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 Polimorfismo: la presenza di due o più forme alleliche in una specie; ovvero la
 Polimorfismo: la presenza di due o più forme alleliche in una specie; ovvero la

Polimorfismo: la presenza di due o più forme alleliche in una specie; ovvero la presenza di alleli che mostrano variazioni in una data posizione.

di due o più forme alleliche in una specie; ovvero la presenza di alleli che mostrano
 Polimorfismi della lunghezza dei frammenti di restrizione (RFLP): i primi marcatori genetici utilizzati. 
 Polimorfismi della lunghezza dei frammenti di restrizione (RFLP): i primi marcatori genetici utilizzati. 
 Polimorfismi della lunghezza dei frammenti di restrizione (RFLP): i primi marcatori genetici utilizzati. 
 Polimorfismi della lunghezza dei frammenti di
restrizione (RFLP): i primi marcatori genetici
utilizzati.
 Il marcatore genetico
è la lunghezza dei
frammenti di
restrizione che
contengono al loro
interno una particolare
sequenza.
 Altri marcatori genetici:  Ripetizioni in tanden in numero variabile ( VNTR ) o
 Altri marcatori genetici:  Ripetizioni in tanden in numero variabile ( VNTR ) o

Altri marcatori genetici:

Ripetizioni in tanden in numero variabile (VNTR) o

minisatelliti contengono regioni lunghe 10 ÷ 100 bp, ripetute in numero variabile di volte: stessa sequenza, differente numero di ripetizioni. In ogni individuo, VNTR basate sullo stesso motivo ripetuto possono comparire soltanto una volta o più volte nel genoma,

con differente lunghezze su differenti cromosomi.

La distribuzione delle lunghezze delle ripetizioni è il marcatore.

Alec Jeffrey sviluppò il “DNA finger-printing” basato sui minisatelliti.

 DNA finger-printing
 DNA finger-printing

DNA finger-printing

 DNA finger-printing
 DNA finger-printing
 Polimorfismi di brevi ripetizioni in tandem ( STRP ) o microsatelliti: sono regioni lunghe
 Polimorfismi di brevi ripetizioni in tandem ( STRP ) o microsatelliti: sono regioni lunghe

Polimorfismi di brevi ripetizioni in tandem (STRP) o microsatelliti: sono regioni lunghe soltanto 2 ÷ 5 bp, ma

ripetute molte volte, tipicamente 10 ÷ 30 copie consecutive.

Come marcatori, gli STRP hanno sulle VNTR parecchi

vantaggi, uno dei quali è la distribuzione più uniforme nel genoma umano. Rilevazione mediante amplificazione con la PCR seguita dal sequenziamento dell’amplicone. Il “profiling” del DNA basato sugli STRP ha rimpiazzato il “DNA finger-printing”.

 Questi marcatori genetici non sono comunemente localizzati entro geni codificanti per proteine, ma ci
 Questi marcatori genetici non sono comunemente localizzati entro geni codificanti per proteine, ma ci

Questi marcatori genetici non sono comunemente localizzati entro geni codificanti per proteine, ma ci

sono alcune eccezioni, come le ripetizioni CAG nel gene per la corea di Huntington ed alcuni altri geni patologici. Applicazioni mediche dei marcatori genetici:

a.

nella tipizzazione per identificare i donatori compatibili per trapianti;

b.

nell’ identificazione della suscettibilità ad una

malattia;

c.

nella previsione della variabilità individuale nella

risposta ai farmaci (farmacogenomica).

 Polimorfismo a singolo nucleotide (SNP) : un polimorfismo provocato dal cambiamento di un singolo
 Polimorfismo a singolo nucleotide (SNP) : un polimorfismo provocato dal cambiamento di un singolo

Polimorfismo a singolo nucleotide (SNP): un polimorfismo provocato dal cambiamento di un

singolo nucleotide e responsabile della maggior parte

della variazione genetica tra individui.

Tutte le persone, eccetto i fratelli o le sorelle identici, hanno sequenze di DNA esclusive. Le differenze

complessive tra le sequenze genomiche di individui

non imparentati corrispondono a circa 0,1%. Molte delle differenze tra individui hanno la forma di SNP. Esistono anche molte corte delezioni.

 Ciascuno di noi ha un insieme accumulato di SNP che rispecchia mutazioni avvenute nei

Ciascuno di noi ha un insieme accumulato di SNP che rispecchia mutazioni avvenute nei nostri progenitori. Alcuni gruppi di SNP vengono coereditati come blocchi, mentre altri no. Le mutazioni in differenti

molecole di DNA di cromosomi diploidi si separano entro una singola generazione, per assortimento. Le mutazioni sullo stesso cromosoma si separano più

lentamente, per ricombinazione.

Le mutazioni nella stessa molecola di DNA nei cromosomi diploidi si dissocieranno per effetto di

eventi di ricombinazione che avvengono tra i loro loci.

Maggiore è la distanza tra due siti, maggiore è la frequenza di ricombinazione.

 Gli aplotipi sono combinazioni locali di polimorfismi genetici che tendono ad essere coereditati. 

Gli aplotipi sono combinazioni locali di polimorfismi genetici che tendono ad essere coereditati. Combinazioni discrete di SNP nelle regioni povere di ricombinazione definiscono l’aplotipo o “genotipo aploidedi un individuo. Gli aplotipi permettono una caratterizzazione molto

economica di interi genomi.

dei geni responsabili di malattie o di altre correlazioni fenotipo-genotipo.

Semplificano la ricerca

 Nel genoma umano, le proteine del MHC, noto nella specie umana come sistema HLA(
 Nel genoma umano, le proteine del MHC, noto nella specie umana come sistema HLA(
 Nel genoma umano, le proteine del MHC, noto nella specie umana come sistema HLA(

Nel genoma umano, le proteine del MHC, noto nella specie umana come sistema HLA(Human Leucocyte Antigen), sono codificate in una regione di 4 Mb sul

cromosoma 6p21.31.

Il sitema è altamente polimorfico con 50 ÷ 150 alleli per ogni locus.

La serie delle proteine MHC espresse definisce un

aplotipo parziale di un individuo. Rispetto ad altri blocchi aplotipici, la regione MHC presenta una variabilità

individuale insolitamente ampia.

Le regione MHC contiene oltre 120 geni espressi che codificano per proteine che:

forniscono il meccanismo con cui il sistema

immunitario distingue le molecole “self” dalle molecole “non-self”;

determinano i profili individuali di competenza per la

resistenza alle malattie;

sono utili marcatori per la determinazione delle affinità tra popolazioni umane ed animali e per la ricostruzione delle migrazioni su grande scala delle popolazioni e delle interazioni tra queste.

 Gli aplotipi MHC controllano la compatibilità donatore-ricevente nei trapianti;  Gli aplotipi MHC influenzano
 Gli aplotipi MHC controllano la compatibilità donatore-ricevente nei trapianti;  Gli aplotipi MHC influenzano

Gli aplotipi MHC controllano la compatibilità donatore-ricevente nei trapianti;

Gli aplotipi MHC influenzano la suscettibilità allo sviluppo di patologie autoimmuni; Gli aplotipi MHC determinano i “pattern” di resistenza alla malattia; Gli aplotipi MHC influenzano la scelta del partner sessuale, attraverso l’associazione tra l’aplotipo MHC e l’odore corporeo.

 Delezioni e duplicazioni di segmenti cromosomici (CNVs) sono i maggiori responsabili della variazione tra

Delezioni e duplicazioni di segmenti cromosomici (CNVs) sono i maggiori responsabili della variazione

tra gli individui e sono un fattore fondamentale

nell’evoluzione umana ed in molte malattie, come le malattie mentali, i disordini dello sviluppo e le neoplasie. I CNVs si formano ad una più alta velocità

di altri tipi di mutazioni e ciò avviene con meccanismi

simili sia nei batteri, nei lieviti che negli esseri umani.

Alcuni esempi che mostrano come la variabilità del numero di copie di geni specifici può offrire un vantaggio selettivo:

Il gene dell’amilasi salivare, AMY1, mostra variazione del

numero di copie nelle popolazioni umane e la quantità di amilasi salivare è direttamente proporzionale al numero di copie del gene AMY1. Il numero medio di copie di AMY1 è

più alto nelle culture che consumano un alto livello di

amido rispetto a quelle che ne consumano poco.

Esiste una correlazione tra il il numero di copie del gene della chemochina CCL3La e la suscettibilità all’HIV/AIDS.

Tuttavia la maggior parte delle CNVs negli esseri umani

sembra essere non adattativo o svataggioso, ed è presente perché non è stato ancora epurato. Approssimativamente

il 75% del CNV viene ritrovato con una frequenza di meno

del 3% nelle popolazioni umane, suggerendo un origine

stocastica ed una manutenzione della maggior parte di queste variazioni.

 I polimorfismi genetici ci forniscono la possibilità di  I polimorfismi genetici ci forniscono
 I polimorfismi genetici ci forniscono la possibilità di  I polimorfismi genetici ci forniscono

I polimorfismi genetici ci forniscono la possibilità di

I polimorfismi genetici ci forniscono la possibilità di

predire le differenze tra individui nella suscettibilità

predire le differenze tra individui nella suscettibilità

 

alle malattie.

alle malattie.

I “biomarkersdi suscettibilità includono:

I “biomarkersdi suscettibilità includono:

polimorfismi nel metabolismo di farmaci/carcinogeni,

polimorfismi nel metabolismo di farmaci/carcinogeni,

nella capacità di riparare il DNA e nei geni che

nella capacità di riparare il DNA e nei geni che

controllano la crescita cellulare.

controllano la crescita cellulare.

  I polimorfismi negli enzimi che metabolizzano I polimorfismi negli enzimi che metabolizzano
  I polimorfismi negli enzimi che metabolizzano I polimorfismi negli enzimi che metabolizzano

 

I polimorfismi negli enzimi che metabolizzano

I polimorfismi negli enzimi che metabolizzano

farmaci/carcinogeni sono un determinante importante

farmaci/carcinogeni sono un determinante importante

nella suscettibilità individuale alle neoplasie ed alle

nella suscettibilità individuale alle neoplasie ed alle

reazioni avverse ai farmaci. Tali polimorfismi possono

reazioni avverse ai farmaci. Tali polimorfismi possono

essere dovuti a fattori ereditabili e/o fattori ambientali.

essere dovuti a fattori ereditabili e/o fattori ambientali.

 

Metabolismo dei farmaci: 1) reazioni di ossidazione

Metabolismo dei farmaci: 1) reazioni di ossidazione

mediate dagli enzimi citocromi P450 nel fegato 2)

mediate dagli enzimi citocromi P450 nel fegato 2)

coniugazioni come glucorinidazione, sulfazione ed

coniugazioni come glucorinidazione, sulfazione ed

 

acetilazione.

acetilazione.

Uno dei citocromi P450, CYP2D6 è molto importante nel

Uno dei citocromi P450, CYP2D6 è molto importante nel

metabolismo di farmaci usati in clinica con circa il 25-50 %

metabolismo di farmaci usati in clinica con circa il 25-50 %

di di

questi che vengono metabolizzati da questo enzima.

questi che vengono metabolizzati da questo enzima.

  Il polimorfismo dell’enzima CYP2D6 risulta in Il polimorfismo dell’enzima CYP2D6 risulta in
  Il polimorfismo dell’enzima CYP2D6 risulta in Il polimorfismo dell’enzima CYP2D6 risulta in

 

Il polimorfismo dell’enzima CYP2D6 risulta in

Il polimorfismo dell’enzima CYP2D6 risulta in

metabolizzatori modesti, intermedi, efficienti ed

metabolizzatori modesti, intermedi, efficienti ed

ultrarapidi (UM) dei farmaci substrati di questo enzima.

ultrarapidi (UM) dei farmaci substrati di questo enzima.

 

E’ plausibile che il genotipo ultrarapido, dove esiste più di

E’ plausibile che il genotipo ultrarapido, dove esiste più di

gene attivo su di un allele, sia il risultato di una selezione

gene attivo su di un allele, sia il risultato di una selezione

dovuto ad una dieta selettiva in certe popolazioni del nord

dovuto ad una dieta selettiva in certe popolazioni del nord

est dell’Africa. Il fenotipo UM si ritrova nel 5,5% della

est dell’Africa. Il fenotipo UM si ritrova nel 5,5% della

 

popolazione dell’ovest europeo.

popolazione dell’ovest europeo.

Il polimorfismo di CYP2D6 ha un’influenza significativa

Il polimorfismo di CYP2D6 ha un’influenza significativa

sulla farmacocinetica di circa il 50% dei farmaci in uso

sulla farmacocinetica di circa il 50% dei farmaci in uso

 

clinico.

clinico.

Le conseguenze del polimorfismo alle dosi ordinarie dei

Le conseguenze del polimorfismo alle dosi ordinarie dei

farmaci possono essere o reazioni avverse o nessuna

farmaci possono essere o reazioni avverse o nessuna

risposta al farmaco.

risposta al farmaco.

 Polimorfismi nella riparazione del DNA o nel  Polimorfismi nella riparazione del DNA o
 Polimorfismi nella riparazione del DNA o nel  Polimorfismi nella riparazione del DNA o

Polimorfismi nella riparazione del DNA o nel

Polimorfismi nella riparazione del DNA o nel

processamento del DNA danneggiato sono noti da

processamento del DNA danneggiato sono noti da

lungo tempo per quanto riguarda rari disordini

lungo tempo per quanto riguarda rari disordini

ereditari che coinvolgono difetti della riparazione del

ereditari che coinvolgono difetti della riparazione del

DNA o della stabilità cromosomica.

DNA o della stabilità cromosomica.

Circa 130 geni diversi sono coinvolti nella

Circa 130 geni diversi sono coinvolti nella

nell’escissione del DNA o nella riparazione delle basi.

nell’escissione del DNA o nella riparazione delle basi.

Inoltre, una bassa efficienza nella riparazione del DNA

Inoltre, una bassa efficienza nella riparazione del DNA

è è

neoplasie della pelle, del cervello, del polmone, dello

neoplasie della pelle, del cervello, del polmone, dello

stata associata con un’aumentata suscettibilità a

stata associata con un’aumentata suscettibilità a

stomaco, del seno, della vescica, del collo/testa e del

stomaco, del seno, della vescica, del collo/testa e del

colon.

colon.

 Più di 100 geni sono coinvolti come regolatori positivi  Più di 100 geni
 Più di 100 geni sono coinvolti come regolatori positivi  Più di 100 geni

Più di 100 geni sono coinvolti come regolatori positivi

Più di 100 geni sono coinvolti come regolatori positivi

(proto-oncogeni) o negativi (geni onco-soppressori)

(proto-oncogeni) o negativi (geni onco-soppressori)

della crescita cellullare, così come il ciclo cellulare e

della crescita cellullare, così come il ciclo cellulare e

l’apoptosi.

l’apoptosi.

Polimorfismi di questi geni che includono p53, p21,

Polimorfismi di questi geni che includono p53, p21,

Her/neu, ras, APC, IL-10 e ciclina D1, possono essere

Her/neu, ras, APC, IL-10 e ciclina D1, possono essere

associati allo sviluppo di neoplasie.

associati allo sviluppo di neoplasie.

 

Si definisce associazione genetica il caso di due o più

Si definisce associazione genetica il caso di due o più

tratti in una popolazione di individui, di cui almeno un

tratti in una popolazione di individui, di cui almeno un

tratto è chiaramente noto essere di origine genetica.

tratto è chiaramente noto essere di origine genetica.

 

Gli studi di associazione genetica hanno lo scopo di

Gli studi di associazione genetica hanno lo scopo di

saggiare se alleli di un singolo locus o frequenze di

saggiare se alleli di un singolo locus o frequenze di

genotipi (o più generalmente, frequenze di aplotipi

genotipi (o più generalmente, frequenze di aplotipi

multilocus) differiscono tra due gruppi di individui

multilocus) differiscono tra due gruppi di individui

 

(controlli sani e pazienti).

(controlli sani e pazienti).

L’associazione genetica può essere tra fenotipi, tra un

L’associazione genetica può essere tra fenotipi, tra un

fenotipo ed un polimorfismo genetico, come un SNP, o tra

fenotipo ed un polimorfismo genetico, come un SNP, o tra

due polimorfismi genetici. L’associazione tra due

due polimorfismi genetici. L’associazione tra due

polimorfismi genetici avviene quando non c’è

polimorfismi genetici avviene quando non c’è

un’associazione “random” dei loro alleli; ciò risulta dalla

un’associazione “random” dei loro alleli; ciò risulta dalla

loro prossimità nello stesso cromosoma linkage

loro prossimità nello stesso cromosoma linkage

genetico.

genetico.

Tuttavia il “linkage” può essere incompleto per effetto

Tuttavia il “linkage” può essere incompleto per effetto

del “crossing-overdurante la meiosi. La frequenza del

del “crossing-overdurante la meiosi. La frequenza del

crossing-over” non è uguale in tutte le porzioni del

crossing-over” non è uguale in tutte le porzioni del

cromosoma (minore in regione pericentromerica). E’

cromosoma (minore in regione pericentromerica). E’

stato stimato che 80% della ricombinazione

stato stimato che 80% della ricombinazione

genomica avvenga in non più di 25% del genoma

genomica avvenga in non più di 25% del genoma

umano.

umano.

Quando la distanza tra due loci cromosomici è molto

Quando la distanza tra due loci cromosomici è molto

ridotta, idealmente 0 cM, c’è solo uno stato possibile –

ridotta, idealmente 0 cM, c’è solo uno stato possibile –

linkage- così l’equilibrio è formalmente impossibile.

linkage- così l’equilibrio è formalmente impossibile.

Perciò, quando il “crossing-over” non avviene mai tra i

Perciò, quando il “crossing-over” non avviene mai tra i

loci, sono detti essere nel disequilibrio di “linkage”.

loci, sono detti essere nel disequilibrio di “linkage”.

Tipi di approcci per gli studi di associazione:

Tipi di approcci per gli studi di associazione:

Studi caso - controllo confronto tra

Studi caso - controllo confronto tra

pazienti e soggetti sani per la frequenza del

pazienti e soggetti sani per la frequenza del

genotipo o dell’aplotipo.

genotipo o dell’aplotipo.

Studio di famiglie i genitori dei pazienti

Studio di famiglie i genitori dei pazienti

sono usati come controlli.

sono usati come controlli.

 Malattie causate da una combinazione di multipli  Malattie causate da una combinazione di

Malattie causate da una combinazione di multipli

Malattie causate da una combinazione di multipli

fattori genetici e fattori ambientali.

fattori genetici e fattori ambientali.

Numerosi studi di associazione hanno permesso di

Numerosi studi di associazione hanno permesso di

identificare i fattori di rischio genetico per alcune

identificare i fattori di rischio genetico per alcune

 

 

 

 

comuni malattie:

comuni malattie:

Diabete mellito di tipo I HLA, gene dell’insulina,

Diabete mellito di tipo I HLA, gene dell’insulina,

gene CTLA4;

gene CTLA4;

Mallattia di Alzheimer gene dell’APOE;

Mallattia di Alzheimer gene dell’APOE;

Trombosi venosa profonda mutazione del fattore V;

Trombosi venosa profonda mutazione del fattore V;

Morbo di Crohn mutazione di NOD2, variazione

Morbo di Crohn mutazione di NOD2, variazione

genetica nel cromosoma 5q31.

genetica nel cromosoma 5q31.

 Nel genoma umano ci sono probabilmente tra 10 ed i  Nel genoma umano

Nel genoma umano ci sono probabilmente tra 10 ed i

Nel genoma umano ci sono probabilmente tra 10 ed i

milioni di SNPs, circa uno ogni 100 300 basi. Di

milioni di SNPs, circa uno ogni 100 300 basi. Di

30 30

questi SNP, circa 4 milioni sono SNPs comuni, con

questi SNP, circa 4 milioni sono SNPs comuni, con

entrambi gli alleli di ogni SNP che ha una frequenza

entrambi gli alleli di ogni SNP che ha una frequenza

sopra il 20%.

sopra il 20%.

La presenza di un particolare allele di SNP in un

La presenza di un particolare allele di SNP in un

individuo viene determinata con il saggio

individuo viene determinata con il saggio

(tipizzazione genetica) di un campione di DNA

(tipizzazione genetica) di un campione di DNA

genomico.

genomico.

La coeredità di alleli SNP degli aplotipi produce

La coeredità di alleli SNP degli aplotipi produce

associazioni tra tali alleli nella popolazione.

associazioni tra tali alleli nella popolazione.

  Lo scopo del “ Internatinal HapMap Project” è stato quello Lo scopo del

 

Lo scopo del “Internatinal HapMap Project” è stato quello

Lo scopo del “Internatinal HapMap Project” è stato quello

di determinare i “patterns” comuni della variazione di

di determinare i “patterns” comuni della variazione di

sequenza del DNA nel genoma umano, caratterizzando le

sequenza del DNA nel genoma umano, caratterizzando le

varianti di sequenza, le loro frequenze e le correlazioni tra

varianti di sequenza, le loro frequenze e le correlazioni tra

esse, in campioni di DNA da popolazioni con antenati da

esse, in campioni di DNA da popolazioni con antenati da

parti dell’Africa, dell’Asia e dell’Europa.

parti dell’Africa, dell’Asia e dell’Europa.

 

Lo scopo finale di questo progetto internazionale è quello

Lo scopo finale di questo progetto internazionale è quello

di di

ricercatori a scoprire i fattori genetici che contribuiscono

ricercatori a scoprire i fattori genetici che contribuiscono

sviluppare uno strumento di ricerca che possa aiutare i

sviluppare uno strumento di ricerca che possa aiutare i

alla suscettibilità alle malattie, alla protezione contro le

alla suscettibilità alle malattie, alla protezione contro le

malattie ed alla risposta ai farmaci.

malattie ed alla risposta ai farmaci.

  Il “ 1000 Genomes project ”, iniziato nel 2008, è una ricerca Il
  Il “ 1000 Genomes project ”, iniziato nel 2008, è una ricerca Il

 

Il “1000 Genomes project”, iniziato nel 2008, è una ricerca

Il “1000 Genomes project”, iniziato nel 2008, è una ricerca

internazionale che ha lo scopo di creare un catalogo molto

internazionale che ha lo scopo di creare un catalogo molto

dettagliato della variazione genetica umana. Gli scienziati

dettagliato della variazione genetica umana. Gli scienziati

hanno pianificato di sequenziare i genomi di almeno 1000

hanno pianificato di sequenziare i genomi di almeno 1000

partecipanti anonimi di diversi gruppi etnici.

partecipanti anonimi di diversi gruppi etnici.

 

Nel 2010 il progetto ha terminato la fase preliminare,

Nel 2010 il progetto ha terminato la fase preliminare,

mentre il sequenziamento di 1092 genomi è stato riportato

mentre il sequenziamento di 1092 genomi è stato riportato

in una pubblicazione su Nature dell’ottobre 2012.

in una pubblicazione su Nature dell’ottobre 2012.

 

Il progetto ha coinvolto numerosi gruppi di ricerca

Il progetto ha coinvolto numerosi gruppi di ricerca

interdisciplinari in tutto il mondo (Cina, Italia, Giappone,

interdisciplinari in tutto il mondo (Cina, Italia, Giappone,

Kenia, Nigeria, Perù, Gran Bretagna e Stati Uniti).

Kenia, Nigeria, Perù, Gran Bretagna e Stati Uniti).

Cambiamenti nel numero e nell’ordine dei geni crea la diversità genetica entro le popolazioni e

Cambiamenti nel numero e nell’ordine dei geni crea la diversità genetica entro le popolazioni e tra le popolazioni.

  I genomi di tutti gli individui, eccetto i gemelli monozigoti, I genomi di

 

I genomi di tutti gli individui, eccetto i gemelli monozigoti,

I genomi di tutti gli individui, eccetto i gemelli monozigoti,

sono unici. Come le impronte digitali , i genomi forniscono

sono unici. Come le impronte digitali , i genomi forniscono

un’identificazione personale unica.

un’identificazione personale unica.

 

I genomi di ogni persona combina i genomi derivati dai due

I genomi di ogni persona combina i genomi derivati dai due

genitori. Perciò, i genomi sono anche capaci di indicare le

genitori. Perciò, i genomi sono anche capaci di indicare le

parentele, in particolare , di identificare la paternità.

parentele, in particolare , di identificare la paternità.

 

Il genoma di ogni persona contiene geni che influenzano,

Il genoma di ogni persona contiene geni che influenzano,

caratteri riconoscibili, come il colore degli occhi.

caratteri riconoscibili, come il colore degli occhi.

 

A differenza delle impronte digitali i genomi contengono

A differenza delle impronte digitali i genomi contengono

molte più informazioni su una persona rispetto alla

molte più informazioni su una persona rispetto alla

semplice identificazione. Problemi etici e giuridici.

semplice identificazione. Problemi etici e giuridici.

Le caratteristiche molecolari sono impiegate da 100

Le caratteristiche molecolari sono impiegate da 100

anni per identificare le persone e le parentele:

anni per identificare le persone e le parentele:

 

1) Gruppi sanguigni A, B, AB e O dimostra solo

1) Gruppi sanguigni A, B, AB e O dimostra solo

l’innocenza, non la colpevolezza.

l’innocenza, non la colpevolezza.

 

2)Le sequenze del DNA sono invece in grado di fornire

2)Le sequenze del DNA sono invece in grado di fornire

una prova positiva di colpevolezza o paternità a)

una prova positiva di colpevolezza o paternità a)

RFLP; b) VNTR (“DNA fingerprinting”, Alec Jeffreys

RFLP; b) VNTR (“DNA fingerprinting”, Alec Jeffreys

1984) tuttavia per questa identificazione si

1984) tuttavia per questa identificazione si

richiedono grandi quantità di DNA non degradato (10

richiedono grandi quantità di DNA non degradato (10

÷ ÷

50 ng di DNA di lunghezza non inferiore a 20000 ÷

50 ng di DNA di lunghezza non inferiore a 20000 ÷

25000 bp); c) con lo sviluppo della PCR si sono

25000 bp); c) con lo sviluppo della PCR si sono

amplificate e poi saggiate (sequenziamento del DNA)

amplificate e poi saggiate (sequenziamento del DNA)

corte regioni notoriamente variabili nella popolazione.

corte regioni notoriamente variabili nella popolazione.

L’amplificazione mediante PCR ha portato ad un notevole

L’amplificazione mediante PCR ha portato ad un notevole

miglioramento della sensibilità (basta 1 ng di DNA per

miglioramento della sensibilità (basta 1 ng di DNA per

identificare regioni di 100 bp).

identificare regioni di 100 bp).

 

Il metodo prevede:

Il metodo prevede:

1) amplificazione mediante PCR di un STR contenente 2

1) amplificazione mediante PCR di un STR contenente 2

÷ 5 bp, ripetuta tra qualche volta ad una dozzina di volte.

÷ 5 bp, ripetuta tra qualche volta ad una dozzina di volte.

Si producono ampliconi di 200 ÷ 500 bp. I loci usati

Si producono ampliconi di 200 ÷ 500 bp. I loci usati

comunemente presentano 5 ÷ 20 alleli comuni, e vengono

comunemente presentano 5 ÷ 20 alleli comuni, e vengono

saggiati 8 ÷ 15 loci.

saggiati 8 ÷ 15 loci.

2) sequenziamento degli ampliconi.

2) sequenziamento degli ampliconi.

DNA mitocondriale umano (16569 bp): contiene

DNA mitocondriale umano (16569 bp): contiene

una regione ipervariabile di 100 bp, che varia dell’1 ÷

una regione ipervariabile di 100 bp, che varia dell’1 ÷

2% tra individui non imparentati (differenze in 8

2% tra individui non imparentati (differenze in 8

posizioni). Vantaggi dell’uso del DNA mitocondiale:

posizioni). Vantaggi dell’uso del DNA mitocondiale:

molto abbondante e stabile.

molto abbondante e stabile.

Identificazione del genere: identificazione di qualsiasi

Identificazione del genere: identificazione di qualsiasi

sequenza che sia peculiare del cromosoma Y per

sequenza che sia peculiare del cromosoma Y per

dimostrare l’origine maschile. In alternativa, ricerca della

dimostrare l’origine maschile. In alternativa, ricerca della

versione corta (cromosoma X; - 6bp) e versione lunga

versione corta (cromosoma X; - 6bp) e versione lunga

(cromosoma Y) del gene per l’angiotensina. , due

(cromosoma Y) del gene per l’angiotensina. , due

bande; , una banda.

bande; , una banda.

  “ Forensic DNA phenotyping ” (FDP) è un campo giovane “ Forensic DNA
  “ Forensic DNA phenotyping ” (FDP) è un campo giovane “ Forensic DNA
  “ Forensic DNA phenotyping ” (FDP) è un campo giovane “ Forensic DNA

 

Forensic DNA phenotyping” (FDP) è un campo giovane

Forensic DNA phenotyping” (FDP) è un campo giovane

della genetica forense ed include, nel senso più ampio,

della genetica forense ed include, nel senso più ampio,

l’estrazione dell’informazione sui fenotipi umani attraverso

l’estrazione dell’informazione sui fenotipi umani attraverso

l’analisi molecolare di campioni biologici di una scena del

l’analisi molecolare di campioni biologici di una scena del

 

crimine.

crimine.

Attualmente, FDP coinvolge principalmente la predizione

Attualmente, FDP coinvolge principalmente la predizione

dal DNA delle caratteristiche esternamente visibili (EVCs)

dal DNA delle caratteristiche esternamente visibili (EVCs)

dell’uomo ed alcune volte la deduzione dal DNA

dell’uomo ed alcune volte la deduzione dal DNA

 

dell’etnicità degli antenati.

dell’etnicità degli antenati.

Con il progresso delle conoscenze di genetica umana, si è

Con il progresso delle conoscenze di genetica umana, si è

cominciato a capire quali geni sono coinvolti nel EVCs

cominciato a capire quali geni sono coinvolti nel EVCs

come la pigmentazione della pelle, il tipo dei capelli od il

come la pigmentazione della pelle, il tipo dei capelli od il

peso corporeo.

peso corporeo.

 Per quei EVCs, come il colore degli occhi e dei  Per quei EVCs,
 Per quei EVCs, come il colore degli occhi e dei  Per quei EVCs,
 Per quei EVCs, come il colore degli occhi e dei  Per quei EVCs,

Per quei EVCs, come il colore degli occhi e dei

Per quei EVCs, come il colore degli occhi e dei

capelli, un numero ragionevolmente piccolo di

capelli, un numero ragionevolmente piccolo di

marcatori (varianti del DNA o SNPs) sono stati

marcatori (varianti del DNA o SNPs) sono stati

identificati, così da permettere una larga

identificati, così da permettere una larga

proporzione di variazione delle caratteristiche e

proporzione di variazione delle caratteristiche e

pertanto fornire una forte accuratezza della

pertanto fornire una forte accuratezza della

predizione.

predizione.

E’ stato già prodotto un saggio del DNA, validato

E’ stato già prodotto un saggio del DNA, validato

per uso forense, che permette di predire il colore

per uso forense, che permette di predire il colore

degli occhi del sospettato.

degli occhi del sospettato.