ACIDI NUCLEICI

Macromolecole della vita: RNA, DNA.

Tutti gli organismi viventi hanno un progetto formativo-costitutivo, secondo il quale si sviluppa la
struttura e l’insieme delle attività metaboliche dell’organismo stesso.
Il progetto formativo è scritto nel materiale genetico: DNA e RNA.
Per ciascun organismo vivente abbiamo il fenotipo, ossia l’integrazione di due elementi
fondamentali: il genotipo, e l’ambiente. L’organismo vivente si sviluppa in un determinato modo
sicuramente per il genotipo presente dal momento in cui siamo zigoti, ma senz’altro anche per
l’interazione con l’ambiente esterno. Questo è incisivo soprattutto nelle prime settimane dello
sviluppo dell’embrione (es. se mamma prende certi farmaci in gravidanza): dal nutriente, alla
radioattività, all’alcol assunto in gravidanza, ai possibili traumi subiti durante l‘infanzia etc.
DNA: è un polimero lineare (di nucleotidi) non ramificato enormemente lungo.
Oggi sappiamo che è l’informazione genetica; fino al 1940 non si sapeva dove potesse essere
“nascosto” il materiale genetico. Gli scienziati rifiutavano la possibilità che il DNA potesse portarlo,
perché non riuscivano a capire il significato delle sequenze di 4 nucleotidi ripetute all’infinito.
Esperimento dopo esperimento, è stato scoperto.
Affermarono che i nucleotidi sono disposti in sequenze lunghissime, ma non casuali bensì causali,
con un significato ben preciso.
L’informazione genetica totale conservata nei cromosomi di un organismo ne costituisce il
genoma. Il genoma del batterio contiene: 4,7x106 coppie di nucleotidi, presenti in un singolo
cromosoma. Quale tipo di cellula non li contiene? I globuli rossi, nella fase finale e attiva della loro
vita, non hanno più il nucleo, il quale è buttato fuori; sono pieni solamente di una proteina,
l’emoglobina. I globuli bianchi, presenti nel sangue, contengono invece il DNA.
Il DNA è uguale in tutte le cellule; se si presenta una diversità è solo per differenza d’espressione.
DNA (acido desossiribonucleico, è il nostro genoma) e RNA (acido ribonucleico) da punto di vista
chimico, sono polimeri lineari di nucleotidi (disposti uno accanto all’altro per formare catene).
Come sono fatti i nucleotidi?

Gruppo ossidrilico, -OH, in 2’

questo zucchero si chiama ribosio. Se
questo zucchero non ci fosse, sarebbe
desossiribosio (abbiamo tolto il gruppo –
OH). Nel DNA abbiamo il desossiribosio. Il
fosfato e lo zucchero sono fondamentali,
ciò che cambia è la base:

DNA RNA
Purine Adenina Adenina
Guanina Guanina
Pirimidine Citosina Citosina
Timina Uracile

Purine hanno un ingombro stereochimico maggiore, sono più grosse, fatte da due anelli.
Pirimidine hanno un ingombro stereochimico minore.
I nucleotidi sono legati attraverso legami covalenti forti, si tratta di un legame fosfodiesterico (5’,
3’), sia nel RNA che nel DNA. È un legame forte perché la lunghezza della catena del DNA non si
deve spezzare mai, altrimenti avviene una mutazione. La continuità delle eliche deve essere
mantenuta per poter leggere l’informazione genetica. Quando le radiazioni fanno questo,
avvengono grossi problemi.
Il DNA e l’RNA svolgono funzioni differenti. Il DNA è il depositario delle informazioni, contenute nel
nucleo delle cellule. Una parte d’informazione l’abbiamo anche nei mitocondri, per la codifica di
qualche proteina che serve nella costruzione del mitocondrio stesso.
Abbiamo una serie, invece, di molecole del rna citoplasmatico:
tRNA
mRNA rRNA

RNA
m-> messaggero. t-> trasfer. r-> ribosomatici.

Il Dogma Centrale Della Biologia (foto slide)

Il flusso dell’informazione è irreversibile e a senso unico. Oggi questa informazione deve essere
corretta. Il dogma è stato rivisitato, poiché sono stati scoperti questi retrovirus (solo per questi
bisogna fare la “freccia” al contrario intorno al DNA, perché il dna replica se stesso).

Funzioni principali del DNA:

 Trascrizione: specificare molecole di RNA che vengono tradotte in proteine.
 Replicazione: il DNA si replica quando la cellula va incontro a mitosi (cellule somatiche) e a
meiosi (cellule germinali)

Nel DNA che replica se stesso, è contenuta l’informazione sottoforma di sequenza di nucleotidi e
una parte viene trascritta in RNA citoplasmatici e viene tradotta in
PROTEINA.
Sebbene il genoma umano contenga abbastanza DNA da codificare quasi 3.000.000 di proteine, in
realtà è stato stimato che in esso siano presenti solo circa 22.000 sequenze codificanti proteine.
Una grossa parte del materiale genetico non è codificante.
Protezione alla parte finale del DNA per il mantenimento del cromosoma intero.

7.10.19

DNA

 Complementarietà delle basi puriniche e pirimidiniche

C’è una regola di appaiamento, o complementarietà delle basi, per
cui ad esempio, l’adenina può accoppiarsi solamente con timina e
viceversa. Uguale per guanina e citosina. È presente nel DNA umano
e anche in ogni organismi viventi, dai più semplici ai più complessi.
Struttura della doppia elica del DNA

. Nastri rossi= rappresentazione del gruppo fosfato e del desossiribosio.
In questa elica, doppio filamento, la parte saliente informazionale è data dalla
sequenza di nucleotidi di un filamento e rispettivamente di quello antiparallelo.
Tra citosina e guanina si formano tre ponti ad idrogeno, mentre tra le altri due
basi se ne formano solo due. Questo dipende dalla loro conformazione chimica.
Si tratta di legami deboli da un punto di vista chimico, quindi possono essere
spezzati per ragioni fisiologiche da degli enizmi presenti nel nostro nucleo. In
fase di replicazione o trascrizione, questi entrano in funzione spezzando ponti ad idrogeno e due
emi eliche si separano. Nella fase di trascrizione i due filamenti devono essere separati. (ricordare
che tra un nucleotide e l’altro il legame è forte e si chiama legame fosfodiesterico).
 Cromatina/cromosomi
Nel nucleo non c’è mai DNA puro, perché non è mai da solo. Si avvolge infatti all’esterno di alcuni
gruppi di proteine che costituiscono i cosiddetti nuclei istonici. DNA + proteine istoniche=
nucleosoma. Queste proteine basiche rendono possibile un livello d’organizzazione elevato del
DNA.
Tutti i cromosomi hanno una struttura organizzata e compatta, ottenuta grazie a proteine
specializzate: gli istoni. Si tratta di proteine relativamente piccole cariche positivamente (hanno
amminoacidi). Istone H1, ad esempio, ha la funzione di legare una pallina all’altra, compatta
quello che diventa un nucleosoma. Questo è l’unità fondamentale della cromatina. (= DNA +
istoni).
Cromosomi = cromo colore soma corpo, corpiccioli colorati. Sono il risultato della compattazione
della cromatina (questa non è super avvolta). Quando si deve spiralizzare, assume una
conformazione ad elica ma molto stretta. In seguito, non scompaiono le proteine verdi, c’è solo
un’esemplificazione dell’immagine. Va a fare ulteriori tratti di avvolgimento, quasi strutture “a
fiore”: il cromosoma nell’immagine è tagliato trasversalmente per capire come si organizza strato
dopo strato il cromosoma nella sua lunghezza. Il cromosoma è formato da cromatidi fratelli uniti
presso il centromero in uno stato di pre mitosi, ma in generale, è formato da diversi enzimi a
seconda del suo stato cellulare.
Tutti i cromosomi hanno una struttura organizzata e compatta ottenuta grazie a proteine
specializzate: gli istoni. Il DNA si lega molto volentieri agli istoni perché questo è carico
negativamente, mentre gli istoni sono carichi positivamente (perché sono pieni di amminoacidi, che
sono appunto positivi). DNA è sempre rivestito dagli istoni.
Gli istoni sono: H2A, H2B, H3, H4
Nell’uomo il genoma consiste in 22 paia di cromosomi omologhi e due cromosomi sessuali (X e Y
maschi, X e X nelle femmine). 46 cromosomi in ciascuna cellula (44 + 2). Da dove vengono queste
coppie di omologhi? Dal gamete maschile e dal gamete femminile. Una cellula aploide ha 23 (22
autosomi + una cellula eterosoma) cromosomi. Una cellula diploide ha un’informazione doppia,
metà da ovulo e metà da spermatozoo. Il nostro DNA è l’insieme delle informazioni genetiche.
Nell’uomo è composto da 46 cromosomi presenti in ogni cellula del nostro corpo.
 Dimostrazione che il DNA è il materiale genetico ereditario.
Esperimento di Griffit.
Esperimento di Avery, McLeod e Mc Carty.
 Replicazione del DNA
La replicazione del DNA avviene durante la fase S (sintesi) del ciclo cellulare che precede la fase di
divisione cellulare vera e propria della M, mitosi. Sia in un caso che in un altro (sia che cellula va
incontro a meiosi o mitosi), il DNA deve essere replicato. Avviene in un meccanismo chiamato semi
conservativo, per cui ogni nuova molecola di DNA conserva nella sua struttura uno dei due
filamenti preesistenti della molecola madre e contiene un filamento di “neo-sintesi”.All’interno di
questi filamenti troviamo un filamento nuovo e uno vecchio. Esperimento di Meselson e Stahl,
1958.
Doppia elica iniziale, viene replicata, e abbiamo due nuovi filamenti replicati. Ciascuno di questi
due filamenti è costituito da un filamento standard e uno di neo sintesi (filo rosso). Sono replicate
tutte le strutture ma specialmente il DNA.
Nei cromosomi umani la replicazione avviene in modo semi conservativo. Alcuni cromosomi sono
molto lunghi, la replicazione non avviene all’inizio e prosegue verso lunghezza. Avviene in più
punti contemporaneamente (punti chiamati forcelle di replicazione), in modo da velocizzare il
processo. Centinaia di forcelle si attivano indipendentemente su ciascun cromosoma, ma
contemporaneamente. Abbiamo due filamenti nuovi di DNA, che contengono la stessa
informazione. I due cromatidi fratelli (che appartengono ciascuno ad un cromosoma) sono
perfettamente identici.
Interviene un enzima chiamato elicasi (triangolo verde) che rompe legami ad idrogeno, inizia a
separare le due emi eliche. C’è un’elicasi anche dall’altra parte (la foto rappresenta metà forcella).
Si legano nuove proteine (non istoni perché rilegherebbero DNA), chiamate SSB, fanno sì che nel
DNA non si riformino subito i ponti ad idrogeno che altrimenti si riformerebbero.

 Trascrizione del DNA

 Codice genetico
 Mutazioni a carico del DNA
8.10.19

Topoisomerasi compiono dei tagli, eliminando la torsione che si verrebbe a creare ad opera
dell’elicasi che procede nella direzione opposta. Dopo, un filamento si srotola rispetto all’altro, e
viene ricostruito il legame fosfodiesterico. In modo che il filamento non si rompa in modo
definitivo (nex potrebbe ricucirli). Le topoisomerasi rendono possibile questo rilassamento del
filamento, che rimane intatto. Informazione viene mantenuta .
Dna viene replicato: il filamento da una parte, e l’emielica dall’altra vengono copiati: si formano
due emieliche di neo sintesi ad opera di un enzima chiamato DNA polimerasi (questa in realtà è
costituita da diverse subunità, diverse catene polipeptidiche). È in grado di polimerizzare in
direzione 5’3’ una catena di nucleotidi. Rende possibile la formazione di legami fosfodiesterici.
Questa non è in grado di unire 2 nucleotidi in origine singoli però!
All’interno del nucleo esistono vari enzimi, sia deputati al meccanismo di replicazione che di
trascrizione del DNA, ad esempio DNA polimerasi che rende possibile la creazione di un legame
fosfodiesterico 5’3’ tra due nucleotidi. Non deve essere un nucleotide singolo. Per forza si
appoggia ad un altro enzima, chiamato primasi: è un RNA polimerasi che riesce a prendere i
nucleotidi e riesce a sintetizzare piccolissime catene di RNA. (definite anche primer o innesco).
Riesce a unire due nucleotidi singoli. Legge un pezzettino di filamento e sintetizza il filamento
complementare.
Quando si è formato primer innesco, può intervenire DNA polimerasi -> altamente processiva.
Riconosce tutte le basi: legge i nucleotidi del filamento e sintetizza il filamento di neo sintesi
prendendo i nucleotidi complementari rispetto a quello che legge, ma questa modalità è diversa
nel filamento con la direzione 5’ – 3’.
DNA formato da due emieliche con direzioni opposte.
Non riesce a costruire legame fosfodiesterico partendo da 3’. Poiché la DNA polimerasi
agisce/polimerizza in una sola direzione (5’ – 3’), da 3’ a 5’ è necessario l’intervento della primasi

(sintetizza piccole catene di RNA), agendo pezzo per pezzo, e quindi più lentamente.
Vi è inoltre l’intervento in questo caso della DNA ligasi che lega i due lunghi filamenti (frammenti
di Okazaki) preparati dalla DNA polimerasi. Copiando il filamento 3’ 5’, in direzione opposta lei può
andare avanti linearmente, è la sua chimica di sintesi. Nella parte opposta non può andare. DNA
polimerasi riesce soltanto a legare nucleotide a un filamento di DNA e RNA.
Acido folico (vitamina B9) -> serve per la sintesi dei nucleotidi.
All’interno dei cromosomi, ci sono i GENI che sono sequenze di DNA di una certa lunghezza,
limitati però alla codifica di un polipeptide.
All’interno del DNA abbiamo i geni. DNA – termine generico. Lunghissimi filamenti lineari
contenenti informazione genetica. All’interno di questi, sono contenuti i geni. Si tratta di una
minima sequenza di DNA (limitata a qualche migliaia di nucleotide, limitati alla codifica di un
polipeptide) in grado di codificare per un prodotto proteico. Un cromosoma contiene centinaia di
geni.
Come appare un gene umano, in una forma molto semplice? Topografia del gene, sequenza di
nucleotidi che va da 5’ – 3’, perché è una sequenza di nucleotidi.

E’ una sequenza che va da 5’ a 3’. Ogni gene, parte con una sequenza di nucleotidi che è definita
PROMOTORE (è all’inizio del gene, 5’) definisce quanto e quando un gene debba essere trascritto.
È una sequenza regolatrice dell’espressione del gene. Questi nucleotidi del promotore non
vengono decodificati in proteina (sequenza non codificante ma fondamentale per il gene). Tutti i
nostri geni hanno un promotore.
Alla sequenza di nucleotidi, si associano fattori di trascrizione, che possono essere
positivi (verranno codificati in proteine) o negativi (non verranno trascritti).
Abbiamo un’altra sequenza di nucleotidi, dal promotore fino ad una sequenza di nucleotidi che
prende il nome di esone, poi introne, poi esone. Poi continua la sequenza.
Unità trascritta – sono i nucleotidi del gene che verranno trascritti in RNA messaggero. Non è detto
che verranno decodificati, gli esoni invece sì, verranno decodificati in proteina.
Ogni nostro primo esone di tutti i geni inizia con AUG (nel gene è ATG). Nei nostri geni ci sono
sequenza di esoni e sequenza d’introni (sono sempre nucleotidi!). Gli esoni sono la parte che verrà
trascritta in RNA ma verranno decodificati alla fine, a livello citoplasmatico, in proteina, mentre gli
introni vengono trascritti in RNA (RNA immaturo), verranno eliminati prima che l’RNA esca dal
nucleo e arrivi al citoplasma. Invece le sequenze degli esoni vengono ricucite l’uno all’altro con lo
splicying (taglio – ricucitura degli esoni). Il primo esone viene legato all’inizio del secondo esone.
Introni non hanno un ruolo nella codifica della proteina.
A volte, abbiamo dei processi di splicying alternativo  in alcuni casi, gli introni permangono, ed
eccezionalmente, vengono codificati.
In che modo l’informazione (genotipo) contenuta nel dna è in rapporto con la struttura delle
proteine (fenotipo)? Che relazione c’è tra il genotipo e il fenotipo? Come si passa da nucleotide a
proteina? Lo schizzo dell’artista è il DNA.
Dobbiamo passare alla Trascrizione del DNA, dal nucleo al citoplasma. Nel nucleo è contenuta info
genetica e viene trascritta. Non c’è sintesi proteica nel nucleo. L’info deve passare innanzitutto dal
nucleo al citoplasma. Dal DNA viene trascritta nei tre tipi di RNA: mRNA (messaggero, ed è l’unico
che contiene un’informazione per la sequenza proteica), tRNA (transfer), rRNA (ribosomale).
Questi altri due servono all’mRNA nel processo, non è che sono inutili. Tutti e 3 concorrono al a
sintesi proteica.
Prima di tutto, il gene deve essere trascritto. Viene trascritto l’intero cromosoma? No, ma viene
trascritto solo un pezzo di cromosoma che corrisponde a un GENE, mai l’intero cromosoma.

Filo rosso: DNA.

La trascrizione avviene in maniera asimmetrica. Filmanento senso = filamento di DNA che funziona
da stampo per la trascrizione. Filamento antisenso= filamento di DNA che consente la trasmissione
ereditaria dell’informazione.
Il gene deve essere trascritto (non l’intero cromosoma).
RNA polimerasi-coso verde. Riconosce il promotore del gene e, se contiene elementi positivi
(diventerà proteina), inizia a trascrivere il gene in tutta la sua lunghezza. Dal primo esone inizia a
trascrivere (sequenza blu, è mRNA ancora immaturo, conterrà introni). I due filamenti di dna si
allontanano. Spazio per l’RNA polimerasi. L’RNA trascritta si allontana.
Nel caso di dna l’info viene copiata da entrambi i filamenti. Nel caso dell’RNA viene copiato un
singolo filamento 5’3’. Alla fine mRNA fatto solo di esoni che uscirà dal nucleo e andrà verso
citoplasma. Questo avviene quando la cellula è metabolicamente attiva, non si sta dividendo.
Trascrizione  da nucleotidi a nucleotidi sempre, però almeno ci siamo spostati sul citoplasma,
dove può avvenire la sintesi proteica.
RNA dal nucleo passa al citoplasma, dove avviene la sintesi proteica, che avviene sui ribosomi
(rRNA e proteine) utilizzando specifici tRNA. Collaborazione di tutti e tre i tipi di RNA.
- DNA e RNA = sequenza di nucleotidi
- Proteine = sequenze di amminoacidi. Richiedono una nuova “lingua” si parla di traduzione.
- TRADUZIONE  meccanismo molecolare che porta alla CODIFICAZIONE di una proteina a
partire dall’mRNA
Natura del codice genetico:
nel DNA abbiamo tantissimi nucleotidi in successione. Nell’mRNA pure. E come è possibile che
otteniamo dai nucleotidi, una determinata proteina?
Bisognava che gli scienziati scoprissero il codice, la codifica.
Tripletta codone: successione di 3 nucleotidi.
Ogni amminoacido (sono 20 in totale) è codificato dalla sequenza di 3 basi (ossia un codone).
43 = 64  I nucleotidi sono 4: tutte le possibili combinazioni, in successione, dei quattro nucleotidi,
corrispondono a 64 triplette diverse. Quindi 64 codoni. In natura sono solo 20 amminoacidi,
perché un amminoacido può essere codificato da più codoni.
Il codice genetico è
 Universale (a eccezione dei geni mitocondriali), nell’uomo e nel batterio,
  Ridondante/ degenerato (1 amminoacido può essere codificato da più codoni);
 E senza interruzioni (quando si inizia a decodificare dalla prima tripletta del primo esone,
non si saltano nucleotidi)  triplette di inizio: AUG (metionina), triplette di termine (UAA o
UAG o UGA).
61 codoni (tripletta di nucleotidi. A ognuna corrisponde un amminoacido) codificano per qualche
aminoacido, 3 codoni (UAA o UAG o UGA) sono segnali di terminazione della catena polipeptidica.