Lezione 26/10

Oggi vedremo la relazione tra DNA e Proteina, come la

funzione dei geni determina i cambiamenti di espressione di
queste proteine.
La relazione tra DNA e Proteina è quella che viene
considerata il DOGMA CENTRALE DELLA BIOLOGIA.
Un GENE codifica un pezzo di DNA dove sta scritta
l’informazione per produrre una proteina (POLIPEPTIDE).
Le Proteine sono il punto di contatto tra il GENOTIPO e
FENOTIPO e l’espressione genica è il processo mediante il
quale il DN dirige la sintesi delle proteine.
In realtà il DNA, non dirige direttamente l’espressione delle
proteine ma diverse molecole ,tipi di molecole strutture che
partecipano alla produzione di proteine.
Il concetto di GENE, sarebbe meglio indicare e dire che il DNA
codifica per un POLIPEPTIDE, più che una proteina. Facciamo
questa distinzione perché un POLIPEPTIDE è singola catena di
amminoacidi, una proteina matura può essere formata da
molte catene di amminoacidi.
Dal punto di vista semantico è meglio definire il GENE come
il pezzo di DNA che istruisce la cellula a produrre una
particolare catena di amminoacido polipeptide. Questi
polipeptidi a loro volta possono rimanere con catene singole
o possono essere assemblate in proteine composte da più
catene polipeptidiche.
Il DNA nucleare contiene tutte le istruzioni per fare le
proteine.
Le proteine sono molecole importantissime. Le
caratteristiche chimiche delle proteine, cioè con 20
amminoacidi diversi, rende queste molecole estremamente
questi polimeri di amminoacidi versatili per svolgere le
funzioni più disparate da quelle enzimatiche a quelle
strutturali.
RNA
Molecola che connette l’informazione che è contenuta nel
DNA e permette la sua traduzione in proteina.
L’RNA a differenza del DNA, è un POLIMERO di ACIDO
RIBONUCLEICO. Cosa significa un polimero di acido
ribonucleico? Mentre il DNA ha uno zucchero con 5 atomi di
carbonio che si chiama DESOSSIRIBOSIO, i nucleotidi dell’RNA
contengono il RIBOSIO.
L’altra differenza chiave tra DNA e RNA è la presenza di una
base azotata specifica per l’RNA, cioè l’URACILE, che
funzionalmente equivale alla TIMINA del DNA. L’URACILE ha le
stesse proprietà chimiche, soprattutto le stesse proprietà di
appaiarsi con basi complementari.
La presenza di un ossidrile (OH) in più, rende la molecola
dell’RNA altamente instabile, cioè l’RNA per funzionare deve
venire continuamente sintetizzata e degradata.
Perché questo? Immaginate che una cellula deve decidere di
sintetizzare delle proteine. Se l’RNA, fosse
estremamente stabile, le proteine che vengono
sintetizzate dal DNA su una copia di RNA, queste molecole
di RNA rimarrebbero nella cellula in maniera indefinita e
sarebbero una specie di ostacolo a far si che la cellula cambi
il repertorio delle sue proteine ad esempio in relazione ad uno
stimolo ambientale.
Quindi, questa caratteristica di instabilità è quello che rende
possibile l’adattamento delle cellule a rapidi cambiamenti
ambientali. Cioè, un GENE viene espresso in determinate
condizioni, cambiano le condizioni, l’RNA copiato dal DNA di
quel gene viene degradato e ne viene sintetizzato un altro
tipo di RNA che sintetizza delle proteine che servono alla
cellula in quel momento preciso. Finita quella funzione,
quelle molecole di RNA verranno degradate, quindi queste
molecole di RNA che chiamiamo come RNA MESSAGGERO,
sono copie usa e getta di un gene. Cioè sono dei messaggi
che vengono inviati nelle cellule eucariote dal nucleo al
citoplasma e permettono alle cellule, per un tempo finito
limitato, di sintetizzare determinate molecole.
Tutto questo RNA viene degradato, se la cellula ha bisogno di
altre molecole uguali di quel polipeptide deve sintetizzare
nuove molecole di RNA. Se invece, cessa la funzione di quel
polipeptide , la molecola non viene più sintetizzata dal RNA ,
ma la proteina sparirà all’interno della cellula.
L’altra caratteristica importante dell’RNA è che
fondamentalmente il DNA è una struttura a doppio
filamento, l’RNA è una struttura a filamento singolo che può
presentare delle zone di appaiamento all’ interno della stessa
molecola, cioè in cui la stessa molecola piegandosi può
formare delle strutture ad ansa, usando le stesse leggi della
complementarietà tra le basi che valgono all’interno del DNA.
L’RNA, è instabile e costituisce il messaggio importante di
connessione tra un linguaggio parlato e scritto nel DNA a un
linguaggio che dev’essere tradotto in proteine.
DOGMA CENTRALE
Abbiamo due importanti processi che riguardano
l’espressione genica:
TRASCRIZIONE: processo in cui una copia di RNA viene
trascritto da un gene. Abbiamo una copia fedele di un gene ,
e i geni possono essere definiti STRUTTURALI quando
generano un RNA MESSAGERO che specifica la sequenza
amminoacidica di un polipeptide .Esistono anche dei geni non
strutturali, ad esempio quando noi parliamo di geni per l’RNA
RIBOSOMIALI, o geni per tRNA parliamo di geni in cui il
prodotto finale del gene non è un polipeptide (come nel caso
dei geni strutturali), ma è l’RNA stesso, cioè non viene
ulteriolmente tradotto. Per indicare questa condizione noi
indichiamo GENI STRUTTURALI quei frammenti di DNA che
generano un RNA messaggero (mRNA), che a sua volta
specificherà la sequenza amminoacidica di un polipeptide.
TRADUZIONE: Processo, tramite cui questa copia di RNA che
noi chiamiamo RNA MESSAGGERO, viene convertito in una
proteina. Questo processo di sintesi avviene a livello di quelle
strutture che noi chiamiamo: RIBOSOMI.
Tra la Trascrizione e la Traduzione, gli organismi eucariotici
(organismi le cui cellule hanno una membrana nucleare, dove
il materiale genetico è separato dal citoplasma) hanno un
processo aggiuntivo che noi chiamiamo MATURAZIONE o
PROCESSAMENTO DELL’RNA, in cui l’RNA MESSAGERO viene
sintetizzato come un precursore più grande , e poi viene
ulteriolmente modificato, cioè vengono tolte delle parti e
aggiunte delle altre perché questo mRNA possa diventare
funzionalmente attivo ed essere tradotto a livello dei
ribosomi.
PICCOLO RIASSUNTO: LA TRASCRIZIONE NEGLI EUCARIOTI
AVVIENE NEL NUCLEO. E PORTA ALLA FORMAZIONE DI UN RNA
MESSAGGERO A PARTIRE DAL DNA. QUINDI UNA COPIA FEDLE DI
UN FRAMMENTO DI DNA.
RNA MESSAGGERO TRASPORTA L’INFORMAZIONE NEL
CITOPLASMA DOVE, SUI RIBOSOMI, AVVIENE IL PROCESSO DI
TRADUZIONE CHE PORTA ALLA PRODUZIONE DELLE PROTEINE.
Se noi dovessimo vedere in un contesto spaziale, all’interno
di una cellula eucariotica, vedremo che la trascrizione porta
alla formazione dell’mRNA, che verrà poi maturato, e
mandato nel Citosol nel citoplasma a dare origine a proteine.
COM’E’ NATO IL CONCETTO TRA GENI , CHE SAPPIAMO OGGI DI
ESSERE DI NATURA DNA, CIOE’ SCRITTI NEGLI ACIDI NUCLEICI
DI DNA E LE PROTEINE ?!
All’inizio del secolo la natura del portatore dell’informazione
genetica non era nota, quindi il primo scienziato in assoluto
a capire ad intuire anche se non a dimostrarlo formalmente
un’interazione tra gene e proteine è stato: Archibald Garrod.
ARCHIBALD GARROD, era un medico che studiava i difetti
metabolici. I difetti metabolici che lui studiava erano alcuni
difetti caratteristici del metabolismo di alcuni amminoacidi in
particolare della FENIL ALANINA. Lui studiava una malattia:
ALAPTONURIA, in cui viene accumulato un livello anomalo di
un composto chiamato ACIDO OMOGENTISICO, che determina
per una ossidazione una colorazione scura delle urine. Quando
il paziente urina, e lascia la sua urina all’aria diventa scura.
ARCHIBALD, è partito dall’idea che quello che mancasse a
questi pazienti fosse un enzima in grado di convertire il
prodotto in un altro prodotto. Gli enzimi ai tempi, anche se
non era un’ipotesi completamente accettata da tutti gli
scienziati, si sapeva che una stretta connessione tra le
proteine e gli enzimi.
Questa malattia veniva trasmessa con eredità di tipo
recessivo ( che sono due soggetti, due copie del gene mutato
secondo le leggi di MENDEL devono essere presenti nel
soggetto perché la malattia si manifesti), e lo scienziato aveva
chiamato questi: ERRORI CONGENITI DEL METABOLISMO.
Lui aveva capito, che tra un qualcosa che era scritto tra i geni
(all’inizio del secolo non era ancora stato determinato che i
geni fossero fatti di DNA) ma un qualcosa di ereditabile e la
mancanza di un enzima.
Questi studi hanno fatto capire come ci fosse una stretta
correlazione tra un enzima e una proteina e un contenuto
scritto nei geni.
Questi studi sono lettera morta fino agli anni 40 in cui BEADLE
e TATUM, hanno rivisitato gli studi di Garrod, e loro studiavano
una muffa del pane: NEUROSPORA CRASSA.
Loro usavano un approccio genetico cioè generavo mutanti.
Negli 40 non era accetta ancora formalmente che il DN fosse
il portatore dell’ informazione genetica, anche si sospettava .
Generare dei mutanti significa trattare degli organismi con dei
raggi x , in modo tale da indurre mutazioni genetiche.
Mutazioni genetiche, sono ereditabili. Quindi si possono
generare dei ceppi difettivi che mentre il ceppo normale di
neurospora riesce a crescere tranquillamente in un terreno
minimo che richiede una fonte di carbonio come lo zucchero,
Sali inorganici e la Biotina, ceppi mutanti chiedevano Arginina.
Quindi i ceppi mutanti non sono capaci di crescere in terreno
normale, a meno che il terreno non venisse supplementato
con Arginina (amminoacido).
Loro hanno isolato 3 classi di mutanti. Il ceppo selvatico
(selvatico in genetica significa normale), riesce a crescere su
un terreno minimo mentre altri 3 ceppi non riescono a
crescere.
Ad esempio il ceppo 1, riesce a crescere se al terreno viene
supplementata l’ORNITINA , CITRULLINA o ARGININA. ( Sono
amminoacidi che derivano l’uno dall’altro per mezzo di
modificazioni di enzimi specifici che convertono ad esempio
l’ornitina in citrullina e la citrullina in Arginina.
Il mutante 2, non era in grado di crescere in presenza di
ornitina ma in presenza Citrullina e Arginina si.
Il mutante 3, richiedeva la presenza esclusiva di Arginina, ma
non cresceva in presenza di ornitina e citrullina.
Loro analizzando queste differenze di comportamento, hanno
postulato che quello che mancasse nei ceppi mutanti, fossero
gli enzimi necessari per convertire ad esempio l’ornitina in
citrullina, e citrullina l’arginina. Quindi loro hanno sviluppato
ipotesi, quei geni che erano modificati nei ceppi mutanti; loro
avevano fatto esprimenti con raggi x, in modo da utilizzare
una dose cosi bassa che statisticamente non è possibile avere
più di una mutazione per ogni ceppo mutante. Quindi se un
unico gene è cambiato in ogni singolo categoria di mutanti ,
doveva esserci una sequenza che porta alla sintesi
dell’ARGINIA.

Loro quello che hanno ipotizzato è che un gene, frammento

di DNA codificasse per un enzima, in altre parole una
proteina specializzata.
Ora sappiamo che gli enzimi sono solo una parte delle
proteine della cellula, quindi un’ipotesi un gene- un enzima
(formulata da loro) è stata convertita in TEORIA UN GENE-UN
POLIPEPTIDE.
ESEMPIO: EMOGLOBINA è formata da 4 catene polipeptidiche
2 a 2 uguali, quindi è più corretto dire che un gene codifica
per un polipeptide singolo e non per una proteina o per un
enzima generale.
Una cosa molto importante emersa negli anni 2000 quando si
è decifrato il PROGGETTO GENOMA,(dove è stato sequenziato
lo stesso genoma umano) è che solo una piccola parte del
nostro patrimonio genetico , il nostro GENOMA è formato da
3 miliardi di paia di basi, di coppie di nucleotidi di DNA, è
trascritto in mRNa. Il 2% rappresenta circa il 2% del DNA
totale del Genoma e questo 2% contiene circa 25.000 geni
codificanti per polipeptidi.
Una grande parte di questo patrimonio genetico che noi
abbiamo, o non è trascritto(sequenze regolatorie), o codifica
solo prodotti a RNA che non daranno origine a proteine.
Concetti fino ad ora:
I geni sono, un frammento di DNA, che contengono
l’informazione per generare una proteina. Questi geni la quale
azione è necessaria per indirizzare la sintesi delle proteine sono
geni strutturali.
Geni non strutturali, sono geni che codificano l’RNA
RIBOSOMIALI o tRNA , in quanto non codificano per polipeptidi.
I polipeptidi a loro volta sono unità funzionali della proteina,
e l’attività delle proteine determinano la funzione della
cellula, quindi anche i suoi tratti genetici: FENOTIPO DELLA
CELLULA, cioè manifestazione apparente che si può notare in
un organismo o in una cellula è conducibile a differenze
molecolari, che si trovano nelle molecole delle cellule.
PROCESSO ESPRESSIONE GENICA
NEI PROCARIOTI:
Il processo dell’espressione genica è diverso, e più semplice
negli organismi procarioti come le cellule batteriche.
In una cellula batterica, dove il DNA, il materiale genetico
non è fisicamente separato dal citoplasma da una membrana,
viene trascritto l’mRNA a partire dal DNA , e quando è in
parte in corso di trascrizione, questo RNA entra nei ribosomi
ed inizia a generare polipeptidi.
Nei batteri il processo di trascrizione e traduzione è
strettamente accoppiato, perché non esiste una separazione
fisica tra compartimenti cellulari che consenta di fare questo
processo in 2 tappe.
NEGLI EUCARIOTI:
Negli eucarioti invece, questo processo è più complesso.
L’RNA viene trascritto dal DNA, e deve maturare; cioè deve
venire prima trascritto in una copia identica a quella che si
trova nel DNA, poi questa copia di RNA che si chiama : pre-
mRNA (che contiene tutte le sequenze presenti sul DNA),
devono essere eliminate delle parti, e deve maturare, subire
delle ulteriori modificazioni per poter essere esportata dal
nucleo e raggiungere i ribosomi dove verrà tradotto.
TRASCRIZIONE:
(trascrizione dei geni codificanti=STRUTTURALI)
Il processo di trascrizione, è il processo in cui viene
sintetizzato RNA MESSAGGERO.
Noi nel DNA, abbiamo una doppia elica che è rappresentata
da due filamenti. Di questi 2 filamenti, l’RNA MESSAGERO
viene sintetizzato solo su uno solo dei due filamenti. Il
filamento che viene copiato in mRNA è il filamento
CODIFICANTE, il quale viene sintetizzato sullo stampo
dell’altro filamento complementare, usando sempre le regole
dell’appaiamento della complementarietà dei nucleotidi.
Nel filamento codificante, ATG è replicato nel filamento di
mRNA come AUG, perché la T corrisponde ad una U
funzionalmente nell’mRNA. e questa AUG viene copiato a
partire dallo stampo fornito dal filamento inferiore che funge
da stampo (codificante), l’mRNA è una copia del filamento
codificante che viene sintetizzato sul filamento stampo.

Il gene non è semplicemente una quantità di nucleotidi che

portano solo l’informazione per la sintesi di una proteina,
esistono altre zone del gene importanti per determinare la
sua trascrizione.
È UN’UNITA’ ORGANIZZATA DI SEQUENZE, NON E’
SEMPLICEMENTE UN FILAMENTO DI DNA CODIFICANTE.
STRUTTURA DEL GENE:
Abbiamo una zona trascritta, e due regioni chiamate:
PROMOTORI, e TERMINATORI (zone non trascritte).
Il PROMOTORE fa parte del gene, ma non viene copiato ed E’
LA ZONA IN CUI L’ENZIMA CHE SINTETIZZA L’mRNA
CHIAMATO RNA POLIMERASI, CONTATTA IL DNA PER INIZIARE A
COPIARE UNO DEI DUE FILAMENTI.
Zona dove l’RNA POLIMERASI contatta il DNA , si chiama
PROMOTORE.
Esistono a monte a valle del promotore, delle sequenze
regolatrici (molto più abbondanti a monte), che sono
sequenze sul DNA che servono ad innercare o a fare diminuire
il processo.
Il TERMINATORE E’ UN SEGNALE PRESENTE SUL DNA CHE
INDICA LA FINE ALLA RNA POLIMERASI DOVE DEVE
INTERROMPERE LA COPIATURA DELL’mRNA.
PICCOLO PREAMBOLO:
L’inizio della Trascrizione coincide con il fatto che la RNA
POLIMERASI contatta il PROMOTORE. Il promotore è situato
prima dell’inizio della trascrizione. Per separare le due eliche
mentre la RNA POLIMERAISI, non ha bisogno della DNA
ELICASI come nel DNA , ma fa tutto da se, cioè nella zona del
promotore esistono sequenze più ricche in coppie di basi AT
(che sono meno stabili dal punto di legame di CG, perché AT
formano 2 legami H , mentre CG formano 3 legami H), non a
caso le zono del promotore sono AT in modo tale che l’RNA
POLIMERASI , una volta contattata questa sequenza può
iniziare a separare le due eliche.
Quando l’RNA POLIMERASI inizia a separare le due eliche,
inizia a copiare uno dei due filamenti. Il filamento che inizia
a copiare, viene dettato dalla sequenza del promotore e ad
un certo punto questo filamento viene sintetizzato in
maniera crescente. Abbiamo una BOLLA DI TRASCRIZIONE, (più
piccola rispetto a quella vista nel DNA), tende a chiudersi
quando passa la molecola di RNA POLIMERASI. L’RNA
POLIMERASI scorre usando il filamento stampo, aggiungendo
nucleotidi in direzione di sintesi 5’-3’, anche l’RNA
POLIMERASI sintetizza le catene in direzione 5’-3’. A
differenza della DNA POLIMERASI , l’RNA POLIMERASI non ha
bisogno di un PRIMER, ma inizia a copiare direttamente la
catena da stampo. Muovendosi l’RNA POLIMERASI lungo il
filamento, continua a separare le 2 eliche e l’RNA che sta
sintetizzando viene allungato dall’ aggiunta di nuovi
nucleotidi, fino a che non si raggiunge una sequenza di
terminazione dove l’RNA POLIMERASI si stacca dal doppio
filamento e il trascritto di RNA completato viene a staccarsi.
INIZIO: L’RNA POLIMERASI riconosce la sequenza ricca di AT
chiamata : TATAbox, ad un certo punto scandaglia il DNA fino
a quando non trova una sequenza TATA. Nei batteri
(scandaglia), una proteina : FATTORE SIGMA, che riconosce
questa TATAbox. Questo fattore Sigma, riconosce la TATAbox,
porta l’RNA POLIMERASI in sede del promotore la quale si
stacca, permettendo l’avvio della trascrizione.
La struttura della TATAbox segnala che l’RNA POLIMERASI
inizierà a copiare circa 25 nucleotidi più a valle. Questa
sequenza della TATAbox sia nei procarioti che negli eucarioti
non verrà copiata sul filamento di mRNA, ma segnala che da
li RNA POLIMERASI inizierà a copiare il filamento stampo
facendo una copia fedele del filamento codificante.
Negli eucarioti esistono proteine multiple che servono a
riconoscere questa TATAbox che si chiamano: FATTORI
GENERALI DI TRASCRIZIONE.
ALLUNGAMENTO: L’RNA POLIMERASI sintetizza RNA dopo il
rilascio del FATTORE SIGMA. La bolla di trascrizione
(frammento dove e due eliche sono separate e può essere
lunga 10-15 paia di basi), si sposta nella direzione della
trascrizione e l’RNA viene sintetizzato da 5’-3’, e quando è
passato l’RNA POLIMERASI , le due eliche aperte del DNA si
avvolgono e riformano una struttura a doppia elica.
RNA POLIMERASI che negli eucarioti funge da principale
responsabile della trascrizione degli mRNA è la molecola che
si chiama : RNA POLIMERASI II, (MENTRE POLIMERASI I E
III,SERVONO PER TRASCRIVERE RNA RIBOSOMIALI O RNA DI
TRASFERIMENTO).
Nei procarioti, abbiamo un unico tipo di RNA POLIMERASI.
TERMINAZIONE: RNA POLIMERASI raggiunge la sequenza di
terminazione (AAUAAA) a valle di 10-35 nucleotidi , il
trascritto si dissocia , la POLIMERASI si stacca e il processo
termina.
TRASCRIZIONE NEI PROCARIOTI
TRASCRIZIONE NEGLI EUCARIOTI: Ha delle regole più
complesse, pur mantendo le stesse caratteristiche di bse
come la specializzazione dell’RNA POLIMERASI , e la presenza
di un gruppo di proteine multiple importanti : FATTORI DI
TRASCRIZIONE.

PICCOLA CONSIDERAZIONE:
I geni sul DNA, non sono tutti orientati nello stesso modo, un
gene si comporta in modo indipendente rispetto all’altro.
Qui abbiamo 3 geni: GENE A, GENE B, GENE C.
Il GENE A, ha il promotore sulla sinistra e quindi il filamento
stampo, che servirà per la sintesi di una copia del filamento
codificante, andrà da sinistra a destra così come nel GENE B.
Un gene non ha necessariamente il filamento stampo e il
filamento codificante orientati tutti allo stesso modo, in
alcuni casi può avere il promotore situato a destra e viene
tutto rovesciato, quindi il filamneto stampo sarebbe quello
orientato in questa maniera ma l’RNA POLIMERASI farà la
copia dell’altro filamento, il filamento stampo in questo caso
funge quello che negli altri due geni fungeva da filamento
codificante.
La direzione del filamento sul DNA è la stessa, però quello
che in un gene può essere codificante , nell’altro gene può
fungere da filamento stampo.
mRNA PROCARIOTICI ED EUCARIOTICI:
Gli mRNA batterici, contengono spesso l’ informazione per
fare più di una proteina; e questa informazione viene
trascritta sulla stessa molecola di RNA, parliamo quindi di :
mRNA TRASCRITTO o POLICISTRONICO.
Gli mRNA eucariotici , indica la sintesi di una sola catena
proteine , si definiscono : MONOCISTRONICI.
Inoltre hanno due modificazioni l’uno all’estremità 5’ del RNA
e l’altro a 3’ che mancano negli RNA batterici. Il primo è il
cosidetto : CAPPUCCIO, che è un nucleotide modificato
aggiunto all’ estremità 5’ del mRNA e l’altra è una CODA di
ADENINE, cosidetta : POLI A.
I processi di trascrizione e traduzione non sono strettamente
accoppiate come nei batteri ma i due processi sono
temporalmente e spazialmente separati dalla presenza della
membrana nucleare e dalla necessità che si instaurino
meccanismi di modificazione dell’RNA permettendo che poi
venga tradotto nel citoplasma. Le fasi di TRASCRIZONE
AVVENGONO NEL NUCLEO. TRADUZIONE AVVENGONO NEL
CITOPLASMA.

GENI EUCARIOTICI E PROCARIOTICI:

Negli eucarioti i geni sono organizzati in maniera
discontinua, cioè le parti codificanti sono inframmazzate da
delle parti non codificanti. Le parti codificanti prendono il
nome di : ESONI ,le parti non codificanti : INTRONI.
Gli esoni, devono essere cuciti inesieme ed eliminati tutte le
zone introniche , per far sì che l’mRNA sia una molecola
lineare di sequenze codificanti continue. Il processo Di
eliminazioni delle zone introniche prende il nome di SPLICING,
avviene su una copia di RNA che viene trascritto come PRE-
mRNA.
ENTRONI ED ESONI SONO PRESENTI SUL DNA E SIA SUL
TRASCRITTO PRIMARIO. ESONI RIMARRANNO SOLO SUL
TRASCRITTO MATURO , GLI INTRONI VERRANNO ELIMINATI
DALLA MOLECOLA DI PRE- mRNA , ATTRAVERSO IL PROCESSO DI
SPLICING.
I procarioti non hanno lo splicing, il processo di trascrizione,
così come la molecola viene trascritta viene tradotta subito.
INTRONI SONO SEQUENZE PRESENTI NEL DNA EUCARIOTICO ,
VENGONO TRASCRITTI MA NON TRADOTTI.
ESONI SARANNO SEQUENZE CODIFICANTI CHE SI TROVERANNO
SUL RNA MATURO.
PROCESSAMENTO (MATURAZIONE) DEI mRNA EUCARIOTICI:
Molecola eucariotica dove introne ed esone del DNA, viene
copiata su una molecola di PRE.mRNA.
Il processo di maturazione porta ad un unico segmento
codificante continuo, a cui sono stati eliminati sequenze
introniche.
Anche in un mRNA maturo non è fatto unicamente di
sequenze codificanti esistono anche delle zone all’estremità
5’ o all’estremità 3’, che non sono codificanti cioè non
vengono subito tradotte in amminoacidi, ma hanno delle
funzioni importanti, come stabilizzare le molecole di RNA e
facilitare il riconoscimento delle molecole di RNA da tradurre
da parte dei ribosomi.
L’mRNA eucariotico viene trascritto, ma non può essere
tradotto così come viene trascritto , ma deve seguire 3
eventi di maturazione (assenti nei mRNA procariotici) :
1) INCAPPUCCIAMENTO cioè addizione al 5’di un nucleotide
modificato.
2) POLIADENILAZIONE , cioè aggiunda di code di poliadenine
3) SPLICING .

INTRONI…
Possono essere moltissimi. Possono esserci anche geni
giganti come la molecola della DISTROFINA, gene la cui
mutazione porta alla DISTROFIA MUSCOLARE, ha ben 79
esoni e 78 introni.
Gli introni possono essere trovati raramente in alcuni RNA
procariotici.
Gli introni vengono rimossi dal PRE-mRNA eucariotico,
tramite un complesso : SPLICEOSOMA, formato a sua volta
da piccoli RNA e proteine. Questi complessi di
ribonucleoproteine nucleari venfono definiti : snRNPs.
COME FUNZIONA LO SPLICING?
La cosa più importante riconoscere in estrema precisione
le due estremità degli esoni. Gli esoni devono essere cuciti
insieme in modo preciso al nucleotide singolo, e se
dovessivo sbagliare introduremmo delle modificazioni che
impediscono la traducibilità della proteina che verrebbe
sintetizzata su questi mRNA.
Quindi le proteine snRNPs, riconoscono sequenze al confine
tra esone 1 e esone 2, anche delle altre sequenze sono
presenti in mezzo all’introne, riescono a far piegare ad
ansa .
COME RICONOSCONO QUESTE SEQUENZE ? Le interazioni
mediate dagli acidi nucleici avvengono per appaimento di
basi. Una zona dell’ RNA che compone le snRNPs,
riconoscerà una sequenza della giunzione tra il primo
esone e l’introne, l’altro snRNPs riconoscerà la zona che
dev’essere tagliata via,si forma una specie di cappio, dove
un introne viene ripiegato su se stesso e ricucito, viene
eseguito un taglio.
Abbiamo una subunità che si lega alla sito 5’, una subunità
che si lega alla sequenza che si chiama sito di attacco
contenuto verso la metà di un introne, e le prime due
interazioni avvengono tra questo sito di 5’ e questo sito di
attacco. Si ha poi il ripiegamento di altri complessi di
ribonucleoproteine che si legano , ripiegano questa
molecola, fino a formare un’ansa, quest’ansa viene
eliminata in 2 tempi; si stacca dall’estremità di giunzione
e viene cucita la zona tra esone 1 ed esone 2.

PERCHE’ LE CELLULE EUCARIOTICHE DEVONO FARE TUTTO

QUESTA COSA ? NON E’ COMPLICARSI UN PO’ TROPPO LA VITA
, NEL TAGLIARE DEI PEZZI CHE POI DEVONO ESSERERE
ELIMINATI? Questo tagliare dei pezzi che devono essere
eliminati, ha un vantaggio. Se noi vediamo un gene
formato da 3 esoni,in realtà nello stesso gene noi possiamo
far avvenire quello che si chiama : SLICING ALTERNATIVO.
Cioè lo splicing, non necessariamente deve includere tutti
gli esoni, ma ad alcune volte avviene per far cucine l’esone
1 all’esone 3 e viene eliminato l’esone 2. COSA SUCCEDE
QUANDO SUCCEDE QUESTO? Si formano delle proteine
diverse, che includono o escludono determinate sequenze
codificanti. Così facendo, all’interno di un singolo gene ,
possiamo modulando le capacità di cucire insieme le sue
parti, generare molte più proteine di quante non potremmo
generare se noi dovessimo avere un gene per ogni
polipeptide che noi dobbiamo generare , l’informazine
 genetica sarebbe molto più pesante , facendo molta più
fatica a copiare questo DNA e avendo la maggior
possibilità di introdurre errori nella copiatura; limitando le
dimensioni dei geni , organizzando in zone esone e introne.
Con lo splicin alternativo, aumentiamo di formare prodotti
polipetidici diversi a partire dallo stesso gene.

ALTRE DUE MODIFICAZIONI DEI GENI EUCARIOTICI:

INCAPPUCCIAMNETO E POLIADENILAZIONE.
CAPPUCCIO 5’ (CAP) : E’ presentato da un nucleotide
modificato che si chiama : 7METILGUANOSINA, che è
attaccato in modo covalente all’estremità 5’ terminale
dell’mRNA. QUìuesta modificazione è importante sia per
permettere all’mRNA maturo di uscire dal nucleo e sia ache
una volta nel citoplasma in modo che questo trascritto sia
riconosciuto nel ribosoma.
CODA DI POLI A 3’: E’ una sequenza di 100-200 nucleotidi di
Adenina aggiunti all’estremità 3’ terminale dell’mRNA.
Questo aiuta anche l’uscita del RNA dal nucleo e aumenta la
stabilità nel citoplasma. L’RNA deprivati da questi 100-200
nucleotidi di Adenina hanno una durata di vita molto breve
nel citoplasma. Il messagio dell’mRNA è un messaggio a
tempo che poi viene distrutto, e un modo per essere
distrutto è quello di accorciare, eliminare i 100-200
nucleotidi che sporgono dall’estremità 3’, l’RNA viene poi
degradato. Mentre se sono presenti questi nucleotidi, la
molecola di RNA è più stabile e può essere espressa e
tradotta in proteine per un tempo maggiore.
L’altra caratteristica della CODA e del CAPPUCCIO, è che non
sono codificate nella sequenza genica ma sono eventi che
vengono successivamente alla trascrizione.
COSA DA RICORDARE: La coda di poli-A, è una sequenza che
viene aggiunta successivamente ad una sequenza segnale
presente nel trascritto, cioè la molecola di RNA contiene alla
sua estremità il trimo terminale di sequenza AAUAAA, viene
tagliata e aggiunta una polimerasi specifica, in grado di
aggiungere sequenze di ADENINA senza necessità di avere
uno start, aggiunge queste code di poli-A a seguito di un
taglio operato a valle di questa sequenza.
ENTRAMBE QUESTE MODIFICAZIONI SONO IMPORTANTI PER
STABILIZZARE RNA E RENDERLI TRADUCIBILI, ALLUNGANDO LA
LORO VITA MEDIA.

TERMINOLOGIA FONDAMENTALE PER LA COMPRENSIONE:

TRADUZIONE: processo che porta alla conversione di un
messaggio scritto di nucleotidi in una molecola che è
polimero di amminoacidi. COME FA UN LINGUAGGIO IN
NUCLEOTIDI AD ESSERE CONVERTITO IN UN LINGUAGGIO
AMMINOACIDI? E’ QUELLO CHE COSTITUISCE IL VERO E
PROPRIO MECCANISMO CHE PERMETTE LA DECIFRAZIONE DI
UN MESSAGGIO DI NUCLEOTIDI IN UNA SEQUENZA DI
AMMINOACIDI E’ QUELLO CHE NOI CHIAMIAMO: CODICE
GENETICO, CIOE’ UNA SERIE DI SEGNALI FORMATI DA 3
NUCLEOTIDI, 3 BASI AZOTATE DIVERSE CHE COSTITUISCONO
L’UNITA’ D’INFORMAZIONE CHE E’ RAPPRESENTATA DAL
CODONE. QUESTI CODONI SPECIFICANO GLI AMMINOACIDI,
CIOE’ DICONO NELLA SEQUENZA DEGLI mRNA QUALI SONO GLI
AMMINOACIDI E SEGNALANO L’INIZIO E LA FINE DI UNA CATENA
POLIPEPTIDICA.
L’INSIEME DEI CODONI , RAPPRESENTA: CODICE GENETICO.
IL PROCESSO DI TRADUZIONE PORTA ALLA SINTESI DI UNA
CATENA DI AMMINOACIDI LEGATI TRA DI LORO DA LEGAMI
PEPTIDICI, QUINDI ALLA FORMAZIONE DI UN POLIPEPTIDE.
DISTINZIONE TRA PATRIMONIO GENETICO E CODICE GENETICO:
CODICE GENETICO: l’insieme delle regole che permettono la
traduzione di un linguaggio di nucleotidi in un linguaggio in
amminoacidi di traduzione. In modo da inserire l’amminoacido
corretto nella sequenza corretta all’interno di una proteina.
PATRIMONIO GENETICO O GENOMA: è l’insieme
dell’informazione genetica, contenuto nei cromosomi nel nostro
DNA.

Il codice genetico contiene i codoni di inizio e di fine , che

permettono di segnalare al macchinario che deve formare
proteine, dove iniziare e dove interrompersi ed è quello
definito : DEGENERATO, oppure RIDONDANTE.
DEGENERATO: significa più di un codone può indicare lo
stesso amminoacido.
COME SI E’ SVILUPPATO IL CONCETTO DI CODICE GENETICO? Se
un nucleotide dovesse corrispondere ad un amminoacido
diverso noi potremmo usare unicamente 4 amminoacidi( cosa
che non è possibile). Se noi dovessimo usare delle
combinzaioni di 2 basi come simboli per indicare tutti i 20
possbili a.a, noi avremmo solo 16 combinazioni possibili.
Invece il gruppo di 3 basi , gruppo usato dalla natura di un
codone, mi permette 64 combinzaioni diverse per indicare 20
oggetti diversi.
Quindi se noi abbiamo 64 modi di dire per indicare 20 oggetti,
alcuni di questi modi di dire indicheranno lo stesso oggetto e
DEGENERAZIONE o RIDONDANZA, in cui il numero di
combinazioni superiori a 20 è specificato, in cui gli a.a sono
specificati da più nucleotidi.

CODICE GENETICO IN TABELLA:

Se noi consideriamo in questo caso, la FENILALANINA, è
indicta per esempio dalla tripletta UUU, UUC cioè entrambi
questi 3 gruppi di nucleotidi vengono letti dai ribosomi e
interpretati come Fenilalanina.
La LEUCINA , ha 4 modi alternativi di dire.
Esistono a.a come l’ARGININA, che ha 6 modi diversi di essere
indicata.
Questa ridondanza, presenza di sinonimi del codice permette
un enorme vantaggio da un punto di vista evolutivo.
Permette un vanataggio per le cellule, cioè se immagginiamo
errori durante la replicazione del DNA, ovvero la DNA
POLIMERASI , quando il DNA viene copiato , inserisce una
lettera sbagliata, succede che soprattutto a livello della 3
base (porzioni più varianti dei codoni), cioè se noi abbiamo
una sostituzione di una A in una G l’a.a non cambia, quindi
potrebbe sembrare un meccanismo dove ci sono tanti modi di
dire la stessa cosa, ma questo meccanismo ci protegge
tantissimo da errori di replicazione e soprattutto da mutazioni
che colpiscono la 3 base del codone,hanno l’effetto che potrebbe
essere mutazioni in qunto il nucleotide viene sostituito, quello
che viene etto : MUTAZIONE SILENTE, cioè una mutazione che
non cambia il contenuto di nucleotide rispetto al significato
della molecola,non cambia la sequenza della proteina.
IL CONCETTO DI CORNICE DI LAVORO:
Il codice genetico abbiamo detto che è in una sequenza di
gruppi di tre basi, situate sulle molecole di mRNA, che devono
essere convertite in proteine nel processo che noi chiamiamo
TRADUZIONE.
Abbiamo due tipologie di segnali: in particolare il segnale AUG
è il segnale che corrisponde all’aminoacido metionina che
generalmente corrisponde anche al codone d'inizio.
La presenza del codone AUG è quello che segnala al ribosoma
che deve iniziare a tradurre quella molecola di mRNA, oltre a
questo abbiamo tre segnali:
 che si chiamano UAA, UAG, UGA che non corrispondono a
nessun aminoacido e sono quindi definiti codoni di stop
(hanno il valore funzionale di un punto), cioè indicano al
ribosoma dove finire la sintesi della proteina.
QUINDI IL RIBOSOMA COME FA A SAPERE DOVE PORRE IL PRIMO
A.A ? Il ribosoma scandaglia la sequenza di nucleotidi
sull’mRNA finché non trova un segnale AUG in quel segnale
AUG sà che deve muovere il primo amminoacido e,
utilizzando quel codone AUG, come primo amminoacido
impone anche la cornice di lettura, cioè il codice viene
letto in maniera non sovrapposta e quindi il codice genetico,
oltre a essere ridondante, non può essere letto in modo
sovrapposto quindi dove c'è una AUG può essere solo letto in
quella particolare cornice di lettura cioè la sequenza in cui le
triplette devono essere lette.
Se noi aggiungiamo una semplice lettera come una U davanti
a AUG noi spostiamo la cosiddetta cornice di lettura.
COSA SIGNIFICA? Se noi avessimo una mutazione che
aggiunge un singolo nucleotide a valle di quella mutazione
noi cambieremo completamente la cornice di Lettura, anche
se i nucleotidi a valle non sono cambiati.
COSA SIGNIFICA? Siccome una griglia per leggere gli
aminoacidi va di 3 in 3, se né aggiungo uno, sposto
completamente la griglia, quindi è importante
ricordare che la metionina definisce l'inizio della trascrizione e
impone anche la cornice di lettura che verrà utilizzata dal
ribosoma per interpretare le altre triplette avanti.
Se noi abbiamo mutazioni che colpiscono la sequenza del
DNA che vengono riportate su una sequenza di RNA che
inseriscono una lettera, cioè un nucleotide, oppure ne
tolgono 1 o nè inserisco 2 o né tolgo 2, noi spostiamo quella
che viene definita la cornice di lettura.
Quindi abbiamo il codone che è costituito da triplette.
ALTRE PROPRIETA’ DEL CODICE GENETICO:
Il fatto che il codice genetico è UNIVERSALE, vuole dire che
vale per tutto il regno vivente. Rappresenta, Il fatto che noi
possiamo far sintetizzare dell'insulina a dei batteri,
cosa che ultimamente si fa per produrre una grande quantità
di insulina umana, significa che i batteri usano lo stesso
codice.
COSA FACCIAMO PER QUESTO? Noi prendiamo un pezzo di DNA
umano lo mettiamo in un vettore che può essere compatibile
con la sua presenza dei propri batteri e facciamo fare a dai
batteri l'insulina umana quindi, da un punto di
vista tecnologico, il fatto che il codice genetico sia parlato
universalmente da tutte le specie (salvo alcune eccezioni
come nei mitocondri dove abbiamo alcune piccole variazioni
del codice genetico) e quindi che la maggior parte degli
organismi viventi usa esattamente lo stesso linguaggio per
indicare gli stessi aminoacidi mi permette anche l'utilizzo di
questi microrganismi ad esempio per fare dei lavori.
Se i microrganismi parlassero un linguaggio diverso noi non
potremmo fare usare un pezzo di DNA per esprimere una
proteina umana all'interno di batteri.
QUALI SONO I MECCANISMI CHE PERMETTONO DI TRADURRE
FISICAMENTE UN LINGUAGGIO IN NUCLEOTIDI IN UN
LINGUAGGIO IN A.A?
Abbiamo un modo per indicare i nucleotidi in gruppi di 3
che traducono un aminoacido ma qual è la connessione fisica?
Qual è il meccanismo che ti permette di fatto di tradurre
questo linguaggio in nucleotidi in linguaggio di aminoacidi?
Questo meccanismo è reso possibile dalla presenza di altri
tipi di RNA abbiamo visto quindi l’RNA Messaggero è quello
che rappresenta una copia fisica del gene su cui è scritta la
sequenza degli amminoacidi. Abbiamo la proteina con la sua
sequenza di aminoacidi adesso e dobbiamo, tramite un
macchinario specifico, il macchinario della traduzione,
trovare un modo di convertire questi codoni in aminoacidi.
COME FAREMO A FARE QUESTO? E altre due grandi categorie :
sono gli RNA di trasferimento:
o tRNA e l’RNA ribosomiale che partecipa alla formazione dei
ribosomi.
I tRNA sono RNA cosiddetti transfer perché la loro struttura è
una molecola a singolo filamento ripiegata su sé stesso che
in una zona particolare della sequenza di questo singolo
filamento porta una tripletta che identificata come
anticodone, questa tripletta, in altre parole, non è nient'altro
che una zona della molecola che, usando sempre le stesse
regole di complementarietà tra gli acidi nucleici, mi
permette di fare legare quel tRNA specifico in corrispondenza
del codone di interesse.
QUESTO DOVE AVVIENE ? Non avviene in campo libero ma
avviene su delle strutture molecolari specifiche che si
chiamano RIBOSOMI, necessarie per la sintesi degli
aminoacidi.
Gli aminoacidi sono 20, e la sintesi proteica è
caratterizzata dalla formazione di legami peptidici che è la
formazione di un legame covalente tra il gruppo carbossilico di
un amminoacido e il gruppo amminico dell'altro aminoacido
giustapposto, questo legame, che dal punto di vista chimico è
un legame ammidico, è quello che noi a livello degli
aminoacidi chiamiamo legame peptidico.
Tra l'altro una cosa interessante è che le reazioni
biochimiche richiedono la presenza di enzimi catalizzatori
ma in realtà la funzione catalizzatrice all'interno del
ribosoma, responsabile della formazione del legame peptidico,
non è della componente proteica del ribosoma ma è lo stesso
RNA ribosomiale, cioè in altre parole l’RNA
ribosomiale si comporta come una molecola catalitica infatti
gli RNA dotati di questa capacità di catalizzare le reazioni,
vengono definiti RIBOZIMI che è all’interno di un ribosoma,
catalizzano la formazione del legame.
PICCOLO RIASSUNTO DELLE COSE VISTE FIN QUI:
IL codice genetico è universale cioè viene parlato, in un
batterio in un cerbiatto in un uomo o in una mosca, usando
lo stesso codice per sintetizzare gli aminoacidi.
Abbiamo visto che è degenerato o ridondante.
Viene letto una tripletta alla volta, cioè non è sovrapposto e
una volta stabilito l’inizio della lettura questo codice viene
letto utilizzando il primo codone e viene identificato,
successivamente di lì si sposta a gruppi di tre lettere in tre
lettere fino a che non troveremo dei codoni che indicano lo
STOP.
Per tornare alle molecole implicate nella traduzione, abbiamo
circa 60 tRNA che sono in grado di riconoscere diversi codoni
e in una zona della sua molecola questo trna contiene un
anticodone, quindi in una zona della molecola questo tRNA
contiene una sequenza di tre nucleotidi che si chiama
ANTICODONE.
Poi la molecola forma delle strutture a doppio filamento
parziale ripiegandosi su se stessa all'estremità 3’ del
filamento di tRNA , ogni tRNA possiede un anticodone diverso
che ha la capacità di legare sul mRNA un codone che è
specificato da quei nucleotidi complementari.
Non esistono anticodoni per i segnali di stop. Il codice
genetico ha un repertorio di tRNA complementari alle
triplette del codice genetico a livello del loro anticodone.
L’mRNA si chiama così in quanto all'estremità 3’ riesce a
legare un amminoacido.
COME FA A LEGARE UN A.A? Cosa deve succedere per rendere
fedele il meccanismo di riconoscimento tra aminoacido da una
parte e codone dall'altra parte?
L'aminoacido viene legato all'estremità del 3’, fisicamente
viene portato dal tRNA, e deve essere quello il cui codone è
complementare all'anticodone.
Chi è che fa questo lavoro di fino, di selezionare gli
aminoacidi in
modo tale che solo gli aminoacidi in cui l’anticodone è
complementare
al codone che codifica l’aminoacido sia legato al tRNA?
Sono enzimi che si chiamano AMINOACIL RNA SINTETASI i e
sono un gruppo di 20 enzimi circa che riconoscono
specificamente la sequenza dell'anticodone sul tRNA
corrispondente e riescono a legare all'estremità opposta
l'aminoacido corretto. Quindi questa reazione
avviene in due tempi.
Questo è stato definito come il secondo codice genetico
perché ha un livello di specificità molto elevato, richiesto per
il legame e anche per la traduzione corretta dei messaggi
contenuti all'interno degli RNA.
L'aminoacil RNA sintetasi riesce a connettere un
amminoacido (solo quel tipo di amminoacido) e riconoscere
tra i vari tRNA solo quelli che portano l'anticodone
compatibile con il codone che specifica quel amminoacido e
tramite l'utilizzo di una molecola di ATP riesce a legare
covalentemente l'aminoacido all'estremità 3’ della molecola,
in questo modo il tRNA è stato “caricato” legato
covalentemente con il tRNA che specifica l'anticodone in
grado di legarsi all’anticodone dell’amminoacido
corrispondente.
STADI DELLA TRADUZIONE:
Così come avviene nella trascrizione anche nella traduzione
si possono identificare tre momenti funzionali:
INIZIO: in cui è importante che l’RNA messaggero venga
riconosciuto dal ribosoma.
ALLUNGAMENTO: in cui l’iniziale catena polipeptidica formata
viene allungata fino ad arrivare al codone di stop in cui si ha
il processo di terminazione.
TERMINAZIONE: la dissociazione dal ribosoma in modo tale
che il ribosoma può iniziare a sintetizzare nuove molecole.
PROCESSO IN SEQUENZA:
Noi abbiamo un ribosoma che è composto da due subunità ed
è quella particella ribonucleoproteica composto in parte da
proteine e in parte da RNA ribosomiali specifici. Esistono 3-4
tipi di RNA ribosomiali che vengono montati insieme alle
proteine in due distinte subunità .
Generalmente, il ribosoma formato da due subunità è il
ribosoma maturo, in questa forma, esiste solo quando il
ribosoma è in fase di attiva traduzione.
Quindi le due subunità insieme si ritrovano solo quando c'è
una molecola di mRNA da tradurre
Cosa significa? In genere sia nei batteri che negli eucarioti,
anche se avvengono con meccanismi lievemente diversi, la
subunità minore ribosomiale riconosce una sequenza
specifica vicino all'estremità 5’ dell mRNA da tradurre quando
avviene questo riconoscimento la subunità maggiore che
porta il primo tRNA (nel 99% dei casi una metionina) viene a
contatto con la subunità minore e si forma un legame tra il
Trna iniziatore e il codone d'inizio di quella famosa sequenza
AUG. Tramite l'anticodone complementare del tRNA si ha
anche l’assemblaggio del ribosoma attivo. Il ribosoma ha
diversi siti funzionali, il sito centrale si chiama sito P quello
da cui si accresce la catena polipeptidica. Nel sito A nuovi
aminoacidi portati dalle molecole di tRNA entrano nel
ribosoma e legano la molecola di RNA messaggero laddove il
tRNA porti sul suo anticodone una sequenza complementare
a quella del codone sul tRNA, poi avviene un palleggiamento
di questi due tRNA tra sito A e sito B e la catena di
polipeptidi verrà allungata. I tRNA che avranno portato il loro
aminoacido e legato alla catena polipeptidica nascente,
usciranno dal sito E, che in inglese prende il nome di sito exit.
Finito questo processo di allungamento si troverà un codone
di stop che causerà il distacco del complesso, questo
processo è uno dei processi che richiede il maggior consumo
di energia all'interno di una cellula e in particolare l'energia
che viene usata direttamente è l'energia del GTP generato a
partire dall’ATP. Quindi in ultima analisi la sintesi proteica
richiede un grande consumo di ATP.
DIFFERENZE DEL PROCESSO TRA BATTERI ED EUCARIOTI:
I batteri non presentano l’incappucciamento ma hanno una
sequenza che lega il ribosoma. Gli acidi nucleici si
riconoscono tra di loro usando la famosa legge della
complementarietà, in altre parole le regole di Chargaff.
Quindi il ribosoma espone una zona del tRNA che ha, a sua
volta, una zona complementare a una sequenza presente
sull’RNA Messaggero all'estremità 5’ del batterio.
Quindi si forma un complesso tra una molecola di mRNA del
batterio e la subunità minore del ribosoma. Arriva il tRNA
iniziatore (che porta la metionina) e sull'arrivo del tRNA
iniziatore si monta la subunità ribosomiale maggiore con i
suoi siti A e B. Questo è quello che finisce il complesso
d’inizio. il primo amminoacido è inserito nel sito P da quel
momento in avanti i nuovi aminoacidi arriveranno nel sito A.
Come si forma il complesso d'inizio negli eucarioti?
Una volta situatasi la metionina nel sito P un nuovo
aminoacido potrà entrare nel sito A, questa funzione è svolta
dal cappuccio di 7m guanosina che viene legato da delle
proteine a livello del ribosoma e che riescono ad ancorare il
cappuccio all’estremità 5’ alla subunità minore del ribosoma.
Mentre il sito AUG comune in batteri ed eucarioti si può
aspettare che sia abbastanza vicino all’estremità 5’ nei
batteri, negli RNA eucariotici la posizione è più variabile
quindi può essere parecchi nucleotidi più a valle rispetto al
sito di inizio. Il sito di inizio a volte viene ulteriormente
segnalato dato che il ribosoma deve scorrere lungo l’mRNA
per trovare AUG, su cui montare il complesso d'inizio, su cui
far rientrare il tRNA che porta la metionina, aiutato in
questo da altre sequenze che si trovano negli eucarioti che
aiutano il ribosoma a trovare questo AUG.
Queste sequenze sono dette sequenze di Kozak, che è stato
quello che le ha scoperte, e sono delle sequenze ricche di G-C
e che precedono la sequenza AUG e questo aiuta il ribosoma
a trovare scorrendo il primo codone da tradurre su cui
formare il complesso d'inizio.
ALLUNGAMENTO:.La fase di inizio ha delle differenze tra
eucarioti e procarioti. La fase di allungamento è
essenzialmente molto simile tra i vari tipi di organismi.
Noi abbiamo nella formazione un tRNA che nella prima fase
ha situato la metionina entrando nel sito P e un nuovo
aminoacido arriva nel sito A.
Il tRNA carico inserisce nel sito A e riconosce il codone
dell'mRNA, si legano, e a questo punto avviene la formazione
del legame polipeptidico, cioè il legame covalente si stabilisce
tra la catena nascente è l'aminoacido portato dal nuovo
tRNA. In altre parole la catena nascente si stacca dal tRNA
che era situato nel sito P e viene rapidamente trasferita sul
tRNA che porta l'aminoacido che si è appena inserito nel sito
A.
A questo punto il ribosoma si muove lungo la molecola di
mRNA e il tRNA viene a posizionarsi del sito P e un nuovo
aminoacido può entrare nel sito A mentre l'aminoacido che
portava la catena polipeptidica prima adesso è scarico e
viene a uscire dal sito E e questo ciclo di allungamento
continua scorrendo il ribosoma sulla molecola di RNA in
modo tale che ogni volta l'aminoacido che porta la catena
nascente dal sito A, si trova nel sito P fa spazio al sito A per
aprire la porta a un nuovo tRNA che porta il prossimo
aminoacido e così via.
TERMINAZIONE : Quando un codone di stop si trova nel sito A
non esiste un Trna capace di essere complementare al codone
di stop.
Noi abbiamo tre Codoni che sono in particolare UAA UAG UGA
che sono in grado di legare particolari proteine che si
comportano come dei tRNA chiamate fattori di rilascio,
queste proteine si comportano fisicamente come dei tRNA
ma non potendo portare nessun aminoacido causano la
terminazione della reazione di allungamento e il distacco.
Come avviene questa fase? Noi abbiamo la presenza di un
codone di stop che si trova come prossimo codone e il
polipeptide si sta allungando e dal sito P, il codone di stop
non permette il legame di nessun tRNA ma questo, carico di
nessun aminoacido, permette l'ingresso di una proteina che si
chiama fattore di rilascio che ha simili caratteristiche fisiche
di dimensioni e affinità per i codoni di stop come se fosse un
tRNA, la proteina fa si che il polipeptide venga rilasciato dal
tRNA, si ha un meccanismo di idrolisi che rompe il legame tra
tRNA e polipeptide e questo polipeptide viene rilasciato
liberamente. Il tRNA si smonta e quando avviene questo, e il
fattore di rilascio è arrivato nel codone di stop, le subunità
ribosomiali e i fattori di rilascio si dissociano
(dissemblamento del complesso traduzionale dei ribosomi)
per poter poi essere riassembrate per iniziare la traduzione di
un nuovo filamento di RNA.
Abbiamo visto la terminazione, e come il codone di stop
viene integrato al fattore di rilascio su una proteina che non
è tRNA, ma una proteina che le assomiglia dal punto di vista
strutturale e affinità di legame per i codoni di stop e che
riesce a causare la liberazione del polipeptide libero e il
disassemblamento.
Un'ultima cosa da dire, una catena polipeptidica ha una sua
direzionalità e corrisponde all'orientamento 5’- 3’ del mRNA.
(abbiamo visto che l’mRNA viene sintetizzato in direzione 5’-3’
e la proteina viene sintetizzata nella stessa direzione in cui
viene sintetizzato l’RNA Messaggero). Viene sintetizzata in
direzione N-C.
La produzione delle proteine inizia sempre nel citoplasma
però abbiamo visto che esistono delle proteine che vengono
sintetizzate nel reticolo endoplasmatico ruvido.
Quindi come funziona questo sistema di riconoscimento? Le
proteine che vengono sintetizzate e che devono essere
completate nel reticolo endoplasmatico ruvido iniziano ad
essere sintetizzate nel citosol. La catena peptidica nascente
che viene sintetizzata per le proteine che dovranno essere
secrete fuori dalla cellula, la cui sintesi verrà completata del
reticolo endoplasmatico rugoso, contiene un peptide segnale
che si chiama Signal Recognition particle che viene
riconosciuto da una proteina particolare che viene detta SRP
che è deputata al riconoscimento di questi peptidi segnale. In
questo complesso, formato dal ribosoma e la proteina
nascente, la particella di riconoscimento viene a interagire
con una proteina recettoriale che è situata sulla superficie
del reticolo endoplasmatico ruvido. Questa proteina
recettoriale a questo punto viene traslocata e la coda
nascente della proteina viene inserita in un poro, in seguito
al distacco della proteina di riconoscimento srp. A questo
punto la proteina che stava nascendo nel citosol ha mostrato
il suo segnale che viene riconosciuto dalla proteina di
riconoscimento che viene portata in presenza di una
recettore che fa sì che la nuova proteina nascente venga
inserita in questo poro e fa sì che la continuazione della
sintesi proteica avvenga in modo tale che poi la nuova
catena sintetizzata venga rilasciata all’interno. Quindi la
sintesi di ogni proteina, comprese quelle che vengono
sintetizzate nel reticolo endoplasmatico ruvido, inizia nel
citosol e continua nel lume del reticolo, prendendo la proteina
attraverso un canale che fa sì che questa proteina possa
entrare nel lume, il peptide segnale viene poi eliminato e la
proteina può accumularsi all'interno del lume del reticolo.
Fino ad ora abbiamo visto il processo di traduzione come un
processo a livello del ribosoma singolo ma in realtà più
spesso un mrna viene tradotto contemporaneamente da
molti ribosomi, in quei complessi che vengono definiti
poliribosomi, a diversi livelli di sintesi. Affermando che molti
ribosomi traducono la stessa molecola di mRNA, questo è il
vantaggio di massimizzare la sintesi proteica soprattutto per
quelle proteine che devono essere fatte in grande quantità.
Le proteine che devono essere tradotte ad alta efficienza
spesso troveremo RNA Messaggeri in strutture chiamate
poliribosomi, che sono visibili al microscopio elettronico con
la forma di una specie di collana di perle in cui ogni perla è
costituita da un ribosoma e il filo che tiene insieme le
collana è la molecola singola di mRNA lungo cui scorrono.
RITORNANDO AL CONCETTO DI ESPRESSIONE GENICA
Quindi abbiamo visto che il dogma centrale della biologia
indica che il DNA viene trascritto in mRNA e
successivamente in proteina. In tutto questo macchinario in
realtà, soprattutto negli eucarioti dove abbiamo visto
esistono meccanismi addizionali di modificazione delle RNA,
non solo sono dei meccanismi richiesti per la maturazione
ma possono costituire dei punti di controllo (dei checkpoint,
dei meccanismi di controllo) per aumentare o ridurre
l'efficienza dell'espressione genica. Il primo meccanismo di
controllo fondamentale e, condizione necessaria per far sì
che un gene sia espresso, è la possibilità di regolare la
trascrizione del gene agendo sulla RNA polimerasi.
Il primo controllo è probabilmente il più importante negli
eucarioti (anche se ne esistono altri) e nei batteri
assolutamente essenziale.
Negli eucarioti abbiamo un punto di controllo che agisce a
livello dei meccanismi di attivazione della maturazione
del’’mRNA, possiamo agire sulla velocità e l'efficienza con cui
viene trasportato dal nucleo al citoplasma possiamo
modulare l'efficienza della traduzione e poi possiamo anche
aumentare o ridurre la vita della proteina, andando a
intervenire sulla sua struttura, aggiungendo o eliminando
delle modificazioni post-traduzionali che rendono la proteina
più o meno stabile (più o meno longeva) all'interno della
cellula.
Nei batteri invece il punto principale, se non unico di
regolazione, è a livello della trascrizione perché abbiamo
visto che, siccome trascrizione e traduzione sono
strettamente accoppiate sia nello spazio che nel tempo, i
batteri non hanno molti altri modi di regolare l'espressione di
un gene se non agendo sulla efficienza della traduzione,
infatti esistono pochi altri meccanismi in cui il batterio può
cambiare l'efficienza di traduzione o destabilizzare le
proteine.