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DUPLICAZIONE DEL DNA

Il Dna contiene informazioni necessarie al funzionamento delle cellule.


Ogni volta che una cellula si divide per mitosi il dna viene duplicato nelle due cellule generate
Ogni filamento di dna appartenente alle molecole madri funziona da stampo per una nuova
molecola. Le due nuove molecole di dna che si formano contengono un filamento vecchio e uno
nuovo.
Prima della sintesi i filamenti di dna si separano. Si forma una bolla di duplicazione in punti precisi
detti origini di duplicazione (circa 10000 nel genoma umano). Le bolle diventano sempre più grandi
fino a unirsi. Le estremità di una bolla sono dette forcelle di duplicazione e si muovono in direzione
opposta. Sui filamenti separati avviene la sintesi dei nuovi filamenti. Una volta completati si
riforma la struttura a elica. Il processo avviene grazie a delle proteine che fingono da enzimi che si
muovono attorno al dna.

L'enzima elicasi rompe i legai a idrogeno e le interazioni idrofobiche che tengono uniti i due
filamenti di dna. Altre proteine dette single strand binding proteins si legano a i filamenti per
impedire che questi si riassocino tra loro. Ora inizia la copiatura. Essendo i due filamenti
complementari e orientati in verso opposto ciò ha effetto sul meccanismo di duplicazione che è
leggermente diverso per i due filamenti.
Un gruppo di enzimi (DNA polimerasi) sintetizzano i nuovi filamenti aggiungendo nucleotidi ai
filamenti preesistenti. L'rna primasi sintetizza un filamento di dna detto primer attaccato al
filamento, ad esso la dna polimerasi aggiunge nuovi nucleotidi di dna
L'ultimo nucleotide di rna primer ha nello zucchero un gruppo ossidrile in posizione 3' che reagisce
con il gruppo fosfato collocato in posizione 5' dello zucchero del nucleotide che viene aggiunto
dalla dna polimerasi formando un legame fosfodiesterico. La reazione si ripete ogni volta che viene
aggiunto un nucleotide e solo in una direzione. Poiché la dna polimerasi può aggiungere nucleotidi
solo in direzione 5' 3', la forcella di duplicazione è asimmetrica e i nuovi filamenti vengono
assemblati in modo diverso. Solo un filamento detto guida o veloce viene duplicato in modo
continuo. L'altro viene detto in ritardo o lento e in questo la rna-primasi crea tanti diversi primer a
cui si lega la dna polimerasi che sintetizza in direzione 5'3' solo un tratto di dna detto frammento di
okazaki, vengono poi uniti a formare i filamenti in ritardo. I primer vengono sostituiti da un altro
enzima di dna polimerasi da filamenti di dna. La dna ligasi unisce i frammenti di dna creando un
filamento di dna unico.
La sintesi dei due filamenti è coordinata.

LA TRASCRIZIONE DEL DNA


Il dna contiene le istruzioni per il funzionamento cellulare organizzate in gene, specifiche sequenze
di nucleotidi. I geni contengono le informazioni per la sintesi de determinati polipeptidi. Più
polipeptidi formano le proteine. Il tramite tra gene e poilpeptidi è l'rna, una molecola ottenuta dal
dna col processo di trascrizione. L'rna subisce delle modifiche una volta sintetizzato e diventa mrna.
Esce poi dal nucleo nel citoplasma per effettuare il processo di traduzione che termina con la
produzione di un polipeptide.
Il processo di trascrizione si può schematicamente diviso in tre fasi inizio, allungamento e
terminazione
INIZIO: La trascrizione inizia in corrispondenza di specifiche regioni di dna dette promotori,
composti da diverse sequenze. Una di esse è la tata box, ricca di adenina e timina tra cui ci sono
solo due legami a idrogeno, per ciò è più semplice rompere i legami e aprire la doppia elica. Dalla
tata box inizia la trascrizione grazie a delle proteine regolatrici che inducono cambiamenti
conformazionali nel dna dette fattori di trascrizione. Ad esse si aggiungono altri fattori di
trascrizione e l'rna polmerasi che si occupa di sintetizzare l'rna. Uno dei fattori apre la catena di dna
nel punto di inizio.
ALLUNGAMENTO:
L'rna polimerasi comincia a unire i nucleotidi formando un filamento di rna usando il dna come
stampo.
Quando la catena di rna raggiunge la lunghezza di circa 20 nucleotidi la sua estremità 5' viene
modificata attraverso il processo di Capping: all'estremità 5' si aggiunge un “cappuccio”, un
nucleotide modificato di guanina nel quale alla base azotata è legata un gruppo metile.
TERMINAZIONE:
L'rna polimerasi incontra delle sequenze di arresto che fanno rilasciare il filamento di rna che
subisce alcune modifiche che lo trasformano in mrna. All'estremità 3' grazie alla polidenilazione si
aggiungono circa 200 nucleotidi di adenina dalla Poli-A Polimerasi. La coda poli-a conferisce
stabilità. L'rna subisce poi il processo di splicing con il quale diventa propriamente mrna

LA TRADUZIONE
Con la traduzione l'informazione portata dal mrna è convertita in una proteina. Il processo avviene
nei ribosomi. La sub-unità minore del ribosoma individua il segnale di inizio nel mrna, si uniscono
la sub-unità maggiore e l'rna transfer. Questo rna da un lato lega un amminoacido dall'altro presenta
una sequenza di tre nucleotidi detta anticodone complementare a quella presente nel mrna detta
codone. L'insieme di tutte le corrispondenze codone-amminoacido forma il codice genetico. La
traduzione continua con l'aggiunta di un amminoacido alla volta. Si forma così una catena
polipeptdica mentre il ribosoma si muove lungo l' mrna. Quando si raggiunge un segnale di fine un
fattore di rilascio induce il distacco del ribosoma.

LA SINTESI PROTEICA
La traduzione avviene sui ribosomi, composti d una sub-unità maggiore e una sub-unità minore.
Esse si associano tra loro e con l'mrna. Ognuna di esse è formata da l'rrna e da proteine. I ribosomi
avanzano lungo l'mrna leggendo le informazioni su di esso e formando catene polipeptidiche.
L'informazione genetica è organizzata in gruppi di tre nucleotidi, o triplette, detti codoni. Ad ogni
codone corrisponde un amminoacido specifico. L'insieme di corrispondenze tra amminoacidi e
codoni è chiamato codice genetico visualizzabile come una tabella. Le combinazioni possibili sono
4^3, 64. 3 combinazioni sono codoni di stop, indicano la fine della traduzione e non corrispondono
ad un amminoacido. Essendo gli amminoacidi venti, un aminoacido può essere codificato da più
codoni ma un codone non è associato a più di un amminoacido.
Oltre ai ribosomi e all'mrna interviene anche l'rna transfer che ha la funzione di trasportare un
amminoacido. All'estremità 3' del trna vi è il sito di attacco dell'amminoacido. Dalla parte opposta si
trova una sequenza di tre nucleotidi, chiamata anticodone che, si associano a tre nucleotidi
complementari sul mrna chiamati codone. Ogni trna può portare solo un amminoacido ma può
avere diversi anticodoni.
Il legame tra trna e amminoacido è realizzato dall'amminoacil-tRNA-sintetasi. Ogni enzima e
specifico per un solo aminoacido e il trna corrispondente. Il legame avviene sull'estremità 3' e usa
come energia una molecola di ATP.
INIZIO:
la subunità minore del ribosoma si lega ad un fattore di inizio. Scorre sul mrna fino a che non trova
un codone di inizio. Ad esso si lega un trna detto iniziatore. Un'altra proteina completa la
formazione del complesso di inizio. Il codone di inizio è sempre AUG il tnra iniziatore sarà sempre
UAC e lega sempre all'amminoacido metionina. Dopo il riconoscimento i fattori di inizio si
dissociano e si associa la subunità maggiore del ribosoma.
ALLUNGAMENTO:
All'interno della subunità maggiore il trna iniziatore si trova in una regione del ribosoma chiamata
sito p, accanto ad esso si trova il sito A, il punto di arrivo del successivo trna. Grazie alla struttura
del trna i due amminoacidi portati dalle due molecole si trovano vicini e possono legarsi tra loro. Il
legame è di tipo peptidico. La subunità maggiore funge da catalizzatore. Attraverso la traslocazione
i trna si muovono tra i diversi siti del ribosoma quello prima presente nel sito a adesso si trova nel
sito p, mentre il trna prima presente nel sito p e adesso privato del suo amminoacido, si sposta nel
sito e dove lascia il ribosoma e entra nel citoplasma dove un amminocil-tRNA-sintetasi lo lega ad
un nuovo amminoacido. Un nuovo trna entra nel sito a il ciclo si ripete. La catena polipeptidica si
allunga progressivamente
TERMINAZIONE:
La traduzione si conclude con la fase di terminazione. Esistono diversi codoni di stop che indicano
al ribosoma di fermarsi. Quando il codone di stop si trova nel sito a, si legano al codone delle
proteine dette fattori di rilascio. Il legame modifica il comportamento del ribosoma che separa la
catena polipeptidica dal trna nel sito p. le due subunità del ribosoma e l'trna e parteciperanno ad un
altro ciclo
LA CATENA POLIPEPTIDICA:
La sequenza lineare di aminoacidi rappresenta la cosiddetta struttura primaria della proteina. Ma già
durante la sintesi essa comincia a ripiegarsi per formare una struttura tridimenzionale. Gli
amminoacidi interagiscono tra loro formando strutture regolari e ripetitive che costituiscono la
struttura secondaria della proteina. I principali tipi di strutture secondarie sono l'alfa-elica e il
foglietto-bete tenute insieme da legami a idrogeno. Altri legami possono anche formarsi tra
amminoacidi on vicini nella sequenza. L'insieme di questa sequenza determina la struttura terziaria
della proteina, la struttura globale di una singola catena di amminoacidi ovvero il modo in cui gli
atomi sono distribuiti nello spazio. Alcune proteine sono formate dall'associazione di più
polipeptidi. Il modo in cui le catene sono associate tra oro rappresenta la struttura quaternaria

LO SPLICING
Splicing significa unione. Vi sono alcune regione dell'rna che vengono eliminate e le altre sono
riunite per forare un mrna più corto. Le regioni rimosse corrispondono a delle sequenze sul gene
che vengono dette introni. Gli esoni sono invece le sequenze che codificano per il polipeptide. Le
sequenze codificanti sono perciò frammentate all'interno del gene (negli eucarioti).