ORGANIZZAZIONE DEI GENI

E REGOLAZIONE
DELL’ESPRESSIONE GENICA
 Cos’è la REGOLAZIONE dell’espressione genica?

La REGOLAZIONE DELL’ESPRESSIONE
GENICA è il processo con cui una cellula
è in grado di esprimere un determinato
gruppo di geni in un contesto e di
silenziarne altri.
Il controllo dell'espressione
genica consente alle cellule
di produrre solo le proteine necessarie
per il loro funzionamento e in risposta
a cambiamenti dell'ambiente.
 Cos’è la REGOLAZIONE dell’espressione genica?

L’esempio più evidente è quello degli EUCARIOTI

PLURICELLULARI: tutte le cellule– es. osteociti,
neuroni, leucociti … derivano dallo zigote e possiedono
lo stesso identico DNA , ma il loro aspetto e le loro
funzioni sono diverse!
Questo è dovuto alla SPECIALIZZAZIONE e al
DIFFERENZIAMENTO CELLULARE .
E’ quindi ovvio che deve esserci una continua
REGOLAZIONE SPAZIALE E TEMPORALE
DELL’ESPRESSIONE GENICA :
in base al programma di sviluppo di un certo tessuto,
verranno espressi quindi solo alcuni geni e solo in
determinati momenti.
REGOLAZIONE GENICA NEI PROCARIOTI

I procarioti sono organismi unicellulari, e

quindi, a differenza degli organismi
pluricellulari, non hanno la necessità la
specializzare e differenziare tessuti diversi.
Tuttavia, nei procarioti è comunque importante
la REGOLAZIONE TEMPORALE dell’espressione
genica per adeguare il loro metabolismo agli
stimoli ambientali (es. presenza o assenza di
una sostanza nutritiva...).
NEI PROCARIOTI LE UNITA’ TRASCRIZIONALI SONO DETTE OPERONI
L’UNITÀ TRASCRIZIONALE è la sequenza di DNA
compresa tra un promotore e il suo terminatore , e
dirige la sintesi di uno specifico RNA.
Nei procarioti, geni che svolgono funzioni correlate
(simili) sono organizzati in particolari unità
trascrizionali dette OPERONI.
Gli operoni dei procarioti sono quindi geni in
successione (adiacenti), trascritti in un’unica singola
molecola di mRNA e tutti controllati da un unico
promotore, e quindi la regolazione è coordinata.
Si dice che l’mRNA dei procarioti è policistronico.
L’mRNA degli eucarioti, codificando per una sola
proteina o enzima ed è detto monocistronico.
NEI PROCARIOTI LE UNITA’ TRASCRIZIONALI SONO DETTE OPERONI

Ogni operone contiene due sequenze regolatrici:

- un promotore a cui si lega l’RNA polimerasi

- un operatore che si trova nelle vicinanze del promotore e lega un fattore

di trascrizione (regolatore).

Gli operoni sono di due tipi: inducibili e reprimibili.

 OPERONE lac di Escherichia Coli: un esempio di operone INDUCIBILE

L’OPERONE lac di Escherichia coli è un esempio di

OPERONE INDUCIBILE.
L'operone lac produce un mRNA policistronico che
serve a formare gli enzimi per l'utilizzo del lattosio da
parte del batterio E. coli; tali enzimi vengono codificati
da tre geni strutturali* adiacenti : LacZ, LacY e LacA,
anche chiamati più semplicemente z, y e a.
Si osserva che, utilizzando un terreno contenente sia
lattosio che glucosio , E.coli utilizza dapprima il
glucosio; quando però il glucosio si esaurisce, dopo una
fase di «latenza», il batterio comincia ad usare il
lattosio!
Un gene strutturale è un gene che porta l’informazione per formare un mRNA che serve a
costituire una proteina; non ha quindi funzione regolatrice .
 OPERONE lac di Escherichia Coli: un esempio di operone INDUCIBILE

Si è scoperto infatti che la regolazione dell’operone lac è operata da un repressore che

normalmente è legato all’operatore lac e che ne blocca la trascrizione.
Tuttavia, in presenza di lattosio , nella cellula si accumula un suo metabolita,
l’allolattosio (una piccola quantità di lattosio si converte in allolattosio ) che funziona da
induttore. L’allolattosio si lega al repressore, che nella forma complessata
all’induttore non riesce più a legarsi all’operatore .
In questo modo il repressore è rimosso e il promotore è accessibile alla RNA polimerasi e
la trascrizione può iniziare . La produzione delle proteine enzimatiche codificate
dall’operone lac porta alla degradazione del lattosio. Quando però il lattosio viene
degradato, la concentrazione dell’induttore allolattosio diminuisce, fino a quando non
riesce più a bloccare il repressore, che torna a spegnere (reprimere) la trascrizione .
OPERONE trp di Escherichia Coli: un esempio di operone REPRIMIBILE
L’operone trp, che controlla l’espressione dei geni per la sintesi
dell’amminoacido triptofano, è invece un esempio di OPERONE
REPRIMIBILE.
L’operatore normalmente non è legato dalla sua specifica
proteina repressore.
Quando nella cellula si accumula un eccesso di triptofano, e
quindi non è più necessario produrlo, è l’amminoacido stesso a
funzionare da co-repressore legandosi alla proteina repressore ,
conferendole la capacità di legarsi all’operatore. In questo modo
il promotore dell’operone trp viene bloccato e la trascrizione si
arresta.
Quando il triptofano è esaurito, il repressore è presente nella
sua forma libera e quindi non lega più l’operatore, per cui la via
biosintetica per il triptofano riprende.
NEGLI EUCARIOTI LA REGOLAZIONE E’ PIU’ COMPLESSA
E A PIU’ LIVELLI…

A differenza dei procarioti, negli EUCARIOTI la regolazione dell’espressione genica

è un processo molto più complesso, che comprende un controllo a diversi livelli
suddividiamo i meccanismi di regolazione in quattro passaggi principali .

- Regolazione pre-trascrizionale

- Regolazione trascrizionale

- Regolazione post-trascrizionale

- Regolazione post-traduzionale
REGOLAZIONE PRE-TRASCRIZIONALE
REGOLAZIONE PRE -TRASCRIZIONALE: comprende i meccanismi
attraverso i quali la cellula regola l’accessibilità del genoma.
Sappiamo che nel nucleo il DNA si trova avvolto attorno agli
ISTONI, una famiglia di proteine con le quali forma dei
complessi chiamati NUCLEOSOMI.
Questa organizzazione strutturale, oltre a compattare il DNA
nel nucleo, permette di modulare (regolare) l’espressione dei
geni perché regola l’interazione del DNA con i fattori di
trascrizione e la RNA polimerasi .
Ma come avviene questo tipo di regolazione?
REGOLAZIONE PRE-TRASCRIZIONALE
Grazie agli istoni, il DNA nei cromosomi delle cellule eucariotiche è densamente
compattato nella cromatina .
Studiando la struttura della cromatina, si è visto che nel nucleo il DNA è presente
in due stati di condensazione differenti:
l’eucromatina è la forma più aperta ed è tipica dei geni attivamente trascritti;
l’eterocromatina è invece la forma più condensata in cui la trascrizione genica è
repressa.
Grazie a opportune tecniche di colorazione, è possibile distinguere l’eterocromatina
(più compatta e scura) dalla eucromatina (più chiara e meno compatta).
In questo modo è possibile riconoscere alcune regioni cromosomiche poco
trascritte, come i centromeri, che sono formati principalmente da eterocromatina.
REGOLAZIONE PRE-TRASCRIZIONALE
Il passaggio tra forma aperta e chiusa della cromatina è reversibile e dipende da
modificazioni chimiche introdotte sulle proteine istoniche .
Gli istoni hanno una porzione all’ N-terminale ricca in amminoacidi carichi positivamente,
soprattutto lisine, che interagiscono con le cariche negative dello scheletro zucchero-
fosfato del DNA avvolto attorno al nucleosoma : queste interazioni mantengono la struttura
della cromatina nella forma chiusa.
Esistono tuttavia enzimi, detti istone acetilasi, che possono aggiungere GRUPPI ACETILE
CARICHI NEGATIVAMENTE alle lisine delle code istoniche . In questo modo il legame tra
istoni e DNA viene ALLENTATO, generando la FORMA APERTA DELLA CROMATINA.
Quindi, l’acetilazione di specifiche lisine degli istoni è in grado di favorire la trascrizione .
Una volta trascritto, il DNA può ricompattarsi in eterocromatina, grazie alle istone
deacetilasi, enzimi in grado di rimuovere i gruppi acetile dalle lisine .
REGOLAZIONE PRE-TRASCRIZIONALE

Un’altra modificazione molto comune è l’aggiunta di gruppi metile

alle lisine, eseguita dalle istone metiltransferasi. La metilazione
degli istoni ha un effetto inibitorio sulla trascrizione. Anche
questa modificazione è reversibile grazie all’azione degli enzimi
istone demetilasi. Uno stesso istone può contenere, a livello delle
sue lisine, diverse combinazioni di gruppi acetile e metile. Queste
diverse combinazioni possono influenzare l’efficienza con cui un
particolare tratto di DNA viene trascritto. Si viene in questo modo
a formare un codice istonico, che si sovrappone al codice genetico
che risiede nella sequenza di DNA.
REGOLAZIONE PRE-TRASCRIZIONALE
A n c h e l e b a s i d e l D N A , i n p a r t i c o l a re l e c i to s i n e , p o s s o n o e s s e re m e t i l ate . L a
p re s e n za n e l D N A d i re g i o n i c o n d i ffe re nt i p e rc e nt u a l i d i c i to s i n e m e t i l ate è i n
g ra d o d i d e te r m i n a re u n a d i ve rs a e s p re s s i o n e d e i ge n i .
S i p u ò ave re i n p a r t i c ol a re l ’a g g i u n ta di un g r u p p o m e t ile – C H 3 a l nuc le o ti de
citosina , in pa rtic o la re in a lc une s e que nze de tte «isole C pG » a m onte d ei
p romotor i dei geni , do ve iniz ia la tra s c riz io ne de l ge ne a c ui do vrà le ga rs i
l’R NA po lime ra s i pe r iniz ia re la tra s c riz io n e .
La metila z io ne del D NA è dire tta da e nz imi de tti D NA m e t ilt ra s fe ra s i
( a bbre vi a te in D NM T ) .
Q ue sta modifica epigenetica è a s s o c iata a lla re p re s s i o n e t ra s c r i z i o n a l e
( s i l e n z i a m e nt o ) d i u n ge n e; quindi , qua ndo è pre s e nte , impedisc e il lega m e
della R NA polimera si a l D NA , la pro duz io n e de ll’R NA c o rris po nde nte e di
c o ns e gue nza l’e s pre s s io n e de l ge ne ( ge ne inatti vo ) .
Es isto no e nz imi c he s o no in gra do di rimuo ve re il gruppo me tilic o e ripo rta re
il ge ne in uno stato attivo . Q uindi , a nc he la me tila z io ne de l D NA , c o me tutte
le modific he epigenetic he , è re ve rs i b i l e .
Lo stato di me tila z io ne de l D NA va ria a s e c o nda de l tipo c e llula re e ca mbia
n el corso del differenz ia me nto e dura nte lo sviluppo embr iona le .
EPIGENETICA
Alcune modificazioni degli istoni permangono durante la mitosi o la meiosi
e vengono ereditate dalle cellule figlie !!!
L’EPIGENETICA studia l’effetto che le modificazioni ereditarie agli istoni e al
DNA producono sul fenotipo delle generazioni successive . Le modificazioni
epigenetiche non cambiano il genotipo, quindi l’informazione genetica (la
sequenza del DNA), ma solo la sua accessibilità (ovvero la possibilità che una
certa informazione venga espressa).
Esempi di modificazioni epigenetiche ereditarie sono le modificazioni degli
istoni o la metilazione del DNA . Nei mammiferi circa l’1% di questi marcatori
epigenetici presenti nel DNA materno e paterno permane nello zigote e
viene trasmesso alle generazioni successive .
EPIGENETICA
Una delle conseguenze è che una regione
cromosomica dei figli ha le stesse modificazioni
epigenetiche di uno dei due genitori: si parla di
imprinting materno o paterno, a seconda che le
modificazioni istoniche o la metilazione del DNA
siano ereditate dal DNA della madre o del padre!

La trasmissione di marcatori epigenetici è stata

correlata ad alcune malattie genetiche nell’uomo …
non si ha variazione genotipica però ma ci sono
cambiamenti fenotipici, dovute alle modifiche sulla
cromatina accumulate dai genitori e trasmesse ai figli,
quasi riprendendo una visione «lamarckiana»!!!!
REGOLAZIONE TRASCRIZIONALE
REGOLAZIONE TRASCRIZIONALE: permette o meno la trascrizione
di un gene e regola la quantità di trascritto prodotto. In questa
fase gli attori protagonisti sono i FATTORI DI TRASCRIZIONE, la cui
interazione con le sequenze di DNA permette di esprimere o
silenziare (reprimere) un gene.
Negli eucarioti i fattori trascrizionali sono un ampio gruppo di
proteine regolatrici che modulano dal punto di vista temporale e
spaziale l’espressione differenziale dei geni. I fattori trascrizionali
possono agire reprimendo oppure inducendo l’espressione dei
geni!
Ci sono fattori trascrizionali che sono sempre in grado di legarsi al loro sito di riconoscimento sul
DNA. Altri, invece, si legano al sito bersaglio solo quando questo è reso accessibile da
modificazioni della struttura della cromatina, di cui parleremo più avanti nel capitolo
REGOLAZIONE POST- TRASCRIZIONALE – SPLICING ALTERNATIVO

3. Regolazione post-trascrizionale: comprende i meccanismi

attraverso i quali l’mRNA trascritto va incontro a maturazione
prima di dare origine ad una proteina.
A differenza di quanto avviene nei procarioti, dove la sintesi
proteica si verifica simultaneamente alla trascrizione, negli
eucarioti non tutti i trascritti sono tradotti. Il principale
meccanismo di regolazione post-trascrizionale è lo splicing,
che porta alla rimozione degli introni dagli mRNA.
REGOLAZIONE POST-TRASCRIZIONALE – SPLICING ALTERNATIVO

Sappiamo che negli eucarioti le sequenze codificanti che contengono l’informazione per
la sintesi della proteina, dette ESONI, intercalate da BLOCCHI DI SEQUENZE NON
CODIFICANTI, dette INTRONI

Il trascritto primario di mRNA (pre -mRNA) conterrà quindi sia i trascritti degli esoni sia
quelli degli introni; questi ultimi vengono rimossi durante un processo definito SPLICING
dell’RNA. I geni con gli introni sono anche detti GENI INTERROTTI.

Si è scoperto che i diversi esoni presenti in un gene possono essere saldati secondo
combinazioni diverse che generano proteine differenti (SPLICING ALTERNATIVO).
Questo tipo di organizzazione conferisce ai geni eucariotici una versatilità molto
maggiore dei geni dei procarioti .
REGOLAZIONE POST-TRADUZIONALE

4. Regolazione post-traduzionale: anche se la traduzione

porta alla produzione di una proteina, il suo destino finale
dipende da svariate modifiche post-traduzionali che ne
modulano la funzione e la distribuzione all’interno dei
compartimenti cellulari. Queste modificazioni possono
portare a proteine attive o inattive, oppure possono
contribuire alla loro degradazione.