Cause endogene di malattia:

LE PATOLOGIE GENETICHE
II lezione

Dott.ssa Donatella Conconi

RTDA
Dip. di Medicina e Chirurgia
UNIMIB
Non esiste una classificazione omnicomprensiva

/microduplicazione

Mitocondriali
 BASI MOLECOLARI

Il gene è l’unità funzionale del patrimonio genetico; è

costituito da una sequenza di nucleotidi.

Il codice genetico è la successione lineare dei nucleotidi -

codoni (triplette).

Le mutazioni sono variazioni della sequenza del DNA,

pertanto sono stabili ed ereditabili.
Le mutazioni possono essere spontanee o indotte.

Le mutazioni spontanee insorgono da errori durante

la duplicazione del DNA.
Genoma 3,2 x 109 basi
Velocità DNA polimerasi ~ 100000 bp/sec
Frequenza errori DNA polimerasi ~ 1/105
Correzione errori (3’ 5’) ~ 1/107

Le mutazioni indotte sono provocate da agenti di

natura chimica o fisica chiamati agenti mutageni.
Agenti chimici: catrame, sali inorganici, tossine ecc.
Agenti fisici: UV (dimeri timina), radiazioni ionizzanti
 Mutazioni

Variazioni della sequenza del DNA:

o EREDITATE dai genitori

o DE NOVO

OMOGENEE (durante la gametogenesi materna o paterna)

A MOSAICO (a livello post-zigotico)
GERMINALI (trasmissibili)
SOMATICHE (non interessa le gonadi)
 Mutazioni puntiformi

SONO CAUSATE DA SOSTITUZIONI DI

BASI O DA INSERZIONI/DELEZIONI DI
COPPIE DI BASI

SOSTITUZIONE SLITTAMENTO
 Mutazioni puntiformi

MUTAZIONI PUNTIFORMI – SOSTITUZIONE

A transversione
C
T T
r r
a a
n n
PURINA PURINA = TRANSIZIONE
s s
i i PIRIMIDINA PIRIMIDINA = TRANSIZIONE
z z
i i PURINA PIRIMIDINA = TRANSVERSIONE
o o
n n
e e

Frequenza: 1/100000 divisioni cellulari

G transversione T
 Mutazioni puntiformi

MUTAZIONI PUNTIFORMI – SOSTITUZIONE

In una regione codificante, una mutazione puntiforme per
sostituzione ha 3 possibili conseguenze:
1) MUTAZIONE SILENTE

IL NUOVO CODONE CONTENENTE LA MUTAZIONE CODIFICA PER

LO STESSO AMINOACIDO (RIDONDANZA DEL CODICE GENETICO)
 Mutazioni puntiformi
MUTAZIONI PUNTIFORMI – SOSTITUZIONE
In una regione codificante, una mutazione puntiforme ha 3
possibili conseguenze:

2) MUTAZIONE MISSENSO

CONSERVATIVA NON CONSERVATIVA

IL NUOVO CODONE
IL NUOVO CODONE
CODIFICA PER UN AA
CODIFICA PER UN
DIVERSO, MA CHE NON
AMINOACIDO
MODIFICA LE
CARATTERISTICHE
CARATTERISTICHE
CHIMICO-FISICHE
CHIMICO-FISICHE DELLA
DIVERSE
PROTEINA
 Mutazioni puntiformi

MUTAZIONI PUNTIFORMI – SOSTITUZIONE

MUTAZIONE MISSENSO
(NON CONSERVATIVA)

GAG GTG

ACIDO GLUTAMMICO VALINA

C5H9NO4 HO2CCH(NH2)CH(CH3)2

IL NUOVO CODONE CODIFICA PER UN AMINOACIDO DIVERSO

 Mutazioni puntiformi
MUTAZIONE MISSENSO
(NON CONSERVATIVA)

IL NUOVO CODONE CODIFICA PER UN AMINOACIDO DIVERSO

Anemia falciforme: mutazione missenso in posizione 6 della catena P nella catena β
dell’emoglobina.
Sostituzione di acido glutamminco con valina

I globuli rossi assomigliano ad una falce, sono

viscosi e si aggregano formando degli ostacoli al
normale flusso sanguigno
Anemia (scarsa sopravvivenza g.r.)
Infezioni ripetute
Rischio ischemia
https://ghr.nlm.nih.gov/condition/sickle-cell-disease
Ipertensione polmonare
Resistenza alla malaria
 Mutazioni puntiformi

MUTAZIONI PUNTIFORMI – SOSTITUZIONE

In una regione codificante, una mutazione puntiforme ha 3
possibili conseguenze:
3) MUTAZIONE NON-SENSO

TAT TAA
TIROSINA STOP CODON
C9H11NO3

IL NUOVO CODONE CODIFICA PER UN CODONE DI STOP

β−Talassemia (Anemia Mediterranea): CAG con TAG (codone di STOP)
 Mutazioni puntiformi

MUTAZIONI PUNTIFORMI – SLITTAMENTO

In una regione codificante, l’aggiunta (INSERZIONE) o l’eliminazione
(DELEZIONE) di una o più basi altera il codice di lettura dell’mRNA
la sequenza prodotta sarà completamente diversa da quella originaria

Fonte: http://it.wikipedia.org
NEL CASO DI INSERZIONE O DELEZIONE DI NUCLEOTIDI IN NUMERO NON
MULTIPLO DI TRE, VIENE ALTERATO L'ORDINE DI LETTURA DI TUTTI I
CODONI SUCCESSIVI NELL'ORDINE A QUELLO INSERITO O DELETO.
 Mutazioni puntiformi
Alterazioni del DNA di una o poche basi indagabili a livello molecolare

• SOSTITUZIONI DI SINGOLE BASI:

o MUTAZIONI SILENTI
o MUTAZIONI MISSENSO: sostituzioni di un aa con un altro
o MUTAZIONI NONSENSE: sostituzione di un codone codificante un aa con un codone di stop
• INSERZIONI E DELEZIONI in frame: senza slittamento del modulo di lettura (perdita o
inserimento di uno o più aa)
• SLITTAMENTI DEL MODULO DI LETTURA (frameshift) da
o Delezioni
o Inserzioni
15% di tutte
o Di splicing
le mut
DNA CODIFICANTE

• ALTRE MUTAZIONI NEL DNA NON CODIFICANTE

o Di splicing: diversi effetti a livello proteico
o Del promotore
o Di regioni UTR
 Mutazioni puntiformi

MUTAZIONI PUNTIFORMI – SPLICING

Possibili effetti:

Esclusione di un esone dall’mRNA (exon skipping)

Ritenzione dell’introne che non viene eliminato

Inclusione di una parte di un introne nel trascritto maturo

Esclusione di una parte di un esone dall’mRNA

Wild type DNA
SOSTITUZIONI DI
RNA
SINGOLE BASI
proteina

La sintesi di un polipeptide tronco è un’

evenienza rara.

L’instabilità del mRNA è l’evenienza più

comune. Se in un mRNA è presente un codone
di stop situato almeno 50 nt a monte della
giunzione di splicing più vicina, viene attivato
un meccanismo noto come degradazione
mediata da codoni nonsenso (NMD Non-sense
Mediated Decay) che determina la rapida
degradazione dell’mRNA per proteggere la
cellula dagli effetti nocivi della proteina
tronca.
Altre mutazioni: DNA NON CODIFICANTE

In genere non patogenetiche, ma

se….

(Sequenze canoniche di splicing)

 1 base ogni 1000 è polimorfica

…L’EVOLUZIONE È BASATA SUL MANIFESTARSI DI

MUTAZIONI NON LETALI CHE ALTERANO L’ADATTABILITÀ
DI UNA SPECIE AL SUO AMBIENTE…
 Non sempre variazioni nel DNA sono patogenetiche. Delezioni dell’intero gene, mutazioni
frameshift e nonsenso quasi sicuramente distruggono la funzione genica, più difficile è stabilire
la patogenicità di mutazioni missenso.

POLIMORFISMI DI SINGOLI NUCLEOTIDI

( SNP, Single Nucleotide Polymorphisms )

Varianti della sequenza genomica presenti sia in sequenze codificanti che non-codificanti
Sono in genere polimorfismi biallelici
Sono presenti in numero elevato nel genoma umano (1/1000 bp; 3x106)
Sono utili marcatori genetici

Una variante per essere considerata uno SNP deve essere presente almeno
nell’1% della popolazione

Un locus genetico si dice polimorfico se si osservano nella popolazione

due o più varianti alleliche, la più rara delle quali ha una frequenza >1%
 POLIMORFISMI DI SINGOLI NUCLEOTIDI
( SNP, Single Nucleotide Polymorphisms )

SNP possono influenzare:

- la presentazione clinica di malattie dovute a
mutazioni causali in altri geni
- la risposta ad agenti patogeni
- la risposta a sostanze chimiche: farmacogenetica
- la risposta a diversi tipi di cibo: nutrigenetica
 Come si riconosce la patogenicità di una variazione?

• Frequenza: i polimorfismi hanno in genere una frequenza dell’1% nella popolazione

(banche dati)

• Una mutazione missenso è più probabile sia patogena se cade in una parte importante dal
punto di vista funzionale della proteina

• Valutare quanto un aa è conservato nel corso dell’evoluzione. Se aa conservato nelle varie

specie (geni ortologhi) o tra i membri di una famiglia genica (geni paraloghi)

• È più probabile che sia patogena se la variazione cade in un gene patologico presente in un
paziente affetto de novo e non nei suoi genitori sani

La prova definitiva per stabilire se una mutazione alteri la funzionalità di una

proteina deriva da test funzionali in vitro o in vivo
 TRASMISSIONE DELLE MUTAZIONI GENETICHE

Studio finalizzato a prevedere con quale frequenza una malattia si

presenterà nella discendenza.
ANALISI DEL RISCHIO ⇒ compito dei consultori genetici

Ogni carattere è specificato da due geni allele, uno su ciascun

cromosoma.
Se gli alleli sono identici ⇒ OMOZIGOSI
Se gli alleli sono diversi ⇒ ETEROZIGOSI

DOMINANTE = gene patologico che si esprime e determina la

malattia anche in eterozigosi
RECESSIVO = gene patologico che determina la malattia solo in
omozigosi
 PENETRANZA ED ESPRESSIVITÀ

Fonte: Chimica OnLine

La penetranza è la frequenza con la quale un allele produce un effetto
fenotipico evidenziabile nella popolazione (genotipo fenotipo)
L’espressività indica l’entità e la gravità di questo effetto fenotipico
 ESEMPIO DI DOMINANZA-RECESSIVITA’
I GRUPPI SANGUIGNI

GLI ALLELI A E B SONO

Genotipo
DOMINANTI SULLO 0 Fenotipo
AA
A0 A
0 È RECESSIVO E SI ESPRIME
BB B
B0
SOLO QUANDO È OMOZIGOTE
AB AB
A E B INSIEME SONO 00 0

CODOMINANTI
Neri G e Genuardi M. Genetica Medica Umana. Terza Edizione
 EREDITA’ AUTOSOMICA DOMINANTE (AD)

Patologia con un solo allele mutato

Individui non affetti non trasmettono la malattia (fenotipo = genotipo)
Una persona affetta ha almeno un genitore affetto
I due sessi sono affetti e trasmettono la patologia con la medesima
frequenza, poiché i loci sono sugli autosomi
Trasmissione del tratto da una generazione alla successiva senza “salto“ tra
generazioni. Esistono quindi affetti in tutte le generazioni.
 EREDITA’ AUTOSOMICA DOMINANTE (AD)

I geni autosomici dominanti hanno effetti molto variabili

 EREDITA’ AUTOSOMICA DOMINANTE (AD)

ACONDROPLASIA

• Forma di displasia ossea

• Mutazioni FGFR3 (recettore FGF3), 99%
casi mutazione G380R
• La mutazione conferisce una funzione
aumentata al recettore che è una tirosin-
chinasi di membrana
• In risposta all'FGF il recettore dimerizza
e si fosforila trasducendo un segnale con
la funzione di rallentare la proliferazione
dei condrociti e quindi la crescita ossea
doi: 10.1371/journal.pone.0213806
• Mancato sviluppo armonico della
cartilagine di accrescimento delle ossa
lunghe degli arti
• 90% casi mutazione de novo
 EREDITA’ AUTOSOMICA DOMINANTE (AD)

ACONDROPLASIA

Fitness riproduttiva diminuita ma non nulla.

OMOZIGOSI LETALE
SEMIDOMINANZA:
fenotipo omozigote più
grave di quello
eterozigote
Genetica Medica Umana. Terza Edizione
 EREDITA’ AUTOSOMICA RECESSIVA (AR)

Nelle malattie AUTOSOMICHE RECESSIVE (la maggiorparte delle

malattie genetiche), entrambi i geni devono essere mutati perché si
osservi il fenotipo patologico (omozigosi o etererozigosi composta).
EREDITA’ AUTOSOMICA RECESSIVA (AR)

Individui affetti sono di solito

figli di non affetti
L’eterozigote è portatore sano
Aumentata incidenza data dalla
consanguineità per tratti rari
I due sessi sono affetti e
trasmettono la patologia con la
medesima frequenza, poiché i loci
sono sugli autosomi
Trasmissione del tratto salta le
generazioni. Non ci sono affetti in
tutte le generazioni
Tutti i figli della persona affetta
sono portatori sani
EREDITA’ X-LINKED

Fonte: Patologia – Rubin E., Casa Editrice Ambrosiana – Zanichelli

 EREDITA’ X-LINKED DOMINANTE

Individui non affetti non trasmettono la malattia

Un maschio affetto (raro, emizigosi letale) avrà tutte le figlie
femmine affette e tutti i figli maschi sani
I figli di una donna affetta hanno il 50% di possibilità di essere
affetti, indipendentemente dal sesso
 EREDITA’ X-LINKED RECESSIVA

Affetti quasi esclusivamente i maschi

Le femmine sono affette se il padre e’ affetto e la madre eterozigote
I genitori di solito sono sani,la madre portatrice spesso asintomatica
EREDITA’ X-LINKED RECESSIVA

/Becker
 Proteine: effetti patologici delle mutazioni
Per la comprensione nel meccanismo patogenetico è importante prima
di tutto capire se la mutazione determina:

1. perdita della funzione. Il prodotto può presentare:

- parziale/tot riduzione (quantitativa, relato alla dose)
- riduzione o assenza di funzione (alterazione qualitativa)

Allele null o amorfo: allele che non dà prodotto.

In eterozigosi in genere è presente in un portatore sano di una malattia AR
poiché la maggior parte dei prodotti genici non è sensibile a variazioni
quantitative (es. enzimi).

Ipomorfo: allele che produce una ridotta quantità o attività del prodotto.
(es. distrofia muscolare di Duchenne e Becker)

Antimorfo (dominante negativo): allele la cui attività o il cui prodotto

antagonizza l’attività del prodotto normale (es. collagene).
 Proteine: effetti patologici delle mutazioni

Per la comprensione nel meccanismo patogenetico è importante prima

di tutto capire se la mutazione determina:

2. acquisizione della funzione. Il prodotto proteico è:

- aumentato (quantitativa, relato alla dose)
- iperfunzionante (alterazione qualitativa)

Ipermorfo: allele che produce un aumentata quantità o attività del prodotto.

È associato di regola ad un tratto genetico dominante (aumentata funzione del recettore
per l’FGF3 nell’acondroplasia) perché la presenza del prodotto dell’allele normale non
impedisce al prodotto dell’allele mutato di comportarsi in maniera anomala

Neomorfo: allele con una nuova attività o prodotto (es. Bcr-Abl in CML).
 Esempio LOF: mutazioni nel gene CFTR

La Fibrosi Cistica (AUTOSOMICA RECESSIVA)

Definizione
Patologia sistemica che colpisce le ghiandole a secrezione mucosa ed è
caratterizzata da abnorme accumulo di muco vischioso (da cui
mucoviscidosi), con ostruzione e dilatazione dei dotti ghiandolari.

Epidemiologia:
1:2000-1:4000 alla nascita
1/25 della popolazione è costituita da eterozigoti, i portatori sani.

Causata da mutazioni loss of function nel gene CFTR (Cystic

FibrosisTransmembrane conductance Regulator), che codifica per il canale che
trasporta gli ioni del cloro (Cl-) attraverso la membrana apicale delle
cellule epiteliali esocrine.
Il canale del cloro è espresso nelle cellule epiteliali di diversi organi, in
particolare: polmoni, intestino, pancreas, dotti sudoripari, epididimo.
Esempio LOF: mutazioni nel gene CFTR

Nei pazienti affetti da FC le mutazioni

nel gene determinano un cambiamento
delle proprietà delle secrezioni che
soprattutto a livello dell'apparato
respiratorio e dell'apparato digerente
sono molto più dense e viscose del
normale, e difficili da eliminare:

- polmoni, seni paranasali (infezioni

ricorrenti)
- pancreas, fegato, intestino
(insufficienza pancreatica,
malnutrizione, ostruzione intestinale)
- apparato riproduttivo (agenesia
bilaterale dei vasi deferenti)
- ghiandole sudoripare (test del
sudore)
 Esempio LOF: mutazioni nel gene CFTR

La proteina CFTR appartiene alla superfamiglia di proteine di membrana

ATP-binding cassette (ABC) transporters che utilizzano ATP per traslocare
differenti substrati attraverso la membrana cellulare.

È composta da:
- 2 domini transmembrana ad alfa
elica
- 2 regioni globulari NBD (Nucleotide
Binding Domain) che legano una
molecola di ATP ciascuna
- 1 regione regolatrice (R) unica di
CFTR (non presente negli altri ABC
transporters) che contiene numerosi
siti di fosforilazione per PKA e PKC
Chen J-H, et al; 2006
 Esempio LOF: mutazioni nel gene CFTR
Azione svolte dal CFTR:
- Regolazione del passaggio degli ioni Cloro
- Regolazione negativa dei canali del Sodio (canali epiteliali del sodio ENaC, che sono
responsabili della captazione di sodio dalle secrezioni luminali, rendendole ipotoniche).

Funzioni del CFTR sono tessuto specifiche VIE AEREE

CFTR : secrezione Cl-
inibizione ENac

1. aumento di ioni Cl- intracellulari

2. aumento di attività dell’attività di EnaC e conseguente marcato incremento della captazione
di Na dal lume attraverso le membrane apicali.
Entrambe le modificazioni ioniche determinano il riassorbimento passivo di H20 e formazione
di liquido di superficie iperdenso e viscoso Disidratazione delle secrezioni

COMPROMISSIONE DELLA PRIMA LINEA DI DIFESA DEL SISTEMA RESPIRATORIO

CONTRO I PATOGENI
Esempio LOF: mutazioni nel gene CFTR
Sono state identificate almeno 2000 varianti di CFTR

Castellani C et al; 2008.

 Classificazione delle mutazioni

Alleli amorfi (null) Alleli ipomorfi

∆F508del: allele null Boyle MP et al; 2013.

 Classificazione delle mutazioni

- Classe I: mancata sintesi proteica e assenza completa della proteina

Mutazioni di STOP: mutazioni frame-shift o non sense, CFTR non è sintetizzato (7%
pazienti CF)
- Classe II: alterazioni del ripiegamento, elaborazione e trasporto
Elaborazione difettosa della proteina dal RE al Golgi (degradata prima di raggiungere la
membrana cellulare) (85% pz CF)
- Classe III: alterata regolazione
Mancata attivazione del CFTR per mancato legame con ATP, CFTR presente ma non
funzionante (3% pz CF)
- Classe IV: ridotta conduttanza
Mutazioni a carico dominio transmembrana; proteina a funzione ridotta; solitamente
fenotipo più lieve
- Classe V: riduzione quantitativa del trascritto (per mutazioni del promotore solitamente
fenotipo più lieve)
- Classe VI: turnover di superficie accelerato (diminuita emivita proteica in membrana)
 Classificazione delle mutazioni

La più comune è ∆F508 → delezione

in frame di 3 nt della Phe 508
Costituisce il:
- 95% mutazioni danesi
- 70-80% USA
- 40-50% Europa del Nord (52% in
Italia)

Allele null: in vitro attività di trasporto,

ma in realtà degradata prima di
raggiungere la membrana a causa di
anomala conformazione- ripiegamento
Correlazione genotipo-fenotipo
 Correlazione genotipo-fenotipo
L’eterogeneità allelica spiega in parte i differenti fenotipi
1) il genotipo è un buon predittore della funzionalità pancreatica:
• Alleli null: associati ad insufficienza pancreatica
• Alleli ipomorfi (con attività parziale della proteina): sufficienza pancreatica

Quadro classico FC (quadro polmonare, pancreatico):

omozigoti o eterozigoti composti per alleli null
Quadro più mild (non compromessa funzione pancreatica )
omozigoti o eterozigoti composti con almeno 1 allele ipomorfo

2) il genotipo non è un buon predittore della severità della malattia polmonare e di altre
funzioni: Probabile ruolo di altri geni MODIFICATORI

Due varianti in TGFB1 sono associate a malattia

polmonare più grave

Le malattie
mendeliane
(semplici) non sono
poi così semplici!!
Nelle mutazioni loss of function l’effetto fenotipico dipende dalla
attività residua del prodotto genico

Molte sostituzioni di amminoacidi hanno poco o nessun effetto, mentre

alcune mutazioni aboliscono totalmente la funzione

Una mutazione può essere presente in una o entrambe le copie di un gene

(generalmente recessive)

Quando entrambi gli omologhi sono colpiti, possono essere influenzati in maniera
disuguale - le persone con condizioni autosomiche recessive sono spesso eterozigoti
composti, con due differenti mutazioni

Se entrambe le mutazioni causano la perdita di funzione, ma in misura diversa,

l'allele meno grave detterà il livello di funzione residuale

L'effetto fenotipico dipende dal livello di prodotto del gene residuo

CARATTERISTICHE DI ALCUNE MUTAZIONI LOSS OF FUNCTION
1) Aploinsufficienza – effetto dose

• Le mutazioni con perdita di funzione di geni non sensibili al dosaggio sono

recessive
• Alcune proteine sono invece sensibili al dosaggio: diminuzioni al di sotto del
100% di attività del prodotto genico non vengono tollerate.

L'aploinsufficienza è una situazione in cui la presenza di un solo allele

funzionante di un determinato gene non è sufficiente per il normale
funzionamento delle cellule di un organismo.

Le mutazioni con perdita di funzione che danno

aploinsufficienza hanno un fenotipo dominante
trasmissione familiare dominante
CARATTERISTICHE DI ALCUNE MUTAZIONI LOSS OF FUNCTION
2) Effetto dominante negativo
Fenomeno per cui un polipeptide mutante non solo perde la sua
funzione, ma è in grado di interferire con l’attività del prodotto proteico
codificato dall’ allele normale nell’eterozigote (allele antimorfo)
Le mutazioni con perdita di funzione che danno effetto
dominante negativo hanno un fenotipo dominante

Tale fenomeno si instaura quando le proteine mutate fanno parte di

complessi multimerici in cui si ha un’associazione fisica tra proteine
mutate e non (es. collagene).

Le mutazioni con perdita di

funzione che danno effetto
dominante negativo hanno
fenotipo più grave rispetto
alla sola perdita di funzione