Biologia molecolare Totale

Struttura del DNA

Doppia elica di deossiribonucleotidi con legame fosfodiesterico.

Elica destrorsa, definisce un solco maggiore (accessibilità a vari fattori e molecole) e un solco
minore.
Diametro di ~ 20 Å.
10 coppie di basi per giro, il passo dell’elica è di 34 Å e la distanza fra le basi è pari a 3,4 Å.
In verità questi valori sono una media, perché il DNA è molto irregolare e gli appaiamenti A-T e G-C
hanno dei valori diversi, la cui media fa quelli scritti sopra.
Il DNA ruota di 36 gradi ogni solco, anche le basi sono leggermente ruotate (propeller twist)
altrimenti si impalerebbero male.

Le basi stanno in forma CHETONICA (C e A) e AMMINICA (G e T).

Dal solco maggiore del DNA è possibili che proteine/fattori riconoscano le basi azotate dal loro
profilo senza dover aprire l’elica del DNA.

DNA-A, si trova in zone lunghe omopuriniche/omopirimidiniche e non si sa se c’è in vivo. L’RNA a

doppia elica ha questa conformazione.

DNA-Z, forma reversibile. Più compatta quindi più repulsione per i gruppi P. In questa forma il DNA
risulta inutilizzabile.

Quartetti G, zone a quadruplo filamento ricche di G. Rendono inutilizzabile il DNA.

Dominio I, zona complementare, ricca di C.

I superavvolgimenti possono essere: Intrecciati (plectonemici) o Toroidali (solenoidali). Nel primo

l’asse del duplex è avvolto attorno a se stesso. Nel secondo l’asse è come avvolto attorno ad un
cilindro.

L’ordine degli avvolgimenti è: nucleosoma fibra a 10 nm, fibra di 30nm, che poi forma anse, poi
forma rosette, poi si uniscono tutte e formano cromosoma.

Replicazione del DNA

Serve:
- DNA polimerasi. Ha un solo sito catalitico per tutti i nucleotidi e funziona in base al
riconoscimento dell’ingombro sterico.
- Mg2+
- I deossiribonucleotidi trifosfato. Quando si uniscono nel filamento rilasciano pirofosfato ed
energia, che è quella che fa andare avanti la replicazione.
- Lo stampo
- Enzimi.

Serve stampo di DNA

Nello stampo serve primer, fatto da Primasi (DNA pol alfa).
La DNA pol può in alcuni casi tornare indietro, andando in direzione 3’-5’, cioè quando fa un errore.
In quel caso può tornare indietro a correggere il nucleotide errato.

Fasi:
- Elicasi, crea le bolle di replicazione separando i filamenti. FANCJ sa anche sbrogliare i
quartetti G.
- SSBP, proteine che proteggono i filamenti scoperti, interagiscono coi gruppi P
- Topoisomerasi: taglia i superavvolgimenti. L’elicasi man mano che va avanti fa degli
avvolgimenti sinistrorsi e la topoisomerasi taglia in quei punti e allevia la tensione.
- La polimerasi quando segue l’elicasi forma il filamento leading, quando invece va contro
l’elicasi fa il filamento lagging.
- Serve sempre il primer di RNA perché la DNA pol non può legare direttamente il DNA. È
fatto dalla DNA pol alfa.
- Esonucleasi 5’-3’ rimuove i primer.
- DNA pol Delta copre i buchi dei primer, POL E non è capace.
- Ligasi catalizza il legame fosfodiesterico tra 3’ e 5’ e unisce i filamenti nuovi.

REPLISOMA

Tutti gli enzimi che fanno queste cose formano il replisoma.

SLIDING CLAMP sono delle pinze proteiche di PCNA che sono dietro alla polimerasi e fanno da
rotaie, avvolgono il duplex. Sono importanti anche per processi di regolazione genica.
RCF sono le proteine che staccano e attaccano le sliding clamp.

Il PCNA sintetizza i nuovi nucleosomi durante la replicazione.

I primer all’estremità non riescono ad essere sostituiti per via del difetto di merda della DNA pol.

Le estremità dei cromosomi, quindi, sono sempre fatte da unità ripetute dette TELOMERI, così non
si perdono eventuali geni dall’accorciamento di cromosomi. I telomeri di solito assumono varie
conformazioni come i quartetti G. Negli uomini stanno sotto forma di ANSA T, l’estremità 3’ invade
un tratto dello stesso filamento.

Le telomerasi sono trascrittasi inverse che sintetizzano pezzi di telomeri. Ad un certo punto queste
smettono di funzionare e i telomeri iniziano ad accorciarsi fino alla senescenza replicativa.
Danni al DNA
Il danno può essere identificato e quindi riparato, la mutazione no.

Le modificazioni al DNA molto spesso non hanno effetti fenotipici perché avvengono in zone non
codificanti.

I danni al DNA sono INTRINSECI o ESTRINSECI.

Intrinseci: (puntiformi/ espansione o contrazione triplette/ depurinazione/ deaminazione/

ossidazione/ metilazione). Derivano da errori della replicazione o da sostanze reattive del
metabolismo dell’ossigeno (H2O2).

Può accadere che la polimerasi “scivoli” sul filamento stampo o sul filamento di nuova
sintesi e causi la rimozione o l’aggiunta di triplette di nucleotidi, nelle zone con tante
triplette ripetute. Alcune malattie come la Corea di Huttington sono dovute a questa roba
qua.

o Depurinazione: una purina viene sostituita da un OH per

idrolisi.
o Deamminazione: citosina diventa uracile. 5-metil-citosina
diventa timina.
Il primo danno si corregge con uracile glicosilasi, il secondo è
un mezzo disastro.
o Danni ossidativi non voluti sulle basi
o Metilazione spontanea: S-adenosinmetionine può causarla.
Gli enzimi hanno cisteina e tolgono un solo g.metile.
O6-metilguanina è una base metilata pericolosa perché si
appaia con T.

DANNI ESTRINSECI:

Fisici: radiazioni ionizzanti e non che possono colpire direttamente il DNA o formare radicali liberi
che poi colpiscono il DNA.
- Dimeri di pirimidine: storcono la doppia elica e sballano gli appaiamenti. Due T appaiate
sullo stesso filamento.

Chimici: particolari sostanze (cloruro di vinile, benzopirene) che possono colpire sia il DNA, ma
anche altre molecole come enzimi etc.
- Deamminazione, ossidazione, alchilazione. Alchilazione è data da sostanze che si
intercalano nella doppia elica e fanno legami pericolosi, ex: benzopirene e mostarda
azotata. Oppure la polimerasi non riesce ad andare oltre a sti cosi e ci mette basi a caso.
- Aggiunta di gruppi sostituenti: Nitrosoguanina ed Etilmetanosulfonato sono molecole che
aggiungono/rimuovo gruppi etile.
- Sostituzione di basi con basi simili, ma che fanno appaiamenti sbagliati. 2-ammino-purina.
- Aggiunta e delezione di basi.
Esistono sistemi di checkpoint che servono per tener traccia dei danni sul DNA e in caso fare
apoptosi o riparare il danno.

Riparazione del DNA:

- Riparazione diretta: quel meccanismo descritto prima per la riparazione della metilazione.
Enzimi sono DNA-alchil-transferasi (O6-metilguanina-alchil-transferasi).
- MisMatchrepair: un sistema di proteine che viaggia col replisoma e individua gli errori di
appaiamento, se li trova usa delle esonucleasi 5’3’ e rimuove il casino. Si pensa che questi
enzimi si basino sui MIC, cioè i punti di interruzione sul filamento nuovo della catena
zuccherina, poiché sul filamento leading ce ne sono pochi, la pinza pcna serce per
individuare i danni.
- BER: un insieme di glicosilasi che riconosce le basi sbagliate sul DNA, poi flippa la base, la
taglia, un’endonucleasi rimuove lo zucchero e il fosfato e una pol mette nucleotide giusto.
Si usa in danni endogeni.
- NER: esiste GG-NER (per distorsioni della doppia elica) e TCR-NER (per errori durante la
trascrizione), quando si trova un errore TF2H apre la doppia elica, poi altri enzimi con
attività endonucleasica fanno un taglio di 30 nucleotidi.

Tolleranza del danno

- Template switch: il filamento di neosintesi viene usato come stampo, invece del filamento
danneggiato. Error free
- DNA pol trans lesione: pol meno precise della pol di replicazione che mettono nucleotidi
sopra il danno, possono essere sia error free che error prone
- Reinizio: una primasi rinizia la replicazione dopo il danno e poi una TLS copre il buco, sia
error free che prone.

Il cambio di polimerasi avviene ubiquitinando le PCNA della pinza, che diventano più affini per le
POL TLS.

Quando si rompe il cromosoma:

- Se non si è in fase S o G2 la cellula lo riappiccica inserendo qualche base. Così facendo quasi
di sicuro ci mette delle mutazioni e non è sempre detto che si riappiccichino le due
estremità dello stesso cromosoma.
- Ricombinazione omologa: avviene in S e G2, si usa il cromosoma omologo come stampo,
potrebbe causare perdita di eterozigosi.
Possono essere usate le proteine RPA che stabilizzano i filamenti singoli dopo la rottura e
cercano lo stampo sull’omologo.

Trascrizione del DNA

Va da 5’ a 3’.
Servono:
- RNA pol: non ha bisogno di primer
- Nucleotidi
- Mg2+ e Mn2+
- Stampo di DNA

Gli eucarioti hanno 3 principali polimerasi (1, 2, 3). Esistono poi delle pol particolari cioè RNA pol
RNA dipendenti (di solito virali) e la Poli A polimerasi, che produce la coda poli A agli mRNA, non ha
bisogno di un template.

È importante il filamento che la DNA polimerasi sceglie, in base al filamento cambia la proteina.
Due filamenti complementari non fanno la stessa proteina

Trascrizione Procarioti:
In base a fattori di trascrizione, l’RNApol decide che filamento usare e si lega al promotore, sempre
grazie ai fattori. I fattori riconoscono la sequenza attraverso i solchi del DNA, non hanno bisogno di
aprirlo, lo si apre solo per trascrivere.

Una polimerasi (fatta da subunità: alfa, beta, beta’ e omega) che va bene per tutto e tanti fattori
SIGMA che riconoscono i vari promotori. Le regioni del promotore non sono sempre di seguito, ma
possono stare a qualche decina di nt di distanza, così da essere sempre sul solco principale.

Il fattore sigma riconosce specifici promotori, più la sequenza del promotore è simile a quella
specifica, più efficiente è la traduzione.
Quando il fattore enzima cambia conformazione, perde affinità per il promotore e la pol si stacca
dal promotore e inizia a trascrivere.

La terminazione avviene quando la Pol trova una zona in cui è più favorevole
(termodinamicamente) staccarsi dal DNA rispetto a continuare.
La pol arriva sulla sequenza del terminatore (palindroma), che, una volta trascritta, assume una
forma a forcina e il RNA si stacca (terminazione intrinseca).
Altrimenti si usa una proteina detta RHO (elicasi), che si attacca all’RNA dopo la trascrizione della
sequenza RUT, e percorre tutto il DNA fino ad arrivare alla pol e staccarla dal DNA e dall’RNA.

Trascrizione Eucarioti:
Tre polimerasi con i rispettivi fattori TF1, TF2, TF3.

Altri fattori: in CIS sono enhancers e promotori (TATA+UAS); in trans sono altri fattori (mediatore,
co-attivatori o co-repressori).

La pol 1 ha un solo tipo di promotore.

- INIZIO: la pol 2 è fatta da 12 subunità ma non si sa legare direttamente al DNA.

Si forma il PIC (RNApol, mediatore, 6 fattori di trascrizione) e si posiziona sul promotore.
In ordine succede TF2D (uno dei sei fattori) + TBP (fattore che lega la TATA Box), poi si
legano TF2A-B-F-E-H e la RNA-Pol. Negli eucarioti c’è anche il mediatore che lega fattori di
regolazione.
 Altri fattori sono gli ssTF che legano il DNA a singolo filamento e interagiscono con il PIC per
fenomeni di inibizione/promozione genica.

- ALLUNGAMENTO: TF2H fosforila la coda CTD e la polimerasi si stacca dal promotore e dai
GFT (fattori generali della trascrizione). Rimangono attaccati solo TF2D, TBP e TF2H.
Nell’allungamento la coda CTD diventa affine a fattori di allungamento: TF2S (velocizza
processo) e i fattori per capping e poliadenilazione.
In base alle serine fosforilate sulla CTD, si legano enzimi diversi.

- Conclusione: quando l’RNApol trascrive il tratto AATAAA, si forma AAUAAA sul mRNA che
chiama gli enzimi Poli-A-polimerasi che mette delle sequenze di A sul 3’.
Così si stacca l’mRNA dalla pol.

Maturazione RNA
- Capping: aggiunta di 7-metil-guanosina con legame 5’5’.
- Poli-adenilazione (costo energetico elevato, usa tanto ATP non avendo stampo di DNA)
- Splicing
- Editing

Queste modificazioni sono in contemporanea con la trascrizione e dipendono dallo stato di

fosforilazione della coda CTD.

Poliadenilazione: prima viene tagliato l’RNA dalla pol usando alcuni enzimi che si attaccano su
filamenti consenso. Poi la Poli A Polimerasi mette tutti gli A.

Splicing: rimozione degli introni (sempre n-1 rispetto a esoni). Gli introni sono molto più lunghi
degli esoni.

I geni sono discontinui così può avvenire lo splicing alternativo e fare variabilità tissutale.

Non tutti gli esoni codificano perché all’estremità c’è 5’ UTR e 3’UTR, due esoni che regolano
l’emivita.

Sugli intorni c’è la sequenza 5’ SS (GU) e 3’ SS (AG). 5’SS viene tagliato, si piega, si lega su un sito
dell’introne con una A, poi si taglia 3’SS. Reazioni di trans esterificazione.

Lo splicesoma è fatto da 200 proteine e 5 snRNA (U1, U2, U4, U5, U6)e usa tantissimo ATP perché
deve compiere delle azioni molto precise.
Gli snRNA aiutano l’mRNA a maturare, formano delle impalcature che avvicinano gli esoni tra loro
così che vengano cuciti insieme. U1 e U6+U4 riconoscono 5’SS, U2 riconosce A, U5 non si sa.

Lo splicing alternativo è quello più diffuso. Non tutti gli esoni sono indispensabili. Alcuni possono
essere saltati e non venire inclusi nel mRNA maturo.
Elementi CIS: ESE, ESS, ISE, ISS. Sono sequenze che inibiscono/promuovono la trascrizione di
esoni/introni.
Elementi TRANS: SR proteine che si legano ad ESE, ISE e sono ricche di Serina e Arginina. hnRNP
proteine che si legano a ISS e ESS ed inibiscono lo splicing.

Se l’esone è riconosciuto da soli SR viene incluso, se no skip, vuol dire che l’affinità con lo
splicesoma non è così forte. L’esone al 5’ e al 3’ vengono riconosiuti per la coda e il cap.

Alla fine di tutto il trascritto viene unito a varie proteine tra cui: Le proteine del cap, quelle dei poli
A, quelle dei fattori SR e le EJC che dicono che l’RNA è maturo.

Altri aspetti che caratterizzano lo splicing sono la velocità con cui viene trascritto il gene e anche
l’assetto della cromatina, che è tessuto dipendente. Anche fattori epigenetici.

Patologie dello splicing.

Se lo splicing avviene male succede un disastro che la metà basta.

Taupatie: l’mRNA della proteina tau sta in due isoforme che sono 50/50. Se muta una sequenza ESE
aumenta l’isoforma con un esone in più. Così facendo i tuoi microtubuli stanno nella merda un
botto.
La malattia è sia data dallo sbilanciamento delle isoforme, sia dalla mutazione su ESE che cambia
un aa nella proteina.

Fibrosi cistica: muta una sequenza ISE che diventa loss of function, per sta cosa si skippa l’esone 9
del gene CFTR e succede un macello.

Distrofia di Duchenne: mutazione (si forma un ESS) sull’esone 31 e puoi o skipparlo o avere una
proteina tronca se non si skippa l’esone, ma si tiene. Anche una mutazione sull’esone 51 dà
problemi
Per curarla si prende un farmaco che copre l’esone 51 così che venga skippato.
Togliendo l’esone 51 si possono anche correggere eventuali frame shift degli esoni prima del 51.

Maturazioni di altri RNA.

rRNA viene sintetizzato in un unico blocco 45s e poi si divide per l’azione di enzimi nelle subunità
più piccole. Possono essere metilati o pseudouridilati.

tRNA: un endonucleasi taglia il 3’ del precursore, altre endonucleasi rimuovono nt fino al 3’ del
tRNA e poi RNAasi P taglia la 5’.
Sul 3’ viene aggiunta la sequenza ACC (così è letta dal 3’5’) da una tRNA nucleotidil sintetasi, se è
presente un introne nel tRNA viene rimosso da nucleasi.

miRNA: in ordine DROSHA, DICER producono miRNA. miRNA insieme a RISC trova la sequenza 3’
UTR dell’mRNA da degradare.
snoRNA: formano snoRNP e aiutano la metilazione e la pseudouridilazione del rRNA.
Editing dell’RNA: per sostituzione cioè si cambiano le basi (Gene APO) e questo può portare a
isoforme di mRNA oppure a tRNA e rRNA con sensibilità diverse. Esiste anche editing per
inserzione/delezione.

Traduzione
Negli eucarioti la traduzione è 10 volte più lenta (2 aa al secondo), ma è più precisa. Di solito
l’mRNA è in forma circolare.

20 amminoacidi + pirrolisina e selenociteina.

Codice genetico è degenerato, non ambiguo e a triplette. La maggior parte delle volte lo stesso aa
è riconosciuto da sequenze simili, così che eventuali mutazioni siano meno dannose. Più un aa
serve nelle proteine, maggiore sarà il numero di triplette che lo codifica.

Se il segnale di stop ha una particolare struttura secondaria (SECIS), allora invece che finire la
proteina si metterà la selenocisteina o la pirrolisina. Il tRNA della selenocisteina è caricato con la
serina, che viene modificata in selenocisteina da un enzima.

Ogni duplex ha sei modi di lettura, partendo dal primo codone, dal secondo, dal terzo e l’altro
filamento.

I tRNA hanno una struttura 3d, hanno il 20% di possibilità di venire modificati post trascrizione.

Ci sono 48 tRNA, non 61 come i codoni disponibili per il vacillamento. Il primo nt dell’anticodone
vacilla e può formare appaiamenti non canonici, andando a riconoscere però sempre sequenze
sinonime.
Il vacillamento avviene perché le basi dell’anticodone sono verso l’esterno e la prima non sente una
grande influenza da parte delle altre, quindi vacilla.
I tRNA possono anche avere lo stesso anticodone, ma avere delle differenze nel resto della
struttura, comunque fanno parte della stessa famiglia isoaccettore.

Il tRNA si lega all’aa grazie al tRNA-amminoacil-sintetasi. Questo appaiamento deve avvenire

correttamente perché il ribosoma poi non può controllare se c’è l’appaiamento corretto tra tRNA e
aa, ma solo tra codone e anticodone.

L’aa viene adenilato (aggiunta ATP), poi libera pirofosfato, che fornisce abbastanza energia per far
mettere aa su 3’ del tRNA.

I punti del tRNA che riconoscono la aaRS sono le basi dell’anticodone (la 2 e la 3) e il braccio
accettore. L’aa si lega al C in 2’ o in 3’ del tRNA in base al tipo di aaRS che è stato usato.

La aaRS lavora analizzando l’ingombro sterico dell’aa e in caso le proprietà chimiche per
discriminare gli aa. Ogni aaRS è specifica per un amminoacido.

Le aaRS hanno dei siti di editing in caso legassero l’aa sbagliato.

Ribosomi: fatti da rRNA e proteine che stabilizzano tutte le cariche negative dei nt vicini.
Gli mRNA eucariotici sono monocistronici, cioè hanno una sola sequenza che fa un solo gene. Nei
procarioti un mRNA può codificare per più geni.

Inizio
Nei procarioti: il rib si lega subito al mRNA e usa i fattori IF1, 2, 3. Sul 2 c’è sempre il GTP e il met-
tRNA.

Negli eucarioti: il rib minore non può legarsi subito al mRNA, ma ha bisogno che elf4F si leghi al cap
mRNA, poi elf1, 2, 3, 5 si legano a rib minore, poi questo scorre fino a AUG e lì si lega con rib
maggiore.
Quando si trova AUG e si forma il rib completo, il GTP su elf2 diventa GDP. Questo porta al distacco
di tutti i fattori e rimane solo il rib e il met-tRNA.

La sequenza consenso prima del AUG si chiama segmento di KOZAK.

Allungamento: entra il tRNA nel sito A con il fattore EF-TU GTP. (EF1alfa GTP negli eucarioti), se
l’abbinamento codone-anticodone è corretto si stacca il fattore proteico e si forma il legame
peptidico. Il fattore proteico si stacca grazie all’idrolisi del suo GTP.
Quando il fattore si è staccato il tRNA si ruota di 180 gradi e avvicina l’aa al sito P.

Ci sono vari modi con cui il ribosoma capisce che il tRNA aggiunto è sbagliato, l’idrolisi del GTP non
è così efficace e ci sono delle interazioni sballate tra rib e tRNA.

La formazione del legame peptidico non richiede energia

Traslocazione: Avviene per il fattore EF-G-GTP, si lega nel sito A, a cui è molto affine. Quando ci
entra, la parte globulare va nel SITO DI LEGAME DEL FATTORE, GTPGDP e il colione lascia il sito A.
Con questo processo il tRNA che prima era in A si è dovuto spostare in P.

Terminazione: Entra nel ribosoma un fattore di terminazione (RF), che è simile ad un tRNA ma non
lega aa. Quindi la catena polipep non riesce ad essere trasferita e si stacca dal rib. Esistono anche i
fattori di terminazione classe 2 che servono solo a staccare quelli di classe 1.
Poi i fattori di rilascio fanno dividere le subunità del rib.

In base all’abbondanza dei tRNA, cambia la velocità della traduzione. Se c’è un codone di stop
prematuro, durante la traduzione rimangono le ECJ sull’mRNA (dovrebbero venir tolti una volta che
mRNA esce dal nucleo) che si trova dopo il codone di stop e questo attiva dei fattori che degradano
la proteina neoformata e il suo mRNA, così si risparmiano energie.

Fattori che bloccano la traduzione sono la Puromicina (è come un fattore di terminazione) e la

Rapamicina (Non fa legare elf4F agli altri fattori e non si forma il ribosoma, si usa come
antitumorale e immunosoppressore).

Regolazione dell’espressione genica

I geni possono essere house-keeping o tessuto specifici.

Regolazione della trascrizione: ci sono sequenze regolatrici (siti di binding), riconosciute da fattori
proteici consenso, oppure fattori proteici che interagiscono con gli zuccheri, non sono sempre
sequenza dipendenti, ma morfologia dipendenti. Talvolta riconoscono anche se i siti di legame
sono donatori o accettori di protoni o sono idrofobici/idrofilici.

L’inizio della trascrizione è di solito il punto di controllo più importante.

Proteine regolatrici: di solito riconoscono il DNA, circa 8 nt. Però ne servono 16 di nt pe rendere il
tratto davvero riconoscibile, quindi queste proteine quasi sempre in dimeri.

Ci sono molte conformazioni delle proteine regolatrici che servono per riconoscere il DNA.
- Helix-turn-helix
- Zinc-finger
- Leucine-zipper
- Foglietto Beta
- Helix-loop-helix

Differenza tra fattori di trascrizione e co-regolatori: i f.trascrizionali possono legarsi direttamente al

DNA, mentre i co-regolatori si devono legare ad altre proteine oppure a fattori.

Procarioti: Ci sono sequenze in cis che sono promotori o repressori e poi ci sono anche elementi in
trans che fungono da attivatori o inibitori della trascrizione, si legano su siti specifici.

Operoni: triptofano, lattosio. Il triptofano sta sulla sequenza operone, se ce n’è poco si stacca e su
quella sequenza può attaccarsi la pol, CONTROLLO NEGATIVO.
Operone lac, quando c’è tanto lattosio, questo si lega all’inibitore, che così non può legarsi al DNA;
quindi, il gene per il metabolismo del lattosio viene trascritto.

Proteina CAP, se si abbassa il glucosio, aumenta cAMP, che si lega a CAP, che cerca nuove fonti di
Carbonio quando non c’è glucosio. CONTROLLO POSITIVO

Eucarioti: Ci sono molte più proteine regolatrici che possono ricombinarsi tra loro e fare un
controllo combinatorio.
Varie proteine attivatrici si combinano per andare su uno specifico promotore.
Così facendo un singolo regolatore trascrizionale può controllare più geni.

Le proteine attivatrici possono agire sulla cromatina, o favori l’assemblaggio della pol. Si legano agli
Enhancer.
Alcune volte servono più attivatori, perché alcuni sono limitati all’inizio della trascrizione, poi la pol
si blocca e serve un nuovo attivatore per farla riprendere.

Repressori: compattano la cromatina agendo su essa stessa o su enzimi che lavorano sugli istoni

Isolatori: impediscono interferenze sgradite tra geni. Formano un loop in cui avvicinano promotori
al gene effettivo, così da far risparmiare al complesso di trascrizione delle energie.
Regolazione della traduzione: regolazione autogena, in cui la produzione in eccesso di una
proteina va a limitarne la sintesi. Di solito la sequenza che regola la sintesi di una proteina è sul 5’
UTR.
Non autogena: la sintesi della proteina è controllata da un altro fattore proteico, che libera/occupa
il sito dell’mRNA. È tipica degli eucarioti.

Regolazione globale: quando la cellula è in situazioni critiche o stimolata da GF.

Alcuni modi in cui si interrompe la traduzione sono con la fosforilazione di elf2, che è il fattore che
trasporta il met-tRNA. Elf2 fosforilato non è affine a elf-2b che serve per fare il passaggio GTP-GDP,
quindi la traduzione non comincia mai.

Anche la rapamicina regola globalmente la cellula, impedendo la formazione di elf4F.

Alcuni mRNA hanno delle sequenze IRES che possono dare inizio a una traduzione cap
indipendente, in queste sequenze c’è m6-metil-adenosina. Le sequenze IRES sono nella 5’ UTR.

Un altro metodo è il controllo dell’emivita dell’mRNA, che dipende dalla sequenza 3’ UTR.
Ci sono poi molte esonucleasi 5’3’ o 3’5’ (ESOSOMA) che una volta rimossi il cap e la poliA fanno
un macello.

I miRNA regolano l’emivita, soprattutto riconoscendo sequenze (sequenze ARE) sul 3’UTR.
I siRNA fanno la stessa cosa dei miRNA, ma sono esogeni. Funzionano sia su RISC che su RITS
(regola la trascrizione, non lo splicing)

lncRNA: sono RNA di qualche centinaio di basi, che possono fare anche splicing, capping e poli A.
Fungono da impalcature, tenendo insieme enzimi o fattori proteici come nelle telomerasi, e
possono riconoscere sequenze specifiche sugli RNA o sul DNA e ci portano gli enzimi che tengono
appresso.

Epigenetica
Affinché i fattori di trascrizione si leghino al DNA, questo deve essere accessibile.
Gli attivatori della trascrizione possono: chiamare proteine che rimodellano la cromatina, chiamare
chaperoni che tolgono gli istoni, sostituire pezzi di istoni e fare modifiche post traduzionali sugli
istoni.

Esistono delle sequenze Barriera che impediscono il diffondersi eccessivo del rilassamento della
cromatina.

L’epigenoma è fortemente influenzato dall’ambiente e le modifiche epigenetiche sono ereditabili.

Le modificazioni epigenetiche sono reversibili.

Patologie come la depressione sono legate a modifiche epigenetiche dei neuroni.

Metilazione del DNA: Viene messo un metile sul C5 della citosina, solo della citosina dei binomi
CpG. Questo metile sporge dal solco del DNA e impedisce che su quel punto si formi il complesso
di trascrizione (AZIONE DIRETTA), oppure lega dei fattori (MecP2) che poi chiamano i condensatori
della cromatina e la rendono inaccessibile.

Così vengono anche disattivate alcune sequenze pericolose come quelle trasponibili.

Gli alleli possono essere ereditati metilati e quindi non venire espressi (IMPRINTING GENOMICO).
In base a quale è metilato verrà espresso l’allele paterno o materno.
Alcune volte la metilazione può avvenire su una sequenza isolatrice; quindi, il gene viene espresso
perché si nasconde l’isolatore, oppure può essere su una sequenza di un lncRNA che se venisse
trascritto bloccherebbe il gene.

CpG Island sono delle zone dove ci sono molte CpG ripetute, ma non sono quasi mai metilate.
Indicano la presenza di un promotore di un gene housekeeping e servono per tener lontano le
metil transferasi.

Nelle porzioni eterocromatiche (trasposoni, centromeri, corpo di barr) i CpG sono metilati. La
5mcitosina è molto mutagena e quindi il numero di CpG metilate è molto inferiore di quello atteso.

Writers: sono metil transferasi. Possono essere DE NOVO (metono CH3 su sequenze non metilate,
DNMT3a e DNMT3b) oppure DI MANTENIMENTO (mettono CH3 su sequenze che sono emi-
metilate, DNMT1). Quelle di mantenimento sono responsabili dell’ereditarietà delle modifiche
epigenetiche.
Readers: Leggono le metilazioni e chiamano i fattori di compattazione della cromatina. È
importante che queste proteine non subiscano mutazioni, perché se no sei incompatibile con la
vita.

In verità appena avviene la fecondazione tutte le metilazioni del DNA si perdono e si riformano
solo quando l’embrione si impianta nell’utero.

Modificazioni post-traduzionali delle code istoniche: possono essere metilazione delle arginine,
acetilazione/metilazione delle lisine, fosfatazione delle serine.
L’acetilazione è associata all’eucromatina, mentre la metilazione all’eterocromatina. Siccome la
lisina è basica, l’aggiunta di vari gruppi può modificare la sua carica e quindi cambiare i legami con
il DNA o con i vari fattori.

Le modificazioni delle code possono dare effetti diretti, quindi le code non formano più la fibra di
30nm tra loro, oppure effetti indiretti; quindi, reclutano proteine che impediscono la formazione di
eterocromatina. Proteine BRODOMINIO, che legano le zone acetilare e CROMODOMINIO legano le
metilate.

Il cromosoma x si disattiva dal centro XIC (centro inattivazione X) e in quel punto viene trascritto
l’mRNA XIST che ricopre il cromosoma di inattivare. Tutto è coadiuvato dall’espressione di TSIX sullx
attivo. TSIX si appaia con XIST e silenzia un cromosoma x.