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GENETICA
La genetica è la scienza che studia la variabilità biologica degli organismi viventi, la trasmissione dei caratteri
da un organismo ad un altro o da una cellula ad un’altra, il ruolo del genoma (patrimonio genetico) e in
particolare dei geni, nei processi fondamentali della vita (morfogenesi, sviluppo, metabolismo, ecc...)
o Genetica clinica
o Genetica biochimica
o Citogenetica
o Genetica molecolare
Definizioni
o Malattia congenita quando è presente sin dalla nascita
o Familiarità trasmissione tra membri del medesimo nucleo familiare di determinate caratteristiche o
condizioni
o Caso sporadico che si manifesta per la prima volta in una famiglia
o Malattia a carattere ereditario che si trasmette da genitori a figli
o Genotipo è dato dal suo corredo genetico, è ciò che è "scritto" nel DNA
o Fenotipo è l'insieme dei caratteri che l'individuo manifesta
Ruolo della genetica in medicina
- Diagnosi es. prenatale, postnatale, di predisposizione, screening
- Prevenzione es. consulenza genetica, interruzione di gravidanza, prevenzione di sintomi
- Terapia es. farmacologica, genica
- Altri es. produzione di farmaci mediante tecniche di DNA ricombinante, identificazione di agenti
infettivi, ecc..
L’espressione dell’informazione genetica raccolta nelle molecole di DNA avviene in due stadi:
La duplicazione comprende tutto ciò che riguarda il DNA, non solo la parte codificante. Il numero di geni
corrisponde ad un 10% rispetto a quello che è tutto il DNA. Quindi si duplicano non sono i geni utili, ma anche
quello che viene definito junk DNA (DNA spazzatura).
In realtà non può essere DNA spazzatura, in quando avrà sicuramente delle funzioni che non sono evidenti
come quelle dei geni, ma possono funzionare come regolazione dell’espressione genica ad esempio.
Duplicazione e trascrizione avvengono all’interno del nucleo, mentre la traduzione avviene a livello dei
ribosomi del citoplasma.
- il DNA è variabile tra le diverse specie, mentre si mantiene costante all’interno della stessa specie.
- È in grado di custodire le informazioni che fanno una specie diversa dall’altra
- È in grado di duplicarsi con grande precisione durante la divisione cellulare
- È soggetto a rari cambiamenti, le variabili o mutazioni, che forniscono la variabilità genetica che
permette agli organismi di evolversi nel tempo. La mutazione dunque non ha solo carattere negativo,
può anche essere considerata come alla base della variabilità genetica.
Genoma umano
23 paia di cromosomi (46 cromosomi, tra cui 22 paia di autosomi e 1 di gameti)
2 metri di DNA
3.000.000.000 bp
Acidi nucleici
Base azotata è una molecola con proprietà basiche contenente azoto, è una componente dei nucleotidi che
formano gli acidi nucleici. Può essere una purina con struttura a due anelli o una pirimidina con struttura a
un solo anello.
Legame fosfodiesterico → lega C3 dello zucchero di un nucleotide con C5 del nucleotide successivo (zucchero
e gruppo fosfato), con conseguente perdita di 2 fosfati e 1 molecola d’acqua
La molecola di DNA ha due catene polinucleotidiche unite mediante le basi azotate e avvolte l’una sull’altra
a formare una doppia elica destrorsa. Le due catene sono antiparallele cioè i due filamenti sono orientati in
direzione opposta: uno orientato in 5’→3’ e l’altro in 3’→5’. Gli scheletri di zucchero fosfato si trovano
all’esterno della doppia elica, mentre le basi sono orientate verso l’asse centrale e sono unite da legami a
idrogeno.
Però c’è un problema in quanto la rimozione dell'innesco terminale del filamento lento lascia un vuoto che
non può essere sostituito da nuovo DNA in quanto manca un'estremità 3' che la DNA polimerasi possa
prolungare; perciò, le estremità 5' del filamento stampo non vengono duplicate, provocando l’accorciamento
progressivo del filamento. Per evitare questo problema, alcuni cromosomi sono dotati di telomeri alle
estremità, sequenze ripetute moltissime volte, che possono essere perdute senza danno.
TELOMERASI: La telomerasi è una ribonucleoproteina, un enzima che aggiunge sequenze ripetitive di DNA
non codificante, TTAGGG per tutti i vertebrati ed altri organismi, al terminale 3' dei filamenti di DNA nelle
regioni dei telomeri, che si trovano alle estremità dei cromosomi eucariotici, riallungando così i telomeri
accorciati in modo da mantenere integri i cromosomi.
Nel DNA mitocondriale esiste una DNA polimerasi che non è in grado di correggere gli errori e questo provoca
maggiori mutazioni.
Geni
Il gene è l’unità codificante per la proteina. Un singolo gene solitamente è implicato in più di una funzione
biologica e solo una piccola parte dei ~80.000 geni identificati ha almeno una funzione certa. Abbiamo due
tipi di geni:
I geni non-codificanti (junk DNA) potrebbero avere funzioni di mantenimento dell’integrità strutturale del
cromosoma e regolazione della quantità di proteine tradotte.
Gli esoni e introni sono rispettivamente la porzione codificante e non-codificante del gene. Gli introni
verranno eliminati durante lo splicing in seguito o durante la trascrizione.
Un gene strutturale eucariotico può essere suddiviso in 3 porzioni:
- Una sequenza adiacente al punto di inizio di trascrizione chiamato promotore, con la quale
interagisce l’RNA Polimerasi.
- Sequenza codificante.
- Sequenza adiacente alla fine di un gene dove termina la trascrizione, terminatore.
Trascrizione genica
Il genoma di un organismo consiste di sequenze di coppie di basi distribuite sui
cromosomi, il cui numero dipende dalla specie. Le sequenze di coppie di basi
specifiche che vengono trascritte prendono il nome di geni, per cui il processo di
trascrizione viene anche indicato come espressione genica.
INIZIO: che dà inizio alla trascrizione richiede un promotore, una speciale sequenza
di DNA alla quale si lega molto saldamente la RNA polimerasi.
FINE: analogamente al sito di inizio che precisa il punto di partenza della trascrizione, sul filamento stampo
del DNA ci sono particolari sequenze di basi che ne stabiliscono la terminazione.
Anche se differenziate tutte le cellule di un organismo contengono l’intero programma genetico, cioè lo
stesso numero e tipo di geni, il differenziamento dipende da quali geni vengono espressi, cioè trascritti e
tradotti in proteine.
La trascrizione produce 3 diversi classi di molecole di RNA:
- mRNA che ha il compito di portare il messaggio genetico al di fuori del nucleo per poi guidare la
sintesi proteica;
- rRNA che va a comporre, insieme alle proteine, i ribosomi sui quale avviene la traduzione;
- tRNA ripiegato a formare 4 lobi e svolge la funzione di portare gli amminoacidi sui ribosomi durante
la traduzione
INIZIO: mRNA, subunità ribosomiale piccola e tRNA, che porta una tripletta di basi detta anticodone che è
complementare con le basi che si trovano sull’mRNA, si uniscono a formare il complesso di inizio. Il processo
inizia grazie a un codone di inizio AUG che codifica per una metionina che è sempre il primo amminoacido.
L’inizio è completato quando la subunità maggiore del ribosoma lega quella minore.
ALLUNGAMENTO: Inizia quando gli amminoacidi sono aggiunti alla proteina nascente e continua finché un
ribosoma raggiunge il codone di stop: UAG, UGA, UAA.
TERMINAZIONE: Sintesi proteica conclusa e il polipeptide, l’mRNA e il tRNA sono rilasciati dal ribosoma.
Una volta finito la proteina più essere funzionante, l’mRNA invece se non deve più produrre quel tipo di
proteina viene degradato mentre se serve ancora comincerà una nuova produzione.
Linguaggio nucleotidico
La sequenza di nucleotidi dell’mRNA viene letta per gruppi di 3 nucleotidi. Le parole nel linguaggio
nucleotidico sono costituite da 3 lettere che corrispondono a 3 basi chiamate codoni. Ciò significa che ci sono
4^3 = 64 uniche parole.
Quindi uno stesso amminoacido può essere codificato da diversi codoni (molti codoni sono quindi sinonimi),
questo viene chiamato DEGENERAZIONE DEL CODICE.
Se ogni codone fosse solo di 2 basi, ci sarebbero 42 = 16 possibili unici codoni e non basterebbero per
codificare i 20 amminoacidi esistenti più i codoni di stop.
Lezione 2
CROMOSOMI
Cromatina
Il DNA eucariotico è organizzato sottoforma di cromatina formata dal nucleosoma, che è l’unità
fondamentale dell’organizzazione della fibra di cromatina, che contiene al suo
interno una particella core di proteine basiche, cioè 8 istoni, e contiene due molecole
di ogni istone: istone H2A, H2B, H3, H4. Inoltre, troviamo il DNA linker che congiunge
i nucleosomi e associa l’istone H1.
Prima che la cellula si divida, la cromatina si condensa e forma i cromosomi che sono
strutture che si colorano, infatti chromos = colore e soma = corpo. I cromosomi sono
formati da 60-65% cromatina e 35-40% DNA.
Al microscopio ottico il cromosoma presenta un’impalcatura centrale formata da una
proteina acida, alla quale si lega la fibra cromatinica a livello di alcune sequenze
ripetute. Si formano così le Anse di Laemli, che fuoriescono dall’impalcatura e
formano il corpo della cromatina. Attraverso successivi livelli di avvolgimento della
cromatina (solenoide e supersolenoide), i circa 2 m del DNA a doppia elica presenti
nel nucleo di ogni cellula si concentrano e formano i cromosomi.
Nella cromatina troviamo proteine istoniche e non istoniche e conosciamo due tipi:
Inoltre, ci sono delle componenti che troviamo sui cromosomi che sono i telomeri cioè cappucci all’estremità
che comprendono ripetizione multiple della sequenza TTAGGG e i centromeri che sono regioni specializzare
di DNA che forniscono sito di ancoraggio al fuso mitotico durante la mitosi.
I cromosomi sono presenti in coppie nelle cellule somatiche e i membri di una coppia sono cromosomi
omologhi. Ogni coppia di cromosomi contiene un cromosoma di origine paterna e uno di origine materna. Se
una cellula ha 2 cromosomi di ogni tipo, cioè due serie di cromosomi, allora ha un corredo cromosomico
diploide, mentre se è presente un cromosoma di ogni coppia di omologhi allora ha corredo aploide.
46, XY 46, XX
Il sesso maschile è determinato dalla presenza del cromosoma Y portato dallo spermatozoo al momento della
fecondazione.
Cromosoma X
Ha dimensioni medie e contiene più di 1000 geni con funzioni diverse e sono detti X-linked.
Cromosoma Y
È piccolo e contiene circa 20 geni, la maggior parte dei quali è coinvolta nel differenziamento sessuale e nella
spermatogenesi. In particolare, contiene il gene SRY (Sex determing Region Y) che codifica per il fattore TDF
(Testis Determining Factor) responsabile del differenziamento in senso maschile.
I maschi hanno solo una copia di geni localizzati sull’X mentre le femmine hanno due copie; quindi, ci
aspetteremmo una doppia dose di prodotto genico rispetto ai maschi, ma ciò non avviene grazie
all’inattivazione di un cromosoma X nelle femmine.
Uno dei due cromosomi X presenti nella linea somatica femminile, viene precocemente inattivato durante lo
sviluppo embrionale. L’inattivazione è casuale e come risultato la femmina è un mosaico di cellule
funzionalmente emizigoti per uno o l’altro dei cromosomi X. Il DNA dell’X inattivo rimane
altamente condensato e non viene trascritto, è visibile come una masserella più scura detta
corpo di Barr.
L’inattivazione del cromosoma X è responsabile della grande variabilità clinica delle malattie dovute a geni
che mappano su questo cromosoma e la gravità del fenotipo clinico dipenderà dalla proporzione di cellule
che hanno mantenuto attivo il cromosoma X con l’allele mutante. Ad esempio, se in una donna il cromosoma
X non inattivato presenta la mutazione che provoca l’emofilia, manifesterà dei sintomi caratteristici della
malattia nonostante è una malattia che si manifesta prevalentemente nell’uomo in quanto è X-linked (le
donne solitamente sono portatrici).
- in assenza del cromosoma Y non viene prodotto TDF, permettendo alla corticale delle gonadi
embrionali di svilupparsi in ovaie e in assenza di testosterone (ormone) l’embrione svilupperà
caratteristiche femminili;
- con la presenza del gene SRY localizzato sul cromosoma Y si produce il TDF, che induce la midollare
delle gonadi embrionali a svilupparsi in testicoli e a produrre il testosterone che indurrà lo sviluppo
delle caratteristiche maschili.
Lezione 3
Per geni X-linked nelle femmine ci aspetteremmo quindi una doppia dose di prodotto genico (es. proteina)
rispetto ai maschi, ma in realtà nei due sessi la quantità di prodotto genico è uguale.
Questo processo di inattivazione del cromosoma X è chiamato anche Lyonizzazione, che deriva da Mary Lyon,
colei che all’inizio degli anni ’60 studiò questo fenomeno. Egli osservò che nei nuclei delle femmine con
cariotipo 46, XX è presente una masserella condensata che corrisponde al numero delle X meno 1, lo stesso
fenomeno si osserva nei maschi XXY ma non nelle femmine X0.
L’inattivazione avviene durante i primi stadi dello sviluppo embrionale (15°-16° giorno), è casuale in quanto
può essere inattivato sia l’X di origine paterna sia quello di origine materna, è permanente e viene propagata
clonalmente, in quanto tutte le cellule discendenti da una cellula clone avranno lo stesso X inattivo. Quindi
possiamo dire che le femmine sono dei mosaici genetici in quanto il 50% delle loro cellule esprime geni X-
linked paterni e il 50% geni X-linked materni.
La regione Xq13 contiene l’X-Inactivation Center (XIC) che trascrive un RNA non codificante chiamato XIST (X
Inactive Specific Transcript) che rimane sul cromosoma e lo avvolge, impedendogli di trascrivere.
In realtà l’inattivazione non è sempre causale in quanto a volte si sceglie l’X che porta una copia del gene XIST
non funzionante o quando si ha una traslocazione bilanciata
che provoca una mutazione, si inattiva quel cromosoma
tutelando l’X funzionante. Però in questo caso verranno
inattivati anche tutti i geni autosomali, rendendo queste
cellule selettivamente svantaggiate rispetto alle altre cellule.
1. Le aneuploidie dei cromosomi sessuali, a differenza di quelle a carico degli autosomi, sono
compatibili con la vita, e, in alcuni casi, non comportano fenotipi anormali.
47, XXY (sindrome di Klinefelter) maschi sterili, talvolta con lieve ritardo mentale
45, X0 (sindrome di Turner), statura inferiore alla media, sterilità, altre anomalie di sviluppo
generalmente non gravi
48, XXXX o XXXY sintomatologia più grave delle precedenti, ma comunque condizione compatibile con la
vita
2. La quantità di prodotto genico di geni del cromosoma X è uguale in maschi e femmine, nonostante il
fatto che i maschi abbiamo una sola copia del gene e le femmine due.
Nei mammiferi, a differenza che in altri organismi, la compensazione del dosaggio genico è raggiunta
attraverso l’inattivazione di uno cromosoma X nelle cellule somatiche che ne contengono due. In cellule con
aneuploidie dei cromosomi sessuali viene mantenuto attivo un solo cromosoma X, questo spiega il fenotipo
pressoché normale di soggetti con cromosomi sessuali in eccesso o in difetto.
MUTAZIONE
È un qualsiasi cambiamento del patrimonio genetico, è un evento casuale e raro.
1 gamete su 106 porta una mutazione a un determinato locus, nel genoma umano ci sono circa 30.000 geni
e in totale i gameti portatori di mutazione a un qualsiasi locus codificante saranno 30.000 x 10-6 = 3%.
- Vantaggiosa quando l’organismo che la porta ha una fitness (capacità riproduttiva) maggiore
- Svantaggiosa quando l’organismo che la porta ha una fitness minore
- Neutra quando non influenza la fitness di chi la porta
Le mutazioni germinali possono presentarsi in tutte le cellule germinali o solo in una proporzione di esse
(mosaicismo germinale) a seconda dello stadio di sviluppo dell’embrione in cui sono avvenute, e una volta
trasmesse alla prole diventano “stabili”, cioè non si è mai manifestata ma nel momento in cui si ha dei figli si
manifesterà in essi.
Tipi di mutazioni
- Puntiforme può essere minima, cioè riguarda una singola coppia di basi nel DNA
- Genica implica regioni più estese dentro un gene
- Cromosomica implica grosse porzioni del genoma
Le mutazioni puntiformi e geniche non hanno di solito alcuna particolare conseguenza sul fenotipo, sono
quindi selettivamente neutre in quanto il 98% del nostro genoma contiene regioni non codificanti.
I polimorfismi del DNA si trovano in zone che non hanno alcuna funzione codificante e quindi rappresentano
delle varianti fenotipicamente invisibili che hanno l’utilità di marcare molecolarmente la variabilità fra gli
individui. Infatti queste zone sono usate per effettuare i test di paternità, per medicina forense, ecc..
La mutazione puntiforme genica è un cambiamento del materiale ereditario di un gene, cioè una sequenza
di nucleotidi del DNA, che codifica in genere per una proteina.
Le mutazioni sono causate da errori nella duplicazione del DNA, da ricombinazione o da agenti mutageni.
Inoltre possono essere causate da sostituzione, inserzione o delezione di nucleotidi.
Le principali conseguenze delle mutazioni su geni codificanti sono:
Mutazione missenso
Rara in quanto colpisce 1:65.000 nati, provoca craniosinostosi, volta cranica conica, ipertensione
endocranica, ritardo mentale, ipoplasia della parte centrale della faccia, sindattilia delle dita di
mani e piedi, sordità e atrofia ottica.
È causata dalla mutazione del gene FGFR2 che è dominante e cambia la base azotata modificando
la cisteina 755 in glicina (Cys755Gly), si verifica in eterozigosi, i genitori sono sani e quindi sarà de
novo.
Disostosi cranio facciale o sindrome di Crouzon
In questo caso la malattia è sempre allelica ma la mutazione sarà da cisteina 342 a tirosina
(Cys342Tyr) e ha aspettative di vita migliori rispetto all’altra, è sempre de novo e in eterozigosi.
Mutazione silente
Progeria o Hutchinson-Gilford
Provoca invecchiamento precoce, bassa statura, pelle rugosa, calvizie, assenza di tessuto
adiposo, aterosclerosi ed infarto. È dovuta ad una mutazione sempre in eterozigosi del
gene lamina A che non cambia l’amminoacido glicina G608G, ma introduce un sito donor
di splicing GGT che fa perdere 50 amminoacidi alla proteina in quanto lo riconosce come
sito di taglio (es. gli introni), tagliando un pezzo di esone.
Mutazione frameshift
Fibrosi cistica
Per questa patologia non esistono terapie ma solo dei ritardanti. Questa malattia è dovuta ad un aumento
del numero di triplette in una zona che viene considerata instabile, infatti nel momento in cui il DNA si divide
può produrre un numero troppo alto di triplette al di fuori del valore soglia (36 ripetizioni).
DOPO LA SINDROME DI Down, è la causa principale di ritardo mentale nell’uomo; compare precocemente e
comporta ritardo cognitivo. E’ una malattia x linked dominante in cui il difetto si trova su un gene ma è l’unica
malattia che possiamo identificare anche con il cariotipo (numero e struttura dei cromosomi), perché questa
patologia determina una strozzatura a livello di uno dei 2 bracci del cromosoma X.