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ACIDI NUCLEICI: DNA e RNA

Struttura di un acido nucleico


Come per le proteine,
anche per gli acidi
nucleici si possono
distinguere una
struttura primaria
(sequenza), secondaria
(vari tipi di eliche ed
altri motivi strutturali)
terziaria e quaternaria
(organizzazione delle
catene in complessi
macromolecolari,
eventualmente anche in
associazione con
proteine).
Struttura primaria di un acido nucleico
Gli elementi base che costituiscono gli acidi nucleici sono i
nucleotidi, si trovano anche nell’ATP come deposito di
energia e nei coenzimi (NAD, FAD, CoA )

Ogni nucleotide è composto da un monosaccaride, un


gruppo fosfato e una base azotata, uniti da legami
covalenti.
Gli zuccheri presenti negli acidi nucleici sono b-2’-deossi-
D-ribosio (DNA) e b-D-ribosio (RNA)

ribosio desossiribosio
BASI AZOTATE
Vediamo come gli zuccheri si uniscono alle basi per dare i
nucleosidi e questi ultimi con un gruppo fosforico per dare
i nucleotidi
Nucleosidi
• Il legame tra basi eterocicliche e ribosio
forma i diversi Nucleosidi

• Il legame è di tipo b-N-glicosidico tra il C-


1’ del ribosio e N-9 delle purine N-1 delle
pirimidine
syn

• Il legame può avere due orientazioni: Syn


e Anti: Anti è predominante

• Hanno numerosi gruppi polari e sono


solubili in acqua. Sono facilmente
idrolizzabili da soluzione acquose di
anti
acidi.
Nucleotidi
• I nucleotidi sono ESTERI FOSFATO dei nucleosidi;
• Il sito di fosforilazione è spesso l’ossidrile al 5’ del
ribosio;
• Possono essere mono, di e trifosfati: TMP, TDP, TTP

dTMP
I di e trifosfati sono legati da legame anidridico, stabile e
ad alta energia
Cos'è il genoma?
• Il genoma è l'intero patrimonio genetico di un organismo
vivente. Si può paragonare ad un'enorme enciclopedia in cui
sono contenute le istruzioni che regolano lo sviluppo e il
funzionamento dell'organismo

• Il genoma è "scritto" in un composto chimico chiamato DNA


(acido desossiribonucleico) che è responsabile della
conservazione e trasmissione della informazione genetica

• Il DNA è identico per tutte le cellule di un individuo

• Un segmento di DNA che contiene le informazioni


necessarie per la sintesi di proteine o RNA si chiama gene

• Una cellula ha in media molte migliaia di geni, per cui le


molecole di DNA tendono a diventare molto grandi
Un tipico gene umano, ha una struttura molto complessa:
e’ composto da un set di sequenze codificanti dette esoni
separate da sequenze non codificanti dette introni: assenti
nei procarioti (qualche eccezione), pochi negli
archeobatteri e nei lieviti, molti negli eucarioti

La maggior parte del genoma umano non e’ codificante !


Il Genoma umano: il corredo di cromosomi contenuti in ogni
cellula di un organismo
Il DNA della cellula eucariotica è organizzato nel nucleo sotto
forma di cromosomi, che variano nel numero e grandezza a
seconda della specie.

CELLLULA CROMOSOMI
batterio 1 (1,5 mm)
pisello 14
rana 26
ape 32
gatto 38
uomo 46 (2 metri)
pollo 78
CROMOSOMA DEL BATTERIO ESCHERICHIA COLI (1,35mm)
4377 geni (4290 proteine, 87 RNA)
Struttura primaria di un acido nucleico
I polinucleotidi si formano dalla
condensazione di due o più
nucleotidi tra il fosfato legato al
5’-OH del ribosio di un
nucleotide ed il 3’-OH del ribosio
dell’altro con eliminazione di H2O

abbrevazione: pGpApTpC

Viene eliminato il pirofosfato e


si forma un nuovo legame
fosfodiesterico
Struttura secondaria del DNA modello Watson-Crick
Le singole catene di DNA o RNA si ripiegano o accoppiano tra
loro attraverso legami molto specifici tra le basi azotate. La
topologia di questi accoppiamenti e la conseguente geometria
assunta dalla molecola definiscono la struttura secondaria.

• due catene polinucleotidiche appaiate complementari e


antiparallele avvolte a spirale
• Le basi sono all’interno dell’elica allineate ad angolo
retto con l’asse dell’elica (zucchero e fosfato all’esterno)
filamento
non stampo
(codificante) Quali legami chimici tengono
insieme la doppia elica del DNA?

1. I legami covalenti fosfodiestere tra


le posizioni 5’ e 3’ del desossiribosio
costituiscono la spina dorsale.

2. Le due eliche tenderebbero a


respingersi elettrostaticamente
perché entrambe sono cariche
negativamente, ma sono tenute
insieme dai deboli ma numerosi
legami idrogeno che si formano tra
le basi.

3. Le due eliche sono ulteriormente


stabilizzate da interazioni
idrofobiche che minimizzano
Filamento stampo l’esposizione all’ acqua.
Le due catene sono
unite da ponti
idrogeno tra purine
di una catena e
pirimidine dell’altra:
G-C formano 3
legami idrogeno e
A-T formano 2
legami idrogeno
Si è scoperto che la doppia elica di
DNA può comparire in possibili
conformazioni diverse per passo,
diametro, elicità, inclinazione del
piano delle basi rispetto all’asse e
posizione di questo (indicate con
lettere maiuscole A, B, e Z
Tale conformazione dipende dalle condizioni ambientali, dalla
composizione e dall’eventuale interazione con altre molecole.
La piú comune per il DNA è la B
La struttura terziaria del DNA
Il modo in cui i tratti di elica e le altre strutture secondarie si
combinano a formare una struttura tridimensionale viene
chiamato struttura terziaria. Una molto frequente è il
superavvolgimento:
Dato che il DNA di batteri, mitocondri e alcuni virus è costituito
da un anello chiuso, il DNA circolare può assumere un aspetto
incurvato o avvolto come dalle seguenti immagini al microscopio.
Nelle cellule eucariote il DNA è superavvolto.
Il superavvolgimento è possibile grazie agli ISTONI: proteine
basiche cariche positivamente, che si associano con il DNA che è
carico negativamente a livello dei fosfati, formando i nucleosomi

Fibra cromatinica
Sono 3 i processi fondamentali che si realizzano col trasferimento
dell’informazione genica:

REPLICAZIONE: è il processo mediante il quale si riproducono


copie identiche del DNA che preserveranno l’informazione genetica e
la trasmetteranno alle generazioni future

TRASCRIZIONE: è il processo mediante il quale i messaggi


genetici vengono letti e trasportati ai ribosomi, dove avviene la sintesi
proteica

TRADUZIONE: è il processo mediante il quale i messaggi genetici


vengono decodificati e utilizzati per la sintesi delle proteine
REPLICAZIONE PROCARIOTA

1.separazione dei filamenti complementari di DNA mediante


l’intervento della DNA elicasi e intervento delle proteine
destabilizzatrici dell’elica (SSB single-strand binding protein)
2.le DNA girasi (topoisomerasi) operano il “taglia e cuci” per
ridurre la tensione del superavvolgimento;
3.DNA polimerasi III: polimerizza solo da 5’ a 3’ nel filamento
neosintetizzato ed ha bisogno di un innesco ad RNA fornito
dalla DNA PRIMASI;
4.DNA polimerasi I: elimina e sostituisce RNA con DNA
5.DNA ligasi per legare i tratti di Okazaki
RNA
• Gli acidi ribonucleici (RNA) differiscono per tre aspetti
importanti dal DNA:
 lo zucchero è il b-D-ribosio,
 una delle quattro basi eterocicliche è l'uracile al
posto della timina
 molecole di RNA sono costituite da un unico
filamento, sebbene possano essere presenti zone a
elica, dovute al ripiegamento della catena su se
stessa.
Principali tipi di RNA
l'RNA messaggero (mRNA=5%) che presiede alla trascrizione del
codice genetico e funge da matrice alla sintesi proteica;
l'RNA transfer (tRNA=15%) che trasporta al ribosoma gli
amminoacidi in forma attivata, pronti per la formazione dei legami
peptidici;
l'RNA ribosomiale (rRNA=80%) è il principale componente dei
ribosomi
mRNA
RIBOSOMA: MACCHINA MOLECOLARE

Molecole ad alta massa


molecolare con filamenti fino a
4500 nucleotidi di rRNA (65%) e
proteine (35%)
RNA RIBOSOMIALE

Le proteine della subunità 50S sono in viola e le


proteine della subunità 30S in blu; l’rRNA 23S è
indicato in giallo, l’rRNA 5S in arancione e l’rRNA 16S
in verde
Struttura secondaria
del rRNA 16S

Struttura terziaria del


rRNA 16S
Filamento polinucleotidico
a bassa massa molecolare
costituito da circa 80/90
nucleotidi
CODONE 5’-GCC-3’
ANTICODONE 3’-CGG-5’
Trascrizione e traduzione del DNA

L’informazione genetica per la sintesi proteica è conservata nel


DNA sotto forma di un codice (il codice genetico) in cui la
sequenza delle basi determina la sequenza degli aminoacidi
nella proteina codificata.
Si parla quindi di traduzione del codice genetico.
Il codice
 Il passaggio dall’alfabeto con cui
genetico
è scritto il DNA all’alfabeto con cui
sono scritte le proteine avviene
tramite il codice genetico.
 Il codice è basato su TRIPLETTE
DI NUCLEOTIDI (chiamati
CODONI) che rendono possibili
43=64 combinazioni, più che
sufficienti per specificare tutti i 20
aminoacidi necessari
Contiene un SEGNALE DI INIZIO:
codone AUG
Contiene dei SEGNALI DI FINE
LETTURA: 3 codoni di STOP
NON E’ AMBIGUO: un codone
specifica sempre un unico
aminoacido.
E’ RIDONDANTE (o
DEGENERATO): quasi tutti gli
aminoacidi sono specificati da più
di un codone.
E’ UNIVERSALE: è valido per tutti
gli organismi (poche eccezioni).
La 1a fase della traduzione dell’mRNA

L’inizio è la fase che


mette insieme tutti i
componenti necessari
alla traduzione. Il
codone di inizio è
AUG.
Ogni ribosoma ha 3
siti di attacco per i
tRNA: sito E (da exit),
sito P (da peptide) e
sito A (da
amminoacido).
La 2a fase della traduzione è l’allungamento
Durante l’allungamento, un tRNA
che porta un peptide si trova sul sito
P e un tRNA associato al proprio
amminoacido sta arrivando al sito A.
Una volta che il tRNA successivo si
aggancia al sito A, il peptide in via di
formazione sarà trasferito a questo
tRNA.

Poi, avviene la traslocazione:


l’mRNA si sposta in avanti, in modo
che il tRNA che porta agganciato il
peptide si trovi ora al sito P del
ribosoma. Infine, il tRNA usato
fuoriesce dal sito E.
La 3a fase della traduzione è la terminazione
Il processo di allungamento e traslocazione si ripete più
volte, con il tRNA usato che fuoriesce dal sito E, mentre sul
sito A si aggancia un nuovo codone, pronto a ricevere un
altro tRNA.

Quando il ribosoma raggiunge un codone di terminazione, la


traduzione si conclude con la fase di terminazione, in cui il
polipeptide viene rilasciato.