REPLICAZIONE

La replicazione è un processo che potrebbe essere descritto come la sintesi del DNA. Questo
processo avviene nel nucleo, seguito dalla trascrizione, che è la sintesi dell'RNA.Se c’è una cellula
che si sta dividendo ovviamente le due cellule figlie devono contenere la stessa quantità di DNA.
Quindi il DNA deve replicarsi, per questo si parla di processo di replicazione, deve cioè
raddoppiare.
Innanzitutto si dice che la replicazione del DNA sia
semiconservativa in quanto il filamento originario deve
duplicarsi fino ad ottenere due molecole di DNA ognuna delle
quali sarà costruita su una delle molecole del filamento
originario. Quindi ognuna delle due cellule avrà un filamento
che proviene dal filamento originario e un altro filamento di
nuova sintesi, per questo motivo si tratta di un processo
semiconservativo. Si parte quindi dal filamento di DNA
originario e rimane uno dei due filamenti originali mentre
l’altro è di nuova sintesi. Il DNA è un doppio filamento
avvolto ad elica e affinché si duplichi abbiamo delle zone in
cui avviene la replicazione e prendono il nome di repliconi.
Come mostra il disegno si tratta di bolle di replicazione e
esistono nel genoma umano circa 30000 di queste origini di
replicazione. Ogni volta che abbiamo un replicone si sta
sintetizzando nuovo DNA.

Proceso de replicacion
Quando parliamo di replicazione del DNA dobbiamo tenere presente che essa avviene nel nucleo e
si tratta del processo di sintesi del DNA. Dobbiamo inoltre
ricordare com’è fatta la struttura di una molecola di DNA, esiste
ovvero un’estremità 3’ e un’estremità 5’ su un filamento mentre
il filamento complementare sarà antiparallelo.

Per la sintesi del DNA innanzitutto è importante la direzione del processo. Il processo avviene in
direzione da 5’ verso 3’, per il nuovo filamento di DNA verrà sintetizzata prima l’estremità 5’ e a
seguire l’estremità 3’. Se consideriamo il filamento originario la sintesi inizia dall’estremità 3’. Un
filamento sarà replicato in maniera continua da 5’ a 3’ mentre sul filamento opposto, quello
antiparallelo, sarà replicato a pezzetti. Ciò accade perché avviene prima la sintesi di un pezzetto, poi
di un altro e così via. Questi pezzetti prendono il nome di frammenti di Okazaki. Quindi un
filamento verrà copiato in maniera continua e un pezzetto in maniera discontinua con direzione che
va da 5’ a 3’.
Per far sì che tutto ciò avvenga sono necessari degli enzimi, ovvero proteine che catalizzano le
diverse reazioni. Le proteine coinvolte sono quelle capaci di costruire un nuovo filamento di DNA
in quanto si tratta di enzimi in grado di catalizzare l’aggiunta di nucleotidi. I nucleotidi vengono
aggiunti sul filamento di sintesi sulla base della complementarietà delle basi azotate, purine e
pirimidine. Se sul filamento stampo esiste un’adenina, sul filamento di nuova sintesi verrà inserita
una timina, se c’è una citosina la corrispondente e la guanina e così via. Le proteine in grado di
aggiungere nucleotidi sono le polimerasi. Un filamento come già detto viene sintetizzato a
frammenti, questi frammenti dovranno essere poi tutti legati tra loro ed esiste un enzima in grado di
fare questo che è la DNA ligasi.
La DNA polimerasi, ovvero ‘enzima
in grado di innescare il processo di
sintesi, non riesce a leggere dal
primo nucleotide presente nella
posizione 3’ del filamento stampo
ma ha bisogno di un innesco. Questo
innesco è un innesco ad RNA,
ovvero i famosi primer ad RNA.
Questi primer per inserire questo
innesco, ovvero delle corte sequenze
di nucleotidi che servono per
innesco alla polimerasi che è capace
di aggiungere nucleotidi solamente se trova un pezzetto già esistente, prendono il nome di DNA
primasi. Si tratta quindi di un enzima che permette di aggiungere un primer. Il filamento di DNA è a
doppia elica e quindi ovviamente questa deve essere aperta altrimenti tutto questo macchinario
molecolare è impossibile che possa organizzarsi. Per questo motivo esiste un altro enzima che è la
elicasi che appunto riesce ad aprire l’elica. Immaginando il DNA come una fune a doppio filo che si
deve svolgere quando prendiamo la fune e la tiriamo mentre da un lato è bloccata e apriamo i fili a
valle si creerà un punto in cui non si potrà più tirare il filo perché comincerà ad aggomitolarsi. Per
evitare questo è presente un altro enzima, la topoisomerasi, che permette di svolgere l’elica.
L’elicasi rompe poi quelli che sono i legami dirgeno tra le basi azotate. Quindi la topoisomerasi
sistema il DNA in modo che non si creino dei super avvolgimenti e l’elicasi rompe tutti i legami
idrogeno.
Nel disegno possiamo vedere l’enzima primasi che è quello che va ad aggiungere il primer, ovvero
il pezzo che contiene dei nucleotidi. Questo perché la polimerasi non riesce ad aggiungere
nucleotidi se non ha già un piccolo pezzo di nucleotidi già formato. Quando avviene l’apertura della
doppia elica prima che parti tutto il processo e vengano aggiunti i nucleotidi c’è un tempo in cui uno
dei filamenti è praticamente nudo. Questo filamento deve essere protetto dalla degradazione, per
questo esistono le proteine che legano il DNA a singolo filamento che sono le cosiddette SSBP.
Queste proteine vanno quindi a stabilizzare il filamento in modo da dare il tempo di organizzare
tutta la macchina molecolare che prevede l’intervento di diversi enzimi.

Nel processo di replicazione abbiamo innanzitutto la primasi, un piccolo primer di RNA. Viene
sintetizzata prima l’estremità 5’ e a seguire quella 3’. Se la guardiamo dal lato del filamento in
stampo la replicazione comincia dall’estremità 3’. Quindi abbiamo dapprima la primasi perché
serve il primer ad RNA, poi la doppia elica che si apre grazie all’enzima elicasi, le proteine che
legano il DNA per stabilizzare il filamento ed evitare che tutto si vada a riavvolgere e infine la
topoisomerasi che è l’enzima che evita che si vengano a formare dei super avvolgimenti e che
l’elica si raggomitoli. La sintesi inizia da un punto centrale l’esempio più facile è pensare ad una
corsa. Se tiriamo questa da un lato mentre l’altro lato è bloccato questa si avvolgerà e per evitare
questo abbiamo la topoisomerasi.
L’intervento della polimerasi fa sì che i nucleotidi vengano aggiunti al filamento di DNA che si sta
formando. Ovviamente quando prende un nucleotide per aggiungerlo questo è nella forma trifosfato,
quindi con tre gruppi fosfati, e nel
momento in cui abbiamo il legame
diventa invece un difosfato. Man
mano che i nucleotidi vengono
aggiunti le basi azotate che si
trovano difronte sporgono verso
l’interno del doppio filamento e
formano i legami a idrogeno
liberando un gruppo che contiene
due gruppi fosfato.

La direzione di replicazione è da 5’ a 3’ e ciò rende la replicazione asimmetrica in quanto un

filamento viene letto in maniera continua e anche quindi più veloce mentre l’altro filamento non
può essere letto in maniera continua ma
viene letto a frammenti che poi saranno
uniti dall’enzima ligasi ed è più lento.
La ligasi lega quindi i frammenti in
modo da avere da una molecola di DNA
due molecole. Queste due molecole
conservano della molecola originaria un
filamento mentre l’altro filamento è di
nuova sintesi.

Se si rimuove il primer succede che si sta togliendo un pezzo, per questo le estremità del filamento
che viene replicato prendono il nome di telomeri. Anche nei cromosomi le estremità prendono il
nome di telomeri. Per quanto riguarda i frammenti di Okazaki nel filamento che si replica in
maniera discontinua ci pensa l’enzima ligasi a riempire le
porzioni una volta che viene rimosso il primer e a legare poi le
varie porzioni tra di loro. Nell’altro filamento, quello che
viene replicato in maniera continua, non interviene la ligasi a
riempire i vuoti ma rimane un vuoto. Ogni volta che una
molecola di DNA si replica rimangono man mano queste
porzioni sempre più corte, ciò significa che avremo
l’accorciamento dei telomeri. Per evitare che la lunghezza
della molecola di DNA diventi sempre minore esiste un
enzima che interviene a riempire i vuoti sul filamento che
viene replicato in maniera continua, questo enzima prende il nome di telomerasi proprio perché si
occupa delle estremità. La DNA polimerasi unisce nucleotidi man mano per far allungare il
filamento non può funzionare se non ha un pezzettino già pronto, ovvero il primer. La telomerasi è
fatto in modo che nella sua struttura è presente una sequenza che rappresenta il primer di RNA
iniziale, grazie ad essa l’enzima non fa altro che appaiarsi all’estremità permettendo alla polimerasi
di riempire il vuoto. La DNA così trova un punto in cui legare dei nucleotidi e continua ad unirli, in
questo modo si riempiono i vuoti alle estremità del filamento che viene replicato in maniera
continua.
Daños producidos a la hora de la replicación
Tra i danni c’è la possibilità che vengono introdotte delle basi azotate dei nucleotidi sbagliati che
portano ad un’alterazione della struttura. Ma se durante la replicazione del DNA vengono montati
dei nucleotidi sbagliati il danno a monte causerà uno a valle, avremo quindi un’alterazione dei geni
che altro non sono che pezzi di DNA. Se c’è un pezzo di
DNA sbagliato c’è quindi una proteina sbagliata e questo
significa che avrò una cellula che avrà problemi in
determinati processi del suo metabolismo. Per evitare tutto
ciò esiste un sistema di controllo e riparazione del
processo di replicazione che prende il nome di riparazione
del DNA. Questo processo funziona attraverso l’intervento
di enzimi particolari che prendono il nome di nucleasi e
vanno a tagliare il pezzo sbagliato e lo rimuovono.
La figura mostra un errore, è cioè presento un dimero di
timina. Questo dimero va a creare una distorsione nella
molecola di DNA e quindi la nucleasi taglia questo pezzo
alle due estremità e lo distrugge. Una volta che si crea uno
spazio interviene la DNA polimerasi riparativa per cui
riparte la replicazione e vengono aggiunti dei nucleotidi.
Una volta che i nucleotidi vengono aggiunti interviene la
ligasi a legare le estremità. In questo modo vengono riparati gli eventuali danni al DNA che ci
possono essere durante la replicazione. Il processo di riparazione avviene durante il ciclo cellulare
che si compone di una fase in cui avviene la replicazione che è la fase S, ovvero la fase di sintesi. Se
c’è un problema il DNA viene quindi riparato ma non sempre, ci sono infatti dei danneggiamenti
che non possono essere riparati e per questo di avranno poi dei problemi per la sopravvivenza della
cellula. Diciamo che è però essenziale che il processo avvenga in maniera esatta perché dal DNA
dipende poi tutto il resto di quella che è la sintesi delle proteine.