Dal DNA alla genetica dei microrganismi

La struttura della molecola di DNA

Le informazioni genetiche sono contenute negli acidi nucleici. Nelle cellule si trovano due tipi di acidi nucleici: l’acido desossiribonucleico e
l’acido ribonucleico.
Le molecole di acido desossiribonucleico o DNA sono polimeri lineari formati dall’unione di un grandissimo numero di desossiribonucleotidi
di quattro tipi diversi: dAMP, dGMP, dTMP e dCMP.
Queste unità sono collegate fra loro attraverso i gruppi fosfato di ciascun nucleotide che si legano al gruppo -OH in posizione 3’ del
desossiribosio di un altro nucleotide mediante un legame fosfodiestere. Tramite questo legame si generano lunghissime catene
polinucleotidiche: a un’estremità esiste un gruppo fosfato libero in posizione 5’ (estremità 5’) mentre all’estremo opposto si trova un
gruppo -OH libero in posizione 3’ (estremità 3’).
Watson e Crick costruirono così un modello tridimensionale che giustificava tutte le prove sperimentali disponibili e che si dimostrò
essenzialmente corretto. Il modello tridimensionale del DNA ha caratteristiche che fanno comprendere le sue specificità funzionali. I due
filamenti polinucleotidici antiparalleli si associano fra loro e assumono un andamento elicoidale intorno a un asse comune formando una
doppia elica.
Le basi puriniche e pirimidiniche formano coppie che possono essere viste come i gradini di un’ipotetica scala a chiocciola. Fra le coppie di
basi azotate esiste una strettissima specificità di appaiamento: l’adenina può associarsi solo con la timina e viceversa, la guanina può
appaiarsi solo con la citosina e viceversa. L’appaiamento delle basi avviene grazie a specifici legami a idrogeno che si formano all’interno di
ciascuna coppia.
Quando una cellula si divide, la molecola di Dna in essa contenuta deve essere replicata e suddivisa equamente tra le cellule figlie. La
replicazione del DNA deve essere allo stesso tempo accurato e rapido. La sua esecuzione è affidata all’azione di specifici enzimi, che porta
all’apertura della doppia elica di DNA con la formazione di una bolla replicativa. Si formano due forcelle replicativa che procedono in
direzioni opposte.
 DNA elicasi → apre la doppia elica esponendo i singoli
filamenti che fungeranno da stampo per la DNA polimerasi.
 DNA topoisomerasi → srotola il DAN e ne consente
l’avanzamento
 L’enzima primasi → sintetizza un primer di RNA
complementare al filamento di DNA, permettendo l’inizio
dell’attività della Dna polimerasi.
 DNA polimerasi → aggiunge un nucleotide alla volta
all’estremità 3’, generando il nuovo filamento procedendo
sempre in direzione 5’ → 3’.
 DNA ligasi → unisce i frammenti di DNA in un filamento unico.
La DNA polimerasi funziona solo in direzione 5’ → 3’, ovvero può raggiungere nucleotidi solo all’estremità 3’ del primer a RNA. I due
filamenti di DNA sono antiparalleli.
 filamento veloce → l’estremità 3’ dei primer è libera e la DNA polimerasi può aggiungere nucleotidi via via che la forcella di
replicazione si apre.
 filamento lento → è discontinua e procede a ritroso. Mentre la forcella di apre vengono sintetizzate piccole sequenze di nucleotidi
chiamati frammenti di Okazaki.
La replicazione del DNA viene detta semiconservativa, perché al termine del processo ognuna delle due copie di DNA a doppia elica
generate avrà un filamento proveniente dal DNA originale e uno invece neosintetizzato.
Nelle cellule eucariote, l’informazione genetica è presente sotto forma di molecole di DNA lineare, dette cromosomi. Quando una forcella
replicativa raggiunge un’estremità del cromosoma, non riesce a ricopiare il tratto terminale del DNA, questo causa l’accorciamento
progressivo del cromosoma. Il completamento della replicazione avviene tramite l’enzima telomerasi, che aggiunge sequenze ripetitive
detto telomeri.

La struttura delle molecole di RNA

L’informazione contenuta nel DNA deve essere trasferita all’acido ribonucleico o RNA. Il ruolo dell’RNA è quello di anello di collegamento
tra l’informazione chimica contenuta nel DNA, sotto forma di sequenze nucleotidiche, e le proteine, che sono specifiche sequenze di
amminoacidi.
Anche l’RNA è un polimero composto da ribonucleotidi, cioè nucleotidi in cui lo zucchero è il ribosio. I ribonucleotidi che formano l’RNA
contengono anch’essi quattro basi azotato.
Le maggiori differenze tra RNA e DNA riguardano la struttura tridimensionale della molecola:
 le catene di RNA sono piuttosto brevi
 le molecole di RNA sono quasi sempre costituite da un singolo filamento
Nelle cellule eucariotiche e procariotiche sono presenti diversi tipi di RNA, le cui differenze strutturali sono alla base della loro diversa
funzione nel processo di biosintesi delle proteine. Gli RNA cellulari si distinguono in:
 RNA messaggero (mRNA) → l’informazione genetica contenuta nel DNA serve alla cellula per dirigere la sintesi di tutte le sue proteine.
Questa informazione deve essere prima ricopiata in una molecola di RNA messaggero, che fornisce una copia del messaggio in codice
contenuto nel DNA.
Le molecole di mRNA sono filamenti poliribonucleotidici, sintetizzati da enzimi detti RNA polimerasi. Ciascuna delle migliaia di
differenti proteine della cellula è sintetizzata a partire da un diverso mRNA.
 RNA ribosomiale (rRNA) → è associato al ribosoma, l’apparato che sintetizza le catene polipeptidiche sulla base dell’informazione
dell’mRNA.
 RNA transfer (tRNA) → lega in modo specifico i singoli amminoacidi e li trasporta al complesso ribosoma-mRNA. La conformazione
tridimensionale di una molecola di tRNA è piuttosto compatta e risulta dall’avvolgimento del filamento su sé stesso. Una delle anse
contiene una sequenza di tre basi detta anticodone, che è diversa per ciascuna tRNA, ognuno specifico per un diverso amminoacido.
L’anticodone gioca un ruolo centrale nel determinare l’ordine in cui gli amminoacidi vengono legati nella proteina da sintetizzare: esso
si lega al codone corrispondente costituito da una tripletta di basi complementari sull’mRNA.
 RNA non codificanti (ncRNA) → tutte le cellule sintetizzano anche delle molecole di RNA che non servono per la sintesi di proteine,
questi sono detti RNA non codificanti. Alcuni ncRNA sono dotati di attività catalitica e intervengono nella rimozione degli introni dagli
mRNA eucariotici.

Il flusso dell’informazione genetica: dal DNA all’RNA alle proteine

I filamenti del DNA contengono le informazioni necessarie per la sintesi di tutte le proteine di un organismo. La porzione di DNA la cui
sequenza specifica un preciso prodotto proteico è detto gene. Un gene è un segmento di DNA che dirige la sintesi di uno specifico RNA.
Nella molecola di DNA a ogni tripletta di basi corrisponde un amminoacido. Ciascuno degli amminoacidi può essere codificato da più di una
tripletta. Il trasferimento dell’informazione avviene attraverso due processi sequenziali, la trascrizione e la traduzione.
TRASCRIZIONE
Avviene nel nucleo e consiste nella sintesi di una molecola di RNA che contiene la stessa sequenza di triplette del gene. Nella doppia elica
del DNA possiamo distinguere: il filamento codificante e il filamento antisenso. Il filamento antisenso è utilizzato come stampo per
sintetizzare un filamento complementare di mRNA.
La trascrizione è operata dall’enzima RNA polimerasi che funziona in modo analogo alla DNA polimerasi, solo che utilizza i ribonucleotidi.
 inizio: la RNA polimerasi si lega alla sequenza iniziale, detta promotore, e inizia a svolgere i filamenti di DNA.
 allungamento: la RNA polimerasi legga il filamento stampo e inizia la sintesi dell’mRNA aggiungendo nucleotidi in direzione 5’ → 3’.
 terminazione: la RNA polimerasi giunge al sito di terminazione, si stacca dal filamento stampo e libera l’mRNA.
Negli eucarioti la trascrizione avviene nel nucleo, mentre la sintesi delle proteine avviene nel citoplasma.
TRADUZIONE
Avviene nei ribosomi, ogni tripletta contenuta nel mRNA è un codone e la corrispondenza tra codoni e amminoacidi costituisce il codice
genetico. La traduzione comincia sempre con l’inserimento di un amminoacido metionina in corrispondenza del codone AUG dell’mRNA,
che viene chiamato codone d’inizio.
 inizio: si forma il complesso di inizio in corrispondenza del codone AUG dell’mRNA e le due subunità del ribosoma di uniscono.
 allungamento: l’mRNA scorre in direzione 5’, tRNA libero si sposta e viene rilasciato quando il ribosoma si sposta di un codone lungo
l’mRNA.
 terminazione: quando nel ribosoma entra uno dei tre codoni di stop, un fattore di rilascio lega l’mRNA e causa la separazione del
polipeptide dal ribosoma.

L’organizzazione dei geni e l’espressione genica

La trascrizione e la traduzione sono processo attraverso i quali l’informazione del DNA è convertita in una molecola funzionale, questa serie
di eventi è detta espressione genica.
il DNA degli eucarioti posta alla sintesi di diversi tipi di RNA. Un singolo gene può portare alla produzione di più proteine. Questo avviene
perché nella maggior parte degli organismi eucariotici possiedono geni interrotti.
Le sequenze codificanti che contengono l’informazione per la sintesi della proteina, detto esone, sono intercalata da blocchi di sequenze
non codificanti, dette introni, lunghe anche decine di migliaia di nucleotidi.
I diversi esoni presenti in un gene possono essere saldati secondo combinazioni diverse che generano proteine differenti. Questo tipo di
organizzazione conferisce ai geni eucariotici un versalità molto maggiore. Per un corretto svolgimento delle funzioni cellulari, è importante
che la trascrizione e la traduzione siano coordinate con le condizioni della cellula o dell’organismo.
Il processo con cui alcuni geni sono trascritti attivamente e altri sono mantenuti inattivi si chiama regolazione dell’espressione genica.
La specializzazione delle cellule è dovuta all’espressione di geni differenti, che è possibile grazie alla regolazione spaziale e temporale
dell’espressione genica: in base al programma di sviluppo di un certo tessuto, verranno espressi solo certi geni e solo in determinati
momenti.
La regolazione dell’espressione genica
L’enzima responsabile della sintesi di una molecola di RNA a partire da un
filamento di DNA stampo è la RNA polimerasi. È necessario che sulla molecola
di DNA siano presenti delle sequenze regolatrici, i promotori che determinano
il punto di inizio della trascrizione, e i terminatori che segnano il punto in cui la
RNA polimerasi deve terminare.
La sequenza di DNA compresa tra un promotore e il suo terminatore, che dirige
la sintesi di uno specifico RNA, è detta unità trascrizionale. I fattori trascrizionali sono un ampio gruppo di proteine regolatrici che
modulano dal punto di vista temporale e spaziale l’espressione differenziale dei geni. Questi fattori possono agire reprimendo oppure
inducendo l’espressione dei geni.
Ci sono fattori trascrizionali che sono sempre in grado di legarsi al loro sito di riconoscimento sul DNA, altri si legano al sito bersaglio sono
quando questo è reso accessibile.
Gli operoni dirigono l’espressione dei geni nei procarioti: nei procarioti i geni che svolgono funzioni correlate sono organizzati in operoni.
Ogni operone contiene due sequenze regolatrici: un promotore a cui si lega l’RNA polimerasi e un operatore che si trova nelle vicinanze del
promotore e lega un fattore di trascrizione.
Gli operoni sono di due tipi: inducibili (l’operone lac di Escherichia coli) e reprimibili. In presenza di lattosio, nella cellula si accumula un suo
metabolita, l’alattosio, che funziona da induttore. L’alattosio si lega la repressore. La produzione delle proteine enzimatiche codificate
dall’operone lac porta alla degradazione del lattosio.

Negli eucarioti, l’espressione genica è regolata a diversi livelli: negli eucarioti la regolazione dell’espressione genica è un processo molto più
complesso, che comprende un controllo a diversi livelli. Suddividiamo i meccanismi di regolazione in quattro passaggi principali:
 regolazione pre-trascrizionale: comprende i meccanismi attraverso i quali la cellula regola l’accessibilità al genoma. Il DNA è avvolto
attorno agli istoni, proteine che si trova in complessi chiamati nucleosomi.
 regolazione trascrizionale: permette o meno la trascrizione di un gene e regola la quantità di trascritto prodotto. L’interazione dei
fattori di trascrizione con le sequenze di DNA permette di esprimere o silenziare un gene.
 regolazione post-trascrizionale: comprende i meccanismi attraverso i quali un trascritto va incontro a traduzione e origina una
proteina.
 regolazione post-traduzionale: la proteina prodotta può essere attiva o inattiva, oppure può essere degradata.

La struttura della cromatina e la trascrizione

Grazie agli istoni, il DNA nei cromosomi delle cellule eucariotiche è densamente compatto nella cromatina. L’eurocromatina è la forma più
aperta ed è tipica dei geni attivamene trascritti; l’eterocromatina è invece più condensata in cui la trascrizione genica è repressa.
La compattazione della cromatina avviene grazie a proteine chiamate istoni. Gli istoni possono essere modificati da enzimi che modificano il
grado di condensazione della cromatina o aggiungono gruppi metile, rendendola non trascrivibile.

L’epigenetica
Studia l’effetto che le modificazioni ereditarie agli istoni e al DNA producono sul fenotipo delle generazioni successive. Le modificazioni
epigenetiche non cambiano l’informazione genetica, ma solo la sua accessibilità. Esempi di modificazioni epigenetiche ereditarie sono: le
modificazioni degli istoni e la metilazione del DNA.

La dinamicità del genoma

L’informazione genica è regolata in modo molto dinamico per esprime i geni e trasmetterli alle generazioni successive. Esiste anche un
intenso scambio di materiale genetico tra organismi diversi (flusso genico orizzontale), rappresentato in particolare da:
 virus che rimescolano la loro informazione genetica con quella della cellula che infettano.
 plasmidi nelle popolazioni batteriche.
 trasposoni che possono interrompere geni o causare la ricombinazione tra regioni cromosomiche diverse.
Le caratteristiche biologiche dei virus
I virus sono parassiti endocellulari obbligati, ovvero dipendono dal
metabolismo della cellula ospite per potersi riprodurre. I virus sono
costituiti da un involucro proteico, detto capside, al cui interno si
trova il genoma, che può essere costituito da uno o più filamenti di
DNA o di RNA. I virus sono suddivisi a seconda dell’acido nucleico che
forma il loro genoma, virus a DNA e virus a RNA.
Il genoma virale codifica per le proteine del capside e per alcuni enzimi
essenziali per la penetrazione nella cellula, per la replicazione del loro
genoma e per l’espressione genica.
Il ciclo vitale dei virus: il ciclo vitale di un virus può essere distinto in
cinque fasi:
1. adesione: il virus si attacca alla membrana plasmatica attraverso
le proteine cellulari dette recettori.
2. penetrazione: il virus entra nella cellula e rilascia il proprio
genoma all’interno della cellula infetta.
3. espressione dei geni vitale e replicazione del genoma. Accumulo delle molecole di genoma e delle proteine necessarie per assemblare
le nuove particelle virali.
4. assemblaggio dei capsidi, all’interno dei quali verranno inseriti i genomi virali.
5. rilascio delle nuove particelle virali all’esterno delle cellule.
Alcuni virus hanno cicli vitali ancora più complessi, in cui alternano la fase di produzione di nuovi virioni, detta ciclo litico perché causa la lisi
cellulare, a una fase di latenza, detta ciclo lisogeno, in cui il genoma virale permane nella cellula ospite senza produrre nuovi virus.
I batteriofagi sono virus che infettano le cellule batteriche.

La ricombinazione omologa
Il meccanismo principale con cui un segmento di DNA può essere
incorporato all’interno di un frammento di DNA più grande è la
ricombinazione omologa. Perché avvenga, è necessario che le due
molecole di DNA che si uniranno abbiano dei tratti di sequenza identici.
La ricombinazione omologa opera in tutti gli organismi e svolge un ruolo
fondamentale nel rimescolare l’informazione genetica, sia all’interno di uno stesso organismo sia tra organismi diversi. Il crossing over è un
esempio di ricombinazione omologa.

Il trasferimento di geni nei batteri

Lo scambio di materiale genetico tra cellule batteriche può avvenire con tre diverse modalità: la trasduzione, la trasformazione e la
coniugazione.
TRASDUZIONE
Si verifica quando il materiale genetico viene trasferito mediante
un batteriofago da un batterio a un altro. Durante il ciclo litico, il
batteriofago utilizza alcuni suoi enzimi per frammentare il DNA
batterico, in questo modo si procura i nucleotidi che gli servono
per sintetizzare il suo DNA: nelle fasi finali dell’infezione, le nuove
particelle virali vengono riempite con il DNA del virus. In questo
caso si parla di trasduzione generalizzata.
Un caso diverso di trasduzione si osserva durante il ciclo lisogeno, durante il quale il DNA virale si integra all’interno del cromosoma
batterico dotto forma di profago. In questo caso si parla di trasduzione specializzata.
TRASFORMAZIONE
I plasmidi sono molecole extracromosomiche di DNA circolare che contengono
alcune informazioni genetiche accessorie. I plasmidi si possono duplicare
autonomamente all’interno del batterio. A partire da un’unica bolla replicativa, si
generano due forcelle di replicazione che procedono in senso opposto. Poiché il
plasmide è circolare, quando le due forcelle si incontrano, la replicazione termina e
genera due molecole identiche del plasmide.
I plasmidi possono passare facilmente da un batterio all’altro. Quando una cellula batterica muore o viene lisata, i plasmidi rilasciati sono
assorbiti da cellule batteriche adiacenti attraverso il processo di trasformazione batterica.
 CONIUGAZIONE
I batteri si riproducono mediante scissione binaria. Il risultato è la generazione di due cloni, cioè
due cellule figlie geneticamente identiche alla cellula progenitrice.
La coniugazione richiede l’unione fisica tra due cellule batteriche, attraverso un canale
filamentoso proteico, detto pilo sessuale, che mette in comunicazione il citoplasma delle due
cellule.
Come nella riproduzione sessuale si ha l’unione di un individuo maschio e di una femmina,
anche nella coniugazione si ha l’unione di un batterio donatore F + e uno ricevente F-. la
distinzione si basa sulla presenza del plasmide F, che porta i geni per la sintesi del pilo e per il
trasferimento del DNA.

Geni che saltano: i trasposoni

Un altro meccanismo di rimescolamento genico che contribuisce a plasmare la struttura del genoma è basato sulla trasposizione genetica.
Un trasposone è una sequenza di DNA in grado si spostarsi autonomamente da un sito cromosomico a un altro, all’interno della stessa
cellula: si tratta cioè di elementi genetici mobili.
I trasposoni possono alterare la struttura dei cromosomi in due modi:
 interruzione genica: l’elemento mobile può inserirsi direttamente all’interno di un gene, interrompendolo e causandone
l’inattivazione, oppure può alterare una sequenza di DNA con funzioni regolative.
 Ricombinazione omologa: la presenza di numerose copie dello stesso elemento mobile sui cromosomi crea numerose regioni di
omologia, a livello delle quali può avvenire la ricombinazione omologa.