DNA

Il DNA ( desossiribonucleico ) è costituito da 2 catene polinucleotidiche che sono complementari e antiparallele.

La funzione del DNA è quella di trasmettere le informazioni ereditarie.

I legami fra: I nucleotidi —-> sono legami covalenti

I 2 filamenti —-> sono legami a idrogeno

Un nucleotide è formato da 3 elementi:

1. FOSFATO che conferisce acidità alla molecola
2. ZUCCHERO
3. BASE AZOTATA ( adenina, timina, citosina, guanina ); nell’RNA ( uracile sostituisce la timina ).

Le 2 eliche sono sempre unite, ma ci sono momenti in cui si devono separare:

• Quando avviene la duplicazione delle cellule
• Quando vi è la fecondazione
• Quando dal DNA si deve formare una proteina
Per separare l’elica, bisogna rompere i legami a idrogeno.

DUPLICAZIONE DEL DNA

La duplicazione del DNA avviene secondo un modello semiconservativo, ovvero quando la molecola si apre a modi di
cerniera e ciascuno dei 2 filamenti funge da stampo per gli altri 2 filamenti complementari, ciascuna delle 2 molecole
figlie sono costituite da un filamento, uno nuovo e l’altro vecchio.

La duplicazione avviene attraverso delle fasi:

FASE della separazione dei 2 filamenti:
Avviene grazie ad un enzima ( DNA elicasi ), provocando la formazione di 2 filamenti reciproci.
Le catene separate hanno entrambe il modello per creare un nuovo filamento di DNA.
• Gli SSB proteggono il singolo filamento
• I TOPOISOMERASI stabioiscono le tensioni del filamento
FASE della primasi:
Enzima che avvia il processo, rendendo un piccolo pezzo di DNA un Primer, segnando il punto di partenza per la
costruzione del nuovo filamento di DNA.

• DNA POLIMERASI è un enzima che costruisce un nuovo filamento di DNA e si lega al Primer e può aggiungere solo
basi del DNA nella direzione 5’ 3‘ ( filamento veloce ).
• La duplicazione del DNA parte dal punto detto origine e procede in entrambi le direzioni:
- Nei procarioti c’è solo un punto di origine
- Nei eucarioti ci sono più origini di replicazione.
• Il DNA polimerasi, per cominciare a sintetizzare, un nuovo filamento ha bisogno di un innesco, ovvero: un piccolo
filamento di 10 nucleotidi di RNA, chiamato Primer.
• L’RNA Primer viene degradato da diversi enzimi e sostituito dal DNA.

ERRORI DELLA DUPLICAZIONE

Durante la duplicazione del DNA possono avvenire degli errori.
In questo caso intervengono degli enzimi che correggono gli errori, i meccanismi di correzione sono 3.

1. CORREZIONE DI BOZZE
Tale meccanismo corregge gli errori man mano che la DNA polimerasi le compie.

2. RIPARAZIONE DI ERRATO PAGAMENTO

Un’altra DNA polimerasi insieme a diversi enzimi esamina il DNA, subito dopo che si è duplicato, e corregge gli
appaiamenti sbagliati.

3. RIPARAZIONE PER SCISSIONE

Elimina le basi anomale dovute a un’agente chimico e le sostituisce con basi funzionali ( caso dei dimeri di timina ).
 TRADUZIONE
La traduzione / sintesi proteica avviene nei ribosomi ed è quel processo biochimico attraverso cui l’informazione
genetica contenuta nell’mRNA ( ottenuto dal DNA tramite la trascrizione ) viene convertita in proteine che svolgono nella
cellula un’ampia funzione.

INIZIO
L’inizio della traduzione comporta la formazione del complesso di inizio, costituito da un tRNA carico e dalle 2 subunità
legati insieme dall’mRNA.
Riconoscimento dell’mRNA:
La subunità minore si lega alla sua sequenza di riconoscimento dell’mRNA.

Formazione del complesso di inizio:

Il tRNA, caricato con la Metionina ( tripletta AUG inizio della catena proteica ), si lega sul codone d’inizio AUG,
completando così il complesso d’inizio.

Completamento dei ribosomi:

La subunità del ribosoma si unisce al complesso d’inizio, il tRNA caricato con Metionina occupa il sito P.
ALLUNGAMENTO
Durante la fase di allungamento un nuovo tRNA carico entra nel sito della subunità che promuove la formazione del
legame peptidico e l’allungamento delle catene polipeptidico.
Il tRNA scarico si sposta nel sito E per poi essere rilasciato quando il ribosoma scorre in avanti di un codone. Questo
processo viene ripetuto.
TERMINAZIONE
La terminazione avviene quando nell’mRNA compare un codone stop ( UAA, UAG, UGA triplette non senso e servono a
segnalare la fine della catena proteica ).
Il ciclo di allungamento si blocca e il polipeptide si stacca dal ribosoma.

Legame con un fattore di rilascio:

Il legame tra un fattore di rilascio e il complesso ribosomiale avviene quando un codone di stop entra
nel sito A del ribosoma.
Successivamente, il fattore di rilascio favorisce il distacco del polipeptide dal tRNA nel sito.

Terminazione del processo:

Le componenti restanti si separano.

TRASCRIZIONE
La trascrizione avviene nel nucleo della cellula e consiste nella produzione di una molecola di RNA.
Solo un filamento di DNA funziona da stampo, mentre quello complementare viene trascritto.
L’enzima che promuove la trascrizione è l’RNA polimerasi, che lavora in direzione 5’ 3’.
INIZIO
L’RNA polimerasi si lega al DNA in corrispondenza del promotore.
La funzione del promotore è un po’ come i segni di punteggiatura che stabiliscono come debba essere letta la sequenza
di parole di una frase.
La polimerasi per legarsi al promotore e iniziare la trascrizione, necessita dei fattori di trascrizione ( proteina regolatrici )
che si legano al TATAbox, formando così il complesso di trascrizione.
ALLUNGAMENTO
Dopo che l’RNA polimerasi si lega al promotore, inizia così la fase di allungamento.
L’RNA polimerasi apre il DNA ( 10 basi per volta ) e legge il filamento stampo in direzione 3’ 5’ .
L’RNA polimeras aggiunge nuovi nucleotidi all’estremità del primo filamento; l’RNA quindi cresce nella direzione 3’ 5’ .
Tale RNA trascritto è antiparallelo al DNA stampo.
FASE DI TERMINAZIONE
Quando l’RNA polimerasi si stacca dallo stampo di DNA, il filamento di RNA prodotto, prende il nome di trascritto
primario, il quale deve affrontare una serie di cambiamenti in modifiche, prima di poter essere trascritto in proteine.
 CODICE GENETICO

• Il codice genetico è il sistema per cui le informazioni genetiche codificate nel DNA arrivano ad operare la
sintesi di tutte le proteine necessarie per la vita degli organismi.

• Il suo linguaggio si basa su un alfabeto molecolare rappresentato da una sequenza dei nucleotidi di RNA
che viene tradotto nella sequenza di amminoacidi in una proteina.

• Il codice genetico dispone di 4 lettere corrispondenti alle 4 basi azotate.

Per specificare i 20 aminoacidi utilizzando gruppi di 3 nucleotidi chiamati triplette o codoni.

• 3 di queste triplette sono chiamate codoni “non senso” “ stop” ( UAA, UAG, UGA ), non corrispondono a
nessun amminoacido e servono a segnalare la fine della catena proteica.

• La tripletta AUG indica l'inizio della catena proteica e corrisponde all'amminoacido metionina.

Il codice genetico presenta 2 caratteristiche principali:

1. Il codice genetico è DEGENERATO, cioè ridondante.

Poiché uno stesso aminoacido è codificato da più di una tripletta.

2. Il codice genetico è UNIVERSALE, dal momento in cui è identico in tutti gli esseri viventi e ha lo
stesso significato in tutti gli organismi.
IL DOGMA CENTRALE DELLA BIOLOGIA MOLECOLARE
Crick cominciò a considerare il problema del rapporto funzionale fra DNA e proteine. Portandolo ad enunciare quello
che chiamò “il dogma centrale della biologia molecolare”. Esso afferma che il gene è un tratto di DNA contenente le
informazioni per la produzione di una catena polipeptidica; la proteina però non contiene l’informazione per la
produzione di altre proteine, dell’RNA o del DNA. Le parole di Crick «una volta che l’informazione si è infilata in una
proteina non riesce più a tornare indietro».

L’informazione genetica passa dal DNA , all’ RNA , alle proteine tramite molecole adattatrici i “tRNA”. Il DNA è il padrone
dell’informazione genetica ed è quasi interamente confinato nel nucleo. Le proteine determinano il fenotipo di uno
organismo e sono sintetizzate nel citoplasma.
Il dogma centrale della biologia molecolare solleva 2 interrogativi:
1. In che modo l’informazione passa 2. Il rapporto di una determinata sequenza nucleotidica
dal nucleo al citoplasma? del DNA e una amminoacidica di una proteina?

Per rispondere a queste domande Crick propose 2 ipotesi:

La trascrizione e l’ipotesi del messaggero La traduzione e l’ipotesi dell’adattatore
Il gruppo di Crick propose che da Immaginò una molecola provvista di 2 regioni,
un filamento di DNA di un particolare gene una che svolge la funzione di legame
si formasse per copia complementare e l’altra che svolge la funzione di riconoscimento.
una molecola di RNA. Ben presto tali molecole adattrici sono state
L’RNA messaggero o mRNA si sposta poi trovate; si tratta del RNA transfer o tRNA.
dal nucleo al citoplasma dove,
a livello dei ribosomi, serve da stampo per
la sintesi delle proteine.
Il processo con cui si forma questo RNA
si chiama trascrizione.

Alcuni virus costituiscono un’eccezione al dogma centrale

I virus sono particelle infettive acellulari che si riproducono all’interno di cellule. Molti virus hanno come materiale
genetico l’RNA anziché il DNA.La sintesi del DNA a partire dall’RNA prende il nome di trascrizione inversa; i virus che la
mettono in atto, come l’AIDS, sono detti retrovirus.Crick affermò che il fenotipo non poteva passare informazioni al
genotipo e ciò resta confermato dai fatti tutt’oggi.