Biologia 19/11/2018

DNA, struttura e replicazione

Replicazione di tipo semiconservativo
 Dna polimerasi (aggiunge nucleotidi ad una estremità 3’ OH utilizzando un filamento di
DNA come stampo e desossinucleotidi trifosfato, l’energia si recupera staccando i gruppi
fosfato, essa viaggia in direzione 5’3’).
 Stampo (la singola elica viene procurata dalla rottura dei legami idrogeno ad opera di un
altro enzima che si chiama dna elicasi)
 Innesco, circa 5/20 bp (primasi, che è un RNA polimerasi: ribonucleotidi)
Elica progressiva (leading) e regressiva (lagging strand)
Frammenti di Okazaki sul filamento discontinuo
Grumo di superavvolgimento quando si va a aprire l’elica (la topoisomerasi, nei procarioti si
chiama topoisomerasi tipo I, girasi, negli eucarioti topoisomerasi di tipo II, risolve il problema
(aumentare o diminuire il numero di avvolgimenti significa creare un topoisomero))
La differenza è che quelle di tipo I tagliano solo uno dei due filamenti, quelle di tipo II entrambi
(per questo c’è il rischio di spezzare il cromosoma: infatti hanno come due pinze, due subunità
identiche, ciascuna con diversi domini)
Proteine SSBP (single strand binding proteins, che vanno a coprire le regioni a singolo filamento
momentaneamente, finché non arriva la DNA polimerasi a sintetizzare)
Tutto il complesso viaggia compatto nella stessa direzione: la cellula utilizza la struttura a
trombone (il filamento 5’3’ viene fatto girare a formare un’ansa, così da poter lavorare tutti nella
stessa direzione)
Complesso ternario DNA polimerasi-stampo-primer
L’estremità con 3’ oh libero del primer appaiato al filamento stampo viene a trovarsi sul sito
catalitico dell’enzima. Si noti il ripiegamento dello stampo che lo ancora al dominio di
polimerizzazione che è parte del palmo. Questo enzima ha bisogno di ioni magnesio per poter
funzionare.
Dna polimerasi: attività esonucleasica 3’5’ (stacca nucleotidi se c’è un errore, una distorsione,
nell’elica che sta uscendo)
Non esiste nella cellula una singola dna polimerasi, nelle cellule procariotiche ce ne sono almeno
5, nelle eucariotiche almeno 15, con alti livelli di specializzazione (per esempio una diversa per il
mitocondrio) il tasso di mutazione è più alto nel dna mitocondriale.
Esiste un complesso che unisce la dna polimerasi alfa e la primasi (Ha sbagliato a dirlo). La dna
polimerasi ci mette circa 1 secondo per agganciarsi al dna.
Sliding clamp, altra proteina che si accoppia alla polimerasi e ne favorisce la processività, aggancia
il dna da un lato e la polimerasi dall’altra. Deve scivolare velocemente sul filamento di dna e
chiamare a sé la polimerasi, per questo ha una dimensione tale per cui la sua parte interna faccia
passare il dna, larga tanto che si possa frapporre un po’ di acqua cosi da fare da lubrificante
essendo polare.
Complesso di oloenzima (comprende tre tipi di proteine: due DNA polimerasi III core ed una copia
del complesso gamma).
Polimerasi (lett greche per gli eucarioti, i numeri I II III per i procarioti)
Dove avviene tutto questo e come inizia? Ci sono delle sequenze particolari che indicano al
complesso di replicazione che lì può avvenire l’inizio, sono i replicatori. Queste sequenze vengono
riconosciute e legate dal complesso proteico chiamato iniziatore; la replicazione termina in siti
specifici chiamati terminatori. Se la molecola di dna è circolare il sito è unico.