Biologia 41 – Regolazione espressione genica

Overview

La regolazione genica è un processo mediante il quale una cellula decide “quali” geni devono funzionare
(controllo qualitativo) e “quanto” (controllo quantitativo) funzionare (ad esempio: al 10%, 30%, 70% …).
Questo processo è alla base della differenziazione cellulare, della variabilità tissutale e dell’adattamento
all’ambiente.

Differenziazione cellulare
È un processo mediante il quale cellule non specializzate (stamina-
li) diventano specializzate, acquisendo funzioni e forme particolari.
Tutte le cellule di un organismo, pur essendo tra loro molto diver-
se (per forma e funzioni), hanno gli stessi geni (che, nel caso
dell’uomo, sono circa 30.000). Questo è dovuto alla diversa rego-
lazione genica che attiva alcuni geni (circa 5000) e ne silenzia altri
(circa 25.000).
Per esempio, la cellula muscolare lascia funzionare i geni coinvolti
nella contrazione e ne silenzia altri (per esempio quelli della secre-
zione di muco). La cellula mucosa dello stomaco, invece, attiva i
geni per la produzione di muco e ne silenzia altri (per esempio
quelli della contrazione).
I geni attivati possono essere di 2 tipi:
 Geni costitutivi (housekeeping), che gestiscono le funzioni basali di tutte le cellule (ad esempio, la
sintesi delle membrana cellulari, dell’RNA, degli istoni, etc);
 Geni regolati, cioè quei geni la cui trascrizione e traduzione è soggetta a controlli (per cui possono
essere più o meno attivati o silenziati).

Variabilità tissutale
È una caratteristica in base alla quale “una stessa cellula” può assumere
forma e funzioni diverse, a seconda dei tessuti in cui si trova.
Per esempio, il monocita (un particolare tipo di globulo bianco) migra
dal sangue verso vari tessuti (fegato, polmone, osso, cervello), assumen-
do, in essi, forme e funzioni diverse.

Adattamento all’ambiente
È un fenomeno in base al quale una stessa cellula in uno stesso tessuto
può modificare il suo stato funzionale e morfologico in base alle condizioni
ambientali esterne.
Per esempio, una cellula riduce l’attività di sintesi delle proteine ed attiva
la respirazione anaerobica in condizioni di carenza di ossigeno e riprende
la sintesi proteica e riattiva la respirazione aerobica quando l’ossigeno
torna ad essere nuovamente disponibile.

Biologia 41 – Regolazione dell’espressione genica 1

Meccanismi

Il controllo dell’espressione genica può avvenire a diversi livelli.

Regolazione genomica
La regolazione genomica comprende tutti quei processi di regolazione che intervengono sul DNA.

Modificazioni del DNA

Comprende i processi di:
 Amplificazione genica (aumento di numero delle copie di un gene);
 Ricombinazione genica (geni o parti di essi che si combinano dando origine a trascritti e, quindi, a
prodotti diversi);
 Delezione genica (perdita della funzione di un gene o di parte di esso):
 Inserimento di genomi virali.

Controllo pre-trascrizionale (epigenetico = a monte dei geni)

Comprende una serie di processi chimici che modificano l’accessibilità dei geni alla trascrizione e, quindi,
l’attività stessa dei geni.
 Metilazione del DNA. Si tratta dell’aggiunta di un gruppo metile (CH3) al carbonio 5’ di una citosina.
Possono essere metilate solo le citosine che stanno vicino ad una guanina. I di-nucleotidi C-G non
sono molto frequenti nel DNA, però, quando presenti, si trovano spesso raggruppati in cluster
(grappoli) e sono chiamati isole CpG (Citosina-fosfato-Guanina). Queste isole si trovano per lo più in
prossimità delle regioni promoter e la loro metilazione determina un blocco dei promoter e, quindi,
il blocco della trascrizione del gene correlato.
Infatti, le sequenze di DNA che sono metilate hanno la capacità di legare alcune particolari proteine
che, a loro volta, richiamano l’istone-deacetilasi e l’istone-metilasi (vedi dopo). Questi due enzimi
causano un compattamento di quella determinata regione del DNA (e quindi l’impossibilità ad esse-
re letta e trascritta).
La metilazione del DNA può essere ereditabile e reversibile ed è alla base del fenomeno
dell’imprinting genico, dell’inattivazione del cromosoma X e del mosaicismo di espressione.
 L’imprinting genico è un processo che blocca la funzione di una delle
due copie di un gene (quello paterno o materno). Normalmente, la co-
pia materna e quella paterna di un gene sono entrambe espresse; nel
fenomeno dell’imprinting, una delle due copie viene metilata e quindi
inespressa.
 Anche nel caso del cromosoma X avviene una cosa simile, solo che non
riguarda alcuni geni bensì l'intero cromosoma. Durante lo sviluppo (pe-
riodo della tarda blastocisti) in ogni cellula di un individuo di sesso fem-
minile viene inattivato, a caso, uno dei due cromosomi X. Di conseguen-
za, una parte delle cellule esprimerà i geni del cromosoma X paterno e
l'altra parte esprimerà i geni del cromosoma X materno (mosaicismo di
espressione). Al momento della ovogenesi il cromosoma silente che è
presente nel nucleo dell’ovocita come un ammasso di cromatina den-
sa (corpuscolo di Barr), si riattiva affinché la cellula uovo possa avere
al suo interno un cromosoma X funzionante e sia pronta per un even-
tuale fecondazione. Anche nel caso della spermatogenesi il singolo
cromosoma X presente come corpuscolo di Barr si riattiva affinché lo
spermatozoo interessato possa avere, alla fine della meiosi, un cro-
mosoma X funzionante o un Y.
 Modifiche degli istoni. Si tratta di modifiche chimiche a carico della estremità
N-terminale degli istoni. Questa estremità è formata da una sequenza di 60-70
aminoacidi e sporge al di fuori del nucleosoma (per questo motivo è chiamata

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 anche coda).
Le principali modifiche a carico di questa coda sono:
 Metilazione (aggiunta del gruppo metile CH3), che provoca una compattazione del DNA e,
quindi, un impedimento alla trascrizione.
L’enzima responsabile della metilazione è l’istone-metilasi.
 Acetilazione (aggiunta del gruppo acetile CH3CO-), che impedisce la compattazione e, quin-
di, rende trascrivibile il DNA.
L’enzima che produce l’acetilazione è l’acetil-transferasi; quello che elimina l’acetilazione è,
invece, l’istone-deacetilasi.
 Fosforilazione (aggiunta di un gruppo fosfato), crea una forza repulsiva tra le cariche nega-
tive dei fosfo-istoni e, quindi, uno scompattamento del DNA.
La sua azione finale è quella di favorire la trascrizione.
 Ubiquitinazione (aggiunta dell’ubiquitina) favorisce, come l’acetilazione e la fosforilazione,
la trascrizione dei geni.
Il controllo pre-trascrizionale è sfruttato anche dagli attivatori-repressori, nonché dagli enhancer e
silencer che, attraverso modifiche dello stato di condensazione del DNA, regolano l’espressione ge-
nica... spesso in un meccanismo di tipo combinatorio (in cui l’effetto finale deriva dalla somma degli
effetti stimolatori ed inibitori).

Regolazione trascrizionale
La regolazione del processo di trascrizione (regolazione trascrizionale) è affidata ad una serie di elementi
che prendono parte al processo di trascrizione. Questi elementi, combinandosi variamente tra loro, influen-
zano in maniera molto variabile il processo. Gli elementi in questione sono:
 i fattori di trascrizione,
 gli attivatori, repressori, co-attivatori e co-repressori,
 i promoter della RNA-polimerasi II,
 gli elementi regolatori prossimali e distali.

Regolazione post-trascrizionale
La regolazione post-trascrizionale è affidata a tutti quei processi che modificano l’mRNA, dalla sua origine
(pre-mRNA) alla sua completa maturazione e trasporto nel citoplasma. I principali processi di regolazione a
questo livello sono:
 Splicing alternativo.
 Editing.
 Controllo dei nuclear basket.
 Controllo della stabilità e durata degli mRNA nel citoplasma. Gli mRNA possono subire diverse for-
me di degradazione quando raggiungono il citoplasma. Le principali sono:
 Degradazione dipendente dalla coda Poli-A. La coda poli-A influisce molto sulla stabilità e
durata degli mRNA. Generalmente, più è lunga e maggiore è la durata dell’mRNA. Nel tem-
po, però, la coda Poli-A subisce (per effetto di vari fattori) una progressiva de-adenilazione
(perdita di nucleotidi adenosinici) e quando si riduce troppo, la proteina viene degradata.
 Degradazione indipendente dalla coda Poli-A. Si tratta di un processo di decapitazione (de-
capping) del cappuccio in posizione 5’. In conseguenza di ciò, l’mRNA viene attaccato e di-
strutto da una eso-nucleasi 5’-3’. Talvolta, però, i tagli possono avvenire anche all’interno
della molecola di mRNA, ad opera di endo-nucleasi.
 Controllo della localizzazione degli mRNA nel citoplasma. È stato visto che nel moscerino Drosophi-
la, la localizzazione citoplasmatica dei vari mRNA incide sul sviluppo definitivo del moscerino.
 Mascheramento dell’mRNA. Alcune proteine si legano all’mRNA, lo mascherano e ne impediscono
la traduzione. Questo fenomeno è associato alle prime fasi di sviluppo embrionale.
Si è visto che la sintesi proteica nelle prime fasi di sviluppo embrionale dipende da mRNA preceden-
temente sintetizzati, bloccati ed accumulati col meccanismo del mascheramento proteico (infatti,
pur utilizzando farmaci che bloccano la trascrizione, la sintesi proteica avviene ugualmente).
 Distruzione/inattivazione da parte dei siRNA e miRNA.

Biologia 41 – Regolazione dell’espressione genica 3

Regolazione traduzionale
La regolazione traduzionale è soggetta a controllo da parte delle seguenti condizioni:
 Disponibilità dei fattori di inizio, di allungamento e di rilascio.
 Disponibilità di aminoacil-tRNA.
 Regolazione da precursore (ad esempio, la sintesi della ferritina…).
 Regolazione da prodotto (ad esempio, un eccesso di prodotto può inibire la traduzione a diversi li-
velli).

Regolazione post-traduzionale
Comprende tutti quei fattori che intervengono dopo la sintesi delle proteine (quindi dopo la traduzione).
Questo tipo di regolazione è soggetta a controllo da parte delle seguenti condizioni:
 Modifiche chimiche post-traduzionali.
 Modifiche conformazionali post-traduzionali.
 Destinazione.
 Distruzione lisosomiale.
 Distruzione ubiquitina-dipendente.

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