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INDIVIDUALITA’ GENETICA

Il genoma non è legato al numero di nucleotidi: molti organismi hanno quantità di DNA maggiore
dell’uomo, quindi non è la quantità di DNA che definisce il grado di complessità dell’essere vivente.
Però c’è una relazione tra complessità del genoma e complessità dell’individuo.

1° livello di complessità: sequenza del genoma (codice genetico)

GENOMA MITOCONDRIALE. Il sistema di controllo di trascrizione per rRNA e tRNA, e proteine, è


differente: ad esempio l’rRNA è trascritto ad altissimo livello ed è ubiquitario. Inoltre rRNA e tRNA
sono trascritti in coppia (infatti per creare una proteina ho bisogno di entrambi).
Per quanto riguarda il genoma mitocondriale, i 13 polipeptidi non riescono da soli a formare il
mitocondrio, infatti sono anche necessari geni di origine nucleare. Il genoma mitocondriale, essendo
il mitocondrio situato nel citoplasma, è solo materno (lo spermatozoo è solo nucleo, contenente
protammine e istoni modificati necessari per l’onda di demetilazione gametica). Inoltre il genoma
mitocondriale non va incontro a ricombinazione genetica, e quindi la trasmissione è diretta.
Fenomeno dell’ETEROPLASMIA DEL GENOMA MITOCONDRIALE: il genoma non è unico, ci sono più
genomi mitocondriali con differenti polimorfismi.

GENOMA NUCLEARE. Con il Progetto Genoma Umano furono identificati 36000 geni, ma
attualmente (post-genomica) se ne conoscono 100000. Il DNA extragenico, originariamente
chiamato junk-DNA, è utile per la regolazione della espressione genica. Il fatto che esistano
frammenti genici conferma l’ipotesi dell’evoluzione del genoma: l’uomo moderno è il risultato di
molte mutazioni.

2° livello di complessità: interazione tra DNA e proteine istoniche (codice istonico)


I cromosomi sono forme cristallizzate di DNA, quindi il DNA è complessato con proteine in modo
pianificato.
Il DNA funziona solo se associato a proteine, e
l’avvolgimento è ultraspecifico: le proteine (istoni)
legano sequenze specifiche di DNA. Gli istoni regolano
l’espressione del DNA: esiste un codice istonico oltre al
codice genetico. Le interazioni tra DNA ed istoni
prescindono dall’attivazione dei fattori di trascrizione.

3° livello di complessità: organizzazione della cromatina nel nucleo


La cromatina ha collocazione precisa all’interno del nucleo. I pori nucleari permettono il passaggio
attivo di sostanze, e lo scambio tra interno ed esterno. La cromatina interagisce con la matrice
nucleare tramite il junk-DNA. Quindi il junk-DNA legandosi alla matrice nucleare permette di avere
eucromatina o eterocromatina. Le regioni legate alla matrice non sono accessibili (eterocromatina),
mentre le regioni non legate alla matrice sono accessibili (eucromatina). Alterando questo
meccanismo non altero un singolo gene, ma circa 150000, e quindi mutazioni knock-out a questo
livello (legame matrice nucleare-junkDNA) causano la morte dell’embrione allo stadio di morula.

La cromatina è una struttura a minor dispendio di energia (maggiore stabilità). E’ inoltre una
struttura dinamica, in relazione ai comandi che giungono alla cellula (è dinamica, ma per cambiarla
serve energia e comandi cellulari). Immaginando il nucleo come una sfera, la cromatina non cade
come precipitato, ma si trova sospesa (la matrice funziona da zattera).
4° livello di complessità: formazione del cromosoma
Durante la replicazione si ha il superavvolgimento della cromatina, che rende inaccessibile la regione
di DNA. La nostra variabilità genetica dipende da differenze morfologiche (bianco, nero,…) e
funzionali (interazione personale con l’ambiente).

VARIABILITA’ GENETICA
Progetto Genoma Umano ha individuato 3.076.663.000 nucleotidi appartenenti al genoma. Esistono
differenti livelli di variazione tra i vari genomi:
1) SNP (single nucleotide polimorfism). Singoli cambiamenti di nucleotide.

2) SSR (short sequencerepeats). Sequenze brevi (2-3 bp) ripetute, più o meno volte.
3) CNV (copy numbervariations). Sequenze molto lunghe (1000 bp) e ripetute più volte.
Questi tre tipi di polimorfismi si utilizzano per tracciare i moti migratori degli uomini primitivi.
L’idea errata era concepire polimorfismo e mutazione come eventi distinti solo in base alla
prevalenza sulla popolazione. Il polimorfismo era una variabilità con incidenza maggiore all’1% della
popolazione, mentre la mutazione aveva incidenza minore dell’1%. In realtà, sono tutte mutazioni,
ma la differenza tra sano e malato è dovuta al ruolo che il polimorfismo gioca in relazione con
l’ambiente. I disordini genetici sono il prezzo da pagare per il potenziale evolutivo/adattativo.
Il primo polimorfismo ad essere identificato fu quello dei gruppi sanguigni. Questo ragionamento
può essere riprodotto anche per le razze: il concetto di razza è socio-politico, non genetico. Infatti
all’interno di più razze si trovano gli stessi polimorfismi.

Prima si riteneva che le mutazioni “senso” non fossero precisa causa di malattia, mentre oggi si
conosce la relazione con la predisposizione a determinate malattie. Altri polimorfismi invece sono
neutri, quindi non correlati a patologie. Il polimorfismo può causare malattia in relazione
all’ambiente in cui vive il soggetto. Possono essere gain-of-function o loss-os-function, permettendo
o impedendo all’individuo di sopravvivere. Quindi i polimorfismi si classificano in:
- polimorfismi patogenici
- polimorfismi predisponenti
- polimorfismi neutri

FIBROSI CISTICA. Malattia autosomica recessiva, la più frequente malattia ereditaria in Europa (30%
di portatori sani). In alcune aree della Danimarca, oltre l’80% della popolazione ha una mutazione
ΔF508 (che causa una mancata funzionalità di un canale di membrana).
ANEMIA FALCIFORME. In determinate regioni geografiche ho mutazioni del gene della β-globina che
in omozigosi causa la β-talassemia. In alcune regioni a questa mutazione se ne aggiunge un’altra,
quella della permanenza dell’emoglobina fetale. Quindi le due mutazioni prese singolarmente
causano una malattia grave, mentre prese contemporaneamente causano una malattia lieve.

Quindi, per concludere: i polimorfismi sono mutazioni; il problema è l’interazione con l’ambiente
(devo vedere se sono vantaggiosi o svantaggiosi). Le mutazioni non hanno valore di per sé, ma
acquisiscono valore in relazione all’ambiente in cui vivo.
BASI FUNZIONALI DEI POLIMORFISMI GENETICI
TRASCRIZIONE

Per la RNApol2 si parla di rate-limiting: il promotore è regolato dagli UCE (upstreamcontolling


regione). Mentre per la RNApol3 (promotore interno) non deve esserci rate-limiting poiché i tRNA
devono essere prodotti sempre in eccesso.
Le mutazioni possono interessare: sequenze codificanti, elementi regolatori a monte e a valle.
Il promotore è il TATAbox, ma la sua attività è modificata da elementi a monte e a valle. Ad esempio,
per il promotore del gene dell’insulina, il TATAbox ha molti fattori regolativi a funzione specifica (fino
a -350 bp). PDX1 è importante per la tessuto-specificità dell’espressione genica.

LCR (locus controllingregion): regioni cromosomiche che permettono l’espressione coordinata di


parti cromosomiche differenti in tempo differente. I diversi UCE vengono attivati da un unico LCR in
tempi diversi, per avere catene globiniche diverse.
Le LCR furono scoperte tramite trattamento con esonucleasi (DNasi1): le LCR sono regioni
ipersensibili alla degradazione poiché meno legate a proteine (legame debole tra cromatina e
proteine). Quindi le LCR sono dei promotori che controllano l’intero locus genico (economia genica).
Le LCR creano complessi trascrizionali che uniscono la regione LCR con la regione specifica (UCE) del
promotore del gene che si intende trascrivere. Quindi nelle diverse fasi dell’embriogenesi si ha una
diversa espressione delle catene del cluster β delle globine.

TRADUZIONE
Il numero di triplette (e di tRNA corrispondenti) è maggiore di quello degli aminoacidi, e servono a
prendere e trasportare l’aminoacido sulla catena proteica nascente. Il codice si dice quindi
degenerato: le mutazioni del terzo nucleotide di una tripletta sono nulle, cioè sono polimorfismi
neutri che non modificano la sequenza (e la funzione) della proteina. Però ogni tripletta ha una
efficienza caratteristica: vi sono codoni ad alta efficienza e codoni a bassa efficienza. Ad esempio,
per la serina, UCC ha maggiore efficienza (maggiore velocità di trasporto dell’aminoacido) rispetto a
UCG. Quindi nel totale, la velocità di sintesi proteica può cambiare, sebbene la sequenza sia la
stessa. Allora alcuni polimorfismi apparentemente neutri determinano una velocizzazione o
rallentamento della codifica. La cinetica dei vari tRNA è differente nelle diverse specie, e viene detta
“codonusage”. In questo modo si generano diverse funzioni delle proteine tra diversi individui, e ciò
contribuisce alla variabilità genetica individuale.

POLIMORFISMI GENETICI

Sequenza di segnale: sequenza che permette una determinata funzione sul DNA (se la sequenza di
segnale è alterata, la funzione si perde; effetto tutto-o-nulla) (pista di atterraggio)
Sequenza di consenso: non direttamente coinvolta con il segnale, ma permette di riconoscerlo (sono
meno specifiche e più variabili) (luci che permettono di vedere la pista)
Ho bisogno sia della sequenza segnale, ma ho anche bisogno che questa sequenza sia segnalata. Le
sequenze di segnale e di consenso possono regolare la velocità di produzione di una proteina e la
mutazione di quella proteina (senza seq consenso, si può avere frameshift e cambiare proteina).
Ad esempio, AUG è una sequenza di segnale (inizio traduzione) ma ha bisogno di una sequenza di
consenso. Comunque possono esistere altri siti di inizio, differenti da AUG.
Se nelle vicinanze di una sequenza di consenso ho un altro AUG, posso avere uno slittamento del
modulo di lettura: ciò può causare patologie, ma è anche importante per le molecole che hanno
valenza sia di membrana che di secrezione (differenti AUG codificano differenti siti di inizio,
incorporando o tralasciando aminoacidi particolari).

Kozak (sequenza di consenso negli eucarioti, sito di aggancio dei ribosomi all’mRNA) ha scoperto che
ci sono sequenze più o meno costanti: AUG è sempre presente, purina a -3, pirimidina a -2,
pirimidina a -1, purina a +4. Quindi spesso la sequenza segnale-consenso è ACC-AUG-G.
Normalmente: mRNA passa nel ribosoma (scanning)
Alterazione: perdo efficienza di traduzione (leaking)
MATURAZIONE DELL’mRNA
SPLICING. La sequenza consensus di splicing è abbastanza variabile; generalmente il sito donatore è
AG|(GT), il sito accettore è (AG)|GA. [tra parentesi la porzione intronica]
La variabilità delle sequenze vicino ai siti di taglio causa variabilità dell’efficienza di traduzione.

Le sequenze consensus permettono l’aggancio di fattori proteici per il rimodellamento della


cromatina, e avvicinamento delle regioni esoniche. Inoltre le sequenze consensus determinano
l’efficienza di legame tra le proteine di splicing e la sequenza segnale di splicing. Mutazioni causano o
perdita dello splicing o variazioni dell’efficienza, generando diversa quantità di proteina.
Meccanismi di splicing alternativo

SPLICING ALTERNATIVO. Proteine differenti a partire dallo stesso gene. Sebbene possano esserci
mutazioni geniche che causano malattia, l’espressività varia in base al luogo in cui si ha la mutazione,
e dalla funzione di quell’aminoacido nella proteina dell’esone mutato. Il numero di geni è aumentato
sia per scelta di differente sito di terminazione, sia per differente promotore. Spesso lo splicing
alternativo (promoters alternativi) è usato per dare tessuto-specificità alla proteina. Nei tumori, gli
splicing alternativi regolano trascritti che aiutano e permettono l’esistenza del tumore stesso.
Oltre che a livello del promotore (la proteina inizia tardivamente), si può avere splicing alternativo
tramite siti alternativi di poliadenilazione (la proteina termina precocemente). A livello della regione
di terminazione (terminator), si hanno numerose sequenze consensus; il sito di poliA è uno degli
elementi del terminator (non l’unico), poichè è associato a elementi che permettono il
mantenimento del poliA. Normalmente, il poliA rappresenta una protezione nei confronti delle
esonucleasi 3’ (il cap protegge dalle esonucleasi 5’) e inoltre permette il riconoscimento per il
passaggio attraverso il poro nucleare. In caso di mutazione, si ha un passaggio rallentato dal nucleo
al citoplasma, e l’mRNA viene distrutto nel citoplasma; quindi questo meccanismo permette di
eliminare gli mRNA immaturi o anomali.
La stabilizzazione dell’mRNA è data da altre sequenze in 3’-UTR e 5’-UTR, che fungono da siti di
aggancio per le endonucleasi. Ciò è funzionale, poichè alcuni mRNA devono avere emivita
brevissima, e quindi essere distrutti prontamente dalle endonucleasi. Ad esempio, c-myc è un
fattore trascrizionale oncogeno a breve emivita (3 min); se mutato, l’emivita aumenta e diventa
oncogeno (l’aumento della attività di c-myc causa maggiore progressione della cellula verso la
divisione cellulare, senza la possibilità di riparare eventuali lesioni al genoma); se non regolato, viene
prodotto in continuazione ed è cancerogeno. Nel linfoma di Burkitt (associato a infezione con EBV),
ho la traslocazione 8-14 del c-myc, che trasloca vicino all’enhancer per la trascrizione della catena
pesante variabile delle Ig. Quindi c-myc si trova sotto il controllo di un promotore forte, e viene
iperespresso, perdendo il controllo originario sulla produzione.

Gene piccolo (< 10.000 kb): molte sequenze codificanti; sono geni per proteine semplici con funzioni
uniche, che non necessitano di grande regolazione.
Gene grande (> 100.000 kb): poche sequenze codificanti; sono geni per proteine complesse, e
tramite lo splicing alternativo ho trascritti e tradotti differenti (funzioni differenti).
Il controllo post-traduzionale è specie-specifico, e identifica più modi per utilizzare la stessa
proteina.

RNA-EDITING. La specificità tissutale può venire modificata per mezzo di editing dell’mRNA
(modifiche a carico di un solo nucleotide). Il gene per apoB è unico; nel fegato, la proteina apoB
viene espressa interamente (100 kDa), mentre nell’intestino viene troncata (48 kDa). Siccome la
porzione che lega il recettore per le LDL è stata troncata, apoB48 non è in grado di legarsi al
recettore (apoB48, nei chilomicroni, lega il colesterolo ma non LDL-receptor), e quindi svolge solo
funzioni di trasporto.

Editing di ApoB
MODIFICAZIONI POST-TRADUZIONALI.
1) CLIVAGGIO. Per lo splicing, da un’unica sequenza di DNA (unica sequenza di RNA immaturi) posso
avere differenti mRNA maturi, e quindi differenti proteine. Per le modificazioni post-traduzionali, da
un’unica proteina precursore posso generare differenti proteine. La pro-proteina dell’insulina
possiede siti di aggancio per endoproteasi che determinano escissioni di tratti proteici, con la sintesi
delle catene alfa e beta e del peptide di connessione.

2) MODIFICHE AMINOACIDICHE

Queste modifiche aminoacidiche sono anche responsabili della variabilità individuale nella risposta
ad una terapia, poichè possono modificare l’attività di specifici farmaci. Ad esempio, in caso di un
enzima che inattiva un farmaco chemioterapico, si possono avere:
- nel 30% della popolazione, con genotipo omozigote, l’enzima inattiva il farmaco => terapia inutile
- nel 70% della popolazione, con genotipo eterozigote, l’enzima è poco espresso => terapia utile
POLIMORFISMI GENETICI: EFFETTI FUNZIONALI SULLA PROTEINA
I polimorfismi sono fattori di rischio per l’aterosclerosi; inoltre, in molte malattie infettive si hanno
manifestazioni differenti tra gemelli monozigoti, dovute all’interazione tra fattori ambientali e fattori
genetici. Il corredo genetico individuale influenza lo sviluppo della malattia.

Relazione tra locus HLA e variabilità ambientale.

Relazione tra locus non-HLA e variabilità ambientale.

Grazie a polimorfismi, alcuni individui sono resistenti a malattie teoricamente mortali; ad esempio,
malaria e talassemie hanno la stessa distribuzione geografica, perchè le anomalie sull’emoglobina
impediscono al plasmodio della malaria di sopravvivere.
Il virus dell’HIV usa come recettore il CD4 e come corecettore il CCR5 (HIV M-tropic) o il CXCR4 (HIV
T-tropic). Alcune popolazioni hanno mutazioni nel CCR5, e quindi il virus dell’HIV non riesce a
penetrare nelle cellule. Il pz ha il contagio, ma non l’infezione, perchè il virus non penetra. Il ΔCCR5 è
dovuto ad una delezione; in questo caso la malattia è ambientale, ma i fattori genetici impediscono
l’evoluzione.
PREDISPOSIZIONE E RESISTENZA
1) cancro al polmone da fumo. Per metabolizzare i tossici del fumo, ho due meccanismi: attivazione
del cancerogeno contenuto nella sigaretta; escrezione del cancerogeno (siccome l’escrezione è
renale, posso eliminare il cancerogeno solo dopo averlo reso idrosolubile a livello epatico). Queste
due attività sono svolte da sistemi enzimatici differenti; se fumo e ho un basso livello di attivazione
del cancerogeno e un alto livello di escrezione, ho un rischio minore di sviluppare cancro polmonare.
2) cancro alla vescica da fumo. Il cancerogeno reso idrosolubile a livello epatico e filtrato a livello
renale, arriva in vescica. La vescica riconosce il gruppo idrossile (idrosolubile) legato al cancerogeno
e lo rimuove, rendendo di nuovo il cancerogeno non idrosolubile; quindi la molecola ristagnerà in
vescica e indurrà una trasformazione neoplastica.

MECCANISMI GENERALI DI MUTAZIONE:


1) ERRORI DI REPLICAZIONE. Epidemiologicamente, da padre anziano si generano malattie da singolo
gene, mentre da madre anziana si generano malattie da non disgiunzione. Gli errori di replicazione
nelle cellule staminali vengono mantenute per tutta la vita, e il numero di mutazioni aumenta con
l’aumentare delle mitosi.
2) INTERAZIONE CON MUTAGENO. Un mutageno è una sostanza capace di legare il DNA e di non
essere riconosciuta dai sistemi di riparazione del DNA (proof-reading). I mutageni più comuni sono le
radiazioni ionizzanti.
CLASSIFICAZIONE DELLE MALATTIE GENETICHE
- MALATTIE DA SINGOLO GENE. Ottima corrispondenza genotipo-fenotipo (la malattia è dovuta alla
mutazione di un singolo gene). La maggior parte si manifesta in età pediatrica.
sono relativamente rare
sono determinate da mutazioni in geni specifici
le mutazioni sono presenti in una o entrambe le copie del gene
le mutazioni sono sufficienti a causare effetti fenotipici

- MALATTIE CROMOSOMICHE. Poligeniche, ma la disregolazione avviene su un solo cromosoma,


tranne per le trisomie; manca il meccanismo delle LCR, e ciò causa la manifestazione clinica.
ereditarietà digenica: alleli malattia, che causano il fenotipo alterato, si trovano in due loci differenti,
e sono entrambi necessari per il fenotipo malato (retinite pigmentosa)
ereditarietà trigenica: tre alleli malattia in due differenti loci (Bardet-Birdl)
ereditarietà oligogenica: più alleli malattia in almeno tre differenti loci (diabete mellito)
Il diabete oggi è frequente perchè nel medioevo permetteva la sopravvivenza nei periodi di carestia.

- MALATTIE MULTIFATTORIALI. Hanno bassa incidenza pediatrica, ma alta incidenza geriatrica, e


dipendono sia da fattori genetici che da fattori ambientali. Anche le malattie infettive sono
multifattoriali (la genetica influisce sulla predisposizione). Esempi sono: asma, diabete, ipertensione,
malattie cardiovascolari, tumori. Esiste un’aggregazione familiare ma non segue il caratteristico
pattern di segregazione delle malattie da singolo gene. Nei caratteri complessi l’effetto di ciascun
gene contribuisce in varia misura al fenotipo. Da un punto di vista epidemiologico, il maggior
contributo è dato da alleli ad alta frequenza ma bassa penetranza:
- ApoE4 e malattia di Alzheimer. ApoE4 ha incidenza di 1-2% nella popolazione italiana, e del 10%
sulla popolazione del nord Europa, in quanto funzionava da fattore protettivo contro l’eccesso
alimentare locale. In caso di omozigosi di ApoE4, si ha una elevata probabilità di sviluppare la
malattia di Alzheimer; invece, la presenza di ApoE2 rappresenta un fattore di protezione contro la
malattia di Alzheimer (è posseduto dagli ultracentenari)
- fattore V di Leiden e trombosi venosa
- CCR5 e resistenza ad HIV
Valori fisiologici determinati geneticamente.

Le malattie multifattoriali sono dovute anche a varianti geniche frequenti, ciascuna delle quali non è
nè necessaria nè sufficiente per produrre effetti significativi sul fenotipo. Si verifica il cosiddetto
“effetto soglia”: ho l’espressione di un fenotipo solo se sorpasso la soglia di suscettibilità; quindi
l’effetto di un fenotipo dipende dall’effetto additivo sulla suscettibilità dato da ciascun specifico
fattore e dall’interazione tra fattori genetici ed ambientali.

Ciascuno ha il proprio genoma unico, ma nel corso della vita si hanno evoluzioni nello stile di vita e
nell’aspetto fisico. L’uomo è diverso nei vari periodi della sua vita, e un unico genoma è responsabile
di tutto ciò. Quindi si ha l’individualità dell’uomo rispetto al genere umano, che si somma alle
modifiche dell’uomo nel corso della sua vita.

RIASSUNTO DEI FATTORI CHE INFLUISCONO SULL’INDIVIDUALITÀ GENETICA