TRASCRIZIONE DEL DNA

Il processo di trascrizione è il primo passaggio di una serie di eventi che nel complesso determinano
l’espressione genica e determina la formazione di un filamento di RNA complementare al filamento stampo
di DNA che può essere un RNA messaggero, contenente quindi una copia delle informazioni che codificano
per una sequenza di amminoacidi, un RNA transfert, che ha il compito di trasportare gli amminoacidi e
consentirne il legame secondo le sequenze definite sul m-RNA oppure andare a costituire elementi strutturali
facenti parte dell’RNA ribosomiale.
Questo processo è catalizzato dall’enzima RNA polimerasi in grado di rompere i legami ad idrogeno tra le
basi e la sua direzione di trascrizione è sempre 5’-3’.
La trascrizione può essere suddivisa in tre stadi distinti: inizio, allungamento e terminazione.
Il primo stadio, che dà inizio alla trascrizione richiede un promotore, una speciale sequenza di DNA alla
quale si lega molto saldamente l’RNA polimerasi indicando a questa da dove far partire la trascrizione, quale
filamento di DNA trascrivere e in quale direzione procedere.
Una parte di ogni promotore è il sito di inizio, dove incomincia la trascrizione; ogni gene ha un promotore,
ma non tutti i promotori sono uguali: alcuni sono più efficaci di altri nel dare inizio alla trascrizione,
L’RNA degli eucarioti però, non è in grado di legarsi semplicemente al promotore, essa infatti si lega al
DNA solo dopo che sul cromosoma si sono associate varie proteine regolatrici dette fattori di trascrizione.
Il primo fattore di trascrizione si lega al TATA box ( una specifica sequenza ripetuta di timina-adenina, che
si trova più vicino al sito di inizio e in corrispondenza del quale il DNA inizia a denaturarsi per esporre il
filamento stampo), inducendo un cambiamento di forma sia di sé stesso che del DNA, favorendo così il
legame di altri fattori di trascrizione (tra cui l’RNA polimerasi) che vengono a formare il complesso di
trascrizione.
Nel momento in cui il DNA si apre e la RNA polimerasi inizia a sintetizzare il nuovo filamento di RNA, si
genera una regione definita detta bolla di trascrizione.
Dopo che le due catene di DNA si sono separate, una di queste catene è quella complementare
all’informazione genica originale codificante, utilizzando quindi questa catena come stampo, l’enzima RNA
polimerasi inizia ad inserire i nucleotidi attraverso l’aggiunta di un nucleotide per volta il filamento di RNA
inizia ad allungarsi.
La sintesi dell’RNA procede dall’estremità 5’ verso quella 3’ del gene producendo una molecola di RNA
complementare alla catena stampo del DNA, a parte la sostituzione della timina con l’uracile.
La trascrizione termina poiché alla fine di ogni gene ci sono particolari sequenze di basi che ne stabiliscono
la terminazione, l’RNA polimerasi si ferma e libera sia il filamento stampo di DNA sia il filamento di RNA
messaggero di nuova sintesi.
Negli eucarioti, gli RNA messaggeri appena trascritti, detti trascritti primari, sono più lunghi rispetto
all’mRNA e quindi devono andare incontro ad una serie di trasformazioni:

 Capping  all’estremità 5’ dell’mRNA di nuova sintesi viene aggiunto un particolare nucleotide,

detto cappuccio, necessario per unire l’mRNA al ribosoma nel citoplasma e per evitare la
degradazione della molecola
 Poliadenilazione  all’estremità 3’ dell’mRNA viene aggiunta una coda di 200-250 ribonucleotidi
tutti contenenti la base azotata adenina, per questo motivo la coda viene chiamata coda poli-A che ha
lo scopo di conferire una certa stabilità alla molecola, consentendole di resistere un tempo maggiore
nel citosol
 Splicing  è un meccanismo grazie al quale vengono eliminate determinate sequenze dell’mRNA
chiamate introni e vengono saldate insieme le sequenze rimanenti chiamate esoni.
 Spesso, nelle cellule eucariotiche, trascritti di mRNA identici vengono elaborati in modo diverso
attraverso il meccanismo di splicing, quindi dalle stesse molecole di trascritti primari si possono ottenere
mRNA maturi diversi tra loro, e che a loro volta verranno tradotti in polipeptidi con funzioni diverse.
Questo meccanismo, detto splicing alternativo, può comportare l’eliminazione oltre che di introni anche
di esoni.
TRADUZIONE DEL DNA
La traduzione del DNA, detta anche sintesi proteica, è quel processo attraverso cui l’RNA messaggero
prodotto dalla trascrizione del DNA viene decodificato per la sintesi di un polipeptide la cui sequenza
amminoacida corrisponde alla sequenza nucleotidica scritta sul DNA di partenza.
In questa catena di reazioni sono coinvolte diverse componenti: mRNA, tRNA, ribosomi e enzimi necessari
alla catalizzazione delle reazioni di polimerizzazione della catena polipeptidica.

 Ribosomi  sono dei complessi formati da due sub-unità proteiche di differenti dimensioni a cui
sono associate determinate sequenze di RNA ribosomiale. La sub-unità più piccola, chiamata sub-
unità minore, contiene un sito di legame per l’RNA messaggero mentre la sub-unità più grande, detta
sub-unità maggiore, serve per catalizzare i legami peptidici tra gli amminoacidi, che unendosi
formano la catena del polipeptide. Quest sub-unità possiede tre siti di legame a cui si legano gli RNA
di trasporto durante la sintesi delle proteine: il sito A (da amminoacile), il sito P (da peptide) ed il
sito E (da exit).
 tRNA  è una molecola essenziale nel trasferimento dell’informazione dal codice nucleotidico alla
sequenza di amminoacidi e sono molecole relativamente piccole formate da 70-90 nucleotidi che
contengono due siti di legame caratterizzati da specifiche sequenze nucleotidiche. Uno di questi siti,
chiamato anticodone, è formato da una tripletta di nucleotidi che si lega al codone dell’RNA
messaggero, mentre l’altro sito di legame si trova all’estremità 3’ del tRNA e si lega
all’amminoacido che corrisponde al codone dell’RNA messaggero.
E’ una molecola di RNA lungo la cui sequenza appaiono molte sequenze complementari tra di loro
che determinano l’appaiamento dei nucleotidi con conseguente ripiegamento del filamento a formare
delle strutture a forcina.
 AmminoacitilRNA sintetasi  è un enzima che si lega con il corrispondente tRNA, esiste infatti un
enzima diverso per ogni trasnfer pernettendo così che l’amminoacido si leghi al RNA transfer.
L’amminoacitiltRNA sintetasi si lega con un amminoacido e una molecola di ATP, rilasciando un
pirofosfato dovuto all’idrolisi dell’ATP che permette energicamente questo passaggio che lascia
l’adenosina monofosfato e l’aminoacido attaccati all’enzima. Nel secondo passaggio il tRNA
riconosce l’anticodone e si lega con l’aminoacido al posto dell’AMP in un legame esterico ad alta
energia, la quale rottura fornirà l’energia per il legame peptidico.
La traduzione avviene a livello dei ribosomi che scorrono lungo il filamento di mRNA e ne riconoscono
le sequenze di base a gruppi di tre (codone). Sulla sub-unità minore del ribosoma è presente una
sequenza specifica di RNA ribosomiale che rappresenta il sito di legame per l’RNA messaggero, che va
ad inserirsi in modo tale che la prima sequenza da tradurre (AUG codificante per l’amminoacido formil-
metionina) si posizioni in corrispondenza del sito P del ribosoma dove il codone AUG si lega con
l’anticodone del tRNA che trasporta il corrispondente amminoacido.
La seconda tripletta dell’RNA messaggero si posiziona in corrispondenza del sito A dove si posiziona il
secondo tRNA cosicché i due amminoacidi trasportati si trovino nella posizione corretta perché possa
avvenire la formazione del legame peptidico.
Specifiche proteine di allungamento determinano quindi lo slittamento dell’RNA messaggero verso
l’esterno del complesso, facendo giungere il secondo tRNA in posizione P, facendo fuoriuscire la
porzione di mRNA di inizio traduzione all’esterno e facendo staccare il tRNA dalla formil-metionina.
 Il sito A è quindi nuovamente libero e può essere occupato dal terzo amminoacido della catena e così via
fino al raggiungimento del codone di stop che segnala la fine del processo e il distacco del polipeptide da
complesso di sintesi.

REGOLAZIONE DELL’ESPRESSIONE GENICA

La regolazione può avvenire in diverse fasi della cellula:
1. Accessibilità del complesso trascrizionale  Metilazione del DNA: processo che consiste
nell’aggiunta di gruppi metile sulle citosine incluse in sequenze CG. Questo processo ha due effetti,
diretto e quindi il silenziamento dei promotori metilati che non verranno riconosciuti, e indiretto
ovvero la condensazione della cromatina.
2. Controllo dell’efficienza trascrizionale  affinché la RNA polimerasi possa legarsi al promotore
core e possa iniziare la trascrizione è necessario che prima si leghino i fattori trascrizionali generali,
chiamati così perché universali in tutti i tipi di cellule.
Nella sequenza del promotore core si trova la TATAA box che richiama la polimerasi e, localizzati
25 aree prima della tataa box troviamo gli elementi