Quantum biology and information theory

Introduzione

Lo scopo di questa esperienza è stato quello di indagare sull’ormai ben consolidato, ma ancora in
piena evoluzione, approccio quantistico per lo studio della biologia; in particolare nell’uso dei
concetti di teoria dell’informazione (classica e quantistica) e dei suoi risultati per vedere da un
punto di vista diverso e più sistematico quei fenomeni che se prima erano circoscritti all’interno
della sola biologia, ora sono ormai parte, da una tradizione quasi secolare che potremmo far
partire da uno dei padri fondatori della meccanica quantistica, Erwin Schrödinger, e dal suo
famosissimo libro “Che cos’è la Vita?”, di un campo che approda in molte delle scienze dure
odierne.
Durante questo laboratorio molte sono state le risorse da cui abbiamo attinto per una
comprensione chiara di cosa stavamo facendo, proprio per la richiesta di erudizione da parte della
disciplina: biologia, meccanica quantistica, chimica, fisica statistica, teoria dell’informazione ecc..
Quando parliamo di biologia quantistica, intendiamo “the involvement of phenomena that
are normally confined to the quantum realm of atoms and molecules, such as coherence,
tunnelling, entanglement or spin” [QB: un update prospective]. In particolare, l’interesse ricade sul
fatto se tali fenomeni siano utili o meno ai processi biologici e se “they can do that task more
efficiently than even the best classical equivalent”.
Il nostro caso di studio è incentrato nel flusso di informazione che dal DNA viene inviato e viene
usato per la costruzione delle proteine. Inizialmente discuteremo e analizzeremo la struttura
biologica del DNA mostrando gli effetti quantistici che menzionavamo poc’anzi e dimostrando che
tali effetti sono determinanti per il processo biologico nel suo insieme. Successivamente
modelleremo il sistema biologico coinvolto nel trasferimento dell’informazione contenuta nel DNA
con i blocchi tipici dell’informazione classica e quantistica, mostrando i modelli matematici di
partenza e le differenze sostanziali che scaturiscono dai due diversi tipi di approccio.

Elementi di base per capire la struttura del DNA ed effetti quantistici durante la
fase di replicazione del DNA

Il DNA è formato da due filamenti che fanno da base a quelli che vengono chiamati nucleotidi e
che, secondo una particolare combinazione complementare, si fondono per creare una struttura
detta a elica.

figura 1
 figura 2

Esistono quattro tipi di nucleotidi detti:

 Adenina (A);
 Guanina (G);
 Citosina (C);
 Timina (T).

Ognuno di questi elementi ha una struttura molecolare diversa e le coppie che si legano in
condizioni normali tra loro sono A – T e C – G.
La sequenza aperiodica formata da questi nucleotidi costituisce l’informazione genetica: l’insieme
di tutte le istruzioni che designano le caratteristiche di ogni singola specie vivente. Queste
istruzioni sono cambiate nel tempo adattando l’organismo alle condizioni ambientali esterne. Le
mutazioni genetiche sono responsabili di questi cambiamenti.
Prima che la cellula si sdoppi, il DNA deve creare una sua copia identica. Per far ciò, allo stesso
tempo, doppo essersi srotolato crea, partendo dalle due sequenze complementari, due molecole
di DNA uguali contenenti la stessa informazione genetica. Questa è detta fase di replicazione. Il
legame che sussiste tra i due nucleotidi è detto legame ad idrogeno e consiste in pratica in un
protone conteso tra due coppie di elettroni di due atomi diversi (vedi figura 1). Non esiste una sola
configurazione per i nucleotidi. Le varianti si chiamano forme tautomeriche, ottenute muovendo il
protone dalla coppia di elettroni in alto a quella di mezzo (vedi figura 2) . Questo puo portare per
esempio a legare due nucleotidi non complementari inizialmente e quindi alla creazione di
mutamenti genetici. (queste possono essere spontanee o indotte)

-fig. 3
Legame ad idrogeno e sorgenti di errore genetico
Abbiamo già detto che il legame ad idrogeno è un protone condiviso tra due coppie di elettroni di
due atomi diversi. Possiamo allora rappresentare il protone come inserito in una doppia buca di
potenziale dove due sono le posizioni di equilibrio classiche, una vicino ad ogni di coppia di
elettroni:

Il comportamento del protone nella barriera di potenziale è regolato dall’equazione di Shroedinger

dipendente dal tempo:

.
Poiché il protone nella teoria dei quanti può assumere il comportamento di un’onda, esiste la
probabilità che attraversi la barriera di potenziale passando da uno stato di equilibrio all’altro.
Nel caso in cui la doppia buca di potenziale fosse simmetrica, le funzioni d’onda stazionarie sono
quelle che rappresentano il protone con una probabilità del 50% di essere in entrambi gli stati di
equilibrio: La posizione classica di equilibrio stabile non è un autostato.
Ciò implica che se inizialmente il protone si trovasse in una delle due buche di potenziale a o b
(vedi figura 4), il sistema non si troverebbe in uno stato stazionario e la particella oscillerebbe con
una frequenza che dipende dall’energia degli stati stazionari e dalla costante di Planck.

fig 4

Data però la necessità della stabilità dell’informazione genetica è importante che il protone stia
nella posizione per cui il legame tra i due nucleotidi complementari non porti errori.
Questo è possibile solamente si si assume una doppia buca particolarmente asimmetrica.
Inoltre, poiché nel legame tra nucleotidi complementari sono presenti almeno due legami ad
idrogeno, e quindi due protoni contesi (vedi figura 3 sinistra), il problema diventa lo studio di due
protoni in quattro buche di potenziale:

fig 5

Per questioni di semplicità consideremo il problema come due buche di potenziale fisse e che
quindi non cambiano la forma della buca successivamente all’effetto tunnel.
Importante è da ricordare il fatto che il modulo quadro della funzione d’onda è legato alla
probabilità di trovare la particella in un determinato punto. Grazie ad essa sarà possibile trovare le
probabilità di transizione che ci serviranno in seguito per caratterizzare il modello di trasferimento
di informazione genetica tra DNA e proteine secondo la teoria dell’informazione.

Consideriamo ora due casi che possono portare a una interpretazione errata del genoma:
(a) basi con carica uguale. In questo caso il protone che cambia posizione in una direzione
produrrà l’effetto di far cambiare posizione a quello vicino:

In questo modo, se i legami ad idrogeno vengono rilasciati in questa posizione, si ha:

Quantum mechanical model for information transfer from DNA to protein

Arrivati a questo punto, vogliamo studiare il sistema biologico di trasmissione dell’informazione

genetica, descritto dal dogma centrale della biologia molecolare, con la teoria dell’informazione.
Questo processo di trasmissione può essere sintetizzato in tre blocchi fondamentali:

1. Trasmettitore
2. Canale
3. Ricevitore

1) Nel modello quantistico qui presentato, il DNA è il trasmettitore dell’informazione.

L’alfabeto della sorgente è costituito dai codoni: sequenze di tre nucleotidi.
Dato che esistono 4 diversi tipi di nucleotidi, i “simboli” diversi trasmessi dalla sorgente
sono 43 = 64.
La matrice Hamiltoniana che descrive l’informazione contenuta nel DNA è:

Il generico simbolo |XYZ> rappresenta un autostato dell’hamiltoniana a cui corrisponde

l’autovalore Exyz.
 2) Nell’immagine sopra, il canale appare come un sistema contente una serie di processi
biologici di cui noi non teniamo conto; o meglio, che consideriamo, nel loro insieme, come
portatori di un solo errore: di una singola base nucleica sulle tre rappresentati
l’informazione elementare trasferita.

fig. 8

Quando la ket-base |m>, rappresentate il codone m, è trasmessa attraverso il canale quantistico

biologico, può essere rilevata dal lato ricevitore (proteina) come una ket-base differente |n> a
causa dell’ errore genetico. Come è noto, per caratterizzare completamente un canale, c’è bisogno
di conoscere le transizioni di probabilità ingresso uscita e quindi pm , n: la probabilità che sia inviato
il codone m ma che sia rilevato n. Uno schema del codice genetico è rappresentato di seguito

3) Dal lato ricevitore abbiamo invece le proteine. In realtà ad ogni tripla di nucleotidi (i.e un
singolo codone), corrisponde un aminoacido e, la concatenazione di 20 aminoacidi, forma
la proteina. L’informazione che serve per capire quale aminoacido nella costruzione della
catena è necessario è letta tramite l’m-RNA.
Da un punto di vista dell’informazione classica, abbiamo che il codice genetico è
degenerativo, cioè più codoni possono rappresentare lo stesso aminoacido.
Supponendo che tra codoni che codificano lo stesso aminoacido ci sia una ampiezza di
probabilità (questo non è vero in generale: vedremo che ci sono codoni che corrispondono
allo stesso aminoacido ma che noi consideriamo non interferenti: nessuna ampiezza di
probabilità sarà presente per questi), possiamo scrivere la matrice hamiltoniana in blocchi:

Dove gli autovalori EAUG, EUGG corrispondono agli aminoacidi Met e Trp mentre EUAA, EUAG,
EUGA, sono i codoni di STOP.
Per esempio, la matrice Bi è del tipo:

Dove Ei ± a sono i corrispettivo autovalori

Questa matrice rappresenta tutto gli aminoacidi a cui corrispondano due differenti autostati
della matrice DNA.

Per quanto riguarda l’aminoacido Ile, poiché viene codificato dai codoni AUU AUC AUA, la
corrispondente sottomatrice diventa:

Gli autovalori sono E Ile, E Ile ± √ 3 a e le autofunzioni sono:

.
Ragionamento simile può essere fatto per tutte le altre sottomatrici dei corrispettivi
aminoacidi.
 Come ultimo esempio, per far vedere che non tutti i codoni che corrispondo allo stesso
aminoacidi interferiscono, consideriamo l’aminoacido Ser:

Per la costruzione delle sottomatrici sono state seguite le seguenti regole:

 Non ci sono ampiezze di probabilità tra codoni corrispondenti a diversi aminoacidi
 C’ è ampiezza di probabilità tra due codoni che corrispondo allo stesso aminoacido
e che differiscono al più di due nucleotidi contigui.
 A secondo della configurazione elettronica di codoni interferenti, l’ampiezza sarà
± ja (il meno per il fatto che la matrice deve essere hermitiana) se la configurazione
elettronica dei nucleotidi è diversa o a se la configurazione rimane invariata.

Quantum biological channel capacity evaluation