.
Tutte le proteine sono caratterizzate da:
- struttura primaria
- struttura conformazionale (secondaria e terziaria)
- struttura quaternaria.
La conoscenza di una struttura proteica è la premessa necessaria per
la comprensione del rapporto struttura-funzione della proteina stessa.
Struttura primaria.
Per struttura primaria si intende la sequenza degli amminoacidi nelle
catene peptidiche che costituiscono una proteina.
Numero delle catene polipeptidiche.
Poiché ogni catena polipeptidica possiede alle due estremità un
amminoacido N-terminale e uno C-terminale, il numero delle catene
costituenti una proteina può essere desunto dal numero degli
amminoacidi terminali.
 Amminoacidi N-terminali. - può essere distinto applicando una cromatografia su carta.
Gli amminoacidi N-terminali possono essere riconosciuti mediante Un altro metodo è quello di Edman, che ha il vantaggio di staccare
8885d_c03_098 un 12/23/03
composto10:25 chimico
AM Page 98capace di formare un legame covalente con il N-
mac111 mac111:reb: l’amminoacido N-terminale lasciando intatta la catena polipeptidica
terminale molto più stabile di un legame carboamidico: (senza idrolisi):
- per idrolisi acida della proteina, l’amminoacido N-terminale - il reattivo utilizzato è fenilisotiocianato, che reagendo con
98
viene rilasciato legato al composto
Chapter 3 Amino Acids, Peptides, and Proteins
l’amminoacido N-terminale forma la feniltioidantoina
- diventa quindi riconoscibile mediante cromatografia su carta. - è riconoscibile cromato graficamente.
Il metodo Edman è utilizzato in un processo automatizzato di
degradazione ricorrente in una macchina denominata sequenator:
Polypeptide NO 2 NO 2 - vengono staccati uno alla volta gli N-terminali
NO2
- si può determinare la sequenza reiterando questo processo e
FDNB
NO 2
NO 2 NO 2 separando ordinatamente gli amminoacidi.
NH NH
F
6 M HCl
Free Identify amino-terminal
R1 CH R1 CH ! amino
(a)
C O COO"
acids
residue of polypeptide. Amminoacidi C-terminali.
2,4-Dinitro- 2,4-Dinitrophenyl
phenyl
HN
derivative Non esistono, a differenza per il gruppo amminico, marker capaci di
R2 CH of amino-terminal
derivative
of polypeptide residue reagire con il gruppo carbossilico terminale.
C O

Si utilizza un procedimento a base di idrazina (idrazinolisi), che

demolisce tutti i legami carboamidici:

phenylisothio- NH
- nei punti di rottura della catena vi sono legati gruppi amminici.
N cyanate
S C
NH
- L’unico che non appare in forma di idrazide è l’amminoacido C-
C C N
S HN: S N S C C O
Identify amino-terminal
terminale, che può essere separato cromatograficamente.
CF3COOH H+
(b) R 1
CH C CH HN CH residue; purify and recycle
"OH
remaining peptide fragment
C O O R1 R1 through Edman process. Separazione delle catene polipeptidiche.
+
NH2 Anilinothiazolinone Phenylthiohydantoin
R2 CH
derivative of amino
acid residue
derivative of amino
acid residue
Se la proteina è costituita da due o più catene polipeptidiche queste
C O sono in genere tenute unite da legami disolfuro:
R2 R3
! Shortened
PTC adduct
H3N C C N C C
H H H
peptide - possono essere nell’ambito di due catene diverse
O O
- o nell’ambito della medesima catena ripiegata su di sé.
FIGURE 3–25 Steps in sequencing a polypeptide. (a) Identification of
the entire sequence of a peptide. For shorter peptides, this method La rottura di questi legami provoca:
Sanger, per riconoscere la struttura primaria dell’insulina,
the amino-terminal residue can be the first step in sequencing a
alone readily yields the entire sequence,utilizzò
and step (a) il 2,4-
is often omit-
dinitro-1-fluorobenzene (DNFB), che ted.reagisce con
Step (a) is useful in
polypeptide. Sanger’s method for identifying the amino-terminal l’N-terminale
the case a are of-
of larger polypeptides, which - separazione delle catene distinte
residue is shown here. (b) The Edman degradation procedure reveals
ten fragmented into smaller peptides for sequencing (see Fig. 3–27).
formare un complesso DNF-proteina: - distensione di ogni singola catena.
- dopo
To sequence idrolisi
an entire acida della
polypeptide, proteina
a chemical l’amminoacido
the entire N-terminale
process. Each reaction with the siamino- La rottura di questi legami può essere attuata mediante ossidazione
method devised libera
by Pehrcome
Edmandinitrofenilderivato
is usually employed. e emana
terminal un can
amino acid colore giallo to completion
go essentially con acido performico:
The Edman degradation procedure labels and re- without affecting any of the other peptide bonds in the
moves only the amino-terminal residue from a peptide, peptide. After removal and identification of the amino-
leaving all other peptide bonds intact (Fig. 3–25b). The terminal residue, the new amino-terminal residue so
peptide is reacted with phenylisothiocyanate under exposed can be labeled, removed, and identified
mildly alkaline conditions, which converts the amino- through the same series of reactions. This procedure is
terminal amino acid to a phenylthiocarbamoyl (PTC) repeated until the entire sequence is determined. The
adduct. The peptide bond next to the PTC adduct is Edman degradation is carried out on a machine, called
then cleaved in a step carried out in anhydrous trifluo- a sequenator, that mixes reagents in the proper pro-
pletely determined in a day or two. peptide bonds. Some proteases cleave only the peptide
bond adjacent to particular amino acid residues (Table
Large Proteins Must Be Sequenced 3–7) and thus fragment a polypeptide chain in a pre-
dictable and reproducible way. A number of chemical
in Smaller Segments
reagents also cleave the peptide bond adjacent to spe-
The overall accuracy of amino acid sequencing gener- cific residues.
ally declines as the length of the polypeptide increases. Among proteases, the digestive enzyme trypsin cat- Corso di Biochimica  41 
The very large polypeptides found in proteins must be alyzes the hydrolysis of only those peptide bonds in
broken down into smaller pieces to be sequenced effi- which the carbonyl group is contributed by either a Lys
ciently. There are several steps in this process. First, the or an Arg residue, regardless of the length or amino acid
protein is cleaved into a set of specific fragments by sequence of the chain. The number of smaller peptides
- ogni legame disolfuro
chemical or enzymatic methods. If any disulfide bonds viene a formare
produced by trypsin due gruppi
cleavage can thussolfonici,
be predicted parti La frammentazione enzimatica utilizza enzimi proteolitici per specifici
di due residui di acido cisteico. legami carbossilici:
Disulfide bond
(cystine) - tripsina: idrolizza i legami a cui partecipano i gruppi –COOH
CH2SH NH O C
della lisina e dell’arginina.
HC CH2 S S CH2 CH
CHOH
- Chimo tripsina: idrolizza i legami carboamidici cui partecipano
CHOH C O HN
CH2SH
con il carbossile gli amminoacidi aromatici (fenilalanina,
Dithiothreitol (DTT)
by redu
tirosina, triptofano).
ation c
dith tion by
oxid mic acid ioth
r reito
perfo l
Ad esempio, ogni peptide separato da tripsina, con la sola eccezione
dell’amminoacido contenente il C-terminale originario, avrà un
NH O O O C NH O C amminoacido terminale contenente lisina o arginina:
HC CH2 S O! !O S CH2 CH HC CH2 SH HS CH2 CH
C O O O HN C O HN - per determinare la sequenza, solitamente si attuano
Cysteic acid
residues acetylation frammentazioni enzimatiche separate con due differenti
by
iodoacetate tipologie di enzimi
NH O C - successivamente si sovrappone la sequenza,
FIGURE 3–26 Breaking disulfide bonds in proteins. Two common
methods are illustrated. Oxidation of a cystine residue with performic HC CH2 S CH2 COO! !OOC CH2 S CH2 CH
acid produces two cysteic acid residues. Reduction by dithiothreitol C O HN
to form Cys residues must be followed by further modification of Acetylated
Separazione e riconoscimento dei peptidi di frammentazione.
the reactive OSH groups to prevent re-formation of the disulfide cysteine
bond. Acetylation by iodoacetate serves this purpose. residues
La mescolanza dei peptidi ricavati viene separata con una
combinazione di due procedimenti, detta elettrocromatografia:
Sequenza degli amminoacidi. 1) elettroforesi: peptidi separati in base alle loro cariche
elettriche facendo fare una corsa elettroforetica in una
Per determinare una sequenza di amminoacidi in una catena
direzione
polipeptidica con la reazione di Edman, la quale non è in grado di
2) cromatografia: si separano ortogonalmente i peptidi
sequenziale più di circa 50 amminoacidi, è necessario prima
sovrapposti in base al loro grado di polarità.
frammentare la proteina in peptidi:
Ne deriva un quadro detto mappa dei peptidi, i quali saranno
- frammentazione chimica
evidenziati mediante ninidrina.
- frammentazione enzimatica.
Questa tecnica consente di individuare le emoglobine patologiche
La framentazione chimica prevede l’utilizzo di bromuro di cianogeno
caratteristiche di alcune malattie.
(BrCN) il quale demolisce i legami a cui partecipa la metionina con il
gruppo carbossilico:
Struttura primaria di alcune proteine.
- demolisce in grandi peptidi che hanno come C-terminale una
metionina. La prima proteina di cui si è determinata la struttura primaria è stata
l’insulina, la quale risulta formata da due catene distinte, A e B:
 - catena A: è ripiegata su sé stessa da un ponte disolfuro - alfa elica
intracatena tra gli amminoacidi in posizione 6 e 11. - foglietto beta
o N-terminale: glicina - tripla elica allungata.
o C-terminale: asparagina
Queste conformazioni, così come quella disordinata, dipendono dalla
- Catena B: è una catena lineare, con 2 cisteine in posizione 7 e
angolatura che possono assumere i legami φ e ϕ che connettono le
19 che formano ponti disolfuro con cisteine in 7 e 20 nella
unità planari carboamidiche con il C-α:
5d_c04_119
catena A
12/30/03 2:13 PM Page 119 mac76 mac76:385_reb:
o N-terminale: fenilalanina - tale angolatura dipende dalla natura dei residui amminoacidici.
o C-terminale: alanina.
Conformazione ad alfa elica.
Struttura conformazionale. La struttura ad α-elica consiste nell’avvolgimento della catena
polipeptidica attorno ad un asse:
Si è scoperto che le proteine possiedono una struttura 4.1 Overview of Protein Structure 119
tridimensionale o conformazione, che è necessaria per svolgere la - passo di spira 5,4 Å
propria attività biologica: - ogni spira contiene 3,6 amminoacidi.
8885d_c04_121 12/23/03 7:44 AM Page 121 mac111 mac111:reb:

O O!"
O" The carbonyl oxygen has a - L’elica
partial negativedestrorsa prevale quasi totalmente ed è molto stabile.
- la conformazione tridimensionale delle proteine è dovuta
chargealla
and the amide nitrogen
- a Ipartial
residuipositive
R sono disposti solitamente all’esterno.
C formazione
C$ di legami
C non covalenti
!# C che tengono
C # Cripiegate lesetting up a small electric dipole.
charge,
Virtually all peptide bonds in proteins occur in è stabilizzata da legami H tra amminoacidi distanti
- La struttura
$ $
C$ N
catene C$
polipeptidiche. N C$ N
4 posizioni,
this trans configuration; an exception is noted in tra i gruppi –NH e -C=O. 4.2 Protein Secondary Structure 121
- LaH conformazione delle H proteine è descritta come
H struttura
Figure 4–8b.
Carbon
terziaria e struttura secondaria. Hydrogen
(a) Amino terminus
Oxygen
Nitrogen
R group
O
R
Carboxyl
1.24 Å terminus
1.46 Å
1.53 Å C Ca w
f

Ca N f w f w 5.4 Å
1.32 Å (3.6 residues)

Amino
terminus
H

N–Ca Ca–C C–N

(b)

Struttura
FIGURE 4–2 The secondaria.
planar peptide group. (a) Each peptide bond has Ca
someA double-bond
seconda dellacharacter due to resonance
natura and cannot
dei residui degli rotate.
amminoacidi costituenti una Carboxyl terminus
(b) Three bonds separate sequential ! carbons in a polypeptide (a) (b) (c) (d)
catena, la struttura secondaria può assumere tre differenti
chain. The NOC! and C!OC bonds can rotate, with bond angles O
conformazioni: N
FIGURE 4–4 Four models of the ! helix, showing different aspects ID 4TNC). Note the positions of the R groups, represented by purple
designated " and #, respectively. The peptide CON bond is not free of its structure. (a) Formation of a right-handed ! helix. The planes spheres. This ball-and-stick model, used to emphasize the helical
O are parallel to the long axis of the helix,
to rotate. Other single bonds in the backbone may also be of the rigid peptide bonds arrangement, gives the false impression that the helix is hollow, be-
depicted C here as a vertical rod. (b) Ball-and-stick model of a right- cause the balls do not represent the van der Waals radii of the indi-
rotationally hindered, depending on the size and charge of the R C
Ca handed ! helix, showing the intrachain hydrogen bonds. The repeat vidual atoms. As the space-filling model (d) shows, the atoms in the
groups. In the conformation shown, " and # are 180% (or " 180%). unit is a singlewturn of the helix, 3.6 residues. (c) The ! helix as viewed center of the ! helix are in very close contact.
As one looks out from the ! carbon, the # and " angles increase as from one end, looking down the longitudinal axis (derived from PDB
Ca
N
 4.2 Protein Secondary Structure Corso di Biochimica
123   43 

La conformazione ad α-elica può essere interrotta da: (a) Antiparallel

The ! Conformation Organizes Polypeptide Chains
- prolina e idrossiprolina: per l’assenza dell’atomo di idrogeno
into Sheets
nel legame carboamidico che interessa il gruppo imminico
Protein
(=NH) non consentono laArchitecture—!
formazione Sheet Pauling
di legami and Corey predicted
idrogeno.
- a second type of repetitive structure,
Altri amminoacidi: a causa dell’ingombro dei R e delle conforma-
the !relative
interazioni. tion. This is a more extended conformation of polypep-
Top view
tide chains, and its structure has been confirmed by
Dove non è possibile unax-rayconformazione elicoidale
analysis. In the si formano
! conformation, the backbone of
segmenti detti random coiled, ovvero avvolti
the polypeptide a caso.
chain is extended into a zigzag rather
Ogni proteina può avere than helical structure
una distribuzione (Fig. 4–7).
e quantità The zigzag polypep-
di eliche
tide chains can be arranged side by side to form a struc-
particolare.
ture resembling a series of pleats. In this arrangement,
Conformazione β. called a ! sheet, hydrogen bonds are formed between
adjacent segments of polypeptide chain. The individual
La conformazione β consistesegments in un’elica
that formallungata
a ! sheetoarea passo
usuallypiù
nearby on the Side view
lungo. Le catene con conformazione
polypeptide chain, but can also beloro
β sono parallele tra e tenute
quite distant from
unite da legami idrogenoeachintercatena:
other in the linear sequence of the polypeptide;
theydimay
- tra gruppi carbonilici una even
catenabe segments in different polypeptide
chains. The
- gruppi amidici di quella parallela. R groups of adjacent amino acids protrude (b) Parallel
from the zigzag structure in opposite directions, creat-
Si vengono così a formare inglethe
caratteristiche strutture
alternating pattern seenainfoglio
the side views in Fig-
pieghettato: ure 4–7.
The adjacent polypeptide chains in a ! sheet can
- i residui R sporgono alternativamente sopra e sotto il piano del
be either parallel or antiparallel (having the same or
foglio. Top view
opposite amino-to-carboxyl orientations, respectively).
- Le catene possono essere tra loro parallele o antiparallele.
The structures are somewhat similar, although the
Nelle proteine fibrose animali la maggior parte delle
repeat period is shorter for the parallel conformation
conformazioni beta sono
(6.5 parallele.
Å, versus 7 Å for antiparallel) and the hydrogen-
- Sono presenti anche in quasi
bonding tutteare
patterns le different.
proteine globulari, come
domini. Some protein structures limit the kinds of amino
acidspieghettato
La conformazione a foglietto that can occur in the dalla
dipende ! sheet. Whenprimaria:
catena two or more
! sheets are layered close together within a protein, the
- favorita da: metionina,
R groups valina,
of theisoleucina.
amino acid residues on the touching sur-
- Destabilizzata da: acido glutammico,
faces must be relatively prolina, asparagina,
small. !-Keratins such as silk Side view
altri). fibroin and the fibroin of spider webs have a very high
content of Gly and Ala residues, the two amino acids
with the smallest R groups. Indeed, in silk fibroin Gly FIGURE 4–7 The ! conformation of polypeptide chains. These top
and Ala alternate over large parts of the sequence. and side views reveal the R groups extending out from the ! sheet
and emphasize the pleated shape described by the planes of the pep-
tide bonds. (An alternative name for this structure is !-pleated sheet.)
! Turns Are Common in Proteins
Hydrogen-bond cross-links between adjacent chains are also shown.
 140 Chapter 4 The Three-Dimensional Structure of Proteins

among biochemists on the application of the three

Struttura a tripla elica allungata.
terms, and they are often used interchangeably. The
La struttura a tripla elica terms
è la struttura
are also tipica
applied deltotropocollagene,
a wide range of l’unità
structures.
fondamentale del collagene. Recognized motifs range from simple to complex, some-
times appearing in repeating units or combinations. A
single large motif may comprise the entire protein. We
Struttura terziaria. (a) ! -"-! Loop "-" Corner
have already encountered one well-studied motif, the
La struttura terziaria delle proteine
coiled coil ofè!-keratin,
l’ulteriorealso ripiegamento delle of other
found in a number
catene alfa e beta tramite proteins.
tratti non avvolti in strutture secondarie,
stabilizzato da legami di variaPolypeptides
natura tra i withresidui more thanamminoacidi:
degli a few hundred amino
acid residues often fold into two or more stable, globu-
- è caratteristica delle lar proteine
units calledglobulari
domains. In many cases, a domain from
- è assente nelle proteine fibrose.
a large protein will retain its correct three-dimensional
I legami che stabilizzano la structure
struttura even when sono
terziaria it is separated (for example, by
di varia natura:
proteolytic cleavage) from the remainder of the (b) Typical connections Crossover connection
- legami elettrostatici: instaurantisi
polypeptide chain. A traprotein
cariche opposte
with multipledeldomains may in an all-! motif (not observed)
gruppo carbossilico dell’aspartato
appear e il gruppo
to have a distinct aminico
globular della
lobe for each domain
lisina, ad esempio.(Fig. 4–19), but, more commonly, extensive contacts be-
- Legami idrogeno:tween es. tra gruppomake
domains carbossilico
individualdidomains
un residuoharddito dis-
aspartato o glutammatocern. Different domains
e l’ossidrile often di
di residui have distinct
tirosina, functions,
serina
o treonina. such as the binding of small molecules or interaction
with other proteins. Small (c) Right-handed connection Left-handed connection
- Interazioni idrofobiche: avvengono tra i proteins
residui usually
degli have only one between ! strands between ! strands
amminoacidi apolari. domain
Hanno(theundomain
ruolo is the protein). nella
fondamentale (very rare)
Folding ofanche
stabilizzazione della molecola, polypeptides
perchéissono subject to an array of
solitamente
physical
rivolti verso l’interno. and chemical constraints. A sampling of the
- Legami disolfuro: contribuiscono a tenere ripiegata la catena an
prominent folding rules that have emerged provides
opportunity to introduce some simple motifs.
polipeptidica e stabilizzare la struttura terziaria.
La conformazione di una proteina dipende
1. Hydrophobic dalle interazioni
interactions make a tra i residui
large contribu-
tionè to
degli amminoacidi, il cui ordine thedalla
dato stability of protein
sequenza structures.
primaria. Burial of
A tal
proposito, la legge di Anfinsenhydrophobic
afferma:amino acid R groups so as to exclude
water requires at least two layers of secondary
- la sequenza specificastructure.
di una proteina ne determina
Two simple motifs, the !-"-! loop and
direttamente la conformazione, quindi la funzionalità.
the "-" corner (Fig. 4–20a), create two layers.
2. Where they occur together in proteins, ! helices
and " sheets generally are found in different (d) ! Barrel Twisted ! sheet
structural layers. This is because the backbone of
a polypeptide segment in the " conformation (Fig. FIGURE 4–20 Stable folding patterns in proteins. (a) Two simple and
4–7) cannot readily hydrogen-bond to an ! helix common motifs that provide two layers of secondary structure. Amino
aligned with it. acid side chains at the interface between elements of secondary struc-
ture are shielded from water. Note that the " strands in the "-!-" loop
tend to twist in a right-handed fashion. (b) Connections between "
strands in layered " sheets. The strands are shown from one end, with
no twisting included in the schematic. Thick lines represent connec-
tions at the ends nearest the viewer; thin lines are connections at the
 Corso di Biochimica  45 

Struttura quaternaria. o Detergenti,

o Variazioni estreme di pH
La struttura quaternaria risulta dall’associazione di subunità
- Può causare anche un’aggregazione intermolecolare che
(protomeri) in strutture oligomeriche attive:
spiega l’aumento della viscosità e la diminuzione della
- struttura quaternaria omogenea: le subunità sono identiche solubilità.
tra loro.
La denaturazione reversibile è una denaturazione che al ritorno delle
- Struttura quaternaria eterogenea: le subunità sono dissimili.
condizioni normali permette alla proteina di ricomporre la propria
L’unione dei protomeri avviene sull’esterno di ognuno di questi, quindi struttura.
attraverso residui polari o carichi (idrofilici):
Si riporta l’esempio delle ribonucleasi:
- i legami sono dunque di natura non covalente.
- proteina di 124 aa capace di idrolizzare gli RNA
- Anche la struttura quaternaria è determinata dagli amminoacidi
- è ripiegata da 4 legami disolfuro.
costituenti i protomeri.
o Tali legami possono essere rotti per riduzione con
o Questi si riassociano per naturale tendenza una volta
mercaptoetanolo.
che le condizioni che ne hanno determinato la
o Per avvenire la denaturazione da mercaptoetanolo è
dissociazione cessano.
necessario che la proteina venga preliminarmente
sgomitolata da un agente denaturante (urea) che
Denaturazione demolisce alcuni legami idrogeno e rende accessibili i
Per denaturazione di una proteina si intende ogni perturbazione ponti disolfuro.
della conformazione nativa, tale da indurne la perdita della funzione - Se per dialisi si allontanano urea e mercaptoetanolo, la
biologica: ribonucleasi riacquista la propria conformazione nativa e la
propria funzione enzimatica.
- implica la rottura delle interazioni che mantengono la
conformazione tridimensionale. La rinaturazione della proteina indica che questa ritorna alla struttura
- Non necessariamente la scissione dei legami carboamidici. termodinamicamente più stabile:
- Proteine denaturate cambiano alcune proprietà chimico-fisiche: - è la forma più vantaggiosa a livello entropico.
o Solubilità - Rende ragione della regola di Anfinsen.
o Viscosità
- Sono maggiormente suscettibili all’idrolisi enzimatica a causa
dello srotolamento della struttura.
La denaturazione è irreversibile se la proteina, mutate le condizioni
denaturanti, non riacquista la conformazione tridimensionale propria:
- può essere indotta da.
o Calore
o Solventi organici
 4.3 Protein Tertiary and Quaternary Structures 145

Twofold proteineThreefold
globulari.
Le proteine globulari sono proteine di forma sferoidale, generalmente
solubili in acqua e caratterizzate da una struttura terziaria e talvolta da
struttura quaternaria:
- costituiscono gran parte delle proteine cellulari.
C2 C3
La tradizionale classificazione delle proteine globulari si basa sulle
caratteristiche
Two types of cyclic symmetry chimico-fisiche:
(a)
-protamine: proteine basiche per ricchezza di arginina e
bassissimo PM.
(a)
Twofold - Istoni: sono proteine basiche di basso peso molecolare
Fourfold

Twofold
associate con il DNA nei nuclei cellulari.
- Prolamine e gluteline: sono proteine vegetali ricche di prolina
e acido glutammico. Povere di lisina e triptofano.
Twofold
- Albumine: proteine acidiche (pI ≈ 5) con PM di 50000-60000
Dalton.
o Povere di triptofano.
o Ricche di acido aspartico, lisina e leucina.
Twofold
- Globuline: sono delle glicoproteine in realtà, e hanno PM
Twofold
D2
attorno
D4
a 150000.
o Euglobuline: sono insolubili in acqua, ma solubili in
Two types of dihedral symmetrysoluzioni saline
(b) (b) o Pseudo globuline: sono solubili in acqua.
FIGURE 4–23 Quaternary structure of deoxyhemoglobin. (PDB ID
2HHB) X-ray diffraction analysis of deoxyhemoglobin (hemoglobin
without oxygen molecules bound to the heme groups) shows how the Proteine fibrose.
four polypeptide subunits are packed together. (a) A ribbon represen-
tation. (b) A space-filling model. The ! subunits are shown in gray and Come esempi di proteine fibrose si descrivono il collagene e
light blue; the " subunits in pink and dark blue. Note that the heme l’elastina:
groups (red) are relatively far apart. Fivefold
- queste due proteine tipiche del tessuto connettivo coesistono in
proporzioni differenti a seconda del connettivo.
try tend to form structures that are more open-ended, o Nei tendini prevale il collagene
with subunits added in a spiraling array. - Le fibre collagene sono resistenti alla tensione, mentre quelle di
There are several forms of rotational symmetry. The elastina sono dotate di una certa elasticità.
Threefold
simplest is cyclic symmetry, involving rotation about a o La prevalenza di una o l’altra rispecchia la funzione
single axis (Fig. 4–24a). If subunits can be superimposed tipica del tessuto connettivo.
by rotation about a single axis, the protein has a sym-
metry defined by convention as Cn (C for cyclic, n for
the number of subunits related by the axis). The axis
itself is described as an n-fold rotational axis. The !" Twofold
protomers of hemoglobin (Fig. 4–23) are related by C2 Icosahedral symmetry
 11

Corso di Biochimica  47 

Collagene. - la predominanza di proline e glicine non consente le

conformazioni alfa e beta, ma soltanto la tripla elica.
Il collagene è la proteina più abbondante dell’organismo e costituisce
- L’elica ha un passo di 9,4 Å,
circa il 30% di tutte le proteine:
- È scarsamente flessibile e inestensibile.
- costituisce l’intelaiatura extracellulare di tutti gli esseri
pluricellulari.
- Presente in varia percentuale in tutti i tessuti animali e in
misura dominante nei tessuti di sostegno (ossa, denti, fasce,
tendini, legamenti, cartilagine, ecc…)
Il collagene viene sintetizzato da:
- Condroblasti: nella cartilagine
- Fibroblasti: nel tessuto connettivo
- Osteoblasti: nel tessuto osseo.
- Odontoblasti: nei denti.
L’unità fondamentale del collagene è il tropocollagene:
- struttura a tripla elica allungata.
- Composizione amminoacidica tipica:
o 33% glicina
o 27% prolina e idrossiprolina
o altri amminoacidi per il restante, esclusi cisteina e
triptofano, che non sono mai presenti.
Le tre catene sono avvolte tra loro in senso sinistrorso come i cordoni
- Ognuna delle tre catene ha una composizione simile e pesa
di una fune:
attorno ai 47'000 D.
- sono tenute assieme dai legami idrogeno tra i gruppi -C=O di
Si possono distinguere tre famiglie di catene, che caratterizzano i
una catena e i gruppi amidici (N=H) dell’altra. 12
diversi tipi di collagene:
La compattezza e la resistenza alla tensione delle catene è data dalla
- α 1.
presenza ripetitiva della glicina nelle molecole di tropocollagene:
- α 2.
- α 3. - la gly ha un residuo di un solo atomo d’idrogeno
- la mancanza d’ingombro permette alle catene di essere
A seconda del tipo di collagene, si formano triplette comprendenti le
strettamente adese tra loro nella superelica.
varie catene, esempio α2 α1 α1 o α2. α3, α1.
- I gruppi più ingombranti e i residui di prolina si dispongono
In tutte le catene la sequenza amminoacilica più frequente è la tripletta verso l’esterno ad interagire con le subunità di tropocollagene
gly-X-pro, in cui X è un amminoacido qualsiasi: circostanti.
 15

- un residuo di lisina può reagire con un residuo di allisina per

formare una base di Schiff.

Più molecole di tropocollagene ordinate tra la loro testa e la loro coda

formano una fibrilla di collagene: - Oppure due allisine possono reagire tra loro per condensazione
aldolica.
- le catene adiacenti di tropocollagene in una fibrilla sono
sfalsate di 64 nm.
- Ogni molecola di tropocollagene è separata da quella che
segue da un intervallo di 40 nm.
- È probabile che in sede di calcificazione ossea questi intervalli
siano lo spazio in cui si depositano i cristalli di idrossiapatite.
14
Le fibrille di collagene sono stabilizzate da due tipi di legami covalenti
crociati che connettono tra loro i residui modificati di lisina e variano di
numero a seconda delle strutture connettivali:
- il numero di legami crociati di modifica con l’età, alterando le 16
proprietà del collagene.

Formazione dei legami crociati.

La formazione dei legami crociati necessita della deaminazione 16
ossidativa di alcuni residui di lisina ad opera della peptidil lisil
ossidasi, enzima a rame piridossalfosfato dipendente:
- il residuo di lisina viene trasformato in una semialdeide
denominata allisina
 Corso di Biochimica  49 

Idrossilazione e glicosilazione di proline e lisine. Tipi di collagene.

La idrossilazione di lisina e prolina avviene come modifica enzimatica Il collagene I è la struttura più presente nella matrice, rappresentando
03_081 all’interno
12/23/03 10:21 delle molecole
AM Page di tropocollagene.
81 mac111 mac111:reb: il 90% delle proteine collagene:
Alcuni residui di idrossilisina possono formare legami glicosidici con - le fibrille sono strutture a tripla elica con parti molecolari legate
alcune unità monosaccaridi che per mezzo di specifiche glicosil covalentemente
transferasi: - presenta il caratteristico bandeggio
- presente ne tendini, nei legamenti e nell’osso
- il numero delle unità glucidiche varia da tessuto a tessuto.
- Nonostante il possesso di unità glucidiche il collagene non è 3.1 Amino Acids
Il collagene II è81composto da fibre di calibro minore, con scarsi legami
considerato una glicoproteina. nella sostanza fondamentale:

H FIGURE 3–8 Uncommon amino acids. (a) Some- uncommon

presente nella cartilagine ialina
amino
acids found in proteins. All are derived from common amino acids.
HO C CH2 Il collagene III è la struttura di supporto degli organi parenchimatosi:
Extra functional groups added by modification reactions are shown in
H2C !
CH COO" red. Desmosine is formed from four Lys residues (the- fourha unaback-
carbon struttura reticolare
N bones are shaded in yellow). Note the use of either - numbers
supporta gli organi linfoidi secondari e il fegato e lo stroma delle
or Greek
H H (b) Ornithine
letters to identify the carbon atoms in these structures.ghiandole.
4-Hydroxyproline and citrulline, which are not found in proteins, are intermediates in
the biosynthesis of arginine and in the urea Ilcycle.
collagene IV è privo di fibre bandeggiate ed è molto differente dai
!
H3N CH2 CH CH2 CH2 CH COO" collageni fibrillari:
OH !
NH3 - polimerizza formando delle reti che sono di sostegno alle
5-Hydroxylysine
O O
membrane basali.
- Stabilisce rapporti con la laminina, con il nidogeno (o entactina)
HO C O
"
C
CHinformazioni
3 NH CH2 CH CH2 CH2
nutrizionali.
2 CH COO" !
e con i proteoglicani.
H2N C H H 3N C H
Il collagene è soprattutto perNH
!
la 3sua insolubilità in acqua una proteina Il collagene V è privo di fibre e rappresenta le fibrille del muscolo liscio
6-N-Methyllysine R R
e scheletrico.
indigeribile: Nonionic Zwitterionic
form form
- per trattamento
COO" con acqua bollente, bollitura, è Sintesi della molecola di collagene.
irreversibilmente denaturato in una gelatina,
FIGURE che3–9 è attaccabile
Nonionic and zwitterionic forms of amino acids. The
"
OOC CH CH2 CH COO "
nonionic form does not occur in significantLa sintesi e maturazione del collagene avviene in differenti tappe, sia
da parte degli enzimi digestivi amounts in aqueous so-
- data l’assenza degli
!
NH3 amminoacidi essenziali
lutions.(triptofano)
The zwitterion e la
predominates intra
at neutral pH.che extracellulari, che avvengono in:
# -Carboxyglutamate
scarsità di tirosina e fenilalanina, la digestione stessa del - citosol
collagene ha valore biologico nullo. - reticolo endoplasmatico rugoso
!
H3N COO" - apparato di golgi
CH
Amino Acids Can Act as Acids and Bases
- spazio extracellulare
! (CH2)3 ! When an amino acid is dissolved in water, it exists in so-
H3N NH 3
lution as the dipolar ion, or zwitterion (German for
CH (CH2)2 (CH2)2 CH “hybrid ion”), shown in Figure 3–9. A zwitterion can act
OOC
"
!
COO" as either an acid (proton donor):
N
(CH2)4
Nel citosl vengono sintetizzati i precursori delle catene α del
collagene, dette pro-α, che sono caratterizzate da:
- 100 residui amminoacidici in più a livello del N-terminale
- 300 amminoacidi in più sul C-terminale
- queste porzioni aggiuntive assumono una conformazione
globulare.
Dopo aver perso l’oligopeptide segnale, le pro-α, entrano nel lume del
reticolo endoplasmatico, in cui avvengono:
- idrossilazioni: vengono idrossilati i residui di prolina e lisina a
livello di punti specifici riconosciuti dagli enzimi prolina
idrossilasi:
- glicosilazioni: avvengono glicosilazioni di due differenti tipo
o sulla catena centrale: sull’ossidrile in C-5
dell’idrossilisina opera una galattosil transferasi, che
trasferisce un galattosio.
 Sul galattosio può inserirsi successivamente un
glucosio da parte di una glucosil-transferasi.
o Sul C-terminale. N-glicosilazione su un residuo di
asparagina sulla porzione C-terminale destinato ad
essere rimosso.
- Terminate queste modificazioni, tre pro-catene tendono ad
avvolgersi tra loro a tripla elica nella parte centrale
o Le parti globulari N e C terminali formano dei ponti
disolfuro.

il pro-tropocollagene ottenuto viene traslocato nell’apparato di
Golgi, in cui:
- viene perfezionata la glicosilazione sul C-terminale
- il C-terminale glicosilato favorisce il distacco in una vescicola
che viene espulsa attraverso la membrana plasmatica nello
spazio extracellulare.
Nello spazio extracellulare, il pro-torpocollagene viene liberato dalle
porzioni globose mediante enzimi proteolitici chiamati pro-
tropocollagene peptidasi:
- la molecola di tropocollagene è matura
- il tropocollagene va incontro a ossidazione delle lisine in
allisina, attraverso l’azione di un enzima detto lisina-ossidasi.
- Inizia il procedimento di formazione dei legami crociati che si
stabiliscono tra:
o Gruppo aldeidico dell’allisina e il gruppo amminico della
lisina (basi di Schiff).
o I gruppi aldeidici delle allisine (condensazione aldolica).
Si è giunti dunque al collagene maturo, caratterizzato da un turnover
molto lento, con tempo di dimezzamento di mesi o anni.
Note cliniche.
L’esistenza dell’osteogenesi imperfetta prova l’importanza dei residui
di glicina nel conferire compattezza e forza alla molecola di collagene:
- malattia congenita causata da una mutazione nel DNA che
sostituisce una glicina con una cisteina.
- Questa sostituzione impedisce il compatto avvolgimento delle
tre eliche nella superelica del tropocollagene.
- Sintomi: resistenza bassa delle fibre collagene, con gravi
lesioni ai tessuti ossei e connettivi.
Lo scorbuto è una patologia causata dalla difettosa idrossilazione
delle proline:
Corso di Biochimica  51 
- la prolina è necessaria per il mantenimento delle molecole di
tropocollagene legate tra loro.
- In mancanza o scarsità di legami tra tropocollagene, si hanno
connettivi con sintomi simili a quelli dell’osteogenesi imperfetta.
Il latirismo sottolinea l’importanza dei legami crociati nel conferire al
collagene le particolari caratteristiche di resistenza alla trazione:
- causa: ingestione di un pisello detto Lathyrus odoratus, che
contiene un composto che inibisce la peptidil lisil ossidasi,
impedendo la formazione delle allisine.
Anche una malattia genetica come l’omocistinuria è caratterizzata dal
blocco dell’ossidazione di lisine:
- causa: eccesso di omocistina, prodotto intermedio del
metabolismo della omocisteina.
Cheratine.
Le cheratine sono proteine fibrose tipiche del citoscheletro delle
cellule epiteliali.
La struttura base della molecola di α-cheratina è costituita da una α-
elica di circa 310 amminoacidi e dei brevi filamenti (10 aa circa) N
terminale e C-terminale:
- due catene polipeptidiche si avvolgono una sull’altra a formare
un protofilamento,
- due proto filamenti si avvolgono in senso destrorso a formare
un filamento di cheratina.
Un filamento di cheratina è una struttura molto stabile e rigida a causa
dell’abbondanza di residui idrofobici nei singoli peptidi costituenti:
- favoriscono la conformazione ad α-elica
- interagendo con i polipeptidi vicini rendono compatto
l’assemblaggio dei polipeptidi.
La β-cheratina è presente nelle piume degli uccelli:
 - numerosi residui di serina e alanina
- conformazione a foglietto β. Proteine coniugate.
Elastina. Molte proteine sono legate covalentemente o non a componenti non
L’elastina, a differenza del collagene, è notata di spiccate proprietà proteici. Sono le proteine coniugate:
elastiche: - glicoproteine
- presente nella parete dei vasi e nei legamenti. - fosfoproteine
- Composta da una subunità costitutiva detta tropoelastina, - lipoproteine
anch’essa costituita da 1/3 di glicine. - cromoproteine
o Ricca di prolina ma povera di idrossiprolina e priva di - nucleoproteine.
idrossilisina.
o Dotata di legami pluricrociati denominati desmosine Glicoproteine.
che si formano tra tre residui di allisina e uno di lisina. Le glicoproteine sono proteine coniugate derivanti dall’unione
 Conferiscono carattere di elasticità e insolubilità. mediante legami covalenti tra:
- porzione proteica
- una o più sequenze glucidiche.
La frazione glucidica delle glicoproteine consta di catene generalmente
ramificate contenenti normalmente non più di 15-20 unità glucidiche.
I proteoglicani sono un gruppo a se stante di molecole complesse,
contenenti una porzione proteica e una porzione glucidica:
- sede normalmente extracellulare
- polimeri monosaccaridici ad alto peso molecolare lineari sono
legati ad una catena polipeptidica.
- I polimeri monosaccaridici sono i glicosamminoglicani (GAG).
 Chapter 7 Carbohydrates and Glycobiology 259
Corso di Biochimica  53 

A number of cases are known in whichfucosio

- periferia: the same e acido N-acetilneuramminico
protein produced in two types of tissues has different N-acetilglucosammina e N-
- unità di inserimento:
glycosylation patterns. For example, the human protein
acetilgalattosammina.
interferon IFN-!1 has one set of oligosaccharide chains
when produced in ovarian Mentre la aporzione
cells and different proteica
set when è sotto lo stretto controllo del codice
produced in breast epithelial cells.laThe
genetico, biological
porzione sig-
glucidica delle glicoproteine è aggiunta
nificance of these tissue enzimaticamente,
glycoforms is not understood,
ad opera delle glicosiltransferasi:
8885d_c07_238-272 11/21/03 7:38 AM Page but 247 in somemac113:122_EDL:
Mac113 way the oligosaccharide chains represent a
tissue-specific marker. - uguali porzioni proteiche possono avere differenti porzioni
The biological advantages of glucidiche.
adding oligosaccha-
rides to proteins are not Sulla
fully understood.
base del legameThe very hy-
covalente tra porzione glucidica e porzione
drophilic clusters of carbohydrate
saccaridica altersithe polarity
possono and
distinguere:
Hyaluronate solubility of the proteins with which they are conju-
(up to 50,000 247
repeating gated. Oligosaccharide chains- thatChapter 7 Carbohydrates
glicoproteine
are attached newlyand Glycobiology
toN-glicosilate
disaccharides) - glicoproteine
synthesized proteins in the endoplasmic reticulumO-glicosilate.
and
elaborated in the Golgi complex may also influence the
SUMMARY 7.1 Monosaccharidessequence and Disaccharides Homopolysaccharides Heteropolysaccharides
Keratan of polypeptide-folding events that determine
sulfate the tertiary structure of the Unbranched
protein (see Branched
Fig. 27–34). Two Multiple
■ Sugars (also called saccharides) are compounds monomer monomer
Chondroitin Steric interactions between peptide and oligosaccharide types, types,
containing an aldehyde or ketone group and
sulfate Link may preclude one folding route and favor another. Whenunbranched branched
two or more hydroxyl groups.
proteins numerous negatively charged oligosaccharide chains are
■ Monosaccharides
Aggrecangenerallyclustered
contain several
in a single region of a protein, the charge
chiral carbons and therefore
core protein exist in aamong
repulsion varietythem favors the formation of an ex-
of stereochemical forms, which may be
tended, rodlike structure in that region. The bulkiness
FIGURE 7–29 Proteoglycan aggregate of the extracellular
represented onmatrix.
paper as Fischer projections.
and negative charge of oligosaccharide chains also
Epimers are sugars that differ in configuration
One very long molecule of hyaluronate is associated noncovalently
I più comuni polisaccaridi che entrano nelle glicoproteine sono:
at only one carbon atom.
with about 100 molecules of the core protein aggrecan. Each aggre-
- molecule
can mannosiocontains many covalently bound chondroitin sulfate and
■ Monosaccharides commonly form internal
Actin filaments
keratan sulfate
- galattosio chains. Link proteins situated at the junction between
hemiacetals or hemiketals, in which the
each core protein and the hyaluronate backbone mediate the core Integrin
- glucosio aldehyde or ketone group joins with a hydroxyl
protein–hyaluronate interaction.
- fucosio (6-deossigalattosio)group of the same molecule, creating a cyclic
- N-acetilglucosammina structure; this can be represented as a
protein by mass. The structures ofHaworth
a large perspective
number of formula. The carbon atom
- N-acetilgalattosammina
O- and N-linked oligosaccharides from a variety of in
gly-
originally found the aldehyde or ketone
- Acidoare
coproteins N-acetilneuramminico
known; Figure 7–31 group
shows(the
a few typical
anomeric carbon) can assume either
examples.o A causa di questo ilofpItwo delle glicoproteine è
configurations, ! and ", which are FIGURE 7–13 Homo- Proteoglycan
and heteropolysaccharides. Polysaccharides
generalmente
As we shall see in Chapterbasso.
11, interconvertible
the external surface
by mutarotation. In the linear may be composed of one, two, or several different monosaccharides,
of the
Nelle plasma
catene membrane solitamente
glucidiche, has many membrane
form, whichglycopro-
is in equilibrium with the cyclized
si trovano: in straight or branched chains of varying length.
teins with arrays of covalently attached oligosaccharides
forms, the anomeric carbon is easily oxidized.
of varying complexity. One of ■ theA best-characterized
hydroxyl group of one monosaccharide can for example) serve as structural elements in plant cell
Fibronectin
membrane glycoproteins is glycophorin add toAtheofanomeric
the ery-carbon of a second walls and animal exoskeletons. Heteropolysaccharides
throcyte membrane (see Fig. 11–8).monosaccharide
It contains 60% tocar-
form an acetal. In this provide extracellular support for organisms of all king-
bohydrate by mass, in the form ofdisaccharide,
16 oligosaccharide
the glycosidic bond protects the doms. For example, the rigid layer of the bacterial cell
chains (totaling 60 to 70 monosaccharide
anomeric residues) co- oxidation.
carbon from envelope (the peptidoglycan) is composed in part of a
 (a) O-linked (b) N-linked FIGURE 7–31 Oligosaccharide linkages in
(a) O-linked (b) N-linked
glycoproteins. (a) O-linked oligosaccharides
8885d_c07_238-272 11/21/03 have 7:38 AM Page 260 Mac113 mac113:122_EDL:
O a glycosidic bond to the hydroxyl group of Ser or O
CH2 HOCH2 Thr residues (shaded pink), illustrated here with
O C O CH2 HOCH2
/03 7:38 AM Page 260 Mac113 mac113:122_EDL:
O O GalNAc as the sugar at the reducing end of the O
O O
HO Glicoproteine
H H N-glicosilate.
C O
H H NH C CH 2 CH oligosaccharide. One -
simple trisaccaride
chain and one galβ1-3galβ1-4xyl.
complex HO H H H H NH C C
C O
NH chain are shown. (b) N-linked- Il resto di
oligosaccharides xilosio
have è legato in maniera β–glicosidica con il gruppo
HLe glicoproteine
OH H N-glicosilate
O CH 2 CH O hanno
OH Hun H legame caratteristicoan(β-N- OH H O CH2 CH OH H H
glicosidico) che si stabilisce tra:
N-glycosyl bond to the260amideossidrilico
nitrogen of andella and
Part I Structure serina.
CatalysisH O
NH Asn residue (shaded green), illustrated here with NH
H NH H NH H NH H NH
ructure and Catalysis - asparagina GlcNAc as the terminal sugar. Three common types
C O C O of oligosaccharide chains that are N-linked in C O C O
- N-acetilglucosammina. (a) O-linked (b) N-linked FIGURE 7–31 Oligosacc
CH3 CH3 glycoproteins are shown. A complete description CH3 CH
GalNAc (b) N-linked Ser GlcNAc
FIGURE 7–31 Oligosaccharide Asn linkages in
glycoproteins.
3 (a) O-link
ked of oligosaccharide structure requires specification GalNAc Ser GlcNAc A
glycoproteins. (a) O-linked oligosaccharides have O a glycosidic bond to the
Examples: Examples: of the position and stereochemistry (! or ") of each
a glycosidic bond to the hydroxyl group of Ser or CH2 Examples:
HOCH2 Thr residues (shaded pin
Examples:
glycosidic linkage. O C O
Thr residues (shaded pink), illustrated here with GalNAc as the sugar at
Ser/Thr

HOCH2 O O

Ser/Thr
O C O
O GalNAc as the sugar at the reducing end of the HO H H H H NH C CH2 CH oligosaccharide. One sim
C O

Asn
Asn
H H NH C CH2 CH

Asn
C O oligosaccharide. One simple chain and one complex
NH chain are shown. (b) N-
O CH2 CH OH H NH chain are shown. (b) N-linked oligosaccharides have
GlcNAc H OH H O CH2 CH O OH H H
an N-glycosyl bond to th
O H an N-glycosyl bond to the amide nitrogen of an
Man NH Asn residue (shaded gre
NH Asn residue (shaded green), illustrated here with H NH H NH
H NH Gal
GlcNAc as the terminal
Ser/Thr

GlcNAc as the terminal sugar. Three common types

Ser/Thr
Neu5Ac C O C O

Asn
C O

Asn
of oligosaccharide chains that are N-linked in
Fuc of oligosaccharide chain
CH3 glycoproteins are shown. A complete description CH3 CH3 glycoproteins are shown
Ser GlcNAc Asn
GalNAc
of oligosaccharide structure requires specification GalNAc Ser GlcNAc Asn of oligosaccharide struct
Examples: of the position and stereochemistry (! or ") of each
Tutte le glicoproteine glicosilateglycosidic
hanno in comune un penta saccaride le glicoproteine sono presenti sia ofnei
the position and stere
protect some proteins from attack by proteolytic linkage.
en- glucosamine residues, one ofpresenti which isinthe
Examples: tutti gli esseri
point of at- viventi,protect
Examples:
some proteins from attack by proteolytic
linkage.en-
modificato, attaccato all’asparagina di legame: liquidi extracellulari che legate alle membrane.
glycosidic

Ser/Thr
zymes. Beyond these global physical effects on protein tachment for a complex oligosaccharide (Fig. 7–32). zymes. Beyond these global physical effects on protein
Asn
Asn

- su
structure, taleare
there polisaccaride
also more specific sono poi inserite
biological effectsdiferenti E.catene
coli has similar but unique lipopolysaccharides. The

Asn
Asn
GlcNAc structure, there are also more specific biological effects
of oligosaccharide chains in
oligosaccaridi cheglycoproteins (Section 7.4). lipopolysaccharides of some Importanza bacteria are toxic to hu-delle glicoproteine.
biologica of oligosaccharide chains in glycoproteins
Man
GlcNAc (Section 7.4).
- si formano poi strutture Gal con diverse ramificazioni, manstipiche
and otherperanimals; for example, they are respon- Man
Ser/Thr

Glycolipidsogni andglicoproteina.
Lipopolysaccharides Neu5Ac
sible for the dangerously lowered Le glicoproteine
blood pressure di membrana
that svolgono funzioni fondamentali per le
Asn

Fuc Glycolipids and Lipopolysaccharides Gal

cellule, quali:

Ser/Thr
Are Membrane Components GalNAc occurs in toxic shock syndrome resulting from gram- Are Membrane Components Neu5Ac

Asn
negative bacterial infections. ■ - coesione tissutale Fuc
Glicoproteine
Glycoproteins O-glicosilate.
are not the only cellular components that Glycoproteins are not the only GalNAc
cellular components that
oteins from attack by proteolytic en- glucosamine residues, one of which is the point of at- - riconoscimento intercellulare
bear complex oligosaccharide chains; some lipids, too, SUMMARY 7.3 Glycoconjugates:- Proteoglycans, bear complex oligosaccharide chains; some lipids, too,
Il legame
ese global physical effects on traprotein
due porzionitachmentè O-glicosidico e si stabilisce
for a complex oligosaccharide tra:7–32).
(Fig.
fenomeni immunitari.
have covalently
re also more specific biological effects E. coli has similarGangliosides
bound oligosaccharides. but unique lipopolysaccharides.
Glycoproteins, The have
and Glycolipidsprotect some proteins from attack by proteolytic en- covalently bound oligosaccharides. Gangliosides
glucosamine residues, one of w
- (Section
are membrane
chains in glycoproteins amminoacido
lipids idrossilato:
7.4).of eukaryotic cells in serina
lipopolysaccharides which
of some o trenoina
the po-
bacteria (raramente
are toxic to hu- Le singole
zymes. unitàthese
Beyond saccaridiche are membrane
o sequenze
global physical effects on ben lipids of eukaryotic
tachment for awhich
definite vengono
protein cells in the po-
complex oligo
lar head group, the part
tirosina, ofmans
the lipid
idrossiprolina, that forms
idrossilisina)
and other animals; the
forouter
example, they are respon-
riconosciute da proteine, che lar head
interagendo, group, the part
danno luogoof the
a lipidhas
thatsimilar
specifiche formsbut
the unique
outer
ipopolysaccharides sible for the dangerously lowered blood pressure ■ Proteoglycans
that
structure, there
are glycoconjugates in which a are also more specific biological effects E. coli
surface - ofunità
the membrane,
glucidica: is asolitamente
complex oligosaccharide
N-acetilgalattosammina (o surface (Section
of the membrane, is a complex oligosaccharide
omponents containinggalattosio). occurs in toxic shock syndrome resulting from core protein
gram- is attachedrisposte:
ofcovalently
oligosaccharide
to onechains
or in glycoproteins 7.4). lipopolysaccharides of some b
sialic acid (Fig. 7–9) and other monosaccha- containing sialic acid (Fig. 7–9) and other monosaccha-
more large glycans, such as mans and other animals; for ex
ride residues.
not the only cellular components Some
negative bacterial infections. ■
thatof the oligosaccharide moieties of - heparan sulfate,
i saccaridi fungono da molecole segnale
ride residues. Someper interazioni
of the oligosaccharide moieties lowe
of
Al residuo di N-acetilgalattosammina sono legate altre unitàchondroitin Glycolipids and
saccaridi sulfate, or keratanintermolecolari. Lipopolysaccharides
sulfate. The sible for the dangerously
gangliosides,
gosaccharide chains; such
some lipids, as thoseSUMMARY
too, that determine human
7.3 Glycoconjugates: blood Proteoglycans, gangliosides, such as those that determine human blood
che con formazione glycan
sia is the greater portion Are- Membrane
(by mass)Components
of the occurs in toxic shock syndrom
ound oligosaccharides.
groups (see Fig. 10–14),di
Gangliosides aredifferenti
identicalstruttura
Glycoproteins, with
and those oligosaccaridiche,
found
Glycolipids Per l’estrema idrofilicità sporgono
groups (seesulle Fig. superfici
10–14), are delle
identical with those found ■
molecule. Bound to the outside of the plasma negative bacterial infections.
inramificate
ids of eukaryotic cells in which
certain che
the non.
po-
glycoproteins, which therefore also contribute membrane,
Glycoproteins are notspecialmente
the only cellular
inquelle esterne.
components
certain that which therefore also contribute
glycoproteins,
e part of the lipid that forms the outer
toNei
blood group type determination. Like theareoligosac- membrane by a transmembrane peptide or a
mbrane, is a complex proteoglicani
oligosaccharide la porzione ■ Proteoglycans
glicosamminocliganica glycoconjugates in which a a
è coniugata bear- complex oligosaccharide
Si protrudono chains;
nello spazio somegrouplipids,type
to extracellulare
blood too,
a contatto con le Like
determination.
SUMMARY 7.3 the oligosac-
Glycoconjuga
charide moieties of glycoproteins, those of membrane covalently attached lipid, proteoglycans provide
quella
cid (Fig. 7–9) and otherproteica
monosaccha- mediante: core protein is attached covalently to one or have covalently
antenne bound oligosaccharides.
oligosaccaridiche charide
delleGangliosides
moieties
cellule of glycoproteins,
vicine. those of membrane
lipids are generally,
me of the oligosaccharide moieties of perhaps always, more found on the such
large glycans, outeras heparan sulfate, points of adhesion, recognition, and information
are membrane lipids of eukaryotic lipids cells inare
which the po-perhaps
generally,
Glycoproteins, and Glycolipids
always, found on the outer
as those thatface of thehuman
plasma membrane. chondroitin sulfate, or keratan sulfate. transfer
The between cells, or between the cell and
determine blood lar head group, the part of the lipidface thatofforms the outer
the plasma membrane.
Lipopolysaccharides
10–14), are identical with those found glycan
are is the greater
the dominant portion (by mass) ofthe
surface theextracellular matrix. ■ Proteoglycans are glyco
molecule. Bound to the outside of the plasma surface of the membrane, is a complex oligosaccharide
Lipopolysaccharides are the dominant surface
oteins, which thereforefeature
also contribute
of the outer membrane of gram-negative ■ Glycoproteins contain covalently
containing linked
sialic acid (Fig. 7–9) and other monosaccha-
feature of the outer membranecore of protein is attached
gram-negative
ype determination. Like the oligosac- membrane by a transmembrane peptide or a
bacteria such as Escherichia coli and Salmonella
covalently attached lipid, oligosaccharides that are
ty-proteoglycans provide ridesmaller but more
residues. Some of the oligosaccharide
bacteria suchmoieties of
as Escherichia more large glycans,
coli and Salmonella ty- suc
of glycoproteins, those of membrane chondroitin sulfate, or k
 Corso di Biochimica  55 

- Inoltre la porzione glucidica delle glicoproteine serve ad Fosfoproteine.

indicare la sede di destinazione di quelle neosintetizzate.
Le fosfoproteine sono proteine che contengono residui di acido
Tipiche glicoproteine di membrana sono; fosforico:
- glicoforine degli eritrociti - solitamente sono gruppi fosfato esterificati con ossidrili alcolici
- fibronectina. di
o serina
Le glicoforine. o treonina
Le glicoforine A, B e C sono glicoproteine con un singolo segmento o tirosina.
ad alfa elica transmembrana: - Il fosfato conferisce un carattere acido.

- la glicoforina A che è la forma principale, presenta sul In tutte le cellule vi è un gran numero di fosfoproteine, che svolgono
segmento N-terminale 16 siti di attacco con 16 catene differenti funzioni:
oligosaccaridiche. - sostegno
- Le catene oligosaccaridiche costituiscono circa il 60% del peso - riserva
molecolare dell’intera proteina. - catalisi enzimatica.
- Le catene oligosaccaridiche sono ricche di acido sialico e sono
inserite: Le fosfoproteine catalitiche sono rappresentate dai molti enzimi
o Una con legame N-glicosidico. fosforilabili, quali:
o Le altre 15 con legame O-glicosidico. - glicogeno fosforilasi
- La porzione C-terminale della proteina è immersa nel citosol e - glicogeno sintetasi,
interagisce con il citoscheletro. - piruvato deidrogenasi
- ecc…
La fibronectina.
La presenza del fosfato negli enzimi è solitamente correlata allo stato
La fibronectina è una glicoproteina di membrana che si lega: di inattivazione/attivazione.
- sul versante esterno alle fibre collagene della matrice,
rendendo ragione della sua funzione come molecola di
adesione.
- Può formare anche legami con la fibrina del coagulo del
sangue, predisponendo l’inserimento delle cellule tissutali
circostanti, quindi la riparazione delle ferite.
La mancanza di fibronectina nei tessuti tumorali rende ragione della
loro invasività.
 La caratteristica peculiare della risposta immune è la sua straordinaria
Immunoglobuline. versatilità:
- capace di rispondere ad un grandissimo numero di antigeni.
Significato e funzione. - Ogni singolo animale può rendersi immune simultaneamente
contro differenti antigeni.
Le immunoglobuline comprendono una vasta famiglia di proteine - L’organismo dispone di un gran numero di anticorpi, ciascuno
adibite alla risposta immunitaria: caratterizzato da una peculiare sequenza di amminoacidi, in
- linea di difesa attuata dall’organismo contro l’invasione di grado di legarsi al determinante antigenico specifico.
sostanze estranee (proteine esogene, virus, batteri, ecc…) - La diversità degli anticorpi è spiegata dalla teoria della
- sono prodotte dai linfociti B, e si legano alle sostanze selezione clonale.
estranee eliminandole in diversi modi:
o per precipitazione Struttura.
o per segnalazione ai macrofagi.
Unità fondamentale delle
Alcune definizioni: immunoglobuline è formata da:
- antigeni: sono le sostanze estranee che evocano la risposta - catene L: due catene
immune. polipeptidiche leggere (PM
- Anticorpi: sono le immunoglobuline che vengono evocate 23000)
dagli antigeni e vi si legano. - catene H: due catene
- Complesso antigene-anticorpo: complesso formato pesanti (PM 60000 circa)
dall’antigene a cui sono legati specifici anticorpi.
le catene H presentano le seguenti
- Determinante antigenico o epitopo: porzioni dell’antigene a
8885d_c05_157-189 8/12/03 8:55 AM Page 179 mac78 mac78:385_REB:
proprietà:
cui si legano specifiche immunoglobuline (anticorpi). Possono
essere segmenti di una catena - possiedono una frazione
o polipeptidica glucidica variabile, a
o polisaccaridica. Chapter 5 Protein Function 179 seconda della classe di Ig, tra 2 e
25 12% del peso dell’intera

molecola.
- Sono tenute assieme da due legami disolfuro intercatena.
- Ciascuna catena H è ancorata ad una catena L mediante un
ponte disolfuro.
ENZIMI
Sia le catene H che le catene L sono tenute ripiegate dal legami
Antigen
disolfuro intracatena, due per ogni catena.

FIGURE 5–24 Binding of IgG to an antigen.

To generate an optimal fit for the antigen,
the binding sites of IgG often undergo slight
Dal confronto delle sequenze tra le differenti Ig si possono riscontrare
Antibody Antigen-antibody complex
conformational changes. Such induced fit is
common to many protein-ligand interactions.
due distinte porzioni:

principally in secretions such as saliva, tears, and milk,
can be a monomer, dimer, or trimer. IgM is the first an-
tibody to be made by B lymphocytes and is the major
antibody in the early stages of a primary immune re-
sponse. Some B cells soon begin to produce IgD (with
the same antigen-binding site as the IgM produced by
the same cell), but the unique function of IgD is less
activates certain leukocytes such as macrophages to
engulf and destroy the invader, and also activates some
other parts of the immune response. Yet another class of
receptors on the cell surface of macrophages recognizes
and binds the Fc region of IgG. When these Fc receptors
bind an antibody-pathogen complex, the macrophage
engulfs the complex by phagocytosis (Fig. 5–26).
 ANTICORPI
Corso di Biochimica  57 

- porzioni costanti: sono rappresentate dalle regioni vicino al C-

terminale delle catene H e L.
- porzioni variabili: sono sequenze N-terminali delle catene H e
L.
Le catene H, vicino alla zona di ancoraggio delle catene L, possiedono
un segmento detto regione di cerniera, facilmente idrolizzabile con
papaina o pepsina:
- tale idrolisi porta alla formazione di due segmenti:
o frammento Fc: contenente le parti comuni di catene H.
o frammento FAB: contiene una parte di catene H e le
intere catene L, è la porzione che si lega all’antigene.
Nelle distinte classi di immunoglobuline sono presenti differenti catene:
- catene L: sono di due tipi ad uguale peso molecolare, e
ugualmente presenti nelle distinte classi di Ig.
- Catene H: sono differenti tra le varie classi di immunoglobuline.

Le diverse classi di immunoglobuline.

Le immunoglobuline sono distinte in differenti classi, a seconda della
loro struttura, del peso molecolare e del tipo di catena H.

Classe Catena pesante PM Catena leggera.

Ig G (80%) γ 53 κ, λκ
 - Infezioni transitorie (notizia utile per diagnosticare un’infezione).
Ig M (7%) µ 70 λκ, λκ

Ig A (12%) α 64 λκ, λ Proteine glicate.

Le proteine possono spontaneamente reagire con glucosio o con altri
Ig D (0,5%) δ 18 κ monosaccaridi con la formazione di prodotti di condensazione, in cui
un residuo di origine saccaridica si lega covalentemente alla proteina:
Ig E (0,5%) ε 75 κ
- sono le proteine glicate, che differiscono da quelle glicosilate
La classe più importante e abbondante è costituita dalle IgG, note - le proteine glicate non necessitano di enzimi e si formano
anche come γ-globuline: spontaneamente senza alcun legame glicosidico.

- attraversano facilmente le pareti dei capillari per entrare nel Sono molte le proteine che possono andare incontro a glicazione:
liquido interstiziale 8885d_c05_157-189
-
8/12/03
emoglobina,
8:55 AM Page 179 mac78 mac78:385_REB:

- attraversano anche la placenta per passare dalla madre al feto - albumina,

- la loro formazione è tuttavia lenta, circa 10 giorni. - LDL Chapter 5 Protein Function 179

Le IgM sono a formazione più rapida, 2-3 giorni, e sopperiscono per i - HDL
primi giorni alla mancanza delle IgG: - Antitrombina III
- Fibrinogeno.
- costituite da 5 subunità tenute assieme da ponti disolfuro tra le - E altre
catene pesanti di subunità continue Antigen

- anche presente una catena supplementare, la catena J. Durante stadi di iperglicemia prolungata nei pazienti diabetici si forma FIGURE 5–24 Binding of IgG to an antigen.
To generate an optimal fit for the antigen,

- Sono di dimensioni molecolari maggiori. un particolare tipo di emoglobina glicata, la HbA1c, che si rivela un the binding sites of IgG often undergo slight
conformational changes. Such induced fit is

marker per esposizione prolungata (1-2 mesi) a iperglicemie.

Antibody Antigen-antibody complex common to many protein-ligand interactions.

Le IgA sono dimeri della subunità fondamentale legati tra loro da una principally in secretions such as saliva, tears, and milk,
can be a monomer, dimer, or trimer. IgM is the first an-
activates certain leukocytes such as macrophages to
engulf and destroy the invader, and also activates some

catena J (joining chain): Anche l’albumina glicata è marcatore per iperglicemie prolungate, ma
tibody to be made by B lymphocytes and is the major
antibody in the early stages of a primary immune re-
other parts of the immune response. Yet another class of
receptors on the cell surface of macrophages recognizes

più recenti (1-2 settimane).

sponse. Some B cells soon begin to produce IgD (with
the same antigen-binding site as the IgM produced by
and binds the Fc region of IgG. When these Fc receptors
bind an antibody-pathogen complex, the macrophage

- sono presenti nel siero e nelle secrezioni (saliva, sudore, the same cell), but the unique function of IgD is less
clear.
engulfs the complex by phagocytosis (Fig. 5–26).

The IgG described above is the major antibody in

lacrime, clostro…) secondary immune responses, which are initiated by
memory B cells. As part of the organism’s ongoing im-
MCH I

- vengono eliminate come tali o legate all’antigene attraverso i
munity to antigens already encountered and dealt with,
IgG is the most abundant immunoglobulin in the blood.
When IgG binds to an invading bacterium or virus, it
displaying
peptide

secreti. ! Heavy
chains
IgG-coated

Delle IgE e IgD si conosce molto poco, salvo che siano presenti Light
chains
virus
Fc region
of IgG
Macrophage

soprattutto sulla superficie dei linfociti B. IgG Fc

receptor Phagocytosis

Elevati valori di immunoglobuline nel sangue dei pazienti si riscontrano

in caso di:
J chain

- infezioni croniche
- epatopatie
- forme morbose croniche tipo artrite reumatoide. FIGURE 5–25 IgM pentamer of immunoglobulin units. The pentamer
FIGURE 5–26 Phagocytosis of an antibody-bound virus by a
macrophage. The Fc regions of the antibodies bind to Fc receptors on
is cross-linked with disulfide bonds (yellow). The J chain is a polypep- the surface of the macrophage, triggering the macrophage to engulf
tide of Mr 20,000 found in both IgA and IgM. and destroy the virus.
 8885d_c05_157-189 8/12/03 8:55 AM Page 159 mac78 mac78:385_REB:

8885d_c05_157-189 8/12/03 8:55 AM Page 159 mac78 mac78:385_REB:

Corso di Biochimica  59 

8885d_c05_157-189 8/12/03 8:55 AM Page 159 mac78 mac78:385_REB:

Cromoproteine trasportatrici di ossigeno. - tali sostituenti possono essere disposti in 15 differenti modi, C
dando luogo a 15 isomeri di porfirine.
- La protoporfirina IX è un isomero Chapter 5 Protein
presente nelFunction 159
gruppo eme.
Negli animali superiori il trasporto dell’ossigeno da parte di specifiche - Nello spazio interno al nucleo!protoporfirinico, detto! spazio
molecole è indispensabile a causa della bassa solubilità dell’ossigeno O O (Fe2+O O
dentato !è sistemato uno ione ferroso ) legato a 4 azoti Chapter 5 Protein
!
O O
in acqua, che rende impossibile un rifornimento adeguato alle cellule: O pirrolici
O da legami coordinativi. C C
C C CH2 CH2
- l’emoglobina, contenuta negli eritrociti, trasporta l’ossigeno dai O
!
O!
CH2 CH2 O CH2 O CH2
polmoni ai tessuti. C C
CH2 CH2
o Con l’emoglobina, la capacità di trasporto di 1 litro di CH2 C CH CH C
C CH C
2
sangue è 250 ml di O2/l. X X CH3 CH
C2 C CH2 C C C
C C
- La mioglobina, contenuta nelle fibrocellule Xdel miocardio
X e nel CH3 C C C
C C CHN" C N C H3
C N CX H3
muscolo scheletrico, costituisce una riserva di ossigeno e un N" X CH3 C C C C C
N CH Fe CH
N
trasportatore che facilita la diffusioneXintracellulare. CH X Fe CH X C N" N C" H3
X C N N C
- Sia emoglobina che mioglobina assolvono questi compiti C N "N C N CH Fe CH
NH HN X NH HN X
legandosi reversibilmente con l’ossigeno molecolare. CH C C C NH C C CH C C N C
"N C C C C
X X X HN
H3
X H3
N CH2 C CH CN CH
CH 2 C CC C CH C C C
Emoglobina e mioglobina sono proteine coniugate, costituite da: X
N
X
CH2 C CH C H3 Fe
CH3 CH CH3 CH
- globina: porzione proteica specifica.(a) (b) CH (c)
CH3 CH
(d)
X X (a) (a) X X
X2X (b)(b) CH2 CH2
(c) (c)
- Eme: gruppo prostetico, che conferisce il colore rosso.
FIGURE 5–1 Heme. The heme group is present in myoglobin,
FIGURE hemo-
5–1 role rings group
linkedisby
ismethene bridges, with substitutions atlinked
one or more
FIGURE Quando lo ione ferroso spiazza i due protoni dissociabili dai due anelli
5–1Heme.
Heme.The heme
The heme group present
present in myoglobin,
in myoglobin, hemo- hemo-role rings rolebyrings linked
methene by with
bridges, methene
subst
globin, and many other proteins, designated heme proteins. Heme of the positions denoted X. (b, c) Two representations of heme. (De- X. (b, c) Two represe
IV)globin,
(II eglobin, and and
pirrolicimanymanyother
other
si lega proteins,
proteins,
con designated
legami designatedheme proteins.
heme
coordinativi Heme
proteins. of the positions
Heme
anche con of
gliPDB denoted
the
azoti positions denoted X.
Eme. consists of a complex organic ring structure, protoporphyrin
terziari which
IX,oftoa complex
consists
consists of a complex
degliis bound
altri an
due
rived
iron
fromring
organic
organic
anelli
PDB
ring
(Ifour
ID 1CCR.)
structure,
structure,
e III): 2"
The iron atom
protoporphyrin IX, to of heme
protoporphyrin
(a) and
rivedhas
IX, to
fromsix coordina-
ID 1CCR.) The iron atom of h
rived from PDB ID 1CCR.)
which is bound an iron atom in its ferrous (Fe2") state. (a) Porphyrins, tionatom in its
bonds: ferrous
in (Fe ) state.of,
the plane 2"
Porphyrins, tion flat
bonded to, the bonds: four in the
porphyrin plane of, and bonded to,
ring
whichof iswhich
bound an iron
protoporphyrin atom in
IX is and its ferrous
only onetwo (Fe
example, ) state. (a)
consist of four Porphyrins,
pyr- tion bonds: four intothe
system, and (d) two perpendicular it. plan
of which protoporphyrin IX is only one example, consist
Nella mioglobina e nell’emoglobina l’eme è il sito di legame con l’O2: - oflafour pyr-
protoporfirina system, è una(d)struttura perpendicular
of which protoporphyrin IX is only one example, consist of four pyr-
to it.
risonante, quindi le due system, and (d) two perpen
2+cariche negative derivanti dalla dissociazione di 2H+ sono
- è una ferroprotoporfirina, chelato dello ione ferroso (Fe ) con ugualmente distribuite su tutti e quattro gli anelli pirrolici.
la protoporfirina IX - other is the binding site for molecular oxygen (O2) (Fig.
Il )Fe2+ risulta quindi legato Myoglobin Hascon a Single Binding Site
other is the binding site for molecular oxygen (O 2 (Fig.
5–2). When oxygen Myoglobin
binds, the Has ainSingle
electronic
maniera Binding
properties
identica ai 4 anelli
of Site for Oxygen
le porfirine sono derivati dalla porfina, composto ciclicooxygen
5–2). When formato
binds, legami
da 4the electronic properties
otherhemeis the
iron coordinativi.
ofbinding
change; this siteaccounts
for molecular oxygen
for the change (O2) (Fig.
in color
Myoglobin (Mr 16,700; abbreviated M
Myoglobin Has a Sing
- Poiché il Fe2+ Myoglobin
ha numero(M 16,700;
di abbreviated
coordinazione 6, Mb)
i simple
due aoxygen-binding
relatively protein found
is restanti
anelli pirrolici legati tra loro da ponti metinici:heme iron change; this accounts for the change
5–2).from
inWhenthe dark
color oxygenpurplebinds,
of oxygen-depleted
the electronic
r venousproperties
blood of
legami
to the sono
bright simple
redcon oxygen-binding
una molecola
of oxygen-rich protein
arteriald’acqua
blood. found inmals,
(sopra
Some ealmost
primarily
sotto).all
in muscle(M
mam-
Myoglobin tissue. As a
r 16,700
from the dark purple of oxygen-depleted venous
heme blood
iron change; this accounts for the change in colorit facilitates oxygen diffusion in mus
- per sostituzione degli 8 H angolari della porfina con gruppi small o molecules,
I quattromals, asprimarily
such legamicarboncon inlomuscle
monoxide ione (CO) tissue.
and ni-As
ferroso a transport
sono disposti protein,
simple
su unoxygen-binding
to the bright red of oxygen-rich arterial from
blood.the Somedark purple of oxygen-depleted with venous bloodparticularly abundant in the muscles o
sostituenti vari si ottengono le protoporfirine.
small molecules, such as carbon monoxide to (CO)
tric oxide
and ni-
(NO),
piano
coordinate
it facilitates to oxygen
heme irondiffusion greater
in muscle. Myoglobin
such as seals mals, is
andprimarily
whales, wherein mus
it al
- Nelle protoporfirine i sostituenti sono the bright
affinity than red of2. oxygen-rich
doesparticularly
O When a abundant
molecule arterial
ofinCO theis blood.
musclesSome
bound ofstorage
diving function
mammals
tric oxide (NO), coordinate to heme iron withtogreater o
heme, OI due
is legami
excluded, sono
which is diretti
why CO perpendicolarmente
is highly toxic a it
tale facilitates oxygen
for prolonged excud
o 4 metili small molecules, 2 such
such as as seals
carbon and monoxide
whales, where (CO) itand ni-has anvery
alsoProteins oxygen-
affinity than does O2. When a molecule of CO to is bound
aerobicpiano.
organisms (a topic explored later, in Box particularly abundanta
similar to myoglobin
o 2 vinili tric 5–1).
oxideBy(NO), coordinate
storage to heme
function iron with greater
for prolonged excursions undersea.
uted, occurring even in some single-
to heme, O2 is excluded, which is why CO is highly toxicsurrounding and sequestering heme, oxygen- such
Myoglobin is as sealspolypeptide
a single and wha
o 2 propanoili affinity
binding
to aerobic organisms (a topic explored later, in Box than does
proteins O .
Proteins When
regulate
2 very
the a molecule
similar
access of to of
CO CO
myoglobin
and otheris bound
are widely distrib-
uted, occurring
iron.iseven
storage
residuesorganisms.
with function
one molecule for
of heme.
5–1). By surrounding and sequestering heme, to heme,
small
oxygen- O2 is excluded,
molecules to the heme which why in COsome single-celled
is highly toxic
Proteins
family of proteins called globins,
very similar
all o
to and
aerobic Myoglobin is a single polypeptide of 153 amino acid
binding proteins regulate the access of CO otherorganisms (a topic explored later, in Box ilar primary and tertiary structures. T
uted, occurring even
5–1). By surrounding residues andwith one molecule
sequestering heme, of heme.
oxygen-Itmade
is typical of the
up of eight !-helical segments co
small molecules to the heme iron.
of proteins called globins, all of(Fig. Myoglobin
78% of the is a sin
binding proteins family regulate
Edge view the access of CO and other
which have
5–3). Aboutsim- amino ac
ilar primary and tertiary structures. The areresidues
polypeptide
protein found is with !one
in these mol
helices.
small molecules to the heme iron.
 - L’eme ha carica netta nulla, a causa dell’annullamento delle o Lascia esposti sulla superficie i residui propanoilici
cariche negative degli anelli pirrolici dato dallo ione bivalente che si legano con legami eteropolari con due residui di
Fe2+. 8885d_c05_157-189 8/12/03 8:55 AM Page 160 mac78 mac78:385_REB:
lisina della mioglobina.
o Il ferro dell’eme Fe2+ è legato con i due legami
Se invece dello ione Fe2+ si sistema lo ione ferrico Fe3+, si ha l’emina,
coordinativi a:
o ferriprotoporfirina, dotata di carica netta positiva, quindi carionica.
 Residuo interno di istidina (Hys F8).
 Altro legame, perpendicolare al piano dell’eme,
Mioglobina. 160 con
Part I Structure anduna molecola di O2 nella forma ossigenata,
Catalysis
mentre resta libero nella forma deossigenata.
La mioglobina è una cromoproteina granulare avente un PM=17.815
Dalton, costituita da: C a higher affinity of the ligan
arrangement of Equation 5–2
- globina: porzione proteica globulare CD bound to free protein is directl
- eme: porzione ferroprotoporfirinica, legata non covalentemente FG centration of free ligand:
alla globina. B
D
[
La globina è costituita da una catena polipeptidica di 153 Ka[L] " #
amminoacidi, caratterizzata da:
F When the concentration of th
- 8 segmenti ad α-elica (75% degli amminoacidi) than the concentration of l
H
o sono indicati con le lettere maiuscole da A a H. G binding of the ligand by the p
- è estremamente compatta, anche se non contiene cisteine che bly change the concentratio
permettono la formazione di legami disolfuro. E gand—that is, [L] remains co
o Stabilizzata da numerose interazioni idrofobiche fra AB broadly applicable to most liga
residui di amminoacidi apolari (leucina, valina, ecc…) GH in cells and simplifies our de
EF
all’interno della molecola. equilibrium.
o Sulla superficie sono esposti i residui di amminoacidi A
We can now consider the
polari che reagiscono con l’acqua: the standpoint of the fractio
 Tali cariche prevengono l’interazione di due binding sites on the protein th
globine, coprendosi del mezzo acquoso.
binding sites occu
FIGURE 5–3 The structure of myoglobin. (PDB ID 1MBO) The eight ! " ###
La mioglobina è dunque una molecola solubile in acqua, pur total binding si
essendo impermeabile: "-helical segments (shown here as cylinders) are labeled A through
H. Nonhelical residues in the bends that connect them are labeled Substituting Ka[L][P] for [PL]
- eccezione sono due residui di istidina che pur essendo polari, AB, CD, EF, and so forth, indicating the segments they interconnect. arranging terms gives
la funzione della mioglobina è quella di legare ossigeno molecolare,
sono posti all’interno della molecola, a ridosso dell’eme. A few bends, including BC and DE, are abrupt and do not contain
poiché l’eme da solo lo lega solo in maniera fugace: Ka[L][P] Ka
- L’eme è sistemato in una tasca idrofobica della molecola any residues; these are not normally labeled. (The short segment vis- ! " ## " #
Ka[L][P] ! [P] Ka[L
globinica - deve creare una tasca idrofobica che permette al ferro di non
ible between D and E is an artifact of the computer representation.)
The heme is boundallo
in a stato
pocket made up largely 3+ the E and F he-
passare ossidato (Feof ), che è incapace di legare
lices, although amino acid residues from other segments of the pro-
ossigeno The value of Ka can be determ
tein also participate.
sus the concentration of free li
equation of the form x " y/(y
bola, and ! is thus found to be
Protein-Ligand Interactions Can Be [L]. The fraction of ligand-bi
proaches saturation asymptoti
 162 Part I Structure and Catalysis
Corso di Biochimica  61 

Protein idrofobico
Structure Affects How Ligands Bind O
- deve creare un ambiente che preserva il ferro J
O c
nello stato ridotto eTherende duraturo
binding il legame
of a ligand con isO2rarely
to a protein . as simple O C
A A
- La globina fa indebolire
as the above equations would suggest. The l’O
di 100 volte il legame del ferro con 2,
interaction O Fe O O Fe O
permettendone il rilascio fisiologico. A A
is greatly affected by protein structure and is often ac- (a) X (b) X
- La mioglobina, comecompanied
l’emoglobina, può legarsi alchanges.
by conformational monossido For di
example,
carbonio (CO) con affinità 200 volte
the specificity withsuperiore
which heme a quella
binds its various ligands
dell’ossigeno. is altered when the heme is a component of myoglobin.
Carbon monoxide binds to free heme molecules more
La mioglobina si trova in:
than 20,000 times better than does O2 (that is, the Kd
or P50
- fibre rosse del muscolo for CO binding to free heme is more than 20,000
scheletrico
timesnelle
- altissime concentrazioni lowerfibrocellule
than that fordelOmiocardio.
2), but it binds only about
200 times better when the heme is bound in myoglobin. His E7
La sua funzione è di trasferire
The l’ossigeno
difference may chebeproviene
partly explained by steric hin- Phe CD1
dall’emoglobina alla citocromo ossidasi
drance. When O2 binds mitocondriale:
to free heme, the axis of the oxy-
H
- ha affinità maggioregen
permolecule
l’ossigenois positioned at an angle to the FeOO bond
rispetto all’emoglobina. Val E11
(Fig. 5–5a). In contrast, when CO binds to free heme, O2
- Ha affinità minore rispetto alla citocromo ossidasi.
the Fe, C, and O atoms lie in a straight line (Fig. 5–5b).
Nel contempo ha anche unaInfunzione
both cases,dithe
deposito di O2 nelle
binding reflects the geometry of hy- Fe
fibrocellule muscolari. brid orbitals in each ligand. In myoglobin, His64 (His E7),
on the O2-binding side of the heme, is too far away to
coordinate with the heme iron, but it does interact with
a ligand bound to heme. This residue, called the distal
His, does not affect the binding of O2 (Fig. 5–5c) but His F8
may preclude the linear binding of CO, providing one
explanation for the diminished binding of CO to heme
in myoglobin (and hemoglobin). A reduction in CO bind-
ing is physiologically important, because CO is a low- (c)
level byproduct of cellular metabolism. Other factors,
not yet well-defined, also seem to modulate the inter- FIGURE 5–5 Steric effects on the binding of ligands to the heme of
action of heme with CO in these proteins. myoglobin. (a) Oxygen binds to heme with the O2 axis at an angle,
The binding of O2 to the heme in myoglobin also de- a binding conformation readily accommodated by myoglobin. (b) Car-
pends on molecular motions, or “breathing,” in the pro- bon monoxide binds to free heme with the CO axis perpendicular to
tein structure. The heme molecule is deeply buried in the plane of the porphyrin ring. When binding to the heme in myo-
the folded polypeptide, with no direct path for oxygen globin, CO is forced to adopt a slight angle because the perpendicu-
to move from the surrounding solution to the ligand- lar arrangement is sterically blocked by His E7, the distal His. This ef-
fect weakens the binding of CO to myoglobin. (c) Another view
binding site. If the protein were rigid, O2 could not en-
(derived from PDB ID 1MBO), showing the arrangement of key amino
ter or leave the heme pocket at a measurable rate. How-
acid residues around the heme of myoglobin. The bound O2 is hy-
ever, rapid molecular flexing of the amino acid side
drogen-bonded to the distal His, His E7 (His64), further facilitating the
chains produces transient cavities in the protein struc-
binding of O2.
ture, and O2 evidently makes its way in and out by mov-
ing through these cavities. Computer simulations of
rapid structural fluctuations in myoglobin suggest that
the maturation process, the stem cell produces daugh-

Emoglobina.
L’emoglobina è una proteina tetramerica di PM 64500 costituita da 4
subunità, ciascuna composta da:
- globina
- eme
L’emoglobina dell’uomo adulto è costituita da 4 globine:
- 2 di tipo α: composte da 141 residui.
- 2 di tipo β: composte da 146 amminoacidi.
L’emoglobina adulta deriva dall’associazione di due dimeri α1β2 e α2β1.
Le subunità dell’emoglobina presentano una notevole analogia con la
mioglobina, nonostante la diversità notevole della natura degli
amminoacidi nella sequenza primaria:
- contengono 8 segmenti elicizzati (A-H) che rappresentano il
75% degli amminoacidi costitutivi totali.
- Sono tutte codificate da geni differenti, probabilmente con un
antenato comune.
Tuttavia, una differenza importante tra mioglobina e globine
dell’emoglobina è data dalla natura dei residui superficiali:
- la mioglobina, in quanto monomero, espone su tutta la
superficie esterna i residui polari, che interagiscono con l’acqua
e evitano l’associazione tra molecole di mioglobina.
- I residui superficiali delle subunità di Hb, sono predisposti a
formare legami idrogeno e apolari con le altre tre subunità nella
parte dedicata alla struttura quaternaria.
Ogni subunità α si associa a 2 subunità β nella molecola e vice versa,
e per questo motivo, nella dissociazione, vi sono dimeri αβ.
Come nella mioglobina, ciascuna subunità dell’emoglobina è dotata di
un eme che è sistemato in una tasca idrofobica, in cui contrae legami:
- idrofobici: all’interno della molecola
- eteropolari: in superficie, tra i due carbossili propano ilici
dell’eme e i gruppi amminici di due residui di lisina della catena
polipeptidica.
La funzionalità dell’emoglobina richiede la permanenza del ferro
dell’eme allo stato ridotto Fe2+:
- lo ione ferroso è legato da una parte da un residuo di istidina
F8
- l’altra parte è libera nella de ossiemoglobina e occupata da un
atomo di O2 nella ossiemoglobina.
L’Hb è contenuta nel globuli rossi e la sua concentrazione varia attorno
a 15 g/100ml:
- ogni 24 ore vengono rinnovati (distrutti e risintetizzati) 6,25 g di
emoglobina.
Funzioni dell’emoglobina.
L’emoglobina svolge tre funzioni:
- trasporto dell’O2: dai polmoni ai tessuti
- azione tampone sul pH del sangue
- trasporto dell’anidride carbonica (CO2) dai tessuti ai
polmoni.
Trasporto dell’ossigeno.
La funzione principale dell’emoglobina è quella del trasporto nel
sangue dell’ossigeno molecolare dai polmoni ai tessuti:
- la quantità di ossigeno che si combina con Hb dipende dalla
pressione parziale di O2.
- Una molecola di Hb contiene 4 gruppi eme, i quali legano
reversibilmente una sola molecola di ossigeno.
- La reazione avviene secondo il seguente equilibrio.
Hb + 4O2 ⇔ Hb(O2 ) 4
€
 13
A elevate pressioni parziali, nei polmoni, l’equilibrio è spostato verso
destra (HbO), mentre a basse pressioni, come nei tessuti periferici,
l’equilibrio si sposta a sinistra e l’ossigeno viene rilasciato.
14
Questa è la curva di dissociazione dell’emoglobina, confrontata con
quella della mioglobina:
- la curva relativa alla mioglobina è iperbolica
- la curva dell’emoglobina è curva sigmoidea o ad esse italica.
Dalla comparazione di queste due curve, si può rilavare che la
mioglobina è sempre più affine all’emoglobina per ogni valore di
pressione parziale di O2:
- ha sempre maggiore affinità per l’ossigeno.
Corso di Biochimica  63 
- Si può apprezzare una sostanziale differenza nei valori di P50,
ovvero le pressioni parziali in cui le molecole sono saturate per
il 50%:
o P50 emoglobina: 26 mmHg
o P50 mioglobina: 1 mmHg.
- Tale differenza riflette la struttura monomerica o tetramerica
delle due molecole.
La forma ad S italica della curva di dissociazione dell’emoglobina, è
dovuta all’interdipendenza funzionale dei 4 emi:
- il primo eme si ossigena lentamente,
- il secondo, il terzo e il quarto si combinano progressivamente
un maniera più rapida con O2.
- Tale effetto è detto effetto cooperativo tra emi, e prevede una
modificazione conformazionale dei tetrameri dopo il legame
con una molecola di ossigeno.
- Questo è un tipico esempio di comportamento allosterico,
che è condiviso da numerosi enzimi tetramerici.
La forma sigmoidale della curva di dissociazione dell’emoglobina
riveste una particolare importanza fisiologica.
Nell’aria che respiriamo, a pressione 760 mmHg, l’ossigeno
rappresenta circa il 20%, quindi ha una pressione parziale di circa 150
mmHg:
- nell’aria presente nei polmoni la pO2 si abbassa a 100 mmHg
circa, sia per la sua saturazione con il vapore acqueo che per
la maggiore presenza di CO2.
- Dopo la diffusione nei capillari polmonari, si ha un’ulteriore
riduzione a 90 mmHg.
Dalla curva si può dedurre che:
- a 90 mmHg l’emoglobina è praticamente tutta saturata con
ossigeno.
- Nei tessuti si giunge a una pO2 di circa 15-20 mmHg.
 Proteins very similar to myoglobin are wide
to aerobic organisms (a topic explored later, in Box
uted, occurring even in some single-celled o
5–1). By surrounding and sequestering heme, oxygen-
Myoglobin is a single polypeptide of 153 a
binding proteins regulate the access of CO and other
residues with one molecule of heme. It is typi
small molecules to the heme iron.
family of proteins called globins, all of which
o A tali pressioni l’emoglobina lascia più del 75% ilar primary and tertiary structures. The poly
8885d_c05_157-189 8/12/03 8:55 AM Page 165 mac78 mac78:385_REB: made up of eight !-helical segments connected
dell’ossigeno.
Edge view (Fig. 5–3). About 78% of the amino acid resid
o La mioglobina, per converso, ha un’affinità per
protein are found in these ! helices.
l’ossigeno 26 volte superiore e è ancora tutta in forma
CH Any detailed discussion of protein fun
ossigenata. Chapter 5 Protein Function 165 HN evitably involves protein structure. To faci
N Fe O2
C treatment of myoglobin, we first introduce so
CH
His HC3 CH2 tural conventions peculiar to globins. As seen
5–3, the helical segments are named A throu
a2 b
individual amino acid residue is designated eit
1
a 2
b 1

Histidine Plane of position in the amino acid sequence or by it

residue porphyrin within the sequence of a particular !-helical
His HC3
ring system For example, the His residue coordinated to
FIGURE 5–2 The heme group viewed from the side. This view shows in myoglobin, His93 (the 93rd amino acid res
the two coordination bondsche
Fattori
2"
to Femodificano
perpendicular l’affinità
to the porphyrin the amino-terminal
dell’emoglobina end of the myoglobin po
per l’ossigeno.
ring system. One of these two bonds is occupied by a His residue, sequence), is also called His F8 (the 8th res
b2 a 1 sometimes calledPressione The other bond is the binding site helix F). The bends
della CO2 (pCO2) e concentrazione degli ioni idrogeno (pH).
the proximal His. in the structure are desig
CD, EF, FG, and so forth, reflecting the !-he
b a 1
2
for oxygen. The remaining four coordination bonds are in the plane
His HC3 Il legame
of, and bonded to, di O2 ring
the flat porphyrin consystem.
l’emoglobina è influenzato ments dalla
theypCO 2, nel senso
connect.
T state R state
che un aumento della pCO2, causa un aumento della pO2
FIGURE 5–10 The T n R transition. (PDB ID 1HGA and 1BBB) In
A these
livello molecolare,
depictions of deoxyhemoglobin, assi sono
in Figure individuate
5–9, the ! subunits
5–9. The transition from the T state to the R state shifts the subunit
due stati tridimensionali per
pairs substantially, affecting certain ion pairs. Most noticeably, the His
necessaria per la saturazione dell’emoglobina:
are blue and the " subunits are gray. Positively charged side chains HC3 residues at the carboxyl termini of the ! subunits, which are in-
l’emoglobina.
and chain termini involved in ion pairs are shown in blue, their neg- volved in ion pairs in the T state, rotate in the R state toward the cen- - per un determinato valore di pO2, il grado di dissociazione della
atively charged partners in red. The Lys C5 of each " subunit and Asp ter of the molecule, where they are no longer in ion pairs. Another
- stato rilassato: la molecola d’emoglobina ha dimensioni
FG1 of each ! subunit are visible but not labeled (compare Fig. 5–9a). dramatic result of the T n R transition is a narrowing of the pocket HbO2 aumenta con l’aumentare della pCO2.
Note that the molecule is oriented slightly differently than in Figure
maggiori per la presenza di uno spazio maggiore tra le
between the ! subunits. - Più CO2 è presente, meno O2 resta legato all’emoglobina.
subunità, con maggiore affinità per O2. Lo stesso effetto di ha aumentando la concentrazione di H+
O with high affinity would bind it efficiently in the lungs An allosteric protein is one in which the binding
2
- Stato teso: la molecola d’emoglobina
but would not release much of it in the tissues. If the
è stretta e perde affinità
of a ligand to one site affects the binding properties of (diminuzione di pH), poiché l’affinità dell’emoglobina per l’O2
peroxygen
protein bound l’ossigeno.
with a sufficiently low affinity to another site on the same protein. The term “allosteric”
aumenta se aumenta il pH e diminuisce con la diminuzione del
release it in the tissues, it would not pick up much oxy- derives from the Greek allos, “other,” and stereos,
Quando l’emoglobina, completamente“solid”
gen in the lungs.
ossigenata allo stato R perde
or “shape.” Allosteric proteins are those having pH:
Hemoglobin solves the problem by undergoing a “other shapes,” or conformations, induced by the bind-
una molecola
transition d’ossigeno,
from a low-affinity state (the passa
T state) toallo
a stato T, che
ing of ligands facilita
referred l’espulsione
to as modulators. The conforma- - La CO2 si presenta sottoforma di acido carbonico in soluzione,
high-affinity state (the R state) as more O molecules tional changes induced by the modulator(s) intercon-
degli altri tre O
are bound. As a result, .
2 hemoglobin has a hybrid S-
2
vert more-active and less-active forms of the protein. - Quindi l’effetto della CO2 è attribuibile alla relativa diminuzione
shaped, or sigmoid, binding curve for oxygen (Fig. The modulators for allosteric proteins may be either
Se5–12).
l’emoglobina è tesa
A single-subunit protein e adeossigenata
with single ligand- e assume
inhibitors un When
or activators. ossigeno,
the normal passa
ligand and
del pH.
binding site cannot produce a sigmoid binding curve—
alo stato R, che facilita l’assunzione
even if binding elicits a conformational change—
di altre tre molecole. A causa della dissociazione dell’acido carbonico il pH si abbassa man
Val FG5
because each molecule of ligand binds independently
and cannot affect the binding of another molecule. In Leu Heme mano che si accumula CO2.
contrast, O2 binding to individual subunits of hemo- FG3
globin can alter the affinity for O2 in adjacent subunits.
O2
CO2 + H 2O ⇔ H 2CO3 ⇔ HCO3− + H +
The first molecule of O2 that interacts with deoxyhe-
moglobin binds weakly, because it binds to a subunit His F8
in the T state. Its binding, however, leads to confor- la risposta dell’emoglobina al pH o alla pCO2, detto anche effetto
Helix F
mational changes that are communicated to adjacent
Leu F4
Bohr, si può esprimere anche mediante questa relazione, in cui n<2:
subunits, making it easier for additional molecules of
O2 to bind. In effect, the T n R transition occurs more
T state R state
readily in the second subunit once O2 is bound to the €
first subunit. The last (fourth) O2 molecule binds to a FIGURE 5–11 Changes in conformation near heme on O2 binding
heme in a subunit that is already in the R state, and to deoxyhemoglobin. (Derived from PDB ID 1HGA and 1BBB.) The
hence it binds with much higher affinity than the first shift in the position of the F helix when heme binds O2 is thought to
molecule. be one of the adjustments that triggers the T n R transition.
 Chapter 5 Protein Function 171 Corso di Biochimica  65 

1.0 Hb(O2 ) 4 + nH + ⇔ Hb.nH + 4O2 ß, per Isformare

Oxygen Binding to Hemoglobin legami eteropolari tra i residui di lisina e istidina
Regulated
carichi
by 2,3-Bisphosphoglycerate positivamente.
questa relazione indica che: - Il BPG si sistema tra le due globine ß soltanto se l’emoglobina
The interaction of 2,3-bisphosphoglycerate (BPG)
- di hemoglobin providesè an
un aumento di protoni nei tessuti, conseguente al rilasciowith nello stato deossi,
example of
e stabilizza tale stato creando minore
heterotropic
CO€2, sposta verso destra la reazione,pHprotonando
7.6 l’emoglobina affinità per l’O2.
allosteric modulation.
e rilasciando molecole di ossigeno. Per contro, quando l’ossigeno si lega alla
- Un aumento
"
# O
v 0.5 di O2 (polmoni) sposta
pH 7.4l’equilibrio a sinistra, con G J deossiemoglobina, produce modificazioni
rilascio di protoni e formazione di ossiemoglobina. C O
A B conformazionali nella molecola, che espelle il
HOCOOOP O O" BPG:
L’effetto Bohr aggiusta la cessionepHdell’ossigeno
7.2 da parte A A
dell’ossiemoglobina in relazione alla domanda di ossigeno dei tessuti: HO C OH O"
A Hb − BPG + 4O2 ⇔ Hb(O2 ) 4 + BPG
O
- la domanda di ossigeno è proporzionata alla diminuzione del A il legame della emoglobina con BPG o con
pH, conseguenza dell’attività catabolica dei tessuti (rilascio di "
O OP P O
l’ossigeno è mutuamente esclusivo, o l’uno o
A
CO2). 0
0 2 4 6 8 10 O" l’altro.
- Nei polmoni, dove si libera pOl’anidride
2 (kPa)
carbonica, il pH del 2,3-Bisphosphoglycerate €
sangue tende ad aumentare, quindi aumenta l’affinità BPG is present in relatively high concentrations L’azione del BPG nel modificare l’affinità per
in ery-
FIGURE 5–16 Effectper
dell’emoglobina of pHl’Oon .the binding of oxygen to hemoglobin.
2 l’ossigeno dell’emoglobina costituisce un importante meccanismo di
throcytes. When hemoglobin is isolated, it contains sub-
The pH of blood is 7.6 in the lungs and 7.2 in the tissues. Experimental compenso respiratorio:
measurements on hemoglobin binding areper
oftenO performed at pH 7.4. stantial amounts of bound BPG, which can be difficult
Temperatura: l’affinità dell’emoglobina 2 diminuisce con
to remove completely.- In fact, the O2-binding
in situazioni curveslaforconcentrazione di BPG negli eritrociti
di ipossia,
l’aumento della temperatura. hemoglobin that we have
tonated in oxyhemoglobin at pH 7.6, the blood pH in the aumenta, stimolando ilwere
examined to this point rilascio di ossigeno.
La temperatura
lungs. As piùthe
bassa del sangue
concentration of Hpolmonare,
!
a contatto
rises, protonation obtained
of con l’aria, in the presence of bound BPG.della
- Alterazioni 2,3-Bisphospho-
glicolisi, meccanismo in cui si forma il BPG, si
facilita il legame
His HC3 di O2 conrelease
promotes l’emoglobina,
of oxygenmentre la temperatura
by favoring a tran- glycerate
più is known to greatly reduce sull’affinità
ripercuotono the affinity dell’emoglobina
of per l’ossigeno, quindi
elevata del sangue
sition to thenei tessuti,
T state. ne facilita
Protonation of la
thedissociazione.
amino-terminal hemoglobin for oxygen—there is an inverse relationship
sull’efficienza del trasporto.
residues of the ! subunits, certain other His residues, between the binding of O2 and o theDeficienza
binding of di BPG. We
esochinasi, enzima che opera a monte
2,3-bisfosfoglicerato
and perhaps other(BPG). groups has a similar effect. can therefore describe another binding process for
della fosforilazione del BPG, la concentrazione
Thus we see that the four polypeptide chains of he- hemoglobin:
Da tempo è noto che: diminuisce e l’affinità per l’emoglobina aumenta.
moglobin communicate with each other about not only zoHbO Per
!
HbBPG ! O2 y 2 ! deficienza
BPG della piruvato chinasi, enzima che
- l’emoglobina
O2 binding topresente
their hemenei globuli
groups butrossi
also Hlega l’ossigeno
binding to con opera a valle rispetto alla formazione di BPG, si ha
specific
affinità amino acid
maggiore residues.
rispetto And there is still
all’emoglobina more
libera to
in soluzione. BPG binds at a site distant from the oxygen-binding
l’accumulo di BPG, quindi una ridotta affinità di Hb per
the story.
- I globuli Hemoglobin
rossi contengono also 2,3-bisfosfoglicerato
binds CO2, again in a man- in quantità and regulates the O2-binding affinity
site
l’O .
of hemoglobin
ner inversely
equivalenti relateddell’emoglobina.
a quelle to the binding of oxygen. Carbon in relation to the pO2 in the lungs. 2BPG plays an im-
dioxide binds as a carbamate group to the !-amino portant role in the physiological adaptation to the lower
Il BPG legandosi
group at all’emoglobina in rapporto
the amino-terminal 1:1globin
end of each ne influenza
chain, l’affinità
pO2 available at Azione
high altitudes.
tampone.For a healthy human
per l’ossigeno:
forming carbaminohemoglobin: strolling by the ocean, the binding of O2 to hemoglobin
is regulated such L’azione tampone
that the amount of O2dell’emoglobina
delivered to the con il plasma, avviene con due
- il BPG si O lega alla
H deossiemoglobina
H O" H H
disponendosi nella differenti meccanismi:
B
!
tissues is equivalent to nearly 40% of the maximum that
cavità interna allaAsua strutturaGquaternaria,
A A tra le due subunità
could be carried by the blood (Fig. 5–17). Imagine that
C ! H 2N O COCO CONOC O CO
B A B B A B this person is quickly transported to a mountainside at
O R O O R O
an altitude of 4,500 meters, where the pO2 is consider-
Amino-terminal Carbamino-terminal
residue residue ably lower. The delivery of O2 to the tissues is now re-
duced. However, after just a few hours at the higher al-
!
 - meccanismo molecolare: basato sull’intervanto dei gruppi
ionizzabili della molecola dell’emoglobina, aventi pK prossimi al
valore del pH del sangue.
o 38 residui di istidina che possono assumere o cedere
protoni al variare del pH.
- Meccanismo funzionale: basato sull’effetto Bohr.
Il meccanismo tampone funzionale prevede che quando l’Hb
reagisce con l’O2 la sua struttura quaternaria subisce una
modificazione conformazionale:
- il Fe2+ si sposta rispetto al piano dell’anello porfirinico dell’eme.
o Nella deossiemoglobina il ferro si trova dislocato rispetto
al piano dell’eme, attratto dal residuo di istidina a cui è
legato.
o Il sua raggio atomico ha un diametro superiore a quello
dello spazio tetra - dentato porfirinico.
o Nel legame con O2, il raggio atomico del Fe diminuisce
e questo si accomoda nello spazio tetra dentato, nel
piano dell’anello.
o Nello spostarsi, il ferro trascina con sé l’istidina, la quale
provoca una modificazione conformazionale di tutta la
molecola.
- Nella modificazione conformazionale alcuni amminoacidi
vengono a trovarsi in un nuovo ambiente elettrochimico, che
impone maggiore dissociazione protonica.
o La ossigenazione dell’emoglobina produce quindi una
diminuzione di pK di questi residui di amminoacidi da 8
(deossi) a 7 (ossi).
o Il grado di dissociazione della ossiemoglobina è
maggiore di quello della deossiemoglobina.
o La ossiemoglobina è acido più forte rispetto alla
deossiemoglobina.
Per queste ragioni, si nota che:
- diminuzione del pH del sangue (tessuti) facilita la formazione di
deossiemoglobina.
- Aumento del pH del sangue (polmoni), facilita la formazione di
ossiemoglobina.
In definitiva:
- la deossiemoglobina, nei tessuti sottrae protoni al mezzo,
- nei polmoni la ossiemoglobina li rilascia
tuttavia si mantiene costante la concentrazione protonica nonostante a
loro produzione e eliminazione:
- l’emoglobina agisce come tampone, opponendosi alle
variazioni di pH sia a livello dei tessuti che a livello dei polmoni.
Trasporto dell’anidride carbonica.
L’anidride carbonica (CO2) che si produce nel catabolismo cellulare
dei tessuti diffonde dalle cellule al liquido interstiziale, e da questo al
sangue per tornare nei polmoni per essere eliminata.
Questo trasporto avviene senza che il pH del sangue venga modificato
e senza che si formino bolle di CO2 gassosa nel sangue venoso:
- l’emoglobina provvede in due differenti forme al trasporto di
CO2, evitando che si formino bolle.
o Trasporto diretto
o Trasporto indiretto.
Trasporto diretto.
Nel trasporto diretto l’emoglobina lega covalentemente una
percentuale di anidride carbonica pari a circa il 10% del totale:
- la lega in corrispondenza dei gruppi amminici non protonati
della lisina.
- Il legame della CO2 con l’emoglobina abbassa l’affinità di
questa per l’ossigeno, favorendone il rilascio.
- La CO2 si lega tuttavia più facilmente alla deossiemoglobina.
Hb − NH 2 + CO2 ⇔ Hb − NH − COO− + H +
Per cui:
- nel sangue arterioso sarà presente ossiemoglobina non
€ carbossilata
 Corso di Biochimica  67 

- nel sangue venoso vi sarà deossiemoglobina carbossilata - effettivamente, la concentrazione del bicarbonato è venti volte
sulle lisine. superiore a quella dell’acido corrispondente.
- Se il rapporto rimane costante il pH del sangue è 7,4.
Trasporto indiretto. - Se tale rapporto aumenta (pH>7,4) si ha alcalosi,
Al trasporto indiretto della CO2 l’emoglobina contribuisce tramite il suo - Se il rapporto diminuisce (pH<7,4) si ha acidosi.
potere tampone, mantenendo gran parte della CO2 in forma di
bicarbonato (HCO3-).
Hb − NH − COO− ⇔ CO2 (sciolta) + H 2O ⇔ H 2CO3 ⇔ HCO3− + H +
Nel sangue venoso la maggior parte della CO2 è in forma di HCO3-
(circa 85%):

€ - solo il 5% della CO2 è sciolta come tale o in forma idrata

(H2CO3).
- La presenza negli eritrociti dell’anidrasi carbonica, un enzima
contenente Zn, che catalizza la idratazione reversibile della
CO2 in acido carbonico fa si che questo equilibrio si stabilisca
in un tempo molto breve.
- Man mano che i tessuti scaricano CO2 nel sangue, questa
viene prontamente idratata in acido carbonico, che si dissocia
prontamente (pK=6,1) in
o Bicarbonato
o Protoni
H 2CO3 ⇔ HCO3− + H +
L’emoglobina deossigenata sequestra i protoni H+, spostando la
reazione verso destra, consentendo l’equilibrio ionico nel sangue:
- in questo
€ processo circa l’85% della CO2 che entra nel sangue
viene trasformata in bicarbonato (HCO3-)
- l’emoglobina prende tutti gli H+ senza modificare
sostanzialmente la concentrazione protonica del sangue. 25

Con la legge di Henderson-Hasselbach si può misurare il rapporto tra Questo schema presenta il percorso dell’ossigeno e dell’anidride
le concentrazioni di bicarbonato e quello di acido carbonico, che si carbonica, con le loro azioni con l’emoglobina:
rivela essere circa 20: - a livello dei tessuti l

Combinazione degli
effetti del 2,3-BPG e
 o a CO2 che entra nel sangue viene idratata per azione
della anidrasi carbonica tissutale, a H2CO3 che si
dissocia in HCO3- e H+.
o l’aumento di H+ facilita il rilascio di O2 dalla
ossiemoglobina (HbO2)
o la deossiemoglobina formatasi associa gli H+
sottraendoli al mezzo (effetto tampone).
- Trasportati dal sangue venoso, HbH e HCO3- arrivano ai
polmoni, dove:
o HbH combinandosi con O2 diventa HbO-2 e dissocia H+,
stabilendo rapporti con gli ioni Na+ e K+
o I protoni si associano con il HCO3- formando H2CO3.
o H2CO3 per azione dell’anidrasi carbonica polmonare
viene dissociata in CO2 e H2O, che vengono rilasciate
dai polmoni nell’aria.
Si deve notare che la riserva alcalina, ovvero l’insieme di K+ e Na+ nel
sangue, è associata con:
- nel sangue venoso: HCO3-.
- Nel sangue arterioso: HbO-2.
Durante l’intero processo i protoni non sono mai liberi:
- tessuti: catturati da HbO-2
- nei polmoni: catturati dal bicarbonato HCO3-.
Per questo motivo non vi sono mai grandi variazioni di pH durante gli
scambi metabolici all’interno del sangue, definendo tale processo
come isoidrico:
- solo nel sangue venoso vi è una leggerissima diminuzione di
pH.
Varianti fisiologiche dell’emoglobina.
Nei globuli rossi degli individui normali sono presenti differenti
emoglobine a seconda delle varie fasi dello sviluppo, e precisamente:
- emoglobina embrionale: la Hb-E (α2ε2), la forma prevalente di
emoglobina nell’embrione nelle prime fasi dello sviluppo (4°-10°
settimana)
- emoglobina fetale: la Hb-F (α2γ2). Caratteristica degli ultimi 6
mesi di gestazione.
o Non lega BPG, quindi ha una maggiore affinità per l’O2
rispetto all’emoglobina adulta.
o Consente il trasferimento dell’ossigeno dal sangue
arterioso materno a quello fetale per semplice
diffusione.
o Nel frattempo, anche la pO2 del sangue periferico fetale
è più bassa rispetto a quella del sangue placentare,
quindi la Hb-F rilascia più facilmente l’O2 ai tessuti fetali.
- Emoglobine adulte: negli adulti vi sono due differenti tipi di
emoglobine, che sono presenti in percentuali differenti:
o Hb-A1: (α2β2) costituisce il 90% dell’emoglobina
presente nella vita postnatale.
o Hb-A2: (α2δ2) costituisce circa il 2,5% dell’emoglobina
adulta.
Tutte le Hb possiedono catene α, mentre differiscono per le
catene che non sono α (β, γ, δ, ε):
- le catene non α, hanno tutte la stessa lunghezza (146 aa), ma
differiscono per alcuni residui della sequenza.
Emoglobine atipiche.
Le mutazioni genetiche a livello dei geni codificanti per l’emoglobina
possono portare a strutture primarie e conformazioni anomale
dell’emoglobina.
Emoglobina S (HbS).
Questa emoglobina è responsabile dell’anemia falciforme, così
nominata per la forma che assumono gli eritrociti degli individui che ne
sono affetti quando sono esposti a basse tensioni di O2:
 Corso di Biochimica  69 

- vi è una mutazione nella posizione 6 della catena beta, in cui si Si distinguono:

situa un residuo di valina invece di un residuo di acido
- talassemie alfa: colpiscono i due geni per le catene alfa
glutammico.
localizzati sul cromosoma 16.
- Tale mutazione causa delle proprietà elettroforetiche
- Talassemie beta: colpiscono le subunità beta, tramite
nell’emoglobina, la quale migra più lentamente al catodo a
mutazione de geni sul cromosoma.
causa di due cariche negative in meno.
- Anche la solubilità diminuisce di circa 25 volte a causa di una Le talassemie, se in condizioni di omozigosi, sono solitamente letali, a
interazione idrofobica tra la vailna terminale di una delle due causa della produzione di tetrameri beta o di compensazione con
catene e quella in posizione 6 dell’altra catena beta. emoglobina fetale, la quale è però insensibile all’effetto Bohr, quindi
o Ne deriva una polimerizzazione che da luogo ad un vede un insufficiente rilascio di O2 nei tessuti.
precipitato fibroso, che induce la deformazione a falce
del globulo rosso.
I globuli rossi a falce hanno una vita molto più breve di quelli normali:
- sono più facilmente emolizzabili e agglutinabili sulle pareti dei
vasi.
- Vengono facilmente fagocitati dal reticolo endoteliale e rimossi
dal circolo, causando anemia.

Emoglobina M.
L’istidina prossimale all’eme è sostituita in entrambe le catene con
tirosina, che si lega con legame coordinativo al ferro dell’eme, ma
stabilizzandolo in forma ferrica (Fe3+):
- si dice anche metaemoglobina.
- L’eme non può legare ossigeno e la malattia è infatti legale per
gli omozigoti.
- L’anemia da emoglobina M si manifesta con cianosi più o meno
intensa.

Talassemie.
Le talassemie sono emoglobinopatie causate da errori genetici che si
traducono nella difettosa sintesi non di un solo amminoacido, ma
anche di una o più catene polipeptidiche.
rare amino acids; together they constitute approximately 5
percent of the amino acids in a protein. Four amino acids— C N C N
N1 6 5C 7 H N1 6 5C 7
eucine, serine,
hemical Foundations
lysine, and glutamic acid—are the most abun- 8 CH 8 CH
HC 2 3 4 C 9 C 2 3 4C 9
dant amino acids, totaling 32 percent of all the amino acid N N H2 N N N
residues in a typical protein. However, the amino acid com-
s are more
position abundant
of proteins canin vary
proteinswidely thanfrom these values.
PURINES H H
steine, tryptophan, and methionine are Adenine (A) Guanine Basi
(G) azotate eterocicliche.
N H2 O
ether they constitute approximately 5
C C In tutti gli acidi nucleici sono presenti due tipi di basi:
Five
acids Different
in a protein.Nucleotides
Four amino acids— Are N1 6 5C 7
N
H N1 6 5C 7
NPYRIMIDINES
and glutamic
Used to BuildNucleotidi, acidi nucleici e nucleoproteine.
acid—areNucleic the Acids
most abun-
HC 2 3 4 C 9
8 CH O
C 2 3 4C 9
8 CHO - Npuriniche:
H2 sono derivati per sostituzione della purina, con un
aling 32 percent of all the amino acid N N H N N N anello esaciclico e uno penta ciclico condiviso.
Two types of chemically similar nucleic acids, DNA (deoxyri- 2C C C
rotein. However, the amino acid com- H N 3 4 5 CH H N 3 4 5 C CH 3 -
N 4 Pirimidiniche:
CH sono derivati dalla pirimidina. Molecola con un
bonucleic acid) and RNA (ribonucleic acid), are the principal H 3 5
an vary widelyGli from acidithese nucleici,
values. sono presenti in tutte le cellule allo2 stato 6 libero Ho2 6 2 singolo
6 esagono.
nformation-carrying molecules of the cell. The monomers Adenine (A) C 1 Guanine CH (G) C 1 CH C 1 CH
combinati in forma di nucleoproteine, ed hanno la O
funzione
N di O N N
rom which DNA and RNA are built, called nucleotides, all O
conservare, trasmettere e tradurre l’informazione genetica.
leotides
have a common Are structure: a phosphate group linked by a PYRIMIDINES H H Basi puriniche.
H
phosphoester
cleic Acids bond
Sono to a pentose
copolimeri (a five-carbon
di nucleotidi, sugar e molecule)
si distinguono
O in: O Uracil (U) Thymine
N H (T) Cytosine (C)
hat in turn is linked to a nitrogen- and carbon-containing ring
2
Le basi puriniche sono formate dalla fusione di due anelli eterocicilici,
ly similarcommonly
structure nucleic acids, DNAto(deoxyri-
- referred
acidi ribonucleici
as a “base” (Figure (RNA): presenti
C per il C90%2-15
! FIGURE nel citoplasma C e
Chemical structures uno
of the pirimidinico
principal bases e l’altro imidazolico:
H2-14a).
N 3 4 5 CH In H N 3 4 5 C CH 3 N 3 4 5 CH
NA (ribonucleic acid), are
per the
il principal
10 nel
RNA, the pentose is ribose; in DNA, it is deoxyribose 2(Figure nucleo in nucleic acids. In nucleic acids and nucleotides, nitrogen 9 of
molecules of the cell. The monomers C 1 6 CH C 2 1 and
purines 6
CH nitrogen 1 of C 2 6
1 CH
pyrimidines (red) are - leto due
bonded the principali basi sono adenina e guanina.
- acidi desossiribonucleici
2-14b). The bases adenine, guanine, and cytosine are found N(DNA): presenti N soltanto nel nucleo.
N
RNA are built, called nucleotides, all O O carbon
1! O
of ribose or deoxyribose. U is only in RN- A, and In alcuni
T is acidi nucleici, prevalentemente RNA, sono presenti
n both DNA and RNA; thymine is found only in DNA, and
cture: a Per idrolisi,
phosphate group gli acidi
linked by nucleici liberano
a H i seguenti only in costituenti:
HD N A. Both RN A and DHN A contain A, G, and C. anche basi puriniche minori o basi puriniche metilate:
uracil is found only in RNA.
a pentose
Adenine (a five-carbon
and guanine sugar molecule)
40
are purines, CHAPTER
which contain 2 • Chemical
Uracil (U) Foundations
a pair of Thymine (T) Cytosine (C) o Ipoxantina
- acido fosforico
a nitrogen- and
used rings; cytosine, carbon-containing ring
uracil are pyrimidines, o 7-metilguanina.
- thymine,
zucchero andpentoso ! FIGURE 2-15 Chemical the 1!structures
carbon atom of theofprincipal
the sugar bases(ribose or deoxyribose) is
ferred to as a
which contain a single “base” (Figure 2-14a). Some In
2-15).amino acidsare are more abundant in proteins thanat position 9 of a purine (N9)oor Ecc…
bose; in DNA,
- ring basi(Figure
it isC,deoxyribose
azotate
(Figure
The bases often
in nucleic acids. In nucleic attached
acids to andthe nitrogen
nucleotides, nitrogen 9 of
PURINES
at
abbreviated A, G, T, and U, other amino acids.
respectively; these Cysteine,
same single- tryptophan,
purines and nitrogen 1 position and
of pyrimidines methionine
1 of (red)
a pyrimidine are
are bonded (Nto1).theThe acidic character N H2 of nu- O
guanine, and cytosine
nine, abbreviations are also are rare found
aminoused acids; totogether theyorconstitute
etter commonly 1! carbon denote the
of ribose cleotides approximately
deoxyribose. is Udue to the
is only RN5A, and T group,
in phosphate is which under normal
A; thymine is found inonly in DNA, percent andof the amino acids in aRNprotein. C "N C N
entire nucleotides nucleic
I costituenti. acid polymers. onlyIn innucleotides,
DN A. Both and DFour
Aintracellular amino
N A contain A,acids—
conditions G, and releases
C. a hydrogen N 1ion6 (H
5C 7), leav- H N1 6 5C 7
RNA. leucine, serine, lysine, and glutamicing acid—are the most negatively
abun- 8 CH 8 CH
the phosphate charged (see 2Figure 2-14a).
ne are purines, which contain dant a pairamino
of HC 3 4 C 9 C 2 3 4C 9
acids, totaling 32 percent Mostofnucleic
all the amino acids in acid cells are associated with N proteins,
N H N N N
thymine, andPentosi. uracil N H2
are pyrimidines,
residues in(b) a the
typical1! carbon
protein.atom of
However, thethesugar amino (riboseacid or
com-deoxyribose) is negatively charged 2
which form ionic interactions with the H H
ring (Figure 2-15). The bases are
Adenine oftenof proteins
position attached canto vary
the nitrogen
widely at position
from these 9 of a purine (N9) or at
values.
I componenti
C zuccherini a 5!
cinque O atomi di phosphates.
carbonio, si trovano sempre
T, and U, respectively; these same single- H Oposition
N CH 2 1 of aO Hpyrimidine (N1and ). The acidic character Adenine (A) Guanine (G)
nellaN1 6 5C 7
forma β-furanosidica, e sono: Cells extracellular fluidsof in nu-
organisms contain small
re also commonly used to 8denote
CH the cleotides
4! is due 1!to the phosphate group, which under normal
2 4 H H concentrations of nucleosides, combinations of a base and a
N Five Different H Nucleotides Are
nucleic acid polymers. HC 3 CIn nucleotides,
9
" PYRIMIDINES
- N ribosio: nell’RNA. intracellular conditions
H releases
sugar without a hydrogen
a phosphate. ion (H ), leav- are
Nucleotides Basi pirimidiniche.
nucleosides that
- Used to Build
2-desossiribosio:
3!
ingnel Nucleic
the DNA.
2!
phosphate Acidsnegatively
have one, charged
two, or (see Figure
three phosphate 2-14a).groups O
esterified at the O
5! N H2
O
Most O HnucleicO H acids in cells are associated with proteins, Sono derivati dalla pirimidina, e negli acidi nucleici sono presenti
5! Two types of chemically Ribose similar nucleic hydroxyl.
acids, Nucleoside
DNA (deoxyri- monophosphates have C a single esteri- C C
HO2 P O which form (ribonucleic
ionic interactions with H N 3 come:
CH 2 (b)
thethe negatively charged
O 4
5 CH H N 3 4 a5 C CH 3 N 3 4 5 CH
bonucleic acid) and RNA fiedacid),
phosphate are (see Figure 2-14a);
principal diphosphates contain
5! phosphates. C 2 1 6 CH C 2 uracile
ON!
4!
H H O CH H2
1!
O information-carrying
O H H O CH 5!
O molecules ofpyrophosphate
the cell. The monomers group: - RNA: 6
1 CH e citosinaC 2 1 6 CH
5 C 7 H H 2Cells and O H
extracellular fluids in organisms contain smallO N O N N
Phosphate 8 CH 4! from which1! DNA and RNA are built, called nucleotides, all - DNA: timina e citosina. O
4C 3! 2! H H 4!concentrations1!of nucleosides, combinations of O a base Oand a
9 H H
have Ha common structure: a phosphate group linked by a H H H
N O H HO H sugar
H without Ha phosphate. Nucleotides are !
Onucleosides
P O P that O UracilNei batteri, nei virus e nei tRNA, si(C)
possono riscontrare altre basi
3! phosphoester
2! bond3!
to a pentose
2!
(a five-carbon sugar molecule) (U) Thymine (T) Cytosine
Ribose
O H that
have
O H in turn is linked
one, two, or three phosphate groups esterified at the
! 5! pirimidiniche minori, o metilate, che hanno funzioni di protezione
O H to aHNucleoside
nitrogen- and carbon-containing ringO !
O
Adenosine 5"-monophosphate
Ribose structure commonly hydroxyl. monophosphates
referred to as a “base” (Figure 2-14a). In have a single ! esteri-
FIGURE dell’informazione
2-15 Chemical genetica.
structures of the principal bases
(AMP) 2-Deoxyribose Pyrophosphate
RNA, the fied phosphate
pentose is ribose; in (see
DNA, Figure
it is 2-14a); diphosphates
deoxyribose (Figure contain
in nucleic a acids. In nucleic acids and nucleotides, nitrogen 9 of
H
1! 5!
2-14b). pyrophosphate group: and triphosphates
bases adenine, guanine, and cytosine are found have a third phosphate.
purines Table 2-2
and nitrogen 1 oflists the
pyrimidines (red) are bonded to the
! FIGURE H
2-14 Common O
H O CH 2 structure H The
O of nucleotides.
names of the nucleosides and 1! carbon ofin
nucleotides ribose
nucleic or deoxyribose.
acids and U is only in RN A, and T is
Adenosine 5 '-monophosphate
a) 2! 4! in
(A both
M P),
1! aDNA and RNA;
nucleotide present thymine is found O only O in DNA, and
H H the various forms of nucleoside only in D N A. Both
phosphates. The RNnucleoside
A and D N A contain A, G, and C.
n ORNH A. By convention, H the carbon uracil His found only in RNA.
atoms of the pentose sugar !
O P O P Oare used in the synthesis of nucleic acids,
triphosphates
n nucleotides are numbered 3! with prim es. In natural
2!Adenine and guaninenucleotides,are purines, which contain a pair of
se
he 1' carbon is joined by a #O Hlinkage fused to rings;
the base (in this case
cytosine, thymine, and which O weare
uracil
! cover
! in Chapter 4. Among their other functions in
O pyrimidines,
phate H the 1! carbon atom of the sugar (ribose or deoxyribose) is
adenine); both the base (blue) and the phosphate on the 5 '
2-Deoxyribose
the cell, GTP
Pyrophosphate participates in intracellular signaling and acts
 N1 5C 7 H N1 5C 7
abun- 2 4
8 CH
2 4
8 CH
HC C 9 C C 9
o acid 3
N N H2 N
3
N N
com-
H H
.
Adenine (A) Guanine (G) Corso di Biochimica  71 
PYRIMIDINES
O O N H2 Nucleotidi.
oxyri- C C C
I nucleotidi sono esteri dell’acido fosforico con uno degli ossidrili dei
H N3 4 H N3 4 4
5 CH 5C CH 3 N3 5 CH
ncipal
nucleosidi (solitamente il 3’ o 5’):
omers C2 1
6
CH C2 1
6
CH C2 1
6
CH
N N N
es, all O O O - fosfomonoesteri dei nucleosidi.
by a H H H - Anche i nucleotidi si distinguono in
ecule) Uracil (U) Thymine (T) Cytosine (C) o Deossiribonucleotidi 8.1 Some Basics 275
g ring o Ribonucleotidi.
4a). In ! FIGURE 2-15 Chemical structures of the principal bases
Figure Tautomeria
in nucleic acids. In delle
nucleic basi azotate.
acids and nucleotides, nitrogen 9 of NH2 O O NH2

found purines and nitrogen 1 of pyrimidines (red) are bonded to the CH3
Le basi puriniche e pirimidiniche contenenti ossigeno
1! carbon of ribose or deoxyribose. U is only in RN A, and T is
esistono in forme N
N
HN
N HN N

A, and
onlytautomeri che
RN Adifferenti: N N O N O N
in D N A. Both and D N A contain A, G, and C. N H2N N
O! O! O! O!
pair of - forma enolica: uno ione idrogeno è disposto sull’ossigeno e !
O P O CH2 O !
O P O CH2 O !
O P O CH2 O !
O P O CH2 O

dines, the 1! carbonnon sull’azoto.

atom of the sugar (ribose or deoxyribose) is O
H
H H
H
O
H
H H
H
O
H
H H
H
O
H
H H
H
often - Forma chetonica:
attached to the nitrogen at positionlo9ione idrogeno
of a purine (N9)èordisposto
at sull’azoto. OH H OH H OH H OH H
ingle- position 1 of a pyrimidine (N1). The acidic character of nu-
te the La migrazione dello ione idrogeno dall’azoto all’ossigeno e viceversa, Nucleotide: Deoxyadenylate
(deoxyadenosine
Deoxyguanylate
(deoxyguanosine
Deoxythymidylate
(deoxythymidine
Deoxycytidylate
(deoxycytidine
cleotides is due to the phosphate group, which under normal
tides, dipende dal pH: 5"-monophosphate) 5"-monophosphate) 5"-monophosphate) 5"-monophosphate)
intracellular conditions releases a hydrogen ion (H"), leav- Symbols: A, dA, dAMP G, dG, dGMP T, dT, dTMP C, dC, dCMP

ing the -phosphate negatively ècharged

a pH fisiologico (see Figure
prevalente la forma2-14a).
chetonica. Nucleoside: Deoxyadenosine Deoxyguanosine Deoxythymidine Deoxycytidine

Most nucleic acids in cells are associated with proteins, (a) Deoxyribonucleotides

which form ionic interactions with the negatively charged O NH2

Nucleosidi.
phosphates.
NH2 O
N N HN N
OH N HN
Cells and extracellular
I nucleosidi fluids in da
sono costituiti organisms
una basecontain small(purina o pirimidina)
azotata N N O N O N
1! N H2N N
concentrations of nucleosides, combinations of a base
legata al ribosio o al deossiribosio, con un legame and a β-N-glicosidico, O! O! O! O!
H
2!
sugar without a phosphate. Nucleotides are nucleosides
che si forma, con eliminazione di acqua, tra: that !
O P O CH2 O !
O P O CH2 O !
O P O CH2 O !
O P O CH2 O

H
have one, two, or three phosphate groups esterified at the 5! O H H O H H O H H O H H
hydroxyl.- Nucleoside
purine: tra l’idrogeno delhave
monophosphates N-9a esingle
l’ossidrile
esteri- in C-1 del pentoso
H H H H H H H H

- pirimidine:
fied phosphate (see Figurel’idrogeno del N-1 delle
2-14a); diphosphates pirimidine
contain a e l’ossidrile C1 OH OH OH OH OH OH OH OH
Nucleotide: Adenylate (adenosine Guanylate (guanosine Uridylate (uridine Cytidylate (cytidine
pyrophosphate delgroup:
pentoso. 5"-monophosphate) 5"-monophosphate) 5"-monophosphate) 5"-monophosphate)
OH Symbols: A, AMP G, GMP U, UMP C, CMP
1! Alcuni nucleosidi sono
O dotati
O di azione fisiologica, ad esempio: Nucleoside: Adenosine Guanosine Uridine Cytidine

H O Pè O O ! (b) Ribonucleotides
! - adenosina: un Pvasodilatatore coronarico e agisce anche
come mediatoreO
!
della
O
!
lipolisi siFIGURE
ricorda che nel corso dell’idrolisi degli RNA
8–4 Deoxyribonucleotides and ribonucleotides of nucleic
acids. All nucleotides are shown in their free form at pH 7.0. The nu-
da parte di alcune
GMP, UMP, and CMP. For each nucleotide, the more common name
is followed by the complete name in parentheses. All abbreviations
se - inosina: ipoxantina-9-riboside
Pyrophosphate ha azione protettiva sulle ribonucleasi
cleotide units of DNA si formano
(a) are i 3’-nucleotidi.
usually symbolized as A, G, T, and C, assume that the phosphate group is at the 5" position. The nucleoside
sometimes as dA, dG, dT, and dC; those of RNA (b) as A, G, U, and portion of each molecule is shaded in light red. In this and the fol-
membrane degli eritrociti, tanto
and triphosphates have a third phosphate. Table 2-2da lists
essere
the impiegata per la C. In their free form the deoxyribonucleotides are commonly abbre- lowing illustrations, the ring carbons are not shown.
conservazione del sangue in vitro.
names of the nucleosides and nucleotides in nucleic acids and
viated dAMP, dGMP, dTMP, and dCMP; the ribonucleotides, AMP,
nt
ugar the various forms of nucleoside phosphates. The nucleoside
ides, triphosphates are used in the synthesis of nucleic acids, TABLE 8–1 Nucleotide and Nucleic Acid Nomenclature
se which we cover in Chapter 4. Among their other functions in
Base Nucleoside Nucleotide Nucleic acid
the cell, GTP participates in intracellular signaling and acts
as an energy reservoir, particularly in protein synthesis, and Purines
Adenine Adenosine Adenylate RNA
 Funzioni biologiche dei nucleotidi. - il radicale α è legato al 5’ con un legame estereo, che
17 idrolizzato libera 3 Kcal (14 KJ/mol per mole
Oltre a costituire le unità fondamentali degli acidi nucleici, i
- i radicali β e γ sono legati al radicale α mediante legami
nucleotidi esistono anche allo stato libero (esterificati sul 5’), come tali
fosfo-anidridici, che sono legami ad alta energia, 7,5
o come derivati.
Kcal/mole (31 KJ/mol).
Questi svolgono funzioni metaboliche di notevole importanza. o Questi legami ad alto contenuto energetico sono detti
legami ad alta energia e indicati solitamente con ~.
23
Metabolismo energetico: nucleotidi adenilici. L’ATP è presente in tutte le cellule dei viventi e a pH fisiologico (7,4) è
I nucleotidi adenilici sono adibiti alla conservazione e al trasporto completamente ionizzato:
cleotidi possono essere mono- (NMP), di- (NDP) o tri-fosfati
dell’energia e assolvono una funzione primaria in tutti i processi - una molecola di ATP possiede 4 cariche negative
P). A partire dal ribosio i tre gruppi fosfato sono denominati
bioenergetici: - è sempre associata e complessata con ioni Mg2+, che
partecipano assieme ai radicali fosforici a tutte le reazioni che
beta e gamma. Il fosfato
- adenosinmonofosfato alfa
radicale fosforico solo.
è legato
(AMP): il 5’mediante
è esterificato legame
con un estere; necessitano di energia liberata da ATP.
fati beta e gamma sono legati
- Adenosindifosfato mediante
(ADP): sul 5’ un legame anidridico. L’ATP
radicale trifosforico come
In alcuni molecola
casi, energetica
anche il GTP gioca un ruolo chiave nei processi
- Adenosintrifosfato (ATP): con un radicale trifosforico sul 5’. energetici.

I tre radicali fosforici legati all’ATP sono indicati con le lettere α, il

primo, β e γ:
18

24
 Corso di Biochimica  73 

Questi due secondi messaggeri sono prodotti da enzimi detti ciclasi,

Reazione ∆G
che provvedono alla loro ciclizzazione e quindi all’attivazione.
AB + 10 Kj/mol Sintesi neucleotidiL’inattivazione
ciclici è ad opera di enzimi detti fosfodiesterasi.

ATPADP - 31 KJ/mol

A + ATP  B + ADP + P -21 KJ/mol (dispersi in calore)

31
33
Questa esemplificazione di reazione mostra come un nucleotide
trifosfato può cedere energia affinchè una reazione endoergonica
possa essere portata a termine:
- in accordo con la termodinamica, non tutta l’energia può essere
utilizzata, ma è in parte dispersa in calore.
P o 3’-5’ AMP ciclico
Mediazione intracellulare di segnali: i nucleotidi ciclici.
P o 3’-5’ GMP ciclico Ruolo del cAMP
I nucleotidi possono dare due tipi di fosfodiesteri:
31
- fosfodiestere interno: il fosfato lega due ossigeni dello stesso
nucleotide (3’ e 5’)
- il fosfato fa da ponte tra due nucleotidi.
messaggeriTra secondari
i fosfodiesteri interni notabili dal punto di vista fisiologico vi sono
ellulari. due messaggeri intracellulari dei segnali portati alle cellule da
ormoni o altre sostanze:
prodotti dalle cilasi in
- cAMP
sta a segnali -extracellulari
cGMP.
33
aggeri primari) quali
ni e fattori di crescita.
ono inattivati dalle
diesterasi dando origine a
o GMP.
Ruolo del cAMP
ri
32
34
 Costituenti di coenzimi.
Nicotinammide-Adenin-Dinucleotide
Le molecole di alcuni coenzimi contengono una porzione adenil-
nucleotidica quali: (NAD+ e NADP+)
- coenzima A
- nicotinammide-adenildinucleotide (NAD)
- nicotinammide-adenildinucleotide fosfato (NADP)
- flavin-adenildinucleotide (FAD).
La porzione adenilica è importante per il legame tra il coenzima e la
proteina enzimatica associata (apoenzima).

Nicotinammide-Adenin-Dinucleotide (NAD+)

Cofattore degli enzimi

ossidi-reduttasi.

Forma ossidata: NAD+

Forma ridotta: NADH

E’ in grado di acquistare uno

ione idruro (H-)
36

35

Nicotinammide-Adenin-Dinucleotide
(NAD+ e NADP+)
 27

Corso di Biochimica  75 
asi
Nei processi di glicosilazione (biosintesi del glicogeno, delle
glicoproteine, dei glicolipidi) le unità monosaccaridi che destinate a
Alcune forme di zuccheri attivati essere inserite nelle molecole sono legate:
- all’uridin-fosfato (UDP-glucosio)
- al citidin-fosfato (es. CMP-acido sialico)
- al guanosin-difosfato (es. GDP-mannosio)

S-Adenosil-Metionina (SAM)

Attivazione di intermedi.
Alcuni intermedi possono essere metabolizzati solo se vengono
preventivamente attivati in forma nucleotidica.
E’ un donatore di gruppi
metilici.
Interviene in alcune tappe
della biosintesi di alcuni
aminoacidi e nella
metilazione di alcune basi del
DNA (difesa cellulare) e degli
Un altro composto che interviene nei processi di metilazione, come
donatore di metile, ha un nucleoside come gruppo attivatore,
mRNA per la stabilizzazione
l’adenosina:
della molecola (capping
- il SAM, S-adenosilmetionina.
28
dell’mRNA) Struttura primaria dei polinucleotidi.
I polinucleotidi, o acidi nucleici, sono costituiti da sequenze di
nucleotidi e hanno funzioni complementari:
- DNA: conservazione e trasmissione dell’informazione genica.
37 - RNA: espressione dell’informazione genica.
Nella costituzione degli acidi nucleici, i nucleotidi sono legati tra loro in
catene polinucleotidiche mediante legami 3’,5’-fosfodiesterici:
41
 - il 5’ del ribosio è legato al fosfato del proprio nucleotide. La struttura della molecola di DNA.
- Il fosfato si lega al 3’ del ribosio del nucleotide successivo.
Tuttte le catene nucleotidiche sono dunque costituite da: I vari nucleotidi si dispongono ordinatamente tra loro, in un filamento
che costituisce la stampella primaria del DNA.
- colonna portante, costituita da pentosi e fosfato
- struttura primaria, contenente l’informazione, data dalle basi
Il filamento singolo di DNA e RNA
azotate.
Una molecola di oligonucleotide è formata da una catena di nucleotidi
Le catene polinucleotidiche hanno una direzionalità, poiché hanno un
che si dispongono in serie, che differiscono solamente per le basi
terminale in 5’ e uno in 3’:
azotate.
8.1 Some Basics 277
- per convenzione la sequenza si legge in direzione 5’-3’.
I legami sono di tipo fosfodiesterico e si instaurano tra:
DNA RNA joined to the 3!-hydroxyl group of the - nextil carbonio
nucleotide,in 3’ di uno zucchero
5! End 5! End creating a phosphodiester linkage- (Fig. il fosfato posto in 5’ sullo zucchero precedente
8–7). Thus
O" O" the covalent backbones of nucleic acids consist of al-
Questo tipo di legame permette di individuare una certa polarità nella
ternating phosphate and pentose residues, and the ni-
"
O P O "
O P O
trogenous bases may be regarded molecola di DNA.
as side groups joinedSi individuano infatti, agli estremi della catena, due
O A O U
estremità differenti:
to the backbone at regular intervals. The backbones of
5! CH2 O 5! CH2 O both DNA and RNA are hydrophilic. The hydroxyl
- l’estremità 3’ in cui si ha un –OH
groups of the sugar residues form hydrogen bonds with
H H H H - l’estremità 5’ in cui si ha legato un –PO32-.
H H H H water. The phosphate groups, with a pKa near 0, are
3! 3! completely ionized and negatively charged at pH 7, and
O H O OH the negative charges are generallyLe neutralized
scoperte by di ionic
Chargaff
Phospho-
diester
"
O P O "
O P O interactions with positive charges on proteins, metal
linkage ions, and polyamines. Le prime analisi a diffrazione di raggi X dimostrarono che un nucleotide
O O
T G impilato
All the phosphodiester linkages have thesu un altro
same ori- nell’ambito della molecola di DNA occupava uno
5!
5! CH2 O 5! CH2 O spazio
entation along the chain (Fig. 8–7), verticale
giving di 0,34 nm.
each linear
H H H H nucleic acid strand a specific polarity and distinct 5! and
H H H H 3! ends. By definition, the 5! endSi lacks
suggerì inoltre la
a nucleotide at presenza di una ripetizione ogni 10 nucleotidi,
3! 3! 3! circa, di 3,4 nm.
O H O OH the 5! position and the 3! end lacks a nucleotide at the
" "
3! position. Other groups (most often
Erwin Chargaff,phos-
one or more nel 1950, scoprì importanti informazioni che permisero
O P O O P O
phates) may be present on one or both ends.
a Watson e Crick di elaborare il modello della molecola:
O G O C The covalent backbone of DNA and RNA is subject
5! CH2 O 5! CH2 O to slow, nonenzymatic hydrolysis of the- phosphodiester
smentì la teoria del tetra nucleotide, che prevedeva che i
bonds. In the test tube, RNA is hydrolyzed rapidly un-
nucleotidi si ripetessero con la medesima sequenza di basi, il
H H H H
H H H H der alkaline conditions, but DNA is not; the 2!-hydroxyl
che faceva pure dubitare del ruolo informazionale della
3! 3! groups in RNA (absent in DNA) are directly involved in
O H O OH molecola.
the process. Cyclic 2!,3!-monophosphate nucleotides
H H are the first products of the action of- alkali
Studiando
on RNA and i rapporti della composizione in basi dei nucleotidi
scoprì che
are rapidly hydrolyzed further to yield a mixture of 2!- una purina si appaia sempre con una pirimidina,
3! End 3! End
and 3!-nucleoside monophosphates (Fig.nello 8–8). specifico, in coppie:
FIGURE 8–7 Phosphodiester linkages in the covalent backbone of The nucleotide sequences of nucleic acids can be
DNA and RNA. The phosphodiester bonds (one of which is shaded in represented schematically, as illustrated on the follow-
the DNA) link successive nucleotide units. The backbone of alternat- ing page by a segment of DNA with five nucleotide units.
ing pentose and phosphate groups in both types of nucleic acid is The phosphate groups are symbolized by ! P , and each
highly polar. The 5! end of the macromolecule lacks a nucleotide at
deoxyribose is symbolized by a vertical line, from C-1!
 Corso di Biochimica  77 

o Adenina - timina Il modello di Watson e Crick

o Guanina - citosina
Anche sulla base dei dati elaborati da diffrattometrie a raggi X da parte
Era dunque presupposto, che la molecola era composta da coppie di di Franklin e Wilkins, i due scienziati che scoprirono la struttura della
basi che si legavano tra loro. molecola di DNA poterono formulare la loro ipotesi.
Il modello prevedeva:
- la molecola è composta da due catene di nucleotidi.
- Le catene si avvolgono a spirale formando una doppia elica
destrorsa.
- I due filamenti scorrono in direzioni antiparallele, uno da 5’ a 3’,
l’altro da 3’ a 5’.
- Lo scheletro formato dalle molecole zucchero – fosfato –
zucchero – fosfato, è situato all’esterno. Il fosfato porta una
carica negativa alla molecola.
- Le basi sono impilate una sull’altra con un decorso
perpendicolare all’asse del filamento.
- Le varie basi, seguendo la regola AT CG, sono appaiate
mediante legami idrogeno:
o Gli atomi di azoto legati a C4 della citosina e C6
dell’adenina sono nella configurazione amminica (-NH2),
piuttosto che in quell’imminica
o Gli atomi di ossigeno legati a C4 della timina e a C6
della guanina sono nella forma chetonica (-C=O),
piuttosto che in quell’enolica.
- Ne consegue che i legami a idrogeno sono facili da scindere e
avvengono in numeri differenti:
o Tre per le coppie G-C
o Due per le coppie A-T.
- La larghezza della catena, poiché un singolo nucleotide è largo
10 nm, è di 20 nm.
- L’avvolgimento delle due catene avviene con un solco
maggiore e un solco minore. Nel solco maggiore si inseriscono
le proteine associate al DNA.
- La doppia elica, forma un giro completo ogni 10 coppie di basi.
 - I due filamenti seguono la regola della complementarietà tra - la forma Z è un avvolgimento sinistrorso e irregolare, senza
basi azotate. solchi difformi.

L’importanza del modello di Watson e Crick

Affinché il materiale genetico sia effettivamente portatore
dell’informazione, deve soddisfare a tre fondamentali funzioni:
1) deposito dell’informazione genetica: deve contenere le
istruzioni precise per il mantenimento e l’espressione dei
caratteri dell’organismo.
2) Auto duplicazione ed ereditarietà: il DNA deve essere in
grado di essere trasmesso alla progenie.
3) Espressione del messaggio genetico: deve poter stabilire
l’ordine con cui alcuni amminoacidi che codificano per proteine
o enzimi, vengono espressi. Deve regolare il centro direzionale
delle attività cellulari.
Dal punto di vista del primo e del secondo punto Watson e Crick
avevano azzeccato:
- la sequenza di basi azotate codificava per amminoacidi
corrisposti nell’ordine in cui comparivano nel peptide
corrispondente. Un certo numero di basi sarebbe un gene.
- Anche per quanto riguarda la replicazione. Le due catene si
slegano e ognuna funge da stampo per la cellula figlia. Il DNA
risulterebbe quindi un materiale semiconservato.
Per quanto riguarda la regolazione dell’espressione genica e altre
specifiche funzioni regolative a livello cellulare, se si accetta la
proposta di Watson e Crick, ogni futura teoria sul DNA deve essere
coerente con tale modello.
Vi è da aggiungere che la conformazione del DNA come descritta da
Watson e Crick non è l’unica possibile, ma quella più stabile che
riguarda il DNA inattivo o in particolari condizioni.
Questa forma è detta B-DNA, mentre ne esistono altre, tra cui la forma
A e la forma Z:
- la forma A è sempre una doppia elica destrorsa ma con un
passo più elevato
 Corso di Biochimica  79 

Meccanismo di catalisi enzimatica.

Gli enzimi.
Catalisi enzimatica e natura degli enzimi.
Catalisi enzimatica.
Gli enzimi sono definiti biocatalizzatori specifici di natura proteica:
- proteine semplici o complesse capaci di innalzare anche
enormemente la velocità di reazioni chimiche
termodinamicamente possibili.
- Non alterano la costante di equilibrio.
L’azione di catalisi degli enzimi si differenzia da altri catalizzatori non
enzimatici per tre ragioni:
- efficienza: le reazioni enzimatiche si svolgono a maggiore
velocità
- specificità: ogni enzima catalizza uno specifico substrato in
una specifica reazione.
- Regolabilità: può essere variata l’attività dell’enzima da nulla a
massima,
o La regolazione dell’attività enzimatica avviene nella
cellula ad opera di:
 Effettori specifici (ormoni o altro)
 Variazioni chimico-fisiche del mezzo in cui opera
l’enzima.
Energia libera.
La prima condizione che deve essere soddisfatta affinché avvenga una
reazione enzimatica che l’energia libera basale dei substrati sia
superiore a quella dei prodotti:
- si consideri una reazione da un subsrato S a un prodotto P, che
avviene reversibilmente (SP).
- l’energia libera standard (pH 7 e 25°C) è indicata con il simbolo
G’°, e deve essere.
G’°S > G’°P
E di conseguenza, al termine della reazione, deve esservi una caduta
di energia libera del sistema pari a -∆G’°, che soddisfa la seguente
relazione:
G’°S - G’°P = -∆G’°
Il segno – indica che si tratta di una diminuzione di energia libera del
sistema.
Quando il ∆G’° è negativo, si tratta di una reazione esoergonica,
termodinamicamente spontanea, che per raggiungere il suo stato
finale non necessita di un apporto energetico.
Con il ∆G’° positivo, si ha una reazione endoergonica, non
spontanea, che necessita di un apporto energetico per essere portata
a termine.
Le la reazione SP decorre si raggiunge un equilibrio, la cui costante
nelle condizioni standard è data da:

I substrati sono le sostanze su cui l’enzima agisce specificamente per K'eq =

[P ]
trasformarli in prodotti: [S ]
- poiché la maggior parte delle reazioni enzimatiche è reversibile, la quale è correlata al ∆G°’ dalla relazione:
all’equilibrio substrati e prodotti sono interscambiabili.
ΔG°'= −RT lnK'eq
€

€
Espressione dell’equazione fondamentale dell’energia libera - tanto è minore la differenza tra le due variazioni di energia
libera nelle reazioni, tanto è più probabile che la reazione
ΔG'= ΔG°'+RT ln
[P ] avvenga in entrambi i sensi.
[S ]
nelle condizioni standard, in cui: Velocità di reazione.

- R è la costante dei gas, 4,315 J/K.mol Nelle reazioni uni molecolari (primo ordine), la velocità di reazione V è
- T è la temperatura
€ ed è pari a 25° (298 K). pari a:
- ∆G’ è l’energia libera della reazione, nulla all’equilibrio. V = k [ S]
- ∆G°’ è l’energia libera standard.
in cui k è una costante, con dimensione sec-1e è correlata all’energia di
Energia di attivazione. attivazione secondo la relazione:
−ΔG**
La seconda condizione da soddisfare per consentire il decorso di una € KT
k= e RT
reazione chimica è che le molecole reagenti raggiungano il livello h
energetico dello stato di transizione:
in cui:
- caratterizzato da specifici atteggiamenti molecolari, che
favoriscono il passaggio da S a P e viceversa (allineamento dei - K: è la costante di Boltzmann
gruppi reattivi, formazione di cariche instabili, ecc…). - h: è la costante
€ di Planck
- energia di attivazione (∆G**): energia necessaria per - R: è la costante dei gas
raggiungere lo stato di transizione. È la differenza tra l’energia - T: è la temperatura assoluta espressa in K.
libera delle molecole e l’energia dello stato di transizione. La maggior parte delle reazioni termodinamicamente possibili si svolge
o Tanto più è bassa l’energia di attivazione, quanto più le con estrema lentezza o non si svolge affatto, poiché la maggior parte
molecole possono facilmente raggiungere lo stato di delle molecole reagenti non riesce a raggiungere lo stato di transizione
transizione e attuare la reazione. per carenza dell’energia necessaria.
o Tanto più è bassa l’energia di attivazione, tanto
La peculiarità degli enzimi è la capacità di accelerare la velocità delle
maggiore è la velocità di reazione.
reazioni abbassando l’energia di attivazione:
Tenendo presente la reazione SP e l’assunzione che l’energia
- a parità di temperatura e altre condizioni fisiche, un numero più
libera basale G’°S > G’°P, si può dedurre che:
elevato di molecole di substrato è in grado di raggiungere lo
∆G**S P < ∆G**P S stato di transizione.
Questo implica che, seppur possibile, a parità di condizioni le molecole Per questa ragione, ad esempio, l’acqua ossigenata (H2O2) che pur
S raggiungono lo stato di transizione più facilmente rispetto alle essendo spontaneamente decomponibile in acqua e ossigeno, si
molecole P: decompone molto lentamente da sola:
- senza catalizzatori: l’energia di attivazione è 18 Kcal/mole
- con platino colloidale: si riduce a 11,7 Kcal/mole.

- Con l’enzima specifico catalasi: l’energia di attivazione si
riduce a 2 Kcal/mole.
Il meccanismo con cui l’enzima abbassa l’energia di attivazione è
legato alla formazione di un composto intermedio, detto complesso
enzima-substrato:
E +S↔E −S↔E −P↔E +P
In tale complesso, le interazioni tra l’enzima e il substrato sono spesso
di tipo debole, e sono accompagnate da scarsa liberazione di energia:
€
- queste interazioni aumentano il contenuto energetico locale
(energia di legame) e favoriscono il raggiungimento dello stato
di transizione.
- Da notare che la reazione S  P all’interno del complesso è
frazionata in una serie di reazioni intermedie:
o Ciascuna reazione ha una propria energia di
attivazione.
o Ogni energia di attivazione è molto più bassa rispetto a
quella complessiva, quindi è maggiore la probabilità di
rottura o formazione dei legami previsti dalla data
reazione.
Occorre tenere presente che l’enzima entra nella reazione
combinandosi con il substrato, formando il complesso E-S:
- questo si trasforma nel complesso E-P, e in seguito rilascia i
prodotti e l’enzima dissociati (E + P).
- l’enzima è dunque rilasciato e pronto a ripetere il processo.
Sito attivo.
Il sito attivo o sito catalitico dell’enzima è la regione della molecola
che interagisce specificamente con il substrato.
Il sito attivo è costituito da un insieme ordinato tridimensionalmente di
amminoacidi:
Corso di Biochimica  81 
- residui di contatto: amminoacidi che partecipano al legame
con il substrato
- residui catalitici: amminoacidi che interagiscono con il
substrato per modificare i legami durante la trasformazione in
substrato.
Talvolta residui catalitici e residui di contatto sono distinti e talvolta si
identificano.
Sono presenti anche dei residui, detti residui posizionanti, che pur
non facendo parte del sito attivo sono necessari a mantenere il sito
attivo in conformazione idonea a legare e trasformare il substrato.
I legami che si instaurano tra substrato e residui di legame del sito
attivo sono legami non covalenti:
- in alcuni casi si formano legami covalenti transitori.
- Il substrato si lega all’enzima con l’orientamento richiesto per lo
svolgimento della reazione specifica.
- La formazione di legami transitori tra enzima e substrato
determina nel substrato una redistribuzione degli elettroni, che
induce tensione dei legami, preludendo alla rottura di questi.
- La conformazione spaziale del sito attivo è tale per cui soltanto
quello specifico substrato può entrarvi.
Solitamente il sito attivo è posto in una infossatura della molecola
enzimatica con residui idrofobici:
- questo ambiente idrofobico contribuisce al rapido svolgimento
delle reazioni.
- In un ambiente acquoso, le reazioni avverrebbero lentamente a
causa dell’elevata costante dielettrica dell’acqua, che agisce da
isolante.
La specificità del sito attivo è simbolizzata dal concetto chiave-
serratura, che esprime adattamento perfetto del substrato al sito
attivo:
- in alcuni enzimi, al momento del legame con il substrato, si
verificano dei cambiamenti conformazionali.
 - Il substrato lega l’enzima con un legame superficiale, che poi
induce il cambiamento conformazionale della molecola
enzimatica, che adatta il sito attivo al substrato.
- Questa è la teoria dell’adattamento indotto, per cui al legame
con il substrato, un cambiamento conformazionale dell’enzima
determina la formazione del prodotto.
Specificità.
La specificità, intesa come la preferenza di un enzima per una
determinata reazione e per un determinato substrato è la caratteristica
che differenza gli enzimi dagli altri catalizzatori non enzimatici.
La specificità di reazione, ovvero il tipo di reazione che svolgono gli
enzimi, permette la loro classificazione ed è ferrea.
La specificità di substrato può essere:
- assoluta: l’enzima catalizza la tal reazione a carico di un solo
substrato.
o Esempio la glucochinasi, che caratterizza la
fosforilazione del solo glucosio.
- Relativa: l’enzima agisce su un’intera famiglia di substrati.
o Le esochinasi catalizzano la fosforilazione di vari
monosaccaridi, anche se a livello preferenziale
agiscono sul glucosio.
In ogni caso, gli enzimi esibiscono:
- stereospecificità: incontrano solamente uno dei due
stereoisomeri di una molecola.
- Specificità geometrica: agiscono soltanto su un isomero cis o
trans, e non su tutti e due.
Classificazione degli enzimi.
La denominazione individuale degli enzimi viene fatta aggiungendo il
suffisso –asi al nome del relativo substrato.
La denominazione delle classi prevede l’aggiunta del suffisso –asi alla
classe di reazioni che catalizzano.
Tuttavia, alcuni enzimi mantengono la tradizionale nomenclatura
empirica, esempio la catalasi, la pepsina, papaina, ecc…
Gli enzimi sono raggruppati in 6 classi principali:
- ossidoriduttasi: catalizzano reazioni di ossido riduzione.
- Trasferasi: catalizzano il trasferimento di un raggruppamento
chimico da una molecola all’altra. A seconda del gruppo
trasferito
o Trans carbossilasi: trasferiscono un carbossile
o Transacilasi: un gruppo acile
o Transglicosilasi: un glicosile
o Transaminasi: un gruppo amminico
o Trans fosforilasi: un gruppo fosforico
o Ecc…
- Idrolasi: catalizzano reazioni idrolitiche, ovvero la rottura dei
legami covalenti per introduzione di una molecola d’acqua. A
seconda del tipo di legame, vi sono:
o Esterasi: idrolizzano legami esterei.
o Fosfatasi: idrolizzano legami fosfo-anidridici.
o Proteasi: idrolizzano legami carboammidici.
o Altre.
- Liasi: catalizzano la rottura non idrolitica e in molti casi la
formazione di legami covalenti, quali C-C, C-N. C-S, ecc…
comprendono tra gli altri enzimi le decarbossilasi, l’aldolasi,
la citrato liasi.
- Isomerasi: catalizzano diverse riorganizzazioni
intramolecolare. Reazioni monomolecolari con un unico
substrato che viene trasformato in un suo isomero.
Comprendono
o Isomerasi
o Epimerasi
o Racemasi
- Ligasi: catalizzano la formazione di legami convalenti, quali C-
C, C-S, ecc… sono reazioni fortemente endoergoniche che
possono avvenire grazie all’ATP o analoghi. Comprendono
o Sintetasi
o Carbossilasi.

Natura degli enzimi.
Gli enzimi sono costituiti da molecole di natura proteica e possono
essere dividi in tre classi:
- proteine semplici: formate dalle sole catene amminoacidiche.
- Metallo proteine: formate da una proteina e da un cofattore,
generalmente uno ione metallico (Fe2+, Zn2+, Mn2+, Cu2+
ecc…). tale cofattore o è parte del sito attivo o è necessario
affinché la proteina raggiunga la conformazione idonea.
- Proteine coniugate: costituite da una porzione proteica,
l’apoenzima, e da un gruppo non proteico, che può essere:
o Gruppo prostetico: se è un gruppo saldamente legato
all’apoenzima.
o Coenzima: se è facilmente dissociabile. Solitamente un
coenzima può legarsi a apoenzimi differenti, conferendo
specificità d’azione.
Dal punto di vista della complessità della struttura molecolare si
distinguono enzimi:
- monometrici: costituiti da una sola unità proteica.
- Oligomerici: costituiti da più unità proteiche non
covalentemente legate tra loro. Comprendono la maggior parte
degli enzimi.
- Complessi enzimatici: sono costituiti da un’associazione
organizzata di enzimi che cooperano in una serie sequenziale
di reazioni costituenti un evento metabolico.
o Esempi: α-chetoacido deidrogenasi e sintetasi degli
acidi grassi.
o Integrazione strutturale e funzionale: rende possibile
la catalisi coordinata di un processo metabolico,
minimizzando le possibili reazioni secondarie.
Isoenzimi.
Gli isoenzimi sono enzimi esistenti in diverse forme molecolari, ma
che catalizzano la medesima reazione.
Corso di Biochimica  83 
Il tipico esempio è l’enzima lattico deidrogenasi, un tetramero
costituito da tutte le possibili combinazioni di due catene polipeptidiche
H e M:
- nel cuore predomina la forma H4
- nei muscoli la forma M4
- le forme intermedie si trovano negli altri organi.
In clinica si utilizza il termine LDH1, LDH2, ecc… per denominare i tipi
di tetrameri:
- LDH1: quattro catene H, predominante nel miocardio
- LDH5: formato da quattro catene M, presente nel fegato e nel
muscolo striato.
- LDH2, 3, 4:predominano in altri tessuti.
Tutti gli LDH catalizzano la medesima reazione:
L(+)lattato + NAD+   piruvato + NAD(H+).
Enzimi costitutivi e induttivi.
Gli enzimi costitutivi sono gli enzimi permanentemente presenti nelle
cellule, mentre gli enzimi induttivi sono quelli che vi compaiono in
quantità apprezzabili in presenza del loro substrato.
L’induzione enzimatica non è l’attivazione, ma inerisce la stessa
sintesi degli enzimi:
- fenomeno molto comune nei batteri, che inducono sintesi in
presenza di substrato.
- Negli animali superiore, una induzione enzimatica consistente
non è nella biosintesi ex-novo di un enzima, bensì
nell’aumentata biosintesi di un enzima presente.
o Ormoni glucocorticoidi stimolano la gluconeogenesi.

Cinetica enzimatica.
Cinetica delle reazioni enzimatiche.
L’analisi della cinetica di una reazione, oltre che a fornire informazioni
importanti sul meccanismo di reazione può essere utile a valutare
l’attività degli enzimi nel contesto metabolico:
- la progressione di una reazione enzimatica può essere seguita
in base a:
o formazione del prodotto
o scomparsa del substrato.
La velocità di reazione si ricava dalla quantità del prodotto formato (o
del substrato scomparso) nell’unità di tempo:
- la velocità di reazione enzimatica decresce con il tempo.
- A tale progressiva diminuzione contribuiscono
o Diminuzione della concentrazione del substrato
o Accumulo del prodotto di reazione.
o Denaturazione o inattivazione dell’enzima per concorso
di vari fattori
 Temperatura
 Variazione di pH
 Ecc…
Per queste ragioni, la stima della velocità di una reazione enzimatica è
tanto più fedele quanto più piccolo è l’intervallo di tempo dall’inizio
della reazione a quando si determina la concentrazione del prodotto
della reazione.
La velocità di reazione, così misurata, risente minimamente dei fattori
che la modificano, e viene denominata velocità iniziale v0.
Influenza della concentrazione dell’enzima.
Ad una data concentrazione di substrato, la v0 è influenzata dalla
concentrazione dell’enzima:
- una soluzione 0,001 M di un enzima con PM 100 kD richiede la
solubilizzazione di 100 g/litro.
- La limitata solubilità delle molecole enzimatiche necessita di
poter lavorare a basse concentrazioni enzimatiche.
- Tale proporzionalità ha rilevanza pratica in quanto consente la
misura delle concentrazioni relative (unità catalitiche) di un
enzima nei tessuti e nel sangue.
Influenza della concentrazione del substrato.
Ad una data concentrazione enzimatica, la variazione della
concentrazione del substrato fa variare la velocità iniziale della
reazione (v0), secondo una curva iperbolica:
- a basse concentrazioni di substrato [S], v0 è direttamente
proporzionale a [S]
- man mano che aumenta [S], l’incremento della v0 diminuisce
progressivamente.
- Ad un valore critico, si raggiunge un valore asintotico della
velocità massima vmax.
- Sopra tale limite l’ulteriore aumento del substrato non aumenta
più la velocità iniziale v0.
Il valore Vmax è una importante caratteristica cinetica di un determinato
complesso enzima-substrato, e dipende solamente dalla
concentrazione dell’enzima.
Costante di Michaelis e Menten.
La teoria di Michaelis-Menten fornisce giustificazione razionale e
quantitativa del peculiare effetto della concentrazione del substrato
sulla velocità di reazione.
Secondo questa teoria:
- l’enzima (E) è a concentrazione costante, per definizione.
- L’enzima (E) reagisce con il substrato (S) per formare il
complesso enzima substrato (E-S).

- Il complesso (E-S) va incontro ad una trasformazione
molecolare che porta alla liberazione del prodotto di reazione
(P) e alla rigenerazione dell’enzima libero (E).
E + S k1 → ←k2 E − S k3 → ←k4 E + P
La quantità di P dipende direttamente dalla concentrazione del
complesso E-S e solo secondariamente dalla concentrazione di [S]:
- l’incremento di [S] determina un aumento proporzionale di [E-S]
- questo si traduce in un aumento lineare della velocità di
reazione.
€ - Essendo [E] costante, ciò vale fino ad una certa concentrazione
di [S]
o Oltre tale concentrazione, ad aumento di [S] non
corrisponde più un aumento proporzionale di [E-S],
poiché la quantità di enzima diventa il fattore limitante di
[E-S].
o Quando [S] è sufficiente per mantenere tutto l’enzima in
forma [E-S], l’incremento di [S] ha valore nullo, in
quanto non vi è più enzima disponibile ad accettarlo.
- A questo punto l’enzima è saturo, e raggiunge la massima
azione catalitica (Vmax).
L’elaborazione matematica di questi concetti ha portato alla
formulazione dell’equazione di Michaelis-Menten:
Vmax [S]
v0 =
K m + [S]
Questa formula esprime la relazione tra la concentrazione del
substrato e la velocità iniziale v0 e permette la previsione di come e in
quale misura la velocità iniziale della reazione è influenzata da [S].
€ -
Si tratta dell’equazione relativa alla curva di saturazione, in cui le
variabili sono v0 e [S] e si individuano due costanti caratteristiche:
- Vmax: è la velocità massimale o limite, il valore asintotico a cui
tende v0 quando [S] è saturante.
Corso di Biochimica  85 
- Km, costante di Michaelis-Menten: corrisponde alla
concentrazione del substrato in corrispondenza della quale v0 è
semimassimale.
La costante di Michaelis-Menten esprime quantitativamente
l’affinità dell’enzima per il substrato:
- minore è il valore di Km, maggiore è l’affinità.
- Infatti se l’affinità dell’enzima per un determinato substrato,
basta una bassa concentrazione di [S] per saturare tutto
l’enzima e raggiungere il valore critico di Vmax.
- Il valore di Km è caratteristico di ogni reazione enzimatica.
Uno stesso substrato può essere trasformato in prodotti differenti da
due o più enzimi. Quando tale substrato viene messo a contatto con
entrambi gli enzimi:
- basse concentrazioni [S]: prevale la reazione catalizzata
dall’enzima avente la Km più bassa.
- Alte concentrazioni [S]: prevale la reazione catalizzata
dall’enzima avente la Km più elevata.
Per questo motivo l’utilizzo di uno stesso substrato lungo due differenti
vie metaboliche dipende:
- dalla sua concentrazione nella cellula
- dalla Km degli enzimi coinvolti nelle due differenti vie
metaboliche.
Il grafico dei doppi reciproci di Lineweaver e Burk.
In pratica è difficile misurare con esattezza il valore di Vmax/2 sul
grafico di Michaelis-Menten, quindi si utilizza determinare la Vmax con
altri criteri, tra cui il grafico dei doppi reciproci:
ascisse: 1/[S]
- ordinate: v0.
I valori sperimentali si distribuiscono su una retta che taglia:
- asse delle ordinate: in corrispondenza di 1/Vmax
 - asse delle ascisse: intersecato nella parte negativa in
corrispondenza di 1/Km.
La pendenza della retta è definita dal rapporto di Km/Vmax:
- ricavati questi due valori in base a tale retta si ottengono
immediatamente le velocità iniziali di reaazione.
- Con procedimento matematico semplice, infatti, si può giungere
ad un’equazione che è propriamente una retta:
1 K 1 1
= m ⋅ +
v 0 Vmax S Vmax
Influenza del pH sull’attività enzimatica.
L’efficienza catalitica
€ degli enzimi è notevolmente influenzata dal pH
del mezzo:
- la formazione del complesso E-S, con il relativo adattamento
dell’enzima al substrato dipende da una particolare
ionizzazione del substrato e degli amminoacidi in
corrispondenza del sito attivo.
- Ogni enzima è caratterizzato da un pH ottimale, sopra e sotto
il quale l’attività enzimatica decresce (curva a campana).
o La diminuzione di attività per piccoli spostamenti di pH
da quello ottimale è reversibile
o Ampie variazioni di pH possono invece indurre
l’inattivazione dell’enzima.
La maggior parte degli enzimi hanno pH ottimale attorno a 7:
- pochi enzimi hanno pH ottimale molto basso (es. pepsina,
attorno a 1,5)
- altrettanto pochi ne hanno a pH elevato (arginasi a pH 9,8).
Non sempre il pH ottimale di un enzima si identifica con il suo
ambiente intracellulare:
- poiché la cellula contiene numerosi enzimi con pH ottimali
dislocati in una gamma di valori il pH del liquido intracellulare
è un importante fattore di regolazione per gli enzimi in esso
presente.
Influenza della temperatura sull’attività enzimatica.
La velocità delle reazioni enzimatiche, come di quelle chimiche, cresce
con l’aumento della temperatura:
- tuttavia al di sopra di una determinata temperatura, che varia
da enzima a enzima, le proteine enzimatiche vengono
denaturate
- la temperatura ottimale di un enzima è la risultante di queste
due condizioni contrastanti.
Ovviamente anche alla temperatura ottimale d’azione l’enzima va
incontro col tempo al processo di inattivazione termica:
- tale temperatura rimane veramente ottimale solo in un breve
periodo di reazione.
Alcuni enzimi vengono denaturati anche dalle basse temperature:
- l’ATPasi mitocondriale, ad esempio, è inattivata per
raffreddamento a 5°, mentre è stabile a temperatura ambiente.
- Altri enzimi, come alcune proteasi o fosfolipasi, sono
relativamente stabili al calore.
Inibizione enzimatica.
Quasi tutti gli enzimi sono suscettibili di inibizione da parte di
composti capaci di combinarsi con la molecola enzimatica in modo
reversibile o irreversibile.
Gli inibitori reversibili reagiscono reversibilmente con l’enzima
secondo l’equilibrio la cui costante Ki è espressione quantitativa
del’affinità dell’inibitore per l’enzima.
Gli inibitori irreversibili, o inattivatori, formano legami covalenti
stabili con residui di amminoacidi della molecola enzimatica
indispensabili per l’attività catalitica:
- esempio tipico di inibitore è il monoiodoacetato, che reagisce
specificamente con i gruppi tiolici (-SH).
- Quando i gruppi tiolici appartengono a residui amminoacidici
che partecipano funzionalmente alla catalisi, l’attività
enzimatica ne risulta irreversibilmente inibita.

Non si considerano inibitori irreversibili, ma agenti denaturanti quelle
sostanze che denaturano o demoliscono la molecola enzimatica.
Meccanismi di inibizione enzimatica (reversibile).
Inibizione competitiva.
Questo tipo di inibizione si verifica quando un enzima viene a contatto
con un composto strutturalmente simile al substrato naturale:
- la somiglianza di struttua chimica dell’inibitore con il substrato
trae in inganno l’enzima, che lo accoglie nel sito attivo
- caratteristica della inibizione competitiva è la competizione tra
inibitore e substrato per il sito catalitico
o la formazione del complesso enzima-inibitore (E-I) non
porta alla trasformazione dell’inibitore in prodotto di
reazione, consegue soltanto la dissociazione di E + I.
o tuttavia la formazione di E-I riduce il numero delle
molecole di enzima libero (E) disponibile per la
formazione del complesso enzima-substrato (E-S),
quindi per la formazione del prodotto P.
- la velocità della reazione dipende quindi dal rapporto E-S/E-I,
quindi dal rapporto tra S e I.
Caratteristica della inibizione competitiva è appunto la reversibilità
per aumento della concentrazione del substrato:
- più substrato è disponibile, più enzima vi si lega
- sarà dunque maggiore la quantità di prodotto.
Nel diagramma dei doppi reciproci (Lineweaver-Burk) la retta
riguardante l’inibizione competitiva, interseca l’asse delle ordinate
nello stesso punto della retta relativa all’enzima privo di inibitore
(1/Vmax):
- la retta dell’inibizione competitiva si ricava misurando la
velocità di reazione ad una concentrazione fissa di inibitore e a
concentrazioni crescenti di substrato,
Corso di Biochimica  87 
- significa che concentrazione infinita di S (1/S=0) la Vmax è
uguale sia in presenza che in assenza dell’inibitore.
- L’inibitore induce l’aumento della Km, in quanto diminuisce
l’affinità dell’enzima per il substrato.
In definitiva, l’inibitore competitivo non modifica la Vmax, ma eleva
la Km:
- i dati sono rilevabili anche dal diagramma tratto con la funzione
di Michaelis-Menten.
- Alcuni farmaci funzionano sul principio dell’inibizione
competitiva.
Inibizione non competitiva.
Nell’inibizione non competitiva l’inibitore si lega alla molecola
enzimatica ma non in corrispondenza del sito attivo:
- il legame del substrato e dell’inibitore all’enzima non è
mutuamente esclusivo, come nell’inibizione competitiva.
- L’inibitore non competitivo può reagire sia con l’enzima libero
(E) che con l’enzima legato al substrato (E-S)
o Possibili due complessi (E-I e E-I-S).
- In ogni caso viene inibita la formazione del prodotto.
A differenza della inibizione competitiva, quella non competitivaq non
viene modificata dall’elevazione della concentrazione del
substrato:
- l’inibizione non competitiva non modifica la Km (affinità
dell’enzima per il substrato),
- tuttavia abbassa la Vmax.
- questo significa che, a seconda della concentrazione
dell’inibitore:
o alcune molecole enzimatiche sono legate all’inibitore e
non generano prodotto.
o Altre sono ancora libere e generano prodotto.
Sono inibitori non competitivi alcuni elementi tossici clinicamente
rilevanti, e con frequenti intossicazioni, i metalli pesanti (piombo,
mercurio, ecc…):
- inibiscono numerosi enzimi la cui attività dipende da gruppi –
SH.
Inibizione incompetitiva.
È una variante particolare dell’inibizione non competitiva, l’inibizione
incompetitiva prevede che l’inibitore si lega soltanto con la forma E-S
dell’enzima che funziona ad un solo substrato:
- diminuiscono sia la Km che la Vmax.
inibizione da prodotti della reazione.
L’accumulo dei prodotti della reazione implica per tutte le reazioni
reversibili una progressiva inibizione (raggiungimento eq) dovuta a:
- diminuzione del substrato
- aumento dei prodotti di reazione.
Tuttavia, alcuni enzimi come esochinasi o glucosio-6-fosfato
fosfatasi, sono inibiti dai prodotti della reazione molto più da quanto
previsto dalla legge di azione di massa:
- in questi casi particolari, i prodotti della reazione esplicano
sull’enzima un’azione inibitrice di tipo competitivo reversibile.
Inibitori enzimatici in medicina.
Le conoscenze sulla inibizione enzimatica hanno consentito nuovi
passi in ambito farmacologico:
- interpretazione dell’azione di certi farmaci come inibitori di
determinati enzimi
- sintesi di nuovi farmiaci per inibire specifici enzimi in
determinate condizioni patologiche.
I sulfamidici sono analoghi dell’acido paraaminobenzoico (PABA):
- agiscono per competizione con questo fattore di crescita dei
batteri, bloccando gli enzimi necessari per il loro sviluppo e la
loro riproduzione.
- Gli organismi superiori non sono dipendenti da sulfamidici e
non ne subiscono l’azione deleteria.
Gli antifolici sono utilizzati come antimetaboliti nel trattamento delle
neoplasie, leucemie in particolare:
- competono con gli acidi folici, necessari per la riproduzione
cellulare e la inibiscono.
- È utile quando la proliferazione cellulare è patologicamente
esaltata, come nei globuli bianchi delle leucemie.
L’allopurinolo è un tipico farmaco che inibisce la xantina ossidasi,
enzima che produce l’acido urico:
- utilizzato per curare le iperuricemie e la gotta.
La neostigmina è un inibitore competitivo dell’acetilcolinaesterasi:
- si utilizza nel blocco neuromuscolare e nel trattamento della
miastenia gravis.
o In questa malattia sono scarsi i recettori postsinaptici
per l’acetilcolina, quindi farla permanere nelle sinapsi è
parecchio utile.
Regolazione degli enzimi.
L’attività degli enzimi può essere regolata, sulla base delle diverse
necessità metaboliche della cellula in cui operano, con diversi
meccanismi:
- modificazione covalente della molecola enzimatica
- associazione-dissociazione dei monomeri costituenti
l’oligomero enzimatico.
- Azione sul sito secondario dell’enzima (modifica allosterica)
- Induzione e repressione dell’espressione genica della biosintesi
della proteina enzimatica.

La regolazione genica a livello degli enzimi è un processo lento e non
immediato, rispetto agli altri tre, che agiscono pressoché
istantaneamente sulla molecola già sintetizzata.
Modificazione covalente.
Una regolazione di una proteina enzimatica può avvenire per attacco
o distacco di un gruppo chimico da uno o più residui di amminoacidi
(tirosina, serina, trenoina).
Il caso più frequente è la fosforilazione e la defosforilazione di uno
di questi residui:
- La fosforilazione avviene per merito di enzimi specifici
proteina-chinasi.
- La defosforilazione avviene in maniera più o meno specifica
ad opera di proteina-fosfatasi.
- la fosforilazione può rendere la molecola attiva o inattiva, e
viceversa. Generalmente
o Enzimi catabolici: attivati dalla fosforilazione
o Enzimi anabolici: inattivati dalla fosforilazione.
Questa coordinazione consente di evitare cicli futili e rendere la
risposta metabolica logicamente conseguente ad uno stimolo con
azione regolatoria (es. ormone):
- la fosforilazione, attivando la glicogeno fosforilasi e deattivando
la glicogeno sintetasi, adatta il metabolismo del glicogeno al
segnale dell’adrenalina.
- La trigliceride lipasi (attivata da P) e la trigliceride sintetasi
(inattivata da P).
Nel casi di alcuni enzimi, la regolazione basata su modificazioni
covalenti può avvenire anche mediante processi di:
- acetilazione/deacetilazione: a carico di un resto di lisina, con
acetil-CoA o acil-CoA come donatore.
- Adenilazione/deadenilazione: a carico della tirosina, con
donatore ATP che dona l’adenile e libera un pirofosfato.
Corso di Biochimica  89 
- uridilazione/deuridilazione: a carico sempre della tirosina,
che riceve UMP da UTP con liberazione di PP.
- ADP-ribosilazione/deATP-ribosilazione: a carico di arginina,
glutammina, cisteina con donatore il NAD e liberazione di
nicotinammide.
- Metilazione/de metilazione: a carico dell’acido glutammico,
con un gruppo metile donato dalla S-adenosil-metionina.
In questi casi il gruppo viene aggiunto al’enzima per mezzo di una
trasferasi in presenza dell’opportuno donatore, mentre la rimozione
avviene per idrolisi.
Conversione proenzima/enzima.
Una regolazione per modificazione covalente è anche la
trasformazione proenzima o zimogeno  enzima, che implica la
rottura di legami e modificazioni conformazionali della molecola:
- alcune proteine enzimatiche vengono sintetizzate come
proenzimi, in forma funzionalmente inattiva.
- Solo dopo la loro secrezione dalla cellula subiscono
modificazioni strutturali che le rendono attive.
o Esempi sono alcuni enzimi digestivi (tripsina,
chimotripsina, pepsina, ecc…) o alcuni fattori di
coagulazione sanguigna (fibrinogeno, protrombina,
fattore VIII, ecc…)
La conversione proenzima/enzima implica il distacco idrolitico di un
frammento peptidico e la conseguente modificazione
conformazionale della proteina restante:
- la variazione di conformazione implica un nuovo assetto
tridimensionale che porta alla predisposizione sterica del sito
attivo.
- La proteina viene attivata.
La produzione di proenzimi e la loro successiva attivazione al
momento opportuno ripara la cellula:
- dall’azione proteolitica distruttiva di tali enzimi attivi
 - da una coagulazione intempestiva.
Ovviamente, il tipo di attivazione enzimatica fondato sulla
trasformazione di un proenzima in enzima non è reversibile:
- necessaria la sintesi ex novo del proenzima.
Associazione-dissociazione.
Un enzima oligomerico vede la sua attivazione nell’associazione delle
sue subunità:
- Importante meccanismo di regolazione rapida dell’attività
enzimatica.
- Esempi di questi tipo di regolazione sono la acetil-CoA
carbossilasi e la isocitrato deidrogenasi.
Regolazione allosterica.
Un enzima allosterico può modificare il suo stato di attivazione in
risposta al legame con uno specifico composto, detto effettore
allosterico:
- Il legame non avviene nel sito catalitico (come nel caso
dell’inibizione competitiva), bensì in un sito specifico, il sito
allosterico (o regolatore).
- Normalmente tale sito è situato in un’altra subunità rispetto a
quella catalitica, nominata subunità regolatrice.
A differenza degli enzimi comuni, la cui attività è caratterizzata dalla
cinetica di saturazione, gli enzimi allosterici presentano una
particolare relazione cinetica tra:
- concentrazione del substrato [S]
- velocità iniziale di reazione v0.
A basse concentrazioni di substrato l’aumento della v0 con l’aumento di
[S] è molto esiguo:
- a più elevate concentrazioni di [S] la v0 subisce un massiccio
aumento progressivo.
- Si ottiene nel grafico una curva sigmoidea
o La prima molecola di substrato si lega al sito attivo con
una certa difficoltà.
o Una volta legatasi facilita il legame delle successive
molecole di substrato in corrispondenza degli altri siti
attivi (effetto cooperativo).
Inibizione da feed back o retroinibizione.
La regolabilità o modulazione di un enzima allosterico è alla base del
meccanismo della retroinibizione:
- inibizione allosterica dell’attività dell’enzima che catalizza la
prima di una serie di reazioni di un processo metabolico
multistep da parte del prodotto terminale.
Esempio tipico di tale retroinibizione è la aspartato transcarbamilasi,
che catalizza la reazione:
carbamilfosfato + aspartato  N-carbamil-aspartato + Pi
Questa reazione inizia il processo di biosintesi dei nucleotidi
pirimidinici, tra cui il citidin trifosfato (CTP), che è il prodotto terminale:
- in presenza crescente dei due substrati l’enzima aspartato
transcarbamilasi mostra la tipica cinetica sigmoidea degli
enzimi allosterici.
- in presenza di CTP la curva di affinità viene spostata a destra,
con un’accentuazione della sigmoidicità.
o Il CTP si lega ai siti regolatori dell’aspartato
transcarbamilasi.
o La molecola subisce una modificazione
conformazionale che causa minore affinità per il
substrato (aumento della Km).
- Il CTP agisce come effettore negativo, inibendo il processo
che lo produce.
- Per contro, l’ATP agisce come modulatore positivo:
o In sua presenza la curva di attività dell’aspartato
transcarbamilasi si sposta a sinistra con attenuazione
della sigmoidicità.
o L’ATP diminuisce la Km, e aumenta, legandosi ai siti
regolatori, l’affinità per il substrato.

Si nota l’analogia con le reazioni enzimatiche dell’emoglobina con
l’ossigeno (notare la curva di dissociazione):
- nel caso dell’emoglobina, l’allosterismo è omotropico, in
quanto il modulatore è dato dal substrato stesso
- nel caso della regolazione allosterica enzimatica è
eterotropico, ovvero compiuta a spese di differenti effettori
allosterici.
L’organismo trae notevolmente vantaggio dalla inibizione feed back:
- con alte concentrazioni del prodotto finale, non inizia la sintesi
dello stesso, lasciando liberi i substrati.
- Per contro, se vi è alta concentrazione di un altro prodotto,
come l’ATP, la reazione è sospinta anche a bassissime
concentrazioni di substrato.
Gli enzimi allosterici che catalizzano reazioni chiave di un processo
metabolico, consentono la regolazione del flusso dei metaboliti nella
loro via metabolica:
- meccanismo di autoregolazione in risposta alle effettive
esigenze fisiologiche del momento.
Regolazione multipla.
L’attività di alcuni enzimi chiave del metabolismo, che deve essere
modulata in armonia con molteplici variazioni dello stato metabolico
della cellula, è soggetta a regolazione multipla, ovvero:
- sia fosforilazione-defosforilazione
- sia da effettori allosterici.
Alcuni di questi enzimi sono:
- piruvato chinasi
- acetil-CoA carbossilasi
- glicogeno fosforilasi
- glicogeno sintetasi.
Corso di Biochimica  91 
La fosforilazione e defosforilazione di tali enzimi, non è in tal caso un
interruttore, ma un processo che trasforma in due stati che rispondono
in maniera differente ai substrati, ulteriormente modificati da effettori
allosterici:
- influisce su Km, Ka e Ki
- regola l’attività in base alla concentrazione dei substrati e degli
effettori.
Cenni di enzimologia clinica.
Gli enzimi hanno acquistato crescente importanza in diagnostica in
quanto:
- reagenti per la determinazione di substrati e metaboliti nei
tessuti, nel sangue e nelle urine.
o Enzimi più o meno purificati, vengono utilizzati per
catalizzare determinate reazioni a carico di substrati
presenti in tessuti o liquidi biologici.
o Si può consentire la valutazione quantitativa dei
substrati mediante la determinazione dei prodotti di
reazione.
- Indicatori di condizioni morbose, quando vi è un’anomala
presenza di un dato enzima nel sangue o nelle urine.
o Si aggiunge un substrato al campione, si determinano i
prodotti di reazione
o si può dunque misurare la quantità o la presenza di un
certo enzima presente in condizioni patologiche.
Enzimi come reagenti.
Rispetto ai comuni reagenti chimici, gli enzimi hanno due grandi
vantaggi:
- specificità: interagiscono solo con un determinato substrato.
- Sensibilità: possono svelare la presenza del dato substrato
anche in basse condizioni.
 La concentrazione di un substrato può essere misurata solo con un Glucosio nel sangue (glicemia).
eccesso di enzima, tale da non essere saturato dal substrato:
Il glucosio viene ossidato ad opera della glucosio ossidasi (GO) in:
- in tale condizione la quantità di prodotto che si forma o di
- acido gluconico
substrato che si consuma, è proporzionale alla concentrazione
- acqua ossigenata.
iniziale del substrato.
L’acqua ossigenata viene trasformata in acqua normale in presenza di
Spesso il substrato o il prodotto di reazione non sono misurabili:
un adatto colorante redox (XH2), il quale nella reazione viene ossidato
- si ricorre ad una seconda reazione enzimatica per misurare il dalla sua forma ridotta incolore a composto colorato:
prodotto della prima.
- la produzione di colore è proporzionale alla concentrazione di
- Spesso gli enzimi che si utilizzano come reagenti sono
glucosio.
NAD(P)+ dipendenti:
o Il NAD(P)+ ossidato o ridotto viene misurato, invece glucosio + O2 GO
→ ac.gluconico + H 2O2
dell’enzima o del substrato.
H 2O2 + XH 2 → 2H 2O + X
o Si determinano mediante le variazioni dell’assorbanza a
340 nm: Si considerano normali i valori della glicemia tra 65 e 110 mg/100 ml.
 Riduzione del NAD(P)+ aumenta la densita
Si utilizzano per tali test ance delle strisce di carta imbevute di glucosio
ottica.
ossidasi
€ e del colorante redox, che immerse nel campione di sangue o
 Ossidazione del NAD(P)H(H+) implica
di urina danno una indicazione semiquantitativa della concentrazione
diminuzione della densità ottica.
di glucosio presente.
Acido ureico del sangue.
Alcool (etanolo) nel sangue.
La misurazione della quantità di urea nel sangue si basa sulle seguenti
L’etanolo presente eventualmente nel sangue, viene ridotto ad aldeide
reazioni:
acetica dalla alcool deidrogenasi (AD) con stechiometrica riduzione del
urea + H 2O ureasi
→ 2NH 3 + CO2 NAD.

NH 3 + αchetoglutarato + NADH(H + ) (GD

)→ glutammato + H 2O + NAD+ L’aumento della densità ottica a 340 nm riflette la quantità di
NADH(H+) formatasi e quindi la quantità di etanolo nel sangue.
la prima reazione è catalizzata dalla ureasi, che trasforma l’urea in AD
ammoniaca e anidride carbonica. CH 3 − CH 2 − OH + NAD+  → CH 3CH = O

€ La seconda reazione, catalizzata dalla glutammato deidrogenasi (GD),

incorpora NH3 nell’α-chetoglutarato per formare glutammato: Gli enzimi come indicatori diagnostici.

- la quantità stechiometrica di NADH(H+) che viene utilizzata si Gli €

enzimi nel sangue possono essere costituenti normali o patologici.
ricava dall’entità della diminuzione della densità ottica a 340 Gli enzimi plasmatici funzionali o costitutivi sono generalmente
nm. prodotti dal fegato e riversati fisiologicamente nel sangue, dove
- Si considerano normali i valori tra 7 e 18 mg/100 ml. svolgono le loro funzioni.

Gli enzimi plasmatici non funzionali sono enzimi che non
dovrebbero essere nel sangue, e in esso non svolgono alcuna
funzione. Sono in esso in particolari condizioni patologiche:
- la loro presenza rivela un danno tissutale per anossia,
infezione, per processi proliferativi o per processi ostruttivi.
- Sono presenti nel sangue in condizioni anche non patologiche
in quantità minime, come espressione del normale turnover
delle cellule tissutali.
Enzimi plasmatici costitutivi.
Due tipici esempi sono la ceruloplasmina e la colinesterasi.
Ceruloplasmina.
È una globulina plasmatica contenente rame e dotata di attività
ferroossidasica.
La determinazione della ceruloplasmina si basa sulla capacità di tale
enzima di ossidare le ammine:
- il prodotto di ossidazione della p-fenildiamina (di color viola) ne
permette la misura.
La concentrazione plasmatica di ceruloplasmina è notevolmente
diminuita (di 8-10 volte) nel morbo di Wilson (degenerazione
epatolenticolare).
Colinesterasi.
La colinesterasi presente nel sangue viene detta pseudo colinesterasi
per distinguerla da quella vera presente nel tessuto nervoso:
- enzima che scinde l’acetilcolina.
- La determinazione si basa sulla capacità di idrolizzare
l’acetilcolina in tiocolina
Corso di Biochimica  93 
o La tiocolina, reagendo con l’acido ditiobisnitrobenzoico
(DTNB) forma un prodotto colorato e misurabile
fotometricamente a 405 nm.
La concentrazione di colinesterasi nel siero è (2000-38000 mU/ml):
- diminuisce nelle malattie del fegato
- l’attività di tale enzima viene blocacata dagli achil fluoro fosfati
(insetticidi).
Enzimi plasmatici non costitutivi.
Sono possibili distinzioni tra:
- enzimi secretivi
- enzimi intracellulari.
Enzimi secretivi.
Un tipico esempio è la α-amilasi prodotta nel pancreas esocrino e
riversata nell’intestino:
- determinazione: basata sulla scomparsa del color blu
dell’amilopectina marcata, poiché questa viene scissa.
- Patologie correlate: se tale enzima non è presente nel
sangue, è indice di pancreatiti, specialmente acute.
Enzimi intracellulari.
Gli enzimi intracellulari non costitutivi del plasma originano da cellule
lese.
Enzimi come le transaminasi, creatina chinasi e lattico
deidrogenasi sono presenti nel plasma sanguigno in caso di lesioni
miocardiche.
La diagnosi dell’epatite virale acuta è possibile mediante la misura
dell’attività nel sangue da enzimi come isocitrato deidrogenasi, alcol
deidrogenasi, glicerolo-3-fosfato deidrogenasi:
 - tali deidrogenasi sono presenti normalmente nelle cellule Altri progressi sostanziali sono stati ottenuti somministrando enzimi
epatiche e vengono riversati nel sangue in seguito a lesioni del trombo litici per rimuovere trombi endovasali:
fegato.
- si somministra per via endovenosa tripsina, proteasi e plasmina
- La loro concentrazione plasmatica aumenta anche di 30 volte
sintetizzati da Aspergillus orizae.
nel sangue dei soggetti che contraggono epatite virale.
- Idrolizzano la fibrina con facilità.
Un ulteriore indicazione diagnostica è possibile attraverso l’analisi di - È risultata ancora più efficace la somministrazione di attivatori
attività enzimatiche del siero: del plasminogeno
o È una proteina inattiva che si attiva per idrolisi parziale e
- il rapporto tra aspartato transaminasi e alanina transaminasi
nella forma attiva digerisce rapidamente la fibrina.
è normalmente 3:1.
o Come attivatori si utilizza o la streptochinasi (prodotta
- Scende ad 1:1 nella gran parte dei casi di epatite.
da streptococchi emolitici) e la urochinasi (ricavata
La fosfatasi alcalina si determina misurando l’idrolisi del p- dalle urine umane sane)
nitrofenilfosfato in p-nitrofenolo a pH alcalino (8,5):
- la concentrazione ematica di fosfatasi alcalina si eleva nelle
malattie delle ossa (rachitismo ,iperparatiroidismo,
osteosarcoma) e nelle malattie ostruttive biliari.
- Per meglio individuare il tessuto d’origine si possono misurare
gli isoenzimi.
La fosfatasi acida si determina allo stesso modo, ma a pH acido (<5):
- elevate concentrazioni possono essere sintomi di carcinoma
della prostata.

Gli enzimi in terapia.

La deficienza di alcuni enzimi che caratterizza alcune malattie
congenite renderebbe molto utile la somministrazione di tali enzimi
dall’esterno.
Tuttavia esistono alcuni problemi:
- incapacità degli enzimi esogeni di attraversare le membrane
cellulari.
- Induzione di una risposta immunitaria nei confronti di epiteti
immunogenici presenti all’interno della propria molecola.
Qualche progresso si è ottenuto modificando opportunamente gli
enzimi in modo da essere selettivamente captati o endocitati dalle
cellule bersaglio.
 Corso di Biochimica  95 

Vitamina Fabbisogno (mg/die)

Vitamine
Generalità.
Le vitamine sono composti organici necessari per le normali funzioni
dell’organismo, ma che l’organismo non è in grado di sintetizzare:
- devono essere presenti nella dieta
- il termine vitamina indica un’ammina indispensabile per la vita
o originariamente il termine è attribuito alla vitamina B1,
ma poi fu mantenuto anche quando si riconobbero
anche altri fattori non contenenti ammine.
Classificazione.
C 50-60
B1 1,5-1
D 0,01
B12 0,002
Il fabbisogno vitaminico varia anche da un individuo all’altro:
- in base all’età, all’ambiente, alla dieta, ecc…
Deficienze.
Le deficienze di vitamine comprendono patologie sotto il nome di
avitaminosi, tra cui le più note sono:

In base alla solubilità delle vitamine, si possono classificare: - Rachitismo: avitaminosi D

- Scorbuto: avitaminosi C
- vitamine liposolubili: sono le vitamine A, D, E, F e K. Sono - beri beri: avitaminosi B1.
trasportate nell’organismo in modo analogo ai lipidi. - Pellagra: avitaminosi PP
- Vitamine idrosolubili: comprendono la vitamina C e il
complesso delle vitamine B. Agiscono dopo essere trasformate Il termine ipovitaminosi è utilizzato per indicare uno stato di carenza
in coenzimi. parziale.

Alcune vitamine, o derivati, hanno funzioni indispensabili
nell’accrescimento di microorganismi, e vengono dette fattori di
crescita.
Alcune sostanze chimicamente analoghe alle vitamine, ma che
svolgono la funzione antagonista, sono dette antivitamine.
Esiste inoltre la deficienza vitaminica condizionata, ovvero dovuta a
malassorbimento intestinale:
- anemia perniciosa: esempio di deficienza di vitamina B12
condizionata.

Fabbisogno.
Il fabbisogno giornaliero medio nell’uomo varia considerevolmente a
seconda delle vitamine.
estinale
Le vitamine liposolubili. - retinolo deidrogenasi.

Vitamina A. Deriva dai caroteni

(carote, insalata, spinaci)
1
Chimica.
La vitamina A, detta anche retinolo, è un alcoolDa
a 20beta-carotene
atomi di si
carbonio costituito da: ottengono 2 molecole di
- un anello β-inonico retinolo
- da una catena laterale polinsatura per doppi legami trans.

di

2
Tuttavia, un equivalente di β-carotene esplica un’azione inferiore alle
due molecole di retinolo, poiché:
- il suo assorbimento intestinale è incompleto
L’elevato numero di doppi legami conferisce alla vitamina una
- cellule intestinali e epatociti, le uniche che contengono l’enzima
suscettibilità alla perossidazione, che inibisce la funzionalità β-carotene-15-15’-diossigenasi non lo convertono
vitaminica. quantitativamente in retinolo
La vitamina A2 è il 3-deidroretinolo, costituito da un secondo doppio inoltre, parte del retinale che si forma da carotene, viene ossidato
legame nella posizione 3-4 nell’anello inonico: nell’intestino ad acido retinoico.
- Presente nei pesci d’acqua dolce
- Ha funzione vitaminica A. Assorbimento e trasporto.
Nell’intestino vengono assorbiti:
Provitamina A
- retinolo (vit A): è presente in forma di estere (retinil-fosfato o
La vitamina A può formarsi nell’organismo a partire dai caroteni, retinil-palmitato) di origine animale
presenti nei vegetali e particolarmente nelle verdure (carote, insalata,
- caroteni: di origine vegetale.
spinaci, ecc…).
Negli enterociti, questi composti vengono in parte assorbiti come tali e
Il carotene più diffuso è il β-carotene, dal quale è possibile formare in parte modificati:
due molecole di retinolo per l’azione successiva di due enzimi:
2 - parte degli esteri del retinolo vengono idrolizzati da esterasi in
- β-carotene-15-15’-diossigenasi o retinolo
 Corso di Biochimica  97 

o acido esterificante. Il retinale è presente nelle cellule della retina, e partecipa alla funzione
- Il carotene viene trasformato in retinale dalla β-carotene-15-15’- visiva.
diossigenasi, e successivamente in retinolo dalla retinolo
L’acido retinoico è implicato nell’accrescimento osseo e nella
deidrogenasi.
differenziazione degli epiteli, con modalità ancora sconosciute.
Nel sangue il retinolo si lega alla retinol binding protein che lo
trasporta alle cellule stellate del fegato: Funzione della vitamina A nella visione.
- tali cellule sono localizzate nello spazio di Disse, tra i capillari La funzione meglio conosciuta della vitamina A è quella relativa alla
e gli epatociti, sua partecipazione alla visione, come cofattore nei fotorecettori della
- sono adibite al deposito della vitamina A che si accumula in retina.
forma di estere.
Nella retina, la vitamina A, viene ossidata a retinale dalla retinolo
I caroteni e gli esteri del retinolo non modificati nella cellula intestinale deidrogenasi, enzima NADP+ dipendente.
entrano nei chilomicroni che li trasportano:
- in parte al fegato per immagazzinarli
- in parte nei tessuti extraepatici, dove svolgono la loro funzione
(es.dei
Cofattore pelle).
fotorecettori della retina
Retinolo deidrogenasi NADP+ dipendente
Funzioni della vitamina A.
Retinale complessato a proteine dà origine alle opsine che
Nelle cellule deii fotorecettori
costituiscono vari tessuti il retinolo viene in parte ossidato a I complessi tra retinale e le opsine contenute nei coni e nei
retinale, e parte del retinale viene ossidato in acido retinoico: Cofattore deibastoncelli,
fotorecettoricostituiscono i fotorecettori, adibiti alla vista:
della retina
Il retinale si lega alle opsine in tutto trans e poi è isomerizzato a
- la riduzione da retinale a retinolo è possibile - coni:NADP+
Retinolo deidrogenasi costituiti dipendente
da tre differenti opsine, che complessate con il
11 cis
- la riduzione dell’acido retinoico a retinale è impossibile. Retinale complessato retinale sono sensibili
a proteine dà origine ai tre colori
alle(RGB).
opsine che
- Bastoncelli: costituiti da una sola opsina, che complessata con
costituiscono i fotorecettori
il retinale forma la rodopsina, responsabile della percezione
Il retinale si lega alledellaopsine in tutto trans
luce corpuscolare e poiintensità.
a bassa è isomerizzato a
11 cis Il retinale si lega alla opsina non nella normale forma tutto trans, ma
dopo essere stato convertito nella forma retinale 11-cis dall’enzima
retinale isomerasi:
- quando la rodopsina viene colpita dalla luce va incontro a
modificazioni conformazionali che determinano
5
Il retinolo interviene nella sintesi delle glicoproteine, in forma di estere l’isomerizzazione del retinale 11-cis nella forma tutto trans.
fosforico (retinil-fosfato), che è adibito, come i dolicoli, al trasporto
delle unità saccaridiche.

5
 - Quando passa nella forma tutto trans, il retinale si distacca
dalla opsina e genera impulsi elettrici che costituiscono il
segnale nervoso.
- Successivamente la retinale isomerasi riconverte il retinale
nella forma 11-cis.
o Al buio si ricombina con l’opsina per formare rodopsina.
Il retinale tutto trans e 11-cis sono in equilibrio con i corrispondenti
retinoli dalle relative retinolo deidrogenasi:
- la vitamina A (retinale tutto trans) funge da serbatoio per il
sistema.
- Può essere determinata la soglia visiva, ovvero la minima intensità
luminosa necessaria per la percezione visiva.
- I bambini sono più suscettibili, poiché non possiedono riserve
vitaminiche nel fegato come gli adulti.
Anche l’accrescimento ritardato può essere un sintomo di carenza d
vitamina A, poiché si ha sintesi difettosa della matrice ossea:
- l’azione dell’accrescimento è dovuta sia al retinolo che all’acido
retinoico, entrambi capaci di stimolare la sintesi proteica con
meccanismo analogo a quello degli ormoni steroidei.
Anche l’anemia da carenza di vitamina A è un sintomo, poiché il retinolo è
richiesto per la sintesi di transferrina, proteina trasportatrice del ferro.

Deficienze.
Fabbisogno.
La vitamina A, oltre che per la normale funzione visiva, è necessaria
La quantità giornaliera raccomandata di vitamina A è di 1 mg al giorno
per il mantenimento dell’integrità degli epiteli (vitamina epitelio
per l’uomo adulto.
protettiva).
La fonte maggiore di retinolo è l’olio di fegato di pesce, ma anche
Negli animali superiori, uomo compreso, carenza di vitamina A si
burro, latte e uova ne contengono quantità discrete.
manifesta con sintomi a carico di:
Il ß-carotene (provitamina A) è soggetto ad un fabbisogno di 5 mg in
- epiteli
alternativa a 1 mg di retinolo:
- retina.
- particolarmente ricchi carote e pomodori.
La xeroftalmia (secchezza dell’occhio) è la manifestazione più tipica e
precoce dell’alterazione di tutti gli epiteli:
Tossicità.
- cheratinizzazione e desquamazione dell’epitelio corneale e dei dotti
lacrimali con ostruzione di questi e arresto del flusso di lacrime, quindi Una eccessiva introduzione di vitamina A produce effetti tossici che
occhio secco. conducono a cefalea, nausea e dermatite:
- Per azione dei batteri, è possibile arrivare alla perforazione della
cornea, quindi alla perdita della funzione visiva. - la vitamina A diventa tossica quando supera la capacità di
legame con il retinol binding protein, ovvero quando è presente
Tutti gli epiteli possono essere più o meno profondamente alterati dalla
della vitamina non legata.
deficienza di vitamina A:
- sterilità nel maschio per danni all’epitelio germinale.
- Erosioni dello smalto dentale
L’emeralopia è la cecità alla luce crepuscolare e costituisce un segno
caratteristico e precoce dell’avitaminosi A:
- difettoso adattamento alla luce a bassa intensità.
 5

Corso di Biochimica  99 

Biosintesi e attivazione della vitamina D3.

Vitamina
Vitamina D D.
La vitamina D3 si forma nella pelle per fotolisi del 7-deidrocolesterolo
D3 colecalciferolo nella pelle dei mammiferi per azione UV per azione della luce UV.
D2 Chimica.
ergocalciferolo nei lieviti per azione UV
Il fabbisogno della vitamina D3 dipende dunque dall’esposizione della
D3 Ilcatena
terminelaterale satura
vitamina D è comune a due vitameri: pelle alla luce solare:
D2 catena laterale D3
- vitamina insatura
o colecalciferolo: si forma nella pelle dei - individui che vivono all’aria aperta e in regioni soleggiate
Animali trasformano
mammiferi perD2azione
in D3 di luce UV sul 7-deidrocolesterolo.
richiedono poca vitamina D
Rachitismo
- Vitamina D3 o ergocalciferolo: si forma nei lieviti per azione - individui che sono poco esposti alla luce solare richiedono un
della luce ultravioletta sull’ergosterolo. maggiore apporto di vitamina D dalla dieta.
Dopo essere stata formata nella pelle o assorbita dall’intestino la
vitamina D3 circola nel sangue legata alla proteina legante la
vitamina D, e viene accumulata nel fegato.
Nel fegato la vitamina D3 subisce la prima idrossilazione in
corrispondenza del C-25 per formare la 25-idrossi-D3, o calcidiolo:
- tale idrossilazione è catalizzata da una idrossilasi
microsomiale, dipendente dal citocromo p-450 e inibita dal
calcidiolo, il prodotto stesso della sua reazione.
- Questo è un meccanismo di controllo efficace per sfruttare la il
colecalciferolo (vitamina D3) in relazione al fabbisogno.
Nei reni il calcidiolo viene idrossilato in posizione C-1 per formare la
6 1α,25-diidrossi-D3, o calcitriolo:
Questi due vitameri, attivi nella prevenzione del rachitismo, - catalizzata dall’enzima calcidiolo idrossilasi, che ha sede
differiscono solamente per la natura della catena laterale: mitocondriale.
- la biosintesi del calcitriolo è regolata dal paratormone, che
- vitamina D3: satura. modula la sintesi della idrossilasi renale.
- Vitamina D2. Insatura (doppio legame).
Il calcitriolo viene rilasciati in circolo e trasportato ai tessuti bersaglio
Solo gli animali, come l’uomo, capaci di saturare il legame della mediante una specifica globulina:
vitamina D2 ad opera di una specifica saturasi, possono convertirla in
D3 e utilizzarla per la conversione in calcitriolo. - intestino
- ossa
- rene
- pancreas.
La vita media del calcitriolo è di 24h. viene idrossilato a livello renale, Nell’intestino.
trasportato nel fegato e eliminato con la bile.
Il calcio introdotto con la dieta viene assorbito a livello intestinale con
due differenti modalità:
- trasporto attivo: con una proteina legante calcio, a sede nel
duodeno e nel primo tratto del digiuno.
- Trasporto passivo: attraverso le tight junctions tra le cellule
epiteliali nel tratto distale del digiuno, nell’ileo e nel crasso.
Il calcitriolo agisce stimolando la sintesi dell’RNA codificante per la
proteina legante il calcio, con meccanismo identico a quello degli
ormoni steroidei.

Nelle ossa.
Il calcitriolo aumenta l’attività degli osteoclasti, cellule dell’osso capaci
di liberare la idrossiapatite, il sale di calcio proprio dell’osso.

Rene.
Il calcitriolo stimola il riassorbimento del calcio e del fosfato a livello
dei tubuli distali:
- nell’uomo adulto 11 g di calcio vengono filtrati giornalmente dai
9 glomeruli nello spazio di Bowman e quindi dai tubuli renali.
- Solo l’1% di tale calcio è escreto con le urine.
Azione. - Il resto viene riassorbito nei tubuli e rimesso in circolo nel
sangue.
Il calcitriolo, forma attiva della vitamina D3, è considerato un vero e
proprio ormone: Se il processo è insufficiente si ha perdita di Ca con le urine e
abbassamento della calcemia nel sangue.
- la sua
Vitamina E azione è per il mantenimento della concentrazione
fisiologica
Derivante di calcio e fosfato nel sangue (10 mg/100 ml
dal tacoferolo Pancreas.
2+
CatenaCalaterale
; 5 mg/100 ml Pi). satura
poliisoprenica
- Si esplica a grassi
livello insaturi,
di Il calcitriolo, è necessario per la normale secrezione dell’insulina:
Protegge gli acidi la vit A e i caroteni dalle perossidazione
Intestino
Mantieneol’integrità delle membrane - sulle cellule pancreatiche ß, vi è uno specifico recettore
Olii vegetali Ossa
o contengono molta vit E quindi bassa ossidazione dei grassi citosolico per il calcitriolo.
o Rene
vegetali rispetto agli animali
o Pancreas.
Azione potenziata dal selenio
Trasportata da lipoproteine
Deficit porta a sterilità nei ratti maschi
Aborto spontaneo ratti femmina
Malassorbimento
 Corso di Biochimica  101 

Deficienza. - per i bambini e per le donne gravide è di 10-25 µg di

colecalciferolo.
Una deficienza di vitamina D nella dieta, associata a insufficiente
- Per gli adulti 5-10 µg
esposizione ai raggi ultravioletti provoca:
Un eccesso di vitamina D risulta tossico:
- rachitismo nei bambini.
- Osteomalacia negli adulti. - somministrazione prolungata a dosi di vitamina D da 5 a 10
volte superiori alla dose raccomandata può indurre danni renali
Il rachitismo colpisce i bambini nei primi anni di vita:
e ossificazione anomala di tessuti molli.
- sintomatologia: deficiente calcificazione delle ossa.
- Causa: livelli ematici ridotti di calcio e fosforo ostacolano la
normale deposizione dei cristalli di idrossiapatite nelle zone di
mineralizzazione.
o Gli osteoblasti e osteociti continuano a produrre fibre
collagene e mucopolisaccaridi (matrice organica)
o Il risultato sono ossa lasse non mineralizzate che
tendono a deformarsi.
Nel rachitismo la calcemia rimane generalmente normale, ma la
concentrazione del fosfato diminuisce:
- il prodotto tra i valori di calcio (10 mg/100 ml) e quelli di fosfato
(5 mg/100 ml) scende dal normale 50 a inferiore a 40.
L’osteomalacia non è da confondersi con l’osteoporosi:
- osteomalacia: diminuzione della componente minerale delle
ossa e relativo aumento della matrice ossea.
- Osteoporosi: globale diminuzione della massa ossea senza
modificazioni istologiche.
Il paratormone stimola la produzione di calcitriolo a livello renale e un
eccesso di calcitriolo inibisce la produzione di paratormone nelle
paratiroidi.

Fabbisogno.
La dose giornaliera raccomandata è:
Vitamina E
Derivante dal tacoferolo
Catena laterale poliisoprenica satura
Protegge gli acidi grassi insaturi, la vit A e i caroteni dalle perossidazione
Deficienza.
Mantiene l’integrità
Vitamina E. delle membrane
Olii vegetali contengono molta vit E quindi bassa ossidazione dei grassi Nei ratti maschi, la vitamina E ha un effetto antisterile, quindi carenze
di vitamina E portano alla sterilità:
vegetaliChimica.
rispetto agli animali
Azione potenziata dal selenio - tale meccanismo è spiegabile con la protezione che la vitamina
L’azione vitaminica E è posseduta dai tocoferoli: E esplica sugli epiteli germinali.
Trasportata da lipoproteine
- molecole che hanno in comune il nucleo del cromano, dato Nei ratti femmine, l’avitaminosi E determina aborto spontaneo, dovuto
Deficit porta a dalla
sterilità nei ratti maschi
condensazione di un anello fenolico con uno del pirano:
Aborto spontaneo ratti femmina a alterazioni reversibili:
- il più attivo è l’α-tocoferolo, caratterizzato da una catena
Malassorbimento laterale poliisoprenica. - somministrazione di vitamina E ripristina la capacità di condurre
a termina la gravidanza.
Nell’uomo non si conosce una precisa sintomatologia in relazione
all’avitaminosi E.
Tuttavia, in condizioni di malassorbimento di lipidi (quindi anche di
vitamina E) a livello intestinale si ha:
Azione. - fragilità degli eritrociti
- debolezza muscolare.
La vitamina E protegge dalla perossidazione gli acidi grassi insaturi, la - Creatinuria.
10
vitamina A e i caroteni: ha azione antiperossidante:
- essendo le membrane cellulari costituite da fosfolipidi, ricchi di Diffusione e fabbisogno.
acidi grassi insaturi, la vitamina E è necessaria per il
I tocoferoli sono presenti nei vegetali e negli oli da essi derivati.
mantenimento e la protezione delle membrane cellulari.
- La vitamina E blocca le reazioni di perossidazione degli acidi Il fabbisogno giornaliero dell’uomo adulto è di 8-10 mg di α-tocoferolo:
crassi, che portano alla formazione di radicali liberi.
- tale fabbisogno è proporzionale alla quantità di acidi grassi
I grassi vegetali, essendo più ricchi di vitamina E, sono meno soggetti introdotti con la dieta.
a irrancidimento di quelli animali.
L’azione antiperossidativa della vitamina E è potenziata dal selenio:
- è il cofattore della glutatione perossidasi, enzima che catalizza
la distruzione dei perossidi mediante glutatione ridotto.
- La distruzione dei perossidi mediante l’enzima diminuisce il
fabbisogno di vitamina E.
- La distruzione dei perossidi da parte della vitamina E,
diminuisce il fabbisogno di selenio.
 Corso di Biochimica  103 

Azione.
Vitamina K.
La vitamina K è un fattore necessario per il normale processo di
coagulazione.
Chimica.
- l’avitaminosi K si manifesta con allungamento del tempo di
La vitamina K esiste in forma di vari vitameri derivati dal coagulazione del sangue.
naftochinone, i più attivi dei quali sono: - È necessario per la sintesi completa di:
1) vitamina K1: detta anche fillochinone, caratterizzata da una o Protrombina
catena laterale fitilica, con 4 unità isopreniche, di cui 3 o Fattori VII, IX e X di coagulazione.
idrogenate. La vitamina K agisce come coenzima di un enzima carbossilasi che
2) Vitamina K2: detta anche mena chinone, caratterizzata da modifica post-trascrizionalmente le la protrombina o i fattori di
una catena laterale con 6 unità isopreniche.
coagulazione:
3) Vitamina K3: prodotto sintetico detta anche menadione, privo
di catena laterale e parzialmente insolubile. - la carbossilasi trasforma il glutammato in carbossiglutammato
a. È attivo nonostante la mancanza della catena laterale. (aggiunge un carbossile a partire da CO2).
b. Questi composti idrosolubili sono assorbiti dall’intestino - I due gruppi carbossilici del carbossiglutammato possono
anche in assenza di sali biliari e entrano direttamente in legare Ca2+
circolo. o Un deficit di vitamina K si ripercuote nella capacità di
entrare in contatto con il calcio dalle proteine modificate.
o La trasformazione della protrombina in trombina, grazie
Vitamina Kal legame con il Ca2+, passa attraverso una modifica
enzimatica
Tre forme K1, K2 e K3 il cui coenzima è la vitamina K.
Fattore
Anche necessarioproteina
l’osteocalcina, per lacoinvolta nel processo di calcificazione
2+
ossea, deve la sua capacità
carbossilazione di legare
e sintesi della Ca
forma alla vitamina K.
matura della protrombina e dei fattori
Diffusione e fabbisogno.
VII, IX e X della coagulazione
LaK1vitamina K è presente
contenuta nelle sue differenti specie:
nei vegetali
Vitamina
Vitamina K K
Tre K2- divitamina
origine K1:
batterica
nei vegetali come spinaci, cavoli, pomodori.
Tre forme
forme K1,
K1, K2
K2 ee K3
K3 - Vitamina K2: sintetizzata dai batteri nella flora intestinale.
Fattore K3 sintetica
Fattore necessario
necessario perper la
la
carbossilazione Deficit
Una di coagulazione
deficienza di vitamina K si manifesta in caso di:
carbossilazione e e sintesi
sintesi della
della forma
forma
matura Antivitamina
- alterazioneKdellasonoflora
analoghi strutturali
matura della
della protrombina
protrombina e e dei
dei fattori
fattori intestinale
VII, con
- impiego nelbiliare
insufficienza trattamento
che limitael’assorbimento intestinale.
VII, IX
IX e
eXX della
della coagulazione
coagulazione
K1
K1 contenuta
contenuta nei
nei vegetali
vegetali profilassi della trombosi
11
K2
K2 didi origine
origine batterica
batterica
K3 sintetica
Deficit di coagulazione
In questi casi è necessario trattare con dose giornaliera di menadione Anche l’acido arachidonico è essenziale, ma solo in caso di
150 µg, che previene le alterazioni della coagulazione del sangue. deficienza dell’acido linoleico, da cui si forma per allungamento e
desaturazione.
In un adulto normale il fabbisogno giornaliero di vitamina K è 70-80 µg.
La quantità minima di acidi grassi essenziali che deve essere assunta
Una deficienza fisiologica di vitamina K si verifica nel neonato perché
con la dieta è quella che corrisponde al 2-5% delle calorie introdotte.
la placenta è scarsamente permeabile a tale vitamina e perché
l’intestino del neonato è privo di flora: Gli acidi grassi ω6, di cui sono ricchi alcuni oli vegetali hanno la
proprietà di abbassare la concentrazione di colesterolo nel sangue e
- si è soliti somministrare al neonato 1 mg di menadione per 10
anche quella dei trigliceridi.
giorni dopo la nascita
- previene sindrome emorragica del neonato. Gli acidi grassi ω3, contenuti nell’olio di pesce hanno proprietà:
- modesta azione ipocolesterolemizzante.
Antivitamina K. - Abbassano significativamente i trigliceridi ematici.
Analoghi strutturali della vitamina K, come il dicumarolo e la warfarina - Hanno capacità di diminuire l’aggregabilità delle piastrine,
esplicano azione antivitaminica, in quanto deprimono la sintesi epatica abbassando il rischio di malattia coronarica.
della protrombina e delle altre proteine vitamina K dipendenti:
- sono antagonisti della vitamina K (coenzimi non funzionanti).
- Può dare luogo ad una predisposizione ad emorragie.
- La loro somministrazione controllata attenua il processo
coagulativo senza inibirlo drasticamente.
o Trovano impiego terapeutico nella profilassi della
trombosi e altre condizioni patologiche.

Vitamina F o acidi grassi essenziali.

Gli acidi grassi essenziali sono acidi grassi polinsaturi che
l’organismo non è in grado di sintetizzare e che devono essere
introdotti con la dieta, così come tutte le vitamine:
- sono considerati alla stregua delle vitamine, di qui la
denominazione vitamina F.
Gli acidi grassi essenziali appartengono a due famiglie:
- acido linoleico: acido 18:2 ω6
- acido linolenico: acido 18:3 ω3.
Azione ipocolesterolemizzante e probabile prevenzione di rischio 13
coronarico per azione mediata da PGA2
Corso di Biochimica  105 

Vitamine idrosolubili.
Vitamina C o acido ascorbico.
Chimica.
La vitamina C, o acido ascorbico, è il lattone dell’acido
deidrogluconico:
- proprietà acide derivano dalla dissociabilità del protone
nell’ossidrile enolico in C3.
- L’acido ascorbico viene ossidato ad acido deidroascorbico per
azione della ascorbico ossidasi, enzima a rame presente nei
vegetali, o per semplici tracce di rame o altri metalli.
o Per questa facile ossidabilità il contenuto di acido
Vitamina C o acido ascorbico
ascorbico dei prodotti naturali può diminuire.
L’acido deidroascorbico può essere riconvertito in acido ascorbico a
Antiossidante
spese del glutarione ridotto (2GSH) per azione di una specifica
Ossidato
riduttasi. ad acido deidroascorbico (reversibile)
Ac deidroascorbico idratato ad ac dichetogluconico (irreversibile)
L’acido 2,3-dichetogluconico, prodotto dall’idratazione dell’acido
deidroascorbico, non può essere riconvertito in acido deidroascorbico.
Azione.
La vitamina C è un fattore necessario per l’idrossliazione della
prolina e C
Vitamina della lisinaascorbico
o acido nella formazione delle molecole di
protocollagene, ad opera degli enzimi lisina e prolina ossidasi:
- la modificazione sulla prolina e lisina del collagene è una
Antiossidante
modifica
Ossidato ad acido postsintetica necessaria
deidroascorbico per la formazione dei legami
(reversibile)
crociati tra le molecole.
13 Ac deidroascorbico idratato ad ac dichetogluconico (irreversibile)
- La vitamina C è importante nell’ossificazione e nella guarigione
delle ferite.
Altre idrossilazioni dipendenti da acido ascorbico sono quelle che
intervengono nella trasformazione del colesterolo in acidi biliari:
- in caso di avitaminosi C si può riscontrare ipercolesterolemia
La vitamina C interviene anche nel metabolismo della tirosina, quindi 14
l’alcaptonuria può verificarsi in seguito a avitaminosi.
Inoltre in virtù della capacità riducente (antiossidante) non enzimatica,
l’acido ascorbico facilita l’assorbimento del ferro nell’intestino:
- lo riduce e lo mantiene allo stato ferroso.
- Facilita anche il trasporto del ferro dal plasma al fegato
- Facilita la sua incorporazione nella ferritina (deposito nel
fegato).
Riassumendo, la vitamina C è implicata in:

14
 - idrossilazione di prolina e lisina nella sintesi del collagene. - è una dose sufficiente a mantenere immodificato il pool di
- Trasformazione del colesterolo in acidi biliari vitamina C nell’organismo, di circa 1,5 g.
- Metabolismo della tirosina - dosi superiori vengono ben tollerate, poiché il surplus è
- Assorbimento, trasporto e deposito del ferro. eliminato con le urine.
o Finchè i tessuti non sono saturi, il surplus non viene
Deficienza. eliminato.
- Il contenuto plasmatico in acido ascorbico di un uomo è attorno
La deficienza di vitamina C è normalmente dovuta a carenza di a 1 mg/100 ml.
assunzione di vegetali freschi, e può portare alle seguenti patologie:
- scorbuto: tipica malattia da avitaminosi C, caratterizzata da
o emorragie puntiformi: petecchie, dovute alla fragilità
dei capillari causata dalla difettosa sostanza
cementante nelle cellule endoteliali.
o Piorrea: difeto delle connessioni connettivali che
fissano i denti negli alveoli.
o Ritardo di cicatrizzazione: difficoltà a saldare ferite e
fratture.
- Morbo di Barlow: nei bambini viene ritardato il processo di
ossificazione, dovuto alla mancata sintesi di collagene corretto.
In generale, l’avitaminosi C si manifesta a carico dei tessuti di
origine mesenchimale, come le ossa, la cartilagine e il tessuto
connettivo.

Distribuzione e fabbisogno.
La vitamina C è contenuta nella frutta e nelle verdure fresche.
Particolarmente ricchi sono:
- agrumi
- fragole
- pomodori
- kiwi.
Nell’organismo animale la parte ricca di vitamina C sono le ghiandole
surrenali, in relazione ai numerosi processi idrossilativi che si
svolgono.
Il fabbisogno di vitamina C per l’uomo adulto è di 50-60 mg/die:
 Corso di Biochimica  107 

- è una sostanza giallo-verde, intensamente fluorescente alla

luce UV
Le vitamine B e i loro coenzimi.
- è fotolabile.
Le vitamine del gruppo B esplicano la loroVitamina B2
azione fisiologica solo
dopo essere trasformate in coenzimi dall’organismo: 15

- questi, in associazione con proteine,Ribiflavina

gli apoenzimi, formano
l’oloenzima. Fotosensibile
1.5 mg/die
Dato che è necessaria una conversione in coenzimi, oltre che per
carenza alimentare da vitamine B, si possonoCarenza rara correlate
avere patologie
anche all’incapacità dell’organismo ad attuare detta conversione.
Stomatite angolare e glossite
Tutte le alterazioni metaboliche che conseguonoDermatite seborroica
a deficienza di una o
Lepiù
vitamine
vitaminedel complesso
B, possono B esplicano
essere ricondotte adla alterazione
loro funzione come
della
coenzimi
funzionalità dei sistemi enzimatici in cui esse sono coinvolte:
Precursore di FAD e FMN
Alterazioni possono
- la maggior derivare
parte da ridotto
dei sintomi clinici daapporto o ridotta
avitaminosi, non è ancora
trasformazione
stata messa in rapporto con le reazioni enzimatiche in cui Diffusione e fabbisogno.
intervengono le vitamine.
La sua ampia diffusione sia nel regno animale che in quello vegetale
spiega la difficile evenienza dell’avitaminosi da riboflavina.
Riboflavina + ATP ! FMN + ADP dell’uomo adulto è di 1,5 mg/die.
Il fabbisogno

FMN + ATP ! FAD + Deficienza.

PPi
La deficienza di vitamina B1 è un evento piuttosto raro e si manifesta
con:
- cheilosi: lesioni alle labbra 17
- stomatite angolare: ragadi e macerazione delle commessure
Riboflavina o vitamina B2. labiali.
- Glossite: lingua dolente e scarlatta.
- Dermatite seborroica: naso e palpebre.
Chimica.
- Vascolarizzazione corneale: la cornea si opacizza e si creano
Dal punto di vista chimico, la riboflavina deriva dall’unione del nucleo numerosi vasi.
isoallosazinico con il ribitolo, alcool che si forma per riduzione del
ribosio: FMN 16
FAD
 19

Coenzimi. Biosintesi.
I coenzimi derivanti dalla riboflavina sono: Il FMA si forma per fosforilazione della riboflavina a spese di ATP e per
azione della flavochinasi:
- flavin mononucleotide (FMN) Vitamina PP
- flavindinucleotide (FAD). riboflavina + ATP  FMN + ADP
Gli enzimi che contengono uno dei due coenzimi flavinici sono gli Il FAD
Niacina si forma per adenilazine
(Nicotinammide dell’FMN, catalizzata dalla FAD
e ac. Nicotinico)
Reduttasi
enzimi flavinici: sintetasi:
Ac. Nicotinico precursore della nicotinammide
- FMN e FAD sono tenacemente legati alla porzione proteica FMN + ATP
Presente nella carne e scarsa  FAD + (assente
nei vegetali PPi nel mais)
- 21
Sono la sede del processo ossido riduttivo che si attua secondo
Derivante anche dal Trp
tale equilibrio. Nicotinammide (Vitamina PP).
20 mg/die
I due vitameri PP, che normalmente cadono sotto il nome di niacina,
sono:
Pellagra: dermatite, demenza e diarrea
- acido nicotinico: suscettibile di trasformazione in
Precursore nicotinammide,
del NAD+ e NADPdi cui ne
+ è il precursore.
- Nicotinammide: vera e propria forma attiva della vitamina.
FAD o Eliminata nelle urine in forma metilata.

FMN

Metil-nicotinammide
20

Distribuzione e fabbisogno.
La vitamina
19 PP è molto presente nelle carni, ma scarsa nei vegetali.
Il fabbisogno di vitamina PP negli adulti è di 20 mg/die, nonostante
questa vitamina possa essere ricavata dal triptofano.

Deficienza.
Nell’uomo la deficienza di vitamina PP porta a:

Vitamina PP
22
Niacina (Nicotinammide e ac. Nicotinico)
 Corso di Biochimica  109 

- pellagra: caratterizzata da dermatite, demenza e diarrea.

NAD+ NADH(H+)
o Dermatite: espressione precoce che consise
nell’ispessimento e annerimento della pelle in
NADP+ NADPH(H+)
corrispondenza delle parti esposte alla luce
o La pellagra si riscontra in popolazioni che attuano una
Una proprietà di notevole importanza per quanto riguarda i coenzimi
dieta ipoproteica e ricca di mais.
piridinici è la loro capacità di assorbire le lunghezze d’onda attorno
o Il mais è privo di nicotinammide e contiene come
a 340 nm allo stato ridotto, ma non allo stato ossidato:
componente proteico la zeina, proteina scarsissima di
triptofano. - il picco a 270 nm è caratteristico della porzione adenosinica e
non si modifica con lo stato riduttivo.
Coenzimi. - Il picco a 340 nm è caratteristico esclusivo dello stato ridotto.
o Causato dal differente assetto elettronico dell’anello
I coenzimi che derivano dalla nicotinammide sono dei coenzimi piridinico della nicotinammide.
piridinnucleotidici: - Tale caratteristica è utilizzata per la misura delle reazioni
Reduttasi
enzimatiche in chimica clinica.
- NAD+: nicotinammide adenin di nucleotide
- NADP+: nicotinammide adenin di nucleotide fosfato.
NAD e NADP sono di nucleotidi in quanto sono costituiti da:
- AMP, nucleotide monofosfato che ha per base l’adenina.
- Mononucleotide che ha per base la nicotinammide.

Funzione.
NAD+ e NADP+ sono i coenzimi di numerose deidrogenasi, dette
deidrogenasi piridiniche:
- nei processi ossido riduttivi vengono alternativamente ossidati
e ridotti sulla nicotinammide, che ne è il centro attivo.
- Di due atomi di H ricevuti (2 e- e 2 protoni) vengono accettati
solo 2 elettroni e 1 protone (H-) dal substrato ossidabile.
o Un H+ è rilasciato nel mezzo.
- Di conseguenza se la reazione avviene in un mezzo non
tamponato il pH scende. Nelle cellule questi coenzimi sono presenti in stati differenti:

Stato ossidato Stato ridotto - NAD+: prevale nello stato ossidato, poiché è maggiormente
coinvolto nelle reazioni di ossidazione. 21
 Vitamina B1

- NADPH(H+): prevale nello stato ridotto, poiché è coinvolto Tiammina

nelle reazioni di riduzione. ArricchitaTiamina
nei legumi
(vitamina B1).
Carenza: beri beri (polineirite periferica)
Biosintesi. Chimica.
La biosintesi del NAD+ inizia dall’acido nicotinico, quando la Precursore
La della TPP
molecola della tiamina consta di due anelli legati tra loro da un
nicotinammide viene deaminata idroliticamente ad acido nicotinico: gruppo metilenico:
nicotinammide + H2O  acido nicotinico + NH3 Tiammina + ATP ! TPP
- anello + AMP
pirimidinico
- anello imidazolico.
tale reazione è catalizzata da una deaminasi.
L’acido nicotinico è poi convertito nel rispettivo nucleotide, con
l’intervento del 5’-fosforibosil-1-pirofosfato e di una
fosforibosiltransferasi:
acido nicotinico + PRPP  acido nicotinico nucleotide + PPi
L’adenilazione del nucleotide dell’acido nicotinico ad opera di una
adenil trasferasi, in presenza di ATP, porta alla formazione del
deamido-NAD+:
acido nicotinico nucleotide + ATP  deamido-NAD+ + PPi
Il gruppo carbossilico del deamido-NAD+ è amidato ad opera di una
aminotrasferasi, che utilizza la glutammina come donatore di un 22
Distribuzione e fabbisogno.
gruppo amminico, in presenza di ATP:
La tiamina si trova nei legumi (fagioli, lenticchie, lieviti, piselli, ecc…) e
deamido-NAD+ + glutammina + ATP  NAD+ + acido glutammico + ne è ricca la crusca di frumento e di riso.
ADP + Pi.
Sono privi di tiamina il pane bianco e il riso brillato.
La biosintesi del NADP+ prevede la fosforilazione a partire dal NAD+
sul C2 dell’ossidrile ad opera di una specifica chinasi. La dose giornaliera raccomandata è di 0,5 mg ogni 1000Kcal
introdotte con la dieta:
- tale dose va aumentata se la dieta è prevalentemente
glucidica.
- Ciò è la controprova del fatto che la tiamina agisce a livello del
metabolismo del glucosio.

Deficienza.
Nell’uomo, la tipica patologia da avitaminosi B1 è il beri beri:
 Corso di Biochimica  111 

- colpisce le popolazioni che si nutrono prevalentemente di riso Nei tessuti animali il residuo del metabolita decarbossilato (es. aldeide
(senza la cuticola) acetica nel caso dell’acido piruvico) viene trasferito sull’acido lipoico
- forma secca: il beri beri si manifesta come polineurite ossidato, per formare acido acetil-lipoico.
periferica (dolori a gambe e braccia)
In carenza di tiamina, si ha aumento dell’acido piruvico, poiché non
o regredisce con pronta somministrazione di tiamina.
funziona a pieno l’enzima piruvato deidrogenasi:
- Forma umida: caratterizzato da edemi diffusi e insufficienza
circolatoria. - spiega perché i sintomi da avitaminosi B1 siano
prevalentemente nervosi.
L’alcolismo predispone alla deficienza di tiamina:
- Il tessuto nervoso utilizza i glucidi preferenzialmente per
- altera l’assorbimento intestinale. soddisfare il proprio fabbisogno energetico.
- Le lesioni epatiche conseguenti compromettono la conversione
della tiamina nel proprio enzima.
La flora intestinale elabora la tiaminasi, enzima che demolisce la
PDH
tiamina nelle sue due costituenti, inattivandola: !-KGDH
- iperproduzione di tiaminasi da parte di una flora intestinale
alterata può causare deficit di B1.

Coenzima.
Nell’organismo la tiamina si trasforma in tiamina pirofosfato (TPP), il
coenzima della piruvato deidrogenasi e della α-chetoglutarato
deidrogenasi oltre che della transchetolasi.
La sintesi della TTP avviene per pirofosfatazione della tiamina ad
opera della tiaminapirofosfatasi:
Tiamina + ATP  TTP + AMP
In tutte le reazioni catalizzate dagli enzimi TTP dipendenti, il centro
attivo è il C2 dell’anello tiazolico della TTP:
- tende a dissociare il protone per formare un carbanione (=C--)
- il carboanione attacca con meccanismo nucleofilo il carbonio
carbonilico dell’α-chetoacido, il quale dopo risistemazione degli
elettroni, va incontro a decarbossilazione.

25
 Acido lipoico - è così spiegata l’azione tossica di tali elementi.
- Il BAL (mercaptopropanolo) è un antidoto efficace.
Chimica.
Acido
L’acido lipoico è l’acido 6,8-ditioottanoico, che lipoico sia nella
può esistere
forma ossidata che nella forma ridotta (a livello dei gruppi tiolici):
- Forma deidrogenasi
è cofattore necessario per l’attività di piruvato ossidata o ridotta
e 25
della α-chetoglutarato deidrogenasi. Legato tramite Lys
- Si ancora assieme ad un componentePDH proteico con un legame
covalente (legame carboamidico con un residuo di lisina).
!-KGDH
Gli animali superiori lo sintetizzano in quantità minime necessarie,
l’acido lipoico è considerato come pseudo-vitamina.

26
Coenzima.
Acido pantotenico.
Acido lipoico
Nel meccanismo d’azione della piruvato deidrogenasi, l’acido lipoico
riceve dalla idrossietil-T.P. il radicale bi carbonioso ossidandolo ad
acetile per poi trasferirlo sul coenzima A. Chimica.
Forma ossidata o ridotta
La diidrolipoil deidrogenasi, che ossida l’acido diidrolipoico in acido L’acido pantotenico è il prodotto di coniugazione tra:
egato tramite Lys
lipoico, è una flavo proteina che si riossida a spese di NAD+. - Acido pantoico (acido α,γ-diossi-β,β’-dimetilbutirrico)
PDH
- β-alanina.
!-KGDH I due gruppi tiolici vicinali dell’acido lipoico ridotto reagiscono con
elevata affinità con alcuni tossici quali: Il legame carboamidico tra acido pantoico e β-alanina è resisente
- arsenito all’azione degli enzimi proteolitici del tubo digerente:
- ioni mercurici - può essere bene assorbito dall’inestino
- tellurito - è molto efficiente anche somministrato per via orale.
- ecc…
formano dei coniugati molto stabili che prevengono l’azione fisiologica
dell’acido lipoico:

26
 Presente in tutti gli alimenti
5-10 mg/die
Non note avitaminosi
Corso di Biochimica  113 
Precursore del CoA

i alimenti

osi

A Fabbisogno.
Non è noto con correttezza. Si considera adeguata una dose di 5-10
mg/die.

Deficienza.
Non è nota una avitaminosi da acido pantotenico. 28
Probabilmente il motivo è che tale fattore si trova in larga misura in tutti
gli alimenti naturali. In tutte le fonti alimentari si trova sotto forma di
coenzima A:
- viene tuttavia idrolizzato nel lume intestinale.

Coenzimi.
I coenzimi derivanti dall’acido pantotenico sono dei trasportatori di
acili: 28
- coenzima A: coenzima dell’acilazione
- 4’-fosfopantoteina: cofattore della sintetasi degli acidi grassi.
Il gruppo tiolico terminale è quello a cui si legano gli acili, donde la
denominazione CoA-SH.
Anche la 4’-fosfopantoteina, parte della molecola del CoA-SH, agisce
analogamente, come accettore di acili sul gruppo tiolico.
L’elevato contenuto di energia degli acil-CoA li rende
metabolicamente reattivi:
- i corrispondenti acidi grassi liberi sono invece inerti.
 Deficienza.
Vitamina B6 (piridossolo, piridossale, piridossamina).
La deficienza di vitamina B6 comporta la seguente sintomatologia:
Chimica. - dermatite: in corrispondenza delle estremità e del volto.
- Anemia microcitica ipocromica: globuli rossi più piccoli e
I vitameri della vitamina B6 sono composti piridinici, largamente pallidi, dovuta a sintesi incorretta dell’emoglobina.
distribuiti nel regno animale e in quello vegetale. - Nevrite: demielinizzazione dei nervi periferici. Il piridossal
Il vitamero più diffuso è il piridossolo: fosfato è implicato nella sintesi degli sfingolipidi.
- Convulsioni epilettiformi: espressione di ipereccitabilità delle
- nel fegato è convertito negli altri vitameri, piridossale e
29 cellule cerebrali.
piridossamina.
- Eliminazione urinaria di acido xanturenico: indice di
- Oppure in piridossalfosfato e piridossaminafosfato.
incapacità dell’organismo a metabolizzare il triptofano.
L’acido piridossico è il catabolita terminale dei vitameri B6, o Il riscontro di acido xanturenico nelle urine è un criterio
riscontrabile come prodotto di escrezione delle urine. sicuro per la diagnosi di avitaminosi B6.
Delle manifestazioni di deficienza di B6 si manifestano nei bambini a
dieta artificiale o affetti da un errore ereditario del metabolismo,
caratterizzato da necessario iperapporto di triptofano.
La penicillamina utilizzata nel trattamento del morbo di Wilson, della
cistinuria e dell’artrite reumatoide reagisce con il piridossalfosfato
sottraendolo alla sua funzione coenzimatica:
- i pazienti trattati con penicillamina devono essere trattati con
vitamina B6 per prevenire le convulsioni.
Anche l’alcol causa un malassorbimento e un errato metabolismo di
Distribuzione e fabbisogno. vitamina B6.
Fonti alimentari di vitamina B6 sono:
Coenzima.
- fegato
- carne. Il coenzima della vitamina B6 è il piridossalfosfato, che legato a
itamina B6 - cereali specifici apoenzimi catalizza numerose reazioni enzimatiche aventi gli
- uova. amminoacidi come substrato.
iridossolo - Vegetali (in forma di glucoside del piridossolo)
Le tre reazioni più importanti sono:
recursore per piridossalfosfato
Il fabbisogno e piridossammina
di vitamina B6 è intorno a 2 mg/die, proporzionale
- transaminazione
comunque alla
onte: carne, uova, cereali quota proteica ingerita: - decarbossilazione
mg/die - considerevolmente aumentato in gravidanza. - racemizzazione (solo nei batteri).
Carenza: dermatite, anemia microcitica ipocromica

30
 Corso di Biochimica  115 

Piridossalfosfato nella transaminazione. - catalizzata dalla glutammato decarbossilasi delle cellule

cerebrali.
Il processo di transaminazione prevede il trasferimento di un gruppo
- Il GABA agisce come neurotrasmettitore ad azione inibitoria
aminico:
(mediazione dell’eccitabilità delle cellule nervose)
- donatore: un amminoacido o Carenza di B6 implica la maggiore eccitabilità, con
- accettore: un chetoacido. conseguenti crisi convulsive.
Il piridossalfosfato interviene come intermedio della reazione, Il piridossalfosfato è anche coenzima della fosforilasii, enzima chiave
accettando un gruppo aminico per cederlo al chetoacido: nel metabolismo del glicogeno:
- durante tale processo il piridossalfosfato viene trasformato in - il gruppo attivo non è quello aldeidico, bensì quello fosforico.
piridossaminafosfato. - Partecipa al trasferimento del fosfato alle unità glucidiche
Glutammato + piridossalfosfato α-chetoglutarato + piridossamina componenti il glicoceno, che vengono rilasciate in forma di
glucosio-1-fosfato.
Piruvato + piridossaminafosfato  alanina + piridossalfosfato
In queste due reazioni si possono individuare numerose reazioni
intermedie:
- formazione di aldimina: tra il piridossalfosfato e un
aminoacido
- aldimina converte in chetimina: l’aldimina si converte in
chetimina, la quale si idrolizza in piridossaminafosfato e
chetoacido.
Vale anche la reazione inversa, con la formazione di alanina e
piridossalfosfato.

Piridossalfosfato nelle reazioni di decarbossilazione.

Come coenzima delle decarbossilasi, il piridossalfosfato, legando
l’amminoacido in forma di aldimina, catalizza la decarbossilazione 33
dell’amminoacido:
- formazione di un’ammina primaria.
Una reazione di decarbossilazione piridossalfosfato-dipendente di
notevole interesse medico è la decarbossilazione dell’acido
glutammico in GABA:
 Biotina.

Chimica.

delle La molecola della biotina consta di un

Biotina nucleo derivante dalla fusione di un
si anello imidazolico con uno del tiofene:
ilasi
Legata tramite Lys - come nell’acido lipoico, ha una
Carni e uova catena laterale di 5 atomi di C.
Flora intestinale - è saldamente legata alla porzione
proteica degli enzimi biotina-
0.1 mg/die dipendenti con legame
Coenzima delle carbossilasi carboamidico stabilito tra:
o gruppo carbossilico della
sua catena laterale
o gruppo aminico di un
residuo di lisina.
- Tale legame è molto resistente
o Infatti tra i prodotti degli enzimi biotina-dipendenti si
trovano amminoacidi con ancora la biotina legata.

Distribuzione e fabbisogno.
Cibi ricchi in biotina sono:
- fegato
- rene
31 - tuorlo d’uovo.
Il fabbisogno di biotina
35 si calcola attorno a 0,1 mg/die.

Deficienza.
L’avitaminosi da biotina non può essere frutto di una dieta carente di
tale fattore, in quanto la biotina è prodotta dalla flora intestinale in
grandi quantità:
- causata da sterilizzazione del tubo digerente con antibiotici
- causata da notevoli quantità di bianco d’uovo crude ingerite
 35
Corso di Biochimica  117 

o l’albume contiene l’avidina, che si combina con la La biotina è il centro attivo in corrispondenza del quale si lega uno dei
biotina sottraendola all’assorbimento intestinale. due substrati della reazione, la CO2. Le reazioni avvengono in due fasi:
Espressione di avitaminosi da biotina può essere data da sintomi 1) attivazione dell’anidride carbonica e sua fissazione sul biotinil-
abbastanza aspecifici: enzima
2) trasferimento della CO2 attivata sull’accettore.
- pallore
- dolori muscolari Le carbossilasi sono costituite di tre unità proteiche:
- facile affaticabilità.
1) biotin carrier protein: fa da supporto alla biotina
Biotina 2) biotina carbossilasi: catalizza la fissazione, ATP-dipendente,
Coenzima. del carbonato ione sulla biotina
La biotina è coenzima delle carbossilasi, enzimi che catalizzano la 3) trans carbossilasi: trasferisce il radicale carbonilico dalla
Legata tramite Lys
fissazione di CO2 su determinati substrati. biotina.
Carni e uova
Carbossilasi
Flora biotina-dipendenti sono:
intestinale
0.1 mg/die
- acetil CoA-carbossilasi
Coenzima- proprionil-CoA carbossilasi
delle carbossilasi
- piruvato carbossilasi.

36

35
La carbossilazione interessa sempre il carbonio attiguo al gruppo
carbonilico.
 Acido paraminobenzoico (PABA). - 3/7 residui di acido glutammico: sono legati tra loro con
legami γ-glutamilici e legati all’acido pteroico mediante il PABA.
Il PABA non è una vitamina, in quanto gli animali non possono
utilizzarlo: Il PABA è dunque necessario per la sintesi dell’acido folico.
- è un fondamentale fattore di accrescimento per molti Gli acidi folici presenti in natura contengono più molecole di acido
microorganismi, alcuni dei quali patogeni, che lo utilizzano per glutammico (3/7), che tuttavia vengono idrolizzati in monoglutammato
la sintesi degli acidi folici. dalla γ-glutamil carbossipeptidasi durante l’assorbimento intestinale:
- Il PABA entra nella costituzione dell’acido folico e la sua
- tale enzima è localizzato nell’orletto a spazzola delle cellule
essenzialità per i microorganismi consta della necessaria
intestinali.
disponibilità per la sintesi dell’acido folico.
PABA (ac. -Paramminobenzoico)
Solo gli organismi che necessitano dell’acido folico per la
- Viene perduto nelle malattie che causano degenerazione della
mucosa intestinale.
crescita utilizzano il PABA.
- La mancanza di questo enzima produce deficienza di acido
Fattore IldiPABA
accrescimento per
è interessante permicrorganismi più checon
la sua “competizione” vitamina
i sulfamidici: folico.
Costituente dell’ac folico - Anche gli anticoncezionali a base di progesterone e estrogeni
- questi ultimi sono analoghi strutturali del PABA
possono inibire l’enzima e produrre a lungo termine
- inibiscono l’incorporazione del PABA nell’acido folico
avitaminosi folica.
- da qui l’azione antibatterica dei sulfamidici.
Per ovviare alle deficienze di tale acido si somministra acido pteroil-
monoglutammico:
- si ritiene che tale acido trasporti l’acido folico attraverso la
mucosa intestinale.
- L’acido folico penetra nella cellula in forma di monoglutammato
e nella cellula viene trasformato in poliglutammato nella
reazione catalizzata dalla folilpoliglutammato sintetasi.

Distribuzione e fabbisogno.
Gli acidi folici sono presenti in:
- fegato
Acidi folici. - cereali
- foglie
- spinaci.
Chimica. 37
Il fabbisogno per un uomo adulto è di 200 µg/die:
Gli acidi folici sono peptidi costituiti da:
- aumenta considerevolmente in gravidanza, nell’infanzia e
- acido pteroico: contiene una molecola di acido
durante l’accrescimento.
paraminobenzoico (PABA)

Acido Folico
 FH4
Corso di Biochimica  119 
Utilizzo di unità monocarboniose (escluso CH4 e CO2)

- È necessario in maggiore quantità in ogni processo che - Metile (-CH3)

richieda rinnovamento tissutale. - Idrossimetile (-CH2OH)
- Metilene (=CH2)
Deficienze. - Metenile (-CH=)
- Formile (-CH=O)
La deficienza di acido folico si manifesta come anemia macrocitica - Formimino (-CH=NH)
megaloblastica perniciosi forme:
In combinazione con FH4 le unità monocarboniose vengono
- caratterizzata dalla presenza di eritrociti immaturi e alterazioni trasformate le une nelle altre e trasferite sull’accettore.
gastrointestinali (sprue), con malassorbimento dei lipidi.
- Tali anomalie sono conseguenti di anormale sintesi del DNA,
che si manifesta maggiormente in cellule che necessitano
frequente rinnovo tissutale.
Le deficienze da acido folico si manifestano anche in carenza di B12,
in quanto necessaria per i funzionamento del tetraidrofolato, il
coenzima dell’acido folico.
Oltre alla deficienza da assunzione, vi è anche quella di
malassorbimento intestinale, accentuata dall’ingestione di elevata Il trasferimento di questi gruppi a carico della serina (o glicina9
quantità di alcool. transidrossimetilasi è piridossalfosfato dipendente (vitamina B6). 39

Coenzima Antifolici.
Il coenzima dell’acido folico è l’acido tetraidrofolico (FH4), che deriva Sono analoghi chimici degli acidi folici che agiscono come specifici
dall’acido folico per riduzione catalizzata da: antagonisti, provocando una deficienza:
1) folico riduttasi -gli antifolici inibiscono l’attività della diidrofolato riduttasi,
2) diidrofolico riduttasi. impedendo il passaggio da FH2 a FH4.
Tetraidrobiopterina
o Impedito il metabolismo delle unità monocarboniose, da
cui dipende:
1) F(folico) + NADPH(H+) FH2 + NADP+ Derivato analogo al FH4  Sintesi dei nucleotidi purinici
+ +
2) FH2 + NADPH(H )  FH4 + NADP Coenzima delle redox che Trasformazione del dUMP in dTMP.
o
usano O2 molecolare Bloccata la sintesi degli acidi nucleici e quindi un arresto
L’agente riducente è in entrambe le reazioni il NADPH(H+). L’acido
delle mitosi.
iidrofolico (FH2) è il composto intermedio.
 Utilizzati come chemioterapia delle leucemie e
La funzione dell’acido tetraidrofolico (FH4) è quella di metabolizzare le tumori maligni.
unità monocarboniose, molecole costituite da un solo atomo di
I più comuni antifolici sono:
carbonio con vario grado di ossidazione, quali:
 - aminopterina, si differenzia dall’acido folico per un NH2 al
posto dell’OH in posizione 4.
Tetraidrobiopterina
- Metotrexato: possiede un CH3 in posizione 10.
L’utilizzo di antifolici come farmaci antitumorali ha degli imponenti
effetti collaterali:
Derivato analogo al FH4
Coenzima delle redox che
- blocca la sintesi anche delle cellule sane: le cellule dei
usano O2 molecolare
tessuti caratterizzati da elevato turnover non possono attuare il
riciclo.
- Progressiva resistenza dele cellule tumorali: le cellule
tumorali sviluppano resistenza all’azione inibitrice, producendo
un numero di diidrofolato riduttasi sempre maggiore.

Tetraidrobiopterina.
La tetraidrobiopterina è un derivato pterinico strutturalmente analogo
al FH4:
- partecipa a reazioni redox, e in particolare come agente
riducente dell’O2, in processi idrossilativi.
- Cede gli equivalenti riducenti all’ossigeno molecolare formando
acqua con uno dei due atomi di ossigeno.
o Nell’esempio, la reazione di trasferimento è catalizzata
dalla tirosina-3-monoossigenasi.
- Il ripristino dello stato ridotto avviene per cessione di
equivalenti riducenti da parte del NADPH(H+), catalizzato dalla
diidrobiopterina riduttasi. 40
 Corso di Biochimica  121 

Vitamina B12. Deficit: anemia perniciosa e

degenrazione fibre nervose
Chimica.
Assorbimento iintestinale grazie a
La molecola della vitamina B12 consta di due parti:
proteina “fattore intrinseco di
- gruppo planare: formato da quatro anelli pirrolici, detto
Castle”
corrina, che coordinano uno ione Co, il quale lega da una
parte un 5,6-dimetilbenzimiazolo dall’altra un radicale R.
- gruppo pseudonucleolitico:
Precursore formato
di da uno zucchero, un
fosfato, il dimetilbenzimidazolo e una catena laterale. Posto
perpendicolarmente desossiadenosilcobalamina
al gruppo planare. e
Il radicale R lega gruppi dimetilcobalamina
natura differente, a dare differenti
cobalamine:
- cianocobalamina:Nelle
lega unmutasi e transmetilasi
gruppo CN.
- Idrossicobalamina: lega un OH
- Metilcobamide: lega un metile
- Deossiadenosina cobamide. Lega una deossiadenosina.
Per azione del gruppo CN tutti i vitameri e i coenzimi della B12 si
convertono in cianocobalamina, che è la forma più stabile:
- tuttavia è fotosensibile
- si decompone spontaneamente per azione della luce.
- La cianocobalamina è una forma preparatoria della B12 che non
esiste in vivo.
Distribuzione e fabbisogno.
La vitamina B12 è sintetizzata esclusivamente dai microorganismi. Gli
alimenti di origine animale la contengono come risultato della sintesi
42
della loro flora.
I vegetali sono privi di B12, quindi la carenza è frequente in individui
strettamente vegetariani.
La dose giornaliera raccomandata per gli adulti è di 2 µg/die.
Deficienza. - negli animali l’enzima principale che agisce per azione della
La avitaminosi B12 induce:
Deficit: anemia perniciosa e
deossiadenosilcobalamina è la metilmalonil-CoA mutasi.
- Tutte le mutasi
degenrazione B12nervose
fibre dipendenti catalizzano reazioni che
- anemia perniciosa: caratterizzata dalla presenza in circolo di prevedono lo scambio di un H con un gruppo all’interno della
elementi immaturi della serie eritrocitaria. Assorbimento iintestinale grazie a
stessa molecola.
o Strettamente correlata con l’anemia perniciosa da proteina “fattore intrinseco di
L’inibizione della trasformazione della metilmalonil-CoA in succinil-CoA
avitaminosi folica. Castle”
porta alla eliminazione urinaria di acido metilmalonico:
- Degenerazione delle fibre nervose: le fibre nervose
degenerano, assieme ad altri sintomi di natura neurologica. - dato utile per la diagnosi precoce di avitaminosi B .
Precursore di 12
- L’accumulo di acido metilmalonico nei tessuti causa la
L’anemia perniciosa è solo eccezionalmente causata dalla carenza desossiadenosilcobalamina e
demielinizzazione.
alimentare di B12, ma generalmente causata dal blocco
dell’assorbimento intestinale:
metilcobalamina
La metilcobalamina è il coenzima di numerose transmetilasi, tra cui
quella che converte l’omocisteina in metionina:
- avviene grazie ad una proteina, il fattore intrinseco di Castle
che lega la B12 a livello dell’ileo e si lega su specifici recettori
Nelle mutasi e transmetilasi
- reazione molto importante poiché permette il recupero della
sui microvilli degli enterociti. metionina in seguito alle transmetilazioni.
- Dai microvilli viene rilasciata negli enterociti ad opera di un
fattore di rilascio.
- La B12 assorbita nell’intestino entra in circolo legata alla
transcobalamina I, proteina che lega la vitamina e la porta al
fegato, dove vi è il deposito.
- Dal fegato, la B12 viene trasportata ai tessuti mediante un’altra
proteina ematica, la trascobalamina II.
La mancanza del fattore intrinseco di Castle può avvenire pre:
- deficit congenito.
- Operazioni di resezione gastrica totale.
I pazienti che manifestano tale carenza vengono trattati con iniezioni
intramuscolari di B12 con dosi da 10 µg ogni due settimane.

Coenzimi.
I coenzimi che derivano dalla vitamina B12 sono:
- 5’-deossiadenosilcobalamina
- metilcobalamina.
La deossiadenosilcobalamina è il coenzima di numerosi enzimi
mutasi, specialmente quelli batterici: