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LA MOLECOLA DEL DNA

Il DNA (Acido DesossiriboNucleico) un acido nucleico, composto chimico di grande importanza, presente in tutti gli organismi viventi, portatore dell'informazione genetica e depositario dei caratteri ereditari. Da esso ha origine l'importantissima sintesi proteica, alla quale partecipa un altro acido nucleico, l' RNA (Acido RiboNucleico). Esistono tre principali tipi di RNA: RNA messaggero o mRNA, RNA ribosomico o rRNA, e l'RNA di trasporto o tRNA. I tre tipi di acido ribonucleico interagiscono tra di loro provvedendo alle sintesi proteiche della cellula. Gli acidi nucleici sono lunghi polinucleotidi, ossia polimeri lineari, formati dall'unione di molte unit denominate nucleotidi. I nucleotidi sono a loro volta costituiti da tre componenti molecolari: una molecola di zucchero a cinque atomi di carbonio, un gruppo fosfato e una molecola appartenente ad una gruppo di cinque basi che definiscono cinque tipi diversi di nucleotidi: due basi puriniche, adenina e guanina e tre basi pirimidiniche, timina, uracile e citosina. Nel DNA lo zucchero il desossiribosio e le due basi pirimidiniche sono solo timina e citosina . Nell'RNA sono presenti invece uracile e citosina. Una lunga serie di nucleotidi si associa per formare una catena polinucleotidica che costituita da uno scheletro di gruppi fosfato e zuccheri alternati dal quale si irradiano lateralmente le basi puriniche e pirimidiniche.

STRUTTURA DEL DNA


La definizione della struttura a doppia elica del DNA da attribuirsi a J.D. Watson e F.H.C. Crick che nel 1953 pubblicarono sulla rivista Nature il loro modello strutturale, modello che rappresenta una delle pi importanti scoperte scientifiche del ventesimo secolo e che di fatto costituisce la pietra miliare della moderna biologia molecolare. Secondo questo modello, il DNA composto da due catene polinucleotidiche che decorrono in direzione opposta e sono avvolte a spirale a formare una doppia elica. Le due catene sono legate fra loro mediante ponti idrogeno fra le basi. La molecola quindi formata da due assi laterali costituiti dai residui fosforici e di desossiribosio alternati e da una porzione interna costituita dall' accoppiamento delle basi. Le due catene sono di polarit opposta, cio le posizioni 3' e 5' delle molecole di desossiribosio in una catena sono orientate in direzione opposta a quella delle molecole della catena complementare. L' accoppiamento delle basi sulle due catene altamente specifico, nel senso che l'adenina di una catena pu appaiarsi soltanto con la timina della catena opposta mediante un doppio ponte idrogeno. La guanina di una catena si appaia con la citosina della catena opposta mediante tre ponti idrogeno. Questa propriet delle due catene affrontate prende il nome di complementarit e le due catene sono dette complementari. Nonostante la relativa fragilit dei ponti idrogeno che legano ciascuna coppia di basi, ogni molecola di DNA contiene un numero tale di coppie di basi, da impedire che la catena possa separarsi spontaneamente in condizioni fisiologiche. Le due catene della doppia elica possono essere considerate come una coppia di modelli, positivo e negativo, ognuno dei quali specifica il rispettivo complemento per la sintesi di una catena complementare che quindi sar identica alla catena opposta. In tal modo le due molecole di DNA figlie prodotte risultano identiche alla doppia elica madre. Il meccanismo di duplicazione del DNA risulta cos essere semiconservativo, in quanto delle due catene originarie una conservata in ciascuna delle due cellule figlie e l'altra di nuova sintesi

MECCANISMO MOLECOLARE DI DUPLICAZIONE

Il DNA costituito da due catene polinucleotidiche avvolte a spirale a formare una doppia elica. Le due catene sono collegate tra loro mediante ponti idrogeno tra le basi appaiate, sono complementari e antiparallele, cio le posizioni 3' e 5' delle molecole di desossiribosio in una catena sono orientate in direzione opposta a quella delle molecole della catena complementare. Nella terminologia corrente, un'estremit di ciascuna catena comunemente indicata come terminazione 5' e quella opposta come terminazione 3'. Il processo di duplicazione o replicazione del DNA stato postulato da Watson e Crick nel 1953 e successivamente confermato sperimentalmente con metodi biochimici. Secondo il modello semiconservativo la duplicazione comporta le seguenti fasi:

Progressivo svolgimento delle due catene polinucleotidiche avvolte a spirale Separazione delle catene per apertura dei ponti idrogeno tra basi complementari appaiate, che le rende quindi libere di interagire con quelle dei nucleotidi presenti nell'ambiente Sintesi, ad opera dell'enzima DNA polimerasi, su ogni catena separata di una catena nuova complementare. Ognuna delle due catene parentali funziona da modello o stampo per la sintesi di una catena nuova mediante appaiamento di nucleotidi complementari ai propri.

La DNA polimerasi pu agire in una sola direzione, polimerizzando la molecola neoformata dall'estremit 5' a quella 3'. Dato che le due catene del DNA sono antiparallele, la catena che termina con 5' si replica con la formazione di piccoli frammenti nella direzione 5' 3' che si riuniscono fra

loro in un tempo successivo ad opera di un altro enzima, la polinucleotide ligasi

SINTESI PROTEICA
Ogni cellula, ogni organismo, ogni specie caratterizzata dalle proprie proteine: durante la sintesi ogni cellula costruisce, infatti, delle proteine specifiche, che sono diverse da specie a specie, da individuo a individuo (il trapianto di un organo da un individuo allaltro riesce difficile proprio per questo motivo) e, spesso, nello stesso individuo sono diverse da un tipo di cellula allaltra. In altre parole, ogni cellula manifesta nella sintesi delle proteine unindividualit propria. La sostanza che presiede alla sintesi delle proteine, il DNA; mentre le proteine vengono sintetizzate sui ribosomi presenti sul reticolo endoplasmatico e nel citoplasma. Il codice viene trascritto: la sintesi dellRNA Sebbene le differenze strutturali fra DNA e RNA siano modeste, le funzioni espletate dai due acidi nucleici sono notevolmente diverse: il DNA il depositario dellinformazione genetica, lRNA lintermediario mediante il quale linformazione, presente nel DNA, viene utilizzata per la costruzione di proteine. Il processo di sintesi delle proteine inizia con lapertura della doppia elica del DNA; a mano a mano che la doppia catena del DNA si apre, le basi di uno dei filamenti agiscono come uno stampo per la sintesi della molecola di RNA: ad esse aderiscono i nucleotidi complementari a quelli del DNA, che grazie alla presenza di enzimi specifici si legano tra loro. La molecola del RNA dunque costituita da una singola catena di nucleotidi, disposti secondo una sequenza di basi complementare alla sequenza esistente sulla molecola di DNA che ha funzionato da stampo. La molecola dellRNA formatasi sullo stampo del DNA detta RNA messaggero, o mRNA; terminata la trascrizione, essa si stacca dal filamento del DNA, che riassume la forma di doppia elica. La proteina e' realizzata Per arrivare alla sintesi di una proteina, quella voluta dalla sequenza scritta in codice sulla molecola del DNA, la molecola dellRNA messaggero deve ora essere tradotta. Il processo di traduzione coinvolge altri due tipi di RNA: lRNA ribosomiale (RNAr), che costituisce quelle microstrutture cellulari che gi riconosciamo con il nome di ribosomi, e lRNA di trasporto (RNAt).

Il riconoscimento di un amminoacido da parte del suo RNA di trasporto, un compito che viene svolto con la massima precisione. Un enzima specifico per ogni amminoacido, infatti, attiva lamminoacido stesso, sia per farlo combinare con il proprio RNA di trasporto, sia per renderlo disponibile per la sintesi proteica. La sintesi di una molecola proteica avviene quando i ribosomi, scorrendo sullRNA messaggero, leggono il codice nella sequenza richiesta dal codice stesso e accolgono gli RNA di trasporto. Gli RNA di trasporto, una volta portati a destinazione gli amminoacidi, tornano liberi e possono di nuovo prendere dal citoplasma altri amminoacidi specifici richiesti da ulteriori procesi di sintesi. La sintesi procede in tre fasi: inizio, crescita e termine del polipeptide. L'inizio della sintesi vede i ribosomi legarsi al codone di inizio dell'mRNA, che indica il punto in cui l'mRNA comincia a codificare la proteina. Questo codone generalmente AUG (adenina-uracileguanina), ma codoni diversi sono frequenti nei procarioti. Negli eucarioti l'amminoacido corrispondente al codone di inizio la metionina. Il tRNA iniziatore accoppia le sue basi con quelle del codone di avvio e si lega al sito P del ribosoma. La subunit maggiore forma quindi un complesso con quella minore. A questo punto avviene la crescita. Un nuovo tRNA entra sul sito A del ribosoma ed accoppia le sue basi con quelle dell'mRNA. L'enzima peptidil transferasi crea un legame peptidico tra gli amminoacidi vicini. Appena questo accade, l'amminoacido sul sito P si stacca dal suo tRNA e si lega al tRNA sul sito A. Il ribosoma quindi si muove lungo l'mRNA spostando il tRNA dal sito A al sito P liberando nel contempo il tRNA vuoto. Questo processo noto come traslocazione. Questo processo continua finch il ribosoma non incontra uno dei tre possibili codoni di arresto (stop), dove avviene il termine. La crescita della proteina si interrompe e la proteina viene liberata nel citoplasma. La sintesi delle proteine pu avvenire molto rapidamente. Questo avviene perch pi ribosomi possono legarsi ad un filamento di mRNA consentendo quindi la costruzione simultanea di pi proteine. Negli eucarioti la traduzione avviene nel citoplasma mentre la trascrizione avviene nel nucleo cellulare.

CODICE GENETICO
un sistema di corrispondenza tra basi azotate del DNA e amminoacidi. Tale sistema nel corso della sintesi proteica permette l'interpretazione delle informazioni contenute nella molecola di acido nucleico e la loro trasformazione in un precisa indicazione della sequenza che gli amminoacidi devono avere nella proteina che in via di formazione. In particolare, il codice genetico formato da 64 triplette (o codoni), ossia da 64 combinazioni di tre basi azotate, ad esempio AAC, ATA, TCG e cos via. A ogni tripletta corrisponde un amminoacido: considerando le triplette degli esempi citati, gli amminoacidi corrispondenti sono la leucina, la tirosina e la serina. Poich gli amminoacidi sono venti, e le possibili triplette sono 64, ne deriva che diverse triplette devono corrispondere a uno stesso amminoacido. Vi sono tre triplette non-senso, che cio non corrispondono ad alcun amminoacido e che pongono termine alla sintesi proteica, e una tripletta che costituisce un segnale di inizio della sintesi. Il codice genetico viene definito universale, in quanto comune a tutti i viventi, dagli animali alle piante, ai batteri; tale sistema di decodificazione delle istruzioni contenute nel genoma presente anche nei virus; esso anche detto ridondante, per il fatto che a un solo amminoacido possono corrispondere diverse triplette. Ricapitoliamo le caratteristiche del codice genetico: a triplette Viene letto in modo continuo degenerato Ha segnali di inizio e fine universale