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In natura, i batteri devono poter recepire e rispondere rapidamente a cambiamenti ambientali quali
variazioni nella disponibilità di nutrienti, osmolarità, temperatura etc.. Per questo motivo si è
evoluto un sistema piuttosto complesso che è in grado di “sentire” l’esterno e ridirigere
l’espressione genica in risposta ai segnali percepiti. Questo meccanismo è noto come SISTEMA DI
REGOLAZIONE A DUE COMPONENTI.
Sono noti almeno 24 esempi di questo tipo di regolazione.
* Osmolarità
* Fosfato
* Zuccheri
* Nitrato
* Essudati di piante
* Livelli di ossigeno
* Livelli d’azoto
Tali domini sono altamente conservati tra i sistemi di regolazione a due componenti identificati fino
ad ora.
Ciò è molto interessante in quanto ogni sistema è altamente specifico per un dato segnale e non ci
sono sovrapposizioni tra diversi sitemi.
Questo è un chiaro esempio conservazione evoluzionistica e, nello stesso tempo, di indipendenza
funzionale.
Un altro nome per questo tipo di regolazione genica è “trasduzione del segnale” poiché un segnale
esterno alla cellula viene decodificato all’interno della cellula.
Per osmolarità si intende la quantità di soluti in soluzione. Più alta è òla quantità di soluti (fonti di
carbonio, sali, ioni etc.), più è alta l’osmolarità..
La parete cellulare di E. coli è composta dalla membrana esterna che insieme alla membrana
citoplasmatica avvolge lo spazio periplasmatico contenente lo strato di peptidoglicano. La
membrana citoplasmatica è la principale barriera di permeabilità, ma non può sostenere un
gradiente di pressione. La membrana esterna invece esclude le macromolecole, ma contiene
numerosi pori che permettono l’ingresso per diffusione di piccole molecole idrofiliche anioniche
nello spazio periplasmatico. In questo modo viene mantenuta la pressione osmotica tra il periplasma
ed il citoplasma.
Le due porine principali sono OmpF e OmpC, codificate rispettivamente dai geni strutturali ompF e
ompC. Queste proteine formano dei canali, o pori, nella membrana esterna che consentono il
passaggio di molecole con diversa taglia. Ogni canale è formato da tre subunità di porina e OmpF
forma dei pori leggermente più grandi rispetto a quelli formati da OmpC. Sebbene il numero di pori
rimanga costante nella membrana esterna, il rapporto tra i pori formati da OmpF e OmpC cambia in
risposta al grado di osmolarità del terreno che circonda la cellula.
Es. nell’intestino, dove l’osmolarità e la temperatura sono elevate, predomina OmpC. In questo
modo la cellula si protegge dall’ngresso dei sali biliari che sono tossici. Al di fuori dell’intestino,
l’osmolarità e la temperatura sono più basse. In questa situazione predomina OmpF che consente
l’ingresso nella cellula di un maggior numero di nutrienti.
ompC è localizzato a 48 minuti sulla mappa di E. coli mentre ompF è localizzato a 21 minuti,
indicando che i 2 geni non sono vicini. Comunque, le regioni del promotore di entrambe i geni
contengono siti di legame per OmpR nella sua forma fosforilata (OmpR in quanto ricevente-
regolatore può agire come attivatore della trascrizione solo quando è fosforilato).
Il segreto della regolazione risiede nel numero di siti e nell’affinità che questi presentano per
OmpR-fosforilato.
Nel promotore di ompC sono presenti tre siti a bassa affinità per OmpR.
Al contrario. Nel promotore di ompF è presente un sito a bassa affinità e due siti ad alta affinità per
OmpR.
Bassa osmolarità
In condizione di bassa affinità, nessun segnale è percepito da EnvZ e quindi OmpR non viene
fosforilato (attivato). In ogni caso, nella cellula ci sono sempre alcune molecole di OmpR
fosforilate, anche in condizioni di bassa osmolarità; queste poche molecole saranno catturate dai siti
ad alta affinità presenti nel promotore di ompF, determinando l’espressione del gene ompF. Il
risultato sarà un incremento di pori più grandi, formati da OmpF, che permetteranno il passaggio
nello spazio periplasmatico di più molecole.
Alta osmolarità
In condizioni di alta osmolarità, le alte concentrazioni di soluto sono percepite da EnvZ con
conseguente fosforilazione di molte proteine OmpR nel citoplasma. A questo punto, l’incremento di
OmpR fosforilato determina due eventi:
1. OmpR di lega non soltanto ai siti ad alta affinità presenti nel promotore di ompF, ma anche
ai siti a bassa affinità presenti nello stesso promotore. Quando OmpR è legato a questi siti a
bassa affinità nel promotore di ompF funziona da repressore e quindi la proteina OmpF.
OmpR, infatti, è un regolatore della trascrizione che può agire sia da attivatore che da
repressore. (Questa caratteristica è comune a molte proteine che legano il DNA; proteine che
normalmente agiscono da attivatori possono funzionare da repressori se si legano a dei siti
che alcuni autori hanno chiamato “zona esclusiva di repressione”.)
2. OmpR si lega ai tre siti a bassa affinità presenti sul promotore del gene ompC attivandone la
trascrizione. In queste condizioni infatti compaiono i pori piccoli formati dalla porina
OmpC.
Riassunto: La quantità della proteina ompR fosforilata nella cellula determina quale proteina
tra ompF e ompC viene prevalentemente espressa. La quantità di OmpR fosforilata è
determinata dalla percezione della pressione osmotica da parte di EnvZ.
REGOLAZIONE ANTISENSO
Gli RNA antisenso sono piccole molecole di RNA non tradotte che si appaiano a regioni
complementari di specifici mRNA bersaglio (target). Questo appaiamento determina il
cambiamento nell’espressione o nella funzione del mRNA bersaglio a livello post-trascrizionale.
La presenza di RNA antisenso è ben documentata nei procarioti, principalmente nei plasmidi e nei
batteriofagi. Inoltre, svolgono un ruolo importante nella regolazione genica sia nei procarioti che
negli eucarioti.
Gli RNA antisenso contengono molte strutture a forcina (stem-loop: stelo con ansa). I domini
presenti nell’ansa (loop) sono importanti per la specificità del target mentre le strutture dello stelo
(stem) sono coinvolte nella stabilità dell’RNA.
Il controllo mediato dall’RNA antisenso riguarda le più disparate funzioni biologiche e include la
replicazione del DNA plasmidico, la trasposizione, lo sviluppo di batteriofagi e l’espressione di
specifici geni batterici.
MicF è complementare al mRNA di ompF al 70%, si può comunque appaiare all’estremità 5’ del
mRNA ompF e questo appaiamento impedisce il legame del ribosoma al codone d’inizio AUG. In
questo modo, MicF inibisce l’inizio della traduzione del mRNA di ompF mascherando i siti di
riconoscimento da parte del ribosoma.
2. esposizione al salicilato
3. stress ossidativo
Tutte queste condizioni riducono i livelli di ompF tramite la regolazione da parte dell’RNA
antisenso prodotto da MicF.
Inoltre, MicF è anche parzialmente responsabile per gli effetti osservati in:
3. resistanza ai macrofagi
E’ perciò evidente che MicF è coinvolto nella difesa cellulare contro molecole tossiche esterne
tramite la riduzione delle porine OmpF sulla membrana esterna.
Approfondimento:
IL SISTEMA DEL DOPPIO IBRIDO
Il sistema del doppio ibrido viene utilizzato per mettere in evidenza l’interazione tra proteine in un
sistema cellulare, il lievito, quindi in condizioni definite “in vivo”
Questo sistema si avvale della caratteristica struttura a domini di alcuni fattori che regolano la
trascrizione e del fatto che questi domini conservano la loro funzione anche quando sono separati
dal resto della proteina.
Es. la proteina Gal4 possiede un dominio che lega il DNA (BD= DNA binding domain) e un altro
dominio che attiva la trascrizione (AD= activation domain).
La porzione di proteina tra i due domini può essere sostituita da altre sequenze proteiche non
correlate alla proteina. Quando il BD viene isolato dal gene originario e fuso ad un gene X che
codifica per una proteina che normalmente non lega il DNA e non attiva la trascrizione, la proteina
chimerica che contiene questa fusione sarà in grado di legare il DNA allo stesso sito operatore del
BD originario, ma non potrà attivare la trascrizione (manca l’AD).
Quando l’AD viene isolato e fuso ad un gene Y che codifica per una proteina che normalmente non
lega il DNA e non attiva la trascrizione, la proteina chimerica è potenzialmente in grado di attivare
la trascrizione.