FRAMMENTAZIONE PEPTIDE

La frammentazione di un peptide avviene all’interno di una cella di collisione

La struttura centrale ,ripetitiva e schematica dei peptidi che compongono la proteina presa in esame ,è
schematizzata tramite una nomenclatura che indica appunto tutti I suoi componenti proteici:in base al tipo
di legame che viene scisso si generano due serie di frammenti.Se la rottura avviene tra il C in alfa ed il
carbonio carbossilico si genera la cosidetta A-X .Se invece la rottura avviene tra il carbonio carbossilico ed N
si hanno frammenti B e Y ;se avviene tra N ed il C in alfa dell’amminoacido successivo si hanno frammenti C
e Z.Ogni coppia costituisce due frammenti complementari che riassociati generano il peptide
originale.Tendenzialmente il CID provoca un tipo di frammentazione statisticamente molto prevedibile che
è quella che forma gli ioni Y e B.La protonazione back bone (legame peptidico)provoca la frammentazione
diretta dello scheletro carbonioso ,portando alla formazione di ioni tendenzialmente B e Y .Questo è ciò che
preferenzialmente succede utilizzando la CID ,si rende la lettura dello spettro più semploce.in effetti è ciò
che avviene Impiegando la tripsina come endopeptidasi ,avvenendo la proteasi a livello di lisina e
arginina ,gli amminoacidi con carbonio terminali contengono un sito basico lisina o arginina ed in questo
modo quindi I peptidi in cella di collisione frammentano ,in particolare generano serie B e Y.