Le proteine

Dalle caratteristiche di base di queste macromolecole riusciremo a capire

in che modo funzionano e quali sono le principali interazioni che
mantengono le proteine nella forma funzionale, perché le proteine sono
dei polimeri di amminoacidi. Per ottenere una proteina dobbiamo legare
insieme tanti amminoacidi in sequenza, non in maniera casuale ma
attraverso un legame, che viene chiamato peptidico, che viene detto
anche legame ammidico, in cui il carbonio carbossilico alpha di un
amminoacido reagisce con il gruppo ammidico alpha di un secondo
amminoacido, attraverso una reazione di condensazione. Si ha
l’eliminazione di una molecola di acqua con formazione di un legame,
dove fondamentalmente l’N che ha un doppietto elettronico può fungere
da nucleofilo e quindi sul carbonio carbonilico, che è elettrofilo perché il
carbonio carbonilico ha una parziale carica positiva. L’acqua viene fuori
dall’OH e dal protone che viene eliminato, con formazione di acqua.
Quindi mediante la reazione di condensazione formiamo un legame tra
due molecole, che danno una molecola più complessa, costituita da due
unità, in questo caso due amminoacidi attraverso la formazione di un
legame ammidico, che viene anche detto legame peptidico, che è il
legame che tiene insieme gli amminoacidi, quindi i polipeptidi.
Questa reazione non è favorita dal punto di vista termodinamico perché

l’OH non è un ottimo gruppo uscente, quindi a livello biologico questa

reazione necessiterà di un surplus energetico attraverso reazioni
intermedie, in cui quell’OH viene modificato in un miglior gruppo uscente
ed in queste reazioni partecipa l’ATP.
Attraverso queste reazioni intermedie rendiamo la reazione più
favorevole e quindi permettiamo la formazione di un legame peptidico.
Una volta formato è un legame covalente, cioè molto stabile.
Nel legame peptidico l’ossigeno carbonilico e l’idrogeno dell’azoto che
forma il legame peptidico si trovano in posizione trans. Quindi attraverso
questa reazione si può costruire un peptide. Quando si parla di peptidi si
parla di catene corte, quando parliamo di proteine parliamo di catene più
lunghe, cioè l’insieme di tanti amminoacidi tenuti insieme da legami
peptidici, forma una proteina e il legame peptidico nelle proteine è
sempre tra il carbonio carbossilico alpha e l’azoto ammidico alpha. Non
c’è mai un legame peptidico, tranne rare eccezioni, tra carbonio
carbossilico del gruppo R, sono sempre le funzione legate al gruppo alpha
che partecipano alla formazione del legame peptidico.
è un esempio di un piccolo peptide. Sono ombreggiati i legami peptidici.
Sono 5 amminoacidi che sono legati insieme da 4 legami peptidici, è un
pentapeptide, perché costituito da 5 amminoacidi, i gruppi R sono quelli
fucsia. Per convenzione quando si rappresenta un peptide, avrà sempre 2
estremità, che sono 1 dove ci sarà un gruppo amminico libero alpha che
non partecipa ad altri legami peptidici(quella di sinistra) e l’altra estremità
è quella dove il carbonio carbossilico dell’ultimo amminoacido non
partecipa agli altri legami peptidici, quindi avremo 2 estremità che
vengono chiamate una carbossil-terminale, cioè quella dove la funzione
carbossilica è libera. E l’altra viene chiamata ammino-terminale, cioè
quella dove il gruppo amminico del carbonio alpha dell’ultimo
amminoacido è libero e non partecipa ad altri legami.
Per convenzione l’ammino terminale si pone a sinistra ed il
carbossiterminale a destra quando si scrive un peptide.
Se guardiamo gruppi R, sono tutti gruppi R o idrofobici (anello aromatico,
CH3 o serina), quindi non ci sono gruppi acidi o basici che partecipano ad
equilibri acido-base. Per quanto riguarda questo peptide avremo soltanto
2 funzioni ionizzabili, la funzione basica dell’ammino terminale e la
funzione terminale del carbossiterminale. Quello che abbiamo detto e
raccontato per gli amminoacidi, vale per i peptidi e per le proteine, ci
saranno equlibri acido base a cui partecipa questa molecola ed il pH
influenza lo stato di carica di questa molecola. Quali sono le funzioni
influenzate dal pH? Gruppo amminico e gruppo carbossilico. Sono solo 2
perché gli altri gruppi R non hanno funzione o acide o basiche.
Ci sarà quindi un pH corrispondente al pI in cui questa molecola avrà
carica netta vale a 0. Per i peptidi e le proteine bisogna tener conto di
tutte le funzioni ionizzabili e quindi il pI sarà in funzione di quanti gruppi
acidi e quanti gruppi basici avrà. In questo caso solo 2.
È rappresentato un peptide e gli amminoacidi che partecipano sono quelli
che partecipano con il codice a 3 lettere, lisina, glicina, glutammano e
alanina. In questo caso cosa viene messo in evidenza? Che oltre al gruppo
carbossilico terminale in alto, ci sono altre funzione, una carbossilica del
glutammato, che è l’amminoacido acido e una amminica della lisina, che è
l’amminoacido basico. Quindi quando si andrà a determinare il punto
isoelettrico ci saranno in questo caso 4 funzioni, che partecipano ai gruppi
acido-base e quindi si deve tener conto di questi 4 siti protonabili che
possono variare la loro carica, per cui il punto isolettrico di questo
amminoacidi dipenderà dallo stato di carica di 4 gruppi funzionali e
avremo la forma zwitterionica quando la somma delle cariche di tutti i
gruppi funzionali, sarà uguale a 0. Lo stesso discorso si può fare per una
proteina che ha centinaia di amminoacidi, esisterà un punto isoelettrico
dove la somma delle cariche sarà uguale a 0.
Più amminoacidi acidi ci saranno, più il punto isoelettrico di quella
proteina sarà tendente all’acido e viceversa. Il pI rispecchia le
caratteristiche della proteina stessa.
Le proteine non sono dei polimeri con delle strutture casuale.
Immaginiamo una sequenza di amminoacidi legati assieme, deve essere
precisa, dettata dal nostro codice genetico, per costituire una singola
proteina. Gli amminoacidi sono messi in maniera precisa, ordinata e
qualsiasi piccolo errore potrebbe essere fatale per il nostro organismo,
perché errori genetici nella costruzione delle proteine portano a patologie
serie. Le proteine hanno una struttura ben precisa, perché una volta
formate, si avvolgono a formare una conformazione ben precisa. Per
conformazione si intende la disposizione degli atomi nello spazio di una
molecola e questa conformazione è dettata, stabilizzata da interazione.
Nella maggior parte dei casi, le proteine intracellulari che svolgono una
funzione di enzimi e trasportatori, ormoni e così via, hanno una struttura
steroide, globulare; negli altri casi per proteine di sostegno hanno
strutture più filamentose. Però esiste sempre una certa organizzazione
interna a queste grandi strutture, che stabilizzano una conformazione,
cioè una disposizione degli atomi nello spazio, rispetto a infinite altre,
perché se immaginiamo una grande proteina con tanti amminoacidi, tutti
le possibili conformazioni sono infinite. Perché considerando la rotazione
di ogni singolo legame per tutti gli atomi, per tutti gli amminoacidi
presenti, avremo infinite possibilità di disporli nello spazio. In realtà ne
esistono funzionali poche che sono dettate da meccanismi di
organizzazione interna da interazioni deboli che si instaurano tra gli atomi
e quindi vanno a determinare una o pochissime conformazioni, dette
funzionali, cioè dove la proteina è in grado di lavorare, cioè svolgere la
propria funzione. Questa conformazione funzionale viene chiamata forma
nativa della proteina. (la configurazione può essere modificata rompendo
legami covalenti, la conformazione no, questa può essere modificata
attraverso rotazioni, piegamenti, cioè NON DEVONO ESSERE ROTTI I
LEGAMI COVALENTI). Quindi un polimero molto grande potrebbe
assumere infinite conformazioni nello spazio, in realtà ne è una o
pochissime decine tra di loro. E questa conformazione viene chiamata
forma nativa.
Quali sono le forze che entrano in gioco permettendo la
ragomitolazzione? cioè ci deve essere una spiegazione razionale alla
conformazione della proteina. Il razionale che c’è 5

sotto è legato alle interazioni che si instaurano tra i vari gruppi degli
amminoacidi e quindi portano la proteina ad avvolgersi su se stessa e ad
instaurare una certa conformazione razionale.
La principale forza trainante che determina la forma globulare della
proteina è legate alle cosiddette interazione idrofobiche, dove i gruppi R
di tutti gli amminoacidi idrofobici, tendono ad aggregarsi il cosiddetto
core o nucleo idrofobico della proteina interno, quindi lontano dal
solvente acquoso. Ci sono delle eccezioni, che sono le proteine di
membrana, però nella stragrande maggioranza dei casi, è così. Quindi c’è
questo core idrofobico che si va a generare per via del fatto che tutti i
gruppi idrofobici tendono ad interagire tra di loro, cioè il simile scioglie il
simile, per cui ci sarà una specie di avvolgimento di questa proteina che
porta i gruppi idrofobici all’interno a determinare un core idrofobico.
Questo rappresenta la principale spunta ad assumere la conformazione,
cioè la forma nativa.
Questo avvolgimento determinerà anche l’instaurarsi anche di altre
alterazioni, oltre a quelle idrofobiche e le altre interazioni deboli, le
cosiddette forze di van der waals, le interazioni dipolo-dipolo indotto, le
interazioni ioniche tra una funzione carbossilica e un gruppo amminico
protonabili quindi per formare un ponte disalinico. Si vanno a
determinare questi tipi di interazione che rendono stabile la
conformazione nativa, cioè quella funzionale. Ma perché determinano
quella nativa, e NON le altre? In realtà, il modo in cui si assume questa
conformazione è dettato da come sono messi in serie gli amminoacidi,
quindi tutte le informazioni necessarie per assumere la conformazione
nativa della proteina sono codificate nella sequenza di amminoacidi, di
come sono disposti gli amminoacidi in sequenza.
La disposizione degli amminoacidi in sequenza viene chiamata struttura
primaria perché per descrivere la struttura delle proteine occorre
ragionare a blocchi. Esistono diversi livelli di struttura che ci permettono
di capire come le proteine assumono una conformazione nativa. Il primo
livello di struttura viene chiamata struttura primaria e descrive la
sequenza, cioè come sono disposti in serie gli amminoacidi, cioè per
esempio asp,glut,gli,lys,met,etc etc cioè quali sono gli amminoacidi in una
sequenza, cioè come sono messi in sequenza, ed appunto determina la
struttura primaria. La struttura primaria viene ottenuta grazie alle info del
nostro codice genetico, dove ci sono tutte le info necessarie per poter
costruire questa struttura primaria, attraverso la formazione dei legami
peptidici della proteina. La proteina inzierà ad assumere la conformazione
nativa, grazie a tutte le informazioni tra i vari amminoacidi.
Andando per ordine, possiamo iniziare ad identificare quali sono gli
impedimenti, perché non tutte le conformazioni sono possibili, ci sono
quelle più probabili e quelle meno probabili in funzioni di quali sono gli
impedimenti di natura chimica che portano la proteina che portano ad
assumere determinate conformazioni rispetto ad altre.
Il primo impedimento che entra in gioco è legato al tipo di legame che
tiene insieme gli amminoacidi, cioè il legame peptidico.
Quindi la struttura primaria è la sequenza degli amminoacidi legati
insieme mediante legami peptidici. Poi parleremo di struttura secondaria,
terziaria e quaternaria. Ora soffermiamoci a capire sul legame peptidico
per capire se ci sono impedimenti in questo. Ed in realtà ci sono. 6

Il gruppo peptidico, come si può vedere, viene scritto come C alpha,

carbonio, azoto, e carbonio alpha. Se vogliamo andare ad isolare un
gruppo peptidico, cioè vogliamo vedere gli atomi che appartengono al
gruppo peptidico. La struttura è questa: carbonio alpha di un
amminoacido, carbonio carbonilico, azoto di un secondo amminoacido ed
il gruppo alpha del secondo amminoacido. Quindi il primo è il carbonio
alpha del primo amminoacido con la funzione carbossilica, che però
forma il legame peptidico con secondo amminoacido, cioè con il gruppo
amminico, quindi il legame peptidico è quello tra il carbonio carbossilico
di questo amminoacido e l’azoto di quest’altro amminoacido. Il gruppo
peptidico viene identificato come carbonio alpha, carbonio, azoto,
carbonio alpha.
Come messo in evidenza, nel legame peptidico, per via di una
delocalizzazione di carica, ha delle particolarità, che sono diverse tra il
semplice legame tra azoto e carbonio. Viene descritto come legame sigma
tra carbonio e azoto. In realtà possono esistere delle strutture di
risonanza legate al fatto che quest’azoto ha un doppietto e quindi
possiamo immaginare un riarrangiamento elettronico di questo tipo.
(figura 1. Seconda soluzione esiste) con una parziale separazione di carica,
con un delta meno sull’ossigeno ed un delta più sull’azoto e determina la
formazione di un dipolo elettrico.
Questo non è teorico, è dimostrato anche sperimentalmente. Il legame
carbonio azoto è più corto rispetto ad un semplice legame sigma. Un altro
dato importante a conferma di questa ipotesi è che il gruppo peptidico a
cui partecipa il carbonio carbonilico e l’azoto amminico si trova sul piano,
perché quel carbonio ha parziale carattere sp2 e quindi il gruppo
peptidico non ha libera rotazione, quindi il legame tra carbonio e azoto
non è un singolo legame, ma ha parziale carattere di doppio legame e la
rotazione è impedita, per cui tutto il gruppo si trova sul piano che è quello
ombreggiato in rosa, perché esiste un parziale carattere di doppio legame
tra il carbonio carbonilico e l’azoto amminico che formano il legame
peptidico. 7

questo è un modellino “tridimensionale”, si vede la struttura tetraeidrica

del carbonio alpha e tetraedrica dell’altro carbonio alpha. Mentre il
carbonio carbonilico con l’azoto con l’idrogeno e l’ossigeno in trans, si
trovano con un parziale doppio legame che gli unisce e quindi un parziale
carattere sp2, per cui una struttura rigida planare e quindi si trova su un
piano e quindi con l’impossibilità di far ruotare questo legame. A
differenza di quell’altro carbonio alpha che può ruotare e quindi anche
l’altro con l’azoto ruota. Quindi il primo carbonio ed il secondo è bloccato,
mentre il terzo ed il 4 ruota.
Se immaginiamo di andare oltre, ci sarà dopo un altro legame peptidico.
Quindi avremo un piano, un perno dove si può ruotare, un altro piano, poi
l’altro perno (Cα), un altro piano, e quindi è come se fossero tanti piani in
sequenza determinati dai carboni alpha e che ruotano uno rispetto
all’altro, però questo legame non può ruotare.
Sono stati definiti piani di rotazioni fi e psi, e sono gli angoli diedri tra i 2
piani e ruotano l’uno rispetto all’altro.
Per convenzione quando tutto il peptide è disteso, gli angoli  e 
assumono valori di 180 gradi. E tutti i gruppi peptidici sono sullo stesso
piano. I carboni alpha fungono da perni. Mentre quando i due piani si
trovano appaiati gli angoli  e , che sono gli angoli diedri, 8

che descrivono la posizione dei due piani, uno rispetto all’altro, vengono
posti uguali a 0. Con i due gruppi peptidici sullo stesso piano, mentre 180
gradi quando il peptide è disteso.
Gli angoli  e  non possono assumere tutti i valori per via di impedimenti
sterici, legati alla presenza di atomi e quindi da ingombro sterico.
Il caso eclatante quando  e  sono uguali a 0, perché c’è un forte
ingombro sterico tra ossigeno ed idrogeno che legano l’azoto. Questa
posizione non è possibile.
Un polipeptide non può avere angoli  e  dei vari gruppi peptidici di tutte
le angolazioni: ci sono quelle permesse e quelle non permesse. In natura
quando la proteina si avvolgerà ad assumere la struttura nativa
conformazionale questi angoli  e  saranno quelli permessi, cioè non
possiamo immaginare una molecola che assuma una conformazione non
permessa, perché da un punto di vista energetica non è probabile. Gli
angoli  e  saranno solo quelli permessi.
Questo grafico di Ramachandran mette in relazione i valori in gradi degli
angoli  (x) e  (y) che vanno da -180, 0,+180, in totale fa 360 per un giro
completo. Cos’è questo grafico? Le zone celeste scuro sono le zone dove
gli angoli  e  sono permessi, dove non ci sono ingombri sterici. Sono gli
angoli  e  presenti nelle proteine e sono permessi e non ci sono
ingombri sterici fra i vari atomi dei gruppi peptidici. Per esempio se gli
angoli  e  sono a -170 e +170 sono delle condizioni permesse per
quanto riguarda i gruppi peptidici, che è la zona più scura. Ci sono le zone
più chiare dove c’è la presenza di questi angoli di questa proteine, però
c’è un leggero ingombro sterico. Tutti gli angoli che vanno in quella zona,
la seconda zona blu scura, significa che sono permessi.
Mentre la zona beige è la zona nella quale non sono permessi gli angoli 
e  e questo grafico è asimmetrico, perché la maggior parte degli angoli
permessi si trova nel quadrante in alto a sinistra, ed è asimmetrico perché
gli amminoacidi sono molecole con carboni chirali ed in natura esistono
della serie L e non della serie D. Se fossero stati tutti della serie D,
avremmo avuto le zone permesse qui, cioè in alto a sinistra. Nella
sequenza delle proteine, a parte rarissime eccezioni, tutti gli amminoacidi
hanno configuazioni L, e quindi c’è una certa simmetria nelle strutture
tridimensionali.
Il legame peptidico, quindi, non è un singolo legame, ma è un parziale
doppio legame che determina una certa rigidità strutturale al polipeptide
e da questo scaturisce il fatto che ci sono angolazioni di questi piani
permesse e angolazioni di questi piani non permessi, per via degli
ingombri sterici. Quindi queste sono già delle limitazioni a tutte le
possibili combinazioni, conformazione del polipeptide,dettate dalla
sequenza amminoacidica. 9

Il legame peptidico descrive la sequenza amminoacidica e quindi la

struttura primaria, all’interno della quale ci sono tutte le info necessarie
per capire poi la struttura finale.
Che cos’è la struttura secondaria? È un livello di struttura superiore,
rispetto a quella primaria, che mi va a descrivere in che modo segmenti di
proteina assumono determinate conformazioni rispetto a tutte quelle
possili.
Le più comuni strutture secondarie sono due:
 Alpha-elica
 Foglietto beta ripiegato
Le strutture secondarie non descrivono tutta la proteina, ma porzioni
della stessa. Un’altra cosa che caratterizza le strutture secondarie è che ci
sono interazioni tra gli amminoacidi, chiamate interazioni a corto raggio,
perché riguardano amminoacidi vicini nella sequenza.
Questa è una sequenza polipeptidica. Le strutture secondarie vanno a
descrivere porzioni peptidiche dell’amminoacido. Magari questa parte qui
è un segmento del polipeptide e potrebbe assumere la conformazione
alpha-elica, che viene descritta spesso come una struttura elicoidale. Sono
quindi segmenti, quindi pezzi di proteina, descritti da strutture
secondarie, per cui una singola proteina può avere tanti tipi di strutture
secondarie. Le interazioni che stabilizzano questa struttura, chiamata
alpha elica, vengono dette a corto raggio, perché riguardano
amminoacidi, che sono vicini in sequenza.
l’alpha elica è la più comune, anche per via del fatto che è una delle
strutture più stabili che mantiene il polipeptide in una certa
conformazione. Che cosa succede nell’alpha elica? Le principali interazioni
che vanno a stabilizzare questa struttura secondaria sono legami
idrogeno.
Allora, il primo amminoacido è chiamato 1, anche non necessariamente è
il primo della proteina, ma è il primo che va a costituire l’alpha elica.
Questa fa una curva, fa una struttura elicoidale. Quindi via via i vari
amminoacidi. quindi si instaura un’interazione ad idrogeno tra l’ossigeno
del carbonio 2 e l’idrogeno del carbonio 6, così come tra l’ossigeno del
carbonio dell’amminoacido 1 e l’idrogeno del carbonio del 5
amminoacido. In questo modo se andiamo a vedere la distribuzione degli
atomi è simile ad una struttura elicoidale, con un asse immaginario
centrale, una struttura che circola intorno a questo asse. Quindi cosa
succede? Tutti i carbonili quello 1,2,3,4,5, sono legati nei legami a
idrogeno. Ed è una 10

struttura dove si possono instaurare più legami ad H tra i vari

amminoacidi, perché queste interazioni deboli, danno stabilità nella
struttura. Per cui l’alpha elica è stabilizzata soprattutto da interazioni ad
idrogeno dei gruppi peptidici, presenti nella catena. È una delle strutture
secondarie maggiormente presenti nelle proteine,perché sono molto
stabili.
Le interazioni che riguardano la stabilità della catena derivano da
interazioni idrogeno dei gruppi peptidici. I gruppi R dei vari amminoacidi
in questo caso partecipano poco al determinare l’alpha elica.
È un’immagine per indicare se l’alpha elica è sinistrorsa o destrorsa, ma
nella maggior parte dei casi è destrorsa. Tutto dipende dall’orientamento
dell’avvolgimento. La regoletta è: se l’avvolgimento segue le dita della
mano destra ed il pollice rivolto verso l’alto, è destrorso, mentre al
contrario, è sinistrorso.
I gruppi R sono esposti all’esterno, dove le palline viola rappresentano i
gruppi R degli amminoacidi esterni all’alpha elica.
Un altro fattore destabilizzante o stabilizzante dipende dalla presenza di
amminoacidi carichi presenti alla parte carbossi o ammino terminale
dell’alpha elica, perché, immaginiamo questa struttura, ci sono interazioni
ad idrogeno, tra idrogeni ed ossigeni. Tutti questi fattori determinano la
formazione di un dipolo e ci sarà una separazione di carica netta del
dipolo, che è trasferita nelle varia interazioni idrogeno. Alla fine avremo
l’alpha elica come se fosse un grosso dipolo, con una parziale carica
positiva nella regione ammino terminale e una parziale carica negativa
nella regione carbossi-terminale. Quindi si avrà un dipolo per via del fatto
che ci saranno legami tutti polarizzati e formano un dipolo.
Se nella zona carbossi terminale, c’è un amminoacido acido, quindi
aspartato o glutammato con una funzione carbossilca COO- a pH7,
destabilizza l’alpha elica, perché un COO- determina una certa repulsione
con questo delta meno nel dipolo. Quindi è un fattore destabilizzante. 11

Al contrario, se qui sarà presente un amminoacido basico, con una carica

positiva sulla funzione basica, quel fattore sarà stabilizzante, perché ci
sarà un’attrazione fra la carica meno del dipolo ed il gruppo protonato
dell’amminoacido. Lo stesso discorso vale per la porzione
amminoterminale. Nella porzione ammino terminale avremo una carica
positiva (delta +), quindi se sarà presente un amminoacido con un gruppo
R basico, quindi protonato,sarà destabilizzante; se invece ci sarà un
amminoacido acido, sarà stabilizzante, perché ci sarà un’attrazione tra il
carbossile carico negativamente ed il delta + del dipolo.
Quindi la presenza dei gruppi R è importante per poter determinare la
stabilità di una struttura secondaria, come un alpha elica.
Un’altra considerazione relativa ai gruppi R è l’ingombro sterico, oppure
la presenza di gruppi R vicini molto grandi e quindi determinano un
ingombro sterico e quindi destabilizzano l’alpha elica. Oppure la presenza
di 2 aspartati con 2 cariche negative vicine respingono, destabilizzando. Al
contrario, carica positiva e carica negativa vicine si attraggono, quindi
stabilizzano l’alpha elica. Quindi questi fattori sono importanti per
determinare sia la stabilità, che la possibilità di formare un’alpha elica. Ci
sono anche delle condizioni in cui il polipeptide non genera
spontaneamente un’alpha elica, perché non è conveniente da un punto di
vista energico, cioè ci sono molti fattori destabilizzanti. Per cui la struttura
secondaria in quel caso, sarà un’altra struttura secondaria.
Tutte queste informazioni sono all’interno della sequenza. Se in quel
segmento di sequenza ci sono condizioni ottimali per formare l’alpha
elica, si forma; altrimenti no. Questo sempre ragionando da un punto di
vista energetico.
Un altro tipo di struttura secondaria è il foglietto beta. Cos’è? È una
struttura in cui, anche in questo caso, le principali interazioni sono a corto
raggio, quindi nei segmenti di catena polipeptidica, e sono le interazioni
ad idrogeno. Però, a differenza dell’alpha elica, qui la catena polipeptidica
è posizionata, in maniera molto più distesa, non a forma elicoidale, e
quindi i vari piani peptidici, quelli dettati dagli angoli  e , si trovano nella
conformazione più distesa, ed il foglietto beta-ripiegato, si genera
attraverso l’interazione di più porzioni,affiancate in catena. 12
In questo esempio sono 3 porzioni di catena affiancate. La condizione
necessaria è l’instaurarsi di interazioni idrogeno tra il carbonio carbonilico
rosso e l’idrogeno legato all’azoto quindi bianco, dei vari gruppi peptidici.
Le linee tratteggiate blu sono interazioni ad idrogeno che stabilizzano
questa conformazione, si chiama beta-ripiegata perché i piani dei vari
gruppi peptidici è come se fossero ripiegati, a forma di zig-zag. Questa
forma a zig-zag è legata al fatto che la disposizione dell’idrogeno e
dell’ossigeno è in trans, e quindi determina, vista lateralmente, lo zig-zag
dei vari piani; il gruppo R, quello viola, nella prima serie di legami è verso
il basso, nella seconda è verso l’alto. I gruppi R di questo foglietto beta
ripiegato si trovano sotto e sopra il piano del foglietto beta in maniera
alternata lungo la sequenza.
Quindi anche in questo caso, le interazioni ad idrogeno sono
fondamentali per stabilizzare la struttura. In questo caso i gruppi R,
muovendosi in maniera trans, diminuiscono l’ingombro sterico.
Esistono due diversi tipi di foglietti principali di foglietti beta presenti nelle
strutture proteiche. Si chiamano parallelo e antiparallelo. Cosa significa?
Parallelo significa che i segmenti di polipeptide sono orientati allo stesso
modo, cioè che tutti i 3 i segmenti, o cmq quelli che partecipano al
foglietto parallelo, avranno da un alto la porzione carbossi terminale(sx),
e dell’altro la porzione amminoterminale (dx) o viceversa.
L’antiparallelo è quello in cui i vari segmenti sono orientati in maniera
opposta. (Le frecce nere indicano l’orientamento dei vari segmenti).
Avremo carbossi-ammino-carbossi, per cui l’orientazione dei vari
segmenti non è la stessa, ma è opposto ed è chiamato foglieto
antiparallelo. 13

Questa struttura si può generare da una singola catena polipeptidica. Ad

esempio,immaginiamo il foglietto antiparallelo. Com’è possibile avere un
foglietto antiparallelo in una sequenza amminoacidica?
Nella sequenza bisogna affiancare i vari segmenti di catena uno vicino
all’altro e quindi ci sarà una struttura di questo tipo…
vengono chiamati ripiegamenti .
Ad un certo punto della sequenza, c’è una curva del polipeptide, per cui in
queso modo riusciamo ad affiancare tutti e 4.
Le strutture secondarie si possono ottenere avvicinando segmenti di
diverse catene polipeptidiche e si parlerà di struttura quaternarie. Per
affiancare segmenti di catena è necessario che vi siano curvature, ad un
certo punto della sequenza ed anche quelle sono delle strutture
secondarie, ed anche quelle non sono casuali ma dettate da specifiche
regole chimiche, che determinano una struttura stabile e non casuale.
Le due principali strutture secondarie sono l’alpha elica ed il foglietto
beta-ripiegato, e sono le più rappresentate nelle strutture proteiche,
perché le più stabili.
Mentre le interazioni più importanti sono le interazioni tra idrogeno e
legame peptidico.
Terzo tipo di struttura è il ripiegamento, chiamato anche ripiegamento
beta dove il polipeptide, cioè la catena fa una curva, non casuale, ma
dettata dalla presenza di un ripiegamento, cioè una struttura secondaria,
ben precisa.
Cos’è un ripiegamento? È una disposizione degli amminoacidi della
sequenza in maniera tale da curvare di 180 gradi l’andamento del
polipeptide.
sono rappresentati 2 tipi, perché dipende dagli amminoacidi che
costituiscono il ripiegamento. In questo caso, gli amminoacidi più
frequenti, in questo tipo di struttura secondaria, sono la glicina e la
prolina. La glicina è l’amminoacido 3 nel primo ripiegamento. Perché è
frequente la glicina? La glicina è l’unico amminoacido che ha come
gruppo R l’idrogeno, quindi è l’amminoacido che ha in assoluto il meno
ingombro sterico rispetto agli altri e quindi questo facilita la formazione di
curve, di 180 gradi. La prolina è presente per un altro motivo, opposto a
quello della glicina. La prolina, presente nei 14

ripiegamenti beta, ha una struttura rigida, perché il gruppo R, va a

formare con l’azoto ammidico del carbonio alpha, quindi una specie di
anello rigido, e quindi per far sì che la prolina possa essere efficiente nella
curvatura di questi ripiegamenti beta, occorre che sia in conformazione
cis.
Se è in posizione trans rispetto al carbonile, abbiamo un andamento
lineare, e questa configurazione della prolina è la più rappresentata delle
proteine, e quindi nelle alpha eliche. Mentre la configurazione cis è la
configurazione necessaria per una curvatura di 180 gradi ed è circa il 6 %
della prolina in configurazione cis presente nelle proteine ed è impiegata
nei ripiegamenti beta.
Quindi la prolina si trova nella configurazione cis, lo è per via del fatto che
deve fare un rilegamento beta, ovviamente il nostro codice genetico lo
decide e gli enzimi che possono trasformare una forma trans in una forma
cis. Tutte queste condizioni aiutano la formazione della struttura proteica
terminale.
La prolina determina una rotazione di 180 gradi del peptide. Si instaurano
anche legami idrogeno a mantenere questa struttura sia nel modello tipo
1 che tipo 2. Il legame idrogeno tra il 1 ed il 4 amminoacido che formano
il ripiegamento beta. I ripiegamenti beta sono frequenti nei punti in cui le
proteine ricurvano l’andamento, come nel foglietto beta antiparallelo,
dove vi è la curvatura ed ogni curvatura è rappresentata da un
ripiegamento beta, nel punto in cui il polipeptide inverte la sua direzione.
Questi sono gli unici esempi di strutture secondarie quindi interazioni a
corto raggio,deboli, legami idrogeno e quindi alpha elica, beta foglietto
ripiegato. Queste strutture secondarie ci danno l’idea di quella che può
essere la conformazione che assume un pezzetto di polipeptide nella
catena. L’insieme delle strutture secondarie andrà a determinare un altro
livello, che è la struttura terziaria.
C’è un riassunto di tutti e 20 gli amminoacidi essenziali e la loro presenza
nelle varie strutture secondarie. Per esempio la prolina, rigida, molto
poco presente nell’alpha elica, insieme alla glicina, mentre il glutammato
è più frequente nell’alpha elica. La prolina è anche molto poco frequente
nella conformazione beta, ma è più frequente nel ripiegamento beta
proprio per le sue caratteristiche di rigidità.