RIBOSOMI E LA SINTESI DELLE PROTEINE

I RIBOSOMI Le proteine determinano la struttura delle cellule e della matrice extracellulare, e

catalizzano la sintesi e il metabolismo delle proteine stesse e di tutte le altre molecole proprie della
materia vivente. Dalle proteine dipende quindi ogni aspetto della struttura chimica e microscopica e
della funzione della materia vivente. L'informazione genetica contenuta nel DNA sotto forma di una
sequenza di nucleotidi viene trascritta, cioè copiata in una catena di nucleotidi a formare una molecola
di mRNA che esce dal nucleo e si porta nel citoplasma. Qui organuli specializzati, i ribosomi,
provvedono a sintetizzare la catena peptidica disponendo gli aminoacidi nell'ordine segnato dalla
sequenza dei nucleotidi del mRNA. I ribosomi sono granuli di piccole dimensioni, circa 15 nm di
diametro, formati da alcune molecole di rRNA e da numerose (oltre 70) proteine, che si assemblano fra
loro nel nucleolo e provvedono alla sintesi delle proteine. Le dimensioni dei ribosomi e delle molecole
di RNA sono misurate indirettamente tramite il coefficiente di sedimentazione, espresso in Svedberg
(S): i dati di seguito riassunti riguardano i ribosomi citopla-smatici delle cellule eucariotiche (sono
diversi per i ribosomi mitocondriali). L'RNA dei ribosomi è RNA ribosomiale (rRNA). Ogni ribosoma
(80 S) è costituito da due subunità, una maggiore (60 S, contenente RNA 28 S, 5 S e 5,8 S) ed una
minore (40 S, contenente RNA 18 S), che si uniscono insieme durante la sintesi delle proteine e restano
invece separate quando i ribosomi non sono attivi.

Per la sintesi delle proteine sono necessari anche RNA messaggero (mRNA) e RNA transfer (tRNA,
detto anche RNA solubile). I tre tipi di RNA sono sintetizzati nel nucleo a partire dalle sequenze di geni
corrispondenti. Successivamente I'RNA messaggero interagisce con i ribosomi, con i tRNA e con altri
fattori per dirigere la sintesi delle catene polipeptidiche delle proteine (traduzione del messaggio
genetico). Spesso diversi ribosomi sono uniti ad uno stesso filamento di mRNA per sintetizzare più
copie della medesima proteina (una copia per ciascun ribosoma): questi gruppetti di ribosomi uniti
insieme si chiamano poliribosomi o polisomi. La sintesi delle proteine richiede come prima tappa la
formazione di una catena di aminoacidi (catena peptidica): la successione degli aminoacidi è la struttura
primaria di ciascuna proteina. Questa catena poi si ripiega in configurazioni progressivamente più
complesse, dando origine alla struttura secondaria e alla struttura terziaria; più unità con la propria
struttura terziaria possono associarsi a formare la proteina completa, "nativa" cioè quale si presenta
appena estratta - integra - dalla materia vivente: quest'ultima è la struttura quaternaria, dalla quale
dipendono la forma e le proprietà funzionali di ciascuna proteina. Peraltro le strutture di ordine
superiore dipendono dalla struttura primaria e una volta costituita la catena peptidica questa possiede le
proprietà necessarie per la configurazione definitiva della molecola. Il processo di sintesi delle proteine
in sintesi:

• Trascrizione: viene sintetizzato un filamento di RNA quale copia complementare di un tratto di DNA
corrispondente ad un gene.

• Splicing: vengono rimossi i tratti di RNA non destinati ad essere usati per la sintesi di una proteina
(detti introni) e sono saldati insieme i vari tratti destinati ad essere usati per la sintesi stessa (detti esoni):
si forma così I'RNA messaggero (mRNA). Non sempre gli esoni di una molecola di RNA sono usati
tutti contemporaneamente per la sintesi di una proteina: alcuni RNA possono subire il cosiddetto
splicing alternativo; ogni mRNA dirigerà la sintesi di una proteina distinta.

• Trasferimento dell'RNA nel citoplasma: I’RNA si sposta dal nucleo nel citoplasma, dove svolgerà la
sua funzione. Nel nucleo sono sintetizzate anche vari tipi di molecole di RNA cioè di RNA ribosomiale,
che si combinano con proteine a formare subunità ribosomiali; anche queste si spostano dal nucleo al
citoplasma ove svolgeranno la loro funzione. Anche le molecole di tRNA cioè di RNA transfer sono
sintetizzate nel nucleo e poi si spostano nel citoplasma per svolgere la loro funzione insieme ai ribosomi
ed al mRNA.

• Unione dell'mRNA ai ribosomi: una molecola di mRNA si unisce alla subunità ribosomiale minore,
successivamente questo complesso si unisce ad una subunità ribosomiale maggiore ed a questo punto
può iniziare la sintesi della proteina corrispondente all'informazione portata dal mRNA.

• Traduzione: gli aminoacidi corrispondenti alle varie unità di informazione del mRNA sono trasportati
al ribosoma da tRNA e sono uniti l'uno all'altro nell'ordine specificato dal mRNA, a formare la proteina
corrispondente. Ogni unità di informazione del mRNA, corrispondente ad un aminoacido, è detta
codone ed è costituita da una tripletta di nucleotidi adiacenti. Ogni molecola di tRNA è caratterizzata
dalla presenza di una tripletta di basi complementari a un codone, detta anticodone, e dalla capacità di
legarsi ad un determinato aminoacido, corrispondente a quello significato dal corrispondente codone. Al
termine della serie dei codoni corrispondenti alla serie di aminoacidi, un codone particolare (detto
codone di arresto) segnala la fine del messaggio e a questo punto la proteina sintetizzata si stacca dal
ribosoma, quindi anche I'mRNA e le due subunità ribosomiali si separano tra loro e si rendono
disponibili per un nuovo ciclo di sintesi.

• Ripiegamento della proteina: i filamenti peptidici delle proteine devono ripiegarsi per assumere la
conformazione definitiva; speciali proteine, dette chaperonine, aiutano la nuova proteina ad assumere la
forma corretta (struttura secondaria e terziaria) tra le varie strutture di ordine superiore
termodinamicamente possibili. I ribosomi possono associarsi a cisterne di reticolo endoplasmatico,
formando il reticolo endoplasmatico rugoso: questo organulo provvede alla sintesi delle proteine da
esportazione, un termine che in prima istanza definisce quelle da riversare all'esterno della cellula ma
che è venuto ad includere quelle intrinseche e quelle estrinseche della faccia esterna della membrana
cellulare e quelle degli endosomi e dei lisosomi. La sintesi delle proteine da esportazione inizia come
quella di qualsiasi proteina, però poi segue alcune tappe speciali per permettere l'inserimento dentro le
cavità del reticolo endoplasmatico delle proteine stesse mentre sono sintetizzate.

MODIFICAZIONI POST-TRADUZIONALI DELLE PROTEINE Le proteine neosintetizzate devono ripiegarsi

per assumere le corrette strutture di ordine superiore. Le strutture termodinamicamente possibili sono
diverse; il corretto ripiegamento è favorito da chaperonine. Qualora il ripiegamento non avvenga
correttamente e la proteina neosintetizzata risulti irrimediabilmente malformata, le stesse chaperonine
guidano quella proteina verso la distruzione ad opera di proteasi. La degradazione delle proteine a corti
peptidi è svolta da complessi molecolari citoplasmatici detti proteasomi. Molte catene peptidiche una
volta terminata la sintesi vanno incontro ad altre trasformazioni post-traduzionali per completare la
struttura della proteina attraverso la formazione di ponti disolfuro, l'unione con gruppi prostetici, la
polimerizzazione, la fosforilazione, la rimozione di porzioni mediante una proteolisi controllata; le
proteine di organuli membranosi possono anche subire l'aggiunta di gruppi idrossilici (idrossilazione), di
catene glucidiche (glicosilazione) e di gruppi solfonici (solfatazione), oppure legarsi a lipidi.

COMPARTIMENTAZIONE DEL CITOPLASMA Il citoplasma è suddiviso in compartimenti da un ricco

corredo di membrane che circoscrivono cavità di varia forma; i compartimenti delimitati da membrana
sono immersi nello ialoplasma, che costituisce un altro compartimento. Le membrane endocellulari,
strutturate secondo il modello del mosaico fluido descritto per il plasmalemma, sono peculiari per
caratteristiche morfologiche e molecolari a seconda del compartimento a cui appartengono. Quanto alla
forma delle strutture delimitate da membrana possiamo avere: tubuli, cilindri ad estremità arrotondate,
con un diametro trasversale di poche decine di nanometri e una lunghezza variabile; vescicole, sferette,
cisterne, formazioni ampie ed appiattite il cui aspetto di "sacchetti sgonfi" le fa definire anche come
sacculi, vacuoli, sferici e visibili al microscopio ottico.

Una rete di tubuli e cisterne forma il Reticolo Endoplasmatico (RE), organo membranoso che si trova
in tutte le cellule eucariotiche dove costituisce circa il 50% della superficie di membrana della cellula e
circa il 10% del suo volume. Tale struttura assieme all'apparato di Golgi entra a fare parte del
cosiddetto apparato anabolico della cellula. Il RE viene considerato il più grande organo cellulare, esso
svolge differenti funzioni:

- Traslocazione di proteine, ad es. proteine secretorie, attraverso la membrana

- Integrazione di proteine nelle membrane cellulari

- Assemblaggio e modificazione di proteine all'interno del lume

- Sintesi di fosfolipidi e steroidi al lato citosol della membrana

- Stoccaggio di ioni calcio e loro rilascio regolato nel citosol

- Metabolismo dei carboidrati.

Il RE può esser a considerato a ragione uno dei più sofisticati sistemi intracellulari e la sua efficacia
consiste essenzialmente in due caratteristiche:
1. compartimentazione di ambienti chimici differenti per l'assemblaggio e la maturazione di differenti
proteine

2. RE (come del resto molti sistemi intracellulari) è una struttura polarizzata e dinamica. Polarizzata in
quanto è costituito da un versante rivolto verso il nucleo che presenta una morfologia e una funzione
differenti rispetto al versante rivolto verso la periferia cellulare;

dinamica in quanto varia molto in termini quantitativi e qualitativi a seconda del tipo di cellula, ed è in
grado di frammentarsi e di riassemblarsi adattandosi alle esigenze funzionali.

La presenza o meno di ribosomi vincolati alla superficie del RE rivolta verso il citosol determina la
creazione di due distinte tipologie di RE in continuità l'uno con l'altro, definiti rispettivamente Reticolo
Endoplasmatico Ruvido o Rugoso e Reticolo Endoplasmatico Liscio.

Altre strutture delimitate da membrana sono l'apparato di Golgi, gli endosomi, i lisosomi e i
perossisomi. Nelle cavità di questi organuli sono concentrate determinate molecole e avvengono
specifiche reazioni chimiche; in alcuni casi le membrane offrono un supporto strutturale a complessi
enzimatici per l'ordinato svolgersi di certe reazioni, indipendentemente dalla faccia su cui queste
avvengono. Tutti questi organuli fanno parte di un continuum che include pure la membrana cellulare,
in quanto di momento in momento si collegano tra loro tramite vescicole mobili. La faccia della
membrana rivolta verso lo ialoplasma è chiamata faccia P e quella rivolta verso l'interno delle
formazioni membranose è detta faccia E. La sede della formazione della membrana è in ogni caso una
porzione del reticolo endoplasmatico. Un altro tipo di organuli delimitati da membrana sono i
mitocondri; peculiari per struttura, funzione e origine, non appartengono allo stesso continuum
menzionato sopra per cui saranno trattati a parte.

RETICOLO ENDOPLASMATICO RUVIDO O RUGOSO (RER) Le proteine sintetizzate dai ribosomi liberi
nello ialoplasma sono destinate a rimanere nello ialoplasma stesso (comprese le proteine del
citoscheletro), oppure a spostarsi nei mitocondri o nel nucleo. Anche le proteine estrinseche della faccia
citoplasmatica della membrana cellulare e delle membrane endocellulari sono sintetizzate da questi
ribosomi e aderiscono secondariamente alla membrana, così pure alcune proteine secrete mediante
gemmazione dalla superficie cellulare. Parte dei ribosomi aderisce alle membrane del reticolo
endoplasmatico a formare il RER. Questo è la sede della sintesi delle proteine intrinseche di membrana,
di quelle estrinseche della faccia opposta al citoplasma (faccia E), di quelle destinate a rimanere dentro
le cavità degli organuli membranosi (con l'eccezione di quelle dei perossisomi) e di quelle destinate alla
secrezione mediante esocitosi. L'informazione per indicare che una proteina deve essere sintetizzata nel
RER è codificata nel suo mRNA e tradotta come sequenza segnale contenuta nella proteina stessa. Essa
viene interpretata grazie ad un sofisticato macchinario molecolare. Anche le proteine sintetizzate da
ribosomi liberi e dirette verso il nucleo e altri organuli membranosi posseggono delle sequenze segnale,
diverse da quelle per il reticolo endoplasmatico.
La sintesi delle proteine da esportazione: SCHEMA CARTACEO

Le membrane del reticolo endoplasmatico sono più sottili di quella cellulare e più ricche di lipidi e
sono quasi del tutto prive di rivestimento glucidico sulla faccia E.

La funzioni svolte nel lume del RER consistono principalmente in:

- Ripiegamento delle catene polipeptidiche sintetizzate dai poliribosomi vincolati alla membrana.

- Assemblaggio di subunità proteiche.

- Formazione di ponti disolfuro, grazie alla presenza di un ambiente intraluminale ossidante.

- Idrossilazione di amminoacidi.

- Glicosilazione.

- Degradazione di proteine "imperfette" attraverso il sistema proteasoma ubiquitina.

Le catene polipeptidiche prodotte dai ribosomi vincolati alla membrana, dopo essere trasferite nel
lume del RER (traslocazione co-traslazionale) assumono la corretta configurazione tridimensionale
ad opera di specifiche chaperonine del tutto simili a quelle presenti nel citosol. Possono essere
incorporate nel RER anche catene polipeptidiche provenienti da poliribosomi liberi, in questo caso
si parla di traslocazione post-traslazionale.

Una volta assunta la loro conformazione tridimensionale le proteine vengono trasferite all'interno dei
tubuli del reticolo endoplasmatico liscio e in seguito vescicolate, oppure racchiuse all'interno di
vescicole che saranno poi destinate in prevalenza all'apparato di Golgi. Questo trasporto come verrà
descritto più avanti è bidirezionale e porta al riciclaggio di proteine accessorie presenti all'interno o alla
superficie delle vescicole stesse.

II RER rappresenta inoltre un sistema di protezione contro la produzione di proteine malfunzionanti; se

una proteina non assume la corretta conformazione tridimensionale infatti viene destinata alla
degradazione, questo processo coinvolge differenti proteine (Binding Immunoglobulin Protein BIR,
proteine disulfuro isomerasi, chaperonine) e nel complesso viene definito come sistema proteasoma
ubiquitina. Si tratta in definitiva di un sistema di protezione che si attiva con il riconoscimento di
proteine con struttura "anomala" e che porta per prima cosa al blocco dell'attività di sintesi,
contemporaneamente le proteine da rimuovere vengono marcate mediante la ubiquitina, trasferite al di
fuori del RER mediante chaperonine ed infine avviate al sistema di degradazione costituito dal
proteasoma. Le modificazioni post-traduzionali delle proteine da esportazione iniziate nel RER
continuano nell'apparato di Golgi.
RETICOLO ENDOPLASMATICO LISCIO (REL) Una parte del reticolo endoplasmatico è priva di
ribosomi ed è definita reticolo endoplasmatico liscio (REL). La membrana del REL è di aspetto simile a
quella del RER, ma si distingue per la composizione chimica. Il REL si forma per gemmazione da
quello rugoso e va incontro a rapido rinnovamento; il RER provvede alla sintesi delle proteine
costituenti la membrana e di quelle presenti nel lume di quello liscio. Poiché il reticolo liscio può
assolvere varie funzioni, che dipendono dal tipo cellulare e dalla attività svolta in ciascun momento,
anche la composizione delle sue membrane varia da cellula a cellula e da momento a momento,
soprattutto nella componente proteica. Nelle cellule del fegato (dette epatociti) le membrane del REL
contengono l'enzima glucosio-6-fosfatasi, che trasforma il glucosio-6-fosfato - derivato dalla
depolimerizzazione del glicogeno - in glucosio (senza fosfato), che può passare in circolo e venire
assorbito e utilizzato dalle altre cellule dell'organismo. Nelle altre cellule che accumulano glicogeno il
glucosio-6-fosfato è destinato solo all'uso interno della cellula, perché non è espressa la glucosio-6-
fosfatasi. Nell'epatocita avvengono reazioni di detossificazione, catalizzate da enzimi contenuti nel
REL. II REL partecipa alla sintesi dei lipidi; ad esempio nelle cellule assorbenti dell'intestino (dette
enterociti) e negli epatociti i lipidi così sintetizzati si uniscono a proteine a formare lipoproteine. Nelle
cellule che sintetizzano ormoni steroidi (derivati dal colesterolo), molti enzimi per tali sintesi sono
localizzati nel REL.

Il REL è sede di immagazzinamento di ioni calcio, massimamente nei tessuti muscolari ma anche in altri
tessuti grazie all'attività di pompe per questi ioni, di proteine calcio-leganti, che permettono di
immagazzinarli senza creare squilibri osmotici, e di canali per il calcio, che si aprono allorché questo
ione deve passare nello ialoplasma. Oltre alla contrazione muscolare, il calcio è utilizzato come segnale
per attivare numerose funzioni cellulari e, oltre che dal reticolo endoplasmatico, può provenire anche
dall'esterno della cellula e dai mitocondri.