Le basi chimiche dellereditariet

Sulle tracce del DNA

I cromosomi sono formati da atomi disposti in molecole. Alcuni scienziati ritenevano che, una volta chiarita la struttura chimica dei cromosomi, sarebbe stato possibile comprendere il loro ruolo come portatori delle informazioni genetiche. Questa giusta intuizione segn linizio di un fruttuoso campo di ricerche, la genetica molecolare. Le prime analisi chimiche del materiale ereditario rivelarono che il cromosoma eucariote costituito da acido deossiribonucleico (DNA) e da proteine, presenti pi o meno in uguale quantit; entrambi questi tipi di molecole, perci, avrebbero potuto avere il ruolo di materiale genetico. Le proteine sembravano rappresentare la soluzione pi probabile per la loro maggiore complessit chimica. La complessit di un organismo non quantitativa ma qualitativa ovvero basata sulla capacit di regolare il DNA. Monere, protisti, funghi, animali e vegetali: sono i 5 regni che hanno tutto il patrimonio genetico contenuto nel DNA. I virus non sono considerati viventi perch non sono cellule. Alla fine del Settecento si infatti stabilito che alla base della vita c la cellula. Il virus invece una molecola di DNA o RNA circondata da un involucro (capside) polisaccaridico proteico. Il problema che sorge nel considerare i virus dei viventi di tipo morale: si sposterebbe infatti il concetto di vita da cellula a molecola. Il DNA specispecifico, ovvero quantitativamente identico per ogni cellula di ogni specie e lo quantifichiamo nel numero dei cromosomi. Gli organismi che appartengono alla stessa specie sono gli organismi in grado di riprodurre un organismo a sua volta capace di riprodursi. Nelluomo sono presenti 46 cromosomi in ogni cellula. Questi 46 si dimezzano quando diamo origine ai gameti per riprodurci (spermatozoi e ovuli). Il DNA venne isolato per la prima volta dal medico tedesco Friedrich Miescher nel 1869. La sostanza isolata da Miescher era bianca, zuccherina, leggermente acida e contenente fosforo. Poich era stata trovata soltanto nei nuclei delle cellule, venne chiamata acido nucleico. Il nome fu in seguito modificato in acido deossiribonucleico per distinguere questa sostanza, in base alle sue caratteristiche chimiche, da una simile, lacido ribonucleico (RNA). Negli anni 40 era noto che il DNA costituito da nucleotidi. Ogni nucleotide composto da una base azotata, da uno zucchero a 5 atomi di carbonio chiamato deossiribosio e da un gruppo fosfato. Vi sono due tipi di basi azotate: le purine, che presentano una struttura a due anelli, e le pirimidine, cha hanno un solo anello. Nel DNA vi sono due tipi di purine, ladenina (A) e la guanina (G), e due tipi di pirimidine, la citosina (C) e la timina (T). pertanto, il DNA costituito da quattro tipi di nucleotidi che differiscono soltanto per il tipo di purina o di pirimidina. Nel 1943 Oswald Theodore Avery e i suoi collaboratori erano arrivati a stabilire che fosse il DNA, e non le proteine, il materiale genetico della cellula.

Il modello di Watson e Crick

Watson e Crick cercarono di costruire un modello di DNA che fosse in accordo con i fatti gi noti ai tempi in cui iniziarono i loro studi: si sapeva che la molecola di DNA era di grandi dimensioni, lunga e filiforme, ed era formata da nucleotidi, ognuno contenente una base azotata, una molecola di zucchero e un gruppo fosfato. In seguito a degli studi ai raggi X condotti da Maurice Wilkins e Rosalind Franklin venne confermata lipotesi che la struttura del DNA potesse essere simile alla struttura elicoidale delle proteine. Per poter essere portatrici di una quantit cos vasta di informazioni genetiche, le molecole di DNA dovevano essere eterogenee e varie; inoltre, doveva esistere un qualche meccanismo di duplicazione rapido e preciso, capace di produrre copie fedeli del patrimonio ereditario da trasmettere da cellula a cellula e di generazione in generazione. Mettendo insieme tutti i dati conosciuti, Watson e Crick furono in grado di dedurre che il DNA una doppia elica molto lunga e spiralizzata. Per visualizzare questo modello si pu immaginare di prendere una scala a pioli e ruotarla in modo da formare una spirale, mantenendo i pioli perpendicolare allasse di rotazione. I due montanti della scala rappresentano una sequenza di molecole di zucchero e fosfato alternate, mentre ogni piolo perpendicolare ai montanti rappresenta due basi azotate appaiate, adenina (A) e timina (T) o guanina (G) e citosina (C). le basi appaiate si incontrano sullasse centrale dellelica e sono unite da legami a idrogeno. Ogni base forma inoltre un legame covalente con la molecola di zucchero nel tratto di montante adiacente a essa. La distanza tra i due montanti, calcolata in base alle fotografie ottenute da Rosalind Franklin con la tecnica della cristallografia a raggi X, di due nanometri. Da ci si dedusse che le basi appaiate, cio i pioli della scala, devono sempre essere combinazioni di una purina con una pirimidina. Procedendo su questa strada,, Watson e Crick arrivarono a costruire un modello del DNA in stagno e ferro. Lavorando con il loro modello scoprirono che i nucleotidi, lungo un singolo filamento della doppia elica, potevano essere disposti in qualunque ordine. Dal momento che una molecola di DNA pu essere lunga migliaia di nucleotidi, p possibile ottenere un numero enorme di molecole diverse grazie alle moltissime sequenze di basi possibili. Unaltra scoperta si ebbe quando Watson e Crick cominciarono a costruire il filamento corrispondente. Essi si trovarono di fronte a un altro importante vincolo: non solo le purine non potevano appaiarsi con altre purine, e le pirimidine con altre pirimidine, ma, a causa della struttura delle basi azotate, anche il numero dei legami era prestabilito. Ladenina poteva appaiarsi soltanto con la timina mediante due legami a idrogeno (A=T) e la guanina soltanto con la citosina formando tre legami a idrogeno (G=C). le basi appaiate sono perci complementari. I filamenti hanno una direzione. In ogni filamento ciascun gruppo fosfato preceduto e seguito da una molecola di zucchero; tuttavia, da una parte il gruppo fosfato si lega al quinto atomo di carbonio dellanello dello zucchero (ossia in posizione 5), mentre dallaltra si attacca al terzo atomo di carbonio dello zucchero (in posizione 3). Perci ogni filamento ha unestremit 5 (che termina con un gruppo fosfato) e unestremit 3 (che termina, invece, con un gruppo ossidrilico OH). Allinterno della doppia elica i due filamenti corrono in senso opposto, vengono perci definiti antiparalleli. Un requisito fondamentale del materiale genetico la capacit di portare informazioni: tali informazioni sono scritte nella sequenza di vasi azotate e qualunque sequenza di basi possibile.

La duplicazione del DNA

Una caratteristica fondamentale del materiale genetico la capacit di consentire copie esatte di se stesso; nella struttura doppia e complementare dellelica del DNA contenuto il meccanismo che permette questa autoriproduzione. La duplicazione del DNA si verifica durante la fase S del ciclo cellulare ed levento portante della duplicazione dei cromosomi. La duplicazione del DNA inizia sempre da una specifica sequenza di nucleotidi, detta punto di origine della duplicazione, che richiede particolari proteine di attivazione ed enzimi che spezzino i legami a idrogeno che tengono unite le basi azotate complementari, aprendo la doppia elica in modo che la duplicazione possa iniziare. Una volta che si sono separati i due filamenti, altre proteine si attaccano ai singoli filamenti, altre proteine si attaccano ai singoli filamenti per tenerli separati. In questo modo si rende possibile la fase successiva, ossia leffettiva sintesi del nuovo filamento, che catalizzata da un gruppo di enzimi noti come DNA-polimerasi. La regione in cui avviene la sintesi detta bolla di duplicazione. A entrambe le estremit della bolla, dove i vecchi filamenti vengono separati e stanno per essere sintetizzati i nuovi filamenti complementari, la molecola forma una struttura a Y, nota come forcella di duplicazione. La duplicazione avviene in due direzioni opposte rispetto al punto di origine, perci la duplicazione viene definita bidirezionale. Quando si completata la sintesi dei nuovi filamenti di DNA, le due catene a doppio filamento si separano in due nuove doppie eliche costituite ciascuna da un filamento vecchio e da un filamento nuovo, per questo la duplicazione del DNA si dice semiconservativa. Nel cromosoma circolare dei procarioti vi un unico punto di origine della duplicazione, mentre nelle cellule eucariote ve ne sono molti in ogni cromosoma: lungo i cromosomi lineari eucarioti la duplicazione si verifica a mano a mano che la bolla si propaga nelle due direzioni fino a incontrare una bolla adiacente; di conseguenza, nel momento in cui tutte le bolle si sono fuse tra loro lintero cromosoma sar stato duplicato. Un aspetto significativo della duplicazione del DNA che le DNA-polimerasi hanno una funzione di proofreading (correzione della lettura). Durante la sintesi possono avvenire alcuni errori, come per esempio laggiunta di un nucleotide sbagliato al filamento in costruzione; in tal caso, il nucleotide aggiunto al filamento non sarebbe complementare al nucleotide del filamento stampo. Le DNA-polimerasi sono in grado di aggiungere nucleotidi al filamento solo se i nucleotidi gi inseriti sono appaiati esattamente ai loro nucleotidi complementari sul filamento stampo. Se si verifica un errore, questi enzimi invertono la propria direzione di marcia, rimuovendo i nucleotidi fino a che incontrano un nucleotide correttamente appaiato.

I frammenti di Okazaki e i telomeri

Quando la molecola di DNA si duplica, ogni filamento in via di formazione pu aggiungere nuovi nucleotidi soltanto in direzione da 5 a 3; di conseguenza, mentre il filamento complementare al filamento stampo pu allungarsi in maniera continua senza interruzioni, laltro filamento dovrebbe allungarsi in direzione da 3 a 5 per seguire la direzione della duplicazione. Poich cio non possibile, la duplicazione del filamento con direzione da 5 a 3 avviene a ritroso, cio a partire dalla forcella di duplicazione. Il filamento che pu aggiungere nucleotidi senza interruzioni e si allunga nella stessa direzione in cui si sposta la forcella di duplicazione detto filamento guida. Laltro filamento, invece, chiamato filamento in ritardo e viene sintetizzato in modo discontinuo sotto dorma di singoli segmenti assemblati in direzione da 5 a 3 e poi collegati tra loro grazie allenzima DNA-ligasi. Questi segmenti sono detti frammenti di Okazaki (dal nome del biochimico Giapponese che li ha scoperti) e sono lunghi da 100 a 200 nucleotidi nelle cellule eucariote e 10 volte tanto in quelle procariote. Sul filamento guida il punto di attacco per le DNA-polimerasi unico e si trova allinizio del filamento da duplicare; sul filamento in ritardo, invece, i punti in cui le DNA-polimerasi si devono attaccare per aggiungere via via i nucleotidi complementari sono molteplici e si trovano di volta in volta sempre in prossimit della forcella di duplicazione. Tali punti sono segnalati dalla presenza di un filamento provvisorio di RNA, chiamato primer, che viene sintetizzato da uno speciale enzima detto primasi. Sul filamento in ritardo le DNA-polimerasi non possono catalizzare la sintesi dei frammenti di Okazaki se non trovano un punto di attacco (il primer) sul filamento da duplicare; a mano a mano che la doppia elica di DNA stampo si srotola, le DNA-polimerasi catalizzano la sintesi dei frammenti mancanti muovendosi correttamente in direzione da 5 a 3 e, quindi, in direzione opposta a quella in cui si muove la forcella. Dopo essere stati utilizzati, i filamenti provvisori di RNA vengono eliminati e sostituiti col DNA definitiva; in seguito i vari frammenti sono legati insieme dallenzima DNA-ligasi, in modo che anche il filamento in ritardo possa assumere un andamento continuo. La duplicazione procede fino a quando tutto il DNA stato duplicato. A entrambe le estremit, molti cromosomi possiedono brevi sequenze nucleotidiche ripetute numerose volte; queste sequenze sono dette telomeri. A ogni duplicazione ciascun filamento si accorcia dai 50 ai 200 nucleotidi di DNA telomerico; in questo modo, un cromosoma pu duplicarsi dalle 30 alle 50 volte circa prima che si perda il suo contenuto genetico e che la cellula muoia. Questo uno dei motivi per cui le cellule vivono meno dellorganismo di cui fanno parte; non tutte le cellule, tuttavia, muoiono cos in fretta perch alcune hanno trovato il modo di risintetizzare il DNA telomerico perso durante la duplicazione e mantenere in tal modo integri i loro cromosomi. Lenzima che permette la ricostruzione dei telomeri mancanti si chiama telomerasi.