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I diversi tipi cellulari adulti derivano da cellule immature

I diversi tipi cellulari adulti derivano da cellule immature
I TIPI I TIPI cellulari, cellulari secondo e la loro la loro ontogenesis storia embrionale

I TIPI I TIPI cellulari, cellulari secondo e la loro la loro ontogenesis storia embrionale (origine embrionale) (ontogenesi)

cellulari, cellulari secondo e la loro la loro ontogenesis storia embrionale (origine embrionale) (ontogenesi)
storia embrionale (origine embrionale) (ontogenesi) Tutte le cellule mature derivano da cellule immature

Tutte le cellule mature derivano da cellule immature embrionali, che a

loro volta derivano dall’ ovocita

fecondato. Si possono tutte ricondurre a tre grandi “pedigree” o lineage

cellulari :

Ectoderma linea blu

Endoderma linea gialla

Mesoderma linea rossa

nota

Gli esperimenti di clonazione

informazione sulla potenzialità dell’ informazione genetica

ci forniscono un’importante

Risultato : da un nucleo di UN tipo cellulare

possiamo ottenere un individuo completo, con

TUTTI i tipi cellulari, e non solo il tipo iniziale.

Dunque, ogni cellula possiede il programma e le

informazioni complete per definire TUTTI i tipi

cellulari, non solo il proprio.

nota : Si tratta di introdurre un nucleo preso da una cellula matura di UN TIPO cellulare in un ovocita fecondato, a cui precedentemente abbiamo tolto in suo nucleo

da una cellula matura di UN TIPO cellulare in un ovocita fecondato, a cui precedentemente abbiamo

In tutte le cellule il DNA viene tramandato completo, e quindi

ogni cellula possiede le codifiche per tutte le proteine e le regolazioni necessarie per ogni via differenziativa.

Quindi la differenza tra un tipo cellulare e un altro NON è nel nel DNA, che viene replicato e ereditato con estrema fedeltà …

… ma evidentemente nel corredo di mRNA, microRNA e proteine che la cellula possiede.

Di circa 25.000 geni del nostro DNA, solo 3.000-4.000 mRNA sono presenti in una cellula; di questi circa 2.000 sono diversi tra (esempio) una cellula nervosa e una muscolare.

Corredi differenti di mRNA, microRNA

e proteine si acquisiscono regolando L’ATTIVITA’ dei geni, che significa in prima istanza la presenza/assenza del

mRNA, ma anche quanto e quando.

La domanda centrale, quindi, è

come si regola l’attività genica ?

del mRNA, ma anche quanto e quando . La domanda centrale, quindi, è come si regola

Specifici RNA possono essere rivelati, grazie al principio

dell’appaiamento tra sequenze complementari

al principio dell’appaiamento tra sequenze complementari Mentre una sequenza definita di DNA è presente in tutte

Mentre una sequenza definita di DNA è presente

in tutte le cellule, una sequenza definita di un

mRNA è presente solo nelle cellule in cui quel gene è attivo. Si dice che quel gene è ESPRESSO in quelle cellule. Es. le cellule precursori del muscolo dell’embrione di topo

esprimono il mRNA per miogenina .

Se un gene è espresso sempre in tutte le cellule si dice COSTITUTIVO, o anche house-keeping, perché probabilmente ha funzioni essenziali.

Molti mRNA sono presenti solo in alcune cellule, in alcuni momenti, in alcuni luoghi; si parla quindi di “territori di espressione”

Gli Anche mRNA i microRNA e i miRNA possono sono presenti essere in rivelati maniera
Gli Anche mRNA i microRNA e i miRNA possono sono presenti essere in rivelati maniera
Gli Anche mRNA i microRNA e i miRNA possono sono presenti essere in rivelati maniera

Gli Anche mRNA i microRNA e i miRNA possono sono presenti essere in rivelati maniera nelle selettiva cellule in Diverse cellule e tessuti di un organismo animale e vegetale

essere in rivelati maniera nelle selettiva cellule in Diverse cellule e tessuti di un organismo animale
Diverse cellule e tessuti di un organismo animale e vegetale Alcuni miRNA con diversi territori di

Alcuni miRNA con diversi territori di espressione in un

embrione di pesce

e tessuti di un organismo animale e vegetale Alcuni miRNA con diversi territori di espressione in
e tessuti di un organismo animale e vegetale Alcuni miRNA con diversi territori di espressione in

Solomon, Berg, Martin Biologia Capitolo 23

Espressione genica, mutazioni e malattie

Una mutazione genica modifica la sequenza del DNA– Capitolo 23 Espressione genica, mutazioni e malattie Tuttavia, l’effetto della mutazione si manifesta a seconda

Tuttavia, l’effetto della mutazione si manifesta a seconda :e malattie Una mutazione genica modifica la sequenza del DNA - del tipo di mutazione (

- del tipo di mutazione

(vedremo in seguito … )

- dell’ espressione di quel gene, cioè in quali cellule è presente l’ RNA messaggero di quel gene, cioè in quali cellule il gene è trascritto ….

- …. Perché in queste cellule si può produrre una proteina anomala, o si verifica l’assenza della proteina.

p63 (ectoderma)

---

displasia ectodermica

Laminina (ectoderma)

---

epidermolisi bullosa

Collagene (mesoderma-connettivo)

---

osteogenesi imperfetta

Distrofina (mesoderma-muscolo)

---

distrofia muscolare

APC (endoderma)

---

adenocarcinomi del colon

Fosforilasi (endoderma-fegato)

---

glicogenosi

APC (endoderma) --- adenocarcinomi del colon Fosforilasi (endoderma-fegato) --- glicogenosi

Appaiamento e ibridazione : i reagenti

Si possono produrre acidi nucleici artificiali, con la sequenza desiderata (ESOGENI). Questi si possono appaiare a corrispondenti sequenze complementari e antiparallele,

per es. gli mRNA in una cellula (ENDOGENI).

DNA polimerasi

per es. gli mRNA in una cellula (ENDOGENI). DNA polimerasi D N A DNA RNA DNA

DNA

DNA

RNA

DNA

RNA polimerasi

polimerasi D N A DNA RNA DNA RNA polimerasi Trascrittasi inversa DNA 32P 32P 32P RNA

Trascrittasi inversa

DNA RNA DNA RNA polimerasi Trascrittasi inversa DNA 32P 32P 32P RNA 32P 32P 32P DNA
DNA RNA DNA RNA polimerasi Trascrittasi inversa DNA 32P 32P 32P RNA 32P 32P 32P DNA
DNA 32P 32P 32P RNA 32P 32P 32P DNA 32P 32P 32P DNA DIG DIG
DNA
32P
32P
32P
RNA
32P
32P
32P
DNA
32P
32P
32P
DNA
DIG
DIG DIG

sonda

radioattiva

sonda

radioattiva

sonda

radioattiva

sonda

marcata

Appaiamento e ibridazione : la rivelazione

DNA sonda radioattiva 32P 32P 32P DNA sonda marcata DIG DIG DIG DNA sonda marcata
DNA
sonda
radioattiva
32P
32P
32P
DNA
sonda
marcata
DIG
DIG DIG
DNA
sonda
marcata
Biotina
Biotina
DNA
sonda
fluorescente
Cy3
Cy3

Rilevata mediante ….

RadiografiaDNA sonda fluorescente Cy3 Cy3 Rilevata mediante …. Anticorpo anti-DIG Avidina legata a una molecola

Anticorpo anti-DIGfluorescente Cy3 Cy3 Rilevata mediante …. Radiografia Avidina legata a una molecola fluorescente o

Avidina legata a una molecola fluorescente o chemioluminescenteBiotina DNA sonda fluorescente Cy3 Cy3 Rilevata mediante …. Radiografia Anticorpo anti-DIG Fluorescenza diretta

Fluorescenza direttaCy3 Rilevata mediante …. Radiografia Anticorpo anti-DIG Avidina legata a una molecola fluorescente o chemioluminescente

Le moderne tecnologie dei microArray per rivelare la presenza di tutti gli mRNA in una cellula

per rivelare la presenza di tutti gli mRNA in una cellula Vengono depositate delle goccioline su

Vengono depositate delle goccioline su un vetrino, ognuna contenente una sequenza diversa di RNA o DNA, in una posizione ben precisa. Circa due

milioni in 2 cmq.

Ogni sequenza corrisponde a un tratto noto di un RNA realmente esistente.

Preparando dei campioni di RNA da

cellule, posso far avvenire una ibridazione sul vetrino. Si rileva il segnale fluorescente in corrispon- denza di ogni sequenza, e si valuta

il risultato (MOLTO COMPLESSO)

Il dogma centrale della biologia, ESTESO ai controlli sui processi

Il dogma centrale della biologia e i principali punti di controllo

della biologia, ESTESO ai controlli sui processi Il dogma centrale della biologia e i principali punti
della biologia, ESTESO ai controlli sui processi Il dogma centrale della biologia e i principali punti

Principali meccanismi di regolazione dell’ espressione genica

Controllo dell’inizio della trascrizionemeccanismi di regolazione dell’ espressione genica Controllo della maturazione Controllo della localizzazione -

Controllo della maturazione

Controllo della localizzazione

- Splicing alternativo - Lunghezza del poli-A al 3’

- Pori nucleari e proteine di trasporto

Controllo negativo da parte dei microRNAdel poli- A al 3’ - Pori nucleari e proteine di trasporto Controllo dalla stabilità (vita

Controllo dalla stabilità (vita media) del RNAdi trasporto Controllo negativo da parte dei microRNA Controllo della traduzione in proteina - Degradazione -

Controllo della traduzione in proteina

- Degradazione

- Fattori di Elongazione

- Chinasi S6

Per generare la varietà dei TIPI cellulari, le

informazioni contenute nel DNA non si esprimono

contemporaneamente, e sono finemente regolate

Geni ad espressione costitutiva (housekeeping)

Geni ad espressione condizionale (inducibili, reprimibili)

Geni specializzati (presenti in tessuti specifici, che a loro volta

possono essere costitutivi o condizionali)

Organizzazione generale di un gruppo di geni procariotici (operone)

Più geni (unità codificanti per una proteina) sono allineati sotto una sola

regione di controllo, chiamata promotore. Questo ha una logica in quanto le

proteine controllate IN SERIE fanno spesso parte della stessa via metabolica

IN SERIE fanno spesso parte della stessa via metabolica Nel promotore, esiste una sequenza chiamata operatore

Nel promotore, esiste una sequenza chiamata operatore che funziona come un interruttore acceso/spento, e consente/impedisce l’attacco della RNA polimerasi.

Il controllo sull’inizio della trascrizione nei procarioti è mediato

direttamente da attivatori e repressori proteici

In maniera analoga, un repressore può essere eliminato (quindi DE-REPRIME, cioè attiva) in presenza di un intermedio metabolico o una molecola segnale. In assenza di induttore il repressore occupa fisicamente il sito dove si legherebbe la RNA polimerasi.

molecola segnale. In assenza di induttore il repressore occupa fisicamente il sito dove si legherebbe la

Il controllo sull’inizio della trascrizione nei procarioti è mediato direttamente da attivatori e repressori proteici

Questo è un esempio di un repressore. La proteina repressore può essere attivata (quindi REPRIME) da un attivatore, in genere un intermedio metabolico o una molecola segnale. Funziona occupando fisicamente il sito dove si legherebbe la RNA polimerasi

intermedio metabolico o una molecola segnale. Funziona occupando fisicamente il sito dove si legherebbe la RNA

Il controllo sull’inizio della trascrizione nei procarioti è mediato direttamente da attivatori e repressori proteici

Questo è un esempio di un attivatore. La proteina attivatore per funzionare (quindi ATTIVARE) necessita di un regolatore allosterico positivo, in genere un intermedio metabolico o una molecola segnale

ATTIVARE) necessita di un regolatore allosterico positivo, in genere un intermedio metabolico o una molecola segnale

La regolazione dell’operone lattosio, positiva e negativa assieme

dell’operone lattosio, positiva e negativa assieme Solo quando l’attivatore CAP è attivato e il repressore

Solo quando l’attivatore CAP è attivato e il repressore LacI è disattivato la RNA polimerasi può agire e iniziare la trascrizione. Negli altri casi la trascrizione è impedita.

Promotore e Operatore sono tratti di DNA, il cui funzionamento dipende da proteine specifiche che “leggono” la sequenza

e Operatore sono tratti di DNA, il cui funzionamento dipende da proteine specifiche che “leggono” la

La trascrizione negli eucarioti differisce per due importanti caratteristiche rispetto ai procarioti:

nota

- le RNA polimerasi necessitano di fattori generali di trascrizione

- altri fattori di trascrizione specifici

nota

possono legarsi a grande

distanza dal promotore che essi controllano

Nota: fattori generali sono quelli che costituiscono il macchinario basale che inizia la trascrizione, e si legano vicino al sito di inizio. Es. TFIID TFIIA, TFIIB …

I fattori specifici sono molti, riconoscono sequenze diverse, anche lontane.

Es. Pax, Hox, Otx, myc, AP1, CREB, ecc… ecc…

Assemblaggio del complesso d’inizio per la trascrizione di un gene eucariote, il macchinario BASALE

la trascrizione di un gene eucariote, il macchinario BASALE La maggioranza dei geni eucarioti possiede una
la trascrizione di un gene eucariote, il macchinario BASALE La maggioranza dei geni eucarioti possiede una

La maggioranza dei geni eucarioti possiede una sequenze TATA circa 30 nucleotidi a monte

del punto di inizio della trascrizione, detta TATA-box

Per iniziare la trascrizione, al DNA si legano

nell’ordine :

TATA-binding protein (TBP) che possiamo considerarla parte del TFIID, riconosce la

sequenza TATA-box e si lega stabilmente.

TFIIA, TFIIB, RNA polimerasi, con TFIIF, TFIIE, TFIIH

Quest’ultima è una chinasi, fosforila la RNA

polimerasi che può partire la trascrizione

Modello a nastro della TATA-binding protein legata alla

sequenza TATA-box di un promotore eucariotico

Modello a nastro della TATA-binding protein legata alla sequenza TATA-box di un promotore eucariotico

Regione di controllo di un tipico gene eucariotico

Fattori Regolatori specifici generali Regolatori RNA polimerasi II specifici
Fattori
Regolatori specifici
generali
Regolatori
RNA polimerasi II
specifici

regolative

specifici generali Regolatori RNA polimerasi II specifici regolative Sequenze a monte …. ……. a valle del
specifici generali Regolatori RNA polimerasi II specifici regolative Sequenze a monte …. ……. a valle del

Sequenze

a monte ….

……. a valle del gene

e

Come è possibile una regolazione a distanza ?

Come è possibile una regolazione a distanza ?

Numerosi fattori di trascrizione eucariotici possono agire a distanza grazie al ripiegaento della doppia elica di DNA

Numerosi fattori di trascrizione eucariotici possono agire a distanza grazie al ripiegaento della doppia elica di

Le proteine regolatrici si assemblano formare dei complessi, direttamente sul DNA

Le proteine regolatrici si assemblano formare dei complessi, direttamente sul DNA

Uno stesso fattore di trascrizione controlla l’inizio della trascrizione di molti mRNA e microRNA, utilizzando altre proteine che cooperano. A loro volta sono molteplici e si legano a altre sequenze del DNA

e microRNA, utilizzando altre proteine che cooperano. A loro volta sono molteplici e si legano a

Il controllo trascrizionale si basa sull’esistenza di :

1) Specifiche sequenze di DNA

Specifiche sequenze di DNA, generalmente lunghe meno di 20 nucleotidi, servono da sito di riconoscimento e legame per

specifiche proteine regolatrici

2) Proteine regolatrici che riconoscono e legano tali sequenze

Le proteine regolatrici contengono motivi strutturali che “leggono” specifiche sequenze di DNA

Legame di una proteina regolatrice al solco maggiore del DNA

Legame di una proteina regolatrice al solco maggiore del DNA

I diversi accoppiamenti di basi possono essere riconosciuti dall’esterno della doppia elica di DNA

Fattori di trascrizione specifici leggono sequence specifiche nel contesto della doppia elica

della doppia elica di DNA Fattori di trascrizione specifici leggono sequence specifiche nel contesto della doppia

nota

Principali motivi

trascrizione specifici, che riconoscono e legano una sequenza di DNA:

proteici presenti nei fattori di

- elica-giro-elica (helix-turn-helix)

- omeodominio (homeodomain)

- a dito di zinco

- a cerniera di leucine

- elica-ansa-elica (helix-loop-helix)

(zinc-finger)

(leucin-zipper)

nota: per motivo, o dominio proteico, si intende un tratto di una proteina con una conformazione 3D, una stereochimica e una funzione riconoscibile anche separatamente dal resto della proteina. Domini molto simili sono presenti in

proteine diverse, della stessa classe. Il grado di similitudine di un dominio in

proteine diverse si indica come conservazione, o omologia di sequenza.

Struttura dei principali motivi proteici

elica-giro-elica dito di zinco
elica-giro-elica
dito di zinco

omeodominio

cerniera di leucine

Il motivo elica-giro-elica è costituito da due -eliche unite

da una corta catena di amminoacidi

due  -eliche unite da una corta catena di amminoacidi Una delle due  -eliche si

Una delle due -eliche si inserisce nel solco maggiore della doppia elica

L’omeodominio è un tratto di 60 a.a. con tre -eliche, due delle quali compongono un motivo elica-giro-elica,

due delle quali compongono un motivo elica-giro-elica, L’elica 3 contatta in DNA inserendosi nel solco maggiore.

L’elica 3 contatta in DNA inserendosi nel solco maggiore. L’ omeodominio è presente in numerosi (140) FT importanti per lo sviluppo embrionale

Motivo di legame al DNA a dito di zinco

Motivo di legame al DNA a dito di zinco Il motivo ricorrente sono due istidine e

Il motivo ricorrente sono due istidine e due cisteine, opportunamete spaziate, a coordinare un atomo di zinco. Spesso questi FT hanno più di 1 dito di zinco

Il motivo a cerniera di leucine è costituito da due -

eliche che interagiscono tra loro

costituito da due  - eliche che interagiscono tra loro Due  -eliche interagiscono mediante R

Due -eliche interagiscono mediante R di leucine, opportunamente spaziate e orientate in modo da trovarsi al centro. Questo dominio è tipico di fattori di trascrizione che agiscono come DIMERI.

nota

Nota: molte proteine agiscono formando dei complessi temporanei di due (DIMERI), tre (TRIMERI), quattro (TETRAMERI) … proteine. Se sono proteine diverse, si parla di ETERO-DIMERI, se è la stessa

proteina si parla di OMO-DIMERI

Il motivo Helix-Loop-Helix è costituito da due corte-eliche unite da una regione ad ansa

Il motivo Helix-Loop-Helix è costituito da due corte  -eliche unite da una regione ad ansa

Come si può individuare una sequenza riconosciuta da un FT

Un tratto di DNA che si presume contenga questa sequenza viene fuso con un gene “reporter” che produce una proteina facilmente misurabile. Facendo delle DELEZIONI progressive di questo tratto di DNA, assieme al FT di

mio interesse, posso vedere quando la trascrizione cambia bruscamente.

di questo tratto di DNA, assieme al FT di mio interesse, posso vedere quando la trascrizione

Come agiscono i fattori di trascrizione considerando la struttura impaccata del DNA ?

Organizzazione base della cromatina : i nucleosomi

Ottamero costituito da 2 molecole di istone H2a, H2b, H3, H4.

Istone H1
Istone H1

Organizzazione base della cromatina : i nucleosomi

Fibra di cromatina condensata di 30 nm

Cromatina

decondensata

e organizzazione in nucleosomi

cromatina : i nucleosomi Fibra di cromatina condensata di 30 nm Cromatina decondensata e organizzazione in

Regolazione dell’espressione genica a livello cromatinico

Regolazione dell’espressione genica a livello cromatinico Eucromatina, DNA meno condensato Più attiva Eterocromatina,

Eucromatina, DNA meno condensato

Più attivagenica a livello cromatinico Eucromatina, DNA meno condensato Eterocromatina, DNA fortemente condensato Meno attiva

Eterocromatina, DNA fortemente condensato

Meno attivagenica a livello cromatinico Eucromatina, DNA meno condensato Più attiva Eterocromatina, DNA fortemente condensato

La etero-cromatina del cromosoma X

La etero-cromatina del cromosoma X Situazione particolare : in tutte le cellule femminili ci sono 2

Situazione particolare : in tutte le cellule femminili ci sono 2 cromosomi X, mentre

in tutte le cellule maschili un X e un Y.

Il cromosoma X è grande e contiene molti geni importanti per le cellule, mentre Y porta solo i caratteri per l’ inversione del

sesso (da femminile a maschile)

Nelle cellule femminili uno dei due X viene sistematicamente inattivato.

femminili uno dei due X viene sistematicamente inattivato. Eterocromatina facoltativa. In definitiva, sia le cellula

Eterocromatina facoltativa.

In definitiva, sia le cellula maschili che le cellule femminili sono “aploidi” per X

Disassemblamento dei nucleosomi dal

promotore durante l’inizio della trascrizione

Disassemblamento dei nucleosomi dal promotore durante l’inizio della trascrizione

Disassemblamento dei nucleosomi dal promotore

Disassemblamento dei nucleosomi dal promotore Nel disassemblamento dei nucleosomi intervengono ancora altre proteine, le

Nel disassemblamento dei nucleosomi intervengono ancora altre proteine, le

quali gestiscono l’organizzazione della

cromatina.

Gli istoni poco impaccati non sono un grave ostacolo alla trascrizione di un gene in quanto possono essere rimossi o scivolare, liberando le sequenze che servono

Invece il grado di impaccamento della cromatina può ostacolare l’accesso dei fattori di trascrizione e della RNA polimerasi, un macchinario ingombrante

Lo stato di condensazione della cromatina controlla l’espressione genica

Il compattamento dei nucleosomi è dinamico e viene modificato da due principali sistemi regolatori

e viene modificato da due principali sistemi regolatori 1 2 Modificazione degli istoni Rimodellamento della
1 2
1
2

Modificazione degli istoni

Rimodellamento della cromatina

1
1

Gli istoni nel nucleosoma contengono code aminoterminali flessibili che

sporgono dalla loro porzione globulare, ricche in lisine

(aa con carica positiva)

In virtù della carica positiva, le lisine interagiscono con i gruppi fosfato del DNA -> COMPATTAMENTO

Le lisine possono essere reversibilmente acetilate e de-acetilate da enzimi

specifici (HAT, HDAC)

L’ acetilazione neutralizza la carica positiva riducendo l’interazione con il DNA e rende meno possibile la compattazione dei nucleosomi

la carica positiva riducendo l’interazione con il DNA e rende meno possibile la compattazione dei nucleosomi
1
1

Modificazione degli istoni

1 Modificazione degli istoni

1

Modificazione degli istoni

OPERAZIONE

ENZIMA

- acetilazione

acetilasi

- metilazione

metilasi

- fosforilazione

chinasi

- metilazione metilasi - fosforilazione chinasi - deacetilazione - demetilazione - defosforilazione
- metilazione metilasi - fosforilazione chinasi - deacetilazione - demetilazione - defosforilazione

- deacetilazione

- demetilazione

- defosforilazione

de-acetilasi

de-metilasi

fosfatasi

Un codice combinatorio di

modificazioni istoniche ….

La eterocromatina del cromosoma X

La eterocromatina del cromosoma X Reazione dei cromosomi di una cellula femminile con un anti- corpo

Reazione dei cromosomi di una

cellula femminile con un anti-

corpo che riconosce Istone-H4 acetilato (in verde fluorescente).

Notare che un cromosoma X

(freccia bianca) NON si colora, in

quanto NON acetilato e inattivo.

1
1

Come gli attivatori della trascrizione possono reclutare le acetilasi degli istoni (HAT), i repressori possono reclutare le deacetilasi degli istoni (HDAC)

possono reclutare le acetilasi degli istoni (HAT), i repressori possono reclutare le deacetilasi degli istoni (HDAC)
2
2

Il complesso del rimodellamento della cromatina

2 Il complesso del rimodellamento della cromatina Invece che modificare gli istoni, questo complesso può far

Invece che modificare gli istoni,

questo complesso può far scivolare, eliminare, aggiungere e in pratica RIORGANIZZARE gli istoni dei

nucleosomi. Con le conseguenze

evidenti di favorire o sfavorire l’assemblaggio dell’apparato di inizio della trascrizione.

Regolazione dell’espressione genica a livello cromatinico

Regolazione dell’espressione genica a livello cromatinico Uno schema generalizzato

Uno schema generalizzato

Modificazione diretta del DNA : metilazione della citosina

demetilasi DNA metil-transferasi
demetilasi
DNA metil-transferasi

L’ aggiunta di Metile alla citosina avviene in prossimità di un gene che deve essere silenziato, cioè spento in maniera più permanente.

Vengono metilate un certo numero di citosine in regioni del DNA con una

sequenza ricca di CG, dette “CpG island”. Un gene con “CpG island” vicine, verosimilmente può essere silenziato mediante metilazione

Solomon, Berg, Martin Biologia Capitolo 23

Principali meccanismi di regolazione dell’ espressione genica

Controllo dell’inizio della trascrizionemeccanismi di regolazione dell’ espressione genica Controllo della maturazione - Splicing alternativo -

Controllo della maturazione

- Splicing alternativo - Lunghezza del poli-A al 3’

Controllo dell’ esportazione

- e della localizzazione

Controllo della traduzione in proteina

- Fattori di Elongazione

- Chinasi S6

Controllo negativo da parte dei microRNAin proteina - Fattori di Elongazione - Chinasi S6 Controllo dalla stabilità (vita media) del RNA

Controllo dalla stabilità (vita media) del RNAtraduzione in proteina - Fattori di Elongazione - Chinasi S6 Controllo negativo da parte dei microRNA

- Degradazione

- Chinasi S6 Controllo negativo da parte dei microRNA Controllo dalla stabilità (vita media) del RNA

Gli enzimi necessari al processamento - maturazione del mRNA messaggero sono associati alla RNA polimerasi

Gli enzimi necessari al processamento - maturazione del mRNA messaggero sono associati alla RNA polimerasi

Lo splicing alternativo genera più versioni di mRNA maturo

a partire da un unico trascritto primario

Lo splicing alternativo genera più versioni di mRNA maturo a partire da un unico trascritto primario

Gli RNA e le proteine sono continuamente degradate e eliminate

RNA e proteine sono molecole labili.

Per gli RNA esistono enzimi RNAsi molto

efficienti. Per le proteine esiste il complesso del proteosoma. In entrambe i casi il livello di un mRNA o proteina nella cellula è il risultato dell’equilibrio tra la sua produzione

e la sua degradazione.

Eliminare molecole CON ALTO CONTENUTO di INFORMAZIONE ha il

significato di ri-azzerare il sistema e

consentire alla cellula di modificare il suo corredo di mRNA e proteine, maturando o rispondendo a variazioni ambientali.

consentire alla cellula di modificare il suo corredo di mRNA e proteine, maturando o rispondendo a

Alcuni mRNA sono localizzati in modo asimmetrico e polarizzato nel citoplasma di una cellula

modo asimmetrico e polarizzato nel citoplasma di una cellula Alcune proteine sono quindi prodotte a un

Alcune proteine sono quindi prodotte a un polo della cellula e mancano nell’altro. Quando la cellula si divide, le cellule figlie NON sono esattamente uguali : queste differenze si manifestano nell’embrione in via di sviluppo come definizione di

territori distinti, che a loro volta diventeranno tessuti diversi …

Con pochi fattori di trascrizione si può generare una molteplicità

di tipi cellulari, come effetto di un codice di COMBINAZIONI

fattori di trascrizione si può generare una molteplicità di tipi cellulari, come effetto di un codice

Come organizzare una memoria dell’espressione genica

Per non perdere la regolazione acquisita a seguito

Per esempio l’auto-regolazione
Per esempio l’auto-regolazione

della replicazione del DNA, la cellula utilizza vari

metodi.

Come organizzare una memoria dell’espressione genica

Un altro modo e l’ utilizzo di proteine con legame multiplo COOPERATIVO, dove la presenza di una sola molecola favorisce l’aggiunta delle altre.

di proteine con legame multiplo COOPERATIVO, dove la presenza di una sola molecola favorisce l’aggiunta delle

Anatomia di un gene e del suo mRNA

Anatomia di un gene e del suo mRNA