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Alessandra Ferlini

Marcella Neri

Rita Selvatici

Tipi di mutazioni e loro caratteristiche

ELEMENTI DI GENETICA UMANA A integrazione del materiale didattico delle lezioni

CORSO INTEGRATO DI BIOLOGIA E GENETICA. 1° anno di corso

Facolta’ di Medicina e Chirurgia Corso di Laurea in Medicina e Chirurgia

Le differenze tra fenotipi è in gran parte dovuta a variabilitá genetica che si esprime a livello di proteina o di RNA. Il DNA è soggetto a variazioni ereditabili (mutazioni), che possono coinvolgere il cromosoma (larga scala), singole sequenze di DNA o lo scambio tra sequenze alleliche o non-alleliche (piccola scala), causando cambiamenti amminoacidici, quindi polimorfismi proteici, o cambiamenti delle sequenze di regolazione, quindi variabilitá di espressione.

1.1 Variazioni a larga scala

I processi meiotici e mitotici non sono esenti da errori ed interi cromosomi possono venire perduti o si possono formare

gameti con cromosomi soprannumerari (aneuploidia), vi possono essere alterazioni strutturali con rottura e riunione di frammenti di DNA cromosomico. Le alterazioni strutturali dei cromosomi possono interessare un singolo cromosoma e causare:

  • - delezione terminale: perdita di materiale cromosomico dall’estremitá di un braccio cromosomico (de(l5)(p15)

Sindrome del cri-du-chat);

  • - delezione interstiziale: perdita di materiale cromosomico all’interno di un braccio cromosomico;

  • - inversione: ribaltamento di 180º di una porzione interna di un cromosoma (inv(9)(p11q12) anomalie fisiche)

(bilanciata); - inserzione: aggiunta di materiale cromosomico in un braccio. La ricombinazione omologa avviene durante la meiosi e comporta lo scambio di materiale tra cromosomi omologhi con taglio e riunione nella stessa posizione in ciascun cromatide quindi senza perdita di informazione genetica. Alterazioni strutturali possono avere luogo tra cromosomi non-omologhi con scambio di materiale tra sequenze non alleliche di cromatidi non fratelli (ricombinazione omologa non allelica). Questo processo puó avvenire senza perdita di informazioni (bilanciata) (es. traslocazione reciproca; t(9,22)(q34;q11) nella leucemia mieloide cronica) o con perdita di materiale genetico (sbilanciata) (es. traslocazione non-reciproca con un solo cromosoma traslocato che resta nel nucleo del gamete). Questi eventi sono spesso associati a sequenze con omologia elevatissima (>95%), che possono predisporre a ricombinazioni ineguali. Il trasferimento non reciproco tra una sequenza di DNA ed un’altra non all’elica (conversione genica interlocus) o all’elica (conversione genica interallelica) implica una sequenza donatrice che non viene modificata ed una sequenza ricevente che viene sostituita da una sequenza identica a quella donatrice. Un possibile meccanismo è imputato alla

formazione di un eteroduplex tra il filamento di DNA donatore ed il filamento di DNA ricevente, il quale viene convertito nella sequenza del DNA donatore dal sistema enzimatico per la riparazione degli appaiamenti errati. Anche tra le alterazioni bilanciate vi possono essere eccezioni: (i) la rottura cromosomica distrugge un gene, lo separa dalla regione di controllo o lo colloca in una regione cromosomica con diversa attivitá (eterocromatina); (ii) traslocazioni bilanciate X-autosoma possono provocare problemi di inattivazione del cromosoma X. I problemi maggiori nelle alterazioni bilanciate si possono presentare nella formazione dei gameti, ottenendo cariotipi non bilanciati e comportando l’insorgenza di fenotipi patologici.

1.2 Variazioni a piccola scala

Le mutazioni a piccola scala possono essere causate dalla DNA polimerasi durante la replicazione del DNA, in cui

l’attivitá proofreading di questo enzima puó lasciarsi sfuggire alcuni errori, o da attacchi chimici (radiazioni ionizzanti, metaboliti, sostanze mutagene). Le nuove mutazioni possono avvenire nelle cellule somatiche o germinali di un individuo. Se le mutazioni germinali non causano modificazioni nella fertilitá del soggetto, la mutazione verrá trasmessa alla progenie diffondendosi nella popolazione umana come variazione polimorfica della sequenza se raggiungerá una frequenza superiore al 1%. Queste mutazioni comprendono:

  • - sostituzioni di basi: solitamente cambio di una singola base, in rari casi di gruppi di basi simultaneamente;

  • - delezioni: uno o piú nucleotidi sono eliminati da una sequenza;

  • - inserzioni: uno o piú nucleotidi sono inseriti in una sequenza.

Le sostituzioni di basi sono le piú comuni e si dividono in due classi:

  • - transizioni: sostituzione di una pirimidina (C o T) con una pirimidin, o di una purina (A o G) con una purina;

  • - trasversioni: sostituzione di una pirimidina con una purina o di una purina con una pirimidina.

Le mutazioni si generano casualmente nel DNA quindi il DNA codificante e non-codificante hanno la stessa suscettibilitá alle mutazioni. Le mutazioni del DNA codificante hanno le maggiori conseguenze e possono alterare un

codone del mRNA e codificare per un diverso aminoacido. Si suddividono in (Figura 1):

  • - sinonime (silenti): mutazioni che non cambiano la sequenza del prodotto genico dando origine ad un nuovo codone che specifica per lo stesso aminoacido;

  • - neutrali: mutazioni che cambiano la sequenza del prodotto genico dando origine ad un nuovo codone che specifica per un diverso aminoacido ma con proprietá chimico-fisiche simili a quelle dell’aminoacido di origine;

  • - nonsense: sostituzioni non sinonime con formazione di un codone di terminazione, associate ad un diminuzione della funzione genica ;

  • - non-sinonime (missense): risultano in un codone che codifica per un aminoacido diverso da quello originario: (i)

conservative: mutazioni che cambiano la sequenza del prodotto genico ma senza apparente perdita di funzione in

quanto il nuovo aminoacido ha caratteristiche chimicamente simili; (ii) non conservative: il nuovo aminoacido ha caratteristiche chimicamente diverse. Le sostituzioni nucleotidiche localizzate nella regione codificante non hanno uno schema casuale ma si presentano con

frequenza diversa in base al loro effetto sul prodotto genico:

  • - siti non degenerati: posizioni di basi in cui tutte e tre le sostituzioni sono non sinonime. Comprendono circa il 65%

delle posizioni di basi nei codoni umani ed hanno una frequenza molto bassa;

  • - siti degenerati quattro volte: posizioni di basi in cui tutte e tre le sostituzioni sono sinonime. Spesso sono in terza

posizione dei codoni e comprendono il 16% delle posizioni di basi nei codoni umani ed hanno una frequenza corrispondente al tasso di mutazione in introni e pseudogeni;

  • - siti degenerati due volte: posizioni di basi in cui una delle tre possibili sostituzioni é sinonima. Spesso sono in terza

posizione dei codoni e comprendono il 19% delle posizioni di basi nei codoni umani. Le delezioni e le inserzioni di uno o piú nucleotidi possono modificare la sequenza dei codoni successivi che verranno tradotti in amminoacidi diversi rispetto alla proteina originale. Queste sono mutazioni di slittamento del modulo di lettura (frameshift). E’ frequente che venga generato un codone di terminazione prematuro. Le mutazioni frameshift hanno di soliti un effetto devastante con perdita della funzionalitá del prodotto genico. Le mutazioni possono avvenire anche nei siti nucleotidici o nei nucleotidi adiacenti ad un sito di splicing (Figura 2). Se

un sito di splicing 3’ subisce una mutazione , questo sito verrá omesso e lo splicing verrá completato al sito di splicing 3’ successivo, ottenendo un mRNA maturo mancante dell’esone compreso tra i due siti 3’ di splicing (exon skipping). Se la mutazione riguarda un sito 5’ di splicing, questo sito verrá ignorato e nel mRNA maturo verrá incluso un introne (ritenzione introne). E’ anche possibile che si attivi un evento di splicing alternativo con attivazione di un sito di splicing criptico, che potrá essere utilizzato preferenzialmente rispetto al sito legittimo di splicing. In ogni caso il risultante mRNA maturo non avrá la sequenza nucleotidica corretta con possibile slittamento del modulo di lettura o formazione di una proteina tronca. Le mutazioni associate al meccanismo di splicing possono modificare gli effetti della mutazione stessa:

  • - mutazioni nonsense in esoni possono perdere il loro carattere patogeno in presenze di un alterato schema di splicing (NAS, nonsense-associated alterated splicing) che porta a skipping dell’esone, in modo tale da evitare il codone di terminazione;

  • - mutazioni silenti che attivano siti criptici di splicing provocano la perdita di sequenze codificante o lo slittamento del codice di lettura per la ritenzione di un introne;

Oltre alle mutazioni semplici vi sono mutazioni che comprendono scambi tra sequenze alleliche o non alleliche,

delle cause di patologia. Un esempio è dato dal gene per il fattore VIII in cui sono documentate inserzioni di L1 de novo come causa di emofilia A.

soprattutto nelle regioni con sequenze ripetute. Le regioni di DNA con ripetizioni in tandem sono prone a polimorfismi

1.3 Effetto delle mutazioni

di delezione/inserzione con alleli che si diversificano per il numero di copie di ripetizioni in tandem. Questi polimorfismi determinati dal numero variabile di ripetizioni in tandem (VNTR) sono frequenti in presenza di unitá

L’effetto di una mutazione puó essere:

ripetute le quali possono essere lunghe da uno a diversi nucleotidi con una lunghezza della serie di ripetizioni da 10 a

  • - geni con modeste espansioni di ripetizione (CAG)n con formazione di tratti di poliglutammina. Le ripetizioni

-

amorfo: assenza di prodotto

100 nucleotidi (microsatelliti / SSR, simple sequence repeat), avere unitá ripetute da nove a decine di nucleotidi

-

ipomorfo: ridotta produzione/attivitá

coprendo centinaia di nucleotidi (minisatelliti) o essere costituite da serie molto lunghe di DNA ripetuto in tandem

-

ipermorfo: aumento produzione/attivitá

(satelliti). I loci VNTR presentano spesso allelia multipla (es. geni rRNA, 21-idrossilasi/C4) e sono maggiormente

-

neomorfo: nuovo prodotto/attivitá

frequenti nel DNA non codificante. La causa piú frequente di queste mutazioni è lo scivolamento della DNA polimerasi

-

antimorfo: prodotto/attivitá antagonista

(replication slippage) durante la duplicazioni di sequenze ripetute. La delezione o espansione di ripetizioni puó avere un effetto patologico. Le ripetizioni in tandem di un piccolo numero di nucleotidi sono maggiormente esposte a mutazioni del numero di ripetizioni per appaiamento errato dovuto a scivolamento di un filamento. Se la mutazione avviene nel DNA codificante puó alterare il modulo di lettura e determinare variazioni dell’espressione genica. A seconda della dimensione dell’espansione e della collocazione vi sono:

L’effetto amorfo e ipomorfo possono essere causati da: (i) delezioni parziali o totali del gene; (ii) inserzioni, inversioni o traslocazioni che modificano la struttura genica; (iii) mutazioni del meccanismo di splicing; (iv) mutazioni che destabilizzano mRNA o creano codoni di terminazione (mutazioni dissenso, nonsenso, delezioni, frameshift); (v) mutazioni che inattivano il promotore. Un esempio è dato dalla sindrome di Waardenburg di tipo 3, caratterizzata da dismorfismi, inclusa la distopia dei canti, anomalie della pigmentazione e sordità, in cui la diagnosi molecolare è basata sulla ricerca di mutazioni che causano

1.3 Patogenicitá delle mutazioni

variano da 10-30 a 40-200 che provocano aggregati molecolari letali all’interno delle cellule;

perdita di funzione del gene PAX3 (paired box homeotic gene 3).

  • - geni con estese espansioni di ripetizioni non codificanti, frequente in ripetizioni trinucleotidiche che da 5-50 unitá

L’effetto ipermorfo puó essere dovuto a: (i) trisomia; (ii) duplicazione; (iii) acquisizione di una maggiore funzionalitá

passano a centinaia o migliaia di ripetizioni.

L’effetto neomorfo ed antimorfo puó essere dovuto a: (i) duplicazione; (ii) mutazioni missenso; (iii) inclusione di

I trasposoni che coprono il 45% del genoma umano sono nella maggior parte dei casi inattivi. Solo nei casi di trasposizioni recenti vi sono loci polimorfici per la presenza/assenza della ripetizione Alu. Piú frequentemente le

introni / esclusione di esoni.

ripetizioni Alu causano appaiamenti non allelici con scambio di materiale e conseguente delezione o duplicazione della regione interessata. Ad esempio le ripetizioni Alu sono presenti ogni 1.5kb nel gene per il recettore delle lipoproteine e sembrano essere la causa delle delezioni presenti in questo gene. Il DNA ripetitivo non codificante distribuito nel genoma derivante da duplicazioni segmentali (LCR, low-copy number) presenta omologie superiori al 95% e predispone a ricombinazioni non alleliche, se presenti sullo stesso cromosoma, a traslocazioni, se su cromosomi diversi, microdelezioni, microduplicazioni ed inversioni. La presenza di ripetizioni invertite all’interno o nelle vicinanze di un gene puó causare un appaiamento delle ripetizioni per ripiegamento su se stesso del cromatidio con conseguente rottura e riunione che puó dar luogo ad inversione. Esempio è il gene per il fattore VIII, in cui questo tipo di inversioni causa il 40% dei casi di emofilia. La trasposizione di DNA ripetitivo è un evento raro e rappresenta una piccola percentuale

Le mutazioni sono lo stimolo all’evoluzione per un migliore adattamento ai cambiamenti ma possono avere anche implicazioni patogenetiche. Il grado di patogenicitá di una mutazione dipende da diversi fattori: (i) localizzazione della mutazione che puó causare perdita parziale o totale dell’espressione di un gene o la sua espressione in livelli non fisiologici; (ii) il grado in cui il fenotipo patologico si presenta nel soggetto con la mutazione in eterozigoti; (iii) l’influenza di altri geni nell’espressione del fenotipo mutato; (iv) la proporzione ed il tipo di cellule (somatica o germinale) in cui è presente la mutazione; (v) l’origine parentale della mutazione (geni imprintati); (vi) l’effetto di acquisizione o perdita di funzione (loss / gain of function): la perdita di funzione produce solitamente un fenotipo recessivo in cui la presenza di una dose di allele normale è sufficiente per non sviluppare il fenotipo patologico;

l’acquisizione di funzione causa fenotipi dominanti in quanto la presenza di un allele normale non previene l’attivitá anormale dell’allele mutato.

 
 

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Mutazioni somatiche e cancro

La Mutazione è il risultato di un qualsiasi cambiamento che alteri la costituzione chimica o fisica del DNA. Una mutazione può essere:

Mutazione Somatica: se una cellula mutata dà origine solo a cellule somatiche (negli organismi pluricellulari) verrà prodotta un’area o un settore mutato, ma la mutazione non verrà trasmessa alle generazioni successive. Una Mutazione Somatica colpisce solo l’individuo nel quale avviene. Mutazione Germinale: la mutazione interessa la linea germinale e può essere trasmessa attraverso i gameti alla generazione successiva, dando luogo ad un individuo mutato sia nelle cellule somatiche che germinali (mutazione costituzionale). Una Mutazione Germinale riguarda tutti gli individui delle generazioni future. Possiamo riconoscere mutazioni:

geniche, in cui il difetto colpisce un gene implicato in una malattia con ereditarietà di tipo mendeliano

cromosomiche, dovute ad anomalie strutturali dei cromosomi

genomiche, consistenti in anomalie nel numero dei cromosomi

mitocondriali dovute a mutazioni nel DNA mitocondriale, il cui difetto è evidente in tutta la progenie di madri affette ma non nella progenie di padri affetti multifattoriali, in cui sono implicati due o più geni, ognuno dei quali è necessario ma non sufficiente a innescare una patologia, nonché l'influenza di molteplici fattori ambientali.

Mutazioni Geniche

Per mutazione genetica si intende ogni modificazione stabile nella sequenza nucleotidica di un genoma o più generalmente di materiale genetico (sia DNA che RNA). Una mutazione modifica quindi il genotipo di un individuo e può eventualmente modificarne il fenotipo a seconda delle sue caratteristiche e delle interazioni con l'ambiente. Si verificano quando una base azotata viene sostituita con un’altra, oppure quando si ha la perdita o aggiunta di una base alla sequenza originaria. Non sempre tali situazioni comportano l’alterazione o la perdita della funzione della proteina codificata dal gene mutato. Possono essere distinte in due categorie: mutazioni puntiformi e mutazioni per sequenze ripetute.

Le mutazioni puntiformi possono essere determinate da:

1. Sostituzione di basi - Determinano uno scambio di un nucleotide con un altro. Sono definite transizioni qualora vi è un scambio di una purina con altra purina (A G) o di una pirimidina con un'altra pirimidina (C T); oppure transversioni quando lo scambio è di una purina con un a pirimidina o viceversa (C/T A/G). In genere le transizioni sono più frequenti delle transversioni. Se la mutazione avviene in una regione codificante, l’effetto della sostituzione darà origine a:

mutazioni sinonime: quando la mutazione determina un codone diverso ma che codifica per lo stesso

amminoacido. Non si avrà alcun cambiamento nel prodotto genico. mutazioni di senso errato o missenso: quando un codone viene sostituito con uno che codifica per un altro

amminoacido. Se quest'ultimo avrà le stesse caratteristiche chimiche (dimensione, carica

)

allora la

sostituzione sarà conservativa altrimenti non conservativa. È chiaro che il secondo caso rende più probabile una variazione nella funzionalità del prodotto. Esempio di malattia con mutazione non-senso è l’Anemia falciforme, dove l’emoglobina presenta la sostituzione di un aminoacido determinante per la struttura della proteina (Ac.glutammico con Valina). mutazioni non senso: quando la mutazione determina la formazione di un codone di stop all'interno della sequenza. Questo provoca, se il prodotto è una proteina, un'interruzione precoce della sua sintesi nella traduzione. In generale maggiore sarà il frammento non tradotto maggiore sarà il rischio di una mutazione svantaggiosa. Esempio: Galattosemia dove la mutazione provoca la mancanza dell’enzima per il galattosio che, di conseguenza, si accumula.

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Figura 2. Effetti della sostituzione di una base

2. Mutazioni frameshift - Determinano l'aggiunta (inserzione) o l'eliminazione (delezione) di un nucleotide. In questo modo viene alterato l'ordine di lettura di tutti i codoni successivi nell'ordine a quello inserito o deleto. Provocano le cosiddette mutazioni Frameshift o mutazioni dovute a slittamento del codice di lettura (Figura 3). Sono quasi sempre dannose.

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Figura 3. Conseguenze di una mutazione frame-shift.

Le mutazioni per sequenze ripetute sono analoghe alle mutazioni per inserzione/delezione, ma interessano più nucleotidi adiacenti, in particolare interessano gruppi nucleotidici che formano una sequenza ripetuta più volte di seguito. La mutazione, che si origina nel corso della replicazione del DNA, provoca una variazione nel numero di queste sequenze ripetute; il nuovo filamento di DNA potrà presentarne in eccesso o in difetto. Il fenomeno che causa la mutazione è detto slittamento della replicazione (replication slippage). Malattie genetiche associate a questo tipo di mutazione sono la Corea di Huntington, la sindrome dell'X fragile, numerose Atassie Spinocerebellari (Figura 4).

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Figura 4. MUTAZIONI DINAMICHE PER ESPANSIONE DI TRIPLETTE ATG TAA 3 (CGG) n (GAA) n (CAG)
Figura 4. MUTAZIONI DINAMICHE PER ESPANSIONE DI TRIPLETTE
ATG
TAA
3
(CGG) n
(GAA) n
(CAG) n
(CTG) n
Friedreich Ataxia
Myotonic dystrophy
Fragile X syndrome
Huntington disease
SCA 1

SCA 2

SCA 3

SCA 6

SCA 7

DRPLA

Mutazioni cromosomiche per variazioni della struttura dei cromosomi

Queste variazioni (Figura 5) sono determinate da:

Delezione: aberrazione cromosomica che si ha quando si ha la perdita di un tratto di materiale genetico e dell'informazione in esso contenuta. Il segmento perso può essere localizzato in un punto qualsiasi del cromosoma anche se la perdita di un'estremità di un cromosoma lo rende instabile a meno che non venga ricoperto da un telomero. Negli individui diploidi la delezione se è eterozigote può non dare problemi, se invece la delezione è omozigote allora le conseguenze possono essere anche molto gravi. Negli individui con delezione eterozigote, la conseguenza sono delle anse di delezione visibili all'appaiamento dei due omologhi alla meiosi. Un certo numero di patologie nell'uomo è causato da delezioni e sono quasi sempre eterozigoti dato che la delezione omozigote è quasi sempre letale. Una di queste patologie è la Sindrome del Cri du Chat che è dovuta alla delezione del braccio corto del cromosoma 5; i bambini affetti da questa sindrome hanno un grave ritardo mentale, un certo numero di anomalie fisiche ed un pianto simile al miagolio di un gatto (a questo si deve il nome francese). Duplicazione: aberrazione che si ha in seguito al raddoppiamento di un tratto di un cromosoma. I segmenti duplicati possono trovarsi in punti diversi del genoma, oppure l'uno vicino all'altro in una configurazione detta a tandem; quando l'ordine dei geni è invertito abbiamo un tandem inverso, quando i tratti duplicati sono posti all'estremità di un cromosoma si ha un tandem terminale. Inversione: aberrazione che si ha quando un segmento di cromosoma viene exciso e poi reintegrato dopo rotazione di 180°. L'inversione può essere paracentrica quando riguarda solo un braccio del cromosoma, oppure pericentrica quando comprende il centromero e quindi tutte e due le braccia del cromosoma. Se l'inversione è omozigote, alla meiosi non vi è alcun problema di appaiamento tra gli omologhi; nel caso in cui sia eterozigote alla meiosi si forma un anello di inversione. In conseguenza di crossing-over all'interno dell'anello di inversione, un cromatidio ricombinante viene stirato attraverso la cellula con la formazione di un ponte dicentrico quando i due centromeri cominciano a migrare. Man mano che la migrazione procede e che la tensione aumenta, il ponte dicentrico si rompe in un punto a caso; l'altro prodotto ricombinante dell'evento di crossing- over è privo di centromero e viene perso. Al termine della meiosi due gameti possiedono tutti i geni (uno normale e l'altro con l'inversione) e sono vitali, mentre gli altri due mancano di molti geni del cromosoma e non sono vitali. Traslocazione: cambiamento di posizione di segmenti cromosomici e delle loro sequenze geniche. Le traslocazioni possono essere classificate in:

traslocazioni intracromosomiche che determinano un cambiamento di posizione di un tratto cromosomico entro lo stesso cromosoma, sia da un braccio cromosomico all'altro, sia entro lo stesso braccio. traslocazioni intercromosomiche che determinano lo spostamento di un segmento cromosomico da un cromosoma ad un altro cromosoma non omologo (traslocazione non reciproca), o lo scambio reciproco di materiale genetico tra due cromosomi non omologhi (traslocazione reciproca). Le traslocazioni reciproche sono le più

frequenti. Nei ceppi omozigoti per una traslocazione reciproca, la meiosi procede normalmente dato che tutte le paia di cromosomi possono appaiarsi regolarmente.

frequenti. Nei ceppi omozigoti per una traslocazione reciproca, la meiosi procede normalmente dato che tutte le

Figura 5- Tipi di mutazioni cromosomiche.

Mutazioni genomiche per variazione del numero dei cromosomi

Le variazioni del numero dei cromosomi danno origine a fenomeni di aneuploidia, monoploidia e poliploidia e sono per lo più dovute a eventi di non-disgiunzione meiotica (Figura 6). Il termine aneuploidia descrive la situazione anormale in cui, uno o pochi cromosomi, vengono persi o aggiunti rispetto all'assetto cromosomico normale. Nel caso di organismi diploidi abbiamo:

Nullisomia (2N - 2): implica la perdita di un paio di cromosomi omologhi. Monosomia (2N - 1): consiste nella perdita di un singolo cromosoma. Trisomia (2N + 1): implica la presenza di un singolo cromosoma in più. Tetrasomia (2N + 2): sono presenti un paio di cromosomi in più.

Figura 6. Meiosi normale e meiosi con non-disgiunzione

Aneuploidie. La non-disgiunzione meiotica

in 1° o 2° divisione meiotica.

nondisgiunzione dei nondisgiunzione dei cromosomi omologhi cromatidi fratelli
nondisgiunzione dei
nondisgiunzione dei
cromosomi omologhi
cromatidi fratelli

La trisomia del cromosoma 21 determina Sindrome diDown; gli individui affetti presentano un ridotto quoziente

intellettivo, statura al di sotto della media, mani corte e tozze e pieghe epicantiche sopra agli occhi. Nell'uomo la

trisomia del 21 è probabilmente più comune rispetto alle altre trisomie dato che il cromosoma 21 è un cromosoma molto

piccolo con meno geni della maggior parte degli altri cromosomi. Individui affetti da Sindrome di Down possono anche

derivare da un tipo diversi di aberrazione cromosomica, quella che viene chiamata traslocazione Robertsoniana.

Questa forma della sindrome è chiamata Sindrome di Down familiare.

Una traslocazione Robertsoniana è una traslocazione reciproca in cui i bracci lunghi di due cromosomi acrocentrici (con i centromeri vicini all'estremità) non omologhi si ritrovano attaccati ad un singolo centromero. Nell'uomo quando una traslocazione di questo tipo unisce il braccio lungo del cromosoma 21 con il braccio lungo del 14 (o15), il portatore eterozigote è fenotipicamente normale. D'altra parte vi è un rischio elevato tra i figli di questo portatore.

Le aneuploidie dei cromosomi del sesso si osservano molto più di frequente rispetto alle aberrazioni degli autosomi. Questo perché esiste il meccanismo di compensazione di dose in base al quale i cromosomi X in eccesso vengono inattivati diventando masse di cromatina estremamente addensate che prendono il nome di corpi di Barr. Fra le sindromi osservate nell'uomo e dovute ad aberrazioni dei cromosomi sessuale abbiamo la Sindrome di Turner (X0), la Sindrome di Klinefelter (XXY), maschi XYY e femmine XXX.

Cambiamenti relativi ad un intero assetto cromosomico La monoploidia e la poliploidia sono cambiamenti relativi all’intero assetto cromosomico. Sono letali per la maggior parte delle specie animali, ma sono tollerate dalle piante. Monoploidia - Se un individuo normale è diploide (2N), un individuo monoploide sarà N. Poliploidia – ad esempio una cellula con tre assetti cromosomici 3N è chiamata triploide e, una con quattro assetti cromosomici 4N è detta tetraploide. I poliploidi possono insorgere spontaneamente o essere indotti sperimentalmente, spesso derivano da un'alterazione dell'apparato del fuso mitotico (ad esempio, la colchicina inibisce la formazione del fuso e questo può generare un tessuto somatico con assetti cromosomici raddoppiati).

Quali sono le cause delle mutazioni?

Esistono mutazioni spontanee indotte in seguito ad errori nella replicazione del DNA o in seguito a cambiamenti chimici spontanei e mutazioni indotte da mutageni fisici (le radiazioni) e i mutageni chimici.

Le mutazioni spontanee sono:

  • a. Mutazioni indotte da errori nella replicazione del DNA. Gli errori nella replicazione del DNA avvengono per un appaiamento errato tra le basi o per slittamento di sequenze ripetute. Gli accoppiamenti errati delle basi possono formarsi perché le stesse esistono in più forme alternative chiamate tautomeri; quando ogni base è nella sua forma rara diventano possibili legami idrogeno differenti dagli originari che portano ad errori nell'appaiamento. Ad esempio la forma rara della citosina può appaiarsi con l'adenina e la forma rara della guanina può appaiarsi con la timina. E' da notare il fatto che verrebbero prodotte molte più mutazioni in seguito a cambio tautomerico se non vi fosse l'attività di "correzione delle bozze" effettuata dalle DNA polimerasi.

  • b. Mutazioni indotte da cambiamenti chimici spontanei. Sono lesioni spontanee che possono avvenire per depurinazione, deaminazione o per danni da ossidazione. Nella depurinazione, una purina (adenina o guanina), viene rimossa dal DNA rompendo il legame tra essa ed il desossiribosio. Normalmente migliaia di purine vengono perse per depurinazione e, se queste lesioni non vengono riparate, non vi è una base che serva da complementare durante la replicazione del DNA; quindi in suo luogo verrà posta una base scelta a caso e questo potrà portare ad errori nell'appaiamento. La depurinazione ha come risultato la perdita di una G o una A dal DNA. Se questo DNA viene replicato si può verificare la perdita di un nucleotide. Nella deaminazione si ha invece la rimozione di un gruppo aminico da una base. Una base soggetta a questo evento è, ad esempio, la citosina che per deaminazione diventa uracile; se l'uracile non viene riparato questi porterà alla sintesi di un'adenina nella nuova elica di DNA durante la replicazione dello stesso. La deaminazione può avvenire anche su altre basi, es. adenina, generando altre basi anomale. Danni ossidativi sono dovuti alla formazione spontanea nella cellula di specie con atomi di ossigeno molto reattive, in grado di attaccare il DNA e causare danni al singolo o al doppio filamento e danneggiamento delle basi azotate.

Le murazioni indotte sono:

  • a. Mutazioni indotte con radiazioni o con mutageni chimici. Mutageni fisici sono soprattutto radiazioni ionizzanti (raggi X, raggi gamma) e non ionizzanti (raggi UV); mutageni chimici sono molto numerosi e appartengono a diverse classi di composti. Oltre che per la natura i mutageni differiscono anche per spettro mutazionale, ovvero per il tipo (o i tipi) di mutazione che possono provocare. Spesso una stessa conseguenza può essere causata da mutageni diversi (anche per natura), anche se generalmente i meccanismi con cui essi hanno agito sono profondamente diversi. Uno degli effetti delle radiazioni UV sul DNA è la formazione di legami chimici anormali tra pirimidine adiacenti, o tra pirimidine di eliche opposte nella doppia elica; questi legami vengono indotti principalmente tra timine adiacenti sulla stessa elica o su eliche opposte del DNA dando luogo a quelle strutture che prendono il nome di dimeri di timina (TT). Questo appaiamento inusuale impedisce il normale appaiamento delle T con le corrispondenti A causando una deformazione dell'elica del

DNA ed indebolendo i legami tra le T e le A dell'elica opposta.

  • b. Mutazioni indotte con mutageni chimici. Esistono diversi mutageni chimici che si distinguono per come agiscono. Gli analoghi alle basi come il 5-Bromouracile (5BrU) sono sostanze che hanno una struttura molecolare estremamente simile a quelle delle normali basi del DNA. Il 5BrU esiste in due forme alternative: nello stato normale assomiglia alla T e si appaia con la A, nel suo stato raro si appaia solo con la G; il 5BrU induce mutazioni in quanto può cambiare forma una volta incorporato nel DNA con un meccanismo che è sostanzialmente simile a quello delle mutazioni spontanee per errori nella replicazione del DNA. La differenza sta nel fatto che la forma "rara" del 5BrU si trova con una frequenza decisamente superiore rispetto alla forma normale, quindi la frequenza delle mutazioni indotte è molto elevata. Tra gli agenti chimici di maggior rilievo sono da ricordare l’acido nitroso (sostituisce il gruppo amminico con un gruppo chetonico); l’idrossilammina (reagisce con la citosina e converte il gruppo amminico in idrossilamminico); agenti alchilanti (introducono gruppi alchilici su varie posizione dei nucleotidi).

La maggior parte delle mutazioni insorge in seguito a errori di copia durante la duplicazione del DNA. Ogni volta che una cellula umana si moltiplica deve essere replicata una sequenza di oltre tre miliardi di nucleotidi. 3 miliardi di coppie di basi devono essere replicate ad ogni divisione cellulare, in un periodo di 2-3 ore con una velocità di circa 100.000 bp/sec : errori casuali possono avvenire. Altre possibili fonti di errore possono essere: la ricombinazione e la segregazione

Eredità multifattoriale e malattie geniche complesse

Malattie genetiche

Una malattia genetica è una patologia causata da modificazioni del genoma del paziente. Nella maggior parte dei casi una malattia genetica viene ereditata da uno o entrambi i genitori. Alcune malattie genetiche sono causate da mutazioni puntiformi o di pochi nucleotidi che alterano sequenze di DNA regolative o codificanti per una proteina: esempi sono l’emofilia, la beta-talassemia e l’alfa-talassemia, la fibrosi cistica, il daltonismo, lo pseudoermafroditismo e altre 8.000 malattie (solo per gli esseri umani). In alcuni casi una malattia genetica può essere causata da alterazioni citogenetiche, come nel caso della Sindrome di Down (trisomia 21). Per altre malattie la mutazione può essere causa di predisposizione genetica. In questi casi, la patologia si sviluppa solo se in compresenza di altri fattori, come accade ad esempio per la Celiachia o il Lupus eritematoso sistemico. La prima grande distinzione tra le diverse malattie genetiche è legata al numero di geni coinvolti, per cui distinguiamo malattie monogeniche, poligeniche e multifattoriali.

Le Malattie monogeniche sono ereditate come caratteri Mendeliani semplici: si tratta di malattie dovute a una mutazione su un singolo gene che possono essere ereditate come caratteri:

autosomici dominanti ,

autosomici recessivi legati al cromosoma X.

Questo gruppo di malattie comprende circa 8000 malattie genetiche rare, che si manifestano con frequenze normalmente inferiori a 1/1000. In queste malattie, la componente genetica è largamente prevalente su quella ambientale. Il gene è responsabile della malattia ed i fattori ambientali, quali ad esempio l'alimentazione, stile di vita, abitudini o altro, possono influire poco e spesso unicamente sulle modalità con cui la malattia si sviluppa. L'eredità dei caratteri monogenici è uni fattoriale (specificata da un solo gene trasmesso secondo le leggi mendeliane della dominanza, della segregazione, dell'indipendenza). I caratteri monogenici hanno la caratteristica di essere qualitativi, cioè può essere rilevata solo la presenza o l’assenza del carattere e vengono classificati in gruppi fenotipici distinti esprimibili secondo l’alternativa di due o più qualità differenti: giallo o verde, liscio o rugoso, emofiliaco o sano (non emofiliaco), ecc.

Le Malattie poligeniche non segregano secondo leggi Mendeliane, anche se sono almeno in parte geneticamente determinati. L’eredità e l’espressione del fenotipo dipende da più geni NON allelici (loci diversi) ognuno dei quali contribuisce in modo additivo all’espressione del fenotipo. L’effetto dei geni è CUMULATIVO e nessuno è dominante o recessivo rispetto agli altri. Questi caratteri variano in maniera quantitativa nella popolazione, cioè è spesso impossibile collocare gli organismi in una classe fenotipica discreta, perché presentano un continuum di variabilità fenotipica: statura, il peso corporeo, la pressione sanguigna, i livelli di attività metabolica e altri. Sono caratteri poligenici, quelli che non dipendono da un solo gene, ma sono il risultato dell’interazione dei prodotti di più geni. I caratteri che derivano dal complesso di interazioni di più geni (caratteri non mendeliani) possono presentare una variazione continua nella "intensità" della loro manifestazione e sono quindi considerati caratteri quantitativi.I caratteri continui o quantitativi mostrano una vasta gamma di fenotipi e mostrano una relazione genotipo-fenotipo complessa.

Le Malattie multifattoriali (o malattie complesse) comprendono la maggior parte delle malattie più comuni, quali le patologie cardiovascolari e psichiatriche, l'asma e le altre malattie respiratorie, il diabete, alcuni tumori. In queste malattie il peso della componente genetica e di quella ambientale sono entrambi rilevanti. Dal punto di vista genetico sono dovute alla presenza di mutazioni in più geni, da cui il termine malattie poligeniche. Il fenotipo malattia è il risultato della interazione tra questi geni e l'ambiente. Non vi è quindi nessun gene che causa la malattia, ma più geni, ognuno dei quali conferisce una predisposizione a contrarre la malattia, senza però poterla determinare da solo. Si parla quindi di "geni di suscettibilità". Ad esempio, se una persona ha un DNA che la predispone alle malattie cardiovascolari, lo stile di vita che adotta (dieta, esercizio fisico, fumo, stress, ecc) farà si che questa predisposizione si concretizzi nella malattia oppure resti silente. L'eredità delle malattie complesse è multifattoriale quando il carattere biologico è controllato da un insieme di molti geni che agiscono, in concorso con fattori ambientali. Parliamo in questo caso di genetica quantitativa. Per l'evidenziazione di un carattere quantitativo, all'effetto genetico viene ad associarsi l'influenza dell'ambiente, quest'ultimo inteso nella sua più ampia accezione (alimentazione, condizioni igieniche, clima, tabagismo, attività fisica etc.). Sono modelli complessi di ereditarietà i caratteri come: peso corporeo, colore della pelle, l’altezza ecc. Ma anche la suscettibilità a malattie complesse come: cardiopatie, asma, diabete ecc.

Teoria poligenica dei caratteri quantitativi

Francis Galton (1822-1911) stabilì che non era possibile ricondurre caratteristiche umane come l’altezza e il peso ad alcun tipo di ereditarietà mendeliana, ma non riuscì a dedurne alcuna nuova legge di ereditarietà. Riuscì a stabilire una

correlazione lineare solo fra le medie del valore del carattere presente nei genitori ed il valore osservato nel figlio:

quanto maggiore era la media delle altezze dei due genitori, tanto maggiore era l’altezza del figlio, e viceversa. Questa osservazione tornò in accordo con le leggi di Mendel quando venne formulata la teoria poligenica dei caratteri quantitativi da Ronald Fisher (1890-1962). La teoria poligenica sostiene che quando un carattere ha una variazione continua (quindi è quantitativo), può essere spiegato dall’azione mendeliana di un gruppo di geni, ciascuno dei quali dà un certo contributo quantitativo alla determinazione del carattere. Secondo la teoria poligenica ogni singolo gene non determina se quel carattere è presente o meno, ma fornisce un piccolo contributo all’ intensità di presentazione di quel carattere, e solo la somma dei contributi dei diversi geni coinvolti determina effettivamente il valore reale osservabile per quel carattere.

Un esempio semplice, basato sul classico esempio dell'altezza, si può fare immaginando che i geni A e B contribuiscano entrambi per determinare l'altezza. Ciascun gene può presentarsi in due forme alleliche (A e B dominante; a e b recessivo) tali che se sono presenti nella forma dominante possono contribuire per 5 cm aggiuntivi all'altezza finale, mentre se sono presenti nella variante recessiva possono causare la perdita di 5 cm di altezza. In questo tipo di "collaborazione" fra i due alleli si individua una relazione di codominanza (anziché di dominanza pura), simile a quella che intercorre fra gli alleli A e B dei gruppi sanguigni. Quindi possiamo dire che A e B ricorrono nella popolazione con uguale frequenza p=q=0.5, secondo l'equilibrio di Hardy-Weinberg. I genotipi possibili ad ogni locus saranno: AA, Aa, aa, BB, Bb, bb. Fenotipicamente ci aspettiamo che le relative frequenze siano: AA e BB = 25%; Aa e Bb = 50%; aa e bb = 25%

Anche l’altro gene per lo stesso carattere, può essere presente in due forme alleliche di uguale frequenza B e b (p=q=0,5) , si esprime attraverso i genotipi: BB, Bb, bb in cui B dà un contributo simile a quello di A e b un contributo simile ad a.

Su 100 soggetti, sappiamo che in media 25 individui saranno AA (omozigoti dominanti), 25 saranno aa (omozigoti recessivi), e 50 saranno eterozigoti Aa. Se poniamo che l’altezza media sia 100 cm, gli omozigoti AA saranno alti 110 cm, gli omozigoti recessivi aa saranno alti 90 cm e gli eterozigoti saranno 100cm.

Attraverso incroci casuali, se i loci A e B sono indipendenti, potremo avere nella popolazione i genotipi: AABB, AABb, AaBB, AaBb, AAbb, aaBB, aaBb, Aabb, aabb con la seguente distribuzione dell’altezza: AABB = 120cm (4 geni dominanti che contribuiscono ciascuno per 5 cm); AABb, AaBB = 110 cm (3 geni dominanti che contribuiscono ciascuno per 5 cm e 1 recessivo che diminuisce di 5cm l’altezza); AAbb, aaBB = 100 cm (2 geni dominanti che contribuiscono ciascuno per 5 cm e 2 recessivo che diminuiscono di 5cm l’altezza); aaBb, Aabb = 90 cm (1 gene dominante che contribuisce per 5 cm e 3 recessivi che diminuiscono ciascuno di 5cm l’altezza); aabb = 80 cm (4 geni recessivi che diminuiscono di 5cm l’altezza) (Figura 1).

Malattie genetiche Una malattia genetica è una patologia causata da modificazioni del genoma del paziente. Nella

Figura 1. Distribuzione delle classi fenotipiche

Aggiungendo altri geni, al gruppo di alleli che contribuisce a determinare il carattere, e in più considerando anche una variabilità aggiuntiva legata all’ambiente, il grafico tende ad assomigliare rapidamente ad una curva a campana o curva di Gauss. All’aumentare del numero di loci la distribuzione si approssima alla distribuzione normale (Figura

2).

Malattie genetiche Una malattia genetica è una patologia causata da modificazioni del genoma del paziente. Nella

Figura 2. Distribuzione delle classi fenotipiche per 1 locus genico (A); per 2 loci (B); per 3 loci (C); per n loci (D).

Le classi fenotipiche aumentano all’aumentare del numero dei geni coinvolti. Le caratteristiche della curva di Gauss sono la media, la varianza e il quadrato della deviazione standard, che da' una misura della dispersione dei dati intorno alla media.

La media permette di riassumere in modo conveniente una distribuzione fenotipica, ed in particolare ci da informazioni sul centro della distribuzione. La media non è altro che la somma dei singoli valori divisa per il numero di osservazioni e viene usata frequentemente per riassumere i fenotipi di un gruppo di individui.

La varianza è una misura di quanto i singoli valori si distribuiscono attorno alla media. La varianza è la media aritmetica degli scarti dalla media al quadrato, σ2 (sigma quadrato):

σ

2

=

(

x

1

M

)

2

+

(

x

2

M

)

2

+...+

(

x

n

M

)

2

n

La varianza è il valor medio delle deviazioni quadrate dalla media.

La deviazione standard che non è altro che la radice quadrata di σ 2 :

Deviazione Standard = s =

2 σ
2
σ

La deviazione standard viene spesso preferita alla varianza dato che la deviazione standard è espressa nelle stesse unità di misura dei dati misurati, mentre la varianza è espressa come un valore al quadrato.

Teoria multifattoriale L'ereditabilità di un tratto quantitativo è un parametro molto importante e dà una misura quantitativa della componente genetica e quindi ereditabile di un tratto quantitativo. E`una caratteristica relativa alla popolazione.

Emerson e East formularono per primi la teoria multifattoriale secondo la quale:

la variabilità del carattere quantitativo è attribuibile alla segregazione simultanea di diversi fattori

gli effetti dei singoli fattori sono simili e additivi

agli effetti genetici si sovrappongono componenti ambientali che possono determinare variazioni del fenotipo.

E’ possibile accertare quanto un dato carattere dipende dal genotipo e quanto dall’ambiente ? In che misura la variazione fra individui per un dato carattere è dovuta alla variazione genetica e in che misura alla variazione ambientale ?

EREDITABILITA’

Nel caso dei caratteri quantitativi, è molto più difficile prevedere le prerogative della progenie di un dato incrocio rispetto ai caratteri mendeliani classici. Ciò è dovuto principalmente a due circostanze: la complessa base genetica (in quanto poligenica) dei caratteri quantitativi e la grande influenza che l’ambiente esercita sulla loro manifestazione fenotipica. Un parametro che ci può aiutare ad ipotizzare come ed in che misura un carattere quantitativo viene trasmesso alla progenie è l’ereditabilità, che si indica come h 2 . L’ereditabilità misura quale parte della variabilità fenotipica è dovuta ad effetti genetici.

2 h =
2
h
=

Variazione genetica

Variazione fenotipica totale

=

Variazione genetica

Per comprendere il significato dell’ereditabilità dobbiamo in primo luogo considerare come, nella

Variazione genetica

+

Variazione ambientale

=

  • V G

V

G

+

V

A

maggior parte dei casi, un gruppo di individui di una data specie (cioè una popolazione) presenta per un dato carattere quantitativo una certa variabilità: essi non sono cioè tutti uguali. Tale variabilità, che chiameremo totale o fenotipica perché presente a livello della manifestazione morfologica del carattere, risulta in realtà dovuta a due componenti:

quella genetica (che considera l’effetto di reali varianti alleliche nell’ambito di uno o più dei geni che controllano il carattere) e quella ambientale (dovuta al fatto che fattori esterni quali la temperatura, lo stato di salute, l’alimentazione, ecc. possono condizionare in modo differenziato i vari individui della popolazione). Potremo cioè affermare che:

V

F

= V

+ V

G

A

L’ereditabilità può variare tra 0 e 1. Essa vale zero quando la frazione si annulla, cioè quando il numeratore assume un valore pari a zero. È questo il caso di popolazioni in cui non vi è variabilità genetica: ad esempio un clone, oppure una linea pura. In questo caso la variabilità che la popolazione presenta è tutta di natura ambientale e quindi, come tale, non trasmissibile alla progenie. In altre parole, se l’ereditabilità vale zero, non ha senso selezionare alcuni individui per ottenere una progenie migliorata. L’ereditabilità vale invece uno quando il numeratore e il

denominatore della frazione si equivalgono, cioè quando tutta la variabilità fenotipica è di natura

genetica. In realtà questo è un caso del tutto irrealistico, poiché non è evidentemente possibile eliminare completamente gli effetti ambientali. L’ereditabilità, quindi, al massimo tenderà verso il valore 1, ma non lo raggiungerà mai. Più il valore dell’ereditabilità è alto e maggiori sono le probabilità di implementare la popolazione selezionando gli individui migliori e consentendo solo a

loro di dare origine alla progenie.

Per calcolare l'ereditabilità occorre prima misurare la variabilità del carattere e quindi scomporre la varianza in componenti che si possano attribuire alle diverse cause.

Componenti della varianza fenotipica La varianza fenotipica (VF) deriva da differenze genetiche tra gli individui ovvero dalla varianza genetica (VG) e dalla varianza ambientale (VA), inoltre bisogna considerare la varianza dovuta all'interazione tra l'ambiente ed i genotipi ovvero VGA. In sostanza:

VF = VG + VA + VGA

La varianza genetica può essere ulteriormente scomposta in:

1) variazione genetica additiva: alcuni alleli possono contribuire con un valore fisso al valore metrico di un carattere quantitativo. Tali geni si definiscono additivi e contribuiscono alla varianza genetica additiva (VAdd). 2) variazione genetica dominante: alcuni alleli sono dominanti su altri e mascherano il contributo degli alleli recessivi in quel locus. Questa fonte di variabilità contribuisce alla varianza genetica da dominanza (VDom). 3) variazione genetica causata dalle interazioni fra geni diversi (variazione epistatica), dovuta fondamentalmente a fenomeni di epistasi. Tale variazione contribuisce alla varianza genetica da interazione (VEpi). La varianza genetica totale risulta quindi suddivisa in queste tre forme di varianza:

V G = V Add + V Dom + V Epi

e la varianza fenotipica totale può essere riscritta come:

V F = V Add + VDom + VEpi + V A + V GA

Conducendo opportuni esperimenti è possibile stimare la proporzione di varianza totale attribuibile alla varianza genetica totale e alla varianza genetica ambientale. Volendo provare a migliorare uno specifico carattere quantitativo, tali stime indicano la direzione da prendere negli esperimenti. Se una maggiore porzione della varianza è genetica, i miglioramenti possono essere fatti selezionando individui con i valori metrici che si desidera ottenere. Al contrario, se la varianza genetica è bassa e, quindi è alta la varianza ambientale, il miglioramento di quel determinato carattere verrà ottenuto ottimizzando le condizioni ambientali in cui l’individuo verrà allevato.

Possiamo calcolare due tipi di ereditabilità: l'ereditabilità in senso lato e l'ereditabilità in senso stretto.

L'ereditabilità in senso lato corrisponde alla proporzione di varianza fenotipica che è attribuibile a varianza genetica ed è pari a:

Ereditabilità in senso lato = H 2 = V G / V F

Un valore di 0 per questa ereditabilità significa che quel determinato fenotipo non è determinato in alcun modo da varianza genetica, un risultato di 1 significa invece che il fenotipo è determinato esclusivamente da varianza genetica; un risultato di 0,5 stabilisce che quel determinato fenotipo è determinato per il 50 % da varianza genetica. L'ereditabilità in senso stretto dà una misura di quanto gli effetti genetici additivi influiscano su un dato fenotipo:

Ereditabilità in senso stretto = h 2 = V GA /VF

Dato che la varianza genetica additiva indica quella parte di varianza che risponde alla selezione, l'ereditabilità in senso stretto fornisce informazioni anche su come si evolverà un certo carattere.

Ereditabilità nelle malattie complesse

Caratteri che, oltre ad essere controllati da più geni sono anche fortemente influenzati dall’ambiente vengono definiti multifattoriali. Il carattere multifattoriale può essere:

continuo: cioè fenotipi diversi dello stesso carattere non si distinguono perfettamente e devono essere misurati.

Sono più simili tra consanguinei perché hanno avuto influenze ambientali simili e hanno parte del genotipo uguale. discontinuo: cioè fenotipi chiaramente distinguibili l’uno dall’altro senza trasmissione secondo le leggi di Mendel (es. diabete mellito). Sono detti anche caratteri con soglia, infatti il fenotipo si manifesta quando fattori

genetici e ambientali superano una soglia.

Nell’eredità delle malattie multifattoriali (complesse) non esistono geni prevalenti o “maggiori”. L’effetto finale tra le componenti genetica e ambientale è dovuto all’interazione tra geni e ambiente. Le malattie complesse non seguono, apparentemente, la distribuzione normale: se la malattia c’è o non c’è, dipende dal superamento o meno di una soglia di suscettibilità (Figura 3).

e la varianza fenotipica totale può essere riscritta come: V = V + VDom + VEpi

Figura 3. Modello multifattoriale a soglia: I fattori che predispongono all’insorgere della malattia sono distribuiti normalmente nella popolazione. Gli individui la cui predisposizione supera questa soglia manifestano la malattia.

A differenza dei fenotipi continui alcuni difetti congeniti e alcune malattie croniche dell’adulto, quali l’obesità, l’asma, il diabete, l’osteoporosi, sono considerati CARATTERI DISCONTINUI (A SOGLIA). Il modello statistico che descrive i caratteri discontinui prevede la presenza di una soglia: sviluppano quel fenotipo solo le persone che hanno un numero di fattori di suscettibilità superiore ad un livello soglia empiricamente definito. La soglia è un parametro FISSO per ogni carattere. Nella popolazione generale poche persone si trovano agli estremi della curva (hanno pochi o molti fattori di suscettibilità), piuttosto la maggior parte delle persone ha un numero medio di fattori.

I consanguinei dei pazienti, che condividono con loro un numero di geni proporzionale al grado di consanguineità, presentano in media un numero di fattori di suscettibilità maggiore rispetto alla popolazione generale, per questo mostrano uno spostamento a sinistra della curva della suscettibilità. A secondo del grado di parentela varia la probabilità di superare o meno la soglia. Infatti dall’incrocio di due consanguinei la curva si sposta verso destra, quindi il numero di individui che supera la soglia AUMENTA (Figura 4). Parenti di primo grado: condividono 1/2 dei loro geni con il probando; parenti di secondo grado, 1/4; parenti di terzo grado, 1/8. La frazione di geni condivisi è uguale al Coeficente di Consanguineità.

Soglia N Curva della u predisposizione m Curva della predisposizione er di o di in di
Soglia
N
Curva
della
u
predisposizione
m
Curva
della
predisposizione
er
di
o
di
in
di
Individui
Predisposizione
Figura 4. Gli individui la cui predisposizione supera la soglia manifestano la malattia. I fratelli di individui affetti
mostrano un rischio maggiore rispetto alla media della popolazione e una maggiore proporzione di questi ultimi
presenta una predisposizione che supera la soglia.

Genetica di popolazione

La genetica classica studia i processi genetici che riguardano i singoli individui e come i geni vengono trasmessi da un individuo all’altro: l’unita’ di studio e’ l’individuo. La genetica molecolare studia la natura molecolare dell’eredita’: come viene codificata nel DNA e come i processi biochimici la traducano in un fenotipo. L’interesse e’ concentrato sulla cellula. La genetica quantitativa studia l’ereditarieta’ di caratteri determinati dall’azione simultanea di piu’ geni, all’interno di

gruppi di individui. La genetica di popolazione studia l’ereditarieta’ di caratteri determinati da uno o pochi geni in gruppi di individui e si occupa dello studio della costituzione genetica delle popolazioni e di come cambia da generazione a generazione. La popolazione è l’unità di base del cambiamento evolutivo. La POPOLAZIONE è considerata la più piccola unità nella quale è possibile un cambiamento evolutivo, perché può permettere l’origine di nuovi alleli e il cambiamento della loro frequenza. L’evoluzione non avviene a livello di individui, ma di popolazioni e specie.

La genetica di popolazione può essere considerata uno strumento per studiare:

la distribuzione dei geni in una popolazione;

le frequenze dei geni e dei genotipi; le frequenze di alcune malattie nelle diverse popolazioni.

Infatti, tutti gli individui di una specie condividono gli stessi locus, quindi condividono un insieme di alleli (pool genico). Tuttavia i loci possono presentare più alleli. Gruppi di individui possono presentare assortimenti allelici differenti cioè genotipi differenti. I parametri utilizzati nello studio della genetica di popolazioni sono:

Frequenza allelica – corrisponde alla proporzione di uno specifico allele in un dato locus, considerando che la

popolazione può avere anche più alleli per un locus; Frequenza genotipica – corrisponde alla proporzione di uno specifico genotipo ad un dato locus, considerando che sono possibili molti genotipi diversi.

Le frequenze genotipiche sono correlate alle frequenze geniche dalla formula:

p 2 +2pq+q 2 = (p+q) 2 = 1

Quando una popolazione e’ all’equilibrio per un locus con 2 alleli (A e a) presenti nella popolazione rispettivamente con frequenza p e q, le frequenze genotipiche saranno uquali a p 2 +2pq +q 2 . Questa regola deriva direttamente dalla I legge di Mendel. Infatti, se consideriamo un incrocio tra eterozigoti Aa x Aa e consideriamo la frequenza p dell’allele A e la frequenza q dell’allele a, possimo verificare che le frequenze dei tre possibili genotipi sono date da:

e la varianza fenotipica totale può essere riscritta come: V = V + VDom + VEpi

p 2 (AA) + q 2 (aa) + 2pq (Aa) = 1 [dove p = frequenza allelica di A e q = frequenza allelica di a]. L’equazione di 1° grado sopra riportata rappresenta la legge di Hardy-Weinberg.

LA LEGGE DI HARDY-WEINBERG

La legge di Hardy-Weinberg permette di stabilire su basi matematiche che, in una popolazione in equilibrio (cioè in assenza di perturbazioni), le frequenze relative di ciascun allele si perpetuano inalterate di generazione in generazione. Nella realtà, le popolazioni sono entità dinamiche, soggette a forze perturbanti che, alterando la frequenza degli alleli, fanno sì che la popolazione si evolva. Tali forze sono legate a fenomeni di mutazione, di migrazione, di selezione naturale e di deriva genica (fluttuazioni puramente casuali della frequenza allelica).

Secondo la legge di Hardy-Weinberg in una popolazione, che deve avere i seguenti requisiti:

il numero di individui deve essere praticamente infinito

assenza di immigrazione ed emigrazione

panmissia (incrocio casuale)

assenza di selezione assenza di mutazione

le frequenze geniche rimangono costanti e le frequenze genotipiche si stabilizzano in modo che la frequenza degli omozigoti sia il quadrato di quella dell'allele, mentre quelle degli eterozigoti siano il doppio prodotto delle frequenze degli alleli posseduti.

Se le condizioni elencate sopra fossero sempre rispettate le frequenze genotipiche nelle popolazioni sarebbero sempre in equilibrio e IMMUTABILI nel tempo, cioè non ci sarebbe alcuna EVOLUZIONE.

Una popolazione all' equilibrio è un entità astratta, non soggetta ad evoluzione. Nel 1908 G. H. Hardy (matematico) e W. Weinberg (medico) definirono "popolazione in equilibrio" una popolazione all´interno della quale, né le frequenze alleliche, né la distribuzione dei genotipi mutano col succedersi delle diverse generazioni.

Secondo la legge di Hardy-Weinberg, i fattori principali che governano i mutamenti evolutivi a carico di una popolazione e che cambiano le frequenze geniche di una popolazione sono:

  • 1. Selezione naturale;

  • 2. Mutazioni, che forniscono il materiale grezzo per il cambiamento, ma le frequenze di mutazione sono generalmente

così basse che, di per sé, le mutazioni non determinano la direzione del cambiamento evolutivo;

  • 3. Flusso genico, cioè il movimento di alleli verso l´interno o verso l´esterno del pool genico, può introdurre nuovi alleli

o alterare la proporzione degli già presenti. Ha spesso l´effetto di controbilanciare la selezione naturale;

  • 4. Deriva genica, è il fenomeno per cui certi alleli aumentano o diminuiscono di frequenza e, talvolta, anche

scompaiono, come risultato di eventi casuali. Esempio di deriva genica è il fenomeno detto "collo di bottiglia";

  • 5. Accoppiamento non casuale (consanguineità), che provoca cambiamenti nelle proporzioni dei genotipi, ma può anche

non influire sulle frequenze alleliche.

Supponiamo che esista una popolazione infinitamente numerosa nella quale si verifichino le già note condizioni di panmissia; in essa siano presenti i genotipi AA, Aa, aa con le frequenze rispettive del 64%, 32%, 4%. Alla gametogenesi avremo evidentemente che:

gli individui AA daranno tutti i gameti con A , quindi 64 A;

gli individui Aa daranno ½ gameti con A e ½ con a, quindi 16 A e 16 a;

gli individui aa daranno tutti i gameti con a, quindi 4 a; la frequenza dei geni nel complesso dei gameti sarà 80 (64+16) A e 20 (16+4) a.

Al momento della fecondazione, poiché gli incontri dei gameti avvengono a caso, ossia secondo le loro rispettive probabilità, siccome nei grandi gruppi statistici frequenze e probabilità si equivalgono, ne consegue che la nuova generazione avrà esattamente la stessa composizione: genetica della generazione parentale:

f(AA) = 80 x 80 /

100= 64%

f(Aa) = 80 x 20 / 100 = 32%

f(aa) = 20x20 / 100 = 4%

Si può quindi concludere che, in condizioni di riproduzione libera e casuale ed in popolazioni molto numerose, la distribuzione dei genotipi e la frequenza dei relativi geni non subiscono alcuna modificazione attraverso le diverse

generazioni. In altri termini, la composizione genetica di una popolazione panmittica resta costante, e non dipende che dalla frequenza dei singoli geni.

Consideriamo ad esempio un gene caratterizzato da due alleli, A e a, con frequenza rispettivamente A = p e a = q.

Se sono rispettate le condizioni sopra riportate, la popolazione sarà composta da individui omozigoti dominanti AA con frequenza p 2 , da individui omozigoti recessivi aa con frequenza q 2 , da individui eterozigoti Aa con frequenza 2pq.

Se poniamo, a titolo di esempio: p = 0,3 e q = 0,7, la frequenza del genotipo AA è data dal prodotto delle frequenze di ciascun allele, vale a dire [0,3 x 0,3] = 0,09. Da considerazioni analoghe si ricava che la frequenza del genotipo aa è [0,7 x 0,7] = 0,49, mentre la frequenza del genotipo Aa è 2x[0,3 x 0,7] = 0,42.

Poichè per il gene considerato esistono solo gli alleli A e a, la somma delle loro frequenze sarà:

(p + q) = (0,3 + 0,7) = 1.

La somma delle frequenze dei genotipi, espressa come p 2 + 2pq + q 2 , è uguale a (p + q) 2 = 1 2 = 1. Al momento della riproduzione, rispettando le condizioni già ricordate, ogni individuo ha identica probabilità di trasmettere i propri alleli alla generazione successiva.

L'allele A è trasmesso con probabilità 1 dalla frazione p 2 di individui omozigoti AA e con probabilità 1/2 dalla frazione 2pq di individui eterozigoti Aa. La probabilità di trasmettere l'allele A è pertanto :

p 2 + (2pq) / 2 = p 2 + pq = p (p + q) = p.

Considerazioni analoghe indicano che la probabilità di trasmettere l'allele a è uguale a q. Alla generazione successiva i due alleli si ritrovano con le stesse frequenze e così di seguito. Finchè sono rispettate le condizioni imposte, le frequenze degli alleli rimangono stabili da una generazione all'altra.

Esempio:

Calcolo delle frequenze alleliche per un locus con due alleli codominanti. Per il locus per il gruppo sanguigno MN in cui i genotipi sono riconoscibili fenotipicamente supponiamo di avere un campione di 100 individui così distribuiti:

Fenotipi

Genotipi

n. individui

M

MM

52

MN

MN

36

N

NN

12

Possiamo calcolare le relative frequenze alleliche: [n° copie allele presente / n° totale degli alleli] frequenza allele M = f(M) = (52 x 2) + 36/200 = 0,7 frequenza allele N = f(N) (12 x 2) + 36 / 200 = 0,3

Se la popolazione campionata rispetta equilibrio di H.W. le distribuzioni genotipiche attese sono:

p 2 (MM)= 0,7x0,7= 0.49 2pq (MN)= 2x0,7x0,3=0,42 q 2 (NN)= 0,3x0,3=0,009 Il test del 2 [ (osservati - attesi) 2 /attesi] mi dice che gli scostamenti fra osservati e attesi NON sono statisticamente significativi, quindi la legge di Hardy-Wenberg è rispettata.

SELEZIONE

Lo studio della selezione naturale è lo studio dell’interazione tra geni ed ambiente, a livello di organismi, ma anche di singoli geni. Possiamo definire la SELEZIONE NATURALE come l’insieme dei fattori che tendono a favorire, o sfavorire, la tendenza a riprodursi di un dato genotipo. La selezione naturale è il meccanismo con cui avviene l'evoluzione delle specie e secondo cui, nell'ambito della diversità genetica delle popolazioni, si ha un progressivo aumento della frequenza di individui con caratteristiche ottimali (fitness) per l'ambiente di vita, rispetto ad altri individui. Poiché gli organismi competono per le risorse più soddisfacenti, quelli con i geni che si adattano meglio al loro ambiente sopravvivono con maggiore probabilità e trasmettono i loro geni. I geni con maggiore “valore adattativo”

rispetto all’ambiente dovrebbero aumentare la loro frequenza con il tempo. L’ADATTAMENTO è sostanzialmente l’effetto della selezione naturale.

I principi fondamentali su cui si basa la selezione naturale sono:

il principio della variazione, che afferma che tra gli individui di una popolazione esiste una variabilità dei

caratteri (ossia il polimorfismo);

il principio dell’ereditarietà, che localizza nei geni l'origine della variabilità delle caratteristiche fenotipiche trasmissibili ai discendenti per mezzo della riproduzione (la possibilità che il polimorfismo venga trasmesso nelle generazioni);

la fertilità o mortalità differenziale, per cui non tutti gli individui hanno la stessa probabilità di sopravvivere; il principio dell’adattamento, secondo il quale alcuni individui, i "più adatti" all'ambiente, presentano caratteri che offrono un vantaggio di sopravvivenza e di riproduzione e, di conseguenza, i loro tratti fenotipici diventano prevalenti nella popolazione.

Il parametro comunemente utilizzato per misurare la selezione naturale è la FITNESS che permette di misurare l’efficienza riproduttiva di un dato genotipo per un dato ambiente e in un dato momento. Genotipi con fitness elevata aumenteranno di frequenza nelle generazioni successive e diventeranno più rappresentati, mentre genotipi con fitness bassa, diventeranno sempre meno frequenti, fino alla scomparsa. La fitness si riferisce, quindi, alla capacità di produrre prole (capacità riproduttiva); poiché il numero di discendenti che un individuo può generare dipende sia dalla sua capacità di arrivare allo stato adulto sia dalla sua fertilità, possiamo considerare la fitness come il prodotto di due componenti, la vitalità e la fertilità:

fitness = vitalità × fertilità

Fenotipi che hanno la capacità di sopravvivenza, ma sono sterili, hanno fitness nulla.

La fitness è influenzata dall’ambiente in cui l’organismo vive, infatti, lo stesso fenotipo può avere fitness diverse in ambienti diversi. L’esito finale della selezione naturale può essere l’eliminazione di uno o dell’altro allele, oppure lo stabilizzarsi di un polimorfismo con due o più alleli. Gli effetti della selezione naturale possono essere:

  • 1. Selezione contro l’omozigote recessivo - La selezione avviene a sfavore degli omozigoti recessivi. In questo modello gli eterozigoti e gli omozigoti dominanti hanno fenotipo e fitness identici, mentre gli omozigoti recessivi hanno una fitness considerevolmente ridotta. L’esito finale della selezione contro il genotipo omozigote recessivo è l’eliminazione dell’allele stesso. Esempio: I letali recessivi sono il caso limite di selezione contro il genotipo omozigote recessivo: gli individui (aa) hanno fitness zero, ossia muoiono prima dell’età riproduttiva oppure sono sterili.

  • 2. Selezione contro l’allele dominante - In un modello di selezione contro l’allele dominante la pressione selettiva determina una diminuzione della frequenza dell’allele stesso. La selezione è più efficace contro gli alleli dominanti poiché questi vengono espressi sia negli omozigoti (AA) che negli eterozigoti (Aa). Se si assume che la dominanza rispetto alla fitness sia completa, gli omozigoti dominanti e gli eterozigoti avranno la stessa efficienza riproduttiva. Il destino dell’allele sottoposto a pressione selettiva è quello di essere eliminato (come nel caso precedente). Se un allele dominante è sterile o letale, la frequenza dell’allele dominante tende a diventare nulla nell’arco di una generazione di selezione.

  • 3. Selezione in assenza di dominanza - In alcuni casi la fitness degli eterozigoti è intermedia tra le fitness dei due omozigoti dominante e recessivo. L’efficacia della selezione dipende fortemente dal grado con cui i geni dannosi sono espressi negli eterozigoti. Anche in condizioni di assenza di dominanza il destino dell’allele selezionato è quello di essere eliminato: la sua frequenza infatti tende a diminuire progressivamente sino a divenire nulla in condizioni di equilibrio.

  • 4. Vantaggio dell’eterozigote (sovradominanza) - La selezione a favore dell’eterozigote è differente dai modelli precedenti in maniera significativa: la sovradominanza porta ad un equilibrio polimorfico stabile in cui le frequenze alleliche sono determinate dai coefficienti di selezione contro i due genotipi omozigoti (s e t). Entrambi gli alleli rimangono nella popolazione con frequenze p e q fintanto che i coefficienti di selezione conferiscono agli eterozigoti una fitness superiore rispetto adambedue gli omozigoti. Quindi, il modello della sovradominanza permette di mantenere la variabilità. Si parla in questo caso di eterosi, o di polimorfismo bilanciato. Un esempio classico è l'eterosi, che si attua quando gli individui eterozigoti per un determinato allele (A/a) possiedono una fitness maggiore rispetto sia agli omozigoti recessivi (a/a) che a quelli dominanti (A/A). Questo meccanismo dipende dalla presenza contemporanea di due pressioni selettive, una che agisce

contro gli omozigoti recessivi e l’altra contro gli omozigoti dominanti. È il caso dell'eterosi per l'anemia falciforme, che si riscontra nelle zone dove esiste la presenza endemica del parassita che provoca la malaria, il Plasmodio falciparum. Il Plasmodio falciparum si replica all’interno dei globuli rossi degli individui omozigoti dominanti che muoiono di malaria; gli individui omozigoti recessivi, per la presenza della mutazione che determina l’anemia falciforme, muoiono di talassemia mentre gli individui eterozigoti, avendo globuli rossi più piccoli, non consentono al Plasmodio della malaria di replicarsi e sono gli unici che sopravvivono. Nel tempo le epidemie di malaria hanno continuato a selezionare gli eterozigoti, perchè più resistenti e ciò ha permesso di mantenere nella popolazione l’allele a dell’anemia che non è mai stato eliminato nonostante l’effetto di sovradominanza.

  • 5. Selezione contro gli eterozigoti (sottodominanza) - Vi sono situazioni in cui gli eterozigoti hanno una fitness minore rispetto ai genotipi omozigoti. Le frequenze di equilibrio sono instabili. Quindi in condizioni di sottodominanza una popolazione che non è in equilibrio si allontanerà ulteriormente dalle frequenze di equilibrio fino a che l’allele avente inizialmente una frequenza superiore rispetto a quella di equilibrio viene fissato. La situazione di una popolazione inizialmente in equilibrio non è destinata a persistere; deviazioni da tale equilibrio, causate da deriva e da altri fattori, tenderanno ad eliminare l’uno o l’altro allele. Sulla base di queste considerazioni si può dire che il modello di selezione contro l’eterozigote non permette di mantenere il polimorfismo. Questo modello selettivo, peraltro non descritto in natura, è importante perché può spiegare un meccanismo di isolamento delle popolazioni nelle fasi iniziali dei processi di speciazione.

  • 6. Selezione dipendente dalla frequenza - Accanto al modello che avvantaggia il genotipo eterozigote vi sono altre forme di selezione che possono portare ad un polimorfismo bilanciato (equilibrio stabile). Uno di questi è la selezione dipendente dalla frequenza. Siamo di fronte ad una selezione dipendente dalla frequenza quando le fitness genotipiche variano in relazione alle frequenze dei vari genotipi . La selezione dipendente dalla frequenza è un meccanismo che contribuisce a mantenere variabilità, in quanto la fitness di un genotipo aumenta quando questo diviene più raro. La selezione dipendente dalla frequenza può essere particolarmente importante nei casi di migrazione (gli immigranti possono avere un vantaggio in termini di mating poiché sono rari; i loro geni quindi saranno stabilizzati con maggiore probabilità nella popolazione a cui si sono uniti).

MUTAZIONI

Le mutazioni sono un fattore evolutivo essenziale, perché generano quella variabilità genetica indispensabile, senza la quale l'evoluzione non potrebbe avvenire. Le mutazioni sono cambiamenti dell’informazione genetica e rappresentano il punto di partenza dei processi evolutivi che sono all’origine della comparsa di nuovi alleli.

La variabilità genetica insorge e si diffonde all’interno delle popolazioni naturali con due meccanismi principali:

mutazione (cambiamenti casuali nel DNA di un organismo che possono dare origine a un nuovo allele) e ricombinazione (formazione di nuove combinazioni di geni mediante la riproduzione sessuata e il crossing-over).

Le mutazioni entrano a far parte del pool genico di una popolazione soltanto se compaiono nella linea germinale e possono essere vantaggiose, svantaggiose o neutre. Le mutazioni puntiformi missenso determinano la sostituzione dell’amminoacido che generalmente non provoca conseguenze nella funzionalità della proteina (polimorfismi o varianti), ma ci sono casi in cui anche una minima alterazione può avere conseguenze gravi. Es. mutazione Apert (Cys755Gly) del gene human fibroblast growth factor receptor 2 (FGFR2); la mutazione Pfeiffer (Cys342Arg) del gene human fibroblast growth factor receptor 2 (FGFR2). La mutazione nonsenso è quella in cui la modificazione nucleotidica provoca la creazione di un tripletta di stop, che blocca la sintesi della proteina prematuramente. In questo caso, la funzionalità della proteina dipenderà dalla posizione dello stop. La mutazione frame-shift (inserzione o delezione di nucleotidi che determinano scivolamento del codice di lettura del DNA) determina la traduzione non corretta della proteina a valle della mutazione.

Le mutazioni possono consentire alle popolazioni di adattarsi a nuove condizioni ambientali e possono fornire alla selezione naturale nuove varianti (o combinazioni di varianti) tra le quali selezionare quelle più idonee.

Essendo la maggior parte delle mutazioni non favorevoli, gli organismi hanno sviluppato diversi meccanismi per la riparazione del DNA dai vari danni che può subire, riducendo in questo modo il tasso di mutazione. Gli effetti delle mutazioni possono essere notevolmente diversi a seconda del tipo di mutazione e della posizione in cui questa si verifica. Una mutazione può non portare a nessuna conseguenza quando interessa DNA che non codifica (o meglio sembra non codificare) per nessun prodotto genico (il cosiddetto junk DNA o DNA spazzatura ) . Se la mutazione

avviene all’interno di sequenze codificanti, ovvero i geni, si ha una variazione nel tipo o nella quantità del corrispettivo prodotto genico, che può essere una proteina o RNA funzionale (rRNA, tRNA, snRNA ecc.). Parliamo in questo caso di mutazione biochimica; se la mutazione biochimica porta a una variazione visibile del fenotipo si parla di mutazione morfologica. In relazione agli effetti della mutazione possiamo distinguere le mutazioni in:

mutazione positiva: se porta ad un vantaggio evolutivo;

mutazione neutra: se non risulta in un depotenziamento della capacità riproduttiva dell’individuo;

mutazione disvitale o semiletale: se rende più difficoltosa la perpetuazione riproduttiva dell’individuo (il tipico esempio sono le malattie genetiche che debilitano in qualche modo l’individuo, rendendolo meno capace di riprodursi, senza però impedirglielo totalmente);

mutazione subletale: se non permette all’individuo di raggiungere l’età riproduttiva; mutazione letale: se porta alla morte dell'individuo in fase embrionale o fetale.

MIGRAZIONE E FLUSSO GENICO

Il FLUSSO GENICO può essere definito come un movimento di ALLELI da un pool genico ad un altro per migrazione di individui. Il trasferimento di alleli tra due popolazioni e’ mediato dal matrimonio: gli individui portatori di nuovi geni devono riprodursi per contribuire al pool genetico delle generazioni successive ed determinare flusso genico. Definisce gli scambi genetici che possono avvenire tra popolazioni.

Il fenomeno del flusso genico tende ad omogeneizzare i pool genici delle popolazioni a causa di migrazioni matrimoniali e mescolamento tra grandi gruppi.

Il movimento di geni da una popolazione all’altra:

  • 1. aumenta la numerosità effettiva di una popolazione

  • 2. introduce e diffonde alleli unici nella nuova popolazione.

  • 3. se le frequenze alleliche delle popolazioni migranti e residenti differiscono, il flusso genico cambia le frequenze alleliche della popolazione residente

  • 4. ostacola la fissazione degli alleli.

Le conseguenze sono:

aumento della variabilità genetica entro la popolazione per introduzione di nuovi alleli

diminuzione della variabilità genetica tra popolazioni.

DERIVA GENETICA

Nella realtà non esistono popolazioni infinitamente grandi, ma se sono abbastanza grandi la legge di Hardy-Weinberg è valida. E’ vero infatti che nelle popolazioni piccole si può avere un cambiamento nelle frequenze geniche come risultato di una deviazione delle frequenze genotipiche attese. Questo cambiamento dovuto al caso è chiamato deriva genetica. Le variazioni casuali sono originate da fenomeni che non hanno niente a che vedere con il pool genico della popolazione o con il singolo locus che si sta considerando. Esempio tipico sono le catastrofi naturali che non uccidono gli individui sulla base del loro patrimonio genetico. La deriva genica consiste nel cambiamento del pool genico per azione del caso. Esistono due modi in cui la deriva genetica può avere un effetto sulle frequenze alleliche:

l’effetto collo di bottiglia;

l’effetto del fondatore

L’effetto del fondatore:

si verifica quando una piccola popolazione, che si separa da una più grande, ha un pool genico differente da quella del

gruppo originario. Più è piccolo il campione fondatore tanto meno i colonizzatori rappresenteranno il pool genico di

una popolazione. L’esempio più estremo è una singola femmina gravida che emigra in un nuovo habitat, se la nuova colonia sopravvive, la deriva casuale continuerà ad influenzare la frequenza allelica fino a che la popolazione non raggiungerà una dimensione sufficientemente grande. Un esempio molto menzionato di effetto del fondatore è quello relativo alla popolazioni Amish: un centinaio di individui di questo gruppo religioso, sfuggendo alla persecuzione, migrarono dalla Svizzera alla Pennsylvania tra il 1720 e il 1770. In seguito, praticamente tutti gli Amish della Pennsylvania si concentrarono nella contea di Lancaster dove sono rimasti riproduttivamente isolati dagli altri Americani. Nel 1964, quando la popolazione era arrivata alle 8000 unità, il genetista Victor McKusick studiò a fondo gli Amish e scopri una frequenza insolitamente elevata della "sindrome di Ellis - van Creveld".

Collo di bottiglia:

si verifica quando una popolazione viene drasticamente ridotta di numero da eventi non collegati con la selezione naturale. La piccola popolazione che sopravvive probabilmente non rappresenta significativamente l’assetto genetico della popolazione originale, alcuni alleli possono ritrovarsi in misura maggiore, altri in misura minore o possono essere addirittura scomparsi. Nella specie umana, si cita spesso il caso degli Ebrei Ashkenaziti in cui l’elevata frequenza della malattia di Tay- Sachs, che causa una degenerazione del sistema nervoso, è attribuita al fatto che la popolazione durante il Medio Evo venne perseguitata e sterminata provocando il fenomeno del collo di bottiglia.

Perché è importante la deriva genetica? – Importanza evolutiva: cambiamento non adattativo, specie in piccole popolazioni. – Importanza per la conservazione: perdita di diversità genetica, specie in piccole popolazioni. Importanza biomedica: alleli patologici altrove rari possono essere comuni in piccole popolazioni.

La deriva riduce la variabilità entro popolazioni e aumenta quella fra popolazioni. Deriva genetica significa che c’è una componente casuale nel successo riproduttivo. In generale, la deriva genica porta, a breve termine, alla riduzione della variabilità ereditaria, che poi può essere ristabilita ad un livello normale nel corso delle generazioni grazie al fenomeno della mutazione e qualora il numero di individui ritorni consistentemente elevato.

ACCOPPIAMENTI NON CASUALI – CONSANGUINEITA’

Il modello di Hardy-Weinberg richiede che gli accoppiamenti tra gli individui di una popolazione siano casuali affinchè venga mantenuto l’equilibrio in un determinato locus genico. Se la frequenza di accoppiamento che si verifica è diversa dalle previsioni, c’è deviazione dalla casualità e l’equilibrio previsto dal modello di Hardy-Weinberg non sarà rispettato.

Si definiscono consanguinei due individui che hanno un antenato in comune. Quando la scelta del partner riproduttivo non è casuale rispetto al suo genotipo, si parla di accoppiamento assortativo. L’accoppiamento assortativo sarà di tipo:

positivo quando si scelgono preferenzialmente partner geneticamente simili;

negativo quando si scelgono preferenzialmente partner geneticamente diversi.

L’unione assortativa positiva o inbreeding (o inincrocio) avviene quando l’accoppiamento tra individui imparentati avviene con frequenza maggiore di quella dovuta al caso. L’inincrocio o inbreeding avviene per accoppiamento fra individui che condividono una certa quota di alleli identici per discendenza. Può essere la conseguenza di matrimoni fra membri di comunità ristrette e geograficamente isolate oppure può essere la conseguenza di matrimoni combinati fra consanguinei (p.es. primi cugini) per ragioni religiose, culturali, patrimoniali etc.

Il Coefficiente di inbreeding (F), misura le conseguenze genetiche dell’inbreeding e rappresenta la probabilità che due alleli estratti a caso dallo stesso locus di due individui siano uguali per discesa. I coefficienti di inbreeding possono essere stimati dalle frequenze genotipiche e dagli alberi genealogici.

Cosa succede alle frequenze genotipiche quando c’è inbreeding?

Supponiamo di partire da un incrocio tra individui eterozigoti per i caratteri A e a:

P:

Aa x Aa

Alla F1 ci aspettiamo 25% AA

50% Aa

25% aa

quindi le relative frequenze sono:

f(AA) =

¼

f(Aa) =

½

f(aa) = ¼

Se per ciascun gruppo di individui avvengono unioni preferenziali, cioè c’è inbreeding, gli individui AA si uniranno preferenzialmente con AA; gli individui Aa si uniranno preferenzialmente con Aa; gli individui aa si uniranno preferenzialmente con aa.

In questo modo cambiano le frequenze genotipiche come riportato nella figura sotto:

AA x AA Aa x Aa aa x aa AA Aa aa AA AA Aa aa
AA x AA
Aa x Aa
aa x aa
AA
Aa
aa
AA
AA
Aa
aa
aa
Generazione 1
100%
25%
50%
25%
100%
AA
Aa
aa
Generazione 2
100%
50%
100%
25%
25%
Generazione 3
100%
50%
100%
25%
25%
Generazione 4
Frequenza dei genotipi
0
25
50
75
100

A partire dall’incrocio iniziale:

 

Aa x Aa

Generazione 1

25% AA

50% Aa

25% aa

Generazione 2

37.5% AA

25% Aa

37.5% aa

Generazione 3

43.75% AA

12.5% Aa

43.75% aa

Generazione 4

50% AA

50% aa

Gli effetti dell’inbreeding sono:

 
  • 1. l’aumento del numero di loci omozigoti;

  • 2. l’evidenza di alleli recessivi deleteri o letali;

  • 3. l’aumento di omozigosità della popolazione, ma non ci sono evidenti cambiamenti delle frequenze alleliche.

Le frequenze alleliche non cambiano in presenza di inbreeding. La consanguineità da sola non modifica le frequenze alleliche ma, alterando l’unione dei geni a formare i genotipi, modifica la distribuzione genotipica (figura 2).

avviene all’interno di sequenze codificanti, ovvero i geni, si ha una variazione nel tipo o nella

Figura 2. Le frequenze alleliche non variano dalla generazione 0 alla generazione n.

Applicazioni della legge di Hardy-Weinberg

1.

Calcolo delle frequenze genotipiche e alleliche

 

Esempio: Supponiamo di avere una popolazione naturale in cui sono presenti 3 fenotipi facilmente distinguibili dovuti a 2 alleli del locus A: A1 e A2 Su 1000 individui è possibile riconoscere:

  • 353 individui con fenotipo A1A1;

 
  • 494 con fenotipo A1A2;

  • 153 con fenotipo A2A2.

La frequenza genotipica A1A1 è data da: 353 / 1000 = 0.353 La frequenza genotipica A1A2 è data da: 494 / 1000 = 0.494 La frequenza genotipica A2A2 è data da: 153 / 1000 = 0.153

 

La somma e’ 1 e le singole percentuali descrivono quantitativamente il pool genico per quel locus all’interno del gruppo di individui che stiamo considerando.

Se vogliamo calcolare la frequenza allelica f(A1) e f(A2) applichiamo la seguente formula:

 

Frequenza allelica = numero di copie di un allele totale degli alleli

 

Gli alleli A1 sono: 353x2 (gli omozigoti introducono 2 alleli A1) + 494 (gli eterozigoti introducono solo 1 allele A1)

Gli alleli A2 sono: 153x2 (gli omozigoti introducono 2 alleli A2) + 494 (gli eterozigoti introducono solo 1 allele A2)

Anche il numero totale di alleli deve essere moltiplicato per 2 perché gli organismi diploidi introducono nel pool genico 2 alleli, uno materno e uno paterno.

Quindi:

p = f(A1) = (353x2) + 494

=

1200

= 0.60

2000

2000

q = f(A2) = (153x2) + 494 =

800

= 0.40

2000

2000

Dalla legge di Hardy-Weinberg q e viceversa.

p+q = 1

da cui si puo’ dedurre che una volta calcolato uno dei due: 1-p =

2.

Determinazione della frequenza genica e della frequenza del portatore per una malattia Autosomica Recessiva.

Esempio: La fenilchetonuria è una malattia autosomica recessiva la cui frequenza alla nascita è circa 1/10.000.

GENOTIPO

AA

Aa

aa

Fenotipo

normale

portatore normale

affetto

Frequenza del genotipo

p 2

2pq

q 2

Frequenza degli affetti alla nascita

 

q 2 = 1/10000

Frequenza genica del gene malattia

q

= 1/100 = 0,01

 

Frequenza genica del gene normale

p = 99/100 = 0,99

Frequenza dei portatori

2pq = 2 x 0.01 x 0.99 = 0,02

3.

Determinazione della incidenza di una malattia AR

Esempio: Supponiamo che la frequenza genica dei portatori di Anemia Falciforme in una data popolazione sia il 10%. QUAL E’ L’INCIDENZA DELL’ANEMIA FALCIFORME ALLA NASCITA PER QUESTA POPOLAZIONE?

FREQUENZA DEI PORTATORI

2pq =10%= 0,10

Dalla legge di H-W sappiamo che (p+q) = 1 da cui

possiamo ricavare anche p = (1-q).

Quindi la frequenza del portatore può anche essere scritto come:

2pq = 2 (1-q)q = (2-2q)q = 2q – 2q 2 = 0,10

da cui

otteniamo: 2q 2 - 2q + 0,10 = 0

[ equazione di 2° grado = (ax 2 + bx +c =0)]

Risolvendol’equazione di 2° grado 2q 2 - 2q + 0,10 = 0

Otteniamo:

q = 0,053 rappresenta la frequenza dell’allele a = f(a)

La frequenza degli affetti da anemia falciforme è data dalla frequenza genotipica:

f (aa) = [0,053 x 0,053] = 0,0028 =q 2

4.

Determinazione della frequenza del portatore per una malattia X-linked recessiva.

Esempio: Nella popolazione caucasica la frequenza dei maschi daltonici è 0.08 (1/12).

Essendo la malattia è X-linked, sappiamo che se i maschi ereditano l’X mutato saranno affetti, quindi in questo caso il maschio affetto (emizigote) ha una frequenza pari a 0.08.

  • a. Qual è la frequenza delle femmine daltoniche?

q 2 = (0.08) 2 = 0.0064 (1/156)

  • b. Qual è la frequenza delle femmine portatrici del carattere daltonismo?

q=0.08

quindi

p=1-0.08= 0.92

2pq= 2 x 0.92 x 0.08=c.a 0.15